No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.6

DSSP  ......LLLLL.llLLLEEEEEELHH............HHHHLHHHHHHHHHLLLEEEEE
Query ......YTPVE.ekENGRMIVIVAKK............YEGDIKDFVDWKNQRGLRTEVK   41
ident               | |  | |  |                |                 |
Sbjct sgisldNSYKMdypEMGLCIIINNKNfhkstgmtsrsgTDVDAANLRETFRNLKYEVRNK   60
DSSP  llllllLLLLLlllEEEEEEEEELLLllhhhlllllllHHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEE


DSSP  EHhhhllllLHHHHHHHHHHHHHLLL..lleEEEEEELLL...LLLLleeelleeELHHH
Query VAediaspvTANAIQQFVKQEYEKEG..ndlTYVLLVGDH...KDIPakitpgikSDQVY   96
ident          |   |                     |                        
Sbjct ND......lTREEIVELMRDVSKEDHskrssFVCVLLSHGeegIIFG...tngpvDLKKI  111
DSSP  EL......lLHHHHHHHHHHHHLLLLlleeeEEEEEELLEellEEEE...lleeeEHHHH


DSSP  HLL.LLLL....llllLEEEEELLllhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeell
Query GQI.VGND....hyneVFIGRFSCeskedlktqidrtihyernittedkwlgqalciasa  151
ident      |                 |                                    
Sbjct TNFfRGDRcrsltgkpKLFIIQAC....................................  135
DSSP  HHLlLLLLlhhhllllEEEEEELL....................................


DSSP  llllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeeeell
Query eggpsadngesdiqhenvianlltqygytkiikcydpgvtpkniidafnggislvnytgh  211
ident                                                             
Sbjct ............................................................  135
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllllllllllhhhlllllllleeeeelllllllllllllhhhhhhhleelleell
Query gsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfifdvacvngdflfsmpcfaealmraqkdgkptg  271
ident                                                             
Sbjct ............................................................  135
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query tvaiiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkdgen  331
ident                                                             
Sbjct ............................................................  135
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhheeeelllllllllll
Query mldtwtvfgdpsllvrtlv  350
ident                    
Sbjct ........rgteldcgiet  146
DSSP  ........lllllllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.5

DSSP  lllllllllleeeeeelhhhhhhlhhhhhhHHHLlleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh
Query ytpveekengrmivivakkyegdikdfvdwKNQRglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
ident                                                             
Sbjct ..............................SGIS..........................    4
DSSP  ..............................LLLL..........................


DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh
Query qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    4
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhHHLLL.LLLLlLLEEEEEELLL..lllllhhhLLHHHHHHHHHHHHHHH
Query lktqidrtihyERNIT.TEDKwLGQALCIASAE..ggpsadngESDIQHENVIANLLTQY  177
ident                        |    |                               
Sbjct ..........lDNSYKmDYPE.MGLCIIINNKNfhkstgmtsrSGTDVDAANLRETFRNL   53
DSSP  ..........lLLLLLlLLLE.EEEEEEEELLLllhhhlllllLLHHHHHHHHHHHHHHL


DSSP  LLlEEEEEELLL..LLHHHHHHHHHH.....llLEEEEELLLLLLLLLL..lLLLLLL.H
Query GYtKIIKCYDPG..VTPKNIIDAFNG.....giSLVNYTGHGSETAWGT..sHFGTTH.V  227
ident  |       |           |                  || |                
Sbjct KY.EVRNKNDLTreEIVELMRDVSKEdhskrssFVCVLLSHGEEGIIFGtngPVDLKKiT  112
DSSP  LL.EEEEEELLLhhHHHHHHHHHHLLlllleeeEEEEEELLEELLEEEElleEEEHHHhH


DSSP  HHL...LLLLL...LLEEEEELLLllllllllllhhhhhhhleelleelllleeeeelll
Query KQL...TNSNQ...LPFIFDVACVngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtvaiiastid  281
ident                      ||                                     
Sbjct NFFrgdRCRSLtgkPKLFIIQACR....................................  136
DSSP  HLLlllLLHHHlllLEEEEEELLL....................................


DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHhhhheeeell
Query qywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkDGENmldtwtvfgd  341
ident                                                             
Sbjct ...........................................gteLDCG..........  143
DSSP  ...........................................lllLLLL..........


