Query 016374
Match_columns 390
No_of_seqs 436 out of 1181
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 12:30:59 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/016374.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/016374hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 2E-42 7E-47 320.4 28.3 369 3-382 49-433 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 5.1E-41 1.8E-45 309.8 28.3 350 2-377 46-427 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.9E-39 6.6E-44 293.2 6.8 340 3-370 21-364 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 5.6E-36 1.9E-40 280.3 27.8 369 10-383 47-472 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.2E-35 4E-40 278.1 24.0 378 2-387 32-467 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 9.5E-34 3.3E-38 259.3 14.7 364 4-387 29-404 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 2.3E-29 7.8E-34 237.3 22.9 370 7-382 38-502 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 1.7E-14 5.9E-19 132.9 11.4 154 5-158 275-433 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 5.3E-13 1.8E-17 124.4 18.6 175 199-382 13-196 (491)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 7.6E-14 2.6E-18 127.3 11.0 146 15-162 257-403 (417)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.5 6.5E-13 2.2E-17 124.9 15.7 175 198-381 11-197 (524)
12 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 1.8E-12 6.3E-17 118.8 16.2 172 201-382 28-229 (438)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 9.8E-13 3.4E-17 118.1 7.1 167 203-378 4-170 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 5.6E-11 1.9E-15 110.6 15.6 159 6-165 301-469 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 67.9 2.8 9.7E-05 19.3 1.4 14 36-49 2-15 (26)
16 3mkt_A Multi antimicrobial ext 46.0 1.6E+02 0.0053 26.0 21.4 27 93-119 145-171 (460)
17 2dw3_A Intrinsic membrane prot 36.0 81 0.0028 20.0 4.6 32 137-168 32-63 (77)
18 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 32.2 2.9E+02 0.0099 25.1 17.8 51 101-151 20-72 (501)
19 4dve_A Biotin transporter BIOY 29.0 1.4E+02 0.0047 23.2 6.1 25 23-47 99-123 (198)
20 2b6o_A Aquaporin-0, lens fiber 22.4 61 0.0021 26.6 3.1 26 134-159 197-222 (263)
21 2nrg_A Intrinsic membrane prot 22.1 1.6E+02 0.0056 18.8 5.1 33 136-168 32-64 (82)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=2e-42 Score=320.39 Aligned_cols=369 Identities=15% Similarity=0.183 Sum_probs=291.9
Q ss_pred ccccccccccCcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhhhhHHHHHHH
Q 016374 3 IAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPV----AAKLGLPFLLVV 78 (390)
Q Consensus 3 ~~lp~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~l~~~ 78 (390)
+.+|.+.+|+ .|+.+.|++.+++.++..++.+++|+++||+|||++++.+.++.+++.+++++ ++ |++.++++
T Consensus 49 ~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~ 125 (451)
T 1pw4_A 49 LAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATS--SIAVMFVL 125 (451)
T ss_dssp HHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHS--SSSHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccc--cHHHHHHH
Confidence 4578899999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 99999999
Q ss_pred HHHHhhccccchhhhhHHhhhcccCCchhHHHHHHHHhhhhhhHhHHhhHHHHhhhcC-ChHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 016374 79 RVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFG-WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLS 157 (390)
Q Consensus 79 r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g-w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 157 (390)
|+++|++.+...+...+++.|++|+|+|++++++.+.+.++|..++|.+++.+.+..| ||+.|++.+++.++..++.++
T Consensus 126 ~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 205 (451)
T 1pw4_A 126 LFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFA 205 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999999989898 999999999888887777777
Q ss_pred hccCCCCCCCCCchhhhhhh-----hhcccCCCCCCcchhhhhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcCC
Q 016374 158 KAHSSPAEDPQLRPAEKKLI-----VSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHF 232 (390)
Q Consensus 158 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~ 232 (390)
..||+|++.+..++++.+.. +++.+++.+.++...++.+|+|.++...+..++..........+.|.|+++.+|.
T Consensus 206 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 285 (451)
T 1pw4_A 206 MMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHF 285 (451)
T ss_dssp HCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCC
T ss_pred hccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Confidence 77776654322211111100 0000011111122246788999999999999999999999999999999998899
Q ss_pred cccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC--Cch-HHHHHHHHHH
Q 016374 233 NLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTL--VSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHV--DSP-AMAVLCMACS 307 (390)
Q Consensus 233 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~-~~~~~~~~~~ 307 (390)
++.+.+...+...++.++++++.+++.||+ ++|+. .... ........+...... .+. .......+.+
T Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~-------~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g 357 (451)
T 1pw4_A 286 ALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGA-------TGVF-FMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIG 357 (451)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHH-------HHHH-HHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchh-------HHHH-HHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999 77732 1111 111111222222222 233 3334444445
Q ss_pred hhhccccccccchhccccCCCcchhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 016374 308 QGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVL-AGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLF 382 (390)
Q Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~-g~~ig~~i~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (390)
.+.............+..|+++|+++.|+.+...++ |..++|.+.|.+.|+.|++..|++.+++.+++.++..+.
