No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=14.8

DSSP  ...................................lhhhhhhhhhhhhhllhhhlhhhhh
Query ...................................sisdtvkrareafnsgktrslqfri   25
ident                                                             
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll


DSSP  hhhhhhhhhhhhHHHHHHhhhhhhhlllHHHHHHhLHHHHHHHHHHHHHHhhhHHLLEEL
Query qqlealqrmineNLKSISgalasdlgknEWTSYYeEVAHVLEELDTTIKElpdWAEDEPV   85
ident                  |                     |                   |
Sbjct talkvsaeeiaaASERLS..........DELKQA.MAVAVKNIETFHTAQ...KLPPVDV  106
DSSP  llllllhhhhhhHHHHLL..........HHHHHH.HHHHHHHHHHHHHLL...LLLLEEE


DSSP  LLlllLLLLEEEEEEEELLEEEEELLL..LLLLHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLH
Query AKtrqTQQDDLYIHSEPLGVVLVIGAW..NYPFNLTIQPMVGAVAAGN.AVILKPSEVSG  142
ident                 |   |           |         |  ||   | |       
Sbjct ET...QPGVRCQQVTRPVASVGLYIPGgsAPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIA  163
DSSP  EE...ELLEEEEEEEEELLEEEEELLLllLLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLL


DSSP  HHHHHHhhhhhhhlllllEEELLLLHHHH.HHHLLL.....LLLEEEEELLHHHHHHHHH
Query HMADLLatlipqymdqnlYLVVKGGVPET.TELLKE.....RFDHIMYTGSTAVGKIVMA  196
ident                     |   |       |          | |   |   |      
Sbjct DEILYA......aqlcgvQDVFNVGGAQAiAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKRQ  217
DSSP  HHHHHH......hhhlllLEEEELLHHHHhHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHHH


DSSP  HHHL.LLLLEEEELL.LLLEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHLLLlllllLLLEEEE.LHH
Query AAAK.HLTPVTLELG.GKSPCYVDKDCDLDVACRRIAWGKFMNSgqtcvAPDYILC.DPS  253
ident               |        |     |                        |     
Sbjct VSQRlDGAAIDMPAGpSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGP....dSQVILLTpAAD  273
DSSP  HHHLlLLLEELLLLLlLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLL....lLEEEEEElLHH


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHlllhhhlllllllllhhhhhhhhhlllllleeellleelllle
Query IQNQIVEKLKKSLKDFYgedakqsrdygriindrhfqrvkglidnqkvahggtwdqssry  313
ident       |     |                                               
Sbjct MARRVAEAVERQLAELP.........................................ra  292
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHLLL.........................................ll


DSSP  ELLEeelllllllhhhllllllLEELEEELLLHHHHHHHHHLLlLLLEEEEELLlhhHHH
Query IAPTilvdvdpqspvmqeeifgPVMPIVCVRSLEEAIQFINQReKPLALYVFSNnekVIK  373
ident                                 |       ||   |  |           
Sbjct ETAR...............qalNASRLIVTKDLAQCVEISNQY.GPEHLIIQTR...NAR  333
DSSP  HHHH...............hhhLLLEEEELLLHHHHHHHHHHH.LLLEEEEELL...LHH


DSSP  HHHLLL.LLLEEEEL..LLLH.HHHLLLLLL.LLLHHH..eELLLllhhHHHHLEEEEEE
Query KMIAET.SSGGVTAN..DVIV.HITVPTLPF.GGVGNS..gMGAYhgkkSFETFSHRRSC  426
ident        | | |                                         |  |   
Sbjct ELVDSItSAGSVFLGdwSPESaGDYASGTNHvLPTYGYtatCSSL....GLADFQKRMTV  389
DSSP  HHHHHLlLLLEEEELllLLHHhHHHLLLLLLlLLLLLHhhlLLLL....LHHHHEEEEEE


DSSP  EELLL...lLLLL.................LHHH..LLLLll
Query LVKSL...lNEEA.................HKAR..YPPSpa  446
ident    |                             |        
Sbjct QELSKegfsALAStietlaaaerltahknaVTLRvnALKEqa  431
DSSP  EEELHhhhhHHHHhhhhhhhhlllhhhhhhHHHHhhHHHHhl


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.1

DSSP  ............LHHHHHHhhhhhHHLL................................
Query ............SISDTVKrareaFNSG................................   16
ident                                                             
Sbjct ntiidwnsctaeQQRQLLM.....RPAIsasesitrtvndildnvkargdealreysakf   55
DSSP  lleeehhhllhhHHHHHLL.....LLLLlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ................hhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhh
Query ................ktrslqfriqqlealqrminenlksisgalasdlgknewtsyye   60
ident                                                             
Sbjct dkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcq  115
DSSP  lllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeee


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhHHHL.................................leeLLL
Query evahvleeldttikelpDWAE.................................depVAK   87
ident                                                             
Sbjct qvtrpvasvglyipggsAPLFstvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlCGV  175
DSSP  eeeeelleeeeelllllLLLHhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhLLL


DSSP  L...................lllllleeEEEE.......................eeLLE
Query T...................rqtqqddlYIHS.......................epLGV  105
ident                                                             
Sbjct QdvfnvggaqaiaalafgtesvpkvdkiFGPGnafvteakrqvsqrldgaaidmpagPSE  235
DSSP  LeeeellhhhhhhhhhhllllllllleeELLLlhhhhhhhhhhhhllllleelllllLLE


