No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=48.8

DSSP  ...................................LLLLEEELLEEELlLLLEEEEEELL
Query ...................................MQHKLLINGELVSgEGEKQPVYNPA   25
ident                                        | | || |    |     || 
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgRHYPLYIGGEWVD.TKERMVSLNPS   59
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllEEELEEELLEEEL.LLLEEEEEELL


DSSP  LL.EEEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHH
Query TG.DVLLEIAEASAEQVDAAVRAADAAFAEWGQTTPKVRAECLLKLADVIEENGQVFAEL   84
ident     |    | |      ||  ||  ||  |       |   ||| |             
Sbjct APsEVVGTTAKAGKAEAEAALEAAWKAFKTWKDWPQEDRSRLLLKAAALMRRRKRELEAT  119
DSSP  EEeEEEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHH


DSSP  HHHHHLLLHHHHHhLHHHHHHHHHHHHHHHLLLL...LLLLLEEeeLLEEEEEEEEELLE
Query ESRNCGKPLHSAFnDEIPAIVDVFRFFAGAARCL...NGLAAGEylEGHTSMIRRDPLGV  141
ident      ||    |         |     | ||                |        ||| 
Sbjct LVYEVGKNWVEAS.ADVAEAIDFIEYYARAALRYrypAVEVVPY..PGEDNESFYVPLGA  176
DSSP  HHHHHLLLHHHHH.HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHlllLLLLLLL..LLEEEEEEEEELLE


DSSP  EEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHLL.LLLLLLEEEL
Query VASIAPWNYPLMMAAWKLAPALAAGNCVVLKPSEITPLTALKLAELAKD.IFPAGVVNIL  200
ident    ||||| |            | || |  || |       |  |      || |||| |
Sbjct GVVIAPWNFPVAIFTGMIVGPVAVGNTVIAKPAEDAVVVGAKVFEIFHEaGFPPGVVNFL  236
DSSP  EEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHhLLLLLLEEEL


DSSP  LLLLLLLHHHHHLLLLEEEEEEELLHHHHHHHHHHHHHH......LLEEEEELLLLLEEE
Query FGRGKTVGDPLTGHPKVRMVSLTGSIATGEHIISHTASS......IKRTHMELGGKAPVI  254
ident  | |  ||  |  ||  |    |||   |  |              ||   | |||   |
Sbjct PGVGEEVGAYLVEHPRIRFINFTGSLEVGLKIYEAAGRLapgqtwFKRAYVETGGKNAII  296
DSSP  LLLLLHHHHHHHLLLLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHLLLllllllLLEEEEELLLLEEEE


DSSP  ELLLLLHHHHHHHHHHHLLHHHHLLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLL
Query VFDDADIEAVVEGVRTFGYYNAGQDCTAACRIYAQKGIYDTLVEKLGAAVATLKSGAPDD  314
ident |   ||     |||    |   || | || |     | |    |        |  |    
Sbjct VDETADFDLAAEGVVVSAYGFQGQKCSAASRLILTQGAYEPVLERVLKRAERLSVGPAEE  356
DSSP  ELLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLHHH


DSSP  LlLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHLllLEEEELLLLLLLLLLLLLLEEEELLLLLLHH
Query EsTELGPLSSLAHLERVGKAVEEAKATghIKVITGGEKRKGNGYYYAPTLLAGALQDDAI  374
ident     |||  |      |    |  |         ||    | ||  |||          |
Sbjct N.PDLGPVVSAEQERKVLSYIEIGKNE..GQLVLGGKRLEGEGYFIAPTVFTEVPPKARI  413
DSSP  L.LLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLL..LEEEELLLLLLLLLLLLLLEEEELLLLLLHH


DSSP  HHLLLLLLEEEEEEELLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEELL
Query VQKEVFGPVVSVTPFDNEEQVVNWANDSQYGLASSVWTKDVGRAHRVSARLQYGCTWVNT  434
ident  | | |||| ||            |||  |||   |                 |    | 
Sbjct AQEEIFGPVLSVIRVKDFAEALEVANDTPYGLTGGVYSRKREHLEWARREFHVGNLYFNR  473
DSSP  HLLLLLLLEEEEEEELLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEELL


DSSP  .LLLLLLLL.LLLLLHHHEE.LLLLHHHHHHLLEEEEEEEEEL
Query .HFMLVSEM.PHGGQKLSGY.GKDMSLYGLEDYTVVRHVMVKH  474
ident           | || ||||   |   |  |        |    
Sbjct kITGALVGVqPFGGFKLSGTnAKTGALDYLRLFLEMKAVAERF  516
DSSP  lLLLLLLLLlLLLLLHHHLLlLLLLLHHHHHLLEEEEEEEEEL


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=7.4

DSSP  ..................................LLLLEEEL..LEEELLLLleeeeeel
Query ..................................MQHKLLIN..GELVSGEGekqpvynp   24
ident                                     |  |          |         
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefGRHYPLYIggEWVDTKER...mvsln   57
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllLEEELEEEllEEELLLLE...eeeee


DSSP  lllEEEEeeelllhhHHHHHHHHHHHHHHHHL........lLLHHHHHHHHHHHHHHHHH
Query atgDVLLeiaeasaeQVDAAVRAADAAFAEWG........qTTPKVRAECLLKLADVIEE   76
ident                   |   ||  |                                |
Sbjct psaPSEV..vgttakAGKAEAEAALEAAWKAFktwkdwpqeDRSRLLLKAAALMRRRKRE  115
DSSP  lleEEEE..eeeeelLLHHHHHHHHHHHHHHHhhhllllhhHHHHHHHHHHHHHHHLHHH


DSSP  LHHHHHHHHHhhhlllhhhHHHLHHHHHHHHHHHHHHHL.LLLL.....lllleeeelle
Query NGQVFAELESrncgkplhsAFNDEIPAIVDVFRFFAGAA.RCLN.....glaageylegh  130
ident                        |  | |     |     |                   
Sbjct LEATLVYEVG.........KNWVEASADVAEAIDFIEYYaRAALryrypavevvpypged  166
DSSP  HHHHHHHHHL.........LLHHHHHHHHHHHHHHHHHHhHHHHhhllllllllllllee


DSSP  eeeeeeEELLEEEEELllllHHHHHHHHHHHHHHLL....LEEEEELllllLHHHHHHHh
Query tsmirrDPLGVVASIApwnyPLMMAAWKLAPALAAG....NCVVLKPseitPLTALKLAe  186
ident            |             |                                | 
Sbjct nesfyvPLGAGVVIAP....WNFPVAIFTGMIVGPVavgnTVIAKPA....EDAVVVGA.  217
DSSP  eeeeeeELLEEEEELL....LLLLLHHHHHHHHHHHhlllEEEEELL....HHHHHHHH.


DSSP  HHLLLLL......llLEEELLLL.....llllhhhhhlllleeeeeeellhhhhhhhhhh
Query LAKDIFP......agVVNILFGR.....gktvgdpltghpkvrmvsltgsiatgehiish  235
ident     ||         |                                            
Sbjct KVFEIFHeagfppgvVNFLPGVGeevgaylvehprirfinftgslevglkiyeaagrlap  277
DSSP  HHHHHHHhhllllllEEELLLLLlhhhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhhhlllll


DSSP  hhhhlleeeeellllleeeelllllhhhhhhhhhhhllhhhhllllllleeeeelllhhh
Query tassikrthmelggkapvivfddadieavvegvrtfgyynagqdctaacriyaqkgiydt  295
ident                                                             
Sbjct gqtwfkrayvetggknaiivdetadfdlaaegvvvsaygfqgqkcsaasrliltqgayep  337
DSSP  lllllleeeeelllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeehhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllll
Query lveklgaavatlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikvitggekrkg  355
ident                                                             
Sbjct vlervlkraerlsvgpaeenpdlgpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlggkrlegegy  397
DSSP  hhhhhhhhhlllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeellllllllll


DSSP  llllllleeeellllllhhhhlllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeelllh
Query ngyyyaptllagalqddaivqkevfgpvvsvtpfdneeqvvnwandsqyglassvwtkdv  415
ident                                                             
Sbjct fiaptvftevppkariaqeeifgpvlsvirvkdfaealevandtpygltggvysrkrehl  457
DSSP  lllleeeellllllhhhllllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhh


DSSP  hhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhheellllhhhhhhlleeeeeeeeel
Query grahrvsarlqygctwvnthfmlvsemphggqklsgygkdmslygledytvvrhvmvkh  474
ident                                                            
Sbjct ewarrefhvgnlyfnrkitgalvgvqpfggfklsgtnaktgaldylrlflemkavaerf  516
DSSP  hhhhhhlllleeeelllllllllllllllllhhhllllllllhhhhhlleeeeeeeeel


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.1

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct psevvgttakagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatl  120
DSSP  eeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhh


DSSP  ...............................lllleeelleeellllleeeeeellllee
Query ...............................mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdv   29
ident                                                             
Sbjct vyevgknwveasadvaeaidfieyyaraalryrypavevvpypgednesfyvplgagvvi  180
DSSP  hhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeelleeeee


DSSP  eeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhh
Query lleiaeasaeqvdaavraadaafaewgqttpkvraecllkladvieengqvfaelesrnc   89
ident                                                             
Sbjct apwnfpvaiftgmivgpvavgntviakpaedavvvgakvfeifheagfppgvvnflpgvg  240
DSSP  lllllllhhhhhhhhhhhhllleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllll


DSSP  lllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllllllleeeelleeeeeeeeeLLEEEEELLLL
Query gkplhsafndeipaivdvfrffagaarclnglaageyleghtsmirrdpLGVVASIAPWN  149
ident                                                   |  | |    
Sbjct eevgaylvehprirfinftgslevglkiyeaagrlapgqtwfkrayvetGGKNAIIVDET  300
DSSP  lhhhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhhhllllllllllleeeeelLLLEEEEELLL


DSSP  .LHHHHHHHHHHHHHHLLL.....eEEEELLLLLLHHHHHHHHH................
Query .YPLMMAAWKLAPALAAGN.....cVVLKPSEITPLTALKLAEL................  187
ident       |      |             |          |                     
Sbjct aDFDLAAEGVVVSAYGFQGqkcsaaSRLILTQGAYEPVLERVLKraerlsvgpaeenpdl  360
DSSP  lLHHHHHHHHHHHHHHHHHllllleEEEEEEHHHHHHHHHHHHHhhlllllllhhhllll


DSSP  .........................HLLL..........LLLL.................
Query .........................AKDI..........FPAG.................  195
ident                                         |                   
Sbjct gpvvsaeqerkvlsyieigknegqlVLGGkrlegegyfiAPTVftevppkariaqeeifg  420
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeEELLllllllllllLLEEeellllllhhhllllll


DSSP  .LEEELLL.LLLLlHHHHHLLL.LEEEEEEEL.LHHHHHHHHHHHhhhlLEEEEElllll
Query .VVNILFG.RGKTvGDPLTGHP.KVRMVSLTG.SIATGEHIISHTassiKRTHMElggka  251
ident  |                                    |                     
Sbjct pVLSVIRVkDFAE.ALEVANDTpYGLTGGVYSrKREHLEWARREF..hvGNLYFN.....  472
DSSP  lEEEEEEElLHHH.HHHHHHLLlLLLEEEEELlLHHHHHHHHHHL..llLEEEEL.....


