Query psy15227
Match_columns 515
No_of_seqs 449 out of 2182
Neff 10.5
Searched_HMMs 29240
Date Sat Aug 17 00:34:57 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy15227.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/15227hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 3.9E-47 1.3E-51 387.0 35.8 436 7-452 6-479 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.9E-37 6.4E-42 311.9 25.0 395 8-435 23-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.8E-35 9.4E-40 295.0 27.3 365 9-428 22-425 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 1.9E-31 6.6E-36 271.1 30.5 382 53-439 51-475 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 9.1E-33 3.1E-37 270.8 10.6 351 16-420 3-361 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 3.7E-30 1.3E-34 255.7 12.4 362 31-438 25-402 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.2E-26 4E-31 237.8 21.9 388 53-440 51-507 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 3E-14 1E-18 142.5 12.9 181 255-440 30-211 (451)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.5 1.4E-12 4.9E-17 131.9 19.2 161 269-437 29-198 (491)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 8E-13 2.8E-17 131.5 17.1 160 268-432 41-226 (438)
11 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.5 1.9E-13 6.5E-18 133.2 11.6 163 268-438 15-177 (375)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.4 6.8E-12 2.3E-16 128.0 16.7 155 270-432 29-195 (524)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.2 3E-11 1E-15 119.4 11.6 143 53-195 256-405 (417)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.0 6E-10 2.1E-14 112.5 10.5 141 53-194 309-467 (491)
15 3rko_A NADH-quinone oxidoreduc 98.3 7.1E-07 2.4E-11 71.3 6.3 47 459-505 43-89 (147)
16 2g9p_A Antimicrobial peptide l 50.2 7 0.00024 19.4 1.1 14 75-88 2-15 (26)
17 4dve_A Biotin transporter BIOY 20.9 1.6E+02 0.0054 24.6 5.4 24 63-86 100-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=3.9e-47 Score=386.98 Aligned_cols=436 Identities=21% Similarity=0.294 Sum_probs=345.4
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccchhhhhhcccCCCCcccccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhh
Q psy15227 7 SYVYQIIATNTASISLLIAGCWIAWPSVMIKRLTDENPDLENIGIRLNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRK 86 (515)
Q Consensus 7 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr 86 (515)
++++.|.+.++.+++.++.|+|.+.++..+|.+.++...-++.+.+.+..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||
T Consensus 6 ~~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk 85 (491)
T 4gc0_A 6 NSSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRR 85 (491)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHH
T ss_pred ChHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCH
Confidence 44567788888899999999999999999887754211011111125667789999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hh-hhhHHHHHHHHhhhhhhhcccchhhhhhccccccccccccc
Q psy15227 87 TTLLLNALLCLPTWFLVV------------------SN-KIECLYIARLFIGISKGVAYTAMPIFIGEISEHNIRGALGS 147 (515)
Q Consensus 87 ~~l~~~~~l~~i~~~~~~------------------~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~ 147 (515)
++++++.+++.+++++++ ++ |+++++++|+++|+|.|+..+...++++|+.|+++|++..+
T Consensus 86 ~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~ 165 (491)
T 4gc0_A 86 DSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVS 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHH
Confidence 999999999999999998 47 99999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred ccchhhhHHHHHHHHHhhHH------------HhHHHHHhhhHHHHHHHHHhhcccCcchhhhhcCChhHHHHHHHhhcC
Q psy15227 148 IPSGFQMVGTLAILLIGNHV------------SYNSLNIALSILPVIFFILFSFVPETPHFHAAKNNLKKTEKSLKWYRG 215 (515)
Q Consensus 148 ~~~~~~~lG~~~~~~l~~~l------------~wr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~pesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 215 (515)
+.+.+..+|.++++.++... +||+.+.+..++.++..+..+++||||+|+..+++.+++.+.+++.+.
T Consensus 166 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~~~ 245 (491)
T 4gc0_A 166 FNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKIMG 245 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHhcC
Confidence 99999999999988877543 689999999888888888888999999999999999999998887664
Q ss_pred CCcChHHHHHHHHHHhhhhhhchhhhhhhhccccchhHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHhhhcccCCCCCCcchhHH
Q psy15227 216 NKKDVMEEMNSIMDKTQEDLKSKTGYLELLTNKSNRRAFTLVMAASLFQRLGGITSMITYSSTLLPKLDNAYFGPDQCIL 295 (515)
Q Consensus 216 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 295 (515)
++.+. ++..+.++..++++ +........ ..++.........+.+..+.+....|.+.+.+..+.+.........
T Consensus 246 ~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 319 (491)
T 4gc0_A 246 NTLAT-QAVQEIKHSLDHGR-KTGGRLLMF----GVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQTI 319 (491)
T ss_dssp HHHHH-HHHHHHHHHHHHHH-HHTTHHHHS----CCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHHH
T ss_pred CchhH-HHHHHHHHHHHhhh-hhhhHHHHh----cccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHHH
Confidence 33311 11111111111111 111111111 2334556666677777788888999999998888776556666777
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCCCCccHHHHHHHHHHHHH-hcccchhhhhh
Q psy15227 296 VFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSCFSAALGCLLTFSTGLFYLYQGELPNFQYIPYITTLLYAASY-YGIGCLPNILV 374 (515)
Q Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~ 374 (515)
..++..+++.++++++.||+|||+.+..+.....++.+.++..... ....+...+...++..++ .+..++.+.+.
T Consensus 320 ~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 395 (491)
T 4gc0_A 320 IVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYT----QAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLL 395 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT----TCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhc----ccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHH
Confidence 7888999999999999999999999998888888877776654431 223344455555555555 67778888999
Q ss_pred cccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh------hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccccccHHHHH
Q psy15227 375 SELFPINVRCQASSCASVALAFGSFITTKFHILITKS------LGQHVIFFIYSSVHFCSVVFNYFYLMETKQKTLAEIQ 448 (515)
Q Consensus 375 ~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 448 (515)
+|++|++.|+++.|+.+..+++++++++.+.+.+.+. .+....+++++++++++.++.++++||+|+|++||++
T Consensus 396 ~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~ 475 (491)
T 4gc0_A 396 SEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELE 475 (491)
T ss_dssp HHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHG
T ss_pred HHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999888776543 3455678899999999999988999999999999987
Q ss_pred HHHh
Q psy15227 449 ESIM 452 (515)
Q Consensus 449 ~~~~ 452 (515)
+..+
T Consensus 476 ~~f~ 479 (491)
T 4gc0_A 476 ALWE 479 (491)
T ss_dssp GGTC
T ss_pred HHhC
Confidence 7665
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1.9e-37 Score=311.91 Aligned_cols=395 Identities=12% Similarity=0.051 Sum_probs=300.4
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccchhhhhhcccCCCCcccccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhhH
Q psy15227 8 YVYQIIATNTASISLLIAGCWIAWPSVMIKRLTDENPDLENIGIRLNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRKT 87 (515)
Q Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr~ 87 (515)
++++|......+++.+..+++.....+.+|.+.++ + .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||+
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~ 93 (451)
T 1pw4_A 23 RRLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ---G------FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRV 93 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS---T------TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---h------ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchH
Confidence 45567778888888899999999999999988653 1 36788999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHh----h-hhhHHHHHHHHhhhhhhhcccchhhhhhcccccccccccccccchhhhHHHHHHHH
Q psy15227 88 TLLLNALLCLPTWFLVVS----N-KIECLYIARLFIGISKGVAYTAMPIFIGEISEHNIRGALGSIPSGFQMVGTLAILL 162 (515)
Q Consensus 88 ~l~~~~~l~~i~~~~~~~----~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~ 162 (515)
+++++.++.+++.+++++ + +++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|.++++.
T Consensus 94 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 173 (451)
T 1pw4_A 94 FLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPL 173 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred HhhHH----H-hHHHHHhhhHHHHHHHHHh-hcccCcchhhhhcCChhHHHHHHHhhcCCCcChHHHHHHHHHHhhhhhh
Q psy15227 163 IGNHV----S-YNSLNIALSILPVIFFILF-SFVPETPHFHAAKNNLKKTEKSLKWYRGNKKDVMEEMNSIMDKTQEDLK 236 (515)
Q Consensus 163 l~~~l----~-wr~~f~i~~~~~~~~~~~~-~~~pesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (515)
++..+ + ||+.|++.+++.++..+.. +++||+|+....+++.+.. ++.+++.+ +++.++...
T Consensus 174 ~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~--~~~~~~~~~ 240 (451)
T 1pw4_A 174 LFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYK-----------NDYPDDYN--EKAEQELTA 240 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTC-----------CC---------------CC
T ss_pred HHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhc-----------ccccccch--hhhhccccc
Confidence 88664 7 9999999998887766554 4689988653222111100 00000000 000001111
Q ss_pred chhhhhhhhccccchhHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHhhhcc-cCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q psy15227 237 SKTGYLELLTNKSNRRAFTLVMAASLFQRLGGITSMITYSSTLLPK-LDNAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDIL 315 (515)
Q Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~ 315 (515)
++...++.++++..+. ..+..+...........+.|.++++ .|.+..+.+.......++.+++.++.+++.||+
T Consensus 241 ~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~ 315 (451)
T 1pw4_A 241 KQIFMQYVLPNKLLWY-----IAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKV 315 (451)
T ss_dssp THHHHHHTSSCHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred ccchHHHHHcCHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1112345555443222 2222222333456677888888877 688877888899999999999999999999999
Q ss_pred --CCchhHHHhhHHHH-HHHHHHHHHHHhhCCCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHHHH
Q psy15227 316 --GRKPLSCFSAALGC-LLTFSTGLFYLYQGELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCASV 392 (515)
Q Consensus 316 --grr~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~ 392 (515)
+||+.+..+..+.. ++.+++.. ....+.+...+...+.+.+.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+.
T Consensus 316 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~ 389 (451)
T 1pw4_A 316 FRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWM------NPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGL 389 (451)
T ss_dssp STTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS------CCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH------hcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHH
Confidence 99988777666555 44433322 0012344555556666666666667777899999999999999999999
Q ss_pred HHHH-HHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy15227 393 ALAF-GSFITTKFHILITKSLGQHVIFFIYSSVHFCSVVFNYFY 435 (515)
Q Consensus 393 ~~~l-g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (515)
+.++ |..++|.+.|.+.+..|+...+++.+++.+++.++.+..
