Query 017429
Match_columns 371
No_of_seqs 368 out of 1622
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 14:17:30 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/017429.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/017429hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2E-31 6.9E-36 246.1 25.9 299 38-368 23-339 (438)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.9E-31 6.4E-36 247.1 20.8 296 40-365 27-331 (451)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 4.9E-29 1.7E-33 233.6 18.5 308 46-368 17-356 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 5.4E-29 1.8E-33 225.2 14.5 260 44-353 3-264 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 6.1E-26 2.1E-30 212.5 20.7 300 41-368 13-368 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 7.9E-23 2.7E-27 187.4 13.3 288 41-367 7-302 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.7E-21 5.9E-26 183.8 12.5 171 43-235 14-197 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 2.4E-15 8.2E-20 138.8 12.5 175 41-237 252-434 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 7.9E-14 2.7E-18 128.1 15.0 146 41-195 258-406 (438)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 8.3E-14 2.8E-18 127.4 13.4 142 84-241 261-405 (417)
11 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.4 4.8E-12 1.6E-16 118.0 17.0 183 45-243 281-470 (491)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 2.1E-12 7.3E-17 120.5 13.8 145 45-195 287-447 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.1 1.1E-11 3.9E-16 111.4 1.1 145 42-195 200-351 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.9 5.5E-09 1.9E-13 98.1 9.2 112 84-195 337-466 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 54.4 5.8 0.0002 18.5 1.2 14 101-114 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 24.2 2.2E+02 0.0074 22.2 6.4 25 88-112 99-123 (198)
No 1
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2e-31 Score=246.06 Aligned_cols=299 Identities=14% Similarity=0.131 Sum_probs=234.6
Q ss_pred CChhHHHHHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHhhccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHH
Q 017429 38 LPITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIM 117 (371)
Q Consensus 38 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~ 117 (371)
..++.+..+++..+..++......+..|.+.+++|.+..+ .+++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++++
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~ 96 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQ------AGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIIT 96 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHH------HHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 3455666677777888888888899999999999999999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH---HhHHHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhhh
Q 017429 118 GTASVVIFNTLF---GLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFL 193 (371)
Q Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~l 193 (371)
+.++.+++.+++ .++++++.+++.|++.|++.+...+. .++++|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l 176 (438)
T 3o7q_A 97 GLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSL 176 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999998 78899999999999999998888875 99999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred c-CcCCCCC----------CcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc--cccccCCCCCCccchhhhhhhhhh
Q 017429 194 A-QPAEKYP----------NLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL--PETLHRHNDDDDSCDVSYDALESA 260 (371)
Q Consensus 194 ~-~~~~~~~----------~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (371)
. +..+... ...+|+... ..+|+.++++.++..++..+..++. ||++++.+++++
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~------------ 243 (438)
T 3o7q_A 177 ILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSL-VLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAK------------ 243 (438)
T ss_dssp HHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSS------------
T ss_pred HhcccccccccccccCCcchhhhhhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccc------------
Confidence 8 4110000 000000000 0116777766665555544443333 443322111110
Q ss_pred hhhhhhhcccCCccccccccccchHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHH-hcCCCccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHH
Q 017429 261 SAEVKEEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLW-ANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVF 339 (371)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 339 (371)
+.+....+++++++|.++...+..++..........+.|.| ..+. +|+++.+++...+...++.+++
T Consensus 244 -------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (438)
T 3o7q_A 244 -------QGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEI-----PGMTAGFAANYLTGTMVCFFIG 311 (438)
T ss_dssp -------TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-----TTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------ccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-----CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 01112345678889999999988888888888888899988 7665 6999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHhhhhcc
Q 017429 340 QLSLYPFLERILGPIMVARIAGVNFEHSV 368 (371)
Q Consensus 340 ~~~~~~~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 368 (371)
. ++.+++.||+++|+.+..+.++..+++
T Consensus 312 ~-~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 339 (438)
T 3o7q_A 312 R-FTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALC 339 (438)
T ss_dssp H-HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred H-HHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8 588999999999999988877766554
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.98 E-value=1.9e-31 Score=247.14 Aligned_cols=296 Identities=11% Similarity=0.054 Sum_probs=232.5
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHhhccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHHH
Q 017429 40 ITELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (371)
Q Consensus 40 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~ 119 (371)
++.+...++..+...+......+.+|.+.+++ .+..+ .+++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 27 WQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGD------LGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 45556677778888888888999999999999 99999 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHh----HHHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhhhc
Q 017429 120 ASVVIFNTLFGL----SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLA 194 (371)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~l~ 194 (371)
++.+++.+++++ +++++.++++|++.|++.+...+. .++++|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+.
