Query 046667
Match_columns 540
No_of_seqs 456 out of 1431
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Mon Mar 25 05:04:42 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/csienesis_hhblits_a3m/046667.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/046667hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1.9E-46 6.5E-51 378.2 36.0 457 16-522 5-482 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.4E-37 4.8E-42 310.0 27.0 401 18-504 23-434 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.1E-35 3.6E-40 295.3 35.6 394 18-499 21-428 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 4.7E-32 1.6E-36 273.1 28.1 382 64-503 50-471 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 3.6E-32 1.2E-36 263.9 11.5 346 26-465 3-351 (375)
6 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 8.3E-28 2.8E-32 244.0 20.8 142 65-235 51-197 (524)
7 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 6E-28 2E-32 237.1 16.6 372 41-507 25-404 (417)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 3.5E-12 1.2E-16 126.3 19.4 171 28-235 257-432 (451)
9 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 2.3E-12 7.9E-17 127.1 16.5 187 297-503 27-229 (438)
10 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 2.4E-12 8.1E-17 129.1 13.1 173 297-502 14-195 (491)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 6.3E-12 2.1E-16 122.9 14.9 146 67-241 258-405 (417)
12 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 3.5E-11 1.2E-15 120.6 17.5 178 36-241 290-468 (491)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 4.8E-12 1.6E-16 122.0 9.3 171 304-507 8-179 (375)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 8E-11 2.7E-15 119.0 15.4 170 301-502 17-197 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 54.6 4.5 0.00015 19.5 0.8 14 87-100 2-15 (26)
16 3l1l_A Arginine/agmatine antip 31.0 2.8E+02 0.0095 26.0 10.3 16 490-505 414-429 (445)
17 3arc_T Photosystem II reaction 29.6 71 0.0024 17.2 3.2 12 231-242 18-29 (32)
18 2b6o_A Aquaporin-0, lens fiber 27.0 1.3E+02 0.0046 26.1 6.4 21 481-501 199-219 (263)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1.9e-46 Score=378.24 Aligned_cols=457 Identities=20% Similarity=0.283 Sum_probs=331.2
Q ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhc
Q 046667 16 KTQWYHFTAIIVAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYHVDGAEKPGSLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKL 95 (540)
Q Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~ 95 (540)
.++++.+.+.++++++.+.++||...++.++|.+.+++.... +.+.+.+..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+
T Consensus 5 ~~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~ 82 (491)
T 4gc0_A 5 YNSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQ--NLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRF 82 (491)
T ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGG--CCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred cChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCC--CCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 344566777788889999999999999999999988873211 111234567889999999999999999999999999
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHhhc------------------cCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchhhHHHHHhhhcC
Q 046667 96 GRKKVYGMTLMLMVICSIASGL------------------SFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYAN 157 (540)
Q Consensus 96 Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~------------------~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~ 157 (540)
|||++++++.+++.++++++++ +++ +++++++|+++|++.|+..+...++++|+.|
T Consensus 83 GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~------~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p 156 (491)
T 4gc0_A 83 GRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGY------VPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAP 156 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhh------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCC
Confidence 9999999999999999999985 455 7999999999999999999999999999999
Q ss_pred cccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCccccCCCCCcchHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhCC
Q 046667 158 KKTRGAFIAAVFAMQGFGILAGGIFALIVSSAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQADYLWRIIVMVGALPAALTYYWRMKMP 237 (540)
Q Consensus 158 ~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 237 (540)
+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+...... ......+||+.+.+..++.++.++..+++|
T Consensus 157 ~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p 221 (491)
T 4gc0_A 157 AHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDA---------------SWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVP 221 (491)
T ss_dssp GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCT---------------TTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSC
T ss_pred HHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcccccc---------------ccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCC
Confidence 99999999999999999999999988877543221 112346799999999998888888889999
Q ss_pred CChhhHHHhhccHHHHHHHHHHHHhhhchhhHhhhhh-h-hcccCCccchhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 046667 238 ETARYTALVAKNAKQAASDMSKVLQVELEAEEQKIQE-L-DRDKGNGYGLFSKEFLRRHGLHLLGTTSTWFLLDIAFYSQ 315 (540)
Q Consensus 238 esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 315 (540)
|||+|+ ..+++.+++.+..++..+++...++....+ . .++++.. .........+.........+......+..
T Consensus 222 eSp~~L-~~~~~~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 296 (491)
T 4gc0_A 222 ESPRWL-MSRGKQEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTG----GRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVV 296 (491)
T ss_dssp CCHHHH-HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT----THHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHH
T ss_pred CChHHH-HHcCchhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhh----hHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHH
Confidence 999997 444455555555555544332222111111 0 0000000 11111111122333333444444455666
Q ss_pred hhhHHHHHHHhcCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Q 046667 316 NLFQKDIFSAVGWIPSAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDKIGRFAIQMMGFFFMTVFMFALAIPYD 395 (540)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 395 (540)
..|.+.+.+..+..... .........+..+++.++++++.||+|||+.++.+.....++++.+.....
T Consensus 297 ~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~ 364 (491)
T 4gc0_A 297 LYYAPEVFKTLGASTDI------------ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFY 364 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSSCCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhcchHHHHhcCCCccc------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 67777777765543322 222455566777888889999999999999999988888887776655432
Q ss_pred ccccCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCchhhhhhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHhhccccccCCCC
Q 046667 396 HWTHKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKLGAIVGAFGFLYLAQSKDKTKTDAG 475 (540)
Q Consensus 396 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (540)
. ....+..+....+.......+..++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+.++++++++++.+++.+.+.....
T Consensus 365 ~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~----- 436 (491)
T 4gc0_A 365 T---QAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLV----- 436 (491)
T ss_dssp T---TCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHH-----
T ss_pred c---ccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----
Confidence 1 11223333333444445556677888899999999999999999999999999999999998876422100
Q ss_pred CCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcccCCCCChhhhcccccccc
Q 046667 476 YPPGIGVKNSLIVLGVVNLLGLLFTF-LVPESKGKSLEEMSGENQDEG 522 (540)
Q Consensus 476 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 522 (540)
...++...|++++++++++.++.+ ++||||+|+.+|+++..+++.
T Consensus 437 --~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f~~~~ 482 (491)
T 4gc0_A 437 --AHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALWEPET 482 (491)
T ss_dssp --HHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGTC---
T ss_pred --hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHhCCCC
Confidence 123455678888888888888776 899999999999988766543
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.4e-37 Score=310.04 Aligned_cols=401 Identities=13% Similarity=0.129 Sum_probs=293.4
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcch
Q 046667 18 QWYHFTAIIVAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYHVDGAEKPGSLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKLGR 97 (540)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~Gr 97 (540)
++.+++.+..++++.+..+++...+++.+|.+.+++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+||
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~ 91 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-----------FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNP 91 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-----------TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----------ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCc
Confidence 445677888888889999999999999999888765 567789999999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHhhc----cCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchhhHHHHHhhhcCcccchhHHHHHHHHHH
Q 046667 98 KKVYGMTLMLMVICSIASGL----SFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQG 173 (540)
Q Consensus 98 r~~~~~~~~~~~i~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 173 (540)
|++++++.++.+++.+++++ +++ ++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.+
T Consensus 92 r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~ 165 (451)
T 1pw4_A 92 RVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSS------IAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHN 165 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSS------SSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcccc------HHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999 888 69999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCccccCCCCCcc-hHHHHHhhhHHHHHHH-HHHHhCCCChhhHHHhhccHH
Q 046667 174 FGILAGGIFALIVSSAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQADYL-WRIIVMVGALPAALTY-YWRMKMPETARYTALVAKNAK 251 (540)
Q Consensus 174 ~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g-wr~~f~~~~~~~~~~~-~~~~~~~esp~~~~~~~~~~~ 251 (540)
+|.++++.+++.+.+. .+ ||+.|++.+++.++.. +..+++||+|++....+.++.
T Consensus 166 ~g~~~g~~~~~~l~~~-----------------------~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 222 (451)
T 1pw4_A 166 VGGGIPPLLFLLGMAW-----------------------FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEY 222 (451)
T ss_dssp HHHTSHHHHHHHHHHH-----------------------TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH-----------------------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhh
Confidence 9999999999987532 34 9999999887776644 445778998765211111000
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhchhhHhhhhhhhcccCCccchhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHH-hcCCC
Q 046667 252 QAASDMSKVLQVELEAEEQKIQELDRDKGNGYGLFSKEFLRRHGLHLLGTTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSA-VGWIP 330 (540)
Q Consensus 252 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~ 330 (540)
+... +.+ .++.++++.+..+.......+ .+.++...+..++....++....+.|.++++ .|+++
T Consensus 223 ~~~~----------~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~ 287 (451)
T 1pw4_A 223 KNDY----------PDD---YNEKAEQELTAKQIFMQYVLP--NKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFAL 287 (451)
T ss_dssp CCC--------------------------CCTHHHHHHTSS--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCH
T ss_pred cccc----------ccc---chhhhhcccccccchHHHHHc--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCH
Confidence 0000 000 000000111111111111111 1234445555555666677777888888766 45544
Q ss_pred cccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhc--cchhHHHHHHHHHH-HHHHHHHhcccccccCCchhHHH
Q 046667 331 SAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDKI--GRFAIQMMGFFFMT-VFMFALAIPYDHWTHKSNRLGFV 407 (540)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~--g~r~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 407 (540)
.. .........++.+++.++.+++.||+ +||+.+..+..+.. ++.+++.... .......
T Consensus 288 ~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~ 349 (451)
T 1pw4_A 288 DK------------SSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNP------AGNPTVD 349 (451)
T ss_dssp HH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCC------TTCHHHH
T ss_pred HH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc------ccCHHHH
Confidence 33 22356666778889999999999999 99988877766655 4444333321 1122233
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCchhhhhhhhHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCcchhhHH
Q 046667 408 IIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKL-GAIVGAFGFLYLAQSKDKTKTDAGYPPGIGVKNSL 486 (540)
Q Consensus 408 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~-g~~i~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~ 486 (540)
....+..+++.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+.+.++ |..++|.+.|.+.+ ..|++..|
T Consensus 350 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~-------------~~g~~~~~ 416 (451)
T 1pw4_A 350 MICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVD-------------FFGWDGGF 416 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------SSCSHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------hcCcHHHH
Confidence 33333334444444556678889999999999999999999999 99999999999985 55788899
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcc
Q 046667 487 IVLGVVNLLGLLFTFLVP 504 (540)
Q Consensus 487 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 504 (540)
++.+++.+++.++.++.+
T Consensus 417 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 417 MVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 988888888877776543
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=1.1e-35 Score=295.25 Aligned_cols=394 Identities=10% Similarity=-0.001 Sum_probs=277.8
Q ss_pred chHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcch
Q 046667 18 QWYHFTAIIVAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYHVDGAEKPGSLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKLGR 97 (540)
Q Consensus 18 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~Gr 97 (540)
+++++..+..+++..+..+++....++..|.+.+++ +.+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+||
T Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~ 90 (438)
T 3o7q_A 21 SRSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAF----------TLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSY 90 (438)
T ss_dssp -CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS----------CCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHc----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcc
Confidence 344566777777888889999999999999999999 9999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHh---hccCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchhhHHHHHhhhcCcccchhHHHHHHHHHHH
Q 046667 98 KKVYGMTLMLMVICSIAS---GLSFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGF 174 (540)
Q Consensus 98 r~~~~~~~~~~~i~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 174 (540)
|++++++.++.+++.+++ +++++ ++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++
T Consensus 91 r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 164 (438)
T 3o7q_A 91 KAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMN------YTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSF 164 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc------HHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999 88888 799999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHH-HHhhhccCCCCCCCCCccccCCCC------CcchHHHHHhhhHHHHHHHHHHHh--CCCChhhHHH
Q 046667 175 GILAGGIFALIVS-SAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQA------DYLWRIIVMVGALPAALTYYWRMK--MPETARYTAL 245 (540)
Q Consensus 175 G~~~g~~~~~~l~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~--~~esp~~~~~ 245 (540)
|.++++.+++.+. ...+.... ... ...+.+... ..+||+.|++.++..++..+..++ .||+++..