T Consensus 390 ~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 390 FGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999 999999999999999999988988888888777765443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.8e-35 Score=294.96 Aligned_cols=365 Identities=14% Similarity=0.106 Sum_probs=287.0
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHhhhhhccchhhhhhcccCCCCcccccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhhHH
Q psy15227 9 VYQIIATNTASISLLIAGCWIAWPSVMIKRLTDENPDLENIGIRLNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRKTT 88 (515)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr~~ 88 (515)
++.+.....+++..+..+++.+...+.+|.+.+ +++ .+..+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~g-----~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~ 93 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQ---AFT-----LTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAG 93 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HSC-----CCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHH---HcC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHH
Confidence 344566667777788889988899999998866 588 999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH---Hhh-hhhHHHHHHHHhhhhhhhcccchhhhhhcccccccccccccccchhhhHHHHHHHHHh
Q psy15227 89 LLLNALLCLPTWFLV---VSN-KIECLYIARLFIGISKGVAYTAMPIFIGEISEHNIRGALGSIPSGFQMVGTLAILLIG 164 (515)
Q Consensus 89 l~~~~~l~~i~~~~~---~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~l~ 164 (515)
++++.++.+++.+++ .++ +++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+.++|..+++.++
T Consensus 94 l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~ 173 (438)
T 3o7q_A 94 IITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFG 173 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999 788 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999998
Q ss_pred hHHH------------------------------hHHHHHhhhHHHHHHHHHhhc--ccCcchhhhhcCChhHHHHHHHh
Q psy15227 165 NHVS------------------------------YNSLNIALSILPVIFFILFSF--VPETPHFHAAKNNLKKTEKSLKW 212 (515)
Q Consensus 165 ~~l~------------------------------wr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~--~pesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 212 (515)
..+. ||+.|++.+++.++..+..++ .||+++...++
T Consensus 174 ~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~~------------ 241 (438)
T 3o7q_A 174 QSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHSD------------ 241 (438)
T ss_dssp THHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTCCCC------------
T ss_pred HHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccccccc------------
Confidence 7763 999998887777665554443 46654311000
Q ss_pred hcCCCcChHHHHHHHHHHhhhhhhchhhhhhhhccccchhHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHhh-hccc-CCCCCCc
Q psy15227 213 YRGNKKDVMEEMNSIMDKTQEDLKSKTGYLELLTNKSNRRAFTLVMAASLFQRLGGITSMITYSSTL-LPKL-DNAYFGP 290 (515)
Q Consensus 213 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-g~~~~~~ 290 (515)
+++++.+.+++++++++..+...+..+. ..........+.|.+ +++. |.+..+.
T Consensus 242 -------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~ 297 (438)
T 3o7q_A 242 -------------------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFC-----YVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFA 297 (438)
T ss_dssp -------------------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHH
T ss_pred -------------------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHH
Confidence 0111223455667776544432222211 222345566777877 7665 8887888
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchh
Q psy15227 291 DQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSCFSAALGCLLTFSTGLFYLYQGELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLP 370 (515)
Q Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 370 (515)
+.......++.+++.++.++++||++||+.+..+..+..++.+++.. .+..+ ..+...+.+++.....+..
T Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~~~~-~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 368 (438)
T 3o7q_A 298 ANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF--------AGGHV-GLIALTLCSAFMSIQYPTI 368 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------CCHHH-HHHHHHHHHHHHTTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--------cCCcH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 89999999999999999999999999999998888887777666555 33333 3344456666667777888
Q ss_pred hhhhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-hhHHHHHHHHHHHHH
Q psy15227 371 NILVSELFPINVRCQASSCASVALAFGSFITTKFHILITKSLG-QHVIFFIYSSVHFCS 428 (515)
Q Consensus 371 ~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~ 428 (515)
.++..|.+|++ ++++.++.. ...+|+.++|.+.|.+.|..| ++..+.+.+++.++.
T Consensus 369 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (438)
T 3o7q_A 369 FSLGIKNLGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVI 425 (438)
T ss_dssp HHHHHSSCGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhhcccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888999977 888888777 677999999999999999999 877777655444443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=1.9e-31 Score=271.13 Aligned_cols=382 Identities=12% Similarity=0.034 Sum_probs=251.9
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhhHHHHHHHHhhhhhhhcccchh
Q psy15227 53 LNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEK-IGRKTTLLLNALLCLPTWFLVVSN-KIECLYIARLFIGISKGVAYTAMP 130 (515)
Q Consensus 53 ~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr-~Grr~~l~~~~~l~~i~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~ 130 (515)
.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++|| +|||+++..+.++..++.++++++ +++.++++|+++|++.+...+...
T Consensus 51 ~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~ 130 (491)
T 4aps_A 51 ITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVS 130 (491)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHH
Confidence 999999999999999999999999999999 899999999999999999999999 999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhccccccc--ccccccccchhhhHHHHHHHHHhhHH----HhHHHHHhhhHHHHHHHHHhhcc-cCcch----hhhh
Q psy15227 131 IFIGEISEHNI--RGALGSIPSGFQMVGTLAILLIGNHV----SYNSLNIALSILPVIFFILFSFV-PETPH----FHAA 199 (515)
Q Consensus 131 ~~i~e~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~l~~~l----~wr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~-pesp~----~~~~ 199 (515)
+++.|++|+++ |+.+.++++.+.++|..++|.+++.+ +||+.|++.++..++..+..++. |+..+ ....
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 210 (491)
T 4aps_A 131 TLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTD 210 (491)
T ss_dssp HHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSC
T ss_pred HHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCC
Confidence 99999999988 77788888999999999998888765 89999999877776665554432 22110 0011
Q ss_pred cCChhHHHHHHHh----------------h-cCCCcChHHHHHHHHHHh-----hhhhhchhhhhhhhccccch-hHHHH
Q psy15227 200 KNNLKKTEKSLKW----------------Y-RGNKKDVMEEMNSIMDKT-----QEDLKSKTGYLELLTNKSNR-RAFTL 256 (515)
Q Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~----------------~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~ 256 (515)
+.+.++.++..++ . +..+.+............ .....+........+++... .....