DSSP  EEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLL..LEEEEELLLllHHHHHHHHHHH...........
Query VLVIGAWNYPFNLTIQPMVGAVAAG..NAVILKPSEvsGHMADLLATLI...........  152
ident ||||                    |    |||        ||   |              
Sbjct VLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGpdSQVILLTPA..ADMARRVAEAVerqlaelprae  293
DSSP  EEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLllLEEEEEELL..HHHHHHHHHHHhhhhhlllllh


DSSP  hhhLLLLLEEELLL.LHHHHHHHL.LLLLLEEEEEL..LHHHHHHhHHHHhlllLLEEEE
Query pqyMDQNLYLVVKG.GVPETTELL.KERFDHIMYTG..STAVGKIvMAAAakhlTPVTLE  208
ident       |              |        |                  |      | | 
Sbjct tarQALNASRLIVTkDLAQCVEISnQYGPEHLIIQTrnARELVDS.ITSA....GSVFLG  348
DSSP  hhhHHHLLLEEEELlLHHHHHHHHhHHLLLEEEEELllHHHHHHH.LLLL....LEEEEL


DSSP  llllleeeelllllhhhhhhhhhhhhhllllllllllleeeelhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query lggkspcyvdkdcdldvacrriawgkfmnsgqtcvapdyilcdpsiqnqiveklkkslkd  268
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  hhlllhhhlllllllllhhhhhhhhhlllllleeellleelllleelleeelllllllhh
Query fygedakqsrdygriindrhfqrvkglidnqkvahggtwdqssryiaptilvdvdpqspv  328
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  hllllllleeleeelllhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhlllllleeeell
Query mqeeifgpvmpivcvrsleeaiqfinqrekplalyvfsnnekvikkmiaetssggvtand  388
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhhlllllllllhhheeLLLLlhHHHH..............................
Query vivhitvptlpfggvgnsgmGAYHgkKSFE..............................  418
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Sbjct ..................dwSPES..AGDYasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrmt  388
DSSP  ..................llLLHH..HHHHllllllllllllhhhllllllhhhheeeee


DSSP  ...............hleeeeeeeelllllllllhhhllllll
Query ...............tfshrrsclvksllneeahkaryppspa  446
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Sbjct vqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  eeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.3

DSSP  lhhhhhhhhhhhhhllhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhh
Query sisdtvkrareafnsgktrslqfriqqlealqrminenlksisgalasdlgknewtsyye   60
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlleelllllllllleeeeeeeelleeeeelllllllhhhh
Query evahvleeldttikelpdwaedepvaktrqtqqddlyihseplgvvlvigawnypfnlti  120
ident                                                             
Sbjct .............................ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitr   31
DSSP  .............................lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhh


DSSP  hhhhhhhhllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllllleeellllhhhhhhhllllll
Query qpmvgavaagnavilkpsevsghmadllatlipqymdqnlylvvkggvpettellkerfd  180
ident                                                             
Sbjct tvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavkn   91
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhh


DSSP  eeeeellhhhhhhhhhhhhllllleeeellLLLEEEELLL.lLHHHHHHHHHHHHHLllL
Query himytgstavgkivmaaaakhltpvtlelgGKSPCYVDKD.cDLDVACRRIAWGKFMnsG  239
ident                                    |       |       |        
Sbjct ietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvASVGLYIPGGsaPLFSTVLMLATPASI..A  149
DSSP  hhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelLEEEEELLLLllLLHHHHHHHHHHHHH..H


DSSP  LLLlllLEEEELHHHHHHHHHHHHHHhhhhhlllhhhlllllllllhhhhhhhhhlllll
Query QTCvapDYILCDPSIQNQIVEKLKKSlkdfygedakqsrdygriindrhfqrvkglidnq  299
ident             | |   |                                         
Sbjct GCK..kVVLCSPPPIADEILYAAQLC..................................  173
DSSP  LLL..eEEEEELLLLLHHHHHHHHHL..................................


DSSP  leeellleelllleelleeelllllllhhhllllllleELEEELllHHHHHHHHHLL...
Query kvahggtwdqssryiaptilvdvdpqspvmqeeifgpvMPIVCVrsLEEAIQFINQR...  356
ident                                            |     ||         
Sbjct ....................................gvQDVFNV.gGAQAIAALAFGtes  196
DSSP  ....................................llLEEEEL.lHHHHHHHHHHLlll


DSSP  .lLLLEEEEELllHHHHHHHHLLLL....llEEEE.........................
Query .eKPLALYVFSnnEKVIKKMIAETS....sgGVTA.........................  386
ident   |                     |                                   
Sbjct vpKVDKIFGPG..NAFVTEAKRQVSqrldgaAIDMpagpsevlviadsgatpdfvasdll  254
DSSP  llLLLEEELLL..LHHHHHHHHHHHhlllllEELLllllleeeeeelllllhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  386
ident                                                             
Sbjct sqaehgpdsqvilltpaadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqcv  314
DSSP  hhhlllllleeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  386
ident                                                             
Sbjct eisnqygpehliiqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygytat  374
DSSP  hhhhhhllleeeeelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhhl


DSSP  lllLHHHhlllllllllhhheelllllhhhhhhleeeeeeeelllllllllhhhllllll
Query ndvIVHItvptlpfggvgnsgmgayhgkksfetfshrrsclvksllneeahkaryppspa  446
ident                                                             
Sbjct cssLGLA...dfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  lllLLHH...hheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl