Query psy8596
Match_columns 237
No_of_seqs 77 out of 79
Neff 6.0
Searched_HMMs 13730
Date Fri Aug 16 22:50:45 2013
Command hhsearch -i /work/01045/syshi/Psyhhblits/psy8596.a3m -d /work/01045/syshi/HHdatabase/scop70.hhm -o /work/01045/syshi/hhsearch_scop/8596hhsearch_scop -cpu 12 -v 0
No Hit Prob E-value P-value Score SS Cols Query HMM Template HMM
1 d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin 61.8 23 0.0017 24.9 13.2 43 127-169 87-129 (133)
2 d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) H 57.7 25 0.0018 24.0 16.0 51 167-217 120-170 (185)
3 d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) H 40.9 48 0.0035 22.4 17.1 11 167-177 134-144 (185)
4 d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin 40.4 49 0.0036 22.4 12.1 33 82-114 8-40 (107)
5 d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin 38.4 57 0.0042 22.6 10.6 36 125-160 92-127 (133)
6 d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Va 34.5 48 0.0035 20.6 7.0 22 165-186 6-27 (66)
7 d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Va 21.0 89 0.0065 19.2 6.3 23 98-120 6-28 (66)
8 d2efka1 a.238.1.4 (A:10-288) C 19.9 1.6E+02 0.012 21.7 18.9 132 91-228 64-195 (279)
9 d1i4da_ a.238.1.2 (A:) Arfapti 18.9 1.5E+02 0.011 20.8 17.8 148 89-236 6-162 (200)
10 d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Sery 16.0 1.5E+02 0.011 19.7 10.0 67 96-162 28-98 (110)
No 1
>d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin alpha subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=61.76 E-value=23 Score=24.92 Aligned_cols=43 Identities=7% Similarity=0.227 Sum_probs=24.1
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhHHHHHH
Q psy8596 127 SAELDRLQEKYDKTCADLRRAQAELRVVQADNERVRSEEKTMQ 169 (237)
Q Consensus 127 q~eL~~Lqek~ekl~~ELe~~q~~le~~q~~~~~~~~~~~~~q 169 (237)
.+=+.++..+.+.+...+..+...+..++.....+...++++.
T Consensus 87 ~eA~~~l~~ri~~l~~~~~~l~~~~~~~~~~i~~l~~~~~~l~ 129 (133)
T d1fxkc_ 87 EDAMESIKSQKNELESTLQKMGENLRAITDIMMKLSPQAEELL 129 (133)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3556666666666666666666665555555554444444443
No 2
>d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) Hypothetical protein MW0975 (SA0943) {Staphylococcus aureus [TaxId: 1280]}
Probab=57.70 E-value=25 Score=24.02 Aligned_cols=51 Identities=14% Similarity=0.142 Sum_probs=21.6
Q ss_pred HHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHhHh
Q psy8596 167 TMQEKVEKSQGEVYRLKAKLENTQGEMESMKEEYERTQGTLSRLLSERDKA 217 (237)
Q Consensus 167 ~~q~~le~~q~~~~~~~~~le~~q~~~~~~~~~~~~~q~~~~~~~~e~d~~ 217 (237)
.+...+.........+...+......+..+...+.........+....+.+
T Consensus 120 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~ 170 (185)
T d2ap3a1 120 DYAKAYKKAVNSEKTLFKYLNQNDATQQGVNEKSKAIEQNYKKLKEVSDKY 170 (185)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 333333444444444444444444444444444444444444444333333
No 3
>d2ap3a1 a.24.27.1 (A:12-196) Hypothetical protein MW0975 (SA0943) {Staphylococcus aureus [TaxId: 1280]}
Probab=40.90 E-value=48 Score=22.38 Aligned_cols=11 Identities=9% Similarity=0.253 Sum_probs=4.1
Q ss_pred HHHHHHHhhHH
Q psy8596 167 TMQEKVEKSQG 177 (237)
Q Consensus 167 ~~q~~le~~q~ 177 (237)
.+...+.....
T Consensus 134 ~~~~~~~~~~~ 144 (185)
T d2ap3a1 134 TLFKYLNQNDA 144 (185)
T ss_dssp HHHHHHTSTTC
T ss_pred HHHHHHHhhHh
Confidence 33333333333
No 4
>d1fxka_ a.2.5.1 (A:) Prefoldin beta subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=40.42 E-value=49 Score=22.43 Aligned_cols=33 Identities=12% Similarity=0.146 Sum_probs=16.0
Q ss_pred HHHhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q psy8596 82 NEVGRSGADWEAARQRLSRLELENERLKHELER 114 (237)
Q Consensus 82 ~E~~rleaele~~K~ei~qlEkEle~~qeel~e 114 (237)
..+..+..++..+...+..++..+..+..-+..
