No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=14.8

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllLLLL.
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfDKTT.   59
ident                                                             
Sbjct ..........................agllegvikekggvpvypsylagewggsgQEIEv   34
DSSP  ..........................lhhhlllleeelleeeeleelllleelllLEEEe


DSSP  ...........LLLL............................lllhhhhhhhhhhLLHH
Query ...........VTAL............................kvsaeeiaaaserLSDE   80
ident            |                                              | 
Sbjct kspidlatiakVISPsreevertldvlfkrgrwsardmpgterlavlrkaadiierNLDV   94
DSSP  elllllleeeeEELLlhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhLHHH


DSSP  HH..............HHHHHHHHHHHHHHHLL..LLLLEEEEEE.....LLEEEEEEEE
Query LK..............QAMAVAVKNIETFHTAQ..KLPPVDVETQ.....PGVRCQQVTR  119
ident                      |             |                        
Sbjct FAevlvmnagkpksaaVGEVKAAVDRLRLAELDlkKIGGDYIPGDwtydtLETEGLVRRE  154
DSSP  HHhhhhhhhlllhhhhHHHHHHHHHHHHLLLHHhhHLLLEEEELLlllllLLEEEEEEEE


DSSP  ELLEEEEELLLlllLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLLHHHHHHHHHLL.....
Query PVASVGLYIPGgsaPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIADEILYAAQLCG.....  174
ident |   |    |              |   | |   ||             |          
Sbjct PLGVVAAITPF..nYPLFDAVNKITYSFIYGN.AVVVKPSISDPLPAAMAVKALLdagfp  211
DSSP  ELLEEEEELLL..lLLLHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHhllll


DSSP  ..lLEEEELLHHHHhHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHHHHHHlllLLEELLLLL
Query ..vQDVFNVGGAQAiAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKRQVSQrldGAAIDMPAG  232
ident        |  |  |             |      |   | |    |          |  |
Sbjct pdaIALLNLPGKEA.EKIVAD....dRVAAVSFTGSTEVGERVVKVGG...VKQYVMELG  263
DSSP  lllEEELLLLHHHL.HHHHLL....lLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHL...LLEEEEELL


DSSP  lLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHH.LLLLL...LEEEEEELLHhHHHHHHHHHHHHHHL
Query pSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQA.EHGPD...SQVILLTPAAdMARRVAEAVERQLAE  288
ident       |    |  |  |                     |           | |   |  
Sbjct .GGDPAIVLEDADLDLAADKIARGIySYAGQrcdAIKLVLAERP.VYGKLVEEVAKRLSS  321
DSSP  .LLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHhHHHHLlllLEEEEEEEHH.HHHHHHHHHHHHHHL


DSSP  LLL..............................................lHHHH......
Query LPR..............................................aETAR......  296
ident |                                                           
Sbjct LRVgdprdptvdvgplispsavdemmaaiedavekggrvlaggrrlgptyVQPTfveapa  381
DSSP  LLLlllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeellleeelleELLEeeellh


DSSP  ..............HHHLllEEEELLLHHHHHHHHHHH.LLLEEEEELL...LHHHHHHH
Query ..............QALNasRLIVTKDLAQCVEISNQY.GPEHLIIQTR...NARELVDS  338
ident                          ||| |  |  |            |     |  |  
Sbjct drvkdmvlykrevfAPVA..LAVEVKDLDQAIELANGRpYGLDAAVFGRdvvKIRRAVRL  439
DSSP  hhhlllhhhhllllLLEE..EEEEELLHHHHHHHHHLLlEELEEEEELLlhhHHHHHHHH


DSSP  LlLLLEEEELllLLHHhhHHLLLLLLlLLLLLHhhlLLLL....LHHHHEEEEEEEEELH
Query ItSAGSVFLGdwSPESagDYASGTNHvLPTYGYtatCSSL....GLADFQKRMTVQELSK  394
ident     |                                                |     |
Sbjct L.EVGAIYIN..DMPR..HGIGYYPF.GGRKKS..gVFREgigyAVEAVTAYKTIVFNYK  491
DSSP  L.LLLEEEEL..LLLL..LLLLLLLL.LLEELL..eELLLllllLHHHHEEEEEEEEELL


DSSP  HhhHHHHhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query EgfSALAstietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                      
Sbjct G.kGVWK............................ye  499
DSSP  L.lLLLL............................ll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.9

DSSP  ................LLEE...........................EHHHllhHHHHHH
Query ................NTII...........................DWNSctaEQQRQL   17
ident                                                       |     
Sbjct agllegvikekggvpvYPSYlagewggsgqeievkspidlatiakviSPSR...EEVERT   57
DSSP  lhhhlllleeelleeeELEElllleelllleeeeelllllleeeeeeLLLH...HHHHHH


DSSP  LLLllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhl
Query LMRpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserl   77
ident |                                                           
Sbjct LDV.........................................................   60
DSSP  HHH.........................................................


