Query 015963
Match_columns 397
No_of_seqs 386 out of 1435
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 05:34:10 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/015963.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/015963hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 9.9E-37 3.4E-41 286.4 37.0 324 45-374 7-370 (491)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3.2E-31 1.1E-35 245.2 32.3 281 49-365 25-344 (438)
3 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 3.8E-31 1.3E-35 245.6 21.4 296 47-361 25-336 (451)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.2E-28 4E-33 223.3 16.0 253 54-345 4-264 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 1.3E-24 4.4E-29 203.9 31.0 145 73-217 37-193 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 1.8E-22 6.1E-27 185.1 6.2 267 67-363 24-306 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.8E-20 6.2E-25 177.1 18.2 146 73-218 36-196 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 3.7E-14 1.3E-18 131.1 15.1 152 69-220 271-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 2.6E-13 8.8E-18 124.2 10.9 142 84-225 258-405 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 1.7E-12 5.8E-17 119.4 14.1 146 71-219 279-431 (438)
11 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.4 4.4E-13 1.5E-17 125.3 7.8 156 69-224 296-467 (491)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 2.7E-12 9.2E-17 120.0 12.2 153 70-222 303-474 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.0 7.6E-11 2.6E-15 106.1 3.3 128 76-206 226-362 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.9 4.3E-09 1.5E-13 99.1 11.2 149 70-218 319-500 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 75.7 1.7 5.8E-05 20.0 1.6 14 104-117 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 34.2 1.1E+02 0.0038 23.8 6.3 25 91-115 99-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=9.9e-37 Score=286.38 Aligned_cols=324 Identities=29% Similarity=0.431 Sum_probs=259.7
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHhhhcccccCcccHHHHHHhhcC--------CchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchh
Q 015963 45 SVSVVFCVLVVALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKL--------TISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKG 116 (397)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--------s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~ 116 (397)
+++.+.+.++.+++.+..|+|.++++..+|.++++++. +..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||+
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~ 86 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRD 86 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHH
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHH
Confidence 34566777778889999999999999999999998843 2346789999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hhcchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHH
Q 015963 117 SLMIAAVPNIIGWLIIS------------------FSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSV 178 (397)
Q Consensus 117 ~~~~~~~l~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~ 178 (397)
+++++.+++.+++++++ .++|+++++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..++
T Consensus 87 ~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~ 166 (491)
T 4gc0_A 87 SLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSF 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHh
Confidence 99999999999999999 478999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhh------------hhHHHHHHhHHHHHHHHhhhccccCChhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCC
Q 015963 179 NQLSVTIGIMLAYLLGLFV------------NWRVLAVLGVLPCTLLIPGLFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGF 246 (397)
Q Consensus 179 ~~~~~~~g~~~~~~i~~~~------------~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 246 (397)
.+.+..+|..+++.++... +||+.+.+..++.++.++..+++||+|+|+..+++.|++.+.+++..+.
T Consensus 167 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~ 246 (491)
T 4gc0_A 167 NQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGN 246 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCC
Confidence 9999999999988877443 5888888888888888888889999999999999999999888776543
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhhHHHHHhccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhHHHHHhhcCCCchh--HHHHH
Q 015963 247 DTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGIGLLVLQQLSGINGVLFYSSNIFANAGISSSN--VATFG 324 (397)
Q Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~--~~~~~ 324 (397)
+...++..+..+.. ++ .++...... ....++..+......+.++.+.+.+.+|.+.+.++.+.+... .....
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~-~~--~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 320 (491)
T 4gc0_A 247 TLATQAVQEIKHSL-DH--GRKTGGRLL---MFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTII 320 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH-HH--HHHHTTHHH---HSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHH-Hh--hhhhhhHHH---HhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHH
Confidence 32221111111111 11 111111111 122334556666677777788888899999998887776554 45567
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccch
Q 015963 325 LGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLVSVAFFLEVGHA 374 (397)
Q Consensus 325 ~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 374 (397)
.++..+++.++++++.||+|||+.++.+...+.++++.++..........