T Consensus 358 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 358 FLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444443333334445556668899999999999999 999999999999999999999999988888887766654
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=5.1e-41 Score=309.84 Aligned_cols=350 Identities=13% Similarity=0.136 Sum_probs=276.8
Q ss_pred cccccccccccCcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHh---hhhhhhhHHHHHHH
Q 016374 2 SIAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALT---PVAAKLGLPFLLVV 78 (390)
Q Consensus 2 ~~~lp~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~l~~~ 78 (390)
++.+|.+++++|.|+.+.|++.+.+.++..++.++.|+++||+|||++++.+.++.+++.+++ ++++ |++.++++
T Consensus 46 ~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~ 123 (438)
T 3o7q_A 46 DILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIM--NYTLFLVG 123 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--CHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccc--cHHHHHHH
Confidence 356788999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8888 99999999
Q ss_pred HHHHhhccccchhhhhHHhhhcccCCchhHHHHHHHHhhhhhhHhHHhhHHHHh-hhcC---------------------
Q 016374 79 RVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLI-HRFG--------------------- 136 (390)
Q Consensus 79 r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~-~~~g--------------------- 136 (390)
|+++|++.+...+...+++.|++|+|+|++++++.+.+.++|..++|.+++.+. +..+
T Consensus 124 ~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 203 (438)
T 3o7q_A 124 LFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHS 203 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhh
Confidence 999999999999999999999999999999999999999999999999999998 5554
Q ss_pred ----ChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-ccCCCCCCCCCchhhhhhhhhcccCCCCCCcchhhhhhcCchhHHHHHHHHHH
Q 016374 137 ----WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSK-AHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCH 211 (390)
Q Consensus 137 ----w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 211 (390)
||+.|++.+++.++..++.++. .||++++++++ ++++..+.++++++|+|+++...+..++.
T Consensus 204 ~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 270 (438)
T 3o7q_A 204 LVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD-------------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCY 270 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC-------------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc-------------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999988877776665544433 23322211111 11112245677889999999999998998
Q ss_pred HHHHHHHhhchHHH-HhHhcCCcccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 212 NWGTFILLTWMPTY-YNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQ 290 (390)
Q Consensus 212 ~~~~~~~~~~~~~~-l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (390)
.........+.|.| +++.+|.++.+++.......++.++++++.+++.||+++|+... .+..........
T Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~ 341 (438)
T 3o7q_A 271 VGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLA---------AYALIAMALCLI 341 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHH---------HHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHH---------HHHHHHHHHHHH
Confidence 88899999999999 99988999999999999999999999999999999999984321 222222222222
Q ss_pred HhcCCchHHHHHHHHHHhhhccccccccchhccccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-chhHHHHHH
Q 016374 291 LSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGS-WDDVFKVSV 369 (390)
Q Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~~i~g~l~~~~g-~~~~~~~~~ 369 (390)
....+.........+.+.+.+...+.......++.+++ ++.+.++.. ...+|+.++|.+.|.+.|..| ++..|++.+
T Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~ 419 (438)
T 3o7q_A 342 SAFAGGHVGLIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPA 419 (438)
T ss_dssp HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHH
T ss_pred HHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHH
Confidence 23334444444455556555544433333335555544 888888876 678999999999999999977 998888776
Q ss_pred HHHHHHHH
Q 016374 370 GLYLVGTA 377 (390)
Q Consensus 370 ~~~~~~~~ 377 (390)
++.++..+
T Consensus 420 ~~~~~~~~ 427 (438)
T 3o7q_A 420 LCFAVIFI 427 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 66555443
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.9e-39 Score=293.22 Aligned_cols=340 Identities=14% Similarity=0.136 Sum_probs=273.4
Q ss_pred ccccccccccCcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHH
Q 016374 3 IAILPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFM 82 (390)
Q Consensus 3 ~~lp~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~ 82 (390)
+.+|.+.+|+|.|+++.+++.+.+.++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++++ |++.+++.|+++
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~ 98 (375)
T 2gfp_A 21 PAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTS--SLTVLIAASAMQ 98 (375)
T ss_dssp HHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHH
Confidence 457888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999
Q ss_pred hhccccchhhhhHHhhhcccCCchhHHHHHHHHhhhhhhHhHHhhHHHHhhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCC
Q 016374 83 GIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSS 162 (390)
Q Consensus 83 G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 162 (390)
|++.+...+...+++.|++|+|+|++++++.+....+|..++|.+++.+.++.|||+.|++.+++.++..+......||+
T Consensus 99 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 178 (375)
T 2gfp_A 99 GMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPET 178 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCC
T ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCccc
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999999989999999998888777665455556665
Q ss_pred CCCCCCCchhhhhhhhhcccCCCCCCcchhhhhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcCCcccchhhhhh
Q 016374 163 PAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCV 242 (390)
Q Consensus 163 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~ 242 (390)
+++++++ ++++.++++.+|+|+++...+..++..........+.|.|+++.+|.++.+.+....
