Query 040949
Match_columns 490
No_of_seqs 425 out of 2951
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 21:49:56 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/040949.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/040949hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.5E-50 8.7E-55 397.9 44.4 448 12-485 7-485 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 4.1E-39 1.4E-43 314.3 19.9 397 13-462 24-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 3.8E-36 1.3E-40 292.1 32.9 370 14-455 23-425 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 3.9E-33 1.3E-37 274.9 28.5 396 63-467 46-477 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 5.2E-34 1.8E-38 271.1 13.8 336 63-451 27-365 (375)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 6.3E-29 2.1E-33 246.9 23.5 395 67-469 50-510 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 8.6E-29 3E-33 238.1 9.9 357 65-467 37-405 (417)
8 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 5.2E-13 1.8E-17 129.0 14.1 152 273-436 26-177 (438)
9 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 3.7E-12 1.3E-16 123.4 16.3 146 65-212 282-433 (451)
10 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 2.8E-12 9.5E-17 125.9 13.7 170 274-458 14-192 (491)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.3 2.2E-11 7.4E-16 120.5 17.2 168 279-460 18-196 (524)
12 2cfq_A Lactose permease; trans 99.3 4.6E-12 1.6E-16 121.4 10.7 146 69-216 257-404 (417)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 4.3E-12 1.5E-16 119.8 10.3 173 280-467 7-180 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.1 1.1E-09 3.9E-14 107.2 14.2 149 67-216 308-467 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 74.4 56 0.0019 30.4 19.0 43 137-179 137-179 (460)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 55.8 4.9 0.00017 19.1 1.0 14 90-103 2-15 (26)
17 3arc_T Photosystem II reaction 28.8 62 0.0021 17.2 2.7 13 205-217 16-28 (32)
18 3zux_A Transporter, ASBTNM; tr 22.7 4E+02 0.014 23.6 10.6 6 328-333 181-186 (332)
19 4dve_A Biotin transporter BIOY 20.5 2.2E+02 0.0074 23.1 5.9 24 78-101 100-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.5e-50 Score=397.89 Aligned_cols=448 Identities=28% Similarity=0.516 Sum_probs=353.8
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHhhhhhhcchhcccccccchHHHHhhhhhhhhhhcccccccccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q 040949 12 TVYVVVCWILAAFGGLMFGYDIGISGGVTAMDDFLIKFFPEVYKRKLHAREDNYCKYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVA 91 (490)
Q Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~ 91 (490)
+++.+.+++++++|.+++|||.++++... |.+.+.|..+ .+...+.++.+.|++.+++.+|..+|++++
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~--~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~ 75 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTV--ESLNTVFVAP---------QNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALG 75 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTH--HHHHHHHTGG---------GCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHhcCC---------CCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45678888888999999999999988653 4444444211 122224467789999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHh------------------hhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHhhhcC
Q 040949 92 SKVCTKFGRKPTILVASSFFLAGAGISS------------------GALNIWMLIIGRILLGIGVGFGNEAVPLFLSEIA 153 (490)
Q Consensus 92 G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~ 153 (490)
|+++||+|||+++.++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|++.|...+...++++|+.
T Consensus 76 G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~ 155 (491)
T 4gc0_A 76 GYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELA 155 (491)
T ss_dssp HHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhC
Confidence 9999999999999999999999999998 4789999999999999999999999999999999
Q ss_pred CCCccchHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc------CCCchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcccCchhHHhhcCChHH
Q 040949 154 PVQHRGAVNILFQLFVTIGIFLANLVNYGTAKL------HPHGWRVSLALAGVPAIFLFIGSIVITETPTSLIERGNEVA 227 (490)
Q Consensus 154 ~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~~~~~~~~~------~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~esp~~~~~~~~~~~ 227 (490)
|+++|++..++.+.+..+|.++++.++...... ...+||+.+.+..++.++.++..+++||||||+..+++.++
T Consensus 156 p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~ 235 (491)
T 4gc0_A 156 PAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQ 235 (491)
T ss_dssp CGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHH
T ss_pred CHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhH
Confidence 999999999999999999999999886544332 23579999999999888888888999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhCchhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHhcccCCCchHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHHHcCCCC
Q 040949 228 GHKALKKIRGVEDVNAEYEQIKLASDIARQVKHPFKELMKRSSMPPLIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTVGFKN 307 (490)
Q Consensus 228 a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 307 (490)
+++.+++..++++.+++..+.++..+++++... .... ...++.........+.+..+......|.|.+.+..+.+.
T Consensus 236 a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (491)
T 4gc0_A 236 AEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGG-RLLM---FGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGAST 311 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-HHHH---SCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCH
T ss_pred HHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhh-HHHH---hcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCc
Confidence 999998877665544444333333222222221 1122 223455666667777777888888999999999888888
Q ss_pred chhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcccCchHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHH
Q 040949 308 DASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKVGRRKLLLQACVQMFISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVM 387 (490)
Q Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (490)
..........++..+++.++.+++.||+|||+.+..+...+.++.+.+..... .....+..+....++..
T Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~ 381 (491)
T 4gc0_A 312 DIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFY----------TQAPGIVALLSMLFYVA 381 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------TTCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHh----------cccchHHHHHHHHHHHH
Confidence 87777888888999999999999999999999999888888877776655432 22333444555556666
Q ss_pred HhhccccccccccccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhh------h-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 040949 388 AFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSSNMFFTFLIAQAFLSMMCHM------R-AYIFFFFAGWILVMGLFALF 460 (490)
Q Consensus 388 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 460 (490)
++..++.++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+..+++++.+++.+++.+.+.. + ...++++++++++..++.++
T Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~ 461 (491)
T 4gc0_A 382 AFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWK 461 (491)
T ss_dssp HHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 6677778888889999999999999999999999999999998887765432 1 23566777778888888889
Q ss_pred hcccCCCCChHHHHHHHhccCCccc
Q 040949 461 LLPETKGVPIDVMVERVWKKHPVWK 485 (490)
Q Consensus 461 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 485 (490)
++||||++++||+ |+.+|++++.+
T Consensus 462 ~~PETkg~tLeei-~~~f~~~~~~~ 485 (491)
T 4gc0_A 462 FVPETKGKTLEEL-EALWEPETKKT 485 (491)
T ss_dssp HCCCCTTCCHHHH-GGGTC------
T ss_pred eecCCCCCCHHHH-HHHhCCCCccc
Confidence 9999999999999 88876554433
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=4.1e-39 Score=314.25 Aligned_cols=397 Identities=12% Similarity=0.025 Sum_probs=288.3
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhcchhcccccccchHHHHhhhhhhhhhhcccccccccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q 040949 13 VYVVVCWILAAFGGLMFGYDIGISGGVTAMDDFLIKFFPEVYKRKLHAREDNYCKYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVAS 92 (490)
Q Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G 92 (490)
+.++......+++.+..+++....++.. .. ..+++ .|..+.|++.+++.++..++++++|
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~-------------~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G 83 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAM------PY-------------LVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMG 83 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHH------HH-------------TTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HH-------------HHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHH
Confidence 3446666677777777777766654332 11 14456 7889999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhh----hhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHhhhcCCCCccchHHhHHHHH
Q 040949 93 KVCTKFGRKPTILVASSFFLAGAGISSG----ALNIWMLIIGRILLGIGVGFGNEAVPLFLSEIAPVQHRGAVNILFQLF 168 (490)
Q Consensus 93 ~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~ 168 (490)
+++||+|||+++.++.++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+
T Consensus 84 ~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~ 163 (451)
T 1pw4_A 84 SVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCA 163 (451)
T ss_dssp HHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcccCCCc-hHHHHHhhHHHHHHHHH-HhhcccCchhHHhhcCChHHHHHHHHHhhCchhhHHHHH
Q 040949 169 VTIGIFLANLVNYGTAKLHPHG-WRVSLALAGVPAIFLFI-GSIVITETPTSLIERGNEVAGHKALKKIRGVEDVNAEYE 246 (490)
Q Consensus 169 ~~~G~~i~~~~~~~~~~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~esp~~~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 246 (490)
.++|.+++|.++.... +..+ ||+.|++.+++.++..+ ..+++||+|++...+++++.. .+.+++.
T Consensus 164 ~~~g~~~g~~~~~~l~--~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~- 230 (451)
T 1pw4_A 164 HNVGGGIPPLLFLLGM--AWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYK----------NDYPDDY- 230 (451)
T ss_dssp HHHHHTSHHHHHHHHH--HHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTC----------CC------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH--HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhc----------ccccccc-
Confidence 9999999999954433 3456 99999999888777644 456688887643222111100 0000000
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcccc--hHHhcccCCCchHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHHH-cCCCCchhHHHHHHHhHHHHH
Q 040949 247 QIKLASDIARQVKHP--FKELMKRSSMPPLIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQT-VGFKNDASLLSSVITGTVNVL 323 (490)
Q Consensus 247 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (490)
++.++++....+ .++.++ ++.++...+..+...........+.|.++++ .|++..+++.......++.++
T Consensus 231 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (451)
T 1pw4_A 231 ---NEKAEQELTAKQIFMQYVLP----NKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIP 303 (451)
T ss_dssp -----------CCTHHHHHHTSS----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---hhhhhcccccccchHHHHHc----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000000111111 233333 3556666666666666777888899999987 699999999999999999999
Q ss_pred HHHhhhhhhccc--CchHHHHHhhHHHH-HHHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHHHhhcccccccccc
Q 040949 324 STLVSIYAVDKV--GRRKLLLQACVQMF-ISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLI 400 (490)
Q Consensus 324 ~~~~~g~l~d~~--g~r~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 400 (490)
+.++.+++.||+ ++|+.+..+..+.. ++.+++... +..+.+.......+.+.+.. ...+....+
T Consensus 304 ~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~ 370 (451)
T 1pw4_A 304 GTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMN------------PAGNPTVDMICMIVIGFLIY-GPVMLIGLH 370 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC------------CTTCHHHHHHHHHHHHHHHT-HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------------cccCHHHHHHHHHHHHHHHh-chHHHHHHH
Confidence 999999999999 99988876665554 333322210 11233334444444444333 234444567
Q ss_pred ccccCCccchhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q 040949 401 PSETFPLETRTAGFAFAVSSNMF-FTFLIAQAFLSMMCHMRAYIFFFFAGWILVMGLFALFLL 462 (490)
Q Consensus 401 ~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 462 (490)
..|.+|++.|+++.|+.+....+ +..++|.+.|.+.+..++...+...+++.+.+.+.....
