Query 040770
Match_columns 521
No_of_seqs 481 out of 2277
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 18:51:50 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/040770.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/040770hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 9.2E-39 3.2E-43 320.7 26.7 355 59-430 24-403 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.7E-36 5.9E-41 302.9 36.2 352 59-429 22-400 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 7.8E-34 2.7E-38 288.1 29.6 385 65-462 14-470 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 8.4E-35 2.9E-39 284.5 17.3 341 66-430 3-346 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 3.2E-32 1.1E-36 276.2 27.8 356 65-431 15-443 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 3.1E-29 1.1E-33 248.3 23.5 345 68-430 12-369 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 7E-27 2.4E-31 238.9 24.1 350 68-430 17-461 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 9.9E-14 3.4E-18 138.4 16.4 172 65-245 254-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 6.1E-12 2.1E-16 124.0 14.9 142 97-247 258-401 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 2.5E-11 8.5E-16 120.4 18.7 155 71-237 266-424 (438)
11 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 7E-11 2.4E-15 119.1 20.6 181 69-252 283-469 (491)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 2.9E-11 9.8E-16 122.0 17.2 145 279-430 13-166 (491)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 2.7E-10 9.3E-15 115.8 16.3 144 279-429 12-167 (524)
14 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 3.9E-10 1.3E-14 109.4 15.2 158 283-448 4-163 (375)
15 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 55.8 1.2E+02 0.004 29.7 12.1 21 223-243 57-77 (501)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 48.3 7.8 0.00027 19.1 1.1 14 117-130 2-15 (26)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=9.2e-39 Score=320.69 Aligned_cols=355 Identities=16% Similarity=0.205 Sum_probs=291.3
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcchhchHHHHhhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHHHH
Q 040770 59 KPHMRTFHLAWVSFFTCFISTFAAAPLVPIIRDNLNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLLLS 138 (521)
Q Consensus 59 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~ 138 (521)
+.+++.+..+++..+...++...+.+.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++.++.
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~ 102 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILA 102 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHH
Confidence 34566777788888999999999999999999999 99999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhh----ccCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHH
Q 040770 139 APAVFCMSF----VSDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGCAGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVI 213 (521)
Q Consensus 139 ~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~ 213 (521)
+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+. .+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..+++.+++.+....
T Consensus 103 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 182 (451)
T 1pw4_A 103 AAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWF 182 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999 99999999999999999996 7788999999999999999999999999999988887776655433
Q ss_pred HHhCCCCCCC-chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCChhhhhccCC-----------Cccccchhh-HHhhhchhH
Q 040770 214 KLAGATPFTA-WRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDGNLGALQKKGN-----------VNKDKFSKV-FWYGIKNYR 280 (521)
Q Consensus 214 ~~~~~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 280 (521)
+ ||+.|++.+++.++..++.++..|+.|+..+....++.. +++....+. .+..+++|.
T Consensus 183 ---------g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 253 (451)
T 1pw4_A 183 ---------NDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKL 253 (451)
T ss_dssp ---------CCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTSSCHH
T ss_pred ---------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHHcCHH
Confidence 7 999999999998888877777777766543211110000 001111111 467788999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhhhh--hcccccchhHHHHHHH
Q 040770 281 TWVFFVLYGFSMGIELTTNNIISEFMYDRFNLKLHTAGTIAATFGMANIFARPFGGYASDVA--GRLFGMRGRLWTLWIF 358 (521)
Q Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~~~~~~~~~~~~ 358 (521)
++...+..++.......+..++|.|+++.+|+++.+++++.+...++.+++.++.+++.||+ ++|+ .+..+
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~-------~~~~~ 326 (451)
T 1pw4_A 254 LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRG-------ATGVF 326 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHH-------HHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCch-------hHHHH
Confidence 99999999888888888899999999988899999999999999999999999999999999 8764 33344
Q ss_pred HHHHH-HHHHHhhcc--CcHHHHHHHHHHHHhhhhhccccccccccc-ccccchhhhhhhhhhhhhH-HHHhhhhhH
Q 040770 359 QTLGG-VFCVWLGRA--ESLPIAVVAMVLFSMGTQAACGATFGIVPF-VSRRSLGILSGLTGAGGNF-GSGLTQLAF 430 (521)
Q Consensus 359 ~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~l~ 430 (521)
..+.. ++++++... .+.+...+..++.|++.+...+....+..+ .|++.++++.|+.+...++ |..++|.+.
