Query psy4866
Match_columns 537
No_of_seqs 497 out of 2491
Neff 11.0
Searched_HMMs 29240
Date Fri Aug 16 19:40:18 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy4866.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/pdb70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_pdb/4866hhsearch_pdb -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 4gc0_A D-xylose-proton symport 100.0 4.3E-48 1.5E-52 391.7 38.3 432 61-508 7-483 (491)
2 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 100.0 3.4E-38 1.2E-42 315.5 24.5 394 62-487 24-433 (451)
3 3o7q_A L-fucose-proton symport 100.0 7.1E-36 2.4E-40 297.5 33.5 359 68-480 28-425 (438)
4 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 100.0 3.9E-31 1.3E-35 267.2 28.1 386 98-492 48-476 (491)
5 2gfp_A EMRD, multidrug resista 100.0 1.2E-32 4.1E-37 268.2 13.6 351 69-472 3-361 (375)
6 2cfq_A Lactose permease; trans 100.0 6.4E-30 2.2E-34 252.1 4.3 366 82-492 23-404 (417)
7 2xut_A Proton/peptide symporte 100.0 2.7E-27 9.3E-32 241.1 22.6 400 85-492 31-507 (524)
8 1pw4_A Glycerol-3-phosphate tr 99.4 1.3E-12 4.4E-17 129.9 15.9 157 81-239 267-433 (451)
9 2cfq_A Lactose permease; trans 99.3 6.8E-12 2.3E-16 123.1 11.3 141 103-243 258-404 (417)
10 3o7q_A L-fucose-proton symport 99.3 4.8E-11 1.6E-15 118.0 17.1 162 313-484 38-226 (438)
11 4aps_A DI-OR tripeptide H+ sym 99.3 4.2E-11 1.4E-15 120.4 16.6 158 317-487 29-196 (491)
12 2gfp_A EMRD, multidrug resista 99.3 6E-12 2.1E-16 121.7 8.8 164 316-492 15-179 (375)
13 2xut_A Proton/peptide symporte 99.2 1.4E-10 5E-15 117.4 17.2 157 317-485 28-196 (524)
14 4gc0_A D-xylose-proton symport 99.1 2.5E-10 8.7E-15 114.6 13.3 154 85-242 296-466 (491)
15 2g9p_A Antimicrobial peptide l 57.1 4.9 0.00017 19.5 1.2 14 123-136 2-15 (26)
16 3mkt_A Multi antimicrobial ext 33.4 3.1E+02 0.011 25.8 26.2 35 173-207 140-174 (460)
17 2b6o_A Aquaporin-0, lens fiber 27.8 64 0.0022 28.3 4.5 32 465-496 199-230 (263)
18 4dve_A Biotin transporter BIOY 24.5 1.2E+02 0.004 25.2 5.2 25 110-134 99-123 (198)
No 1
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=100.00 E-value=4.3e-48 Score=391.66 Aligned_cols=432 Identities=21% Similarity=0.304 Sum_probs=345.2
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhccchhhHHhhhcCCCCCCC--------CCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhh
Q psy4866 61 LFLFSFLCVTACIAAFTTGMSFAWSAPVLEELLSKESPIPM--------SPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIG 132 (537)
Q Consensus 61 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~G 132 (537)
..+.|.++++++++.+++|||.+.++..+|.+.+ +++. +..+.|++.+++.+|..+|++++|+++||+|
T Consensus 7 ~~y~~~i~~~a~lg~~~~Gyd~~~i~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~s~~~~G~~iG~~~~G~laDr~G 83 (491)
T 4gc0_A 7 SSYIFSITLVATLGGLLFGYDTAVISGTVESLNT---VFVAPQNLSESAANSLLGFCVASALIGCIIGGALGGYCSNRFG 83 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTHHHHHH---HHTGGGCCCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTC
T ss_pred hHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HhcCCCCCCcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc
Confidence 3467888888899999999999999999998877 4432 2346789999999999999999999999999
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------HHhhHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCCcccchh
Q psy4866 133 RKWSLLMTGPITTASWIIAM------------------YSRSVLGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISETSIRGTI 194 (537)
Q Consensus 133 rr~~l~~~~~l~~~~~~~~~------------------~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~ 194 (537)
||++++++.+++.+++++++ +++|+++++++|+++|+|.|+..+....+++|+.|+++|++.
T Consensus 84 Rk~~l~~~~~l~~i~~i~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~a~~~~~l~~~R~l~G~g~G~~~~~~~~~i~E~~p~~~rg~~ 163 (491)
T 4gc0_A 84 RRDSLKIAAVLFFISGVGSAWPELGFTSINPDNTVPVYLAGYVPEFVIYRIIGGIGVGLASMLSPMYIAELAPAHIRGKL 163 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTTSCSSSSSSCCGGGGGCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhcchhHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhCCHHhhhhh
Confidence 99999999999999999998 588999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhHhHHHHHHHHHHHHHHhhh------------hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcccCChHHHHHhCCHHHHHHHHHhh
Q psy4866 195 GTLFQISCHLGILYTYVLGSE------------LSYMNYLTYSLIIPIIFTVTFMFMPESPYFYAIKNQEGKAIESLKWL 262 (537)
Q Consensus 195 ~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~------------~~wr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~esp~~l~~~~~~~~a~~~~~~~ 262 (537)
.++.+.+..+|.++++.++.. ..||+.+.+..+..++..+..+++||||+|+..+++.+++.+.+++.
T Consensus 164 ~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~peSp~~L~~~~~~~~a~~~l~~~ 243 (491)
T 4gc0_A 164 VSFNQFAIIFGQLLVYCVNYFIARSGDASWLNTDGWRYMFASECIPALLFLMLLYTVPESPRWLMSRGKQEQAEGILRKI 243 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCTTTTTTTHHHHHHHTTHHHHHHHHHHGGGSCCCHHHHHHTTCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHhhhhhhhhhhhhhhhcchhhccccccccccchhhHHHhhhhhhhhhhhhhhhhcCCCChHHHHHcCchhHHHHhHHHh
Confidence 999999999999998887754 25889999888888888888899999999999999999999998887
Q ss_pred cCCChhhHHHHHHHHHHhhhhcccccchHHhhccchHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhcCCCC-ChhHHH
Q psy4866 263 RNKTADQVQSELQIIKQNTSKNVERTNFREFMGRSNMKAFVFMAFLAVFRAFTGVQSIIAYANTIFASSETFL-PSDYIS 341 (537)
Q Consensus 263 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 341 (537)
..++..+ ++..+.++.....++.......+ ..++..+......+.++.+.+.+..|.+.+.+..+... ......
