No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=12.2

DSSP  ..............................lllLLLLL.lLLLEEEEELLlLLLLLLLLL
Query ..............................eqiKDKLG.rPIRDLRLSVTdRCNFRCDYC   29
ident                                             |       |   |  |
Sbjct qqidwdlalikyytsyptalefsedfgeqaflqAVARYpeRPLSLYVHIP.FCHKLCYFC   59
DSSP  llllllllllllllllllhhhllllllhhhhhhHHLLLllLLEEEEEEEL.EELLLLLLL


DSSP  LlllllllllLLLLHhhLLLHHHHHHHHHHHHHLL....LLEEEEELLLHHHLL..LHHH
Query MpkevfgddfVFLPKneLLTFDEMARIAKVYAELG....VKKIRITGGEPLMRR..DLDV   83
ident               |      |         | |     |      || |          
Sbjct G...cnkivtRQQHK.aDQYLDALEQEIVHRAPLFagrhVSQLHWGGGTPTYLNkaQISR  115
DSSP  L...llleelLLLHH.hHHHHHHHHHHHHHHHHHHllllEEEEEEEELLHHHLLhhHHHH


DSSP  HHHHHLLLLLL...LEEEEEELLL.LHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLLLLHHHHHHHhLL
Query LIAKLNQIDGI...EDIGLTTNGL.LLKKHGQKLYDAGLRRINVSLDAIDDTLFQSInNR  139
ident |   |           |                |   |  |                 ||
Sbjct LMKLLRENFQFnadAEISIEVDPReIELDVLDHLRAEGFNRLSMGVQDFNKEVQRLV.NR  174
DSSP  HHHHHHHHLLEeeeEEEEEEELLLlLLLHHHHHHHHLLLLEEEEEEELLLHHHHHHH.LL


DSSP  LLLHHHHHHHHHHHHHLLLE.EEEEEEELLLLLH.HHHHHHHHHHHHLLL.LEEEEELLL
Query NIKATTILEQIDYATSIGLN.VKVNVVIQKGIND.DQIIPMLEYFKDKHI.EIRFIEFMD  196
ident       |      |  ||                       |                  
Sbjct EQDEEFIFALLNHAREIGFTsTNIDLIYGLPKQTpESFAFTLKRVAELNPdRLSVFNYAH  234
DSSP  LLLHHHHHHHHHHHHHLLLLlLEEEEEELLLLLLhHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLL


DSSP  L.......llllllllllllLHHHHHHHHHHHLLE................eeELLL..l
Query V.......gndngwdfskvvTKDEMLTMIEQHFEI................dpVEPK..y  231
ident                      |   |                                  
Sbjct LptifaaqrkikdadlpspqQKLDILQETIAFLTQsgyqfigmdhfarpddelAVAQreg  294
DSSP  LllllhhhhhllhhhlllhhHHHHHHHHHHHHHHHllleeeelleeellllhhHHHHhhl


DSSP  LLLLleeeeellllleeeeelllllllhhHLLEEEELllLLEELLlllllLLLL.....H
Query FGEVakyyrhkdngvqfglitsvsqsfcsTCTRARLSsdGKFYGClfatvDGFN.....V  286
ident                                                             
Sbjct VLHR................nfqgyttqgDTDLLGMG..VSAISMigdcyAQNQkelkqY  336
DSSP  LLEE................lllleelllLLEEEEEL..LLLEEEelleeEEELllhhhH


DSSP  HHHHHLL.....................................................
Query KAFIRSG.....................................................  293
ident                                                             
Sbjct YQQVDEQgnalwrgialtrddcirrdvikslicnfrldyspieqqwdllfadyfaedlkl  396
DSSP  HHHHHHHllleeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhleeehhhhhhhllllhhhhlhhhhhh


DSSP  ..llhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhHHHHHHHHLL..
Query ..vtdeelkeqfkalwqirddrysdeRTAQTVANRQ..  327
ident                                       
Sbjct laplakdglvdvdekgiqvtakgrllIRNICMCFDTyl  434
DSSP  hhhhhhllleeellleeeellllhhhHHHHHHLLLLll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.9

DSSP  lllllllllllleeeeellllllllllllllllllllllllllhhhlllhhhhHHHHHHH
Query eqikdklgrpirdlrlsvtdrcnfrcdycmpkevfgddfvflpknelltfdemARIAKVY   60
ident                                                            |
Sbjct ......................qqidwdlalikyytsyptalefsedfgeqafLQAVARY   38
DSSP  ......................llllllllllllllllllhhhllllllhhhhHHHHLLL


DSSP  HhlllLEEEEELLL..........................hhHLLL.HHHHHHHHLLLll
Query AelgvKKIRITGGE..........................plMRRD.LDVLIAKLNQIdg   93
ident                                                             
Sbjct P...eRPLSLYVHIpfchklcyfcgcnkivtrqqhkadqyldALEQeIVHRAPLFAGR..   93
DSSP  L...lLLEEEEEEEleellllllllllleellllhhhhhhhhHHHHhHHHHHHHHLLL..


DSSP  llEEEEEEL........llLHHHHHHHHHHHL....lLEEEEELLLLLHhhhhhhhllll
Query ieDIGLTTN........glLLKKHGQKLYDAG....lRRINVSLDAIDDtlfqsinnrni  141
ident      |                     |           |    |               
Sbjct .hVSQLHWGggtptylnkaQISRLMKLLRENFqfnadAEISIEVDPREI...........  141
DSSP  .lEEEEEEEellhhhllhhHHHHHHHHHHHHLleeeeEEEEEEELLLLL...........


DSSP  lHHHHHHHHHHHHhlllEEEEEEEELLL...........llhhHHHHHHHHHHHLLLL.E
Query kATTILEQIDYATsiglNVKVNVVIQKG...........inddQIIPMLEYFKDKHIE.I  189
ident      |                   |                  |   |           
Sbjct .ELDVLDHLRAEG....FNRLSMGVQDFnkevqrlvnreqdeeFIFALLNHAREIGFTsT  196
DSSP  .LLHHHHHHHHLL....LLEEEEEEELLlhhhhhhhlllllhhHHHHHHHHHHHLLLLlL


DSSP  EEEE............................LLLLLL...........lllllllllll
Query RFIE............................FMDVGN...........dngwdfskvvt  210
ident                                                             
Sbjct NIDLiyglpkqtpesfaftlkrvaelnpdrlsVFNYAHlptifaaqrkikdadlpspqqk  256
DSSP  EEEEeellllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeEEELLLlllllhhhhhllhhhlllhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhlLEEE.........ELLL..LLLLlleeeeellllleeeeelllllllh
Query kdemltmieqhfEIDP.........VEPK..YFGEvakyyrhkdngvqfglitsvsqsfc  259
ident                                                             
Sbjct ldilqetiafltQSGYqfigmdhfaRPDDelAVAQ......................reg  294
DSSP  hhhhhhhhhhhhHLLLeeeelleeeLLLLhhHHHH......................hhl


DSSP  HHLLE.........................eEELL..................LLLEell
Query STCTR.........................aRLSS..................DGKFygc  276
ident                                                             
Sbjct VLHRNfqgyttqgdtdllgmgvsaismigdcYAQNqkelkqyyqqvdeqgnalWRGI...  351
DSSP  LLEELllleellllleeeeelllleeeelleEEEElllhhhhhhhhhhhllleEEEE...


DSSP  lllllllllhhhhhhllllhhhhhhHHHHHHHLL..LLLH....................
Query lfatvdgfnvkafirsgvtdeelkeQFKALWQIR..DDRY....................  314
ident                                  |                          
Sbjct ........................aLTRDDCIRRdvIKSLicnfrldyspieqqwdllfa  387
DSSP  ........................eLLHHHHHHHhhHHHHhhhleeehhhhhhhllllhh


DSSP  ..........................hhhhhHHHH........hhll
Query ..........................sdertAQTV........anrq  327
ident                                                
Sbjct dyfaedlkllaplakdglvdvdekgiqvtakGRLLirnicmcfdtyl  434
DSSP  hhlhhhhhhhhhhhhllleeellleeeelllLHHHhhhhhhllllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.3

