No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=17.9

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle


DSSP  ...........lLLHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHH
Query ...........hMSSSQQIAKNARKAGNILKTISNEGRSDILYKIHDALKANAHAIEEAN   49
ident                       | ||    |    | ||  | |            |   
Sbjct psevvgttakagKAEAEAALEAAWKAFKTWKDWPQEDRSRLLLKAAALMRRRKRELEATL  120
DSSP  eeeeeeeeelllHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHH


DSSP  HHHHHhhhhllllhhhhhhhLLLLllHHHHHHHHHHHHHHL.LLLLLLEEEEEEEElLEE
Query KIDLAvaketgladsllkrlDLFKgdKFEVMLQGIKDVAEL.EDPVGKVKMARELDdGLT  108
ident                                   |   |                  |  
Sbjct VYEVG...........knwvEASA..DVAEAIDFIEYYARAaLRYRYPAVEVVPYP.GED  166
DSSP  HHHHL...........llhhHHHH..HHHHHHHHHHHHHHHhHHHLLLLLLLLLLL.LEE


DSSP  EEEEEEELLEEEEEELL..LLHHHHHHHHHHHHHLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHH
Query LYQVTAPVGVLLVIFES..RPEVIANITALSIKSGNAAILKGGKESVNTFREMAKIVNDT  166
ident       | |   ||                    ||  | |     |        |    
Sbjct NESFYVPLGAGVVIAPWnfPVAIFTGMIVGPVAVGNTVIAKPAEDAVVVGAKVFEIFHEA  226
DSSP  EEEEEEELLEEEEELLLllLLHHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  HhhhhhhhlLLLLLEEELLLL....LHHHHHLlLLLLEEEEELLHHHHHHHHHLL.....
Query IaqfqsetgVPVGSVQLIETR....VSDLLDQdEYIDLVVPRGSNALVRKIKDTT.....  217
ident           | | |             |      |      ||     ||         
Sbjct G........FPPGVVNFLPGVgeevGAYLVEH.PRIRFINFTGSLEVGLKIYEAAgrlap  277
DSSP  L........LLLLLEEELLLLllhhHHHHHLL.LLLLEEEEELLHHHHHHHHHHHlllll


DSSP  ....lLLLLLllLLLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHLLLL.....llllEEEEELLLLllH
Query ....kIPVLGhaDGICSIYLDEDADLIKAKRISLDAKTN.....cnamETLLINPKFskW  268
ident              |   |  || ||   |                     |         
Sbjct gqtwfKRAYVetGGKNAIIVDETADFDLAAEGVVVSAYGfqgqkcsaaSRLILTQGA..Y  335
DSSP  lllllLEEEEelLLLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHhhhllllleEEEEEEHHH..H


DSSP  HHHHHHHHHHHL................................................
Query WEVLENLTLEGG................................................  280
ident   |||                                                       
Sbjct EPVLERVLKRAErlsvgpaeenpdlgpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlggkrlege  395
DSSP  HHHHHHHHHHHLllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeellllllll


DSSP  .....LLLEELHHhhhhhhhhhhhhllllhhhhllllLLLLEEEELLLHHHHHHHHLLLL
Query .....VTIHATKDlktayfdklnelgklteaiqcktvSLDLAAKFVTSTESAIQHINTHS  335
ident       |                                 |    |     |    |   
Sbjct gyfiaPTVFTEVP.............pkariaqeeifGPVLSVIRVKDFAEALEVANDTP  442
DSSP  lllllLEEEELLL.............lllhhhlllllLLEEEEEEELLHHHHHHHHHLLL


DSSP  LLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEELLLHHHL.....................llL
Query SRHTDAIVTENKANAEKFMKGVDSSGVYWNASTRFA.....................dvG  374
ident    |           |           | |     |                        
Sbjct YGLTGGVYSRKREHLEWARREFHVGNLYFNRKITGAlvgvqpfggfklsgtnaktgaldY  502
DSSP  LLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEELLLLLLLllllllllllhhhllllllllhhH


DSSP  LHHHEEEEEEEELLlllllll
Query LDGLVSYQYQIRGDgqvasdy  395
ident |                    
Sbjct LRLFLEMKAVAERF.......  516
DSSP  HHLLEEEEEEEEEL.......


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.3

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct psevvgttakagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatl  120
DSSP  eeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhh


DSSP  ......................................................lllhhh
Query ......................................................hmsssq    6
ident                                                             
Sbjct vyevgknwveasadvaeaidfieyyaraalryrypavevvpypgednesfyvplgagvvi  180
DSSP  hhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeelleeeee


DSSP  hhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhh
Query qiaknarkagnilktisnegrsdilykihdalkanahaieeankidlavaketgladsll   66
ident                                                             
Sbjct apwnfpvaiftgmivgpvavgntviakpaedavvvgakvfeifheagfppgvvnflpgvg  240
DSSP  lllllllhhhhhhhhhhhhllleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllll


DSSP  hhhllllllhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeelleeeeeeeeelLEEEEEE..L
Query krldlfkgdkfevmlqgikdvaeledpvgkvkmarelddgltlyqvtapvGVLLVIF..E  124
ident                                                   |    |    
Sbjct eevgaylvehprirfinftgslevglkiyeaagrlapgqtwfkrayvetgGKNAIIVdeT  300
DSSP  lhhhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhhhllllllllllleeeeellLLEEEEEllL


