Query psy12242
Match_columns 498
No_of_seqs 456 out of 1859
Neff 11.1
Searched_HMMs 29240
Date Fri Aug 16 22:26:10 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy12242.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/12242hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2E-48 6.8E-53 385.7 44.3 449 26-497 7-483 (491)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 7.8E-37 2.7E-41 298.0 27.9 352 32-457 27-412 (438)
3 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 3.6E-38 1.2E-42 308.6 14.5 397 27-475 24-432 (451)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.6E-33 5.6E-38 268.6 14.9 360 36-468 5-367 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 5.8E-32 2E-36 267.5 23.5 389 80-483 51-478 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 4.4E-29 1.5E-33 241.0 4.6 355 80-483 40-406 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.3E-26 4.4E-31 231.1 17.8 394 81-488 52-514 (524)
8 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.4 1.8E-12 6E-17 125.7 14.3 139 311-454 42-181 (438)
9 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.4 1.8E-12 6.1E-17 122.9 12.2 163 311-481 16-179 (375)
10 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.4 2.1E-11 7.1E-16 120.0 19.0 169 298-474 17-194 (491)
11 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 3E-12 1E-16 124.6 12.2 165 312-481 45-211 (451)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.3 2.8E-11 9.7E-16 120.1 17.2 156 311-473 29-195 (524)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.2 2.3E-11 7.8E-16 116.9 8.3 142 89-235 261-404 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.0 7.3E-09 2.5E-13 101.7 14.3 123 330-452 55-187 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 62.4 3.9 0.00013 19.5 1.3 14 106-119 2-15 (26)
16 4dve_A Biotin transporter BIOY 28.9 1.3E+02 0.0046 24.4 6.2 24 94-117 100-123 (198)
17 3arc_T Photosystem II reaction 24.3 49 0.0017 17.6 1.8 11 227-237 19-29 (32)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=2e-48 Score=385.69 Aligned_cols=449 Identities=26% Similarity=0.466 Sum_probs=356.9
Q ss_pred chHHHHHHHHHhhhhhccccccccccCCcHHHHHHHHHhhhhcccccCCCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 26 NGKLAFAISASALGSSFQHGYNTGVFNAPQKLISEWIVDVLKNRSIADGTVNPVIEQSQVTMIFAVAVSIFCAGGIIGGA 105 (498)
Q Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~ 105 (498)
+++.+.+.++++++ .+++|||.++++.++|.++++++...+ .+++..+.+.|++.+++.+|..+|++
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg-~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~ 73 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLG-GLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQN------------LSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGA 73 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGC------------CCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCC------------CCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 35677777888888 799999999999999999988863210 34455566779999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhh---------------ccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhhhc
Q psy12242 106 ATGYVAERFGRKGGLLINNVFVVLAALLQGFSK---------------AFSSYEMIILGRFLIGINSGLNAGLAPMYLAE 170 (498)
Q Consensus 106 ~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------~~~~~~~~~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~ 170 (498)
++|+++||+|||++++++.+++.++++++++++ ..+|++.++++|+++|++.|...+....+++|
T Consensus 74 ~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E 153 (491)
T 4gc0_A 74 LGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAE 153 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999999999999999999999998521 12899999999999999999999999999999
Q ss_pred cCcccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcc------cCCCCchhHHHHhhhHHHHHHHhhcccccCChhhHHHhcCC
Q psy12242 171 ISPVHLRGAVGTVYQLVITISIVISQILGLGGL------LGTADGWPLLLAFTLVPGIYQMITLPFCPESPKYILLSKGQ 244 (498)
Q Consensus 171 ~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~~------~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e~p~~l~~~~~~ 244 (498)
+.|+++|++..++.+.+..+|.++++.++.... ......||+.+.+..+..++.++..+++||||+|+ ..+++
T Consensus 154 ~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L-~~~~~ 232 (491)
T 4gc0_A 154 LAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWL-MSRGK 232 (491)
T ss_dssp TSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHH-HHTTC
T ss_pred hCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHH-HHcCc
Confidence 999999999999999999999999888653211 12345789999999999888888889999999999 89999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHhHHhhhcCCCchhhhHhccccchhhHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHhHHHHHhh
Q psy12242 245 ELEAQRALSWLRGTIEVHDEMDEMRAEYESIKLIPKVSLREMFTNAQLRIPLFISMTVMVAQQLSGINAVIYFSTKIFTM 324 (498)
Q Consensus 245 ~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 324 (498)
++++++.+++...+....++..+.++..+..++.. .....++ .++.........+.++.+.....+|.+.+.+.
T Consensus 233 ~~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 306 (491)
T 4gc0_A 233 QEQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTG--GRLLMFG----VGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKT 306 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT--THHHHSC----CTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhh--hHHHHhc----ccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHh
Confidence 99999988887665444433333332222222111 1112222 22455666667777788888999999999999
Q ss_pred cCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 325 AQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVEIFVMSIFCIILVIMFVVFF 404 (498)
Q Consensus 325 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 404 (498)
.+.+...........++..+++.++++++.||+|||+.+..+...+.++++.+........ .....+....++..++
T Consensus 307 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (491)
T 4gc0_A 307 LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQA---PGIVALLSMLFYVAAF 383 (491)
T ss_dssp SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---CHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhccc---chHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8988888888888889999999999999999999999999888888887777665443322 2333444455556667
Q ss_pred hcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhh------h-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Q psy12242 405 AVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLPIESII------H-GYVFTIFAVLQAMFVLFIYKKV 477 (498)
Q Consensus 405 ~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~------g-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (498)
..+..++.+.+.+|++|++.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+.. + ...+++++++++++.++.+++.
