Query 035636
Match_columns 515
No_of_seqs 445 out of 2431
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 07:37:10 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/035636.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/035636hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 4.2E-49 1.4E-53 393.1 42.9 445 20-489 7-482 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4E-39 1.4E-43 317.6 27.5 398 19-467 22-431 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.7E-36 5.9E-41 297.5 35.6 368 26-464 27-427 (438)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 4.6E-34 1.6E-38 274.1 14.2 360 29-459 4-366 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 8.4E-32 2.9E-36 268.1 30.1 392 71-473 46-476 (491)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 3.5E-28 1.2E-32 243.9 20.9 143 75-219 50-197 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 4.6E-29 1.6E-33 242.3 13.7 356 74-474 38-405 (417)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 3.6E-12 1.2E-16 124.8 16.8 144 74-219 283-432 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 1.6E-12 5.5E-17 125.7 11.8 147 77-225 257-405 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 2.4E-11 8E-16 118.5 19.8 156 281-447 26-182 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 1.2E-11 4.1E-16 122.6 14.6 169 281-463 13-190 (491)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 1.3E-11 4.6E-16 117.6 12.4 173 286-472 5-178 (375)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.3 7.4E-11 2.5E-15 117.9 17.7 171 283-466 14-195 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.1 9.3E-10 3.2E-14 108.9 14.3 150 75-224 308-467 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 59.1 4.9 0.00017 19.2 1.4 14 98-111 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 30.7 1.1E+02 0.0036 25.1 6.0 25 85-109 99-123 (198)
17 3arc_T Photosystem II reaction 22.0 84 0.0029 16.8 2.4 11 215-225 18-28 (32)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=4.2e-49 Score=393.14 Aligned_cols=445 Identities=28% Similarity=0.522 Sum_probs=356.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccchhHHHhhhhhhhccccccccCCcccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 035636 20 TVYVVACVIIAAFGGLMFGYDIGISGGVTAMDDFLERFFPRVYEKKKHAHEDNYCKYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVA 99 (515)
Q Consensus 20 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~ 99 (515)
+++.+.+.++++++.+++|||.++++... |.+.++|..+. +.+.+.+..+.|++.+++.+|..+|++++
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~--~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~ 75 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTV--ESLNTVFVAPQ---------NLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALG 75 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTH--HHHHHHHTGGG---------CCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHhcCCC---------CCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45667777888899999999999988654 66666663221 11124567788999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcc
Q 035636 100 SRVCSKQGRRPTMQIASFFFLVGVVLTS------------------AAFHISMLILGRLALGIGVGFANQAVPLFLSELA 161 (515)
Q Consensus 100 g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~i~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~ 161 (515)
|+++||+|||++++++.+++.+++++++ +++|++.++++|+++|+|.|+..+...++++|+.
T Consensus 76 G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~ 155 (491)
T 4gc0_A 76 GYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELA 155 (491)
T ss_dssp HHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhC
Confidence 9999999999999999999999999999 4789999999999999999999999999999999
Q ss_pred CCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccC------CCchHHHHHhhhHHHHHHHHhhccccCchhhHHhhCChHH
Q 035636 162 PAKIRGALNISFQLFITIGIFIANMVNYAMSNVH------PYGWRLSLAIAGVPALFLCVGSMSICETPTSLIERGRLEE 235 (515)
Q Consensus 162 ~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l~~~~------~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~esp~~~~~~~~~~~ 235 (515)
|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+.... ...||+.+.+..++.++..+..+++||||+|+..+++.++
T Consensus 156 p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~ 235 (491)
T 4gc0_A 156 PAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQ 235 (491)
T ss_dssp CGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHH
T ss_pred CHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhH
Confidence 9999999999999999999999999988775432 2569999999999999988888999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhCCCcchHHHHHHHHHHHhhcccCcchhhhcccCCchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHHcCCCC
Q 035636 236 GRVVLQRIRGVANVDNEFDSIVHACEMANQVTKPFSKLMKRSSRPPLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTVGFGS 315 (515)
Q Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 315 (515)
+.+.+++..+.++.+++..+.++..+.+++.. ..... ...++.........+.+..+.+.+..|.+.+.+..+.+.
