Query 014646
Match_columns 421
No_of_seqs 515 out of 1271
Neff 11.5
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 15:19:04 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/014646.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/014646hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 2.6E-37 8.9E-42 286.1 23.9 348 2-383 73-431 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.6E-35 9E-40 271.5 29.3 321 2-377 72-424 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.6E-36 8.8E-41 282.4 22.7 378 2-405 66-481 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 4.3E-34 1.5E-38 257.9 12.5 313 2-371 46-362 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.4E-32 4.7E-37 257.1 22.9 376 2-383 65-469 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 2.1E-29 7.2E-34 230.0 11.6 332 2-382 54-396 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 3.8E-27 1.3E-31 222.0 14.3 129 2-130 65-198 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 2.7E-13 9.3E-18 124.9 19.4 172 203-382 27-203 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 5.4E-13 1.8E-17 124.3 16.8 173 204-383 13-194 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 1.3E-12 4.5E-17 119.8 16.9 151 206-363 28-183 (438)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 5.1E-12 1.7E-16 118.8 15.2 173 203-382 11-195 (524)
12 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 7.4E-13 2.5E-17 120.5 6.7 131 3-133 271-402 (417)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 7.4E-12 2.5E-16 112.3 12.1 162 210-379 6-168 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.0 1.1E-09 3.7E-14 101.9 9.9 131 4-135 325-467 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 61.6 3.9 0.00013 18.5 1.2 14 10-23 2-15 (26)
16 2dw3_A Intrinsic membrane prot 29.1 1.1E+02 0.0038 19.2 4.4 31 108-138 31-61 (77)
17 2zz9_A Aquaporin-4; water tran 21.7 1E+02 0.0034 25.9 4.3 26 106-131 204-229 (301)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=2.6e-37 Score=286.08 Aligned_cols=348 Identities=13% Similarity=0.105 Sum_probs=265.0
Q ss_pred ccccchhhHHHhhhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHhhhcc----cchhHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccccCCCCC
Q 014646 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGS----SFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQ 77 (421)
Q Consensus 2 lg~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 77 (421)
+++.++++++|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++
T Consensus 73 ~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 152 (451)
T 1pw4_A 73 IAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKE 152 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchh
Confidence 467889999999999999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred chhHHHHHHhHHHHHhHHHHHHHHHhhcccc-hhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCcccccchhhhcccccc
Q 014646 78 KTAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLN-WRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEGS 156 (421)
Q Consensus 78 r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~g-wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 156 (421)
|++++++.+.+..+|.+++|.+++.+.+..| ||+.|++.+++.++..++.++..||++++...+++++..
T Consensus 153 r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------- 223 (451)
T 1pw4_A 153 RGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYK--------- 223 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTC---------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhc---------
Confidence 9999999999999999999999999888888 999999999988887777777777754432111110000
Q ss_pred cccCCCccccccchhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhhHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhc
Q 014646 157 EASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYH 236 (421)
Q Consensus 157 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (421)
+. . .++ .+.+.+++. ..++ ...++++++|.++...+..++..........+.|.|+++..+
T Consensus 224 -~~-~----~~~----~~~~~~~~~-------~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g 284 (451)
T 1pw4_A 224 -ND-Y----PDD----YNEKAEQEL-------TAKQ--IFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKH 284 (451)
T ss_dssp -CC-----------------------------CCTH--HHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSC
T ss_pred -cc-c----ccc----chhhhhccc-------cccc--chHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 00 0 000 000000000 0000 114567789999998888888888888999999999998888
Q ss_pred cchhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhh--cccccchhhHHHHHHHHHH-HHHHHHHhh--chhHHHHHHHHHHHHH
Q 014646 237 MSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQM--GATISNAFKLLSAATFLGA-ISCLTAFCL--SSLYGFLALFTVGELL 310 (421)
Q Consensus 237 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (421)
.++... .......++.+++.++.+++.||+ ++| +.+.....+.. +..+..... .+.+.......+.+++
T Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 359 (451)
T 1pw4_A 285 FALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR-----GATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFL 359 (451)
T ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc-----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 876544 445667788999999999999999 877 55554444444 333333333 2455555566666676
Q ss_pred HhccccchhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHhhhhhhchhhhhhHHHHHHHHHHHHhh
Q 014646 311 VFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGIWF 383 (421)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (421)
.+...+....+..+.+|+++|+++.|+.+...+.+|..++|.+.|.+.|..| +...+++.+++.+++.++.+
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (451)
T 1pw4_A 360 IYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFG-WDGGFMVMIGGSILAVILLI 431 (451)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-SHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6677777788999999999999999999766555488889999999999876 77777777776666655544
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.6e-35 Score=271.54 Aligned_cols=321 Identities=16% Similarity=0.185 Sum_probs=254.6
Q ss_pred ccccchhhHHHhhhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHhhh---cccchhHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccccCCCCCc
Q 014646 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGC---GSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQK 78 (421)
Q Consensus 2 lg~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r 78 (421)
+++.++++++|+++||+|||++++++.++.+++.+++ +++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|
T Consensus 72 ~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r 151 (438)
T 3o7q_A 72 FGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSG 151 (438)
T ss_dssp HHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTH
T ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhH
Confidence 4678899999999999999999999999999999999 8999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHhHHHHHhHHHHHHHHHhh-cccc-------------------------hhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcc-
Q 014646 79 TAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVG-SHLN-------------------------WRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIK- 131 (421)
Q Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~-~~~g-------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 131 (421)
++++++.+.+.++|.+++|.+++.+. +..+ ||+.|++.+++.++..++.++..
T Consensus 152 ~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (438)
T 3o7q_A 152 HFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKF 231 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC
Confidence 99999999999999999999999988 5554 99999988877766665554432
Q ss_pred cccccccCCcccccchhhhcccccccccCCCccccccchhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhhHhhhchhhHHHHHH
Q 014646 132 PLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEGSEASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVL 211 (421)
Q Consensus 132 p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 211 (421)
||.+++.+++++ .++..+++++++++|.++...+
T Consensus 232 p~~~~~~~~~~~----------------------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 265 (438)
T 3o7q_A 232 PALQSDNHSDAK----------------------------------------------QGSFSASLSRLARIRHWRWAVL 265 (438)
T ss_dssp CCCTTTCCCCSS----------------------------------------------TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHH
T ss_pred Cccccccccccc----------------------------------------------ccchhhhHHHHHhChHHHHHHH
Confidence 332211000000 0001235677889999999888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhH-HHHhhccchhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 014646 212 GYIAYNFVIGAYSYWGPKA-GYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCL 289 (421)
Q Consensus 212 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (421)
..++..........+.|.| +++.++.++... .......++.+++.++.+++.||+++| +.+....++..+..+
T Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (438)
T 3o7q_A 266 AQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPH-----KVLAAYALIAMALCL 340 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH-----HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888888889999999 888878776544 445667788899999999999999998 777666666666666
Q ss_pred HHHhhchhHHHHHHHHHHHHHHhccccchhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHhhhhhhchhhhhh
Q 014646 290 TAFCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTL 369 (421)
Q Consensus 290 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~ 369 (421)
+....++.+.. ....+.+++.+...+....+..+.+|++ ++.+.++.+ ... +|..++|.+.|++.|..|++...+.
T Consensus 341 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~-~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~ 416 (438)
T 3o7q_A 341 ISAFAGGHVGL-IALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTI-IGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAEL 416 (438)
T ss_dssp HHHHCCHHHHH-HHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTT-HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGH
T ss_pred HHHHcCCcHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 65555555443 3446666777777788888888888866 888888874 444 5889999999999999876777777
Q ss_pred HHHHHHHH
Q 014646 370 ALTSIFFL 377 (421)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~ 377 (421)
+.+.+.++
T Consensus 417 ~~~~~~~~ 424 (438)
T 3o7q_A 417 IPALCFAV 424 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 66544433
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.6e-36 Score=282.39 Aligned_cols=378 Identities=14% Similarity=0.108 Sum_probs=239.6
Q ss_pred ccccchhhHHHhhhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHhhhc------------------ccchhHHHHHHHHHhhhhhhhhcc
Q 014646 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCG------------------SSFDFWSIAICRMLVGVGEASFIS 63 (421)
Q Consensus 2 lg~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~ 63 (421)
+|+++|++++|+++||+|||++++++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|++.|...+
T Consensus 66 ~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~ 145 (491)
T 4gc0_A 66 IGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASM 145 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 68889999999999999999999999999999999988 478999999999999999999999
Q ss_pred cccccccccCCCCCchhHHHHHHhHHHHHhHHHHHHHHHhhc--------ccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccccc
Q 014646 64 LAAPFIDDNAPVPQKTAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGS--------HLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQL 135 (421)
Q Consensus 64 ~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~--------~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~ 135 (421)
....+++|+.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+.. ..+||+.+.+..++.++..+. .+..||++
T Consensus 146 ~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~peSp 224 (491)
T 4gc0_A 146 LSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLML-LYTVPESP 224 (491)
T ss_dssp HHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHH-GGGSCCCH
T ss_pred HHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhh-hhcCCCCh
Confidence 999999999999999999999999999999999998877653 245888888887776555444 44558888
Q ss_pred cccCCcccccchhhhcccccccccCCCccccccchhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhhHhhhchhhHHHHH-HHHH
Q 014646 136 KGFAPAESGKAQVVASVSEGSEASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNV-LGYI 214 (421)
Q Consensus 136 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~-~~~~ 214 (421)
++...+++.++. .+..++....+. .++...+..+...+ .++ .......++.+...... ...+
T Consensus 225 ~~L~~~~~~~~a--~~~l~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (491)
T 4gc0_A 225 RWLMSRGKQEQA--EGILRKIMGNTL---ATQAVQEIKHSLDH-----------GRK-TGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIF 287 (491)
T ss_dssp HHHHHTTCHHHH--HHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHH-----------HHH-HTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHcCchhHH--HHhHHHhcCCch---hHHHHHHHHHHHHh-----------hhh-hhhHHHHhcccHHHHHHHHHHH
Confidence 764322221111 000000000000 00000000000000 000 01111223333333333 3333
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhccchhhHHHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHH--
Q 014646 215 AYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADMMFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCLTAF-- 292 (421)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 292 (421)
......+.+..|.|.+.++....+...........+..+++.++++++.||+||| +.+........+..+...
T Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr-----~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 362 (491)
T 4gc0_A 288 QQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRK-----PLQIIGALGMAIGMFSLGTA 362 (491)
T ss_dssp HHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCc-----chhccchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3344456666777776666544443333445667788899999999999999998 555544444433332221
Q ss_pred --hhchhHHHHHHHHHHHHHHhccc-cchhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHhhhhhh-----ch
Q 014646 293 --CLSSLYGFLALFTVGELLVFATQ-APVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVN-----NW 364 (421)
Q Consensus 293 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~-----~~ 364 (421)
...+....+....+...+.+... +..+.+..|.+|++.|++++|+.+...+. ++++++.+.+.+.+... +.
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~-~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~ 441 (491)
T 4gc0_A 363 FYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWL-ANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHN 441 (491)
T ss_dssp HHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTT
T ss_pred HhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Confidence 11222233333333333333333 34567888999999999999999766666 77778878777655321 12
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHhhhheeeec-ccccccccccccccC
Q 014646 365 RKTTLALTSIFFLAAGIWFVGIFLKS-IDKFNEDGENQISLD 405 (421)
Q Consensus 365 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (421)
...+++.+++.+++.++.+ .+.|| |+|+.||.|+..+++
T Consensus 442 ~~~~~i~~~~~~~~~i~~~--~~~PETkg~tLeei~~~f~~~ 481 (491)
T 4gc0_A 442 GFSYWIYGCMGVLAALFMW--KFVPETKGKTLEELEALWEPE 481 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHCCCCTTCCHHHHGGGTC--
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHH--heecCCCCCCHHHHHHHhCCC
Confidence 2345555555444443332 24566 899999888776543
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=4.3e-34 Score=257.89 Aligned_cols=313 Identities=14% Similarity=0.065 Sum_probs=241.9
Q ss_pred ccccchhhHHHhhhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccccCCCCCchhH
Q 014646 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQKTAW 81 (421)
Q Consensus 2 lg~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~ 81 (421)
+++.++++++|+++||+|||+++..+.++.+++.++.+++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|+++
T Consensus 46 ~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 125 (375)
T 2gfp_A 46 LTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHA 125 (375)
T ss_dssp HHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHH
Confidence 46778999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHhHHHHHHHHHhhcccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCcccccchhhhcccccccccCC
Q 014646 82 LSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEGSEASNL 161 (421)
Q Consensus 82 ~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 161 (421)
+++.+.+..+|..++|.+++.+.+..+||+.|++.+++.++..+..++..||++++.++ +++
T Consensus 126 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~---------------- 187 (375)
T 2gfp_A 126 NSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP--RTR---------------- 187 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC--CCC----------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc--ccc----------------
Confidence 99999999999999999999999988999999999887766655455555654322100 000
Q ss_pred CccccccchhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhhHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhccchhh
Q 014646 162 NDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNAD 241 (421)
Q Consensus 162 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 241 (421)
..+++++++++|.++...+..++.......+..+.|.|+++..+.++..
