RPS-BLAST 2.2.26 [Sep-21-2011]

Database: CDD.v3.10 
           44,354 sequences; 10,937,602 total letters

Searching..................................................done

Query= psy688
         (267 letters)



>gnl|CDD|185268 PRK15370, PRK15370, E3 ubiquitin-protein ligase SlrP; Provisional.
          Length = 754

 Score = 42.8 bits (100), Expect = 1e-04
 Identities = 53/226 (23%), Positives = 99/226 (43%)

Query: 19  LPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYI 78
           L  I   +P  I +L    N L  + ++L   IK+L      L  I  +LP  I+ +   
Sbjct: 190 LTTIPACIPEQITTLILDNNELKSLPENLQGNIKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELS 249

Query: 79  IKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSL 138
           I  +  + + LP  ++SL      +  + ++LP  ++ L     S+  +   LP  I  L
Sbjct: 250 INRITELPERLPSALQSLDLFHNKISCLPENLPEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSGITHL 309

Query: 139 PYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYII 198
                SL  + ++LP  +K+L    N L  +  SLP  ++ L      +  + ++LP  I
Sbjct: 310 NVQSNSLTALPETLPPGLKTLEAGENALTSLPASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTI 369

Query: 199 KSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 244
            +L     +L  + ++LP  ++ +     +L  + +SLP+     P
Sbjct: 370 TTLDVSRNALTNLPENLPAALQIMQASRNNLVRLPESLPHFRGEGP 415



 Score = 41.2 bits (96), Expect = 4e-04
 Identities = 46/194 (23%), Positives = 86/194 (44%)

Query: 9   INTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSL 68
           I TL      L  I  +LP  I+ +   IN +  + + LP  ++SL      +  + ++L
Sbjct: 222 IKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELSINRITELPERLPSALQSLDLFHNKISCLPENL 281

Query: 69  PYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYII 128
           P  ++ L     S+  +   LP  I  L     SL  + ++LP  +K+L     +L  + 
Sbjct: 282 PEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSGITHLNVQSNSLTALPETLPPGLKTLEAGENALTSLP 341

Query: 129 KSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 188
            SLP  ++ L      +  + ++LP  I +L    N L  + ++LP  ++ +     +L 
Sbjct: 342 ASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTITTLDVSRNALTNLPENLPAALQIMQASRNNLV 401

Query: 189 YIIKSLPYIIKSLP 202
            + +SLP+     P
Sbjct: 402 RLPESLPHFRGEGP 415



 Score = 40.5 bits (94), Expect = 7e-04
 Identities = 50/208 (24%), Positives = 93/208 (44%), Gaps = 3/208 (1%)

Query: 51  IKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSL 110
           +KSLP   ++L   IK+L      L  I  +LP  I+ +   I  +  + + LP  ++SL
Sbjct: 211 LKSLP---ENLQGNIKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELSINRITELPERLPSALQSL 267

Query: 111 PYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYII 170
                 +  + ++LP  ++ L     S+  +   LP  I  L     SL  +  TLP  +
Sbjct: 268 DLFHNKISCLPENLPEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSGITHLNVQSNSLTALPETLPPGL 327

Query: 171 KSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 230
           K+L     +L  +  SLP  ++ L      +  + ++LP  I +L     +L  + ++LP
Sbjct: 328 KTLEAGENALTSLPASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTITTLDVSRNALTNLPENLP 387

Query: 231 YIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 258
             ++ +     +L  + +SLP+     P
Sbjct: 388 AALQIMQASRNNLVRLPESLPHFRGEGP 415



 Score = 40.5 bits (94), Expect = 8e-04
 Identities = 49/207 (23%), Positives = 91/207 (43%)

Query: 10  NTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 69
           N L  + ++L   IK+L      L  I  TLP  I+ +   I  +  + + LP  ++SL 
Sbjct: 209 NELKSLPENLQGNIKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELSINRITELPERLPSALQSLD 268

Query: 70  YIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIK 129
                +  + ++LP  ++ L     S+  +   LP  I  L     SL  + ++LP  +K
Sbjct: 269 LFHNKISCLPENLPEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSGITHLNVQSNSLTALPETLPPGLK 328

Query: 130 SLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPY 189
           +L     +L  +  SLP  ++ L      +  +  TLP  I +L     +L  + ++LP 
Sbjct: 329 TLEAGENALTSLPASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTITTLDVSRNALTNLPENLPA 388

Query: 190 IIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 216
            ++ +     +L  + +SLP+     P
Sbjct: 389 ALQIMQASRNNLVRLPESLPHFRGEGP 415



 Score = 40.1 bits (93), Expect = 0.001
 Identities = 48/202 (23%), Positives = 94/202 (46%), Gaps = 3/202 (1%)

Query: 58  IKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSL 117
           +KSLP   ++L   IK+L      L  I  +LP  I+ +   I  +  + + LP  ++SL
Sbjct: 211 LKSLP---ENLQGNIKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELSINRITELPERLPSALQSL 267

Query: 118 PYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYII 177
                 +  + ++LP  ++ L     S+  +   LP  I  L    N+L  + ++LP  +
Sbjct: 268 DLFHNKISCLPENLPEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSGITHLNVQSNSLTALPETLPPGL 327

Query: 178 KSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 237
           K+L     +L  +  SLP  ++ L      +  + ++LP  I +L     +L  + ++LP
Sbjct: 328 KTLEAGENALTSLPASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTITTLDVSRNALTNLPENLP 387

Query: 238 YIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPY 259
             ++ +     +L  + +SLP+
Sbjct: 388 AALQIMQASRNNLVRLPESLPH 409



 Score = 38.5 bits (89), Expect = 0.003
 Identities = 47/204 (23%), Positives = 88/204 (43%)

Query: 6   LSIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYII 65
            S+   L   IK+L      L  I  +LP  I  +   I  +  + + LP  ++SL    
Sbjct: 212 KSLPENLQGNIKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELSINRITELPERLPSALQSLDLFH 271

Query: 66  KSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 125
             +  + ++LP  ++ L     S+  +   LP  I  L     SL  + ++LP  +K+L 
Sbjct: 272 NKISCLPENLPEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSGITHLNVQSNSLTALPETLPPGLKTLE 331

Query: 126 YIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIK 185
               +L  +  SLP  ++ L      +  + ++LP  I TL     +L  + ++LP  ++
Sbjct: 332 AGENALTSLPASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTITTLDVSRNALTNLPENLPAALQ 391

Query: 186 SLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 209
            +     +L  + +SLP+     P
Sbjct: 392 IMQASRNNLVRLPESLPHFRGEGP 415



 Score = 36.6 bits (84), Expect = 0.012
 Identities = 44/184 (23%), Positives = 85/184 (46%), Gaps = 3/184 (1%)

Query: 79  IKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSL 138
           +KSLP   ++L   IK+L      L  I  +LP  I+ +   I  +  + + LP  ++SL
Sbjct: 211 LKSLP---ENLQGNIKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELSINRITELPERLPSALQSL 267

Query: 139 PYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIINTLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYII 198
                 +  + ++LP  ++ L    N++  +   LP  I  L     SL  + ++LP  +
Sbjct: 268 DLFHNKISCLPENLPEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSGITHLNVQSNSLTALPETLPPGL 327

Query: 199 KSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLPYIIKSLP 258
           K+L     +L  +  SLP  ++ L      +  + ++LP  I +L     +L  + ++LP
Sbjct: 328 KTLEAGENALTSLPASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTITTLDVSRNALTNLPENLP 387

Query: 259 YIIK 262
             ++
Sbjct: 388 AALQ 391


  Database: CDD.v3.10
    Posted date:  Mar 20, 2013  7:55 AM
  Number of letters in database: 10,937,602
  Number of sequences in database:  44,354
  
Lambda     K      H
   0.326    0.150    0.432 

Gapped
Lambda     K      H
   0.267   0.0760    0.140 


Matrix: BLOSUM62
Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
Number of Sequences: 44354
Number of Hits to DB: 14,465,018
Number of extensions: 1506909
Number of successful extensions: 2792
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 2478
Number of HSP's successfully gapped: 105
Length of query: 267
Length of database: 10,937,602
Length adjustment: 95
Effective length of query: 172
Effective length of database: 6,723,972
Effective search space: 1156523184
Effective search space used: 1156523184
Neighboring words threshold: 11
Window for multiple hits: 40
X1: 15 ( 7.1 bits)
X2: 38 (14.6 bits)
X3: 64 (24.7 bits)
S1: 40 (21.6 bits)
S2: 58 (26.1 bits)