T Consensus 371 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 371 ALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 78999999999999999999999 999999999999998886655555444444444444433
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=3.8e-36 Score=292.13 Aligned_cols=370 Identities=10% Similarity=0.073 Sum_probs=274.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhcchhcccccccchHHHHhhhhhhhhhhcccccccccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 040949 14 YVVVCWILAAFGGLMFGYDIGISGGVTAMDDFLIKFFPEVYKRKLHAREDNYCKYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVASK 93 (490)
Q Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~ 93 (490)
+.+....++++..+..+++....++.. |.+ .+++|+|..+.|++.+.+.+++.++++++|+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~-----------------~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~ 83 (438)
T 3o7q_A 23 SYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILL--PQF-----------------QQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGI 83 (438)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHH-----------------HHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHH
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHH--HHH-----------------HHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHH
Confidence 344555566666777777776655442 222 2335889999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHH---hhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHHhhhcCCCCccchHHhHHHHHHH
Q 040949 94 VCTKFGRKPTILVASSFFLAGAGIS---SGALNIWMLIIGRILLGIGVGFGNEAVPLFLSEIAPVQHRGAVNILFQLFVT 170 (490)
Q Consensus 94 l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 170 (490)
++||+|||++++++.++.+++.+++ +++++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.+
T Consensus 84 l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 163 (438)
T 3o7q_A 84 LMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNS 163 (438)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999 8889999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhcccCCCc-------------------------hHHHHHhhHHHHHHHHHHhhc--ccCchhHHhhcC
Q 040949 171 IGIFLANLVNYGTAKLHPHG-------------------------WRVSLALAGVPAIFLFIGSIV--ITETPTSLIERG 223 (490)
Q Consensus 171 ~G~~i~~~~~~~~~~~~~~~-------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~esp~~~~~~~ 223 (490)
+|.++++.++..... +..+ ||+.|++.+++.++..+..++ .||+++.. +
T Consensus 164 ~g~~~g~~~~~~l~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~---~ 239 (438)
T 3o7q_A 164 FGAIIAVVFGQSLIL-SNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN---H 239 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTHHHH-TSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC---C
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHh-cccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc---c
Confidence 999999999544331 2222 999998877776665444333 46654210 0
Q ss_pred ChHHHHHHHHHhhCchhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHhcccCCCchHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHH-HHH
Q 040949 224 NEVAGHKALKKIRGVEDVNAEYEQIKLASDIARQVKHPFKELMKRSSMPPLIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVL-FQT 302 (490)
Q Consensus 224 ~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 302 (490)
+++ ++++.+.++++++++ +.++...+..+...........+.|.+ +++
T Consensus 240 ~~~---------------------------~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 288 (438)
T 3o7q_A 240 SDA---------------------------KQGSFSASLSRLARI----RHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEE 288 (438)
T ss_dssp CCS---------------------------STTSHHHHHHHHTTC----SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccc---------------------------cccchhhhHHHHHhC----hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Confidence 000 001112234455554 334444455555555567777888998 877
Q ss_pred c-CCCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcccCchHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHH
Q 040949 303 V-GFKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKVGRRKLLLQACVQMFISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFL 381 (490)
Q Consensus 303 ~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 381 (490)
. |++..+++.......++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+..++.+++.. . ++.+ ....
T Consensus 289 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~-~~~~-~~~~ 353 (438)
T 3o7q_A 289 IPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF-------------A-GGHV-GLIA 353 (438)
T ss_dssp STTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------C-CHHH-HHHH
T ss_pred cCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------c-CCcH-HHHH
Confidence 6 999999999999999999999999999999999999988887777666555443 1 1222 2333
Q ss_pred HHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHHH
Q 040949 382 VCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSSNMFFTFLIAQAFLSMMCHMR-AYIFFFFAGWILVMG 455 (490)
Q Consensus 382 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~ 455 (490)
..+.+.+.+ ...+....+..|.+|++ ++++.++.. .+.+++.++|.+.|.+.+..+ +...+...+++.+..
T Consensus 354 ~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (438)
T 3o7q_A 354 LTLCSAFMS-IQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVI 425 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHT-THHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344444444 33556677777889866 888888776 677999999999999999988 554444444444333
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=3.9e-33 Score=274.92 Aligned_cols=396 Identities=13% Similarity=0.055 Sum_probs=253.1
Q ss_pred ccccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhh-hcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhh
Q 040949 63 DNYCKYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVASKVCTK-FGRKPTILVASSFFLAGAGISSGALNIWMLIIGRILLGIGVGFG 141 (490)
Q Consensus 63 ~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~ 141 (490)
++++|+|..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+..
T Consensus 46 ~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~ 125 (491)
T 4aps_A 46 TGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFL 125 (491)
T ss_dssp HTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 45679999999999999999999999999999999 89999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhHHHHhhhcCCCCc--cchHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc-cCch--
Q 040949 142 NEAVPLFLSEIAPVQH--RGAVNILFQLFVTIGIFLANLVNYGTAKLHPHGWRVSLALAGVPAIFLFIGSIVI-TETP-- 216 (490)
Q Consensus 142 ~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~esp-- 216 (490)
.+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.++.. ..+..+||+.|++.++..++..+..++. |+..
T Consensus 126 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~--l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 203 (491)
T 4aps_A 126 KPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGA--AQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDP 203 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCS
T ss_pred cchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccc
Confidence 9999999999999988 7778888999999999999999544 3444689999999877766654443322 2211
Q ss_pred --hHHhhcCChHHHHHHHHH----------------hhCchhhHHHHHH---H---HHHHHHHhhcccchHHhcccCCCc
Q 040949 217 --TSLIERGNEVAGHKALKK----------------IRGVEDVNAEYEQ---I---KLASDIARQVKHPFKELMKRSSMP 272 (490)
Q Consensus 217 --~~~~~~~~~~~a~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~---~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (490)
+....+.+.++.++..+. ..+..+.++.... . ..........+....+. +.++..
