Query 014698
Match_columns 420
No_of_seqs 519 out of 1396
Neff 11.3
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 16:13:36 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/014698.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/014698hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.6E-36 5.4E-41 283.6 24.9 358 40-408 68-434 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.7E-33 9.2E-38 260.7 31.4 337 29-397 53-422 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 3E-32 1E-36 257.4 24.6 369 40-417 61-472 (491)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.8E-31 6.2E-36 252.0 25.1 365 41-412 61-476 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 5.3E-33 1.8E-37 253.3 11.1 317 41-392 42-361 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 9E-28 3.1E-32 221.5 16.2 344 44-414 53-406 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 3.3E-26 1.1E-30 217.8 23.1 362 42-410 62-505 (524)
8 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.6 2.1E-13 7.1E-18 128.4 19.6 176 221-407 13-196 (491)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 3E-13 1E-17 125.7 19.6 179 220-410 27-209 (451)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 9.8E-13 3.4E-17 121.8 19.3 172 222-404 27-226 (438)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.5 3.1E-13 1.1E-17 128.3 15.0 175 220-404 11-195 (524)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.4 8.6E-13 2.9E-17 119.6 8.3 176 225-412 4-179 (375)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.3 1.9E-12 6.5E-17 119.0 3.9 170 216-397 2-177 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.7 3.5E-07 1.2E-11 85.7 16.0 117 257-382 55-188 (491)
15 2l2t_A Receptor tyrosine-prote 27.8 62 0.0021 18.2 2.8 6 406-411 32-37 (44)
16 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 26.4 3.7E+02 0.013 24.5 17.8 51 116-166 19-71 (501)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.6e-36 Score=283.62 Aligned_cols=358 Identities=14% Similarity=0.153 Sum_probs=270.7
Q ss_pred chhhhhHHhHHhhhhcchhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---hchHHHHHHHHHHHHhccccchhhhHHHHHhc
Q 014698 40 GRIYLKDTNLLELLRLPLLFVTWIRKVLQTGVLIWSLATALLPLL---AGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARS 116 (420)
Q Consensus 40 ~~l~~~~~~~~~l~~~p~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~ 116 (420)
.........++.++.+++.||++||+++..+.++.+++.+++++. +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|+
T Consensus 68 ~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~ 147 (451)
T 1pw4_A 68 LSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHW 147 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHH
Confidence 334444455568888888999999999999999999999888632 78899999999999999999999999999999
Q ss_pred CCccccchhhHHHHhhhhhHHHHHHhhHHHhhhccc-hhHHHHHHHHHHHHHH-HHhhhcccCcccCCCCcCccchhhhh
Q 014698 117 IPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLG-WESVFYIFGLLGIAWF-SGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINM 194 (420)
Q Consensus 117 ~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~g-wr~~f~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (420)
+|+++|++++++.+.+.++|.+++|.+++.+.+..| ||+.|++.+++.++.. +..+.+||++++.+.++.++.+.. .
T Consensus 148 ~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~ 226 (451)
T 1pw4_A 148 WSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKND-Y 226 (451)
T ss_dssp CTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC--
T ss_pred CCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccc-c
Confidence 999999999999999999999999999999888888 9999999998887654 455667776554322211111100 0
Q ss_pred hhhhhhhhhhhcccccccchhhhhhcHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHH
Q 014698 195 KKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVT 274 (420)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 274 (420)
+++. +..++.+...++...++++|+|.++...+..++.....+....+.|.|+++.+|.++.+.+...+...++.+++.
T Consensus 227 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 305 (451)
T 1pw4_A 227 PDDY-NEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGT 305 (451)
T ss_dssp -------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccc-hhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0000 000000111111124678889999999999999999999999999999999889999999999999999999999
Q ss_pred Hhhhhhhhhh--hhcCcchHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhcCC-CcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCc
Q 014698 275 SIAAQFADNL--IATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLG-LPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISP 351 (420)
Q Consensus 275 ~~~g~l~dr~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 351 (420)
++.+++.||+ ++ |+.......+...++..+.....+ +........++.|++.+...+.......+..|+
T Consensus 306 ~~~g~l~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 377 (451)
T 1pw4_A 306 LLCGWMSDKVFRGN--------RGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPK 377 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSTTC--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhcCC--------chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhch
Confidence 9999999998 75 333333333333244444333332 334444555667777766666666677788899
Q ss_pred cchHHHHHHHHHhhhh-hHHHHHHHHHHHhccCCceeeeehhhhHHHHHHHHHHhhhc
Q 014698 352 EYASILLGITNTVGAV-PGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAF 408 (420)
Q Consensus 352 ~~~g~~~g~~~~~~~~-g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 408 (420)
++|+++.|+.+...++ |..++|.+.|.+.|.. ++...|.+.+++.+++.++.+...
