No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=14.8

DSSP  ...........................llllllllllllllleeelleeelllllLEEEe
Query ...........................avpapnqqpevfcnqifinnewhdavsrKTFPt   33
ident                                                             
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfDKTT.   59
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllLLLL.


DSSP  eelllleeeeeEELLlhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhHLH
Query vnpstgevicqVAEGdkedvdkavkaaraafqlgspwrrmdashrgrllnrladlieRDR   93
ident            |                                                
Sbjct ...........VTAL...............................kvsaeeiaaasERL   77
DSSP  ...........LLLL...............................lllhhhhhhhhHHL


DSSP  HHHHhhhhhhhlllhhhhHHLHHHHHHHHHHHHHHHllLLLLLEELLLLLEEEEEEEEEL
Query TYLAaletldngkpyvisYLVDLDMVLKCLRYYAGWadKYHGKTIPIDGDFFSYTRHEPV  153
ident                          |            |                   ||
Sbjct SDEL..............KQAMAVAVKNIETFHTAQ..KLPPVDVETQPGVRCQQVTRPV  121
DSSP  LHHH..............HHHHHHHHHHHHHHHHLL..LLLLEEEEEELLEEEEEEEEEL


DSSP  LEEEEELLL..lLHHHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLLHHHHHHHHHHhhhlllll
Query GVCGQIIPW..nFPLLMQAWKLGPALATGN.VVVMKVAEQTPLTALYVANLIkeagfppg  210
ident    |  ||               ||   |   ||           || | |         
Sbjct ASVGLYIPGgsaPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIADEILYAAQLC.......g  174
DSSP  LEEEEELLLlllLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLLHHHHHHHHHL.......l


DSSP  lEEELLLLLLLHHHHHHLL....lLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHLLLLEEEEELL.L
Query vVNIVPGFGPTAGAAIASH....eDVDKVAFTGSTEIGRVIQVAAGSSNLKRVTLELG.G  265
ident         |  | || |        |||    |                        |  
Sbjct vQDVFNVGGAQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKRQVSQRLDGAAIDMPAGpS  234
DSSP  lLEEEELLHHHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLLLLEELLLLLlL


DSSP  LEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHhHHHHHLlllLEEEEEEEHH.HHHHHHHHHHHHHHHLL
Query KSPNIIMSDADMDWAVEQAHFAlFFNQGQcscAGSRTFVQED.IYDEFVERSVARAKSRV  324
ident     |  | |  |                                    |          
Sbjct EVLVIADSGATPDFVASDLLSQ.AEHGPD...SQVILLTPAAdMARRVAEAVERQLAELP  290
DSSP  EEEEEELLLLLHHHHHHHHHHH.HLLLLL...LEEEEEELLHhHHHHHHHHHHHHHHLLL


DSSP  LlllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeelllllllllllLLLEeeelll
Query VgnpfdskteqgpqvdetqfkkilgyintgkqegakllcgggiaadrgyfIQPTvfgdvq  384
ident                                                             
Sbjct R................................................aETAR......  296
DSSP  L................................................lHHHH......


DSSP  lllhhhhllllLLEE..EEEEELLHHHHHHHHHLLllLLEEEEELLlhhHHHHHHHHL.L
Query dgmtiakeeifGPVM..QILKFKTIEEVVGRANNStyGLAAAVFTKdldKANYLSQAL.Q  441
ident                       |     |   |           |     |  |      
Sbjct ...........QALNasRLIVTKDLAQCVEISNQY.gPEHLIIQTR...NARELVDSItS  341
DSSP  ...........HHHLllEEEELLLHHHHHHHHHHH.lLLEEEEELL...LHHHHHHHLlL


DSSP  LLEEEEL...LLLLL..LLLLLL.LLLHHH..eELLLllhhHHHHHEEEEEEEEELLLLL
Query AGTVWVN...CYDVF..GAQSPF.GGYKMS..gSGRElgeyGLQAYTEVKTVTVKVPQKN  493
ident || |                                     ||       ||        
Sbjct AGSVFLGdwsPESAGdyASGTNHvLPTYGYtatCSSL....GLADFQKRMTVQELSKEGF  397
DSSP  LLEEEELlllLHHHHhhLLLLLLlLLLLLHhhlLLLL....LHHHHEEEEEEEEELHHHH


DSSP  .................................l
Query .................................s  494
ident                                   
Sbjct salastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  hhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.1

DSSP  llllllllllllLLLEeelleeeLLLLlleeeeeelllleeeeeeelllhhhhHHHHHhh
Query avpapnqqpevfCNQIfinnewhDAVSrktfptvnpstgevicqvaegdkedvDKAVKaa   60
ident                |                                            
Sbjct ............NTII....dwnSCTA.......................eqqRQLLM..   19
DSSP  ............LLEE....ehhHLLH.......................hhhHHHLL..


DSSP  hhhLLLL.....................................................
Query raaFQLG.....................................................   67
ident                                                             
Sbjct ..rPAISasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserl   77
DSSP  ..lLLLLllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhl


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   67
ident                                                             
Sbjct sdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfs  137
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhh


DSSP  ...........lhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhh
Query ...........spwrrmdashrgrllnrladlierdrtylaaletldngkpyvisylvdl  116
ident                                                             
Sbjct tvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesv  197
DSSP  hhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhlllll


DSSP  hhhhhhhhhhhhhllllllleellllleeeeEEEEElLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHH
Query dmvlkclryyagwadkyhgktipidgdffsyTRHEPvGVCGQIIPWNFPLLMQAWKLGPA  176
ident                                    |      |          |  |   
Sbjct pkvdkifgpgnafvteakrqvsqrldgaaidMPAGP.SEVLVIADSGATPDFVASDLLSQ  256
DSSP  lllleeellllhhhhhhhhhhhhllllleelLLLLL.LEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHH


DSSP  HHLL..LEEEEELLLLLL.HHHHHHHHHHHHHL......LLLL.LEEELLL.LLLLHHHH
Query LATG..NVVVMKVAEQTP.LTALYVANLIKEAG......FPPG.VVNIVPG.FGPTAGAA  225
ident    |    |                                                   
Sbjct AEHGpdSQVILLTPAADMaRRVAEAVERQLAELpraetaRQALnASRLIVTkDLAQCVEI  316
DSSP  HLLLllLEEEEEELLHHHhHHHHHHHHHHHHLLlllhhhHHHHlLLEEEELlLHHHHHHH


DSSP  HhLLLLLLEEEEELLhhHHHHHHHHHhhLLLLEEEEElllleeeeelllllhhhhhhhhh
Query IaSHEDVDKVAFTGSteIGRVIQVAAgsSNLKRVTLElggkspniimsdadmdwaveqah  285
ident                    |             | |                        
Sbjct S.NQYGPEHLIIQTR..NARELVDSI..TSAGSVFLG.......................  348
DSSP  H.HHHLLLEEEEELL..LHHHHHHHL..LLLLEEEEL.......................


DSSP  hhhhhhhhllllleeeeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhh
Query falffnqgqcscagsrtfvqediydefversvaraksrvvgnpfdskteqgpqvdetqfk  345
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhllleeeelllllllllllllleeeellllllhhhhlllllleeeeeeel
Query kilgyintgkqegakllcgggiaadrgyfiqptvfgdvqdgmtiakeeifgpvmqilkfk  405
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  lhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhh
Query tieevvgrannstyglaaavftkdldkanylsqalqagtvwvncydvfgaqspfggykms  465
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  eELLLllhhHHHH...............................................
Query gSGRElgeyGLQA...............................................  478
ident     |                                                       
Sbjct dWSPE....SAGDyasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrmtvqelskegfsalasti  404
DSSP  lLLLH....HHHHhllllllllllllhhhllllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhh


DSSP  ...........heeeeeeeeellllll
Query ...........ytevktvtvkvpqkns  494
ident                            
Sbjct etlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  hhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.2

DSSP  llllllllllllllleeelleeelllllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhh
Query avpapnqqpevfcnqifinnewhdavsrktfptvnpstgevicqvaegdkedvdkavkaa   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhlllllhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhh
Query raafqlgspwrrmdashrgrllnrladlierdrtylaaletldngkpyvisylvdldmvl  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhllllllleellllleeeeeeeeelleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhll
Query kclryyagwadkyhgktipidgdffsytrhepvgvcgqiipwnfpllmqawklgpalatg  180
ident                                                             
Sbjct .......................ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndil   37
DSSP  .......................lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhh


DSSP  leeeeellllllhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllllllhhhhhhlllllleeeeell
Query nvvvmkvaeqtpltalyvanlikeagfppgvvnivpgfgptagaaiashedvdkvaftgs  240
ident                                                             
Sbjct dnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfht   97
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhlllleeeeellLLEEEEELLL.llHHHHHHHHHHHHHHhhHLLLlle
Query teigrviqvaagssnlkrvtlelgGKSPNIIMSD.adMDWAVEQAHFALFFnqGQCScag  299
ident                               |          |             |    
Sbjct aqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvASVGLYIPGGsapLFSTVLMLATPASI..AGCK..k  153
DSSP  lllllleeeeeelleeeeeeeeelLEEEEELLLLlllLHHHHHHHHHHHHH..HLLL..e


DSSP  EEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlll
Query SRTFVQEDIYDEFVERSVARAksrvvgnpfdskteqgpqvdetqfkkilgyintgkqega  359
ident         | ||                                                
Sbjct VVLCSPPPIADEILYAAQLCG.......................................  174
DSSP  EEEEELLLLLHHHHHHHHHLL.......................................


DSSP  eeeelllllllllllllleeeellllllhhhhlllllleEEEEEEllHHHHHHHHHLL..
Query kllcgggiaadrgyfiqptvfgdvqdgmtiakeeifgpvMQILKFktIEEVVGRANNS..  417
ident                                                             
Sbjct ......................................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGte  195
DSSP  ......................................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLll


DSSP  ..lLLLEEEEELllHHHHHHHHHHLL....lLEEEE........................
Query ..tYGLAAAVFTkdLDKANYLSQALQ....aGTVWV........................  447
ident                                                             
Sbjct svpKVDKIFGPG..NAFVTEAKRQVSqrldgAAIDMpagpsevlviadsgatpdfvasdl  253
DSSP  lllLLLEEELLL..LHHHHHHHHHHHhllllLEELLllllleeeeeelllllhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  447
ident                                                             
Sbjct lsqaehgpdsqvilltpaadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqc  313
DSSP  hhhhlllllleeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  447
ident                                                             
Sbjct veisnqygpehliiqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygyta  373
DSSP  hhhhhhhllleeeeelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhh


DSSP  ......llLLLL.....lllllllllhhheelllllhhhhhhheeeeeeeeellllll
Query ......ncYDVF.....gaqspfggykmsgsgrelgeyglqaytevktvtvkvpqkns  494
ident                                                           
Sbjct tcsslglaDFQKrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  llllllhhHHEEeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl