Query psy10491
Match_columns 520
No_of_seqs 451 out of 1927
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Fri Aug 16 19:32:16 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy10491.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/10491hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 5.8E-43 2E-47 350.9 24.8 400 28-457 24-435 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 8.7E-40 3E-44 326.6 27.0 374 28-451 22-428 (438)
3 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.1E-37 7.3E-42 314.0 18.9 419 28-460 8-468 (491)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 7.2E-37 2.5E-41 298.9 12.9 356 35-442 3-363 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 9E-35 3.1E-39 294.6 24.3 374 68-458 47-474 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 3.7E-32 1.3E-36 269.0 12.4 355 68-457 36-401 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 3.9E-29 1.3E-33 255.3 17.8 375 68-457 41-504 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 8.1E-14 2.8E-18 138.9 14.0 173 36-218 256-433 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 5.1E-13 1.7E-17 134.7 16.1 176 264-456 13-197 (491)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 9.2E-13 3.1E-17 129.8 11.4 147 73-224 257-405 (417)
11 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 2E-12 6.8E-17 131.5 13.3 176 264-455 12-198 (524)
12 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 3.7E-12 1.3E-16 126.3 14.7 178 266-455 28-229 (438)
13 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 5.8E-12 2E-16 122.2 9.7 166 268-451 4-170 (375)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 1.8E-10 6.3E-15 115.9 17.5 157 68-225 305-469 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 74.1 62 0.0021 30.8 27.3 36 144-179 139-174 (460)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 41.0 8.1 0.00028 19.0 0.5 14 94-107 2-15 (26)
17 3b9w_A Ammonium transporter fa 34.0 3E+02 0.01 25.8 16.1 22 265-286 176-197 (407)
18 2jln_A MHP1; hydantoin, transp 29.2 4E+02 0.014 25.8 14.1 52 158-212 20-73 (501)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=5.8e-43 Score=350.91 Aligned_cols=400 Identities=17% Similarity=0.193 Sum_probs=319.0
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhheeeeeccCCCCCcccCCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcccCcchh
Q psy10491 28 GYRHWTTFMLFIGMANAYVMRTNMSVAIVAMTNPESSIHVDSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNHDSHKM 107 (520)
Q Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~Grr~~ 107 (520)
+.++..+..++++.+...++...+.+.+|.+. +++ .+..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~ 94 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLV--------EQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVF 94 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTT--------SST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------HHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHH
Confidence 44577788888899999999999999999998 788 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHh----HhhhHH-HHHHHHHHHhccccCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHHHHHHHhHHHHHHhh
Q psy10491 108 LAYGMVVNAVFALLVPV----SSQSIW-CLAAVRFIQGMGEGPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGGIVYSGAQFGTIISY 182 (520)
Q Consensus 108 l~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~~~~~~~~~G~~~g~ 182 (520)
++++.++.+++.+++++ ++ ++ .++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.+++|
T Consensus 95 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~ 172 (451)
T 1pw4_A 95 LPAGLILAAAVMLFMGFVPWATS--SIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPP 172 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHS--SSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccc--cHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999 75 77 9999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhccccccC-cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCCChHHHHHHHhhccCCccccccccCccchhhhc
Q psy10491 183 PVSGYLAYGTFLQG-WPAIFYVFGVICLIWCVLFIFLVYENPHSDKRVSVEEKEYILYSIFGGDIIEDLKASSIPWGDIV 261 (520)
Q Consensus 183 ~l~~~l~~~~~~~g-wr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 261 (520)
++++.+.+. .| ||+.|++.+++.++..++.++.+||+|++.+..+.++.+...++..+...+++....+...++++
T Consensus 173 ~~~~~l~~~---~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 249 (451)
T 1pw4_A 173 LLFLLGMAW---FNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQELTAKQIFMQYVL 249 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHH---TCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-------------CCTHHHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHH---hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhcccccccchHHHHH
Confidence 999998876 77 99999999999888777788888987765432211110000000000000001111111246788
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcCCCcchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--Hhhccccccchh
Q psy10491 262 KSGPFLSILVAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLHFDMIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADYF--IRKKILSTGATR 339 (520)
Q Consensus 262 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~~~~~~~~~~~ 339 (520)
++|.++...+..++..+....+..++|.|+++.+|+++.+++.+.+...++.+++.++.+++.||+ ++|+.+
T Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~------ 323 (451)
T 1pw4_A 250 PNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGAT------ 323 (451)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHH------
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhH------
Confidence 999999999999999999999999999999998899999999999999999999999999999999 888765
Q ss_pred hhhhhhhchhhh-hhhhhhhccCC-ChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCCCc-chhHHHHHHHHHhh-HHhHH
Q psy10491 340 KLMTSIGEYGPG-LMFIIPVILGF-THTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISPCF-AGILMSITNCSANV-VGMLA 415 (520)
Q Consensus 340 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~-~g~~~g~~~~~~~~-g~~i~ 415 (520)
..+..+.. ++++.+.+.++ +.+......++.+++.+...+....+..+..|++ ||+++|+.+.+.++ |..++
T Consensus 324 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 399 (451)
T 1pw4_A 324 ----GVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAA 399 (451)
T ss_dssp ----HHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ----HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333333 45555544433 3333333333333334445555566677777766 99999999999999 99999
Q ss_pred HHHHHHhhccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Q psy10491 416 PTISGLLLNWFQHDEMLSWKVVFLVSAVLYITCATVYLLFSS 457 (520)
Q Consensus 416 ~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 457 (520)
|.+.|.+.+ ..++...|++.+++.+++.++.+...+
T Consensus 400 ~~~~g~l~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (451)
T 1pw4_A 400 SAIVGYTVD------FFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVMI 435 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHH------SSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999 567999999999888888877766543
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=8.7e-40 Score=326.56 Aligned_cols=374 Identities=14% Similarity=0.119 Sum_probs=299.7
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhheeeeeccCCCCCcccCCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcccCcchh
Q psy10491 28 GYRHWTTFMLFIGMANAYVMRTNMSVAIVAMTNPESSIHVDSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNHDSHKM 107 (520)
Q Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~Grr~~ 107 (520)
++++..+..+++.++...++....++..|.+. +++|++..+.|++.+++.+++.++.+++|+++||+|||++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~ 93 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQ--------QAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAG 93 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------HHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH--------HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHH
Confidence 44566667777888888888889999999998 8999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH---HhHhhhHH-HHHHHHHHHhccccCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHHHHHHHhHHHHHHhhh
Q psy10491 108 LAYGMVVNAVFALLV---PVSSQSIW-CLAAVRFIQGMGEGPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGGIVYSGAQFGTIISYP 183 (520)
Q Consensus 108 l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~~~~~~~~~G~~~g~~ 183 (520)
++++.++.+++.+++ ++++ ++ .++++|+++|++.+...+...++++|++|+++|++++++.+.+.++|.+++++
T Consensus 94 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 171 (438)
T 3o7q_A 94 IITGLFLYALGAALFWPAAEIM--NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVV 171 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccccc--cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999 7775 66 99999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhh-ccccccC-------------------------cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhcCCCCCCCCChHHHHH
Q psy10491 184 VSGYLA-YGTFLQG-------------------------WPAIFYVFGVICLIWCVLFIFL-VYENPHSDKRVSVEEKEY 236 (520)
Q Consensus 184 l~~~l~-~~~~~~g-------------------------wr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~-~~e~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (520)
+++.+. +. .+ ||+.|++.+++.++..++.++. .||++++.++.+
T Consensus 172 ~~~~l~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~~------ 242 (438)
T 3o7q_A 172 FGQSLILSN---VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSDA------ 242 (438)
T ss_dssp HTTHHHHTS---SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCCS------
T ss_pred HHHHHHhcc---cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccccccc------
Confidence 999998 54 33 9999988887776644443332 233332211100
Q ss_pred HHhhccCCccccccccCccchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHH-HHhhcCCCcchhHHHHHhHHHHHHH
Q psy10491 237 ILYSIFGGDIIEDLKASSIPWGDIVKSGPFLSILVAHMGQNFGYETLMTMLPTF-LKEVLHFDMIKNGLISATPYIAMFI 315 (520)
Q Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~ 315 (520)
+++..+..+++++|+|+++...+..++.......+..++|.| +++.+|+++.+++.+.+...++.++
T Consensus 243 ------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (438)
T 3o7q_A 243 ------------KQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFI 310 (438)
T ss_dssp ------------STTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ------------cccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 122233456788999999999999999888889999999999 8888899999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhhhhhhhchhhhhhhhhhhccCCChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCCC
Q psy10491 316 TSSVLNYLADYFIRKKILSTGATRKLMTSIGEYGPGLMFIIPVILGFTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISPC 395 (520)
Q Consensus 316 ~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 395 (520)
+.++.+++.||+++|+.+ ..+..+..++++...+.++ ....+...+.+ ++.+...+....+..+..|+
T Consensus 311 ~~~~~g~l~~r~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 378 (438)
T 3o7q_A 311 GRFTGTWLISRFAPHKVL----------AAYALIAMALCLISAFAGG-HVGLIALTLCS-AFMSIQYPTIFSLGIKNLGQ 378 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSCHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHCCH-HHHHHHHHHHH-HHHTTHHHHHHHHHHSSCGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcchHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHcCC-cHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHhhccc
Confidence 999999999999999876 4555555555555554432 23333333444 44455666677776677777
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHhhHHhHHHHHHHHhhccccccccch-hHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy10491 396 FAGILMSITNCSANVVGMLAPTISGLLLNWFQHDEMLS-WKVVFLVSAVLYITCATV 451 (520)
Q Consensus 396 ~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 451 (520)
+++.+.++.. ...+++.++|.+.|.+.| ..+ ++..|++.+++.++..+.
T Consensus 379 ~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (438)
T 3o7q_A 379 DTKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSD------AAGNIPTAELIPALCFAVIFIF 428 (438)
T ss_dssp GHHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHH------HHTSSGGGGHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH------HhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7888888876 778999999999999999 445 777777766555544443
No 3
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2.1e-37 Score=313.96 Aligned_cols=419 Identities=15% Similarity=0.093 Sum_probs=288.2
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhheeeeeccCCCCCcccCCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcccCcchh
Q psy10491 28 GYRHWTTFMLFIGMANAYVMRTNMSVAIVAMTNPESSIHVDSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNHDSHKM 107 (520)
Q Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~Grr~~ 107 (520)
++.+.+.++.+++.++.++|...++..+|.+...+......+.+.+..+.|++.+++.+|..++++++|+++||+|||++
T Consensus 8 ~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~ 87 (491)
T 4gc0_A 8 SYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDS 87 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHH
T ss_pred HHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHH
Confidence 34455556667788889999999999888887433221112223456778999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHh------------------HhhhHH-HHHHHHHHHhccccCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHH
Q psy10491 108 LAYGMVVNAVFALLVPV------------------SSQSIW-CLAAVRFIQGMGEGPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGG 168 (520)
Q Consensus 108 l~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~ 168 (520)
++++.+++.++++++++ ++ ++ +++++|+++|+|.|+..+....+++|+.|+++|++..+
T Consensus 88 l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~--~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~ 165 (491)
T 4gc0_A 88 LKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAG--YVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVS 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGG--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHH
Confidence 99999999999999985 54 77 99999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHHhhhhhhhhhccc-----cccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCCC-hHHHHHHHhhcc
Q psy10491 169 IVYSGAQFGTIISYPVSGYLAYGT-----FLQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFIFLVYENPHSDKRVS-VEEKEYILYSIF 242 (520)
Q Consensus 169 ~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~-----~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~ 242 (520)
+.+.+..+|.++++.++..+.... ...+||+.+.+..++.++ .++..+++||+|++..... .++..+..++..
T Consensus 166 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~ 244 (491)
T 4gc0_A 166 FNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALL-FLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIM 244 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHH-HHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhh-hhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhc
Confidence 999999999999998887766431 114688888777776666 5666778899987643322 222222221111
Q ss_pred CCcc----------ccccccCccchhhhccchhHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcCCCcchhHHHHHhHHH
Q psy10491 243 GGDI----------IEDLKASSIPWGDIVKSGPFLSIL-VAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLHFDMIKNGLISATPYI 311 (520)
Q Consensus 243 ~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~ 311 (520)
.... .....++.......++.++..... ...+....+...+..+.|.+.+. .+.+...........++
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 323 (491)
T 4gc0_A 245 GNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT-LGASTDIALLQTIIVGV 323 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH-SSCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh-cCCCccchhhHHHHHHH
Confidence 0000 000011111222233344444333 33334444555666677776666 47777777777888889
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhhhhhhhchhhhhhhhhhh---ccCCChHHH-HHHHHHHHHHhhccccccce
Q psy10491 312 AMFITSSVLNYLADYFIRKKILSTGATRKLMTSIGEYGPGLMFIIPV---ILGFTHTPT-IVCLILAMACNGGIYAGFKV 387 (520)
Q Consensus 312 ~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (520)
..+++.++.+++.||+|||+.+. .+.....++++.+. ......... ....+...++.....+..+.
T Consensus 324 ~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~----------~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 393 (491)
T 4gc0_A 324 INLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQI----------IGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWV 393 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhc----------cchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999998863 33333333333222 122222222 22333333344445566678
Q ss_pred eeccCCCCc-chhHHHHHHHHHhhHHhHHHHHHHHhhccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-cCCCc
Q psy10491 388 NHIDISPCF-AGILMSITNCSANVVGMLAPTISGLLLNWFQHDEMLSWKVVFLVSAVLYITCATVYLLF-SSGRK 460 (520)
Q Consensus 388 ~~~~~~p~~-~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 460 (520)
+..|++|.+ |++++|+.+.++.+++.+++.+.+.+.+........++...|++.+++++++.++.+++ ++++.
T Consensus 394 ~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg 468 (491)
T 4gc0_A 394 LLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKG 468 (491)
T ss_dssp HHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTT
T ss_pred HHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCC
Confidence 888999988 99999999999999999999988877651100112344456778888887777766544 44443
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=7.2e-37 Score=298.90 Aligned_cols=356 Identities=15% Similarity=0.159 Sum_probs=291.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhheeeeeccCCCCCcccCCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcccCcchhHHHHHHH
Q psy10491 35 FMLFIGMANAYVMRTNMSVAIVAMTNPESSIHVDSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNHDSHKMLAYGMVV 114 (520)
Q Consensus 35 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~Grr~~l~~~~~~ 114 (520)
..+++..+...++...+.+.+|.+. +++|.++.+.+++.+++.+++.+++++.|+++||+|||+++.++.++
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~ 74 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMA--------RDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSI 74 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------TTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHH--------HHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHH
Confidence 4566777788888888899999988 89999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhHhhhHH-HHHHHHHHHhccccCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHHHHHHHhHHHHHHhhhhhhhhhcccc
Q psy10491 115 NAVFALLVPVSSQSIW-CLAAVRFIQGMGEGPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGGIVYSGAQFGTIISYPVSGYLAYGTF 193 (520)
Q Consensus 115 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~ 193 (520)
.+++.++.++++ ++ .+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++|.+++.+.+.
T Consensus 75 ~~~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~-- 150 (375)
T 2gfp_A 75 FMLATLVAVTTS--SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTM-- 150 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCH--
T ss_pred HHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHh--
Confidence 999999999996 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999887
Q ss_pred ccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCCCCCCCChHHHHHHHhhccCCccccccccCccchhhhccchhHHHHHHHH
Q psy10491 194 LQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFIFLVYENPHSDKRVSVEEKEYILYSIFGGDIIEDLKASSIPWGDIVKSGPFLSILVAH 273 (520)
Q Consensus 194 ~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 273 (520)
.+||+.|++.+++.++..++..+.+||+++++++ +++.+.++++++|+|+++...+..
T Consensus 151 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 208 (375)
T 2gfp_A 151 -WNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP---------------------RTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLML 208 (375)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC---------------------CCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc---------------------cccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHH
Confidence 7999999998888877555566667776544221 112334567888999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcCCCcchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhhhhhhhchh---h
Q psy10491 274 MGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLHFDMIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADYFIRKKILSTGATRKLMTSIGEYG---P 350 (520)
Q Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~ 350 (520)
++.......+..+.|.|+++.+|.++.+.+.+.+...++.+++.++.+++.||.+++.. .+... .
T Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~~------------~~~~~~~~~ 276 (375)
T 2gfp_A 209 IGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLMW------------QSVICCLLA 276 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHH------------HHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------HHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999889999999999999999999999999999999988322 22211 1
Q ss_pred hhhhhhhhcc-CCChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCCCcchhHHHHHHHHHhhHHhHHHHHHHHhhcccccc
Q psy10491 351 GLMFIIPVIL-GFTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISPCFAGILMSITNCSANVVGMLAPTISGLLLNWFQHD 429 (520)
Q Consensus 351 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~ 429 (520)
.......... .++.+......++.++..+...+.......+..|++||++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~----- 351 (375)
T 2gfp_A 277 GLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFPFLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQ----- 351 (375)
T ss_dssp SSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHH-----
T ss_pred HHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-----
Confidence 1111111111 1122333333334444456667777777788888779999999999999999999999999987
Q ss_pred ccchhHHHHHHHH
Q psy10491 430 EMLSWKVVFLVSA 442 (520)
Q Consensus 430 ~~~~~~~~~~~~~ 442 (520)
..++...+.+.+
T Consensus 352 -~~~~~~~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 352 -TGQGSLGLLMTL 363 (375)
T ss_dssp -HHHHHHHHHHHH
T ss_pred -CCcccHHHHHHH
Confidence 556766666543
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=9e-35 Score=294.63 Aligned_cols=374 Identities=13% Similarity=0.109 Sum_probs=266.2
Q ss_pred CCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcc-cCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhHH-HHHHHHHHHhccccC
Q psy10491 68 DSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKN-HDSHKMLAYGMVVNAVFALLVPVSSQSIW-CLAAVRFIQGMGEGP 145 (520)
Q Consensus 68 ~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~ 145 (520)
+++|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++.++.++.+++.+++++++ ++ .++++|+++|++.+.