T Consensus 188 -------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 236 (375)
T 2gfp_A 188 -------------------------------LLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMT 236 (375)
T ss_dssp -------------------------------TTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHH
T ss_pred -------------------------------HHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH
Confidence 0123456778888988888888888888889999999999877777544
Q ss_pred H-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHH-HHHHHHHHHHHh--hchhHHHHHHHHHHHHHHhccccc
Q 014646 242 M-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAAT-FLGAISCLTAFC--LSSLYGFLALFTVGELLVFATQAP 317 (421)
Q Consensus 242 ~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 317 (421)
. .......++.+++.++.+++.||.+++ ....... ............ .++.+...+...+.+++.+...+.
T Consensus 237 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 311 (375)
T 2gfp_A 237 VSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL-----MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPL 311 (375)
T ss_dssp HHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH-----HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHH
Confidence 4 444666677788888888888887763 2222211 111111111111 234555556666777888888888
Q ss_pred hhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHhhhhhhchhhhhhHH
Q 014646 318 VNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLAL 371 (421)
Q Consensus 318 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 371 (421)
...+..+..| ++|+++.|+.+...+. |..++|.+.|.+.+..+ +...+...
T Consensus 312 ~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~g~l~~~~~-~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 312 ATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNI-GSGVLASLSAMLPQTGQ-GSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp THHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHCCSTTCTHHHHHHH-HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhcCCc-ccHHHHHH
Confidence 8999999887 8999999999766665 88999999999987644 65555543
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.4e-32 Score=257.09 Aligned_cols=376 Identities=10% Similarity=-0.039 Sum_probs=239.3
Q ss_pred ccccchhhHHHhhhhh-cCchHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccccCCCCC--c
Q 014646 2 VGLLVASPIFASLAKS-HNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQ--K 78 (421)
Q Consensus 2 lg~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r 78 (421)
+++.++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++ |
T Consensus 65 ~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r 144 (491)
T 4aps_A 65 SMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRR 144 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccc
Confidence 4678899999999999 899999999999999999999999999999999999999999999999999999999988 7
Q ss_pred hhHHHHHHhHHHHHhHHHHHHHHHhhcccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCcccccchhhhcccccccc
Q 014646 79 TAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEGSEA 158 (421)
Q Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 158 (421)
+.++++++.+.++|..++|.+++.+.+..|||+.|++.++..++..++.++..|+..++..++++.+... ++..+..+.
T Consensus 145 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 223 (491)
T 4aps_A 145 DAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAP-EEVKPLLVK 223 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSH-HHHHHHHHH
T ss_pred eeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCcccc-chhHHHHHH
Confidence 7788889999999999999999999998999999999887776666555544444322211111100000 000000000
Q ss_pred ----------------cCCCccccccchhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhhHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014646 159 ----------------SNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGA 222 (421)
Q Consensus 159 ----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 222 (421)
..+..+.++............. ........++.....++..+....+...+........+..
T Consensus 224 ~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (491)
T 4aps_A 224 VSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIP--VFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQ 301 (491)
T ss_dssp CCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHH--HHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 0000000000000000000000 0000000000000011111222334444444555555566
Q ss_pred HHHHhhhHHHHhhccch-hhHHHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-------
Q 014646 223 YSYWGPKAGYNIYHMSN-ADMMFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCLTAFCL------- 294 (421)
Q Consensus 223 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------- 294 (421)
...+.|.|.++..+.+. ..........+..+++.++.+++.||++||+......+..+..+..+..+.....