T Consensus 165 g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~-~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~-- 238 (438)
T 3o7q_A 165 GAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQ-DVL---DKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN-- 238 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCH-HHH---HHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccccccc-ccc---ccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc--
Confidence 9999999999886 22110000 000 000000000 112999998866665554444333 45544320
Q ss_pred hhccHHHHHHHHHHHHhhhchhhHhhhhhhhcccCCccchhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHH-HH
Q 046667 246 VAKNAKQAASDMSKVLQVELEAEEQKIQELDRDKGNGYGLFSKEFLRRHGLHLLGTTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDI-FS 324 (540)
Q Consensus 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~ 324 (540)
.++++++ +.+....+.++++ .++......++.....+....+.+.+ ++
T Consensus 239 ~~~~~~~------------------------~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (438)
T 3o7q_A 239 HSDAKQG------------------------SFSASLSRLARIR-------HWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVE 287 (438)
T ss_dssp CCCSSTT------------------------SHHHHHHHHTTCS-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccccc------------------------chhhhHHHHHhCh-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 0000000 0000001111211 23333444444555566666777877 66
Q ss_pred Hh-cCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCch
Q 046667 325 AV-GWIPSAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDKIGRFAIQMMGFFFMTVFMFALAIPYDHWTHKSNR 403 (540)
Q Consensus 325 ~~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 403 (540)
+. |+++.. +........++.+++.++.+++.||++||+.+..+.++..++.+++.... ..
T Consensus 288 ~~~g~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~ 348 (438)
T 3o7q_A 288 EIPGMTAGF------------AANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG-------GH 348 (438)
T ss_dssp HSTTCCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------HH
T ss_pred ccCCcchhH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC-------Cc
Confidence 64 554433 23355666778888999999999999999999888888777776665543 12
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCchhhhhhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCcchh
Q 046667 404 LGFVIIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKLGAIVGAFGFLYLAQSKDKTKTDAGYPPGIGVK 483 (540)
Q Consensus 404 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~ 483 (540)
+ ..... +..+++.....+..+++..|.+|++ ++.+.++.. .+.+|+.++|.+.|.+.+..+ +++
T Consensus 349 ~-~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g------------~~~ 412 (438)
T 3o7q_A 349 V-GLIAL-TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAG------------NIP 412 (438)
T ss_dssp H-HHHHH-HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHT------------SSG
T ss_pred H-HHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc------------chH
Confidence 2 22222 3333444445677888888999977 888888877 678999999999999996332 166
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHH
Q 046667 484 NSLIVLGVVNLLGLLF 499 (540)
Q Consensus 484 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 499 (540)
..|++.+++.++..++
T Consensus 413 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 413 TAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp GGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7777665555444433
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=4.7e-32 Score=273.06 Aligned_cols=382 Identities=10% Similarity=0.009 Sum_probs=244.2
Q ss_pred CCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccc
Q 046667 64 SLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDK-LGRKKVYGMTLMLMVICSIASGLSFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIG 142 (540)
Q Consensus 64 ~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr-~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g 142 (540)
+.+..+.+++.+++.++..+++++.|+++|| +|||+++..+.++.+++.++++++++ ++.++++|++.|++.+
T Consensus 50 ~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~l~g~~~~ 123 (491)
T 4aps_A 50 HITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFG------ASALFGSIILIIIGTG 123 (491)
T ss_dssp CSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCS------TTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh------HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8999999999999999999999999999999 89999999999999999999999988 6999999999999999
Q ss_pred cchhhHHHHHhhhcCccc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCccccCCCCCcchHHHHH
Q 046667 143 GDYPLSATIMSEYANKKT--RGAFIAAVFAMQGFGILAGGIFALIVSSAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQADYLWRIIVM 220 (540)
Q Consensus 143 ~~~~~~~~~i~e~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f~ 220 (540)
...+...+++.|++|+++ |+++.++++.+.++|..++|.+++.+.+. .|||+.|+
T Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~-----------------------~g~~~~f~ 180 (491)
T 4aps_A 124 FLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA-----------------------AGYHVAFS 180 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------------------SCHHHHHH
T ss_pred hccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----------------------hhHHHHHH
Confidence 999999999999999988 77788889999999999999999998654 34999999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhC-CCChhh---HHHhhccHHHHHHHHHH---------------HHhhh--chhhHhhh-------
Q 046667 221 VGALPAALTYYWRMKM-PETARY---TALVAKNAKQAASDMSK---------------VLQVE--LEAEEQKI------- 272 (540)
Q Consensus 221 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~esp~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~--~~~~~~~~------- 272 (540)
+.++..++..+..++. ++..+. ....+.+.++..+..+. ..... .++.....
