No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=10.8

DSSP  ....................lllllllLLLL.............................
Query ....................rvarmpvDRNA.............................   11
ident                                                             
Sbjct ytpveekengrmivivakkyegdikdfVDWKnqrglrtevkvaediaspvtanaiqqfvk   60
DSSP  lllllllllleeeeeelhhhhhhlhhhHHHHhhllleeeeeehhhhlllllhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   11
ident                                                             
Sbjct qeyekegndltyvllvgdhkdipakitpgiksdqvygqivgndhynevfigrfscesked  120
DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllleeelleeelhhhhllllllllllleeeeellllhhh


DSSP  ........LLLL..LLLLE..EEEEEEEELLLlllllllllLLHHHHHHHHHHHHHHLLL
Query ........PYYN..MNHKH..RGMAIIFNHEHfdihslksrTGTNVDSDNLSKVLKTLGF   59
ident           |           | |                             |   | 
Sbjct lktqidrtIHYErnITTEDkwLGQALCIASAE.ggpsadngESDIQHENVIANLLTQYGY  179
DSSP  hhhhhhhhHHHHhlLLLLLllLLEEEEEELLL.lllllhhhLLHHHHHHHHHHHHHHHLL


DSSP  .EEEEEELLLHhhHHHHHHHHHLLlllleeeEEEEEELLEELLEEELlllEELLLHhhHL
Query .KVTVFPNLKSeeINKFIQQTAEMdhsdadcLLVAVLTHGELGMLYAkdtHYKPDNlwYY  118
ident  |             | |              ||    ||          |         
Sbjct tKIIKCYDPGV..TPKNIIDAFNG.....giSLVNYTGHGSETAWGT..sHFGTTH.vKQ  229
DSSP  lEEEEEELLLL..LHHHHHHHHHH.....llLEEEEELLLLLLLLLL..lLLLLLL.hHH


DSSP  LLllllhhHLLLLEEEEEELLL......llllllllllllllLLLLLLLEEEEEllLLLL
Query FTadkcptLAGKPKLFFIQACQ......gdrldggitlsrsyRIPVHADFLIAFstVPGY  172
ident  |              |  ||                              |        
Sbjct LT......NSNQLPFIFDVACVngdflfsmpcfaealmraqkDGKPTGTVAIIA..STID  281
DSSP  LL......LLLLLLEEEEELLLllllllllllhhhhhhhleeLLEELLLLEEEE..ELLL


DSSP  lLLEEllleEHHHHHHHHHHHHH...llLLLHHHHHHHHHHHHHHHLLLlllllhhhllL
Query fSWRNttrgSWFMQALCEELRYA...gtERDILTLLTFVCQKVALDFESnapdsammhqQ  229
ident                  | |         |                              
Sbjct .QYWA..ppMRGQDEMNEILCEKhpnniKRTFGGVTMNGMFAMVEKYKK........dgE  330
DSSP  .LLLL..hhHHHHHHHHHHHLLLlllllLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHH........hhH


DSSP  LLL..LEEEEllllLLLL.ll
Query KQV..PCITSmltrLLVF.gk  247
ident               |||    
Sbjct NMLdtWTVFG.dpsLLVRtlv  350
DSSP  HHHhhEEEEL.lllLLLLlll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.1

DSSP  lllllllllllllllllllEEEEEEEEELLLlllllllllllHHHHhHHHHHHHHHLLLE
Query rvarmpvdrnapyynmnhkHRGMAIIFNHEHfdihslksrtgTNVDsDNLSKVLKTLGFK   60
ident                      |  |                                |  
Sbjct ............ytpveekENGRMIVIVAKK..........yEGDI.KDFVDWKNQRGLR   37
DSSP  ............lllllllLLLEEEEEELHH..........hHHHL.HHHHHHHHHLLLE


DSSP  EEEEEL......LLHHHHHHHHHHHHLLLLlleeeEEEEEELLEellEEEL...llleeL
Query VTVFPN......LKSEEINKFIQQTAEMDHsdadcLLVAVLTHGelgMLYA...kdthyK  111
ident   |              |  |  |  |          |                      
Sbjct TEVKVAediaspVTANAIQQFVKQEYEKEG..ndlTYVLLVGDH...KDIPakitpgikS   92
DSSP  EEEEEHhhhlllLLHHHHHHHHHHHHHLLL..lleEEEEEELLL...LLLLleeelleeE


DSSP  LLHHHHLlLLLLlhhhllllEEEEEELLlllllllllllllllllllllleeeeelllll
Query PDNLWYYfTADKcptlagkpKLFFIQACqgdrldggitlsrsyripvhadfliafstvpg  171
ident                            |                                
Sbjct DQVYGQI.VGND....hyneVFIGRFSC................................  115
DSSP  LHHHHLL.LLLL....llllLEEEEELL................................