T Consensus 244 ~~~~~~~--~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 318 (491)
T 4gc0_A 244 MGNTLAT--QAVQEIKHSLDHGRKTGGRLLMF---GVGVIVIGVMLSIFQQFVGINVVLYYAPEVFKTLGASTDIALLQT 318 (491)
T ss_dssp HHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHS---CCTHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHSSCCHHHHHHHH
T ss_pred cCCchhH--HHHHHHHHHHHhhhhhhhHHHHh---cccHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHhcchHHHHhcCCCccchhhHH
Confidence 6543221 11111111111111111112222 22334555666667777788889999999888876653 233556
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhHhhhhcccCCcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccc
Q psy4866 342 ILFAIILLVSIFPSTYYIDRAGRRVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYYYVTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPL 421 (537)
Q Consensus 342 ~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 421 (537)
.+.++..+++.++++++.||+|||+.++.+.....++++.+....... ...+..++...++..++..++.++
T Consensus 319 ~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 390 (491)
T 4gc0_A 319 IIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQ--------APGIVALLSMLFYVAAFAMSWGPV 390 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT--------CCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcc--------cchHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHH
Confidence 677888999999999999999999999999888888877766543322 234455556666667777788888
Q ss_pred hhhhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------hhccchhhhHhhHHHHHHHHHHHhhccCCCCCC
Q psy4866 422 FTPLLSEYFSSNMKAVSCAVINILCTTLGLISYKLFFLMDK------HIGMYSNFLFGGVSSLVCTVYLYYFLLETKGKT 495 (537)
Q Consensus 422 ~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~------~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 495 (537)
.+.+.+|++|++.|+++.|+.+.++++++++++.+.+.+.+ ..+....|++++++++++.++.++++||||+|+
T Consensus 391 ~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~~i~~~~~~PETkg~t 470 (491)
T 4gc0_A 391 CWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCMGVLAALFMWKFVPETKGKT 470 (491)
T ss_dssp HHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTTCC
T ss_pred HHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHheecCCCCCC
Confidence 88999999999999999999999999999999888776643 345566788899999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhcCcc
Q psy4866 496 FNEIQYMFKYGKN 508 (537)
Q Consensus 496 ~~~~~~~~~~~~~ 508 (537)
+||+++.++++++
T Consensus 471 Leei~~~f~~~~~ 483 (491)
T 4gc0_A 471 LEELEALWEPETK 483 (491)
T ss_dssp HHHHGGGTC----
T ss_pred HHHHHHHhCCCCc
Confidence 9999887765443
No 2
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=100.00 E-value=3.4e-38 Score=315.50 Aligned_cols=394 Identities=11% Similarity=0.057 Sum_probs=292.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhccchhhHHhhhcCCCCCCCCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhHHHHHHH
Q psy4866 62 FLFSFLCVTACIAAFTTGMSFAWSAPVLEELLSKESPIPMSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIGRKWSLLMTG 141 (537)
Q Consensus 62 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~ 141 (537)
..++......+++.+..+++.....+.+|.+.+ ++ .+..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++.
T Consensus 24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~-~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~ 99 (451)
T 1pw4_A 24 RLRWQIFLGIFFGYAAYYLVRKNFALAMPYLVE---QG-FSRGDLGFALSGISIAYGFSKFIMGSVSDRSNPRVFLPAGL 99 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHTTS---ST-TCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---Hh-ccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHhcCchHHHHHHH
Confidence 345566677777888889999999999999999 89 99999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHHHHH----HhhHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCCcccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHhhh--
Q psy4866 142 PITTASWIIAMY----SRSVLGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISETSIRGTIGTLFQISCHLGILYTYVLGSE-- 215 (537)
Q Consensus 142 ~l~~~~~~~~~~----~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~-- 215 (537)
++.+++.+++++ ++|++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++...+..+|.++++.+++.
T Consensus 100 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~ 179 (451)
T 1pw4_A 100 ILAAAVMLFMGFVPWATSSIAVMFVLLFLCGWFQGMGWPPCGRTMVHWWSQKERGGIVSVWNCAHNVGGGIPPLLFLLGM 179 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHCHHHHSSSSHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHTTCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHhhhhccccHHHHHHHHHHHHHHhhhccchHHHHHHHHCCchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999988865
Q ss_pred --hh-HHHHHHHHHHHHHHHH-HHhhcccCChHHHHHhCCHHHHHHHHHhhcCCChhhHHHHHHHHHHhhhhcccccchH
Q psy4866 216 --LS-YMNYLTYSLIIPIIFT-VTFMFMPESPYFYAIKNQEGKAIESLKWLRNKTADQVQSELQIIKQNTSKNVERTNFR 291 (537)
Q Consensus 216 --~~-wr~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~esp~~l~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 291 (537)
.+ ||+.|++.+++.++.. +..+++||+|+....+.+.+ .. ++.+.+.++ ++..+....+...+
T Consensus 180 ~~~g~w~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-----------~~-~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 246 (451)
T 1pw4_A 180 AWFNDWHAALYMPAFCAILVALFAFAMMRDTPQSCGLPPIEE-----------YK-NDYPDDYNE-KAEQELTAKQIFMQ 246 (451)
T ss_dssp HHTCCSTTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSTTTCCCSCTT-----------TC-CC--------------CCTHHHHH
T ss_pred HHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccCCHhhcCCCChhh-----------hc-ccccccchh-hhhcccccccchHH
Confidence 47 9999999998877644 45567898875321111000 00 000000000 00000000011134
Q ss_pred HhhccchHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHh-cCCCC-ChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhccc--CCcHH
Q psy4866 292 EFMGRSNMKAFVFMAFLAVFRAFTGVQSIIAYANTIFAS-SETFL-PSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDRA--GRRVL 367 (537)
Q Consensus 292 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~--~~~~~ 367 (537)
+.++++..+. ..+..+........+..+.|.++++ .+.+. ..+....+..++.+++.++.+++.||+ ++|+.
T Consensus 247 ~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~ 322 (451)
T 1pw4_A 247 YVLPNKLLWY----IAIANVFVYLLRYGILDWSPTYLKEVKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGA 322 (451)
T ss_dssp HTSSCHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTBSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHH
T ss_pred HHHcCHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchh
Confidence 4454443332 2233333333466677888988877 45542 344677778889999999999999999 99988
Q ss_pred HHHhhHHHH-HHHHHHHHHHHhhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccccchhhHHHHHHH
Q psy4866 368 FLVSSAGCS-LFSFIAGLYYYVTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAVINILC 446 (537)
Q Consensus 368 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~ 446 (537)
+..+..+.. ++.+++.+. ...+.+...+..++.+.+.+. ..+....+..|.+|++.|+++.|+.+.+.
T Consensus 323 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~ 391 (451)
T 1pw4_A 323 TGVFFMTLVTIATIVYWMN----------PAGNPTVDMICMIVIGFLIYG-PVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFG 391 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHTTSC----------CTTCHHHHHHHHHHHHHHHTH-HHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHh----------cccCHHHHHHHHHHHHHHHhc-hHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHH
Confidence 877766655 443333221 011333344444445544443 33445588999999999999999999999
Q ss_pred HH-HHHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHhhHHHHHHHHHHHhh
Q psy4866 447 TT-LGLISYKLFFLMDKHIGMYSNFLFGGVSSLVCTVYLYYF 487 (537)
Q Consensus 447 ~~-g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 487 (537)
++ |.+++|.+.|.+.+..|+...|++.+++.+++.++.+..
T Consensus 392 ~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 392 YLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSILAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 99 999999999999999999888888888887777665443
No 3
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=100.00 E-value=7.1e-36 Score=297.49 Aligned_cols=359 Identities=12% Similarity=0.123 Sum_probs=276.6
Q ss_pred HHHHHHhhhhhhhhhccchhhHHhhhcCCCCCCCCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 68 CVTACIAAFTTGMSFAWSAPVLEELLSKESPIPMSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIGRKWSLLMTGPITTAS 147 (537)
Q Consensus 68 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~ 147 (537)
...+++..+..+++.....+.+|.+.+ ++|++..+.|++.+++.++..++.+++|+++||+|||++++++.++.+++
T Consensus 28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~ 104 (438)
T 3o7q_A 28 FALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQ---AFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALG 104 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHH---HcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344556677788888899999999999 99999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHH---HHHhhHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCCcccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHhhhhh-------
Q psy4866 148 WIIA---MYSRSVLGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISETSIRGTIGTLFQISCHLGILYTYVLGSELS------- 217 (537)
Q Consensus 148 ~~~~---~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~~~------- 217 (537)
.+++ +++++++.++++|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|.++++.+++.+.