T Consensus 384 ~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~ 463 (491)
T 4gc0_A 384 AMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFV 463 (491)
T ss_dssp HTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhee
Confidence 77788899999999999999999999999999999999999988775432 1 2467888899999999999999
Q ss_pred cCCCCCCHHHHHHHHHhhhc
Q psy12242 478 PETKNKTQEEIAAMFRQISY 497 (498)
Q Consensus 478 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 497 (498)
||||+|++||+|+.+|++++
T Consensus 464 PETkg~tLeei~~~f~~~~~ 483 (491)
T 4gc0_A 464 PETKGKTLEELEALWEPETK 483 (491)
T ss_dssp CCCTTCCHHHHGGGTC----
T ss_pred cCCCCCCHHHHHHHhCCCCc
Confidence 99999999999988766543
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=7.8e-37 Score=297.98 Aligned_cols=352 Identities=11% Similarity=0.043 Sum_probs=263.0
Q ss_pred HHHHHhhhhhccccccccccCCcHHHHHHHHHhhhhcccccCCCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHH
Q psy12242 32 AISASALGSSFQHGYNTGVFNAPQKLISEWIVDVLKNRSIADGTVNPVIEQSQVTMIFAVAVSIFCAGGIIGGAATGYVA 111 (498)
Q Consensus 32 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~ 111 (498)
....+++. .+..+++....++..|.+.++++ .++.+. |++.+++.+++.++++++|+++
T Consensus 27 ~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g----------------~s~~~~----g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~ 85 (438)
T 3o7q_A 27 PFALLCSL-FFLWAVANNLNDILLPQFQQAFT----------------LTNFQA----GLIQSAFYFGYFIIPIPAGILM 85 (438)
T ss_dssp HHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC----------------CCSHHH----HHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH-HHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcC----------------CCHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHH
Confidence 34444555 56677887788888899999888 888888 9999999999999999999999
Q ss_pred HhhccchhhHHHHHHHHHHHHHH---hhhhccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhhhccCcccchhhhHhHHHHHH
Q psy12242 112 ERFGRKGGLLINNVFVVLAALLQ---GFSKAFSSYEMIILGRFLIGINSGLNAGLAPMYLAEISPVHLRGAVGTVYQLVI 188 (498)
Q Consensus 112 dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~ 188 (498)
||+|||++++++.++.+++.+++ +++ ++++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.
T Consensus 86 dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~ 162 (438)
T 3o7q_A 86 KKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEI---MNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFN 162 (438)
T ss_dssp HHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---TCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc---ccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999 777 999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhcCcccC-CCCc-------------------------hhHHHHhhhHHHHHHHhhcc--cccCChhhHHH
Q psy12242 189 TISIVISQILGLGGLLG-TADG-------------------------WPLLLAFTLVPGIYQMITLP--FCPESPKYILL 240 (498)
Q Consensus 189 ~~g~~~~~~i~~~~~~~-~~~~-------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~--~~~e~p~~l~~ 240 (498)
++|.+++++++ +.+. +..+ ||+.|++.++..++..+..+ ..||+++.
T Consensus 163 ~~g~~~g~~~~--~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~--- 237 (438)
T 3o7q_A 163 SFGAIIAVVFG--QSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD--- 237 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHT--THHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT---
T ss_pred HHHHHHHHHHH--HHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc---
Confidence 99999999953 3444 3333 99999877665554443332 34655421
Q ss_pred hcCCHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHhHHhhhcCCCchhhhHhccccchhhHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHhHHH
Q psy12242 241 SKGQELEAQRALSWLRGTIEVHDEMDEMRAEYESIKLIPKVSLREMFTNAQLRIPLFISMTVMVAQQLSGINAVIYFSTK 320 (498)
Q Consensus 241 ~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 320 (498)
++++ ++++..+.+++++++++.++...+..... ... ......+.|.
T Consensus 238 -~~~~----------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~-~~~~~~~~~~ 283 (438)
T 3o7q_A 238 -NHSD----------------------------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCY----VGA-QTACWSYLIR 283 (438)
T ss_dssp -CCCC----------------------------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHH----HHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred -cccc----------------------------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHH----HHH-HHHHHHHHHH
Confidence 0000 00111123556777777554332222221 111 2334444454
Q ss_pred H-Hhh-cCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHH
Q psy12242 321 I-FTM-AQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVEIFVMSIFCIILVI 398 (498)
Q Consensus 321 ~-~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 398 (498)
+ .++ +|.+..+++.......++.+++.++.+++.||++||+.+..+..+..++.+.+.... ........
T Consensus 284 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~- 354 (438)
T 3o7q_A 284 YAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAG--------GHVGLIAL- 354 (438)
T ss_dssp HHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------HHHHHHHH-
T ss_pred HhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcC--------CcHHHHHH-
Confidence 4 554 499999999999999999999999999999999999998888777766655544321 11122222
Q ss_pred HHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhh-hH
Q psy12242 399 MFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLPIESIIH-GY 457 (498)
Q Consensus 399 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g-~~ 457 (498)
...+++.....+....+..|.+|++ ++++.++.. ...++..++|.+.|.+.+..+ +.