T Consensus 47 ~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~g~~~~~ 124 (491)
T 4aps_A 47 GDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPF--GASALFGSIILIIIGTGF 124 (491)
T ss_dssp TSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCC--STTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--hHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 3499999999999999999999999999999999 8999999999999999999999986 67 999999999999999
Q ss_pred chhhHHHHHhhhcCCCc--chhHHHHHHHHhHHHHHHhhhhhhhhhccccccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCC
Q psy10491 146 IVPCTHAILAKWIPPGE--RSFLGGIVYSGAQFGTIISYPVSGYLAYGTFLQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFIFLVYENP 223 (520)
Q Consensus 146 ~~~~~~~~i~~~~~~~~--rg~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~ 223 (520)
..+...++++|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|++++.+.+. .|||+.|++.++..++..++.++..|+..
T Consensus 125 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~---~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 201 (491)
T 4aps_A 125 LKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEA---AGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTL 201 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC
T ss_pred ccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh---hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccc
Confidence 99999999999999988 77888889999999999999999999987 89999999988777765555444444432
Q ss_pred CCC-----CCCChHHHHHHHhh----------------ccCCccccc--------------------cccCccchhhhcc
Q psy10491 224 HSD-----KRVSVEEKEYILYS----------------IFGGDIIED--------------------LKASSIPWGDIVK 262 (520)
Q Consensus 224 ~~~-----~~~~~~~~~~~~~~----------------~~~~~~~~~--------------------~~~~~~~~~~~~~ 262 (520)
++. .+.+.++.++..+. ..+....+. .+..+....+..+
T Consensus 202 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 281 (491)
T 4aps_A 202 DPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLR 281 (491)
T ss_dssp CSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------
T ss_pred cccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHH
Confidence 211 11112222211111 000000000 0000111111112
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcCCCcchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhhh
Q psy10491 263 SGPFLSILVAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLHFDMIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADYFIRKKILSTGATRKLM 342 (520)
Q Consensus 263 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~ 342 (520)
....+...+..+.....+.....++|.|.++..+.+....+.+.....++.+++.++.+++.||++||+.... ..
T Consensus 282 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~-----~~ 356 (491)
T 4aps_A 282 VVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSP-----TK 356 (491)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CH-----HH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCch-----HH
Confidence 2234555555556666666677788999998888887888999999999999999999999999999875421 11
Q ss_pred hhhhchhhhhhhhhhhccC--------CChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCCCc-chhHHHHHHHHHhhHHh
Q psy10491 343 TSIGEYGPGLMFIIPVILG--------FTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISPCF-AGILMSITNCSANVVGM 413 (520)
Q Consensus 343 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~-~g~~~g~~~~~~~~g~~ 413 (520)
...+..+..+++..+.... .+.+......++.+...+...+....+..+..|++ ||++.|+.+...++|..
T Consensus 357 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~ 436 (491)
T 4aps_A 357 FAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSA 436 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1245555555554444321 13333344444444444555666777777877766 99999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Q psy10491 414 LAPTISGLLLNWFQHDEMLSWKVVFLVSAVLYITCATVYLLFSSG 458 (520)
Q Consensus 414 i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 458 (520)
++|.+.+.+.+ .++...|.+++++.+++.++.+...++
T Consensus 437 i~~~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 474 (491)
T 4aps_A 437 LNAQLVTLYNA-------KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKR 474 (491)
T ss_dssp HHHHHGGGGGG-------SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC---
T ss_pred HHHHHHHHHhc-------ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999998877 356677888887777777766665443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.97 E-value=3.7e-32 Score=269.02 Aligned_cols=355 Identities=11% Similarity=0.088 Sum_probs=239.4
Q ss_pred CCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHH---HHHHhHhhhHH-HHHHHHHHHhccc
Q psy10491 68 DSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNHDSHKMLAYGMVVNAVFA---LLVPVSSQSIW-CLAAVRFIQGMGE 143 (520)
Q Consensus 68 ~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~ 143 (520)
+++|++..+.|++.+++.+++.++++++|+++||+|||++++++..+.+++. ....+++ ... .++..+++.|++.
