No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=36.1

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle


DSSP  ..............LHHHHHHHHHHHHHlLHHHL.HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Query ..............SISDTVKRAREAFNsGKTRS.LQFRIQQLEALQRMINENLKSISGA   45
ident                       |  ||           |   |                 
Sbjct psevvgttakagkaEAEAALEAAWKAFK.TWKDWpQEDRSRLLLKAAALMRRRKRELEAT  119
DSSP  eeeeeeeeelllhhHHHHHHHHHHHHHH.HHLLLlHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHH


DSSP  HHHHHLLLHHHHHhHLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL.EELLLlllLLLLEEEEEEEELL
Query LASDLGKNEWTSYyEEVAHVLEELDTTIKELPDWAED.EPVAKtrqTQQDDLYIHSEPLG  104
ident |    |||        ||                      |         |      |||
Sbjct LVYEVGKNWVEAS.ADVAEAIDFIEYYARAALRYRYPaVEVVP...YPGEDNESFYVPLG  175
DSSP  HHHHHLLLHHHHH.HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLlLLLLL...LLLEEEEEEEEELL


DSSP  EEEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHH.LLLLLEEE
Query VVLVIGAWNYPFNLTIQPMVGAVAAGNAVILKPSEVSGHMADLLATLIPQY.MDQNLYLV  163
ident    ||  || |        || || || || || |                         
Sbjct AGVVIAPWNFPVAIFTGMIVGPVAVGNTVIAKPAEDAVVVGAKVFEIFHEAgFPPGVVNF  235
DSSP  EEEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHlLLLLLEEE


DSSP  LLLL.HHHHHHHLLL.LLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHLL......LLLEEEELLLLLEE
Query VKGG.VPETTELLKE.RFDHIMYTGSTAVGKIVMAAAAKH......LTPVTLELGGKSPC  215
ident   |        |    |   |  |||  ||     ||               | |||   
Sbjct LPGVgEEVGAYLVEHpRIRFINFTGSLEVGLKIYEAAGRLapgqtwFKRAYVETGGKNAI  295
DSSP  LLLLlLHHHHHHHLLlLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHLLLllllllLLEEEEELLLLEEE


DSSP  EELLLLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLEEEELHHHHHHHHHHHHHHHHHHhlllHH
Query YVDKDCDLDVACRRIAWGKFMNSGQTCVAPDYILCDPSIQNQIVEKLKKSLKDFygedAK  275
ident  ||   | | |            || | |               |   |           
Sbjct IVDETADFDLAAEGVVVSAYGFQGQKCSAASRLILTQGAYEPVLERVLKRAERL....SV  351
DSSP  EELLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHLLL....LL


DSSP  HL....LLLLLLLLHHHHHHHHHLLLLL....LEEELLLEE.LLLLEELLEEELLLLLLL
Query QS....RDYGRIINDRHFQRVKGLIDNQ....KVAHGGTWD.QSSRYIAPTILVDVDPQS  326
ident        | |          |   |           ||         ||||    | |  
Sbjct GPaeenPDLGPVVSAEQERKVLSYIEIGknegQLVLGGKRLeGEGYFIAPTVFTEVPPKA  411
DSSP  LLhhhlLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHllllEEEELLLLLlLLLLLLLLEEEELLLLLL


DSSP  HHHLLLLLLLEELEEELLLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHLLLLLLEEEE
Query PVMQEEIFGPVMPIVCVRSLEEAIQFINQREKPLALYVFSNNEKVIKKMIAETSSGGVTA  386
ident    ||||||||     |    ||    |     |   | |           |   |    
Sbjct RIAQEEIFGPVLSVIRVKDFAEALEVANDTPYGLTGGVYSRKREHLEWARREFHVGNLYF  471
DSSP  HHHLLLLLLLEEEEEEELLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEE


DSSP  LLLLHHHHLLLLLLLLLHHHEE.LLLLLHHHHHHLEEEEEEEELLlllllllhhhlllll
Query NDVIVHITVPTLPFGGVGNSGM.GAYHGKKSFETFSHRRSCLVKSllneeahkaryppsp  445
ident |  |    |   ||||   ||             |                         
Sbjct NRKITGALVGVQPFGGFKLSGTnAKTGALDYLRLFLEMKAVAERF...............  516
DSSP  LLLLLLLLLLLLLLLLLHHHLLlLLLLLHHHHHLLEEEEEEEEEL...............