T Consensus 8 ~~~q~lq~el~~~~~q~~~le~q~~E~~~vl~e 40 (107)
T d1fxka_ 8 AQFQQLQQQAQAISVQKQTVEMQINETQKALEE 40 (107)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 344445555555555555555555444444443
No 5
>d1fxkc_ a.2.5.1 (C:) Prefoldin alpha subunit {Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId: 145262]}
Probab=38.44 E-value=57 Score=22.60 Aligned_cols=36 Identities=17% Similarity=0.236 Sum_probs=20.1
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHh
Q psy8596 125 STSAELDRLQEKYDKTCADLRRAQAELRVVQADNER 160 (237)
Q Consensus 125 ~~q~eL~~Lqek~ekl~~ELe~~q~~le~~q~~~~~ 160 (237)
++..+++.++...+.+..++......+..+....++
T Consensus 92 ~l~~ri~~l~~~~~~l~~~~~~~~~~i~~l~~~~~~ 127 (133)
T d1fxkc_ 92 SIKSQKNELESTLQKMGENLRAITDIMMKLSPQAEE 127 (133)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 555555555555555555555555555555555544
No 6
>d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Valyl-tRNA synthetase (ValRS) C-terminal domain {Thermus thermophilus [TaxId: 274]}
Probab=34.48 E-value=48 Score=20.56 Aligned_cols=22 Identities=14% Similarity=0.211 Sum_probs=10.9
Q ss_pred HHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHH
Q psy8596 165 EKTMQEKVEKSQGEVYRLKAKL 186 (237)
Q Consensus 165 ~~~~q~~le~~q~~~~~~~~~l 186 (237)
..+|..++++...++.++...|
T Consensus 6 ~~RL~K~l~kl~~~i~~~~~kL 27 (66)
T d1ivsa1 6 RRRQEKRLKELLALAERSQRKL 27 (66)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Confidence 3444455555555555555554
No 7
>d1ivsa1 a.2.7.3 (A:797-862) Valyl-tRNA synthetase (ValRS) C-terminal domain {Thermus thermophilus [TaxId: 274]}
Probab=21.04 E-value=89 Score=19.16 Aligned_cols=23 Identities=30% Similarity=0.203 Sum_probs=10.5
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh
Q psy8596 98 LSRLELENERLKHELERSQTTFG 120 (237)
Q Consensus 98 i~qlEkEle~~qeel~e~q~~i~ 120 (237)
+..+.+++..+...+..+...+.
T Consensus 6 ~~RL~K~l~kl~~~i~~~~~kL~ 28 (66)
T d1ivsa1 6 RRRQEKRLKELLALAERSQRKLA 28 (66)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
Confidence 33444444444444444444443
No 8
>d2efka1 a.238.1.4 (A:10-288) CDC42-interacting protein 4, CIP4 {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=19.93 E-value=1.6e+02 Score=21.73 Aligned_cols=132 Identities=13% Similarity=0.101 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhHHHHHHH
Q psy8596 91 WEAARQRLSRLELENERLKHELERSQTTFGRTTLSTSAELDRLQEKYDKTCADLRRAQAELRVVQADNERVRSEEKTMQE 170 (237)
Q Consensus 91 le~~K~ei~qlEkEle~~qeel~e~q~~i~~~e~~~q~eL~~Lqek~ekl~~ELe~~q~~le~~q~~~~~~~~~~~~~q~ 170 (237)
| ..-+...+.....+..-...+...+-. -+..-+.........+..+..++...+........+....+.....
T Consensus 64 ~---~~~~~~~~~~a~~~~~~~~~l~~~i~~---~l~~~~~~~~~~~k~~~~~~~~~~k~l~~~~~~~~k~k~~y~~~~~ 137 (279)
T d2efka1 64 F---VQILQEVNDFAGQRELVAENLSVRVCL---ELTKYSQEMKQERKMHFQEGRRAQQQLENGFKQLENSKRKFERDCR 137 (279)
T ss_dssp H---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred H---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred HHHhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHhHhHHHHHHHHHHH
Q psy8596 171 KVEKSQGEVYRLKAKLENTQGEMESMKEEYERTQGTLSRLLSERDKAVLEMDKSKEEL 228 (237)
Q Consensus 171 ~le~~q~~~~~~~~~le~~q~~~~~~~~~~~~~q~~~~~~~~e~d~~~~e~~~~~e~l 228 (237)
.++++...+.++......+..+++.+...+.++...+.....+.-.........+...