T Consensus 355 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~ 412 (438)
T 3o7q_A 355 TLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIP 412 (438)
T ss_dssp HHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 2233334445577888888999976 888888877 677999999999999999988 53
No 3
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=3.6e-38 Score=308.65 Aligned_cols=397 Identities=13% Similarity=0.061 Sum_probs=277.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHhhhhhccccccccccCCcHHHHHHHHHhhhhcccccCCCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy12242 27 GKLAFAISASALGSSFQHGYNTGVFNAPQKLISEWIVDVLKNRSIADGTVNPVIEQSQVTMIFAVAVSIFCAGGIIGGAA 106 (498)
Q Consensus 27 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~ 106 (498)
+.++......+++ .+..+++...++...|.+.+++ . +..+. |++.+++.++..+++++
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~----------------s~~~~----g~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFG-YAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-F----------------SRGDL----GFALSGISIAYGFSKFI 81 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-T----------------CSSCH----HHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-c----------------cHhHH----HHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 4455566666666 6777777777666666555443 1 44555 99999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHHHHhh----hhccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhhhccCcccchhhhHh
Q psy12242 107 TGYVAERFGRKGGLLINNVFVVLAALLQGF----SKAFSSYEMIILGRFLIGINSGLNAGLAPMYLAEISPVHLRGAVGT 182 (498)
Q Consensus 107 ~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~ 182 (498)
+|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ + ++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|+++++
T Consensus 82 ~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~ 158 (451)
T 1pw4_A 82 MGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWAT---SSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVS 158 (451)
T ss_dssp HHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH---SSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcc---ccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999 8 899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccCCCCc-hhHHHHhhhHHHHHHH-hhcccccCChhhHHHhcCCHHHHHHHHHhhcCCch
Q psy12242 183 VYQLVITISIVISQILGLGGLLGTADG-WPLLLAFTLVPGIYQM-ITLPFCPESPKYILLSKGQELEAQRALSWLRGTIE 260 (498)
Q Consensus 183 ~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~~~~~~~~-wr~~f~~~~~~~~~~~-~~~~~~~e~p~~l~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~ 260 (498)
+...+.++|.+++|+++ +.+.+..+ ||+.|++.+++.++.. +..+++||+|+.. +..+.++. ....
T Consensus 159 ~~~~~~~~g~~~g~~~~--~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~-------~~~~- 226 (451)
T 1pw4_A 159 VWNCAHNVGGGIPPLLF--LLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSC--GLPPIEEY-------KNDY- 226 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSHHHHH--HHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTT--CCCSCTTT-------CCC--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhc--CCCChhhh-------cccc-
Confidence 99999999999999954 34445567 9999999887766554 4456688887542 11111100 0000
Q ss_pred hHHHHHHHHHhHHhhhcCCCchhhhHhccccchhhHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHhHHHHHhh-cCCCchhHHHHHHHH
Q psy12242 261 VHDEMDEMRAEYESIKLIPKVSLREMFTNAQLRIPLFISMTVMVAQQLSGINAVIYFSTKIFTM-AQLSDTAAQWATLGM 339 (498)
Q Consensus 261 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~ 339 (498)
++ +.+++.++....++...++.++++.++. .....+... ........+.|.+.++ .|+++.+.+......
T Consensus 227 --~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 297 (451)
T 1pw4_A 227 --PD--DYNEKAEQELTAKQIFMQYVLPNKLLWY----IAIANVFVY-LLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLY 297 (451)
T ss_dssp ----------------CCTHHHHHHTSSCHHHHH----HHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHH
T ss_pred --cc--cchhhhhcccccccchHHHHHcCHHHHH----HHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHH
Confidence 00 0000000001111111345556554332 222222222 2234455666666655 799999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhcc--CCceehhhhhHHHH-HHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhh
Q psy12242 340 GTMNVVMTLVSLVLVEIS--GRKTLLLIGFMGVF-VVTVLLTIVMQFVEIFVMSIFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLV 416 (498)
Q Consensus 340 ~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 416 (498)
.++.+++.++.+++.||+ +||+.+..+..+.. ++.+.+... . ..............+.......+....+.
T Consensus 298 ~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~---~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 371 (451)
T 1pw4_A 298 EYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMN---P---AGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHA 371 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSC---C---TTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---c---ccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999 99988776665555 333333221 0 01111222222223333333445667788
Q ss_pred cccCCCChhhHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHhHHHHHHhhhh-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 417 SELFSQSARPLATSLAVSINWT-ANFIVGLGFLPIESIIHG-YVFTIFAVLQAMFVLFIYK 475 (498)
Q Consensus 417 ~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~l~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (498)
.|.+|++.|+++.|+.+...++ +..++|.+.|.+.+..++ ..+.+.+++.+++.++.+.