T Consensus 378 ~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 378 KAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFF-GWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999 9999999999999986 688788887776666665555443
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.7e-33 Score=260.70 Aligned_cols=337 Identities=12% Similarity=0.093 Sum_probs=255.7
Q ss_pred hhhhhccccccchhhh---hHHhHHhhhhcchhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHhhchHHHHHHHHHHHHhcc
Q 014698 29 KKWVGLRIGRRGRIYL---KDTNLLELLRLPLLFVTWIRKVLQTGVLIWSLATALL---PLLAGFMPGLVLSRVLVGIGE 102 (420)
Q Consensus 29 ~~~l~~~~g~~~~l~~---~~~~~~~l~~~p~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~ 102 (420)
..+++.+..+.+.+.. ....++.++.+++.||+||||++..+.++.+++.++. +. +++++.++++|+++|++.
T Consensus 53 ~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~~~l~G~~~ 131 (438)
T 3o7q_A 53 QQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE-IMNYTLFLVGLFIIAAGL 131 (438)
T ss_dssp HHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-cccHHHHHHHHHHHHhhH
Confidence 3444444444443333 3444567888888999999999999999999999988 65 899999999999999999
Q ss_pred ccchhhhHHHHHhcCCccccchhhHHHHhhhhhHHHHHHhhHHHhh-hccc-------------------------hhHH
Q 014698 103 GVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPII-ENLG-------------------------WESV 156 (420)
Q Consensus 103 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~-~~~g-------------------------wr~~ 156 (420)
+...+...++++|++|+|+|++++++.+.+.++|..++|.+++.+. +..+ ||+.
T Consensus 132 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~ 211 (438)
T 3o7q_A 132 GCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTP 211 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999988 5544 9999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhcccCcccCCCCcCccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccccchhhhhhcHHHHHHHHHHHHhHHH
Q 014698 157 FYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWG 236 (420)
Q Consensus 157 f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (420)
|++.++..++..+..++.++++.+++++++++ ++..+.++++++|+|.++...+..++....
T Consensus 212 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 273 (438)
T 3o7q_A 212 YMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAK------------------QGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGA 273 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSS------------------TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccc------------------ccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 98888777665544444332221111111000 011122356888999999999998988888
Q ss_pred HHHHhhhhhhH-hhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhh
Q 014698 237 HYTCLSWLPTY-FSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSI 315 (420)
Q Consensus 237 ~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 315 (420)
......+.|.| +++.+|.++.+++...+...++.+++.++.+++.||+++| .....+.....+...+...
T Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (438)
T 3o7q_A 274 QTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPH---------KVLAAYALIAMALCLISAF 344 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88999999999 8888899999999999999999999999999999999863 3333343444444444333
Q ss_pred cCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhccCCceeeeehhhhH
Q 014698 316 DLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSI 395 (420)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 395 (420)
.. ........++.+++.+...+.......+..|++ ++++.++.. ...+|+.++|.+.|.+.|..|+++..|.+.++
T Consensus 345 ~~--~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~ 420 (438)
T 3o7q_A 345 AG--GHVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPAL 420 (438)
T ss_dssp CC--HHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHH
T ss_pred cC--CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHH
Confidence 32 333444456677777766666666667777765 888888877 67799999999999999997658878877544
Q ss_pred HH
Q 014698 396 FF 397 (420)
Q Consensus 396 ~~ 397 (420)
+.
T Consensus 421 ~~ 422 (438)
T 3o7q_A 421 CF 422 (438)
T ss_dssp HH
T ss_pred HH
Confidence 33
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=3e-32 Score=257.43 Aligned_cols=369 Identities=14% Similarity=0.064 Sum_probs=250.8
Q ss_pred chhhhhHHhHHhhhhcchhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------hhchHHHHHHHHHHHHhcc
Q 014698 40 GRIYLKDTNLLELLRLPLLFVTWIRKVLQTGVLIWSLATALLPL-----------------LAGFMPGLVLSRVLVGIGE 102 (420)
Q Consensus 40 ~~l~~~~~~~~~l~~~p~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~ 102 (420)
...+..+..+|+++.+++.||+|||+++.++.+++.++++++++ +++|++.++++|+++|++.
T Consensus 61 ~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~ 140 (491)
T 4gc0_A 61 VASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGV 140 (491)
T ss_dssp HHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455667778999999999999999999999999999998873 3789999999999999999
Q ss_pred ccchhhhHHHHHhcCCccccchhhHHHHhhhhhHHHHHHhhHHHhhhc--------cchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q 014698 103 GVSPSAATDLIARSIPLEERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIEN--------LGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKIL 174 (420)
Q Consensus 103 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~--------~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 174 (420)
|...+....+++|+.|+++|++..+..+.+...|.++++.++..+... .+||..+.+..++.++..+..++.