DSSP  LLL.HHHHHHHHHHHHHLL.....eEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHH...........
Query SRP.EVIANITALSIKSGN.....aAILKGGKESVNTFREMAKIVNDTI...........  167
ident                            |           |                    
Sbjct ADFdLAAEGVVVSAYGFQGqkcsaaSRLILTQGAYEPVLERVLKRAERLsvgpaeenpdl  360
DSSP  LLHhHHHHHHHHHHHHHHHllllleEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHLLLllllhhhllll


DSSP  .....................hhhhhhhL..........LLLL.................
Query .....................aqfqsetG..........VPVG.................  179
ident                             |           |                   
Sbjct gpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlgGkrlegegyfiAPTVftevppkariaqeeifg  420
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelLllllllllllLLEEeellllllhhhllllll


DSSP  .LEEELLLL....LHHHHHLLLLLLEEEEEL.LHHHHHHHHHLLLL.LLLLllllleeee
Query .SVQLIETR....VSDLLDQDEYIDLVVPRG.SNALVRKIKDTTKI.PVLGhadgicsiy  232
ident      |                |                                     
Sbjct pVLSVIRVKdfaeALEVANDTPYGLTGGVYSrKREHLEWARREFHVgNLYF.........  471
DSSP  lEEEEEEELlhhhHHHHHHLLLLLLEEEEELlLHHHHHHHHHHLLLlEEEE.........


DSSP  elllllhhhhhhhhhhlllllllleeeeellllllhhhhhhhhhhhhlllleelhhhhhh
Query ldedadlikakrisldaktncnametllinpkfskwwevlenltleggvtihatkdlkta  292
ident                                                             
Sbjct ............................................................  471
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhllllhhhhlllllllleeeelllhhhhhhhhllllllleeeeelllhhhhhh
Query yfdklnelgklteaiqcktvsldlaakfvtstesaiqhinthssrhtdaivtenkanaek  352
ident                                                             
Sbjct ............................................................  471
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhlllleeeelllhhhlllllhhHEEEEE.......................eeelll
Query fmkgvdssgvywnastrfadvgldgLVSYQY.......................qirgdg  389
ident                                                             
Sbjct .....................nrkiTGALVGvqpfggfklsgtnaktgaldylrlflemk  510
DSSP  .....................llllLLLLLLlllllllhhhllllllllhhhhhlleeee


DSSP  llllll
Query qvasdy  395
ident       
Sbjct avaerf  516
DSSP  eeeeel


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.2

DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query hmsssqqiaknarkagnilktisnegrsdilykihdalkanahaieeankidlavaketg   60
ident                                                             
Sbjct ....................................................mtvepfrn    8
DSSP  ....................................................llllllll


DSSP  llhhhhhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeelleeeeeeeeelleee
Query ladsllkrldlfkgdkfevmlqgikdvaeledpvgkvkmarelddgltlyqvtapvgvll  120
ident                                                             
Sbjct epietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsapsevvgtt   68
DSSP  llllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelleeeeeeeee


DSSP  eeellllhhhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllll
Query vifesrpevianitalsiksgnaailkggkesvntfremakivndtiaqfqsetgvpvgs  180
ident                                                             
Sbjct akagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatlvyevgknw  128
DSSP  elllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllh


DSSP  eeelllllhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhllllllllllllLEEEEElllllHH
Query vqlietrvsdlldqdeyidlvvprgsnalvrkikdttkipvlghadgICSIYLdedadLI  240
ident                                                             
Sbjct veasadvaeaidfieyyaraalryrypavevvpypgednesfyvplgAGVVIA....pWN  184
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeellEEEEEL....lLL


DSSP  HHHHHHHH...lllllllLEEEEELLLlllhhhhhhhhhhhhlllleelhHHHHHHHHHH
Query KAKRISLD...aktncnaMETLLINPKfskwwevlenltleggvtihatkDLKTAYFDKL  297
ident     |                                                       
Sbjct FPVAIFTGmivgpvavgnTVIAKPAED.................avvvgaKVFEIFHEAG  227
DSSP  LLLHHHHHhhhhhhhlllEEEEELLHH.................hhhhhhHHHHHHHHHL


DSSP  hhhllllhhhhlllllllLEEEELLLHHHHHHHHLLllllLEEEEELlLHHHHHHHHHH.
Query nelgklteaiqcktvsldLAAKFVTSTESAIQHINThssrHTDAIVTeNKANAEKFMKG.  356
ident                            |                          |     
Sbjct .............fppgvVNFLPGVGEEVGAYLVEH.priRFINFTG.SLEVGLKIYEAa  272
DSSP  .............lllllEEELLLLLLHHHHHHHLL.lllLEEEEEL.LHHHHHHHHHHh


DSSP  .......lllLEEEEL............................................
Query .......vdsSGVYWN............................................  365
ident              |                                              
Sbjct grlapgqtwfKRAYVEtggknaiivdetadfdlaaegvvvsaygfqgqkcsaasrliltq  332
DSSP  llllllllllLEEEEElllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  365
ident                                                             
Sbjct gayepvlervlkraerlsvgpaeenpdlgpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlggkrl  392
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhlllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  365
ident                                                             
Sbjct egegyfiaptvftevppkariaqeeifgpvlsvirvkdfaealevandtpygltggvysr  452
DSSP  llllllllleeeellllllhhhllllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeell


DSSP  ..................................llhhhlllllhhheeeeeeeelllll
Query ..................................astrfadvgldglvsyqyqirgdgqv  391
ident                                                             
Sbjct krehlewarrefhvgnlyfnrkitgalvgvqpfggfklsgtnaktgaldylrlflemkav  512
DSSP  lhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllllhhhllllllllhhhhhlleeeeee


DSSP  llll
Query asdy  395
ident     
Sbjct aerf  516
DSSP  eeel