No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=14.8

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllLLLL.
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfDKTT.   59
ident                                                             
Sbjct ...........................avpapnqqpevfcnqifinnewhdavsrKTFPt   33
DSSP  ...........................llllllllllllllleeelleeelllllLEEEe


DSSP  ...........LLLL...............................lllhhhhhhhhHHL
Query ...........VTAL...............................kvsaeeiaaasERL   77
ident            |                                                
Sbjct vnpstgevicqVAEGdkedvdkavkaaraafqlgspwrrmdashrgrllnrladlieRDR   93
DSSP  eelllleeeeeEELLlhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhHLH


DSSP  LHHH..............HHHHHHHHHHHHHHHHLL..LLLLEEEEEELLEEEEEEEEEL
Query SDEL..............KQAMAVAVKNIETFHTAQ..KLPPVDVETQPGVRCQQVTRPV  121
ident                          |            |                   ||
Sbjct TYLAaletldngkpyvisYLVDLDMVLKCLRYYAGWadKYHGKTIPIDGDFFSYTRHEPV  153
DSSP  HHHHhhhhhhhlllhhhhHHLHHHHHHHHHHHHHHHllLLLLLEELLLLLEEEEEEEEEL


DSSP  LEEEEELLLlllLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLLHHHHHHHHHL.......l
Query ASVGLYIPGgsaPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIADEILYAAQLC.......g  174
ident    |  ||               ||   |   ||           || | |         
Sbjct GVCGQIIPW..nFPLLMQAWKLGPALATGN.VVVMKVAEQTPLTALYVANLIkeagfppg  210
DSSP  LEEEEELLL..lLHHHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLLHHHHHHHHHHhhhlllll


DSSP  lLEEEELLHHHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLLLLEELLLLLlL
Query vQDVFNVGGAQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKRQVSQRLDGAAIDMPAGpS  234
ident         |  | || |        |||    |                        |  
Sbjct vVNIVPGFGPTAGAAIASH....eDVDKVAFTGSTEIGRVIQVAAGSSNLKRVTLELG.G  265
DSSP  lEEELLLLLLLHHHHHHLL....lLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHLLLLEEEEELL.L


DSSP  EEEEEELLLLLHHHHHHHHHHH.HLLLLL...LEEEEEELLHhHHHHHHHHHHHHHHLLL
Query EVLVIADSGATPDFVASDLLSQ.AEHGPD...SQVILLTPAAdMARRVAEAVERQLAELP  290
ident     |  | |  |                                    |          
Sbjct KSPNIIMSDADMDWAVEQAHFAlFFNQGQcscAGSRTFVQED.IYDEFVERSVARAKSRV  324
DSSP  LEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHhHHHHHLlllLEEEEEEEHH.HHHHHHHHHHHHHHHLL


DSSP  L................................................lHHHH......
Query R................................................aETAR......  296
ident                                                             
Sbjct VgnpfdskteqgpqvdetqfkkilgyintgkqegakllcgggiaadrgyfIQPTvfgdvq  384
DSSP  LlllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeelllllllllllLLLEeeelll


DSSP  ...........HHHLllEEEELLLHHHHHHHHHHH.lLLEEEEELL...LHHHHHHHLlL
Query ...........QALNasRLIVTKDLAQCVEISNQY.gPEHLIIQTR...NARELVDSItS  341
ident                       |     |   |           |     |  |      
Sbjct dgmtiakeeifGPVM..QILKFKTIEEVVGRANNStyGLAAAVFTKdldKANYLSQAL.Q  441
DSSP  lllhhhhllllLLEE..EEEEELLHHHHHHHHHLLllLLEEEEELLlhhHHHHHHHHL.L


DSSP  LLEEEELlllLHHHHhhLLLLLLlLLLLLHhhlLLLL....LHHHHEEEEEEEEELHHHH
Query AGSVFLGdwsPESAGdyASGTNHvLPTYGYtatCSSL....GLADFQKRMTVQELSKEGF  397
ident || |                                     ||       ||        
Sbjct AGTVWVN...CYDVF..GAQSPF.GGYKMS..gSGRElgeyGLQAYTEVKTVTVKVPQKN  493
DSSP  LLEEEEL...LLLLL..LLLLLL.LLLHHH..eELLLllhhHHHHHEEEEEEEEELLLLL


DSSP  hhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query salastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                   
Sbjct .................................s  494
DSSP  .................................l


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.1

DSSP  ............LLEE....ehhHLLH.......................hhhHHHLL..
Query ............NTII....dwnSCTA.......................eqqRQLLM..   19
ident                |                                            
Sbjct avpapnqqpevfCNQIfinnewhDAVSrktfptvnpstgevicqvaegdkedvDKAVKaa   60
DSSP  llllllllllllLLLEeelleeeLLLLlleeeeeelllleeeeeeelllhhhhHHHHHhh


DSSP  ..lLLLLllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhl
Query ..rPAISasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserl   77
ident                                                             
Sbjct raaFQLG.....................................................   67
DSSP  hhhLLLL.....................................................