T Consensus 179 ~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~ 242 (375)
T 2gfp_A 179 RPVDAPR----------------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFI 242 (375)
T ss_dssp STTTCCC----------------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCCccc----------------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHH
Confidence 4432211 011334567888999999999999999999999999999999988999999999999
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHH-HHHHHH--HHHH-hcCCchHHHHHHHHHHhhhcccccccc
Q 016374 243 LPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGF-LGPAFF--LTQL-SHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGL 318 (390)
Q Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~--~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (390)
...++.++++++.+++.||.+++ ....... ...+.. .... ...+.+.......+.+.+.+......
T Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~- 312 (375)
T 2gfp_A 243 LPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL---------MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLA- 312 (375)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH---------HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTT-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHH-
Confidence 99999999999999999999873 1111111 111111 1111 11122223344445555555444444
Q ss_pred chhccccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHH
Q 016374 319 YSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVG 370 (390)
Q Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~~i~g~l~~~~g~~~~~~~~~~ 370 (390)
.....+..||+|+++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..++...+.+...
T Consensus 313 ~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (375)
T 2gfp_A 313 TSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLM 364 (375)
T ss_dssp HHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHH
Confidence 4444444458999999999999999999999999999988888777766443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=5.6e-36 Score=280.25 Aligned_cols=369 Identities=14% Similarity=0.110 Sum_probs=262.0
Q ss_pred cccCcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhhcccc
Q 016374 10 AEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADT-VGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGV 88 (390)
Q Consensus 10 ~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~ 88 (390)
+|+|.|+.+.+++.+.+.++..+++++.|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++ |++.++++|+++|++.+.
T Consensus 47 ~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~ 124 (491)
T 4aps_A 47 GDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPF--GASALFGSIILIIIGTGF 124 (491)
T ss_dssp TSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 4499999999999999999999999999999999 8999999999999999999999999 999999999999999999
Q ss_pred chhhhhHHhhhcccCCc--hhHHHHHHHHhhhhhhHhHHhhHHHHhhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCCC
Q 016374 89 AMPAMNNILSKWVPVAE--RSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAED 166 (390)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 166 (390)
..+...+++.|++|+++ |++++++.+.+.++|..++|.+++.+.++.|||+.|++.++..++..+......++..+++
T Consensus 125 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 204 (491)
T 4aps_A 125 LKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPH 204 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSC
T ss_pred ccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccccccc
Confidence 99999999999999988 7788888999999999999999999999999999999987777666555444333321111
Q ss_pred ----C-CCchhhhhhhhhc-------------------ccCCC----------------------CCCcchhhhhhcCch
Q 016374 167 ----P-QLRPAEKKLIVSS-------------------CASKE----------------------PVKTIPWGLILSKPP 200 (390)
Q Consensus 167 ----~-~~~~~~~~~~~~~-------------------~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~~~~ 200 (390)
+ +.++++.++..+. ..+.+ ..+..+..+..+...
T Consensus 205 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (491)
T 4aps_A 205 YLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVS 284 (491)
T ss_dssp CSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTT
T ss_pred ccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHH
Confidence 1 1111111110000 00000 000000011112223
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcCCcccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHH
Q 016374 201 VWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIG 280 (390)
Q Consensus 201 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (390)
.+...+..+.....+.....++|.|.++..+.+..+.+.......+..+++.++.+++.||++||+..... .......
T Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~--~~~~~~~ 362 (491)
T 4aps_A 285 YIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPT--KFAVGLM 362 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHH--HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchH--HHHHHHH
Confidence 44555555666666777788889999998888878889999999999999999999999999998654321 1111111
Q ss_pred HHHHHHHHHHHh--------cCCchHHHHHHHHHHhhhccccccccchhccccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 281 FLGPAFFLTQLS--------HVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAAT 352 (390)
Q Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~~i~ 352 (390)
....+....... ..+..+......+.+.+.....+.......+..|++.|+++.|+.+....+|..++|.+.
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~ 442 (491)
T 4aps_A 363 FAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLV 442 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 111111111110 113334444455556655555555545555666668899999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 016374 353 GYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLFS 383 (390)
Q Consensus 353 g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (390)
+.+.+. ++...|...+.+.+++.+..++..
T Consensus 443 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (491)
T 4aps_A 443 TLYNAK-SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLS 472 (491)
T ss_dssp GGGGGS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred HHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 987765 577788887777777766655543
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1.2e-35 Score=278.06 Aligned_cols=378 Identities=15% Similarity=0.117 Sum_probs=254.3
Q ss_pred cccccccccccCc--------CcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--------
Q 016374 2 SIAILPMSAEFNW--------NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTP-------- 65 (390)
Q Consensus 2 ~~~lp~i~~~~~~--------s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~-------- 65 (390)
+.++|.+.++++. ++.+.|++.+++.+|..++++++|+++||+|||+++.++.+++.++.++++
T Consensus 32 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~ 111 (491)
T 4gc0_A 32 SGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTS 111 (491)
T ss_dssp GGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSC
T ss_pred HHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Confidence 4556777776643 345678999999999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred ----------hhhhhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhHHhhhcccCCchhHHHHHHHHhhhhhhHhHHhhHHHHhhh-
Q 016374 66 ----------VAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHR- 134 (390)
Q Consensus 66 ----------~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~- 134 (390)
+++ |+++++++|+++|++.|...+....+++|+.|+++|++..+..+.+...|..+++.++....+.