T Consensus 372 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (451)
T 1pw4_A 372 LELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIV 432 (451)
T ss_dssp HHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999 999999999999998885 4555566666655555444
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.6e-33 Score=268.59 Aligned_cols=360 Identities=13% Similarity=0.076 Sum_probs=261.0
Q ss_pred HhhhhhccccccccccCCcHHHHHHHHHhhhhcccccCCCCCcccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhc
Q psy12242 36 SALGSSFQHGYNTGVFNAPQKLISEWIVDVLKNRSIADGTVNPVIEQSQVTMIFAVAVSIFCAGGIIGGAATGYVAERFG 115 (498)
Q Consensus 36 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~G 115 (498)
.++. .+..+++.....+..|.+.++++ .++.+. |++.+.+.++..++++++|+++||+|
T Consensus 5 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g----------------~s~~~~----g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g 63 (375)
T 2gfp_A 5 LVLL-VAVGQMAQTIYIPAIADMARDLN----------------VREGAV----QSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVG 63 (375)
T ss_dssp HHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSS----------------STTHHH----HHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSC
T ss_pred HHHH-HHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcC----------------CCHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhC
Confidence 3444 45566777777777777777766 788887 99999999999999999999999999
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhhhccCcccchhhhHhHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 116 RKGGLLINNVFVVLAALLQGFSKAFSSYEMIILGRFLIGINSGLNAGLAPMYLAEISPVHLRGAVGTVYQLVITISIVIS 195 (498)
Q Consensus 116 rr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 195 (498)
||+++..+..+..++.++.+++ ++++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..++
T Consensus 64 ~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~ 140 (375)
T 2gfp_A 64 RRPVILVGMSIFMLATLVAVTT---SSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLA 140 (375)
T ss_dssp CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh---ccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Confidence 9999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHhcCcccCCCCchhHHHHhhhHHHHHHHh-hcccccCChhhHHHhcCCHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHhHHh
Q psy12242 196 QILGLGGLLGTADGWPLLLAFTLVPGIYQMI-TLPFCPESPKYILLSKGQELEAQRALSWLRGTIEVHDEMDEMRAEYES 274 (498)
Q Consensus 196 ~~i~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~~~e~p~~l~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 274 (498)
|.++ +.+.+..+||+.|++.++..++..+ ..+++||+|+.. ++
T Consensus 141 ~~~~--~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~------------------------------ 184 (375)
T 2gfp_A 141 PLIG--GLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD----AP------------------------------ 184 (375)
T ss_dssp HHHH--HHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT----CC------------------------------
T ss_pred HHHH--HHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC----cc------------------------------
Confidence 9954 4777778999999998887776665 556688875321 00
Q ss_pred hhcCCCchhhhHhccccchhhHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHhHHHHH-hhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q psy12242 275 IKLIPKVSLREMFTNAQLRIPLFISMTVMVAQQLSGINAVIYFSTKIF-TMAQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVL 353 (498)
Q Consensus 275 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l 353 (498)
+++.+.++++.+|+|..+...+..... .. .......+.|.+. +..|.++.+.+.......++.+++.++.+++
T Consensus 185 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l 258 (375)
T 2gfp_A 185 -RTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGG----LA-GIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRP 258 (375)
T ss_dssp -CCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HH-HHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred -cccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHH----HH-HHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 011233556677776544332222222 21 2233444444444 4478899999999999999999999999999
Q ss_pred hhccCCceehhhhhHH-HHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHH
Q psy12242 354 VEISGRKTLLLIGFMG-VFVVTVLLTIVMQFVEIFVMSIFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLA 432 (498)
Q Consensus 354 ~dr~g~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~ 432 (498)
.||.+++ ...+... ...+...+....... ...+..... ....+.......+....+..|..| ++|+++.|+.
T Consensus 259 ~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~-~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~ 331 (375)
T 2gfp_A 259 NKRFSTL--MWQSVICCLLAGLLMWIPDWFGV---MNVWTLLVP-AALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALV 331 (375)
T ss_dssp TTHHHHH--HHHHHHHHHHTSSSSSHHHHHHH---HHHHHHHHH-HHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcc---ccHHHHHHH-HHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHH
Confidence 9999872 2222222 222221111111000 111212122 222223333345777788889998 8899999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 433 VSINWTANFIVGLGFLPIESIIHGYVFTIFAVLQAM 468 (498)
Q Consensus 433 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 468 (498)
+...+++..++|.+.+.+.+..++...+...++.++
T Consensus 332 ~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 367 (375)
T 2gfp_A 332 GGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLMGLL 367 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999887666544444443333
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=5.8e-32 Score=267.47 Aligned_cols=389 Identities=11% Similarity=0.051 Sum_probs=245.7
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHh-hccchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhccchhHHHHHHHHHHHhhhh
Q psy12242 80 IEQSQVTMIFAVAVSIFCAGGIIGGAATGYVAER-FGRKGGLLINNVFVVLAALLQGFSKAFSSYEMIILGRFLIGINSG 158 (498)
Q Consensus 80 ~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~g 158 (498)
.+..+. |++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++.+++.++++++ ++++.++++|+++|++.+
T Consensus 51 ~s~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 123 (491)
T 4aps_A 51 ITRATA----ASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALP---FGASALFGSIILIIIGTG 123 (491)
T ss_dssp SCHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSC---CSTTHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---hhHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 677777 999999999999999999999999 899999999999999999999998 999999999999999999
Q ss_pred hhhcchhhhhhccCcccc--hhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccCCCCchhHHHHhhhHHHHHHHhhcccc-cCC-
Q psy12242 159 LNAGLAPMYLAEISPVHL--RGAVGTVYQLVITISIVISQILGLGGLLGTADGWPLLLAFTLVPGIYQMITLPFC-PES- 234 (498)
Q Consensus 159 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~- 234 (498)
...+...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.++ +.+.+..+||+.|++.++..++..+..++. |+.
T Consensus 124 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~--~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 201 (491)
T 4aps_A 124 FLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIV--GAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTL 201 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC
T ss_pred hccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccc
Confidence 999999999999999988 77888889999999999999954 466667899999999876666555443322 211
Q ss_pred ---hhhHHHhcCCHHHHHHHHHh----------------hcCCchhHHHHHHHH--------HhHHhhhcCCCchhhhHh
Q psy12242 235 ---PKYILLSKGQELEAQRALSW----------------LRGTIEVHDEMDEMR--------AEYESIKLIPKVSLREMF 287 (498)
Q Consensus 235 ---p~~l~~~~~~~~~a~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (498)
.+.. .++.+.++.++..++ ..+..+.+....... .......+.+ ......
T Consensus 202 ~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~ 278 (491)
T 4aps_A 202 DPHYLRP-TDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSV--KVTSTE 278 (491)
T ss_dssp CSCCSCC-SCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----------
T ss_pred cccccCC-CCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcc--cccHHH
Confidence 0000 111233333333322 011111100000000 0000000000 000011
Q ss_pred ccccchhhHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHhHHHHH-hhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehh--
Q psy12242 288 TNAQLRIPLFISMTVMVAQQLSGINAVIYFSTKIF-TMAQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLL-- 364 (498)
Q Consensus 288 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~-- 364 (498)
+++ .. .............. .+.....+.+.+. +..+.+..+.+.......+..+++.++.+++.||++||+...
T Consensus 279 ~~~-~~-~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~ 355 (491)
T 4aps_A 279 HLR-VV-SYIPLFIAAVLFWA-IEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPT 355 (491)
T ss_dssp ----CT-THHHHHHHHHHHHH-HHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHH
T ss_pred HHH-HH-HHHHHHHHHHHHHH-HHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchH
Confidence 111 11 11111111111111 1122223333343 445666567777788888899999999999999999987765
Q ss_pred ---hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 365 ---IGFMGVFVVTVLLTIVMQFVE-IFVMSIFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLAVSINWTAN 440 (498)
Q Consensus 365 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 440 (498)
.+..+.+++.+.+........ .............++.+.......+....+..|.+|++.|+++.|+.+....+|.
T Consensus 356 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~ 435 (491)
T 4aps_A 356 KFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGS 435 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555555555444321110 0001122222233333444444557778899999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCC
Q psy12242 441 FIVGLGFLPIESIIHGYVFTIFAVLQAMFVLFIYKKVPETKNK 483 (498)
Q Consensus 441 ~~~~~~~~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 483 (498)
.+++.+.+.+.+......+...++++++..++.+...++.+++
T Consensus 436 ~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 478 (491)
T 4aps_A 436 ALNAQLVTLYNAKSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQGL 478 (491)
T ss_dssp HHHHHHGGGGGGSSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-------
T ss_pred HHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999988776555677777777777776666655555443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=4.4e-29 Score=240.95 Aligned_cols=355 Identities=10% Similarity=0.029 Sum_probs=214.5
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHH---HHhhhhccchh-HHHHHHHHHHHh
Q psy12242 80 IEQSQVTMIFAVAVSIFCAGGIIGGAATGYVAERFGRKGGLLINNVFVVLAAL---LQGFSKAFSSY-EMIILGRFLIGI 155 (498)
Q Consensus 80 ~~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~-~~~~~~r~l~G~ 155 (498)
.++.+. |++.+.+.+++.++++++|+++||+|||++++++..++.++.. ...++ +.. ..++..+.+.|+
T Consensus 40 ~s~~~~----g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~ 112 (417)
T 2cfq_A 40 ISKSDT----GIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFG---PLLQYNILVGSIVGGI 112 (417)
T ss_dssp CCTTTS----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHH---HHHHTTCCHHHHGGGS
T ss_pred CCHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 677787 9999999999999999999999999999999998887755322 12232 211 123455666666
Q ss_pred hhhhhhcchhhhhhccCcc--cchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcccCCCCchhHHHHhhhHHHHHHHhhcccccC
Q psy12242 156 NSGLNAGLAPMYLAEISPV--HLRGAVGTVYQLVITISIVISQILGLGGLLGTADGWPLLLAFTLVPGIYQMITLPFCPE 233 (498)
Q Consensus 156 ~~g~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~i~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~e 233 (498)
+.+...+.....+.++.++ ++|+...+....+.++|..++|.++ +.+.+ .+||+.|++.++..++..+..++.+|
T Consensus 113 ~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~--~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 189 (417)
T 2cfq_A 113 YLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIV--GIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKT 189 (417)
T ss_dssp STTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHH--HHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCC
T ss_pred HHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCc
Confidence 6665555555555555543 4556667777677788888888743 24333 47999999877665555544544443
Q ss_pred ChhhHHHhcCCHHHHHHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHhHHhhhcCCCchhhhHhccccchhhHHHHHHHHHHHHhhchHH
Q psy12242 234 SPKYILLSKGQELEAQRALSWLRGTIEVHDEMDEMRAEYESIKLIPKVSLREMFTNAQLRIPLFISMTVMVAQQLSGINA 313 (498)
Q Consensus 234 ~p~~l~~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (498)
+|+. +.++++ .. +++.++....+++++++++.++...+..+.... .+..
T Consensus 190 ~~~~----~~~~~~----------~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~ 238 (417)
T 2cfq_A 190 DAPS----SATVAN----------AV------------GANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSC-----TYDV 238 (417)
T ss_dssp CCSC----SSCSSS----------SS------------SSCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH-----HHHH
T ss_pred cccc----cccccc----------cc------------ccccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHH-----HHHH
Confidence 3210 000000 00 000000111234566776655433222111111 1122
Q ss_pred HHHhHHHHHhh-cC---CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Q psy12242 314 VIYFSTKIFTM-AQ---LSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVEIFVM 389 (498)
Q Consensus 314 ~~~~~~~~~~~-~g---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 389 (498)
...+.|.+..+ ++ .+....+.......++.+++.++.+++.||+|||+.+..+..+.++..+.+.+. + .
T Consensus 239 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~----~---~ 311 (417)
T 2cfq_A 239 FDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA----T---S 311 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC----C---S
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh----c---c
Confidence 22223433332 22 223455677777788889999999999999999998877776666554443221 1 1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhhh-HHHHHHHHHHH
Q psy12242 390 SIFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLA-VSINWTANFIVGLGFLPIESIIHG-YVFTIFAVLQA 467 (498)
Q Consensus 390 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~-~~~~~~~~~~~ 467 (498)
.+..+....+. ........+....+..|.+|++.|+++.++. +....+|+.++|.+.|.+.+..++ ..+.+.+++++
T Consensus 312 ~~~~~~~~~l~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l 390 (417)
T 2cfq_A 312 ALEVVILKTLH-MFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVAL 390 (417)
T ss_dssp HHHHHHHTTHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 11111111111 1111112234467889999999999999994 788889999999999999987775 45566666666
Q ss_pred HHHHHHHHhccCCCCC
Q psy12242 468 MFVLFIYKKVPETKNK 483 (498)
Q Consensus 468 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 483 (498)
++.++.+...+|+++.
