No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=13.2

DSSP  ......................................................lLLEEe
Query ......................................................tDNVFy    6
ident                                                        |    
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfDKTT.   59
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllLLLL.


DSSP  eelllllleeeeeEELLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhH
Query atnaftgealplaFPVHtevevnqaataaakvardfrrlnnskrasllrtiaselearsD   66
ident                                                             
Sbjct .............VTAL..................................kvsaeeiaA   72
DSSP  .............LLLL..................................lllhhhhhH


DSSP  HHHHHhhhhhlllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhlhHHLEEEELLLLllllllLLLE
Query DIIARahletalpEVRLTGEIARTANQLRLFADVvnsgsYHQAILDTPNPtraplpKPDI  126
ident                          |                       |          
Sbjct ASERL.......sDELKQAMAVAVKNIETFHTAQ.....KLPPVDVETQP......GVRC  114
DSSP  HHHHL.......lHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL.....LLLLEEEEEEL......LEEE


DSSP  EEEEEELLLEEEELLL..lLLLLLLllLHHHHHHHHHLL.LEEEELLLLLHHHHHHHHHH
Query RRQQIALGPVAVFGAS..nFPLAFSaaGGDTASALAAGC.PVIVKGHTAHPGTSQIVAEC  183
ident          |                       |  |||  |               |  
Sbjct QQVTRPVASVGLYIPGgsaPLFSTV..LMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIADEILYAAQL  172
DSSP  EEEEEELLEEEEELLLlllLLHHHH..HHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLLHHHHHHHHH


DSSP  HhhhhhhhlllhhhEEEELLllLHHHHHHHHL....lLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHH
Query IeqalkqeqlpqaiFTLLQGnqRALGQALVSH....pEIKAVGFTGSVGGGRALFNLAHE  239
ident                            ||                |      |       
Sbjct C...........gvQDVFNVggAQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKRQVSQR  221
DSSP  L...........llLEEEELlhHHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHHHHHHL


DSSP  LLlLLLEEEELL.LLLEEEELHHHHhhlLLHHHHHHHHHLHhhhllllLLLEEEEELLHH
Query RPePIPFYGELG.AINPTFIFPSAMrakADLADQFVASMTMgcgqfctKPGVVFALNTPE  298
ident            |           |       |                            
Sbjct LD.GAAIDMPAGpSEVLVIADSGAT..pDFVASDLLSQAEH....gpdSQVILLTPAADM  274
DSSP  LL.LLEELLLLLlLEEEEEELLLLL..hHHHHHHHHHHHLL....lllLEEEEEELLHHH


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHLLLLllllhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeelllllllLLLEeee
Query TQAFIETAQSLIRQQSPStlltpgirdsyqsqvvsrgsddgidvtfsqaespcVASAlfv  358
ident      |                                                      
Sbjct ARRVAEAVERQLAELPRA...................................ETAR...  296
DSSP  HHHHHHHHHHHHHLLLLL...................................HHHH...


DSSP  eehhhhhhlhhhhllllLLEE..EEEEELLHHHHHHHHHLLLlEEEEEEELLhhhhhHHH
Query tssenwrkhpaweeeifGPQS..LIVVCENVADMLSLSEMLAgSLTATIHATeedypQVS  416
ident                           |    |     |          |           
Sbjct .................QALNasRLIVTKDLAQCVEISNQYG.PEHLIIQTR.....NAR  333
DSSP  .................HHHLllEEEELLLHHHHHHHHHHHL.LLEEEEELL.....LHH


DSSP  HHHHHHhLLEEEEEEL..LLLLL.LLLLllLLLLLLLLLlllLLLLLllhhHHHHHEEEE
Query QLIPRLeEIAGRLVFN..GWPTG.VEVGyaMVHGGPYPAsthSASTSvgaeAIHRWLRPV  473
ident  |       ||                         |       |               
Sbjct ELVDSI.TSAGSVFLGdwSPESAgDYASgtNHVLPTYGY.taTCSSL....GLADFQKRM  387
DSSP  HHHHHL.LLLLEEEELllLLHHHhHHLLllLLLLLLLLH.hhLLLLL....LHHHHEEEE


DSSP  EEEL.............llhhhllhhhllllllllleeelllll
Query AYQA.............lpesllpdslkaenpleiaravdgkaa  504
ident   |                                         
Sbjct TVQElskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  EEEEelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.2

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll


DSSP  ........................................llleeeeelllllleeeeee
Query ........................................tdnvfyatnaftgealplaf   20
ident                                                             
Sbjct talkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrp  120
DSSP  llllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeee


DSSP  elllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllh
Query pvhtevevnqaataaakvardfrrlnnskrasllrtiaselearsddiiarahletalpe   80
ident                                                             
Sbjct vasvglyipggsaplfstvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfn  180
DSSP  lleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeee


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhleeeellllllllllllleeeeeeeLLLEEEEL
Query vrltgeiartanqlrlfadvvnsgsyhqaildtpnptraplpkpdirrqqiaLGPVAVFG  140
ident                                                        | |  
Sbjct vggaqaiaalafgtesvpkvdkifgpgnafvteakrqvsqrldgaaidmpagPSEVLVIA  240
DSSP  llhhhhhhhhhhllllllllleeellllhhhhhhhhhhhhllllleelllllLLEEEEEE


