No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.9

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct namaihvgiidqdpvrlvtplldhrtvsrhiifigdhtqtviyqrlsdvlnkrnistdff   60
DSSP  llleeeeeelllllhhhhhhhhllllllleeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct eipagsntsaiksairelaetlkargeevkfnascglrhrllsayevfrsyhwpifvvep  120
DSSP  ellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhlleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhlllleeeell


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct nsdclcwlypegnndtqvqdritiadyltifgargefnspqldqqlyqlgerwasnalel  180
DSSP  llleeeeeelllllleellllllhhhhhhhllleeelllhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhh


DSSP  ................................llhhhhhhhhhhlllllllhhhhhhhhh
Query ................................kseleekkselrhklkyvpheyieliei   28
ident                                                             
Sbjct gpglatlnylattcrkeqkldvelsdkqqgyrelnlllsdlveakiasyengiltfinee  240
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhllleeellhhhhllhhhhhhhhhhhhllleeeelleeeellhh


DSSP  lllhhhHHHHHHHHHHHHhHHLL......lEEEELLLL..........LLLLEEEELLll
Query arnstqDRILEMKVMEFFmKVYG......yRGKHLGGS..........RKPDGAIYTVgs   72
ident          ||  |     |                               | |      
Sbjct arrfanGEWLETLVHSTV.KQIQddmptiqDRSLNVQVyrqlgerevrNELDVATVVN..  297
DSSP  hhhhhhLLHHHHHHHHHH.HHHHllllleeEEEEEEEEeeeelleeeeEEEEEEEEEL..


DSSP  llLLEEEEEEELLLllllllHHHHHHHHHHHHHHHHlllllllllhhhhlllllllEEEE
Query piDYGVIVDTKAYSggynlpIGQADEMQRYVEENQTrnkhinpnewwkvypssvteFKFL  132
ident       |   |                                                 
Sbjct ..NKLHIIECKTKG..mrdgDDTLYKLESLRDLLGG..................lqARAM  335
DSSP  ..LEEEEEEEELLL..llllLLHHHHHHHHHHHHHH..................hhLEEE


DSSP  EEELL.LLLLHHHHHHHHHhhhlleEEEEE...HHHHHHHhhhhhhllllhhHHHLllll
Query FVSGH.FKGNYKAQLTRLNhitncnGAVLS...VEELLIGgemikagtltleEVRRkfnn  188
ident  ||      |       |        |         |                       
Sbjct LVSFRpLRHNDITRAEDLG......LALIGpdeLKDLKTH.......ltqwfKAAG....  378
DSSP  EEELLlLLHHHHHHHHHHL......LEEELhhhHHHHHHH.......hhhhhHLLL....


DSSP  eelll
Query geinf  193
ident      
Sbjct ...gn  380
DSSP  ...ll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.0

DSSP  llhhhhhhhhhhlllllllhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeellll
Query kseleekkselrhklkyvpheyielieiarnstqdrilemkvmeffmkvygyrgkhlggs   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lllleeeellllllLLEEEEEEelllllllLLHHHhHHHHHHHHHHHhlllllllllhhh
Query rkpdgaiytvgspiDYGVIVDTkaysggynLPIGQaDEMQRYVEENQtrnkhinpnewwk  120
ident                    |                                        
Sbjct .............nAMAIHVGI........IDQDP.VRLVTPLLDHR.............   25
DSSP  .............lLLEEEEEE........LLLLL.HHHHHHHHLLL.............


DSSP  hlllllLLEEEEEEELLLLLLH.HHHHHHHHHhHLLEEEEEEH..........HHHHHHH
Query vypssvTEFKFLFVSGHFKGNY.KAQLTRLNHiTNCNGAVLSV..........EELLIGG  169
ident             |   |            ||   |                         
Sbjct .....tVSRHIIFIGDHTQTVIyQRLSDVLNK.RNISTDFFEIpagsntsaikSAIRELA   79
DSSP  .....lLLLEEEEEELHHHHHHhHHHHHHHHH.LLLEEEEEELlllllhhhhhHHHHHHH


DSSP  HHhhhllLLHH.................................................
Query EMikagtLTLE.................................................  180
ident |                                                           
Sbjct ET....lKARGeevkfnascglrhrllsayevfrsyhwpifvvepnsdclcwlypegnnd  135
DSSP  HH....hHHHLleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhlllleeeellllleeeeeellllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  180
ident                                                             
Sbjct tqvqdritiadyltifgargefnspqldqqlyqlgerwasnalelgpglatlnylattcr  195
DSSP  eellllllhhhhhhhllleeelllhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  180
ident                                                             
Sbjct keqkldvelsdkqqgyrelnlllsdlveakiasyengiltfineearrfangewletlvh  255
DSSP  hhllleeellhhhhllhhhhhhhhhhhhllleeeelleeeellhhhhhhhhllhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  180
ident                                                             
Sbjct stvkqiqddmptiqdrslnvqvyrqlgerevrneldvatvvnnklhiiecktkgmrdgdd  315
DSSP  hhhhhhhllllleeeeeeeeeeeeeelleeeeeeeeeeeeelleeeeeeeelllllllll


DSSP  ....................................................hhhlllll
Query ....................................................evrrkfnn  188
ident                                                             
Sbjct tlykleslrdllgglqaramlvsfrplrhnditraedlglaligpdelkdlkthltqwfk  375
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhleeeeeelllllhhhhhhhhhhlleeelhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  eelll
Query geinf  193
ident      
Sbjct aaggn  380
DSSP  lllll