RPS-BLAST 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: CDD.v3.10
44,354 sequences; 10,937,602 total letters
Searching..................................................done
Query= psy1970
(479 letters)
>gnl|CDD|116627 pfam08017, Fibrinogen_BP, Fibrinogen binding protein. Proteins in
this family bind to fibrinogen. Members of this family
includes the fibrinogen receptor, FbsA, which mediates
platelet aggregation.
Length = 393
Score = 54.5 bits (130), Expect = 6e-08
Identities = 83/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 84 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 143
VLER R VLER + VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 144 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 203
VLER V + VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 204 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLER 263
+ VLER R VLER V K VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 264 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 323
R VLER V + VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 324 VLERDGERVLERDGERVLER 343
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 54.1 bits (129), Expect = 7e-08
Identities = 83/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 68 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLER 127
VLER R VLER R VLER + VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 128 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 187
VLER V + VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 188 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLER 247
+ VLER R VLER V + VLER V K VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 248 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 307
R VLER V + VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 308 VLERDGERVLERDGERVLER 327
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 53.3 bits (127), Expect = 1e-07
Identities = 85/260 (32%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 20 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 79
VLER R VLER R VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 80 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 139
VLER V + VLER V K VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 140 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 199
+ VLER R VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 200 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGER 259
R VLER V + VLER V K VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 260 VLERDGERVLERDGERVLER 279
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 53.3 bits (127), Expect = 1e-07
Identities = 85/260 (32%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 36 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 95
VLER R VLER R VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 96 DGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 155
VLER V K VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 156 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 215
+ VLER R VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 216 DGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 275
R VLER V K VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 276 VLERDGERVLERDGERVLER 295
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 53.3 bits (127), Expect = 1e-07
Identities = 85/260 (32%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 116 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 175
VLER R VLER R VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 176 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 235
VLER V + VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 236 VLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 295
K VLER R VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 296 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 355
R VLER V + VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 356 VLERDGERVLEKDGERVLER 375
VLER V K VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 52.9 bits (126), Expect = 2e-07
Identities = 81/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 52 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEK 111
VLER R VLER R VLER R VLER +
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 112 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 171
VLER V + VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 172 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 231
+ VLER R VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 232 DGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 291
+ VLER V + VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 292 VLERDGERVLERDGERVLER 311
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 52.9 bits (126), Expect = 2e-07
Identities = 81/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 100 VLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 159
VLER + VLER R VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 160 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 219
VLER V + VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 220 VLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 279
+ VLER + VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 280 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 339
R VLER V + VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 340 VLERDGERVLERDGERVLER 359
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 52.6 bits (125), Expect = 2e-07
Identities = 80/262 (30%), Positives = 92/262 (35%)
Query: 2 GILVERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 61
G ++ER R VLER R VLER R VLER
Sbjct: 28 GNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAE 87
Query: 62 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDG 121
R VLER V + VLER V + VLER + VLER
Sbjct: 88 NRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQ 147
Query: 122 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 181
+ VLER R VLER V + VLER V + VL
Sbjct: 148 RDAENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVL 207
Query: 182 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDG 241
ER R VLER V + VLER V + VLER +
Sbjct: 208 ERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQ 267
Query: 242 ERVLERDGERVLERDGERVLER 263
VLER V + VLER
Sbjct: 268 GNVLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 52.2 bits (124), Expect = 3e-07
Identities = 81/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 12 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 71
VLER R VLER R VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 72 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGER 131
VLER V + VLER V + VLE+ R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 132 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 191
+ VLER R VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 192 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGER 251
R VLER V + VLER V + VLE+ R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 252 VLERDGERVLERDGERVLER 271
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 52.2 bits (124), Expect = 3e-07
Identities = 81/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 28 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 87
VLER R VLER R VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 88 DGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 147
VLER V + VLE+ V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 148 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 207
+ VLER R VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 208 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 267
R VLER V + VLE+ V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 268 VLERDGERVLERDGERVLER 287
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 52.2 bits (124), Expect = 3e-07
Identities = 81/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 44 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 103
VLER R VLER R VLER R VLER R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 104 DGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 163
VLE+ V + VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 164 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 223
+ VLER R VLER V + VLER V + VLER
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 224 DGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 283
R VLE+ V + VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 284 VLERDGERVLERDGERVLER 303
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
Score = 52.2 bits (124), Expect = 3e-07
Identities = 81/260 (31%), Positives = 91/260 (35%)
Query: 60 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLER 119
VLER R VLER R VLER R VLE+ R
Sbjct: 30 VLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDAENR 89
Query: 120 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 179
VLER V + VLER V + VLER R VLER
Sbjct: 90 SQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRD 149
Query: 180 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEK 239
+ VLER R VLER V + VLER V + VLE+
Sbjct: 150 AENKSQGNVLERRQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLER 209
Query: 240 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 299
R VLER V + VLER V + VLER R
Sbjct: 210 RQRDAENRSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDVENKSQGNVLERRQRDAENRSQGN 269
Query: 300 VLERDGERVLERDGERVLER 319
VLER V + VLER
Sbjct: 270 VLERRQRDVENKSQGNVLER 289
>gnl|CDD|233191 TIGR00927, 2A1904, K+-dependent Na+/Ca+ exchanger. [Transport and
binding proteins, Cations and iron carrying compounds].
