Query 024030
Match_columns 273
No_of_seqs 288 out of 2042
Neff 10.6
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 17:00:11 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/024030.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/024030hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.9 1.4E-24 4.9E-29 186.9 15.8 242 9-273 29-279 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.9 1.8E-23 6.3E-28 179.4 22.7 224 9-272 27-284 (438)
3 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.9 1.3E-23 4.4E-28 176.9 14.5 219 12-273 4-226 (375)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.9 6E-21 2E-25 166.2 20.0 182 7-194 12-200 (491)
5 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.8 1.8E-21 6.3E-26 169.4 7.0 174 18-196 22-225 (491)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 99.8 1.1E-18 3.8E-23 153.1 17.6 177 5-186 9-194 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 99.7 1.5E-18 5.3E-23 148.2 0.7 165 7-181 6-178 (417)
8 2cfq_A Lactose permease; trans 99.6 2.5E-14 8.6E-19 122.0 20.1 164 23-194 235-403 (417)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.6 1.4E-14 4.8E-19 124.4 16.7 173 8-189 252-432 (451)
10 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.5 3.9E-13 1.3E-17 116.7 17.6 172 18-198 287-470 (491)
11 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 1.6E-12 5.6E-17 111.1 17.1 159 8-180 258-422 (438)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 4.7E-13 1.6E-17 116.3 10.8 174 13-194 288-475 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.1 5.2E-11 1.8E-15 99.8 6.1 151 7-168 198-350 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.8 4.9E-09 1.7E-13 91.7 5.8 140 54-194 338-506 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 65.2 2.9 9.9E-05 18.7 1.1 13 70-82 2-14 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.92 E-value=1.4e-24 Score=186.88 Aligned_cols=242 Identities=12% Similarity=0.056 Sum_probs=178.8
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHHHH
Q 024030 9 TLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPL 88 (273)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~~~ 88 (273)
.+....+..+..........+.+|.+.++. .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+++..+.
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 29 IFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG---------FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST---------TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---------ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 344455566666677777788888875443 33445788899999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHh----ccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 89 TLSIIPLAILAY----RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAA 164 (273)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~~ 164 (273)
++..++.+++.+ .++ ++.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|++|+++|++++++.+...++|..++|.++
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~-~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 175 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSS---IAVMFVLLFLCGW-FQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLF 175 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSS---SSHHHHHHHHHHH-HHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhcccc---HHHHHHHHHHHHH-HhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999888 777 8889999999998 66667789999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHh----h-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCcccccCCCCCCCccccccccchHHHHH
Q 024030 165 RFL----S-TTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLI 239 (273)
Q Consensus 165 ~~l----~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 239 (273)
+.+ + |+++|++.+++.++..++..+..||++++.+.+++.+...+ ..+ +.+ .++++....++. ..
T Consensus 176 ~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~---~~~-~~~~~~~~~~~~--~~ 245 (451)
T 1pw4_A 176 LLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKND----YPD---DYN-EKAEQELTAKQI--FM 245 (451)
T ss_dssp HHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC---------------------CCTHH--HH
T ss_pred HHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhccc----ccc---cch-hhhhcccccccc--hH
Confidence 875 6 99999999888877776666777876554332211100000 000 000 000001111111 12
Q ss_pred HHHhhcchhHHHHHHHHHhccccccceeeeeccC
Q 024030 240 CLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLVYI 273 (273)
Q Consensus 240 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~yl 273 (273)
+..+++|.++...+..++......+...++|.|+
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 279 (451)
T 1pw4_A 246 QYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYL 279 (451)
T ss_dssp HHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHB
T ss_pred HHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3467889999999999999888888888877764
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.92 E-value=1.8e-23 Score=179.36 Aligned_cols=224 Identities=14% Similarity=0.126 Sum_probs=173.6
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHHHH
Q 024030 9 TLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPL 88 (273)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~~~ 88 (273)
.+.......+...+......+.+|.+.++. +.+..+.|++.+.+.++..+++++.|+++||+|||++++.+.
