Query psy17194
Match_columns 871
No_of_seqs 668 out of 3778
Neff 9.8
Searched_HMMs 29240
Date Sat Aug 17 00:15:55 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy17194.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/17194hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1E-35 3.4E-40 337.2 34.5 381 41-455 26-435 (451)
2 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.1E-34 3.9E-39 327.1 39.4 371 39-445 22-424 (438)
3 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 1.6E-30 5.6E-35 294.3 31.3 396 273-780 28-434 (451)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 4.2E-32 1.4E-36 299.4 16.4 359 46-441 3-364 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 3.4E-30 1.2E-34 295.2 30.7 386 43-454 13-472 (491)
6 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 2.3E-28 7.9E-33 279.9 39.1 390 46-460 15-470 (491)
7 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 1.4E-27 4.8E-32 269.1 35.1 367 276-773 29-426 (438)
8 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 7.3E-29 2.5E-33 277.2 20.2 373 45-451 9-397 (417)
9 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 7.7E-26 2.6E-30 258.9 41.8 437 273-780 13-472 (491)
10 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 7.4E-26 2.5E-30 261.3 23.5 382 45-452 14-501 (524)
11 2cfq_A Lactose permease; trans 99.9 8.3E-27 2.8E-31 260.6 14.4 389 268-778 2-398 (417)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.9 1E-25 3.5E-30 248.3 20.0 357 277-766 4-363 (375)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 1.9E-22 6.6E-27 232.7 28.0 174 273-451 12-196 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.9 1.5E-22 5.1E-27 231.5 26.5 374 308-784 54-467 (491)
15 3mkt_A Multi antimicrobial ext 27.4 5.6E+02 0.019 26.8 28.8 13 191-203 156-168 (460)
16 3hd6_A Ammonium transporter RH 24.4 6.9E+02 0.023 26.9 14.6 249 561-850 194-473 (490)
17 2g9p_A Antimicrobial peptide l 23.5 32 0.0011 19.1 1.1 14 124-137 2-15 (26)
18 2jxc_B Stonin-2, stoned B; end 23.4 56 0.0019 21.2 2.3 22 847-868 16-38 (45)
No 1
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=1e-35 Score=337.16 Aligned_cols=381 Identities=11% Similarity=0.018 Sum_probs=314.6
Q ss_pred cchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhHHHHhcCCCcchhHHhhhhcccCCCCCCcccccCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 41 RKLILVIVSTALLLDNMLYMVIVPIIPDYLRFIGAWGEEDQLQALNESRYHTKPHHREHAEGEDSATGVLFASKAIVQLM 120 (871)
Q Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~ 120 (871)
+++.+..++++.++..++.....+.+|.+.+++ . +..+.|++.+++.++..+
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~---------------------------s~~~~g~~~~~~~~~~~~ 77 (451)
T 1pw4_A 26 RWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-F---------------------------SRGDLGFALSGISIAYGF 77 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-T---------------------------CSSCHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-c---------------------------cHhHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 456677788888888888888889989888776 5 788999999999999999
Q ss_pred hhhhhhHhhhhhCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHh----hhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhhcccCChhhHHHH
Q psy17194 121 VNPFSGALIDRIGYDLPMMIGLCIMFLSTALFAC----GRSYGVLFFARSLQGVGSAFADTSGLAMIADRFTEENERSQA 196 (871)
Q Consensus 121 ~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~~l~~~----a~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~a~i~~~~~~~~~r~~~ 196 (871)
+++++|+++||+|||++++++.++.+++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++ |+++|+++
T Consensus 78 ~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~-~~~~r~~~ 156 (451)
T 1pw4_A 78 SKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWW-SQKERGGI 156 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTC-TTTHHHHH
T ss_pred HHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHC-CchhhhHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999997 66899999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhC-ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCC----------------
Q psy17194 197 LGIALAFISFGCLVAPPFGGALYQFAG-KEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPE---------------- 259 (871)
Q Consensus 197 ~g~~~~~~~~G~~lg~~l~~~l~~~~g-wr~~f~~~~~~~l~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------- 259 (871)
+++.+.+..+|.++||.+++++.+.+| ||++|++.+++.++..++.+++.||.++..+.++.+
T Consensus 157 ~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 236 (451)
T 1pw4_A 157 VSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEEYKNDYPDDYNEKAEQ 236 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTTTCCC-----------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhhhcccccccchhhhhc
Confidence 999999999999999999999989898 999999999998887777777777755432111100
Q ss_pred CCcccc--hhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhc-
Q psy17194 260 SHSTVP--IWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLY- 336 (871)
Q Consensus 260 ~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~- 336 (871)
+....+ .++.+|+|.++...+..++..........++|.|+++.+|.+..+.+++.+...++.+++.++.+++.||+
T Consensus 237 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~ 316 (451)
T 1pw4_A 237 ELTAKQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVF 316 (451)
T ss_dssp --CCTHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS
T ss_pred ccccccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 000111 35677889999888888888888888899999999888999999999999999999999999999999999
Q ss_pred -CchhHHHHHHHHHHHH-HHHHHhhcch--hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHH
Q psy17194 337 -PTYQWLMVAVGLVLEG-LCCFIIPFST--SYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISY 412 (871)
Q Consensus 337 -g~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~--~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~ 412 (871)
++|+.+ ..+..+.. ++.+++.+.+ +.+...+..++.|++.+...+... ....+..|+++||+++|+.+...
T Consensus 317 ~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 391 (451)
T 1pw4_A 317 RGNRGAT--GVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIG---LHALELAPKKAAGTAAGFTGLFG 391 (451)
T ss_dssp TTCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHH---HHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCchhH--HHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHH---HHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHH
Confidence 888754 34443333 5555555553 555566666666776666533333 33445556689999999999999
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHHHHHhhhChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q psy17194 413 SL-AYAIGPIVAGGIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAPVLIYLKN 455 (871)
Q Consensus 413 ~l-g~~igp~l~g~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 455 (871)
.+ |..++|.+.|.+.+..||+..|++.+++.+++.++.++..+
T Consensus 392 ~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 435 (451)
T 1pw4_A 392 YLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVMI 435 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 99 99999999999999999999999988888777666555443
No 2
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=1.1e-34 Score=327.14 Aligned_cols=371 Identities=14% Similarity=0.135 Sum_probs=300.7
Q ss_pred cccchhhHHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhHHHHhcCCCcchhHHhhhhcccCCCCCCcccccCchhHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 39 SQRKLILVIVSTALLLDNMLYMVIVPIIPDYLRFIGAWGEEDQLQALNESRYHTKPHHREHAEGEDSATGVLFASKAIVQ 118 (871)
Q Consensus 39 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~ 118 (871)
++++..+..+++..++..++.....+++|.+.+++|. +..+.|++.+++.+++
T Consensus 22 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---------------------------s~~~~g~~~~~~~~~~ 74 (438)
T 3o7q_A 22 RSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTL---------------------------TNFQAGLIQSAFYFGY 74 (438)
T ss_dssp CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCC---------------------------CSHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHcCC---------------------------CHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3445566777788888888889999999999999876 8899999999999999
Q ss_pred HHhhhhhhHhhhhhCCchHHHHHHHHHHHHHHHH---HhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhhcccCChhhHHH
Q psy17194 119 LMVNPFSGALIDRIGYDLPMMIGLCIMFLSTALF---ACGRSYGVLFFARSLQGVGSAFADTSGLAMIADRFTEENERSQ 195 (871)
Q Consensus 119 ~~~~~~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~~l~---~~a~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~a~i~~~~~~~~~r~~ 195 (871)
.++.+++|+++||+|||++++++.++.+++.+++ +++++++.++++|+++|++.+...+...++++|++ |+++|++
T Consensus 75 ~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~r~~ 153 (438)
T 3o7q_A 75 FIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLG-PESSGHF 153 (438)
T ss_dssp HTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSS-CSTTHHH
T ss_pred HHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHc-CchhHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999 88899999999999999999999999999999997 6689999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHH-hhhC-------------------------ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-cc
Q psy17194 196 ALGIALAFISFGCLVAPPFGGALY-QFAG-------------------------KEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVM-KP 248 (871)
Q Consensus 196 ~~g~~~~~~~~G~~lg~~l~~~l~-~~~g-------------------------wr~~f~~~~~~~l~~~i~~~~~~-~~ 248 (871)
++++.+...++|.++||.+++.+. +..+ ||++|++.+++.++..++.++.. ||
T Consensus 154 ~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~ 233 (438)
T 3o7q_A 154 RLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPA 233 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCc
Confidence 999999999999999999999998 5544 99999888877776665544432 22
Q ss_pred chhhhccCCCCCCcccchhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHH
Q psy17194 249 VKEQLNQKKPESHSTVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLW-IEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVV 327 (871)
Q Consensus 249 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 327 (871)
.+++.++++++++.....++++|+|.++...+..++..........++|.| +++.+|.+..+.++..+...++.+++.+
