Query psy3209
Match_columns 567
No_of_seqs 489 out of 2950
Neff 10.7
Searched_HMMs 29240
Date Fri Aug 16 19:07:33 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy3209.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/3209hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 1E-46 3.6E-51 390.4 39.6 439 112-558 7-486 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 7.6E-38 2.6E-42 320.2 24.1 394 113-534 24-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 2.4E-35 8E-40 300.5 34.5 361 117-527 26-425 (438)
4 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.3E-32 4.4E-37 274.3 19.3 351 120-519 3-361 (375)
5 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 2.1E-30 7.2E-35 268.0 27.1 385 150-540 47-477 (491)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 4.1E-28 1.4E-32 244.8 15.6 365 134-540 24-405 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 99.9 5.5E-27 1.9E-31 244.3 17.1 386 154-541 51-509 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.5 9E-13 3.1E-17 134.0 16.3 180 358-539 30-211 (451)
9 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.3 4.2E-12 1.4E-16 130.6 12.1 154 136-295 296-466 (491)
10 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 3.6E-11 1.2E-15 123.6 17.8 159 371-534 28-196 (491)
11 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.3 6.5E-11 2.2E-15 119.7 18.1 159 371-531 41-226 (438)
12 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 1E-10 3.4E-15 121.3 16.6 157 371-532 27-196 (524)
13 2cfq_A Lactose permease; trans 99.2 1.4E-11 4.9E-16 123.6 9.8 142 155-296 257-404 (417)
14 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.2 1.8E-11 6.1E-16 121.1 9.2 164 371-539 15-179 (375)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 47.1 6.1 0.00021 19.7 0.6 14 176-189 2-15 (26)
16 3mkt_A Multi antimicrobial ext 38.5 2.7E+02 0.0093 26.7 26.3 26 232-257 146-171 (460)
17 4dve_A Biotin transporter BIOY 21.1 1.7E+02 0.0058 24.7 5.7 24 164-187 100-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=1e-46 Score=390.41 Aligned_cols=439 Identities=23% Similarity=0.330 Sum_probs=345.3
Q ss_pred hHHHHHHHHHhhhhHHHhhhhccchhhhhhhhhhcccCCCc----cCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchh
Q psy3209 112 YTKQAIAAFSASLPIFIVGCWLTWPSVALYKWQTKEYVLPF----ELDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRK 187 (567)
Q Consensus 112 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~----~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 187 (567)
..+.+.+.++.+++.+..|+|.++++.++|.+.++ +..+. +.+..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|||
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~GRk 85 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNTV-FVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFGRR 85 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHH-HTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCHH
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCH
Confidence 45667777778899999999999999999999877 11111 23456778999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------HHhhHHHHHHHHHHHhccccccccchhhhhhcccCCCcchhHHH
Q psy3209 188 NTLLLTSLVFLTSSLLTI------------------FAQSSYWLFTSRLLSGIGKGVGFTVVPMYIAEITDKEIRGTLST 249 (567)
Q Consensus 188 ~~~~~~~~~~~i~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~R~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~ 249 (567)
++++++.+++.+++++++ +++|++.++++|+++|++.|+..+....+++|+.|+++|++..+
T Consensus 86 ~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~~~ 165 (491)
T 4gc0_A 86 DSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKLVS 165 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhhHH
Confidence 999999999999999999 47899999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhhhhh------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCCchhHHhhcCcHHHHHHHHHHhc
Q psy3209 250 MFTGHLYGGILFSLCVGPYI------------QYQTLNIILGVIPLVFFITFMFIPETPYFHIIKDNNQVAAKKSLEWFK 317 (567)
Q Consensus 250 ~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l------------~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~lpesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 317 (567)
+.+.+..+|.++++.++... +||+.+.+..+.+++.++..+++||||+|+ ..+++.+++.+.+++..
T Consensus 166 ~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L-~~~~~~~~a~~~l~~~~ 244 (491)
T 4gc0_A 166 FNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWL-MSRGKQEQAEGILRKIM 244 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHH-HHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHH-HHcCchhHHHHhHHHhc
Confidence 99999999999988887654 588888888888888888888999999999 89999999988888766
Q ss_pred CCCcchHHHHHHHHHHhhhhhcccccHHHHhcchhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCC-chhHHHH
Q psy3209 318 GKSQNITEELDEIVLTTNENMKNKSGYRELVSNYSYRKALIIVLVTSFLQRLSGVSTILSYASTTLPEHHGL-IGRTECL 396 (567)
Q Consensus 318 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 396 (567)
.++...++..+. .....+ .++.......++ .++.........+.++.+.+.+..|.+.+....+.. .......
T Consensus 245 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~-~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (491)
T 4gc0_A 245 GNTLATQAVQEI-KHSLDH-GRKTGGRLLMFG----VGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQT 318 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH-HHHHHH-HHHHTTHHHHSC----CTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHH
T ss_pred CCchhHHHHHHH-HHHHHh-hhhhhhHHHHhc----ccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHH
Confidence 543321111111 111111 111111222222 223445555666667778888888888888777655 3344556
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccC
Q psy3209 397 IIFSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNMLSAFLSSGVMIVLAACFYWNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSEL 476 (567)
Q Consensus 397 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (567)
.+.++..+++.++++++.||+|||+.++.+.....++++.+..........+..++..+++..+++.++.++.+.+.+|+
T Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~E~ 398 (491)
T 4gc0_A 319 IIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPVCWVLLSEI 398 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHh
Confidence 67788899999999999999999999999988888888777665544444555566666667777778888888999999
Q ss_pred CChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------hhccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCCCHHHHHHHH
Q psy3209 477 FPTNVKSSAASIASIAFALASFLINKFYKIVQI------NFGLYYMFAFYAICSGINVLFTFFFIFETKGKSFQQIQNIL 550 (567)
Q Consensus 477 ~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 550 (567)
+|++.|+++.|+.+.++++++++++.+++.+.+ ..+....|++++++++++.++.+++.||||+|+++|+++..
