No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=19.9

DSSP  lllllhhHLEEEEHHhhllllllllllllllLLLHhhHHHHHHHHL.LLEEEEEhhhHLL
Query syqptpeDRFTFGLWtvgwqgrdpfgdatrpALDPveTVQRLAELG.AHGVTFHdddLIP   59
ident            |                                     ||      |  
Sbjct .......MKWGFRWY.............gaaGDAI..PLKHIRQIPgITGVVGT...LLN   35
DSSP  .......LEELLLLL.............lllLLLL..LHHHHLLLLlLLEEEEL...LLL


DSSP  LLllhhhHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEEE.LLLLllhhhllLLLLLLLHHhHHHHHHHH
Query FGssdteRESHIKRFRQALDATGMTVPMAT.TNLFthpvfkdGGFTANDRDvRRYALRKT  118
ident            |    |     |                       |     |       
Sbjct KLpgdvwTVAEIQALKQSVEQEGLALLGIEsVAIH.......DAIKAGTDQ.RDHYIDNY   87
DSSP  LLlllllLHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELlLLLL.......HHHHHLLLL.HHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHHLLLEEEELLllLEEL...................................
Query IRNIDLAVELGAKTYVAWGgrEGAE...................................  143
ident           |                                                 
Sbjct RQTLRNLGKCGISLVCYSF..KPIFgwaktdlayenedgslsllfdqavvenmqpedmyq  145
DSSP  HHHHHHHHHLLLLEEEELL..LLLLllllleeeeellllleeeeeehhhhhlllhhhhhh


DSSP  ..................llLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhLLLLEEEELLL..L
Query ..................sgAAKDVRVALDRMKEAFDLLGEYVTsqGYDIRFAIEPK..P  183
ident                     |                            |   | |   |
Sbjct lihsweeerlqqfqelkamyAGVTEEDLVENLRYFLERVIPVCE..EENIKMGIHPDdpP  203
DSSP  hlllllhhhhhhhhhhhhhlLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH..HHLLEEEELLLllL


DSSP  LLL.lLEELLLLHHHHHHHHLLLlLHHHEEELLLHHHHHLLL.LLHHHHHHHHHhlLLLL
Query NEP.rGDILLPTVGHALAFIERLeRPELYGVNPEVGHEQMAG.LNFPHGIAQALwaGKLF  241
ident  |                           |     |          |  |          
Sbjct WEIfgLPRITKNLADLKRILSLV.DSPANGITFCTGSLGADPtNDLPTMIREIG..HRIN  260
DSSP  LLLllLLLLLLLHHHHHHHHHHL.LLLLEELLEELLHHHHLLlLLHHHHHHHHH..HHLL


DSSP  LLEELLLLL...LLLLLlLLLL..LLLHhHHHHHHHHHHHHLLLLLEEELLLLLL.LLLH
Query HIDLNGQSG...IKYDQdLRFG..AGDLrAAFWLVDLLESAGYEGPRHFDFKPPR.TEDI  295
ident                         || |     |   |   ||||    |       |  
Sbjct FVHFRNVKYlgeHRFEE.TAHPsvAGSL.DMAELMQALVDVGYEGVIRPDHGRAIwDEKA  318
DSSP  LEEELLEEElllLEEEE.LLLLhhHLLL.LHHHHHHHHHHHLLLLEEEELLLLLLlLLLL


DSSP  H..hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhlhhhhhhhhhllhhhhllllllllhhhhhhlh
Query D..gVWASAAGCMRNYLILKERAAAFradpevqealrasrldelaqptaadgvqelladr  353
ident          |        | |   |                                   
Sbjct MpgyGLYDRAMGLTYIQGLYEATKAK..................................  344
DSSP  LlllLLHHHHHHHLHHHHHHHHHHLL..................................


DSSP  hhlllllhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhlll
Query tafedfdvdaaaargmaferldqlamdhllgar  386
ident                                  
Sbjct .................................  344
DSSP  .................................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.4

DSSP  lllllhhhleeeehhhhlllllllllllllllllhhhhhhhhhhhllLEEEEEH.HHHLl
Query syqptpedrftfglwtvgwqgrdpfgdatrpaldpvetvqrlaelgaHGVTFHD.DDLIp   59
ident                                                 |           
Sbjct .............................................mkWGFRWYGaAGDA.   14
DSSP  .............................................leELLLLLLlLLLL.