T Consensus 234 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (438)
T 3o7q_A 234 LQSDNHSDAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFFIGRF 313 (438)
T ss_dssp CTTTCCCCSSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccccccccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 222211222222333566788899999998888888888888888999999 8888899999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHH
Q psy17194 328 ITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEGLCCFIIPFSTSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAI 407 (871)
Q Consensus 328 ~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi 407 (871)
+.+++.||+|+|+.+ ..+..+..++.++..+.++.+..+ ..++.+++.+...+.. .....+..|++ ++++.++
T Consensus 314 ~~g~l~~r~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 386 (438)
T 3o7q_A 314 TGTWLISRFAPHKVL--AAYALIAMALCLISAFAGGHVGLI-ALTLCSAFMSIQYPTI---FSLGIKNLGQD-TKYGSSF 386 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHSCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHH-HHHHHHHHHTTHHHHH---HHHHHSSCGGG-HHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhcchHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHhhcccc-ccchhhH
Confidence 999999999999855 556666666666666666655433 3466677766654333 33334555544 8888887
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhC-hhhHHHHHHHHHHH
Q psy17194 408 ADISYSLAYAIGPIVAGGIVDAIG-FTALNFLIAFMNIL 445 (871)
Q Consensus 408 ~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~~~g-~~~~f~~~~~~~~~ 445 (871)
.. ...+|.+++|.+.|.+.|..| ++..|++.+++.++
T Consensus 387 ~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 424 (438)
T 3o7q_A 387 IV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAV 424 (438)
T ss_dssp HH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHH
T ss_pred HH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 77 667999999999999999999 99998876554443
No 3
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.98 E-value=1.6e-30 Score=294.28 Aligned_cols=396 Identities=11% Similarity=0.022 Sum_probs=288.7
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 273 PYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEG 352 (871)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~ 352 (871)
+.+.......+........+.+.+|.+. +++ .+..+.+++.+.+.++..++.++.|+++||+|||+.+ ..+.++.+
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l--~~~~~~~~ 103 (451)
T 1pw4_A 28 QIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLV-EQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFL--PAGLILAA 103 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTT-SST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHH--HHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHH--HHHHHHHH
Confidence 3444444455555555555566666654 446 8999999999999999999999999999999999955 77888888
Q ss_pred HHHHHhhc----chhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy17194 353 LCCFIIPF----STSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVD 428 (871)
Q Consensus 353 ~~~~~~~~----~~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~ 428 (871)
++.+++++ +++.+.+++.+++.|++.+...+...+. +.+..|+++|++++++.+....+|..++|.+++.+.+
T Consensus 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~---i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~ 180 (451)
T 1pw4_A 104 AVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRT---MVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMA 180 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHH---HHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHH---HHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 88888888 8889999999999999999875555444 4444566999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhC-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCchhhhhccCCCcccccCcccccccccccccccccccccccccccC
Q psy17194 429 AIG-FTALNFLIAFMNILYAPVLIYLKNIYDFKPFENEANILMADPPKKEYQTYTMQDRQPVANDYKNHLEYSMQETSID 507 (871)
Q Consensus 429 ~~g-~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 507 (871)
..| |++.|++.+++.++..++.++..+..++....++ .++.+. ..+ . +. ++
T Consensus 181 ~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~~-----~~~--~------~~---~~--- 232 (451)
T 1pw4_A 181 WFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPP---------IEEYKN-----DYP--D------DY---NE--- 232 (451)
T ss_dssp HTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCS---------CTTTCC-----C---------------------
T ss_pred HhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCC---------hhhhcc-----ccc--c------cc---hh---
Confidence 999 9999999888777665554433321111000000 000000 000 0 00 00
Q ss_pred CCcCcccccCcCCCcchhhhccccccCccccchhHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCCCC
Q psy17194 508 ENKQPAANVGTNGVSNPFKASAPSTGPPETPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPESH 587 (871)
Q Consensus 508 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~g~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 587 (871)
+ . + ++...
T Consensus 233 -----~--~-~----------------------------------------------------------------~~~~~ 240 (451)
T 1pw4_A 233 -----K--A-E----------------------------------------------------------------QELTA 240 (451)
T ss_dssp ------------------------------------------------------------------------------CC
T ss_pred -----h--h-h----------------------------------------------------------------ccccc
Confidence 0 0 0 00000
Q ss_pred cccchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcHHHHHHHhcCCCccchhhhhhccchhhhhhhhhhhhhhhcc--Cch
Q psy17194 588 STVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLY--PTY 665 (871)
Q Consensus 588 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~l~~~~g~s~~~~gl~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~--~~~ 665 (871)
.....++++++|.++...+..++.+...+.+..++|.|+++.+|+++.+.|+++....++.+++.++.|++.||+ ++|
T Consensus 241 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~ 320 (451)
T 1pw4_A 241 KQIFMQYVLPNKLLWYIAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNR 320 (451)
T ss_dssp THHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCH
T ss_pred ccchHHHHHcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCc
Confidence 000136788999999999999999999999999999999888999999999999999999999999999999999 877
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHh-hHHhhhcch--hhhHHHHHHHHHHhhhhhhcchhhhhhhhhhhhhccccccchHHhHHHHHHHH-H
Q psy17194 666 QWLMVAVGLVLEG-LCCFIIPFS--TSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSL-A 741 (871)
Q Consensus 666 ~~~~~~~g~~~~~-~~l~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~a~g~~~~~~~~-g 741 (871)
+ ....+..+.. ++++.+.+. .+.+...+.+++.|++.+...+.... ...+..|++.+|+++|+++++.++ |
T Consensus 321 ~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g 395 (451)
T 1pw4_A 321 G--ATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGL---HALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGG 395 (451)
T ss_dssp H--HHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHH---HHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred h--hHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccCHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHH---HHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6 3334444433 555555543 34555556666677766655443333 344444578899999999999999 9
Q ss_pred HhHhhhhHHHhHhhhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy17194 742 YAIGPIVAGGIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAPVLIYLK 780 (871)
Q Consensus 742 ~~~gp~~~g~l~~~~g~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~ 780 (871)
+.++|.+.|.+.|..|++..|.+.+++.+++.++.++.+
T Consensus 396 ~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 434 (451)
T 1pw4_A 396 SVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVVM 434 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999888888776555543
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.97 E-value=4.2e-32 Score=299.38 Aligned_cols=359 Identities=16% Similarity=0.186 Sum_probs=291.4
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhHHHHhcCCCcchhHHhhhhcccCCCCCCcccccCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q psy17194 46 VIVSTALLLDNMLYMVIVPIIPDYLRFIGAWGEEDQLQALNESRYHTKPHHREHAEGEDSATGVLFASKAIVQLMVNPFS 125 (871)
Q Consensus 46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~ 125 (871)
..+++..++..+......+.+|.+.+++|. ++.+.|++.+++.++..+++++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~---------------------------s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 55 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARDLNV---------------------------REGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFY 55 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSS---------------------------TTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHcCC---------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 456777788888899999999999888765 88999999999999999999999
Q ss_pred hHhhhhhCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhhcccCChhhHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 126 GALIDRIGYDLPMMIGLCIMFLSTALFACGRSYGVLFFARSLQGVGSAFADTSGLAMIADRFTEENERSQALGIALAFIS 205 (871)
Q Consensus 126 G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~~l~~~a~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~a~i~~~~~~~~~r~~~~g~~~~~~~ 205 (871)
|+++||+|||+++..+.++.+++.++++++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++ |+++|++++++.+....
T Consensus 56 g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~ 134 (375)
T 2gfp_A 56 GPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLY-ERTQLRHANSLLNMGIL 134 (375)
T ss_dssp HHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTSSCCSHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999987 56899999999999999
Q ss_pred HHHHHhHHHHHHHHhhhCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCCCCcccchhhhhcchhHHHHHHHHHHH
Q psy17194 206 FGCLVAPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPESHSTVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMA 285 (871)
Q Consensus 206 ~G~~lg~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~l~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 285 (871)
+|..++|.+++++.+.+|||+.|++.+++.++..+...+..||++++.+ ++++...+.++.+|+|.++......++.
T Consensus 135 ~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 211 (375)
T 2gfp_A 135 VSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVDA---PRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYLLMLIGG 211 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTTC---CCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCCc---ccccHHHHHHHHhcCcchHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999998899999999988887766655555665443322 2223344567788899998888888888
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhc--ch
Q psy17194 286 NVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGL-VLEGLCCFIIPF--ST 362 (871)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--~~ 362 (871)
.........+.|.|+++.+|.++.+.+++.+...++.+++.++.+++.||++++. . ..... ...++..+.... .+
T Consensus 212 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (375)
T 2gfp_A 212 LAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTLM-W-QSVICCLLAGLLMWIPDWFGVM 289 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHH-H-HHHHHHHHTSSSSSHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-H-HHHHHHHHHHHHHHHHhhhccc
Confidence 8888888888899988888999999999999999999999999999999988622 1 11111 111111112222 12
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhChhhHHHHHHH
Q psy17194 363 SYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVDAIGFTALNFLIAF 441 (871)
Q Consensus 363 ~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~~~g~~~~f~~~~~ 441 (871)
+.+..++..++.+++.+...+....... +..| ++||++.|+.+....+|..++|.+.|.+.+..++...+++.++
T Consensus 290 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~---~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~ 364 (375)
T 2gfp_A 290 NVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAM---EPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTGQGSLGLLMTLM 364 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHH---THHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHH---HhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCcccHHHHHHHH
Confidence 5555566677778888776444444433 3344 7899999999999999999999999999988888877776443
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.97 E-value=3.4e-30 Score=295.15 Aligned_cols=386 Identities=15% Similarity=0.137 Sum_probs=281.2
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhHHHHhcCCCcchhHHhhhhcccCCCCCCcccccCchhHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q psy17194 43 LILVIVSTALLLDNMLYMVIVPIIPDYLRFIGAWGEEDQLQALNESRYHTKPHHREHAEGEDSATGVLFASKAIVQLMVN 122 (871)
Q Consensus 43 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~ 122 (871)
+.+..+++..+...+......+.++.+.++.- ..++++.+..+.|++.+++.++..+++
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------------------~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 71 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLI---------------------STGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSG 71 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------------------HHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc---------------------chhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455666667777777766677777776510 011235599999999999999999999
Q ss_pred hhhhHhhhh-hCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhhcccCChhh--HHHHHHH
Q psy17194 123 PFSGALIDR-IGYDLPMMIGLCIMFLSTALFACGRSYGVLFFARSLQGVGSAFADTSGLAMIADRFTEENE--RSQALGI 199 (871)
Q Consensus 123 ~~~G~l~Dr-~Grr~~l~~~~~~~~i~~~l~~~a~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~a~i~~~~~~~~~--r~~~~g~ 199 (871)
+++|+++|| +|||+++..+.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+...++++|++ |+++ |++++++
T Consensus 72 ~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~r~~~~~~ 150 (491)
T 4aps_A 72 TIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTLY-DEHDRRRDAGFSI 150 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS-SSCTTHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHHc-CcccccceeeehH
Confidence 999999999 89999999999999999999999999999999999999999999999999999997 4566 7889999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCCCCcccch-------------
Q psy17194 200 ALAFISFGCLVAPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPESHSTVPI------------- 266 (871)
Q Consensus 200 ~~~~~~~G~~lg~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~l~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------- 266 (871)
++...++|..+||.+++.+.+..|||++|++.++..++..++.++..++..++..++++++......
T Consensus 151 ~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~ 230 (491)
T 4aps_A 151 FVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLRPTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAG 230 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSCCSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccCCCCccccchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999888777666655544332211111010000000000
Q ss_pred ----------------------------------------------hhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 267 ----------------------------------------------WKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWI 300 (871)
Q Consensus 267 ----------------------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l 300 (871)
.+..+....+......++...........++.|.
T Consensus 231 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 310 (491)
T 4aps_A 231 FIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFA 310 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHH
Confidence 0000111233444444455555566677788888
Q ss_pred HHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHH---HHHHHHHHHHHHHHHhhcch---------hhHHHH
Q psy17194 301 EDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWL---MVAVGLVLEGLCCFIIPFST---------SYQMLM 368 (871)
Q Consensus 301 ~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~l~ 368 (871)
++.++.+....++..+...++..++.++.+++.||++||+.. .+..+..+.+++.+++.... +.+..+
T Consensus 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 390 (491)
T 4aps_A 311 AERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLV 390 (491)
T ss_dssp HHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHH
T ss_pred HHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHH
Confidence 887888767777888888888999999999999999987532 12355555556655554422 555666
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhChhhHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 369 LPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAP 448 (871)
Q Consensus 369 ~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~ 448 (871)
+..++.+++.+...+.... ...+..|++.||++.|+.+....+|.+++|.+.+.+.+ .++.+.|++.+++.++..+
T Consensus 391 ~~~~l~g~~~~~~~~~~~~---~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 466 (491)
T 4aps_A 391 GSWALVILGEMLISPVGLS---VTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGI 466 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTTTTHHHH---HHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHH---HHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6677778887776444433 34455666999999999999999999999999988765 4777888887777766665
Q ss_pred HHHHHh
Q psy17194 449 VLIYLK 454 (871)
Q Consensus 449 ~~~~~~ 454 (871)
+.++..
T Consensus 467 ~~~~~~ 472 (491)
T 4aps_A 467 VLVFLS 472 (491)
T ss_dssp HHHHC-
T ss_pred HHHHHH
Confidence 555443
No 6
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.97 E-value=2.3e-28 Score=279.93 Aligned_cols=390 Identities=14% Similarity=0.030 Sum_probs=268.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhHHHHhcCCCcchhHHhhhhcccCCCCCCcccccCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh
Q psy17194 46 VIVSTALLLDNMLYMVIVPIIPDYLRFIGAWGEEDQLQALNESRYHTKPHHREHAEGEDSATGVLFASKAIVQLMVNPFS 125 (871)
Q Consensus 46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~~~ 125 (871)
++.+++.++.+++.+.++..+|.+.++++..... ..+.+..+.|++.+++.++.+++++++
T Consensus 15 ~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------------~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~ 75 (491)
T 4gc0_A 15 LVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTVFVAPQNL-------------------SESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALG 75 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHTGGGCC-------------------CHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCC-------------------CcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3446677888999999999999999887541111 113366789999999999999999999
Q ss_pred hHhhhhhCCchHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------hhhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhhccc
Q psy17194 126 GALIDRIGYDLPMMIGLCIMFLSTALFA------------------CGRSYGVLFFARSLQGVGSAFADTSGLAMIADRF 187 (871)
Q Consensus 126 G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~~l~~------------------~a~s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~a~i~~~~ 187 (871)
|+++||+|||++++++.+++.++.++++ +++|++.++++|+++|++.|...+...++++|+.
T Consensus 76 G~laDr~GRk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~ 155 (491)
T 4gc0_A 76 GYCSNRFGRRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELA 155 (491)
T ss_dssp HHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS
T ss_pred HHHHHHhcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhC
Confidence 9999999999999999999999999998 4789999999999999999999999999999985
Q ss_pred CChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhh--------hCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCC
Q psy17194 188 TEENERSQALGIALAFISFGCLVAPPFGGALYQF--------AGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPE 259 (871)
Q Consensus 188 ~~~~~r~~~~g~~~~~~~~G~~lg~~l~~~l~~~--------~gwr~~f~~~~~~~l~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 259 (871)
|+++|++..++.+.+..+|.++++.++..+... .+||..+.+..+..++.. +..+..||+|+....+.+.
T Consensus 156 -p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~peSp~~L~~~~~~ 233 (491)
T 4gc0_A 156 -PAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFL-MLLYTVPESPRWLMSRGKQ 233 (491)
T ss_dssp -CGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHGGGSCCCHHHHHHTTCH
T ss_pred -CHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhh-hhhhcCCCChHHHHHcCch
Confidence 779999999999999999999999998877643 247777777766665544 3445566665321111110
Q ss_pred C-----------------------------CcccchhhhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCchh
Q psy17194 260 S-----------------------------HSTVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWK 310 (871)
Q Consensus 260 ~-----------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~ 310 (871)
+ +........++.+..........+..........++..++.+..+.+...
T Consensus 234 ~~a~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 313 (491)
T 4gc0_A 234 EQAEGILRKIMGNTLATQAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMFGVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDI 313 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHSCCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHH
T ss_pred hHHHHhHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccc
Confidence 0 00001111223333333333333333332223333344455556777777
Q ss_pred HHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc----hhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhh
Q psy17194 311 IGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEGLCCFIIPFS----TSYQMLMLPICGICFGMALVDTALL 386 (871)
Q Consensus 311 ~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~ 386 (871)
.........+...++.++.+++.||+|||+.+ ..+.....++++.++.. .+.+..++..++...+.+... ..