T Consensus 321 ~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 370 (491)
T 4gc0_A 321 VGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGI 370 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchH
Confidence 78888999999999999999999999999998888888777665544433
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=3.2e-31 Score=245.19 Aligned_cols=281 Identities=12% Similarity=0.122 Sum_probs=221.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhcccccCcccHHHHHHhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHHHHHH
Q 015963 49 VFCVLVVALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIG 128 (397)
Q Consensus 49 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~ 128 (397)
+.....+++..+..+++.....+..|.+.+++|.+.++.+++.+++.+++.+++++.|+++||+|||++++.+.++.+++
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~ 104 (438)
T 3o7q_A 25 IIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALG 104 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44445556666777888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHH---HhhcchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh-------
Q 015963 129 WLII---SFSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFVN------- 198 (397)
Q Consensus 129 ~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~~------- 198 (397)
.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..+++.+++.+.
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~ 184 (438)
T 3o7q_A 105 AALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQ 184 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCC
T ss_pred HHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Confidence 9999 888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999987762
Q ss_pred -----------------------hHHHHHHhHHHHHHHHhhhc--cccCChhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCchhHHH
Q 015963 199 -----------------------WRVLAVLGVLPCTLLIPGLF--FIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIE 253 (397)
Q Consensus 199 -----------------------w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~--~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (397)
||+.|++.++..++..+..+ ..||+++...
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~------------------------- 239 (438)
T 3o7q_A 185 SQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNH------------------------- 239 (438)
T ss_dssp CHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCC-------------------------
T ss_pred cccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccc-------------------------
Confidence 99999877766555544333 2455532100
Q ss_pred HHHHHHHHhhhcchhhhhHHHHHhccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhHHHH-Hhhc-CCCchh--HHHHHHHHHH
Q 015963 254 VNEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGIGLLVLQQLSGINGVLFYSSNI-FANA-GISSSN--VATFGLGVVQ 329 (397)
Q Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-g~~~~~--~~~~~~~~~~ 329 (397)
.++++++.+..++++++++..+...+...+.. ........+.+.+ +++. |.+... .......++.
T Consensus 240 -------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 308 (438)
T 3o7q_A 240 -------SDAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYV----GAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCF 308 (438)
T ss_dssp -------CCSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------ccccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00111223345566666665554444333322 2345566777777 7665 777665 5666778889
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 015963 330 VVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLVSV 365 (397)
Q Consensus 330 ~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (397)
+++.++.++++||++||+.+..+..+..++++++..
T Consensus 309 ~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (438)
T 3o7q_A 309 FIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF 344 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999998888777776655443
No 3
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.98 E-value=3.8e-31 Score=245.57 Aligned_cols=296 Identities=13% Similarity=0.092 Sum_probs=222.4
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhcccccCcccHHHHHHhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHHHH
Q 015963 47 SVVFCVLVVALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNI 126 (397)
Q Consensus 47 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~ 126 (397)
.++......+++.+..+++...+.+.+|.+.+++ .+.++.+++.+++.++..+++++.|+++||+|||++++.+.++.+
T Consensus 25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 25 LRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHH
Confidence 4456666777777888888889999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHh----hcchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----h
Q 015963 127 IGWLIISF----SKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----N 198 (397)
Q Consensus 127 ~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----~ 198 (397)
++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+ +
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g 183 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFN 183 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 99999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998764 7
Q ss_pred -hHHHHHHhHHHHHHHHh-hhccccCChhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhhHHHHH
Q 015963 199 -WRVLAVLGVLPCTLLIP-GLFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELK 276 (397)
Q Consensus 199 -w~~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 276 (397)
||+.|++.+++.++..+ .++++||+|+....+.+.++ ..+.+.+ .++..+++....+...++++
T Consensus 184 ~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 249 (451)
T 1pw4_A 184 DWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEY-----------KNDYPDD---YNEKAEQELTAKQIFMQYVL 249 (451)
T ss_dssp CSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTT-----------CCC----------------CCTHHHHHHTS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhh-----------ccccccc---chhhhhcccccccchHHHHH
Confidence 99999998887766544 45667887764221111000 0000000 00000001111111133444
Q ss_pred hccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHhHHHHHhh-cCCCchh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--chhHHHHH
Q 015963 277 RKRYWFPLMIGIGLLVLQQLSGINGVLFYSSNIFAN-AGISSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKA--GRRLLLLI 351 (397)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~--~~~~~~~~ 351 (397)
+++. ++...+..+........+..+.|.++++ .|.++.. .......++.+++.++.+++.||+ +||+.+..