T Consensus 204 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 282 (491)
T 4aps_A 204 HYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTS-TEHLRV 282 (491)
T ss_dssp CCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------C
T ss_pred cccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccH-HHHHHH
Confidence 000111122333332222 0010000000000 0 00000000000000000 011111
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHHHc-CCCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcccCchHHHH-----HhhH
Q 040949 273 PLIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTV-GFKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKVGRRKLLL-----QACV 346 (490)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~-----~~~~ 346 (490)
...+...+..+.....+.....+.|.+.++. +.+..+.+.......++.+++.++.+++.||++||+... .+..
T Consensus 283 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~ 362 (491)
T 4aps_A 283 VSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLM 362 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHH
Confidence 1122223233333334455566677777664 777667778888888889999999999999999986544 4444
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 040949 347 QMFISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSSNMFFTF 426 (490)
Q Consensus 347 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 426 (490)
+.+++...+....... ......+.+.......+.+.+.. ...+....++.|.+|++.|+++.|+.+....+|..
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ 436 (491)
T 4aps_A 363 FAGLSFLLMAIPGALY-----GTSGKVSPLWLVGSWALVILGEM-LISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSA 436 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTTHHHHHHC-----CCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhc-----CCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4444444433321100 00011233344444444444444 33556677889999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCC
Q 040949 427 LIAQAFLSMMCHMRAYIFFFFAGWILVMGLFALFLLPETKG 467 (490)
Q Consensus 427 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 467 (490)
+++.+.+.+.+......+...+.+..+.+++.+...++.++
T Consensus 437 i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (491)
T 4aps_A 437 LNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQG 477 (491)
T ss_dssp HHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC------
T ss_pred HHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999988876554555555566555555555555554443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=5.2e-34 Score=271.12 Aligned_cols=336 Identities=14% Similarity=0.113 Sum_probs=253.6
Q ss_pred ccccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhh
Q 040949 63 DNYCKYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVASKVCTKFGRKPTILVASSFFLAGAGISSGALNIWMLIIGRILLGIGVGFGN 142 (490)
Q Consensus 63 ~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~ 142 (490)
.+++|.|+++.+++.+.+.++..+++++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.+++++++.+++.|++.|++.+...
T Consensus 27 ~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~ 106 (375)
T 2gfp_A 27 ARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGG 106 (375)
T ss_dssp HTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 34468899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHhhhcCCCCccchHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCchHHHHHhhHHHHHHHHH-HhhcccCchhHHhh
Q 040949 143 EAVPLFLSEIAPVQHRGAVNILFQLFVTIGIFLANLVNYGTAKLHPHGWRVSLALAGVPAIFLFI-GSIVITETPTSLIE 221 (490)
Q Consensus 143 ~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~esp~~~~~ 221 (490)
+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.++ ....+..+||+.|++.+++.++..+ ..+++||+|++..+
T Consensus 107 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~--~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 184 (375)
T 2gfp_A 107 VMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIG--GLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP 184 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC
T ss_pred hhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHH--HHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc
Confidence 99999999999999999999999999999999999994 4444556899999998888777665 45567887642100
Q ss_pred cCChHHHHHHHHHhhCchhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHhcccCCCchHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHH
Q 040949 222 RGNEVAGHKALKKIRGVEDVNAEYEQIKLASDIARQVKHPFKELMKRSSMPPLIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQ 301 (490)
Q Consensus 222 ~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (490)
+ ++.+.++++.+|+ +.++...+..+...........+.|.+++
T Consensus 185 ~---------------------------------~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 227 (375)
T 2gfp_A 185 R---------------------------------TRLLTSYKTLFGN----SGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMG 227 (375)
T ss_dssp C---------------------------------CCTTTCSTHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSH
T ss_pred c---------------------------------ccHHHHHHHHhcC----cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 0 1112334445544 33444444455555556677788888877
Q ss_pred H-cCCCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcccCchHHHHHhhHH-HHHHHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHH
Q 040949 302 T-VGFKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKVGRRKLLLQACVQ-MFISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVV 379 (490)
Q Consensus 302 ~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 379 (490)
+ .|.++.+.+.......++.+++.++.+++.||.+++. ..+... ...+...+..... ...+.+...
T Consensus 228 ~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~ 295 (375)
T 2gfp_A 228 AVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICCLLAGLLMWIPDWF----------GVMNVWTLL 295 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHHHHTSSSSSHHHHH----------HHHHHHHHH
T ss_pred HHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHhhh----------ccccHHHHH
Confidence 6 6888899999999999999999999999999988732 222222 1111111111100 112333334
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHHHHH
Q 040949 380 FLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSSNMFFTFLIAQAFLSMMCHMRAYIFFFFAGWI 451 (490)
Q Consensus 380 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 451 (490)
....+.+.+.+. ..+....+..|..| +.|+++.|+.+....++..++|.+.+.+.+..++...+....+.
T Consensus 296 ~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 365 (375)
T 2gfp_A 296 VPAALFFFGAGM-LFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLMG 365 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH-TSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHH-hhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHHH
Confidence 444555555443 35566677789998 89999999999999999999999999998876665555544333
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.97 E-value=6.3e-29 Score=246.91 Aligned_cols=395 Identities=11% Similarity=0.080 Sum_probs=220.4
Q ss_pred CCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-hHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh
Q 040949 67 KYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVASKVCTKF-GRKPTILVASSFFLAGAGISSGAL-NIWMLIIGRILLGIGVGFGNEA 144 (490)
Q Consensus 67 ~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~ 144 (490)
++|..+.|++.+.+.++..+++++.|+++||+ |||+++..+.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+.