T Consensus 105 ~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~ 184 (438)
T 3o7q_A 105 AALFWPAAEIMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQ 184 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCC
T ss_pred HHHHHhccccccHHHHHHHHHHHHhhHHHhhhhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccc
Confidence 9999 888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999987653
Q ss_pred -----------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc--ccCChHHHHHhCCHHHHHHHHHhhcCCChhhHHH
Q psy4866 218 -----------------------YMNYLTYSLIIPIIFTVTFMF--MPESPYFYAIKNQEGKAIESLKWLRNKTADQVQS 272 (537)
Q Consensus 218 -----------------------wr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~esp~~l~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~ 272 (537)
||+.|++.+++.++..+..++ .||+++. .+.+
T Consensus 185 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~-----------------~~~~------ 241 (438)
T 3o7q_A 185 SQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSD-----------------NHSD------ 241 (438)
T ss_dssp CHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTTT-----------------CCCC------
T ss_pred cccccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcCCccccc-----------------cccc------
Confidence 999998877776654443333 4665410 0000
Q ss_pred HHHHHHHhhhhcccccchHHhhccchHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHH-HHhc-CCCC-ChhHHHHHHHHHHH
Q psy4866 273 ELQIIKQNTSKNVERTNFREFMGRSNMKAFVFMAFLAVFRAFTGVQSIIAYANTI-FASS-ETFL-PSDYISILFAIILL 349 (537)
Q Consensus 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~~ 349 (537)
.++.+.+.+++++++++..+...+..++.. ........+.|.+ +++. +.+. ..+....+..++.+
T Consensus 242 --------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 309 (438)
T 3o7q_A 242 --------AKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYV----GAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANYLTGTMVCFF 309 (438)
T ss_dssp --------SSTTSHHHHHHHHTTCSHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred --------ccccchhhhHHHHHhChHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHhhhccCCcchhHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 001111344566666555444444333332 2355666788888 7766 5542 34567777888999
Q ss_pred HHhhhHhhhhcccCCcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhcccc
Q psy4866 350 VSIFPSTYYIDRAGRRVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYYYVTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEY 429 (537)
Q Consensus 350 ~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 429 (537)
++.++.+++.||++||+.+..+.++..++.+++... ......+...+.+.+.+.. .+..+++..|.
T Consensus 310 ~~~~~~g~l~~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-------------~~~~~~~~~~~~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~ 375 (438)
T 3o7q_A 310 IGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFA-------------GGHVGLIALTLCSAFMSIQ-YPTIFSLGIKN 375 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------CHHHHHHHHHHHHHHHTTH-HHHHHHHHHSS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc-------------CCcHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHhh
Confidence 999999999999999999988888777776655442 1222334445555555443 45666888899
Q ss_pred CCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc-cchhhhHhhHHHHHH
Q psy4866 430 FSSNMKAVSCAVINILCTTLGLISYKLFFLMDKHIG-MYSNFLFGGVSSLVC 480 (537)
Q Consensus 430 ~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g-~~~~~~~~~~~~~~~ 480 (537)
+|++ ++.+.++.. ...+|++++|.+.|.+.+..| +...|.+.+++.++.
T Consensus 376 ~~~~-~~~~~~~~~-~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~ 425 (438)
T 3o7q_A 376 LGQD-TKYGSSFIV-MTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPALCFAVI 425 (438)
T ss_dssp CGGG-HHHHHHHHH-HTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSGGGGHHHHHHHHHH
T ss_pred cccc-ccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 9977 888888877 678999999999999999999 887777655544443
No 4
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=100.00 E-value=3.9e-31 Score=267.24 Aligned_cols=386 Identities=12% Similarity=0.050 Sum_probs=247.7
Q ss_pred CCCCCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhh-hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHhHhhhhhh
Q psy4866 98 PIPMSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNR-IGRKWSLLMTGPITTASWIIAMYSRSVLGLYVMRTLQGFSMAAIYV 176 (537)
Q Consensus 98 ~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr-~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~ 176 (537)
|+|.+..+.+++.+++.++..++++++|+++|| +|||+++.++.++.+++.+++++++|++.++++|+++|++.+...+
T Consensus 48 ~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~ 127 (491)
T 4aps_A 48 DLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLALPFGASALFGSIILIIIGTGFLKP 127 (491)
T ss_dssp SCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 499999999999999999999999999999999 8999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred hhhhhhhccCCCcc--cchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc-cCCh----HH
Q psy4866 177 ISPMYLGEISETSI--RGTIGTLFQISCHLGILYTYVLGSE----LSYMNYLTYSLIIPIIFTVTFMFM-PESP----YF 245 (537)
Q Consensus 177 ~~~~~i~~~~~~~~--r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~----~~wr~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~esp----~~ 245 (537)
...+++.|++|+++ |+.++++++.+.++|..++|.+++. .+||+.|++.++..++..+..++. |+.. +.
T Consensus 128 ~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 207 (491)
T 4aps_A 128 NVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGYHVAFSLAAIGMFIGLLVYYFGGKKTLDPHYLR 207 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSCCSC
T ss_pred hHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCcccccccccC
Confidence 99999999999988 7778888899999999999888876 489999999877766655443322 2110 00
Q ss_pred HHHhCCHHHHHHHHHh----------------hcCCChhhHHHHHH-HHH---H----hhhhcccccchHHhhccchHHH
Q psy4866 246 YAIKNQEGKAIESLKW----------------LRNKTADQVQSELQ-IIK---Q----NTSKNVERTNFREFMGRSNMKA 301 (537)
Q Consensus 246 l~~~~~~~~a~~~~~~----------------~~~~~~~~~~~~~~-~~~---~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 301 (537)
...+.+.++.++..++ ..+..+.+...... ... . ....+..+....+..+......
T Consensus 208 ~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 287 (491)
T 4aps_A 208 PTDPLAPEEVKPLLVKVSLAVAGFIAIIVVMNLVGWNSLPAYINLLTIVAIAIPVFYFAWMISSVKVTSTEHLRVVSYIP 287 (491)
T ss_dssp CSCCCSHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CTTHHH
T ss_pred CCCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCcccccchhhhhHHHHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHH
Confidence 0001112222222211 11111101000000 000 0 0000000000000000111111
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhc-CCC-CChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcccCCcHHHH-----HhhHH
Q psy4866 302 FVFMAFLAVFRAFTGVQSIIAYANTIFASS-ETF-LPSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDRAGRRVLFL-----VSSAG 374 (537)
Q Consensus 302 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~-----~~~~~ 374 (537)
..+...+... .+.....+.+.+.++. +.+ ...+....+..+..+++.++.+++.||++||+... .+..+
T Consensus 288 ~~~~~~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~r~~~~~~~~~~~~~~ 363 (491)
T 4aps_A 288 LFIAAVLFWA----IEEQGSVVLATFAAERVDSSWFPVSWFQSLNPLFIMLYTPFFAWLWTAWKKNQPSSPTKFAVGLMF 363 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHH----HHGGGGTHHHHHHHHSCCCSSSCSGGGTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTC---CHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHH----HHhhccHHHHHHHHHHhccCccCHHHHhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCCchHHHHHHHHH
Confidence 1212222222 1233344555565553 333 34556667778888889999999999999986654 55555
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHhhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 375 CSLFSFIAGLYYYVTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAVINILCTTLGLISY 454 (537)
Q Consensus 375 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~ 454 (537)
.+++++++........ .+.+.+.+...+..++.+.+.+. ..+..+.++.|.+|++.|+++.|+.+...++|.++++
T Consensus 364 ~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~i~~ 439 (491)
T 4aps_A 364 AGLSFLLMAIPGALYG---TSGKVSPLWLVGSWALVILGEML-ISPVGLSVTTKLAPKAFNSQMMSMWFLSSSVGSALNA 439 (491)
T ss_dssp HHHHHTTTHHHHHHCC---CCTTCCTHHHHHHHHHHHHHHHT-TTTHHHHHHHHHTTTTCSSSSTHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhcC---CCCCccHHHHHHHHHHHHHHHHH-HhHHHHHHHHHhCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 5555554444221100 00112334444555555555544 3455678999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHHHhhccchhhhHhhHHHHHHHHHHHhhccCCC
Q psy4866 455 KLFFLMDKHIGMYSNFLFGGVSSLVCTVYLYYFLLETK 492 (537)
Q Consensus 455 ~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (537)
.+.+.+.+. ++...|.+.+++++++.++.+.+.++.+
T Consensus 440 ~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 476 (491)
T 4aps_A 440 QLVTLYNAK-SEVAYFSYFGLGSVVLGIVLVFLSKRIQ 476 (491)
T ss_dssp HHGGGGGGS-STTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHC-----
T ss_pred HHHHHHhcc-cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999887664 6677788888888877777666555443
No 5
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.98 E-value=1.2e-32 Score=268.22 Aligned_cols=351 Identities=13% Similarity=0.118 Sum_probs=261.0
Q ss_pred HHHHHhhhhhhhhhccchhhHHhhhcCCCCCCCCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 69 VTACIAAFTTGMSFAWSAPVLEELLSKESPIPMSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIGRKWSLLMTGPITTASW 148 (537)
Q Consensus 69 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~ 148 (537)
+.+++..+..+++.....+.+|.+.+ ++|.+..+.+++.+++.++..++.+++|+++||+|||++++++.++.+++.