T Consensus 391 ~~~~~~~~~~~~~~~~ 406 (417)
T 2cfq_A 391 GFTLISVFTLSGPGPL 406 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTSSCCSCTT
T ss_pred HHHHHHHhhhcCCCch
Confidence 6666655556665543
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.94 E-value=1.3e-26 Score=231.08 Aligned_cols=394 Identities=11% Similarity=0.019 Sum_probs=214.1
Q ss_pred chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhh-ccchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhccc-hhHHHHHHHHHHHhhhh
Q psy12242 81 EQSQVTMIFAVAVSIFCAGGIIGGAATGYVAERF-GRKGGLLINNVFVVLAALLQGFSKAFS-SYEMIILGRFLIGINSG 158 (498)
Q Consensus 81 ~~~~~~~~~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~r~l~G~~~g 158 (498)
+..+. |++.+++.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.++++++ + +++.+++.|++.|++.+
T Consensus 52 s~~~~----g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~l~g~~~~ 124 (524)
T 2xut_A 52 RGAVA----KDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF---EHSVQGFYTGLFLIALGSG 124 (524)
T ss_dssp TTTTH----HHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---SSCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---cccHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 55556 9999999999999999999999999 99999999999999999999998 7 99999999999999999
Q ss_pred hhhcchhhhhhccCcccchhhhHhH---HHHHHHHHHHHHHHHhcCcccCCCCchhHHHHhhhHHHHHHHhhcccc-cCC
Q psy12242 159 LNAGLAPMYLAEISPVHLRGAVGTV---YQLVITISIVISQILGLGGLLGTADGWPLLLAFTLVPGIYQMITLPFC-PES 234 (498)
Q Consensus 159 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~g~~~~~~i~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~-~e~ 234 (498)
...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|..++|. +++.+.+..+||+.|++.++..++..+..++. ++.
T Consensus 125 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~--~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 202 (524)
T 2xut_A 125 GIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASL--SMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRY 202 (524)
T ss_dssp TTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--TSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSC
T ss_pred ccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 9999999999999999999876666 88999999999999 55566667899999999877766655443332 221
Q ss_pred hhhHHHhcCCHHHHHHHH-HhhcCCchhHHH---HHHHHH--------------------------hHHhhhcCCCchhh
Q psy12242 235 PKYILLSKGQELEAQRAL-SWLRGTIEVHDE---MDEMRA--------------------------EYESIKLIPKVSLR 284 (498)
Q Consensus 235 p~~l~~~~~~~~~a~~~~-~~~~~~~~~~~~---~~~~~~--------------------------~~~~~~~~~~~~~~ 284 (498)
++.. .++++..+..+.+ ...++.....+. ...... ..+.+ .+.+++
T Consensus 203 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~ 278 (524)
T 2xut_A 203 IHMP-PEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFV---GAGASL 278 (524)
T ss_dssp CCCC---------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHH---HTGGGT
T ss_pred cccC-CCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhccc---ccchhh
Confidence 1000 0000000100000 000110000000 000000 00000 001110
Q ss_pred hHh------c--cccchhhHHHHHHHH---HHHHhhchHHHHHhHHHHHhhcCCCc-hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q psy12242 285 EMF------T--NAQLRIPLFISMTVM---VAQQLSGINAVIYFSTKIFTMAQLSD-TAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLV 352 (498)
Q Consensus 285 ~~~------~--~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 352 (498)
++. + ....+++.+...... ..... .+.......+......+.+. ...+.......++.+++.++.++
T Consensus 279 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 357 (524)
T 2xut_A 279 QLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWS-LFDQKASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNF 357 (524)
T ss_dssp HHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHT-TTSSTTTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTT
T ss_pred HHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHhccchhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHh
Confidence 000 0 000111111111111 11111 11101111111222222221 13455555555566666666666
Q ss_pred hh----hccCCc----eehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCC
Q psy12242 353 LV----EISGRK----TLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVE-IFVMSIFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQS 423 (498)
Q Consensus 353 l~----dr~g~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 423 (498)
+. ||.++| +.+..+..+.+++.+.+........ ........+....++.+.......+....+..|..|++
T Consensus 358 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~ 437 (524)
T 2xut_A 358 VLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKA 437 (524)
T ss_dssp C------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTT
T ss_pred hhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHH
Confidence 54 444332 2344444444444444332110000 00011111222223333333334567777889999999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhh------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCHHHH
Q psy12242 424 ARPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLPIESIIH------------GYVFTIFAVLQAMFVLFIYKKVPETKNKTQEEI 488 (498)
Q Consensus 424 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 488 (498)
.|++++|+.+....+|+.++|.+.+.+.+..+ ...+++.+++++++.++.+.+.++.++++.++.
T Consensus 438 ~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 514 (524)
T 2xut_A 438 MKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSYQMQDHYRQ 514 (524)
T ss_dssp CCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------
T ss_pred HHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhhh
Confidence 99999999999999999999999998876321 122556666666666665555565555444433
No 8
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.41 E-value=1.8e-12 Score=125.68 Aligned_cols=139 Identities=12% Similarity=-0.000 Sum_probs=111.3
Q ss_pred hHHHHHhHHHHHhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhH
Q psy12242 311 INAVIYFSTKIFTMAQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVEIFVMS 390 (498)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 390 (498)
........|.+.+++|.+..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.++...... ..+
T Consensus 42 ~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~ 116 (438)
T 3o7q_A 42 NNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE-----IMN 116 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----TTC
T ss_pred HHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-----ccc
Confidence 345666678888999999999999999999999999999999999999999999999888888777633221 122
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHH-Hhh
Q psy12242 391 IFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLPIE-SII 454 (498)
Q Consensus 391 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~-~~~ 454 (498)
+..+....++.+.......+....++.|.+|+++|+++.++.+....+|..+++.+.+.+. +..