T Consensus 236 a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (491)
T 4gc0_A 236 AEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTG-GRLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGAST 311 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-THHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCH
T ss_pred HHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhh-hHHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCc
Confidence 99988887655444333333333222222211 11111 223455666667777778888889999999999888888
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhccCchhHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHh
Q 035636 316 EASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKAGRRALLLEAVVQMFITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMG 395 (515)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 395 (515)
........+.++..+++.++++++.||+|||+.+..+.....++.+.+..... .....+..++...++..+
T Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 382 (491)
T 4gc0_A 312 DIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFY---------TQAPGIVALLSMLFYVAA 382 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------TTCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHh---------cccchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888888889999999999999999999999999988888888777665543 223344455555566666
Q ss_pred hhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc------c-chhhHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 035636 396 FAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSTNMLFTFLVAQAFLSMLCNM------K-AGIFFFFAAWIVVMGLFAMFL 468 (515)
Q Consensus 396 ~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~------~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 468 (515)
+..++.++.+.+.+|.+|++.|+++.|+.+..+++++++++.+++.+.+.. + ...++++++++++..++.+++
T Consensus 383 ~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~ 462 (491)
T 4gc0_A 383 FAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKF 462 (491)
T ss_dssp HHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhe
Confidence 677777888899999999999999999999999999999998887764432 2 345677788888888888899
Q ss_pred cccCCCCChHhhHHHHHcccc
Q 035636 469 LPETKGVPVDAVTERVWKQHW 489 (515)
Q Consensus 469 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 489 (515)
+||||+|++||+ |+.+|++.
T Consensus 463 ~PETkg~tLeei-~~~f~~~~ 482 (491)
T 4gc0_A 463 VPETKGKTLEEL-EALWEPET 482 (491)
T ss_dssp CCCCTTCCHHHH-GGGTC---
T ss_pred ecCCCCCCHHHH-HHHhCCCC
Confidence 999999999998 77776543
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4e-39 Score=317.56 Aligned_cols=398 Identities=12% Similarity=0.031 Sum_probs=292.8
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhcccccccccchhHHHhhhhhhhccccccccCCcccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 035636 19 ITVYVVACVIIAAFGGLMFGYDIGISGGVTAMDDFLERFFPRVYEKKKHAHEDNYCKYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFV 98 (515)
Q Consensus 19 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~ 98 (515)
.+++++.....++++.+..+++...+++.. | .+ .+++ .+..+.|++.+++.++..+++++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~----~~-------------~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (451)
T 1pw4_A 22 YRRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAM--P----YL-------------VEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFI 81 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH--H----HT-------------TSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--H----HH-------------HHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 344556666677777888887776654332 2 22 4556 78999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCCCCcchhhhHHH
Q 035636 99 ASRVCSKQGRRPTMQIASFFFLVGVVLTSA----AFHISMLILGRLALGIGVGFANQAVPLFLSELAPAKIRGALNISFQ 174 (515)
Q Consensus 99 ~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~i~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~ 174 (515)
+|+++||+|||+++.++.++.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+
T Consensus 82 ~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~ 161 (451)
T 1pw4_A 82 MGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWN 161 (451)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCc-hHHHHHhhhHHHHHHHHhh-ccccCchhhHHhhCChHHHHHHHHHHhCCCcchHH
Q 035636 175 LFITIGIFIANMVNYAMSNVHPYG-WRLSLAIAGVPALFLCVGS-MSICETPTSLIERGRLEEGRVVLQRIRGVANVDNE 252 (515)
Q Consensus 175 ~~~~~G~~i~~~l~~~l~~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~~~-~~~~esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 252 (515)
.+.++|.+++|.+++.+.+. .+ ||+.|++.+++.++..++. +++||+|+....+++.+.. . +.+
T Consensus 162 ~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~--~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~--~~~ 227 (451)
T 1pw4_A 162 CAHNVGGGIPPLLFLLGMAW--FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYK----------N--DYP 227 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTSHHHHHHHHHHH--TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTC----------C--C--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhc----------c--ccc
Confidence 99999999999999887543 57 9999999998877765544 5588887643211111100 0 000
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcccCcchhhh-cccCCchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHH-cCCCChhHHHHHHHHHHHHH
Q 035636 253 FDSIVHACEMANQVTKPFSKL-MKRSSRPPLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQT-VGFGSEASLLSAVITGLVNV 330 (515)
Q Consensus 253 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 330 (515)
.+ . +.+++++.+.++. .+...+++.++...+..+........+..+.|.++++ .|++..+.+.......++.+
T Consensus 228 ~~-~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 302 (451)
T 1pw4_A 228 DD-Y----NEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGI 302 (451)
T ss_dssp ----------------CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cc-c----hhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 00 0 0001111122222 2233445667777777777777778888999999987 69999999999999999999
Q ss_pred HHHhhHHHhhhcc--CchhHHHhhhHHHH-HHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhh
Q 035636 331 FSTLVSVYAVDKA--GRRALLLEAVVQMF-ITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLI 407 (515)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~l~d~~--~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (515)
++.++.+++.||+ +||+.+..+..+.. ++.+++... +....+.......+.+.+.... .+....+
T Consensus 303 ~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~-~~~~~~~ 370 (451)
T 1pw4_A 303 PGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMN-----------PAGNPTVDMICMIVIGFLIYGP-VMLIGLH 370 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC-----------CTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHH-HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----------cccCHHHHHHHHHHHHHHHhch-HHHHHHH
Confidence 9999999999999 99988776655544 333332210 1113333344444444433332 3444577
Q ss_pred cccCCCchhhhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 035636 408 PSETFPLETRTAGFAFAVSTNML-FTFLVAQAFLSMLCNMKAGIFFFFAAWIVVMGLFAMF 467 (515)
Q Consensus 408 ~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 467 (515)
..|.+|++.|+++.|+.+.+..+ |..++|.+.|.+.+..++...+...++..+.+.+..+
T Consensus 371 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 431 (451)
T 1pw4_A 371 ALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLI 431 (451)
T ss_dssp HHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 78999999999999999999999 9999999999999998865554444444444343333
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=1.7e-36 Score=297.51 Aligned_cols=368 Identities=12% Similarity=0.098 Sum_probs=279.4
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhcccccccccchhHHHhhhhhhhccccccccCCcccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhh
Q 035636 26 CVIIAAFGGLMFGYDIGISGGVTAMDDFLERFFPRVYEKKKHAHEDNYCKYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSK 105 (515)
Q Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr 105 (515)
....+++..+..+++....++. +|.+.+++ |++..+.|++.+++.++..++++++|+++||
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~-----------------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr 87 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDIL--LPQFQQAF-----------------TLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKK 87 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHS-----------------CCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHH--HHHHHHHc-----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH
Confidence 4445556677777777665543 35565555 8999999999999999999999999999999
Q ss_pred hcchHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHH
Q 035636 106 QGRRPTMQIASFFFLVGVVLT---SAAFHISMLILGRLALGIGVGFANQAVPLFLSELAPAKIRGALNISFQLFITIGIF 182 (515)
Q Consensus 106 ~Grr~~~~~~~~l~~i~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ 182 (515)
+|||++++.+.++.+++.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+
T Consensus 88 ~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~ 167 (438)
T 3o7q_A 88 LSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAI 167 (438)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999 88899999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhh-ccCCCc------------------------hHHHHHhhhHHHHHHHHhhcc--ccCchhhHHhhCChHH
Q 035636 183 IANMVNYAMS-NVHPYG------------------------WRLSLAIAGVPALFLCVGSMS--ICETPTSLIERGRLEE 235 (515)
Q Consensus 183 i~~~l~~~l~-~~~~~~------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~esp~~~~~~~~~~~ 235 (515)
+++.+++.+. +.. .. ||+.|++.+++.++..++.++ .||+++...++++
T Consensus 168 ~g~~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~--- 243 (438)
T 3o7q_A 168 IAVVFGQSLILSNV-PHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDAK--- 243 (438)
T ss_dssp HHHHHTTHHHHTSS-CCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCSS---
T ss_pred HHHHHHHHHHhccc-ccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccccc---
Confidence 9999999986 432 22 999998887776665544433 4555431100000
Q ss_pred HHHHHHHHhCCCcchHHHHHHHHHHHhhcccCcchhhhcccCCchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHH-HHHc-CC
Q 035636 236 GRVVLQRIRGVANVDNEFDSIVHACEMANQVTKPFSKLMKRSSRPPLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVL-FQTV-GF 313 (515)
Q Consensus 236 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-g~ 313 (515)
+++.+.++++.++ ++.++...+..+...........+.|.+ +++. |+
T Consensus 244 ---------------------------~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 292 (438)
T 3o7q_A 244 ---------------------------QGSFSASLSRLAR----IRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGM 292 (438)
T ss_dssp ---------------------------TTSHHHHHHHHTT----CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTC
T ss_pred ---------------------------ccchhhhHHHHHh----ChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCc
Confidence 0001122333433 3445666666666666677788888988 8776 99
Q ss_pred CChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhccCchhHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHH
Q 035636 314 GSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKAGRRALLLEAVVQMFITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFV 393 (515)
Q Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 393 (515)
+..+.+.......++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+..++.+++... +.. + ......+.+
T Consensus 293 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~-~-~~~~~~~~g 358 (438)
T 3o7q_A 293 TAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA------------GGH-V-GLIALTLCS 358 (438)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CHH-H-HHHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc------------CCc-H-HHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999988887776665554441 122 2 222334444
Q ss_pred HhhhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-chhhHHHHHHHHHHHHH
Q 035636 394 MGFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSTNMLFTFLVAQAFLSMLCNMK-AGIFFFFAAWIVVMGLF 464 (515)
Q Consensus 394 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 464 (515)
.+.+.. .+..+.+..|.+|++ ++.+.++.. ...+++.++|.+.|.+.+..+ +...+...+++.+...+