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 98 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAF--------TLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGL 98 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS--------CCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHc--------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHH
Confidence 344445555666666777888888876553 555677899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHH---HhccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 89 TLSIIPLAIL---AYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAAR 165 (273)
Q Consensus 89 ~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~~~ 165 (273)
++..++.+++ ...++ ++.+++.|++.|+ +.+...+...++++|++|+++|++++++.+...++|..++|.+++
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~G~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 174 (438)
T 3o7q_A 99 FLYALGAALFWPAAEIMN---YTLFLVGLFIIAA-GLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQ 174 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTC---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcccccc---HHHHHHHHHHHHh-hHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998888 67777 9999999999998 667777899999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred Hhh------------------------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCcc
Q 024030 166 FLS------------------------------TTSAFQAATIVSMLAAAYMRVF-LKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEG 214 (273)
Q Consensus 166 ~l~------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 214 (273)
.+. |+++|.+.++...+..++..+. .||++++++++
T Consensus 175 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~------------- 241 (438)
T 3o7q_A 175 SLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD------------- 241 (438)
T ss_dssp HHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC-------------
T ss_pred HHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc-------------
Confidence 874 8999987776665554442221 22222111110
Q ss_pred cccCCCCCCCccccccccchHHHHHHHHhhcchhHHHHHHHHHhccccccceeeeecc
Q 024030 215 VNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVTLSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLVY 272 (273)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~y 272 (273)
++ .++.++..+.++|+|.++...+..++....+.....++|.|
T Consensus 242 -----------~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 284 (438)
T 3o7q_A 242 -----------AK----QGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRY 284 (438)
T ss_dssp -----------SS----TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -----------cc----ccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 01223344457889999999999999888888887777766
No 3
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.91 E-value=1.3e-23 Score=176.95 Aligned_cols=219 Identities=15% Similarity=0.102 Sum_probs=175.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHHHHHHH
Q 024030 12 HLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLS 91 (273)
Q Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~~~~~~ 91 (273)
......+....+.....+.+|.+.++. +.+..+.|++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+....
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~ 75 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDL--------NVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIF 75 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS--------SSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHc--------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHH
Confidence 445566777778888889999886543 556677899999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----
Q 024030 92 IIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARFL---- 167 (273)
Q Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~~~~l---- 167 (273)
.++..+..+.++ ++.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|.+|+++|++++++.+...++|..++|.+++.+
T Consensus 76 ~~~~~~~~~~~~---~~~l~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~ 151 (375)
T 2gfp_A 76 MLATLVAVTTSS---LTVLIAASAMQGM-GTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW 151 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcc---HHHHHHHHHHHHH-HHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc
Confidence 999988888877 8999999999998 66777789999999999999999999999999999999999999887
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCcccccCCCCCCCccccccccchHHHHHHHHhhcch
Q 024030 168 STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPNDDDDDLTRPIITEETEGVNQNESNSPVKIPVCKKIPSIRDLICLLRSSVT 247 (273)
Q Consensus 168 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 247 (273)
+|++.|.+.++..++..+...+..||++++++++ ++..+ +.+ ..+|+|+
T Consensus 152 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------------~~~~~---~~~----~~~~~~~ 200 (375)
T 2gfp_A 152 NWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR------------------------TRLLT---SYK----TLFGNSG 200 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC------------------------CCTTT---CST----HHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc------------------------ccHHH---HHH----HHhcCcc
Confidence 7899998887777666554345566654332210 00001 112 1456788
Q ss_pred hHHHHHHHHHhccccccceeeeeccC
Q 024030 248 LSQAAVVAFFSGLSEGGMQASFLVYI 273 (273)
Q Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~yl 273 (273)
++...+..++..........++|.|+
T Consensus 201 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (375)
T 2gfp_A 201 FNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLM 226 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSS
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888888888888888888888774
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.87 E-value=6e-21 Score=166.22 Aligned_cols=182 Identities=15% Similarity=0.080 Sum_probs=152.0
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhh-hCCchhhH
Q 024030 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQ-YGRKAMLT 85 (273)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~grr~~~~ 85 (273)
++.++......+...++.+...+.++.|+++.. .+++++.+..+.|++.+.+.++..+++++.|+++|| +|||+++.
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~ 89 (491)
T 4aps_A 12 PLGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLI--STGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVF 89 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--chhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHH
Confidence 456667777778888888888889999987631 122357777889999999999999999999999999 89999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 86 LPLTLSIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQ--RASAFGILLGVLSASFVCGTLA 163 (273)
Q Consensus 86 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~ 163 (273)
.+.++..++.+++.+.++ .+.+++.|++.|+ +.+...+...++++|++|+++ |++++++.+...++|..++|.+
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 90 WGGVLIMLGHIVLALPFG---ASALFGSIILIII-GTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCCS---TTHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHH-HHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999988888 8889999999998 667677999999999999988 7788888999999999999999
Q ss_pred HHHh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 024030 164 ARFL----STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDD 194 (273)
Q Consensus 164 ~~~l----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (273)
++.+ +|+++|++.++..++..++..+..|+.