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 260 (491)
T 4aps_A 181 LAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAI 260 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHH
Confidence 9777666554443322 211100 00011111222111111 00000 00000000
Q ss_pred --hhhhcccCCccchhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHH-hcCCCcccchhhHHHHHHHHHHHH
Q 046667 273 --QELDRDKGNGYGLFSKEFLRRHGLHLLGTTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSA-VGWIPSAKTMNAIQEVYKIARAQT 349 (540)
Q Consensus 273 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 349 (540)
.......+. ....+..+++....+......+.....+.....+.+.+..+ .+......+. ..
T Consensus 261 ~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~ 325 (491)
T 4aps_A 261 PVFYFAWMISS---VKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSW------------FQ 325 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHC---------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGG------------GT
T ss_pred HHHHHHHHhhc---ccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHH------------Hh
Confidence 000000000 00000111111122222323333334445555566666655 3443222222 34
Q ss_pred HHHHhhhhhhHHHHHHHHhhccchhHHH-----HHHHHHHHHHHHHHhcccccc-cCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCcc
Q 046667 350 LIALCSTVPGYWFTVAFIDKIGRFAIQM-----MGFFFMTVFMFALAIPYDHWT-HKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPNA 423 (540)
Q Consensus 350 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~g~r~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 423 (540)
....+..+++.++.+++.||++||+... .+..+.+++++++........ .............+..+++.....+
T Consensus 326 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~ 405 (491)
T 4aps_A 326 SLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISP 405 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTT
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhH
Confidence 4445566667778899999999986654 555555555444433211000 0111233333444444455555567
Q ss_pred ceeeeecccCchhhhhhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 046667 424 TTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKLGAIVGAFGFLYLAQSKDKTKTDAGYPPGIGVKNSLIVLGVVNLLGLLFTFLV 503 (540)
Q Consensus 424 ~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 503 (540)
..++++.|.+|++.|+++.|+.+...++|..+++.+.+.+.+ .++...|.+++++++++.++.++.
T Consensus 406 ~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~--------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 471 (491)
T 4aps_A 406 VGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA--------------KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFL 471 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG--------------SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--------------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 788899999999999999999999999999999999988863 355677888888777777766643
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.97 E-value=3.6e-32 Score=263.86 Aligned_cols=346 Identities=13% Similarity=0.085 Sum_probs=245.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHhHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcchhHHHHHHH
Q 046667 26 IVAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYHVDGAEKPGSLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKLGRKKVYGMTL 105 (540)
Q Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~ 105 (540)
..+++..+...++...+.+..|.+.+++ +.+..+.+++.+++.++..+++++.|+++||+|||+++..+.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~ 72 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDL----------NVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGM 72 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS----------SSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHc----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHH
Confidence 4566777888888899999999999999 999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhccCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchhhHHHHHhhhcCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 046667 106 MLMVICSIASGLSFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGFGILAGGIFALI 185 (540)
Q Consensus 106 ~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~ 185 (540)
++.+++.++++++++ ++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..+++.++++
T Consensus 73 ~~~~~~~~~~~~~~~------~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 146 (375)
T 2gfp_A 73 SIFMLATLVAVTTSS------LTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGL 146 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcc------HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHH
Confidence 999999999999988 79999999999999999999999999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HHHHhhhccCCCCCCCCCccccCCCCCcchHHHHHhhhHHHHHHHH-HHHhCCCChhhHHHhhccHHHHHHHHHHHHhhh
Q 046667 186 VSSAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQADYLWRIIVMVGALPAALTYY-WRMKMPETARYTALVAKNAKQAASDMSKVLQVE 264 (540)
Q Consensus 186 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 264 (540)
+.+ ..+||+.|++.++..++..+ ..+++||++++. +++
T Consensus 147 l~~-----------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~---------------- 185 (375)
T 2gfp_A 147 LDT-----------------------MWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD--APR---------------- 185 (375)
T ss_dssp SSC-----------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT--CCC----------------
T ss_pred HHH-----------------------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC--ccc----------------
Confidence 843 34599999988777766555 445678876531 000
Q ss_pred chhhHhhhhhhhcccCCccchhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHH-hcCCCcccchhhHHHHHH
Q 046667 265 LEAEEQKIQELDRDKGNGYGLFSKEFLRRHGLHLLGTTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSA-VGWIPSAKTMNAIQEVYK 343 (540)
Q Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 343 (540)
++.+.+..+.++++. ++......++.....+....+.|.++++ .|+ +. .
T Consensus 186 -----------~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~-----------~~-~ 235 (375)
T 2gfp_A 186 -----------TRLLTSYKTLFGNSG-------FNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGL-----------SS-M 235 (375)
T ss_dssp -----------CCTTTCSTHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHH-----------HH-H
T ss_pred -----------ccHHHHHHHHhcCcc-------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCC-----------CH-H
Confidence 001112223333332 2222333333333344443343333322 222 11 2
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHH-HHHHHHHHHhcccccccCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCc
Q 046667 344 IARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDKIGRFAIQMMGFFF-MTVFMFALAIPYDHWTHKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPN 422 (540)
Q Consensus 344 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~g~r~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 422 (540)
..........++.+++.++.+++.||.+++. ..+... ...+...+.... .............+..+++.....