DSSP  l
Query a  446
ident  
Sbjct .  516
DSSP  .


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.4

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct psevvgttakagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatl  120
DSSP  eeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vyevgknwveasadvaeaidfieyyaraalryrypavevvpypgednesfyvplgagvvi  180
DSSP  hhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeelleeeee


DSSP  .......lhhhhhhhhhhhhhllhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlll
Query .......sisdtvkrareafnsgktrslqfriqqlealqrminenlksisgalasdlgkn   53
ident                                                             
Sbjct apwnfpvaiftgmivgpvavgntviakpaedavvvgakvfeifheagfppgvvnflpgvg  240
DSSP  lllllllhhhhhhhhhhhhllleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllll


DSSP  hhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlleelllllllllleeeeeeeeLLEEEEELLLL
Query ewtsyyeevahvleeldttikelpdwaedepvaktrqtqqddlyihsepLGVVLVIGAWN  113
ident                                                   |    |    
Sbjct eevgaylvehprirfinftgslevglkiyeaagrlapgqtwfkrayvetGGKNAIIVDET  300
DSSP  lhhhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhhhllllllllllleeeeelLLLEEEEELLL


DSSP  .LLLHHhHHHHHHH.....HHLL.LEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHH...........
Query .YPFNLtIQPMVGA.....VAAG.NAVILKPSEVSGHMADLLATLIPQY...........  155
ident            |             |  |                               
Sbjct aDFDLA.AEGVVVSaygfqGQKCsAASRLILTQGAYEPVLERVLKRAERlsvgpaeenpd  359
DSSP  lLHHHH.HHHHHHHhhhhhHLLLlLEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHLLlllllhhhlll


DSSP  .........................................LLLL...............
Query .........................................MDQN...............  159
ident                                                             
Sbjct lgpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlggkrlegegyfiaPTVFtevppkariaqeeif  419
DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllLEEEellllllhhhlllll


DSSP  ..LEEELLLLH.HHHHHHLLLL..LLEEEEEL.LHHHHHHHHHHHHlllLLEEEElllll
Query ..LYLVVKGGV.PETTELLKER..FDHIMYTG.STAVGKIVMAAAAkhlTPVTLElggks  213
ident      |       |  |                                           
Sbjct gpVLSVIRVKDfAEALEVANDTpyGLTGGVYSrKREHLEWARREFH..vGNLYFN.....  472
DSSP  llEEEEEEELLhHHHHHHHHLLllLLEEEEELlLHHHHHHHHHHLL..lLEEEEL.....


DSSP  eeeelllllhhhhhhhhhhhhhllllllllllleeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlll
Query pcyvdkdcdldvacrriawgkfmnsgqtcvapdyilcdpsiqnqiveklkkslkdfyged  273
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhlllllllllhhhhhhhhhlllllleeellleelllleelleeelllllllhhhllll
Query akqsrdygriindrhfqrvkglidnqkvahggtwdqssryiaptilvdvdpqspvmqeei  333
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeleeelllhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhlllllleeeellllhhh
Query fgpvmpivcvrsleeaiqfinqrekplalyvfsnnekvikkmiaetssggvtandvivhi  393
ident                                                             
Sbjct ............................................................  472
DSSP  ............................................................