DSSP  eeeelllllhhhhhhhhhhhllhhhhllllllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhllllll
Query pvivfddadieavvegvrtfgyynagqdctaacriyaqkgiydtlveklgaavatlksga  311
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllleeeelllll
Query pddestelgplsslahlervgkaveeakatghikvitggekrkgngyyyaptllagalqd  371
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  lhhhhlllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleee
Query daivqkevfgpvvsvtpfdneeqvvnwandsqyglassvwtkdvgrahrvsarlqygctw  431
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  elllllllllllllllhhheellllhhhhhhlLEEEEE......................
Query vnthfmlvsemphggqklsgygkdmslygledYTVVRH......................  469
ident                                                             
Sbjct .............................rkiTGALVGvqpfggfklsgtnaktgaldyl  503
DSSP  .............................lllLLLLLLlllllllhhhllllllllhhhh


DSSP  ........eeeel
Query ........vmvkh  474
ident              
Sbjct rlflemkavaerf  516
DSSP  hlleeeeeeeeel


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.5

DSSP  lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllh
Query mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaeasaeqvdaavraadaafaewgqttp   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllll
Query kvraecllkladvieengqvfaelesrncgkplhsafndeipaivdvfrffagaarclng  120
ident                                                             
Sbjct ..............mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggew   46
DSSP  ..............llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeellee


DSSP  llleeeelleeeeeeeeelleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeellllllhh
Query laageyleghtsmirrdplgvvasiapwnyplmmaawklapalaagncvvlkpseitplt  180
ident                                                             
Sbjct vdtkermvslnpsapsevvgttakagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqedrsrlllkaa  106
DSSP  elllleeeeeelleeeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhlllllllleeellllllllhhhhhlllleeeeeeellhhhhhhhhhhhhhhl
Query alklaelakdifpagvvnilfgrgktvgdpltghpkvrmvsltgsiatgehiishtassi  240
ident                                                             
Sbjct almrrrkreleatlvyevgknwveasadvaeaidfieyyaraalryrypavevvpypged  166
DSSP  hhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllee


DSSP  leeeeelLLLLEEEELLLLLHHHHHHHHHHHLLHhhhllllLLLEEEEELLLHHHHHHHH
Query krthmelGGKAPVIVFDDADIEAVVEGVRTFGYYnagqdctAACRIYAQKGIYDTLVEKL  300
ident         |   ||                                              
Sbjct nesfyvpLGAGVVIAPWNFPVAIFTGMIVGPVAV......gNTVIAKPAEDAVVVGAKVF  220
DSSP  eeeeeeeLLEEEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHL......lLEEEEELLHHHHHHHHHHH


DSSP  HHhhhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeEELLllllllllll
Query GAavatlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikvITGGekrkgngyyy  360
ident                                                  |          
Sbjct EI...........................................fHEAG..........  227
DSSP  HH...........................................hHHHL..........


DSSP  lleeeellllllhhhhllllLLEEEEEEELL.............................
Query aptllagalqddaivqkevfGPVVSVTPFDN.............................  391
ident                       ||   |                                
Sbjct ..................fpPGVVNFLPGVGeevgaylvehprirfinftgslevglkiy  269
DSSP  ..................llLLLEEELLLLLlhhhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  391
ident                                                             
Sbjct eaagrlapgqtwfkrayvetggknaiivdetadfdlaaegvvvsaygfqgqkcsaasrli  329
DSSP  hhhllllllllllleeeeelllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  391
ident                                                             
Sbjct ltqgayepvlervlkraerlsvgpaeenpdlgpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlgg  389
DSSP  eehhhhhhhhhhhhhhhlllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeell


DSSP  ............................................hhhhhhhhhlllllle
Query ............................................eeqvvnwandsqygla  407
ident                                                             
Sbjct krlegegyfiaptvftevppkariaqeeifgpvlsvirvkdfaealevandtpygltggv  449
DSSP  lllllllllllleeeellllllhhhllllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeee


DSSP  eeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhheellllhhhhhhlleee
Query ssvwtkdvgrahrvsarlqygctwvnthfmlvsemphggqklsgygkdmslygledytvv  467
ident                                                             
Sbjct ysrkrehlewarrefhvgnlyfnrkitgalvgvqpfggfklsgtnaktgaldylrlflem  509
DSSP  elllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllllhhhllllllllhhhhhlleee


DSSP  eeeeeel
Query rhvmvkh  474
ident        
Sbjct kavaerf  516
DSSP  eeeeeel