T Consensus 250 ~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 250 PNKL----LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp SCHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred cCHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 4433 2333333333444456677888888877 6787665 666677889999999999999999 99988877
Q ss_pred HHHHHH-HHHH
Q 015963 352 SSSGMA-ASFF 361 (397)
Q Consensus 352 ~~~~~~-~~~~ 361 (397)
+..+.. ++++
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~ 336 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATI 336 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 665555 4443
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.96 E-value=1.2e-28 Score=223.32 Aligned_cols=253 Identities=15% Similarity=0.147 Sum_probs=200.0
Q ss_pred HHHHHHHhhhcccccCcccHHHHHHhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 015963 54 VVALGPIQFGFTCGYSSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWLIIS 133 (397)
Q Consensus 54 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~ 133 (397)
.+++..+..+++.+.+.+..|.+.+++|.+.++.+++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.+
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 83 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAV 83 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44555666777888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhcchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHhHHH
Q 015963 134 FSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLP 209 (397)
Q Consensus 134 ~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----~w~~~f~~~~~~ 209 (397)
++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+ +||+.|++.++.
T Consensus 84 ~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 163 (375)
T 2gfp_A 84 TTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVL 163 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998776 899999988887
Q ss_pred HHHHHh-hhccccCChhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhhHHHHHhccchhhHHHHH
Q 015963 210 CTLLIP-GLFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGI 288 (397)
Q Consensus 210 ~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 288 (397)
.++..+ ..+++||+++... ++++.+.+++++++++..+...+..
T Consensus 164 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 208 (375)
T 2gfp_A 164 CAGVTFSMARWMPETRPVDA-----------------------------------PRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLML 208 (375)
T ss_dssp HHHHHCCCCCSSCCCSTTTC-----------------------------------CCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHCcccCCCCc-----------------------------------ccccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHH
Confidence 776655 5566788754210 0011222334455554444333332
Q ss_pred HHHHHHHhhhhHHHHHhHHHHHhh-cCCCchh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhch
Q 015963 289 GLLVLQQLSGINGVLFYSSNIFAN-AGISSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKAGR 345 (397)
Q Consensus 289 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~ 345 (397)
.+ ..........+.|.++++ .|.++.. .......++.+++.++.+++.||.++
T Consensus 209 ~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~ 264 (375)
T 2gfp_A 209 IG----GLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFST 264 (375)
T ss_dssp HH----HHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHH
T ss_pred HH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22 222334455555555554 4665444 55566678888889999999998887
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.94 E-value=1.3e-24 Score=203.90 Aligned_cols=145 Identities=15% Similarity=0.174 Sum_probs=131.2
Q ss_pred HHHHHHh-----hcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhh-hcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHH
Q 015963 73 QAEIISD-----LKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEY-IGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSKDSSFLFMGRL 146 (397)
Q Consensus 73 ~~~i~~~-----~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~ 146 (397)
.+.+.++ +|.+.++.+++.+++.++..+++++.|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+
T Consensus 37 ~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 116 (491)
T 4aps_A 37 LYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSII 116 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHH
Confidence 3445555 99999999999999999999999999999999 89999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHhHHHHHHHHhhh
Q 015963 147 LEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNM--RGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIPGL 217 (397)
Q Consensus 147 l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 217 (397)
++|++.+...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+..+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++.++..
