Query 014880
Match_columns 416
No_of_seqs 208 out of 2227
Neff 10.2
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 19:28:20 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/014880.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/014880hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3.4E-28 1.1E-32 234.8 36.5 363 20-403 22-404 (438)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 7.4E-30 2.5E-34 247.3 23.7 355 24-404 28-407 (451)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 4.3E-28 1.5E-32 229.4 17.9 345 29-406 5-352 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 1.3E-23 4.4E-28 205.8 34.6 356 24-406 13-448 (491)
5 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 9.9E-25 3.4E-29 209.4 13.4 354 21-401 4-370 (417)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 5.2E-21 1.8E-25 188.9 20.3 353 26-405 14-466 (524)
7 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.9 5.9E-19 2E-23 172.6 29.9 333 57-403 53-429 (491)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.3 8.9E-11 3E-15 112.9 16.3 177 24-222 252-432 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.1 3.8E-09 1.3E-13 101.1 16.9 165 24-216 258-425 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.1 3.4E-09 1.1E-13 101.1 16.1 161 42-227 238-403 (417)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 98.9 2.6E-08 8.7E-13 96.9 17.4 149 251-403 14-169 (491)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 98.8 2.6E-08 8.8E-13 96.9 13.4 174 42-230 295-469 (491)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 98.8 6.2E-08 2.1E-12 95.1 13.9 151 250-403 12-171 (524)
14 2gfp_A EMRD, multidrug resista 98.6 4.3E-07 1.5E-11 84.9 12.3 144 255-405 5-149 (375)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 45.0 5.4 0.00019 19.5 0.3 13 78-90 2-14 (26)
No 1
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.97 E-value=3.4e-28 Score=234.80 Aligned_cols=363 Identities=11% Similarity=-0.039 Sum_probs=248.6
Q ss_pred CCCchhhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHH
Q 014880 20 PVGRWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVL 99 (416)
Q Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~ 99 (416)
+.+++.........+..........+++|.+.++.|.|+.++|++.++..+...+++|+.|+++||+||||. ++.+.+.
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~-l~~~~~~ 100 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAG-IITGLFL 100 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHH-HHHHHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHH-HHHHHHH
Confidence 334445555556666666666777788888777789999999999999999999999999999999999988 5666666
Q ss_pred HHHHHHHhhCCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 100 VAVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSL 179 (416)
Q Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~l~ 179 (416)
..++..+... ....+..+..... ..+.|++.+...++..+++.|..+ +++|++..++.+....+|.+++
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~l~~~---~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g 169 (438)
T 3o7q_A 101 YALGAALFWP-------AAEIMNYTLFLVG---LFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGP-ESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIA 169 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHH-------HHHTTCHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHh-------ccccccHHHHHHH---HHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcC-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6666544310 0011112222222 236778888888888999999985 6889999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHH-Hhccccc---------------cCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-ccCccccc-cccCCCchHH
Q 014880 180 YAIAFIVF-SVSTAKT---------------HADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSR-TEEPRLKM-GLRGNSHARI 241 (416)
Q Consensus 180 ~~~~~~l~-~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~-~~e~~~~~-~~~~~~~~~~ 241 (416)
+.++..+. ...+... ..+...+||+.+.+.+++..+..++.++. .||++.++ +++++++.++
T Consensus 170 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~ 249 (438)
T 3o7q_A 170 VVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAKQGSFSA 249 (438)
T ss_dssp HHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSSTTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccccccchhh
Confidence 88887776 3322100 00011239999887776665555444332 34433221 2223345567
Q ss_pred HHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhcccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHH
Q 014880 242 SWAYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFY-VINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAY 319 (416)
Q Consensus 242 ~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~~~~r~~~~ 319 (416)
++++++|+|.++...+..++..........+.|.| +++.+|.+..+.+.......++.+++.++.+++ +|+++| +.
T Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~--~~ 327 (438)
T 3o7q_A 250 SLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPH--KV 327 (438)
T ss_dssp HHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHH--HH
T ss_pred hHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch--HH
Confidence 78899999998888888888877788888999999 888889999988888888888888898888776 444444 66
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 320 YSAGGVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYV 399 (416)
Q Consensus 320 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l 399 (416)
+..+.++..++...+.+.+ +.+. ....++.|++.+...+...++..+..+++ ++ ...+... ...+|..+++.+
T Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~--~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~ 400 (438)
T 3o7q_A 328 LAAYALIAMALCLISAFAG--GHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TK--YGSSFIV-MTIIGGGIVTPV 400 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCC--HHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HH--HHHHHHH-HTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHcC--CcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-cc--chhhHHH-HHHHHHHHHHHH
Confidence 6667666666655555544 3333 34457788888888888888766666655 44 3333333 333555555444
Q ss_pred Hhhh
Q 014880 400 LQSY 403 (416)
Q Consensus 400 ~~~~ 403 (416)
.+.+
T Consensus 401 ~g~l 404 (438)
T 3o7q_A 401 MGFV 404 (438)
T ss_dssp HHHH
T ss_pred HHHH
Confidence 4433
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.97 E-value=7.4e-30 Score=247.27 Aligned_cols=355 Identities=13% Similarity=0.017 Sum_probs=256.8
Q ss_pred hhhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHHHHHH
Q 014880 24 WSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVS 103 (416)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~~~~~ 103 (416)
+......++.+..........+++|.+.++. .++.++|++.++..+...+++|+.|+++||+||||. ++.+.+...++
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~-l~~~~~~~~~~ 105 (451)
T 1pw4_A 28 QIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVF-LPAGLILAAAV 105 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH-HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHH-HHHHHHHHHHH
Confidence 3344555566666666666778888888889 999999999999999999999999999999999887 66666666666
Q ss_pred HHHhhCCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 104 FSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIA 183 (416)
Q Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~ 183 (416)
.++... .+ ....+.....+. + .+.+++.+...++..+++.|..+ +++|++..++.+.+..+|.++++.++
T Consensus 106 ~~~~~~--~~---~~~~~~~~l~~~-~---~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 175 (451)
T 1pw4_A 106 MLFMGF--VP---WATSSIAVMFVL-L---FLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWS-QKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLF 175 (451)
T ss_dssp HHHHHH--CH---HHHSSSSHHHHH-H---HHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCT-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH
T ss_pred HHHHHh--hh---hccccHHHHHHH-H---HHHHHHhhhccchHHHHHHHHCC-chhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 544321 00 001122222222 2 36778888888888999999885 67899999999999999999988887
Q ss_pred HHHHHhccccccCchhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCccccccc---cC--C-------------Cc-hHHHH
Q 014880 184 FIVFSVSTAKTHADLENQ-YRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMGL---RG--N-------------SH-ARISW 243 (416)
Q Consensus 184 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~---~~--~-------------~~-~~~~~ 243 (416)
+.+.. ..+ ||+.+++.+++.++..++.++..||++.+++. ++ + .+ .+...
T Consensus 176 ~~l~~----------~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (451)
T 1pw4_A 176 LLGMA----------WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFM 245 (451)
T ss_dssp HHHHH----------HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHH
T ss_pred HHHHH----------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchH
Confidence 76663 345 99999988888777766666666664432110 00 0 00 11114
Q ss_pred HHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHH--hhhhHHHH
Q 014880 244 AYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWT--GQRLKAYY 320 (416)
Q Consensus 244 ~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~~--~~r~~~~~ 320 (416)
++.+|+|.++...+..++..........++|.|+.+.+|.+..+.+.+.....++.+++.++.+++ +|+ ++| +.+
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~--~~~ 323 (451)
T 1pw4_A 246 QYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR--GAT 323 (451)
T ss_dssp HHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH--HHH
T ss_pred HHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc--hhH
Confidence 677889998888888888888888889999999998889999888888888888899999888876 444 443 555
Q ss_pred HHHHHHHH-HHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHH-HHHHHHH
Q 014880 321 SAGGVLWV-FCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKM-SCGIAVY 398 (416)
Q Consensus 321 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~-g~~ig~~ 398 (416)
..+..+.. ++...+.+.+.++.+...+..++.|++.+...+....+..+..|++.+| .++|+.+....+ |..+++.
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g--~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 401 (451)
T 1pw4_A 324 GVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAG--TAAGFTGLFGYLGGSVAASA 401 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55554444 5544444444345666667778888888888877778888888888888 788888877777 7777776
Q ss_pred HHhhhc
Q 014880 399 VLQSYQ 404 (416)
Q Consensus 399 l~~~~~ 404 (416)
+.+.+.
T Consensus 402 ~~g~l~ 407 (451)
T 1pw4_A 402 IVGYTV 407 (451)
T ss_dssp HHHHHH
T ss_pred HHHHHH
Confidence 666543
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.96 E-value=4.3e-28 Score=229.42 Aligned_cols=345 Identities=11% Similarity=0.007 Sum_probs=247.6
Q ss_pred hcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHHHHHHHHHhh
Q 014880 29 YGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVF 108 (416)
Q Consensus 29 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~~~~~~~~~~ 108 (416)
..+..+..........+.+|.+.++.|.|+.++|++.++..+...+++|+.|+++||+||||. +..+.....++.....
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~-~~~~~~~~~~~~~~~~ 83 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPV-ILVGMSIFMLATLVAV 83 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchh-HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344556666777777788888777789999999999999999999999999999999999998 5555555555544432
Q ss_pred CCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 109 GGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFS 188 (416)
Q Consensus 109 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~l~~ 188 (416)
. .+..+.... ...+.+++.+...+...+++.|..+ +++|++..+..+....+|..+++.+++.+.
T Consensus 84 ~----------~~~~~~l~~---~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~- 148 (375)
T 2gfp_A 84 T----------TSSLTVLIA---ASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYE-RTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLD- 148 (375)
T ss_dssp H----------HHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-
T ss_pred H----------hccHHHHHH---HHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH-
Confidence 1 111222222 2236677788888888888898875 578999999999999999888777665544
Q ss_pred hccccccCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCccccccccCCCchHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 189 VSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKMGLRGNSHARISWAYWFKKILYYQVALVYMLTRLVVNV 268 (416)
Q Consensus 189 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 268 (416)
+..+||+.+.+.+++.++..+...+..||++.+++ ++++.++++++++|||+++...+..++.......
T Consensus 149 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 217 (375)
T 2gfp_A 149 ---------TMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDA--PRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAA 217 (375)
T ss_dssp ---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTC--CCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCc--ccccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 35689999998887777766655566677543322 2223344567788999988888888888788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HhhcCCchhHHH
Q 014880 269 SQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEMAWTGQRLKAYYSAGGVL-WVFCGAG--ILILPMNMSAFM 345 (416)
Q Consensus 269 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~-~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~ 345 (416)
...+.|.|+++++|.++.+.+.......++.+++.++.+++ .||.++....+... ...+... ....+.++.+..
T Consensus 218 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l---~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 294 (375)
T 2gfp_A 218 FEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRP---NKRFSTLMWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTL 294 (375)
T ss_dssp HHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTT---TTHHHHHHHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHH
Confidence 88999999988889998888888888777777777776544 66654333333333 2222211 111112345555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccc
Q 014880 346 YVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQSK 406 (416)
Q Consensus 346 ~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~~~~~ 406 (416)
.+..++.|++.+...+....+..+..| +++| .+.++.+....+|..+++.+.+.+.++
T Consensus 295 ~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 352 (375)
T 2gfp_A 295 LVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAG--TAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQT 352 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccc--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 667788899998888888888777777 6666 888999999999999888877766543
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.94 E-value=1.3e-23 Score=205.84 Aligned_cols=356 Identities=9% Similarity=-0.033 Sum_probs=234.7
Q ss_pred hhhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------hCCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcc-cCCchhhHHhH
Q 014880 24 WSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTD------IGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDR-FGHFKIWHGAG 96 (416)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr-~Grrk~~ll~~ 96 (416)
+..+......+.....+.....+++.|+++ .|.|+.++|++.++..+...+++|+.|+++|| +||||. +..+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~-~~~~ 91 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPA-VFWG 91 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHH-HHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHH-HHHH
Confidence 344555566677777777788888888876 69999999999999999999999999999999 899987 5666
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhCCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccc--hhHHHhHHHHHHHH
Q 014880 97 SVLVAVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTS--RVVLTSCRNAFTMV 174 (416)
Q Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~ 174 (416)
.+...++..+... . .+.... ...+ .+.+++.+...++..+++.|+.+ +++ |++..+..+...++
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~-------~--~~~~~~-~~~~---~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 157 (491)
T 4aps_A 92 GVLIMLGHIVLAL-------P--FGASAL-FGSI---ILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYD-EHDRRRDAGFSIFVFGINL 157 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHS-------C--CSTTHH-HHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-SCTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH-------h--hhHHHH-HHHH---HHHHHHHHhccchHHHHHHHHcC-cccccceeeehHHHHHHHH
Confidence 6666666544431 1 122222 2222 35677788888888899999875 455 66677778888899
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccccCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCccccc--cccC--CCch-HHHHHH----
Q 014880 175 ANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKM--GLRG--NSHA-RISWAY---- 245 (416)
Q Consensus 175 g~~l~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~~--~~~~--~~~~-~~~~~~---- 245 (416)
|..+++.+++.+.. ..+||+.+.+.++..++..+..++..++...++ ++++ +++. ++..+.
T Consensus 158 g~~~~~~~~~~l~~----------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 227 (491)
T 4aps_A 158 GAFIAPLIVGAAQE----------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLA 227 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH----------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh----------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHH
Confidence 99888887776653 467999998876665555544433322211111 1111 1111 110000
Q ss_pred -------------------------------------------------HHhhH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 246 -------------------------------------------------WFKKI--LYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLA 274 (416)
Q Consensus 246 -------------------------------------------------l~~~~--~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 274 (416)
..+++ ..+.+.+..++..........++|
T Consensus 228 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 307 (491)
T 4aps_A 228 VAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLA 307 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHH
Confidence 00111 122333344444455555667888
Q ss_pred HHHHhhcccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhh---HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-------CCchhH
Q 014880 275 FYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRL---KAYYSAGGVLWVFCGAGILIL-------PMNMSA 343 (416)
Q Consensus 275 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~~~~r~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~ 343 (416)
.|..+..+.+....+.......+...++.++.+++ +|++||. .+.+..+..+.+++...+... +..+.+
T Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (491)
T 4aps_A 308 TFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPL 387 (491)
T ss_dssp HHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTH
T ss_pred HHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHH
Confidence 89888777775556666666677777777777765 5555552 223335555555555444332 122455
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccc
Q 014880 344 FMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQSK 406 (416)
Q Consensus 344 ~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~~~~~ 406 (416)
...+..++.|++.+...+....+..+..|++.+| .+.|+.+....+|..+++.+.+.+.+.
T Consensus 388 ~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~ 448 (491)
T 4aps_A 388 WLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNS--QMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAK 448 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSS--SSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 5667778889999888888888888888999888 788888999999999999998776543
No 5
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.92 E-value=9.9e-25 Score=209.41 Aligned_cols=354 Identities=10% Similarity=0.055 Sum_probs=195.8
Q ss_pred CCchhhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-CCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHH
Q 014880 21 VGRWSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-GLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVL 99 (416)
Q Consensus 21 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~ 99 (416)
++.++.+......+.....+....+++|.|+++. |.|+.++|++.++..+...+++|+.|+++||+||||+++ .+...
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~-~~~~~ 82 (417)
T 2cfq_A 4 LKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLL-WIITG 82 (417)
T ss_dssp TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHH-HHHHH
T ss_pred ccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHH-HHHHH
Confidence 3445555555555666666677778999999885 999999999999999999999999999999999999844 33332
Q ss_pred HHHHH-HHhhCCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHHHHHH
Q 014880 100 VAVSF-SSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLS 178 (416)
Q Consensus 100 ~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~l 178 (416)
..+.. ........+ ....... ....+.....+..++.......+..++. +++|+...+..+....+|..+
T Consensus 83 ~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~---~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~ 153 (417)
T 2cfq_A 83 MLVMFAPFFIFIFGP---LLQYNIL---VGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKV---SRRSNFEFGRARMFGCVGWAL 153 (417)
T ss_dssp TTSCHHHHHHHTHHH---HHHTTCC---HHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHH---HHHHTCCHHHHSSSTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHh---hhhcccchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22110 010000000 0000000 0000000011222222222222222211 123444445554556667666
Q ss_pred HHHHHHHHHHhccccccCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCccccc--cc----cCCCchHHHHHHHHhhHHH
Q 014880 179 LYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKM--GL----RGNSHARISWAYWFKKILY 252 (416)
Q Consensus 179 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~~--~~----~~~~~~~~~~~~l~~~~~~ 252 (416)
++.++..+. ..+|++.+++.++..++..+..++..||++++. ++ ++++...+++++++|+|++
T Consensus 154 ~~~l~~~l~-----------~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 222 (417)
T 2cfq_A 154 GASIVGIMF-----------TINNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSLKLALELFRQPKL 222 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHH-----------HHCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSCCCCCCHHHHHHHTTCHHH
T ss_pred HHHHHHHHH-----------HhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccccccccccHHHHHHHhcCCch
Confidence 666665554 235788887665554444433333334432111 00 1111123456778899988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc---chhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 014880 253 YQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRM---GQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWV 328 (416)
Q Consensus 253 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 328 (416)
+...+..+.....+.....++|.|+.+.++. +....+....+..++.+++.++.+++ +|+++| +.+..+..+.+
T Consensus 223 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~--~~l~~~~~~~~ 300 (417)
T 2cfq_A 223 WFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGK--NALLLAGTIMS 300 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH--HHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHH--HHHHHHHHHHH
Confidence 7666554444444455556688888765542 23344556666666677777777665 444443 66666666655
Q ss_pred HHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014880 329 FCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGT-LSFLDKMSCGIAVYVLQ 401 (416)
Q Consensus 329 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~-~~~~~~~g~~ig~~l~~ 401 (416)
++...+.+.+ +.+.+.+...+.+++.+...+..+.+..+..|++.+| ..++. ++....+|+.+++.+.+
T Consensus 301 ~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G 370 (417)
T 2cfq_A 301 VRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSA--TIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAG 370 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHH--HHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH--HHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHH
Confidence 5544443333 4455555556677776666666667777888888777 55555 24444444444444443
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.87 E-value=5.2e-21 Score=188.91 Aligned_cols=353 Identities=9% Similarity=-0.028 Sum_probs=203.7
Q ss_pred hhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-C------CChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccc-CCchhhHHhHH
Q 014880 26 VLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-G------LSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRF-GHFKIWHGAGS 97 (416)
Q Consensus 26 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~-Grrk~~ll~~~ 97 (416)
.+......+.....++....+++.|+++. | .|+.++|++.+++.+...+++++.|+++||+ ||||. +..+.
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~-~~~~~ 92 (524)
T 2xut_A 14 IPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNT-ILWLS 92 (524)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHH-HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH-HHHHH
Confidence 34455566667777778888999998875 8 9999999999999999999999999999999 99987 55555
Q ss_pred HHHHHHHHHhhCCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhH---HHHHHHH
Q 014880 98 VLVAVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSC---RNAFTMV 174 (416)
Q Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~ 174 (416)
+...++..+... .. .+.....+. ..+.+++.+...++..+++.|..+ +++|++..+. .+...++
T Consensus 93 ~~~~~~~~~~~~-------~~-~~~~~~~~~----~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 159 (524)
T 2xut_A 93 LIYCVGHAFLAI-------FE-HSVQGFYTG----LFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFD-QSNKSLAQKAFDMFYFTINF 159 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH-------TS-SCHHHHHHH----HHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCS-TTTTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHH-------hc-ccHHHHHHH----HHHHHHhccccchhHHHHHHHHcC-ccchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555444321 11 122222222 236678888888888899999886 5677665555 7777888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccccCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCcccc-ccccCCCch--------------
Q 014880 175 ANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLK-MGLRGNSHA-------------- 239 (416)
Q Consensus 175 g~~l~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~-~~~~~~~~~-------------- 239 (416)
|..+++.+++.+. +..+|++.+.+.+++.++..+..++..++.+.+ +++++..+.
T Consensus 160 g~~~g~~~~~~l~----------~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (524)
T 2xut_A 160 GSFFASLSMPLLL----------KNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEG 229 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTSTHHH----------HTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHh----------ccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcc
Confidence 8877766655554 245799999888777665554443322221111 100000000
Q ss_pred -HH-------------------------------------------HHHHHH-----------hhHH-HHHHHHHHH---
Q 014880 240 -RI-------------------------------------------SWAYWF-----------KKIL-YYQVALVYM--- 260 (416)
Q Consensus 240 -~~-------------------------------------------~~~~l~-----------~~~~-~~~~~l~~~--- 260 (416)
.. ++++.. ++++ .........
T Consensus 230 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (524)
T 2xut_A 230 KGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVT 309 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSH
T ss_pred cCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 000000 1111 111111111
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccch-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHHhhhh--HHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 261 LTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQ-SAKALVPAIIYICSFIVSILLQE-----MAWTGQRL--KAYYSAGGVLWVFCGA 332 (416)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~-----~~~~~~r~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 332 (416)
+..........+++.+..+ .+.+. ...+.+.....++.++..++.++ .++.++|. ++.+.++.++.+++..
T Consensus 310 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 388 (524)
T 2xut_A 310 PFWSLFDQKASTWILQAND-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWI 388 (524)
T ss_dssp HHHTTTSSTTTHHHHHHHH-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhccchhhHHhHHh-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1111111112233333322 22211 11223222222233334333332 12322222 2445566666666655
Q ss_pred HHhhcC-------CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 014880 333 GILILP-------MNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQS 405 (416)
Q Consensus 333 ~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~~~~ 405 (416)
.+.... ..+.+...+..++.|++.+...+...++..+..|++.+| .++|+.+....+|+.+++.+.+.+.+
T Consensus 389 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g--~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~ 466 (524)
T 2xut_A 389 VVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKG--TIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKS 466 (524)
T ss_dssp TTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCT--TTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 444432 134555667778899999999888888888889998888 78888888888888888888877654
No 7
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.85 E-value=5.9e-19 Score=172.60 Aligned_cols=333 Identities=12% Similarity=0.053 Sum_probs=188.1
Q ss_pred ChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHHHHHHHHHhhCCccCccc----------ccccchhhHH
Q 014880 57 SPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVFGGCMPCRI----------LSTSTLKVET 126 (416)
Q Consensus 57 s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~ 126 (416)
+..+.|++.+.+.+...+++++.|+++||+|||+. ++.+.+++.++.++... .+... ....+....+
T Consensus 53 ~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~-l~~~~~l~~i~~i~~a~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l 129 (491)
T 4gc0_A 53 ANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDS-LKIAAVLFFISGVGSAW--PELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEF 129 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHC--TTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH--HhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHH
Confidence 45678899999999999999999999999999988 55555555555433321 01000 0011222233
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccCchhhHHHHHH
Q 014880 127 ISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIA 206 (416)
Q Consensus 127 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 206 (416)
+..+ .+.|++.+...+...+++.|..+ +++|++..+..+.+...|.+++..++..+........ .....||+.+
T Consensus 130 ~~~R---~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p-~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~ 203 (491)
T 4gc0_A 130 VIYR---IIGGIGVGLASMLSPMYIAELAP-AHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASW--LNTDGWRYMF 203 (491)
T ss_dssp HHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC-GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTT--TTTTHHHHHH
T ss_pred HHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCC-HHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcccccccc--ccchhhHHHh
Confidence 3333 47778888888888899999986 7889999999999999998888777665554332211 1346788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhccCccccc---cc-cC-------------CC----chHHH---------HHHHHhhHHHHHHH
Q 014880 207 YSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLKM---GL-RG-------------NS----HARIS---------WAYWFKKILYYQVA 256 (416)
Q Consensus 207 ~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~~---~~-~~-------------~~----~~~~~---------~~~l~~~~~~~~~~ 256 (416)
.+..+..++..+. .+..||+++.. .+ ++ .+ +.++. ....++.++.....
T Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~-~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 282 (491)
T 4gc0_A 204 ASECIPALLFLML-LYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGV 282 (491)
T ss_dssp HTTHHHHHHHHHH-GGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhh-hhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHH
Confidence 7776666555544 35566653210 00 00 00 00000 00111112222222
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014880 257 LVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVFCGAGIL 335 (416)
Q Consensus 257 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 335 (416)
...++..........++..++.+..+.+............+...++.++.+.+ +|++|| +.++.+.....++...+.
T Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr--~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 360 (491)
T 4gc0_A 283 MLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRK--PLQIIGALGMAIGMFSLG 360 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSH--HHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCc--chhccchHHHHHHHHHHH
Confidence 22222222222233444445555566666555555555566677777776655 566665 555555555554443332
Q ss_pred --hcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 014880 336 --ILPMNMSAFMYVLAIFVGIANAL-MMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSY 403 (416)
Q Consensus 336 --~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~~ 403 (416)
.......+.......+...+.+. ..+..+.+..|..|.+.++ ...|+.+....+++.+++.+...+
T Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~--~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l 429 (491)
T 4gc0_A 361 TAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRG--KALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMM 429 (491)
T ss_dssp HHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHH
T ss_pred HHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 12222222222222222222222 2355667788888988887 666777777777777776655433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.26 E-value=8.9e-11 Score=112.94 Aligned_cols=177 Identities=9% Similarity=-0.037 Sum_probs=122.0
Q ss_pred hhhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-CCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccc--CCchhhHHhHHHHH
Q 014880 24 WSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLFLTDI-GLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRF--GHFKIWHGAGSVLV 100 (416)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~--Grrk~~ll~~~~~~ 100 (416)
+..+...+..+...........++|.|+++. |.++.+.+++.++..+...++.++.|+++||+ |||+.++....+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 331 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLV 331 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHH
Confidence 4445566666666677777788999999995 99999999999999999999999999999999 99887444333333
Q ss_pred HHHHHHhhCCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHH-HHHHH
Q 014880 101 AVSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMV-ANLSL 179 (416)
Q Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~l~ 179 (416)
.++...+.. ....+.+...... .+.+.+.+.......++..+..+ +++|++..++.+....+ |..++
T Consensus 332 ~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~----~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 399 (451)
T 1pw4_A 332 TIATIVYWM-------NPAGNPTVDMICM----IVIGFLIYGPVMLIGLHALELAP-KKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAA 399 (451)
T ss_dssp HHHHHHTTS-------CCTTCHHHHHHHH----HHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSC-TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH-------hcccCHHHHHHHH----HHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhc-hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 244433321 1111222222222 24555555666666677888775 57899999999999999 99888
Q ss_pred HHHHHHHHHhccccccCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 014880 180 YAIAFIVFSVSTAKTHADLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLS 222 (416)
Q Consensus 180 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~ 222 (416)
+.+.+.+.. ..+|+..+.+.+++.++..+..++
T Consensus 400 ~~~~g~l~~----------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 400 SAIVGYTVD----------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHH----------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH----------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888777764 335677777766666555554443
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.06 E-value=3.8e-09 Score=101.11 Aligned_cols=165 Identities=11% Similarity=-0.029 Sum_probs=106.5
Q ss_pred hhhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHh-CCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHHHH
Q 014880 24 WSVLYYGSGHMLNDITAACWFTYLLLF-LTDI-GLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVA 101 (416)
Q Consensus 24 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~l~~~-~~~~-g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~~~ 101 (416)
++.+...+..+...........++|.| +++. |.++.+.+...++..+...++.++.|+++||+||||. +..+.+...
T Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~-~~~~~~~~~ 336 (438)
T 3o7q_A 258 RHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKV-LAAYALIAM 336 (438)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH-HHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH-HHHHHHHHH
Confidence 344445555555566666777889999 8887 9999999999999999999999999999999999887 444445444
Q ss_pred HHHHHhhCCccCcccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 102 VSFSSVFGGCMPCRILSTSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYA 181 (416)
Q Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~ 181 (416)
++...... . +........ .+.+++.+...+...++..+..+ ++|+...++.. ...+|..+++.
T Consensus 337 ~~~~~~~~-------~---~~~~~~~~~----~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~ 399 (438)
T 3o7q_A 337 ALCLISAF-------A---GGHVGLIAL----TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLG--QDTKYGSSFIV-MTIIGGGIVTP 399 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH-------C---CHHHHHHHH----HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCG--GGHHHHHHHHH-HTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH-------c---CCcHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc--ccccchhhHHH-HHHHHHHHHHH
Confidence 44433321 1 111121222 24555566666666677676654 34777777665 45577777776
Q ss_pred HHHHHHHhccccccCchhhH-HHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 182 IAFIVFSVSTAKTHADLENQ-YRWIAYSSIFIGCCF 216 (416)
Q Consensus 182 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~i~~~~ 216 (416)
+.+.+.. ..+ ++..+.+.+++.++.
T Consensus 400 ~~g~l~~----------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (438)
T 3o7q_A 400 VMGFVSD----------AAGNIPTAELIPALCFAVI 425 (438)
T ss_dssp HHHHHHH----------HHTSSGGGGHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHH----------HhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6666653 334 555655554443333
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.06 E-value=3.4e-09 Score=101.13 Aligned_cols=161 Identities=11% Similarity=0.035 Sum_probs=101.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHh-C---CChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHHHHHHHHHhhCCccCcccc
Q 014880 42 CWFTYLLLFLTDI-G---LSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVFGGCMPCRIL 117 (416)
Q Consensus 42 ~~~~~l~~~~~~~-g---~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 117 (416)
.....+|.|+++. + .+....|...++..+...++.++.|+++||+||||. +..+.....+....... .
T Consensus 238 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~-l~~~~~~~~~~~~~~~~-------~ 309 (417)
T 2cfq_A 238 VFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNA-LLLAGTIMSVRIIGSSF-------A 309 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHTT-------C
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH-------h
Confidence 3334577787764 3 235567888888888888899999999999999887 44555555554433221 1
Q ss_pred cccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhccCCCccchhHHHhHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccC
Q 014880 118 STSTLKVETISYCVFAAIFNVGWAATQVAHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCR-NAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHA 196 (416)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~-~~~~~~g~~l~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 196 (416)
.+....... ..+.+.+.+....+..++.+|..+ ++.|++..+.. +....+|..+++.+.+.+..
T Consensus 310 --~~~~~~~~~----~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~-------- 374 (417)
T 2cfq_A 310 --TSALEVVIL----KTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFE-VRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE-------- 374 (417)
T ss_dssp --CSHHHHHHH----TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC-HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH--------
T ss_pred --ccHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH--------
Confidence 111211111 113334444444555677777775 67788877773 66667888777777665552
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCc
Q 014880 197 DLENQYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEP 227 (416)
Q Consensus 197 ~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~ 227 (416)
..+++..+.+.+++.++..+..+...||+
T Consensus 375 --~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 375 --SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp --HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred --hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 44677778877777776666655556653
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=98.94 E-value=2.6e-08 Score=96.94 Aligned_cols=149 Identities=15% Similarity=0.088 Sum_probs=113.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----cccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HH-HhhhhHHHHHHH
Q 014880 251 LYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVIND-----LRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AW-TGQRLKAYYSAG 323 (416)
Q Consensus 251 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~-~~~r~~~~~~~~ 323 (416)
.++.+....++.....+....+++.|+.++ +|.+..+.+++.....++..++.++.|++ || +++| +.+..+
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r--~~~~~~ 91 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGAR--PAVFWG 91 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHH--HHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccch--HHHHHH
Confidence 455666677777778888888999999887 99999999999999999999999998877 45 4554 788888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 014880 324 GVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSY 403 (416)
Q Consensus 324 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~~ 403 (416)
.++..++..+..+.+ +.+.+++..++.|++.+...+....+..+..|+++++.+...+..+....+|..+++.+.+.+
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l 169 (491)
T 4aps_A 92 GVLIMLGHIVLALPF--GASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAA 169 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877777766665543 666777788899999999998888888888877663333666666666666666666655554
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.84 E-value=2.6e-08 Score=96.88 Aligned_cols=174 Identities=13% Similarity=0.014 Sum_probs=105.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhCCChHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccCCchhhHHhHHHHHHHHHHHhhCCccCcccccccc
Q 014880 42 CWFTYLLLFLTDIGLSPRGAAAVMLSGQIADGFATIFIGELIDRFGHFKIWHGAGSVLVAVSFSSVFGGCMPCRILSTST 121 (416)
Q Consensus 42 ~~~~~l~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~p~~G~lsDr~Grrk~~ll~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 121 (416)
....+.+.+.++.+.+............+...+..++.+.+.||+|||+. ++.+.....++...+.. . ......
