No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=26.5

DSSP  lllllllllleellllllllleellllllLEELlEEHHHhHLEEEEHHHHHLLlllllll
Query nkyfenvskikyegpksnnpysfkfynpeEVIDgKTMEEhLRFSIAYWHTFTAdgtdqfg   60
ident                              |          |  |   |            
Sbjct ........tqleqawelakqrfaavgidvEEAL.RQLDR.LPVSMHCWQGDDV.....sg   45
DSSP  ........lhhhhhhhhhhhhhhhllllhHHHH.HHHLL.LLEEEEHHHHLLL.....ll


DSSP  llLLLLhhhhlllhhhhhhHHHHHHHHHHHHHL.....LLEEEEEHHHHLLllllhHHHH
Query kaTMQRpwnhytdpmdiakARVEAAFEFFDKIN.....APYFCFHDRDIAPegdtlRETN  115
ident                                             |               
Sbjct feNYPG...........kaRNASELRADLEQAMrlipgPKRLNLHAIYLES....dTPVS   90
DSSP  llLLLL...........llLLHHHHHHHHHHHHhllllLEEEEEEHHHLLL....lLLLL


DSSP  ..hhHHHHHHHHHHHHLLLLLEEeEEELLLLLLHHHLL.LLLLLLLHHHHHHHHHHHHHH
Query ..knLDTIVAMIKDYLKTSKTKVlWGTANLFSNPRFVH.GASTSCNADVFAYSAAQVKKA  172
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Sbjct rdqiKPEHFKNWVEWAKANQLGL.DFNPSCFSHPLSADgFTLSHADDSIRQFWIDHCKAS  149
DSSP  hhhlLHHHHHHHHHHHHHLLLEE.EEELLLLLLHHHLLlLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHLL.....LLEEEELLLlLEELLHhHLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhLLLL..
Query LEITKELG.....GENYVFWGGrEGYETLlNTDMEFELDNFARFLHMAVDYakeIGFE..  225
ident        |           |    |       |           |               
Sbjct RRVSAYFGeqlgtPSVMNIWIP.DGMKDI.TVDRLAPRQRLLAALDEVISE...KLNPah  204
DSSP  HHHHHHHHhhhllLEEEEELLL.LEELLL.LLLLHHHHHHHHHHHHHHLLL...LLLLll


DSSP  LEEEELLLLLLL..LLEELLLLhHHHHHHHHhlllLLLEEEEEEHHHHhHLLLLHHHHHH
Query GQFLIEPKPKEP..TKHQYDFDvANVLAFLRkydlDKYFKVNIEANHAtLAFHDFQHELR  283
ident      | |                                    | |             
Sbjct HIDAVESKLFGIgaESYTVGSN.EFYMGYAT....SRQTALCLDAGHF.HPTEVISDKIS  258
DSSP  EEEEEELLLLLLllLLEELLLH.HHHHHHHH....HHLLEEEEELLLL.LLLLLHHHHHH


DSSP  HHHHLLLEEEEELLLLLlllLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLEEELLLLLL
Query YARINGVLGSIDANTGDmllGWDTDQFPTDIRMTTLAMYEVIKMGGFDKGGLNFDAKVRR  343
ident  |                   || |        |     |      ||      |     
Sbjct AAMLYVPQLLLHVSRPV...RWDSDHVVLLDDETQAIASEIVRHDLFDRVHIGLDFFDAS  315
DSSP  HHLLLLLLEEEEELLLL...LLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHLLHHHLEEEEELLLLLL


DSSP  lllllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHLLHHHHHHHHHlhhhllhhhhhhhhllll
Query asfepEDLFLGHIAGMDAFAKGFKVAYKLvKDRVFDKFIEERyasykdgigadivsgkad  403
ident               |     |    |          |                       
Sbjct .....INRIAAWVIGTRNMKKALLRALLE.PTAELRKLEAPG..................  351
DSSP  .....LLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL.LHHHHHHHHLLL..................