T Consensus 314 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~--~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~ 389 (491)
T 4gc0_A 314 ALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQ--IIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSW--GP 389 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTT--TH
T ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchh--ccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHH--HH
Confidence 77777777888899999999999999999965 44444444444333221 111222222232322322221 11
Q ss_pred hhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh------hhChhhHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHhhcccC
Q psy17194 387 PTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVD------AIGFTALNFLIAFMNILYAPVL-IYLKNIYDF 459 (871)
Q Consensus 387 ~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~------~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~ 459 (871)
....+..|.+|.+.|+++.|+.+....+++++++.+.+.+.+ ..++...|++.++++++..+.. ++++|++.+
T Consensus 390 ~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~ 469 (491)
T 4gc0_A 390 VCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGK 469 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTC
T ss_pred HHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCC
Confidence 223345567788999999999999999999999988776643 3466778888888777776654 455665544
Q ss_pred C
Q psy17194 460 K 460 (871)
Q Consensus 460 ~ 460 (871)
+
T Consensus 470 t 470 (491)
T 4gc0_A 470 T 470 (491)
T ss_dssp C
T ss_pred C
Confidence 3
No 7
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.96 E-value=1.4e-27 Score=269.08 Aligned_cols=367 Identities=13% Similarity=0.055 Sum_probs=272.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 276 AVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEGLCC 355 (871)
Q Consensus 276 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 355 (871)
..+....+...+......+..|. +++++|.+..+.+++.+.+.++..++.++.|+++||+|||+.+ ..+..+.+++.
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l--~~~~~~~~~~~ 105 (438)
T 3o7q_A 29 ALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQ-FQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGI--ITGLFLYALGA 105 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHH--HHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHH-HHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHH--HHHHHHHHHHH
Confidence 33444444455555566666666 5677999999999999999999999999999999999999965 77777788888
Q ss_pred HHh---hcchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhhC
Q psy17194 356 FII---PFSTSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIV-DAIG 431 (871)
Q Consensus 356 ~~~---~~~~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~-~~~g 431 (871)
+++ .+.++.+.+++.+++.|++.+...+...+. +.+..|+++|++++++.+....+|..++|.+++.+. +..+
T Consensus 106 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~ 182 (438)
T 3o7q_A 106 ALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPF---VTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVP 182 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSC
T ss_pred HHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHH---HHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccc
Confidence 777 778899999999999999999885555444 444556699999999999999999999999999998 5554
Q ss_pred -------------------------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCchhhhhccCCCcccccCccccccc
Q psy17194 432 -------------------------FTALNFLIAFMNILYAPVLIYLKNIYDFKPFENEANILMADPPKKEYQTYTMQDR 486 (871)
Q Consensus 432 -------------------------~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 486 (871)
|++.|++.+++.++..++.++.+..+. + + ++ ++
T Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~--~---~---------~~-------~~- 240 (438)
T 3o7q_A 183 HQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPAL--Q---S---------DN-------HS- 240 (438)
T ss_dssp CCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--T---T---------TC-------CC-
T ss_pred cccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcc--c---c---------cc-------cc-
Confidence 899988777666555444333211000 0 0 00 00
Q ss_pred ccccccccccccccccccccCCCcCcccccCcCCCcchhhhccccccCccccchhHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 487 QPVANDYKNHLEYSMQETSIDENKQPAANVGTNGVSNPFKASAPSTGPPETPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGF 566 (871)
Q Consensus 487 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~g~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 566 (871)
+++
T Consensus 241 ~~~----------------------------------------------------------------------------- 243 (438)
T 3o7q_A 241 DAK----------------------------------------------------------------------------- 243 (438)
T ss_dssp CSS-----------------------------------------------------------------------------
T ss_pred ccc-----------------------------------------------------------------------------
Confidence 000
Q ss_pred HHHHhcccchhhhccCCCCCCcccchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcHHHH-HHHhcCCCccchhhhhhccc
Q psy17194 567 MLLLVMKPVKEQLNQKKPESHSTVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLW-IEDNLTTDNWKIGMIWLPAF 645 (871)
Q Consensus 567 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~-l~~~~g~s~~~~gl~~~~~~ 645 (871)
..+.+.++++++++|.++...+..++.....+....++|.| +++.+|+++.+.|+++....
T Consensus 244 ------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~ 305 (438)
T 3o7q_A 244 ------------------QGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTM 305 (438)
T ss_dssp ------------------TTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ------------------ccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHH
Confidence 00001134778899999999988888888888999999999 88888999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhccCchhhHHHHHHHHHHhhHHhhhcchhhhHHHHHHHHHHhhhhhhcchhhhhhhhhhhhhcccc
Q psy17194 646 FPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEGLCCFIIPFSTSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVS 725 (871)
Q Consensus 646 ~~~~i~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 725 (871)
++.+++.++.|++.||+++|+ ....+..+.+++++++.+.++.+. +..++..+++.+...+...+ ...+..++
T Consensus 306 ~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~- 378 (438)
T 3o7q_A 306 VCFFIGRFTGTWLISRFAPHK--VLAAYALIAMALCLISAFAGGHVG-LIALTLCSAFMSIQYPTIFS---LGIKNLGQ- 378 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHSCHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHH-HHHHHHHHHHHTTHHHHHHH---HHHSSCGG-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhcchH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHhhccc-
Confidence 999999999999999999887 555666666666666655544433 33345556665655443333 33444434
Q ss_pred ccchHHhHHHHHHHHHHhHhhhhHHHhHhhhC-hHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 726 VYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVDAIG-FTALNFLIAFMNILYA 773 (871)
Q Consensus 726 ~~g~a~g~~~~~~~~g~~~gp~~~g~l~~~~g-~~~~~~~~a~~~~~~~ 773 (871)
+++.+.++.+ ...+|+.++|.+.|.+.|..| ++..|.+.+++.++..
T Consensus 379 ~~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 426 (438)
T 3o7q_A 379 DTKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVIF 426 (438)
T ss_dssp GHHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHHH
T ss_pred cccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3788888877 677999999999999999999 9998887655544433
No 8
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.96 E-value=7.3e-29 Score=277.25 Aligned_cols=373 Identities=14% Similarity=0.195 Sum_probs=255.5
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhHHHH-hcCCCcchhHHhhhhcccCCCCCCcccccCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q psy17194 45 LVIVSTALLLDNMLYMVIVPIIPDYLRF-IGAWGEEDQLQALNESRYHTKPHHREHAEGEDSATGVLFASKAIVQLMVNP 123 (871)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~ 123 (871)
+..+....++..+......|.+|.+.++ +|. ++.+.|++.+++.+++.++++
T Consensus 9 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~---------------------------s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~ 61 (417)
T 2cfq_A 9 FWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHI---------------------------SKSDTGIIFAAISLFSLLFQP 61 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCC---------------------------CTTTSHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCC---------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3445555566666677778999998765 444 888999999999999999999
Q ss_pred hhhHhhhhhCCchHHHHHHHHHHHHH---HHHHhhhhHH-HHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhhcccCCh--hhHHHHH
Q psy17194 124 FSGALIDRIGYDLPMMIGLCIMFLST---ALFACGRSYG-VLFFARSLQGVGSAFADTSGLAMIADRFTEE--NERSQAL 197 (871)
Q Consensus 124 ~~G~l~Dr~Grr~~l~~~~~~~~i~~---~l~~~a~s~~-~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~a~i~~~~~~~--~~r~~~~ 197 (871)
++|+++||+|||++++++.++.+++. ..+.+++... .++..+++.|++.+...+...+.+.++. ++ ++++..+
T Consensus 62 ~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~ 140 (417)
T 2cfq_A 62 LFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFI-EKVSRRSNFEF 140 (417)
T ss_dssp HHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHH-HHHHHHHTCCH
T ss_pred HHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHH-HHhhhhcccch
Confidence 99999999999999999888776532 2122332221 2445667777666655544444444442 22 3556677
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCC-----CCCCcccchhhhhcc
Q psy17194 198 GIALAFISFGCLVAPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKK-----PESHSTVPIWKLFMD 272 (871)
Q Consensus 198 g~~~~~~~~G~~lg~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~l~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (871)
+.......+|..++|.+++++.+ .+||+.|++.++..++..+..++..||+++..++++ +++....+.++++|+
T Consensus 141 g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 219 (417)
T 2cfq_A 141 GRARMFGCVGWALGASIVGIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSLKLALELFRQ 219 (417)
T ss_dssp HHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCCCCSCSSCSSSSSSSCCCCCCHHHHHHHTTC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCcccccccccccccccccccccHHHHHHHhcC
Confidence 88888889999999999999887 589999998777655444433333333321111000 001111234567888
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCC---CchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHH
Q psy17194 273 PYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTT---DNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLV 349 (871)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~---s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~ 349 (871)
|.++......+.....+.....++|.|+.+.++. +....++..+...++.+++.++.++++||+|+|+.+ ..+..