T Consensus 112 ~~~~~~~~~~~a~--~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 189 (491)
T 4gc0_A 112 INPDNTVPVYLAG--YVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSG 189 (491)
T ss_dssp SSSSSSCCGGGGG--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred hcchhHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcccc
Confidence 467 8999999999999999999999999999999999999999999999999999999988877653
Q ss_pred -------cCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCCCCCCchhhhh-h-hh---------hc-----ccCCCCCCcch
Q 016374 135 -------FGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQLRPAEKK-L-IV---------SS-----CASKEPVKTIP 191 (390)
Q Consensus 135 -------~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~~---------~~-----~~~~~~~~~~~ 191 (390)
.+||..+.+..+..++.. ...+..||+|+....+.++++. + .+ ++ ...++..+...
T Consensus 190 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 268 (491)
T 4gc0_A 190 DASWLNTDGWRYMFASECIPALLFL-MLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGG 268 (491)
T ss_dssp CTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred ccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhh
Confidence 246777766665555543 5566778887632111111110 0 00 00 00000000111
Q ss_pred hhhhhcCchhHHHHHHHHHH-HHHHHHHhhchHHHHhHhcCCcccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchh
Q 016374 192 WGLILSKPPVWALIVSHFCH-NWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVT 270 (390)
Q Consensus 192 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~ 270 (390)
.....+.++........... ......+..+.|.+.++ .+.+...........++...++.++.+++.||+|||+....
T Consensus 269 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~ 347 (491)
T 4gc0_A 269 RLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQII 347 (491)
T ss_dssp HHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHH
T ss_pred HHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhcc
Confidence 12223334444333333333 33445556666666665 57777777777788889999999999999999999954332
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchHHHHHHHHHHhhhccccccccchhccccCC-CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 271 TVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAP-RYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGT 349 (390)
Q Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~ 349 (390)
+. ....+++ ...........+.........+...++.....+....+..|..| +.|+++.|+.+..+.+++.+++
T Consensus 348 ~~--~~~~~~~--~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~ 423 (491)
T 4gc0_A 348 GA--LGMAIGM--FSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVS 423 (491)
T ss_dssp HH--HHHHHHH--HHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ch--HHHHHHH--HHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 21 1111111 11111111222222223333333333333334445556656655 8999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhc------CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCC
Q 016374 350 AATGYILQH------GSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLFSTGEK 387 (390)
Q Consensus 350 ~i~g~l~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (390)
.+.+.+.+. .+....|++.+++++++.+..+++.+|+|
T Consensus 424 ~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 424 WTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp THHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 998877543 44567788888888888777666644443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=100.00 E-value=9.5e-34 Score=259.27 Aligned_cols=364 Identities=12% Similarity=0.027 Sum_probs=238.8
Q ss_pred cccc-cccccCcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH---HHhhhhhhhhH-HHHHHH
Q 016374 4 AILP-MSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIAT---ALTPVAAKLGL-PFLLVV 78 (390)
Q Consensus 4 ~lp~-i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~-~~l~~~ 78 (390)
.+|. +++++|.|+.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+||||+++.+..+.+++. ....+++ .. ..+...
T Consensus 29 ~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~ 106 (417)
T 2cfq_A 29 FFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGP--LLQYNILVG 106 (417)
T ss_dssp THHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHH--HHHTTCCHH
T ss_pred HHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHH
Confidence 3444 567799999999999999999999999999999999999999998887765532 2223333 22 123456
Q ss_pred HHHHhhccccchhhhhHHhhhcccC--CchhHHHHHHHHhhhhhhHhHHhhHHHHhhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 79 RVFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPV--AERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWL 156 (390)
Q Consensus 79 r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 156 (390)
+.+.|++.+...+...+.+.++.++ ++|+...+......++|..++|.+++++.+ .+||+.|++.++..++..+..