T Consensus 3 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~ 79 (375)
T 2gfp_A 3 LMLVLLVAVGQMAQTIYIPAIADMAR---DLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLAT 79 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT---TSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhHHHHH---HcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHH
Confidence 44566677788888889999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999
Q ss_pred HHHHHHhhHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCCcccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHH
Q psy4866 149 IIAMYSRSVLGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISETSIRGTIGTLFQISCHLGILYTYVLGSE----LSYMNYLTY 224 (537)
Q Consensus 149 ~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~----~~wr~~~~~ 224 (537)
++.+++++++.+++.|+++|++.+...+...+++.|++|+++|++++++.+.+..+|..+++.+++. .+||+.|++
T Consensus 80 ~~~~~~~~~~~l~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~ 159 (375)
T 2gfp_A 80 LVAVTTSSLTVLIAASAMQGMGTGVGGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLF 159 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHH
Confidence 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999876 489999999
Q ss_pred HHHHHHHHHH-HhhcccCChHHHHHhCCHHHHHHHHHhhcCCChhhHHHHHHHHHHhhhhcccccchHHhhccchHHHHH
Q psy4866 225 SLIIPIIFTV-TFMFMPESPYFYAIKNQEGKAIESLKWLRNKTADQVQSELQIIKQNTSKNVERTNFREFMGRSNMKAFV 303 (537)
Q Consensus 225 ~~~~~~~~~~-~~~~~~esp~~l~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 303 (537)
.++..++..+ ..+++||+|+.. .++++.+.++++.++++..+...
T Consensus 160 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----------------------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 205 (375)
T 2gfp_A 160 LLVLCAGVTFSMARWMPETRPVD----------------------------------APRTRLLTSYKTLFGNSGFNCYL 205 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHCCCCCSSCCCSTTT----------------------------------CCCCCTTTCSTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHCcccCCCC----------------------------------cccccHHHHHHHHhcCcchHHHH
Confidence 8888877665 556678875210 00011133445555544433333
Q ss_pred HHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHh-cCCC-CChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcccCCcHHHHHhhHH-HHHHHH
Q psy4866 304 FMAFLAVFRAFTGVQSIIAYANTIFAS-SETF-LPSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDRAGRRVLFLVSSAG-CSLFSF 380 (537)
Q Consensus 304 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~ 380 (537)
+...+ ..........+.|.++++ .+.+ ...+.......++.+++.++.+++.||.+++ ...+... ...+..
T Consensus 206 ~~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~r~~~~--~~~~~~~~~~~~~~ 279 (375)
T 2gfp_A 206 LMLIG----GLAGIAAFEACSGVLMGAVLGLSSMTVSILFILPIPAAFFGAWFAGRPNKRFSTL--MWQSVICCLLAGLL 279 (375)
T ss_dssp HHHHH----HHHHHHHHHHHCSCSSHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTTTHHHHH--HHHHHHHHHHTSSS
T ss_pred HHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33222 223345556666666555 3333 1344666677888899999999999998872 2222222 222221
Q ss_pred HHHHHHHhhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 381 IAGLYYYVTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAVINILCTTLGLISYKLFFLM 460 (537)
Q Consensus 381 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 460 (537)
.+...... ..+.+.......+.+.+.+.. .+....+..|..| ++|+++.|+.+...++|.+++|.+.|.+
T Consensus 280 ~~~~~~~~--------~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~p-~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l 349 (375)
T 2gfp_A 280 MWIPDWFG--------VMNVWTLLVPAALFFFGAGML-FPLATSGAMEPFP-FLAGTAGALVGGLQNIGSGVLASLSAML 349 (375)
T ss_dssp SSHHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT-SSTTHHHHHTHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCTHH
T ss_pred HHHHhhhc--------cccHHHHHHHHHHHHHHHHHh-hHHHHHHHHHhCC-cccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 11111100 012333444555566665554 4555688999998 7899999999999999999999999999
Q ss_pred HHhhccchhhhH
Q psy4866 461 DKHIGMYSNFLF 472 (537)
Q Consensus 461 ~~~~g~~~~~~~ 472 (537)
.+..++...+.+
T Consensus 350 ~~~~~~~~~~~~ 361 (375)
T 2gfp_A 350 PQTGQGSLGLLM 361 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH
T ss_pred hcCCcccHHHHH
Confidence 887666654443
No 6
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.95 E-value=6.4e-30 Score=252.10 Aligned_cols=366 Identities=12% Similarity=0.054 Sum_probs=226.5
Q ss_pred hccchhhHHhhhcCCCCCCCCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHhhH-
Q psy4866 82 FAWSAPVLEELLSKESPIPMSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIGRKWSLLMTGPITTASWI---IAMYSRSV- 157 (537)
Q Consensus 82 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~---~~~~~~~~- 157 (537)
.+...+.+|.+.++ ++|+|..+.|++.+++.++..++++++|+++||+|||++++++..+++++.. ...+++..
T Consensus 23 ~~~~~~~~~~~l~~--~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~lsDr~Grr~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 100 (417)
T 2cfq_A 23 MGAYFPFFPIWLHD--INHISKSDTGIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQ 100 (417)
T ss_dssp HHHHTTTHHHHHHT--TTCCCTTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTCCHHHHHHHHTTSCHHHHHHHTHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHH--HhCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 34455667665442 6899999999999999999999999999999999999999998887755321 12233222
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCC--cccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHhhh---hhHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 158 LGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISET--SIRGTIGTLFQISCHLGILYTYVLGSE---LSYMNYLTYSLIIPIIF 232 (537)
Q Consensus 158 ~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~--~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~---~~wr~~~~~~~~~~~~~ 232 (537)
..++.++++.|++.+...+.....+.++.++ ++|+...+....+..+|..++|.+++. .+||+.|++.++..++.
T Consensus 101 ~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~l~~~l~~~~~~~~f~~~~~~~~~~ 180 (417)
T 2cfq_A 101 YNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALGASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALIL 180 (417)
T ss_dssp TTCCHHHHGGGSSTTHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHSSSTTTHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHTTTTTTTTTH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHhhhhcccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhchhHHHHHHHHHHHHH
Confidence 1234566666666655555555555555443 345666677666667777777777655 37999999877776555
Q ss_pred HHHhhccc-CChHHHHHhCCHHHHHHHHHhhcCCChhhHHHHHHHHHHhhhhcccccchHHhhccchHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 233 TVTFMFMP-ESPYFYAIKNQEGKAIESLKWLRNKTADQVQSELQIIKQNTSKNVERTNFREFMGRSNMKAFVFMAFLAVF 311 (537)
Q Consensus 233 ~~~~~~~~-esp~~l~~~~~~~~a~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 311 (537)
.+..++.+ |+|+. .+.+ +.. + ..+++.....++++++++..+...+.......