T Consensus 141 G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 220 (491)
T 4gc0_A 141 GLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTV 220 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcC
Confidence 999999999999999999999999999999999999999988776542 358888888888888888888999
Q ss_pred ccCcccCCCCcCccchhhhhhhhhh-----hh----hhhhcccccccchhhhhhcHHHHHHHHHHHHh-HHHHHHHhhhh
Q 014698 175 QEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLS-----AS----LEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCG-SWGHYTCLSWL 244 (420)
Q Consensus 175 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~ 244 (420)
||+|++...+.++++.....++... ++ .++..+..+.......++.++.........+. ..+.+....+.
T Consensus 221 peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 300 (491)
T 4gc0_A 221 PESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYA 300 (491)
T ss_dssp CCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHH
T ss_pred CCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcc
Confidence 9998765444333322111111000 00 00001111111122333344444443333333 33444555566
Q ss_pred hhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHHHHHHHHhHHHH--HHHhhcCCCcHH
Q 014698 245 PTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCM--TLSSIDLGLPHW 322 (420)
Q Consensus 245 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~ 322 (420)
|.+.++ .+.+...........++...++.++.+++.||+||| +... ........... ............
T Consensus 301 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr-------~~~~-~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 371 (491)
T 4gc0_A 301 PEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRK-------PLQI-IGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIV 371 (491)
T ss_dssp HHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSH-------HHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHH
T ss_pred hHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCc-------chhc-cchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHH
Confidence 666655 477777777777888889999999999999999975 2222 22211111111 111222222222
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhh-hhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhccC-----CceeeeehhhhHH
Q 014698 323 EIVGILTAGLALSSF-ALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDST-----HSWSMSLFAPSIF 396 (420)
Q Consensus 323 ~~~~~~~~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~-----~~~~~~~~~~~~~ 396 (420)
......+...+.+.. .+.......|.+|++.|+++.|+.+...++++.+++.+.+.+.+.. .+....|++.+++
T Consensus 372 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~ 451 (491)
T 4gc0_A 372 ALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCM 451 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHH
Confidence 233333333333322 2333345567789999999999999999999999999887765431 1344467777788
Q ss_pred HHHHHHHHhhhccCCCCCCCC
Q 014698 397 FYLTGTIVWLAFASSKPQNFS 417 (420)
Q Consensus 397 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 417 (420)
++++.++.+++.+|+|+++.|
T Consensus 452 ~~~~~i~~~~~~PETkg~tLe 472 (491)
T 4gc0_A 452 GVLAALFMWKFVPETKGKTLE 472 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHCCCCTTCCHH
T ss_pred HHHHHHHHHheecCCCCCCHH
Confidence 888888888889999887654
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.8e-31 Score=252.05 Aligned_cols=365 Identities=14% Similarity=0.056 Sum_probs=246.8
Q ss_pred hhhhhHHhHHhhhhcchhhh-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHHHHHhccccchhhhHHHHHhcCCc
Q 014698 41 RIYLKDTNLLELLRLPLLFV-TWIRKVLQTGVLIWSLATALLPLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPL 119 (420)
Q Consensus 41 ~l~~~~~~~~~l~~~p~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~ 119 (420)
..+.....++.++.+++.|| +|||+++..+.++..++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+...++++|++|+
T Consensus 61 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 139 (491)
T 4aps_A 61 AIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLAL-PFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDE 139 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCc
Confidence 34444455568888889999 89999999999999999998886 89999999999999999999999999999999999
Q ss_pred cc--cchhhHHHHhhhhhHHHHHHhhHHHhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-ccCcccCCCCcCccchhhhhhh
Q 014698 120 EE--RSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKIL-QEGETSNGATLAPRSNYINMKK 196 (420)
Q Consensus 120 ~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (420)
++ |++++++++.+.++|..++|.+++.+.+..|||+.|++.++..++..+...+. ++..+++.+++.+.......++
T Consensus 140 ~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (491)
T 4aps_A 140 HDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKP 219 (491)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHH
T ss_pred ccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHH
Confidence 88 77788889999999999999999999999999999999887776654444433 3222211111111100000000
Q ss_pred hhhh-------------------------hhh--------------hhcccccccchhhhhhcHHHHHHHHHHHHhHHHH
Q 014698 197 SLSA-------------------------SLE--------------EMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGH 237 (420)
Q Consensus 197 ~~~~-------------------------~~~--------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 237 (420)
..+. ... +...+.+..+..+..+....+...+..+.....+
T Consensus 220 ~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 299 (491)
T 4aps_A 220 LLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIE 299 (491)
T ss_dssp HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0000 000 0000000000011112223444555555556666
Q ss_pred HHHhhhhhhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhh--
Q 014698 238 YTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSI-- 315 (420)
Q Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 315 (420)
.....++|.|.++..+.+..+.+.......+..+++.++.+++.||++||+.. +...+..+.....++..+...
T Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 375 (491)
T 4aps_A 300 EQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPS----SPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPG 375 (491)
T ss_dssp GGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC-------CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHH
T ss_pred hhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC----chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66777889999988888877888888999999999999999999999987432 112222333333333222222
Q ss_pred ------cCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhccCCceeee
Q 014698 316 ------DLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTHSWSMS 389 (420)
Q Consensus 316 ------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~ 389 (420)
...+..+.....++.+++.+...+.......+..|+++|+++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+. ++...
T Consensus 376 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~--~~~~~ 453 (491)
T 4aps_A 376 ALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK--SEVAY 453 (491)
T ss_dssp HHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS--STTHH
T ss_pred HhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--cHHHH
Confidence 1123445555667778887776777777778889999999999999999999999999999988876 45556
Q ss_pred ehhhhHHHHHHHHHHhhhccCCC
Q 014698 390 LFAPSIFFYLTGTIVWLAFASSK 412 (420)
Q Consensus 390 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 412 (420)
+...+++.+++.++.+...++.+
T Consensus 454 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (491)
T 4aps_A 454 FSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQ 476 (491)
T ss_dssp HHHTHHHHHHHHHHHHHC-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77776666666666655554443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.98 E-value=5.3e-33 Score=253.29 Aligned_cols=317 Identities=15% Similarity=0.101 Sum_probs=249.0
Q ss_pred hhhhhHHhHHhhhhcchhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHHHHHhccccchhhhHHHHHhcCCcc
Q 014698 41 RIYLKDTNLLELLRLPLLFVTWIRKVLQTGVLIWSLATALLPLLAGFMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPLE 120 (420)
Q Consensus 41 ~l~~~~~~~~~l~~~p~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~ 120 (420)
........++.+..+++.||++|||++..+..+..++.+..++ +++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+|
T Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 120 (375)
T 2gfp_A 42 GAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVT-TSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERT 120 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHH-hccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHH
Confidence 3444444556788888899999999999999999999999886 899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred ccchhhHHHHhhhhhHHHHHHhhHHHhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHH-HhhhcccCcccCCCCcCccchhhhhhhhhh
Q 014698 121 ERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAWFS-GFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKSLS 199 (420)
Q Consensus 121 ~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 199 (420)
+|++++++.+.+.++|..++|.+++++.+..|||+.|++.++..++..+ ....+||++++++++
T Consensus 121 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------------- 185 (375)
T 2gfp_A 121 QLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR--------------- 185 (375)
T ss_dssp SCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC---------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc---------------
Confidence 9999999999999999999999999999988999999999888877654 455566654432211
Q ss_pred hhhhhhcccccccchhhhhhcHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhh
Q 014698 200 ASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQ 279 (420)
Q Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 279 (420)
+.++.++++++|+|+++...+..++..........+.|.|+++.+|.++.+.+.......++.+++.++.++
T Consensus 186 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 257 (375)
T 2gfp_A 186 --------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGR 257 (375)
T ss_dssp --------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred --------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 011223568889999999999999988899999999999999988999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhcCcchHHHHHHHHHHHH-HHhHHHHHHHhh-cCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHH
Q 014698 280 FADNLIATGVETTMVRKICQTIAF-LSPAVCMTLSSI-DLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASIL 357 (420)
Q Consensus 280 l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 357 (420)
+.||.++ +....... ............ ..++........++.+++.+...+.......+..| ++|+++
T Consensus 258 l~~r~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~ 327 (375)
T 2gfp_A 258 PNKRFST---------LMWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTA 327 (375)
T ss_dssp TTTHHHH---------HHHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHH
T ss_pred HHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchH
Confidence 9999873 11111111 111111111111 11122333445566777777667777676766676 899999
Q ss_pred HHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhccCCceeeeehh
Q 014698 358 LGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFA 392 (420)
Q Consensus 358 ~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 392 (420)
.|+.+...++|..++|.+.|.+.+.. ++...+..