T Consensus 107 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~- 184 (417)
T 2cfq_A 107 SIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLL- 184 (417)
T ss_dssp HHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHS-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHH-
Confidence 7777776665555555555555543 456777888888899999999999999987 589999998776654443333
Q ss_pred hhccCCCCCCCCCchhhhhhhhhcccCCCCCCcchhhhhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcCC---c
Q 016374 157 SKAHSSPAEDPQLRPAEKKLIVSSCASKEPVKTIPWGLILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHF---N 233 (390)
Q Consensus 157 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~---~ 233 (390)
+..+|+++++.+.+ +++ + +++++....++++++|+|+++...+..+.....+..+..+.|.|+++.++. +
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~~~~--~~~----~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 257 (417)
T 2cfq_A 185 FFAKTDAPSSATVA--NAV----G-ANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQG 257 (417)
T ss_dssp CSSCCCCSCSSCSS--SSS----S-SCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHH
T ss_pred HHcCcccccccccc--ccc----c-cccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC
Confidence 33333222111100 000 0 011111123456788999988777665655556666667789888775542 2
Q ss_pred ccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchHHH-HHHHHHHhhhcc
Q 016374 234 LTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVDSPAMA-VLCMACSQGTDA 312 (390)
Q Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~ 312 (390)
....+.......++.+++.++.+++.||++||+.. . .+....+..+......++.+.. ....+.+.+...
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l-------~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~ 328 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNAL-------L--LAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPF 328 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHH-------H--HHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHH-------H--HHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34456777777788899999999999999998422 1 2222222222222333333322 222222332222
Q ss_pred ccccccchhccccCCCcchhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCC
Q 016374 313 FSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGL-SNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLFSTGEK 387 (390)
Q Consensus 313 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~~~g~~ig~~i~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (390)
..........+..|++.|+++.+. .+..+.+|+.++|.+.|.+.|+.|++..|.+.+++.+++.++.+...+++|
T Consensus 329 ~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 329 LLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 222223333444555889999999 488899999999999999999888999999888888888776555444433
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.97 E-value=2.3e-29 Score=237.31 Aligned_cols=370 Identities=13% Similarity=0.083 Sum_probs=225.7
Q ss_pred ccccccC------cCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhh-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHH
Q 016374 7 PMSAEFN------WNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV-GGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKLGLPFLLVVR 79 (390)
Q Consensus 7 ~i~~~~~------~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r 79 (390)
.+.+++| .|+.+.+++.+.+.++..++.++.|+++||+ |||+++..+.++.+++.++.++++. |++.+++.|
T Consensus 38 ~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 116 (524)
T 2xut_A 38 FLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEH-SVQGFYTGL 116 (524)
T ss_dssp HHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSS-CHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-cHHHHHHHH
Confidence 3567788 9999999999999999999999999999999 9999999999999999999888752 578899999
Q ss_pred HHHhhccccchhhhhHHhhhcccCCchhHHHHH---HHHhhhhhhHhHHhhHHHHhhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 80 VFMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLAL---VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWL 156 (390)
Q Consensus 80 ~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 156 (390)
+++|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..++|.+++.+.+..|||+.|++.+++.++..+...
T Consensus 117 ~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 117 FLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999876666 99999999999999999999989999999998888776655444
Q ss_pred hhccCCCCCCCCCch--hhhhhhhhcccCCC--------------------------C-----------------CCcch
Q 016374 157 SKAHSSPAEDPQLRP--AEKKLIVSSCASKE--------------------------P-----------------VKTIP 191 (390)
Q Consensus 157 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~--------------------------~-----------------~~~~~ 191 (390)
...++.++++++.++ +..+......++++ + ..+.+
T Consensus 197 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 276 (524)
T 2xut_A 197 LGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGA 276 (524)
T ss_dssp SSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGG
T ss_pred HhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccch
Confidence 333322111111000 00000000000000 0 00000
Q ss_pred hh------------hhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcCCcc---cchhhhhhHhHHHHHHHHHHHH
Q 016374 192 WG------------LILSKPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNL---TESGLFCVLPWLTMAFSANLGG 256 (390)
Q Consensus 192 ~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g 256 (390)
++ +..+.++.+..................+.+.+..+..+.+. ...+.+.....++.++...+.+
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 356 (524)
T 2xut_A 277 SLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNN 356 (524)
T ss_dssp GTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTT
T ss_pred hhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHH
Confidence 10 01112222222211111111111122222223222222222 2455666666666777777766
Q ss_pred HHH----HHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc----------CCchHHHHHHHHHHhhhccccccccchhc
Q 016374 257 WIA----DTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSH----------VDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNH 322 (390)
Q Consensus 257 ~l~----d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (390)
++. ||.++|.... .....+....+..+..... .+..+......+.+.+.+...........
T Consensus 357 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (524)
T 2xut_A 357 FVLYPAIERMGVKLTAL-----RKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAY 431 (524)
T ss_dssp TC------------CCH-----HHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHH
T ss_pred hhhHHHHHhcCCCCChH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 653 4443321111 1112222222222222211 13334444555566666655555555566
Q ss_pred cccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC----------Cc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 016374 323 QDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHG----------SW-DDVFKVSVGLYLVGTAVWNLF 382 (390)
Q Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~~i~g~l~~~~----------g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (390)
+..|+++|++++|+.++..++|+.++|.+.|.+.+.. +. +..|++.+++.+++.++.++.