T Consensus 117 l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 193 (491)
T 4aps_A 117 LIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVY 193 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999988 77788889999999999999988776 89999999877666555443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.86 E-value=1.8e-22 Score=185.12 Aligned_cols=267 Identities=13% Similarity=0.049 Sum_probs=156.3
Q ss_pred ccCcccHHH-HHHhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHHHHHHHH---HHHhhcch-hHH
Q 015963 67 GYSSPTQAE-IISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWL---IISFSKDS-SFL 141 (397)
Q Consensus 67 ~~~~~~~~~-i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~---~~~~~~~~-~~l 141 (397)
+...+.+|. +++++|.+..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++.+..+.+++.. ...+++.. ..+
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 103 (417)
T 2cfq_A 24 GAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNI 103 (417)
T ss_dssp HHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344566665 5567999999999999999999999999999999999999999988877765322 11222211 123
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCC--CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh---hhHHHHHHhHHHHHHHHhh
Q 015963 142 FMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQ--NMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV---NWRVLAVLGVLPCTLLIPG 216 (397)
Q Consensus 142 ~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~---~w~~~f~~~~~~~~~~~~~ 216 (397)
...+.+.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+.
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 183 (417)
T 2cfq_A 104 LVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVL 183 (417)
T ss_dssp CHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3455666655555444444444444432 3456566666666677777888777665 7999999877765555544
Q ss_pred hccccCChhHHHhcCCHHHHHHHHHHHhCCCchhHHHHHHHHHHHhhhcchhhhhHHHHHhccchhhHHHHHHHHHHHHh
Q 015963 217 LFFIPESPRWLAKMGMTEDFESSLQVLRGFDTDISIEVNEIKRSVASSSRRTAIRFAELKRKRYWFPLMIGIGLLVLQQL 296 (397)
Q Consensus 217 ~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 296 (397)
.++.+|+++...++. + + + .+++++.....++++++++..+...+......
T Consensus 184 ~~~~~~~~~~~~~~~---~-----------~-~-----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 233 (417)
T 2cfq_A 184 LFFAKTDAPSSATVA---N-----------A-V-----------GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVS---- 233 (417)
T ss_dssp SCSSCCCCSCSSCSS---S-----------S-S-----------SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHH----
T ss_pred HHHcCcccccccccc---c-----------c-c-----------ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHH----
Confidence 444444331000000 0 0 0 00001111123445555544433332211111
Q ss_pred hhhHHHHHhHHHHHhhc-CC---Cchh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 015963 297 SGINGVLFYSSNIFANA-GI---SSSN--VATFGLGVVQVVATGVNTWLMDKAGRRLLLLISSSGMAASFFLV 363 (397)
Q Consensus 297 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~---~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 363 (397)
..+.....+.|.++.+. +. +... .......++.+++.++.++++||++||+.+..+..+.+++.+.+
T Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 306 (417)
T 2cfq_A 234 CTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGS 306 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11222333345554432 21 1111 33445566778899999999999999998887777666654433
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.85 E-value=1.8e-20 Score=177.10 Aligned_cols=146 Identities=13% Similarity=0.122 Sum_probs=131.9
Q ss_pred HHHHHHhhc------CCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhh-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-chhHHHHH
Q 015963 73 QAEIISDLK------LTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYI-GRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSK-DSSFLFMG 144 (397)
Q Consensus 73 ~~~i~~~~~------~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~ 144 (397)
.+.+.+++| .+..+.+++.+++.++..+++++.|+++||+ |||+++..+.++.+++.+++++++ +++.+++.