T Consensus 236 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~ 309 (375)
T 2gfp_A 236 TVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICCLLAGLLMWIPDW----FGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLF 309 (375)
T ss_dssp HHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHHHHTSSSSSHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHhh----hccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 2333555666777888888888999887722 222222 111111101000 000122222233333334444456
Q ss_pred cceeeeecccCchhhhhhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHhh
Q 046667 423 ATTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKLGAIVGAFGFLYLAQ 465 (540)
Q Consensus 423 ~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~~~ 465 (540)
+...++..|..| +.|+++.|+.+...++|..++|.+.+.+.+
T Consensus 310 ~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 351 (375)
T 2gfp_A 310 PLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQ 351 (375)
T ss_dssp STTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 777888899998 789999999999999999999999999874
No 6
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=8.3e-28 Score=244.02 Aligned_cols=142 Identities=13% Similarity=0.172 Sum_probs=127.8
Q ss_pred CChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccC-CCCcchhhHHHHHHHHHHhhccc
Q 046667 65 LPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKL-GRKKVYGMTLMLMVICSIASGLSF-GNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIG 142 (540)
Q Consensus 65 ~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~-Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g 142 (540)
.+..+.+++.+++.++..+++++.|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ + ++.+++.|++.|++.+
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~l~g~~~~ 124 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHS------VQGFYTGLFLIALGSG 124 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSC------HHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc------HHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 8999999999999999999999999999999 999999999999999999999998 7 7999999999999999
Q ss_pred cchhhHHHHHhhhcCcccchhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCccccCCCCCcchHHHH
Q 046667 143 GDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAA---VFAMQGFGILAGGIFALIVSSAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQADYLWRIIV 219 (540)
Q Consensus 143 ~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f 219 (540)
...+...+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..+++.+++.+.+ ..+||+.|
T Consensus 125 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~-----------------------~~g~~~~f 181 (524)
T 2xut_A 125 GIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLK-----------------------NFGAAVAF 181 (524)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHH-----------------------TSCHHHHH
T ss_pred ccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----------------------cccHHHHH
Confidence 9999999999999999999877666 889999999999999988853 34599999
Q ss_pred HhhhHHHHHHHHHHHh
Q 046667 220 MVGALPAALTYYWRMK 235 (540)
Q Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (540)
++.++..++..+..++
T Consensus 182 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 182 GIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9987776665555443
No 7
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=6e-28 Score=237.10 Aligned_cols=372 Identities=14% Similarity=0.058 Sum_probs=221.9
Q ss_pred HHHHHHHh-hhhhhcccCCCCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHH---hh
Q 046667 41 CISLVTKL-LGRIYYHVDGAEKPGSLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKLGRKKVYGMTLMLMVICSIA---SG 116 (540)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~-i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~---~~ 116 (540)
...+.+|. +++++ +.+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++..+++++... +.
T Consensus 25 ~~~~~~~~~l~~~~----------g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 94 (417)
T 2cfq_A 25 AYFPFFPIWLHDIN----------HISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFI 94 (417)
T ss_dssp HHTTTHHHHHHTTT----------CCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33344444 55667 899999999999999999999999999999999999999988877553221 12
Q ss_pred ccCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchhhHHHHHhhhcCc--ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc
Q 046667 117 LSFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANK--KTRGAFIAAVFAMQGFGILAGGIFALIVSSAFNAAF 194 (540)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~~ 194 (540)
+++.. ...++..+++.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+.......+|..++|.+++++.+
T Consensus 95 ~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~------ 163 (417)
T 2cfq_A 95 FGPLL-----QYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT------ 163 (417)
T ss_dssp HHHHH-----HTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH------
T ss_pred HHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------
Confidence 22110 01234566777776665555555555555543 355767777777888999999999998853
Q ss_pred CCCCCCCCCccccCCCCCcchHHHHHhhhHHHHHHHHHHHhCCCChhhHHHhhccHHHHHHHHHHHHhhhchhhHhhhhh
Q 046667 195 KAPAYEDDPIASTAPQADYLWRIIVMVGALPAALTYYWRMKMPETARYTALVAKNAKQAASDMSKVLQVELEAEEQKIQE 274 (540)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 274 (540)
.+||+.|++.++..++..+..++.+|+++. ..+.+ ++ + +.++
T Consensus 164 ------------------~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~-~~-------------~----~~~~ 205 (417)
T 2cfq_A 164 ------------------INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPS--SATVA-NA-------------V----GANH 205 (417)
T ss_dssp ------------------HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSC--SSCSS-SS-------------S----SSCC
T ss_pred ------------------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCccccc--ccccc-cc-------------c----cccc
Confidence 249999998777655554444444433321 00000 00 0 0000
Q ss_pred hhcccCCccchhhHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhcCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 046667 275 LDRDKGNGYGLFSKEFLRRHGLHLLGTTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSAVGWIPSAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALC 354 (540)
Q Consensus 275 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 354 (540)
.+....+..+.++++. ++......+.....++....+.|.++.+. +... + .+.. ..........+
T Consensus 206 ~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~--~----~~~~-~~g~~~~~~~~ 270 (417)
T 2cfq_A 206 SAFSLKLALELFRQPK-------LWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSF-FATG--E----QGTR-VFGYVTTMGEL 270 (417)
T ss_dssp CCCCHHHHHHHTTCHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSSH--H----HHTH-HHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccHHHHHHHhcCCc-------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-Hhcc--C----CChh-HHHHHHHHHHH
Confidence 0000000011222221 12122222222222333333455555432 1110 0 0011 11224445556
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCc
Q 046667 355 STVPGYWFTVAFIDKIGRFAIQMMGFFFMTVFMFALAIPYDHWTHKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFP 434 (540)
Q Consensus 355 ~~~~~~~~~~~l~d~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p 434 (540)
+.+++.++.++++||+|||+.+..+..+.++..+.+.... +.+... +..+..++......+..+.++.|.+|
T Consensus 271 ~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~-~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p 342 (417)