T Consensus 302 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 381 (491)
T 4aps_A 302 GSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTS 381 (491)
T ss_dssp GGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCC
T ss_pred ccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCC
Confidence 66778888888776663 2334446667788888999999999999885433233334444444443332221
Q ss_pred --chhHHHHHHHHHHHHHHhccccchhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHhhhhhhchhhhhhHHH
Q 014646 295 --SSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLALT 372 (421)
Q Consensus 295 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 372 (421)
.+.+.......+.+++.+...+....+..+.+|++.|+++.|+.+...+. |..++|.+.+.+.+. ++...+...+
T Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~ 458 (491)
T 4aps_A 382 GKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSV-GSALNAQLVTLYNAK--SEVAYFSYFG 458 (491)
T ss_dssp TTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHH-HHHHHHHHGGGGGGS--STTHHHHHTH
T ss_pred CCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhcc--cHHHHHHHHH
Confidence 24455556666777777777888899999999999999999999766665 888999998888774 3445666665
Q ss_pred HHHHHHHHHhh
Q 014646 373 SIFFLAAGIWF 383 (421)
Q Consensus 373 ~~~~~~~~~~~ 383 (421)
.+.+++.++.+
T Consensus 459 ~~~~~~~~~~~ 469 (491)
T 4aps_A 459 LGSVVLGIVLV 469 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 55555444443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=2.1e-29 Score=230.00 Aligned_cols=332 Identities=13% Similarity=0.028 Sum_probs=209.6
Q ss_pred ccccchhhHHHhhhhhcCchHHHHHHHHHHHHHH---hhhcccchhH-HHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccccCCC--
Q 014646 2 VGLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFAT---AGCGSSFDFW-SIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPV-- 75 (421)
Q Consensus 2 lg~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~-- 75 (421)
+++.++++++|+++||+|||++++++..+++++. ....+++... .+...+++.|++.+...+.....+.++.++
T Consensus 54 ~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 133 (417)
T 2cfq_A 54 LFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVS 133 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhh
Confidence 4677899999999999999999999888775532 2122332221 234567777776665555555555555543
Q ss_pred CCchhHHHHHHhHHHHHhHHHHHHHHHhhcccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccccccccCCcccccchhhhccccc
Q 014646 76 PQKTAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGFAPAESGKAQVVASVSEG 155 (421)
Q Consensus 76 ~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 155 (421)
++++..++.......+|..++|.+++++.+ .+||+.|++.++..++..+..++..||+++. .++++..
T Consensus 134 ~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~-------- 201 (417)
T 2cfq_A 134 RRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSS---ATVANAV-------- 201 (417)
T ss_dssp HHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCS---SCSSSSS--------
T ss_pred hhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccc---ccccccc--------
Confidence 345777788888889999999999999887 5899999988776544433333222332110 0000000
Q ss_pred ccccCCCccccccchhhhhhhhhcccccchhhhhhhhhhhhhHhhhchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhh
Q 014646 156 SEASNLNDHVSEDISDQASERSIKSIGESRFLNQLSQFSQDTKVLLQEKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIY 235 (421)
Q Consensus 156 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (421)
+. + .++ ...++.++++++|.++...+..+.....+..+..+.|.|+.+.+
T Consensus 202 ----~~--------------~-~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 251 (417)
T 2cfq_A 202 ----GA--------------N-HSA-----------FSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFF 251 (417)
T ss_dssp ----SS--------------C-CCC-----------CCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred ----cc--------------c-ccc-----------ccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 0 000 00123456778888877666555555555556667888876655
Q ss_pred ccc---hhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHH
Q 014646 236 HMS---NADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISCLTAFCLSSLYGFLALFTVGELLV 311 (421)
Q Consensus 236 ~~~---~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (421)
+.. .... ....+..++.+++.++.+++.||++|| +.+.....+..+..+.....++.+...+...+.+++.
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~-----~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 326 (417)
T 2cfq_A 252 ATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK-----NALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEV 326 (417)
T ss_dssp SSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHH
T ss_pred hccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 422 1111 233455567788899999999999998 6666555555544444433444444444444444444
Q ss_pred hccccchhhhhhcccCcchhHHHHHHH-HHHHHHhccCCchhHHHHhhhhhhchhhhhhHHHHHHHHHHHHh
Q 014646 312 FATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAIS-TVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGIW 382 (421)
Q Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (421)
....+....+..|..|++.|+++.++. +...+. |++++|.+.|++.|..| +...|.+.+++.+++.++.
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~l-g~~~gp~l~G~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~l~~~~~~ 396 (417)
T 2cfq_A 327 PFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQL-AMIFMSVLAGNMYESIG-FQGAYLVLGLVALGFTLIS 396 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHH-HHHHHTHHHHTHHHHSH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHhhhhHHHHHHhcC-cHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444455677889999999999999984 545444 88899999999999766 6677777666655555443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.94 E-value=3.8e-27 Score=222.05 Aligned_cols=129 Identities=15% Similarity=0.125 Sum_probs=116.7
Q ss_pred ccccchhhHHHhhhhhc-CchHHHHHHHHHHHHHHhhhcccc-hhHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccccCCCCCch
Q 014646 2 VGLLVASPIFASLAKSH-NPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSF-DFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQKT 79 (421)
Q Consensus 2 lg~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~ 79 (421)
+++.++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|+
T Consensus 65 ~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~ 144 (524)
T 2xut_A 65 IGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKS 144 (524)
T ss_dssp HHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchH
Confidence 45678999999999999 999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred hHHHH---HHhHHHHHhHHHHHHHHHhhcccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhc
Q 014646 80 AWLSM---FYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVI 130 (421)
Q Consensus 80 ~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 130 (421)
++.+. .+.+.++|.+++|.+++.+.+..|||+.|++.+++.++..++.++.