T Consensus 117 ~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~ 181 (438)
T 3o7q_A 117 YTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNV 181 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 2333333344444444455777889999999999999999999999999999999999988 443
No 9
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.39 E-value=1.8e-12 Score=122.89 Aligned_cols=163 Identities=15% Similarity=0.082 Sum_probs=124.1
Q ss_pred hHHHHHhHHHHHhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhH
Q psy12242 311 INAVIYFSTKIFTMAQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVEIFVMS 390 (498)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 390 (498)
........|.+.+++|.++.+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+...... +
T Consensus 16 ~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~ 87 (375)
T 2gfp_A 16 QTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTS--------S 87 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------H
T ss_pred HHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--------c
Confidence 34445556777788999999999999999999999999999999999999999999888888877776532 2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhhhH-HHHHHHHHHHHH
Q psy12242 391 IFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLPIESIIHGY-VFTIFAVLQAMF 469 (498)
Q Consensus 391 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~ 469 (498)
...+....+..+.......+....+..|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.+..++. .+.+.+++.++.
T Consensus 88 ~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 167 (375)
T 2gfp_A 88 LTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGV 167 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2223333333444444455777788899999999999999999999999999999999998877763 455555555555
Q ss_pred HHHHHHhccCCC
Q psy12242 470 VLFIYKKVPETK 481 (498)
Q Consensus 470 ~~~~~~~~~~~~ 481 (498)
.+......||++
T Consensus 168 ~~~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 168 TFSMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp HCCCCCSSCCCS
T ss_pred HHHHHHHCcccC
Confidence 444445556654
No 10
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.37 E-value=2.1e-11 Score=120.00 Aligned_cols=169 Identities=12% Similarity=0.057 Sum_probs=120.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhchHHHHHhHHHHHhh-----cCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhc-cCCceehhhhhHHHH
Q psy12242 298 ISMTVMVAQQLSGINAVIYFSTKIFTM-----AQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEI-SGRKTLLLIGFMGVF 371 (498)
Q Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~~~~~~~~~~~~~ 371 (498)
......+...+..+.......+++.+. +|.+..+.++..+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+..+..
T Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~ 96 (491)
T 4aps_A 17 TLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIM 96 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHH
Confidence 333333333333344445555555566 89999999999999999999999999999999 899999999988888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCCh--hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHH
Q psy12242 372 VVTVLLTIVMQFVEIFVMSIFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSA--RPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLP 449 (498)
Q Consensus 372 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 449 (498)
++.+.+.+. .+...+....++.+.......+...+++.|.+|++. |+++.++.+....+|..++|.+.+.
T Consensus 97 ~~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 168 (491)
T 4aps_A 97 LGHIVLALP--------FGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGA 168 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSC--------CSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHh--------hhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 877766542 111222222333333334445777889999999988 7788888899999999999999999
Q ss_pred HHHhhhh-HHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 450 IESIIHG-YVFTIFAVLQAMFVLFIY 474 (498)
Q Consensus 450 l~~~~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 474 (498)
+.+..++ ..+.+.++..+++.++..
T Consensus 169 l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 194 (491)
T 4aps_A 169 AQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYY 194 (491)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9998886 445555444444444433
No 11
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.36 E-value=3e-12 Score=124.59 Aligned_cols=165 Identities=13% Similarity=0.059 Sum_probs=126.0
Q ss_pred HHHHHhHHHHHhhcCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHH
Q psy12242 312 NAVIYFSTKIFTMAQLSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVEIFVMSI 391 (498)
Q Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 391 (498)
.......|.+.+++ .+..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.+...+..... .. +
T Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~-~ 119 (451)
T 1pw4_A 45 KNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWAT---SS-I 119 (451)
T ss_dssp TSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH---SS-S
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhcc---cc-H
Confidence 34556677777888 9999999999999999999999999999999999999999988888877776522111 11 1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhh-h-HHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 392 FCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLPIESIIH-G-YVFTIFAVLQAMF 469 (498)
Q Consensus 392 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g-~-~~~~~~~~~~~~~ 469 (498)
..+....++.+.......+...+++.|.+|+++|++++|+.+....+|..++|.+.+.+.+..+ + ..+++.+++.++.
T Consensus 120 ~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~ 199 (451)
T 1pw4_A 120 AVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILV 199 (451)
T ss_dssp SHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1222233334444444557778899999999999999999999999999999999999888887 6 4566666666666
Q ss_pred HHHHHHhccCCC
Q psy12242 470 VLFIYKKVPETK 481 (498)
Q Consensus 470 ~~~~~~~~~~~~ 481 (498)
.++.++..||++
T Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~ 211 (451)
T 1pw4_A 200 ALFAFAMMRDTP 211 (451)
T ss_dssp HHHHHHHCCCSS
T ss_pred HHHHHhhccCCH
Confidence 666666666643
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.33 E-value=2.8e-11 Score=120.09 Aligned_cols=156 Identities=15% Similarity=0.072 Sum_probs=114.8
Q ss_pred hHHHHHhHHHHHhhcC------CCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcc-CCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 311 INAVIYFSTKIFTMAQ------LSDTAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEIS-GRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQF 383 (498)
Q Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 383 (498)
+.......+++.++.| .++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+ |||+.+..+..+..++.+.+.+..
