Query 040943
Match_columns 950
No_of_seqs 31 out of 33
Neff 3.3
Searched_HMMs 13730
Date Mon Mar 25 21:44:10 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/040943.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/scop70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_scop/040943hhsearch_scop -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 d2efla1 a.238.1.4 (A:1-288) Fo 50.8 89 0.0065 28.4 23.0 114 794-907 145-260 (288)
2 d2efka1 a.238.1.4 (A:10-288) C 28.4 2E+02 0.015 25.8 22.3 54 792-845 134-187 (279)
3 d1fioa_ a.47.2.1 (A:) Sso1 {Ba 22.6 2.2E+02 0.016 24.3 10.6 65 272-337 2-68 (196)
4 d1lvfa_ a.47.2.1 (A:) Syntaxin 16.4 2E+02 0.015 24.0 7.7 65 737-805 40-104 (106)
5 d2d4ca1 a.238.1.1 (A:11-247) E 15.0 3.6E+02 0.026 23.6 18.3 63 314-382 175-237 (237)
6 d1urua_ a.238.1.1 (A:) Amphiph 12.3 2.1E+02 0.015 24.8 6.9 70 837-906 15-84 (217)
7 d1ab4a_ e.11.1.1 (A:) DNA Gyra 11.2 28 0.0021 36.7 0.5 24 885-908 45-69 (493)
8 d1qvra2 c.37.1.20 (A:149-535) 10.1 2.2E+02 0.016 28.7 7.0 126 177-306 187-329 (387)
9 d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) H 8.1 4.6E+02 0.034 20.6 13.5 31 184-214 62-92 (185)
10 d1ojha_ a.214.1.1 (A:) Phycobi 7.6 1.4E+02 0.01 23.1 3.2 17 739-757 4-20 (52)
No 1
>d2efla1 a.238.1.4 (A:1-288) Formin-binding protein 1, FNBP1 {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=50.83 E-value=89 Score=28.38 Aligned_cols=114 Identities=11% Similarity=0.131 Sum_probs=57.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHhHHhhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhhcchHHHHHHH-HhhhHhHHHHHHHhhHHhh
Q 040943 794 EDEISNVQQKLELQEKSLSHSKHQAQKIEAELALKQREMKNLTNQLEENLTTSDALVIEL-RSENRKLLEDVLKLSSERE 872 (950)
Q Consensus 794 E~ei~~~q~kL~~~ee~~s~~k~~a~~~eaEm~akq~e~~~l~~~me~k~r~se~~v~eL-k~en~~l~~~~~~lssEr~ 872 (950)
..+......++.......+..+....++.........+..+..+.....+.......... ...-..+++..-.+-.+|-
T Consensus 145 ~~e~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~K~~~k~~~~~~~~~~a~~~Y~~~v~~~n~~~~~~~~~~~~~~~~~~q~~e~~r~ 224 (288)
T d2efla1 145 CKEADRAQQYFEKMDADINVTKADVEKARQQAQIRHQMAEDSKADYSSILQKFNHEQHEYYHTHIPNIFQKIQEMEERRI 224 (288)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345555555555555555555545555555555555555555555554444444444442 2223455665555566665
Q ss_pred hHHhh-hhcccccccccchhhHHHHHHHHHHHhhcc
Q 040943 873 NLLGF-LGGLGDRVSKFSDEDMQLMEMLGRLVQSLD 907 (950)
Q Consensus 873 ~Ll~~-~~gl~d~i~~~s~~D~~Lm~~L~~~~q~~d 907 (950)
..+.. |.-++.-+..++......++.|...+..+|
T Consensus 225 ~~~k~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~id 260 (288)
T d2efla1 225 VRMGESMKTYAEVDRQVIPIIGKCLDGIVKAAESID 260 (288)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHCC
Confidence 54433 333334444444444555555555566665
No 2
>d2efka1 a.238.1.4 (A:10-288) CDC42-interacting protein 4, CIP4 {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=28.43 E-value=2e+02 Score=25.81 Aligned_cols=54 Identities=15% Similarity=0.190 Sum_probs=27.7
Q ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHhHHhhHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHhhhcc
Q 040943 792 ELEDEISNVQQKLELQEKSLSHSKHQAQKIEAELALKQREMKNLTNQLEENLTT 845 (950)
Q Consensus 792 ElE~ei~~~q~kL~~~ee~~s~~k~~a~~~eaEm~akq~e~~~l~~~me~k~r~ 845 (950)
..-.++......+.....+.+.+.....++.........+..+..+.+...+..