T Consensus 145 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 145 LAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 76666 9999999999999999999988899999999988776655554443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.55 E-value=2.7e-13 Score=124.88 Aligned_cols=172 Identities=16% Similarity=0.087 Sum_probs=133.5
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhccchhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHH
Q 014646 203 EKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAAT 281 (421)
Q Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (421)
++.+....+..+........+...+|.+.++. .+..+. ...+...++..++.++.|+++||+||| +.+..+.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r-----~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG--FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPR-----VFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST--TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH-----HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCch-----HHHHHHH
Confidence 44555555556666666666777788777765 454333 555778889999999999999999998 7777777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHh----hchhHHHHHHHHHHHHHHhccccchhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHh
Q 014646 282 FLGAISCLTAFC----LSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVL 357 (421)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 357 (421)
++..+..++... .++.+.+++..++.+++.+...+....++.|.+|+++|++++++.+..... |.+++|.+.+++
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l 178 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNV-GGGIPPLLFLLG 178 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHTSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH
Confidence 777777776666 677788888888888888888888999999999999999999999766665 999999999998
Q ss_pred hhhhhchhhhhhHHHHHHHHHHHHh
Q 014646 358 QDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGIW 382 (421)
Q Consensus 358 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (421)
.+..++|+..+++.+...++..++.
T Consensus 179 ~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 203 (451)
T 1pw4_A 179 MAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFA 203 (451)
T ss_dssp HHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8776558888888776655544433
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.50 E-value=5.4e-13 Score=124.35 Aligned_cols=173 Identities=11% Similarity=0.049 Sum_probs=138.9
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHh-----hccchhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHh-hcccccchhhH
Q 014646 204 KVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNI-----YHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQ-MGATISNAFKL 276 (421)
Q Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~~~~~~~~~ 276 (421)
+.++......++....++....+++.|+++. ++.+.... ...+...++..++.++.|+++|| +||| +.
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r-----~~ 87 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGAR-----PA 87 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHH-----HH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccch-----HH
Confidence 4566666667777788888888999999887 88876555 44577888999999999999999 8998 88
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHHhccccchhhhhhcccCcch--hHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHH
Q 014646 277 LSAATFLGAISCLTAFCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSL--RALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLV 354 (421)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 354 (421)
+..+.++..+..++....++.+..++..++.+++.+...+....++.|.+|+++ |+.+.++.+...+. |..++|.+.
T Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 88 VFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINL-GAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHH-HHHHHHHHH
Confidence 888877777777777777788888888888888888888889999999999987 77888888666665 889999999
Q ss_pred HHhhhhhhchhhhhhHHHHHHHHHHHHhh
Q 014646 355 GVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGIWF 383 (421)
Q Consensus 355 g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (421)
+.+.+..+ |+..+++.+...+++.+..+
T Consensus 167 ~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 167 GAAQEAAG-YHVAFSLAAIGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhh-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998766 88888877665555544443
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.47 E-value=1.3e-12 Score=119.81 Aligned_cols=151 Identities=9% Similarity=0.053 Sum_probs=116.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhccchhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHHHH
Q 014646 206 YVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLG 284 (421)
Q Consensus 206 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (421)
+....+..+.............|.+. +.++.+..+. ...+...++..++.++.|+++||+||| +.+..+.++.
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r-----~~l~~~~~~~ 101 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQ-QAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYK-----AGIITGLFLY 101 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHH-----HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcch-----HHHHHHHHHH
Confidence 33444444555555566666677754 4567776554 455777888899999999999999999 7777777777
Q ss_pred HHHHHHH---HhhchhHHHHHHHHHHHHHHhccccchhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHhh-hh
Q 014646 285 AISCLTA---FCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQ-DH 360 (421)
Q Consensus 285 ~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~-~~ 360 (421)
.+..++. ...++.+.+++..++.+++.+...+....++.+.+|+++|++++++.+..... |..++|.+.+.+. +.
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 102 ALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSF-GAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 7666665 56678888888888899999888889999999999999999999999766665 9999999999988 54
Q ss_pred hhc
Q 014646 361 VNN 363 (421)
Q Consensus 361 ~~~ 363 (421)
.+.