T Consensus 36 ~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 115 (524)
T 2xut_A 36 TPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTG 115 (524)
T ss_dssp HHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHH
Confidence 345678899 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHhHHHHHHHHhhh
Q 015963 145 RLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSV---NQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIPGL 217 (397)
Q Consensus 145 r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 217 (397)
|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+.+..+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+..
T Consensus 116 ~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 116 LFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999876666 8889999999999988766 89999998887766655543
Q ss_pred c
Q 015963 218 F 218 (397)
Q Consensus 218 ~ 218 (397)
+
T Consensus 196 ~ 196 (524)
T 2xut_A 196 W 196 (524)
T ss_dssp H
T ss_pred H
Confidence 3
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.56 E-value=3.7e-14 Score=131.07 Aligned_cols=152 Identities=13% Similarity=0.154 Sum_probs=128.2
Q ss_pred CcccHHHHHHh-hcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhh--cchhHHHHHHHHHH-HHHHHHHhh--cchhHHH
Q 015963 69 SSPTQAEIISD-LKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYI--GRKGSLMIAAVPNI-IGWLIISFS--KDSSFLF 142 (397)
Q Consensus 69 ~~~~~~~i~~~-~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--Grr~~~~~~~~l~~-~~~~~~~~~--~~~~~l~ 142 (397)
.....|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+.++.. ++.++..+. ++.+.+.
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 350 (451)
T 1pw4_A 271 ILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDM 350 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHH
Confidence 34556666555 899999999999999999999999999999999 99999888877776 666666665 3677788
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHhHHHHHHHHhhh
Q 015963 143 MGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTI-GIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIPGL 217 (397)
Q Consensus 143 ~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~i~~~~----~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 217 (397)
+..++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..++|.+.+.+ +|+..|++.++..++..+..
T Consensus 351 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 430 (451)
T 1pw4_A 351 ICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILL 430 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8889999999888888899999999999999999999999999 999999888776 79999998887777666554
Q ss_pred ccc
Q 015963 218 FFI 220 (397)
Q Consensus 218 ~~~ 220 (397)
+++
T Consensus 431 ~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 431 IVV 433 (451)
T ss_dssp HHH
T ss_pred HHH
Confidence 443
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.45 E-value=2.6e-13 Score=124.16 Aligned_cols=142 Identities=13% Similarity=0.067 Sum_probs=117.0
Q ss_pred chhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh
Q 015963 84 ISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSKDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYI 163 (397)
Q Consensus 84 ~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i 163 (397)
....++..++..++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45568888888889999999999999999999999999988888887888888888888888888888777777778899
Q ss_pred heecCCCcchhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHhHHHHHHHHhh-hccccCChh
Q 015963 164 AEIAPQNMRGSLGSV-NQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLGVLPCTLLIPG-LFFIPESPR 225 (397)
Q Consensus 164 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----~w~~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~~~ 225 (397)
.|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++.+ +++..|.+.++..++..+. +...||+++
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 999999999999888 4777788888888888765 7788888877776666554 444666543
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.42 E-value=1.7e-12 Score=119.45 Aligned_cols=146 Identities=13% Similarity=-0.042 Sum_probs=117.7
Q ss_pred ccHHHH-H-HhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHH
Q 015963 71 PTQAEI-I-SDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFSKDSSFLFMGRLLE 148 (397)
Q Consensus 71 ~~~~~i-~-~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~ 148 (397)
...|.+ . +.+|.+..+.++..+.+.++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++..++.++..+.++.+.++.. ++.
T Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 357 (438)
T 3o7q_A 279 SYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIAL-TLC 357 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-HHH
T ss_pred HHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-HHH
Confidence 344444 4 4569999999999999999999999999999999999999999999999999998888887665544 888
Q ss_pred HHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----h-hHHHHHHhHHHHHHHHhhhcc
Q 015963 149 GFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----N-WRVLAVLGVLPCTLLIPGLFF 219 (397)
Q Consensus 149 G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----~-w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (397)
|++.+...+...++..|.+|++ |+.+.++.. ...+|..++|.+.+.+ + ++..|++.++..++..+..+.
