Query 014628
Match_columns 421
No_of_seqs 513 out of 1300
Neff 11.5
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 14:59:54 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/014628.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/014628hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 3.2E-37 1.1E-41 285.5 25.6 348 2-383 73-431 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.6E-35 8.8E-40 271.7 30.2 319 2-375 72-422 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 7.5E-36 2.6E-40 279.3 22.7 378 2-405 66-481 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 7.7E-34 2.6E-38 256.2 15.7 312 2-370 46-361 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.1E-32 3.7E-37 257.8 23.7 376 2-382 65-468 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 2.9E-29 1E-33 229.1 12.4 331 2-381 54-395 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 3.3E-27 1.1E-31 222.5 15.7 131 2-132 65-200 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 2.5E-13 8.6E-18 125.1 18.0 171 203-381 27-202 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 5.5E-13 1.9E-17 124.3 16.8 172 204-382 13-193 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 2.1E-12 7.2E-17 118.4 17.2 150 207-363 29-183 (438)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 5.4E-12 1.8E-16 118.6 15.9 172 203-381 11-194 (524)
12 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 5.5E-13 1.9E-17 121.4 8.2 130 4-133 272-402 (417)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 5.7E-12 2E-16 113.0 10.0 159 210-376 6-165 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.0 1.9E-09 6.6E-14 100.3 13.0 132 4-135 325-467 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 62.9 3.7 0.00013 18.6 1.2 14 10-23 2-15 (26)
16 2dw3_A Intrinsic membrane prot 29.2 1.1E+02 0.0037 19.2 5.0 30 108-137 31-60 (77)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=3.2e-37 Score=285.52 Aligned_cols=348 Identities=14% Similarity=0.102 Sum_probs=264.4
Q ss_pred ccccchhhHHHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCCCC
Q 014628 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGS----SFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQ 77 (421)
Q Consensus 2 lg~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 77 (421)
+++.++++++|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++
T Consensus 73 ~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 152 (451)
T 1pw4_A 73 IAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKE 152 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchh
Confidence 467789999999999999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHhhhHHHhHHhhhhcch-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCccccchhhhhhccccc
Q 014628 78 KTAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLN-WRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEGS 156 (421)
Q Consensus 78 r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 156 (421)
|++++++.+.+..+|.+++|.+++.+.+..| ||+.|++.+++.++..++.++..||++++...+++.+..
T Consensus 153 r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------- 223 (451)
T 1pw4_A 153 RGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYK--------- 223 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTC---------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhc---------
Confidence 9999999999999999999999999888888 999999999988887777777777654432111110000
Q ss_pred ccccCCcccccccchhhhhhhccccchhhhhhhhhhhhhhhHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhC
Q 014628 157 EASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYH 236 (421)
Q Consensus 157 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (421)
+ ++ .++ .+.+.+++ ...++ ...+.++++|.++...+..++..........+.|.|+++.++
T Consensus 224 -~----~~-~~~----~~~~~~~~-------~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g 284 (451)
T 1pw4_A 224 -N----DY-PDD----YNEKAEQE-------LTAKQ--IFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKH 284 (451)
T ss_dssp -C----C-------------------------CCTH--HHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSC
T ss_pred -c----cc-ccc----chhhhhcc-------ccccc--chHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 0 00 000 00000000 00000 114567789999998888888888888999999999998888
Q ss_pred Cccchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhh--ccccchhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhh--hhhHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 237 MSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQM--GATISNAFKLLSAATFLGA-ISCLTAFCL--SSLYGFLALFTVGELL 310 (421)
Q Consensus 237 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (421)
.+.... .+.....++.+++.++.+++.||+ ++| +.+.....+.. +.++..... .+.+...+..++.+++
T Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 359 (451)
T 1pw4_A 285 FALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR-----GATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFL 359 (451)
T ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc-----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 876544 445667788999999999999999 776 55554444443 333333333 2455555566666777
Q ss_pred HHhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHhhhccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 311 VFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGIWF 383 (421)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (421)
.+...+....+..+.+|+++|+++.|+.+...+.+|..++|.+.|.+.|..| +...+++.+++.+++.++.+
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (451)
T 1pw4_A 360 IYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFG-WDGGFMVMIGGSILAVILLI 431 (451)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-SHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7677777788999999999999999999655554488889999999999876 77777777776666555444
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.6e-35 Score=271.66 Aligned_cols=319 Identities=16% Similarity=0.187 Sum_probs=252.8
Q ss_pred ccccchhhHHHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHhhh---hhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCCCCc
Q 014628 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGC---GSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQK 78 (421)
Q Consensus 2 lg~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r 78 (421)
+++.++++++|+++||+|||++++++.++.+++.+++ +++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|
T Consensus 72 ~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r 151 (438)
T 3o7q_A 72 FGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSG 151 (438)
T ss_dssp HHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhH
Confidence 4678899999999999999999999999999999999 8899999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHhhhHHHhHHhhh-hcch-------------------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-
Q 014628 79 TAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVG-SHLN-------------------------WRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIK- 131 (421)
Q Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~-~~~~-------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 131 (421)
++++++.+.+.++|.+++|.+++.+. +..+ ||+.|++.+++.++..++.++..