T Consensus 181 ~~~~~~~~~~~~~~----~~~~----------~~~--~----------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 234 (417)
T 2cfq_A 181 AVLLFFAKTDAPSS----ATVA----------NAV--G----------ANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSC 234 (417)
T ss_dssp HHHSCSSCCCCSCS----SCSS----------SSS--S----------SCCCCCCHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHcCcccccc----cccc----------ccc--c----------cccccccHHHHHHHhcCCchhhHHHHHHHHHH
Confidence 55555444 43210 0000 000 0 00000011223445554443333322221111
Q ss_pred HHhhhHHHHHHHHHHHHHhcCCC----C-ChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcccCCcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 312 RAFTGVQSIIAYANTIFASSETF----L-PSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDRAGRRVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYY 386 (537)
Q Consensus 312 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~----~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 386 (537)
.+.....+.|.++.+.... . ..+....+..++.+++.++.++++||++||+.+..+..+.++..+.+.+.
T Consensus 235 ----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~- 309 (417)
T 2cfq_A 235 ----TYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFA- 309 (417)
T ss_dssp ----HHHHHHHHHHHHHHHTSSSHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC-
T ss_pred ----HHHHHHHHHHHHHHHHHhccCCChhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Confidence 1223334456665443111 0 11244455567778899999999999999999887777766654444221
Q ss_pred HhhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccccchhhHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhc
Q psy4866 387 YVTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAVI-NILCTTLGLISYKLFFLMDKHIG 465 (537)
Q Consensus 387 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~-~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g 465 (537)
.+.+..++...+.+.+... ..+..+.+..|.+|++.||++.++. +...++|++++|.+.|.+.+..|
T Consensus 310 -----------~~~~~~~~~~~l~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g 377 (417)
T 2cfq_A 310 -----------TSALEVVILKTLHMFEVPF-LLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIG 377 (417)
T ss_dssp -----------CSHHHHHHHTTHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSH
T ss_pred -----------ccHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcC
Confidence 1222333333333333322 2233457899999999999999994 88888999999999999999888
Q ss_pred cchhhhHhhHHHHHHHHHHHhhccCCC
Q psy4866 466 MYSNFLFGGVSSLVCTVYLYYFLLETK 492 (537)
Q Consensus 466 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (537)
+...|.+.+++++++.++.+...++++
T Consensus 378 ~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 378 FQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 888888888888887776655555443
No 7
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.95 E-value=2.7e-27 Score=241.06 Aligned_cols=400 Identities=12% Similarity=0.057 Sum_probs=224.6
Q ss_pred chhhHH-hhhcCCCCCC------CCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhh-hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-
Q psy4866 85 SAPVLE-ELLSKESPIP------MSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRI-GRKWSLLMTGPITTASWIIAMYSR- 155 (537)
Q Consensus 85 ~~~~~~-~~~~~~~~~~------~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~-Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~- 155 (537)
..+.++ .+.+ ++| .+..+.+++.+++.++..++.+++|+++||+ |||+++.++.++.+++.+++++++
T Consensus 31 ~~~~l~~~l~~---~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 107 (524)
T 2xut_A 31 MRNILTPFLMT---ALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIFEH 107 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHH---SCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSS
T ss_pred HHHHHHHHHHH---HhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcc
Confidence 334444 4556 788 9999999999999999999999999999999 999999999999999999999999
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCCcccchhhhH---hHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHHHHHH
Q psy4866 156 SVLGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISETSIRGTIGTL---FQISCHLGILYTYVLGSE----LSYMNYLTYSLII 228 (537)
Q Consensus 156 ~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~---~~~~~~~G~~i~~~l~~~----~~wr~~~~~~~~~ 228 (537)
+++.++++|++.|++.+...+...+++.|++|+++|+++.+. ...+.++|.+++|.+++. .+||+.|++.+++
T Consensus 108 ~~~~~~~~~~l~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~g~~~~f~~~~~~ 187 (524)
T 2xut_A 108 SVQGFYTGLFLIALGSGGIKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNFGAAVAFGIPGVL 187 (524)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTSCHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHhccccchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccHHHHHHHHHHH
Confidence 999999999999999999999999999999999999877666 888999999999988765 3899999998888
Q ss_pred HHHHHHHhhcc-cCChHHHHHhCCHHHHHHHHH-hhcCCChh-hHHHHHHHHHHh-------------------------
Q psy4866 229 PIIFTVTFMFM-PESPYFYAIKNQEGKAIESLK-WLRNKTAD-QVQSELQIIKQN------------------------- 280 (537)
Q Consensus 229 ~~~~~~~~~~~-~esp~~l~~~~~~~~a~~~~~-~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~------------------------- 280 (537)
.++..+..++. ++.++-..++.+..+..+.+. ..++.... +......+....
T Consensus 188 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 267 (524)
T 2xut_A 188 MFVATVFFWLGRKRYIHMPPEPKDPHGFLPVIRSALLTKVEGKGNIGLVLALIGGVSAAYALVNIPTLGIVAGLCCAMVL 267 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHSSSSSCCCCC--------------------CTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTGGGTTTTCSSHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhcccccccCCCCccchhHHHHHHHHHhhhhcccCccchhhhhhhhhhhhhhhcccchhhhhhhhhhhhhh
Confidence 76655544432 211100000000001101000 01111100 000000000000
Q ss_pred hhhcccccchHH------------hhccchHHHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhcCCCC--ChhHHHHHHHH
Q psy4866 281 TSKNVERTNFRE------------FMGRSNMKAFVFMAFLAVFRAFTGVQSIIAYANTIFASSETFL--PSDYISILFAI 346 (537)
Q Consensus 281 ~~~~~~~~~~~~------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--~~~~~~~~~~~ 346 (537)
..+.+.+.++++ ..+++.............. .+..+.....+.+.+....+... ..........+
T Consensus 268 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 346 (524)
T 2xut_A 268 VMGFVGAGASLQLERARKSHPDAAVDGVRSVLRILVLFALVTP-FWSLFDQKASTWILQANDMVKPQWFEPAMMQALNPL 346 (524)
T ss_dssp HHHHHHTGGGTHHHHSCCSCCSSSSTTTTTHHHHHHHHTTSHH-HHTTTSSTTTHHHHHHHHSCCCSSSCHHHHHTTSGG
T ss_pred hhcccccchhhHHhhhhccccHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHhccchhhHHhHHhcCCCeeecHHHHHHHHHH
Confidence 000000011100 0001111111111111111 11111111112222222222211 23333333444
Q ss_pred HHHHHhhhHhhhh----cccCC----cHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhcc
Q psy4866 347 ILLVSIFPSTYYI----DRAGR----RVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYYYVTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGF 418 (537)
Q Consensus 347 ~~~~~~~~~g~l~----d~~~~----~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 418 (537)
+.+++.++.+++. +|.++ ++.+..+.++.+++++++........ .+...+.+..++..++.+.+.+. .
