No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.0

DSSP  ..lllllllLLLEEEEEELH...................HHHHHLHHHHHHHHHLLLEEE
Query ..ytpveekENGRMIVIVAK...................KYEGDIKDFVDWKNQRGLRTE   39
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Sbjct dkvyqmkskPRGYCLIINNHnfakarekvpklhsirdrnGTHLDAGALTTTFEELHFEIK   60
DSSP  lllllllllLLLEEEEEELLllhhhhhhlhhhlllllllLHHHHHHHHHHHHHHLLLEEE


DSSP  EEEHhhhlllLLHHHHHHHHHHHHHLLL..lleEEEEEELLL....LLLLleeelleeEL
Query VKVAediaspVTANAIQQFVKQEYEKEG..ndlTYVLLVGDH....KDIPakitpgikSD   93
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Sbjct PHDD......CTVEQIYEILKIYQLMDHsnmdcFICCILSHGdkgiIYGT...dgqeaPI  111
DSSP  EEEL......LLHHHHHHHHHHHHHLLLlllllEEEEEELLEelleEELL...llleeEH


DSSP  HHHHLL.LLLL....llllLEEEEELLllhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllleeeee
Query QVYGQI.VGND....hyneVFIGRFSCeskedlktqidrtihyernittedkwlgqalci  148
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Sbjct YELTSQfTGLKcpslagkpKVFFIQAC.................................  138
DSSP  HHHHHHhLLLLlhhhllllEEEEEELL.................................


DSSP  ellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeee
Query asaeggpsadngesdiqhenvianlltqygytkiikcydpgvtpkniidafnggislvny  208
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Sbjct ............................................................  138
DSSP  ............................................................


DSSP  ellllLLLLLllllllllhhhlllllllleeeeelllllllllllllhhhhhhhleelle
Query tghgsETAWGtshfgtthvkqltnsnqlpfifdvacvngdflfsmpcfaealmraqkdgk  268
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Sbjct .qgdnYQKGI..................................................  147
DSSP  .llllLLLLL..................................................


DSSP  elllleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query ptgtvaiiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkd  328
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Sbjct ............................................................  147
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhheeeelllllllllll
Query genmldtwtvfgdpsllvrtlv  350
ident                       
Sbjct .................pvetd  152
DSSP  .................lllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.0

DSSP  lllllllllleeeeeelhhhhhhlhhhhhhhhhllleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh
Query ytpveekengrmivivakkyegdikdfvdwknqrglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh
Query qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhHLLLLLLllLLEEEEEELLL.........lllllhhhLLHHHHHHHHH
Query lktqidrtihyeRNITTEDkwLGQALCIASAE.........ggpsadngESDIQHENVIA  171
ident                       |  | |                                
Sbjct ...........dKVYQMKSkpRGYCLIINNHNfakarekvpklhsirdrNGTHLDAGALT   49
DSSP  ...........lLLLLLLLllLLEEEEEELLLlhhhhhhlhhhllllllLLHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHLLlEEEEEELLL..LLHHHHHHHHHH.....llLEEEEELLLLLLLLLL...lL
Query NLLTQYGYtKIIKCYDPG..VTPKNIIDAFNG.....giSLVNYTGHGSETAWGT...sH  221
ident           |    |                              ||            
Sbjct TTFEELHF.EIKPHDDCTveQIYEILKIYQLMdhsnmdcFICCILSHGDKGIIYGtdgqE  108
DSSP  HHHHHLLL.EEEEEELLLhhHHHHHHHHHHHLlllllllEEEEEELLEELLEEELllllE


DSSP  LLLLL.HHHL...LLLLL...LLEEEEELLLllllllllllhhhhhhhleelleelllle
Query FGTTH.VKQL...TNSNQ...LPFIFDVACVngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtva  274
ident         |                |  ||                              
Sbjct APIYElTSQFtglKCPSLagkPKVFFIQACQ.............................  139
DSSP  EEHHHhHHHHlllLLHHHlllLEEEEEELLL.............................


DSSP  eeeelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHH
Query iiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkdgeNMLD  334
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Sbjct ......................................................gdNYQK  145
DSSP  ......................................................llLLLL


DSSP  heeeelllllllllll
Query twtvfgdpsllvrtlv  350
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Sbjct .........gipvetd  152
DSSP  .........lllllll