T Consensus 328 ~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~-~~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 328 GALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTG-QGSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHH-HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-cccHHHHH
Confidence 99999999999999999999998763 66655555
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=9e-28 Score=221.52 Aligned_cols=344 Identities=10% Similarity=0.009 Sum_probs=219.4
Q ss_pred hhHHhHHhhhhcchhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHhhchH-HHHHHHHHHHHhccccchhhhHHHHHhcCCc
Q 014698 44 LKDTNLLELLRLPLLFVTWIRKVLQTGVLIWSLATALL---PLLAGFM-PGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPL 119 (420)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~l~~~p~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~-~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~ 119 (420)
.....+++++.+++.||+||||+++.+..+++++.... .+ .+.. ..+...+.+.|++.+...+.....+.++.++
T Consensus 53 ~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 131 (417)
T 2cfq_A 53 SLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIF-GPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEK 131 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTH-HHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHH
Confidence 33445568888888999999999999888775532111 11 2221 1234566676766665555555555555543
Q ss_pred --cccchhhHHHHhhhhhHHHHHHhhHHHhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCcccCCCCcCccchhhhhhhh
Q 014698 120 --EERSRAVSFVFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLAPRSNYINMKKS 197 (420)
Q Consensus 120 --~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (420)
++++...+......++|..++|.+++++.+ .+||..|++.++..++..+..++.+|+++++.++++++++
T Consensus 132 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------- 203 (417)
T 2cfq_A 132 VSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGA------- 203 (417)
T ss_dssp HHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSS-------
T ss_pred hhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccccccccccccc-------
Confidence 456778888888999999999999999887 4899999987776555444444444443221110000000
Q ss_pred hhhhhhhhcccccccchhhhhhcHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhCC---CcchhhHHHHhhHHHHHHHH
Q 014698 198 LSASLEEMGESLKDVPWKAIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSL---NLTEAAWVSILPPLASVLVT 274 (420)
Q Consensus 198 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 274 (420)
.+++.+..++++++|+|+++...+..+.....+.....+.|.|+++.++. +....+...+...++.+++.
T Consensus 204 -------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 276 (417)
T 2cfq_A 204 -------NHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIM 276 (417)
T ss_dssp -------CCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------ccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00011112345788899988777665655555556666788888765442 23455777777788888999
Q ss_pred HhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccch
Q 014698 275 SIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYA 354 (420)
Q Consensus 275 ~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 354 (420)
++.+++.||+++| +. ...+....++........ ++.....+...+.+.+.+...........+..|++.|
T Consensus 277 ~~~g~l~dr~g~~--------~~-l~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~ 346 (417)
T 2cfq_A 277 FFAPLIINRIGGK--------NA-LLLAGTIMSVRIIGSSFA-TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFS 346 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCHH--------HH-HHHHHHHHHHHHHHHTTC-CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcHH--------HH-HHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHH
Confidence 9999999999964 22 233333333333333322 2233333333444555444444455566677899999
Q ss_pred HHHHHHH-HHhhhhhHHHHHHHHHHHhccCCceeeeehhhhHHHHHHHHHHhhhccCCCCC
Q 014698 355 SILLGIT-NTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAFASSKPQ 414 (420)
Q Consensus 355 g~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 414 (420)
|++.+.. +...++|+.++|.+.|.+.|.. ++...|.+.+++.+++.++.+...+++++.
T Consensus 347 g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 406 (417)
T 2cfq_A 347 ATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESI-GFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPL 406 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHS-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhc-CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCch
Confidence 9999994 8888899999999999999976 577778777776666666555555554443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=3.3e-26 Score=217.76 Aligned_cols=362 Identities=13% Similarity=0.056 Sum_probs=212.4
Q ss_pred hhhhHHhHHhhhhcchhhhc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-hHHHHHHHHHHHHhccccchhhhHHHHHhcCCc
Q 014698 42 IYLKDTNLLELLRLPLLFVT-WIRKVLQTGVLIWSLATALLPLLAG-FMPGLVLSRVLVGIGEGVSPSAATDLIARSIPL 119 (420)
Q Consensus 42 l~~~~~~~~~l~~~p~~~~~-~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~ 119 (420)
.+.....++.++.+.+.||+ +|||++..+.++..++.++.++ ++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+
T Consensus 62 ~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 140 (524)
T 2xut_A 62 SFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAI-FEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQ 140 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCST
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCc
Confidence 33444455677888889999 9999999999999999998876 77 999999999999999999999999999999999
Q ss_pred cccchhhHH---HHhhhhhHHHHHHhhHHHhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccCcccCCCCcC---ccchh--
Q 014698 120 EERSRAVSF---VFGGLSFGSVAGLLLAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIAWFSGFKILQEGETSNGATLA---PRSNY-- 191 (420)
Q Consensus 120 ~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~-- 191 (420)
++|+++.+. .+.+.++|..++|.+++.+.+..|||+.|++.++..++..+.....+++.+++++++. +..+.
T Consensus 141 ~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 220 (524)
T 2xut_A 141 SNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIR 220 (524)
T ss_dssp TTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHH
Confidence 999877666 8999999999999999999998899999999888876655444433222111110000 00000
Q ss_pred ---hhhh--hhhhh---h-----------------------------hhhhccccc---------ccchhhhhhcHHHHH
Q 014698 192 ---INMK--KSLSA---S-----------------------------LEEMGESLK---------DVPWKAIFRSKAVWA 225 (420)
Q Consensus 192 ---~~~~--~~~~~---~-----------------------------~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~ 225 (420)
.... .+... . ..|.+++.+ ..+..+..+.++.+.