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 179 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 899999999999999998887775 999999999999999999999999999999999999987
Q ss_pred CcCCCCCCcccccccccCcc-chhHHHHHHHHHHHH-HHHHhhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhhhhhhhhcccCC
Q 017429 195 QPAEKYPNLFSSESLFGKFP-YFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREA 272 (371)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (371)
+ .++ |+.++++.+++.++. ++..+++||++++...+++++....++.+ ..++.+++....+
T Consensus 180 ~----------------~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 242 (451)
T 1pw4_A 180 A----------------WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDD-YNEKAEQELTAKQ 242 (451)
T ss_dssp H----------------HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC--------------CCTH
T ss_pred H----------------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccccccc-chhhhhccccccc
Confidence 6 333 555557666665554 44567788877654322211110000000 0000000011111
Q ss_pred ccccccccccchHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHhcCCCccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Q 017429 273 TPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERIL- 351 (371)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~- 351 (371)
...++.+++|.++...+..++..........++|.|+.+. +|+++.+.+.+.+..+++.+++. ++.+++.||+
T Consensus 243 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~~~~~ 316 (451)
T 1pw4_A 243 IFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV-----KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGT-LLCGWMSDKVF 316 (451)
T ss_dssp HHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB-----SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTS
T ss_pred chHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHh
Confidence 1146778899999988888888888888888999998776 79999999999999999999998 5889999999
Q ss_pred -chhHHHHHHHHhhh
Q 017429 352 -GPIMVARIAGVNFE 365 (371)
Q Consensus 352 -~~~~~~~~~~~~~~ 365 (371)
++|+.+..+..+..
T Consensus 317 ~~~~~~~~~~~~~~~ 331 (451)
T 1pw4_A 317 RGNRGATGVFFMTLV 331 (451)
T ss_dssp TTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCchhHHHHHHHHH
Confidence 99988776655544
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.96 E-value=4.9e-29 Score=233.57 Aligned_cols=308 Identities=14% Similarity=0.069 Sum_probs=214.2
Q ss_pred HHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHhhcccccc--ccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHHHHHHH
Q 017429 46 IWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKRE--EDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (371)
Q Consensus 46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~ 123 (371)
..+..++.+++.+.++..+|.+.++++.+... ...+...|++.+++.+|.++|++++|+++||+|||++++++.+++.
T Consensus 17 a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~ 96 (491)
T 4gc0_A 17 ATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFF 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHH
Confidence 34456677778888888999998888654322 2234447899999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHH------------------hHHHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHh
Q 017429 124 IFNTLFG------------------LSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLI 184 (371)
Q Consensus 124 ~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 184 (371)
++.++++ +++|++.++++|+++|++.|...+. ..+++|+.|+++|++..++.+.+..+|..
T Consensus 97 i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~ 176 (491)
T 4gc0_A 97 ISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQL 176 (491)
T ss_dssp HHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhh
Confidence 9999988 4789999999999999998888775 99999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhhhhcCcCCCCCCcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCccchhhh--hhhhhhhh
Q 017429 185 IGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSY--DALESASA 262 (371)
Q Consensus 185 ~g~~i~~~l~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~ 262 (371)
+++.++..+.. ..++.... .+.|+.++....+..++.++..+++||+|++...+.+.+++.+ ++......