T Consensus 152 ~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (438)
T 3o7q_A 152 HFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKF 231 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC
Confidence 99999999999999999999999988 5544 99999888877766665554432
Q ss_pred cccccccCCccccchhhhhhcccccccccCCcccccccchhhhhhhccccchhhhhhhhhhhhhhhHHhhcchhHHHHHH
Q 014628 132 PLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEGSEASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVL 211 (421)
Q Consensus 132 p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 211 (421)
||..++.+++++. ++..+++++++++|.++...+
T Consensus 232 p~~~~~~~~~~~~----------------------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 265 (438)
T 3o7q_A 232 PALQSDNHSDAKQ----------------------------------------------GSFSASLSRLARIRHWRWAVL 265 (438)
T ss_dssp CCCTTTCCCCSST----------------------------------------------TSHHHHHHHHTTCSHHHHHHH
T ss_pred Ccccccccccccc----------------------------------------------cchhhhHHHHHhChHHHHHHH
Confidence 3322110000000 011235677889999999888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhHH-HHHhhCCccchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 212 GYIAYNFVIGAYSYWGPKA-GYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCL 289 (421)
Q Consensus 212 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (421)
..++..........+.|.| +++.++.+.... .+.....++.+++.++.+++.||+++| +.+..+.++..+..+
T Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (438)
T 3o7q_A 266 AQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPH-----KVLAAYALIAMALCL 340 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH-----HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888888889999999 888878776544 444667788899999999999999998 677666666666665
Q ss_pred HHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHhhhccccchhhhH
Q 014628 290 TAFCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTL 369 (421)
Q Consensus 290 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~ 369 (421)
.....++.+.. ....+.+++.+...+....+..+.+|++ ++.+.++.. ... +|..++|.+.|++.|..|++...+.
T Consensus 341 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~-~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~ 416 (438)
T 3o7q_A 341 ISAFAGGHVGL-IALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTI-IGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAEL 416 (438)
T ss_dssp HHHHCCHHHHH-HHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTT-HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGH
T ss_pred HHHHcCCcHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 55555555443 3446666777777788888888988866 888888874 444 5889999999999999876777777
Q ss_pred HHHHHH
Q 014628 370 ALTSIF 375 (421)
Q Consensus 370 ~~~~~~ 375 (421)
+.+.+.