T Consensus 221 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 300 (524)
T 2xut_A 221 SALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLR 300 (524)
T ss_dssp ------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHH
T ss_pred HHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHH
Confidence 0000 00000 0 000000000 000001111222222
Q ss_pred HHHHHHHhHHHHHHH-hhhhhhHhhhhhCCCc---chhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhh----hhhhhcCcchHHHHHH
Q 014698 226 MIYAHFCGSWGHYTC-LSWLPTYFSEELSLNL---TEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFA----DNLIATGVETTMVRKI 297 (420)
Q Consensus 226 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~~~~~~~~~~~~~~ 297 (420)
..... ......+.. ..+.+.+.....+.+. ...+.+.....++.++...+.+++. ||.+++.. .+.
T Consensus 301 ~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~ 374 (524)
T 2xut_A 301 ILVLF-ALVTPFWSLFDQKASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLT-----ALR 374 (524)
T ss_dssp HHHHH-TTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------C-----CHH
T ss_pred HHHHH-HHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCC-----hHH
Confidence 21111 111122221 2222222222222222 2456666666677777777776664 33332110 112
Q ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHHhhc--------CCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhH
Q 014698 298 CQTIAFLSPAVCMTLSSID--------LGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPG 369 (420)
Q Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~ 369 (420)
....+....+++....... ..+..+.....++.+++.+...+.......+..|+++||+++|+.+...++|+
T Consensus 375 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~ 454 (524)
T 2xut_A 375 KMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGN 454 (524)
T ss_dssp HHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2233333333433333221 12344555566777888887777777778888999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhccCC-ce---------eeeehhhhHHHHHHHHHHhhhccC
Q 014698 370 IVGVALTGYLLDSTH-SW---------SMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAFAS 410 (420)
Q Consensus 370 ~~~~~~~g~l~~~~~-~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 410 (420)
.++|.+.|.+.+..+ ++ ...|++.+++.+++.++.+...++
T Consensus 455 ~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 505 (524)
T 2xut_A 455 LWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARS 505 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----
T ss_pred HHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999987421 01 222555555555555554444443
No 8
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.56 E-value=2.1e-13 Score=128.35 Aligned_cols=176 Identities=9% Similarity=-0.005 Sum_probs=139.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhh-----hCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhh-hhhcCcchHHH
Q 014698 221 KAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEE-----LSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADN-LIATGVETTMV 294 (420)
Q Consensus 221 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~~~~~~~~~~~ 294 (420)
+.++......++..+.++....+++.|+++. +|.+..+.+++.+...++..+++++.|+++|| +||
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~-------- 84 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGA-------- 84 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCH--------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccc--------
Confidence 4567777788888888999999999999988 89999999999999999999999999999999 895
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccc--hHHHHHHHHHhhhhhHHHH
Q 014698 295 RKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEY--ASILLGITNTVGAVPGIVG 372 (420)
Q Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~~~ 372 (420)
+..+..+.....+...+..... +.....+..++.|++.+...+.....+.+.+|+++ |+.+.+..+...++|..++
T Consensus 85 -r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 162 (491)
T 4aps_A 85 -RPAVFWGGVLIMLGHIVLALPF-GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIA 162 (491)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCC-STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3444445455455444444433 35555666678888888788788888888888888 7888888999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhccCCceeeeehhhhHHHHHHHHHHhhh
Q 014698 373 VALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLA 407 (420)
Q Consensus 373 ~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (420)
|.+.+.+.+.. +|+..|++.++..+++.+..+..
T Consensus 163 ~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 163 PLIVGAAQEAA-GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99999999985 78888888766555555544433
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.55 E-value=3e-13 Score=125.74 Aligned_cols=179 Identities=9% Similarity=-0.003 Sum_probs=135.6
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHH
Q 014698 220 SKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQ 299 (420)
Q Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~ 299 (420)
.+.++...+..+.............|.+.++ + .+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|+| ..+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r---------~~l 95 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPR---------VFL 95 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH---------HHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCch---------HHH
Confidence 3445555666666666666667778877766 5 8999999999999999999999999999999963 344
Q ss_pred HHHHHHhHHHHHHHhh----cCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHH
Q 014698 300 TIAFLSPAVCMTLSSI----DLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVAL 375 (420)
Q Consensus 300 ~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~ 375 (420)
..+.....+...+... .. +.....+..++.|++.+...+.....+.+..|+++|+++.|+.+....+|..++|.+
T Consensus 96 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 174 (451)
T 1pw4_A 96 PAGLILAAAVMLFMGFVPWATS-SIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLL 174 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHS-SSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhccc-cHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4444444444444433 32 344556666788888887888888888888899999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhccCCceeeeehhhhHHHHHHHHHHhhhccC
Q 014698 376 TGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAFAS 410 (420)
Q Consensus 376 ~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 410 (420)
.+.+.+..++|+..|++.+++.++..++.+...++
T Consensus 175 ~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 209 (451)
T 1pw4_A 175 FLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRD 209 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC
T ss_pred HHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccC
Confidence 99988876349989998877766666655555554
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.51 E-value=9.8e-13 Score=121.80 Aligned_cols=172 Identities=10% Similarity=0.037 Sum_probs=126.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHHHH
Q 014698 222 AVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTI 301 (420)
Q Consensus 222 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (420)
.+....+..+.............|.+. +++|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+||| ..+..
