No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.5

DSSP  lllllllhhhhhhhhhhlLLLLLLLlEEEEEEELLLllllllllllllHHHHHHHHHHHH
Query lqvkpctpefyqthfqlaYRLQSRPrGLALVLSNVHftgekelefrsgGDVDHSTLVTLF   60
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Sbjct ................ytPVEEKEN.GRMIVIVAKK............YEGDIKDFVDWK   31
DSSP  ................llLLLLLLL.LEEEEEELHH............HHHHLHHHHHHH


DSSP  HHLLEEEEEEEL......LLHHHHHHHHHHHHLLHHHhllleEEEEEELLEElleeelll
Query KLLGYDVHVLCD......QTAQEMQEKLQNFAQLPAHrvtdsCIVALLSHGVegaiygvd  114
ident    |    |          ||   |                   | |             
Sbjct NQRGLRTEVKVAediaspVTANAIQQFVKQEYEKEGN...dlTYVLLVGDHK.......d   81
DSSP  HHLLLEEEEEEHhhhlllLLHHHHHHHHHHHHHLLLL...leEEEEEELLLL.......l


DSSP  lLEEE......HHHHHHHlLLLLlhhhllllEEEEEELL.....................
Query gKLLQ......LQEVFQLfDNANcpslqnkpKMFFIQAC.....................  147
ident             |   |                     |                     
Sbjct iPAKItpgiksDQVYGQI.VGND....hyneVFIGRFSCeskedlktqidrtihyernit  136
DSSP  lLLEEelleeeLHHHHLL.LLLL....llllLEEEEELLllhhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  147
ident                                                             
Sbjct tedkwlgqalciasaeggpsadngesdiqhenvianlltqygytkiikcydpgvtpknii  196
DSSP  llllllleeeeeellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  147
ident                                                             
Sbjct dafnggislvnytghgsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfifdvacvngdflfsmpcf  256
DSSP  hhhhhllleeeeelllllllllllllllllhhhlllllllleeeeelllllllllllllh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  147
ident                                                             
Sbjct aealmraqkdgkptgtvaiiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmn  316
DSSP  hhhhhhleelleelllleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhh


DSSP  ......................llllllllllll
Query ......................rgdetdrgvdqq  159
ident                                   
Sbjct gmfamvekykkdgenmldtwtvfgdpsllvrtlv  350
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhheeeelllllllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.9

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ytpveekengrmivivakkyegdikdfvdwknqrglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
DSSP  lllllllllleeeeeelhhhhhhlhhhhhhhhhllleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh


DSSP  .........................................................lll
Query .........................................................lqv    3
ident                                                             
Sbjct qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh


DSSP  llllhhhhhhhhHHLLLLLLllLEEEEEEELLLllllllllllLLHHHHHHHHHHHHHHL
Query kpctpefyqthfQLAYRLQSrpRGLALVLSNVHftgekelefrSGGDVDHSTLVTLFKLL   63
ident                        | ||                            |    
Sbjct lktqidrtihyeRNITTEDK.wLGQALCIASAE..ggpsadngESDIQHENVIANLLTQY  177
DSSP  hhhhhhhhhhhhHLLLLLLL.lLLEEEEEELLL..lllllhhhLLHHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  LE.EEEEEELLLhhHHHHHHHHHHLLhhhhllleEEEEEELLEELLEEELllllEEEHHH
Query GY.DVHVLCDQTaqEMQEKLQNFAQLpahrvtdsCIVALLSHGVEGAIYGvdgkLLQLQE  122
ident ||       |                          |    || | |             
Sbjct GYtKIIKCYDPG..VTPKNIIDAFNG......giSLVNYTGHGSETAWGT...sHFGTTH  226
DSSP  LLlEEEEEELLL..LLHHHHHHHHHH......llLEEEEELLLLLLLLLL...lLLLLLL


DSSP  hHHHLlllLLHHHlllLEEEEEELLL..................................
Query vFQLFdnaNCPSLqnkPKMFFIQACR..................................  148
ident                     |  ||                                   
Sbjct .VKQL...TNSNQ...LPFIFDVACVngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtvaiiast  279
DSSP  .HHHL...LLLLL...LLEEEEELLLllllllllllhhhhhhhleelleelllleeeeel


DSSP  .............................................lllLLLL........
Query .............................................gdeTDRG........  155
ident                                                             
Sbjct idqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkDGENmldtwtvf  339
DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHhhhheeee


DSSP  .......llll
Query .......vdqq  159
ident            
Sbjct gdpsllvrtlv  350
DSSP  lllllllllll


No 3: Query=mol1B Sbjct=mol2A Z-score=1.6

DSSP  ...................lLLLL....................................
Query ...................pKMRL....................................    5
ident                                                             
Sbjct ytpveekengrmivivakkyEGDIkdfvdwknqrglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
DSSP  lllllllllleeeeeelhhhHHHLhhhhhhhhhllleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    5
ident                                                             
Sbjct qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh


DSSP  LLLL........................................................
Query PTRS........................................................    9
ident                                                             
Sbjct LKTQidrtihyernittedkwlgqalciasaeggpsadngesdiqhenvianlltqygyt  180
DSSP  HHHHhhhhhhhhhlllllllllleeeeeellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    9
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Sbjct kiikcydpgvtpkniidafnggislvnytghgsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfif  240
DSSP  eeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllllhhhlllllllleee


DSSP  ...............................lEEEEElllllLLLLEellleEHHHHHHH
Query ...............................dMICGYaclkgTAAMRntkrgSWYIEALA   38
ident                                                             
Sbjct dvacvngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtVAIIA...stIDQYW.....APPMRGQD  292
DSSP  eelllllllllllllhhhhhhhleelleelllLEEEE...elLLLLL.....LHHHHHHH


DSSP  HHHHHHLL......lLLHHHHHHHHHHHHH.LLLLllllllllllLLLL..EEEELLllL
Query QVFSERAC......dMHVADMLVKVNALIK.DREGyapgtefhrcKEMS..EYCSTLcrH   89
ident                                                |            
Sbjct EMNEILCEkhpnnikRTFGGVTMNGMFAMVeKYKK........dgENMLdtWTVFGD.pS  343
DSSP  HHHHHHLLlllllllLLHHHHHHHHHHHHHhHHHH........hhHHHHhhEEEELL.lL


DSSP  LLLLLLLll
Query LYLFPGHpp   98
ident |        
Sbjct LLVRTLV..  350
DSSP  LLLLLLL..