T Consensus 36 ~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 114 (417)
T 2cfq_A 36 DINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGP-LLQYNILVGSIVGGIYL 114 (417)
T ss_dssp TTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHH-HHHTTCCHHHHGGGSST
T ss_pred HHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6789999999999999999999999999999999999999999888776532 2223332 111 2455677777776
Q ss_pred cCchhhHHHHHhhhcCC--CcchhHHHHHHHHhHHHHHHhhhhhhhhhccccccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q psy10491 144 GPIVPCTHAILAKWIPP--GERSFLGGIVYSGAQFGTIISYPVSGYLAYGTFLQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFIFLVYE 221 (520)
Q Consensus 144 ~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~rg~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~~~e 221 (520)
+...+.....+.++.++ ++++...+....+..+|..++|.+++++.+ .+||+.|++.+++.++. ++..+..+|
T Consensus 115 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~----~~~~~~f~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 189 (417)
T 2cfq_A 115 GFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFT----INNQFVFWLGSGCALIL-AVLLFFAKT 189 (417)
T ss_dssp THHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH----HCSHHHHTTTTTTTTTH-HHHSCSSCC
T ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hchhHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHcCc
Confidence 65555545555555433 456778888888899999999999999986 48999999877765543 333333333
Q ss_pred CCCCCCCCChHHHHHHHhhccCCccccccccCccchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcCC---C
Q psy10491 222 NPHSDKRVSVEEKEYILYSIFGGDIIEDLKASSIPWGDIVKSGPFLSILVAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLHF---D 298 (520)
Q Consensus 222 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---s 298 (520)
++++..+.++++ + .++++.....+++++++|+++...+..+.....+..+..++|.|+.+.++. +
T Consensus 190 ~~~~~~~~~~~~---------~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 257 (417)
T 2cfq_A 190 DAPSSATVANAV---------G---ANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQG 257 (417)
T ss_dssp CCSCSSCSSSSS---------S---SCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHH
T ss_pred cccccccccccc---------c---cccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC
Confidence 322111000000 0 001111122456788899988777766665666666667788888765442 2
Q ss_pred cchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhhhhhhhchhhhhhhhhhhccCCChHHHHHHHHHHHHHh
Q psy10491 299 MIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADYFIRKKILSTGATRKLMTSIGEYGPGLMFIIPVILGFTHTPTIVCLILAMACN 378 (520)
Q Consensus 299 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 378 (520)
....++..+...++.+++.++.+++.||+++|+.+ ..+..+.++.+..+.+.+ +.+.......+.....
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~l~~~~~ 326 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNAL----------LLAGTIMSVRIIGSSFAT-SALEVVILKTLHMFEV 326 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHTTCC-SHHHHHHHTTHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHhc-cHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34457777778888889999999999999999876 345555555554444433 2222222222222222
Q ss_pred hccccccceeeccCCCCc-chhHHHHH-HHHHhhHHhHHHHHHHHhhccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q psy10491 379 GGIYAGFKVNHIDISPCF-AGILMSIT-NCSANVVGMLAPTISGLLLNWFQHDEMLSWKVVFLVSAVLYITCATVYLLFS 456 (520)
Q Consensus 379 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~-~g~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 456 (520)
....+....+..|..|++ ||++.|+. +....+|+.++|.+.|.+.+ ..++...|.+.+++.+++.++.+...
T Consensus 327 ~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~------~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 400 (417)
T 2cfq_A 327 PFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE------SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTL 400 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH------HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH------hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Confidence 223333455677777766 99999994 88889999999999999998 55788889888888888777665543
Q ss_pred C
Q psy10491 457 S 457 (520)
Q Consensus 457 ~ 457 (520)
+
T Consensus 401 ~ 401 (417)
T 2cfq_A 401 S 401 (417)
T ss_dssp C
T ss_pred c
Confidence 3
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.96 E-value=3.9e-29 Score=255.34 Aligned_cols=375 Identities=13% Similarity=0.049 Sum_probs=223.9
Q ss_pred CCCC------CChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhccc-CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHhh-hHHHHHHHHHHH
Q psy10491 68 DSKS------WSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNH-DSHKMLAYGMVVNAVFALLVPVSSQ-SIWCLAAVRFIQ 139 (520)
Q Consensus 68 ~~~~------~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~ 139 (520)
+++| ++..+.|++.+++.+++.++.++.|+++||+ |||+++.++.++.+++.++.+++ + +.+.+++.|++.
T Consensus 41 ~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~l~ 119 (524)
T 2xut_A 41 TALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF-EHSVQGFYTGLFLI 119 (524)
T ss_dssp HSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-cccHHHHHHHHHHH
Confidence 5677 9999999999999999999999999999999 99999999999999999999887 4 445889999999
Q ss_pred hccccCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHHH---HHHHhHHHHHHhhhhhhhhhccccccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy10491 140 GMGEGPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGGI---VYSGAQFGTIISYPVSGYLAYGTFLQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFI 216 (520)
Q Consensus 140 G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~~---~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~ 216 (520)
|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|.+++|.+++.+.+. .|||+.|++.+++.++..++.+
T Consensus 120 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~---~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 120 ALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKN---FGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHT---SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc---ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999877666 8999999999999999999887 7999999998887766444433
Q ss_pred HHhhcCCCCCCCCCh-HHHHHH-HhhccCCccc-cc-------------------------------------cccCccc
Q psy10491 217 FLVYENPHSDKRVSV-EEKEYI-LYSIFGGDII-ED-------------------------------------LKASSIP 256 (520)
Q Consensus 217 ~~~~e~~~~~~~~~~-~~~~~~-~~~~~~~~~~-~~-------------------------------------~~~~~~~ 256 (520)
+..|+.++..++.+. .+..+. .....+.... +. ++..+.+
T Consensus 197 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 276 (524)
T 2xut_A 197 LGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGA 276 (524)
T ss_dssp SSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGG
T ss_pred HhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccch
Confidence 322222111110000 000000 0000000000 00 0000001
Q ss_pred h------------hhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHhHHHHHhhcCCCc-chhHHHHHhHHHHHHHHHHHH
Q psy10491 257 W------------GDIVKSGPFLSILVAHMGQNFGYET---LMTMLPTFLKEVLHFDM-IKNGLISATPYIAMFITSSVL 320 (520)
Q Consensus 257 ~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~g~s~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 320 (520)
+ .+..+.++.+............... ....++.+..+ .+.+. ...+.+.....++.+++.++.