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r---------~~l~~ 96 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQ-QAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYK---------AGIIT 96 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHH---------HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcch---------HHHHH
Confidence 344445555555555566666777755 45799999999999999999999999999999999963 33344
Q ss_pred HHHHhHHHHHHH---hhcCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHH
Q 014698 302 AFLSPAVCMTLS---SIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGY 378 (420)
Q Consensus 302 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 378 (420)
+.....+...+. ... ++.+...+..++.|++.+...+.......+..|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 175 (438)
T 3o7q_A 97 GLFLYALGAALFWPAAEI-MNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQS 175 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHT-TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccc-ccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444444443333 222 3345555666888999988888888888888999999999999999999999999999999
Q ss_pred Hh-ccCCc------------------------eeeeehhhhHHHHHHHHHH
Q 014698 379 LL-DSTHS------------------------WSMSLFAPSIFFYLTGTIV 404 (420)
Q Consensus 379 l~-~~~~~------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 404 (420)
+. +..+. |+..|.+.++...+..++.
T Consensus 176 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (438)
T 3o7q_A 176 LILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLI 226 (438)
T ss_dssp HHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 98 65443 7777766665554444433
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.49 E-value=3.1e-13 Score=128.25 Aligned_cols=175 Identities=11% Similarity=0.022 Sum_probs=133.3
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhC------CCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhh-hhcCcchH
Q 014698 220 SKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELS------LNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNL-IATGVETT 292 (420)
Q Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-~~~~~~~~ 292 (420)
+|.++...+..++..+.++....++|.|+++.+| .++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |+|
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r----- 85 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKY----- 85 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSH-----
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch-----
Confidence 3556667778888888888899999999998889 9999999999999999999999999999999 964
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHH---HHHhhhhhH
Q 014698 293 MVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGI---TNTVGAVPG 369 (420)
Q Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~---~~~~~~~g~ 369 (420)
+ .+..+.....+...+......+.....+..++.|++.+...+.......+.+|+++|+++.+. .+...++|.
T Consensus 86 ---~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 161 (524)
T 2xut_A 86 ---N-TILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGS 161 (524)
T ss_dssp ---H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---H-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2 233344444444444433332345555666778888887778888888888999999776666 888999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhccCCceeeeehhhhHHHHHHHHHH
Q 014698 370 IVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFFYLTGTIV 404 (420)
Q Consensus 370 ~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 404 (420)
.++|.+.+.+.+.. +|+..|.+.++..++..+..
T Consensus 162 ~~g~~~~~~l~~~~-g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 162 FFASLSMPLLLKNF-GAAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHTSTHHHHTS-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhccc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999875 78888887766555444433
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.37 E-value=8.6e-13 Score=119.59 Aligned_cols=176 Identities=7% Similarity=-0.049 Sum_probs=126.6
Q ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHHHHHHH
Q 014698 225 AMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFL 304 (420)
Q Consensus 225 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 304 (420)
...+..++............|.+.++ +|.++.+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.. ..+..
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~---------~~~~~ 73 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI---------LVGMS 73 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC---------HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH---------HHHHH
Confidence 34455556666666667777776654 799999999999999999999999999999999987432 12222
Q ss_pred HhHHHHHHHhhcCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhccCC
Q 014698 305 SPAVCMTLSSIDLGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDSTH 384 (420)
Q Consensus 305 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~ 384 (420)
...+........+ +........++.|++.+...+.......+..|+++|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.+..