DSSP  llllhhhhhhHHHHHHHHhhhHLLLLlEEELLLLllhhhlLLLLllllhhhhhhHHHHHH
Query fgssdteresHIKRFRQAldaTGMTVpMATTNLFthpvfkDGGFtandrdvrryALRKTI  119
ident             |  ||     | |    |           |                  
Sbjct .........iPLKHIRQI...PGITGvVGTLLNK.....lPGDV.........wTVAEIQ   48
DSSP  .........lLHHHHLLL...LLLLEeEELLLLL.....lLLLL.........lLHHHHH


DSSP  HHHHHHHH..HLLLEEEELLlLLEEllllLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhlllLEE
Query RNIDLAVE..LGAKTYVAWGgREGAesgaAKDVRVALDRMKEAFDLLGEYVtsqgydIRF  177
ident           |             |            |        ||         |  
Sbjct ALKQSVEQegLALLGIESVA.IHDAikagTDQRDHYIDNYRQTLRNLGKCG......ISL  101
DSSP  HHHHHHHHllLEEEEELLLL.LLHHhhhlLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLL......LLE


DSSP  EELLLLLLL...................................................
Query AIEPKPNEP...................................................  186
ident                                                             
Sbjct VCYSFKPIFgwaktdlayenedgslsllfdqavvenmqpedmyqlihsweeerlqqfqel  161
DSSP  EEELLLLLLllllleeeeellllleeeeeehhhhhlllhhhhhhhlllllhhhhhhhhhh


DSSP  .......lleellllhHHHHHHHLLLlLHHHEEELLLHH...........HHHLlllLHH
Query .......rgdillptvGHALAFIERLeRPELYGVNPEVG...........HEQMaglNFP  228
ident                    |         |                              
Sbjct kamyagvteedlvenlRYFLERVIPVcEEENIKMGIHPDdppweifglprITKN..lADL  219
DSSP  hhhlllllhhhhhhhhHHHHHHHHHHhHHHLLEEEELLLlllllllllllLLLL..hHHH


DSSP  HHHHHhhHLLLLllLEELLLllllllllllLLLLlhHHHHHHHHHHHHhllllleEELLL
Query HGIAQalWAGKLfhIDLNGQsgikydqdlrFGAGdlRAAFWLVDLLESagyegprHFDFK  288
ident   |               |            ||                           
Sbjct KRILSlvDSPANgiTFCTGS..........LGADptNDLPTMIREIGH...rinfVHFRN  266
DSSP  HHHHHhlLLLLEelLEELLH..........HHHLllLLHHHHHHHHHH...hlllEEELL


DSSP  LLLL.llhhhHHHHHH....hhHHHHHHHHHHhhhhhhlhhhhhhhhhllhhhhllllll
Query PPRT.edidgVWASAA....gcMRNYLILKERaaafradpevqealrasrldelaqptaa  343
ident             |         |                                     
Sbjct VKYLgehrfeETAHPSvagsldMAELMQALVD.........................vgy  301
DSSP  EEELllleeeELLLLHhhllllHHHHHHHHHH.........................hll


DSSP  llhhhhhhlhhhlllllhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhlll
Query dgvqelladrtafedfdvdaaaargmaferldqlamdhllgar  386
ident                                            
Sbjct egvirpdhgraiwdekampgyglydramgltyiqglyeatkak  344
DSSP  lleeeelllllllllllllllllhhhhhhhlhhhhhhhhhhll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.7

DSSP  ..................LLLL.lhhHLEEEEHhhhlllllllllllllLLLL.....hh
Query ..................SYQP.tpeDRFTFGLwtvgwqgrdpfgdatrPALD.....pv   36
ident                                 |                           
Sbjct mkwgfrwygaagdaiplkHIRQipgiTGVVGTL................LNKLpgdvwtv   44
DSSP  leelllllllllllllhhHHLLllllLEEEELL................LLLLllllllh


DSSP  hHHHH.HHHHL.....LLEEEEehhHHLLLL.....lLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLL
Query eTVQR.LAELG.....AHGVTFhddDLIPFG.....sSDTERESHIKRFRQALDATGMTV   85
ident    |              |        |                        |   |   
Sbjct aEIQAlKQSVEqeglaLLGIES...VAIHDAikagtdQRDHYIDNYRQTLRNLGKCGISL  101
DSSP  hHHHHhHHHHHhllleEEEELL...LLLLHHhhhlllLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLE


DSSP  LEEELlLLLL............................................hhhlll
Query PMATTnLFTH............................................pvfkdg  101
ident                                                             
Sbjct VCYSF.KPIFgwaktdlayenedgslsllfdqavvenmqpedmyqlihsweeerlqqfqe  160
DSSP  EEELL.LLLLllllleeeeellllleeeeeehhhhhlllhhhhhhhlllllhhhhhhhhh


DSSP  lllllLHHHHHHHHHHHHHHHH.HHHHH....LLLEEEELL.LLLEElllllllhhhhhh
Query gftanDRDVRRYALRKTIRNID.LAVEL....GAKTYVAWG.GREGAesgaakdvrvald  155
ident                                             |               
Sbjct lkamyAGVTEEDLVENLRYFLErVIPVCeeenIKMGIHPDDpPWEIF.......glprit  213
DSSP  hhhhlLLLLHHHHHHHHHHHHHhHHHHHhhhlLEEEELLLLlLLLLL.......llllll