T Consensus 50 ~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~ 129 (524)
T 2xut_A 50 ELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPL 129 (524)
T ss_dssp STTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred ccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchh
Confidence 38999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 9999999999999999999999
Q ss_pred HHHHhhhcCCCCccchHHhH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc-cCchhHHh
Q 040949 145 VPLFLSEIAPVQHRGAVNIL---FQLFVTIGIFLANLVNYGTAKLHPHGWRVSLALAGVPAIFLFIGSIVI-TETPTSLI 220 (490)
Q Consensus 145 ~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~i~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~esp~~~~ 220 (490)
..+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..++|.++ ....+..+||+.|++.+++.++..+..++. |+.++...
T Consensus 130 ~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~--~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 207 (524)
T 2xut_A 130 VSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSM--PLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPP 207 (524)
T ss_dssp HHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS--THHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC-
T ss_pred HHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCC
Confidence 99999999999999877666 8999999999999984 444445799999999888776655544432 22110000
Q ss_pred hcCChHHHHHHHHH-hhCch-hhHH--HHHHHHHH------------------------HHHHhhcccchHHh------c
Q 040949 221 ERGNEVAGHKALKK-IRGVE-DVNA--EYEQIKLA------------------------SDIARQVKHPFKEL------M 266 (490)
Q Consensus 221 ~~~~~~~a~~~~~~-~~~~~-~~~~--~~~~~~~~------------------------~~~~~~~~~~~~~~------~ 266 (490)
++++..+..+.+.. .++.. +.+. ........ ...+++.+.++.+. .
T Consensus 208 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (524)
T 2xut_A 208 EPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSH 287 (524)
T ss_dssp -------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSC
T ss_pred CCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccc
Confidence 00000011111000 00000 0000 00000000 00011111222111 0
Q ss_pred ---ccCCCchHH--HHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHHHcCCCC-chhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhh----cccC
Q 040949 267 ---KRSSMPPLI--IGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTVGFKN-DASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAV----DKVG 336 (490)
Q Consensus 267 ---~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----d~~g 336 (490)
+....++.. .............+.......+.+..+.+.+. ...+.......++.+++..+.+++. ||.+
T Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 367 (524)
T 2xut_A 288 PDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMG 367 (524)
T ss_dssp CSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC---------
T ss_pred cHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcC
Confidence 001111211 11111111111111222222333333333322 2355555555566666666666654 4443
Q ss_pred c----hHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhh
Q 040949 337 R----RKLLLQACVQMFISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTA 412 (490)
Q Consensus 337 ~----r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~ 412 (490)
+ ++.+..+..+.+++.+.+.... .........+.+.......+.+.+.+ ...+....+..|..|++.|++
T Consensus 368 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~ 441 (524)
T 2xut_A 368 VKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQ-----LMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEV-LVSATGLEFAYSQAPKAMKGT 441 (524)
T ss_dssp ---CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTT-----TTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHTTTHHHHCCTTCCTT
T ss_pred CCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhCcHHHHhH
Confidence 2 2344444444444433332110 00000001233334444444444443 335566777889999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhh------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCC
Q 040949 413 GFAFAVSSNMFFTFLIAQAFLSMMCHMR------------AYIFFFFAGWILVMGLFALFLLPETKGVP 469 (490)
Q Consensus 413 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 469 (490)
++|+.+....+|+.++|.+.+.+.+..+ ...+++.+++.++..++.+...++.++++
T Consensus 442 ~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 510 (524)
T 2xut_A 442 IMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSYQMQD 510 (524)
T ss_dssp THHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccch
Confidence 9999999999999999999998876321 11144444444444444444455554443
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=8.6e-29 Score=238.09 Aligned_cols=357 Identities=13% Similarity=0.040 Sum_probs=217.5
Q ss_pred ccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHH---HHHhhhhhH-HHHHHHHHHhhhhhhh
Q 040949 65 YCKYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVASKVCTKFGRKPTILVASSFFLAGA---GISSGALNI-WMLIIGRILLGIGVGF 140 (490)
Q Consensus 65 ~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~-~~l~~~r~l~G~~~~~ 140 (490)
++|+|..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++..+.+++. ....+.+.. ..+...+++.|++.+.
T Consensus 37 ~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 116 (417)
T 2cfq_A 37 INHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGF 116 (417)
T ss_dssp TTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTH
T ss_pred HhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 357899999999999999999999999999999999999999888776532 222333322 1244567777776665
Q ss_pred hhhhHHHHhhhcCCC--CccchHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcccCchhH
Q 040949 141 GNEAVPLFLSEIAPV--QHRGAVNILFQLFVTIGIFLANLVNYGTAKLHPHGWRVSLALAGVPAIFLFIGSIVITETPTS 218 (490)
Q Consensus 141 ~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~esp~~ 218 (490)
..+.....+.++.++ ++|+...+....+.++|..++|.++..... .+||+.|++.++..++..+..++.+|+|+.
T Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~---~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 193 (417)
T 2cfq_A 117 CFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT---INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPS 193 (417)
T ss_dssp HHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH---HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSC
T ss_pred HHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccc
Confidence 555444445555433 455777778877788899999988544432 479999998877755555555554443311
Q ss_pred HhhcCChHHHHHHHHHhhCchhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccchHHhcccCCCchHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHH
Q 040949 219 LIERGNEVAGHKALKKIRGVEDVNAEYEQIKLASDIARQVKHPFKELMKRSSMPPLIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPV 298 (490)
Q Consensus 219 ~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 298 (490)
..++++.++ .+ .++....++++.+++ +.++...+..+.....+.....+.|.
T Consensus 194 ~~~~~~~~~----------~~--------------~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 245 (417)
T 2cfq_A 194 SATVANAVG----------AN--------------HSAFSLKLALELFRQ----PKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFAN 245 (417)
T ss_dssp SSCSSSSSS----------SC--------------CCCCCHHHHHHHTTC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccccccc----------cc--------------cccccHHHHHHHhcC----CchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000000000 00 000001122344443 22333333322222233344455677
Q ss_pred HHHHc-C---CCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcccCchHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccCcccchh
Q 040949 299 LFQTV-G---FKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKVGRRKLLLQACVQMFISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQ 374 (490)
Q Consensus 299 ~~~~~-g---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 374 (490)
++++. + .+....+.......++.+++.++.++++||++||+.+..+..+.++..+.+.. ..+
T Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~--------------~~~ 311 (417)
T 2cfq_A 246 FFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSF--------------ATS 311 (417)
T ss_dssp HHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--------------CCS
T ss_pred HHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------------hcc
Confidence 76553 3 22344566777777888899999999999999999888776666555433321 112
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHH
Q 040949 375 AGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFA-VSSNMFFTFLIAQAFLSMMCHMRAYIFFFFAGWILV 453 (490)
Q Consensus 375 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 453 (490)
.+..+....+...+.. ...+..+.++.|.+|++.|+++.++. +....+|+.++|.+.|.+.+..++...+...++..+
T Consensus 312 ~~~~~~~~~l~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l 390 (417)
T 2cfq_A 312 ALEVVILKTLHMFEVP-FLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVAL 390 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTTHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 2223232222232222 12233456778999999999999984 788889999999999999988775544444444433
Q ss_pred HH-HHHHhhcccCCC
Q 040949 454 MG-LFALFLLPETKG 467 (490)
Q Consensus 454 ~~-~~~~~~~~~~~~ 467 (490)
.+ ++.+...+|+++
T Consensus 391 ~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 391 GFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 33 333444454443
No 8
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.46 E-value=5.2e-13 Score=129.02 Aligned_cols=152 Identities=8% Similarity=-0.068 Sum_probs=119.9
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHHHcCCCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcccCchHHHHHhhHHHHHHH
Q 040949 273 PLIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTVGFKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKVGRRKLLLQACVQMFISQ 352 (490)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 352 (490)
..+....+..+.............|.+.+++|.+..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~ 105 (438)
T 3o7q_A 26 IPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGA 105 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444444555555555677777888889999999999999999999999999999999999999999999999888887
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 040949 353 STIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSSNMFFTFLIAQAF 432 (490)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (490)
++..... ..++.+..++...+.+.+.+.. .+....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..+++.+.
T Consensus 106 ~~~~~~~-----------~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 173 (438)
T 3o7q_A 106 ALFWPAA-----------EIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCL-ETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFG 173 (438)
T ss_dssp HHHHHHH-----------HTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHhcc-----------ccccHHHHHHHHHHHHhhHHHh-hhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7763321 1234455555555555555433 445567789999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHH
Q 040949 433 LSMM 436 (490)
Q Consensus 433 ~~~~ 436 (490)
+.+.
T Consensus 174 ~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 174 QSLI 177 (438)
T ss_dssp THHH
T ss_pred HHHH
Confidence 9988
No 9
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.41 E-value=3.7e-12 Score=123.44 Aligned_cols=146 Identities=16% Similarity=0.072 Sum_probs=125.5
Q ss_pred ccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh--cchhHHHHHHHHHH-HHHHHHhhh--hhHHHHHHHHHHhhhhhh
Q 040949 65 YCKYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVASKVCTKF--GRKPTILVASSFFL-AGAGISSGA--LNIWMLIIGRILLGIGVG 139 (490)
Q Consensus 65 ~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~--Grr~~l~~~~~~~~-~~~~~~~~~--~~~~~l~~~r~l~G~~~~ 139 (490)
.+|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..+.. ++.++..+. .+.+.+.+.-++.|++.+
T Consensus 282 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 361 (451)
T 1pw4_A 282 VKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIY 361 (451)
T ss_dssp BSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred hcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 3588999999999999999999999999999999 99999988877776 677776666 377888888999999999
Q ss_pred hhhhhHHHHhhhcCCCCccchHHhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhcccCCCchHHHHHhhHHHHHHHHHHhhcc
Q 040949 140 FGNEAVPLFLSEIAPVQHRGAVNILFQLFVTI-GIFLANLVNYGTAKLHPHGWRVSLALAGVPAIFLFIGSIVI 212 (490)
Q Consensus 140 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~i~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 212 (490)
...+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..++|.+. ....+..||+..|++.++..++..+..+++
T Consensus 362 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~--g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 362 GPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIV--GYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred chHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999 999999994 444455689999999888777765555443
No 10
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.38 E-value=2.8e-12 Score=125.87 Aligned_cols=170 Identities=12% Similarity=0.099 Sum_probs=126.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHHH------cCCCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcc-cCchHHHHHhhH
Q 040949 274 LIIGVLLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQT------VGFKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDK-VGRRKLLLQACV 346 (490)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~g~r~~~~~~~~ 346 (490)
..+......+.....++....+.+.++++ .|.+..+.++..+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+..
