Query 045448
Match_columns 1756
No_of_seqs 187 out of 200
Neff 4.3
Searched_HMMs 13730
Date Mon Mar 25 23:42:34 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/045448.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/scop70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_scop/045448hhsearch_scop -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Sery 38.5 91 0.0067 28.4 10.6 64 332-395 30-94 (110)
2 d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Sery 26.0 1.5E+02 0.011 26.9 9.7 69 378-452 27-95 (110)
3 d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin 24.7 2.4E+02 0.017 25.4 13.1 38 421-458 65-102 (107)
4 d1fioa_ a.47.2.1 (A:) Sso1 {Ba 22.6 3E+02 0.022 25.8 19.3 34 485-518 156-189 (196)
5 d1ez3a_ a.47.2.1 (A:) Syntaxin 19.8 3.1E+02 0.022 24.9 11.0 72 708-780 49-120 (124)
6 d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin 19.6 3E+02 0.022 24.7 12.9 38 323-360 65-102 (107)
7 d1gqea_ e.38.1.1 (A:) Polypept 17.6 5.1E+02 0.037 28.1 13.6 61 181-248 4-64 (362)
8 d1quua2 a.7.1.1 (A:125-248) al 15.5 1E+02 0.0075 27.8 6.0 81 762-842 40-120 (124)
9 d1ez3a_ a.47.2.1 (A:) Syntaxin 11.7 4.9E+02 0.036 23.4 12.1 103 183-285 10-118 (124)
10 d1qvra2 c.37.1.20 (A:149-535) 11.1 8.2E+02 0.06 26.4 13.0 116 325-450 234-362 (387)
No 1
>d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Seryl-tRNA synthetase (SerRS) {Thermus thermophilus, strain hb27 [TaxId: 274]}
Probab=38.51 E-value=91 Score=28.39 Aligned_cols=64 Identities=16% Similarity=0.206 Sum_probs=27.3
Q ss_pred HHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh-hhHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 045448 332 ISLAEENAGMLNEQTEKAETEVKALKQALTGLN-EEKEAIAFRYDQCLDKIAQMESEIFNAQEHA 395 (1756)
Q Consensus 332 Is~lEe~v~slnqrierle~Ei~~LkqEL~~Le-eEKeal~l~y~q~lekIseLE~ELseaeeev 395 (1756)
|..+....+.+..+++.++.+...+-+++.++. ++++.+..........|..++.++..++..+
T Consensus 30 i~~ld~~rr~l~~~~e~l~~~rN~~sk~i~k~~~~~~~~l~~~~k~lk~~i~~le~~~~~~~~~l 94 (110)
T d1seta1 30 LLALDREVQELKKRLQEVQTERNQVAKRVPKAPPEEKEALIARGKALGEEAKRLEEALREKEARL 94 (110)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333333444444444444444444444453322 2334444444444444444444444444443
No 2
>d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Seryl-tRNA synthetase (SerRS) {Thermus thermophilus, strain hb27 [TaxId: 274]}
Probab=25.95 E-value=1.5e+02 Score=26.87 Aligned_cols=69 Identities=14% Similarity=0.272 Sum_probs=34.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 045448 378 LDKIAQMESEIFNAQEHAKQLNSEILMGAEKLRTSEQQCVLLERANHSLQVEAESLVQKIAIKDQELSQKQRELE 452 (1756)
Q Consensus 378 lekIseLE~ELseaeeev~rLn~EiE~l~~kle~lEe~~~~Le~ele~Lq~Ele~l~eKIs~lerEL~eKqeE~e 452 (1756)
++.|-.+..+...++..++.++.+...+...+..... +....+..+...+..+|..++.++.....++.
T Consensus 27 ld~i~~ld~~rr~l~~~~e~l~~~rN~~sk~i~k~~~------~~~~~l~~~~k~lk~~i~~le~~~~~~~~~l~ 95 (110)
T d1seta1 27 LEALLALDREVQELKKRLQEVQTERNQVAKRVPKAPP------EEKEALIARGKALGEEAKRLEEALREKEARLE 95 (110)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGCCH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc------cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3455556666666666666555555555444432221 12334444555555555555555554444433
No 3
>d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin beta subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=24.71 E-value=2.4e+02 Score=25.43 Aligned_cols=38 Identities=16% Similarity=0.264 Sum_probs=19.4
Q ss_pred HhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 045448 421 RANHSLQVEAESLVQKIAIKDQELSQKQRELENLQASL 458 (1756)
Q Consensus 421 ~ele~Lq~Ele~l~eKIs~lerEL~eKqeE~e~Lqs~I 458 (1756)
.-..++...++.+...|..+...+..++.+++.++..+
T Consensus 65 e~~~~l~~~~e~l~~~i~~l~~q~~~l~~~l~~~~~~l 102 (107)
T d1fxka_ 65 ELTEELQEKLETLQLREKTIERQEERVMKKLQEMQVNI 102 (107)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34444445555555555555555555555555555444
No 4
>d1fioa_ a.47.2.1 (A:) Sso1 {Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]}
Probab=22.58 E-value=3e+02 Score=25.85 Aligned_cols=34 Identities=21% Similarity=0.281 Sum_probs=26.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHhHHHHHHHHH
Q 045448 485 EQKALTLELQNKLQKMKDMEVCNHDLEEGIEQVK 518 (1756)
Q Consensus 485 E~~~La~El~~~~~~L~~lE~~k~~l~~~~~~~~ 518 (1756)
++.....++..++..+..++.+..+|+..|..+.
T Consensus 156 ~~~~~~~~i~eR~~eI~~Ie~sI~eL~~iF~dLa 189 (196)
T d1fioa_ 156 EAKTALAEVQARHQELLKLEKSMAELTQLFNDME 189 (196)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHH
Confidence 4444556788899999999999999999887653
No 5
>d1ez3a_ a.47.2.1 (A:) Syntaxin 1A N-terminal domain {Rat (Rattus norvegicus) [TaxId: 10116]}
Probab=19.76 E-value=3.1e+02 Score=24.91 Aligned_cols=72 Identities=13% Similarity=0.163 Sum_probs=52.2
Q ss_pred hHHhhhhhhhhhhHHHHHHHHhHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhHHhHhhhhhH
Q 045448 708 TLEHSLAGANVELEGLRAKSKSLEDFCRMLKNEKSNLLNERSTLVSQLEDVEKRLGNLERRFTKLEEKYADIE 780 (1756)
Q Consensus 708 ~LE~SLSd~n~ELe~lR~K~K~lEEscq~l~~ekS~L~~Ek~~L~SQL~~~t~~l~~Le~k~t~LE~~~s~~~ 780 (1756)
-|+.-....+.--..+|.+++.|+....-..+...+ .++-.+=-+|...+...+..+-..|..++..|-+-.
T Consensus 49 ~l~~~~~~i~~~a~~ik~~Lk~l~~~~~~~~~~~~~-s~~~Rir~~q~~~L~~kf~e~m~~yq~~q~~yr~~~ 120 (124)
T d1ez3a_ 49 ELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRS-SADLRIRKTQHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERC 120 (124)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345555566777788899999998875543333333 356667788999999999999999998888776544
No 6
>d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin beta subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=19.60 E-value=3e+02 Score=24.69 Aligned_cols=38 Identities=13% Similarity=0.275 Sum_probs=22.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 045448 323 EMIYALESKISLAEENAGMLNEQTEKAETEVKALKQAL 360 (1756)
Q Consensus 323 EkIseLEkKIs~lEe~v~slnqrierle~Ei~~LkqEL 360 (1756)
+-+..|..++..++..+..++.++..++.+...++..+
T Consensus 65 e~~~~l~~~~e~l~~~i~~l~~q~~~l~~~l~~~~~~l 102 (107)
T d1fxka_ 65 ELTEELQEKLETLQLREKTIERQEERVMKKLQEMQVNI 102 (107)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 44455556666666666666666666666666666655
No 7
>d1gqea_ e.38.1.1 (A:) Polypeptide chain release factor 2 (RF2) {Escherichia coli [TaxId: 562]}
Probab=17.60 E-value=5.1e+02 Score=28.09 Aligned_cols=61 Identities=18% Similarity=0.288 Sum_probs=32.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHhhhcHHHHHhhHHHHHHHHHHHH
Q 045448 181 ADSELETLKKTLAEIEAEKEAILMQYQQSLQKFSSLERELNHAQKDAGGLDERASKADIEVKVLKEAL 248 (1756)
Q Consensus 181 aEeEIdeLQkkI~aLQTEKE~LesQyEe~keKLsElEkEIse~QKel~EL~eRA~kAE~EIqsLKetL 248 (1756)
..+.|..|++.+..|..- ..++..+.+|.+++.+++ ..++++=..++.+.-.++..|+.-+
T Consensus 4 l~~~i~eL~~rl~~Lr~~-----fDld~kk~Rl~ELE~~ls--dP~fW~D~~kAqkl~KE~s~L~~iV 64 (362)
T d1gqea_ 4 VNNRIQDLTERSDVLRGY-----LDYDAKKERLEEVNAELE--QPDVWNEPERAQALGKERSSLEAVV 64 (362)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHH-----TTHHHHHHHHHHHHHHHH--SGGGGGSHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHH-----cCHHHHHHHHHHHHHHhc--CChhhhCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344455555555444432 134666777777777665 4455544455555545555555444
No 8
>d1quua2 a.7.1.1 (A:125-248) alpha-actinin {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=15.51 E-value=1e+02 Score=27.78 Aligned_cols=81 Identities=14% Similarity=0.253 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHhHHhHhhhhhHHHHhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 045448 762 LGNLERRFTKLEEKYADIEREKESTLSQVEELRYSLTNEQLERANYVQSSESRMVDLESLVHQLQEETTLRKKEFEEELD 841 (1756)
Q Consensus 762 l~~Le~k~t~LE~~~s~~~~Eke~~~~qv~~L~~~L~~e~e~~~~~~~s~e~~l~~le~~i~~Lqee~~~~~~e~e~e~~ 841 (1756)
++.|.++|..++..+..-....+.+......|...-..........-..+..++.++......|.+....|...+++.+.
T Consensus 40 v~~ll~kh~~fe~el~~~~~~v~~l~~~~~~L~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~L~~~W~~L~~~~~~R~~~L~e~l~ 119 (124)
T d1quua2 40 IQSLITAHEQFKATLPEADGERQSIMAIQNEVEKVIQSYNIRISSSNPYSTVTMDELRTKWDKVKQLVPIRDQSLQEELA 119 (124)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCTTSCCSCTTCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchhhccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred H
Q 045448 842 K 842 (1756)
Q Consensus 842 k 842 (1756)
+
T Consensus 120 ~ 120 (124)
T d1quua2 120 R 120 (124)
T ss_dssp H
T ss_pred H
No 9
>d1ez3a_ a.47.2.1 (A:) Syntaxin 1A N-terminal domain {Rat (Rattus norvegicus) [TaxId: 10116]}
Probab=11.71 E-value=4.9e+02 Score=23.41 Aligned_cols=103 Identities=12% Similarity=0.122 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHhhhcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcHH--
Q 045448 183 SELETLKKTLAEIEAEKEAILMQYQQSLQKFSSLERELNHAQKDAGGLDERASKADIEVKVLKEALIRLEAERDAGLL-- 260 (1756)
Q Consensus 183 eEIdeLQkkI~aLQTEKE~LesQyEe~keKLsElEkEIse~QKel~EL~eRA~kAE~EIqsLKetLakLEsekdasll-- 260 (1756)
.+++.++..|..+......+...+......-.....--..+...+.+...+++..-..++.+.............+-.
T Consensus 10 ~eV~~Ir~~I~~i~~~v~~i~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~l~~~~~~i~~~a~~ik~~Lk~l~~~~~~~~~~~~~s~~~R 89 (124)
T d1ez3a_ 10 EQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSAILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLR 89 (124)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCHHHH
Q ss_pred ----HHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q 045448 261 ----QYNHCLERISTLEKMIIQAQEDSKG 285 (1756)
Q Consensus 261 ----Qyqq~lErLS~LE~~Ls~AQeelk~ 285 (1756)
|+.....++-..-.....++.+.+.
T Consensus 90 ir~~q~~~L~~kf~e~m~~yq~~q~~yr~ 118 (124)
T d1ez3a_ 90 IRKTQHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRE 118 (124)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 10
>d1qvra2 c.37.1.20 (A:149-535) ClpB, AAA+ modules {Thermus thermophilus [TaxId: 274]}
Probab=11.05 E-value=8.2e+02 Score=26.35 Aligned_cols=116 Identities=16% Similarity=0.174 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 045448 325 IYALESKISLAEENAGMLNEQTEKAETEVKALKQALTGLNEEKEAIAFRYDQCLDKIAQMESEIFNAQEHAKQLNSEILM 404 (1756)
Q Consensus 325 IseLEkKIs~lEe~v~slnqrierle~Ei~~LkqEL~~LeeEKeal~l~y~q~lekIseLE~ELseaeeev~rLn~EiE~ 404 (1756)
|+=|..-.+.......+.-..++.++.++..++.+...|..+++ ..+.+++..++.++...++....+..+...
T Consensus 234 idlld~a~a~~~i~~~s~P~el~~ler~I~qLe~E~~aL~ke~d------~~s~~rl~~le~el~~lee~~~~L~~~w~~ 307 (387)
T d1qvra2 234 IDLIDEAAARLRMALESAPEEIDALERKKLQLEIEREALKKEKD------PDSQERLKAIEAEIAKLTEEIAKLRAEWER 307 (387)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSS------HHHHSCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhccCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc------hHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHhhhHHHHHHHHHH-------------HHHHHHHHHHHHHHHH
Q 045448 405 GAEKLRTSEQQCVLLERANHSLQVEAESLV-------------QKIAIKDQELSQKQRE 450 (1756)
Q Consensus 405 l~~kle~lEe~~~~Le~ele~Lq~Ele~l~-------------eKIs~lerEL~eKqeE 450 (1756)
....+....+ |...+..+..+++... ..|..++.++......
T Consensus 308 ek~~l~~i~~----Lk~~Le~lr~~le~A~r~gd~e~AaeL~y~~ip~le~el~~l~~~ 362 (387)
T d1qvra2 308 EREILRKLRE----AQHRLDEVRREIELAERQYDLNRAAELRYGELPKLEAEVEALSEK 362 (387)
T ss_dssp HHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHTTTTCHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHhhchHHHHHHHHHHHHHH
Done!