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 355 (524)
T 2xut_A 277 SLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQAND-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFN 355 (524)
T ss_dssp GTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHH-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGT
T ss_pred hhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHh-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHH
Confidence 1 0111122222222222111111111 11223333222 23222 245666666666666666666
Q ss_pred HHHH----HHHHhhccccccchhhhhhhhhchhhhhhhhhhhccC--------CChHHHHHHHHHHHHHhhcccccccee
Q psy10491 321 NYLA----DYFIRKKILSTGATRKLMTSIGEYGPGLMFIIPVILG--------FTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVN 388 (520)
Q Consensus 321 g~l~----dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 388 (520)
+++. +|.+++... +....++..+.+++++.+.... .+.+..+...++.+.+.+...+....+
T Consensus 356 ~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~ 429 (524)
T 2xut_A 356 NFVLYPAIERMGVKLTA------LRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEF 429 (524)
T ss_dssp TTC------------CC------HHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTT
T ss_pred HhhhHHHHHhcCCCCCh------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6543 444332111 0112355555555555554432 223333333344444445556666667
Q ss_pred eccCCCCc-chhHHHHHHHHHhhHHhHHHHHHHHhhccccccccchh---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Q psy10491 389 HIDISPCF-AGILMSITNCSANVVGMLAPTISGLLLNWFQHDEMLSW---------KVVFLVSAVLYITCATVYLLFSS 457 (520)
Q Consensus 389 ~~~~~p~~-~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 457 (520)
..+..|++ ||+++|+.++..++|+.++|.+.|.+.+.. ..+| ...|++.+++.+++.++.+++.+
T Consensus 430 ~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 504 (524)
T 2xut_A 430 AYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPT----VTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYAR 504 (524)
T ss_dssp HHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCH----HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----
T ss_pred HHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc----cccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77776655 999999999999999999999999998711 0112 22366677777766666555443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.52 E-value=8.1e-14 Score=138.87 Aligned_cols=173 Identities=11% Similarity=0.068 Sum_probs=141.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhheeeeeccCCCCCcccCCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhccc--CcchhHHHHHH
Q psy10491 36 MLFIGMANAYVMRTNMSVAIVAMTNPESSIHVDSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNH--DSHKMLAYGMV 113 (520)
Q Consensus 36 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~--Grr~~l~~~~~ 113 (520)
.+++..++.......+....|.+.+ +.+|.+..+.+++.+.+.++..++.++.|++.||+ |||+.+.++..
T Consensus 256 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 328 (451)
T 1pw4_A 256 YIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLK-------EVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFM 328 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBT-------TBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHH
Confidence 3344444444444455556676663 45899999999999999999999999999999999 99999888877
Q ss_pred HHH-HHHHHHHhHhhhHH-HHHHHHHHHhccccCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHHHHHHHhHH-HHHHhhhhhhhhhc
Q psy10491 114 VNA-VFALLVPVSSQSIW-CLAAVRFIQGMGEGPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGGIVYSGAQF-GTIISYPVSGYLAY 190 (520)
Q Consensus 114 ~~~-~~~~~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~~~~~~~~~-G~~~g~~l~~~l~~ 190 (520)
+.. ++.++..+.+..+. .+++.-++.|++.+...+....++.|.+|+++|++++++.+....+ |..++|.+.+.+.+
T Consensus 329 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 408 (451)
T 1pw4_A 329 TLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVD 408 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 776 66666666632244 7778888999998888888899999999999999999999999999 99999999999999
Q ss_pred cccccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy10491 191 GTFLQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFIFL 218 (520)
Q Consensus 191 ~~~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~ 218 (520)
. .||+..|++.+++.++..++.++.
T Consensus 409 ~---~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 409 F---FGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp S---SCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred h---cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8 799999999888887755554443
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.48 E-value=5.1e-13 Score=134.71 Aligned_cols=176 Identities=15% Similarity=0.108 Sum_probs=140.8
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhh-----cCCCcchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhccccccc
Q psy10491 264 GPFLSILVAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEV-----LHFDMIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADY-FIRKKILSTGA 337 (520)
Q Consensus 264 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~~~~~~~~~ 337 (520)
+.++.+.+..++..+.++.+..+++.|+++. +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++|| +|||+.+
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~---- 88 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAV---- 88 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHH----
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHH----
Confidence 4567777788888888899999999999998 89999999999999999999999999999999 8999987
Q ss_pred hhhhhhhhhchhhhhhhhhhhccCCChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCC-Cc--chhHHHHHHHHHhhHHhH
Q psy10491 338 TRKLMTSIGEYGPGLMFIIPVILGFTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISP-CF--AGILMSITNCSANVVGML 414 (520)
Q Consensus 338 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~--~g~~~g~~~~~~~~g~~i 414 (520)
..+.++..++.+...+.++.....+..++.+ .+.+...+....+..|..| ++ |+.+.++.+...++|..+
T Consensus 89 ------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~ 161 (491)
T 4aps_A 89 ------FWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILII-IGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFI 161 (491)
T ss_dssp ------HHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ------HHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHH-HHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHH
Confidence 5667777777776666654444444444444 4445566667777777665 44 777888899999999999
Q ss_pred HHHHHHHhhccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q psy10491 415 APTISGLLLNWFQHDEMLSWKVVFLVSAVLYITCATVYLLFS 456 (520)
Q Consensus 415 ~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 456 (520)
+|.+.+.+.+ ..+|+..|++.++..+++.+..++..
T Consensus 162 ~~~~~~~l~~------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 197 (491)
T 4aps_A 162 APLIVGAAQE------AAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGG 197 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHH------HSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHh------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhC
Confidence 9999999998 57899999998887777776665543
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.40 E-value=9.2e-13 Score=129.78 Aligned_cols=147 Identities=9% Similarity=0.019 Sum_probs=122.6
Q ss_pred ChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhhHH-HHHHHHHHHhccccCchhhHH
Q psy10491 73 STVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNHDSHKMLAYGMVVNAVFALLVPVSSQSIW-CLAAVRFIQGMGEGPIVPCTH 151 (520)
Q Consensus 73 s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~l~~~r~l~G~g~~~~~~~~~ 151 (520)
+....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.+ +. .+++..++.+++.+...+...