DSSP  hhhhhhhhhhlllllllllLHHHHHHHHHHHHLL..........................
Query frslekyalersqivnksgRQELLESILNQYLFA..........................  437
ident                            |                                
Sbjct ...................DYTARLALLEEQKSLpwqavwemycqrhdtpagsewlesvr  392
DSSP  ...................LHHHHHHHHHHHLLLlhhhhhhhhhhhllllllllhhhhhh


DSSP  ..........
Query ..........  437
ident           
Sbjct ayekeilsrr  402
DSSP  hhhhhlllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.2

DSSP  .........................................lllllllllleelllllll
Query .........................................nkyfenvskikyegpksnn   19
ident                                                             
Sbjct tqleqawelakqrfaavgidveealrqldrlpvsmhcwqgddvsgfenypgkarnaselr   60
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhlllleeeehhhhlllllllllllllllhhhhh


DSSP  lleELLLLllleelleehhhHHLEEeEHHHHHllllllllllllllLHHHhlllhhHHHH
Query pysFKFYNpeevidgktmeeHLRFSiAYWHTFtadgtdqfgkatmqRPWNhytdpmDIAK   79
ident                       |                                     
Sbjct adlEQAMR........lipgPKRLN.LHAIYL.............eSDTP......VSRD   92
DSSP  hhhHHHHH........llllLEEEE.EEHHHL.............lLLLL......LLHH


DSSP  .hHHHHHHHHHHHHL...lLEEEEEHHH.......hlllllLHHHHHHHHHHHHHHHHH.
Query .aRVEAAFEFFDKIN...aPYFCFHDRD.......iapegdTLRETNKNLDTIVAMIKD.  127
ident     |                                                       
Sbjct qiKPEHFKNWVEWAKanqlGLDFNPSCFshplsadgftlshADDSIRQFWIDHCKASRRv  152
DSSP  hlLHHHHHHHHHHHHhlllEEEEELLLLllhhhllllllllLLHHHHHHHHHHHHHHHHh


DSSP  ..hhlLLLL.EEEEEELLLLllhHHLLlllllLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH....ll
Query ..ylkTSKT.KVLWGTANLFsnpRFVHgastsCNADVFAYSAAQVKKALEITKE....lg  180
ident                                    |  |          |   |      
Sbjct sayfgEQLGtPSVMNIWIPD...GMKD.....ITVDRLAPRQRLLAALDEVISEklnpah  204
DSSP  hhhhhHHHLlLEEEEELLLL...EELL.....LLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLLllllll


DSSP  LLEEEELLLlLEELlhhhllhhhhhhhhhHHHHHH.HHHHhhllllLEEEELL.LLLLll
Query GENYVFWGGrEGYEtllntdmefeldnfaRFLHMA.VDYAkeigfeGQFLIEP.KPKEpt  238
ident     |      |                  |                             
Sbjct HIDAVESKL.FGIG......aesytvgsnEFYMGYaTSRQ......TALCLDAgHFHP..  249
DSSP  EEEEEELLL.LLLL......llleelllhHHHHHHhHHHL......LEEEEELlLLLL..


DSSP  leellLLHHHHHHHHhhllLLLL.eEEEEEHhhHHHL....llLHHH.HHHHHHHLL...
Query khqydFDVANVLAFLrkydLDKY.fKVNIEAnhATLA....fhDFQH.ELRYARING...  289
ident                                                 |           
Sbjct ....tEVISDKISAA....MLYVpqLLLHVS..RPVRwdsdhvVLLDdETQAIASEIvrh  299
DSSP  ....lLLHHHHHHHH....LLLLllEEEEEL..LLLLllllllLLLLhHHHHHHHHHhhl


DSSP  ....leEEEELLLLLlllllllllLLLL.HHHHHHHHHHHHHLLlllllleeelllllll
Query ....vlGSIDANTGDmllgwdtdqFPTD.IRMTTLAMYEVIKMGgfdkgglnfdakvrra  344
ident                                 |                           
Sbjct dlfdrvHIGLDFFDA......sinRIAAwVIGTRNMKKALLRAL.......leptaelrk  346
DSSP  lhhhleEEEELLLLL......lllHHHHhHHHHHHHHHHHHHHH.......lllhhhhhh


DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHHLLhhhhhhhhhlhhhllhhhhhhhhllllh
Query sfepedlflghiagmdafakgfkvaYKLVKDRvfdkfieeryasykdgigadivsgkadf  404
ident                                |                            
Sbjct leapgdytarlalleeqkslpwqavWEMYCQR............................  378
DSSP  hhllllhhhhhhhhhhhllllhhhhHHHHHHH............................