DSSP  hlllllllllhhheelllllhhhhhhLEEEEE..............eeelllllllllhh
Query tvptlpfggvgnsgmgayhgkksfetFSHRRS..............clvksllneeahka  439
ident                                                             
Sbjct .......................rkiTGALVGvqpfggfklsgtnaktgaldylrlflem  509
DSSP  .......................lllLLLLLLlllllllhhhllllllllhhhhhlleee


DSSP  hllllll
Query ryppspa  446
ident        
Sbjct kavaerf  516
DSSP  eeeeeel


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.0

DSSP  lhhhhhhhhhhhhhllhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhh
Query sisdtvkrareafnsgktrslqfriqqlealqrminenlksisgalasdlgknewtsyye   60
ident                                                             
Sbjct ....................................mtvepfrnepietfqteearramr   24
DSSP  ....................................llllllllllllllllhhhhhhhh


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlleelllllllllleeeeeeeelleeeeelllllllhhhh
Query evahvleeldttikelpdwaedepvaktrqtqqddlyihseplgvvlvigawnypfnlti  120
ident                                                             
Sbjct ealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsapsevvgttakagkaeaeaaleaaw   84
DSSP  hhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelleeeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllllleeellllhhhhhhhllllll
Query qpmvgavaagnavilkpsevsghmadllatlipqymdqnlylvvkggvpettellkerfd  180
ident                                                             
Sbjct kafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatlvyevgknwveasadvaeaidfiey  144
DSSP  hhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  eeeeellhhhhhhhhhhhhllllleeeellLLLEEEELLlLLHHHHHHHHHHHHHLllll
Query himytgstavgkivmaaaakhltpvtlelgGKSPCYVDKdCDLDVACRRIAWGKFMnsgq  240
ident                               |                     |       
Sbjct yaraalryrypavevvpypgednesfyvplGAGVVIAPW.NFPVAIFTGMIVGPVA....  199
DSSP  hhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeelLEEEEELLL.LLLLHHHHHHHHHHHH....


DSSP  LLLLlLEEEELHHHHHHHHHHHHHHHHHHhlllhhhlllllllllhhhhhhhhhllllll
Query TCVApDYILCDPSIQNQIVEKLKKSLKDFygedakqsrdygriindrhfqrvkglidnqk  300
ident                                                             
Sbjct VGNT.VIAKPAEDAVVVGAKVFEIFHEAG...............................  227
DSSP  LLLE.EEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHL...............................


DSSP  eeellleelllleelleeelllllllhhhlllllLLEELEEELLLHHHHHHHHHlLLLLL
Query vahggtwdqssryiaptilvdvdpqspvmqeeifGPVMPIVCVRSLEEAIQFINqREKPL  360
ident                                     |         |             
Sbjct ................................fpPGVVNFLPGVGEEVGAYLVE.HPRIR  254
DSSP  ................................llLLLEEELLLLLLHHHHHHHL.LLLLL


DSSP  EEEEELlLHHHHHHHHLLLL........lLEEEEL.........................
Query ALYVFSnNEKVIKKMIAETS........sGGVTAN.........................  387
ident           |  |                                              
Sbjct FINFTG.SLEVGLKIYEAAGrlapgqtwfKRAYVEtggknaiivdetadfdlaaegvvvs  313
DSSP  EEEEEL.LHHHHHHHHHHHLlllllllllLEEEEElllleeeeelllllhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  387
ident                                                             
Sbjct aygfqgqkcsaasrliltqgayepvlervlkraerlsvgpaeenpdlgpvvsaeqerkvl  373
DSSP  hhhhhhllllleeeeeeehhhhhhhhhhhhhhhlllllllhhhlllllllllhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  387
ident                                                             
Sbjct syieigknegqlvlggkrlegegyfiaptvftevppkariaqeeifgpvlsvirvkdfae  433
DSSP  hhhhhhlllleeeelllllllllllllleeeellllllhhhllllllleeeeeeellhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  387
ident                                                             
Sbjct alevandtpygltggvysrkrehlewarrefhvgnlyfnrkitgalvgvqpfggfklsgt  493
DSSP  hhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllllhhhll


DSSP  ........lllHHHHlllllllllhhheelllllhhhhhhleeeeeeeelllllllllhh
Query ........dviVHITvptlpfggvgnsgmgayhgkksfetfshrrsclvksllneeahka  439
ident                                                             
Sbjct naktgaldylrLFLE............................................m  509
DSSP  llllllhhhhhLLEE............................................e


DSSP  hllllll
Query ryppspa  446
ident        
Sbjct kavaerf  516
DSSP  eeeeeel