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 403 (451)
T 1pw4_A 327 FMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIV 403 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 43333 455555544 256667777778888877777777777664 5888999999999999999 999999873
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=1.7e-36 Score=302.95 Aligned_cols=352 Identities=12% Similarity=0.072 Sum_probs=283.7
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcchhchHHHHhhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHHHH
Q 040770 59 KPHMRTFHLAWVSFFTCFISTFAAAPLVPIIRDNLNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLLLS 138 (521)
Q Consensus 59 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~ 138 (521)
++++..+..+++.++...++.....+.+|.+.+++|++..+.+++.+++.+++.++.+++|+++||+|||++++++.+++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~ 101 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLY 101 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHH
Confidence 34455667778888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHH---hhccCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHH
Q 040770 139 APAVFCM---SFVSDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGCAGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIK 214 (521)
Q Consensus 139 ~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~ 214 (521)
+++.+++ +++++++.++++|+++|++.+. .+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..+++.+++.+...
T Consensus 102 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~-- 179 (438)
T 3o7q_A 102 ALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILS-- 179 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHT--
T ss_pred HHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--
Confidence 9999999 8899999999999999999996 778899999999999999999999999999998888766665511
Q ss_pred HhCCCC---------------------CCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCChhhhhccCCCccccchhhHH
Q 040770 215 LAGATP---------------------FTAWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDGNLGALQKKGNVNKDKFSKVFW 273 (521)
Q Consensus 215 ~~~~~~---------------------~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 273 (521)
.. .. ..+||+.|++.+++.++..++.++. ..||+++++ ++++++++..+.++
T Consensus 180 -~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~p~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~ 252 (438)
T 3o7q_A 180 -NV-PHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT--KFPALQSDN---HSDAKQGSFSASLS 252 (438)
T ss_dssp -SS-CCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCCTTTC---CCCSSTTSHHHHHH
T ss_pred -cc-ccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--cCCcccccc---cccccccchhhhHH
Confidence 10 00 0019999988887766665554432 234433221 11122233346678
Q ss_pred hhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHH-HHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhhhhhcccccchhH
Q 040770 274 YGIKNYRTWVFFVLYGFSMGIELTTNNIISEF-MYDRFNLKLHTAGTIAATFGMANIFARPFGGYASDVAGRLFGMRGRL 352 (521)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~ 352 (521)
+.+++|.++...+..++..........++|.| +++.+|+++.+++.+.++..++.+++.++.+++.||++||+
T Consensus 253 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~------ 326 (438)
T 3o7q_A 253 RLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHK------ 326 (438)
T ss_dssp HHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH------
T ss_pred HHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH------
Confidence 88999999999999888888888888999999 88888999999999999999999999999999999999885
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhccCcHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccccccc-cccccchhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhh
Q 040770 353 WTLWIFQTLGGVFCVWLGRAESLPIAVVAMVLFSMGTQAACGATFGIVP-FVSRRSLGILSGLTGAGGNFGSGLTQLA 429 (521)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~l 429 (521)
.+..+.++..+++++....++.+. .+.+++.+++.+...+..+++.. ..|++ ++.+.++.. ...+|+.++|.+
T Consensus 327 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~ 400 (438)
T 3o7q_A 327 -VLAAYALIAMALCLISAFAGGHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPV 400 (438)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHH
Confidence 555666666666666666666544 44457778888888888888744 55655 888888877 677999999987
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=7.8e-34 Score=288.07 Aligned_cols=385 Identities=11% Similarity=0.017 Sum_probs=249.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhcchhchHHHHhhcCC--------CccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHH
Q 040770 65 FHLAWVSFFTCFISTFAAAPLVPIIRDNLNL--------TKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLL 136 (521)
Q Consensus 65 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~ 136 (521)
..+..++.++.++|...++..+|.+.++++. +..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||++++++.+
T Consensus 14 ~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~ 93 (491)
T 4gc0_A 14 TLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAV 93 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHH
Confidence 3344566677788888888899999888743 23467899999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHh------------------hccCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHHhhhhhhh
Q 040770 137 LSAPAVFCMS------------------FVSDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGCAGGWGDM 197 (521)
Q Consensus 137 ~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 197 (521)
++.+++++++ +++|+++++++|+++|++.|+ .+.+..+++|+.|+++|++..++.+.+..+
T Consensus 94 l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~ 173 (491)
T 4gc0_A 94 LFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIF 173 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhh
Confidence 9999999998 478999999999999999996 778999999999999999999999888777
Q ss_pred hhHHHHhHHHHHHHHHHHhCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCChhhhhccCCCcccc----------
Q 040770 198 GGGVTQLLMPLVFEVIKLAGATPFTAWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDGNLGALQKKGNVNKDK---------- 267 (521)