DSSP  llLLEElllEEHHHHHHHHHHHHH....................................
Query yfSWRNttrGSWFMQALCEELRYA....................................  195
ident                      |                                      
Sbjct ..ESKE..dLKTQIDRTIHYERNIttedkwlgqalciasaeggpsadngesdiqhenvia  171
DSSP  ..LLHH..hHHHHHHHHHHHHHLLlllllllleeeeeellllllllhhhllhhhhhhhhh


DSSP  ...................................................lllllhhhh
Query ...................................................gterdiltl  204
ident                                                             
Sbjct nlltqygytkiikcydpgvtpkniidafnggislvnytghgsetawgtshfgtthvkqlt  231
DSSP  hhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllllhhhll


DSSP  hhHHHH.....................hhhhhLLLLllllhhhlllllLLEEEE......
Query ltFVCQ.....................kvaldFESNapdsammhqqkqVPCITS......  237
ident                                                    |        
Sbjct nsNQLPfifdvacvngdflfsmpcfaealmraQKDG........kptgTVAIIAstidqy  283
DSSP  llLLLLeeeeelllllllllllllhhhhhhhlEELL........eellLLEEEEelllll


DSSP  ...................llLLLLL..................................
Query ...................mlTRLLV..................................  244
ident                                                             
Sbjct wappmrgqdemneilcekhpnNIKRTfggvtmngmfamvekykkdgenmldtwtvfgdps  343
DSSP  llhhhhhhhhhhhhhllllllLLLLLhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhheeeellll


DSSP  ....lll
Query ....fgk  247
ident        
Sbjct llvrtlv  350
DSSP  lllllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.2

DSSP  lllLLLLlllllllLLLLlEEEEEEEEELlllllllllllllhhhHHHHHHHHHHHL...
Query rvaRMPVdrnapyyNMNHkHRGMAIIFNHehfdihslksrtgtnvDSDNLSKVLKTL...   57
ident                     |   |                                   
Sbjct ..yTPVE.......EKEN.GRMIVIVAKK................YEGDIKDFVDWKnqr   34
DSSP  ..lLLLL.......LLLL.LEEEEEELHH................HHHHLHHHHHHHhhl


DSSP  ..LLEEEEEE.lLLHHHhHHHHHHHHLLLL....LLEEEEEEEEElleelleeellllee
Query ..GFKVTVFP.nLKSEEiNKFIQQTAEMDH....SDADCLLVAVLthgelgmlyakdthy  110
ident      | |             |||           |    |                   
Sbjct glRTEVKVAEdiASPVT.ANAIQQFVKQEYekegNDLTYVLLVGD.....hkdipakitp   88
DSSP  llEEEEEEHHhhLLLLL.HHHHHHHHHHHHhlllLLEEEEEEELL.....lllllleeel


DSSP  llLHHHHLLLLLllhhhLLLLEEEEEELL...............................
Query kpDNLWYYFTADkcptlAGKPKLFFIQAC...............................  139
ident        |                |                                   
Sbjct giKSDQVYGQIVgndhyNEVFIGRFSCESkedlktqidrtihyernittedkwlgqalci  148
DSSP  leEELHHHHLLLlllllLLLEEEEELLLLhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  139
ident                                                             
Sbjct asaeggpsadngesdiqhenvianlltqygytkiikcydpgvtpkniidafnggislvny  208
DSSP  ellllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhhllleeee


DSSP  ..................................lllllllllllllllllllllleeee
Query ..................................qgdrldggitlsrsyripvhadflia  165
ident                                                             
Sbjct tghgsetawgtshfgtthvkqltnsnqlpfifdvacvngdflfsmpcfaealmraqkdgk  268
DSSP  elllllllllllllllllhhhlllllllleeeeelllllllllllllhhhhhhhleelle


DSSP  ellllllllleellleehhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhhhhhhhhhllllllllhh
Query fstvpgyfswrnttrgswfmqalceelryagterdiltlltfvcqkvaldfesnapdsam  225
ident                                                             
Sbjct ptgtvaiiastidqywappmrgqdemneilcekhpnnikrtfggvtmngmfamvekykkd  328
DSSP  elllleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hllllllleeeellllllllll
Query mhqqkqvpcitsmltrllvfgk  247
ident                       
Sbjct genmldtwtvfgdpsllvrtlv  350
DSSP  hhhhhhheeeelllllllllll