T 2cfq_A 271 LNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT-------SALEVV-ILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFE 342 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC-------SHHHHH-HHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-------cHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
Confidence 6777888999999999999998888777776655554322 122222 22222222222222344678899999
Q ss_pred hhhhhhhhHHH-HHHHHHhHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcccCC
Q 046667 435 ARLRSTCHGIS-AASGKLGAIVGAFGFLYLAQSKDKTKTDAGYPPGIGVKNSLIVLGVVNLLGLLFTF-LVPESK 507 (540)
Q Consensus 435 ~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 507 (540)
++.|+++.++. +..+++|++++|.+.|.+.+ ..|+...|.+.+++++++.+..+ ..+|++
T Consensus 343 ~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~-------------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 343 VRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE-------------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH-------------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH-------------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 99999999995 88888999999999999884 45778888888888888877665 345433
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.45 E-value=3.5e-12 Score=126.33 Aligned_cols=171 Identities=18% Similarity=0.108 Sum_probs=137.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHhHhHHHHHHHhhhhh-hcccCCCCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhc--chhHHHHHH
Q 046667 28 AGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRI-YYHVDGAEKPGSLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKL--GRKKVYGMT 104 (540)
Q Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~-~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~--Grr~~~~~~ 104 (540)
..+..++.......+....|.+.++ + +.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+.+..+
T Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 326 (451)
T 1pw4_A 257 IAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVK----------HFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVF 326 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBS----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHH
Confidence 3344444444444555666665554 6 89999999999999999999999999999999 999998888
Q ss_pred HHHHH-HHHHHhhccCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchhhHHHHHhhhcCcccchhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHH
Q 046667 105 LMLMV-ICSIASGLSFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGF-GILAGGIF 182 (540)
Q Consensus 105 ~~~~~-i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~~g~~~ 182 (540)
.++.. ++.++..+.++. ..+.+.+.-++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..+++.+
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~ 402 (451)
T 1pw4_A 327 FMTLVTIATIVYWMNPAG----NPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAI 402 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTSCCTT----CHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccc----CHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77776 677777766431 1577888889999998888899999999999999999999999999999 99999999
Q ss_pred HHHHHHHhhhccCCCCCCCCCccccCCCCCcchHHHHHhhhHHHHHHHHHHHh
Q 046667 183 ALIVSSAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQADYLWRIIVMVGALPAALTYYWRMK 235 (540)
Q Consensus 183 ~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 235 (540)
.+.+.+. .||+..|++.++..++..+..++
T Consensus 403 ~g~l~~~-----------------------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 403 VGYTVDF-----------------------FGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHHHHHS-----------------------SCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHh-----------------------cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9998643 45999999877777766555443
No 9
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.43 E-value=2.3e-12 Score=127.13 Aligned_cols=187 Identities=11% Similarity=0.015 Sum_probs=128.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhcCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhccchhHH
Q 046667 297 HLLGTTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSAVGWIPSAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDKIGRFAIQ 376 (540)
Q Consensus 297 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~g~r~~~ 376 (540)
.++......+.............|.+.++.|+++.+.+. ......++..++.++.|+++||+|||+.+
T Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l 94 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGL------------IQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGI 94 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHH------------HHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHH
Confidence 344445555555566666777788888888887765332 56667778888999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHH---HhcccccccCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCchhhhhhhhHHHHHHHHHhH
Q 046667 377 MMGFFFMTVFMFAL---AIPYDHWTHKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKLGA 453 (540)
Q Consensus 377 ~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 453 (540)
+.+.++.+++.++. .... ....+.+..++.+++.....+...+++.|.+|++.|+.+.++.+....+|.
T Consensus 95 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 166 (438)
T 3o7q_A 95 ITGLFLYALGAALFWPAAEIM--------NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGA 166 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccccc--------cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999988888777 3332 233334444444444445556778899999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHh-hcccccc------CCCCCCCC------cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q 046667 454 IVGAFGFLYLA-QSKDKTK------TDAGYPPG------IGVKNSLIVLGVVNLLGLLFTFLV 503 (540)
Q Consensus 454 ~i~~~i~~~~~-~~~~~~~------~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 503 (540)
.++|.+.+.+. +..+... .++..... .+|+..|++.+++.++..+..++.
T Consensus 167 ~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (438)
T 3o7q_A 167 IIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT 229 (438)
T ss_dssp HHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999998 3221000 00000000 018888877777766665555543
No 10
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.38 E-value=2.4e-12 Score=129.09 Aligned_cols=173 Identities=12% Similarity=0.070 Sum_probs=126.6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHH------hcCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhh-
Q 046667 297 HLLGTTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSA------VGWIPSAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDK- 369 (540)
Q Consensus 297 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~- 369 (540)
.++......++....++....+.+.++.+ .|+++.+ .........++..++.++.|+++||
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~ 81 (491)
T 4aps_A 14 GLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRAT------------AASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRI 81 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 34445555666666777777777777665 4554433 2235666777888899999999999
Q ss_pred ccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCchhh--hhhhhHHHHH
Q 046667 370 IGRFAIQMMGFFFMTVFMFALAIPYDHWTHKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFPARL--RSTCHGISAA 447 (540)
Q Consensus 370 ~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~ 447 (540)
+|||+.+..+.++.+++.+++.+... ...+.+..+..+++.....+...+++.|.+|++. |+.+.++.+.