T Consensus 347 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~ 422 (524)
T 2xut_A 347 LVMLLIPFNNFVLYPAIERMGVKLTALRKMGAGIAITGLSWIVVGTIQLMMD---GGSALSIFWQILPYALLTFGEVL-V 422 (524)
T ss_dssp GHHHHGGGTTTC------------CCHHHHHTHHHHHHHHHHTTTTTTTTTT---TTCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHH-H
T ss_pred HHHHhHHHHHhhhHHHHHhcCCCCChHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhc---CCCCcCHHHHHHHHHHHHHHHHH-H
Confidence 5555555565553 44432 23455555555555444332100000 00012333444445555555544 3
Q ss_pred ccchhhhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh----------cc-chhhhHhhHHHHHHHHHHHhh
Q psy4866 419 GPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAVINILCTTLGLISYKLFFLMDKHI----------GM-YSNFLFGGVSSLVCTVYLYYF 487 (537)
Q Consensus 419 ~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~----------g~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 487 (537)
.+....+..|..|++.||+++|+.+...++|.+++|.+.+.+.+.. +. ...|++.+++++++.++.+++
T Consensus 423 ~~~~~~~~~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~g~~~g~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 502 (524)
T 2xut_A 423 SATGLEFAYSQAPKAMKGTIMSFWTLSVTVGNLWVLLANVSVKSPTVTEQIVQTGMSVTAFQMFFFAGFAILAAIVFALY 502 (524)
T ss_dssp HHHHTTTHHHHCCTTCCTTTHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHTTSCHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--
T ss_pred HHHHHHHHHHhCcHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 4556688999999999999999999999999999999999887632 11 122666666666666655555
Q ss_pred ccCCC
Q psy4866 488 LLETK 492 (537)
Q Consensus 488 ~~~~~ 492 (537)
.++.+
T Consensus 503 ~~~~~ 507 (524)
T 2xut_A 503 ARSYQ 507 (524)
T ss_dssp -----
T ss_pred HHHhc
Confidence 44443
No 8
>1pw4_A Glycerol-3-phosphate transporter; transmembrane, inner membrane, major facilitator superfamily, secondary active membrane transporter; 3.30A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.1
Probab=99.44 E-value=1.3e-12 Score=129.86 Aligned_cols=157 Identities=10% Similarity=0.040 Sum_probs=131.2
Q ss_pred hhccchhhHHhhhcCCCCCCCCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhh--hhhHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH--h
Q psy4866 81 SFAWSAPVLEELLSKESPIPMSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRI--GRKWSLLMTGPITT-ASWIIAMYS--R 155 (537)
Q Consensus 81 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~--Grr~~l~~~~~l~~-~~~~~~~~~--~ 155 (537)
........+|.+.++ .+|.+..+.+++.+...++..++.++.|++.||+ |||+.+.++.++.. ++.++..+. .
T Consensus 267 ~~~~~~~~~~~~~~~--~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 344 (451)
T 1pw4_A 267 LRYGILDWSPTYLKE--VKHFALDKSSWAYFLYEYAGIPGTLLCGWMSDKVFRGNRGATGVFFMTLVTIATIVYWMNPAG 344 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHBTT--BSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCTT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHH--hcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 333455667777772 3899999999999999999999999999999999 99999888877766 666666665 3
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCCcccchhhhHhHHHHHH-HHHHHHHHhhhh----hHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 156 SVLGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISETSIRGTIGTLFQISCHL-GILYTYVLGSEL----SYMNYLTYSLIIPI 230 (537)
Q Consensus 156 ~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~-G~~i~~~l~~~~----~wr~~~~~~~~~~~ 230 (537)
+.+.+.+.-++.|++.+...+....++.|.+|+++|+++.++.+....+ |..+++.+.+.+ +|+..|++.+++.+
T Consensus 345 ~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~~~~~ 424 (451)
T 1pw4_A 345 NPTVDMICMIVIGFLIYGPVMLIGLHALELAPKKAAGTAAGFTGLFGYLGGSVAASAIVGYTVDFFGWDGGFMVMIGGSI 424 (451)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSHHHHHHHHHHHH
T ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHhchHHHHHHHHHHHhchhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHH
Confidence 6778888899999999999998899999999999999999999999999 999999887663 78999999888877
Q ss_pred HHHHHhhcc
Q psy4866 231 IFTVTFMFM 239 (537)
Q Consensus 231 ~~~~~~~~~ 239 (537)
+..+..+++
T Consensus 425 ~~~~~~~~~ 433 (451)
T 1pw4_A 425 LAVILLIVV 433 (451)
T ss_dssp HHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHH
Confidence 766555543
No 9
>2cfq_A Lactose permease; transport, transport mechanism, lactose/H+ symport, sugar transport, transmembrane, formylation; 2.95A {Escherichia coli} SCOP: f.38.1.2 PDB: 1pv7_A* 1pv6_A 2cfp_A 2v8n_A 2y5y_A*
Probab=99.31 E-value=6.8e-12 Score=123.13 Aligned_cols=141 Identities=21% Similarity=0.284 Sum_probs=116.0
Q ss_pred CChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHhHhhhhhhhhhhhh
Q psy4866 103 PNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIGRKWSLLMTGPITTASWIIAMYSRSVLGLYVMRTLQGFSMAAIYVISPMYL 182 (537)
Q Consensus 103 ~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i 182 (537)
....+++.++..++..++.++.|+++||+|||+++..+.++.+++.++.++.++.+.+++..++.|++.+...+....++
T Consensus 258 ~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~ 337 (417)
T 2cfq_A 258 TRVFGYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYI 337 (417)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 45568888888889999999999999999999999999988888877777778888888888888988777777788899
Q ss_pred hccCCCcccchhhhH-hHHHHHHHHHHHHHHhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHH-hhcccCCh
Q psy4866 183 GEISETSIRGTIGTL-FQISCHLGILYTYVLGSE----LSYMNYLTYSLIIPIIFTVT-FMFMPESP 243 (537)
Q Consensus 183 ~~~~~~~~r~~~~~~-~~~~~~~G~~i~~~l~~~----~~wr~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~esp 243 (537)
.|.+|++.|+.+.++ ++.+..+|.+++|.+++. .+++..|.+.+++.++..+. +++.||.+
T Consensus 338 ~~~~p~~~~g~~~g~~~~~~~~lg~~~gp~l~G~l~~~~g~~~~f~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 404 (417)
T 2cfq_A 338 TSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPG 404 (417)
T ss_dssp HHHSCHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHHHHTHHHHTHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSCCSC
T ss_pred HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhhHHHHHHhcCcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhcCCC
Confidence 999999999999888 477778888888887765 36788888888877765544 44456553
No 10
>3o7q_A L-fucose-proton symporter; transporter, multi-PASS membrane protei transport protein; HET: BNG; 3.14A {Escherichia coli} PDB: 3o7p_A*
Probab=99.30 E-value=4.8e-11 Score=117.99 Aligned_cols=162 Identities=4% Similarity=-0.082 Sum_probs=122.9
Q ss_pred HhhhHHHHHHHHHHHHHhcCCCC-ChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcccCCcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhc
Q psy4866 313 AFTGVQSIIAYANTIFASSETFL-PSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDRAGRRVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYYYVTIE 391 (537)
Q Consensus 313 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 391 (537)
............|.+.++.+.+. +.++......++..++.++.|+++||+|||+.+..+.++.+++.++......
T Consensus 38 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~G~l~dr~g~r~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 113 (438)
T 3o7q_A 38 WAVANNLNDILLPQFQQAFTLTNFQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAE---- 113 (438)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----
T ss_pred HHHHHHhHHHHHHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc----
Confidence 33334566677788878877764 3457778888999999999999999999999999999998888877732211
Q ss_pred cccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-Hhhc-----
Q psy4866 392 LQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAVINILCTTLGLISYKLFFLMD-KHIG----- 465 (537)
Q Consensus 392 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~-~~~g----- 465 (537)
..+.+..++..++.+.+.+... +...+++.|.+|+++|+.++++.+....+|..++|.+.+.+. +..+
T Consensus 114 -----~~~~~~l~~~~~l~G~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~~~~~~~~ 187 (438)
T 3o7q_A 114 -----IMNYTLFLVGLFIIAAGLGCLE-TAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSNVPHQSQD 187 (438)
T ss_dssp -----TTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHSSCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHTSSCCCCHH
T ss_pred -----cccHHHHHHHHHHHHhhHHHhh-hhHHHHHHHHcCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccccccc
Confidence 1344555666666666666544 445699999999999999999999999999999999999998 4444
Q ss_pred --------------------cchhhhHhhHHHHHHHHHH
Q psy4866 466 --------------------MYSNFLFGGVSSLVCTVYL 484 (537)
Q Consensus 466 --------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 484 (537)
|++.|++.+++.++..++.