Length = 1096
Score = 39.2 bits (91), Expect = 0.005
Identities = 78/303 (25%), Positives = 117/303 (38%), Gaps = 34/303 (11%)
Query: 86 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 145
E GER E +GER E +GE E GE E + E E E +GE ER G
Sbjct: 639 EHTGERTGE-EGERPTEAEGENGEESGGEAEQEGETETKGEN------ESEGEIPAERKG 691
Query: 146 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 205
E+ E + E + + E + E E +G E +GE +GE
Sbjct: 692 EQEGEGEIE------AKEADHKGETEAEEVEHEGETEAEGT---EDEGEIETGEEGE--- 739
Query: 206 ERDGERVLERDGERVLERDGER-VLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERD 264
E + E E +G+ +E +G+R E +GE E + E +GE DGE ++ D
Sbjct: 740 EVEDEGEGEAEGKHEVETEGDRKETEHEGETEAEGKED---EDEGEIQAGEDGE--MKGD 794
Query: 265 GERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERV 324
+ + E E + E E + + + E E GE + E+
Sbjct: 795 EGAEGKVEHEGETEAGEKDEHEGQSETQADDTEVKDETGEQELNAENQGE---AKQDEKG 851
Query: 325 LERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERTTQLT 384
++ G DG E + E E + E E + E E++ E L + T Q
Sbjct: 852 VDGGG----GSDGGDSEEEEEEEEEEEEEEE--EEEEEEEEEEENEEPLSLEWPETRQKQ 905
Query: 385 ACY 387
A Y
Sbjct: 906 AIY 908
Score = 38.1 bits (88), Expect = 0.013
Identities = 68/275 (24%), Positives = 106/275 (38%), Gaps = 18/275 (6%)
Query: 6 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 65
E GER E +GER E +GE E GE E + E E + E + + + E +G
Sbjct: 639 EHTGERTGE-EGERPTEAEGENGEESGGEAEQEGETETKGENESEGEIPAERKGEQEGEG 697
Query: 66 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGE-RVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERV 124
E + + E E + E E +GE +GE E + E E +G+
Sbjct: 698 EIEAKEADHKGETEAEEVEHEGETEAEGTEDEGEIETGEEGE---EVEDEGEGEAEGKHE 754
Query: 125 LERDGER-VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLER 183
+E +G+R E +GE E + E +GE DGE ++ D + + E E
Sbjct: 755 VETEGDRKETEHEGETEAEGKED---EDEGEIQAGEDGE--MKGDEGAEGKVEHEGETEA 809
Query: 184 DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGER 243
+ E E + + + E E GE + E+ ++ G DG
Sbjct: 810 GEKDEHEGQSETQADDTEVKDETGEQELNAENQGE---AKQDEKGVDGGG----GSDGGD 862
Query: 244 VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE 278
E + E E + E E + E E + LE
Sbjct: 863 SEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEENEEPLSLE 897
>gnl|CDD|237171 PRK12678, PRK12678, transcription termination factor Rho;
Provisional.
Length = 672
Score = 35.6 bits (83), Expect = 0.059
Identities = 33/158 (20%), Positives = 41/158 (25%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 46 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 105
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 106 ERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 165
R +R R E RDG R R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 166 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 203
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 35.6 bits (83), Expect = 0.059
Identities = 33/158 (20%), Positives = 41/158 (25%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 174 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 233
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 234 ERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 293
R +R R E RDG R R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 294 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 331
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 35.3 bits (82), Expect = 0.070
Identities = 33/158 (20%), Positives = 41/158 (25%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 118 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 177
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 178 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 237
R +R R E RDG R R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 238 EKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 275
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 34.9 bits (81), Expect = 0.090
Identities = 33/158 (20%), Positives = 42/158 (26%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 206 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 265
ER + + R ++ ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 266 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 325
R +R R E RDG R R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 326 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 363
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 34.9 bits (81), Expect = 0.099
Identities = 36/166 (21%), Positives = 51/166 (30%), Gaps = 10/166 (6%)
Query: 30 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 89
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 90 ERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 149
R E G +RD E+ R E G R + R R +R R +
Sbjct: 192 RR--EERGRDGDDRDRRDRREQGDRR--EERGRR--DGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNRE 245
Query: 150 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 195
+R + +G R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 246 DRGDRDGDDGEGRG--GRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 34.9 bits (81), Expect = 0.11
Identities = 33/158 (20%), Positives = 41/158 (25%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 6 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 65
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 66 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVL 125
R +R R E RDG R R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 126 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 163
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 34.9 bits (81), Expect = 0.11
Identities = 33/158 (20%), Positives = 41/158 (25%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 134 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 193
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 194 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVL 253
R +R R E RDG R R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 254 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 291
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 34.5 bits (80), Expect = 0.14
Identities = 28/158 (17%), Positives = 43/158 (27%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 142 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 201
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 202 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVL 261
R E G +RD E+ R + + R +R R + +R
Sbjct: 192 RR--EERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGD 249
Query: 262 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 299
+ RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 250 RDGDDGEGRGGRRGRRFRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 34.1 bits (79), Expect = 0.16
Identities = 32/158 (20%), Positives = 41/158 (25%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 14 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 73
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 74 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVL 133
R +R R E RDG + R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 134 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 171
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 34.1 bits (79), Expect = 0.18
Identities = 32/158 (20%), Positives = 41/158 (25%), Gaps = 2/158 (1%)
Query: 22 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 81
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 82 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 141
R +R R E +DG R R D
Sbjct: 192 RREERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGDRD 251
Query: 142 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 179
DGE R G R RD +R R G+ ER+ E
Sbjct: 252 GDDGEGRGGRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 33.0 bits (76), Expect = 0.44
Identities = 34/166 (20%), Positives = 51/166 (30%), Gaps = 10/166 (6%)
Query: 78 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 137
ER + + R ++ ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 138 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 197
R E G D +R R+ E G R + R R +R R +
Sbjct: 192 RR--EERGRD--GDDRDRRDRREQGDRREERGRR--DGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNRE 245
Query: 198 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGER 243
+R + +G R G R RD +R R G+ E++ E
Sbjct: 246 DRGDRDGDDGEGRG--GRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 32.6 bits (75), Expect = 0.56
Identities = 33/167 (19%), Positives = 50/167 (29%), Gaps = 10/167 (5%)
Query: 214 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 273
ER + + + + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 274 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 333
R E G D +R R+ E G R + R R +R R +
Sbjct: 192 RR--EERGRD--GDDRDRRDRREQGDRREERGRR--DGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNRE 245
Query: 334 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERT 380
+R + +G R G R RD +R + G+ ER+ E
Sbjct: 246 DRGDRDGDDGEGRG--GRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPELR 288
Score = 31.8 bits (73), Expect = 0.83
Identities = 33/166 (19%), Positives = 50/166 (30%), Gaps = 10/166 (6%)
Query: 86 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 145
ER + + + + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 146 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 205
R E G D +R R+ E G R + R R +R R +
Sbjct: 192 RR--EERGRD--GDDRDRRDRREQGDRREERGRR--DGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNRE 245
Query: 206 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGER 251
+R + +G R G R RD +R + G+ ER+ E
Sbjct: 246 DRGDRDGDDGEGRG--GRRGRR--FRDRDRRGRRGGDGGNEREPEL 287
Score = 30.6 bits (70), Expect = 2.3
Identities = 25/133 (18%), Positives = 34/133 (25%), Gaps = 2/133 (1%)
Query: 270 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 329
ER + + R + ER R +R E G
Sbjct: 132 ERGEAARRGAARKAGEGGEQPATEARADAAERTEEEERDERRRRGDREDRQAEAERGERG 191
Query: 330 ERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERTTQLTACYRD 389
R E G +RD E+ R + + R +R R D
Sbjct: 192 RR--EERGRDGDDRDRRDRREQGDRREERGRRDGGDRRGRRRRRDRRDARGDDNREDRGD 249
Query: 390 NSSDYREGPLTRR 402
D EG RR
Sbjct: 250 RDGDDGEGRGGRR 262
>gnl|CDD|118064 pfam09528, Ehrlichia_rpt, Ehrlichia tandem repeat (Ehrlichia_rpt).