T Consensus 138 e~e~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~K~~~~~~~~~~~~~~~~~~y~~~l~~~n~~~~~~ 195 (279)
T d2efka1 138 EAEKAAQTAERLDQDINATKADVEKAKQQAHLRSHMAEESKNEYAAQLQRFNRDQAHF 195 (279)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHCTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHhhcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 9
>d1i4da_ a.238.1.2 (A:) Arfaptin, Rac-binding fragment {Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]}
Probab=18.89 E-value=1.5e+02 Score=20.81 Aligned_cols=148 Identities=9% Similarity=0.075 Sum_probs=0.0
Q ss_pred hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh---hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhhhH-
Q psy8596 89 ADWEAARQRLSRLELENERLKHELERSQTTFGRTTL---STSAELDRLQEKYDKTCADLRRAQAELRVVQADNERVRSE- 164 (237)
Q Consensus 89 aele~~K~ei~qlEkEle~~qeel~e~q~~i~~~e~---~~q~eL~~Lqek~ekl~~ELe~~q~~le~~q~~~~~~~~~- 164 (237)
++++.....+..+++.+..+-+.+..+...+..+-. .+..-+..+-.....+...+...-.-+..+....+...+.
T Consensus 6 ~e~e~~~~~l~~~~~~~~~l~k~~k~~~~~~~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 85 (200)
T d1i4da_ 6 LELELQIELLRETKRKYESVLQLGRALTAHLYSLLQTQHALGDAFADLSQKSPELQEEFGYNAETQKLLCKNGETLLGAV 85 (200)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Q ss_pred ---HHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHHhhhhhHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHH--HhHhHHHHHHHHHHHHHhhhhhc
Q psy8596 165 ---EKTMQEKVEKSQGEVYRLKAKLENTQGEMESMKEEYERTQGTLSRLLSE--RDKAVLEMDKSKEELERSQATLG 236 (237)
Q Consensus 165 ---~~~~q~~le~~q~~~~~~~~~le~~q~~~~~~~~~~~~~q~~~~~~~~e--~d~~~~e~~~~~e~le~~q~~~~ 236 (237)
+..+-.-+...-..+....++++++..+.++.+.++.+....-...+.. +..+..++...+.+.+..-..+.
T Consensus 86 ~~~~~~l~~~~~~~~~~~~~~~kk~~~~~~dyd~~~~k~~~~~~~~~~~~~~~kl~~ae~~~~~a~~~fe~~~~~~~ 162 (200)
T d1i4da_ 86 NFFVSSINTLVTKTMEDTLMTVKQYEAARLEYDAYRTDLEELSLGPRDAGTRGRLESAQATFQAHRDKYEKLRGDVA 162 (200)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHhhcccccchhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
No 10
>d1seta1 a.2.7.1 (A:1-110) Seryl-tRNA synthetase (SerRS) {Thermus thermophilus, strain hb27 [TaxId: 274]}
Probab=15.97 E-value=1.5e+02 Score=19.67 Aligned_cols=67 Identities=22% Similarity=0.234 Sum_probs=0.0
Q ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhh----hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHhhh
Q psy8596 96 QRLSRLELENERLKHELERSQTTFGRTTL----STSAELDRLQEKYDKTCADLRRAQAELRVVQADNERVR 162 (237)
Q Consensus 96 ~ei~qlEkEle~~qeel~e~q~~i~~~e~----~~q~eL~~Lqek~ekl~~ELe~~q~~le~~q~~~~~~~ 162 (237)
+.|..+..++...+..+..+.+..+.... ...+....+-.+...+..++..+...+..+..++..+.
T Consensus 28 d~i~~ld~~rr~l~~~~e~l~~~rN~~sk~i~k~~~~~~~~l~~~~k~lk~~i~~le~~~~~~~~~l~~~l 98 (110)
T d1seta1 28 EALLALDREVQELKKRLQEVQTERNQVAKRVPKAPPEEKEALIARGKALGEEAKRLEEALREKEARLEALL 98 (110)
T ss_dssp HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
T ss_pred HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhccchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Done!