T Consensus 74 ~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~- 151 (375)
T 2gfp_A 74 IFMLATLVAVTTS-SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW- 151 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHhc-cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc-
Confidence 2222222222221 23444555577788888777777777777788899999999999999999999999999998875
Q ss_pred ceeeeehhhhHHHHHHHHHHhhhccCCC
Q 014698 385 SWSMSLFAPSIFFYLTGTIVWLAFASSK 412 (420)
Q Consensus 385 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 412 (420)
+|+..+.+.++..++..+......++++
T Consensus 152 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 152 NWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccC
Confidence 6887888776665555554444444443
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.26 E-value=1.9e-12 Score=119.02 Aligned_cols=170 Identities=12% Similarity=0.127 Sum_probs=108.6
Q ss_pred hhhhcHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhhhhhHhhhhhCCCcchhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHH
Q 014698 216 AIFRSKAVWAMIYAHFCGSWGHYTCLSWLPTYFSEELSLNLTEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVR 295 (420)
Q Consensus 216 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~ 295 (420)
+.+|||+++......++..........++|.|+++++|.++.+.|++.+...++..+++++.|+++||+|||+
T Consensus 2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~------- 74 (417)
T 2cfq_A 2 YYLKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRK------- 74 (417)
T ss_dssp TTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCC-------
T ss_pred ccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH-------
Confidence 4678999999888888888888888889999999888999999999999999999999999999999999873
Q ss_pred HHHHHHHHHHhH-HHHHHHhhc---CCCcHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccC--ccchHHHHHHHHHhhhhhH
Q 014698 296 KICQTIAFLSPA-VCMTLSSID---LGLPHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDIS--PEYASILLGITNTVGAVPG 369 (420)
Q Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~g~~~g~~~~~~~~g~ 369 (420)
............ ......... .... .....+.+...+...........+..+ +++++.+.|..+....+|.
T Consensus 75 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 151 (417)
T 2cfq_A 75 YLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNI---LVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGW 151 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTC---CHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHH
Confidence 222222111111 011100000 0001 111111122122111111111111122 2456777888888889999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhccCCceeeeehhhhHHH
Q 014698 370 IVGVALTGYLLDSTHSWSMSLFAPSIFF 397 (420)
Q Consensus 370 ~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 397 (420)
.++|.+.+.+.+. +++..|++.++..
T Consensus 152 ~~~~~l~~~l~~~--~~~~~f~~~~~~~ 177 (417)
T 2cfq_A 152 ALGASIVGIMFTI--NNQFVFWLGSGCA 177 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH--CSHHHHTTTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHh--chhHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999875 4666776655543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.71 E-value=3.5e-07 Score=85.73 Aligned_cols=117 Identities=6% Similarity=-0.020 Sum_probs=85.0
Q ss_pred chhhHHHHhhHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcCcchHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhh-----------------cCCC
Q 014698 257 TEAAWVSILPPLASVLVTSIAAQFADNLIATGVETTMVRKICQTIAFLSPAVCMTLSSI-----------------DLGL 319 (420)
Q Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------~~~~ 319 (420)
.+.+++.+...++.++|.++.|+++||+||| ..+..+.++..++.+.... ..++
T Consensus 55 ~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk---------~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~ 125 (491)
T 4gc0_A 55 SLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRR---------DSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGY 125 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhh
Confidence 3457788888899999999999999999963 4444443333333322221 1122
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhccCccchHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhcc
Q 014698 320 PHWEIVGILTAGLALSSFALSGLYCTHQDISPEYASILLGITNTVGAVPGIVGVALTGYLLDS 382 (420)
Q Consensus 320 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 382 (420)
....++.=++.|++.+...+.......|..|+++|++..+..+.....|..+++.+.....+.
T Consensus 126 ~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 188 (491)
T 4gc0_A 126 VPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARS 188 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccc
Confidence 334445558889999988888888888889999999999999999999988888877766543
No 15
>2l2t_A Receptor tyrosine-protein kinase ERBB-4; transmembrane dimer, membrane domain, membrane protei; NMR {Homo sapiens}
Probab=27.82 E-value=62 Score=18.16 Aligned_cols=6 Identities=0% Similarity=-0.053 Sum_probs=2.3
Q ss_pred hhccCC
Q 014698 406 LAFASS 411 (420)
Q Consensus 406 ~~~~~~ 411 (420)
++++++
T Consensus 32 ~~~RRR 37 (44)
T 2l2t_A 32 VYVRRK 37 (44)
T ss_dssp HHHHTT
T ss_pred HHhhhh
Confidence 333333
No 16
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=26.45 E-value=3.7e+02 Score=24.52 Aligned_cols=51 Identities=10% Similarity=-0.010 Sum_probs=24.6
Q ss_pred cCCcccc-chhhHHHHhhhhhHHHHHHh-hHHHhhhccchhHHHHHHHHHHHH
Q 014698 116 SIPLEER-SRAVSFVFGGLSFGSVAGLL-LAPPIIENLGWESVFYIFGLLGIA 166 (420)
Q Consensus 116 ~~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~~~ 166 (420)
-.|+++| .....+.....+....++.. +++.+....+|+..+....+-.++
T Consensus 19 pvp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li 71 (501)
T 2jln_A 19 PTRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTI 71 (501)
T ss_dssp CCCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3566666 44555444433333333333 333333345677766554444443
Done!