T Consensus 188 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~w~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 226 (438)
T 3o7q_A 188 VLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLI 226 (438)
T ss_dssp HHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ccccCCcchhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 6777776666665555443
No 11
>4aps_A DI-OR tripeptide H+ symporter; transport protein, peptide transport, major facilitator SUPE transporter, MFS; 3.30A {Streptococcus thermophilus}
Probab=99.30 E-value=4.2e-11 Score=120.36 Aligned_cols=158 Identities=13% Similarity=0.108 Sum_probs=121.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHh------cCCCC-ChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcc-cCCcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHh
Q psy4866 317 VQSIIAYANTIFAS------SETFL-PSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDR-AGRRVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYYYV 388 (537)
Q Consensus 317 ~~~~~~~~~~~~~~------~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 388 (537)
++....+++.++.+ .+.+. ..++......++..++.++.|+++|| +|||+.+..+.++..++.+++.+
T Consensus 29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~---- 104 (491)
T 4aps_A 29 YYGMRAILLYYMWFLISTGDLHITRATAASIMAIYASMVYLSGTIGGFVADRIIGARPAVFWGGVLIMLGHIVLAL---- 104 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHS----
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHhccchhhcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----
Confidence 45555666666655 45442 34577788889999999999999999 89999999999888888776654
Q ss_pred hhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccc--cchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcc
Q psy4866 389 TIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNM--KAVSCAVINILCTTLGLISYKLFFLMDKHIGM 466 (537)
Q Consensus 389 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~--~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~ 466 (537)
..+.+..++..++.+.+.+.. .+...+++.|.+|++. |+.+.++.+...++|..++|.+.+.+.+..||
T Consensus 105 --------~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~g~ 175 (491)
T 4aps_A 105 --------PFGASALFGSIILIIIGTGFL-KPNVSTLVGTLYDEHDRRRDAGFSIFVFGINLGAFIAPLIVGAAQEAAGY 175 (491)
T ss_dssp --------CCSTTHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHSSSCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCH
T ss_pred --------hhhHHHHHHHHHHHHHHHHhc-cchHHHHHHHHcCcccccceeeehHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhH
Confidence 234455555666666665554 3556689999999988 77788889999999999999999999999999
Q ss_pred chhhhHhhHHHHHHHHHHHhh
Q psy4866 467 YSNFLFGGVSSLVCTVYLYYF 487 (537)
Q Consensus 467 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 487 (537)
+..|++.++..+++.++.+..
T Consensus 176 ~~~f~~~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (491)
T 4aps_A 176 HVAFSLAAIGMFIGLLVYYFG 196 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh
Confidence 999988877777666655443
No 12
>2gfp_A EMRD, multidrug resistance protein D; membrane protein, multidrug transporter; 3.50A {Escherichia coli}
Probab=99.28 E-value=6e-12 Score=121.74 Aligned_cols=164 Identities=16% Similarity=0.069 Sum_probs=125.6
Q ss_pred hHHHHHHHHHHHHHhcCCCC-ChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhcccCCcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhcccc
Q psy4866 316 GVQSIIAYANTIFASSETFL-PSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDRAGRRVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYYYVTIELQY 394 (537)
Q Consensus 316 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 394 (537)
.........|.+.++.+.+. ..+.......++..++.++.|+++||+|||+.+..+..+..++.++....
T Consensus 15 ~~~~~~~~~~~~~~~~g~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~dr~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~--------- 85 (375)
T 2gfp_A 15 AQTIYIPAIADMARDLNVREGAVQSVMGAYLLTYGVSQLFYGPISDRVGRRPVILVGMSIFMLATLVAVTT--------- 85 (375)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHTTSSSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH---------
T ss_pred HHHHHhhhhHHHHHHcCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCchhHHHHHHHHHHHHHHHHHh---------
Confidence 34555666677777766653 34477778889999999999999999999999999998888888777653
Q ss_pred CCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchhhhHhh
Q psy4866 395 EIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAVINILCTTLGLISYKLFFLMDKHIGMYSNFLFGG 474 (537)
Q Consensus 395 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~g~~~~~~~~~ 474 (537)
++.+..++..++.+.+.+. ..+....++.|.+|+++|++++++.+....+|..++|.+.+.+.+..||+..+.+.+
T Consensus 86 ---~~~~~l~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 161 (375)
T 2gfp_A 86 ---SSLTVLIAASAMQGMGTGV-GGVMARTLPRDLYERTQLRHANSLLNMGILVSPLLAPLIGGLLDTMWNWRACYLFLL 161 (375)
T ss_dssp ---HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHTSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHH
T ss_pred ---ccHHHHHHHHHHHHHHHHh-hhhhHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHhccHHHHHHHHH
Confidence 2334444555555555544 345566899999999999999999999999999999999999988889998888877
Q ss_pred HHHHHHHHHHHhhccCCC
Q psy4866 475 VSSLVCTVYLYYFLLETK 492 (537)
Q Consensus 475 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 492 (537)
++.++..+......||++
T Consensus 162 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 179 (375)
T 2gfp_A 162 VLCAGVTFSMARWMPETR 179 (375)
T ss_dssp HHHHHHHCCCCCSSCCCS
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHCcccC
Confidence 777766654445555543
No 13
>2xut_A Proton/peptide symporter family protein; transport protein, membrane protein, major facilitator super transporter; 3.62A {Shewanella oneidensis}
Probab=99.24 E-value=1.4e-10 Score=117.45 Aligned_cols=157 Identities=13% Similarity=0.105 Sum_probs=118.7
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHh-cC------CC-CChhHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhccc-CCcHHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy4866 317 VQSIIAYANTIFAS-SE------TF-LPSDYISILFAIILLVSIFPSTYYIDRA-GRRVLFLVSSAGCSLFSFIAGLYYY 387 (537)
Q Consensus 317 ~~~~~~~~~~~~~~-~~------~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~g~l~d~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 387 (537)
++....+++.++.+ .+ .+ ...+.......++..++.++.|+++||+ |||+.+..+.++.+++.+++.+.
T Consensus 28 ~~~~~~~l~~~l~~~~~~~~~~~~s~~~~g~~~~~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~~g~r~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-- 105 (524)
T 2xut_A 28 FYGMRNILTPFLMTALLLSIPEELRGAVAKDVFHSFVIGVYFFPLLGGWIADRFFGKYNTILWLSLIYCVGHAFLAIF-- 105 (524)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHSCSSCCSSSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT--
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHhccccccccCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh--
Confidence 44555666666654 45 44 3455778888899999999999999999 99999999988888887776652
Q ss_pred hhhccccCCcccchhhHHHHHHHHHHHhhccccchhhhccccCCccccchhhHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q psy4866 388 VTIELQYEIPYTSWVPFLSISLLGVFFNLGFGPLFTPLLSEYFSSNMKAVSCAV---INILCTTLGLISYKLFFLMDKHI 464 (537)
Q Consensus 388 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~p~~~~~~~~g~---~~~~~~~g~~~~~~~~g~l~~~~ 464 (537)
+.+.+..++..++.+.+.+. ..+...+++.|.+|+++|+++.+. .+...++|.+++|.+.+.+.+..