This entry represents 77 residues of an 80 amino acid
(240 nucleotide) tandem repeat, found in a variable
number of copies in an immunodominant outer membrane
protein of Ehrlichia chaffeensis, a tick-borne obligate
intracellular pathogen.
Length = 707
Score = 31.2 bits (69), Expect = 1.5
Identities = 73/396 (18%), Positives = 123/396 (31%), Gaps = 21/396 (5%)
Query: 5 VERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERD 64
+ V ++ + E + + DGE + E + + E V E E
Sbjct: 123 IAHHESEVGDKPAKTSKEEENPEIEAEDGEPAKDDGIEESHQEEDEIVSESSKEEFTAEV 182
Query: 65 GERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERV 124
L+ + +E V E + E V D + ++ D G++
Sbjct: 183 KAEDLQPAVDGSIEHSSSEVGEEVSKTEKEESNPEVKAEDLQPAVDDDVAHHESEVGDKP 242
Query: 125 LERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERD 184
E E L+ + +E + E GE E D + ++
Sbjct: 243 AETSKEEETPEVKAEDLQPAVDGSVEHSSSEIEEHQGETEKEEGIPESHAEDLQPAVDDI 302
Query: 185 GER-------VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 237
E E E E + VL D + DGE + +V+E +
Sbjct: 303 VEHPSSEPFVAEEEVSETEKEENNPEVLAEDLQDAA--DGESGVSDQPAQVVEERESEIE 360
Query: 238 EKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGE----RVLERDGERVL 293
E GE E D E + E G+ V E + E V D + +
Sbjct: 361 EHQGETEKEEGIPESHAEDDEIASDPSIEHFSAEVGKEVSETEKEESNPEVKAEDLQPAV 420
Query: 294 ERDGER----VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGE--- 346
+ D V ++ E E + + DGE + E + + E V E E
Sbjct: 421 DGDVAHHESEVGDKPAETSKEEESPEIEAEDGEPAKDGGIEESHQEEDEIVSEPSKEEFT 480
Query: 347 -RVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERTT 381
V D + ++ E + GE V E + E +
Sbjct: 481 AEVKAEDLQPAVDGSVEHSSSEVGEEVSETEKEESN 516
Score = 29.6 bits (65), Expect = 4.4
Identities = 68/387 (17%), Positives = 120/387 (31%), Gaps = 9/387 (2%)
Query: 6 ERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDG 65
+ + E V E E L+ + +E V E + E V D
Sbjct: 164 QEEDEIVSESSKEEFTAEVKAEDLQPAVDGSIEHSSSEVGEEVSKTEKEESNPEVKAEDL 223
Query: 66 ERVLERDGER----VLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDG 121
+ ++ D V ++ E E + V D + ++ E + E E +
Sbjct: 224 QPAVDDDVAHHESEVGDKPAETSKEEETPEVKAEDLQPAVDGSVEHSSSEIEEHQGETEK 283
Query: 122 ERVLERDGERVLERDGERVLER---DGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGE 178
E + L+ + ++E + E E E + VL D + DGE
Sbjct: 284 EEGIPESHAEDLQPAVDDIVEHPSSEPFVAEEEVSETEKEENNPEVLAEDLQDAA--DGE 341
Query: 179 RVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE 238
+ +V+E + E GE E D E + E G+ V E
Sbjct: 342 SGVSDQPAQVVEERESEIEEHQGETEKEEGIPESHAEDDEIASDPSIEHFSAEVGKEVSE 401
Query: 239 KDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGE 298
+ E L+ + + V ++ E E + + DGE + E
Sbjct: 402 TEKEESNPEVKAEDLQPAVDGDVAHHESEVGDKPAETSKEEESPEIEAEDGEPAKDGGIE 461
Query: 299 RVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE 358
+ + E V E E L+ + +E V E E E +
Sbjct: 462 ESHQEEDEIVSEPSKEEFTAEVKAEDLQPAVDGSVEHSSSEVGEEVSETEKEESNPEIKA 521
Query: 359 RDGERVLEKDGERVLERDGERTTQLTA 385
D ++ E + GE+ ++ A
Sbjct: 522 EDLPPAVDDSLEHSIPEVGEKVDEMFA 548
>gnl|CDD|227426 COG5095, TAF6, Transcription initiation factor TFIID, subunit TAF6
(also component of histone acetyltransferase SAGA)
[Transcription].
Length = 450
Score = 29.9 bits (67), Expect = 3.4
Identities = 20/98 (20%), Positives = 44/98 (44%), Gaps = 10/98 (10%)
Query: 49 GERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE--RDGERVLERDG- 105
G +L ++ R + + R + LE+ G + RV++ +D +L+ DG
Sbjct: 353 GLSILSKEVIRTVIKPNADYYVRLVNKTLEK-GNEEEIYENNRVVDLLKDALLILQSDGL 411
Query: 106 --ERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 141
+R L + +LE+ G + E++++ + +L
Sbjct: 412 PNQRTLPPNASGLLEKVGSLM----AEKIMKENDTSLL 445
Score = 29.9 bits (67), Expect = 3.4
Identities = 20/98 (20%), Positives = 44/98 (44%), Gaps = 10/98 (10%)
Query: 177 GERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE--RDGERVLERDG- 233
G +L ++ R + + R + LE+ G + RV++ +D +L+ DG
Sbjct: 353 GLSILSKEVIRTVIKPNADYYVRLVNKTLEK-GNEEEIYENNRVVDLLKDALLILQSDGL 411
Query: 234 --ERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVL 269
+R L + +LE+ G + E++++ + +L
Sbjct: 412 PNQRTLPPNASGLLEKVGSLM----AEKIMKENDTSLL 445
Score = 29.6 bits (66), Expect = 4.5
Identities = 20/98 (20%), Positives = 44/98 (44%), Gaps = 10/98 (10%)
Query: 33 GERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE--RDGERVLERDG- 89
G +L ++ R + + R + LE+ G + RV++ +D +L+ DG
Sbjct: 353 GLSILSKEVIRTVIKPNADYYVRLVNKTLEK-GNEEEIYENNRVVDLLKDALLILQSDGL 411
Query: 90 --ERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVL 125
+R L + +LE+ G + E++++ + +L
Sbjct: 412 PNQRTLPPNASGLLEKVGSLM----AEKIMKENDTSLL 445
Score = 29.6 bits (66), Expect = 4.5
Identities = 20/98 (20%), Positives = 44/98 (44%), Gaps = 10/98 (10%)
Query: 161 GERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE--RDGERVLERDG- 217
G +L ++ R + + R + LE+ G + RV++ +D +L+ DG
Sbjct: 353 GLSILSKEVIRTVIKPNADYYVRLVNKTLEK-GNEEEIYENNRVVDLLKDALLILQSDGL 411
Query: 218 --ERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVL 253
+R L + +LE+ G + E++++ + +L
Sbjct: 412 PNQRTLPPNASGLLEKVGSLM----AEKIMKENDTSLL 445
Score = 28.8 bits (64), Expect = 7.3
Identities = 19/93 (20%), Positives = 42/93 (45%), Gaps = 10/93 (10%)
Query: 289 GERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE--RDGERVLERDG- 345
G +L ++ R + + R + LE+ G + RV++ +D +L+ DG
Sbjct: 353 GLSILSKEVIRTVIKPNADYYVRLVNKTLEK-GNEEEIYENNRVVDLLKDALLILQSDGL 411
Query: 346 --ERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERD 376
+R L + +LE+ G + E++++ +
Sbjct: 412 PNQRTLPPNASGLLEKVGSLM----AEKIMKEN 440
>gnl|CDD|223051 PHA03336, PHA03336, uncharacterized protein; Provisional.
Length = 462
Score = 29.1 bits (65), Expect = 5.7
Identities = 13/49 (26%), Positives = 19/49 (38%), Gaps = 4/49 (8%)
Query: 91 RVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 139
V + DG + R GE VL R +R VL + + L +
Sbjct: 394 TVTQTDGRTDVYRTGELVLTDVKVRASDRL---VLGKKINQYL-KCKIG 438
Score = 29.1 bits (65), Expect = 5.7
Identities = 13/49 (26%), Positives = 19/49 (38%), Gaps = 4/49 (8%)
Query: 219 RVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 267
V + DG + R GE VL R +R VL + + L +
Sbjct: 394 TVTQTDGRTDVYRTGELVLTDVKVRASDRL---VLGKKINQYL-KCKIG 438
>gnl|CDD|233503 TIGR01642, U2AF_lg, U2 snRNP auxilliary factor, large subunit,
splicing factor. These splicing factors consist of an
N-terminal arginine-rich low complexity domain followed
by three tandem RNA recognition motifs (pfam00076). The
well-characterized members of this family are auxilliary
components of the U2 small nuclear ribonuclearprotein
splicing factor (U2AF). These proteins are closely
related to the CC1-like subfamily of splicing factors
(TIGR01622). Members of this subfamily are found in
plants, metazoa and fungi.
Length = 509
Score = 29.1 bits (65), Expect = 6.6
Identities = 30/122 (24%), Positives = 42/122 (34%), Gaps = 7/122 (5%)
Query: 119 RDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGE 178
RD E +R+ E+ RD +R ER R RD R RD R R R +
Sbjct: 1 RDEEP--DREREKSRGRDRDRSSERPRRR--SRDRSR--FRDRHRRSRERSYREDSRPRD 54
Query: 179 RVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE 238
R R RD R R + E+ R+ +R +D ++
Sbjct: 55 RRRYDSRSPRSLRYSSVRRSRDRPRRRSRSVRSI-EQHRRRLRDRSPSNQWRKDDKKRSL 113
Query: 239 KD 240
D
Sbjct: 114 WD 115
Score = 29.1 bits (65), Expect = 6.6
Identities = 30/122 (24%), Positives = 42/122 (34%), Gaps = 7/122 (5%)
Query: 247 RDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGE 306
RD E +R+ E+ RD +R ER R RD R RD R R R +
Sbjct: 1 RDEEP--DREREKSRGRDRDRSSERPRRR--SRDRSR--FRDRHRRSRERSYREDSRPRD 54
Query: 307 RVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLE 366
R R RD R R + E+ R+ +R +D ++
Sbjct: 55 RRRYDSRSPRSLRYSSVRRSRDRPRRRSRSVRSI-EQHRRRLRDRSPSNQWRKDDKKRSL 113
Query: 367 KD 368
D
Sbjct: 114 WD 115
Score = 28.3 bits (63), Expect = 9.3
Identities = 25/93 (26%), Positives = 31/93 (33%), Gaps = 6/93 (6%)
Query: 63 RDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGE 122
RD E +R+ E+ RD +R ER R RD R RD R + R R +
Sbjct: 1 RDEEP--DREREKSRGRDRDRSSERPRRR--SRDRSR--FRDRHRRSRERSYREDSRPRD 54
Query: 123 RVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 155
R R RD R R
Sbjct: 55 RRRYDSRSPRSLRYSSVRRSRDRPRRRSRSVRS 87
Score = 28.3 bits (63), Expect = 9.3
Identities = 25/93 (26%), Positives = 31/93 (33%), Gaps = 6/93 (6%)
Query: 191 RDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLEKDGERVLERDGE 250
RD E +R+ E+ RD +R ER R RD R RD R + R R +
Sbjct: 1 RDEEP--DREREKSRGRDRDRSSERPRRR--SRDRSR--FRDRHRRSRERSYREDSRPRD 54
Query: 251 RVLERDGERVLERDGERVLERDGERVLERDGER 283
R R RD R R
Sbjct: 55 RRRYDSRSPRSLRYSSVRRSRDRPRRRSRSVRS 87
Database: CDD.v3.10
Posted date: Mar 20, 2013 7:55 AM
Number of letters in database: 10,937,602
Number of sequences in database: 44,354
Lambda K H
0.313 0.141 0.385
Gapped
Lambda K H
0.267 0.0778 0.140
Matrix: BLOSUM62
Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
Number of Sequences: 44354
Number of Hits to DB: 27,719,798
Number of extensions: 3296489
Number of successful extensions: 6441
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 5521
Number of HSP's successfully gapped: 343
Length of query: 479
Length of database: 10,937,602
Length adjustment: 101
Effective length of query: 378
Effective length of database: 6,457,848
Effective search space: 2441066544
Effective search space used: 2441066544
Neighboring words threshold: 11
Window for multiple hits: 40
X1: 16 ( 7.2 bits)
X2: 38 (14.6 bits)
X3: 64 (24.7 bits)
S1: 42 (21.8 bits)
S2: 61 (27.2 bits)