T Consensus 359 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 427 (438)
T 3o7q_A 359 AFMSIQ-YPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIFI 427 (438)
T ss_dssp HHHTTH-HHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHH-HHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444333 356677777999966 888888876 677999999999999999988 66555555444444333
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=4.6e-34 Score=274.14 Aligned_cols=360 Identities=13% Similarity=0.121 Sum_probs=270.8
Q ss_pred HHHHhhhhhhhhcccccccccchhHHHhhhhhhhccccccccCCcccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcc
Q 035636 29 IAAFGGLMFGYDIGISGGVTAMDDFLERFFPRVYEKKKHAHEDNYCKYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSKQGR 108 (515)
Q Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Gr 108 (515)
+++++.+..+++.....+. +|.+.++ +|.+..+.+++.+.+.++..+++++.|+++||+||
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~-----------------~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~ 64 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPA--IADMARD-----------------LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGR 64 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHTT-----------------SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhh--hHHHHHH-----------------cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCC
Confidence 3455566666676665533 2444444 48999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 035636 109 RPTMQIASFFFLVGVVLTSAAFHISMLILGRLALGIGVGFANQAVPLFLSELAPAKIRGALNISFQLFITIGIFIANMVN 188 (515)
Q Consensus 109 r~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~ 188 (515)
|+++..+..+.+++.++.+++++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.+++|.++
T Consensus 65 r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 144 (375)
T 2gfp_A 65 RPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIG 144 (375)
T ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhccCCCchHHHHHhhhHHHHHHHHh-hccccCchhhHHhhCChHHHHHHHHHHhCCCcchHHHHHHHHHHHhhcccC
Q 035636 189 YAMSNVHPYGWRLSLAIAGVPALFLCVG-SMSICETPTSLIERGRLEEGRVVLQRIRGVANVDNEFDSIVHACEMANQVT 267 (515)
Q Consensus 189 ~~l~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 267 (515)
+.+.+. .+||+.|++.+++.++..+. ..++||+++...++ ++.+
T Consensus 145 ~~l~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------------------------~~~~ 189 (375)
T 2gfp_A 145 GLLDTM--WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAPR---------------------------------TRLL 189 (375)
T ss_dssp HHSSCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCCC---------------------------------CCTT
T ss_pred HHHHHh--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCccc---------------------------------ccHH
Confidence 998653 68999999999888777764 45578876421000 1112
Q ss_pred cchhhhcccCCchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHH-cCCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhccCch
Q 035636 268 KPFSKLMKRSSRPPLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQT-VGFGSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKAGRR 346 (515)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~ 346 (515)
+++++.++ +|.++...+..+...........+.|.++++ .|.++.+.+.......++.+++.++.+++.||++++
T Consensus 190 ~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~ 265 (375)
T 2gfp_A 190 TSYKTLFG----NSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL 265 (375)
T ss_dssp TCSTHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHhc----CcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 23333333 3556666666666666677777888888776 688889999999999999999999999999998872
Q ss_pred hHHHhhhHH-HHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHHHH
Q 035636 347 ALLLEAVVQ-MFITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAV 425 (515)
Q Consensus 347 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~ 425 (515)
...+... ...+...+..... ...+.+.......+.+.+.+.. .+....+..|..| ++|+++.|+.+
T Consensus 266 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~ 332 (375)
T 2gfp_A 266 --MWQSVICCLLAGLLMWIPDWF---------GVMNVWTLLVPAALFFFGAGML-FPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVG 332 (375)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh---------ccccHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHH
Confidence 2222222 2222221111110 1123333444444555554443 4555677789998 89999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhhHHHHHHHH
Q 035636 426 STNMLFTFLVAQAFLSMLCNMKAGIFFFFAAWIV 459 (515)
Q Consensus 426 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 459 (515)
....+|..++|.+.+.+.+..++...+...++.+
T Consensus 333 ~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (375)
T 2gfp_A 333 GLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLMGL 366 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999988766655555544333
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=8.4e-32 Score=268.09 Aligned_cols=392 Identities=14% Similarity=0.117 Sum_probs=257.6
Q ss_pred CCcccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhh-hcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 035636 71 DNYCKYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSK-QGRRPTMQIASFFFLVGVVLTSAAFHISMLILGRLALGIGVGFA 149 (515)
Q Consensus 71 ~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~ 149 (515)
++|+|++..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+..
T Consensus 46 ~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~ 125 (491)
T 4aps_A 46 TGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFL 125 (491)
T ss_dssp HTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 34579999999999999999999999999999999 89999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhhhhccCCCC--cchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCchHHHHHhhhHHHHHHHHhhccc-cCch--
Q 035636 150 NQAVPLFLSELAPAKI--RGALNISFQLFITIGIFIANMVNYAMSNVHPYGWRLSLAIAGVPALFLCVGSMSI-CETP-- 224 (515)
Q Consensus 150 ~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~esp-- 224 (515)
.+...+++.|++|+++ |++++++++.+.++|..++|.+++.+.+. .+||+.|++.++..++..+...+. ++..