DSSP  LLLLLLLLLllLHHHHHHHHHL..LLEEEELLLllHHHHHHHHHHHHHHHHHH......l
Query ASNFPLAFSaaGGDTASALAAG..CPVIVKGHTahPGTSQIVAECIEQALKQE......q  192
ident  |     |     |  |    |    ||             |||  |  |          
Sbjct DSGATPDFV..ASDLLSQAEHGpdSQVILLTPA..ADMARRVAEAVERQLAELpraetar  296
DSSP  LLLLLHHHH..HHHHHHHHLLLllLEEEEEELL..HHHHHHHHHHHHHHHHLLlllhhhh


DSSP  llhHHEEEELLLLLHHHHHHHHLLLLLEEEEELLhhHHHHHHHHHHhllllLLEEEElll
Query lpqAIFTLLQGNQRALGQALVSHPEIKAVGFTGSvgGGRALFNLAHerpepIPFYGElga  252
ident        |      |                       | |                   
Sbjct qalNASRLIVTKDLAQCVEISNQYGPEHLIIQTR..NARELVDSIT...saGSVFLG...  348
DSSP  hhhLLLEEEELLLHHHHHHHHHHHLLLEEEEELL..LHHHHHHHLL...llLEEEEL...


DSSP  lleeeelhhhhhhlllhhhhhhhhhlhhhhllllllleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhh
Query inptfifpsamrakadladqfvasmtmgcgqfctkpgvvfalntpetqafietaqslirq  312
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllllhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeelllllllllleeeeeehhhhhhlhhhhl
Query qspstlltpgirdsyqsqvvsrgsddgidvtfsqaespcvasalfvtssenwrkhpawee  372
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  llllleeeeeeellhhhhhhhhhlllleeeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhlleeeeeel
Query eifgpqslivvcenvadmlslsemlagsltatihateedypqvsqliprleeiagrlvfn  432
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllllllllllllllllllllllllllhhHHHH........................
Query gwptgvevgyamvhggpypasthsastsvgaeAIHR........................  468
ident                                                             
Sbjct ............................dwspESAGdyasgtnhvlptygytatcsslgl  380
DSSP  ............................llllHHHHhhllllllllllllhhhllllllh


DSSP  ...............heeeeeeelllhhhllhhhllllllllleeelllll
Query ...............wlrpvayqalpesllpdslkaenpleiaravdgkaa  504
ident                                                    
Sbjct adfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  hhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.4

DSSP  llleeeeelllllleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhh
Query tdnvfyatnaftgealplafpvhtevevnqaataaakvardfrrlnnskrasllrtiase   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhleeeellllllll
Query learsddiiarahletalpevrltgeiartanqlrlfadvvnsgsyhqaildtpnptrap  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllleeeeeeellleeeelllllllllllllhhhhhhhhhllleeeelllllhhhhhhh
Query lpkpdirrqqialgpvavfgasnfplafsaaggdtasalaagcpvivkghtahpgtsqiv  180
ident                                                             
Sbjct ..........ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealre   50
DSSP  ..........lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllhhhhhhhhllllleeeeellhhhhhhhhhhhhhl
Query aecieqalkqeqlpqaiftllqgnqralgqalvshpeikavgftgsvgggralfnlaher  240
ident                                                             
Sbjct ysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqp  110
DSSP  hhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeel


DSSP  llllleeeellLLLEEEELHHhhhhLLLHHHHHHHHHLHhhHLLLlllLEEEEELLHHhH
Query pepipfygelgAINPTFIFPSamraKADLADQFVASMTMgcGQFCtkpGVVFALNTPEtQ  300
ident            |     |                               |          
Sbjct gvrcqqvtrpvASVGLYIPGG.sapLFSTVLMLATPASI..AGCK..kVVLCSPPPIA.D  164
DSSP  leeeeeeeeelLEEEEELLLL.lllLHHHHHHHHHHHHH..HLLL..eEEEEELLLLL.H


DSSP  HHHHHHHHHHhhllllllllhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeelllllllllleeeeee
Query AFIETAQSLIrqqspstlltpgirdsyqsqvvsrgsddgidvtfsqaespcvasalfvts  360
ident      ||                                                     
Sbjct EILYAAQLCG..................................................  174
DSSP  HHHHHHHHLL..................................................


DSSP  hhhhhhlhhhhlllllleEEEEEEllHHHHHHHHHLL....llEEEEEEELlhhhHHHHH
Query senwrkhpaweeeifgpqSLIVVCenVADMLSLSEML....agSLTATIHAteedYPQVS  416
ident                            |                              | 
Sbjct .................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGtesvpkVDKIFGPG....NAFVT  212
DSSP  .................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLllllllLLEEELLL....LHHHH


DSSP  HHHHHHHLL..eeEEEE...........................................
Query QLIPRLEEI..agRLVF...........................................  431
ident                                                             
Sbjct EAKRQVSQRldgaAIDMpagpsevlviadsgatpdfvasdllsqaehgpdsqvilltpaa  272
DSSP  HHHHHHHHLllllEELLllllleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeellh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  431
ident                                                             
Sbjct dmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqcveisnqygpehliiqtrna  332
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhhhhhhhhhllleeeeelllh


DSSP  ...............................................llLLLLlllllll
Query ...............................................ngWPTGvevgyam  444
ident                                                             
Sbjct relvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygytatcsslglaDFQK.......  385
DSSP  hhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhhllllllhhHHEE.......


DSSP  llllllllllllllllllhhhhhhheeeeeeelllhhhllhhhllllllllleeelllll
Query vhggpypasthsastsvgaeaihrwlrpvayqalpesllpdslkaenpleiaravdgkaa  504
ident                                                             
Sbjct ..............rmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  ..............eeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl