Query psy16666
Match_columns 167
No_of_seqs 258 out of 1093
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Fri Aug 16 18:55:24 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy16666.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/16666hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.8 1.4E-17 4.9E-22 124.1 17.6 136 21-158 34-177 (438)
2 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.8 1.4E-17 4.9E-22 126.0 16.1 159 1-160 1-172 (491)
3 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.7 1.7E-16 5.7E-21 118.7 13.0 135 23-160 38-181 (451)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.7 2.8E-16 9.4E-21 115.2 12.6 141 17-159 4-149 (375)
5 2xut_A Proton/peptide symporte 99.7 8.3E-16 2.8E-20 117.3 14.7 150 9-159 8-173 (524)
6 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.7 2E-15 6.9E-20 114.2 16.0 109 50-158 55-186 (491)
7 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 7E-13 2.4E-17 99.0 17.3 149 11-160 250-409 (451)
8 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.5 4.2E-12 1.4E-16 94.5 17.9 148 11-161 256-408 (438)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.5 1.7E-12 5.9E-17 96.6 15.1 127 34-160 240-375 (417)
10 2cfq_A Lactose permease; trans 99.4 2.9E-13 9.9E-18 100.8 5.1 151 9-160 3-164 (417)
11 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 2.6E-12 8.8E-17 94.0 6.1 147 12-160 198-352 (375)
12 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 6.1E-12 2.1E-16 95.1 6.8 144 15-159 285-447 (491)
13 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.2 1.1E-09 3.8E-14 82.7 16.8 120 33-153 296-425 (491)
14 2xut_A Proton/peptide symporte 98.4 1.1E-07 3.7E-12 72.5 3.7 107 53-159 338-466 (524)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 74.1 1.5 5.1E-05 17.9 1.1 14 69-82 2-15 (26)
16 2bzw_B BCL2-antagonist of cell 20.9 24 0.00081 14.8 0.2 13 68-80 2-14 (27)
No 1
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.79 E-value=1.4e-17 Score=124.14 Aligned_cols=136 Identities=16% Similarity=0.122 Sum_probs=114.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHhhHHhh---
Q psy16666 21 VIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVFVTCLPIPLM--- 97 (167)
Q Consensus 21 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~--- 97 (167)
..+...+.... ..+.+|.+.++++.++. +.+++.+...++..++.+++|+++||+|||+++..+.++.+++....
T Consensus 34 ~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~s~~-~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 111 (438)
T 3o7q_A 34 LFFLWAVANNL-NDILLPQFQQAFTLTNF-QAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPA 111 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSCCCSH-HHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHh-HHHHHHHHHHHcCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 33444444333 67888888888877665 56999999999999999999999999999999999987777766655
Q ss_pred hH--HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhhHhh
Q psy16666 98 TL--DTWWFFAMISISGVFA-VTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTPFYY 158 (167)
Q Consensus 98 ~~--~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g~l~ 158 (167)
.. +.+.+++.+++.|++. ...+...+++.|++|+++|+++.++.+...++ .++|.+++.+.