T Consensus 432 ~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 502 (524)
T 2xut_A 432 SQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALY 502 (524)
T ss_dssp HHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred HhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6677789999999999999999999999999988742 11 223666666666666555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.55 E-value=1.7e-14 Score=132.86 Aligned_cols=154 Identities=14% Similarity=0.090 Sum_probs=133.1
Q ss_pred ccccccc-cCcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhh--hhHHHHHHHHHHHH-HHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHH
Q 016374 5 ILPMSAE-FNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTV--GGKAVLGFGVVWWS-IATALTPVAAKLGLPFLLVVRV 80 (390)
Q Consensus 5 lp~i~~~-~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--Grr~~l~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~ 80 (390)
.|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..+.. ++.++..+.+..+.+.+.+..+
T Consensus 275 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 354 (451)
T 1pw4_A 275 SPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMI 354 (451)
T ss_dssp HHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHH
Confidence 3444444 899999999999999999999999999999999 99999888877766 7777777764225777888888
Q ss_pred HHhhccccchhhhhHHhhhcccCCchhHHHHHHHHhhhh-hhHhHHhhHHHHhhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 016374 81 FMGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYL-GSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSK 158 (390)
Q Consensus 81 l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 158 (390)
+.|++.+...+....++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+.+.+..||+..|++.+++.++..++.+..
T Consensus 355 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 355 VIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999988888888899999999999999999999999999 999999999999999999999999888877776655544
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.52 E-value=5.3e-13 Score=124.39 Aligned_cols=175 Identities=11% Similarity=0.050 Sum_probs=133.0
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHh-----cCCcccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhcCCchhHH
Q 016374 199 PPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQV-----LHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADT-LVSKGLSVTTV 272 (390)
Q Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~~~~~~~~~ 272 (390)
+.++......++..+.++....+++.|+++. +|.++.+.+++.+...++..+++++.|+++|| +|||+..
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~---- 88 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAV---- 88 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHH----
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHH----
Confidence 4567777788888888999999999999998 89999999999999999999999999999999 8999432
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC-CchHHHHHHHHHHhhhccccccccchhccccCCCc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 273 RKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHV-DSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRY--SGVLLGLSNTAGVLAGVFGT 349 (390)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~ 349 (390)
..+.............. +.........+.+.+.+...........+..++++ |+.+.+..+....+|..++|
T Consensus 89 -----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 163 (491)
T 4aps_A 89 -----FWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAP 163 (491)
T ss_dssp -----HHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -----HHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22222222222222333 33444455555666666555555555555566667 77888889999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 016374 350 AATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLF 382 (390)
Q Consensus 350 ~i~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (390)
.+.+.+.++.||+..|++.++..+++.+...+.
T Consensus 164 ~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 164 LIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999999999999888777777665544
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.50 E-value=7.6e-14 Score=127.27 Aligned_cols=146 Identities=8% Similarity=0.022 Sum_probs=124.0
Q ss_pred CcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhh
Q 016374 15 NPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKLGLPFLLVVRVFMGIGEGVAMPAMN 94 (390)
Q Consensus 15 s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~ 94 (390)
+..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.+..++.+ +.+.+++..++.+++.+...+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345668888888889999999999999999999999999988888888888877 777888888888887766677778
Q ss_pred HHhhhcccCCchhHHHHH-HHHhhhhhhHhHHhhHHHHhhhcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCC
Q 016374 95 NILSKWVPVAERSRSLAL-VYSGMYLGSVTGLAFSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSS 162 (390)
Q Consensus 95 ~~i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 162 (390)
.++.|.+|++.|+.+.+. .+....+|..++|.+++.+.+..|++..|.+.+++.++..++.+...||+
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 899999999999999999 48888899999999999999988899999988888877766655555543
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.47 E-value=6.5e-13 Score=124.85 Aligned_cols=175 Identities=13% Similarity=0.063 Sum_probs=129.7
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcC------CcccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhcCCchh
Q 016374 198 KPPVWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLH------FNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTL-VSKGLSVT 270 (390)
Q Consensus 198 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~ 270 (390)
+|.++...+..++..+.++....+++.|+++.+| .++.+.+.+.+...++..++.+..|+++||+ |||+..
T Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~-- 88 (524)
T 2xut_A 11 PRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTI-- 88 (524)
T ss_dssp --CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHH--
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH--
Confidence 4567778888888888999999999999998889 9999999999999999999999999999999 998432
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC-c-hHHHHHHHHHHhhhccccccccchhccccCCCcchhHHHH---HHHHHHHHH
Q 016374 271 TVRKIMQSIGFLGPAFFLTQLSHVD-S-PAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGL---SNTAGVLAG 345 (390)
Q Consensus 271 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~ 345 (390)
. .+..............+ + +.......+.+.+.+...+.......+..++++|++..+. .+....+|.
