No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=15.4

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
ident                                                             
Sbjct ...........................dellekakkvreawdvlrnattreknkaikkia   33
DSSP  ...........................lhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  llllllhHHHHHHHHH...................llHHHHHHHHHHHHHHHHhhHLLL.
Query talkvsaEEIAAASER...................lsDELKQAMAVAVKNIETfhTAQK.  100
ident         ||  |                        |     |  |             
Sbjct eklderrKEILEANRIdvekarergvkeslvdrlalnDKRIDEMIKACETVIG..LKDPv   91
DSSP  hhhhhlhHHHHHHHHHhhhhhhhllllhhhhhhhlllHHHHHHHHHHHHHHHH..LLLLl


DSSP  .LLLEEEEEELLEEEEEEEEELLEEEEELLLllllLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEEL
Query .LPPVDVETQPGVRCQQVTRPVASVGLYIPGgsapLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSP  159
ident            | |   |  |    |                    |   |     |   
Sbjct gEVIDSWVREDGLRIARVRVPIGPIGIIYES....RPNVTVETTILALKSGN.TILLRGG  146
DSSP  lLEEEEEELLLLLEEEEEEEELLLEEEELLL....LLHHHHHHHHHHHHLLL.LEEEELL


DSSP  LLLLHHHHHHHHHLL...........lLEEE.ELLHhHHHHHHHHLlllllLLLEEELLL
Query PPIADEILYAAQLCG...........vQDVF.NVGGaQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPG  207
ident                                 |                          |
Sbjct SDALNSNKAIVSAIRealketeipessVEFIeNTDR.SLVLEMIRL...reYLSLVIPRG  202
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHhhhllllllhhhEEELlLLLL.HHHHHHLLL...llLLLEEEELL


DSSP  LHHHHHHHHHHHhlllLLEELLlLLLLEEEEEELLLL....LHHHHHHHHHHHHLLLllL
Query NAFVTEAKRQVSqrldGAAIDMpAGPSEVLVIADSGA....TPDFVASDLLSQAEHGpdS  263
ident         |               |        |  |                       
Sbjct GYGLISFVRDNA....TVPVLE.TGVGNCHIFVDESAdlkkAVPVIINAKTQRPGTC.nA  256
DSSP  LHHHHHHHHHHL....LLLLLL.LLLLLEEEEELLLLlhhhHHHHHHHHHHLLLLLL.lL


DSSP  EEEEEEL...LHHHHHHHHHHHHHHH.................hlllllhhhhHHHLLLE
Query QVILLTP...AADMARRVAEAVERQL.................aelpraetarQALNASR  303
ident    ||     |        |                                        
Sbjct AEKLLVHekiAKEFLPVIVEELRKHGvevrgcektreivpdvvpateddwpteYLDLIIA  316
DSSP  EEEEEEEhhhHHHHHHHHHHHHHHLLleeeelhhhhhhlllleellhhhllllLLLLEEE


DSSP  EEELLLHHHHHHHHHHHLL.LEEEEELL...LHHHHHHHLlLLLEEEELllLLHHHHH..
Query LIVTKDLAQCVEISNQYGP.EHLIIQTR...NARELVDSItSAGSVFLGdwSPESAGD..  357
ident   | |      |    |       | |    ||   |  |  |  |           |  
Sbjct IKVVKNVDEAIEHIKKYSTgHSESILTEnysNAKKFVSEI.DAAAVYVN..ASTRFTDgg  373
DSSP  EEEELLHHHHHHHHHHHLLlLEEEEELLlhhHHHHHHHHL.LLLEEEEL..LLHHHLLll


DSSP  .hllLLLLLLLlllHHHL..LLLLLHHHHEEEEEEEEELHhhHHHHhhhhhhhhhhlllh
Query .yasGTNHVLPtygYTAT..CSSLGLADFQKRMTVQELSKegFSALastietlaaaerlt  414
ident     |                   ||        |                         
Sbjct qfgfGAEIGIS...TQRFhaRGPVGLRELTTYKFVVLGEY..HVRE..............  414
DSSP  llllLLLLLEE...LLLLllLEELLLHHHEEEEEEEELLL..LLLL..............