T Consensus 399 fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~tLeei~~~f 478 (491)
T 4gc0_A 399 FPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKTLEELEALW 478 (491)
T ss_dssp SCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCCHHHHGGGT
T ss_pred CCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCCHHHHHHHh
Confidence 999999999999999999999999988876643 34555678899999999999999999999999999998877
Q ss_pred hhCCCCCC
Q psy3209 551 KKKTATTQ 558 (567)
Q Consensus 551 ~~~~~~~~ 558 (567)
++++++++
T Consensus 479 ~~~~~~~~ 486 (491)
T 4gc0_A 479 EPETKKTQ 486 (491)
T ss_dssp C-------
T ss_pred CCCCcccc
Confidence 76655443
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=7.6e-38 Score=320.23 Aligned_cols=394 Identities=12% Similarity=0.029 Sum_probs=296.0
Q ss_pred HHHHHHHHHhhhhHHHhhhhccchhhhhhhhhhcccCCCccCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchhHHHHH
Q psy3209 113 TKQAIAAFSASLPIFIVGCWLTWPSVALYKWQTKEYVLPFELDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRKNTLLL 192 (567)
Q Consensus 113 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~ 192 (567)
..++..+...+++.+..+++.....+.+|.+.++ + .+..+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||+++++
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~ 97 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQ-----G-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPA 97 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSS-----T-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----h-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHH
Confidence 3445566677788888999999999999999998 9 999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHH----HhhHHHHHHHHHHHhccccccccchhhhhhcccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhh
Q psy3209 193 TSLVFLTSSLLTIF----AQSSYWLFTSRLLSGIGKGVGFTVVPMYIAEITDKEIRGTLSTMFTGHLYGGILFSLCVGPY 268 (567)
Q Consensus 193 ~~~~~~i~~~~~~~----~~~~~~l~~~R~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~ 268 (567)
+.++++++.+++++ +++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.++++.+++.
T Consensus 98 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~ 177 (451)
T 1pw4_A 98 GLILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLL 177 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999998877
Q ss_pred h----h-hHHHHHHHHHHHHH-HHHHhhcccCCchhHHhhcCcHHHHHHHHHHhcCCCcchHHHHHHHHHHhhhhhcccc
Q psy3209 269 I----Q-YQTLNIILGVIPLV-FFITFMFIPETPYFHIIKDNNQVAAKKSLEWFKGKSQNITEELDEIVLTTNENMKNKS 342 (567)
Q Consensus 269 l----~-wr~~f~~~~~~~~~-~~~~~~~lpesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 342 (567)
+ + ||+.|++.++++++ .++.++++||+|+.. ..++.++. . .. ...+.++ ...++....+.
T Consensus 178 l~~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~--------~--~~-~~~~~~~--~~~~~~~~~~~ 243 (451)
T 1pw4_A 178 GMAWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSC-GLPPIEEY--------K--ND-YPDDYNE--KAEQELTAKQI 243 (451)
T ss_dssp HHHHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTT-CCCSCTTT--------C--CC----------------CCTHH
T ss_pred HHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhc-CCCChhhh--------c--cc-ccccchh--hhhcccccccc
Confidence 4 7 99999999988876 455566789987543 11110000 0 00 0000000 00000001111
Q ss_pred cHHHHhcchhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCC--chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhh--c
Q psy3209 343 GYRELVSNYSYRKALIIVLVTSFLQRLSGVSTILSYASTTLPEHHGL--IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIA--G 418 (567)
Q Consensus 343 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~--g 418 (567)
..++.++++.++. ..+..+......+.+..+.|.++++..+. ...+.......++.+++.++.+++.||+ +
T Consensus 244 ~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~ 318 (451)
T 1pw4_A 244 FMQYVLPNKLLWY-----IAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRG 318 (451)
T ss_dssp HHHHTSSCHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTT
T ss_pred hHHHHHcCHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcC
Confidence 1355566554432 22222233334567788999999885433 4456777788889999999999999999 9
Q ss_pred chHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHH-H
Q psy3209 419 RKTLNMLSAFLSS-GVMIVLAACFYWNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIASIAFAL-A 496 (567)
Q Consensus 419 ~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~-g 496 (567)
+|+.+..+..+.. ++.+++.. ....+.+...+..++.+++.+.. .+..+.+..|.+|++.|+++.|+.+.+.++ |
T Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g 395 (451)
T 1pw4_A 319 NRGATGVFFMTLVTIATIVYWM--NPAGNPTVDMICMIVIGFLIYGP-VMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGG 395 (451)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTS--CCTTCHHHHHHHHHHHHHHHTHH-HHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CchhHHHHHHHHHHHHHHHHHH--hcccCHHHHHHHHHHHHHHHhch-HHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9988877766655 44333322 11123444455555566555443 344458899999999999999999999999 9
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy3209 497 SFLINKFYKIVQINFGLYYMFAFYAICSGINVLFTFFF 534 (567)
Q Consensus 497 ~~i~~~i~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 534 (567)
..++|.+.|.+.+..|+...|++.+++.+++.++.++.
T Consensus 396 ~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 396 SVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99999999999999999888888888887777665444
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=2.4e-35 Score=300.53 Aligned_cols=361 Identities=13% Similarity=0.107 Sum_probs=278.5
Q ss_pred HHHHHhhhhHHHhhhhccchhhhhhhhhhcccCCCccCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchhHHHHHHHHH
Q psy3209 117 IAAFSASLPIFIVGCWLTWPSVALYKWQTKEYVLPFELDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRKNTLLLTSLV 196 (567)
Q Consensus 117 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~ 196 (567)
.....+++..+..+++....++.+|.+.++ +|++..+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++
T Consensus 26 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~ 100 (438)
T 3o7q_A 26 IPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQA-----FTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFL 100 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----SCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHH-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHH
Confidence 334455667778888888999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHH---HHHhhHHHHHHHHHHHhccccccccchhhhhhcccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh---
Q psy3209 197 FLTSSLLT---IFAQSSYWLFTSRLLSGIGKGVGFTVVPMYIAEITDKEIRGTLSTMFTGHLYGGILFSLCVGPYIQ--- 270 (567)
Q Consensus 197 ~~i~~~~~---~~~~~~~~l~~~R~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l~--- 270 (567)
++++.+++ +++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.++++.+++.+-
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 180 (438)
T 3o7q_A 101 YALGAALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN 180 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTS
T ss_pred HHHHHHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 99999999 888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999988763
Q ss_pred ---------------------------hHHHHHHHHHHHHHHHHHhh--cccCCchhHHhhcCcHHHHHHHHHHhcCCCc
Q psy3209 271 ---------------------------YQTLNIILGVIPLVFFITFM--FIPETPYFHIIKDNNQVAAKKSLEWFKGKSQ 321 (567)
Q Consensus 271 ---------------------------wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~--~lpesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 321 (567)
||+.|++.+++.++..+.++ ..||+++.. ++ +
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~----~~---------------~ 241 (438)
T 3o7q_A 181 VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDN----HS---------------D 241 (438)
T ss_dssp SCCCCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTTC----CC---------------C
T ss_pred cccccccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCcccccc----cc---------------c
Confidence 99999888777665433333 346654210 00 0
Q ss_pred chHHHHHHHHHHhhhhhcccccHHHHhcchhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhh-hhhccC-C-chhHHHHHH
Q psy3209 322 NITEELDEIVLTTNENMKNKSGYRELVSNYSYRKALIIVLVTSFLQRLSGVSTILSYASTT-LPEHHG-L-IGRTECLII 398 (567)
Q Consensus 322 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~-~-~~~~~~~~~ 398 (567)
+++...+.++++++++|.++...+..++ .......+..+.|.+ +++..+ + ...+.....
T Consensus 242 -------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~ 303 (438)
T 3o7q_A 242 -------------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFC-----YVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTG 303 (438)
T ss_dssp -------------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHH
T ss_pred -------------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHH
Confidence 0111122355677777655443322222 222345667888888 777633 3 455677777
Q ss_pred HHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCC
Q psy3209 399 FSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNMLSAFLSSGVMIVLAACFYWNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFP 478 (567)
Q Consensus 399 ~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p 478 (567)
..++.+++.++.+++.||++||+.+..+.++..++.+++.. ..+.+ ..+..++.+++.+.. .+..+++..|.+|
T Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~-~~~~~~~~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~ 377 (438)
T 3o7q_A 304 TMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAF----AGGHV-GLIALTLCSAFMSIQ-YPTIFSLGIKNLG 377 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCHHH-HHHHHHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHSSCG
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----cCCcH-HHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhhcc
Confidence 88899999999999999999999998888777766655444 11222 333445556665543 4555688889998
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-cchhhhHHHHHHHHH
Q psy3209 479 TNVKSSAASIASIAFALASFLINKFYKIVQINFG-LYYMFAFYAICSGIN 527 (567)
Q Consensus 479 ~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~ 527 (567)
++ ++.+.++.. ...+|++++|.+.|.+.+..| +...|.+.+++.++.
T Consensus 378 ~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (438)
T 3o7q_A 378 QD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVI 425 (438)
T ss_dssp GG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHH
T ss_pred cc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 66 888888877 677999999999999999999 877777655544433
No 4
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=100.00 E-value=1.3e-32 Score=274.25 Aligned_cols=351 Identities=13% Similarity=0.147 Sum_probs=267.0
Q ss_pred HHhhhhHHHhhhhccchhhhhhhhhhcccCCCccCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchhHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 120 FSASLPIFIVGCWLTWPSVALYKWQTKEYVLPFELDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRKNTLLLTSLVFLT 199 (567)
Q Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~i~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i 199 (567)
+..++..+..++......+.+|.+.++ +|.++.+.+++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.++.++
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~ 77 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMARD-----LNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFML 77 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT-----SSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHH-----cCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHH
Confidence 345566777888888999999999998 999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhccccccccchhhhhhcccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHH
Q psy3209 200 SSLLTIFAQSSYWLFTSRLLSGIGKGVGFTVVPMYIAEITDKEIRGTLSTMFTGHLYGGILFSLCVGPYI----QYQTLN 275 (567)
Q Consensus 200 ~~~~~~~~~~~~~l~~~R~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l----~wr~~f 275 (567)
+.++++++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.++++.+++.+ +||+.|
T Consensus 78 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~ 157 (375)
T 2gfp_A 78 ATLVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACY 157 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998876 899999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH-HhhcccCCchhHHhhcCcHHHHHHHHHHhcCCCcchHHHHHHHHHHhhhhhcccccHHHHhcchhhh
Q psy3209 276 IILGVIPLVFFI-TFMFIPETPYFHIIKDNNQVAAKKSLEWFKGKSQNITEELDEIVLTTNENMKNKSGYRELVSNYSYR 354 (567)
Q Consensus 276 ~~~~~~~~~~~~-~~~~lpesp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 354 (567)
++.+++.++..+ ..+++||+++.. ++ +++...++++.+++|..+
T Consensus 158 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~--------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 202 (375)
T 2gfp_A 158 LFLLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD---AP--------------------------------RTRLLTSYKTLFGNSGFN 202 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT---CC--------------------------------CCCTTTCSTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC---cc--------------------------------cccHHHHHHHHhcCcchH
Confidence 998888777544 556688876421 00 011223445566655443
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccC-C-chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHHHHHHH-HH
Q psy3209 355 KALIIVLVTSFLQRLSGVSTILSYASTTLPEHHG-L-IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNMLSAFL-SS 431 (567)
Q Consensus 355 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~-~~ 431 (567)
...+ ..+........+..+.|.++++..+ + ...+.......++.+++.++.+++.||.+++ ...+..+ ..
