No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=48.9

DSSP  ..................LLLLL...LLLL...LLLLLLEEELLEEELLllLLEEEEEEL
Query ..................AVPAP...NQQP...EVFCNQIFINNEWHDAvsRKTFPTVNP   36
ident                   |  |                   |  || |          ||
Sbjct mtvepfrnepietfqteeARRAMreaLRRVreeFGRHYPLYIGGEWVDT..KERMVSLNP   58
DSSP  llllllllllllllllhhHHHHHhhhHHHHhhlLLEEELEEELLEEELL..LLEEEEEEL


DSSP  LLL.EEEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHHLLlllHHHHLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHH
Query STG.EVICQVAEGDKEDVDKAVKAARAAFQlgsPWRRMDASHRGRLLNRLADLIERDRTY   95
ident |   ||    |   |     |  ||  ||     |       | |||   | |  |    
Sbjct SAPsEVVGTTAKAGKAEAEAALEAAWKAFK...TWKDWPQEDRSRLLLKAAALMRRRKRE  115
DSSP  LEEeEEEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHHHH...HHLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHH


DSSP  HHHHHHHHHLLLHHHHHhLHHHHHHHHHHHHHHHLLLLL..LLEELLLLLEEEEEEEEEL
Query LAALETLDNGKPYVISYlVDLDMVLKCLRYYAGWADKYH..GKTIPIDGDFFSYTRHEPV  153
ident | |      ||  |     |         |||  |  |                    | 
Sbjct LEATLVYEVGKNWVEAS.ADVAEAIDFIEYYARAALRYRypAVEVVPYPGEDNESFYVPL  174
DSSP  HHHHHHHHHLLLHHHHH.HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLllLLLLLLLLLEEEEEEEEEL


DSSP  LEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLLEE
Query GVCGQIIPWNFPLLMQAWKLGPALATGNVVVMKVAEQTPLTALYVANLIKEAGFPPGVVN  213
ident |    | |||||            | || |  | ||        |     ||||||||||
Sbjct GAGVVIAPWNFPVAIFTGMIVGPVAVGNTVIAKPAEDAVVVGAKVFEIFHEAGFPPGVVN  234
DSSP  LEEEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLEE


DSSP  ELLLLLLLHHHHHHLLLLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHLL.....LLEEEEELLLLEE
Query IVPGFGPTAGAAIASHEDVDKVAFTGSTEIGRVIQVAAGSSN.....LKRVTLELGGKSP  268
ident   || |   ||    |       |||| | |  |  |||         ||   | |||  
Sbjct FLPGVGEEVGAYLVEHPRIRFINFTGSLEVGLKIYEAAGRLApgqtwFKRAYVETGGKNA  294
DSSP  ELLLLLLHHHHHHHLLLLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHLLLLlllllLLEEEEELLLLEE


DSSP  EEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLL
Query NIIMSDADMDWAVEQAHFALFFNQGQCSCAGSRTFVQEDIYDEFVERSVARAKSRVVGNP  328
ident  |    || | | |         |||   | ||       |    ||   ||    ||  
Sbjct IIVDETADFDLAAEGVVVSAYGFQGQKCSAASRLILTQGAYEPVLERVLKRAERLSVGPA  354
DSSP  EEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLH


DSSP  LLLlLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHLlLEEEELLLLLLLLLLLLLLEEEELLLLLLH
Query FDSkTEQGPQVDETQFKKILGYINTGKQEgAKLLCGGGIAADRGYFIQPTVFGDVQDGMT  388
ident        || |   |  | | ||  || |   |  ||      |||| ||||  |     
Sbjct EEN.PDLGPVVSAEQERKVLSYIEIGKNE.GQLVLGGKRLEGEGYFIAPTVFTEVPPKAR  412
DSSP  HHL.LLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLL.LEEEELLLLLLLLLLLLLLEEEELLLLLLH


DSSP  HHHLLLLLLEEEEEEELLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEEL
Query IAKEEIFGPVMQILKFKTIEEVVGRANNSTYGLAAAVFTKDLDKANYLSQALQAGTVWVN  448
ident || |||||||      |   |    ||   |||   |                 |    |
Sbjct IAQEEIFGPVLSVIRVKDFAEALEVANDTPYGLTGGVYSRKREHLEWARREFHVGNLYFN  472
DSSP  HHLLLLLLLEEEEEEELLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEEL


DSSP  LL.LLLLLL.LLLLLLHHHEE.LLLLLHHHHHHHEEEEEEEEELlllll
Query CY.DVFGAQ.SPFGGYKMSGS.GRELGEYGLQAYTEVKTVTVKVpqkns  494
ident            |||| | ||          |    | | |         
Sbjct RKiTGALVGvQPFGGFKLSGTnAKTGALDYLRLFLEMKAVAERF.....  516
DSSP  LLlLLLLLLlLLLLLLHHHLLlLLLLLHHHHHLLEEEEEEEEEL.....


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.2

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct psevvgttakagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatl  120
DSSP  eeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhh


DSSP  .................llllllllllllllleeelleeelllllleeeeeelllleeee
Query .................avpapnqqpevfcnqifinnewhdavsrktfptvnpstgevic   43
ident                                                             
Sbjct vyevgknwveasadvaeaidfieyyaraalryrypavevvpypgednesfyvplgagvvi  180
DSSP  hhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeelleeeee


DSSP  eeelllhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhh
Query qvaegdkedvdkavkaaraafqlgspwrrmdashrgrllnrladlierdrtylaaletld  103
ident                                                             
Sbjct apwnfpvaiftgmivgpvavgntviakpaedavvvgakvfeifheagfppgvvnflpgvg  240
DSSP  lllllllhhhhhhhhhhhhllleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllll


DSSP  hlllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllllleellllleeeeeeeeelLEEEEELLLL
Query ngkpyvisylvdldmvlkclryyagwadkyhgktipidgdffsytrhepvGVCGQIIPWN  163
ident                                                   |    |    
Sbjct eevgaylvehprirfinftgslevglkiyeaagrlapgqtwfkrayvetgGKNAIIVDET  300
DSSP  lhhhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhhhllllllllllleeeeellLLEEEEELLL


DSSP  .LHHHHHHHHHHHHHHLLL.....eEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHL...........
Query .FPLLMQAWKLGPALATGN.....vVVMKVAEQTPLTALYVANLIKEAG...........  206
ident     |        |                        |       |             
Sbjct aDFDLAAEGVVVSAYGFQGqkcsaaSRLILTQGAYEPVLERVLKRAERLsvgpaeenpdl  360
DSSP  lLHHHHHHHHHHHHHHHHHllllleEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHLLLllllhhhllll


DSSP  .......................................LLLL.................
Query .......................................FPPG.................  210
ident                                         |                   
Sbjct gpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlggkrlegegyfiAPTVftevppkariaqeeifg  420
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeellllllllllllLLEEeellllllhhhllllll


DSSP  .LEEELLL.LLLLHHHHHHLLLLLLEEEEEL.LHHHHHHHHHHHHhlllLEEEEElllle
Query .VVNIVPG.FGPTAGAAIASHEDVDKVAFTG.STEIGRVIQVAAGssnlKRVTLElggks  267
ident  |           |                    |                         
Sbjct pVLSVIRVkDFAEALEVANDTPYGLTGGVYSrKREHLEWARREFH...vGNLYFN.....  472
DSSP  lEEEEEEElLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELlLHHHHHHHHHHLL...lLEEEEL.....


DSSP  eeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhlllll
Query pniimsdadmdwaveqahfalffnqgqcscagsrtfvqediydefversvaraksrvvgn  327
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeelllllllllllllleeeellllll
Query pfdskteqgpqvdetqfkkilgyintgkqegakllcgggiaadrgyfiqptvfgdvqdgm  387
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhlllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeee
Query tiakeeifgpvmqilkfktieevvgrannstyglaaavftkdldkanylsqalqagtvwv  447
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllllllllllhhheelllllhhhhhHHEEEEE.......................
Query ncydvfgaqspfggykmsgsgrelgeyglqAYTEVKT.......................  484
ident                                                             
Sbjct ............................rkITGALVGvqpfggfklsgtnaktgaldylr  504
DSSP  ............................llLLLLLLLlllllllhhhllllllllhhhhh