T Consensus 417 ~~~~~~ 422 (438)
T 3o7q_A 417 IPALCF 422 (438)
T ss_dssp HHHHHH
T ss_pred HHHHHH
Confidence 654443
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=7.5e-36 Score=279.29 Aligned_cols=378 Identities=14% Similarity=0.094 Sum_probs=239.2
Q ss_pred ccccchhhHHHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHhhhh------------------hhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhcc
Q 014628 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCG------------------SSFDFWSIAICRMLVGVGEASFIS 63 (421)
Q Consensus 2 lg~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~ 63 (421)
+|.++|++++|+++||+|||+++.++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|++.|+..+
T Consensus 66 ~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~ 145 (491)
T 4gc0_A 66 IGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASM 145 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 57889999999999999999999999999999999988 478999999999999999999999
Q ss_pred chhhhhhccCCCCCchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHhHHhhhh--------cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Q 014628 64 LAAPFIDDNAPVPQKTAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGS--------HLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQL 135 (421)
Q Consensus 64 ~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~--------~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~ 135 (421)
....+++|+.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+.. ..+||+.+.+..++.++..+. .+..||++
T Consensus 146 ~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~peSp 224 (491)
T 4gc0_A 146 LSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLML-LYTVPESP 224 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHH-GGGSCCCH
T ss_pred HHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhh-hhcCCCCh
Confidence 999999999999999999999999999999999988877653 246888888887776555544 44458887
Q ss_pred cccCCccccchhhhhhcccccccccCCcccccccchhhhhhhccccchhhhhhhhhhhhhhhHHhhcchhHHHHHHH-HH
Q 014628 136 KGFAPAESGKAQVVASVSEGSEASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLG-YI 214 (421)
Q Consensus 136 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~ 214 (421)
++...+++.++.. +..++....+. ..++..+..+.. ...++ .......++.+........ .+
T Consensus 225 ~~L~~~~~~~~a~--~~l~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~-------~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (491)
T 4gc0_A 225 RWLMSRGKQEQAE--GILRKIMGNTL-------ATQAVQEIKHSL-------DHGRK-TGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIF 287 (491)
T ss_dssp HHHHHTTCHHHHH--HHHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHH-------HHHHH-HTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHcCchhHHH--HhHHHhcCCch-------hHHHHHHHHHHH-------Hhhhh-hhhHHHHhcccHHHHHHHHHHH
Confidence 7643222221111 10000000000 000000000000 00000 0111122333333333332 23
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhCCccchhHHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Q 014628 215 AYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADMMFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCLTAFC- 293 (421)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 293 (421)
......+.+..|.|.+.++....+........+..+..+++.++++++.||+||| +.+........+.++....
T Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr-----~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 362 (491)
T 4gc0_A 288 QQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRK-----PLQIIGALGMAIGMFSLGTA 362 (491)
T ss_dssp HHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCc-----chhccchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333455666777776666544443333445666788889999999999999998 5555444444333322211
Q ss_pred ---hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccC-chhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHhhhccc-----cc
Q 014628 294 ---LSSLYGFLALFTVGELLVFATQA-PVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVN-----NW 364 (421)
Q Consensus 294 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-----~~ 364 (421)
..+.+..++...+...+.+.... ..+.+..|.+|++.|+++.|+.+...+. ++++++.+.+.+.+... +.
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~-~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~ 441 (491)
T 4gc0_A 363 FYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWL-ANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHN 441 (491)
T ss_dssp HHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTT
T ss_pred HhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Confidence 11222333333333334343333 4467888999999999999999766666 77778878777655321 12
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcc-ccccccccccccccC
Q 014628 365 RKTTLALTSIFFLAAGIWFVGIFLKS-IDKFNEDGENQISLD 405 (421)
Q Consensus 365 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (421)
...+++++++.+++.++. +.++|| |+|+.||.|+..+++
T Consensus 442 ~~~~~i~~~~~~~~~i~~--~~~~PETkg~tLeei~~~f~~~ 481 (491)
T 4gc0_A 442 GFSYWIYGCMGVLAALFM--WKFVPETKGKTLEELEALWEPE 481 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHCCCCTTCCHHHHGGGTC--
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHH--HheecCCCCCCHHHHHHHhCCC
Confidence 234555555444444332 335676 889998888776543
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=7.7e-34 Score=256.22 Aligned_cols=312 Identities=14% Similarity=0.067 Sum_probs=241.4
Q ss_pred ccccchhhHHHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCCCCchhH
Q 014628 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQKTAW 81 (421)
Q Consensus 2 lg~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~ 81 (421)
+++.++++++|+++||+|||+++..+.++..++.++.+++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|+++
T Consensus 46 ~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 125 (375)
T 2gfp_A 46 LTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHA 125 (375)
T ss_dssp HHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHH
Confidence 45678999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhHHHhHHhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCccccchhhhhhcccccccccC
Q 014628 82 LSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEGSEASNL 161 (421)
Q Consensus 82 ~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 161 (421)
+++.+.+..+|..++|.+++.+.++.+||+.|++.+++.++..+..++..||++++.++ +++
T Consensus 126 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~---------------- 187 (375)
T 2gfp_A 126 NSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP--RTR---------------- 187 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC--CCC----------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc--ccc----------------
Confidence 99999999999999999999999989999999999888777666555555654322100 000
Q ss_pred CcccccccchhhhhhhccccchhhhhhhhhhhhhhhHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhCCccch
Q 014628 162 NDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNAD 241 (421)
Q Consensus 162 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 241 (421)
..+++++++++|.++...+..++.......+..+.|.|+++..+.++..