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhl
Query ahknavtlrvnalkeqa  431
ident                  
Sbjct .................  414
DSSP  .................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.9

DSSP  lleeehhhllhhhhHHHLLLllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll
Query ntiidwnsctaeqqRQLLMRpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
ident                                                             
Sbjct ...........delLEKAKK........................................    9
DSSP  ...........lhhHHHHHH........................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeee
Query talkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrp  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    9
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeee
Query vasvglyipggsaplfstvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfn  180
ident                                                             
Sbjct ..........vreawdvlrnattreknkaikkiaeklderrkeileanridvekarergv   59
DSSP  ..........hhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  llhhhhhhhhhhllllllllleeellllhhhhhhhhhhhhllllleelLLLLL.LEEEEE
Query vggaqaiaalafgtesvpkvdkifgpgnafvteakrqvsqrldgaaidMPAGP.SEVLVI  239
ident                                                     |      |
Sbjct keslvdrlalndkridemikacetviglkdpvgevidswvredglriaRVRVPiGPIGII  119
DSSP  lhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeellllleeeEEEEElLLEEEE


DSSP  ELLllLHHHHHHHHHHHHLLLllLEEEEEElLHHHHHHHHHHHHHHHHLLlLLHHhhhhh
Query ADSgaTPDFVASDLLSQAEHGpdSQVILLTpAADMARRVAEAVERQLAELpRAETarqal  299
ident   |   |             |      |     |        |      |   |      
Sbjct YES..RPNVTVETTILALKSG..NTILLRG.GSDALNSNKAIVSAIREALkETEI...pe  171
DSSP  LLL..LLHHHHHHHHHHHHLL..LLEEEEL.LHHHHHHHHHHHHHHHHHHlLLLL...lh


DSSP  LLLEEEELLLHHHHHHHHHHH.lLLEEEEELL.LHHHH.HHHLlLLLEEEE.........
Query NASRLIVTKDLAQCVEISNQY.gPEHLIIQTR.NAREL.VDSItSAGSVFL.........  347
ident      |   |     |           |            |                   
Sbjct SSVEFIENTDRSLVLEMIRLReyLSLVIPRGGyGLISFvRDNA.TVPVLETgvgnchifv  230
DSSP  HHEEELLLLLLHHHHHHLLLLllLLEEEELLLhHHHHHhHHHL.LLLLLLLlllleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  347
ident                                                             
Sbjct desadlkkavpviinaktqrpgtcnaaekllvhekiakeflpviveelrkhgvevrgcek  290
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeelhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  347
ident                                                             
Sbjct treivpdvvpateddwpteyldliiaikvvknvdeaiehikkystghsesiltenysnak  350
DSSP  hhhhlllleellhhhlllllllleeeeeeellhhhhhhhhhhhlllleeeeelllhhhhh


DSSP  .........................llllLHHHHhhlLLLLLllllllhhhllllllhhh
Query .........................gdwsPESAGdyaSGTNHvlptygytatcsslglad  382
ident                                                             
Sbjct kfvseidaaavyvnastrftdggqfgfgaEIGIS..tQRFHA..................  390
DSSP  hhhhhlllleeeelllhhhllllllllllLLLEE..lLLLLL..................


DSSP  heeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query fqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                                  
Sbjct .........................rgpvglrelttykfvvlgeyhvre  414
DSSP  .........................leelllhhheeeeeeeelllllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.2

DSSP  lleeehhhllhHHHHHHLLlllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll
Query ntiidwnsctaEQQRQLLMrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
ident            |                                                
Sbjct .......dellEKAKKVRE........................awdvlrnattreknkai   29
DSSP  .......lhhhHHHHHHHH........................hhhhhllllhhhhhhhh


DSSP  llllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeellEEEE.....
Query talkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgVRCQ.....  115
ident                                                             
Sbjct kkiaeklderrkeileanridvekarergvkeslvdrlalndkridemikaCETViglkd   89
DSSP  hhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhlllhhhhhhhhhhHHHHhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  115
ident                                                             
Sbjct pvgevidswvredglriarvrvpigpigiiyesrpnvtvettilalksgntillrggsda  149
DSSP  lllleeeeeellllleeeeeeeellleeeelllllhhhhhhhhhhhhlllleeeellhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  115
ident                                                             
Sbjct lnsnkaivsairealketeipessvefientdrslvlemirlreylslviprggyglisf  209
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhllllllhhheeellllllhhhhhhlllllllleeeelllhhhhhh


DSSP  ........eeeeelLEEEEELLLLlllLHHHHHHHHHHHHHHLL....lEEEEEELLLLL
Query ........qvtrpvASVGLYIPGGsapLFSTVLMLATPASIAGC....kKVVLCSPPPIA  163
ident                                       |             |     ||
Sbjct vrdnatvpvletgvGNCHIFVDES..aDLKKAVPVIINAKTQRPgtcnaAEKLLVHEKIA  267
DSSP  hhhhllllllllllLLEEEEELLL..lLHHHHHHHHHHHHHLLLlllllEEEEEEEHHHH


DSSP  HHHHHHHHHLL...................................lLEEEEL.LHHHHH
Query DEILYAAQLCG...................................vQDVFNV.GGAQAI  187
ident  | |                                                |     ||
Sbjct KEFLPVIVEELrkhgvevrgcektreivpdvvpateddwpteyldliIAIKVVkNVDEAI  327
DSSP  HHHHHHHHHHHhhllleeeelhhhhhhlllleellhhhlllllllleEEEEEElLHHHHH


DSSP  HHHHHLlllllllLEEELLL..LHHHHHHHHHHHhlllLLEELLllllleeeeeelllll
Query AALAFGtesvpkvDKIFGPG..NAFVTEAKRQVSqrldGAAIDMpagpsevlviadsgat  245
ident                                        ||                   
Sbjct EHIKKY....stgHSESILTenYSNAKKFVSEID....AAAVYV................  363
DSSP  HHHHHH....lllLEEEEELllHHHHHHHHHHLL....LLEEEE................


DSSP  hhhhhhhhhhhhlllllleeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleee
Query pdfvasdllsqaehgpdsqvilltpaadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrli  305
ident                                                             
Sbjct ............................................................  363
DSSP  ............................................................


DSSP  elllhhhhhhhhhhhllleeeeelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhlllllll
Query vtkdlaqcveisnqygpehliiqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhv  365
ident                                                             
Sbjct ............................................................  363
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllhhhllllllhhHHEEeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhh
Query lptygytatcsslglaDFQKrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvn  425
ident                                                             
Sbjct ...........nastrFTDG....gqfgfgaeigistqrfhargpvglrelttykfvvlg  408
DSSP  ...........lllhhHLLL....lllllllllleellllllleelllhhheeeeeeeel


DSSP  hhhhhl
Query alkeqa  431
ident       
Sbjct eyhvre  414
DSSP  llllll


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.5

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
ident                                                             
Sbjct ........dellekakkvreawdvlrnattreknkaikkiaeklderrkeileanridve   52
DSSP  ........lhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhh


DSSP  llllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeee
Query talkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrp  120
ident                                                             
Sbjct karergvkeslvdrlalndkridemikacetviglkdpvgevidswvredglriarvrvp  112
DSSP  hhhhllllhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeellllleeeeeeee


DSSP  lleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeee
Query vasvglyipggsaplfstvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfn  180
ident                                                             
Sbjct igpigiiyesrpnvtvettilalksgntillrggsdalnsnkaivsairealketeipes  172
DSSP  llleeeelllllhhhhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllhh


DSSP  llhhhhhhhhhhllllllllleeellllhhhhhhhhhhhhllllleellllllLEEEEEE
Query vggaqaiaalafgtesvpkvdkifgpgnafvteakrqvsqrldgaaidmpagpSEVLVIA  240
ident                                                          |  
Sbjct svefientdrslvlemirlreylslviprggyglisfvrdnatvpvletgvgnCHIFVDE  232
DSSP  heeellllllhhhhhhlllllllleeeelllhhhhhhhhhhllllllllllllEEEEELL


DSSP  LllllhhHHHHHHHHHHLLLL........lLEEEEEELlhhHHHHHHHHHHHHHhlllLL
Query DsgatpdFVASDLLSQAEHGP........dSQVILLTPaadMARRVAEAVERQLaelpRA  292
ident                                           |          |      
Sbjct S.....aDLKKAVPVIINAKTqrpgtcnaaEKLLVHEK...IAKEFLPVIVEEL...rKH  281
DSSP  L.....lLHHHHHHHHHHHHHlllllllleEEEEEEHH...HHHHHHHHHHHHH...hHL


DSSP  HH..........................hhhhhLLLEEEElllhhhHHHHHH.......h
Query ET..........................arqalNASRLIVtkdlaqCVEISN.......q  319
ident                                   |            |            
Sbjct GVevrgcektreivpdvvpateddwpteyldliIAIKVVK......NVDEAIehikkyst  335
DSSP  LLeeeelhhhhhhlllleellhhhlllllllleEEEEEEL......LHHHHHhhhhhhll


DSSP  hllLEEEEElllHHHHHHH.LLLL....LEEEelllllhhhhhhllllLLLLllllhhhl
Query ygpEHLIIQtrnARELVDS.ITSA....GSVFlgdwspesagdyasgtNHVLptygytat  374
ident    |                          |                             
Sbjct ghsESILTE...NYSNAKKfVSEIdaaaVYVN..............asTRFT........  370
DSSP  lleEEEELL...LHHHHHHhHHHLllleEEEL..............llHHHL........


DSSP  lllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query csslgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                                          
Sbjct .............dggqfgfgaeigistqrfhargpvglrelttykfvvlgeyhvre  414
DSSP  .............lllllllllllleellllllleelllhhheeeeeeeelllllll