DSSP  ..eeeellllll
Query ..vtvkvpqkns  494
ident             
Sbjct lflemkavaerf  516
DSSP  lleeeeeeeeel


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.0

DSSP  llllllllllllllleeelleeelllllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhh
Query avpapnqqpevfcnqifinnewhdavsrktfptvnpstgevicqvaegdkedvdkavkaa   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhlllllhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhh
Query raafqlgspwrrmdashrgrllnrladlierdrtylaaletldngkpyvisylvdldmvl  120
ident                                                             
Sbjct ..............................mtvepfrnepietfqteearramrealrrv   30
DSSP  ..............................llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhllllllleellllleeeeeeeeelleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhll
Query kclryyagwadkyhgktipidgdffsytrhepvgvcgqiipwnfpllmqawklgpalatg  180
ident                                                             
Sbjct reefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsapsevvgttakagkaeaeaaleaawkafktw   90
DSSP  hhllleeeleeelleeelllleeeeeelleeeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  leeeeellllllhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllllllhhhhhhlllllleeeeell
Query nvvvmkvaeqtpltalyvanlikeagfppgvvnivpgfgptagaaiashedvdkvaftgs  240
ident                                                             
Sbjct kdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatlvyevgknwveasadvaeaidfieyyaraal  150
DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhlllleeeeellLLEEEEELLLlLHHHHHHHHHHHHHHHHHllllleE
Query teigrviqvaagssnlkrvtlelgGKSPNIIMSDaDMDWAVEQAHFALFFNQGqcscagS  300
ident                         |    |                              
Sbjct ryrypavevvpypgednesfyvplGAGVVIAPWN.FPVAIFTGMIVGPVAVGN.....tV  204
DSSP  hhlllllllllllleeeeeeeeelLEEEEELLLL.LLLHHHHHHHHHHHHLLL.....eE


DSSP  EEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHLlllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllle
Query RTFVQEDIYDEFVERSVARAKSRvvgnpfdskteqgpqvdetqfkkilgyintgkqegak  360
ident      ||                                                     
Sbjct IAKPAEDAVVVGAKVFEIFHEAG.....................................  227
DSSP  EEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHL.....................................


DSSP  eeelllllllllllllLEEEellllllhhhhllllllEEEEEEELLHHHHHHHHHLLlLL
Query llcgggiaadrgyfiqPTVFgdvqdgmtiakeeifgpVMQILKFKTIEEVVGRANNStYG  420
ident                                      |   |     |            
Sbjct ................FPPG.................VVNFLPGVGEEVGAYLVEHP.RI  253
DSSP  ................LLLL.................LEEELLLLLLHHHHHHHLLL.LL


DSSP  LEEEEELlLHHHHHHHHHHL........llLEEEEL........................
Query LAAAVFTkDLDKANYLSQAL........qaGTVWVN........................  448
ident          |        |               |                         
Sbjct RFINFTG.SLEVGLKIYEAAgrlapgqtwfKRAYVEtggknaiivdetadfdlaaegvvv  312
DSSP  LEEEEEL.LHHHHHHHHHHHllllllllllLEEEEElllleeeeelllllhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  448
ident                                                             
Sbjct saygfqgqkcsaasrliltqgayepvlervlkraerlsvgpaeenpdlgpvvsaeqerkv  372
DSSP  hhhhhhhllllleeeeeeehhhhhhhhhhhhhhhlllllllhhhlllllllllhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  448
ident                                                             
Sbjct lsyieigknegqlvlggkrlegegyfiaptvftevppkariaqeeifgpvlsvirvkdfa  432
DSSP  hhhhhhhlllleeeelllllllllllllleeeellllllhhhllllllleeeeeeellhh


DSSP  ......................................llllllllllllllhhheelll
Query ......................................cydvfgaqspfggykmsgsgre  470
ident                                                             
Sbjct ealevandtpygltggvysrkrehlewarrefhvgnlyfnrkitgalvgvqpfggfklsg  492
DSSP  hhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllllhhhl


DSSP  llhhhhhhheeeeeeeeellllll
Query lgeyglqaytevktvtvkvpqkns  494
ident                         
Sbjct tnaktgaldylrlflemkavaerf  516
DSSP  lllllllhhhhhlleeeeeeeeel