T Consensus 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l--~~~~~ 297 (417)
T 2cfq_A 220 PKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNAL--LLAGT 297 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHH--HHHHH
T ss_pred CchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHH--HHHHH
Confidence 8887766555544445555556678888766542 234557777777788888999999999999999855 55666
Q ss_pred HHHHHHHHhhcchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy17194 350 LEGLCCFIIPFSTSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAI-ADISYSLAYAIGPIVAGGIVD 428 (871)
Q Consensus 350 ~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi-~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~ 428 (871)
+.+++.+...+.++.+.+++..++.+++.+...+ .......+.+|++.||++.++ .+....+|.+++|.++|.+.+
T Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~ 374 (417)
T 2cfq_A 298 IMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLV---GCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYE 374 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHH
Confidence 6666666666666666665555555655544322 223445556677999999999 488889999999999999999
Q ss_pred hhChhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 429 AIGFTALNFLIAFMNILYAPVLI 451 (871)
Q Consensus 429 ~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 451 (871)
..|++..|.+.+++.+++.++.+
T Consensus 375 ~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~ 397 (417)
T 2cfq_A 375 SIGFQGAYLVLGLVALGFTLISV 397 (417)
T ss_dssp HSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred hcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 98999999888877776665543
No 9
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.96 E-value=7.7e-26 Score=258.90 Aligned_cols=437 Identities=12% Similarity=0.008 Sum_probs=288.5
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----hCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhh-cCchhHHHHHH
Q psy17194 273 PYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDN-----LTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKL-YPTYQWLMVAV 346 (871)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~~~~~~~~~ 346 (871)
+.++......++..+.+.....+++.|+++. +|.+..+.+++.+.+.++..++.++.|+++|| +|||+.+ ..
T Consensus 13 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~--~~ 90 (491)
T 4aps_A 13 LGLSTLFMTEMWERFSYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAV--FW 90 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHH--HH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHH--HH
Confidence 3556666677777778888888999999988 99999999999999999999999999999999 8999955 77
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhcchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccc--hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 347 GLVLEGLCCFIIPFSTSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSV--YGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAG 424 (871)
Q Consensus 347 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g 424 (871)
+..+.+++.++++++++.+.+++.+++.|++.+...+.......+. +|+++ |+.++++.+....+|..++|.+++
T Consensus 91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~ 167 (491)
T 4aps_A 91 GGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKPNVSTLVGTL---YDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVG 167 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---SSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccchHHHHHHHH---cCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 8888888888888999999999999999999998865555555444 44466 788899899999999999999999
Q ss_pred HHHhhhChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCchhhhhccCCCcccccCccccccccccccccccccccccccc
Q psy17194 425 GIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAPVLIYLKNIYDFKPFENEANILMADPPKKEYQTYTMQDRQPVANDYKNHLEYSMQET 504 (871)
Q Consensus 425 ~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 504 (871)
.+.+..||++.|++.++..++.+++.++..+...+++.+ .+++. .. .++.++..+.
T Consensus 168 ~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---------~~~~~---~~-------~~~~~~~~~~----- 223 (491)
T 4aps_A 168 AAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYL---------RPTDP---LA-------PEEVKPLLVK----- 223 (491)
T ss_dssp HHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCS---------CCSCC---CS-------HHHHHHHHHH-----
T ss_pred HHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccccccccc---------CCCCc---cc-------cchhHHHHHH-----
Confidence 999999999999998777666655554443211110000 00000 00 0000000000
Q ss_pred ccCCCcCcccccCcCCCcchhhhccccccCccccchh---HHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhcc
Q psy17194 505 SIDENKQPAANVGTNGVSNPFKASAPSTGPPETPPFG---GALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQ 581 (871)
Q Consensus 505 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~g---~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 581 (871)
.+. .+....+. ....+...++..-............ ..+.. ...++
T Consensus 224 -------------------------~g~-~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~-~~~~~--- 272 (491)
T 4aps_A 224 -------------------------VSL-AVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPV-FYFAW-MISSV--- 272 (491)
T ss_dssp -------------------------CCC-CCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHH-HC------
T ss_pred -------------------------HHH-HHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHH-HHHHH-Hhhcc---
Confidence 000 00000000 0111112222211111111111111 11110 00000
Q ss_pred CCCCCCcccchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcHHHHHHHhcCCCccchhhhhhccchhhhhhhhhhhhhhhc
Q psy17194 582 KKPESHSTVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKL 661 (871)
Q Consensus 582 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~l~~~~g~s~~~~gl~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~ 661 (871)
+.. .....+........+..++.+..+......+|.|+++.++.+....+++.....++.+++.++.|++.||
T Consensus 273 --~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r 345 (491)
T 4aps_A 273 --KVT-----STEHLRVVSYIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTA 345 (491)
T ss_dssp ----------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --ccc-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000 0011122233444445555666667778889999999899998999999999999999999999999999
Q ss_pred cCchhh---HHHHHHHHHHhhHHhhhcch---------hhhHHHHHHHHHHhhhhhhcchhhhhhhhhhhhhccccccch
Q psy17194 662 YPTYQW---LMVAVGLVLEGLCCFIIPFS---------TSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGS 729 (871)
Q Consensus 662 ~~~~~~---~~~~~g~~~~~~~l~~~~~~---------~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~ 729 (871)
+++|+. ..+..+..+.+++++++... .+.+..++..+..+++.+...+....... +..|++.+|+
T Consensus 346 ~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~---~~~p~~~~g~ 422 (491)
T 4aps_A 346 WKKNQPSSPTKFAVGLMFAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLISPVGLSVTT---KLAPKAFNSQ 422 (491)
T ss_dssp TTTC---CHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHH---HHTTTTCSSS
T ss_pred HhccCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHH---HhCCHHHHHH
Confidence 998742 23346777777776666442 24455666777778877776665544444 4455888999
Q ss_pred HHhHHHHHHHHHHhHhhhhHHHhHhhhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy17194 730 IYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAPVLIYLK 780 (871)
Q Consensus 730 a~g~~~~~~~~g~~~gp~~~g~l~~~~g~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~ 780 (871)
++|++++..++|+.+||.+.+.+.+ .++.+.|.+.++++++..++.+...
T Consensus 423 ~~g~~~~~~~~g~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (491)
T 4aps_A 423 MMSMWFLSSSVGSALNAQLVTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLS 472 (491)
T ss_dssp STHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999998766 4677788888877777765555443
No 10
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.94 E-value=7.4e-26 Score=261.31 Aligned_cols=382 Identities=15% Similarity=0.084 Sum_probs=244.2
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHhhhhhhcccchhHHHH-hcCCCcchhHHhhhhcccCCCCCCcccccCchhHHHHHHHHHHHHHHHhhh
Q psy17194 45 LVIVSTALLLDNMLYMVIVPIIPDYLRF-IGAWGEEDQLQALNESRYHTKPHHREHAEGEDSATGVLFASKAIVQLMVNP 123 (871)
Q Consensus 45 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~s~~~l~~~~~~~ 123 (871)
+..+.+..++..+......+.++.+..+ +|. .++++.+..+.|++.+++.++..++.+
T Consensus 14 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~---------------------~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~ 72 (524)
T 2xut_A 14 IPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLL---------------------SIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPL 72 (524)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSS---------------------CCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc---------------------ccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3345566666667776666777776654 440 001125889999999999999999999
Q ss_pred hhhHhhhhh-CCchHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh-hHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHhhcccCChhhHHHHHHH--
Q psy17194 124 FSGALIDRI-GYDLPMMIGLCIMFLSTALFACGR-SYGVLFFARSLQGVGSAFADTSGLAMIADRFTEENERSQALGI-- 199 (871)
Q Consensus 124 ~~G~l~Dr~-Grr~~l~~~~~~~~i~~~l~~~a~-s~~~l~~~r~l~G~~~g~~~~~~~a~i~~~~~~~~~r~~~~g~-- 199 (871)
++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.+++.|++.|++.+...+...+++.|++ |+++|+++.+.
T Consensus 73 ~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~r~~~~~~~~ 151 (524)
T 2xut_A 73 LGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQF-DQSNKSLAQKAFD 151 (524)
T ss_dssp HHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTC-STTTTTHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHc-CccchHHHHHHHH
Confidence 999999999 999999999999999999999998 9999999999999999999999999999997 56788765555
Q ss_pred -HHHHHHHHHHHhHHHHHHHHhhhCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCC--C----------CCc-c--
Q psy17194 200 -ALAFISFGCLVAPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKP--E----------SHS-T-- 263 (871)
Q Consensus 200 -~~~~~~~G~~lg~~l~~~l~~~~gwr~~f~~~~~~~l~~~i~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~----------~~~-~-- 263 (871)
.+...++|.++||.+++.+.+..|||++|++.+++.++..++.++..++.+++.+++++ + ++. .
T Consensus 152 ~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (524)
T 2xut_A 152 MFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKG 231 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccC
Confidence 99999999999999999999988999999998888776555544333221111000000 0 000 0
Q ss_pred -------------------------------------------cch--h----------hhhcchhHHHHHHHHHH---H
Q psy17194 264 -------------------------------------------VPI--W----------KLFMDPYIAVCSGALLM---A 285 (871)
Q Consensus 264 -------------------------------------------~~~--~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~---~ 285 (871)
.++ . +..+.+........... .
T Consensus 232 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (524)
T 2xut_A 232 NIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTPF 311 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHH
T ss_pred ccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000 0 00011222111111111 1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCc-hhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHH----hhcCchh--HHHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy17194 286 NVALAFLEPTISLWIEDNLTTDN-WKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLA----KLYPTYQ--WLMVAVGLVLEGLCCFII 358 (871)
Q Consensus 286 ~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~-~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~g~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 358 (871)
...+....+.++.+..+ .+.+. ...+.+.....++.+++.++.+++. +|.++|. ...+..+..+.+++.++.
T Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~ 390 (524)
T 2xut_A 312 WSLFDQKASTWILQAND-MVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVV 390 (524)
T ss_dssp HTTTSSTTTHHHHHHHH-SCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHhccchhhHHhHHh-cCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11111112233333322 23222 2456666555566666666655553 4443221 112345666666666665
Q ss_pred hcc---------hhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q psy17194 359 PFS---------TSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVDA 429 (871)
Q Consensus 359 ~~~---------~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~~ 429 (871)
.+. .+.+.+++..++.+++.+...+..... ..+..|++.||+++|+.++...+|..++|.+.|.+.+.
T Consensus 391 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~---~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~ 467 (524)
T 2xut_A 391 GTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVLVSATGLEF---AYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSP 467 (524)
T ss_dssp TTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTT---HHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSC
T ss_pred HHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 543 255566667777888888774444444 34445669999999999999999999999999998774
Q ss_pred hC--h---------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 430 IG--F---------TALNFLIAFMNILYAPVLIY 452 (871)
Q Consensus 430 ~g--~---------~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~ 452 (871)
.+ | +..|++.+++.++..++.++
T Consensus 468 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 501 (524)
T 2xut_A 468 TVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFAL 501 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-
T ss_pred ccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 21 2 22366666555555544433
No 11
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.94 E-value=8.3e-27 Score=260.57 Aligned_cols=389 Identities=12% Similarity=0.108 Sum_probs=251.9
Q ss_pred hhhcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHH
Q psy17194 268 KLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVG 347 (871)
Q Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~ 347 (871)
+.+|+|.++......++.........+++|.|+++++|.+..+.|++.+...++..+++++.|+++||+|||+.+ ..+
T Consensus 2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l--~~~ 79 (417)
T 2cfq_A 2 YYLKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYL--LWI 79 (417)
T ss_dssp TTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHTTTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHH--HHH
T ss_pred ccccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH--HHH
Confidence 467899998888887777778888889999999988999999999999999999999999999999999999966 444
Q ss_pred HHHHHH---HHHHhhcchhhH-HHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 348 LVLEGL---CCFIIPFSTSYQ-MLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVA 423 (871)
Q Consensus 348 ~~~~~~---~~~~~~~~~~~~-~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~ 423 (871)
..+.++ ......+..... ..+..+.+.+++.+...+...+......+.. +++++.+.+..+....+|..++|.++
T Consensus 80 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~ 158 (417)
T 2cfq_A 80 ITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKV-SRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIV 158 (417)
T ss_dssp HHHTTSCHHHHHHHTHHHHHHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHH-HHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHh-hhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 433322 111111111110 1112222223323322222233333333321 23567777888778889999999999
Q ss_pred HHHHhhhChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCchhhhhccCCCcccccCcccccccccccccccccccccccc
Q psy17194 424 GGIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAPVLIYLKNIYDFKPFENEANILMADPPKKEYQTYTMQDRQPVANDYKNHLEYSMQE 503 (871)
Q Consensus 424 g~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 503 (871)
+++.+ .+|++.|++.++..++..+..++.++ +++ ++..+ ++.++. +.
T Consensus 159 ~~l~~-~~~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~-------------~~~~~----~~~~~~--------~~---- 205 (417)
T 2cfq_A 159 GIMFT-INNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKT---DAP-------------SSATV----ANAVGA--------NH---- 205 (417)
T ss_dssp HHHHH-HCSHHHHTTTTTTTTTHHHHSCSSCC---CCS-------------CSSCS----SSSSSS--------CC----
T ss_pred HHHHH-hchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCc---ccc-------------ccccc----cccccc--------cc----
Confidence 99987 58999888765543332222111110 000 00000 000000 00
Q ss_pred cccCCCcCcccccCcCCCcchhhhccccccCccccchhHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCC
Q psy17194 504 TSIDENKQPAANVGTNGVSNPFKASAPSTGPPETPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKK 583 (871)
Q Consensus 504 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~g~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 583 (871)
T Consensus 206 -------------------------------------------------------------------------------- 205 (417)
T 2cfq_A 206 -------------------------------------------------------------------------------- 205 (417)
T ss_dssp --------------------------------------------------------------------------------
T ss_pred --------------------------------------------------------------------------------
Confidence
Q ss_pred CCCCcccchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcHHHHHHHhcCC---Cccchhhhhhccchhhhhhhhhhhhhhh
Q psy17194 584 PESHSTVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTT---DNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAK 660 (871)
Q Consensus 584 ~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~l~~~~g~---s~~~~gl~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d 660 (871)
......++++++++|+++...+..++....++.+..++|.|+++.++. +....|+......++.+++.++.|++.|
T Consensus 206 -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d 284 (417)
T 2cfq_A 206 -SAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIIN 284 (417)
T ss_dssp -CCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred -ccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 000001235678888888766665555555666667799998776653 3445678888888888899999999999
Q ss_pred ccCchhhHHHHHHHHHHhhHHhhhcchhhhHHHHHHHHHHhhhhhhcchhhhhhhhhhhhhccccccchHHhH-HHHHHH
Q psy17194 661 LYPTYQWLMVAVGLVLEGLCCFIIPFSTSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAI-ADISYS 739 (871)
Q Consensus 661 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~a~g~-~~~~~~ 739 (871)
|+++|+ .+..+..+.+++++.+.+..+.+.+++..+..+++.+...+. ...+..|..|++.+|++.|. +++.++
T Consensus 285 r~g~~~--~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~ 359 (417)
T 2cfq_A 285 RIGGKN--ALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVG---CFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQ 359 (417)
T ss_dssp HHCHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHH
T ss_pred HhcHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999888 455666666666666665555444444444444443333222 23455566668889999999 589999
Q ss_pred HHHhHhhhhHHHhHhhhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 740 LAYAIGPIVAGGIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAPVLIY 778 (871)
Q Consensus 740 ~g~~~gp~~~g~l~~~~g~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~ 778 (871)
+|+.+||.++|.+.++.|+...|.+.+++.++++.+.+.