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhh
Query sdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfs  137
ident                                                             
Sbjct ............................................................   67
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhlllll
Query tvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesv  197
ident                                                             
Sbjct ...........spwrrmdashrgrllnrladlierdrtylaaletldngkpyvisylvdl  116
DSSP  ...........lhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhh


DSSP  lllleeellllhhhhhhhhhhhhllllleelLLLLL.LEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHH
Query pkvdkifgpgnafvteakrqvsqrldgaaidMPAGP.SEVLVIADSGATPDFVASDLLSQ  256
ident                                    |      |          |  |   
Sbjct dmvlkclryyagwadkyhgktipidgdffsyTRHEPvGVCGQIIPWNFPLLMQAWKLGPA  176
DSSP  hhhhhhhhhhhhhllllllleellllleeeeEEEEElLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHH


DSSP  HLLLllLEEEEEELLHHHhHHHHHHHHHHHHLLlllhhhHHHHlLLEEEELlLHHHHHHH
Query AEHGpdSQVILLTPAADMaRRVAEAVERQLAELpraetaRQALnASRLIVTkDLAQCVEI  316
ident    |    |                                                   
Sbjct LATG..NVVVMKVAEQTP.LTALYVANLIKEAG......FPPG.VVNIVPG.FGPTAGAA  225
DSSP  HHLL..LEEEEELLLLLL.HHHHHHHHHHHHHL......LLLL.LEEELLL.LLLLHHHH


DSSP  H.HHHLLLEEEEELL..LHHHHHHHL..LLLLEEEEL.......................
Query S.NQYGPEHLIIQTR..NARELVDSI..TSAGSVFLG.......................  348
ident                    |             | |                        
Sbjct IaSHEDVDKVAFTGSteIGRVIQVAAgsSNLKRVTLElggkspniimsdadmdwaveqah  285
DSSP  HhLLLLLLEEEEELLhhHHHHHHHHHhhLLLLEEEEElllleeeeelllllhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct falffnqgqcscagsrtfvqediydefversvaraksrvvgnpfdskteqgpqvdetqfk  345
DSSP  hhhhhhhhllllleeeeeeehhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct kilgyintgkqegakllcgggiaadrgyfiqptvfgdvqdgmtiakeeifgpvmqilkfk  405
DSSP  hhhhhhhhhhhllleeeelllllllllllllleeeellllllhhhhlllllleeeeeeel


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct tieevvgrannstyglaaavftkdldkanylsqalqagtvwvncydvfgaqspfggykms  465
DSSP  lhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhh


DSSP  lLLLH....HHHHhllllllllllllhhhllllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhh
Query dWSPE....SAGDyasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrmtvqelskegfsalasti  404
ident     |                                                       
Sbjct gSGRElgeyGLQA...............................................  478
DSSP  eELLLllhhHHHH...............................................


DSSP  hhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query etlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                            
Sbjct ...........ytevktvtvkvpqkns  494
DSSP  ...........heeeeeeeeellllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.2

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct avpapnqqpevfcnqifinnewhdavsrktfptvnpstgevicqvaegdkedvdkavkaa   60
DSSP  llllllllllllllleeelleeelllllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct raafqlgspwrrmdashrgrllnrladlierdrtylaaletldngkpyvisylvdldmvl  120
DSSP  hhhlllllhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhh


DSSP  .......................lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhh
Query .......................ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndil   37
ident                                                             
Sbjct kclryyagwadkyhgktipidgdffsytrhepvgvcgqiipwnfpllmqawklgpalatg  180
DSSP  hhhhhhhhhllllllleellllleeeeeeeeelleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query dnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfht   97
ident                                                             
Sbjct nvvvmkvaeqtpltalyvanlikeagfppgvvnivpgfgptagaaiashedvdkvaftgs  240
DSSP  leeeeellllllhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllllllhhhhhhlllllleeeeell


DSSP  lllllleeeeeelleeeeeeeeelLEEEEELLLLllLLHHHHHHHHHHHHH..HLLL..e
Query aqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvASVGLYIPGGsaPLFSTVLMLATPASI..AGCK..k  153
ident                               |          |             |    
Sbjct teigrviqvaagssnlkrvtlelgGKSPNIIMSD.aDMDWAVEQAHFALFFnqGQCScag  299
DSSP  hhhhhhhhhhhhhlllleeeeellLLEEEEELLL.lLHHHHHHHHHHHHHHhhHLLLlle


DSSP  EEEEELLLLLHHHHHHHHHLL.......................................
Query VVLCSPPPIADEILYAAQLCG.......................................  174
ident         | ||                                                
Sbjct SRTFVQEDIYDEFVERSVARAksrvvgnpfdskteqgpqvdetqfkkilgyintgkqega  359
DSSP  EEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ......................................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLll
Query ......................................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGte  195
ident                                                             
Sbjct kllcgggiaadrgyfiqptvfgdvqdgmtiakeeifgpvMQILKFktIEEVVGRANNS..  417
DSSP  eeeelllllllllllllleeeellllllhhhhlllllleEEEEEEllHHHHHHHHHLL..


DSSP  llllLLEEELLL..LHHHHHHHHHHHhllllLEELlllllleeeeeelllllhhhhhhhh
Query svpkVDKIFGPG..NAFVTEAKRQVSqrldgAAIDmpagpsevlviadsgatpdfvasdl  253
ident                                                             
Sbjct ..tyGLAAAVFTkdLDKANYLSQALQ....aGTVW.........................  446
DSSP  ..llLLEEEEELllHHHHHHHHHHLL....lLEEE.........................


DSSP  hhhhlllllleeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhh
Query lsqaehgpdsqvilltpaadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqc  313
ident                                                             
Sbjct ............................................................  446
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhllleeeeelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhh
Query veisnqygpehliiqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygyta  373
ident                                                             
Sbjct ............................................................  446
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query tcsslgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                                           
Sbjct ..........vncydvfgaqspfggykmsgsgrelgeyglqaytevktvtvkvpqkns  494
DSSP  ..........elllllllllllllllhhheelllllhhhhhhheeeeeeeeellllll