T Consensus 203 ~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~ 275 (375)
T 2gfp_A 203 CYLL-----MLIGGLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLL 275 (375)
T ss_dssp HHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHH
T ss_pred HHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHH
Confidence 3222 2222233456677888888877432 2 3445666777788889999999999998873 2222222 22
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q psy3209 432 GVMIVLAACFYWNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIASIAFALASFLINKFYKIVQINF 511 (567)
Q Consensus 432 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~ 511 (567)
.+...+........+.+..++..++.+++.+... +...++..|.+| ++|+++.|+.+...++|..++|.+.|.+.+..
T Consensus 276 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 353 (375)
T 2gfp_A 276 AGLLMWIPDWFGVMNVWTLLVPAALFFFGAGMLF-PLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAMLPQTG 353 (375)
T ss_dssp TSSSSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTS-STTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHhhhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHhh-HHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCC
Confidence 2222111111112244445555666666666544 444588999998 89999999999999999999999999998877
Q ss_pred ccchhhhH
Q psy3209 512 GLYYMFAF 519 (567)
Q Consensus 512 g~~~~~~~ 519 (567)
++...+.+
T Consensus 354 ~~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 354 QGSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp HHHHHHHH
T ss_pred cccHHHHH
Confidence 76544444
No 5
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.97 E-value=2.1e-30 Score=267.97 Aligned_cols=385 Identities=11% Similarity=0.033 Sum_probs=247.9
Q ss_pred CCccCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcc-cchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhccccccc
Q psy3209 150 LPFELDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDK-FGRKNTLLLTSLVFLTSSLLTIFAQSSYWLFTSRLLSGIGKGVGF 228 (567)
Q Consensus 150 ~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~R~l~G~~~g~~~ 228 (567)
+++|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||++++++.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...
T Consensus 47 ~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~ 126 (491)
T 4aps_A 47 GDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLK 126 (491)
T ss_dssp TSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 3489999999999999999999999999999999 899999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred cchhhhhhcccCCCc--chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-ccCCc----h
Q psy3209 229 TVVPMYIAEITDKEI--RGTLSTMFTGHLYGGILFSLCVGPYI----QYQTLNIILGVIPLVFFITFMF-IPETP----Y 297 (567)
Q Consensus 229 ~~~~~~i~e~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l----~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~-lpesp----~ 297 (567)
+...+++.|++|+++ |+.++++++.+..+|.+++|.+++.+ |||+.|++.++..++.++.+++ .|+.. +
T Consensus 127 ~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 206 (491)
T 4aps_A 127 PNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYL 206 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCS
T ss_pred chHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCccccccccc
Confidence 999999999999988 77788889999999999999988876 8999999987776654333332 22211 0
Q ss_pred hHHhhcCcHHHHHHHHHH----------------h-cCCCcchHHHHHH-HH--HH--hhhhhcccccHHHHhcchhhhH
Q psy3209 298 FHIIKDNNQVAAKKSLEW----------------F-KGKSQNITEELDE-IV--LT--TNENMKNKSGYRELVSNYSYRK 355 (567)
Q Consensus 298 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------~-~~~~~~~~~~~~~-~~--~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 355 (567)
.. .++.+.++.++..+. . +..+.+....... .. .. ......+........+++...
T Consensus 207 ~~-~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~- 284 (491)
T 4aps_A 207 RP-TDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVS- 284 (491)
T ss_dssp CC-SCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTT-
T ss_pred CC-CCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHH-
Confidence 00 111223333332222 0 1111110000000 00 00 000000000000000110111
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCC--chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHH-----HHHH
Q psy3209 356 ALIIVLVTSFLQRLSGVSTILSYASTTLPEHHGL--IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNM-----LSAF 428 (567)
Q Consensus 356 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~-----~~~~ 428 (567)
.....+.....+..+.....+.+.+..+..+. ...+.......+..+++.++.+++.||++||+... .+..
T Consensus 285 --~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~ 362 (491)
T 4aps_A 285 --YIPLFIAAVLFWAIEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLM 362 (491)
T ss_dssp --HHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHH
T ss_pred --HHHHHHHHHHHHHHHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHH
Confidence 11111111111112223334455555543322 34556667778888889999999999999986544 5555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHh-----hhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 429 LSSGVMIVLAACFYW-----NFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIASIAFALASFLINKF 503 (567)
Q Consensus 429 ~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i 503 (567)
+.+++.+++...... ..+.+...+..++.+++.+.. .+..+.++.|.+|++.|+++.|+.+...++|.+++|.+
T Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~~~ 441 (491)
T 4aps_A 363 FAGLSFLLMAIPGALYGTSGKVSPLWLVGSWALVILGEMLI-SPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNAQL 441 (491)
T ss_dssp HHHHHHTTTHHHHHHCCCCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHTT-TTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhcCCCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555554442211 113444555556666666553 44556899999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCC
Q psy3209 504 YKIVQINFGLYYMFAFYAICSGINVLFTFFFIFETKG 540 (567)
Q Consensus 504 ~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 540 (567)
.+.+.+ .++...|.+++++++++.++.+++.++.++
T Consensus 442 ~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 477 (491)
T 4aps_A 442 VTLYNA-KSEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQG 477 (491)
T ss_dssp GGGGGG-SSTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC------
T ss_pred HHHHhc-ccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 887765 466677888888877777776665554433
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=4.1e-28 Score=244.81 Aligned_cols=365 Identities=12% Similarity=0.030 Sum_probs=231.2
Q ss_pred cchhhhhhh-hhhcccCCCccCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHhh
Q psy3209 134 TWPSVALYK-WQTKEYVLPFELDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRKNTLLLTSLVFLTSSL---LTIFAQS 209 (567)
Q Consensus 134 ~~~~~~l~~-i~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~---~~~~~~~ 209 (567)
+...+.+|. +.++ +|.+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++..+++++.. .+++++.
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~l~~~-----~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 98 (417)
T 2cfq_A 24 GAYFPFFPIWLHDI-----NHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPL 98 (417)
T ss_dssp HHHTTTHHHHHHTT-----TCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH-----hCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 334455555 4455 899999999999999999999999999999999999999999888765332 2233332
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHhccccccccchhhhhhcccCC--CcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh---hhHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 210 SY-WLFTSRLLSGIGKGVGFTVVPMYIAEITDK--EIRGTLSTMFTGHLYGGILFSLCVGPYI---QYQTLNIILGVIPL 283 (567)
Q Consensus 210 ~~-~l~~~R~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l---~wr~~f~~~~~~~~ 283 (567)
.. .++..+++.|++.+..++.....+.++.++ ++++...+....+..+|..++|.+++.+ +||+.|++.++..+
T Consensus 99 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~ 178 (417)
T 2cfq_A 99 LQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCAL 178 (417)
T ss_dssp HHTTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHH
Confidence 21 245667777777766655555555555543 3456666777666677777777777665 79999998777655
Q ss_pred HHHHHhhccc-CCchhHHhhcCcHHHHHHHHHHhcCCCcchHHHHHHHHHHhhhhhcccccHHHHhcchhhhHHHHHHHH
Q psy3209 284 VFFITFMFIP-ETPYFHIIKDNNQVAAKKSLEWFKGKSQNITEELDEIVLTTNENMKNKSGYRELVSNYSYRKALIIVLV 362 (567)
Q Consensus 284 ~~~~~~~~lp-esp~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 362 (567)
+.++..++.+ |+|+. .++.+ ..+. +.++....+++++++++.++...+..+.
T Consensus 179 ~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~------------~~~~-------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 231 (417)
T 2cfq_A 179 ILAVLLFFAKTDAPSS--ATVAN------------AVGA-------------NHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIG 231 (417)
T ss_dssp THHHHSCSSCCCCSCS--SCSSS------------SSSS-------------CCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHcCcccccc--ccccc------------cccc-------------ccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHH
Confidence 5444444444 43210 00000 0000 0000111234566776655433322111
Q ss_pred HHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCC-----chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 363 TSFLQRLSGVSTILSYASTTLPEHHGL-----IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNMLSAFLSSGVMIVL 437 (567)
Q Consensus 363 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 437 (567)
.. ..+..+..+.|.++.+.... ...+.......++.+++.++.++++||+|||+.+..+..+.+++.+++
T Consensus 232 ~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 306 (417)
T 2cfq_A 232 VS-----CTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGS 306 (417)
T ss_dssp HH-----HHHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11 12223334456555443221 112344555566788899999999999999998887776666654443
Q ss_pred HHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchh
Q psy3209 438 AACFYWNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIA-SIAFALASFLINKFYKIVQINFGLYYM 516 (567)
Q Consensus 438 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~g~~~~ 516 (567)
.. ..+.+..++..++.+++... ..+..+.+..|.+|++.|+++.++. +....+|++++|.+.|.+.+..|+...
T Consensus 307 ~~----~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~ 381 (417)
T 2cfq_A 307 SF----ATSALEVVILKTLHMFEVPF-LLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGA 381 (417)
T ss_dssp TT----CCSHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHH
T ss_pred HH----hccHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHH
Confidence 32 12333333333334443332 2233357999999999999999994 888899999999999999998888788
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCC
Q psy3209 517 FAFYAICSGINVLFTFFFIFETKG 540 (567)
Q Consensus 517 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 540 (567)
|.+.+++.+++.++.+...+++++
T Consensus 382 f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 405 (417)
T 2cfq_A 382 YLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGP 405 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSCT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCCc
Confidence 888888888877766555555444
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.94 E-value=5.5e-27 Score=244.35 Aligned_cols=386 Identities=13% Similarity=0.079 Sum_probs=217.2
Q ss_pred CChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhccc-chhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hHHHHHHHHHHHhccccccccch
Q psy3209 154 LDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKF-GRKNTLLLTSLVFLTSSLLTIFAQ-SSYWLFTSRLLSGIGKGVGFTVV 231 (567)
Q Consensus 154 ~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~-~~~~l~~~R~l~G~~~g~~~~~~ 231 (567)
.+..+.+++.+++.++..++++++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++ +++.++++|+++|++.+...+..