T Consensus 166 ~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 200 (491)
T 4aps_A 166 VGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKT 200 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccc
Confidence 9886 899999998777666655544444443
No 5
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.84 E-value=1.8e-21 Score=169.40 Aligned_cols=174 Identities=17% Similarity=0.183 Sum_probs=135.1
Q ss_pred HHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 18 FLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAI 97 (273)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~~~~~~~~~~~~ 97 (273)
++..+....+...+|.+.++...+.+.+.+.+....|++.+.+.++.+++++++|+++||+|||+++.++.+++.++.++
T Consensus 22 ~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~ 101 (491)
T 4gc0_A 22 LLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVG 101 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444455566677776555432233344666778899999999999999999999999999999999999999999888
Q ss_pred HHh------------------ccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 98 LAY------------------RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVC 159 (273)
Q Consensus 98 ~~~------------------~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~ 159 (273)
.++ +++ ++.+++.|++.|+ +.|...+...++++|..|+++|++..++.+....+|..+
T Consensus 102 ~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~---~~~l~~~R~l~G~-g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~ 177 (491)
T 4gc0_A 102 SAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGY---VPEFVIYRIIGGI-GVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLL 177 (491)
T ss_dssp HHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGC---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhh---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhh
Confidence 774 456 8999999999998 666677999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHh------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC
Q 024030 160 GTLAARFL------------STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVP 196 (273)
Q Consensus 160 gp~~~~~l------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (273)
++.++... .|+..+....+..++.. +..+..||+++
T Consensus 178 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~peSp~ 225 (491)
T 4gc0_A 178 VYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFL-MLLYTVPESPR 225 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHGGGSCCCHH
T ss_pred hhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCCChH
Confidence 88877654 35555555444444333 33667788764
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.81 E-value=1.1e-18 Score=153.10 Aligned_cols=177 Identities=16% Similarity=0.167 Sum_probs=144.2
Q ss_pred hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhh-CCchh
Q 024030 5 KEIKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQY-GRKAM 83 (273)
Q Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-grr~~ 83 (273)
++++.++...+..++...+.+...+.+|.|+++..+++. +.+.+..+.|++.+.+.++..++.++.|+++||+ |||++
T Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~-~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~ 87 (524)
T 2xut_A 9 KWPRQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSI-PEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNT 87 (524)
T ss_dssp ----CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCC-SSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHH
T ss_pred cCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc-ccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHH
Confidence 345667777888888888888899999999876443110 1125566779999999999999999999999999 99999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHhcc-CchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHH---HHHHHHHHHHH
Q 024030 84 LTLPLTLSIIPLAILAYRR-SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGI---LLGVLSASFVC 159 (273)
Q Consensus 84 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~ 159 (273)
+..+.++..++.+++.+.+ + .+.+++.|++.|+ +.+...+...+++.|.+|+++|+++.+. .+...++|..+
T Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 163 (524)
T 2xut_A 88 ILWLSLIYCVGHAFLAIFEHS---VQGFYTGLFLIAL-GSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFF 163 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSSC---HHHHHHHHHHHHH-HHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhccc---HHHHHHHHHHHHH-hccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999988888887 7 8889999999998 6666668999999999999999876666 88899999999
Q ss_pred HHHHHHHh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 160 GTLAARFL----STTSAFQAATIVSMLAAAY 186 (273)
Q Consensus 160 gp~~~~~l----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 186 (273)
||.+++.+ +|+++|.+.++..++..+.
T Consensus 164 g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 194 (524)
T 2xut_A 164 ASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVF 194 (524)
T ss_dssp HHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99988876 7899998887776655544
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.70 E-value=1.5e-18 Score=148.18 Aligned_cols=165 Identities=16% Similarity=0.125 Sum_probs=107.2
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHH
Q 024030 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTL 86 (273)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~ 86 (273)
+|.++......+....+.....+++|.|+++.. +.+..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++.