T Consensus 112 ~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 177 (438)
T 3o7q_A 112 AEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLI 177 (438)
T ss_dssp HHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHH
T ss_pred cccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33 7888999999999965 56779999999999999999999999999888 99999999887
No 2
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.77 E-value=1.4e-17 Score=126.03 Aligned_cols=159 Identities=16% Similarity=0.097 Sum_probs=120.3
Q ss_pred CCCCCCCCCCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhC-----CCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhh
Q psy16666 1 MIKNSPTSGIGEPSVYHALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTF-----PDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSD 75 (167)
Q Consensus 1 m~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d 75 (167)
|+++++....+++.++..+...+...+.+.. ..+.++.|.++. .+.+..+.+++.+...++..++++++|+++|
T Consensus 1 m~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d 79 (491)
T 4aps_A 1 MEDKGKTFFGQPLGLSTLFMTEMWERFSYYG-MRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVAD 79 (491)
T ss_dssp ----------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCcchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 4444444444455666666667777766544 567778887764 4555567799999999999999999999999
Q ss_pred h-hcchHHHHHHHHHHHhhHHhhhH--HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccccchh--hHHHHHHHHHHHhh--
Q psy16666 76 L-WGRKLFLLITVFVTCLPIPLMTL--DTWWFFAMISISGVFA-VTFSVVFAYVADVTEEHE--RSLAYGLVSSETNQ-- 147 (167)
Q Consensus 76 r-~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~-- 147 (167)
| +|||+++..+.++..++...... +.+.+++.+++.|++. ...+...+++.|++|+++ |+++.+.++...++
T Consensus 80 r~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~ 159 (491)
T 4aps_A 80 RIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGA 159 (491)
T ss_dssp HTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHH
Confidence 9 89999999998777776665543 7788889999999865 567899999999999988 77788888888777
Q ss_pred hhccchhhHhhhh
Q psy16666 148 YSSPSLTPFYYYC 160 (167)
Q Consensus 148 ~~gp~i~g~l~~~ 160 (167)
.+||.+++.+.+.
T Consensus 160 ~~~~~~~~~l~~~ 172 (491)
T 4aps_A 160 FIAPLIVGAAQEA 172 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhh
Confidence 8999999988653
No 3
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.71 E-value=1.7e-16 Score=118.66 Aligned_cols=135 Identities=13% Similarity=0.048 Sum_probs=110.6
Q ss_pred HHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHhhHHhh-----
Q psy16666 23 FLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVFVTCLPIPLM----- 97 (167)
Q Consensus 23 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~----- 97 (167)
+........ ..+.+|.+.++. .+. .+.+++.+...++..++.+++|+++||+|||+++..+.++.+++....
T Consensus 38 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~-~s~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 114 (451)
T 1pw4_A 38 AAYYLVRKN-FALAMPYLVEQG-FSR-GDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPW 114 (451)
T ss_dssp HHHHHHHTS-HHHHHHHTTSST-TCS-SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHH
T ss_pred HHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHh-ccH-hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Confidence 333333333 577888888887 554 456999999999999999999999999999999999977777665554
Q ss_pred -hHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhhHhhhh
Q psy16666 98 -TLDTWWFFAMISISGVFA-VTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTPFYYYC 160 (167)
Q Consensus 98 -~~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g~l~~~ 160 (167)
..+.+.+++.+++.|++. ...+...+++.|++|+++|++++++.+...++ .+||.+++.+.+.
T Consensus 115 ~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~ 181 (451)
T 1pw4_A 115 ATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAW 181 (451)
T ss_dssp HHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 336778888999999865 56789999999999999999999999998888 8999999987654
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.70 E-value=2.8e-16 Score=115.22 Aligned_cols=141 Identities=16% Similarity=0.117 Sum_probs=116.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHhhHHh
Q psy16666 17 HALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVFVTCLPIPL 96 (167)
Q Consensus 17 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 96 (167)
.+....++....... ..+.+|.+.++.+.++. +.+++.+...++..++.+++|+++||+|||+++..+.....++...
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~g~s~~-~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~ 81 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTI-YIPAIADMARDLNVREG-AVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLV 81 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHTTSSSTTH-HHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH-HhhhhHHHHHHcCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344455555666555 68888988888776664 5699999999999999999999999999999999887777766555
Q ss_pred hh--HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhhHhhh
Q psy16666 97 MT--LDTWWFFAMISISGVFA-VTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTPFYYY 159 (167)
Q Consensus 97 ~~--~~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g~l~~ 159 (167)
.. .+.+.+++.+++.|++. ...+...+++.|..|+|+|+++++..+....+ .++|.+++++.+
T Consensus 82 ~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~ 149 (375)
T 2gfp_A 82 AVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDT 149 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSC
T ss_pred HHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHH
Confidence 44 37888888999999865 56788999999999999999999999998888 899999988764
No 5
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.69 E-value=8.3e-16 Score=117.27 Aligned_cols=150 Identities=12% Similarity=0.040 Sum_probs=115.6
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCC------chHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh-cchH
Q psy16666 9 GIGEPSVYHALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPD------HTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLW-GRKL 81 (167)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~r~ 81 (167)
.++++.++.+.+..++..+++.. ..+.++.|+++..+ .+..+.+++.+...++..++.+++|+++||+ |||+
T Consensus 8 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~ 86 (524)
T 2xut_A 8 PKWPRQIPYIIASEACERFSFYG-MRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYN 86 (524)
T ss_dssp -----CCTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHH
T ss_pred ccCCcHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchH
Confidence 34455666677777777777655 57788888766555 5556779999999999999999999999999 9999
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhHHhhh--H-HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHH---HHHHHhh--hhccc
Q psy16666 82 FLLITVFVTCLPIPLMT--L-DTWWFFAMISISGVFA-VTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGL---VSSETNQ--YSSPS 152 (167)
Q Consensus 82 ~~~~~~~~~~~~~~~~~--~-~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~--~~gp~ 152 (167)
++..+.++..++..... . +.+.+++.+++.|++. ...+...+++.|.+|+++|++..+. .+...++ .+||.
T Consensus 87 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 166 (524)
T 2xut_A 87 TILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASL 166 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99988777766655543 3 6788888899999865 5668999999999999999776665 7776666 88888
Q ss_pred hhhHhhh
Q psy16666 153 LTPFYYY 159 (167)
Q Consensus 153 i~g~l~~ 159 (167)
+++.+.+
T Consensus 167 ~~~~l~~ 173 (524)
T 2xut_A 167 SMPLLLK 173 (524)
T ss_dssp TSTHHHH
T ss_pred HHHHHhc
Confidence 8888764
No 6
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.68 E-value=2e-15 Score=114.15 Aligned_cols=109 Identities=15% Similarity=0.061 Sum_probs=89.9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHhhHHh--------------------hhHHHHHHHHHHH
Q psy16666 50 LMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVFVTCLPIPL--------------------MTLDTWWFFAMIS 109 (167)
Q Consensus 50 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~--------------------~~~~~~~~~~~~~ 109 (167)
.+.+++.+.+.++..++++++|+++||+|||+++.++.++..++... ++.+.+.++++|+
T Consensus 55 ~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~ 134 (491)
T 4gc0_A 55 SLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRI 134 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHH
Confidence 45588889999999999999999999999999999987766665443 2347889999999
Q ss_pred HHHHH-HHHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhhHhh
Q psy16666 110 ISGVF-AVTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTPFYY 158 (167)
Q Consensus 110 ~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g~l~ 158 (167)
++|++ ++..+....+++|..|+++|++..+..+..... ..++.++....
T Consensus 135 l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~ 186 (491)
T 4gc0_A 135 IGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIA 186 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhc
Confidence 99996 467789999999999999999999998888777 55555554443
No 7
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.54 E-value=7e-13 Score=99.02 Aligned_cols=149 Identities=5% Similarity=-0.013 Sum_probs=114.0
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhh--cchHHHHHHHH
Q psy16666 11 GEPSVYHALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLW--GRKLFLLITVF 88 (167)
Q Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g~r~~~~~~~~ 88 (167)
+++.++...+..++....... ...++|.|.++..+.+..+.++..+...++..++.++.|++.||+ |||+.+..+..
T Consensus 250 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~ 328 (451)
T 1pw4_A 250 PNKLLWYIAIANVFVYLLRYG-ILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFM 328 (451)
T ss_dssp SCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHH
Confidence 345666666666666666545 578899999886555666779999999999999999999999999 99998877755
Q ss_pred HHH-hhHHhhhH----HHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh---hhccchhhHhhh
Q psy16666 89 VTC-LPIPLMTL----DTWWFFAMISISGVF-AVTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ---YSSPSLTPFYYY 159 (167)
Q Consensus 89 ~~~-~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~---~~gp~i~g~l~~ 159 (167)
+.. ++...+.. +.+......++.|++ +...+...+++.|..|+++|+++.|+.+...++ .++|.+.|.+.+
T Consensus 329 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~ 408 (451)
T 1pw4_A 329 TLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVD 408 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 444 44443332 455566666677764 456677889999999999999999999887654 889999998876
Q ss_pred h
Q psy16666 160 C 160 (167)
Q Consensus 160 ~ 160 (167)
.