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhh
Query sdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfs  137
ident                                                             
Sbjct ............................................................   60
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhlllll
Query tvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesv  197
ident                                                             
Sbjct .lfkrgrwsardmpgterlavlrkaadiiernldvfaevlvmnagkpksaavgevkaavd  119
DSSP  .hhhlhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhh


DSSP  lllleeellllhhhhhhhhhhhhllllleelLLLLL.LEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHH
Query pkvdkifgpgnafvteakrqvsqrldgaaidMPAGP.SEVLVIADSGATPDFVASDLLSQ  256
ident                                    |   |  |                 
Sbjct rlrlaeldlkkiggdyipgdwtydtleteglVRREPlGVVAAITPFNYPLFDAVNKITYS  179
DSSP  hhhlllhhhhhllleeeellllllllleeeeEEEEElLEEEEELLLLLLLHHHHHHHHHH


DSSP  HLLLllLEEEEEELLHHHhHHHHHHHHHHHHLLlllhhhhHHHLLLEEEELLLhHHHHHH
Query AEHGpdSQVILLTPAADMaRRVAEAVERQLAELpraetarQALNASRLIVTKDlAQCVEI  316
ident    |    |       |     | ||   |              |  |           |
Sbjct FIYG..NAVVVKPSISDP.LPAAMAVKALLDAG.......FPPDAIALLNLPG.KEAEKI  228
DSSP  HHLL..LEEEEELLLLLL.HHHHHHHHHHHHLL.......LLLLLEEELLLLH.HHLHHH


DSSP  HHHHLLLEEEEELLL..HHHHHHHLLLLlEEEEL..........................
Query SNQYGPEHLIIQTRN..ARELVDSITSAgSVFLG..........................  348
ident                      |                                      
Sbjct VADDRVAAVSFTGSTevGERVVKVGGVK.QYVMElgggdpaivledadldlaadkiargi  287
DSSP  HLLLLLLEEEEELLHhhHHHHHHHHLLL.EEEEElllleeeeelllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct ysyagqrcdaiklvlaerpvygklveevakrlsslrvgdprdptvdvgplispsavdemm  347
DSSP  hhhhhllllleeeeeeehhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct aaiedavekggrvlaggrrlgptyvqptfveapadrvkdmvlykrevfapvalavevkdl  407
DSSP  hhhhhhhhllleeeellleeelleelleeeellhhhhlllhhhhlllllleeeeeeellh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct dqaielangrpygldaavfgrdvvkirravrllevgaiyindmprhgigyypfggrkksg  467
DSSP  hhhhhhhhllleeleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeellllllllllllllleelle


DSSP  lLLLH..HHHHhllllllllllllhhhllllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhh
Query dWSPE..SAGDyasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrmtvqelskegfsalastiet  406
ident         |                                                   
Sbjct vFREGigYAVE.................................................  478
DSSP  eLLLLllLLHH.................................................


DSSP  hhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query laaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                          
Sbjct ....avtayktivfnykgkgvwkye  499
DSSP  ....hheeeeeeeeellllllllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.4

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct agllegvikekggvpvypsylagewggsgqeievkspidlatiakvispsreevertldv   60
DSSP  lhhhlllleeelleeeeleelllleelllleeeeelllllleeeeeelllhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct lfkrgrwsardmpgterlavlrkaadiiernldvfaevlvmnagkpksaavgevkaavdr  120
DSSP  hhhlhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ......................lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhh
Query ......................ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndild   38
ident                                                             
Sbjct lrlaeldlkkiggdyipgdwtydtleteglvrreplgvvaaitpfnyplfdavnkitysf  180
DSSP  hhlllhhhhhllleeeellllllllleeeeeeeeelleeeeelllllllhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query nvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhta   98
ident                                                             
Sbjct iygnavvvkpsisdplpaamavkalldagfppdaiallnlpgkeaekivaddrvaavsft  240
DSSP  hllleeeeellllllhhhhhhhhhhhhllllllleeellllhhhlhhhhlllllleeeee


DSSP  llllleeeeeelleeeeeeeeelLEEEEELLLLllLLHHHHHHHHHHHHH..HLLL..eE
Query qklppvdvetqpgvrcqqvtrpvASVGLYIPGGsaPLFSTVLMLATPASI..AGCK..kV  154
ident                                     |       |               
Sbjct gstevgervvkvggvkqyvmelgGGDPAIVLED.aDLDLAADKIARGIYSyaGQRCdaiK  299
DSSP  llhhhhhhhhhhhllleeeeellLLEEEEELLL.lLHHHHHHHHHHHHHHhhHLLLlleE


DSSP  EEEELLLLLHHHHHHHHHLL........................................
Query VLCSPPPIADEILYAAQLCG........................................  174
ident       |                                                     
Sbjct LVLAERPVYGKLVEEVAKRLsslrvgdprdptvdvgplispsavdemmaaiedavekggr  359
DSSP  EEEEEHHHHHHHHHHHHHHHhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllle


DSSP  ......................................llEEEEL.LHHHHHHHHHHLll
Query ......................................vqDVFNV.GGAQAIAALAFGte  195
ident                                             |    |||        
Sbjct vlaggrrlgptyvqptfveapadrvkdmvlykrevfapvaLAVEVkDLDQAIELANGR..  417
DSSP  eeellleeelleelleeeellhhhhlllhhhhlllllleeEEEEElLHHHHHHHHHLL..


DSSP  lllLLLEEELLL..LHHHHHHHHHHHhlllLLEELlllllleeeeeelllllhhhhhhhh
Query svpKVDKIFGPG..NAFVTEAKRQVSqrldGAAIDmpagpsevlviadsgatpdfvasdl  253
ident            |        | |         ||                          
Sbjct ..pYGLDAAVFGrdVVKIRRAVRLLE....VGAIY.........................  446
DSSP  ..lEELEEEEELllHHHHHHHHHHLL....LLEEE.........................


DSSP  hhhhlllllleeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhh
Query lsqaehgpdsqvilltpaadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqc  313
ident                                                             
Sbjct ............................................................  446
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhllleeeeelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhh
Query veisnqygpehliiqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygyta  373
ident                                                             
Sbjct ............................................................  446
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query tcsslgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                                           
Sbjct .....indmprhgigyypfggrkksgvfregigyaveavtayktivfnykgkgvwkye  499
DSSP  .....ellllllllllllllleelleellllllllhhhheeeeeeeeellllllllll