T Consensus 6 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~-------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~ 78 (417)
T 2cfq_A 6 NTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDIN-------HISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLW 78 (417)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTT-------CCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 445566666666677777888899999987643 3344556888999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH---HhccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCCh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 87 PLTLSIIPLAIL---AYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISE--RQRASAFGILLGVLSASFVCGT 161 (273)
Q Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp 161 (273)
+..+..+....+ .+.+.. .......+.+.++ ..+...+...+...++.++ ++|+...+......++|..++|
T Consensus 79 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~-~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~ 155 (417)
T 2cfq_A 79 IITGMLVMFAPFFIFIFGPLL--QYNILVGSIVGGI-YLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGA 155 (417)
T ss_dssp HHHHTTSCHHHHHHHTHHHHH--HTTCCHHHHGGGS-STTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877655422111 111110 0012233444443 2333323333333344332 4556667777777888999999
Q ss_pred HHHHHh---hhHHHHHHHHHHHH
Q 024030 162 LAARFL---STTSAFQAATIVSM 181 (273)
Q Consensus 162 ~~~~~l---~~~~~~~~~~~~~~ 181 (273)
.+++.+ +|+..|++.++..+
T Consensus 156 ~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~ 178 (417)
T 2cfq_A 156 SIVGIMFTINNQFVFWLGSGCAL 178 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHH
Confidence 998876 57888876655533
No 8
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.64 E-value=2.5e-14 Score=122.04 Aligned_cols=164 Identities=12% Similarity=0.056 Sum_probs=119.3
Q ss_pred HHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 024030 23 ATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAILAYRR 102 (273)
Q Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 102 (273)
........+|.|+.+... ..+.+....|+..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.....+.+
T Consensus 235 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (417)
T 2cfq_A 235 TYDVFDQQFANFFTSFFA----TGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT 310 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSS----SHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHh----ccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 334444567888766421 1133344567788888888889999999999999999999888887777766666665
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHh----hhHHHHHHHH
Q 024030 103 SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGIL-LGVLSASFVCGTLAARFL----STTSAFQAAT 177 (273)
Q Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~-~~~~~~g~~~gp~~~~~l----~~~~~~~~~~ 177 (273)
+ .+.+++...+.++ ..+...+....+++|.+|++.|+++.++. +...++|..++|.++|.+ +++..|.+.+
T Consensus 311 ~---~~~~~~~~~l~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~ 386 (417)
T 2cfq_A 311 S---ALEVVILKTLHMF-EVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLG 386 (417)
T ss_dssp S---HHHHHHHTTHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHH
T ss_pred c---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHH
Confidence 5 5666666666665 34444466788999999999999999984 888889999999998876 5567777777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 024030 178 IVSMLAAAYMRVFLKDD 194 (273)
Q Consensus 178 ~~~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (273)
++.++..++.+...||+
T Consensus 387 ~~~l~~~~~~~~~~~~~ 403 (417)
T 2cfq_A 387 LVALGFTLISVFTLSGP 403 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTSSCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhcCC
Confidence 77666665544444543
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.62 E-value=1.4e-14 Score=124.39 Aligned_cols=173 Identities=10% Similarity=-0.040 Sum_probs=135.6
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhh--CCchhhH
Q 024030 8 KTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQY--GRKAMLT 85 (273)
Q Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--grr~~~~ 85 (273)
+.++...+..++...+......++|.|+++. .+.+....|++.+...++.+++.++.|+++||+ |||+.+.
T Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~ 324 (451)
T 1pw4_A 252 KLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEV-------KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATG 324 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB-------SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-------cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHH
Confidence 4566666677777777788888999998652 355667789999999999999999999999999 9999888
Q ss_pred HHHHHHH-HHHHHHHhccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
Q 024030 86 LPLTLSI-IPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSA-SFVCGTLA 163 (273)
Q Consensus 86 ~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-g~~~gp~~ 163 (273)
.+..+.. ++..++.+.++. ..+...+..++.|+ +.+...+...+++.|.+|+++|+++.|+.+....+ |..++|.+
T Consensus 325 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 402 (451)
T 1pw4_A 325 VFFMTLVTIATIVYWMNPAG-NPTVDMICMIVIGF-LIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAI 402 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSCCTT-CHHHHHHHHHHHHH-HHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccc-CHHHHHHHHHHHHH-HHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7776665 555555554321 25667777777887 44555577889999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 164 ARFL----STTSAFQAATIVSMLAAAYMRV 189 (273)
Q Consensus 164 ~~~l----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 189 (273)
.+.+ +++..|.+.+++.++..++..+
T Consensus 403 ~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 403 VGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8887 6788888887777666655444
No 10
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.53 E-value=3.9e-13 Score=116.74 Aligned_cols=172 Identities=13% Similarity=0.065 Sum_probs=112.0
Q ss_pred HHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 18 FLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTLPLTLSIIPLAI 97 (273)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~~~~~~~~~~~~ 97 (273)
+....+.+....+.|.+.++. +.+............+...++.++.+.+.||+|||+.++.+.....++...
T Consensus 287 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~ 358 (491)
T 4gc0_A 287 FQQFVGINVVLYYAPEVFKTL--------GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFS 358 (491)
T ss_dssp HHHHTCHHHHHHHHHHHHHHS--------SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhhhHHHhcchHHHHhc--------CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHH
Confidence 333344445555566555442 111122233444557778888999999999999999999888777776655
Q ss_pred HHh--ccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--------
Q 024030 98 LAY--RRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARFL-------- 167 (273)
Q Consensus 98 ~~~--~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~~~~l-------- 167 (273)
+.. ..... .+..++...+...+......+..+.+.+|.+|.+.|+++.|+......++..+++.+...+
T Consensus 359 l~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~ 437 (491)
T 4gc0_A 359 LGTAFYTQAP-GIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVA 437 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTCC-HHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhcccc-hHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 442 12211 1222222222111122223367789999999999999999999999999988887655433
Q ss_pred --hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCC
Q 024030 168 --STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDDVPND 198 (273)
Q Consensus 168 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (273)
++..+|++.++++++..+..++++||++.+.
T Consensus 438 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 438 HFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCC
T ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCC
Confidence 3456788888888888888788999987653
No 11
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.48 E-value=1.6e-12 Score=111.09 Aligned_cols=159 Identities=8% Similarity=-0.058 Sum_probs=120.8
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHH-HHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHH
Q 024030 8 KTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDV-TMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTL 86 (273)
Q Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~ 86 (273)
+.++...+..++..........++|.| +++.. +.+....|+..+...++..++.++.|+++||+|||+++..
T Consensus 258 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~ 330 (438)
T 3o7q_A 258 RHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIP-------GMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAA 330 (438)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHST-------TCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccC-------CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHH
Confidence 455555666666666677778899999 76632 4556677888899999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccCchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 87 PLTLSIIPLAILAYRRSISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARF 166 (273)
Q Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~~~~ 166 (273)
+.++..++..+..+.++ .+.+. ..++.|+ +.+...+...++..|.+|++ ++++.++.. ...+|..++|.+.+.
T Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~-~~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~ 403 (438)
T 3o7q_A 331 YALIAMALCLISAFAGG---HVGLI-ALTLCSA-FMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGF 403 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCH---HHHHH-HHHHHHH-HHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHcCC---cHHHH-HHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 98888888777777665 44333 3366676 45556688999999999866 888888776 566899999999887
Q ss_pred h----h-hHHHHHHHHHHH
Q 024030 167 L----S-TTSAFQAATIVS 180 (273)
Q Consensus 167 l----~-~~~~~~~~~~~~ 180 (273)
+ + ++..|.+.++..
T Consensus 404 l~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 422 (438)
T 3o7q_A 404 VSDAAGNIPTAELIPALCF 422 (438)
T ss_dssp HHHHHTSSGGGGHHHHHHH
T ss_pred HHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 7 4 666677654443
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.44 E-value=4.7e-13 Score=116.33 Aligned_cols=174 Identities=10% Similarity=0.053 Sum_probs=118.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhH-----HH
Q 024030 13 LFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLT-----LP 87 (273)
Q Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~-----~~ 87 (273)
.+...+............+|.|.++..+.+. ...+...+...++..++.++.|+++||+|||+... .+
T Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~ 360 (491)
T 4aps_A 288 LFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSW-------FPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVG 360 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSS-------SCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCc-------cCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHH
Confidence 3444445555566677788888877543332 12244455567778888999999999999997655 66
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhcc------CchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 88 LTLSIIPLAILAYRR------SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGT 161 (273)
Q Consensus 88 ~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp 161 (273)
..+..++..++.... ...+.+.+.+..++.|+ +.+...+...+++.|..|++.|+++.|+.+....+|..++|
T Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~ 439 (491)
T 4aps_A 361 LMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVIL-GEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNA 439 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHH-HHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHH-HHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 666666655555432 11125566677777787 55555578899999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHh---hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Q 024030 162 LAARFL---STTSAFQAATIVSMLAAAYMRVFLKDD 194 (273)
Q Consensus 162 ~~~~~l---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (273)
.+.+.+ +....|...+++.++..++.++..++.