T Consensus 51 ~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~ 130 (524)
T 2xut_A 51 LRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEHSVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLV 130 (524)
T ss_dssp TTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHH
T ss_pred cCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccHHHHHHHHHHHHHhccccchhH
Confidence 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999 99999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhcccCCCcchhHHHH---HHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-cCCchhHHhhc
Q psy3209 232 PMYIAEITDKEIRGTLSTM---FTGHLYGGILFSLCVGPYI----QYQTLNIILGVIPLVFFITFMFI-PETPYFHIIKD 303 (567)
Q Consensus 232 ~~~i~e~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~i~~~l~~~l----~wr~~f~~~~~~~~~~~~~~~~l-pesp~~~~~~~ 303 (567)
.+++.|++|+++|+++.+. .+.+..+|.+++|.+++.+ +||+.|++.+++.++.++.+++. |+.++.. .++
T Consensus 131 ~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~ 209 (524)
T 2xut_A 131 SSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVLMFVATVFFWLGRKRYIHMP-PEP 209 (524)
T ss_dssp HHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSSSCCCCC----
T ss_pred HHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccC-CCC
Confidence 9999999999999877666 8888999999999988776 79999999888776654444332 2211000 000
Q ss_pred CcHHHHHHHH-HHhcCCCcchHH--HHHHHHHH------------------------hhhhhcccccHHHHh------c-
Q psy3209 304 NNQVAAKKSL-EWFKGKSQNITE--ELDEIVLT------------------------TNENMKNKSGYRELV------S- 349 (567)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~------------------------~~~~~~~~~~~~~~~------~- 349 (567)
.+..+..+.+ ...+....+.+. ........ ...+.+.+.+++++. +
T Consensus 210 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 289 (524)
T 2xut_A 210 KDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVLVMGFVGAGASLQLERARKSHPD 289 (524)
T ss_dssp -----------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCS
T ss_pred ccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhhhhcccccchhhHHhhhhccccH
Confidence 0000100000 000111000000 00000000 000000011110000 0
Q ss_pred -chhhhHHHHH--HHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCCc--hhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHH----hhhcc-
Q psy3209 350 -NYSYRKALII--VLVTSFLQRLSGVSTILSYASTTLPEHHGLI--GRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLV----DIAGR- 419 (567)
Q Consensus 350 -~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~----dr~g~- 419 (567)
....+++... .........+..+.....+.+.+........ ..+.......++.+++..+.+++. +|.++
T Consensus 290 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 369 (524)
T 2xut_A 290 AAVDGVRSVLRILVLFALVTPFWSLFDQKASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPLLVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVK 369 (524)
T ss_dssp SSSTTTTTHHHHHHHHTTSHHHHTTTSSTTTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGGGHHHHGGGTTTC-----------
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccchhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCC
Confidence 0000111111 1111100000000000111111111111101 233333333344555555555543 44432
Q ss_pred ---hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----hhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHH
Q psy3209 420 ---KTLNMLSAFLSSGVMIVLAACFY-----WNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIASI 491 (567)
Q Consensus 420 ---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~ 491 (567)
++.+..+.++.+++.+++..... ...+.+..++..++.+++.+. ..+..+.+..|.+|++.||+++|+.++
T Consensus 370 ~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~ 448 (524)
T 2xut_A 370 LTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMDGGSALSIFWQILPYALLTFGEVL-VSATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTL 448 (524)
T ss_dssp -CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTTTTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGG
T ss_pred CChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHH
Confidence 24455565555555544433110 011334444555566666554 344456889999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhh----------cc-chhhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCCC
Q psy3209 492 AFALASFLINKFYKIVQINF----------GL-YYMFAFYAICSGINVLFTFFFIFETKGK 541 (567)
Q Consensus 492 ~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~----------g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 541 (567)
..++|+.++|.+.+.+.+.. +. ...|++.+++++++.++.+++.++.+++
T Consensus 449 ~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 509 (524)
T 2xut_A 449 SVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALYARSYQMQ 509 (524)
T ss_dssp GHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 99999999999999887532 11 1226666776666666655555554443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.45 E-value=9e-13 Score=133.97 Aligned_cols=180 Identities=11% Similarity=0.071 Sum_probs=137.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhhHHHHHHhhhhhhhhccCC-chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 358 IIVLVTSFLQRLSGVSTILSYASTTLPEHHGL-IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNMLSAFLSSGVMIV 436 (567)
Q Consensus 358 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 436 (567)
+...++..+........+..+.|.+.++. .+ .+.+.......++.+++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.++
T Consensus 30 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~ 108 (451)
T 1pw4_A 30 FLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVEQG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGLILAAAVMLF 108 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTSST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333333333334444566677777666 44 56778888889999999999999999999999999999888888777
Q ss_pred HHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-cch
Q psy3209 437 LAACFYWNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIASIAFALASFLINKFYKIVQINFG-LYY 515 (567)
Q Consensus 437 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~g-~~~ 515 (567)
+.+......+.+..++..++.+++.+... +...+++.|.+|+++|+.++|+.+....+|..++|.+.+.+.+..| |+.
T Consensus 109 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~-~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~w~~ 187 (451)
T 1pw4_A 109 MGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGW-PPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGMAWFNDWHA 187 (451)
T ss_dssp HHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTH-HHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTCCSTT
T ss_pred HHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhcc-chHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHH
Confidence 65521112345566666777777776544 4445899999999999999999999999999999999999889898 999
Q ss_pred hhhHHHHHHHHHHHHHHHhccCCC
Q psy3209 516 MFAFYAICSGINVLFTFFFIFETK 539 (567)
Q Consensus 516 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 539 (567)
.|++.+++.++..++.+++.+|..
T Consensus 188 ~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 211 (451)
T 1pw4_A 188 ALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTP 211 (451)
T ss_dssp CTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCH
Confidence 999998888877777666666643
No 9
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.33 E-value=4.2e-12 Score=130.62 Aligned_cols=154 Identities=16% Similarity=0.110 Sum_probs=112.8
Q ss_pred hhhhhhhhhhcccCCCccCChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----hH
Q psy3209 136 PSVALYKWQTKEYVLPFELDAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRKNTLLLTSLVFLTSSLLTIFAQ-----SS 210 (567)
Q Consensus 136 ~~~~l~~i~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~-----~~ 210 (567)
+....|.+.+. .+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+..+..++.+..+... +.
T Consensus 296 ~~~~~~~~~~~-----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 370 (491)
T 4gc0_A 296 VLYYAPEVFKT-----LGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGI 370 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH-----SSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHH
T ss_pred HHhcchHHHHh-----cCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchH
Confidence 33445666666 677777777777788889999999999999999999999999988888877665532 12
Q ss_pred HHHH-HHHHHHhccccccccchhhhhhcccCCCcchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhh----------hhHHHHHHHH
Q psy3209 211 YWLF-TSRLLSGIGKGVGFTVVPMYIAEITDKEIRGTLSTMFTGHLYGGILFSLCVGPYI----------QYQTLNIILG 279 (567)
Q Consensus 211 ~~l~-~~R~l~G~~~g~~~~~~~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~l----------~wr~~f~~~~ 279 (567)
..++ +.-+..+++.+ ..+....+.+|.+|.+.|++++++......+|.++++.+.+.+ ++.+.|++.+
T Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~ 449 (491)
T 4gc0_A 371 VALLSMLFYVAAFAMS-WGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYG 449 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHTT-TTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhH-HHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHH
Confidence 2222 22222233322 3466778999999999999999999988888888877665543 3556777877
Q ss_pred HHHHH-HHHHhhcccCC
Q psy3209 280 VIPLV-FFITFMFIPET 295 (567)
Q Consensus 280 ~~~~~-~~~~~~~lpes 295 (567)
+++++ .++.++++|||
T Consensus 450 ~~~~~~~i~~~~~~PET 466 (491)
T 4gc0_A 450 CMGVLAALFMWKFVPET 466 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHCCCC
T ss_pred HHHHHHHHHHHheecCC
Confidence 77776 45667789998
No 10
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.32 E-value=3.6e-11 Score=123.64 Aligned_cols=159 Identities=16% Similarity=0.084 Sum_probs=125.2
Q ss_pred hHHHHHHhhhhhhhhc-----cC-C-chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhh-hcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 371 GVSTILSYASTTLPEH-----HG-L-IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDI-AGRKTLNMLSAFLSSGVMIVLAACFY 442 (567)
Q Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~~-----~~-~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr-~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 442 (567)
.++.+..+.+.++.+. .+ + .+.+.......++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.++..++.+++..
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--- 104 (491)
T 4aps_A 28 SYYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLAL--- 104 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS---
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---
Confidence 4566667777777764 33 3 456677788889999999999999999 89999999998888887776654
Q ss_pred hhhhhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhh--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHH
Q psy3209 443 WNFDYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNV--KSSAASIASIAFALASFLINKFYKIVQINFGLYYMFAFY 520 (567)
Q Consensus 443 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~g~~~~~~~~ 520 (567)
..+.+..++..++.+++.+... +...+++.|.+|+++ |+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.+..||++.|++.
T Consensus 105 -~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~ 182 (491)
T 4aps_A 105 -PFGASALFGSIILIIIGTGFLK-PNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLA 182 (491)
T ss_dssp -CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHH
T ss_pred -hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-chHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHH
Confidence 3355566666677777766544 444589999999888 888888899999999999999999999999999999988
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHh
Q psy3209 521 AICSGINVLFTFFF 534 (567)
Q Consensus 521 ~~~~~~~~~~~~~~ 534 (567)
++..+++.++..+.
T Consensus 183 ~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 183 AIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh
Confidence 77777666555444
No 11
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.30 E-value=6.5e-11 Score=119.68 Aligned_cols=159 Identities=8% Similarity=-0.073 Sum_probs=122.0
Q ss_pred hHHHHHHhhhhhhhhccCC-chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHH
Q psy3209 371 GVSTILSYASTTLPEHHGL-IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNMLSAFLSSGVMIVLAACFYWNFDYWV 449 (567)
Q Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 449 (567)
.........|.+.++.+.+ .+.+.......++.+++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.++..... ...+.+.
T Consensus 41 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~ 119 (438)
T 3o7q_A 41 ANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAA-EIMNYTL 119 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HTTCHHH
T ss_pred HHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc-ccccHHH
Confidence 3455566677766665544 5567788888899999999999999999999999999999888887764321 2345666
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-Hhhc----------------
Q psy3209 450 SYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIASIAFALASFLINKFYKIVQ-INFG---------------- 512 (567)
Q Consensus 450 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~-~~~g---------------- 512 (567)
.++..++.+++.+...... .+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..++|.+.+.+. +..+
T Consensus 120 l~~~~~l~G~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 198 (438)
T 3o7q_A 120 FLVGLFIIAAGLGCLETAA-NPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQDVLDKMSPEQLS 198 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHHHHHHSCHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHhhHHHhhhhH-HHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccCCcchhh
Confidence 6677777777777644444 589999999999999999999999999999999999988 4443
Q ss_pred ---------cchhhhHHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 513 ---------LYYMFAFYAICSGINVLFT 531 (567)
Q Consensus 513 ---------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 531 (567)
|++.|++.+++.++..++.
T Consensus 199 ~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (438)
T 3o7q_A 199 AYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLI 226 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6777777666665555443
No 12
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.24 E-value=1e-10 Score=121.34 Aligned_cols=157 Identities=12% Similarity=0.036 Sum_probs=120.6
Q ss_pred hHHHHHHhhhhhhhhccC-------C-chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhh-cchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 371 GVSTILSYASTTLPEHHG-------L-IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIA-GRKTLNMLSAFLSSGVMIVLAACF 441 (567)
Q Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~-g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 441 (567)
.++....+++.++.+..+ + .+.+.......++.+++.+++|+++||+ |||+.+..+.++..++.+++.+
T Consensus 27 ~~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 104 (524)
T 2xut_A 27 SFYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAI-- 104 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--
Confidence 345566777777765433 3 5567778888899999999999999999 9999999888888777766554
Q ss_pred Hhhh-hhHHHHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhh
Q psy3209 442 YWNF-DYWVSYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASI---ASIAFALASFLINKFYKIVQINFGLYYMF 517 (567)
Q Consensus 442 ~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~g~~~~~ 517 (567)
.. +.+..++..++.+++.+.. .+...+++.|.+|+++|+.+.++ .+...++|..++|.+.+.+.+..||+..|
T Consensus 105 --~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f 181 (524)
T 2xut_A 105 --FEHSVQGFYTGLFLIALGSGGI-KPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAF 181 (524)
T ss_dssp --TSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTT-HHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHH
T ss_pred --hcccHHHHHHHHHHHHHhcccc-chhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHH
Confidence 22 4555556666677776654 44445899999999999766665 88899999999999999999988999888
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHH
Q psy3209 518 AFYAICSGINVLFTF 532 (567)
Q Consensus 518 ~~~~~~~~~~~~~~~ 532 (567)
++.+++.+++.++.+
T Consensus 182 ~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 182 GIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 888777666655543
No 13
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.24 E-value=1.4e-11 Score=123.62 Aligned_cols=142 Identities=17% Similarity=0.201 Sum_probs=116.6
Q ss_pred ChhhHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhccccccccchhhh
Q psy3209 155 DAEKVSWVVATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRKNTLLLTSLVFLTSSLLTIFAQSSYWLFTSRLLSGIGKGVGFTVVPMY 234 (567)
Q Consensus 155 s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~~~~~l~~~R~l~G~~~g~~~~~~~~~ 234 (567)
+....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++.++.++.+++.++.++.++.+.+++..++.|++.+...+....+
T Consensus 257 ~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~ 336 (417)
T 2cfq_A 257 GTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKY 336 (417)
T ss_dssp HTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34566888888888999999999999999999999999999988888888888888888888888888877666777889
Q ss_pred hhcccCCCcchhHHHH-HHHHHHHHHHHHHHhhhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHH-HhhcccCCc
Q psy3209 235 IAEITDKEIRGTLSTM-FTGHLYGGILFSLCVGPYI----QYQTLNIILGVIPLVFFI-TFMFIPETP 296 (567)
Q Consensus 235 i~e~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~i~~~l~~~l----~wr~~f~~~~~~~~~~~~-~~~~lpesp 296 (567)
+.|.+|++.|+.+.++ ++....+|.+++|.+++.+ |++..|.+.++++++..+ .+++.||++
T Consensus 337 ~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 337 ITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 9999999999999888 4777788888888887765 688888888877776443 445567654
No 14
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.22 E-value=1.8e-11 Score=121.11 Aligned_cols=164 Identities=11% Similarity=0.124 Sum_probs=126.2
Q ss_pred hHHHHHHhhhhhhhhccCC-chhHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHhhhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHH
Q psy3209 371 GVSTILSYASTTLPEHHGL-IGRTECLIIFSVLLVVTNFACSPLVDIAGRKTLNMLSAFLSSGVMIVLAACFYWNFDYWV 449 (567)
Q Consensus 371 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 449 (567)
....+....|.+.++.+.+ .+.+.......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.+++... .+.+.
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~ 90 (375)
T 2gfp_A 15 AQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTT----SSLTV 90 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHH
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh----ccHHH
Confidence 3445555667666665544 455677778888999999999999999999999999888888887776652 24555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhccccchhhhhcccCCChhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHHHHHHHHHHH
Q psy3209 450 SYLFTSLFGITYSLGIGIIPTTLLSELFPTNVKSSAASIASIAFALASFLINKFYKIVQINFGLYYMFAFYAICSGINVL 529 (567)
Q Consensus 450 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~i~~~i~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~ 529 (567)
.++..++.+++.+. ..+...+++.|.+|+++|+.+.++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..+++.++..++..+
T Consensus 91 l~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 169 (375)
T 2gfp_A 91 LIAASAMQGMGTGV-GGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLLVLCAGVTF 169 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHh-hhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 55666666666665 34444589999999999999999999999999999999999998888998888888777776655
Q ss_pred HHHHhccCCC
Q psy3209 530 FTFFFIFETK 539 (567)
Q Consensus 530 ~~~~~~~~~~ 539 (567)
+..+..||++
T Consensus 170 ~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 170 SMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp CCCCSSCCCS
T ss_pred HHHHHCcccC
Confidence 4444555543
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=47.13 E-value=6.1 Score=19.75 Aligned_cols=14 Identities=43% Similarity=0.691 Sum_probs=11.1
Q ss_pred hhhhhhcccchhHH
Q psy3209 176 PSGYIMDKFGRKNT 189 (567)
Q Consensus 176 ~~g~l~dr~Grr~~ 189 (567)
++|.|..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 36788999999864
No 16
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=38.50 E-value=2.7e+02 Score=26.66 Aligned_cols=26 Identities=8% Similarity=-0.266 Sum_probs=13.5
Q ss_pred hhhhhcccCCCcchhHHHHHHHHHHH
Q psy3209 232 PMYIAEITDKEIRGTLSTMFTGHLYG 257 (567)
Q Consensus 232 ~~~i~e~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~ 257 (567)
.......+...++.+...+.+....+
T Consensus 146 ~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 171 (460)
T 3mkt_A 146 FQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLL 171 (460)
T ss_dssp HHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 33444555556666655555544333
No 17
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=21.09 E-value=1.7e+02 Score=24.75 Aligned_cols=24 Identities=13% Similarity=0.379 Sum_probs=18.9
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhhhhcccchh
Q psy3209 164 ATMDLGNILSPIPSGYIMDKFGRK 187 (567)
Q Consensus 164 s~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~Grr 187 (567)
.-|.+|+.+++.+.|++.||..++
T Consensus 100 gGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 100 GGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 457788888889999999987643
Done!