T Consensus 181 ~~~ 183 (438)
T 3o7q_A 181 VPH 183 (438)
T ss_dssp SCC
T ss_pred ccc
Confidence 443
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.39 E-value=5.1e-12 Score=118.75 Aligned_cols=173 Identities=12% Similarity=0.015 Sum_probs=132.2
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhc------cchhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhh-cccccchh
Q 014646 203 EKVYVVNVLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYH------MSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQM-GATISNAF 274 (421)
Q Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~ 274 (421)
++.++...+..++....++....+++.|+.+..+ .+.... .......++..++.++.|+++||+ |||
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r----- 85 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKY----- 85 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSH-----
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----
Confidence 3455666666777778888888899999988777 675544 445777888899999999999999 998
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-hhHHHHHHHHHHHHHHhccccchhhhhhcccCcchhHHHHHH---HHHHHHHhccCCc
Q 014646 275 KLLSAATFLGAISCLTAFCLS-SLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAI---STVSIHIFGDVPS 350 (421)
Q Consensus 275 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~g~~~~ 350 (421)
+.+..+.++..+..++....+ +.+.+++..++.+++.+...+....++.+.+|+++|+++.+. .+...+. |..++
T Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~g 164 (524)
T 2xut_A 86 NTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINF-GSFFA 164 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHH
Confidence 777777777666666666666 777777777888888888888899999999999999776666 6555555 88889
Q ss_pred hhHHHHhhhhhhchhhhhhHHHHHHHHHHHHh
Q 014646 351 SPLVGVLQDHVNNWRKTTLALTSIFFLAAGIW 382 (421)
Q Consensus 351 ~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (421)
|.+.+.+.+..+ |+..+.+.+...++..+..
T Consensus 165 ~~~~~~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 165 SLSMPLLLKNFG-AAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHTSTHHHHTSC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcccc-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999888765 7777777766655544443
No 12
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.35 E-value=7.4e-13 Score=120.54 Aligned_cols=131 Identities=8% Similarity=0.021 Sum_probs=112.7
Q ss_pred cccchhhHHHhhhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHhhhcccchhHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccccCCCCCchhHH
Q 014646 3 GLLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSSFDFWSIAICRMLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQKTAWL 82 (421)
Q Consensus 3 g~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~ 82 (421)
+..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....++.|.+|++.|+++.
T Consensus 271 ~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~ 350 (417)
T 2cfq_A 271 LNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIY 350 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH
Confidence 34567899999999999999999999998888888888888888888888888887777777788999999999999999
Q ss_pred HH-HHhHHHHHhHHHHHHHHHhhcccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccc
Q 014646 83 SM-FYMCIPTGVALGYVYGGVVGSHLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPL 133 (421)
Q Consensus 83 ~~-~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 133 (421)
+. ++....+|..++|.+++.+.+..|++..|.+.+++.++..++.++..||
T Consensus 351 g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 402 (417)
T 2cfq_A 351 LVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSG 402 (417)
T ss_dssp HHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCC
T ss_pred HHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
Confidence 98 5888899999999999999988899999999988877777666655554
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.33 E-value=7.4e-12 Score=112.30 Aligned_cols=162 Identities=14% Similarity=0.070 Sum_probs=121.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhccchhhH-HHHhhHhHHHHHHHhHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHHHHHHHH
Q 014646 210 VLGYIAYNFVIGAYSYWGPKAGYNIYHMSNADM-MFGGVTIVCGIVGTISGGFILDQMGATISNAFKLLSAATFLGAISC 288 (421)
Q Consensus 210 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (421)
.+..++.......+....|.+.++ .+.++.+. ...+...++..++.++.|+++||+||| +.+..+..+..+..
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r-----~~~~~~~~~~~~~~ 79 (375)
T 2gfp_A 6 VLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRR-----PVILVGMSIFMLAT 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCC-----CCCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCc-----hhHHHHHHHHHHHH
Confidence 344455555556666667766544 66665444 455777888999999999999999998 66666666666666
Q ss_pred HHHHhhchhHHHHHHHHHHHHHHhccccchhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHhccCCchhHHHHhhhhhhchhhhh
Q 014646 289 LTAFCLSSLYGFLALFTVGELLVFATQAPVNYVCLHSVKPSLRALSMAISTVSIHIFGDVPSSPLVGVLQDHVNNWRKTT 368 (421)
Q Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~ 368 (421)
+.....++.+...+...+.+++.+...+....++.|..|+++|++++++.+..... |..++|.+.+++.+..+ |+..+
T Consensus 80 ~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~l~~~~~-~~~~~ 157 (375)
T 2gfp_A 80 LVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILV-SPLLAPLIGGLLDTMWN-WRACY 157 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSSCHHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhHHHHHHHHHhcc-HHHHH
Confidence 66666677777777778888888888888899999999999999999999766665 88999999999988765 77777
Q ss_pred hHHHHHHHHHH
Q 014646 369 LALTSIFFLAA 379 (421)
Q Consensus 369 ~~~~~~~~~~~ 379 (421)
.+.+...++..
T Consensus 158 ~~~~~~~~~~~ 168 (375)
T 2gfp_A 158 LFLLVLCAGVT 168 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 76665544433
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.00 E-value=1.1e-09 Score=101.94 Aligned_cols=131 Identities=8% Similarity=0.011 Sum_probs=97.0
Q ss_pred ccchhhHHHhhhhhcCchHHHHHHHHHHHHHHhhhccc-----chhHHHHHHH-HHhhhhhhhhcccccccccccCCCCC
Q 014646 4 LLVASPIFASLAKSHNPFRLIGVGLSVWTFATAGCGSS-----FDFWSIAICR-MLVGVGEASFISLAAPFIDDNAPVPQ 77 (421)
Q Consensus 4 ~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~l~~~r-~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 77 (421)
..++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+.. ++...+...- +..+.+. ...+....+.+|.+|.+.
T Consensus 325 ~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~E~fPt~~ 403 (491)
T 4gc0_A 325 NLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAM-SWGPVCWVLLSEIFPNAI 403 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHT-TTTHHHHHHHHHSSCTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHh-HHHHHHHHHHHHhCCHhH
Confidence 45678899999999999999999888887776665432 2222222222 2222222 344566789999999999
Q ss_pred chhHHHHHHhHHHHHhHHHHHHHHHhhc------ccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcccccc
Q 014646 78 KTAWLSMFYMCIPTGVALGYVYGGVVGS------HLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQL 135 (421)
Q Consensus 78 r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~------~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~ 135 (421)
|++++++......+|..+++.+...+.+ ..++.+.|++.++++++..+..+++.||+.
T Consensus 404 R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 404 RGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 9999999999999999988887665543 345677888999988888888888889864
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=61.63 E-value=3.9 Score=18.54 Aligned_cols=14 Identities=21% Similarity=0.363 Sum_probs=11.3
Q ss_pred HHHhhhhhcCchHH
Q 014646 10 IFASLAKSHNPFRL 23 (421)
Q Consensus 10 ~~g~l~dr~Grr~~ 23 (421)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
No 16
>2dw3_A Intrinsic membrane protein PUFX; quinone exchange, photosynthesis, light- harvesting, GXXXG motif, dimerization; NMR {Rhodobacter sphaeroides} PDB: 2ita_A
Probab=29.08 E-value=1.1e+02 Score=19.23 Aligned_cols=31 Identities=16% Similarity=0.272 Sum_probs=13.9
Q ss_pred chhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhccccccccc
Q 014646 108 NWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIKPLQLKGF 138 (421)
Q Consensus 108 gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~ 138 (421)
||-.++.+...+.++..-..=.++||..+..
T Consensus 31 g~AAv~f~~~~~~lv~l~~iG~~LPE~Sr~a 61 (77)
T 2dw3_A 31 GWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQA 61 (77)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTCSSC
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCchhcccC
Confidence 3444444444433333333334457755443
No 17
>2zz9_A Aquaporin-4; water transport, water channel, two-dimensional crystal, electron diffraction, electron microscopy, membrane protein; HET: PEE; 2.80A {Rattus norvegicus} PDB: 2d57_A
Probab=21.66 E-value=1e+02 Score=25.86 Aligned_cols=26 Identities=12% Similarity=0.220 Sum_probs=16.7
Q ss_pred ccchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHhcc
Q 014646 106 HLNWRYAFWGEAILMLPFAVLAFVIK 131 (421)
Q Consensus 106 ~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 131 (421)
.+++.|+|++.-+++.+.+.+.+.++
T Consensus 204 ~w~~~WVy~vgPiiGailaa~ly~~l 229 (301)
T 2zz9_A 204 NWENHWIYWVGPIIGAVLAGALYEYV 229 (301)
T ss_dssp CCTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred CCcceeeeeeHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566788887777766666555443
Done!