T Consensus 134 ~~~~e~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~K~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~l~~ 187 (279)
T d2efka1 134 RDCREAEKAAQTAERLDQDINATKADVEKAKQQAHLRSHMAEESKNEYAAQLQR 187 (279)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334555556666655555555555555555555555555555544444333333
No 3
>d1fioa_ a.47.2.1 (A:) Sso1 {Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]}
Probab=22.60 E-value=2.2e+02 Score=24.27 Aligned_cols=65 Identities=11% Similarity=0.161 Sum_probs=39.2
Q ss_pred hhhhhhhHHHHHHhHHHHHhhhhchhHHHHHHhhhhhhhH--HHHHHHHHHHHhHHhhHHHHHhHHHH
Q 040943 272 THYDNTFAEYQDAKSQLECLTNQRDKEIAALRHSLGTKET--FYKEMEYQATKLERENQELLMSLKEL 337 (950)
Q Consensus 272 ~~~~nv~~e~~ears~ie~Lt~~rd~eIa~LR~sL~~Ket--~~kE~ey~~~kLEqEN~el~~sLKEl 337 (950)
|-|-..|.++++.+..|..+...-+ .|..+...+.+..+ =..++.-.+..+-.+...+...+|..
T Consensus 2 ~d~~~f~~~v~~I~~~i~~i~~~i~-~L~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~k~~ 68 (196)
T d1fioa_ 2 HDFVGFMNKISQINRDLDKYDHTIN-QVDSLHKRLLTEVNEEQASHLRHSLDNFVAQATDLQFKLKNE 68 (196)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhcCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4577888999999999999988754 36666554433211 11334444555555555555555443
No 4
>d1lvfa_ a.47.2.1 (A:) Syntaxin 6, SNAP-25 homolog {Rat (Rattus norvegicus) [TaxId: 10116]}
Probab=16.44 E-value=2e+02 Score=24.04 Aligned_cols=65 Identities=15% Similarity=0.231 Sum_probs=48.1
Q ss_pred HHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHhhhhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHHHHH
Q 040943 737 VRSLEERFNSSLNSFSSQLAGKQAEISLAIEAWEKISAAETLAMLEIEEKKLMIVELEDEISNVQQKLE 805 (950)
Q Consensus 737 V~slEq~f~~sl~sfs~~laEkq~Ei~~~~~a~eki~~ae~La~leieeK~mmI~ElE~ei~~~q~kL~ 805 (950)
+.++-.++.++|.++--+|.+...-|..+..--.|. -|..-+|.-++-.|......|..|+..|.