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~ 93 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGV 93 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHH
Confidence 34445555555555566666677777754 79999999999999999999999999999999 899999999888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccc--hhhHHHHHHHHHHHH
Q 040949 347 QMFISQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLET--RTAGFAFAVSSNMFF 424 (490)
Q Consensus 347 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (490)
+..++.++... .++.+..++...+.+.+.+. ..+....++.|.+|++. |+.+.+..+....+|
T Consensus 94 ~~~~~~~~~~~--------------~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g 158 (491)
T 4aps_A 94 LIMLGHIVLAL--------------PFGASALFGSIILIIIGTGF-LKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLG 158 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHS--------------CCSTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH--------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHH
Confidence 88777766543 23444455555555555443 34556677889999988 777888889999999
Q ss_pred HHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 040949 425 TFLIAQAFLSMMCHMRAYIFFFFAGWILVMGLFA 458 (490)
Q Consensus 425 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 458 (490)
..++|.+.+.+.+..++...+...++..+.+.+.
T Consensus 159 ~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~ 192 (491)
T 4aps_A 159 AFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLV 192 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999888765555554444444333
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.34 E-value=2.2e-11 Score=120.53 Aligned_cols=168 Identities=8% Similarity=0.020 Sum_probs=121.2
Q ss_pred HHHHHHHhhchhhHHHhHHHHHH-HcC------CCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhccc-CchHHHHHhhHHHHH
Q 040949 279 LLQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQ-TVG------FKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKV-GRRKLLLQACVQMFI 350 (490)
Q Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-g~r~~~~~~~~~~~~ 350 (490)
.+..+.....++....+++.+++ +.| ++..+.+...+...++..++.++.|+++||+ |||+.+..+..+..+
T Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~ 97 (524)
T 2xut_A 18 IASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCV 97 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHH
Confidence 33344444445566677777765 468 9999999999999999999999999999999 999999888887777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhhHHHH---HHHHHHHHHHH
Q 040949 351 SQSTIGGMLLVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAF---AVSSNMFFTFL 427 (490)
Q Consensus 351 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~ 427 (490)
+.++... ...+.+..++...+.+.+.+ ...+...+++.|.+|++.|+++.+. .+....+|..+
T Consensus 98 ~~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 163 (524)
T 2xut_A 98 GHAFLAI-------------FEHSVQGFYTGLFLIALGSG-GIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFF 163 (524)
T ss_dssp HHHHHHH-------------TSSCHHHHHHHHHHHHHHHH-TTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHH-------------hcccHHHHHHHHHHHHHhcc-ccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7666554 11134444445555555544 3355667778999999999876666 88889999999
Q ss_pred HHHHhHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 040949 428 IAQAFLSMMCHMRAYIFFFFAGWILVMGLFALF 460 (490)
Q Consensus 428 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 460 (490)
+|.+.+.+.+..++...+...++..+.+.+...
T Consensus 164 g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 164 ASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999998877766555554444444444333
No 12
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.32 E-value=4.6e-12 Score=121.41 Aligned_cols=146 Identities=14% Similarity=0.162 Sum_probs=121.5
Q ss_pred CchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhHHHH
Q 040949 69 DNQILQLFTSSLYLAALFASFVASKVCTKFGRKPTILVASSFFLAGAGISSGALNIWMLIIGRILLGIGVGFGNEAVPLF 148 (490)
Q Consensus 69 s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~ 148 (490)
+..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+.+++.++.++.++.+.+++..++.+++.+...+....+
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKY 336 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 35567888888899999999999999999999999999999988888888888888888888888898887777888899
Q ss_pred hhhcCCCCccchHHhH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCCCchHHHHHhhHHHHHHHHHH-hhcccCch
Q 040949 149 LSEIAPVQHRGAVNIL-FQLFVTIGIFLANLVNYGTAKLHPHGWRVSLALAGVPAIFLFIG-SIVITETP 216 (490)
Q Consensus 149 i~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~i~~~~~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~esp 216 (490)
+.|.+|++.|+++.+. ++....+|..++|.+++ ...+..|++..|.+.+++.++..+. ..+.||.+
T Consensus 337 ~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G--~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 337 ITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAG--NMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHH--THHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHH--HHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 9999999999999998 48888899999999954 4444568889998888877776554 34466654
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.32 E-value=4.3e-12 Score=119.83 Aligned_cols=173 Identities=12% Similarity=0.014 Sum_probs=127.3
Q ss_pred HHHHHHhhchhhHHHhHHHHHHHcCCCCchhHHHHHHHhHHHHHHHHhhhhhhcccCchHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHH
Q 040949 280 LQVFQQFTGINAIMFYAPVLFQTVGFKNDASLLSSVITGTVNVLSTLVSIYAVDKVGRRKLLLQACVQMFISQSTIGGML 359 (490)
Q Consensus 280 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 359 (490)
+..+.............|.+.++.|.+..+.+...+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+.....
T Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 85 (375)
T 2gfp_A 7 LLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTT- 85 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Confidence 3334444445566667788888889999999999999999999999999999999999999998888888877766542
Q ss_pred HHhhccccCcccchhhHHHHHHHHHHHHHhhccccccccccccccCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhh
Q 040949 360 LVHLKATSNTLTTTQAGFVVFLVCLFVMAFAWSWGPLGWLIPSETFPLETRTAGFAFAVSSNMFFTFLIAQAFLSMMCHM 439 (490)
Q Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 439 (490)
++.+..+....+.+.+.+ ...+....++.|.+|+++|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.+..