DSSP  hhhHHHHHHHHHHhhhLLLL.EEEEL...LLLLlllleellLLHHHHHHHHlllllhhhe
Query rmkEAFDLLGEYVtsqGYDI.RFAIE...PKPNeprgdillPTVGHALAFIerlerpely  211
ident             |                                     |         
Sbjct knlADLKRILSLV...DSPAnGITFCtgsLGAD......ptNDLPTMIREI.....ghri  259
DSSP  llhHHHHHHHHHL...LLLLeELLEEllhHHHL......llLLHHHHHHHH.....hhhl


DSSP  eeLLLHHHH..............hlLLLLHHHHHHHHHHLLLlllLEELLLL......ll
Query gvNPEVGHE..............qmAGLNFPHGIAQALWAGKlfhIDLNGQS......gi  251
ident                            |            |    |              
Sbjct nfVHFRNVKylgehrfeetahpsvaGSLDMAELMQALVDVGYegvIRPDHGRaiwdekam  319
DSSP  llEEELLEEelllleeeellllhhhLLLLHHHHHHHHHHHLLlleEEELLLLllllllll


DSSP  llllllLLLLllhHHHHHHHHHHHHhllllleeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query kydqdlRFGAgdlRAAFWLVDLLESagyegprhfdfkpprtedidgvwasaagcmrnyli  311
ident                   |                                         
Sbjct pgyglyDRAM.glTYIQGLYEATKA...................................  343
DSSP  lllllhHHHH.hhLHHHHHHHHHHL...................................


DSSP  hhhhhhhhhhlhhhhhhhhhllhhhhllllllllhhhhhhlhhhlllllhhhhhhllllh
Query lkeraaafradpevqealrasrldelaqptaadgvqelladrtafedfdvdaaaargmaf  371
ident                                                             
Sbjct ............................................................  343
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhlll
Query erldqlamdhllgar  386
ident                
Sbjct ..............k  344
DSSP  ..............l


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.5

DSSP  ..............................................lLLLL......hhH
Query ..............................................sYQPT......peD    8
ident                                                             
Sbjct mkwgfrwygaagdaiplkhirqipgitgvvgtllnklpgdvwtvaeiQALKqsveqeglA   60
DSSP  leelllllllllllllhhhhllllllleeeellllllllllllhhhhHHHHhhhhhlllE


DSSP  LEEEEhHHHL.lllllllllllllllLHHHHHHHHHHHLLLEEEEEHH............
Query RFTFGlWTVG.wqgrdpfgdatrpalDPVETVQRLAELGAHGVTFHDD............   55
ident                               |   |   |   |                 
Sbjct LLGIE.SVAIhdaikagtdqrdhyidNYRQTLRNLGKCGISLVCYSFKpifgwaktdlay  119
DSSP  EEEEL.LLLLlhhhhhllllhhhhhhHHHHHHHHHHHLLLLEEEELLLlllllllleeee


DSSP  .............................................hhlllLLLH.HHHHH
Query .............................................dlipfGSSD.TERES   69
ident                                                             
Sbjct enedgslsllfdqavvenmqpedmyqlihsweeerlqqfqelkamyagvtEEDLvENLRY  179
DSSP  ellllleeeeeehhhhhlllhhhhhhhlllllhhhhhhhhhhhhhlllllHHHHhHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHHHHLLLLlEEELLLL.LLHHhlllllllllhhhhhhHHHHHHHHHHH.hHH
Query HIKRFRQALDATGMTVpMATTNLF.THPVfkdggftandrdvrryALRKTIRNIDL.aVE  127
ident    |                                          |    |   |    
Sbjct FLERVIPVCEEENIKM.GIHPDDPpWEIF.........glpritkNLADLKRILSLvdSP  229
DSSP  HHHHHHHHHHHHLLEE.EELLLLLlLLLL.........lllllllLHHHHHHHHHHllLL


DSSP  HLLleEEEL..LLLLeelllllllhhhhhhHHHHHHHHHHhhhhhhlllleeeELLL..l
Query LGAktYVAW..GGREgaesgaakdvrvaldRMKEAFDLLGeyvtsqgydirfaIEPK..p  183
ident             |                          |                    
Sbjct ANG.iTFCTgsLGAD............ptnDLPTMIREIG......hrinfvhFRNVkyl  270
DSSP  LEE.lLEELlhHHHL............lllLHHHHHHHHH......hhllleeELLEeel


DSSP  lllLLEEllLLHHH.....HHHHHL.llLLHHHeeelllhhhhhlllllhhhhhhhhhhl
Query nepRGDIllPTVGH.....ALAFIE.rlERPELygvnpevgheqmaglnfphgiaqalwa  237
ident    |                 |                                      
Sbjct gehRFEE..TAHPSvagslDMAELMqalVDVGY...........................  301
DSSP  lllEEEE..LLLLHhhlllLHHHHHhhhHHHLL...........................


