No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=19.4

DSSP  ....................................lLLHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLH
Query ....................................hMSSSQQIAKNARKAGNILKTISN   24
ident                                                |  |         
Sbjct mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaeasAEQVDAAVRAADAAFAEWGQTTP   60
DSSP  lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeeeelllHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLH


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHHhhhhllllhhhhhhhllLLLLHHHHHHHHH
Query EGRSDILYKIHDALKANAHAIEEANKIDLAvaketgladsllkrldlFKGDKFEVMLQGI   84
ident   |   | |  |    |     |                           |         
Sbjct KVRAECLLKLADVIEENGQVFAELESRNCG............kplhsAFNDEIPAIVDVF  108
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHL............llhhhHHHLHHHHHHHHH


DSSP  HHHHH.LLLLllLEEEEEEEELLEEEEEEEEELLEEEEEELL..LLHHHHHHHHHHHHHL
Query KDVAE.LEDPvgKVKMARELDDGLTLYQVTAPVGVLLVIFES..RPEVIANITALSIKSG  141
ident    |            | |   | |      | ||   |          |   |     |
Sbjct RFFAGaARCL..NGLAAGEYLEGHTSMIRRDPLGVVASIAPWnyPLMMAAWKLAPALAAG  166
DSSP  HHHHHhLLLL..LLLLLEEEELLEEEEEEEEELLEEEEELLLllHHHHHHHHHHHHHHLL


DSSP  LEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhllLLLLEEELLLL....LHHHHHLlLL
Query NAAILKGGKESVNTFREMAKIVNDTIaqfqsetgvPVGSVQLIETR....VSDLLDQdEY  197
ident |   ||       |    |    |           | | |     |       |      
Sbjct NCVVLKPSEITPLTALKLAELAKDIF.........PAGVVNILFGRgktvGDPLTGH.PK  216
DSSP  LEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHLLLL.........LLLLEEELLLLllllHHHHHLL.LL


DSSP  LLEEEEELLHHHHHHHHHLL...LLLLLLlllLLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHLLLL..
Query IDLVVPRGSNALVRKIKDTT...KIPVLGhadGICSIYLDEDADLIKAKRISLDAKTN..  252
ident    |   || |    |   |            |        |||                
Sbjct VRMVSLTGSIATGEHIISHTassIKRTHMelgGKAPVIVFDDADIEAVVEGVRTFGYYna  276
DSSP  EEEEEEELLHHHHHHHHHHHhhhLLEEEEellLLLEEEELLLLLHHHHHHHHHHHLLHhh


DSSP  ...llllEEEEELLLLllHHHHHHHHHHHHL.............................
Query ...cnamETLLINPKFskWWEVLENLTLEGG.............................  280
ident                        | |                                  
Sbjct gqdctaaCRIYAQKGI..YDTLVEKLGAAVAtlksgapddestelgplsslahlervgka  334
DSSP  hllllllLEEEEELLL..HHHHHHHHHHHHHlllllllllllllllllllhhhhhhhhhh


DSSP  ...........................LLLEELhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhllllL
Query ...........................VTIHATkdlktayfdklnelgklteaiqcktvS  313
ident                             |  |                            
Sbjct veeakatghikvitggekrkgngyyyaPTLLAG.............alqddaivqkevfG  381
DSSP  hhhhhhlllleeeelllllllllllllLEEEEL.............lllllhhhhllllL


DSSP  LLLEEEELLLHHHHHHHHLLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEELLlHHHL..
Query LDLAAKFVTSTESAIQHINTHSSRHTDAIVTENKANAEKFMKGVDSSGVYWNAsTRFA..  371
ident            |      |           |     |              |        
Sbjct PVVSVTPFDNEEQVVNWANDSQYGLASSVWTKDVGRAHRVSARLQYGCTWVNT.HFMLvs  440
DSSP  LEEEEEEELLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEELL.LLLLll


DSSP  .................llLLHHHEEEEEEEELLlllllll
Query .................dvGLDGLVSYQYQIRGDgqvasdy  395
ident                    ||                    
Sbjct emphggqklsgygkdmslyGLEDYTVVRHVMVKH.......  474
DSSP  lllllllhhheellllhhhHHHLLEEEEEEEEEL.......


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.2

DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query hmsssqqiaknarkagnilktisnegrsdilykihdalkanahaieeankidlavaketg   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhhhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeelleeeeeeeeelleee
Query ladsllkrldlfkgdkfevmlqgikdvaeledpvgkvkmarelddgltlyqvtapvgvll  120
ident                                                             
Sbjct ...........................mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvllei   33
DSSP  ...........................lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeee


DSSP  eeellllhhhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllll
Query vifesrpevianitalsiksgnaailkggkesvntfremakivndtiaqfqsetgvpvgs  180
ident                                                             
Sbjct aeasaeqvdaavraadaafaewgqttpkvraecllkladvieengqvfaelesrncgkpl   93
DSSP  elllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllh


DSSP  eeelllllhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhllllllllllLLLEEEEELLLlLHH
Query vqlietrvsdlldqdeyidlvvprgsnalvrkikdttkipvlghaDGICSIYLDEDaDLI  240
ident                                               |             
Sbjct hsafndeipaivdvfrffagaarclnglaageyleghtsmirrdpLGVVASIAPWN.YPL  152
DSSP  hhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllllllleeeelleeeeeeeeeLLEEEEELLLL.LHH


DSSP  HHHHHHHH.LLLLLlLLEEEEELLLLllHHHHHHHHHHHhlllleelhhhhhhhhhhhhh
Query KAKRISLD.AKTNCnAMETLLINPKFskWWEVLENLTLEggvtihatkdlktayfdklne  299
ident       |  |         |            |    |                      
Sbjct MMAAWKLApALAAG.NCVVLKPSEIT..PLTALKLAELA.....................  188
DSSP  HHHHHHHHhHHHLL.LEEEEELLLLL..LHHHHHHHHHH.....................