Q Consensus 198 G~~ig~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~---------- 267 (521)
|..++..++..+...... .......||+.+.+..+..++..+. .+. .||+++....+.+.++.++
T Consensus 174 g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~---~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~ 248 (491)
T 4gc0_A 174 GQLLVYCVNYFIARSGDA-SWLNTDGWRYMFASECIPALLFLML-LYT---VPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMGNTL 248 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSCT-TTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHH-GGG---SCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhcchhhcccccc-ccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhh-hhc---CCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcCCch
Confidence 776665544333221110 0112236888887776665544333 333 3555433221111000000
Q ss_pred ----------------chhhHHhhhchhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhhhHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 040770 268 ----------------FSKVFWYGIKNYRTWVFFVLYGF-SMGIELTTNNIISEFMYDRFNLKLHTAGTIAATFGMANIF 330 (521)
Q Consensus 268 ----------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~ 330 (521)
.........+.++.........+ .....+.+..+.+.+. +..+.+.........+.++..++
T Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 327 (491)
T 4gc0_A 249 ATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVF-KTLGASTDIALLQTIIVGVINLT 327 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHH-HHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHH-HhcCCCccchhhHHHHHHHHHHH
Confidence 00001112223333333333332 2333444444555444 44588888887888888899999
Q ss_pred hhhhhHHHhhhhhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh----ccCcHHHHHHHHHHHHhhhh-hcccccccccccc-c
Q 040770 331 ARPFGGYASDVAGRLFGMRGRLWTLWIFQTLGGVFCVWLG----RAESLPIAVVAMVLFSMGTQ-AACGATFGIVPFV-S 404 (521)
Q Consensus 331 ~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~-~ 404 (521)
+.++++++.||+|||+ ....+.....++++.+. ...+.....+.++++..++. ...+..+.+.+|+ |
T Consensus 328 ~~~~~~~l~dr~Grr~-------~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fP 400 (491)
T 4gc0_A 328 FTVLAIMTVDKFGRKP-------LQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFP 400 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCSHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSC
T ss_pred HHHHHHHHHHhhcCcc-------hhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCC
Confidence 9999999999999985 33333333333332221 12223333333333333333 3335566777765 8
Q ss_pred ccchhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhhHhccc-------chhHHH---HHHHHHHH--HHHHhhcCCCCCCC
Q 040770 405 RRSLGILSGLTGAGGNFGSGLTQLAFFSNS-------KFSTAT---GISLMGAL--TWGSMLLPPSKDPQ 462 (521)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~l~~~~~-------~~~~~~---~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~ 462 (521)
++.|+++.|+.+..+++++++++.+++... .+.... .+.+++++ ++.++++||+|+++
T Consensus 401 t~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 401 NAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp TTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCC
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCC
Confidence 899999999999999999999887743221 111111 12222222 35567889999887
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=8.4e-35 Score=284.52 Aligned_cols=341 Identities=15% Similarity=0.047 Sum_probs=272.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhcchhchHHHHhhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 040770 66 HLAWVSFFTCFISTFAAAPLVPIIRDNLNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLLLSAPAVFCM 145 (521)
Q Consensus 66 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~ 145 (521)
..+++..++..++...+.+.+|.+.+++|.+..+.+++.+++.+++.++++++|+++||+|||+++.++.++.+++.++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 82 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVA 82 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566777788888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhccCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHHHhCCCCCCCc
Q 040770 146 SFVSDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGCAGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIKLAGATPFTAW 224 (521)
Q Consensus 146 ~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~w 224 (521)
+++++++.+++.|+++|++.+. .+...+++.|++|+++|++++++.+....+|..+++.+++.+.+.. +|
T Consensus 83 ~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~---------~~ 153 (375)
T 2gfp_A 83 VTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW---------NW 153 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH---------HH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc---------cH
Confidence 9999999999999999999996 7788999999999999999999999998888888887776655443 89
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCChhhhhccCCCccccchhhHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHH
Q 040770 225 RIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDGNLGALQKKGNVNKDKFSKVFWYGIKNYRTWVFFVLYGFSMGIELTTNNIISE 304 (521)
Q Consensus 225 r~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 304 (521)
|+.|++.+++.++..++.++..||.|++ +.++ ++..+.+++.+++|+++...+..++.......+..+.|.
T Consensus 154 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 224 (375)
T 2gfp_A 154 RACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPV---DAPR------TRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGV 224 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTT---TCCC------CCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCC---Cccc------ccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998888766655444444443322 1111 112244567788899999988888888888888899999
Q ss_pred HHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhhhhhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc--cCcHHHHHHHH
Q 040770 305 FMYDRFNLKLHTAGTIAATFGMANIFARPFGGYASDVAGRLFGMRGRLWTLWIFQTLGGVFCVWLGR--AESLPIAVVAM 382 (521)
Q Consensus 305 ~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~ 382 (521)
|+++.+|.++.+.+.+.....++.+++.++.+++.||.+++. ..........++..+.... .++.+...+..
T Consensus 225 ~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 298 (375)
T 2gfp_A 225 LMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM------WQSVICCLLAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPA 298 (375)
T ss_dssp SSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH------HHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHH
Confidence 999888999999999999999999999999999999988631 1111110111111111111 12455566677
Q ss_pred HHHHhhhhhcccccccccccccccchhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhhH
Q 040770 383 VLFSMGTQAACGATFGIVPFVSRRSLGILSGLTGAGGNFGSGLTQLAF 430 (521)
Q Consensus 383 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~l~ 430 (521)
++.+++.+...+...++..+..|+.++++.|+.+...++|..++|.+.
T Consensus 299 ~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~ 346 (375)
T 2gfp_A 299 ALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLS 346 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTC
T ss_pred HHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 788888888888888887765348999999999999999999999873
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=3.2e-32 Score=276.17 Aligned_cols=356 Identities=11% Similarity=0.021 Sum_probs=252.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhcchhc-hHHHHhh-----cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhh-cCCcHHHHHHHHH
Q 040770 65 FHLAWVSFFTCFISTFAAAPL-VPIIRDN-----LNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDL-IGPRYGTSFLLLL 137 (521)
Q Consensus 65 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~-----~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~ 137 (521)
+..++...+...+..+..... .+.+.++ +|++..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++.++.++
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~ 94 (491)
T 4aps_A 15 LSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVL 94 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHH
Confidence 334444555555554444333 3444455 99999999999999999999999999999999 8999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhccCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcc--hhhHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHH
Q 040770 138 SAPAVFCMSFVSDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKI--LGLVNGCAGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIK 214 (521)
Q Consensus 138 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~ 214 (521)
.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+. .+...++++|++|+++ |+.++++++...++|..+++.+++.+....
T Consensus 95 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~- 173 (491)
T 4aps_A 95 IMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAA- 173 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-
Confidence 999999999999999999999999999996 7788999999999988 777888888888888888887776665533
Q ss_pred HhCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCC-hhhhhccCCCccccc-------------------------
Q 040770 215 LAGATPFTAWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDGN-LGALQKKGNVNKDKF------------------------- 268 (521)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~-~~~~~~~~~~~~~~~------------------------- 268 (521)
+||+.|++.++..++..++.++..++..++. +.+.++...++.++.
T Consensus 174 --------g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (491)
T 4aps_A 174 --------GYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNS 245 (491)
T ss_dssp --------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCC
T ss_pred --------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcc
Confidence 9999999988876666555554433211110 000000000000000
Q ss_pred -----------------------hh----hHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhcCCCHHHHHHHH
Q 040770 269 -----------------------SK----VFWYGIKNYRTWVFFVLYGFSMGIELTTNNIISEFMYDRFNLKLHTAGTIA 321 (521)
Q Consensus 269 -----------------------~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~ 321 (521)
++ ......+....+...+..++.+..+.....+++.|+.+..+.+....+++.
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 325 (491)
T 4aps_A 246 LPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQ 325 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGT
T ss_pred cccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHh
Confidence 00 000111112244455555555666667777888899887788767777778
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhHHHhhhhhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc---------CcHHHHHHHHHHHHhhhhhc
Q 040770 322 ATFGMANIFARPFGGYASDVAGRLFGMRGRLWTLWIFQTLGGVFCVWLGRA---------ESLPIAVVAMVLFSMGTQAA 392 (521)
Q Consensus 322 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 392 (521)
....++.+++.++.+++.||++||+.. ....+..+..+.+++++++... .+.+...+..++.+++.+..
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~ 403 (491)
T 4aps_A 326 SLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPS--SPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLI 403 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC-----CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC--chHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888889999999999999999998532 1223334444444444443331 25566677788888888887
Q ss_pred cccccccccc-ccccchhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhhHh
Q 040770 393 CGATFGIVPF-VSRRSLGILSGLTGAGGNFGSGLTQLAFF 431 (521)
Q Consensus 393 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~l~~ 431 (521)
.+..+.++.+ .|++.|+++.|+.+....+|..++|.+..
T Consensus 404 ~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~ 443 (491)
T 4aps_A 404 SPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVT 443 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGG
T ss_pred hHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8878877664 58899999999999999999999999843
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=3.1e-29 Score=248.29 Aligned_cols=345 Identities=15% Similarity=0.097 Sum_probs=225.1
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhcchhchHH-HHhhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHH---H
Q 040770 68 AWVSFFTCFISTFAAAPLVPI-IRDNLNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLLLSAPAV---F 143 (521)
Q Consensus 68 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~---~ 143 (521)
+....+..++......+.+|. +++++|++..+.|++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++.++++++. .