T Consensus 177 ~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~ 248 (491)
T 4gc0_A 177 LVYCVNYFIAR-------SGDASWLN-TDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTL 248 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHT-------TSCTTTTT-TTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhcchhhcc-------cccccccc-chhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCch
Confidence 99999888766 23333332 5567888888888888888888999999987554443332221 11100000
Q ss_pred ------hhh--hhcccCCccccccccccchHHHHHHHHHHHhhh-hhHHHHHHHHhcCCCccCCccccchhhhHHHHHHH
Q 017429 263 ------EVK--EEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHD-MAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITG 333 (371)
Q Consensus 263 ------~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~ 333 (371)
+.+ .++.+........++.+..........+..... .....+.+..... .+.+...........+
T Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~ 322 (491)
T 4gc0_A 249 ATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT------LGASTDIALLQTIIVG 322 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH------SSCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh------cCCCccchhhHHHHHH
Confidence 000 000111111222233333333333333222222 2222233332222 4666666666777777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHhhhhcc
Q 017429 334 FSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVARIAGVNFEHSV 368 (371)
Q Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 368 (371)
+..+++. ++..++.||+|||+.+..+.....+++
T Consensus 323 ~~~~~~~-~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~ 356 (491)
T 4gc0_A 323 VINLTFT-VLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGM 356 (491)
T ss_dssp HHHHHHH-HHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHH-HHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHH
Confidence 7888877 588999999999999887776665544
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.96 E-value=5.4e-29 Score=225.23 Aligned_cols=260 Identities=16% Similarity=0.246 Sum_probs=215.4
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHhhccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHHHHHHH
Q 017429 44 FSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVV 123 (371)
Q Consensus 44 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~ 123 (371)
+.+++..++..+......+.+|.+.+++|.+..+ .+++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.+
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~ 76 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGA------VQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFM 76 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHH------HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHH
Confidence 3456667777788888889999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhhhcCcCCCCCC
Q 017429 124 IFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPN 202 (371)
Q Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~l~~~~~~~~~ 202 (371)
++.++..++++++.+++.|++.|++.+...+. .+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+.+
T Consensus 77 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~------- 149 (375)
T 2gfp_A 77 LATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT------- 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC-------
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH-------
Confidence 99999999999999999999999998888876 9999999999999999999999999999999999999987
Q ss_pred cccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHH-HHhhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhhhhhhhhcccCCccccccccc
Q 017429 203 LFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTI-AAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREATPKKSLLKN 281 (371)
Q Consensus 203 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (371)
.++|+..+.+.++..++..+ ..+.+||+++++++++ +.....++.+++
T Consensus 150 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------~~~~~~~~~~~~ 198 (375)
T 2gfp_A 150 ---------MWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPRT----------------------RLLTSYKTLFGN 198 (375)
T ss_dssp ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCCC----------------------CTTTCSTHHHHH
T ss_pred ---------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcccc----------------------cHHHHHHHHhcC
Confidence 56677777777766665544 4566777654322110 112355677888
Q ss_pred cchHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHhcCCCccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhch
Q 017429 282 WPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGP 353 (371)
Q Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~ 353 (371)
|.++...+..++..........+.|.|..+. +|+++.+.+.+.+...++.+++. ++.+++.||.++
T Consensus 199 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~ 264 (375)
T 2gfp_A 199 SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAV-----LGLSSMTVSILFILPIPAAFFGA-WFAGRPNKRFST 264 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHH-----HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHH-HHHHTTTTHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888777777666666655555544433 78899999999999999999988 478888888887
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.94 E-value=6.1e-26 Score=212.53 Aligned_cols=300 Identities=14% Similarity=0.142 Sum_probs=199.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhcccccchhhHH-HHHHh-----hccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhh-cCCch
Q 017429 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLY-FMIKD-----FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADR-YGRKP 113 (371)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~ 113 (371)
+.++.++...++.........+.++ ++.++ +|.+..+ .+++.+++.++..+++++.|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH
Confidence 4455556666666666665655555 44455 8999999 9999999999999999999999999 89999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccc--hhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhh
Q 017429 114 VIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEH--QALGLSTVSTAWGIGLIIGPALG 190 (371)
Q Consensus 114 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~ 190 (371)
++..+.++.+++.++++++++++.+++.|++.|++.+...+. .++++|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.++
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 166 (491)
T 4aps_A 87 AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIV 166 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999998888775 999999999988 77788889999999999999999
Q ss_pred hhhcCcCCCCCCcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-cccccCCCCCCcc---chhhhhhhhh-------
Q 017429 191 GFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWL-PETLHRHNDDDDS---CDVSYDALES------- 259 (371)
Q Consensus 191 ~~l~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~------- 259 (371)
+.+.+ .++|+.++++.++..++.++..++. |+..++...++++ .++..+..+.
T Consensus 167 ~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~ 230 (491)
T 4aps_A 167 GAAQE----------------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAG 230 (491)
T ss_dssp HHHHH----------------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHH
T ss_pred HHHHh----------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99987 5667777777766655554443332 3222211111111 1111010000
Q ss_pred --------hhhhh---h-------------------hhcccCCccccccccccchHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHh
Q 017429 260 --------ASAEV---K-------------------EEEGREATPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWA 309 (371)
Q Consensus 260 --------~~~~~---~-------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (371)
...+. + ...++......+..+....+...+..++...........++.|.
T Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (491)
T 4aps_A 231 FIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFA 310 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHH
Confidence 00000 0 00000011111111222233444444444445555566677777
Q ss_pred cCCCccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHH-----HHHHhhhhcc
Q 017429 310 NSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILGPIMVAR-----IAGVNFEHSV 368 (371)
Q Consensus 310 ~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~ 368 (371)
.+. .+.+....+.+.....+..+++. ++.+++.||++||+... .+.++..++.
T Consensus 311 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 368 (491)
T 4aps_A 311 AER-----VDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYT-PFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSF 368 (491)
T ss_dssp HHS-----CCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHH-----hccCccCHHHHhccchHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 655 55565677777788888888887 47788999999876544 5555555443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.89 E-value=7.9e-23 Score=187.37 Aligned_cols=288 Identities=11% Similarity=0.119 Sum_probs=178.8
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhcccccchhhHHHHH-HhhccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHHH
Q 017429 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMI-KDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGT 119 (371)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~ 119 (371)
+.++......++.........+.+|.+. +++|.+..+ .|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~------~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~ 80 (417)
T 2cfq_A 7 TNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSD------TGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWII 80 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTT------SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHH
T ss_pred cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 4455555555555555666678888655 568999999 999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred HHHHHHHH---HHHhHHHHH-HHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccc--cchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhh
Q 017429 120 ASVVIFNT---LFGLSVNFW-MAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFRE--EHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGF 192 (371)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~---~~~~~~~~~-~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~ 192 (371)
.+.+++.. ...+.+... .++..+.+.|++.+...+. .....++.++ ++|+...+.......+|..++|.++++
T Consensus 81 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~ 160 (417)
T 2cfq_A 81 TGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGI 160 (417)
T ss_dssp HHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77654321 112222211 2344555656554443332 3334444433 456777788888889999999999999
Q ss_pred hcCcCCCCCCcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCccchhhhhhhhhhhhhhhhhcccCC
Q 017429 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLPETLHRHNDDDDSCDVSYDALESASAEVKEEEGREA 272 (371)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (371)
+.+ ++|+.++++.++..++..+..++.+|++++..+++++.+ ++.++...
T Consensus 161 l~~-----------------~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~~~ 210 (417)
T 2cfq_A 161 MFT-----------------INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVG-------------ANHSAFSL 210 (417)
T ss_dssp HHH-----------------HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSS-------------SCCCCCCH
T ss_pred HHH-----------------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccc-------------cccccccH
Confidence 874 234555555554444444444444433221110000000 00000111
Q ss_pred ccccccccccchHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHhcCCCccCCccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 017429 273 TPKKSLLKNWPLMSSIIVYCVFSLHDMAYSEIFSLWANSPKKLGGLNYSTQMVGEVLAITGFSLLVFQLSLYPFLERILG 352 (371)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~ 352 (371)
...++++++|+++...+..+........+..++|.|+.+... ..+.+....+...+...++.+++. ++.+++.||++
T Consensus 211 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~l~dr~g 287 (417)
T 2cfq_A 211 KLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFA--TGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIM-FFAPLIINRIG 287 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSS--SHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--ccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhc
Confidence 234567788888776665554444444555567777654311 122345566778888778888877 58899999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHhhhhc
Q 017429 353 PIMVARIAGVNFEHS 367 (371)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~ 367 (371)
+|+.+..+.++..++
T Consensus 288 ~~~~l~~~~~~~~~~ 302 (417)
T 2cfq_A 288 GKNALLLAGTIMSVR 302 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999888777665554
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.86 E-value=1.7e-21 Score=183.80 Aligned_cols=171 Identities=15% Similarity=0.199 Sum_probs=141.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhcccccchhhHH-HHHHhhc------cccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhc-CCchH
Q 017429 43 LFSIWIIVLCTALPISSLFPFLY-FMIKDFQ------IAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY-GRKPV 114 (371)
Q Consensus 43 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~ 114 (371)
++.+++..++.....+...+.++ ++.+++| .+..+ .+++.+++.++..+++++.|+++||+ |||++
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~ 87 (524)
T 2xut_A 14 IPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAV------AKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNT 87 (524)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTT------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 33444555555555555566666 4567789 99998 99999999999999999999999999 99999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHH-HHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHh---hhhhhhhHHhHHHhh
Q 017429 115 IIMGTASVVIFNTLFGLSV-NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLST---VSTAWGIGLIIGPAL 189 (371)
Q Consensus 115 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~g~~i 189 (371)
+.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+. .++++|++|+++|+++.+. .+.+.++|..++|.+
T Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~ 167 (524)
T 2xut_A 88 ILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLS 167 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999998 9999999999999998888775 9999999999999876666 888999999999999
Q ss_pred hhhhcCcCCCCCCcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 017429 190 GGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFW 235 (371)
Q Consensus 190 ~~~l~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (371)
++.+.+ ..+|+.++.+.++..++..+..++
T Consensus 168 ~~~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 168 MPLLLK----------------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp STHHHH----------------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHhc----------------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999987 556777777776666555544433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.62 E-value=2.4e-15 Score=138.79 Aligned_cols=175 Identities=12% Similarity=0.061 Sum_probs=140.5
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHh-hccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhc--CCchHHHH
Q 017429 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRY--GRKPVIIM 117 (371)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--Grr~~l~~ 117 (371)
+.++...+..++............|.+.++ +|.+..+ .+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~ 325 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDK------SSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGV 325 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHH
Confidence 455556666666666666677788877766 8999888 99999999999999999999999999 99999888
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHHhH--HHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhh-HHhHHHhhhhh
Q 017429 118 GTASVV-IFNTLFGLS--VNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGI-GLIIGPALGGF 192 (371)
Q Consensus 118 ~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~g~~i~~~ 192 (371)
+.++.. ++.++..+. .+.+.+.+..++.|++.+...+. ..++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..++|.+.+.
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 405 (451)
T 1pw4_A 326 FFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGY 405 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877766 666665554 36777778888889887776665 89999999999999999999999999 99999999999
Q ss_pred hcCcCCCCCCcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q 017429 193 LAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIAAFWLP 237 (371)
Q Consensus 193 l~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 237 (371)
+.+ ..+|...+++.+++.++..+..++.+
T Consensus 406 l~~----------------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 406 TVD----------------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHH----------------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998 55666667777766666655544443
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.54 E-value=7.9e-14 Score=128.13 Aligned_cols=146 Identities=10% Similarity=0.044 Sum_probs=116.8
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhcccccchhhHHHH-HHh-hccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHH
Q 017429 41 TELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFM-IKD-FQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMG 118 (371)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~ 118 (371)
+.++...+..++............|.+ .++ +|.+..+ .++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+
T Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~ 331 (438)
T 3o7q_A 258 RHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGF------AANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAY 331 (438)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHH
Confidence 344444455555555555566777766 555 4999888 99999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhhhcC
Q 017429 119 TASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (371)
Q Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~l~~ 195 (371)
.++.+++.++..+.++.+.++.. ++.|++.+...+. .++..|.+|++ |+.+.++.. ...+|..++|.+.|.+.+
T Consensus 332 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 406 (438)
T 3o7q_A 332 ALIAMALCLISAFAGGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD 406 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99998888888887776655444 7788887777775 88889999976 888888776 556999999999999998
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.52 E-value=8.3e-14 Score=127.35 Aligned_cols=142 Identities=18% Similarity=0.125 Sum_probs=112.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhhccchhH-HHHHHhhh
Q 017429 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVIFNTLFGLSVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGP-IKAYACEI 162 (371)
Q Consensus 84 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~-~~~~~~~~ 162 (371)
.++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+ ...+++|.