T Consensus 409 ~ 409 (451)
T 1pw4_A 409 F 409 (451)
T ss_dssp S
T ss_pred h
Confidence 4
No 8
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.49 E-value=4.2e-12 Score=94.53 Aligned_cols=148 Identities=7% Similarity=-0.019 Sum_probs=109.3
Q ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHH-HhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHHH
Q psy16666 11 GEPSVYHALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVL-NRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVFV 89 (167)
Q Consensus 11 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~ 89 (167)
+++.++...+..++....... ...++|.| .++..+.+..+.+...+...++..++.++.|+++||+|||+++..+..+
T Consensus 256 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~ 334 (438)
T 3o7q_A 256 RIRHWRWAVLAQFCYVGAQTA-CWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALI 334 (438)
T ss_dssp TCSHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred hChHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHH
Confidence 345666666666666555544 57888999 8887566666779999999999999999999999999999999888776
Q ss_pred HHhhHHhhhH--HHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh-hhccchhhHhhhhc
Q psy16666 90 TCLPIPLMTL--DTWWFFAMISISGVF-AVTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ-YSSPSLTPFYYYCN 161 (167)
Q Consensus 90 ~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-~~gp~i~g~l~~~~ 161 (167)
..+....... +.+. ....++.|++ +...+...++..|..|++ |+++.++....... .++|.+.|.+.+..
T Consensus 335 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 408 (438)
T 3o7q_A 335 AMALCLISAFAGGHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFSLGIKNLGQD-TKYGSSFIVMTIIGGGIVTPVMGFVSDAA 408 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCCHHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSSCGGG-HHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHcCCcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccc-ccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 6665555443 3333 3334555654 456788899999999876 88888877643322 89999999988754
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.48 E-value=1.7e-12 Score=96.64 Aligned_cols=127 Identities=11% Similarity=0.013 Sum_probs=91.5
Q ss_pred HHHHHHHHhhCCCc---hHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHhhHHhhhH--HHHHHHHHH
Q psy16666 34 MPIISVLNRTFPDH---TFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVFVTCLPIPLMTL--DTWWFFAMI 108 (167)
Q Consensus 34 ~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~ 108 (167)
...+|.|.++.... +....++..+...+...++.++.|+++||+|||+++..+..+.++....+.. +.+.+.+..
T Consensus 240 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 319 (417)
T 2cfq_A 240 DQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILK 319 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHH
Confidence 34567776654332 2334577777788888899999999999999999988876666665444432 455555555
Q ss_pred HHHHHH-HHHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHH-HHHHhh--hhccchhhHhhhh
Q psy16666 109 SISGVF-AVTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLV-SSETNQ--YSSPSLTPFYYYC 160 (167)
Q Consensus 109 ~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~-~~~~~~--~~gp~i~g~l~~~ 160 (167)
++.++. ....+....++.|.+|++.|+++.+.. +...++ .++|.++|.+.+.
T Consensus 320 ~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~ 375 (417)
T 2cfq_A 320 TLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYES 375 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHh
Confidence 555554 344556788999999999999999984 666666 8999999988753
No 10
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.39 E-value=2.9e-13 Score=100.85 Aligned_cols=151 Identities=16% Similarity=0.263 Sum_probs=94.9
Q ss_pred CCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHH
Q psy16666 9 GIGEPSVYHALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVF 88 (167)
Q Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~ 88 (167)
..++|+++......++....++. ..+++|.|+++..+.+..+.|++.+...++..++++++|+++||+|||+++..+..