T Consensus 40 ~~~~~~eL~~~l~siewdL~dLe~av~~ve~np~kf----~l~~~ei~~Rr~fi~~~~~~I~~~~~~l~ 104 (106)
T d1lvfa_ 40 IDWTTNELRNNLRSIEWDLEDLDETISIVEANPRKF----NLDATELSIRKAFITSTRQIVRDMKDQMS 104 (106)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSGGGG----TCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHhCHHhc----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 456677778888888888888888888776432222 14455678889999999999999987764
No 5
>d2d4ca1 a.238.1.1 (A:11-247) Endophilin-1 {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=15.01 E-value=3.6e+02 Score=23.59 Aligned_cols=63 Identities=14% Similarity=0.226 Sum_probs=44.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhHHhhHHHHHhHHHHHHHHhhhcCccchHHHHHHHhHHHHHhhHHHHHhhhhhHHHHhHh
Q 040943 314 KEMEYQATKLERENQELLMSLKELQEAQIQKAGSSSSLAKLRNKLRSVEQMHRDCSANLRAKEAEWSSQ 382 (950)
Q Consensus 314 kE~ey~~~kLEqEN~el~~sLKElQEaqI~~agas~sl~kLr~Klr~LEq~Hr~Cs~~LraKEaEW~~Q 382 (950)
.+++....++++-|.++...|..++...+.- +.-|.+=+.+--..|+.|...|..-..++..|
T Consensus 175 e~l~~a~~~~e~~~~~~~~~l~~l~~~~~~~------~~~l~~~~~aq~~y~~~~~~~l~~l~~~l~~~ 237 (237)
T d2d4ca1 175 EELRQALEKFDESKEIAESSMFNLLEMDIEQ------VSQLSALVQAQLEYHKQAVQILQQVTVRLEER 237 (237)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 4566677788999999999999998654332 23344445555557999999888777666543
No 6
>d1urua_ a.238.1.1 (A:) Amphiphysin {Fruit fly (Drosophila melanogaster) [TaxId: 7227]}
Probab=12.34 E-value=2.1e+02 Score=24.76 Aligned_cols=70 Identities=11% Similarity=0.014 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHhhhcchHHHHHHHHhhhHhHHHHHHHhhHHhhhHHhhhhcccccccccchhhHHHHHHHHHHHhhc
Q 040943 837 NQLEENLTTSDALVIELRSENRKLLEDVLKLSSERENLLGFLGGLGDRVSKFSDEDMQLMEMLGRLVQSL 906 (950)
Q Consensus 837 ~~me~k~r~se~~v~eLk~en~~l~~~~~~lssEr~~Ll~~~~gl~d~i~~~s~~D~~Lm~~L~~~~q~~ 906 (950)
+.++.++...+..+..|-..-++++..+..+++--..+...|..+++.++.....-......+..+...+
T Consensus 15 e~~~~~~~~~e~~l~~l~k~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 84 (217)
T d1urua_ 15 DDHLNNFNRQQASANRLQKEFNNYIRCVRAAQAASKTLMDSVCEIYEPQWSGYDALQAQTGASESLWADF 84 (217)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCTTSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 7
>d1ab4a_ e.11.1.1 (A:) DNA Gyrase A {Escherichia coli [TaxId: 562]}
Probab=11.17 E-value=28 Score=36.73 Aligned_cols=24 Identities=17% Similarity=0.398 Sum_probs=21.4
Q ss_pred ccccc-hhhHHHHHHHHHHHhhccc
Q 040943 885 VSKFS-DEDMQLMEMLGRLVQSLDS 908 (950)
Q Consensus 885 i~~~s-~~D~~Lm~~L~~~~q~~d~ 908 (950)
+|++- |||..|.+++-+|.|.|.|
T Consensus 45 ~~~yHpHGd~s~~~~iv~maq~~~~ 69 (493)
T d1ab4a_ 45 IGKYHPHGDSAVYDTIVRMAQPFSL 69 (493)
T ss_dssp HHHTCCSCHHHHHHHHHHTTCTTTC
T ss_pred HhccCCCcHHHHHHHHHHHHHhhhh
Confidence 56788 9999999999999999865
No 8
>d1qvra2 c.37.1.20 (A:149-535) ClpB, AAA+ modules {Thermus thermophilus [TaxId: 274]}
Probab=10.12 E-value=2.2e+02 Score=28.71 Aligned_cols=126 Identities=18% Similarity=0.271 Sum_probs=81.9
Q ss_pred HhhHHHHHHhhhhHHHhhhH---HHHHHHHHHHHHhhhh----hhhHhH-hHHhhhhhh-hhhhhhhhhhhhhhhHHHHH
Q 040943 177 DENSKFENQLKWKKEQFKHL---EEAHEKLKDQFRTCKK----EWEHER-STLLDAISS-LQTSLDSQTRISGDLQNRLQ 247 (950)
Q Consensus 177 eE~~~~e~qLkwk~Eqf~hL---eeah~kl~~qfr~skk----EW~~er-s~LlDeI~s-Lq~~LdSqtr~~edlq~rl~ 247 (950)
++-..+=..++..=|.|-++ .+|...+.+ .|.+ -.-.++ =-|+|+-|+ ...+.+|.-...+.+++++.
T Consensus 187 ~~~~~il~~~~~~~e~~h~v~~~~~ai~~~v~---ls~ryi~~r~~PdKAidlld~a~a~~~i~~~s~P~el~~ler~I~ 263 (387)
T d1qvra2 187 EETISILRGLKEKYEVHHGVRISDSAIIAAAT---LSHRYITERRLPDKAIDLIDEAAARLRMALESAPEEIDALERKKL 263 (387)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTTCEECHHHHHHHHH---HHHHHCCSSCTHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccCCcccHHHHHHHHH---hcccccccccChhhHHHHHHHHHHHHHhhccCCcHHHHHHHHHHH
Confidence 44455556777788877665 555555444 2222 011122 247777764 66788888888888887765
Q ss_pred ---HhhHHhhhH-----HHHhhHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHHHhHHHHHhhhhchhHHHHHHhhh
Q 040943 248 ---LCNQALSHE-----ESRRKYLEVQVSEFRTHYDNTFAEYQDAKSQLECLTNQRDKEIAALRHSL 306 (950)
Q Consensus 248 ---mCnqaLahE-----Es~rK~lE~e~Se~K~~~~nv~~e~~ears~ie~Lt~~rd~eIa~LR~sL 306 (950)
+--.||..+ ..|..-++.+++.++..+.++.+.++.-+..++.+...+.+ |..+|+-+
T Consensus 264 qLe~E~~aL~ke~d~~s~~rl~~le~el~~lee~~~~L~~~w~~ek~~l~~i~~Lk~~-Le~lr~~l 329 (387)
T d1qvra2 264 QLEIEREALKKEKDPDSQERLKAIEAEIAKLTEEIAKLRAEWEREREILRKLREAQHR-LDEVRREI 329 (387)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSCSSHHHHSCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhccchHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
Confidence 333455332 34667788999999999999999999998888877666333 56565543
No 9
>d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) Hypothetical protein MW0975 (SA0943) {Staphylococcus aureus [TaxId: 1280]}
Probab=8.10 E-value=4.6e+02 Score=20.58 Aligned_cols=31 Identities=19% Similarity=0.306 Sum_probs=11.6
Q ss_pred HHhhhhHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 040943 184 NQLKWKKEQFKHLEEAHEKLKDQFRTCKKEW 214 (950)
Q Consensus 184 ~qLkwk~Eqf~hLeeah~kl~~qfr~skkEW 214 (950)
.++......+............++......+
T Consensus 62 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 92 (185)
T d2ap3a1 62 KNADDRLKEFEKEEDAIKKSEQDFKKAKSHV 92 (185)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333334444444444444444444444333
No 10
>d1ojha_ a.214.1.1 (A:) Phycobilisome degradation protein NblA {Anabaena sp. PCC 7120 [TaxId: 103690]}
Probab=7.55 E-value=1.4e+02 Score=23.14 Aligned_cols=17 Identities=47% Similarity=0.819 Sum_probs=13.3
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhhhHHHHh
Q 040943 739 SLEERFNSSLNSFSSQLAG 757 (950)
Q Consensus 739 slEq~f~~sl~sfs~~laE 757 (950)
||||.| +|-||+-++..
T Consensus 4 SLEQqF--~lrsf~~qV~~ 20 (52)
T d1ojha_ 4 SLEQQF--SIRSFATQVQN 20 (52)
T ss_dssp CHHHHH--HHHHHHHHHHT
T ss_pred cHHHHH--hHHHHHHHHHH
Confidence 688888 57899988744
Done!