DSSP  hhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhhHHLL................
Query rslekyalersqivnksgrqellesilnqYLFA................  437
ident                                                  
Sbjct .........................hdtpAGSEwlesvrayekeilsrr  402
DSSP  .........................llllLLLLhhhhhhhhhhhlllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.9

DSSP  ..................LLLLlllllleellllllllleellllllleelleehhhhhl
Query ..................NKYFenvskikyegpksnnpysfkfynpeevidgktmeehlr   42
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Sbjct tqleqawelakqrfaavgIDVE......................................   22
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhllLLHH......................................


DSSP  eeeehhhhhlllllllllllllllhhhhlllhhhhhhhhhhhhhHHHHhhllLEEEEEHH
Query fsiaywhtftadgtdqfgkatmqrpwnhytdpmdiakarveaafEFFDkinaPYFCFHDR  102
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Sbjct ..........................................eaLRQL..drLPVSMHCW   38
DSSP  ..........................................hhHHHH..llLLEEEEHH


DSSP  HH.........lllLLLHHHHHHHHHHHHHHHHhhhllllleeeeEELL.LLLL..hhhL
Query DI.........apeGDTLRETNKNLDTIVAMIKdylktsktkvlwGTAN.LFSN..prfV  150
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Sbjct QGddvsgfenypgkARNASELRADLEQAMRLIP.........gpkRLNLhAIYLesdtpV   89
DSSP  HHllllllllllllLLLHHHHHHHHHHHHHLLL.........lleEEEEeHHHLlllllL


DSSP  LLLlllllhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhlllleEEELLLlLEELLH..........hhLL
Query HGAstscnadvFAYSAAQVKKALEITKelggenYVFWGGrEGYETL..........lnTD  200
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Sbjct SRD.....qikPEHFKNWVEWAKANQL.....gLDFNPS.CFSHPLsadgftlshaddSI  138
DSSP  LHH.....hllHHHHHHHHHHHHHLLL.....eEEEELL.LLLLHHhllllllllllhHH


DSSP  HH...hhhhHHHHHHHHHHHHHHhllllLEEEELLLLL.......lllleellllhHHHH
Query ME...feldNFARFLHMAVDYAKeigfeGQFLIEPKPK.......eptkhqydfdvANVL  250
ident             |                                           |   
Sbjct RQfwidhckASRRVSAYFGEQLG.....TPSVMNIWIPdgmkditvdrlaprqrllAALD  193
DSSP  HHhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHL.....LLEEEEELLLleelllllllhhhhhhhhHHHH


DSSP  HHHHhLLLLLL.EEEEEEhhHHHH.......LLLLHHHHHHHHHHLLlEEEEELL.LLLL
Query AFLRkYDLDKY.FKVNIEanHATL.......AFHDFQHELRYARINGvLGSIDAN.TGDM  301
ident        |         |                       ||                 
Sbjct EVIS.EKLNPAhHIDAVE..SKLFgigaesyTVGSNEFYMGYATSRQ.TALCLDAgHFHP  249
DSSP  HHLL.LLLLLLlEEEEEE..LLLLlllllleELLLHHHHHHHHHHHL.LEEEEELlLLLL


DSSP  lllllllllLLLHhHHHHHHHHHhhllllllLLEEELLLLLL.lllllhhHHHHHHHHHH
Query llgwdtdqfPTDIrMTTLAMYEVikmggfdkGGLNFDAKVRR.asfepedLFLGHIAGMD  360
ident                   ||  |          |       |        |     |   
Sbjct .......teVISD.KISAAMLYV.......pQLLLHVSRPVRwdsdhvvlLDDETQAIAS  294
DSSP  .......llLHHH.HHHHHLLLL.......lLEEEEELLLLLllllllllLLHHHHHHHH


DSSP  ...............................hhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhlhhh
Query ...............................afakgfkvayklvkdrvfdkfieeryasy  389
ident                                                             
Sbjct eivrhdlfdrvhigldffdasinriaawvigtrnmkkallralleptaelrkleapgdyt  354
DSSP  hhhhllhhhleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhllllhh


DSSP  llhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhhhhll
Query kdgigadivsgkadfrslekyalersqivnksgrqellesilnqylfa  437
ident                                                 
Sbjct arlalleeqkslpwqavwemycqrhdtpagsewlesvrayekeilsrr  402
DSSP  hhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhllllllllhhhhhhhhhhhlllll


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.1

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct tqleqawelakqrfaavgidveealrqldrlpvsmhcwqgddvsgfenypgkarnaselr   60
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhlllleeeehhhhlllllllllllllllhhhhh


DSSP  ........lllllllllleellllllllleelllLLLLeelleEHHHH..hleeeehhhh
Query ........nkyfenvskikyegpksnnpysfkfyNPEEvidgkTMEEH..lrfsiaywht   50
ident                                    ||                       
Sbjct adleqamrlipgpkrlnlhaiylesdtpvsrdqiKPEH....fKNWVEwakanqlgldfn  116
DSSP  hhhhhhhhllllleeeeeehhhllllllllhhhlLHHH....hHHHHHhhhhllleeeee


DSSP  hlLLLLllllLLLLL...lhHHHL....................................
Query ftADGTdqfgKATMQ...rpWNHY....................................   71
ident                                                             
Sbjct psCFSH....PLSADgftlsHADDsirqfwidhckasrrvsayfgeqlgtpsvmniwipd  172
DSSP  llLLLL....HHHLLlllllLLLHhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeellll


DSSP  .........lLHHHHHHHHHHHHHHHHHhhllLEEEEEHH..hhllllllhhhHHHHHHH
Query .........tDPMDIAKARVEAAFEFFDkinaPYFCFHDR..diapegdtlreTNKNLDT  120
ident            |     |                                    |     
Sbjct gmkditvdrlAPRQRLLAALDEVISEKL.npaHHIDAVESklfgigaesytvgSNEFYMG  231
DSSP  eelllllllhHHHHHHHHHHHHHLLLLL.lllLEEEEEELllllllllleellLHHHHHH


DSSP  HHHHHHhhhllllleeeEEELLL.LLLHHHlllllllllhhhhhHHHHHHHHHHHHHHhl
Query IVAMIKdylktsktkvlWGTANL.FSNPRFvhgastscnadvfaYSAAQVKKALEITKel  179
ident                            |                        |       
Sbjct YATSRQ..........tALCLDAgHFHPTE..............VISDKISAAMLYVP..  265
DSSP  HHHHHL..........lEEEEELlLLLLLL..............LHHHHHHHHLLLLL..


DSSP  llleEEELLllLEELlhhhllhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhllLLLEEEELLLLLllll
Query ggenYVFWGgrEGYEtllntdmefeLDNFARFLHMAVDYAKeigFEGQFLIEPKPKeptk  239
ident                          ||                 |               
Sbjct ...qLLLHV.sRPVR..wdsdhvvlLDDETQAIASEIVRHD..lFDRVHIGLDFFD..as  315
DSSP  ...lEEEEE.lLLLL..llllllllLLHHHHHHHHHHHHLL..hHHLEEEEELLLL..ll


DSSP  eelllLHHHHHHHHHHLLL.................llleeeeeehhhhhhllllhhhhh
Query hqydfDVANVLAFLRKYDL.................dkyfkvnieanhatlafhdfqhel  282
ident                |  |                                         
Sbjct inriaAWVIGTRNMKKALLralleptaelrkleapgdytarlalleeqkslpwqavwemy  375
DSSP  llhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhlllhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhh


DSSP  hhhHHLL......leeeeellllLLLLllllllllllhhhhhhhhhhhhhllllllllee
Query ryaRING......vlgsidantgDMLLgwdtdqfptdirmttlamyevikmggfdkggln  336
ident                                                             
Sbjct cqrHDTPagsewlesvrayekeiLSRR.................................  402
DSSP  hhhLLLLllllhhhhhhhhhhhlLLLL.................................


DSSP  elllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhlhhhllhhhhh
Query fdakvrrasfepedlflghiagmdafakgfkvayklvkdrvfdkfieeryasykdgigad  396
ident                                                             
Sbjct ............................................................  402
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhllllhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhhhhll
Query ivsgkadfrslekyalersqivnksgrqellesilnqylfa  437
ident                                          
Sbjct .........................................  402
DSSP  .........................................