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~ 81 (417)
T 2cfq_A 3 YLKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGA-YFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIIT 81 (417)
T ss_dssp TTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHH
T ss_pred cccccchHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHH
Confidence 35677888777777777766655 68889999877545555567999999999999999999999999999999988866
Q ss_pred HHHhhHH-hh--hHHH---HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhccccc--hhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhhHh
Q psy16666 89 VTCLPIP-LM--TLDT---WWFFAMISISGVF-AVTFSVVFAYVADVTEE--HERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTPFY 157 (167)
Q Consensus 89 ~~~~~~~-~~--~~~~---~~~~~~~~~~g~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g~l 157 (167)
...+... .+ .... ......+.+.+.. +...+.....+.+..++ ++|+...+..+....+ .++|.+++++
T Consensus 82 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l 161 (417)
T 2cfq_A 82 GMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIM 161 (417)
T ss_dssp HTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5544221 11 1110 0112223333321 11222222223333322 3456566666555555 7888888877
Q ss_pred hhh
Q psy16666 158 YYC 160 (167)
Q Consensus 158 ~~~ 160 (167)
.+.
T Consensus 162 ~~~ 164 (417)
T 2cfq_A 162 FTI 164 (417)
T ss_dssp HHH
T ss_pred HHh
Confidence 653
No 11
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.31 E-value=2.6e-12 Score=94.04 Aligned_cols=147 Identities=11% Similarity=0.043 Sum_probs=101.7
Q ss_pred chhHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHH-HHH
Q psy16666 12 EPSVYHALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITV-FVT 90 (167)
Q Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~-~~~ 90 (167)
+|+++...+..++....... ...++|.+.++..+.+..+.+...+...++..++.+..+++.||++++....... ...
T Consensus 198 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~ 276 (375)
T 2gfp_A 198 NSGFNCYLLMLIGGLAGIAA-FEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLMWQSVICCLLA 276 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred CcchHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34555555555555555444 4677787777754556667799999999999999999999999998833222222 111
Q ss_pred HhhHHhhhH----HHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhhHhhhh
Q psy16666 91 CLPIPLMTL----DTWWFFAMISISGVFA-VTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTPFYYYC 160 (167)
Q Consensus 91 ~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~g~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g~l~~~ 160 (167)
......... +.+...+..++.|++. ...+...+++.|..| |+|+++.++.+...++ .++|.+.|.+.+.
T Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~ 352 (375)
T 2gfp_A 277 GLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQT 352 (375)
T ss_dssp SSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 111112221 4455556667777754 456788899999998 8899999999998888 8899999887653
No 12
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.27 E-value=6.1e-12 Score=95.13 Aligned_cols=144 Identities=10% Similarity=0.128 Sum_probs=98.8
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHH-----HHHHH
Q psy16666 15 VYHALVVIFLEFFAWGLLTMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLL-----ITVFV 89 (167)
Q Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~-----~~~~~ 89 (167)
.....+..++....+.. ....+|.+.++..+.+....+...+...+...++.++.|++.||+|||+... .+..+
T Consensus 285 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~ 363 (491)
T 4aps_A 285 YIPLFIAAVLFWAIEEQ-GSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMF 363 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHGG-GGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhh-ccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHH
Confidence 34444444444444433 4666777877655444233467777888888999999999999999886543 55555
Q ss_pred HHhhHHhhhH-----------HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhh
Q psy16666 90 TCLPIPLMTL-----------DTWWFFAMISISGVFAV-TFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTP 155 (167)
Q Consensus 90 ~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~g~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g 155 (167)
..++...+.. +.+......++.|++.+ ..+..++++.|..|+++|+++.|+.+....+ .++|.+.+
T Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~ 443 (491)