T Consensus 89 -----~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 161 (524)
T 2xut_A 89 -----L--WLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGS 161 (524)
T ss_dssp -----H--HHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -----H--HHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2 22222222222222222 3 3344445555666665555555555566677888766665 889999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 346 VFGTAATGYILQHGSWDDVFKVSVGLYLVGTAVWNL 381 (390)
Q Consensus 346 ~ig~~i~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 381 (390)
.++|.+.+.+.+..||+..|++.+++.+++.+...+
T Consensus 162 ~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 162 FFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999988887776665543
No 12
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.45 E-value=1.8e-12 Score=118.81 Aligned_cols=172 Identities=11% Similarity=0.051 Sum_probs=121.5
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcCCcccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHH
Q 016374 201 VWALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIG 280 (390)
Q Consensus 201 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 280 (390)
+....+..+.............|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|++.||+|||+.... +
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~---------~ 97 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIIT---------G 97 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHH---------H
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHH---------H
Confidence 3444555556666666677777776555 89999999999999999999999999999999999953322 2
Q ss_pred HHHHHHHHHHH---hcCCchH-HHHHHHHHHhhhccccccccchhccccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 281 FLGPAFFLTQL---SHVDSPA-MAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYIL 356 (390)
Q Consensus 281 ~~~~~~~~~~~---~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~~i~g~l~ 356 (390)
....+...... ...++.+ ..+...+.+.+.+...........+..++|+|+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 98 LFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22222222111 3334444 4444555666666555555555556667789999999999999999999999999998
Q ss_pred -hcCC-------------------------chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 016374 357 -QHGS-------------------------WDDVFKVSVGLYLVGTAVWNLF 382 (390)
Q Consensus 357 -~~~g-------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (390)
+..+ |+..|++.+....+..+...+.
T Consensus 178 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (438)
T 3o7q_A 178 LSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT 229 (438)
T ss_dssp HTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred hcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5554 7888877777666665554443
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.34 E-value=9.8e-13 Score=118.10 Aligned_cols=167 Identities=11% Similarity=-0.004 Sum_probs=121.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHhHhcCCcccchhhhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHH
Q 016374 203 ALIVSHFCHNWGTFILLTWMPTYYNQVLHFNLTESGLFCVLPWLTMAFSANLGGWIADTLVSKGLSVTTVRKIMQSIGFL 282 (390)
Q Consensus 203 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 282 (390)
...+..+.............|.+.++ +|.++.+.+...+...++..++++..|++.||+|||+....+. .....+..
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~--~~~~~~~~ 80 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGM--SIFMLATL 80 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHH--HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHH--HHHHHHHH
Confidence 44556666677777777788887766 7999999999999999999999999999999999998766532 11111111
Q ss_pred HHHHHHHHHhcCCchHHHHHHHHHHhhhccccccccchhccccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCch
Q 016374 283 GPAFFLTQLSHVDSPAMAVLCMACSQGTDAFSQSGLYSNHQDIAPRYSGVLLGLSNTAGVLAGVFGTAATGYILQHGSWD 362 (390)
Q Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~ig~~i~g~l~~~~g~~ 362 (390)
... .. .+.+.......+.+.+.+...........+..++|+|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.++.+|+
T Consensus 81 ~~~-----~~-~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~ 154 (375)
T 2gfp_A 81 VAV-----TT-SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWR 154 (375)
T ss_dssp HHH-----HH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHH
T ss_pred HHH-----Hh-ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHH
Confidence 111 11 122333344444555555444444445555566789999999999999999999999999999988999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 363 DVFKVSVGLYLVGTAV 378 (390)
Q Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 378 (390)
..+++.++..++..+.
T Consensus 155 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 170 (375)
T 2gfp_A 155 ACYLFLLVLCAGVTFS 170 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999888777766653
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.29 E-value=5.6e-11 Score=110.61 Aligned_cols=159 Identities=15% Similarity=0.077 Sum_probs=120.1
Q ss_pred cccccccCcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh---hHHHHH-HHHHH
Q 016374 6 LPMSAEFNWNPATVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKAVLGFGVVWWSIATALTPVAAKL---GLPFLL-VVRVF 81 (390)
Q Consensus 6 p~i~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~l~-~~r~l 81 (390)
|.+.++.+.+..+.........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+..... +...+. ..-+.
T Consensus 301 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 380 (491)
T 4gc0_A 301 PEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYV 380 (491)
T ss_dssp HHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHH
Confidence 44566677777777777788888999999999999999999999999988888877665543210 111122 22222
Q ss_pred HhhccccchhhhhHHhhhcccCCchhHHHHHHHHhhhhhhHhHHhhHHHHhh------hcCChHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 82 MGIGEGVAMPAMNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYLGSVTGLAFSPFLIH------RFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVW 155 (390)
Q Consensus 82 ~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~------~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 155 (390)
.+.+. ...+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.+ ..++...|++.++++++..+..