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 334 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFAT--SALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCF 334 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC--SHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455678888888899999999999999999999999999888888877777764 44 777778888887776677778
Q ss_pred HHHhhhcCCCcchhHHHH-HHHHhHHHHHHhhhhhhhhhccccccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCCC
Q psy10491 152 AILAKWIPPGERSFLGGI-VYSGAQFGTIISYPVSGYLAYGTFLQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFIFLVYENPH 224 (520)
Q Consensus 152 ~~i~~~~~~~~rg~~~~~-~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~~~e~~~ 224 (520)
.++.|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++.+.+. .|++..|.+.+++.++..++.++..||+++
T Consensus 335 ~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~---~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 335 KYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES---IGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH---SHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh---cCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 999999999999999999 4888889999999999999886 789999998888887766665555665443
No 11
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.39 E-value=2e-12 Score=131.52 Aligned_cols=176 Identities=15% Similarity=0.095 Sum_probs=137.4
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcC------CCcchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-Hhhcccccc
Q psy10491 264 GPFLSILVAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLH------FDMIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADYF-IRKKILSTG 336 (520)
Q Consensus 264 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g------~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~~~~~~~~ 336 (520)
+.++.+.+..++..+.++++..+++.|+++.+| +++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+.+
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~--- 88 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTI--- 88 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHH---
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH---
Confidence 456777788888888888899999999988889 9999999999999999999999999999999 999886
Q ss_pred chhhhhhhhhchhhhhhhhhhhccCCChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCCCc-chhHHHH---HHHHHhhHH
Q psy10491 337 ATRKLMTSIGEYGPGLMFIIPVILGFTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISPCF-AGILMSI---TNCSANVVG 412 (520)
Q Consensus 337 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~-~g~~~g~---~~~~~~~g~ 412 (520)
.++.++..++.+...+...+.+..++..++.+.+.+...+....+..+..|++ |+++.+. .+...++|.
T Consensus 89 -------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 161 (524)
T 2xut_A 89 -------LWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGS 161 (524)
T ss_dssp -------HHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -------HHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 46666666666666655423444444444444455667777777788877665 8766655 889999999
Q ss_pred hHHHHHHHHhhccccccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy10491 413 MLAPTISGLLLNWFQHDEMLSWKVVFLVSAVLYITCATVYLLF 455 (520)
Q Consensus 413 ~i~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 455 (520)
.++|.+.+.+.+ ..+|+..|++.+++.+++.++.+..
T Consensus 162 ~~g~~~~~~l~~------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (524)
T 2xut_A 162 FFASLSMPLLLK------NFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLG 198 (524)
T ss_dssp HHHHHTSTHHHH------TSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHhc------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999988 5689999998888877766655443
No 12
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.38 E-value=3.7e-12 Score=126.30 Aligned_cols=178 Identities=15% Similarity=0.142 Sum_probs=128.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcCCCcchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhhhhhh
Q psy10491 266 FLSILVAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLHFDMIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADYFIRKKILSTGATRKLMTSI 345 (520)
Q Consensus 266 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 345 (520)
+..+.+..+...+.........|.+.++ +|.+..+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+ ..
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l----------~~ 96 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGI----------IT 96 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHH----------HH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHH----------HH
Confidence 4445555555566666666777775555 799999999999999999999999999999999999987 56
Q ss_pred hchhhhhhhhhh---hccCCChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCCCc-chhHHHHHHHHHhhHHhHHHHHHHH
Q psy10491 346 GEYGPGLMFIIP---VILGFTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISPCF-AGILMSITNCSANVVGMLAPTISGL 421 (520)
Q Consensus 346 ~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~-~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~ 421 (520)
+.++..++.+.. ...+ +.+..++..++.+.+.+...+....+..+..|++ |+.++|+.+....+|..++|.+.+.
T Consensus 97 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 175 (438)
T 3o7q_A 97 GLFLYALGAALFWPAAEIM-NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQS 175 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTT-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccccc-cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 666666666655 4444 3444444444444555666667777778877755 9999999999999999999999999
Q ss_pred hh-ccccc-------------------cccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy10491 422 LL-NWFQH-------------------DEMLSWKVVFLVSAVLYITCATVYLLF 455 (520)
Q Consensus 422 l~-~~~~~-------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 455 (520)
+. +..+. ....+|+..|++.++..++..++.++.
T Consensus 176 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 229 (438)
T 3o7q_A 176 LILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLT 229 (438)
T ss_dssp HHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 98 51100 000118888887777766666555543
No 13
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.29 E-value=5.8e-12 Score=122.15 Aligned_cols=166 Identities=15% Similarity=0.116 Sum_probs=126.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhcCCCcchhHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccchhhhhhhhhc
Q psy10491 268 SILVAHMGQNFGYETLMTMLPTFLKEVLHFDMIKNGLISATPYIAMFITSSVLNYLADYFIRKKILSTGATRKLMTSIGE 347 (520)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 347 (520)
.+.+..++.......+...+|.+.++ +|.++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+ ..+.
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~----------~~~~ 72 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI----------LVGM 72 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC----------HHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH----------HHHH
Confidence 44555666666677777778877665 799999999999999999999999999999999999987 4666
Q ss_pred hhhhhhhhhhhccCCChHHHHHHHHHHHHHhhccccccceeeccCCC-CcchhHHHHHHHHHhhHHhHHHHHHHHhhccc
Q psy10491 348 YGPGLMFIIPVILGFTHTPTIVCLILAMACNGGIYAGFKVNHIDISP-CFAGILMSITNCSANVVGMLAPTISGLLLNWF 426 (520)
Q Consensus 348 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~g~l~~~~ 426 (520)
.+..++.....+.+ +.+......++.+.+.+...+....+..|..| ++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.+
T Consensus 73 ~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~-- 149 (375)
T 2gfp_A 73 SIFMLATLVAVTTS-SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT-- 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhc-cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH--
Confidence 66666666555544 33333334444444445566666777777765 559999999999999999999999999988
Q ss_pred cccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy10491 427 QHDEMLSWKVVFLVSAVLYITCATV 451 (520)
Q Consensus 427 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 451 (520)
..+|+..|++.++..++..+.
T Consensus 150 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 170 (375)
T 2gfp_A 150 ----MWNWRACYLFLLVLCAGVTFS 170 (375)
T ss_dssp ----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
T ss_pred ----hccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 568999998888777666553
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.24 E-value=1.8e-10 Score=115.88 Aligned_cols=157 Identities=9% Similarity=-0.003 Sum_probs=119.6
Q ss_pred CCCCCChhhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhcccCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHhhh---HH-H-HHHHHHHHhcc
Q psy10491 68 DSKSWSTVERGLLLSSFFYGYVLTQIPIGLLTKNHDSHKMLAYGMVVNAVFALLVPVSSQS---IW-C-LAAVRFIQGMG 142 (520)
Q Consensus 68 ~~~~~s~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~-~-l~~~r~l~G~g 142 (520)
+..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+....+++.+..+..... .+ . ....-+..+++
T Consensus 305 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 384 (491)
T 4gc0_A 305 KTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFA 384 (491)
T ss_dssp HHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5666677777777788888899999999999999999999999988888877766544211 22 2 22222333333
Q ss_pred ccCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHHHHHHHhHHHHHHhhhhhhhhhccc---cccCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy10491 143 EGPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGGIVYSGAQFGTIISYPVSGYLAYGT---FLQGWPAIFYVFGVICLIWCVLFIFLV 219 (520)
Q Consensus 143 ~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~~~~~~~~~G~~~g~~l~~~l~~~~---~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (520)
. ...+....+.+|.+|.+.|++++|+......+|..+++.+.+.+.+.. ...++.+.|++.+.++++..+..++++
T Consensus 385 ~-~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~ 463 (491)
T 4gc0_A 385 M-SWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFV 463 (491)
T ss_dssp T-TTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred h-HHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhee
Confidence 3 345777899999999999999999999999999999888876664420 114677889999999999888889999
Q ss_pred hcCCCC
Q psy10491 220 YENPHS 225 (520)
Q Consensus 220 ~e~~~~ 225 (520)
||++..
T Consensus 464 PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 464 PETKGK 469 (491)
T ss_dssp CCCTTC
T ss_pred cCCCCC
Confidence 998654
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=74.12 E-value=62 Score=30.84 Aligned_cols=36 Identities=6% Similarity=-0.213 Sum_probs=20.9
Q ss_pred cCchhhHHHHHhhhcCCCcchhHHHHHHHHhHHHHH
Q psy10491 144 GPIVPCTHAILAKWIPPGERSFLGGIVYSGAQFGTI 179 (520)
Q Consensus 144 ~~~~~~~~~~i~~~~~~~~rg~~~~~~~~~~~~G~~ 179 (520)
+.............+..+++.+...+......+-.+
T Consensus 139 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i 174 (460)
T 3mkt_A 139 AVPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLNI 174 (460)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333344455556666677777776666665554443
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=40.99 E-value=8.1 Score=18.98 Aligned_cols=14 Identities=21% Similarity=0.313 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhhhhhcccCcchh
Q psy10491 94 PIGLLTKNHDSHKM 107 (520)
Q Consensus 94 ~~g~l~Dr~Grr~~ 107 (520)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 36888999999864
No 17
>3b9w_A Ammonium transporter family; membrane protein, ammonia transport, rhesus protein, transpo protein; HET: BOG; 1.30A {Nitrosomonas europaea} PDB: 3bhs_A 3b9y_A* 3b9z_A*
Probab=33.97 E-value=3e+02 Score=25.84 Aligned_cols=22 Identities=9% Similarity=-0.076 Sum_probs=13.1
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy10491 265 PFLSILVAHMGQNFGYETLMTM 286 (520)
Q Consensus 265 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 286 (520)
+....++..++..++.++++.-
T Consensus 176 n~~~~~lGt~lLW~GWfGFN~G 197 (407)
T 3b9w_A 176 SDRFSMLGSMVLWLFWPSFATA 197 (407)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Confidence 4445566666666666666554
No 18
>2jln_A MHP1; hydantoin, transporter, membrane protein, nucleobase-cation-symport-1 family; 2.85A {Microbacterium liquefaciens} PDB: 2jlo_A* 2x79_A
Probab=29.21 E-value=4e+02 Score=25.79 Aligned_cols=52 Identities=10% Similarity=-0.061 Sum_probs=26.9
Q ss_pred cCCCcc-hhHHHHHHHHhHHHHHHhhh-hhhhhhccccccCcchHHHHHHHHHHHHH
Q psy10491 158 IPPGER-SFLGGIVYSGAQFGTIISYP-VSGYLAYGTFLQGWPAIFYVFGVICLIWC 212 (520)
Q Consensus 158 ~~~~~r-g~~~~~~~~~~~~G~~~g~~-l~~~l~~~~~~~gwr~~f~i~~~~~~~~~ 212 (520)
.|+++| .....+.....+....++.. +++.+... .+|...++...+-.++..
T Consensus 20 vp~~~R~~~~~~~~~~W~g~~~~i~~~~~Ga~~~~G---Ls~~~a~lai~lG~li~~ 73 (501)
T 2jln_A 20 TRYAERSVGPFSLAAIWFAMAIQVAIFIAAGQMTSS---FQVWQVIVAIAAGCTIAV 73 (501)
T ss_dssp CCGGGCCBCHHHHHHHHHHHHCSTHHHHHHHHHTTT---SCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhhCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC---cCHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 455666 45555555555544444444 33333332 677777765544444433
Done!