T Consensus 211 ~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (491)
T 4aps_A 211 PLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFI 290 (491)
T ss_dssp CCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHH
T ss_pred ccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1122222222221 0 111111100000000000 00000000000001111111 11111
Q ss_pred HHHHHHHHHhhchHHHHHHHHhhhcc-cCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHH-----HhhHHHHH
Q psy15227 257 VMAASLFQRLGGITSMITYSSTLLPK-LDNAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSC-----FSAALGCL 330 (515)
Q Consensus 257 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~-----~~~~~~~~ 330 (515)
........ ......+.+.+.++ .+.+....+.......+..+++.++.+++.||++||+... .+..+.++
T Consensus 291 ~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~ 366 (491)
T 4aps_A 291 AAVLFWAI----EEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGL 366 (491)
T ss_dssp HHHHHHHH----HGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHH----HhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHH
Confidence 11111111 22223344444444 4555567888888899999999999999999999987544 55555555
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhC-CCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy15227 331 LTFSTGLFYLYQG-ELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCASVALAFGSFITTKFHILIT 409 (515)
Q Consensus 331 ~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~ 409 (515)
+..++........ +...+.+.......+.+++.....+....+..|.+|++.|+++.|+.+...++|..++|.+.+.+.
T Consensus 367 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~ 446 (491)
T 4aps_A 367 SFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYN 446 (491)
T ss_dssp HHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGG
T ss_pred HHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 5555444322211 112244455566666777777777888899999999999999999999999999999999998876
Q ss_pred hhhchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q psy15227 410 KSLGQHVIFFIYSSVHFCSVVFNYFYLMET 439 (515)
Q Consensus 410 ~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 439 (515)
+. ++...+...+++++++.++.++..++.
T Consensus 447 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 475 (491)
T 4aps_A 447 AK-SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRI 475 (491)
T ss_dssp GS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC----
T ss_pred cc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 64 566678888888777777665554443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.97 E-value=9.1e-33 Score=270.80 Aligned_cols=351 Identities=14% Similarity=0.111 Sum_probs=269.4
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhccchhhhhhcccCCCCcccccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhhHHHHHHHHH
Q psy15227 16 NTASISLLIAGCWIAWPSVMIKRLTDENPDLENIGIRLNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRKTTLLLNALL 95 (515)
Q Consensus 16 ~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~l 95 (515)
..+++..+..+++.+...+.+|.+.+ ++| .++.+.+++.+.+.++..++++++|+++||+|||+++..+.++
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~g-----~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~ 74 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMAR---DLN-----VREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSI 74 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---TSS-----STTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHH---HcC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHH
Confidence 45566677788888888899998866 488 9999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHhh-hhhHHHHHHHHhhhhhhhcccchhhhhhcccccccccccccccchhhhHHHHHHHHHhhHH----HhH
Q psy15227 96 CLPTWFLVVSN-KIECLYIARLFIGISKGVAYTAMPIFIGEISEHNIRGALGSIPSGFQMVGTLAILLIGNHV----SYN 170 (515)
Q Consensus 96 ~~i~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~l~~~l----~wr 170 (515)
..++.++..++ +++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..+++.++..+ +||
T Consensus 75 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~ 154 (375)
T 2gfp_A 75 FMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWR 154 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHH
Confidence 99999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999998765 899
Q ss_pred HHHHhhhHHHHHHHHH-hhcccCcchhhhhcCChhHHHHHHHhhcCCCcChHHHHHHHHHHhhhhhhchhhhhhhhcccc
Q psy15227 171 SLNIALSILPVIFFIL-FSFVPETPHFHAAKNNLKKTEKSLKWYRGNKKDVMEEMNSIMDKTQEDLKSKTGYLELLTNKS 249 (515)
Q Consensus 171 ~~f~i~~~~~~~~~~~-~~~~pesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 249 (515)
+.|++.+++.++..+. .+++||+++...+ +++.+.++++.+++|.
T Consensus 155 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~ 200 (375)
T 2gfp_A 155 ACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDAP----------------------------------RTRLLTSYKTLFGNSG 200 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTCC----------------------------------CCCTTTCSTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCcc----------------------------------cccHHHHHHHHhcCcc
Confidence 9999998888777664 3457887643100 0111223445555443
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHhhhcc-cCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHHHhhHH-
Q psy15227 250 NRRAFTLVMAASLFQRLGGITSMITYSSTLLPK-LDNAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSCFSAAL- 327 (515)
Q Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~~~~~~- 327 (515)
.+.. .+..+...........+.|.++++ .|.++.+.+.......++.+++.++.+++.||.+++. ..+...
T Consensus 201 ~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~--~~~~~~~ 273 (375)
T 2gfp_A 201 FNCY-----LLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM--WQSVICC 273 (375)
T ss_dssp HHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH--HHHHHHH
T ss_pred hHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHH
Confidence 3322 122222223345667777888776 6777778888888899999999999999999988732 222222
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhCCCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy15227 328 GCLLTFSTGLFYLYQGELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCASVALAFGSFITTKFHIL 407 (515)
Q Consensus 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~ 407 (515)
...+...+...... .++.+...+...+.+++.+...+...++..|.+| ++|+++.|+.+...++|..++|.+.|.
