No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.3

DSSP  ....................................................llllhhHH
Query ....................................................shpdlnKL    8
ident                                                             
Sbjct mynlhrekifmsynqnkqylednpeiqekielyglnllnevisdneeeiradyneanfLH   60
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhLH


DSSP  HHHHHHH.hhhhhhhhhlllllllllLHHHHHHHHHHHL......lLLLLL..llLLLEE
Query LELWPHI.qeyqdlalkhgindifqgNGGKLLQVLLITG......lTVLPG..reGNDAV   59
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Sbjct PFWMNYPpldrgkmpkgdqipwievgEKAVGSKLTRLVSqreditvREIGLptgpDERYL  120
DSSP  HHHLLLLlllllllllllllllhhhhHHHLHHHHHHHHHllllleeELLLLllllLEEEE


DSSP  LLL............LLEEEEEEEELL...LLLEELLLL.....................
Query DNA............GQEYELKSINID...LTKGFSTHH.....................   83
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Sbjct LTSptiysltngftdSIMMFVDIKSVGprdSDYDLVLSPnqvsgngdwaqleggiqnnqq  180
DSSP  EELhhhhhhllllllEEEEEEEELLLLlllLLLEEEELHhhlllllllllllllllllle


DSSP  ......lllhhHHHHHHL..........LLEEEEEEEL.............LEEEEEEEE
Query ......hmnpvIIAKYRQ..........VPWIFAIYRG.............IAIEAIYRL  114
ident                             |   |                           
Sbjct tiqgprssqifLPTIPPLyilsdgtiapVVHLFIKPIYamrsltkgdtgqsLYKIKLASV  240
DSSP  eeelllleeeeLLLLLLEeellllleeeEEEEEEEEEEeehhhlllllleeEEEEEEEEE


DSSP  LH.HHHH...HHHH......hhhhhhhhLLLL.LLLLLLEEHHHHHHH.lEELL.....
Query EP.KDLE...FYYD......kwerkwysDGHK.DINNPKIPVKYVMEH.gTKIY.....  156
ident      |     |                                               
Sbjct PNgLGLFcnpGYAFdsaykflfrpgkddRTKSlLQKRVRVDLRVLDKIgpRVMTidmdk  299
DSSP  LLhHHHHlllLHHHlhhhllleeellllLLLLlLLLLEEEEHHHHLLLllLEEEeelll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.0

DSSP  .................................................llllhhhhhhH
Query .................................................shpdlnklleL   11
ident                                                             
Sbjct mynlhrekifmsynqnkqylednpeiqekielyglnllnevisdneeeiradyneanflH   60
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhlH


DSSP  HHHHHHHHhhhhhlllllllllLHHHHHHHHHHHL...........llllLLLLllLEEL
Query WPHIQEYQdlalkhgindifqgNGGKLLQVLLITG...........ltvlPGREgnDAVD   60
ident                              |                          |   
Sbjct PFWMNYPPldrgkmpkgdqipwIEVGEKAVGSKLTrlvsqreditvreigLPTG.pDERY  119
DSSP  HHHLLLLLllllllllllllllHHHHHHHLHHHHHhhhhllllleeelllLLLL.lLEEE


DSSP  LL................lLEEEEEEEELllLLEElllllllhhhHHHHHL.........
Query NA................gQEYELKSINIdlTKGFsthhhmnpviIAKYRQ.........   95
ident                         ||                                  
Sbjct LLtsptiysltngftdsimMFVDIKSVGP..RDSD.....ydlvlSPNQVSgngdwaqle  172
DSSP  EEelhhhhhhlllllleeeEEEEELLLLL..LLLL.....leeeeLHHHLLlllllllll


DSSP  ......................................LLEEEEEEEL.........LEE
Query ......................................VPWIFAIYRG.........IAI  108
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Sbjct ggiqnnqqtiqgprssqiflptipplyilsdgtiapvvHLFIKPIYAMrsltkgdtgQSL  232
DSSP  llllllleeeelllleeeelllllleeellllleeeeeEEEEEEEEEEhhhllllllEEE


DSSP  EEEEEELHH..........hhhhhhHHHHhhhhhlllllLLLL...............le
Query EAIYRLEPK..........dlefyyDKWErkwysdghkdINNP...............ki  143
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Sbjct YKIKLASVPnglglfcnpgyafdsaYKFL.........fRPGKddrtksllqkrvrvdlr  283
DSSP  EEEEEEEELlhhhhhllllhhhlhhHLLL.........eEELLllllllllllleeeehh


DSSP  ehhhhhHHLEELL...
Query pvkyvmEHGTKIY...  156
ident            |    
Sbjct vldkigPRVMTIDmdk  299
DSSP  hhllllLLEEEEElll