DSSP  hllllhhhhlLLLL.LLLEEEELLLhhHHHHHHLLLLllLEEEEELlLHHHHHHHHHHL.
Query lgklteaiqcKTVS.LDLAAKFVTSteSAIQHINTHSsrHTDAIVTeNKANAEKFMKGV.  357
ident                      |                           |  |       
Sbjct .........kDIFPaGVVNILFGRGktVGDPLTGHPK.vRMVSLTG.SIATGEHIISHTa  237
DSSP  .........lLLLLlLLEEELLLLLllLHHHHHLLLL.eEEEEEEL.LHHHHHHHHHHHh


DSSP  .LLLEEEEL...................................................
Query .DSSGVYWN...................................................  365
ident                                                             
Sbjct sSIKRTHMElggkapvivfddadieavvegvrtfgyynagqdctaacriyaqkgiydtlv  297
DSSP  hHLLEEEEEllllleeeelllllhhhhhhhhhhhllhhhhllllllleeeeelllhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  365
ident                                                             
Sbjct eklgaavatlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikvitggekrkgng  357
DSSP  hhhhhhhhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  365
ident                                                             
Sbjct yyyaptllagalqddaivqkevfgpvvsvtpfdneeqvvnwandsqyglassvwtkdvgr  417
DSSP  llllleeeellllllhhhhlllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhh


DSSP  ..........................................llhHHLLlllhhheeeee
Query ..........................................astRFADvgldglvsyqy  383
ident                                                             
Sbjct ahrvsarlqygctwvnthfmlvsemphggqklsgygkdmslygleDYTV...........  466
DSSP  hhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhheellllhhhhhhLLEE...........


DSSP  eeelllllllll
Query qirgdgqvasdy  395
ident             
Sbjct ....vrhvmvkh  474
DSSP  ....eeeeeeel


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.2

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaeasaeqvdaavraadaafaewgqttp   60
DSSP  lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllh


DSSP  ......lllhhhhhhhhhhhhhhhhlllLHHH............................
Query ......hmsssqqiaknarkagnilktiSNEG............................   26
ident                                                             
Sbjct kvraecllkladvieengqvfaelesrnCGKPlhsafndeipaivdvfrffagaarclng  120
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhHLLLhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllll


DSSP  ......................................hhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhh
Query ......................................rsdilykihdalkanahaieea   48
ident                                                             
Sbjct laageyleghtsmirrdplgvvasiapwnyplmmaawklapalaagncvvlkpseitplt  180
DSSP  llleeeelleeeeeeeeelleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeellllllhh


DSSP  hhhhhhhhhhllllhhhhhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeellee
Query nkidlavaketgladsllkrldlfkgdkfevmlqgikdvaeledpvgkvkmarelddglt  108
ident                                                             
Sbjct alklaelakdifpagvvnilfgrgktvgdpltghpkvrmvsltgsiatgehiishtassi  240
DSSP  hhhhhhhhlllllllleeellllllllhhhhhlllleeeeeeellhhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  eeeeeeellEEEEEELL..LLHHH.HHHHHHHHHHL.....LEEEEELLHHHHHHHHHHH
Query lyqvtapvgVLLVIFES..RPEVI.ANITALSIKSG.....NAAILKGGKESVNTFREMA  160
ident             ||       |                    |      |    |  |  
Sbjct krthmelggKAPVIVFDdaDIEAVvEGVRTFGYYNAgqdctAACRIYAQKGIYDTLVEKL  300
DSSP  leeeeelllLLEEEELLllLHHHHhHHHHHHLLHHHhllllLLLEEEEELLLHHHHHHHH


DSSP  HHHHH.........................................hHHHHHH....HHL
Query KIVND.........................................tIAQFQS....ETG  175
ident                                                             
Sbjct GAAVAtlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikviTGGEKRkgngYYY  360
DSSP  HHHHHlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeELLLLLllllLLL


DSSP  LLLL..................LEEELLL....LLHH.HHHLlLLLLEEEEEL.LHHHHH
Query VPVG..................SVQLIET....RVSD.LLDQdEYIDLVVPRG.SNALVR  211
ident  |                     |          |     |   |               
Sbjct APTLlagalqddaivqkevfgpVVSVTPFdneeQVVNwANDS.QYGLASSVWTkDVGRAH  419
DSSP  LLEEeellllllhhhhllllllEEEEEEEllhhHHHHhHHLL.LLLLEEEEELlLHHHHH


DSSP  HHHHLLLL.LLLLllllleeeeelllllhhhhhhhhhhlllllllleeeeellllllhhh
Query KIKDTTKI.PVLGhadgicsiyldedadlikakrisldaktncnametllinpkfskwwe  270
ident                                                             
Sbjct RVSARLQYgCTWV...............................................  432
DSSP  HHHHHLLLlEEEE...............................................


DSSP  hhhhhhhhhlllleelhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhlllllllleeeelllhhhhhhh
Query vlenltleggvtihatkdlktayfdklnelgklteaiqcktvsldlaakfvtstesaiqh  330
ident                                                             
Sbjct ............................................................  432
DSSP  ............................................................


DSSP  hllllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllhhhlllllhhheeeeeeeellll
Query inthssrhtdaivtenkanaekfmkgvdssgvywnastrfadvgldglvsyqyqirgdgq  390
ident                                                             
Sbjct .......................nthfmlvsemphggqklsgygkdmslygledytvvrh  469
DSSP  .......................lllllllllllllllhhheellllhhhhhhlleeeee


DSSP  lllll
Query vasdy  395
ident      
Sbjct vmvkh  474
DSSP  eeeel