T Consensus 29 ~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 106 (524)
T 2xut_A 29 YGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFE-- 106 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc--
Confidence 3344455555667788 9999999999999999999999999999999 999999888888777776665421
Q ss_pred hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhhhH-HH
Q psy12242 384 VEIFVMSIFCIILVIMFVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSL---AVSINWTANFIVGLGFLPIESIIHGY-VF 459 (498)
Q Consensus 384 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~~-~~ 459 (498)
.....+....++.+.......+...+++.|.+|++.|++..+. .+....+|..++|.+.+.+.+..++. .+
T Consensus 107 -----~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f 181 (524)
T 2xut_A 107 -----HSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAF 181 (524)
T ss_dssp -----SCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHH
T ss_pred -----ccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHH
Confidence 0222233333444444455567888899999999999776666 88889999999999999999877763 45
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHH
Q psy12242 460 TIFAVLQAMFVLFI 473 (498)
Q Consensus 460 ~~~~~~~~~~~~~~ 473 (498)
.+.+++.++..++.
T Consensus 182 ~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 182 GIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55555544444433
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.20 E-value=2.3e-11 Score=116.92 Aligned_cols=142 Identities=11% Similarity=0.064 Sum_probs=116.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhccchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhccchhHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhhhh
Q psy12242 89 FAVAVSIFCAGGIIGGAATGYVAERFGRKGGLLINNVFVVLAALLQGFSKAFSSYEMIILGRFLIGINSGLNAGLAPMYL 168 (498)
Q Consensus 89 ~g~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i 168 (498)
.++..++..++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.++.++. ++.+.+++..++.+++.+...+....++
T Consensus 261 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 261 FGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA---TSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC---CSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh---ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3788888888999999999999999999999999988888887777777 7788888888888888777777778899
Q ss_pred hccCcccchhhhHhH-HHHHHHHHHHHHHHHhcCcccCCCCchhHHHHhhhHHHHHHHhh-cccccCCh
Q psy12242 169 AEISPVHLRGAVGTV-YQLVITISIVISQILGLGGLLGTADGWPLLLAFTLVPGIYQMIT-LPFCPESP 235 (498)
Q Consensus 169 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~i~~~~~~~~~~~wr~~f~~~~~~~~~~~~~-~~~~~e~p 235 (498)
.|.+|++.|+++.++ .+....+|..++|.+ .+.+.+..+++..|.+.+++.++..+. ..+.||.+
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l--~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVL--AGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHH--HHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhh--HHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999999998 477888999999984 346656678888998877776666544 44466654
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=98.95 E-value=7.3e-09 Score=101.75 Aligned_cols=123 Identities=10% Similarity=-0.092 Sum_probs=90.1
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhccCCceehhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhh----------hhhhHHHHHHHHHH
Q psy12242 330 TAAQWATLGMGTMNVVMTLVSLVLVEISGRKTLLLIGFMGVFVVTVLLTIVMQFVE----------IFVMSIFCIILVIM 399 (498)
Q Consensus 330 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~ 399 (498)
...+++.+...++.++|.++.|+++||+|||+.+.++.+++.++.++.++...... .....+..+++.-+
T Consensus 55 ~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~ 134 (491)
T 4gc0_A 55 SLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRI 134 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHH
Confidence 34567778888999999999999999999999999998888888776653210000 00123334444445
Q ss_pred HHHHHhcCccchhhhhhcccCCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHH
Q psy12242 400 FVVFFAVGPGSIPWFLVSELFSQSARPLATSLAVSINWTANFIVGLGFLPIES 452 (498)
Q Consensus 400 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~ 452 (498)
+.+....+..+....+++|..|++.|++..++.+.....|..+++.+......
T Consensus 135 l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 187 (491)
T 4gc0_A 135 IGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIAR 187 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhcc
Confidence 55555555567888899999999999999999998888888887777666554
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=62.39 E-value=3.9 Score=19.52 Aligned_cols=14 Identities=36% Similarity=0.560 Sum_probs=11.4
Q ss_pred hHHHHHHhhccchh
Q psy12242 106 ATGYVAERFGRKGG 119 (498)
Q Consensus 106 ~~g~l~dr~Grr~~ 119 (498)
+.|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 16
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=28.94 E-value=1.3e+02 Score=24.39 Aligned_cols=24 Identities=4% Similarity=0.066 Sum_probs=18.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhHHHHHHhhccc
Q psy12242 94 SIFCAGGIIGGAATGYVAERFGRK 117 (498)
Q Consensus 94 s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 117 (498)
.-|.+|+.+++.+.|++.||..++
T Consensus 100 gGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 100 GGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 356677888888999999987644
No 17
>3arc_T Photosystem II reaction center protein T; PSII, membrane-protein complex, transmembrane alpha-helix, E transport, photosynthesis; HET: OEX CLA PHO BCR PL9 SQD LMG UNL LMT HTG DGD LHG HEM; 1.90A {Thermosynechococcus vulcanus} PDB: 1s5l_T* 2axt_T* 3bz1_T* 3bz2_T* 3kzi_T* 3prq_T* 3prr_T* 3a0b_T* 3a0h_T*
Probab=24.26 E-value=49 Score=17.62 Aligned_cols=11 Identities=27% Similarity=0.392 Sum_probs=7.1
Q ss_pred hcccccCChhh
Q psy12242 227 TLPFCPESPKY 237 (498)
Q Consensus 227 ~~~~~~e~p~~ 237 (498)
...+.+|+|+.
T Consensus 19 FAI~FRePPri 29 (32)
T 3arc_T 19 FAIFFREPPRI 29 (32)
T ss_dssp HHHHTSCCCCC
T ss_pred HhhhhcCCCCC
Confidence 34567888864
Done!