No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2 Z-score=4.3

DSSP  ........lHHHHHHHHHHhHHHHLL...LLEEelllllEEELL....lLHHHHHHHHHH
Query ........sLRSDLINALYdENQKYD...VCGIisaegkIYPLG....sDTAVLSTIFEL   45
ident              |          |                        |        | 
Sbjct prpllsppeTEEQLLAQAQ.QLSGYTlgeLAAL.....vGLVTPenlkrDKGWIGVLLEI   54
DSSP  lllllllllLHHHHHHHHH.HLLLLLhhhHHHH.....lLLLLLlllllLLLHHHHHHHH


DSSP  HHHHhhhhhhhhllLEEElllllllllleeeellllllleeEEEEEEEEELLLLLL.LLL
Query FSRPiinkiaekhgYIVEepkqqnhypdftlykpsepnkkiAIDIKTTYTNKENEK.IKF  104
ident                                              ||             
Sbjct WLGA.......peqDFAA......................lGVELKTIPVDSLGRPlETT   85
DSSP  HLLL.......llhHHHL......................lLLEEEEEEELLLLLLlLLE


DSSP  EEEELL...lllLLLLLLLlllhhheeeEEEEEEEEEEllllllllllllhhhhhhllLL
Query TLGGYT...sfiRNNTKNIvypfdqyiaHWIIGYVYTRvatrksslktyninelneipKP  161
ident                                                             
Sbjct FVCVAPltgnsgVTWETSH....vrhklKRVLWIPVEG...............easipLA  126
DSSP  EEEELLllllllLLLLLLH....hhhhlLLEEEEEEEL...............lllllHH


DSSP  EEEEE.EEEEE.............................hhhhlLLLLLL.........
Query YKGVK.VFLQD.............................kwviaGDLAGS.........  182
ident    |    |                                                   
Sbjct QRRVGsPLLWSpneeedrqlredweelmdmivlgqveritarhgeYLQIRPlteaigarg  186
DSSP  HLLLLlLEEELllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhlllllllLEEEELleeeellll


DSSP  ....lLLLEEELLLLLHHHHHHLllllllhhhhhhhhhlllllhhhhllllllhhhhhhh
Query ....gNTTNIGSIHAHYKDFVEGkgifdsedefldywrnyertsqlrndkynniseyrnw  238
ident                                                             
Sbjct eriltLPRGFYLKKNFTSALLAR.....................................  209
DSSP  leeeeLLLEEEELHHHHHHHHHH.....................................


DSSP  hhhlll
Query iyrgrk  244
ident       
Sbjct .hfliq  214
DSSP  .lllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2 Z-score=2.6

DSSP  ...........LHHHHHHHHHH.....hHHHH..LLLLEeellllleeelllLHHHHHHH
Query ...........SLRSDLINALY.....dENQK..YDVCGiisaegkiyplgsDTAVLSTI   42
ident                     |                                       
Sbjct prpllsppeteEQLLAQAQQLSgytlgeLAALvgLVTPE.............NLKRDKGW   47
DSSP  llllllllllhHHHHHHHHHLLlllhhhHHHHllLLLLL.............LLLLLLLH


DSSP  HHHHHHHHHHhhhhhLLLEeelllllllllleeeelllllllEEEEEEEEEEElllllLL
Query FELFSRPIINkiaekHGYIveepkqqnhypdftlykpsepnkKIAIDIKTTYTnkeneKI  102
ident                                                             
Sbjct IGVLLEIWLG....aPEQD...................faalGVELKTIPVDS.....LG   79
DSSP  HHHHHHHHLL....lLLHH...................hhllLLEEEEEEELL.....LL


DSSP  LL..EEEE..............lLLLLllllllllllhhheEEEEEEEEEEEELllllll
Query KF..TLGG..............yTSFIrnntknivypfdqyIAHWIIGYVYTRVatrkss  146
ident     |                                         |             
Sbjct RPleTTFVcvapltgnsgvtwetSHVR...........hklKRVLWIPVEGEAS......  122
DSSP  LLllLEEEeelllllllllllllLHHH...........hhlLLEEEEEEELLLL......


DSSP  lllllhhhhhhlllLEEEEEE.EEEEHHhhllllllllllleeelllllhhhhhhlllll
Query lktyninelneipkPYKGVKV.FLQDKWviagdlagsgnttnigsihahykdfvegkgif  205
ident               |     |                                       
Sbjct .............iPLAQRRVgSPLLWS................................  137
DSSP  .............lLHHHLLLlLLEEEL................................


DSSP  llHHHHHHHHHLL..LLLH.......hhhllLLLL.........................
Query dsEDEFLDYWRNY..ERTS.......qlrndKYNN.........................  231
ident     |     |    |                                            
Sbjct .pNEEEDRQLREDweELMDmivlgqveritaRHGEylqirplteaigargeriltlprgf  196
DSSP  .lLHHHHHHHHHHhhHHHHhhhlllhhhlllLLLLleeeelleeeellllleeeelllee


DSSP  .....hhhhhhhhhhlll
Query .....iseyrnwiyrgrk  244
ident                   
Sbjct ylkknftsallarhfliq  214
DSSP  eelhhhhhhhhhhlllll