T Consensus 126 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~--~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 203 (491)
T 4aps_A 126 KPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA--AGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDP 203 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCS
T ss_pred cchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccc
Confidence 9999999999999998 67788889999999999999999998664 689999999877766655544332 2211
Q ss_pred --hhHHhhCChHHHHHHHHH----------------HhCCCcchHHHHHHHHH---------HHhhcccCcchhhhcccC
Q 035636 225 --TSLIERGRLEEGRVVLQR----------------IRGVANVDNEFDSIVHA---------CEMANQVTKPFSKLMKRS 277 (515)
Q Consensus 225 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 277 (515)
+....+.+.++.++..+. ..+..+.++........ ....++.+.+ .. ..
T Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~--~~ 279 (491)
T 4aps_A 204 HYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVT--ST--EH 279 (491)
T ss_dssp CCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------
T ss_pred cccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhccccc--HH--HH
Confidence 000111122222222221 11111111111100000 0000000000 00 11
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHHc-CCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhccCchhHHH-----h
Q 035636 278 SRPPLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTV-GFGSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKAGRRALLL-----E 351 (515)
Q Consensus 278 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~-----~ 351 (515)
.+....+...+..+.....+.....+.|.+.++. +.+....+.......+..+++.++.+++.||++||+... .
T Consensus 280 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~ 359 (491)
T 4aps_A 280 LRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAV 359 (491)
T ss_dssp --CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHH
Confidence 1111122233333333344445556667777664 666566777888888999999999999999999886554 5
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 035636 352 AVVQMFITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSTNMLF 431 (515)
Q Consensus 352 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g 431 (515)
+..+.+++..++........ ...+...+.......+.+.+.... .+..+.++.|.+|++.|+++.|+.+....+|
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g 434 (491)
T 4aps_A 360 GLMFAGLSFLLMAIPGALYG----TSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLI-SPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVG 434 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTHHHHHHCC----CCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTT-TTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcC----CCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55555555554444321100 001123334444444445444433 4556778899999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHHHHHhccccCC
Q 035636 432 TFLVAQAFLSMLCNMKAGIFFFFAAWIVVMGLFAMFLLPETK 473 (515)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 473 (515)
..+++.+.+.+.+......+...+++.++..++.++..++.+
T Consensus 435 ~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (491)
T 4aps_A 435 SALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQ 476 (491)
T ss_dssp HHHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-----
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999998877655455566666666666665555555443
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=3.5e-28 Score=243.93 Aligned_cols=143 Identities=14% Similarity=0.204 Sum_probs=130.8
Q ss_pred cCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh-cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh
Q 035636 75 KYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSKQ-GRRPTMQIASFFFLVGVVLTSAAF-HISMLILGRLALGIGVGFANQA 152 (515)
Q Consensus 75 ~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~ 152 (515)
+++..+.+++.+++.++..++++++|+++||+ |||+++..+.++.+++.+++++++ +++.++++|++.|++.+...+.
T Consensus 50 ~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 129 (524)
T 2xut_A 50 ELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPL 129 (524)
T ss_dssp STTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred ccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchh
Confidence 38999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 9999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhccCCCCcchhhhH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCchHHHHHhhhHHHHHHHHhhcc
Q 035636 153 VPLFLSELAPAKIRGALNIS---FQLFITIGIFIANMVNYAMSNVHPYGWRLSLAIAGVPALFLCVGSMS 219 (515)
Q Consensus 153 ~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~i~~~l~~~l~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (515)
..+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|.+++|.+++.+.+. .+||+.|++.+++.++..+...+
T Consensus 130 ~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~--~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 130 VSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKN--FGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHT--SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999877666 8999999999999999988654 68999999988887766555443
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=4.6e-29 Score=242.31 Aligned_cols=356 Identities=13% Similarity=0.063 Sum_probs=222.1
Q ss_pred ccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHHHH---HHHHhhhhh-HHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 035636 74 CKYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSKQGRRPTMQIASFFFLVGV---VLTSAAFHI-SMLILGRLALGIGVGFA 149 (515)
Q Consensus 74 ~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~i~~---~~~~~~~~~-~~l~~~r~l~G~~~~~~ 149 (515)
+|+|..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++.+..+++++. ..+.+++.. ..++..+++.|++.+..
T Consensus 38 ~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 117 (417)
T 2cfq_A 38 NHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFC 117 (417)
T ss_dssp TCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHH
T ss_pred hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 48899999999999999999999999999999999999999888776532 212233221 12345566666665555
Q ss_pred hhhhhhhhhhccCC--CCcchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCchHHHHHhhhHHHHHHHHhhccccCchhhH
Q 035636 150 NQAVPLFLSELAPA--KIRGALNISFQLFITIGIFIANMVNYAMSNVHPYGWRLSLAIAGVPALFLCVGSMSICETPTSL 227 (515)
Q Consensus 150 ~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~esp~~~ 227 (515)
.+.....+.++.++ ++|+...+....+..+|..++|.+++++.+ .+||+.|++.++..++..+..++.+|+|+..