T 4aps_A 364 AGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVT 443 (491)
T ss_dssp HHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5554444332 44555666677777554 4678899999999999999999999988888 88888888
Q ss_pred Hhhh
Q psy16666 156 FYYY 159 (167)
Q Consensus 156 ~l~~ 159 (167)
.+.+
T Consensus 444 ~~~~ 447 (491)
T 4aps_A 444 LYNA 447 (491)
T ss_dssp GGGG
T ss_pred HHhc
Confidence 7754
No 13
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.22 E-value=1.1e-09 Score=82.67 Aligned_cols=120 Identities=13% Similarity=0.040 Sum_probs=81.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhhCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhcchHHHHHHHHHHHhhHHhhhH------HHHHHHH
Q psy16666 33 TMPIISVLNRTFPDHTFLMNGLIMGIKGFLSFLSAPLIGALSDLWGRKLFLLITVFVTCLPIPLMTL------DTWWFFA 106 (167)
Q Consensus 33 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~~~ 106 (167)
...+.|.+.++.+..+. ..........+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++...+.. +.+..++
T Consensus 296 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 374 (491)
T 4gc0_A 296 VLYYAPEVFKTLGASTD-IALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALL 374 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHH
T ss_pred HHhcchHHHHhcCCCcc-chhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHH
Confidence 35555666666665554 3356667778889999999999999999999998886666555444322 2222222
Q ss_pred HHHH-HHH-HHHHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccch
Q psy16666 107 MISI-SGV-FAVTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSL 153 (167)
Q Consensus 107 ~~~~-~g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i 153 (167)
..++ ... ..+..+..+.+.+|++|++.|+++.|+.+....+ .++|.+
T Consensus 375 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~ 425 (491)
T 4gc0_A 375 SMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWT 425 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTH
T ss_pred HHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 2222 222 2345567889999999999999999998877666 444443
No 14
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=98.44 E-value=1.1e-07 Score=72.46 Aligned_cols=107 Identities=7% Similarity=0.017 Sum_probs=72.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhh----hhhcc----hHHHHHHHHHHHhhHHhhhH-----------HHHHHHHHHHHHHH
Q psy16666 53 GLIMGIKGFLSFLSAPLIGALS----DLWGR----KLFLLITVFVTCLPIPLMTL-----------DTWWFFAMISISGV 113 (167)
Q Consensus 53 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~g~----r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~~~~~~~~~~~g~ 113 (167)
+.......++..+..++.+++. ||.|+ ++.+..+..+.+++...+.. +.+++.+..++.|+
T Consensus 338 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~ 417 (524)
T 2xut_A 338 AMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTF 417 (524)
T ss_dssp HHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4555555566667777777764 55443 24455555555554444322 44556666677777
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHHhccccchhhHHHHHHHHHHHhh--hhccchhhHhhh
Q psy16666 114 FA-VTFSVVFAYVADVTEEHERSLAYGLVSSETNQ--YSSPSLTPFYYY 159 (167)
Q Consensus 114 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~--~~gp~i~g~l~~ 159 (167)
+. ...+..++++.|..|+++|++++|+.+...++ .+||.+.|.+.+
T Consensus 418 ~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~ 466 (524)
T 2xut_A 418 GEVLVSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKS 466 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 54 56678899999999999999999999998888 889998887764
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=74.13 E-value=1.5 Score=17.92 Aligned_cols=14 Identities=43% Similarity=0.707 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhhhhhhhhcchHH
Q psy16666 69 LIGALSDLWGRKLF 82 (167)
Q Consensus 69 ~~g~l~dr~g~r~~ 82 (167)
..|.+..++|||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 35788999999865
No 16
>2bzw_B BCL2-antagonist of cell death; transcription, apoptosis, phosphorylation, transcription complex, alternative splicing, mitochondrion; 2.3A {Mus musculus} PDB: 1g5j_B
Probab=20.89 E-value=24 Score=14.78 Aligned_cols=13 Identities=23% Similarity=0.250 Sum_probs=8.5
Q ss_pred hhhhhhhhhhcch
Q psy16666 68 PLIGALSDLWGRK 80 (167)
Q Consensus 68 ~~~g~l~dr~g~r 80 (167)
|+.-|.+.|+||.
T Consensus 2 p~~~~~A~rYGRe 14 (27)
T 2bzw_B 2 PPNLWAAQRYGRE 14 (27)
T ss_dssp CGGGHHHHHHHHH
T ss_pred chhHHHHHHHhHH
Confidence 3445777888864
Done!