T Consensus 188 -------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 236 (375)
T 2gfp_A 188 -------------------------------LLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMT 236 (375)
T ss_dssp -------------------------------TTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHH
T ss_pred -------------------------------HHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH
Confidence 0123445677888888888888888888889999999998877776544
Q ss_pred h-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHH-HHHHHHHHHHHh--hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCc
Q 014628 242 M-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAAT-FLGAISCLTAFC--LSSLYGFLALFTVGELLVFATQAP 317 (421)
Q Consensus 242 ~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 317 (421)
. .......++.+++.++.+++.||.+++ ....... ............ .++.+...+..++.+++.+...+.
T Consensus 237 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 311 (375)
T 2gfp_A 237 VSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL-----MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPL 311 (375)
T ss_dssp HHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH-----HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHH
Confidence 4 344666677788888888888887663 2222211 111111111111 234555556667778888888899
Q ss_pred hhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHhhhccccchhhhHH
Q 014628 318 VNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLA 370 (421)
Q Consensus 318 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~ 370 (421)
...+..+..| ++|+++.|+.+...+. |..++|.+.|.+.+..+ +...+..
T Consensus 312 ~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~g~l~~~~~-~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 312 ATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNI-GSGVLASLSAMLPQTGQ-GSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp THHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHCCSTTCTHHHHHHH-HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhcCCc-ccHHHHH
Confidence 9999999987 8999999999766665 88999999999987543 5454444
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.1e-32 Score=257.82 Aligned_cols=376 Identities=11% Similarity=-0.027 Sum_probs=239.3
Q ss_pred ccccchhhHHHHhhhh-cCCchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCCCC--c
Q 014628 2 VGLLVASPIFASLAKS-HNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQ--K 78 (421)
Q Consensus 2 lg~~i~~~~~g~l~Dr-~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r 78 (421)
++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++ |
T Consensus 65 ~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r 144 (491)
T 4aps_A 65 SMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRR 144 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccc
Confidence 4678899999999999 899999999999999999999999999999999999999999999999999999999988 7
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHhhhHHHhHHhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCcccc-chh-hhhhccccc
Q 014628 79 TAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESG-KAQ-VVASVSEGS 156 (421)
Q Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~ 156 (421)
+.++++++.+.++|..++|.+++.+.++.|||+.|++.++..++..++.++..|+..++..++++. ... +.++..+..
T Consensus 145 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (491)
T 4aps_A 145 DAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKV 224 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHC
T ss_pred eeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHH
Confidence 778888999999999999999999999999999999988777666655554444432221111110 000 000000000
Q ss_pred -------------ccccCCcccccccchhhhhhhccccchhhhhhhhhhhhhhhHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 157 -------------EASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGAY 223 (421)
Q Consensus 157 -------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 223 (421)
....+..+.++.. ...... ............+++.....+...+....+...+........+...
T Consensus 225 g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 302 (491)
T 4aps_A 225 SLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYI-NLLTIV-AIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQG 302 (491)
T ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHH-HHHHHH-HHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccch-hhhhHH-HHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Confidence 0000000000000 000000 0000000000000000001111112223344444444455555566
Q ss_pred HHHhhHHHHHhhCCcc-chhHHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--------
Q 014628 224 SYWGPKAGYNIYHMSN-ADMMFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCLTAFCL-------- 294 (421)
Q Consensus 224 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------- 294 (421)
..++|.|..+..+.+. ..........+..+++.++.+++.||++||+......+..+..+..+.+......
T Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (491)
T 4aps_A 303 SVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSG 382 (491)
T ss_dssp GTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCT
T ss_pred cHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Confidence 6778888888776663 2334446667788888999999999999885433233334444444443333222
Q ss_pred -hhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHhhhccccchhhhHHHHH
Q 014628 295 -SSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLALTS 373 (421)
Q Consensus 295 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~ 373 (421)
.+.+......++.+++.+...+....+..+.+|++.|+++.|+.+...+. |..++|.+.+.+.+. ++...+...+.
T Consensus 383 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~ 459 (491)
T 4aps_A 383 KVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSV-GSALNAQLVTLYNAK--SEVAYFSYFGL 459 (491)
T ss_dssp TCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHH-HHHHHHHHGGGGGGS--STTHHHHHTHH
T ss_pred CccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhcc--cHHHHHHHHHH
Confidence 14455566667777777787888899999999999999999999766665 889999998888774 34456666555
Q ss_pred HHHHHHHHH
Q 014628 374 IFFLAAGIW 382 (421)
Q Consensus 374 ~~~~~~~~~ 382 (421)
+.+++.++.
T Consensus 460 ~~~~~~~~~ 468 (491)
T 4aps_A 460 GSVVLGIVL 468 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH
Confidence 554444443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=2.9e-29 Score=229.05 Aligned_cols=331 Identities=13% Similarity=0.025 Sum_probs=209.1
Q ss_pred ccccchhhHHHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHH---hhhhhhhhHH-HHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCC--
Q 014628 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFAT---AGCGSSFDFW-SIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPV-- 75 (421)
Q Consensus 2 lg~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~-- 75 (421)
+++.++++++|+++||+|||++++++..+++++. ....+++... .+...+++.|++.+...+.....+.++.++
T Consensus 54 ~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 133 (417)
T 2cfq_A 54 LFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVS 133 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhh
Confidence 4677899999999999999999999888775532 2123333221 244567777776666555555555555543
Q ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHhHHhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCccccchhhhhhcccc
Q 014628 76 PQKTAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEG 155 (421)
Q Consensus 76 ~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 155 (421)
++++..++......++|..++|.+++++.+ .+||+.|++.+++.++..+..++..||+++. .++++ .
T Consensus 134 ~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~-~-------- 200 (417)
T 2cfq_A 134 RRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSS---ATVAN-A-------- 200 (417)
T ss_dssp HHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCS---SCSSS-S--------
T ss_pred hhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccc---ccccc-c--------
Confidence 346777888888899999999999999887 4899999988776544444333332332110 00000 0
Q ss_pred cccccCCcccccccchhhhhhhccccchhhhhhhhhhhhhhhHHhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhh
Q 014628 156 SEASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIY 235 (421)
Q Consensus 156 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (421)
++ + +.++. ..++.++++++|.++...+..+.....+..+..+.|.|+.+.+
T Consensus 201 -------~~--~--------~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 251 (417)
T 2cfq_A 201 -------VG--A--------NHSAF------------SLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFF 251 (417)
T ss_dssp -------SS--S--------CCCCC------------CHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred -------cc--c--------ccccc------------cHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 0 00000 0123456677888877666555555555566667888887655
Q ss_pred CCc---cchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 236 HMS---NADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCLTAFCLSSLYGFLALFTVGELLV 311 (421)
Q Consensus 236 ~~~---~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (421)
+.. .... ....+..++.+++.++.++++||++|| +.+..+..+..+..+.....++.+...+...+.+++.