T Consensus 381 ~~~~~-~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~ 459 (491)
T 4gc0_A 381 AAFAM-SWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFM 459 (491)
T ss_dssp HHHHT-TTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHh-HHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33332 2456778899999999999999999999999999998887766543 4567888999999999988888
Q ss_pred HhhccCCCCC
Q 016374 156 LSKAHSSPAE 165 (390)
Q Consensus 156 ~~~~~~~~~~ 165 (390)
+++.||++.+
T Consensus 460 ~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 460 WKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHCCCCTTC
T ss_pred HheecCCCCC
Confidence 8899987653
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=67.93 E-value=2.8 Score=19.29 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.278 Sum_probs=11.6
Q ss_pred hhHHhhhhhhhHHH
Q 016374 36 AGGIWADTVGGKAV 49 (390)
Q Consensus 36 ~~g~l~dr~Grr~~ 49 (390)
+.|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
No 16
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=46.01 E-value=1.6e+02 Score=25.98 Aligned_cols=27 Identities=7% Similarity=-0.032 Sum_probs=13.7
Q ss_pred hhHHhhhcccCCchhHHHHHHHHhhhh
Q 016374 93 MNNILSKWVPVAERSRSLALVYSGMYL 119 (390)
Q Consensus 93 ~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 119 (390)
...........++|.+..........+
T Consensus 145 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 171 (460)
T 3mkt_A 145 LFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLL 171 (460)
T ss_dssp HHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 344445555556665555554444333
No 17
>2dw3_A Intrinsic membrane protein PUFX; quinone exchange, photosynthesis, light- harvesting, GXXXG motif, dimerization; NMR {Rhodobacter sphaeroides} PDB: 2ita_A
Probab=35.97 E-value=81 Score=19.96 Aligned_cols=32 Identities=16% Similarity=0.113 Sum_probs=15.7
Q ss_pred ChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCCCCC
Q 016374 137 WPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQ 168 (390)
Q Consensus 137 w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 168 (390)
|-.++.+...+.++.+-.+-..+||+.++.+.
T Consensus 32 ~AAv~f~~~~~~lv~l~~iG~~LPE~Sr~aP~ 63 (77)
T 2dw3_A 32 WAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPA 63 (77)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTCSSCSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCchhcccCCC
Confidence 33444443334444444445667776655443
No 18
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=32.20 E-value=2.9e+02 Score=25.05 Aligned_cols=51 Identities=14% Similarity=0.031 Sum_probs=25.5
Q ss_pred ccCCch-hHHHHHHHHhhhhhhHhHHh-hHHHHhhhcCChHHHHHHHHHHHHH
Q 016374 101 VPVAER-SRSLALVYSGMYLGSVTGLA-FSPFLIHRFGWPSVFYSFGSLGTVW 151 (390)
Q Consensus 101 ~~~~~r-~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~-~~~~l~~~~gw~~~f~~~~~~~~~~ 151 (390)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+..-.+|+..++...+-.++.
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~GLs~~~a~lai~lG~li~ 72 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSSFQVWQVIVAIAAGCTIA 72 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcCHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455555 45555554444444444444 4444444456666665544444433
No 19
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=28.98 E-value=1.4e+02 Score=23.24 Aligned_cols=25 Identities=12% Similarity=0.218 Sum_probs=20.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhHHhhhhhhhH
Q 016374 23 QSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGK 47 (390)
Q Consensus 23 ~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 47 (390)
+.-|.+++.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 4567888899999999999987644
No 20
>2b6o_A Aquaporin-0, lens fiber major intrinsic protein; aquaporin-0 junctions, AQP0, lens MIP, lipid-protein interac membrane, lipid bilayer; HET: MC3; 1.90A {Ovis aries} SCOP: f.19.1.1 PDB: 1ymg_A* 2b6p_A 2c32_A 1sor_A 3m9i_A*
Probab=22.38 E-value=61 Score=26.60 Aligned_cols=26 Identities=12% Similarity=0.020 Sum_probs=16.4
Q ss_pred hcCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 016374 134 RFGWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKA 159 (390)
Q Consensus 134 ~~gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 159 (390)
.+.+.|.|++.-+++.+...+.+...
T Consensus 197 ~~~~~Wvy~vgP~~Ga~la~~~y~~l 222 (263)
T 2b6o_A 197 NFTNHWVYWVGPVIGAGLGSLLYDFL 222 (263)
T ss_dssp CCTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred CccceeHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45567888887666666555555443
No 21
>2nrg_A Intrinsic membrane protein PUFX; BENT transmembrane helix, photosynthesis,membrane protein; NMR {Rhodobacter sphaeroides}
Probab=22.08 E-value=1.6e+02 Score=18.80 Aligned_cols=33 Identities=18% Similarity=0.176 Sum_probs=17.8
Q ss_pred CChHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCCCCC
Q 016374 136 GWPSVFYSFGSLGTVWFTVWLSKAHSSPAEDPQ 168 (390)
Q Consensus 136 gw~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 168 (390)
||-.++.+.....++..-..-..+||+.++.+.
T Consensus 32 G~AAv~fl~~~~~lv~l~~iG~~LPE~Sr~aP~ 64 (82)
T 2nrg_A 32 GWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPA 64 (82)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSTTTTTCCSS
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCchhcccCCC
Confidence 455555554444444444555677876655443
Done!