No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.1

DSSP  lllllllllllllhhhhhhhhhhlllLLLLLlllllLLLEEEEEELLLlllllllllHHH
Query tssgsegnvklcsleeaqriwkqksaEIYPImdkssRTRLALIICNEEfdsiprrtgAEV   60
ident                                            |                
Sbjct ..........................YTPVE...ekENGRMIVIVAKK........yEGD   23
DSSP  ..........................LLLLL...llLLLEEEEEELHH........hHHH


DSSP  HhHHHHHHHHHLLLEEEEEEL......lLHHHHHHHHHHHHLLHHHhhlllEEEEEELLE
Query DiTGMTMLLQNLGYSVDVKKN......lTASDMTTELEAFAHRPEHktsdsTFLVFMSHG  114
ident             |    ||         ||                     |        
Sbjct I.KDFVDWKNQRGLRTEVKVAediaspvTANAIQQFVKQEYEKEGN...dlTYVLLVGDH   79
DSSP  L.HHHHHHHHHLLLEEEEEEHhhhllllLHHHHHHHHHHHHHLLLL...leEEEEEELLL


DSSP  ellEEELllllllllleeLHHHHHHhHLLLllhhhllllEEEEEELLL............
Query ireGICGkkhseqvpdilQLNAIFNmLNTKncpslkdkpKVIIIQAAR............  162
ident                                          |                  
Sbjct ...KDIP...akitpgikSDQVYGQ.IVGN....dhyneVFIGRFSCEskedlktqidrt  128
DSSP  ...LLLL...leeelleeELHHHHL.LLLL....lllllLEEEEELLLlhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  162
ident                                                             
Sbjct ihyernittedkwlgqalciasaeggpsadngesdiqhenvianlltqygytkiikcydp  188
DSSP  hhhhhlllllllllleeeeeellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeell


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  162
ident                                                             
Sbjct gvtpkniidafnggislvnytghgsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfifdvacvngd  248
DSSP  lllhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllllhhhlllllllleeeeellllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  162
ident                                                             
Sbjct flfsmpcfaealmraqkdgkptgtvaiiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikr  308
DSSP  lllllllhhhhhhhleelleelllleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhhllllllllll


DSSP  ...............................lllllllllll
Query ...............................gdspgvvwfkd  173
ident                                           
Sbjct tfggvtmngmfamvekykkdgenmldtwtvfgdpsllvrtlv  350
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhheeeelllllllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.5

DSSP  .......lllllllllllllhhhhHHHHHHLLLL..........................
Query .......tssgsegnvklcsleeaQRIWKQKSAE..........................   27
ident                               |                             
Sbjct ytpveekengrmivivakkyegdiKDFVDWKNQRglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
DSSP  lllllllllleeeeeelhhhhhhlHHHHHHHHHLlleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   27
ident                                                             
Sbjct qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh


DSSP  ..........lLLLLLlLLLL..LEEEEEELLL.lllllllLLHHHHHHHHHHHHHHLLL
Query ..........iYPIMDkSSRT..RLALIICNEE.fdsiprrTGAEVDITGMTMLLQNLGY   74
ident                          || |   |                    ||   ||
Sbjct lktqidrtihyERNIT.TEDKwlGQALCIASAEggpsadngESDIQHENVIANLLTQYGY  179
DSSP  hhhhhhhhhhhHHLLL.LLLLllLEEEEEELLLlllllhhhLLHHHHHHHHHHHHHHHLL


DSSP  .EEEEEELLLhhHHHHHHHHHHLLhhhhhlllEEEEEELLEELLEEELlllllllllEEL
Query .SVDVKKNLTasDMTTELEAFAHRpehktsdsTFLVFMSHGIREGICGkkhseqvpdILQ  133
ident                                        ||                   
Sbjct tKIIKCYDPG..VTPKNIIDAFNG......giSLVNYTGHGSETAWGT........sHFG  223
DSSP  lEEEEEELLL..LLHHHHHHHHHH......llLEEEEELLLLLLLLLL........lLLL


DSSP  HHHhHHHHlllLLHHHlllLEEEEEELLL...............................
Query LNAiFNMLntkNCPSLkdkPKVIIIQAAR...............................  162
ident        |              |   |                                 
Sbjct TTH.VKQL...TNSNQ...LPFIFDVACVngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtvaii  276
DSSP  LLL.HHHL...LLLLL...LLEEEEELLLllllllllllhhhhhhhleelleelllleee


DSSP  ....................................................llLLLL..
Query ....................................................gdSPGV..  168
ident                                                             
Sbjct astidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkdgeNMLDtw  336
DSSP  eelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHhe


DSSP  .........lllll
Query .........vwfkd  173
ident               
Sbjct tvfgdpsllvrtlv  350
DSSP  eeelllllllllll


No 3: Query=mol1B Sbjct=mol2A Z-score=1.6

DSSP  ...................lLLLL....................................
Query ...................aIKKA....................................    5
ident                                                             
Sbjct ytpveekengrmivivakkyEGDIkdfvdwknqrglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
DSSP  lllllllllleeeeeelhhhHHHLhhhhhhhhhllleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    5
ident                                                             
Sbjct qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh


DSSP  ...lLLLL....................................................
Query ...hIEKD....................................................   10
ident     |                                                       
Sbjct lktqIDRTihyernittedkwlgqalciasaeggpsadngesdiqhenvianlltqygyt  180
DSSP  hhhhHHHHhhhhhlllllllllleeeeeellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   10
ident                                                             
Sbjct kiikcydpgvtpkniidafnggislvnytghgsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfif  240
DSSP  eeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllllhhhlllllllleee


DSSP  ................................EEEEELllllLLLLEellleEHHHHHHH
Query ................................FIAFCSstpdNVSWRhptmgSVFIGRLI   38
ident                                      |                      
Sbjct dvacvngdflfsmpcfaealmraqkdgkptgtVAIIAS...tIDQYW.....APPMRGQD  292
DSSP  eelllllllllllllhhhhhhhleelleelllLEEEEE...lLLLLL.....LHHHHHHH


DSSP  HHHHHHLL.....LLLHH.HHHHHHHHHLL..LLLL.LLLL..LEEELLllllLLLLLll
Query EHMQEYAC.....SCDVE.EIFRKVRFSFE..QPDG.RAQM..PTTERVtltrCFYLFpg   87
ident |                         |                 |               
Sbjct EMNEILCEkhpnnIKRTFgGVTMNGMFAMVekYKKDgENMLdtWTVFGD.pslLVRTL..  349
DSSP  HHHHHHLLlllllLLLLHhHHHHHHHHHHHhhHHHHhHHHHhhEEEELL.lllLLLLL..


DSSP  l
Query h   88
ident  
Sbjct v  350
DSSP  l