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~-----~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 326 (417)
T 2cfq_A 252 ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK-----NALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEV 326 (417)
T ss_dssp SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHH
T ss_pred hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 422 1111 233455567788899999999999998 6665555555444444433444444444444444444
Q ss_pred HhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHHH-HHHHHhhcccCcchhHHHhhhccccchhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 312 FATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAIS-TVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGI 381 (421)
Q Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 381 (421)
....+....+..|..|++.|+++.++. +...+. |+.++|.+.|++.|..| +...|.+.+++.+++.++
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~l-g~~~gp~l~G~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~l~~~~~ 395 (417)
T 2cfq_A 327 PFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQL-AMIFMSVLAGNMYESIG-FQGAYLVLGLVALGFTLI 395 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHH-HHHHHTHHHHTHHHHSH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHhhhhHHHHHHhcC-cHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444455677889999999999999984 444444 88899999999998765 666676666665555443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=3.3e-27 Score=222.46 Aligned_cols=131 Identities=15% Similarity=0.129 Sum_probs=117.6
Q ss_pred ccccchhhHHHHhhhhc-CCchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh-hHHHHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCCCCch
Q 014628 2 VGLLVASPIFASLAKSH-NPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSF-DFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQKT 79 (421)
Q Consensus 2 lg~~i~~~~~g~l~Dr~-Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~ 79 (421)
+++.++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+
T Consensus 65 ~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~ 144 (524)
T 2xut_A 65 IGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKS 144 (524)
T ss_dssp HHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchH
Confidence 45678899999999999 999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred hHHHH---HHHHHHHHhhhHHHhHHhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Q 014628 80 AWLSM---FYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKP 132 (421)
Q Consensus 80 ~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p 132 (421)
++.+. ++.+.++|.+++|.+++.+.+..|||+.|++.+++.++..++.++..|
T Consensus 145 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 200 (524)
T 2xut_A 145 LAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRK 200 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 76666 999999999999999999999889999999998877666555544333
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.54 E-value=2.5e-13 Score=125.12 Aligned_cols=171 Identities=16% Similarity=0.094 Sum_probs=132.2
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhCCccchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHH
Q 014628 203 EKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAAT 281 (421)
Q Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (421)
++.+....+..+........+...+|.+.++. .+..+. .+.+...++..++.++.|+++||+||| +.+..+.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r-----~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG--FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPR-----VFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST--TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH-----HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCch-----HHHHHHH
Confidence 34455555555566666666677788777665 554344 455778889999999999999999998 7777777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHh----hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHh
Q 014628 282 FLGAISCLTAFC----LSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVL 357 (421)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 357 (421)
++..+..++... .++.+.+++..++.+++.+...+....++.|.+|+++|++++++.+..... |.+++|.+.+++
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l 178 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNV-GGGIPPLLFLLG 178 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHTSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH
Confidence 777777777666 677777888888889998888899999999999999999999999766665 999999999998
Q ss_pred hhccccchhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 358 QDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGI 381 (421)
Q Consensus 358 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 381 (421)
.+..++|+..+++.+.+.++..++
T Consensus 179 ~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~ 202 (451)
T 1pw4_A 179 MAWFNDWHAALYMPAFCAILVALF 202 (451)
T ss_dssp HHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877655888888777665554443
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.50 E-value=5.5e-13 Score=124.30 Aligned_cols=172 Identities=11% Similarity=0.039 Sum_probs=138.0
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHh-----hCCccchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhh-hccccchhhHH
Q 014628 204 KVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNI-----YHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQ-MGATISNAFKL 276 (421)
Q Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~~~~~~~~~ 276 (421)
+.++...+..++..+.++....+++.|+.+. ++.+.... ...+...++..++.++.|+++|| +||| +.
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r-----~~ 87 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGAR-----PA 87 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHH-----HH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccch-----HH
Confidence 4566666667777788888888999999887 78876555 44577788999999999999999 8998 78
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCchhhhhhcccCCch--hhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhH
Q 014628 277 LSAATFLGAISCLTAFCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSL--RALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLV 354 (421)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 354 (421)
+..+.++..+..+.....++.+..++..++.+++.+...+....++.|.+|+++ |+.+.++.+...+. |..++|.+.
T Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 88 VFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINL-GAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHH-HHHHHHHHH
Confidence 888877777777777777788888888888888888888889999999999987 77788888666565 889999999
Q ss_pred HHhhhccccchhhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 355 GVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGIW 382 (421)
Q Consensus 355 g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (421)
+.+.+..| |+..+++.+...+++.+..