T Consensus 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~---~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (417)
T 2cfq_A 118 FNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT---INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSS 194 (417)
T ss_dssp HHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH---HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCS
T ss_pred HhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccc
Confidence 55444555555433 345777788888889999999999998865 4799999988877665555555554433210
Q ss_pred HhhCChHHHHHHHHHHhCCCcchHHHHHHHHHHHhhcccCcchhhhcccCCchhHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHH
Q 035636 228 IERGRLEEGRVVLQRIRGVANVDNEFDSIVHACEMANQVTKPFSKLMKRSSRPPLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVL 307 (515)
Q Consensus 228 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 307 (515)
.+.++. .+. +.++....++++.++ ++.++...+..+.....+.....+.|.+
T Consensus 195 ---~~~~~~----------~~~-----------~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 246 (417)
T 2cfq_A 195 ---ATVANA----------VGA-----------NHSAFSLKLALELFR----QPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANF 246 (417)
T ss_dssp ---SCSSSS----------SSS-----------CCCCCCHHHHHHHTT----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---cccccc----------ccc-----------ccccccHHHHHHHhc----CCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000000 000 000000011223333 2334444433333333344445567776
Q ss_pred HHHc-C---CCChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhccCchhHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhH
Q 035636 308 FQTV-G---FGSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKAGRRALLLEAVVQMFITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAI 383 (515)
Q Consensus 308 ~~~~-g---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (515)
+.+. + .+....+....+..++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+.++..+++.. . ...+
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~------------~-~~~~ 313 (417)
T 2cfq_A 247 FTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSF------------A-TSAL 313 (417)
T ss_dssp HHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT------------C-CSHH
T ss_pred HHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------h-ccHH
Confidence 6553 2 22445567777778888999999999999999999888776666555433322 1 1122
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhhH-HHHHHHHHH
Q 035636 384 IVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFA-VSTNMLFTFLVAQAFLSMLCNMKAGIFF-FFAAWIVVM 461 (515)
Q Consensus 384 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~-~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 461 (515)
..++...+...+.... .+..+.+++|.+|++.|+++.++. +....+|+.++|.+.|.+.+..++...+ ..+++.++.
T Consensus 314 ~~~~~~~l~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~ 392 (417)
T 2cfq_A 314 EVVILKTLHMFEVPFL-LVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGF 392 (417)
T ss_dssp HHHHHTTHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222222233322221 223356778999999999999994 7888999999999999999887754444 444444444
Q ss_pred HHHHHhccccCCC
Q 035636 462 GLFAMFLLPETKG 474 (515)
Q Consensus 462 ~~~~~~~~~~~~~ 474 (515)
.++.++..+|+++
T Consensus 393 ~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 393 TLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHhhhcCCCc
Confidence 4444444554433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.41 E-value=3.6e-12 Score=124.79 Aligned_cols=144 Identities=13% Similarity=0.107 Sum_probs=127.2
Q ss_pred ccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh--cchHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhh--hhhHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 035636 74 CKYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSKQ--GRRPTMQIASFFFL-VGVVLTSAA--FHISMLILGRLALGIGVGF 148 (515)
Q Consensus 74 ~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~--Grr~~~~~~~~l~~-i~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~~~ 148 (515)
+|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+.+..+..+.. ++.++..+. .+.+.+.+..++.|++.+.
T Consensus 283 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 362 (451)
T 1pw4_A 283 KHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYG 362 (451)
T ss_dssp SCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTH
T ss_pred cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 588999999999999999999999999999999 99999988887776 666666666 3677888889999999999
Q ss_pred hhhhhhhhhhhccCCCCcchhhhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhccCCCchHHHHHhhhHHHHHHHHhhcc
Q 035636 149 ANQAVPLFLSELAPAKIRGALNISFQLFITI-GIFIANMVNYAMSNVHPYGWRLSLAIAGVPALFLCVGSMS 219 (515)
Q Consensus 149 ~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~i~~~l~~~l~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (515)
..+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..++|.+.+.+.+. .||+..|++.++..++..++.++
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~--~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 363 PVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDF--FGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS--SCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999 999999999998664 57999999988887776666554
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.38 E-value=1.6e-12 Score=125.75 Aligned_cols=147 Identities=13% Similarity=0.157 Sum_probs=124.4
Q ss_pred CcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh
Q 035636 77 DNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSKQGRRPTMQIASFFFLVGVVLTSAAFHISMLILGRLALGIGVGFANQAVPLF 156 (515)
Q Consensus 77 s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~ 156 (515)
+....++..++..++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....+
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKY 336 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45567888888889999999999999999999999999999888888888888888888888888888887777778899
Q ss_pred hhhccCCCCcchhhhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCchHHHHHhhhHHHHHHHHhhcc-ccCchh
Q 035636 157 LSELAPAKIRGALNIS-FQLFITIGIFIANMVNYAMSNVHPYGWRLSLAIAGVPALFLCVGSMS-ICETPT 225 (515)
Q Consensus 157 i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~i~~~l~~~l~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~-~~esp~ 225 (515)
+.|.+|++.|+++.+. ++....+|.+++|.+++.+.+. .|++..|.+.+++.++..++.++ .||.++
T Consensus 337 ~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~--~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 337 ITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES--IGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH--SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh--cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 9999999999999998 4788889999999999988653 57889999888887776665444 666544
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.38 E-value=2.4e-11 Score=118.51 Aligned_cols=156 Identities=9% Similarity=-0.021 Sum_probs=122.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHHcCCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhccCchhHHHhhhHHHHHHH
Q 035636 281 PLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTVGFGSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKAGRRALLLEAVVQMFITQ 360 (515)
Q Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 360 (515)
..+..+.+..+.............|.+.++.|.+..+.++..+...++..++.++.|++.||+|||+.+..+..+.+++.
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~ 105 (438)
T 3o7q_A 26 IPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGA 105 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444555555555555677778888888999999999999999999999999999999999999999999999988888
Q ss_pred HHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 035636 361 SIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSTNMLFTFLVAQAFL 440 (515)
Q Consensus 361 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 440 (515)
++...... ..+.+..++...+.+.+.+.. .+....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..+++.+.+
T Consensus 106 ~~~~~~~~----------~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~ 174 (438)
T 3o7q_A 106 ALFWPAAE----------IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCL-ETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQ 174 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH----------TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHhccc----------cccHHHHHHHHHHHHhhHHHh-hhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77743221 123444555555555555444 3455777899999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHH-hhcc
Q 035636 441 SML-CNMK 447 (515)
Q Consensus 441 ~~~-~~~~ 447 (515)
.+. +..+
T Consensus 175 ~l~~~~~~ 182 (438)
T 3o7q_A 175 SLILSNVP 182 (438)
T ss_dssp HHHHTSSC
T ss_pred HHHhcccc
Confidence 988 4443
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.33 E-value=1.2e-11 Score=122.57 Aligned_cols=169 Identities=12% Similarity=0.102 Sum_probs=125.2
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHH------cCCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhc-cCchhHHHhhh
Q 035636 281 PLVIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQT------VGFGSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDK-AGRRALLLEAV 353 (515)
Q Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~-~~~~~~~~~~~ 353 (515)
+.++...+..+.....++....+.+.++++ .|.+..+.++..+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~ 92 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGG 92 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHH
Confidence 345555555555556666676677766654 79999999999999999999999999999999 89999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhcccCCCchh--hhhHHHHHHHHHHHH
Q 035636 354 VQMFITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLIPSETFPLET--RTAGFAFAVSTNMLF 431 (515)
Q Consensus 354 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~~~~~~~~~~g 431 (515)
.+..++.++.... .+.+...+...+.+.+.+.. .+....++.|.+|++. |+.+.++.+....+|
T Consensus 93 ~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g 158 (491)
T 4aps_A 93 VLIMLGHIVLALP-------------FGASALFGSIILIIIGTGFL-KPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLG 158 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSC-------------CSTTHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHh-------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHhc-cchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHH
Confidence 8888777666541 22334444444555544433 3555677889999988 778888899999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHH
Q 035636 432 TFLVAQAFLSMLCNMKAGIFFFFAAWIVVMGL 463 (515)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 463 (515)
..++|.+.+.+.+..++...+...++..+...
T Consensus 159 ~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~ 190 (491)
T 4aps_A 159 AFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGL 190 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999998886655444444333333
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.30 E-value=1.3e-11 Score=117.57 Aligned_cols=173 Identities=12% Similarity=0.036 Sum_probs=126.9
Q ss_pred HHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHHHcCCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhccCchhHHHhhhHHHHHHHHHHHH
Q 035636 286 ILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTVGFGSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKAGRRALLLEAVVQMFITQSIIGI 365 (515)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (515)
+.+..+.............|.+.++.|.+..+.++..+...++..++.++.|++.||+|||+.+..+.....++.++...
T Consensus 5 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 84 (375)
T 2gfp_A 5 LVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVT 84 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444444555566667778888888999999999999999999999999999999999999999988888888777665
Q ss_pred HHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q 035636 366 ILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSTNMLFTFLVAQAFLSMLCN 445 (515)
Q Consensus 366 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 445 (515)
.. +.+.......+.+.+.+. ..+....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+.
T Consensus 85 ~~-------------~~~~l~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~ 150 (375)
T 2gfp_A 85 TS-------------SLTVLIAASAMQGMGTGV-GGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM 150 (375)
T ss_dssp HH-------------HHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH
T ss_pred hc-------------cHHHHHHHHHHHHHHHHh-hhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh
Confidence 32 233344444444444433 3455567778999999999999999999999999999999998877
Q ss_pred ccchhhHHHHHH-HHHHHHHHHhccccC
Q 035636 446 MKAGIFFFFAAW-IVVMGLFAMFLLPET 472 (515)
Q Consensus 446 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (515)
.++...+...++ ..+..+...+..||+
T Consensus 151 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 178 (375)
T 2gfp_A 151 WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPET 178 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCC
T ss_pred ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCccc
Confidence 775544443333 333333244445544
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.29 E-value=7.4e-11 Score=117.88 Aligned_cols=171 Identities=10% Similarity=0.038 Sum_probs=122.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhHHHHHH-HcC------CCChhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhcc-CchhHHHhhhH
Q 035636 283 VIAILLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQ-TVG------FGSEASLLSAVITGLVNVFSTLVSVYAVDKA-GRRALLLEAVV 354 (515)
Q Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~-~~~~~~~~~~~ 354 (515)
++...+..+.....++....+.+.+++ +.| ++..+.++..+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~ 93 (524)
T 2xut_A 14 IPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSL 93 (524)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHH
Confidence 333444445555556666777777665 468 9999999999999999999999999999999 99999998888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHhhhcccccchhhhcccCCCchhhhhHHHH---HHHHHHHH
Q 035636 355 QMFITQSIIGIILAIWLKPTGSLNKVEAIIVVVLVCVFVMGFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAF---AVSTNMLF 431 (515)
Q Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~---~~~~~~~g 431 (515)
+..++.+++... +.+.+..++...+.+.+.+.. .+....++.|.+|++.|+++.+. .+....+|
T Consensus 94 ~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g 160 (524)
T 2xut_A 94 IYCVGHAFLAIF------------EHSVQGFYTGLFLIALGSGGI-KPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFG 160 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHT------------SSCHHHHHHHHHHHHHHHHTT-HHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHh------------cccHHHHHHHHHHHHHhcccc-chhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877777666542 112334444444555544433 45556778899999999776666 88889999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q 035636 432 TFLVAQAFLSMLCNMKAGIFFFFAAWIVVMGLFAM 466 (515)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 466 (515)
..++|.+.+.+.+..++...+...++..+...+..
T Consensus 161 ~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 161 SFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999988776654444444443333333
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.09 E-value=9.3e-10 Score=108.88 Aligned_cols=150 Identities=18% Similarity=0.103 Sum_probs=107.3
Q ss_pred cCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHHHH-HHhhhhhh
Q 035636 75 KYDNQFLQLFTSCLYLAALIASFVASRVCSKQGRRPTMQIASFFFLVGVVLTSAAF----HISMLILGRLA-LGIGVGFA 149 (515)
Q Consensus 75 ~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~----~~~~l~~~r~l-~G~~~~~~ 149 (515)
+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+... +.+..++.-++ .+......
T Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (491)
T 4gc0_A 308 GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSW 387 (491)
T ss_dssp SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTT
T ss_pred CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHH
Confidence 45566666777778888999999999999999999999999988888776655431 11222222222 22222234
Q ss_pred hhhhhhhhhhccCCCCcchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccC----CCchHHHHHhhhHHHHHHHHhh-ccccCch
Q 035636 150 NQAVPLFLSELAPAKIRGALNISFQLFITIGIFIANMVNYAMSNVH----PYGWRLSLAIAGVPALFLCVGS-MSICETP 224 (515)
Q Consensus 150 ~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l~~~~----~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~-~~~~esp 224 (515)
.+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...+.+.. ..++...|++.++++++..+.. +++||+.
T Consensus 388 ~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 388 GPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 4667789999999999999999999999999988887766553210 1345567888888877766655 5699985
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=59.06 E-value=4.9 Score=19.22 Aligned_cols=14 Identities=21% Similarity=0.423 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhhhhhhhhcchHH
Q 035636 98 VASRVCSKQGRRPT 111 (515)
Q Consensus 98 ~~g~l~dr~Grr~~ 111 (515)
+.|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35888999999865
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=30.72 E-value=1.1e+02 Score=25.10 Aligned_cols=25 Identities=16% Similarity=0.102 Sum_probs=18.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcch
Q 035636 85 TSCLYLAALIASFVASRVCSKQGRR 109 (515)
Q Consensus 85 ~s~~~l~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 109 (515)
+.-|.+|+.+++.+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 3446678888888888888886543
No 17
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=21.99 E-value=84 Score=16.82 Aligned_cols=11 Identities=18% Similarity=0.171 Sum_probs=7.0
Q ss_pred HhhccccCchh
Q 035636 215 VGSMSICETPT 225 (515)
Q Consensus 215 ~~~~~~~esp~ 225 (515)
....+++|+|+
T Consensus 18 FFAI~FRePPr 28 (32)
T 3arc_T 18 FFAIFFREPPR 28 (32)
T ss_dssp HHHHHTSCCCC
T ss_pred HHhhhhcCCCC
Confidence 33455788886
Done!