T Consensus 295 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~-~~~~~~~~~~~~~~l~~---~--~~~~~~ 368 (491)
T 4gc0_A 295 VVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPL-QIIGALGMAIGMFSLGT---A--FYTQAP 368 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH---H--HHTTCC
T ss_pred HHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcch-hccchHHHHHHHHHHHH---H--Hhcccc
Confidence 33445555555668888777777777888888999999999999999887 44444444443322210 0 001111
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hhhhhhhccCCCccchhHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccCchhh
Q 014880 122 LKVETISYCVFAAIFNVGWAATQV-AHMSMVNCITLNSTSRVVLTSCRNAFTMVANLSLYAIAFIVFSVSTAKTHADLEN 200 (416)
Q Consensus 122 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~al~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 200 (416)
......... ++..+++.... ....+.+|+.| .+.|++..++......+++.+++.+.+.+...... ....
T Consensus 369 ~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fP-t~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~----~~~~ 439 (491)
T 4gc0_A 369 GIVALLSML----FYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFP-NAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWL----VAHF 439 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHH----HHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSC-TTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHH----HHHH
T ss_pred hHHHHHHHH----HHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCC-HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----Hhhh
Confidence 111111111 22222222222 23466778875 67899999999888889988877666554322110 0123
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCcccc
Q 014880 201 QYRWIAYSSIFIGCCFVGIFLSRTEEPRLK 230 (416)
Q Consensus 201 ~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~e~~~~ 230 (416)
++.+.+++.+++.++..++.+++.||++.+
T Consensus 440 ~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 440 HNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 445567777888888888888889997654
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.78 E-value=6.2e-08 Score=95.05 Aligned_cols=151 Identities=9% Similarity=-0.020 Sum_probs=112.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc------cchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHH-hhhhHHHHH
Q 014880 250 ILYYQVALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLR------MGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWT-GQRLKAYYS 321 (416)
Q Consensus 250 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~~-~~r~~~~~~ 321 (416)
+.++.+.+..++.....+....+++.|+.+++| .+..+.+++.....++..++.++.|++ +|+ ++| +.+.
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r--~~~~ 89 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKY--NTIL 89 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSH--HHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcch--HHHH
Confidence 445666777777778888888999999999899 999999999988888889999888876 455 554 7777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccc-hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 322 AGGVLWVFCGAGILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGC-AFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVL 400 (416)
Q Consensus 322 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~-g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~ 400 (416)
++.++.+++..+..+.+ .+.+.+++..++.|++.+...+...++..+..|++++|. ...++..+....+|..+++.+.
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 168 (524)
T 2xut_A 90 WLSLIYCVGHAFLAIFE-HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSM 168 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTS-SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77777777766555543 256667777889999999998888888888888887761 1233336666777777776655
Q ss_pred hhh
Q 014880 401 QSY 403 (416)
Q Consensus 401 ~~~ 403 (416)
+.+
T Consensus 169 ~~l 171 (524)
T 2xut_A 169 PLL 171 (524)
T ss_dssp THH
T ss_pred HHH
Confidence 544
No 14
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=98.57 E-value=4.3e-07 Score=84.90 Aligned_cols=144 Identities=10% Similarity=0.067 Sum_probs=107.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 014880 255 VALVYMLTRLVVNVSQAYLAFYVINDLRMGQSAKALVPAIIYICSFIVSILLQEM-AWTGQRLKAYYSAGGVLWVFCGAG 333 (416)
Q Consensus 255 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~l~~~~-~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (416)
+.+..++...........+|.+ .+++|.++.+.++......++..++.++.|++ ||++| |+.+..+..+..++...
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~--r~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADM-ARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGR--RPVILVGMSIFMLATLV 81 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCC--CCCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHH-HHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCC--chhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3445555555666666666665 56689999999999888888888888888776 34444 47777777777777666
Q ss_pred HhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhheeeeccccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 014880 334 ILILPMNMSAFMYVLAIFVGIANALMMVTGISMQNVLVGEDLSGCAFVCGTLSFLDKMSCGIAVYVLQSYQS 405 (416)
Q Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~G~g~~~~~~~~~~~~g~~ig~~l~~~~~~ 405 (416)
..+.+ +.+.+++..++.|++.+...+....+..+..|+++++ ...+..+....+|..+++.+.+.+.+
T Consensus 82 ~~~~~--~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~ 149 (375)
T 2gfp_A 82 AVTTS--SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLR--HANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT 149 (375)
T ss_dssp HHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCC--SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC
T ss_pred HHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH
Confidence 55543 7777778889999999998888888888888888877 67788888888888888777766544
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=45.00 E-value=5.4 Score=19.53 Aligned_cols=13 Identities=38% Similarity=0.833 Sum_probs=10.7
Q ss_pred hhhhhhcccCCch
Q 014880 78 FIGELIDRFGHFK 90 (416)
Q Consensus 78 ~~G~lsDr~Grrk 90 (416)
++|.+..+||||.
T Consensus 2 lfgklikkfgrka 14 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKA 14 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHH
Confidence 4788999999964
Done!