T Consensus 106 ---------~~~~~~~~~~~~l~g~~~~~-~~~~~~~~~~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~~~~g~~~g~~~~~~l~~~~ 175 (524)
T 2xut_A 106 ---------EHSVQGFYTGLFLIALGSGG-IKPLVSSFMGDQFDQSNKSLAQKAFDMFYFTINFGSFFASLSMPLLLKNF 175 (524)
T ss_dssp ---------SSCHHHHHHHHHHHHHHHHT-THHHHHHHHHHTCSTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTHHHHTS
T ss_pred ---------cccHHHHHHHHHHHHHhccc-cchhHHHHHHHHcCccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhccc
Confidence 11344445555555665554 345566899999999999876666 88899999999999999999988
Q ss_pred ccchhhhHhhHHHHHHHHHHH
Q psy4866 465 GMYSNFLFGGVSSLVCTVYLY 485 (537)
Q Consensus 465 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 485 (537)
||+..|.+.+++.+++.++.+
T Consensus 176 g~~~~f~~~~~~~~~~~~~~~ 196 (524)
T 2xut_A 176 GAAVAFGIPGVLMFVATVFFW 196 (524)
T ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 999888888777666655543
No 14
>4gc0_A D-xylose-proton symporter; MFS, transport protein; HET: 6BG BNG; 2.60A {Escherichia coli} PDB: 4gbz_A* 4gby_A*
Probab=99.14 E-value=2.5e-10 Score=114.62 Aligned_cols=154 Identities=14% Similarity=0.078 Sum_probs=109.7
Q ss_pred chhhHHhhhcCCCCCCCCCChhhHHHHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh-----hHHH
Q psy4866 85 SAPVLEELLSKESPIPMSPNEGSWVVAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIGRKWSLLMTGPITTASWIIAMYSR-----SVLG 159 (537)
Q Consensus 85 ~~~~~~~~~~~~~~~~~s~~~~~~~~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr~~l~~~~~l~~~~~~~~~~~~-----~~~~ 159 (537)
.....|.+.+ ..+.+............+...++.++.+++.||+|||+.++.+.....++.+..+... +...
T Consensus 296 ~~~~~~~~~~---~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~dr~Grr~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~ 372 (491)
T 4gc0_A 296 VLYYAPEVFK---TLGASTDIALLQTIIVGVINLTFTVLAIMTVDKFGRKPLQIIGALGMAIGMFSLGTAFYTQAPGIVA 372 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHH---HSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHH
T ss_pred HHhcchHHHH---hcCCCccchhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhcCcchhccchHHHHHHHHHHHHHHhcccchHHH
Confidence 3334566666 6677777777778888889999999999999999999999999888887776655432 1112
Q ss_pred HHH-HHHHHHhHhhhhhhhhhhhhhccCCCcccchhhhHhHHHHHHHHHHHHHHhhh----------hhHHHHHHHHHHH
Q psy4866 160 LYV-MRTLQGFSMAAIYVISPMYLGEISETSIRGTIGTLFQISCHLGILYTYVLGSE----------LSYMNYLTYSLII 228 (537)
Q Consensus 160 l~~-~r~l~G~~~~~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~i~~~l~~~----------~~wr~~~~~~~~~ 228 (537)
++. .-+..+++ ....+....+.+|.+|.+.|+.++++......+|.++++.+... .++.+.|++.+++
T Consensus 373 ~~~~~~~~~~~~-~~~~~~~~~~~~E~fPt~~R~~~~g~~~~~~~~~~~i~~~~~p~l~~~~~~~~~~~~~~~~~i~~~~ 451 (491)
T 4gc0_A 373 LLSMLFYVAAFA-MSWGPVCWVLLSEIFPNAIRGKALAIAVAAQWLANYFVSWTFPMMDKNSWLVAHFHNGFSYWIYGCM 451 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHH-TTTTHHHHHHHHHSSCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHCHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHH-hHHHHHHHHHHHHhCCHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhHHHHHHHHH
Confidence 222 22222222 23346677899999999999999999998888888887655433 2344567777777
Q ss_pred HHHHH-HHhhcccCC
Q psy4866 229 PIIFT-VTFMFMPES 242 (537)
Q Consensus 229 ~~~~~-~~~~~~~es 242 (537)
+++.. +.++++|||
T Consensus 452 ~~~~~i~~~~~~PET 466 (491)
T 4gc0_A 452 GVLAALFMWKFVPET 466 (491)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHCCCC
T ss_pred HHHHHHHHHheecCC
Confidence 76654 456779999
No 15
>2g9p_A Antimicrobial peptide latarcin 2A; helix-hinge-helix, antimicrobial protein; NMR {Synthetic}
Probab=57.08 E-value=4.9 Score=19.53 Aligned_cols=14 Identities=36% Similarity=0.508 Sum_probs=11.3
Q ss_pred hhHHhhhhhhhhHH
Q psy4866 123 PAGMLVNRIGRKWS 136 (537)
Q Consensus 123 ~~G~l~dr~Grr~~ 136 (537)
++|.+..+||||.+
T Consensus 2 lfgklikkfgrkai 15 (26)
T 2g9p_A 2 LFGKLIKKFGRKAI 15 (26)
T ss_dssp HHHHHHHHHTSHHH
T ss_pred cHHHHHHHHhHHHH
Confidence 46889999999864
No 16
>3mkt_A Multi antimicrobial extrusion protein (Na(+)/drug antiporter) MATE-like MDR efflux...; multidrug transporter, cation-bound, transport protein; 3.65A {Vibrio cholerae} PDB: 3mku_A
Probab=33.36 E-value=3.1e+02 Score=25.75 Aligned_cols=35 Identities=6% Similarity=-0.161 Sum_probs=18.2
Q ss_pred hhhhhhhhhhhccCCCcccchhhhHhHHHHHHHHH
Q psy4866 173 AIYVISPMYLGEISETSIRGTIGTLFQISCHLGIL 207 (537)
Q Consensus 173 ~~~~~~~~~i~~~~~~~~r~~~~~~~~~~~~~G~~ 207 (537)
.............+...+|.+...+......+-.+
T Consensus 140 ~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~i 174 (460)
T 3mkt_A 140 VPAYLLFQALRSFTDGMSLTKPAMVIGFIGLLLNI 174 (460)
T ss_dssp HHHHHHHHHHTTTTCTTSCCTTTHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHcCCcHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 33333444455566566666666665555444443
No 17
>2b6o_A Aquaporin-0, lens fiber major intrinsic protein; aquaporin-0 junctions, AQP0, lens MIP, lipid-protein interac membrane, lipid bilayer; HET: MC3; 1.90A {Ovis aries} SCOP: f.19.1.1 PDB: 1ymg_A* 2b6p_A 2c32_A 1sor_A 3m9i_A*
Probab=27.81 E-value=64 Score=28.27 Aligned_cols=32 Identities=25% Similarity=0.165 Sum_probs=14.1
Q ss_pred ccchhhhHhhHHHHHHHHHHHhhccCCCCCCH
Q psy4866 465 GMYSNFLFGGVSSLVCTVYLYYFLLETKGKTF 496 (537)
Q Consensus 465 g~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 496 (537)
.+.+.+++.-.+..+...+.+.++...+.+..
T Consensus 199 ~~~Wvy~vgP~~Ga~la~~~y~~l~~~~~~~~ 230 (263)
T 2b6o_A 199 TNHWVYWVGPVIGAGLGSLLYDFLLFPRLKSV 230 (263)
T ss_dssp TTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTSCCSSCH
T ss_pred cceeHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhCCccchh
Confidence 44555555444444444444444433333333
No 18
>4dve_A Biotin transporter BIOY; ECF-transport, ligand-binding domain, biotin binding, membra transport protein; HET: BTN BNG; 2.09A {Lactococcus lactis subsp}
Probab=24.47 E-value=1.2e+02 Score=25.20 Aligned_cols=25 Identities=12% Similarity=0.262 Sum_probs=19.9
Q ss_pred HHHHHHHHhhhhhhhHHhhhhhhhh
Q psy4866 110 VAIIEIGNYLSPIPAGMLVNRIGRK 134 (537)
Q Consensus 110 ~s~~~~~~~~~~~~~G~l~dr~Grr 134 (537)
+.-|.+|+.++..+.|++.||..++
T Consensus 99 TgGYLiGF~~aA~v~G~l~~~~~~~ 123 (198)
T 4dve_A 99 SGGYRIAWLFTPFLIGFFLKKLKIT 123 (198)
T ss_dssp THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTGG
T ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccc
Confidence 4567888888899999999987643
Done!