T Consensus 261 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 340 (417)
T 2cfq_A 261 FGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQ 340 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 67777888888889999999999999999999998888888777777777777777777777777655555 48899999
Q ss_pred ccccchhhhhHh-hhhhhhhHHhHHHhhhhhhcCcCCCCCCcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHHHHH-Hhhccccc
Q 017429 163 FREEHQALGLST-VSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAEKYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGVTIA-AFWLPETL 240 (371)
Q Consensus 163 ~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~g~~i~~~l~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~~ 240 (371)
+|++.|+++.+. ++....+|..++|.++|.+.+ .+++...+.+.+++.++..+. .+..||++
T Consensus 341 ~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~----------------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 341 FEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE----------------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH----------------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH----------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999998 488888999999999999987 455666667666666655544 44455544
Q ss_pred c
Q 017429 241 H 241 (371)
Q Consensus 241 ~ 241 (371)
+
T Consensus 405 ~ 405 (417)
T 2cfq_A 405 P 405 (417)
T ss_dssp T
T ss_pred c
Confidence 3
No 11
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.42 E-value=4.8e-12 Score=118.03 Aligned_cols=183 Identities=12% Similarity=0.050 Sum_probs=122.8
Q ss_pred HHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHHhhccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHHHHHHHH
Q 017429 45 SIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIKDFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTASVVI 124 (371)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~ 124 (371)
......+...........+.+.+.+..+.+... .........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....+
T Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~ 354 (491)
T 4gc0_A 281 GVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDI------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAI 354 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccc------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHH
Confidence 344444455555556666677888888877766 66667777888899999999999999999999999888887
Q ss_pred HHHHHHhHH-----HHHHHHHHH-HHHhhhccchhHHHHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhhhcCcCC
Q 017429 125 FNTLFGLSV-----NFWMAVLTR-FLLGSLNGLLGPIKAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQPAE 198 (371)
Q Consensus 125 ~~~~~~~~~-----~~~~~~~~r-~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~l~~~~~ 198 (371)
+.+..+... +...+...- +..+++.+.....+.+.+|.+|.+.|++++++......+|+.+++.+.+.+.+..
T Consensus 355 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~- 433 (491)
T 4gc0_A 355 GMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNS- 433 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-
Confidence 776655421 122222222 2223333333334899999999999999999999999999999888877765410
Q ss_pred CCCCcccccccccCccchhHHHHHHHHHHHH-HHHHhhccccccCC
Q 017429 199 KYPNLFSSESLFGKFPYFLPCLCISLFAFGV-TIAAFWLPETLHRH 243 (371)
Q Consensus 199 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~e~~~~~ 243 (371)
|. ....++...+++.++++++. ++.++++|||+.+.
T Consensus 434 -------~~--~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 434 -------WL--VAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp -------HH--HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCC
T ss_pred -------HH--HhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCC
Confidence 00 00122333445545555444 45678899998653
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.41 E-value=2.1e-12 Score=120.47 Aligned_cols=145 Identities=10% Similarity=-0.017 Sum_probs=109.8
Q ss_pred HHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHH-hhccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHH-----HH
Q 017429 45 SIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIK-DFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVII-----MG 118 (371)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~-----~~ 118 (371)
..++..++...........+|.+.+ .++.+..+ .++..+...++..++.++.|++.||+|||+... .+
T Consensus 287 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~ 360 (491)
T 4aps_A 287 PLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFP------VSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVG 360 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSC------SGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccC------HHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHH
Confidence 3333344444444445556665554 46666556 788888889999999999999999999987655 66
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHH---------HHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHh
Q 017429 119 TASVVIFNTLFGLSV---------NFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPA 188 (371)
Q Consensus 119 ~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 188 (371)
.++.+++.++..... +.+.+++..++.|++.+...+. ..++.|.+|++.|+++.++.+....+|..++|.
T Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~ 440 (491)
T 4aps_A 361 LMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQ 440 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 666666666655543 6677778888899988876664 999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhcC
Q 017429 189 LGGFLAQ 195 (371)
Q Consensus 189 i~~~l~~ 195 (371)
+.+.+.+
T Consensus 441 ~~~~~~~ 447 (491)
T 4aps_A 441 LVTLYNA 447 (491)
T ss_dssp HGGGGGG
T ss_pred HHHHHhc
Confidence 9988875
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.10 E-value=1.1e-11 Score=111.36 Aligned_cols=145 Identities=13% Similarity=0.078 Sum_probs=106.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcccccchhhHHHHHH-hhccccccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCchHHHHHHH
Q 017429 42 ELFSIWIIVLCTALPISSLFPFLYFMIK-DFQIAKREEDIGSYAGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRKPVIIMGTA 120 (371)
Q Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~ 120 (371)
.++...+..++............|.+.+ ++|.+..+ .+++.+...++..++.++.|++.||+|++ +..+..
T Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~ 271 (375)
T 2gfp_A 200 GFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMT------VSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVI 271 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHH------HHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHH
T ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHH
Confidence 3444444445555554555555565444 48888888 99999999999999999999999999883 233332
Q ss_pred H-HHHHHH--HHHh--HHHHHHHHHHHHHHhhhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhhhc
Q 017429 121 S-VVIFNT--LFGL--SVNFWMAVLTRFLLGSLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLA 194 (371)
Q Consensus 121 ~-~~~~~~--~~~~--~~~~~~~~~~r~l~G~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~l~ 194 (371)
. ...+.. .... .++.+.+++..++.|++.+...+. ..++.|..| ++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.
T Consensus 272 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 350 (375)
T 2gfp_A 272 CCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLP 350 (375)
T ss_dssp HHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 2 222221 2222 246677778888889988777775 999999998 88999999999999999999999999987
Q ss_pred C
Q 017429 195 Q 195 (371)
Q Consensus 195 ~ 195 (371)
+
T Consensus 351 ~ 351 (375)
T 2gfp_A 351 Q 351 (375)
T ss_dssp H
T ss_pred c
Confidence 6
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.86 E-value=5.5e-09 Score=98.12 Aligned_cols=112 Identities=13% Similarity=0.025 Sum_probs=85.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhh----hhcCC----chHHHHHHHHHHHHHHHHHhH---------HHHHHHHHHHHHHh
Q 017429 84 AGYVGSSFMFGRALTSVFWGLVA----DRYGR----KPVIIMGTASVVIFNTLFGLS---------VNFWMAVLTRFLLG 146 (371)
Q Consensus 84 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~Gr----r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~r~l~G 146 (371)
.+++.....++..++.++.+++. ||.|+ ++.+.++.++.+++.++.++. .+.+.+++..++.|
T Consensus 337 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g 416 (524)
T 2xut_A 337 PAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLT 416 (524)
T ss_dssp HHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHH
Confidence 56666666666677777777764 55543 345667777777777666653 36677778888999
Q ss_pred hhccchhHH-HHHHhhhccccchhhhhHhhhhhhhhHHhHHHhhhhhhcC
Q 017429 147 SLNGLLGPI-KAYACEIFREEHQALGLSTVSTAWGIGLIIGPALGGFLAQ 195 (371)
Q Consensus 147 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~i~~~l~~ 195 (371)
++.+...+. ..++.|..|+++|++++|+.+....+|..++|.+.+.+.+
T Consensus 417 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~ 466 (524)
T 2xut_A 417 FGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKS 466 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 988887775 8999999999999999999999999999999999999876
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=54.45 E-value=5.8 Score=18.50 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.888 Sum_probs=11.1
Q ss_pred HHHhhhhhcCCchH
Q 017429 101 FWGLVADRYGRKPV 114 (371)
Q Consensus 101 ~~g~l~dr~Grr~~ 114 (371)
++|.+..++|||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46788999999854
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=24.15 E-value=2.2e+02 Score=22.21 Aligned_cols=25 Identities=8% Similarity=0.213 Sum_probs=18.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHhhhhhcCCc
Q 017429 88 GSSFMFGRALTSVFWGLVADRYGRK 112 (371)
Q Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 112 (371)
+.-|.++..++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 3456777888888899999887543
Done!