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 91 (417)
T 2cfq_A 12 FGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFF 91 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344444455555555566776 456699999999999999999999999999999999999999999888776532 2
Q ss_pred HHhhccCHH-HHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCC--cchhhHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHHHhCCC
Q 040770 144 CMSFVSDAQ-GYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNG--KILGLVNGCAGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIKLAGAT 219 (521)
Q Consensus 144 ~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~~~~~~ 219 (521)
..++++... .++..+++.|++.+. .......+.++.++ ++++...+.......+|..+++.+++.+...
T Consensus 92 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~------- 164 (417)
T 2cfq_A 92 IFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTI------- 164 (417)
T ss_dssp HHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHH-------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-------
Confidence 222322111 234456666665553 33333334444432 4567778888777888888887776665542
Q ss_pred CCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCChhhhhccCCCccccchhhHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 040770 220 PFTAWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDGNLGALQKKGNVNKDKFSKVFWYGIKNYRTWVFFVLYGFSMGIELTTN 299 (521)
Q Consensus 220 ~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 299 (521)
+||+.|++.+++.++..+..++..|+.|+..+.+ ++.+.+.++...+..++.+++|+++...+..++....+..+.
T Consensus 165 ---~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 240 (417)
T 2cfq_A 165 ---NNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVA-NAVGANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFD 240 (417)
T ss_dssp ---CSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSS-SSSSSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccc-cccccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8999999887764443333222222221111000 000111111123455677888998877766555555555566
Q ss_pred hhHHHHHHHhcCC---CHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhhhhhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCcHH
Q 040770 300 NIISEFMYDRFNL---KLHTAGTIAATFGMANIFARPFGGYASDVAGRLFGMRGRLWTLWIFQTLGGVFCVWLGRAESLP 376 (521)
Q Consensus 300 ~~~~~~l~~~~g~---s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 376 (521)
.++|.|+.+.++. +....++..++..++.+++.++.++++||++||+ .+..+..+.++.++++...++.+
T Consensus 241 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~-------~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (417)
T 2cfq_A 241 QQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKN-------ALLLAGTIMSVRIIGSSFATSAL 313 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHH
Confidence 6788888765542 2445677777888888999999999999999885 45555555555555555566666
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhccccccccccc-ccccchhhhhhhh-hhhhhHHHHhhhhhH
Q 040770 377 IAVVAMVLFSMGTQAACGATFGIVPF-VSRRSLGILSGLT-GAGGNFGSGLTQLAF 430 (521)
Q Consensus 377 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~l~ 430 (521)
...+..++.+++.....+..+.+.++ .|++.||++.++. +....+|+.++|.+.
T Consensus 314 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~ 369 (417)
T 2cfq_A 314 EVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLA 369 (417)
T ss_dssp HHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhH
Confidence 55555555666655555555666664 4889999999994 888889999999873
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=7e-27 Score=238.87 Aligned_cols=350 Identities=14% Similarity=0.078 Sum_probs=220.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhcchhchH-HHHhhcC------CCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhc-CCcHHHHHHHHHHH
Q 040770 68 AWVSFFTCFISTFAAAPLVP-IIRDNLN------LTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLI-GPRYGTSFLLLLSA 139 (521)
Q Consensus 68 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~------~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~ 139 (521)
+++..++..+..+...+.++ .+.+++| ++..+.+++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYC 96 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHH
Confidence 34445555555444444444 4677899 9999999999999999999999999999999 99999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhcc-CHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHH---hhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHH
Q 040770 140 PAVFCMSFVS-DAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGC---AGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIK 214 (521)
Q Consensus 140 ~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~ 214 (521)
++.+++++++ +++.++++|++.|++.+. .+...+++.|++|+++|+++.+. .+...++|..+++.+++.+...
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~-- 174 (524)
T 2xut_A 97 VGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKN-- 174 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHT--
T ss_pred HHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc--
Confidence 9999999999 999999999999999996 77889999999999999877666 7777788887777666655432
Q ss_pred HhCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCCChhhhhccCC--------Cccc-cc-h---------------
Q 040770 215 LAGATPFTAWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDGNLGALQKKGN--------VNKD-KF-S--------------- 269 (521)
Q Consensus 215 ~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~--------~~~~-~~-~--------------- 269 (521)
.+||+.|++.+++.++..++.++..++.++.+++..+..+. +++. +. .
T Consensus 175 -------~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 247 (524)
T 2xut_A 175 -------FGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAY 247 (524)
T ss_dssp -------SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhh
Confidence 28999999998886665554444333222111100000000 0000 00 0
Q ss_pred ---------------------------hhH---H---------hhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhhHHHHHH
Q 040770 270 ---------------------------KVF---W---------YGIKNYRTWVFFVLYGFSMGIELT---TNNIISEFMY 307 (521)
Q Consensus 270 ---------------------------~~~---~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~ 307 (521)
..+ . .....++.+............... ....++.+..
T Consensus 248 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 327 (524)
T 2xut_A 248 ALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQAN 327 (524)
T ss_dssp TGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHH
T ss_pred hhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHH
Confidence 000 0 001112222222211111111111 1122222222
Q ss_pred HhcCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHh----hhhhcccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc---------C
Q 040770 308 DRFNLKL-HTAGTIAATFGMANIFARPFGGYAS----DVAGRLFGMRGRLWTLWIFQTLGGVFCVWLGRA---------E 373 (521)
Q Consensus 308 ~~~g~s~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~ 373 (521)
+ .+.+. ...+.+.....++.+++.++.+++. +|.++|.. ....+.++.++.+++++++... .
T Consensus 328 ~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 403 (524)
T 2xut_A 328 D-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLT---ALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSAL 403 (524)
T ss_dssp H-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------C---CHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCC
T ss_pred h-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCC---hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCc
Confidence 2 22221 1344544444455555555555543 33332211 1223445555555555555442 2
Q ss_pred cHHHHHHHHHHHHhhhhhccccccccccc-ccccchhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhhH
Q 040770 374 SLPIAVVAMVLFSMGTQAACGATFGIVPF-VSRRSLGILSGLTGAGGNFGSGLTQLAF 430 (521)
Q Consensus 374 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~l~ 430 (521)
+.+...+..++.+++.+...+..+++..+ .|++.||+++|+.+....+|+.++|.+.
T Consensus 404 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~ 461 (524)
T 2xut_A 404 SIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLAN 461 (524)
T ss_dssp CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55666777888888888888888888764 5889999999999999999999999984
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.54 E-value=9.9e-14 Score=138.37 Aligned_cols=172 Identities=13% Similarity=0.174 Sum_probs=138.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhcchhchHHHHhh-cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhc--CCcHHHHHHHHHHH-H
Q 040770 65 FHLAWVSFFTCFISTFAAAPLVPIIRDN-LNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLI--GPRYGTSFLLLLSA-P 140 (521)
Q Consensus 65 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--Grr~~~~~~~~~~~-~ 140 (521)
+....+..++..+.........|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.++.++.. +
T Consensus 254 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 333 (451)
T 1pw4_A 254 LWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTI 333 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHH
Confidence 3334444555555555555667777666 899999999999999999999999999999999 99999988887776 7
Q ss_pred HHHHHhhc--cCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHHhhhhhhh-hhHHHHhHHHHHHHHHHHh
Q 040770 141 AVFCMSFV--SDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGCAGGWGDM-GGGVTQLLMPLVFEVIKLA 216 (521)
Q Consensus 141 ~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~ig~~~~~~l~~~~~~~ 216 (521)
+.++..+. .+.+.+.+..++.|++.+. .+....++.|.+|+++|++++++.+....+ |..+++.+.+.+.+..
T Consensus 334 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~--- 410 (451)
T 1pw4_A 334 ATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFF--- 410 (451)
T ss_dssp HHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS---
T ss_pred HHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---
Confidence 77777776 4788888888999998875 667789999999999999999999998888 8888887666655532
Q ss_pred CCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 040770 217 GATPFTAWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTL 245 (521)
Q Consensus 217 ~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (521)
||+..|++.+++.++..++.++.
T Consensus 411 ------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 411 ------GWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp ------CSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ------CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 89999999988877776666555
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.36 E-value=6.1e-12 Score=123.99 Aligned_cols=142 Identities=11% Similarity=0.096 Sum_probs=116.9
Q ss_pred ccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHH
Q 040770 97 KTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLLLSAPAVFCMSFVSDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWT 175 (521)
Q Consensus 97 ~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i 175 (521)
....+++.++..++..++.++.|++.||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+. .+....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44567788888888899999999999999999999999999988888888888998888888888888765 45667899
Q ss_pred HhhcCCcchhhHHHH-hhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHHHhCCCCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 040770 176 TIMFNGKILGLVNGC-AGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIKLAGATPFTAWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQ 247 (521)
Q Consensus 176 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 247 (521)
.|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++.+.+.. +++..|.+.+++.++..++.+++.+
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~---------g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 401 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESI---------GFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLS 401 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHS---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSC
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhc---------CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 999999999999998 47777888888888777665532 7888999888887776665555544
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.35 E-value=2.5e-11 Score=120.43 Aligned_cols=155 Identities=12% Similarity=0.079 Sum_probs=120.3
Q ss_pred HHHHHHhhhhcchhchHHH-Hhh-cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 040770 71 SFFTCFISTFAAAPLVPII-RDN-LNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLLLSAPAVFCMSFV 148 (521)
Q Consensus 71 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 148 (521)
..++............|.+ .++ +|.+..+.+++.+.+.++..++.++.|++.||+|||+.+..+.++.+++.++..+.
T Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 345 (438)
T 3o7q_A 266 AQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA 345 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc
Confidence 3333333334444455555 544 59999999999999999999999999999999999999999999999999999988
Q ss_pred cCHHHHHHHHHHHHhhhhh-hhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHHHhCCCCCCC-chH
Q 040770 149 SDAQGYIAARFMIGFCLAT-FVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGCAGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIKLAGATPFTA-WRI 226 (521)
Q Consensus 149 ~~~~~l~~~r~l~G~~~~~-~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~-wr~ 226 (521)
++.+.++.. ++.|++.+. .+....+..|.+|++ ++.+.++.. ...+|..+++.+.+.+.+.. | ++.
T Consensus 346 ~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~---------g~~~~ 413 (438)
T 3o7q_A 346 GGHVGLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAA---------GNIPT 413 (438)
T ss_dssp CHHHHHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHH---------TSSGG
T ss_pred CCcHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---------cchHH
Confidence 887765544 788888885 778888889999865 888888776 55688877777777666654 6 888
Q ss_pred HHHHHHHHHHH
Q 040770 227 AFFIPGWLHVI 237 (521)
Q Consensus 227 ~f~~~~~~~~~ 237 (521)
.|++.++..++
T Consensus 414 ~~~~~~~~~~~ 424 (438)
T 3o7q_A 414 AELIPALCFAV 424 (438)
T ss_dssp GGHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH
Confidence 88876555333
No 11
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.33 E-value=7e-11 Score=119.09 Aligned_cols=181 Identities=12% Similarity=0.068 Sum_probs=128.6
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhcchhchHHHHhhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHhhhhHhhhhhcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 040770 69 WVSFFTCFISTFAAAPLVPIIRDNLNLTKTDVGNAGVASVSGSIFSRLIMGAVCDLIGPRYGTSFLLLLSAPAVFCMSFV 148 (521)
Q Consensus 69 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 148 (521)
....+.............+.+.++.+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+..
T Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 362 (491)
T 4gc0_A 283 MLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTA 362 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33334444444445556677888888888888777888888999999999999999999999999988888777665432
Q ss_pred ----cCHHHHHHHHHHH--HhhhhhhhhHHHHHHhhcCCcchhhHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHHHhCCCCCC
Q 040770 149 ----SDAQGYIAARFMI--GFCLATFVSCQYWTTIMFNGKILGLVNGCAGGWGDMGGGVTQLLMPLVFEVIKLAGATPFT 222 (521)
Q Consensus 149 ----~~~~~l~~~r~l~--G~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ig~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 222 (521)
.+.+..++.-++. +++.+..+....+.+|.+|.+.|+.++|+......+|..+++.+.|.+....... ...
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~---~~~ 439 (491)
T 4gc0_A 363 FYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLV---AHF 439 (491)
T ss_dssp HHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHH---HHH
T ss_pred HhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hhh
Confidence 2222222322222 2333334567789999999999999999999999999988888877764422100 011
Q ss_pred CchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCC
Q 040770 223 AWRIAFFIPGWLHVIMGILVLTLGQDLPDG 252 (521)
Q Consensus 223 ~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 252 (521)
++.+.|++.++++++..++.++++||....
T Consensus 440 ~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 440 HNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 567788999999888888888886554433
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.32 E-value=2.9e-11 Score=121.95 Aligned_cols=145 Identities=14% Similarity=0.087 Sum_probs=124.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHh-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhhh-hhcccccchhH
Q 040770 279 YRTWVFFVLYGFSMGIELTTNNIISEFMYDR-----FNLKLHTAGTIAATFGMANIFARPFGGYASDV-AGRLFGMRGRL 352 (521)
Q Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-----~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~~~~~~~~~ 352 (521)
+.++...+..++....++....+++.|+.+. +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~------ 86 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARP------ 86 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHH------
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchH------
Confidence 3566666677777777888888999999887 89999999999999999999999999999999 89986
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhccCcHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccccccccc-cccc--hhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhh
Q 040770 353 WTLWIFQTLGGVFCVWLGRAESLPIAVVAMVLFSMGTQAACGATFGIVPFV-SRRS--LGILSGLTGAGGNFGSGLTQLA 429 (521)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~--~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~l 429 (521)
.+..+.++.+++.++....++.+.+++..++.|++.+...+...+++.+. |++. |+.+.++.+...++|..++|.+
T Consensus 87 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 165 (491)
T 4aps_A 87 -AVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLI 165 (491)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77777777778888888888888888899999999998888888887754 7766 7888888999999999999987
Q ss_pred H
Q 040770 430 F 430 (521)
Q Consensus 430 ~ 430 (521)
.
T Consensus 166 ~ 166 (491)
T 4aps_A 166 V 166 (491)
T ss_dssp H
T ss_pred H
Confidence 3
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.19 E-value=2.7e-10 Score=115.78 Aligned_cols=144 Identities=16% Similarity=0.114 Sum_probs=119.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhcC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhhhh-hcccccchh
Q 040770 279 YRTWVFFVLYGFSMGIELTTNNIISEFMYDRFN------LKLHTAGTIAATFGMANIFARPFGGYASDVA-GRLFGMRGR 351 (521)
Q Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g------~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~~ 351 (521)
+.++.+.+..++....++....+++.|+.+.+| +++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~----- 86 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN----- 86 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH-----
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH-----
Confidence 455666677777777777888899999998889 9999999999999999999999999999999 9885
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhccC-cHHHHHHHHHHHHhhhhhccccccccccc-ccccchhhhhhh---hhhhhhHHHHhh
Q 040770 352 LWTLWIFQTLGGVFCVWLGRAE-SLPIAVVAMVLFSMGTQAACGATFGIVPF-VSRRSLGILSGL---TGAGGNFGSGLT 426 (521)
Q Consensus 352 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~i~ 426 (521)
.+.++.++.+++.++....+ +.+.+++..++.|++.+...+...+++.+ .|++.|+.+.++ .+...++|..++
T Consensus 87 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g 164 (524)
T 2xut_A 87 --TILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFA 164 (524)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66667777777777777777 88888888899999998888888888775 488888766666 888888999999
Q ss_pred hhh
Q 040770 427 QLA 429 (521)
Q Consensus 427 ~~l 429 (521)
|.+
T Consensus 165 ~~~ 167 (524)
T 2xut_A 165 SLS 167 (524)
T ss_dssp HHT
T ss_pred HHH
Confidence 987
No 14
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.16 E-value=3.9e-10 Score=109.35 Aligned_cols=158 Identities=14% Similarity=0.092 Sum_probs=119.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHhhhhhcccccchhHHHHHHHHHHH
Q 040770 283 VFFVLYGFSMGIELTTNNIISEFMYDRFNLKLHTAGTIAATFGMANIFARPFGGYASDVAGRLFGMRGRLWTLWIFQTLG 362 (521)
Q Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 362 (521)
.+++..++.......+...+|.+. +.+|.++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+ .+..+..+.
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~-------~~~~~~~~~ 75 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMA-RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRP-------VILVGMSIF 75 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCC-------CCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH-HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCch-------hHHHHHHHH
Confidence 344444444555555555666654 557999999999999999999999999999999999987 444555666
Q ss_pred HHHHHHhhccCcHHHHHHHHHHHHhhhhhcccccccccccc-cccchhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhhH-hcccchhHHH
Q 040770 363 GVFCVWLGRAESLPIAVVAMVLFSMGTQAACGATFGIVPFV-SRRSLGILSGLTGAGGNFGSGLTQLAF-FSNSKFSTAT 440 (521)
Q Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~l~-~~~~~~~~~~ 440 (521)
.++.++....++.+.+++..++.|++.+...+...+++.+. |+++|+++.++.+....+|..++|.+. ...+.+++..
T Consensus 76 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~ 155 (375)
T 2gfp_A 76 MLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRA 155 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHH
Confidence 66666666667888888888899999988888888887755 789999999999999999999999984 3334445555
Q ss_pred HHHHHHHH
Q 040770 441 GISLMGAL 448 (521)
Q Consensus 441 ~~~~~~~~ 448 (521)
.+.+.+++
T Consensus 156 ~~~~~~~~ 163 (375)
T 2gfp_A 156 CYLFLLVL 163 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH
Confidence 55544444
No 15
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=55.77 E-value=1.2e+02 Score=29.73 Aligned_cols=21 Identities=14% Similarity=-0.084 Sum_probs=11.4
Q ss_pred CchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 040770 223 AWRIAFFIPGWLHVIMGILVL 243 (521)
Q Consensus 223 ~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 243 (521)
+|...++...+-.++..++..
T Consensus 57 s~~~a~lai~lG~li~~~~~~ 77 (501)
T 2jln_A 57 QVWQVIVAIAAGCTIAVILLF 77 (501)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 677777655544444444433
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=48.29 E-value=7.8 Score=19.08 Aligned_cols=14 Identities=14% Similarity=0.297 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhHhhhhhcCCcHH
Q 040770 117 IMGAVCDLIGPRYG 130 (521)
Q Consensus 117 ~~g~l~dr~Grr~~ 130 (521)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999865
Done!