T Consensus 440 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (491)
T 4aps_A 440 QLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRI 475 (491)
T ss_dssp HHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC----
T ss_pred HHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 998887 446677777777766666545544544
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.13 E-value=5.2e-11 Score=99.76 Aligned_cols=151 Identities=7% Similarity=-0.072 Sum_probs=108.2
Q ss_pred hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHHhHHHHHHhhcCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHhhhhCCchhhHH
Q 024030 7 IKTLSHLFVTVFLWGFATMMVVPAITDVTMMALCPGLDECSLAIYLSGFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLSDQYGRKAMLTL 86 (273)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~grr~~~~~ 86 (273)
+|.++...+..++..........+.|.|+++ ..+.+....|.+.+...++..++.++.|++.||+|+| +..
T Consensus 198 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~ 268 (375)
T 2gfp_A 198 NSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGA-------VLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQ 268 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHH-------HHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHH
T ss_pred CcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHH
Confidence 3455555666666666677777777777654 2477788889999999999999999999999999983 223
Q ss_pred HHHH-HHHHHHHHHhcc-CchhHHHHHHHHHHHhhhchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 87 PLTL-SIIPLAILAYRR-SISFFYAYYALRTLTAMVCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAA 164 (273)
Q Consensus 87 ~~~~-~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~~ 164 (273)
+... ...+........ ...+.+.+.+..++.|+ +.+...+...++..|..| ++|+++.|+.+...++|..++|.+.
T Consensus 269 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~ 346 (375)
T 2gfp_A 269 SVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFF-GAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLS 346 (375)
T ss_dssp HHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHH-HHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3322 222222111111 01125666677777787 556666888999999998 8999999999999999999999988
Q ss_pred HHhh
Q 024030 165 RFLS 168 (273)
Q Consensus 165 ~~l~ 168 (273)
+.+.
T Consensus 347 g~l~ 350 (375)
T 2gfp_A 347 AMLP 350 (375)
T ss_dssp THHH
T ss_pred HHHh
Confidence 8873
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.79 E-value=4.9e-09 Score=91.69 Aligned_cols=140 Identities=11% Similarity=0.101 Sum_probs=87.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHhhhhhHHh----hhhCCc----hhhHHHHHHHHHHHHHHHhcc------CchhHHHHHHHHHHHhh
Q 024030 54 GFQQAIIGLGTLVMMPVIGNLS----DQYGRK----AMLTLPLTLSIIPLAILAYRR------SISFFYAYYALRTLTAM 119 (273)
Q Consensus 54 g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~grr----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~l~g~ 119 (273)
+.+.....++..+..++.+++. ||.|+| +.+..+.++.+++..++.+.. ...+.+.+.+..++.|+
T Consensus 338 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~ 417 (524)
T 2xut_A 338 AMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTF 417 (524)
T ss_dssp HHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4444444555666777777664 555443 345566666666666555532 01125566677788887
Q ss_pred hchhhHHHHHHHHHHhcCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh------h---------HHHHHHHHHHHHHHH
Q 024030 120 VCEGSINCLALAYVADNISERQRASAFGILLGVLSASFVCGTLAARFLS------T---------TSAFQAATIVSMLAA 184 (273)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~gp~~~~~l~------~---------~~~~~~~~~~~~~~~ 184 (273)
+.+...+...+++.|..|+++|++++|+.+...++|..+||.+.+.+. | +..|++.+++.++..
T Consensus 418 -~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 496 (524)
T 2xut_A 418 -GEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAA 496 (524)
T ss_dssp -HHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHH
Confidence 556666888999999999999999999999999999999999988772 2 222555555555555
Q ss_pred HHHHHHhcCC
Q 024030 185 AYMRVFLKDD 194 (273)
Q Consensus 185 ~~~~~~~~~~ 194 (273)
++.++..++.
T Consensus 497 ~~~~~~~~~~ 506 (524)
T 2xut_A 497 IVFALYARSY 506 (524)
T ss_dssp HHHC------
T ss_pred HHHHHHHHHh
Confidence 5434444443
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=65.19 E-value=2.9 Score=18.69 Aligned_cols=13 Identities=46% Similarity=0.933 Sum_probs=10.9
Q ss_pred hhhHHhhhhCCch
Q 024030 70 VIGNLSDQYGRKA 82 (273)
Q Consensus 70 ~~g~l~dr~grr~ 82 (273)
++|.+..++|||.
T Consensus 2 lfgklikkfgrka 14 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKA 14 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHH
Confidence 4688999999985
Done!