T Consensus 274 ~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~ 348 (375)
T 2gfp_A 274 LLAGLLMWIPDWFG----VMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAM 348 (375)
T ss_dssp HHTSSSSSHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhc----cccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 22222111111100 1123444556666777777778888899999998 889999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhhchhHHHHH
Q psy15227 408 ITKSLGQHVIFFI 420 (515)
Q Consensus 408 l~~~~g~~~~~~~ 420 (515)
+.+..++...+.+
T Consensus 349 l~~~~~~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 349 LPQTGQGSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HhcCCcccHHHHH
Confidence 9887777655544
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=3.7e-30 Score=255.69 Aligned_cols=362 Identities=12% Similarity=0.022 Sum_probs=231.4
Q ss_pred chhhhhhcccCCCCcccccccccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHH---Hhh-
Q psy15227 31 WPSVMIKRLTDENPDLENIGIRLNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRKTTLLLNALLCLPTWFLV---VSN- 106 (515)
Q Consensus 31 ~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~l~~i~~~~~---~~~- 106 (515)
...+.+|...++ ++| .|+.+.|++.+.+.++..++++++|+++||+|||++++++..+.+++.... .+.
T Consensus 25 ~~~~~~~~~l~~--~~g-----~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 97 (417)
T 2cfq_A 25 AYFPFFPIWLHD--INH-----ISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGP 97 (417)
T ss_dssp HHTTTHHHHHHT--TTC-----CCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHH--HhC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334555543221 477 999999999999999999999999999999999999999887765533211 222
Q ss_pred hh-hHHHHHHHHhhhhhhhcccchhhhhhccccc--ccccccccccchhhhHHHHHHHHHhhHH---HhHHHHHhhhHHH
Q psy15227 107 KI-ECLYIARLFIGISKGVAYTAMPIFIGEISEH--NIRGALGSIPSGFQMVGTLAILLIGNHV---SYNSLNIALSILP 180 (515)
Q Consensus 107 ~~-~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~l~~~l---~wr~~f~i~~~~~ 180 (515)
.. ..+...+++.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+....+..+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~ 177 (417)
T 2cfq_A 98 LLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCA 177 (417)
T ss_dssp HHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHH
Confidence 11 2245567777777766655555556666544 3457667777777788888888877665 7999999888776
Q ss_pred HHHHHHhhccc-CcchhhhhcCChhHHHHHHHhhcCCCcChHHHHHHHHHHhhhhhhchhhhhhhhccccchhHHHHHHH
Q psy15227 181 VIFFILFSFVP-ETPHFHAAKNNLKKTEKSLKWYRGNKKDVMEEMNSIMDKTQEDLKSKTGYLELLTNKSNRRAFTLVMA 259 (515)
Q Consensus 181 ~~~~~~~~~~p-esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 259 (515)
++..+..++.| |+|+. .++++.++ .++++....+++++++++..+......+.
T Consensus 178 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~-------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (417)
T 2cfq_A 178 LILAVLLFFAKTDAPSS-ATVANAVG-------------------------ANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIG 231 (417)
T ss_dssp TTHHHHSCSSCCCCSCS-SCSSSSSS-------------------------SCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHcCcccccc-cccccccc-------------------------cccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHH
Confidence 65555544444 43321 00000000 00000111234456665544332221111
Q ss_pred HHHHHHhhchHHHHHHHHhhhccc-C---CCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHHHhhHHHHHHHHHH
Q psy15227 260 ASLFQRLGGITSMITYSSTLLPKL-D---NAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSCFSAALGCLLTFST 335 (515)
Q Consensus 260 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-g---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~ 335 (515)
.. ..+.....+.|.++.+. + .+....+.......+..+++.++.++++||+|||+.+..+..+.++..+.+
T Consensus 232 ~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 306 (417)
T 2cfq_A 232 VS-----CTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGS 306 (417)
T ss_dssp HH-----HHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11 11222223344444332 1 122233555666677888899999999999999998887777766655444
Q ss_pred HHHHHhhCCCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhch
Q psy15227 336 GLFYLYQGELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCA-SVALAFGSFITTKFHILITKSLGQ 414 (515)
Q Consensus 336 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~-~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~ 414 (515)
.. .++.+...+...+.+.+.....+....+.+|.+|++.|+++.+.. +...++|+.++|.+.|.+.+..|+
T Consensus 307 ~~--------~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~ 378 (417)
T 2cfq_A 307 SF--------ATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGF 378 (417)
T ss_dssp TT--------CCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHH
T ss_pred HH--------hccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCc
Confidence 33 233344444444444444444455568999999999999999994 888899999999999999998888
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q psy15227 415 HVIFFIYSSVHFCSVVFNYFYLME 438 (515)
Q Consensus 415 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 438 (515)
...|.+.+++++++.++.+...+|
T Consensus 379 ~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 402 (417)
T 2cfq_A 379 QGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSG 402 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcC
Confidence 888888888888777665444443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=1.2e-26 Score=237.81 Aligned_cols=388 Identities=10% Similarity=0.056 Sum_probs=220.5
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--hhhHHHHHHHHhhhhhhhcccch
Q psy15227 53 LNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKI-GRKTTLLLNALLCLPTWFLVVSN--KIECLYIARLFIGISKGVAYTAM 129 (515)
Q Consensus 53 ~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~-Grr~~l~~~~~l~~i~~~~~~~~--~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~ 129 (515)
.+..+.+++.+.+.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++..++.++++++ +++.+++.|++.|++.+...+..