T Consensus 82 ~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~ 153 (491)
T 4aps_A 82 IGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFG--------ASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVF 153 (491)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCS--------TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh--------HHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHH
Confidence 89999999999988888887766441 2223333333344444455677888999999988 7888888999
Q ss_pred HHHHhHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 046667 448 SGKLGAIVGAFGFLYLAQSKDKTKTDAGYPPGIGVKNSLIVLGVVNLLGLLFTFL 502 (540)
Q Consensus 448 ~~~~g~~i~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 502 (540)
...+|..++|.+.+.+.+ ..||+..|++.++..+++.+..++
T Consensus 154 ~~~~g~~~~~~~~~~l~~-------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 195 (491)
T 4aps_A 154 GINLGAFIAPLIVGAAQE-------------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYF 195 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHh-------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999984 568999999888777777666553
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.37 E-value=6.3e-12 Score=122.95 Aligned_cols=146 Identities=9% Similarity=0.004 Sum_probs=119.6
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchh
Q 046667 67 PNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKLGRKKVYGMTLMLMVICSIASGLSFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYP 146 (540)
Q Consensus 67 ~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~ 146 (540)
....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++ .+.+++..++.+++.+...+
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 331 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATS------ALEVVILKTLHMFEVPFLLV 331 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCS------HHHHHHHTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 456688888888899999999999999999999999999888888777777766 57777888888888777777
Q ss_pred hHHHHHhhhcCcccchhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCCCCCCCCccccCCCCCcchHHHHHhhhHH
Q 046667 147 LSATIMSEYANKKTRGAFIAA-VFAMQGFGILAGGIFALIVSSAFNAAFKAPAYEDDPIASTAPQADYLWRIIVMVGALP 225 (540)
Q Consensus 147 ~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f~~~~~~ 225 (540)
....++.|.+|++.|+++.++ .+....+|..++|.+++.+.+.. |++..|.+.++.
T Consensus 332 ~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~-----------------------g~~~~f~~~~~~ 388 (417)
T 2cfq_A 332 GCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESI-----------------------GFQGAYLVLGLV 388 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHS-----------------------HHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhc-----------------------CcHHHHHHHHHH
Confidence 788999999999999999998 47888899999999999886533 388888887777
Q ss_pred HHHHHHHH-HhCCCChh
Q 046667 226 AALTYYWR-MKMPETAR 241 (540)
Q Consensus 226 ~~~~~~~~-~~~~esp~ 241 (540)
.++..+.. +..||+++
T Consensus 389 ~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 389 ALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 77665554 44565443
No 12
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.32 E-value=3.5e-11 Score=120.57 Aligned_cols=178 Identities=15% Similarity=0.065 Sum_probs=120.9
Q ss_pred HHhHhHHHHHHHhhhhhhcccCCCCCCCCCChhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 046667 36 AYDLFCISLVTKLLGRIYYHVDGAEKPGSLPPNVSAAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKLGRKKVYGMTLMLMVICSIAS 115 (540)
Q Consensus 36 ~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~i~~~~~g~l~Dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~ 115 (540)
......+....+.+.+.. +.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..
T Consensus 290 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l 359 (491)
T 4gc0_A 290 FVGINVVLYYAPEVFKTL----------GASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSL 359 (491)
T ss_dssp HTCHHHHHHHHHHHHHHS----------SCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhhhhHHHhcchHHHHhc----------CCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHH
Confidence 333344455566666666 6777777777888888899999999999999999999999888888777665
Q ss_pred hccCCCCcchhhHHHHHHHHHHhhccccchhhHHHHHhhhcCcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccC
Q 046667 116 GLSFGNSPKGVMATLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFIAAVFAMQGFGILAGGIFALIVSSAFNAAFK 195 (540)
Q Consensus 116 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~ 195 (540)
+.............+.+.-+..+++ ....+....+.+|.+|.+.|+++.++......+|..+++.+...+.+....
T Consensus 360 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~--- 435 (491)
T 4gc0_A 360 GTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFA-MSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWL--- 435 (491)
T ss_dssp HHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHH---
T ss_pred HHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---
Confidence 5432211111122222222333333 234577889999999999999999999999999998888776665332110
Q ss_pred CCCCCCCCccccCCCCCcchHHHHHhhhHHHHHHHH-HHHhCCCChh
Q 046667 196 APAYEDDPIASTAPQADYLWRIIVMVGALPAALTYY-WRMKMPETAR 241 (540)
Q Consensus 196 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~gwr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~esp~ 241 (540)
....++.+.|++.+.++++..+ .++++|||..
T Consensus 436 --------------~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 436 --------------VAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp --------------HHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred --------------HhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 1123355677776666666544 4578999854
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.30 E-value=4.8e-12 Score=122.03 Aligned_cols=171 Identities=11% Similarity=0.001 Sum_probs=124.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHhcCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhccchhHHHHHHHHH
Q 046667 304 TWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSAVGWIPSAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDKIGRFAIQMMGFFFM 383 (540)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~g~r~~~~~~~~~~ 383 (540)
..+.............|.+.++.|.++.+.+ .......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.
T Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g------------~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~ 75 (375)
T 2gfp_A 8 LVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQ------------SVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIF 75 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHH
Confidence 3333444444455556667677777665522 2556666777888999999999999999999998888
Q ss_pred HHHHHHHHhcccccccCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCchhhhhhhhHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH
Q 046667 384 TVFMFALAIPYDHWTHKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFPARLRSTCHGISAASGKLGAIVGAFGFLYL 463 (540)
Q Consensus 384 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~~~~ 463 (540)
.++.++..... .........+..+.+.....+...+++.|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+
T Consensus 76 ~~~~~~~~~~~--------~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l 147 (375)
T 2gfp_A 76 MLATLVAVTTS--------SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLL 147 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHhc--------cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHH
Confidence 88887776654 2333333444444444445567778889999999999999999999999999999999998
Q ss_pred hhccccccCCCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcccCC
Q 046667 464 AQSKDKTKTDAGYPPGIGVKNSLIVLGVVNLLGLLFTF-LVPESK 507 (540)
Q Consensus 464 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 507 (540)
. +..+|+..|++.+++.++..+... .+||++
T Consensus 148 ~-------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 148 D-------------TMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp S-------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCS
T ss_pred H-------------HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccC
Confidence 7 456899999888887777665444 555543
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.24 E-value=8e-11 Score=118.96 Aligned_cols=170 Identities=11% Similarity=0.028 Sum_probs=123.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHH-hc------CCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHhhc-cc
Q 046667 301 TTSTWFLLDIAFYSQNLFQKDIFSA-VG------WIPSAKTMNAIQEVYKIARAQTLIALCSTVPGYWFTVAFIDKI-GR 372 (540)
Q Consensus 301 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~d~~-g~ 372 (540)
.....++....+++...+.+.++.+ .| +++.+.+. ......++.+++.++.|+++||+ ||
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~------------~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~ 84 (524)
T 2xut_A 17 IIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKD------------VFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGK 84 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHH------------HHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 3444555556667676777766654 56 66655322 55566677788899999999999 99
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCchhHHHHHHHHHHHHhhcCCccceeeeecccCchhhhhhhhHH---HHHHH
Q 046667 373 FAIQMMGFFFMTVFMFALAIPYDHWTHKSNRLGFVIIYSLTFFFANFGPNATTFVVPAEIFPARLRSTCHGI---SAASG 449 (540)
Q Consensus 373 r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~ 449 (540)
|+.+..+.++.+++.+++.+.. .....+.+..+..+++.....+...+++.|.+|++.|+++.+. .+...
T Consensus 85 r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~ 157 (524)
T 2xut_A 85 YNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-------HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTI 157 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-------SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-------ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999998888888777766543 0123333334444555555667788899999999999876666 88889
Q ss_pred HHhHHHHHHHHHHHhhccccccCCCCCCCCcchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q 046667 450 KLGAIVGAFGFLYLAQSKDKTKTDAGYPPGIGVKNSLIVLGVVNLLGLLFTFL 502 (540)
Q Consensus 450 ~~g~~i~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 502 (540)
.+|..++|.+.+.+.+ ..+|+..|++.+++.+++.+..++
T Consensus 158 ~~g~~~g~~~~~~l~~-------------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (524)
T 2xut_A 158 NFGSFFASLSMPLLLK-------------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWL 197 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSTHHHH-------------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhc-------------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999884 568999998888877776665543
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=54.63 E-value=4.5 Score=19.52 Aligned_cols=14 Identities=50% Similarity=0.821 Sum_probs=11.2
Q ss_pred hhhhhhhhcchhHH
Q 046667 87 FFGWLGDKLGRKKV 100 (540)
Q Consensus 87 ~~g~l~Dr~Grr~~ 100 (540)
+.|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35788999999864
No 16
>3l1l_A Arginine/agmatine antiporter; TCDB 2.A.3.2.5, ADIC, Arg-bound, amino-acid transport, cell inner membrane, cell membrane, membrane; HET: ARG BNG; 3.00A {Escherichia coli} PDB: 3h5m_A* 3h6b_A 3lrb_A 3lrc_A 3ob6_A* 3hqk_A 3ncy_A
Probab=31.03 E-value=2.8e+02 Score=26.01 Aligned_cols=16 Identities=13% Similarity=-0.209 Sum_probs=6.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhccc
Q 046667 490 GVVNLLGLLFTFLVPE 505 (540)
Q Consensus 490 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 505 (540)
.+..+++..++++.++
T Consensus 414 ~~~~~~g~~~y~~~~~ 429 (445)
T 3l1l_A 414 FVTLMVITAMYALNYN 429 (445)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 3344444444444433
No 17
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=29.61 E-value=71 Score=17.24 Aligned_cols=12 Identities=17% Similarity=0.445 Sum_probs=8.2
Q ss_pred HHHHhCCCChhh
Q 046667 231 YWRMKMPETARY 242 (540)
Q Consensus 231 ~~~~~~~esp~~ 242 (540)
+...+++|+|+.
T Consensus 18 FFAI~FRePPri 29 (32)
T 3arc_T 18 FFAIFFREPPRI 29 (32)
T ss_dssp HHHHHTSCCCCC
T ss_pred HHhhhhcCCCCC
Confidence 334568999874
No 18
>2b6o_A Aquaporin-0, lens fiber major intrinsic protein; aquaporin-0 junctions, AQP0, lens MIP, lipid-protein interac membrane, lipid bilayer; HET: MC3; 1.90A {Ovis aries} SCOP: f.19.1.1 PDB: 1ymg_A* 2b6p_A 2c32_A 1sor_A 3m9i_A*
Probab=26.98 E-value=1.3e+02 Score=26.12 Aligned_cols=21 Identities=10% Similarity=-0.243 Sum_probs=9.0
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q 046667 481 GVKNSLIVLGVVNLLGLLFTF 501 (540)
Q Consensus 481 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 501 (540)
.+.+.+++.-.+..+...+.+
T Consensus 199 ~~~Wvy~vgP~~Ga~la~~~y 219 (263)
T 2b6o_A 199 TNHWVYWVGPVIGAGLGSLLY 219 (263)
T ss_dssp TTCTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cceeHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344555554444433333333
Done!