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct qqidwdlalikyytsyptalefsedfgeqaflqavaryperplslyvhipfchklcyfcg   60
DSSP  llllllllllllllllllhhhllllllhhhhhhhhllllllleeeeeeeleellllllll


DSSP  .......................................................lLLLL
Query .......................................................eQIKD    5
ident                                                             
Sbjct cnkivtrqqhkadqyldaleqeivhraplfagrhvsqlhwgggtptylnkaqisrlMKLL  120
DSSP  llleellllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeellhhhllhhhhhhhHHHH


DSSP  ..LLLL...LLLEEEEELlllllllllllllllllllllllllhhhlLLHHhhHHHHHHH
Query ..KLGR...PIRDLRLSVtdrcnfrcdycmpkevfgddfvflpknelLTFDemARIAKVY   60
ident                                                             
Sbjct reNFQFnadAEISIEVDP.............................REIE..LDVLDHL  149
DSSP  hhHLLEeeeEEEEEEELL.............................LLLL..LHHHHHH


DSSP  HHLLLLEEEEEllLHHH..........LLLHhHHHHHHLLL..LLLLEEEEEELL.....
Query AELGVKKIRITggEPLM..........RRDLdVLIAKLNQI..DGIEDIGLTTNG.....  103
ident    |                         |     | ||     |               
Sbjct RAEGFNRLSMG..VQDFnkevqrlvnrEQDEeFIFALLNHAreIGFTSTNIDLIYglpkq  207
DSSP  HHLLLLEEEEE..EELLlhhhhhhhllLLLHhHHHHHHHHHhhLLLLLLEEEEEElllll


DSSP  ..lLHHHHHHHHHHHLLlEEEEELLL....llhhhhhHHHLLLLLHHHHHHHHHHHHHLL
Query ..lLLKKHGQKLYDAGLrRINVSLDA....iddtlfqSINNRNIKATTILEQIDYATSIG  157
ident                   |  |   |                       |          
Sbjct tpeSFAFTLKRVAELNPdRLSVFNYAhlptifaaqrkIKDADLPSPQQKLDILQETIAFL  267
DSSP  lhhHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLllllllhhhhhLLHHHLLLHHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  leeeeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhlLLLEEeeelllllllllllllllllhhhhhhh
Query lnvkvnvviqkginddqiipmleyfkdkHIEIRfiefmdvgndngwdfskvvtkdemltm  217
ident                                                             
Sbjct .......................tqsgyQFIGM....................dhfarpd  284
DSSP  .......................hhlllEEEEL....................leeelll


DSSP  hhhhlleeEELL........LLLLllleeeeellllleeeeelllllLLHHhlleeeell
Query ieqhfeidPVEP........KYFGevakyyrhkdngvqfglitsvsqSFCStctrarlss  269
ident                                                             
Sbjct delavaqrEGVLhrnfqgytTQGD....................tdlLGMG.........  315
DSSP  lhhhhhhhHLLLeelllleeLLLL....................leeEEEL.........


DSSP  llleelllllllllllhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhlllLLHHH.............
Query dgkfygclfatvdgfnvkafirsgvtdeelkeqfkalwqirdDRYSD.............  316
ident                                                             
Sbjct ..........................................VSAISmigdcyaqnqkel  333
DSSP  ..........................................LLLEEeelleeeeelllh


DSSP  ............hhhHHHH.........................................
Query ............ertAQTV.........................................  323
ident                                                             
Sbjct kqyyqqvdeqgnalwRGIAltrddcirrdvikslicnfrldyspieqqwdllfadyfaed  393
DSSP  hhhhhhhhhhllleeEEEEllhhhhhhhhhhhhhhhhleeehhhhhhhllllhhhhlhhh


DSSP  .....................................hhll
Query .....................................anrq  327
ident                                          
Sbjct lkllaplakdglvdvdekgiqvtakgrllirnicmcfdtyl  434
DSSP  hhhhhhhhhllleeellleeeellllhhhhhhhhhllllll


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.0

DSSP  lllllllllllleeeeellllllllllllllllllllllllLLHHhLLLHHhhhhhhhhh
Query eqikdklgrpirdlrlsvtdrcnfrcdycmpkevfgddfvfLPKNeLLTFDemariakvy   60
ident                                          |                  
Sbjct ......................qqidwdlalikyytsyptaLEFS.EDFGE.........   28
DSSP  ......................llllllllllllllllllhHHLL.LLLLH.........


