No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.1

DSSP  ..........................LLLLL...llLLLEEEEEELHH........hHHH
Query ..........................YTPVE...ekENGRMIVIVAKK........yEGD   23
ident                                            |                
Sbjct tssgsegnvklcsleeaqriwkqksaEIYPImdkssRTRLALIICNEEfdsiprrtgAEV   60
DSSP  lllllllllllllhhhhhhhhhhlllLLLLLlllllLLLEEEEEELLLlllllllllHHH


DSSP  L.HHHHHHHHHLLLEEEEEEHhhhllllLHHHHHHHHHHHHHLLLL...leEEEEEELLL
Query I.KDFVDWKNQRGLRTEVKVAediaspvTANAIQQFVKQEYEKEGN...dlTYVLLVGDH   79
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Sbjct DiTGMTMLLQNLGYSVDVKKN......lTASDMTTELEAFAHRPEHktsdsTFLVFMSHG  114
DSSP  HhHHHHHHHHHLLLEEEEEEL......lLHHHHHHHHHHHHLLHHHhhlllEEEEEELLE


DSSP  ...LLLL...leeelleeELHHHHL.LLLL....lllllLEEEEELLLlhhhhhhhhhhh
Query ...KDIP...akitpgikSDQVYGQ.IVGN....dhyneVFIGRFSCEskedlktqidrt  128
ident                                          |                  
Sbjct ireGICGkkhseqvpdilQLNAIFNmLNTKncpslkdkpKVIIIQAAR............  162
DSSP  ellEEELllllllllleeLHHHHHHhHLLLllhhhllllEEEEEELLL............


DSSP  hhhhhlllllllllleeeeeellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeell
Query ihyernittedkwlgqalciasaeggpsadngesdiqhenvianlltqygytkiikcydp  188
ident                                                             
Sbjct ............................................................  162
DSSP  ............................................................


DSSP  lllhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllllhhhlllllllleeeeellllll
Query gvtpkniidafnggislvnytghgsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfifdvacvngd  248
ident                                                             
Sbjct ............................................................  162
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllhhhhhhhleelleelllleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhhllllllllll
Query flfsmpcfaealmraqkdgkptgtvaiiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikr  308
ident                                                             
Sbjct ............................................................  162
DSSP  ............................................................


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhheeeelllllllllll
Query tfggvtmngmfamvekykkdgenmldtwtvfgdpsllvrtlv  350
ident                                           
Sbjct ...............................gdspgvvwfkd  173
DSSP  ...............................lllllllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.5

DSSP  lllllllllleeeeeelhhhhhhlhhHHHHHHHLLLeeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh
Query ytpveekengrmivivakkyegdikdFVDWKNQRGLrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
ident                                 |                           
Sbjct ..........tssgsegnvklcsleeAQRIWKQKSA........................   26
DSSP  ..........lllllllllllllhhhHHHHHHHLLL........................


DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh
Query qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................   26
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhHHLLL.LLLLllLEEEEEELLLlllllhhhLLHHHHHHHHHHHHHHHLL
Query lktqidrtihyERNIT.TEDKwlGQALCIASAEggpsadngESDIQHENVIANLLTQYGY  179
ident                          || |   |                    ||   ||
Sbjct .........eiYPIMDkSSRT..RLALIICNEE.fdsiprrTGAEVDITGMTMLLQNLGY   74
DSSP  .........llLLLLLlLLLL..LEEEEEELLL.lllllllLLHHHHHHHHHHHHHHLLL


DSSP  lEEEEEELLL..LLHHHHHHHHHH......llLEEEEELLLLLLLLLL........lLLL
Query tKIIKCYDPG..VTPKNIIDAFNG......giSLVNYTGHGSETAWGT........sHFG  223
ident                                        ||                   
Sbjct .SVDVKKNLTasDMTTELEAFAHRpehktsdsTFLVFMSHGIREGICGkkhseqvpdILQ  133
DSSP  .EEEEEELLLhhHHHHHHHHHHLLhhhhhlllEEEEEELLEELLEEELlllllllllEEL


DSSP  LLL.HHHL...LLLLL...LLEEEEELLLllllllllllhhhhhhhleelleelllleee
Query TTH.VKQL...TNSNQ...LPFIFDVACVngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtvaii  276
ident        |              |   |                                 
Sbjct LNAiFNMLntkNCPSLkdkPKVIIIQAAR...............................  162
DSSP  HHHhHHHHlllLLHHHlllLEEEEEELLL...............................


DSSP  eelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHhe
Query astidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkdgeNMLDtw  336
ident                                                             
Sbjct ....................................................gdSPGV..  168
DSSP  ....................................................llLLLL..


DSSP  eeelllllllllll
Query tvfgdpsllvrtlv  350
ident               
Sbjct .........vwfkd  173
DSSP  .........lllll