T Consensus 360 lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~ 398 (417)
T 2cfq_A 360 LAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVF 398 (417)
T ss_dssp HHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999999999999999999999998888887777655443
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.93 E-value=1e-25 Score=248.25 Aligned_cols=357 Identities=10% Similarity=0.047 Sum_probs=268.3
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 277 VCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEGLCCF 356 (871)
Q Consensus 277 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 356 (871)
.+....++.........+.+|.+ .+++|.++.+.+++.+...++..++.++.|+++||+|||+.+ ..+..+.+++.+
T Consensus 4 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~--~~~~~~~~~~~~ 80 (375)
T 2gfp_A 4 MLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADM-ARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVI--LVGMSIFMLATL 80 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCC--HHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHH-HHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhH--HHHHHHHHHHHH
Confidence 34455555666666677777764 566899999999999999999999999999999999999955 677778888888
Q ss_pred HhhcchhhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhChhhHH
Q psy17194 357 IIPFSTSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVDAIGFTALN 436 (871)
Q Consensus 357 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~~~g~~~~f 436 (871)
...+.++.+.+++.+++.|++.+...+.......+.. |+++|++++++.+....+|..++|.+++.+.+..||++.|
T Consensus 81 ~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 157 (375)
T 2gfp_A 81 VAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLY---ERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACY 157 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHC---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHH
Confidence 8888889999999999999999987655555555444 4589999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCCCchhhhhccCCCcccccCcccccccccccccccccccccccccccCCCcCccccc
Q psy17194 437 FLIAFMNILYAPVLIYLKNIYDFKPFENEANILMADPPKKEYQTYTMQDRQPVANDYKNHLEYSMQETSIDENKQPAANV 516 (871)
Q Consensus 437 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 516 (871)
++.+++.++..+...+..+ +++ +++. + + +
T Consensus 158 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~-------------~~~~------~--~---------~------------------ 186 (375)
T 2gfp_A 158 LFLLVLCAGVTFSMARWMP---ETR-------------PVDA------P--R---------T------------------ 186 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHCCCCCSSC---CCS-------------TTTC------C--C---------C------------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHCc---ccC-------------CCCc------c--c---------c------------------
Confidence 9877766554432211111 000 0000 0 0 0
Q ss_pred CcCCCcchhhhccccccCccccchhHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCCCCcccchhhhc
Q psy17194 517 GTNGVSNPFKASAPSTGPPETPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPESHSTVPIWKLF 596 (871)
Q Consensus 517 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~g~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~ 596 (871)
+.+.++++++
T Consensus 187 ----------------------------------------------------------------------~~~~~~~~~~ 196 (375)
T 2gfp_A 187 ----------------------------------------------------------------------RLLTSYKTLF 196 (375)
T ss_dssp ----------------------------------------------------------------------CTTTCSTHHH
T ss_pred ----------------------------------------------------------------------cHHHHHHHHh
Confidence 0001236688
Q ss_pred cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcHHHHHHHhcCCCccchhhhhhccchhhhhhhhhhhhhhhccCchhhHHHHHHH-H
Q psy17194 597 MDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGL-V 675 (871)
Q Consensus 597 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~l~~~~g~s~~~~gl~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~g~-~ 675 (871)
|+|.++...+..++.+...+.+..++|.|+++.+|+++.+.|+++....++.+++.++.+++.||+++ +. ...... .
T Consensus 197 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~-~~-~~~~~~~~ 274 (375)
T 2gfp_A 197 GNSGFNCYLLMLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFST-LM-WQSVICCL 274 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHH-HH-HHHHHHHH
T ss_pred cCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HH-HHHHHHHH
Confidence 89999998888888888999999999999988899999999999999999999999999999999876 32 222222 2
Q ss_pred HHhhHHhhhcc--hhhhHHHHHHHHHHhhhhhhcchhhhhhhhhhhhhccccccchHHhHHHHHHHHHHhHhhhhHHHhH
Q psy17194 676 LEGLCCFIIPF--STSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIV 753 (871)
Q Consensus 676 ~~~~~l~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~a~g~~~~~~~~g~~~gp~~~g~l~ 753 (871)
..+..++.... ..+.+..++..+..+++.+...+...+...+..+ +++|++.|+.+..+++|..++|.+.|.+.
T Consensus 275 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~p----~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~ 350 (375)
T 2gfp_A 275 LAGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLFPLATSGAMEPFP----FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLP 350 (375)
T ss_dssp HTSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSTTHHHHHTHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhCC----cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 22222222222 2244555566677777777776665555554443 67899999999999999999999999999
Q ss_pred hhhChHHHHHHHH
Q psy17194 754 DAIGFTALNFLIA 766 (871)
Q Consensus 754 ~~~g~~~~~~~~a 766 (871)
+..++...+.+.+
T Consensus 351 ~~~~~~~~~~~~~ 363 (375)
T 2gfp_A 351 QTGQGSLGLLMTL 363 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cCCcccHHHHHHH
Confidence 8888877766543
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.90 E-value=1.9e-22 Score=232.68 Aligned_cols=174 Identities=7% Similarity=-0.023 Sum_probs=142.9
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhC------CCchhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhc-CchhHHHHH
Q psy17194 273 PYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLT------TDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLY-PTYQWLMVA 345 (871)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~g------~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~~~~~~~~ 345 (871)
+.++.+.+..++....++....+++.|+++++| .+..+.+++.+.+.++..++.++.|+++||+ |||+.+ .
T Consensus 12 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~--~ 89 (524)
T 2xut_A 12 RQIPYIIASEACERFSFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTI--L 89 (524)
T ss_dssp -CCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHH--H
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHH--H
Confidence 345556667777777888888899999999899 9999999999999999999999999999999 999955 6
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcch-hhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHH---HHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 346 VGLVLEGLCCFIIPFST-SYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAI---ADISYSLAYAIGPI 421 (871)
Q Consensus 346 ~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~l~~~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi---~~~~~~lg~~igp~ 421 (871)
.+..+.+++.+++.+.+ +.+.+++.+++.|++.+...+...+... +.+|+++|+++.+. .+...++|..++|.
T Consensus 90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~ 166 (524)
T 2xut_A 90 WLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMG---DQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASL 166 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHH---HTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHH---HHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 67777788888888887 8888899999999999887555555544 44555888766655 88999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhhChhhHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 422 VAGGIVDAIGFTALNFLIAFMNILYAPVLI 451 (871)
Q Consensus 422 l~g~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 451 (871)
+++.+.+..||++.|++.+++.++..++.+
T Consensus 167 ~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 167 SMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp TSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999988877665554443
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.90 E-value=1.5e-22 Score=231.53 Aligned_cols=374 Identities=10% Similarity=-0.026 Sum_probs=226.5
Q ss_pred chhHHHHHHhhHHhHHHHHHHHHHHHhhcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhh------------------cchhhHHHHH
Q psy17194 308 NWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEGLCCFIIP------------------FSTSYQMLML 369 (871)
Q Consensus 308 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~ 369 (871)
..+.|++.+.+.++..+|++++|+++||+|||+.+ ..+.++..++.++++ .+++.+.+++
T Consensus 54 ~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk~~l--~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~ 131 (491)
T 4gc0_A 54 NSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRRDSL--KIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVI 131 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHH
Confidence 34568888999999999999999999999999965 777777778877776 4678899999
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhC--------hhhHHHHHHH
Q psy17194 370 PICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVDAIG--------FTALNFLIAF 441 (871)
Q Consensus 370 ~~~l~g~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~rg~a~gi~~~~~~lg~~igp~l~g~l~~~~g--------~~~~f~~~~~ 441 (871)
.+++.|+|.|...+..... +.|..|+++|++..++.+....+|..+++.++..+....+ |+..+.+..+
T Consensus 132 ~R~l~G~g~G~~~~~~~~~---i~E~~p~~~rg~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 208 (491)
T 4gc0_A 132 YRIIGGIGVGLASMLSPMY---IAELAPAHIRGKLVSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECI 208 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHTTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHhhCCHHhhhhhHHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhh
Confidence 9999999999885444444 5555677999999999999999999999888887765432 4444444433
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcccC---CCCchhhhhccCCCcccccCcccccccccccccccccccccccccccCCCcCcccccCc
Q psy17194 442 MNILYAPVLIYLKNIYDF---KPFENEANILMADPPKKEYQTYTMQDRQPVANDYKNHLEYSMQETSIDENKQPAANVGT 518 (871)
Q Consensus 442 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 518 (871)
..++.....++.++..+. +.++++..+..+ +........++..+.
T Consensus 209 ~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~-------------~~~~~~~~~~~~~~~------------------- 256 (491)
T 4gc0_A 209 PALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILR-------------KIMGNTLATQAVQEI------------------- 256 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHH-------------HHHHHHHHHHHHHHH-------------------
T ss_pred hhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHH-------------HhcCCchhHHHHHHH-------------------
Confidence 333333322222221110 000000000000 000000000000000
Q ss_pred CCCcchhhhccccccCccccchhHHHHhhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCCCCcccchhhhccc
Q psy17194 519 NGVSNPFKASAPSTGPPETPPFGGALYQFAGKEIPFLILAFVSLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPESHSTVPIWKLFMD 598 (871)
Q Consensus 519 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~g~~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~ 598 (871)
+...++.+ ........++.
T Consensus 257 ------------------------------------------------------~~~~~~~~-------~~~~~~~~~~~ 275 (491)
T 4gc0_A 257 ------------------------------------------------------KHSLDHGR-------KTGGRLLMFGV 275 (491)
T ss_dssp ------------------------------------------------------HHHHHHHH-------HHTTHHHHSCC
T ss_pred ------------------------------------------------------HHHHHhhh-------hhhhHHHHhcc
Confidence 00000000 00011334444
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHH-HHHHhhhcHHHHHHHhcCCCccchhhhhhccchhhhhhhhhhhhhhhccCchhhHHHHHHHHHH
Q psy17194 599 PYIAVCSGALLMANV-ALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMIWLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLE 677 (871)
Q Consensus 599 ~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~lp~~l~~~~g~s~~~~gl~~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~g~~~~ 677 (871)
+..........+... +.+.+..+.|.+ .+..+.+...........++..+++.++++++.||+|+|+ ....+....
T Consensus 276 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~--~~~~~~~~~ 352 (491)
T 4gc0_A 276 GVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEV-FKTLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKP--LQIIGALGM 352 (491)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHH-HHHSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHH--HHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHH-HHhcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcc--hhccchHHH
Confidence 555444444433333 334444444444 4667888888888888889999999999999999999988 445555555
Q ss_pred hhHHhhhcch----hhhHHHHHHHHHHhhhhhhcchhhhhhhhhhhhhccccccchHHhHHHHHHHHHHhHhhhhHHHhH
Q psy17194 678 GLCCFIIPFS----TSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLVDVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIV 753 (871)
Q Consensus 678 ~~~l~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~a~g~~~~~~~~g~~~gp~~~g~l~ 753 (871)
+++++.++.. .+.+..++.+..+..+.+....+ ....+..|.+|.+.|++++|+.+.+..+++.+++.+.+.+.
T Consensus 353 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~ 430 (491)
T 4gc0_A 353 AIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGP--VCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMD 430 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTH--HHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHH--HHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5555554321 11122222222222222211111 12345556777899999999999999999999998877664
Q ss_pred h------hhChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCC
Q psy17194 754 D------AIGFTALNFLIAFMNILYAPVLIYLKNIYD 784 (871)
Q Consensus 754 ~------~~g~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 784 (871)
+ ..++...|++.+++++++.++.+++..+.+
T Consensus 431 ~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETk 467 (491)
T 4gc0_A 431 KNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETK 467 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCT
T ss_pred HHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCC
Confidence 3 356677888888888888776655544433
No 15
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=27.41 E-value=5.6e+02 Score=26.84 Aligned_cols=13 Identities=0% Similarity=-0.228 Sum_probs=5.5
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHH
Q psy17194 191 NERSQALGIALAF 203 (871)
Q Consensus 191 ~~r~~~~g~~~~~ 203 (871)
+++.+...+....
T Consensus 156 ~~~~~~~~~~~~~ 168 (460)
T 3mkt_A 156 MSLTKPAMVIGFI 168 (460)
T ss_dssp TSCCTTTHHHHHH
T ss_pred cCCcHHHHHHHHH
Confidence 3444444444433
No 16
>3hd6_A Ammonium transporter RH type C; ammonia, channel, rhesus, glycoprotein, membran structural genomics, PSI-2, protein structure initiative; HET: BOG; 2.10A {Homo sapiens}
Probab=24.43 E-value=6.9e+02 Score=26.89 Aligned_cols=249 Identities=9% Similarity=-0.032 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHhcccchhhhccCCCCCCcccchhhhccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcHHHHHHHhcCCCccchhhh
Q psy17194 561 SLLDGFMLLLVMKPVKEQLNQKKPESHSTVPIWKLFMDPYIAVCSGALLMANVALAFLEPTISLWIEDNLTTDNWKIGMI 640 (871)
Q Consensus 561 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~lp~~l~~~~g~s~~~~gl~ 640 (871)
+...+...+..-++...+....++... .+.....+..++.++++++++.-...- +-....+-+-
T Consensus 194 G~aaLa~a~vLG~R~~~~~~~~~~~~~-----------hn~~~a~LGt~lLW~GWfGFN~gs~~~-----~~~~~~a~~N 257 (490)
T 3hd6_A 194 AYFGLTVTRILYRRNLEQSKERQNSVY-----------QSDLFAMIGTLFLWMYWPSFNSAISYH-----GDSQHRAAIN 257 (490)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTCCTTGGGGTTTSSCCH-----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTCSS-----HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhcCCcccccCCCCCCCCC-----------CCHHHHHHHHHHHHHHHHhhchhhhcc-----chHHHHHHHH
Q ss_pred hhccchhhhhhhhhhhhhhhccCchhhHHHHHHHHHHhhHHhhhcc-hhhhHHHHHHHHHHhhhhhhcchhhhhhhhhhh
Q psy17194 641 WLPAFFPHVFGVVITVKLAKLYPTYQWLMVAVGLVLEGLCCFIIPF-STSYQMLMLPICGICFGMALVDTALLPTLGYLV 719 (871)
Q Consensus 641 ~~~~~~~~~i~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~l~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 719 (871)
......+..++..+..++..|.++-....+.-|.+.-.++.-.-.- .-+++..++.-++.|+-.-.....+.+.+.+-.
T Consensus 258 T~lAaAag~lt~~~~s~l~~~~gK~s~~~~~nG~LAGLVAIT~~a~~~v~P~~AliIG~iaG~i~~~~~~~l~~~l~~kl 337 (490)
T 3hd6_A 258 TYCSLAACVLTSVAISSALHKKGKLDMVHIQNATLAGGVAVGTAAEMMLMPYGALIIGFVCGIISTLGFVYLTPFLESRL 337 (490)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCCCCHHHHHHGGGHHHHHTTTTTTTCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCHHHhhhceeeeEEEEccCcccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHC
Q ss_pred hhccccccchHHhHHHHHHHHHHhHhhhhHHHhHh-----------------------------hhChHHHHHHHHHHHH
Q psy17194 720 DVRYVSVYGSIYAIADISYSLAYAIGPIVAGGIVD-----------------------------AIGFTALNFLIAFMNI 770 (871)
Q Consensus 720 ~~~~~~~~g~a~g~~~~~~~~g~~~gp~~~g~l~~-----------------------------~~g~~~~~~~~a~~~~ 770 (871)
..-++ .++.+. ..+++.+|.++.|.+.. ..++|-.-........
T Consensus 338 ~iDD~------lgv~~v-HGv~Gi~G~l~~glfa~~~~~~~~g~~Gl~~~f~~~~~~gg~~~~~ql~~Ql~gv~~~~~~a 410 (490)
T 3hd6_A 338 HIQDT------CGINNL-HGIPGIIGGIVGAVTAASASLEVYGKEGLVHSFDFQGFNGDWTARTQGKFQIYGLLVTLAMA 410 (490)
T ss_dssp CCCCT------TCHHHH-THHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CCCcc------ccchHH-hhHHHHHHHHHHHHHhccccccccccCcceeccccccccCCcchHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HHH-HHHHHHhccCCCCcchhhhhhhccCCCCCcCccccccccCCCcccccCcccccccccCcccccCCCCCCCCCCCCC
Q psy17194 771 LYA-PVLIYLKNIYDFKPFENEANILMADPPKKEYQTYTMQDRQPVANDYKNHLEYSMQETSIDENKQPAANVGTNGVSN 849 (871)
Q Consensus 771 ~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 849 (871)
+.. .+..++-+.....+.++ ++|.++.+..+..++++.....++.+.+........-+.+.
T Consensus 411 ~v~~~ii~~iLk~~~~lRvs~------------------e~e~~g~d~we~p~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 472 (490)
T 3hd6_A 411 LMGGIIVGLILRLPFWGQPSD------------------ENCFEDAVYWEMPEGNSTVYIPEDPTFKPSGPSVPSVPMVS 472 (490)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHTSTTSCCCCT------------------TSTTCGGGTSCCCTTTC------------------------
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhccCCCCCH------------------HHHhCCCceeecCcccccccCCCCcccCCcccccccccccc
Q ss_pred c
Q psy17194 850 P 850 (871)
Q Consensus 850 ~ 850 (871)
|
T Consensus 473 ~ 473 (490)
T 3hd6_A 473 P 473 (490)
T ss_dssp -
T ss_pred c
No 17
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=23.46 E-value=32 Score=19.11 Aligned_cols=14 Identities=29% Similarity=0.456 Sum_probs=11.0
Q ss_pred hhhHhhhhhCCchH
Q psy17194 124 FSGALIDRIGYDLP 137 (871)
Q Consensus 124 ~~G~l~Dr~Grr~~ 137 (871)
++|.+..+||||-+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46888999999854
No 18
>2jxc_B Stonin-2, stoned B; endocytosis, calcium, chromosomal rearrangement, cytoplasm, membrane, phosphorylation, polymorphism, proto-oncogene; NMR {Homo sapiens}
Probab=23.37 E-value=56 Score=21.23 Aligned_cols=22 Identities=32% Similarity=0.647 Sum_probs=14.1
Q ss_pred CCCccccCC-CCCCCCCCCcccc
Q psy17194 847 VSNPFKASA-PSTGPPESNPFRS 868 (871)
Q Consensus 847 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 868 (871)
-.|||-.+. +.-+|.+-||||.
T Consensus 16 atNPFLde~l~dvqPSPINPFsa 38 (45)
T 2jxc_B 16 ATNPFLNETLQDVQPSPINPFSA 38 (45)
T ss_dssp SSCSSSSTTTSCCCCCTTCSCTT
T ss_pred cCCcchhhhHHhCCCCCCChHHH
Confidence 457777666 3344455899985
Done!