DSSP  hhlllleeeeelllhhhlllhhhhhHHHLLLLLLLEEEEEEL..................
Query aelgvkkiritggeplmrrdldvliAKLNQIDGIEDIGLTTN..................  102
ident                                       |                     
Sbjct ......................qafLQAVARYPERPLSLYVHipfchklcyfcgcnkivt   66
DSSP  ......................hhhHHHHLLLLLLLEEEEEEeleellllllllllleel


DSSP  .........llLHHHHHHHHHHHL....llEEEEE...LLLLLhhhhhhhhlllllHHHH
Query .........glLLKKHGQKLYDAG....lrRINVS...LDAIDdtlfqsinnrnikATTI  146
ident             |                                              |
Sbjct rqqhkadqyldALEQEIVHRAPLFagrhvsQLHWGggtPTYLN.............KAQI  113
DSSP  lllhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHlllleeEEEEEellHHHLL.............HHHH


DSSP  HHHHHHHHHLLLE....eEEEEEELllLLHHhhHHHHHHHHHLLLLEEEEELLLLLLLLL
Query LEQIDYATSIGLN....vKVNVVIQkgINDDqiIPMLEYFKDKHIEIRFIEFMDVGNDNG  202
ident                       |             |                |      
Sbjct SRLMKLLRENFQFnadaeISIEVDP..REIE..LDVLDHLRAEGFNRLSMGVQDFNKEVQ  169
DSSP  HHHHHHHHHHLLEeeeeeEEEEELL..LLLL..LHHHHHHHHLLLLEEEEEEELLLHHHH


DSSP  ...llllllllhHHHHHHhhhhlleeeellllllllleeeeelllllEEEEELLL.....
Query ...wdfskvvtkDEMLTMieqhfeidpvepkyfgevakyyrhkdngvQFGLITSV.....  254
ident                |                                            
Sbjct rlvnreqdeefiFALLNH........................areigFTSTNIDLiyglp  205
DSSP  hhhlllllhhhhHHHHHH........................hhhllLLLLEEEEeelll


DSSP  .....................LLLL...................................
Query .....................SQSF...................................  258
ident                         |                                   
Sbjct kqtpesfaftlkrvaelnpdrLSVFnyahlptifaaqrkikdadlpspqqkldilqetia  265
DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhllleEEEEellllllllhhhhhllhhhlllhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ........HHHL..................LEEE.........................e
Query ........CSTC..................TRAR.........................l  267
ident                                                             
Sbjct fltqsgyqFIGMdhfarpddelavaqregvLHRNfqgyttqgdtdllgmgvsaismigdc  325
DSSP  hhhhllleEEELleeellllhhhhhhhhllLEELllleellllleeeeelllleeeelle


DSSP  llllleelllllllllllhhhhhhllllHHHHHHHHHHHHHLL.................
Query ssdgkfygclfatvdgfnvkafirsgvtDEELKEQFKALWQIR.................  310
ident                                                             
Sbjct yaqnqkelkqyyqqvdeqgnalwrgialTRDDCIRRDVIKSLIcnfrldyspieqqwdll  385
DSSP  eeeelllhhhhhhhhhhhllleeeeeelLHHHHHHHHHHHHHHhhleeehhhhhhhllll


DSSP  ................................lllhhhhhhhhhhhhll
Query ................................ddrysdertaqtvanrq  327
ident                                                  
Sbjct fadyfaedlkllaplakdglvdvdekgiqvtakgrllirnicmcfdtyl  434
DSSP  hhhhlhhhhhhhhhhhhllleeellleeeellllhhhhhhhhhllllll