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~ 130 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLV 130 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhH
Confidence 7889999999999999999999999999999 99999999999999999999887 79999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhcccccccccccccc---cchhhhHHHHHHHHHhhHH----HhHHHHHhhhHHHHHHHHHhhcc-cCcchhhhhcC
Q psy15227 130 PIFIGEISEHNIRGALGSI---PSGFQMVGTLAILLIGNHV----SYNSLNIALSILPVIFFILFSFV-PETPHFHAAKN 201 (515)
Q Consensus 130 ~~~i~e~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~lG~~~~~~l~~~l----~wr~~f~i~~~~~~~~~~~~~~~-pesp~~~~~~~ 201 (515)
.+++.|++|+++|+++.+. .+.+.++|..++|.+++.+ +||+.|++.+++.++..+..++. |+.++...+++
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 210 (524)
T 2xut_A 131 SSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPK 210 (524)
T ss_dssp HHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC----
T ss_pred HHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCc
Confidence 9999999999999877666 8888999999999887765 89999999888877665554432 22111000000
Q ss_pred ChhHHHHHHHh-hcCCCcChHH--HHHHHHHH------------------------hhhhhhchhhhhhh------hc--
Q psy15227 202 NLKKTEKSLKW-YRGNKKDVME--EMNSIMDK------------------------TQEDLKSKTGYLEL------LT-- 246 (515)
Q Consensus 202 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~~~~~------------------------~~~~~~~~~~~~~~------~~-- 246 (515)
+..+..+.... .+....+.+. ...+.... ...+++++.+++++ .+
T Consensus 211 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 290 (524)
T 2xut_A 211 DPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDA 290 (524)
T ss_dssp ----------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSS
T ss_pred cchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHh
Confidence 00011010000 0000000000 00000000 00000111112100 00
Q ss_pred cccchhHHHHH--HHHHHHHHhhchHHHHHHHHhhhcccCCCC-CCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----hhhCCc-
Q psy15227 247 NKSNRRAFTLV--MAASLFQRLGGITSMITYSSTLLPKLDNAY-FGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLM----DILGRK- 318 (515)
Q Consensus 247 ~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----d~~grr- 318 (515)
....+++.... ...................+.+..+.+.+. ...+.......+..+++..+.+++. ||.++|
T Consensus 291 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 370 (524)
T 2xut_A 291 AVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKL 370 (524)
T ss_dssp SSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCC
Confidence 00111111111 111100000001111111122222222211 1233333333444555555555543 443322
Q ss_pred ---hhHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhC-CCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHHHHHH
Q psy15227 319 ---PLSCFSAALGCLLTFSTGLFYLYQG-ELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCASVAL 394 (515)
Q Consensus 319 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~ 394 (515)
+.+..+..+.+++.+++........ ....+.+...+...+.+++.....+...++..|..|++.||+++|+.+...
T Consensus 371 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~ 450 (524)
T 2xut_A 371 TALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSV 450 (524)
T ss_dssp CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGH
T ss_pred ChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHH
Confidence 3444555555555444332110000 001234455556667777777777888899999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhc--h---------hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc
Q psy15227 395 AFGSFITTKFHILITKSLG--Q---------HVIFFIYSSVHFCSVVFNYFYLMETK 440 (515)
Q Consensus 395 ~lg~~~~~~~~g~l~~~~g--~---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 440 (515)
++|+.++|.+.+.+.+..+ | ...+++.+++++++.++.++..++.+
T Consensus 451 ~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 507 (524)
T 2xut_A 451 TVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSYQ 507 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 9999999999998877431 1 22366667766666666544444443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.54 E-value=3e-14 Score=142.52 Aligned_cols=181 Identities=10% Similarity=-0.041 Sum_probs=145.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHhhhcccCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHHHhhHHHHHHHHH
Q psy15227 255 TLVMAASLFQRLGGITSMITYSSTLLPKLDNAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSCFSAALGCLLTFS 334 (515)
Q Consensus 255 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~~~~~~~~~~~~~ 334 (515)
+.......+.............|.+.++. .+..+.+...+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.++
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~ 108 (451)
T 1pw4_A 30 FLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLF 108 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333333333333455667788888888 88899999999999999999999999999999999999999988888877
Q ss_pred HHHHHHhhCCCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhc-
Q psy15227 335 TGLFYLYQGELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCASVALAFGSFITTKFHILITKSLG- 413 (515)
Q Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g- 413 (515)
+.+.... .++.+..++..++.+++.+...+...+++.|.+|+++|+++.++.+....+|..++|.+.+.+.+..|
T Consensus 109 ~~~~~~~----~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~ 184 (451)
T 1pw4_A 109 MGFVPWA----TSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFND 184 (451)
T ss_dssp HHHCHHH----HSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCC
T ss_pred HHhhhhc----cccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 7652110 13456666777778887777788888999999999999999999999999999999999999999898
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccc
Q psy15227 414 QHVIFFIYSSVHFCSVVFNYFYLMETK 440 (515)
Q Consensus 414 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 440 (515)
|+..+++.+++.++..++.++..||+.
T Consensus 185 w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 211 (451)
T 1pw4_A 185 WHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTP 211 (451)
T ss_dssp STTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCH
Confidence 999999998888877776666666543
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.47 E-value=1.4e-12 Score=131.85 Aligned_cols=161 Identities=17% Similarity=0.132 Sum_probs=133.3
Q ss_pred hHHHHHHHHhhhcc------cCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hCCchhHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy15227 269 ITSMITYSSTLLPK------LDNAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDI-LGRKPLSCFSAALGCLLTFSTGLFYLY 341 (515)
Q Consensus 269 ~~~~~~~~~~~~~~------~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 341 (515)
++....+.+.++.+ .|.+..+.+...+...++..++.++.|+++|| +|||+.+..+..+.+++.+++..
