No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=18.6

DSSP  lllHHHHHHHHHHHHHH.HHLLlLHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHHhhhhl
Query hmsSSQQIAKNARKAGN.ILKTiSNEGRSDILYKIHDALKANAHAIEEANKIDLAvaket   59
ident    |     | || | |      |   |   |         |   |  |   ||      
Sbjct ...SISDTVKRAREAFNsGKTR.SLQFRIQQLEALQRMINENLKSISGALASDLG.....   51
DSSP  ...LHHHHHHHHHHHHHlLHHH.LHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL.....


DSSP  lllhhhhhhhllLLLLHHHHHHHHHHHHHHL.LLLLlLEEEEEEE..ELLEEEEEEEEEL
Query gladsllkrldlFKGDKFEVMLQGIKDVAEL.EDPVgKVKMAREL..DDGLTLYQVTAPV  116
ident                      |           |                  ||    | 
Sbjct .......knewtSYYEEVAHVLEELDTTIKElPDWA.EDEPVAKTrqTQQDDLYIHSEPL  103
DSSP  .......llhhhHHHHLHHHHHHHHHHHHHHhHHHH.LLEELLLLllLLLLEEEEEEEEL


DSSP  LEEEEEELL..LLHHHHHHHHHHHHHLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhh
Query GVLLVIFES..RPEVIANITALSIKSGNAAILKGGKESVNTFREMAKIVNDTIaqfqset  174
ident || |||                    ||| |||    |       |              
Sbjct GVVLVIGAWnyPFNLTIQPMVGAVAAGNAVILKPSEVSGHMADLLATLIPQYM.......  156
DSSP  LEEEEELLLllLLHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHL.......


DSSP  llLLLLEEELLL...LLHHHHHLLllLLEEEEELLHHHHHHHHHLL...lLLLLLLLLLL
Query gvPVGSVQLIET...RVSDLLDQDeyIDLVVPRGSNALVRKIKDTT...kIPVLGHADGI  228
ident                    ||      |     || |              ||     | 
Sbjct ..DQNLYLVVKGgvpETTELLKER..FDHIMYTGSTAVGKIVMAAAakhlTPVTLELGGK  212
DSSP  ..LLLLEEELLLlhhHHHHHLLLL..LLEEEEELLHHHHHHHHHHHhlllLLEEEELLLL


DSSP  EEEEELLLLLHHHHHHHHHHLLLL.....llllEEEEELLLllLHHHHHHHHHHHHL...
Query CSIYLDEDADLIKAKRISLDAKTN.....cnamETLLINPKfsKWWEVLENLTLEGG...  280
ident    | | | ||  | |     |              |  |         | |        
Sbjct SPCYVDKDCDLDVACRRIAWGKFMnsgqtcvapDYILCDPS..IQNQIVEKLKKSLKdfy  270
DSSP  LEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHLlllllllllLEEEELHH..HHHHHHHHHHHHHHhhh


DSSP  .............................................LLLEELHHhhhhhhh
Query .............................................VTIHATKDlktayfd  295
ident                                               ||    |       
Sbjct gedakqsrdygriindrhfqrvkglidnqkvahggtwdqssryiaPTILVDVD.......  323
DSSP  lllhhhlllllllllhhhhhhhhhlllllleeellleelllleelLEEELLLL.......


DSSP  hhhhhllllhhhhllllLLLLEEEELLLHHHHHHHHLLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHH
Query klnelgklteaiqcktvSLDLAAKFVTSTESAIQHINTHSSRHTDAIVTENKANAEKFMK  355
ident                          | | | ||| ||             |     |   
Sbjct ......pqspvmqeeifGPVMPIVCVRSLEEAIQFINQREKPLALYVFSNNEKVIKKMIA  377
DSSP  ......lllhhhlllllLLEELEEELLLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHL


DSSP  HLLLLEEEELLlHHHL.....................llLLHHHEEEEEEEELLLLLLLL
Query GVDSSGVYWNAsTRFA.....................dvGLDGLVSYQYQIRGDGQVASD  394
ident    | ||  |                                                  
Sbjct ETSSGGVTAND.VIVHitvptlpfggvgnsgmgayhgkkSFETFSHRRSCLVKSLLNEEA  436
DSSP  LLLLLEEEELL.LLHHhhlllllllllhhheelllllhhHHHHLEEEEEEEELLLLLLLL


DSSP  L.........
Query Y.........  395
ident           
Sbjct Hkaryppspa  446
DSSP  Lhhhllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.6

DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query hmsssqqiaknarkagnilktisnegrsdilykihdalkanahaieeankidlavaketg   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhhhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeelleeeeeeeeelleee
Query ladsllkrldlfkgdkfevmlqgikdvaeledpvgkvkmarelddgltlyqvtapvgvll  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eeellllhhhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllll
Query vifesrpevianitalsiksgnaailkggkesvntfremakivndtiaqfqsetgvpvgs  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eeelllllhhhhhlllllleeeeelLHHHH..............................
Query vqlietrvsdlldqdeyidlvvprgSNALV..............................  210
ident                                                             
Sbjct ...............sisdtvkrarEAFNSgktrslqfriqqlealqrminenlksisga   45
DSSP  ...............lhhhhhhhhhHHHHLlhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ..........................................hhhhhllllllllllLLL
Query ..........................................rkikdttkipvlghaDGI  228
ident                                                           | 
Sbjct lasdlgknewtsyyeevahvleeldttikelpdwaedepvaktrqtqqddlyihsepLGV  105
DSSP  hhhhhlllhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlleelllllllllleeeeeeeeLLE


DSSP  EEEEELLLlLHHHHHHHHHHLLLLLlLLEEEEELLLLL.LHHHHHHHHHHhhLLLLEelh
Query CSIYLDEDaDLIKAKRISLDAKTNCnAMETLLINPKFS.KWWEVLENLTLegGVTIHatk  287
ident                     |         |                             
Sbjct VLVIGAWNyPFNLTIQPMVGAVAAG.NAVILKPSEVSGhMADLLATLIPQ..YMDQN...  159
DSSP  EEEELLLLlLLHHHHHHHHHHHHLL.LEEEEELLLLLHhHHHHHHHHHHH..HLLLL...


DSSP  hhhhhhhhhhhhhllllhhhhllllllLLEEEELLLhhHHHHHHLLLlllLEEEEELlLH
Query dlktayfdklnelgklteaiqcktvslDLAAKFVTSteSAIQHINTHssrHTDAIVTeNK  347
ident                                                             
Sbjct ...........................LYLVVKGGV.pETTELLKER..fDHIMYTG.ST  188
DSSP  ...........................LEEELLLLH.hHHHHHLLLL..lLEEEEEL.LH


DSSP  HHHHHHHHHL..LLLEEEEL........................................
Query ANAEKFMKGV..DSSGVYWN........................................  365
ident |     |         |                                           
Sbjct AVGKIVMAAAakHLTPVTLElggkspcyvdkdcdldvacrriawgkfmnsgqtcvapdyi  248
DSSP  HHHHHHHHHHhlLLLLEEEEllllleeeelllllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  365
ident                                                             
Sbjct lcdpsiqnqiveklkkslkdfygedakqsrdygriindrhfqrvkglidnqkvahggtwd  308
DSSP  eelhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhlllllllllhhhhhhhhhlllllleeelllee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  365
ident                                                             
Sbjct qssryiaptilvdvdpqspvmqeeifgpvmpivcvrsleeaiqfinqrekplalyvfsnn  368
DSSP  lllleelleeelllllllhhhllllllleeleeelllhhhhhhhhhlllllleeeeelll


DSSP  .............................................llHHHL...llllhh
Query .............................................asTRFA...dvgldg  377
ident                                                             
Sbjct ekvikkmiaetssggvtandvivhitvptlpfggvgnsgmgayhgkkSFETfshrrsclv  428
DSSP  hhhhhhhhlllllleeeellllhhhhlllllllllhhheelllllhhHHHHleeeeeeee