T Consensus 167 ~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 193 (491)
T 4aps_A 167 GAAQEAAG-YHVAFSLAAIGMFIGLLVY 193 (491)
T ss_dssp HHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhh-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998766 7788877666555544443
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.45 E-value=2.1e-12 Score=118.43 Aligned_cols=150 Identities=9% Similarity=0.042 Sum_probs=116.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhCCccchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHHHHHH
Q 014628 207 VVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGA 285 (421)
Q Consensus 207 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 285 (421)
....+..+.............|.+. +.++.+..+. .+.+...++..++.++.|+++||+||| +.+..+.++..
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r-----~~l~~~~~~~~ 102 (438)
T 3o7q_A 29 ALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQ-QAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYK-----AGIITGLFLYA 102 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHH-----HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcch-----HHHHHHHHHHH
Confidence 3334444555555566666777754 4467776554 445777888999999999999999999 77777777776
Q ss_pred HHHHHH---HhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHhh-hcc
Q 014628 286 ISCLTA---FCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQ-DHV 361 (421)
Q Consensus 286 ~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~-~~~ 361 (421)
+..++. ...++.+.+++..++.+++.+...+....++.+.+|+++|+++.++.+..... |..++|.+.+.+. +..
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l~~~~~ 181 (438)
T 3o7q_A 103 LGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSF-GAIIAVVFGQSLILSNV 181 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTTHHHHTSS
T ss_pred HHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 666665 55677888888888899999999889999999999999999999999766665 9999999999998 554
Q ss_pred cc
Q 014628 362 NN 363 (421)
Q Consensus 362 g~ 363 (421)
+.
T Consensus 182 ~~ 183 (438)
T 3o7q_A 182 PH 183 (438)
T ss_dssp CC
T ss_pred cc
Confidence 43
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.40 E-value=5.4e-12 Score=118.60 Aligned_cols=172 Identities=12% Similarity=0.008 Sum_probs=131.4
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhC------Cccchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhh-ccccchhh
Q 014628 203 EKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYH------MSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQM-GATISNAF 274 (421)
Q Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~ 274 (421)
++.++...+..++....++....++|.|+.+..+ .+.... ...+...++..++.++.|+++||+ |||
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r----- 85 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKY----- 85 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSH-----
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----
Confidence 3556666677777788888888999999988777 665554 445777888899999999999999 998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hhHHHHHHHHHHHHHHHhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHH---HHHHHHhhcccCc
Q 014628 275 KLLSAATFLGAISCLTAFCLS-SLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAI---STVSIHIFGDVPS 350 (421)
Q Consensus 275 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~g~~~~ 350 (421)
+.+..+.++..+..++....+ +.+.+++..++.+++.+...+....++.+.+|+++|+++.+. .+...+. |..++
T Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~g 164 (524)
T 2xut_A 86 NTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINF-GSFFA 164 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHH
Confidence 777777776666666666666 777777777888888888888899999999999999876666 6555555 88899
Q ss_pred chhHHHhhhccccchhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 351 SPLVGVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGI 381 (421)
Q Consensus 351 ~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 381 (421)
|.+.+.+.+..+ |+..+.+.+.+.++..+.
T Consensus 165 ~~~~~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 194 (524)
T 2xut_A 165 SLSMPLLLKNFG-AAVAFGIPGVLMFVATVF 194 (524)
T ss_dssp HHTSTHHHHTSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcccc-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999988755 777777666654444433
No 12
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.39 E-value=5.5e-13 Score=121.40 Aligned_cols=130 Identities=8% Similarity=0.033 Sum_probs=112.6
Q ss_pred ccchhhHHHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCCCCchhHHH
Q 014628 4 LLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQKTAWLS 83 (421)
Q Consensus 4 ~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~ 83 (421)
.+++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....++.|.+|++.|+++.+
T Consensus 272 ~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g 351 (417)
T 2cfq_A 272 NASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYL 351 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHH
Confidence 45678999999999999999999998888888888888888888888888888877777777889999999999999999
Q ss_pred H-HHHHHHHHhhhHHHhHHhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Q 014628 84 M-FYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPL 133 (421)
Q Consensus 84 ~-~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 133 (421)
. ++....+|..++|.+++.+.+..|++..|.+.+++.++..++.++..||
T Consensus 352 ~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 402 (417)
T 2cfq_A 352 VCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSG 402 (417)
T ss_dssp HHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCC
T ss_pred HHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
Confidence 8 5888889999999999999998899999999988877777766655554
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.31 E-value=5.7e-12 Score=113.04 Aligned_cols=159 Identities=14% Similarity=0.079 Sum_probs=119.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhCCccchh-HHHhhhhHHHHHHhhhhhHHHhhhccccchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 014628 210 VLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISC 288 (421)
Q Consensus 210 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (421)
.+..++.......+....|.+.++ .+.++.+. ...+...++..++.+..|+++||+||| +.+..+.....+..
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r-----~~~~~~~~~~~~~~ 79 (375)
T 2gfp_A 6 VLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRR-----PVILVGMSIFMLAT 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCC-----CCCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCc-----hhHHHHHHHHHHHH
Confidence 344445555555666667766544 66665444 445777888999999999999999998 66666666666666
Q ss_pred HHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCchhhhhhcccCCchhhHHHHHHHHHHHhhcccCcchhHHHhhhccccchhhh
Q 014628 289 LTAFCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTT 368 (421)
Q Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~ 368 (421)
+.....++.+...+..++.+++.+...+....++.|..|+++|++++++.+..... |..++|.+.+++.+..+ |+..+
T Consensus 80 ~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~l~~~~~-~~~~~ 157 (375)
T 2gfp_A 80 LVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILV-SPLLAPLIGGLLDTMWN-WRACY 157 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSSCHHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhHHHHHHHHHhcc-HHHHH
Confidence 66666677777777888888888888888899999999999999999999766665 99999999999988755 66666
Q ss_pred HHHHHHHH
Q 014628 369 LALTSIFF 376 (421)
Q Consensus 369 ~~~~~~~~ 376 (421)
.+.+...+
T Consensus 158 ~~~~~~~~ 165 (375)
T 2gfp_A 158 LFLLVLCA 165 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 65555443
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.03 E-value=1.9e-09 Score=100.25 Aligned_cols=132 Identities=10% Similarity=0.036 Sum_probs=97.4
Q ss_pred ccchhhHHHHhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh-----hHHHHHHHHHHhhhhhhhhccchhhhhhccCCCCCc
Q 014628 4 LLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSF-----DFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQK 78 (421)
Q Consensus 4 ~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r 78 (421)
..++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+... +...+...-+..+.......+....+.+|.+|.+.|
T Consensus 325 ~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R 404 (491)
T 4gc0_A 325 NLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIR 404 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHH
Confidence 456788999999999999999998888877776654331 222222222222222223446677899999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHhhhHHHhHHhhhh------cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Q 014628 79 TAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGS------HLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQL 135 (421)
Q Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~------~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~ 135 (421)
++++++......+|..+++.+...+.+ ..++.+.|++.++++++..+..+++.||+.
T Consensus 405 ~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 405 GKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 999999999999999988887766543 345667889999988888888888889864
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=62.85 E-value=3.7 Score=18.62 Aligned_cols=14 Identities=21% Similarity=0.363 Sum_probs=11.4
Q ss_pred HHHHhhhhcCCchH
Q 014628 10 IFASLAKSHNPFRL 23 (421)
Q Consensus 10 ~~g~l~Dr~Grr~~ 23 (421)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
No 16
>2dw3_A Intrinsic membrane protein PUFX; quinone exchange, photosynthesis, light- harvesting, GXXXG motif, dimerization; NMR {Rhodobacter sphaeroides} PDB: 2ita_A
Probab=29.20 E-value=1.1e+02 Score=19.24 Aligned_cols=30 Identities=17% Similarity=0.307 Sum_probs=14.9
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccc
Q 014628 108 NWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKG 137 (421)
Q Consensus 108 ~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~ 137 (421)
||-.++.+...+.++..-..=.++||..+.
T Consensus 31 g~AAv~f~~~~~~lv~l~~iG~~LPE~Sr~ 60 (77)
T 2dw3_A 31 GWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQ 60 (77)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTCSS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCchhccc
Confidence 455555555444444433344455775444
Done!