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 104 (491)
T 4aps_A 29 YYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLAL---- 104 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----
Confidence 34444555555544 78888889999999999999999999999999 89999999999988888877765
Q ss_pred hCCCCCCccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchh--hhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHH
Q psy15227 342 QGELPNFQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINV--RCQASSCASVALAFGSFITTKFHILITKSLGQHVIFF 419 (515)
Q Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~ 419 (515)
.++.+...+..++.+++.+...+...++++|.+|++. |+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..|+
T Consensus 105 ----~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~ 180 (491)
T 4aps_A 105 ----PFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFS 180 (491)
T ss_dssp ----CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHH
T ss_pred ----hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH
Confidence 5666777777788888877778888899999999988 7778888899999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q psy15227 420 IYSSVHFCSVVFNYFYLM 437 (515)
Q Consensus 420 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 437 (515)
+.++..+++.+...+..+
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (491)
T 4aps_A 181 LAAIGMFIGLLVYYFGGK 198 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhCc
Confidence 887777766665544433
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.47 E-value=8e-13 Score=131.54 Aligned_cols=160 Identities=13% Similarity=-0.003 Sum_probs=133.9
Q ss_pred chHHHHHHHHhhhcccCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCCC
Q psy15227 268 GITSMITYSSTLLPKLDNAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSCFSAALGCLLTFSTGLFYLYQGELPN 347 (515)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 347 (515)
.........|.+.++.|.+..+.+...+...++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+.+++.++...... .+
T Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~ 115 (438)
T 3o7q_A 41 ANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE-----IM 115 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----TT
T ss_pred HHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc-----cc
Confidence 3456667788888889999889999999999999999999999999999999999999999888888732222 56
Q ss_pred CccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhhc-------------
Q psy15227 348 FQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCASVALAFGSFITTKFHILIT-KSLG------------- 413 (515)
Q Consensus 348 ~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~-~~~g------------- 413 (515)
+.+..++..++.+++.+...+...+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..++|.+.+.+. +..+
T Consensus 116 ~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 195 (438)
T 3o7q_A 116 NYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPE 195 (438)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcc
Confidence 66777777888888887778888899999999999999999999999999999999999988 5444
Q ss_pred ------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy15227 414 ------------QHVIFFIYSSVHFCSVVFN 432 (515)
Q Consensus 414 ------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (515)
|+..+++.+++..+..++.
T Consensus 196 ~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (438)
T 3o7q_A 196 QLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLI 226 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 7778877776666555543
No 11
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.46 E-value=1.9e-13 Score=133.16 Aligned_cols=163 Identities=11% Similarity=0.096 Sum_probs=136.2
Q ss_pred chHHHHHHHHhhhcccCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhCCchhHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCCC
Q psy15227 268 GITSMITYSSTLLPKLDNAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDILGRKPLSCFSAALGCLLTFSTGLFYLYQGELPN 347 (515)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 347 (515)
.........|.+.++.|.+..+.+.......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+.... .+
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------~~ 86 (375)
T 2gfp_A 15 AQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVT--------TS 86 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH--------HH
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHH--------hc
Confidence 3455566677788888998888999999999999999999999999999999999999888888877766 33
Q ss_pred CccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHHHHHHHHHHHH
Q psy15227 348 FQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSCASVALAFGSFITTKFHILITKSLGQHVIFFIYSSVHFC 427 (515)
Q Consensus 348 ~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 427 (515)
+.+...+...+.+.+.+...+...+++.|.+|+++|+++.+..+....+|..++|.+.+.+.+..+|+..+.+.++..++
T Consensus 87 ~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 166 (375)
T 2gfp_A 87 SLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAG 166 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45566666677777777777888899999999999999999999999999999999999999988999888888877776
Q ss_pred HHHHHHHHhhc
Q psy15227 428 SVVFNYFYLME 438 (515)
Q Consensus 428 ~~~~~~~~~~~ 438 (515)
..+...+..||
T Consensus 167 ~~~~~~~~~~~ 177 (375)
T 2gfp_A 167 VTFSMARWMPE 177 (375)
T ss_dssp HHCCCCCSSCC
T ss_pred HHHHHHHHCcc
Confidence 65544444444
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.38 E-value=6.8e-12 Score=127.98 Aligned_cols=155 Identities=19% Similarity=0.179 Sum_probs=128.3
Q ss_pred HHHHHHHHhhh-cccC------CCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-CCchhHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy15227 270 TSMITYSSTLL-PKLD------NAYFGPDQCILVFMIIMFLSNFLQAPLMDIL-GRKPLSCFSAALGCLLTFSTGLFYLY 341 (515)
Q Consensus 270 ~~~~~~~~~~~-~~~g------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-grr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 341 (515)
+....+.+.++ ++.| .+..+.+.......++..++.++.|+++||+ |||+.+..+.++.+++.+++..
T Consensus 29 ~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 104 (524)
T 2xut_A 29 YGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAI---- 104 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----
Confidence 34445555554 4567 8888999999999999999999999999999 9999999988888888877766
Q ss_pred hCCCCC-CccHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhhhcccccchhhhhhhhH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhchhHH
Q psy15227 342 QGELPN-FQYIPYITTLLYAASYYGIGCLPNILVSELFPINVRCQASSC---ASVALAFGSFITTKFHILITKSLGQHVI 417 (515)
Q Consensus 342 ~~~~~~-~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~r~~~~g~---~~~~~~lg~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~ 417 (515)
.. +.+..++..++.+++.+...+...+++.|.+|++.|+++.+. .+...++|..++|.+.+.+.+..||+..
T Consensus 105 ----~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~ 180 (524)
T 2xut_A 105 ----FEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVA 180 (524)
T ss_dssp ----TSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHH
T ss_pred ----hcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHH
Confidence 44 566666677777777777788888999999999999876666 8899999999999999999998999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH
Q psy15227 418 FFIYSSVHFCSVVFN 432 (515)
Q Consensus 418 ~~~~~~~~~~~~~~~ 432 (515)
|.+.+++.+++.+..