DSSP  lllLLLE....elllLLLLLLLllllllllhhhhhhhhhhhhhhllllleeellllllll
Query gklFHID....lngqSGIKYDQdlrfgagdlraafwlvdllesagyegprhfdfkpprte  293
ident                                                             
Sbjct .egVIRPdhgraiwdEKAMPGY......................................  322
DSSP  .llEEEEllllllllLLLLLLL......................................


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhllhhhhllllllllhhhhhhlh
Query didgvwasaagcmrnylilkeraaafradpevqealrasrldelaqptaadgvqelladr  353
ident                                                             
Sbjct ............................................................  322
DSSP  ............................................................


DSSP  hhlllllhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhlll
Query tafedfdvdaaaargmaferldqlamdhllgar  386
ident                                  
Sbjct ...........glydramgltyiqglyeatkak  344
DSSP  ...........llhhhhhhhlhhhhhhhhhhll


No 5: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.0

DSSP  lllllhhhleeeehhhhlllllllllllllllllhhhhhhhhhhhllleeeeehhhhlll
Query syqptpedrftfglwtvgwqgrdpfgdatrpaldpvetvqrlaelgahgvtfhdddlipf   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllLLEEELLLlllhhhlllllllllhhhHHHHhHHHHH
Query gssdtereshikrfrqaldatgmtVPMATTNLfthpvfkdggftandrdvRRYAlRKTIR  120
ident                                                             
Sbjct ........................MKWGFRWY.................gAAGDaIPLKH   19
DSSP  ........................LEELLLLL.................lLLLLlLLHHH


DSSP  HHHHhhhHLLLEEEELLlLLEElllllllhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhllllEEEEL
Query NIDLaveLGAKTYVAWGgREGAesgaakdvrvALDRMKEAFDLLGEYVtsqgydiRFAIE  180
ident         |    |                                              
Sbjct IRQI...PGITGVVGTL.LNKL.....pgdvwTVAEIQALKQSVEQEG......lALLGI   64
DSSP  HLLL...LLLLEEEELL.LLLL.....lllllLHHHHHHHHHHHHHLL......lEEEEE


DSSP  .lLLLL...........llleelllLHHHHHHHHlllllhhheEELLL............
Query .pKPNE...........prgdillpTVGHALAFIerlerpelyGVNPE............  216
ident                          |                                  
Sbjct esVAIHdaikagtdqrdhyidnyrqTLRNLGKCG.........ISLVCysfkpifgwakt  115
DSSP  llLLLLhhhhhllllhhhhhhhhhhHHHHHHHLL.........LLEEEelllllllllll


DSSP  ..........................................................hh
Query ..........................................................vg  218
ident                                                             
Sbjct dlayenedgslsllfdqavvenmqpedmyqlihsweeerlqqfqelkamyagvteedlve  175
DSSP  eeeeellllleeeeeehhhhhlllhhhhhhhlllllhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhh


DSSP  hhhlLLLLHHHHHHHHHhllllllLEEL.......lllllllllllllLLLLHHHHHHHh
Query heqmAGLNFPHGIAQALwagklfhIDLN.......gqsgikydqdlrfGAGDLRAAFWLv  271
ident                                                     |       
Sbjct nlryFLERVIPVCEEEN.....ikMGIHpddppweifglpritknladLKRILSLVDSP.  229
DSSP  hhhhHHHHHHHHHHHHL.....leEEELlllllllllllllllllhhhHHHHHHHLLLL.


DSSP  hhhhhhllllleeELLL..LLLLLLhhhhHHHHHHHHHHHH...........hhhhhhhh
Query dllesagyegprhFDFK..PPRTEDidgvWASAAGCMRNYL...........ilkeraaa  318
ident                                                             
Sbjct .........angiTFCTgsLGADPT....NDLPTMIREIGHrinfvhfrnvkylgehrfe  276
DSSP  .........leelLEELlhHHHLLL....LLHHHHHHHHHHhllleeelleeelllleee


DSSP  hhhlhhhhhhhhhllhhhhllllllllhhhhhhlhhhlllllhhhhhhllllhhhhhhhh
Query fradpevqealrasrldelaqptaadgvqelladrtafedfdvdaaaargmaferldqla  378
ident                                                             
Sbjct etahpsvagsldmaelmqalvdvgyegvirpdhgraiwdekampgyglydramgltyiqg  336
DSSP  ellllhhhllllhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhlhhhh


DSSP  hhhhhlll
Query mdhllgar  386
ident         
Sbjct lyeatkak  344
DSSP  hhhhhhll