DSSP  heeeeeeeelllllllll
Query lvsyqyqirgdgqvasdy  395
ident                   
Sbjct ksllneeahkaryppspa  446
DSSP  lllllllllhhhllllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.0

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct sisdtvkrareafnsgktrslqfriqqlealqrminenlksisgalasdlgknewtsyye   60
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhllhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhh


DSSP  ..................................lllhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhh
Query ..................................hmsssqqiaknarkagnilktisneg   26
ident                                                             
Sbjct evahvleeldttikelpdwaedepvaktrqtqqddlyihseplgvvlvigawnypfnlti  120
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlleelllllllllleeeeeeeelleeeeelllllllhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhllllllhhhhhhhhhhh
Query rsdilykihdalkanahaieeankidlavaketgladsllkrldlfkgdkfevmlqgikd   86
ident                                                             
Sbjct qpmvgavaagnavilkpsevsghmadllatlipqymdqnlylvvkggvpettellkerfd  180
DSSP  hhhhhhhhllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllllleeellllhhhhhhhllllll


DSSP  hhhllllllleeeeeeeelleeeeeeeeelLEEEEEEL..LLLH.HHHHHHHHHHHHLL.
Query vaeledpvgkvkmarelddgltlyqvtapvGVLLVIFE..SRPE.VIANITALSIKSGN.  142
ident                               |                  |          
Sbjct himytgstavgkivmaaaakhltpvtlelgGKSPCYVDkdCDLDvACRRIAWGKFMNSGq  240
DSSP  eeeeellhhhhhhhhhhhhllllleeeellLLLEEEELllLLHHhHHHHHHHHHHLLLLl


DSSP  ....eEEEELLHHHHHHHHHHHHH...................................h
Query ....aAILKGGKESVNTFREMAKI...................................v  163
ident                |   |  |                                     
Sbjct tcvapDYILCDPSIQNQIVEKLKKslkdfygedakqsrdygriindrhfqrvkglidnqk  300
DSSP  lllllLEEEELHHHHHHHHHHHHHhhhhhhlllhhhlllllllllhhhhhhhhhllllll


DSSP  hHHHHhHHHH...HLLLL..................LLEEELLLL....LHHHHHLLLLL
Query nDTIAqFQSE...TGVPV..................GSVQLIETR....VSDLLDQDEYI  198
ident                 |                           |          | |  
Sbjct vAHGG.TWDQssrYIAPTilvdvdpqspvmqeeifgPVMPIVCVRsleeAIQFINQREKP  359
DSSP  eEELL.LEELlllEELLEeelllllllhhhllllllLEELEEELLlhhhHHHHHHLLLLL


DSSP  LEEEEEL.LHHHHHHHHHLLLL.LLLLLlllleeeeelllllhhhhhhhhhhllllllll
Query DLVVPRG.SNALVRKIKDTTKI.PVLGHadgicsiyldedadlikakrisldaktncnam  256
ident               |    |    |                                   
Sbjct LALYVFSnNEKVIKKMIAETSSgGVTAN................................  387
DSSP  LEEEEELlLHHHHHHHHLLLLLlEEEEL................................


DSSP  eeeeellllllhhhhhhhhhhhhlllleelhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhllllllll
Query etllinpkfskwwevlenltleggvtihatkdlktayfdklnelgklteaiqcktvsldl  316
ident                                                             
Sbjct ............................................................  387
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeelllhhhhhhhhllllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllhhhllLLLH
Query aakfvtstesaiqhinthssrhtdaivtenkanaekfmkgvdssgvywnastrfadVGLD  376
ident                                                             
Sbjct ........................................................DVIV  391
DSSP  ........................................................LLLH


DSSP  H....................................heeeeeeeelllllllll
Query G....................................lvsyqyqirgdgqvasdy  395
ident                                                        
Sbjct Hitvptlpfggvgnsgmgayhgkksfetfshrrsclvksllneeahkaryppspa  446
DSSP  Hhhlllllllllhhheelllllhhhhhhleeeeeeeelllllllllhhhllllll