T Consensus 86 -------------~~~~~l~~~~~l~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~ 151 (375)
T 2gfp_A 86 -------------SSLTVLIAASAMQGMGTG-VGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMW 151 (375)
T ss_dssp -------------HHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHH
T ss_pred -------------ccHHHHHHHHHHHHHHHH-hhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhc
Confidence 233444444444444433 335566677789999999999999999999999999999999988877
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhcccCCC
Q 040949 440 RAYIFFFFAGWILVMGLF-ALFLLPETKG 467 (490)
Q Consensus 440 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~ 467 (490)
++...+...++..+...+ .....||+++
T Consensus 152 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 180 (375)
T 2gfp_A 152 NWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRP 180 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCST
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCC
Confidence 766554444443333333 4455565543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.08 E-value=1.1e-09 Score=107.18 Aligned_cols=149 Identities=18% Similarity=0.085 Sum_probs=105.6
Q ss_pred CCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-----hHHHHHH-HHHHhhhhhhh
Q 040949 67 KYDNQILQLFTSSLYLAALFASFVASKVCTKFGRKPTILVASSFFLAGAGISSGAL-----NIWMLII-GRILLGIGVGF 140 (490)
Q Consensus 67 ~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~l~~-~r~l~G~~~~~ 140 (490)
+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+..+... +...+.. .-+..+++. .
T Consensus 308 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~ 386 (491)
T 4gc0_A 308 GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAM-S 386 (491)
T ss_dssp SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHT-T
T ss_pred CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHh-H
Confidence 44566667777788888899999999999999999999999888888776665431 1222222 222222322 2
Q ss_pred hhhhHHHHhhhcCCCCccchHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc----cCCCchHHHHHhhHHHHHHHHHH-hhcccCc
Q 040949 141 GNEAVPLFLSEIAPVQHRGAVNILFQLFVTIGIFLANLVNYGTAK----LHPHGWRVSLALAGVPAIFLFIG-SIVITET 215 (490)
Q Consensus 141 ~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~~~~~~~~----~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~es 215 (490)
..+....+.+|.+|.+.|++++++......+|..+++.+...... ....++...|++.++++++..+. ++++|||
T Consensus 387 ~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PET 466 (491)
T 4gc0_A 387 WGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPET 466 (491)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCC
Confidence 456778899999999999999999999999998888766322211 11134566788888887776554 5679998
Q ss_pred h
Q 040949 216 P 216 (490)
Q Consensus 216 p 216 (490)
.
T Consensus 467 k 467 (491)
T 4gc0_A 467 K 467 (491)
T ss_dssp T
T ss_pred C
Confidence 5
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=74.40 E-value=56 Score=30.44 Aligned_cols=43 Identities=5% Similarity=-0.144 Sum_probs=24.6
Q ss_pred hhhhhhhhHHHHhhhcCCCCccchHHhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 040949 137 GVGFGNEAVPLFLSEIAPVQHRGAVNILFQLFVTIGIFLANLV 179 (490)
Q Consensus 137 ~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~~ 179 (490)
..+................++|.+..........+-.++...+
T Consensus 137 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~l~~~ 179 (460)
T 3mkt_A 137 IFAVPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLNIPLNWI 179 (460)
T ss_dssp GGHHHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3333444444555666767777777777666665555444433
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=55.79 E-value=4.9 Score=19.13 Aligned_cols=14 Identities=43% Similarity=0.674 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhhhhhhhhcchhH
Q 040949 90 VASKVCTKFGRKPT 103 (490)
Q Consensus 90 ~~G~l~dr~Grr~~ 103 (490)
+.|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35889999999865
No 17
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=28.81 E-value=62 Score=17.20 Aligned_cols=13 Identities=38% Similarity=0.613 Sum_probs=8.2
Q ss_pred HHHHhhcccCchh
Q 040949 205 LFIGSIVITETPT 217 (490)
Q Consensus 205 ~~~~~~~~~esp~ 217 (490)
.+....+++|.||
T Consensus 16 iiFFAI~FRePPr 28 (32)
T 3arc_T 16 LFFFAIFFREPPR 28 (32)
T ss_dssp HHHHHHHTSCCCC
T ss_pred HHHHhhhhcCCCC
Confidence 3444566788884
No 18
>3zux_A Transporter, ASBTNM; transport protein, membrane protein; HET: TCH LDA PTY; 2.20A {Neisseria meningitidis} PDB: 3zuy_A*
Probab=22.71 E-value=4e+02 Score=23.55 Aligned_cols=6 Identities=17% Similarity=-0.197 Sum_probs=2.3
Q ss_pred hhhhhc
Q 040949 328 SIYAVD 333 (490)
Q Consensus 328 ~g~l~d 333 (490)
.|.+.+
T Consensus 181 lG~l~r 186 (332)
T 3zux_A 181 LGLIVH 186 (332)
T ss_dssp HHHHHH
T ss_pred HHHHHH
Confidence 344333
No 19
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=20.51 E-value=2.2e+02 Score=23.10 Aligned_cols=24 Identities=21% Similarity=0.254 Sum_probs=16.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcch
Q 040949 78 SSLYLAALFASFVASKVCTKFGRK 101 (490)
Q Consensus 78 s~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~Grr 101 (490)
.-|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 100 gGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 100 GGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 356666777777777777776543
Done!