T Consensus 358 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (438)
T 3o7q_A 358 SAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFIFARF 431 (438)
T ss_dssp HHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999865 888877766 4558888888887766 6 888888766554444443333
No 11
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.39 E-value=4.4e-13 Score=125.34 Aligned_cols=156 Identities=13% Similarity=0.045 Sum_probs=112.0
Q ss_pred CcccHHHHHHhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh---c-chhHHHHH
Q 015963 69 SSPTQAEIISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVPNIIGWLIISFS---K-DSSFLFMG 144 (397)
Q Consensus 69 ~~~~~~~i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~---~-~~~~l~~~ 144 (397)
.....|.+.++.+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+.. . +.+..++.
T Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 375 (491)
T 4gc0_A 296 VLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLS 375 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHH
T ss_pred HHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHH
Confidence 3445567788888888788888888889999999999999999999999999988888877766543 1 11222222
Q ss_pred HHHHHHh-hhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----------hhHHHHHHhHHHHHHH
Q 015963 145 RLLEGFG-VGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----------NWRVLAVLGVLPCTLL 213 (397)
Q Consensus 145 r~l~G~~-~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----------~w~~~f~~~~~~~~~~ 213 (397)
-.+...+ .....+....+.+|.+|.+.|+.++++......+|..+++.+...+ ++.+.|++.++++++.
T Consensus 376 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~ 455 (491)
T 4gc0_A 376 MLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLA 455 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222222 2234466778999999999999999999888888887776554332 3456677777666666
Q ss_pred Hh-hhccccCCh
Q 015963 214 IP-GLFFIPESP 224 (397)
Q Consensus 214 ~~-~~~~~~e~~ 224 (397)
.+ .++++||+.
T Consensus 456 ~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 456 ALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHheecCCC
Confidence 44 567789984
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.37 E-value=2.7e-12 Score=120.02 Aligned_cols=153 Identities=16% Similarity=0.048 Sum_probs=119.1
Q ss_pred cccHHHH-HHhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHH-----HHHHHHHHHHHHHHhhc-------
Q 015963 70 SPTQAEI-ISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLM-----IAAVPNIIGWLIISFSK------- 136 (397)
Q Consensus 70 ~~~~~~i-~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~-----~~~~l~~~~~~~~~~~~------- 136 (397)
....|.+ .+.++.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+... .+.++.+++.++.....
T Consensus 303 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (491)
T 4aps_A 303 SVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSG 382 (491)
T ss_dssp GTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCT
T ss_pred cHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Confidence 3444444 4446777678888899999999999999999999999987665 77777777777666643
Q ss_pred --chhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh---hhHHHHHHhHHHHH
Q 015963 137 --DSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV---NWRVLAVLGVLPCT 211 (397)
Q Consensus 137 --~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~---~w~~~f~~~~~~~~ 211 (397)
+.+.+.+.-++.|++.+...+...+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..+++.+.+.+ ++.+.|.+.++..+
T Consensus 383 ~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 462 (491)
T 4aps_A 383 KVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSV 462 (491)
T ss_dssp TCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHH
T ss_pred CccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6777888899999999999999999999999999999999999999999999999998877 56677777766665
Q ss_pred HHHhh-hccccC
Q 015963 212 LLIPG-LFFIPE 222 (397)
Q Consensus 212 ~~~~~-~~~~~e 222 (397)
+..+. +++.++
T Consensus 463 ~~~~~~~~~~~~ 474 (491)
T 4aps_A 463 VLGIVLVFLSKR 474 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHC---
T ss_pred HHHHHHHHHHHH
Confidence 55443 333343
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.03 E-value=7.6e-11 Score=106.09 Aligned_cols=128 Identities=19% Similarity=0.119 Sum_probs=100.4
Q ss_pred HHHhhcCCchhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcchhHHHHHHHH-HHHHHH--HHHh--hcchhHHHHHHHHHHH
Q 015963 76 IISDLKLTISEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRKGSLMIAAVP-NIIGWL--IISF--SKDSSFLFMGRLLEGF 150 (397)
Q Consensus 76 i~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l-~~~~~~--~~~~--~~~~~~l~~~r~l~G~ 150 (397)
+++++|.++.+.+++.+...++..++.++.+++.||+|+|. ..+..+ ...+.. .... .++.+.+.+..++.|+
T Consensus 226 ~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~ 303 (375)
T 2gfp_A 226 MGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFF 303 (375)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34558889999999999999999999999999999999833 233222 222222 2222 2467777788899999
Q ss_pred hhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHh
Q 015963 151 GVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV----NWRVLAVLG 206 (397)
Q Consensus 151 ~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~----~w~~~f~~~ 206 (397)
+.+...+...+++.|..| ++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+ +|+..+++.
T Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 362 (375)
T 2gfp_A 304 GAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMT 362 (375)
T ss_dssp HHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHH
Confidence 999999999999999998 8999999999999999999998888776 466555553
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.93 E-value=4.3e-09 Score=99.06 Aligned_cols=149 Identities=17% Similarity=0.119 Sum_probs=105.6
Q ss_pred cccHHHHHHhhcCCc-hhhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHH----hhhcc----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----
Q 015963 70 SPTQAEIISDLKLTI-SEFSIFGSLANVGAMVGAIASGQIA----EYIGR----KGSLMIAAVPNIIGWLIISFS----- 135 (397)
Q Consensus 70 ~~~~~~i~~~~~~s~-~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~Gr----r~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~----- 135 (397)
.+..+....+.+.+. ...+++.+...++..++.++.+++. ||.|+ ++.+..+.++.+++.++.++.
T Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 398 (524)
T 2xut_A 319 ASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMD 398 (524)
T ss_dssp TTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTT
T ss_pred chhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 344444444443322 2467777777788888887777764 55543 356777888888887777664
Q ss_pred ----cchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhheecCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh------hh------
Q 015963 136 ----KDSSFLFMGRLLEGFGVGVISYTVPVYIAEIAPQNMRGSLGSVNQLSVTIGIMLAYLLGLFV------NW------ 199 (397)
Q Consensus 136 ----~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~------~w------ 199 (397)
.+.+.+++..++.|++.+...+...+++.|..|+++|++++++.+....+|..+++.+.+.+ +|
T Consensus 399 ~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (524)
T 2xut_A 399 GGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGM 478 (524)
T ss_dssp TTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHS
T ss_pred CCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccc
Confidence 36677888899999999999999999999999999999999999999999999999988766 24
Q ss_pred ---HHHHHHhHHHHHHHHhhhc
Q 015963 200 ---RVLAVLGVLPCTLLIPGLF 218 (397)
Q Consensus 200 ---~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 218 (397)
+..|++.+...++..+..+
T Consensus 479 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 500 (524)
T 2xut_A 479 SVTAFQMFFFAGFAILAAIVFA 500 (524)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred cccccHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3336666655555544433
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=75.67 E-value=1.7 Score=20.05 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.463 Sum_probs=11.6
Q ss_pred HHHHHHhhhcchhH
Q 015963 104 ASGQIAEYIGRKGS 117 (397)
Q Consensus 104 ~~g~l~dr~Grr~~ 117 (397)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=34.17 E-value=1.1e+02 Score=23.84 Aligned_cols=25 Identities=4% Similarity=-0.039 Sum_probs=20.0
Q ss_pred HhhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcch
Q 015963 91 GSLANVGAMVGAIASGQIAEYIGRK 115 (397)
Q Consensus 91 ~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 115 (397)
+.-|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 3457788889999999999997654
Done!