DSSP  lllllllll
Query psllvrtlv  350
ident          
Sbjct ......iet  146
DSSP  ......lll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.3

DSSP  .....lLLLLLLLLLEEEEEELH.................hHHHHLHHHHHHHHhllleE
Query .....yTPVEEKENGRMIVIVAK.................kYEGDIKDFVDWKNqrglrT   38
ident                    |                                        
Sbjct sgisldNSYKMDYPEMGLCIIINnknfhkstgmtsrsgtdvDAANLRETFRNLK.....Y   55
DSSP  llllllLLLLLLLLEEEEEEEEElllllhhhlllllllhhhHHHHHHHHHHHLL.....L


DSSP  EEEEHHhhLLLL.LHHHHHHHHHHHHhlllLLEEEEEEELLLL.....lllleeelleEE
Query EVKVAEdiASPV.TANAIQQFVKQEYekegNDLTYVLLVGDHK.....dipakitpgiKS   92
ident ||                   |  |             |                   | 
Sbjct EVRNKN..DLTReEIVELMRDVSKED...hSKRSSFVCVLLSHgeegiifgtngpvdlKK  110
DSSP  EEEEEE..LLLHhHHHHHHHHHHLLL...lLLEEEEEEEEELLeelleeeelleeeehHH


DSSP  LHHHHLLLlllllLLLEEEEELLLlhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeelll
Query DQVYGQIVgndhyNEVFIGRFSCEskedlktqidrtihyernittedkwlgqalciasae  152
ident                                                             
Sbjct ITNFFRGDrcrslTGKPKLFIIQA....................................  134
DSSP  HHHLLLLLllhhhLLLLEEEEEEL....................................


DSSP  lllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeeeelll
Query ggpsadngesdiqhenvianlltqygytkiikcydpgvtpkniidafnggislvnytghg  212
ident                                                             
Sbjct ............................................................  134
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllllllLLLLhhHLLLllllleeeeelllllllllllllhhhhhhhleelleelll
Query setawgtshfGTTHvkQLTNsnqlpfifdvacvngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgt  272
ident                                                             
Sbjct .......crgTELD..CGIE........................................  145
DSSP  .......lllLLLL..LLLL........................................


DSSP  leeeeelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query vaiiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkdgenm  332
ident                                                             
Sbjct ............................................................  145
DSSP  ............................................................


DSSP  hhheeeelllllllllll
Query ldtwtvfgdpsllvrtlv  350
ident                   
Sbjct .................t  146
DSSP  .................l


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.1

DSSP  lllllllllleeeeeelhhhhhhlhhhhhhhhhllleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh
Query ytpveekengrmivivakkyegdikdfvdwknqrglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhHH
Query qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfsceskED  120
ident                                                             
Sbjct ..........................................................KI    2
DSSP  ..........................................................LL


DSSP  HHHHhhhhhhhhhlllllllllleeeeeellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhlll
Query LKTQidrtihyernittedkwlgqalciasaeggpsadngesdiqhenvianlltqygyt  180
ident                                                             
Sbjct PVDA........................................................    6
DSSP  LLLL........................................................


DSSP  eeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllllhhhlllllllleee
Query kiikcydpgvtpkniidafnggislvnytghgsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfif  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    6
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllllllllllllhhhhhhhleelleelllLEEEE...eLLLLLL.....LHHHHHHH
Query dvacvngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtVAIIA...sTIDQYW.....APPMRGQD  292
ident                                                             
Sbjct ...............................dFLYAYstapGYYSWRnskdgSWFIQSLC   35
DSSP  ...............................lEEEEEllllLLLLLEellleEHHHHHHH


DSSP  HHHHHHLLlllllLLLLhHHHHHHHHHHHHHHHHH........hhHHHHhhEEEELLllL
Query EMNEILCEkhpnnIKRTfGGVTMNGMFAMVEKYKK........dgENMLdtWTVFGDpsL  344
ident  |                                                   |      
Sbjct AMLKQYAD.....KLEF.MHILTRVNRKVATEFESfsfdatfhakKQIP..CIVSMLtkE   87
DSSP  HHHHHHLL.....LLLH.HHHHHHHHHHHHHHLLLllllhhhlllLLLL..EEEELLllL


DSSP  LLLLLl
Query LVRTLv  350
ident |     
Sbjct LYFYH.   92
DSSP  LLLLL.