T Consensus 181 f~~~~~~~~~~~~~~ 195 (524)
T 2xut_A 181 FGIPGVLMFVATVFF 195 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 988887776665554
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.24 E-value=3e-11 Score=119.40 Aligned_cols=143 Identities=12% Similarity=0.137 Sum_probs=117.7
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-hhhHHHHHHHHhhhhhhhcccchhh
Q psy15227 53 LNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRKTTLLLNALLCLPTWFLVVSN-KIECLYIARLFIGISKGVAYTAMPI 131 (515)
Q Consensus 53 ~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~l~~i~~~~~~~~-~~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~~ 131 (515)
.+..+.++..+...++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++. +.+.+++..++.|++.+...+....
T Consensus 256 ~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 335 (417)
T 2cfq_A 256 QGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFK 335 (417)
T ss_dssp HHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 345667888888889999999999999999999999999988888887777777 8888888888888887777777788
Q ss_pred hhhcccccccccccccc-cchhhhHHHHHHHHHhhHH----HhHHHHHhhhHHHHHHHHHhh-cccCcch
Q psy15227 132 FIGEISEHNIRGALGSI-PSGFQMVGTLAILLIGNHV----SYNSLNIALSILPVIFFILFS-FVPETPH 195 (515)
Q Consensus 132 ~i~e~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~lG~~~~~~l~~~l----~wr~~f~i~~~~~~~~~~~~~-~~pesp~ 195 (515)
++.|.+|++.|+.+.++ ++....+|..++|.+++.+ +++..|.+.+++.++..+..+ ..||.++
T Consensus 336 ~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 336 YITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 99999999999999888 4777888888888887654 788888888888777766544 4666543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.03 E-value=6e-10 Score=112.46 Aligned_cols=141 Identities=16% Similarity=0.107 Sum_probs=102.3
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-----hhhHHHHHH--HHhhhhhhhc
Q psy15227 53 LNKYQLSWMVSLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRKTTLLLNALLCLPTWFLVVSN-----KIECLYIAR--LFIGISKGVA 125 (515)
Q Consensus 53 ~s~~~~~~~~s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~l~~i~~~~~~~~-----~~~~l~~~r--~l~G~~~g~~ 125 (515)
.+..+.........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+.. +.+..++.- +..+++. ..
T Consensus 309 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~ 387 (491)
T 4gc0_A 309 ASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAM-SW 387 (491)
T ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHT-TT
T ss_pred CCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHh-HH
Confidence 555666677777888899999999999999999999999988888777666543 112222222 2223322 23
Q ss_pred ccchhhhhhcccccccccccccccchhhhHHHHHHHHHhhHH----------HhHHHHHhhhHHHHHHHHHh-hcccCcc
Q psy15227 126 YTAMPIFIGEISEHNIRGALGSIPSGFQMVGTLAILLIGNHV----------SYNSLNIALSILPVIFFILF-SFVPETP 194 (515)
Q Consensus 126 ~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~lG~~~~~~l~~~l----------~wr~~f~i~~~~~~~~~~~~-~~~pesp 194 (515)
.+....+.+|.+|.+.|+.++++......+|..+++.+...+ ++.+.|++.++++++..+.. +++|||.
T Consensus 388 ~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 388 GPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 466778999999999999999999888888888776654332 45567788888877776655 4689974
No 15
>3rko_A NADH-quinone oxidoreductase subunit A; complex I, proton pump, membrane protein, Na ubiquinone, cytoplasmic membrane; HET: LFA CA7; 3.00A {Escherichia coli}
Probab=98.34 E-value=7.1e-07 Score=71.34 Aligned_cols=47 Identities=36% Similarity=0.754 Sum_probs=27.9
Q ss_pred ccccccccccccCCCCCCcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHhcch
Q psy15227 459 RREKTSPFECGFDPISKPRISYSLHFFSIALIFLIFDIEITLIFPSP 505 (515)
Q Consensus 459 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 505 (515)
+++|.+|+|||.+|.++.|.+|+.+||+.+++|++||+|+.+.+|-.
T Consensus 43 ~~eK~spyECGfdp~~~ar~~FsirFfLiAilFlIFDvEi~~L~Pwa 89 (147)
T 3rko_A 43 ARSKNVPFESGIDSVGSARLRLSAKFYLVAMFFVIFDVEALYLFAWS 89 (147)
T ss_dssp CC-----------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CcccCCCcccCCCCCCCCCCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 47889999999999999999999999999999999999999999854
No 16
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=50.22 E-value=7 Score=19.37 Aligned_cols=14 Identities=43% Similarity=0.743 Sum_probs=11.4
Q ss_pred hHhhhhhhhhhhHH
Q psy15227 75 FAGILVEKIGRKTT 88 (515)
Q Consensus 75 ~~G~l~Dr~Grr~~ 88 (515)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46888999999875
No 17
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=20.92 E-value=1.6e+02 Score=24.60 Aligned_cols=24 Identities=13% Similarity=0.303 Sum_probs=16.6
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhHhhhhhhhhhh
Q psy15227 63 SLLDLGNAISPIFAGILVEKIGRK 86 (515)
Q Consensus 63 s~~~lg~~i~~~~~G~l~Dr~Grr 86 (515)
.-|.+|..+++.+.|++.||..++
T Consensus 100 gGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 100 GGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 346667777777888888876543
Done!