No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=19.4

DSSP  lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeeeelllHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLH
Query mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaeasAEQVDAAVRAADAAFAEWGQTTP   60
ident                                                |  |         
Sbjct ....................................hMSSSQQIAKNARKAGNILKTISN   24
DSSP  ....................................lLLHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLH


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHL............llhhhHHHLHHHHHHHHH
Query KVRAECLLKLADVIEENGQVFAELESRNCG............kplhsAFNDEIPAIVDVF  108
ident   |   | |  |    |     |                           |         
Sbjct EGRSDILYKIHDALKANAHAIEEANKIDLAvaketgladsllkrldlFKGDKFEVMLQGI   84
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHHhhhhllllhhhhhhhllLLLLHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHhLLLL..LLLLLEEEELLEEEEEEEEELLEEEEELLLllHHHHHHHHHHHHHHLL
Query RFFAGaARCL..NGLAAGEYLEGHTSMIRRDPLGVVASIAPWnyPLMMAAWKLAPALAAG  166
ident    |            | |   | |      | ||   |          |   |     |
Sbjct KDVAE.LEDPvgKVKMARELDDGLTLYQVTAPVGVLLVIFES..RPEVIANITALSIKSG  141
DSSP  HHHHH.LLLLllLEEEEEEEELLEEEEEEEEELLEEEEEELL..LLHHHHHHHHHHHHHL


DSSP  LEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHLLLL.........LLLLEEELLLLllllHHHHHLL.LL
Query NCVVLKPSEITPLTALKLAELAKDIF.........PAGVVNILFGRgktvGDPLTGH.PK  216
ident |   ||       |    |    |           | | |     |       |      
Sbjct NAAILKGGKESVNTFREMAKIVNDTIaqfqsetgvPVGSVQLIETR....VSDLLDQdEY  197
DSSP  LEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhllLLLLEEELLLL....LHHHHHLlLL


DSSP  EEEEEEELLHHHHHHHHHHHhhhLLEEEEellLLLEEEELLLLLHHHHHHHHHHHLLHhh
Query VRMVSLTGSIATGEHIISHTassIKRTHMelgGKAPVIVFDDADIEAVVEGVRTFGYYna  276
ident    |   || |    |   |            |        |||                
Sbjct IDLVVPRGSNALVRKIKDTT...KIPVLGhadGICSIYLDEDADLIKAKRISLDAKTN..  252
DSSP  LLEEEEELLHHHHHHHHHLL...LLLLLLlllLLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHLLLL..


DSSP  hllllllLEEEEELLL..HHHHHHHHHHHHHlllllllllllllllllllhhhhhhhhhh
Query gqdctaaCRIYAQKGI..YDTLVEKLGAAVAtlksgapddestelgplsslahlervgka  334
ident                        | |                                  
Sbjct ...cnamETLLINPKFskWWEVLENLTLEGG.............................  280
DSSP  ...llllEEEEELLLLllHHHHHHHHHHHHL.............................


DSSP  hhhhhhlllleeeelllllllllllllLEEEELLL.............lllhhhhllllL
Query veeakatghikvitggekrkgngyyyaPTLLAGAL.............qddaivqkevfG  381
ident                             |  |                            
Sbjct ...........................VTIHATKDlktayfdklnelgklteaiqcktvS  313
DSSP  ...........................LLLEELHHhhhhhhhhhhhhllllhhhhllllL


DSSP  LEEEEEEELLHHHHHHHHHLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEEL.LLLLlll
Query PVVSVTPFDNEEQVVNWANDSQYGLASSVWTKDVGRAHRVSARLQYGCTWVN.THFMlvs  440
ident            |      |           |     |              |        
Sbjct LDLAAKFVTSTESAIQHINTHSSRHTDAIVTENKANAEKFMKGVDSSGVYWNaSTRF...  370
DSSP  LLLEEEELLLHHHHHHHHLLLLLLLEEEEELLLHHHHHHHHHHLLLLEEEELlLHHH...


DSSP  lllllllhhheellllhhhHHHLLEEEEEEEEEL.......
Query emphggqklsgygkdmslyGLEDYTVVRHVMVKH.......  474
ident                    ||                    
Sbjct ................advGLDGLVSYQYQIRGDgqvasdy  395
DSSP  ................lllLLHHHEEEEEEEELLlllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.2

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct hmsssqqiaknarkagnilktisnegrsdilykihdalkanahaieeankidlavaketg   60
DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ...........................lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeee
Query ...........................mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvllei   33
ident                                                             
Sbjct ladsllkrldlfkgdkfevmlqgikdvaeledpvgkvkmarelddgltlyqvtapvgvll  120
DSSP  llhhhhhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeelleeeeeeeeelleee


DSSP  elllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllh
Query aeasaeqvdaavraadaafaewgqttpkvraecllkladvieengqvfaelesrncgkpl   93
ident                                                             
Sbjct vifesrpevianitalsiksgnaailkggkesvntfremakivndtiaqfqsetgvpvgs  180
DSSP  eeellllhhhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllll


DSSP  hhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllllllleeeelleeeeeeeeeLLEEEEELLLL.LHH
Query hsafndeipaivdvfrffagaarclnglaageyleghtsmirrdpLGVVASIAPWN.YPL  152
ident                                               |             
Sbjct vqlietrvsdlldqdeyidlvvprgsnalvrkikdttkipvlghaDGICSIYLDEDaDLI  240
DSSP  eeelllllhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhllllllllllLLLEEEEELLLlLHH


DSSP  HHHHHHHHhHHHLL.LEEEEELLLLL..LHHHHHHHHHH.....................
Query MMAAWKLApALAAG.NCVVLKPSEIT..PLTALKLAELA.....................  188
ident       |  |         |            |    |                      
Sbjct KAKRISLD.AKTNCnAMETLLINPKFskWWEVLENLTLEggvtihatkdlktayfdklne  299
DSSP  HHHHHHHH.LLLLLlLLEEEEELLLLllHHHHHHHHHHHhlllleelhhhhhhhhhhhhh


DSSP  .........lLLLLlLLEEELLLLLllLHHHHHLLLL.eEEEEEEL.LHHHHHHHHHHHh
Query .........kDIFPaGVVNILFGRGktVGDPLTGHPK.vRMVSLTG.SIATGEHIISHTa  237
ident                      |                           |  |       
Sbjct lgklteaiqcKTVS.LDLAAKFVTSteSAIQHINTHSsrHTDAIVTeNKANAEKFMKGV.  357
DSSP  hllllhhhhlLLLL.LLLEEEELLLhhHHHHHHLLLLllLEEEEELlLHHHHHHHHHHL.


DSSP  hHLLEEEEEllllleeeelllllhhhhhhhhhhhllhhhhllllllleeeeelllhhhhh
Query sSIKRTHMElggkapvivfddadieavvegvrtfgyynagqdctaacriyaqkgiydtlv  297
ident                                                             
Sbjct .DSSGVYWN...................................................  365
DSSP  .LLLEEEEL...................................................


DSSP  hhhhhhhhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllll
Query eklgaavatlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikvitggekrkgng  357
ident                                                             
Sbjct ............................................................  365
DSSP  ............................................................


DSSP  llllleeeellllllhhhhlllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhh
Query yyyaptllagalqddaivqkevfgpvvsvtpfdneeqvvnwandsqyglassvwtkdvgr  417
ident                                                             
Sbjct ............................................................  365
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhheellllhhhhhhLLEE...........
Query ahrvsarlqygctwvnthfmlvsemphggqklsgygkdmslygleDYTV...........  466
ident                                                             
Sbjct ..........................................astRFADvgldglvsyqy  383
DSSP  ..........................................llhHHLLlllhhheeeee


DSSP  ....eeeeeeel
Query ....vrhvmvkh  474
ident             
Sbjct qirgdgqvasdy  395
DSSP  eeelllllllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.4

DSSP  lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllh
Query mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaeasaeqvdaavraadaafaewgqttp   60
ident                                                             
Sbjct ....................hmsssqqiaknarkagnilktisnegrsdilykihdalka   40
DSSP  ....................lllhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhlllLLL
Query kvraecllkladvieengqvfaelesrncgkplhsafndeipaivdvfrffagaarcLNG  120
ident                                                             
Sbjct nahaieeankidlavaketgladsllkrldlfkgdkfevmlqgikdvaeledpvgkvKMA  100
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhllllllleEEE


DSSP  LLLEEEelleeEEEEEeelleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeellllllhh
Query LAAGEYleghtSMIRRdplgvvasiapwnyplmmaawklapalaagncvvlkpseitplt  180
ident                                                             
Sbjct RELDDG.....LTLYQ............................................  111
DSSP  EEEELL.....EEEEE............................................


DSSP  hhhhhhhhlllllllleeellllllllhhhhhlllleeeeeeellhhhhhhhhhhhhhhl
Query alklaelakdifpagvvnilfgrgktvgdpltghpkvrmvsltgsiatgehiishtassi  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................  111
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeelLLLLEEEELllLLHHhHHHHHHHHLLHHHHllllllLEEEEELLLHHHHHHHH
Query krthmelGGKAPVIVFddADIEaVVEGVRTFGYYNAGqdctaaCRIYAQKGIYDTLVEKL  300
ident         |   ||       | |                         |    |  |  
Sbjct ...vtapVGVLLVIFE..SRPE.VIANITALSIKSGN.....aAILKGGKESVNTFREMA  160
DSSP  ...eeeeLLEEEEEEL..LLLH.HHHHHHHHHHHHLL.....eEEEELLHHHHHHHHHHH


DSSP  HHHhhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleEEEL..LLLLlllll
Query GAAvatlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikVITG..GEKRkgngy  358
ident                                                |            
Sbjct KIV..........................................NDTIaqFQSE.....  173
DSSP  HHH..........................................HHHHhhHHHH.....


DSSP  LLLLEEeellllllhhhhllllllEEEEEEEllhhhHHHHHHLLLLLLEEEEELlLHHHH
Query YYAPTLlagalqddaivqkevfgpVVSVTPFdneeqVVNWANDSQYGLASSVWTkDVGRA  418
ident    |                     |          |        |              
Sbjct TGVPVG..................SVQLIET....rVSDLLDQDEYIDLVVPRG.SNALV  210
DSSP  HLLLLL..................LEEELLL....lLHHHHHLLLLLLEEEEEL.LHHHH


DSSP  HHHHHHLLLlEEEE..............................................
Query HRVSARLQYgCTWV..............................................  432
ident                                                             
Sbjct RKIKDTTKI.PVLGhadgicsiyldedadlikakrisldaktncnametllinpkfskww  269
DSSP  HHHHHLLLL.LLLLllllleeeeelllllhhhhhhhhhhlllllllleeeeellllllhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  432
ident                                                             
Sbjct evlenltleggvtihatkdlktayfdklnelgklteaiqcktvsldlaakfvtstesaiq  329
DSSP  hhhhhhhhhhlllleelhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhlllllllleeeelllhhhhhh


DSSP  .........................................llLLLLlllllllllhhhe
Query .........................................ntHFMLvsemphggqklsg  451
ident                                                             
Sbjct hinthssrhtdaivtenkanaekfmkgvdssgvywnastrfadVGLD.............  376
DSSP  hhllllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllhhhllLLLH.............


DSSP  ellllhhhhhhlleeEEEEEEE.....l
Query ygkdmslygledytvVRHVMVK.....h  474
ident                             
Sbjct .........glvsyqYQIRGDGqvasdy  395
DSSP  .........hheeeeEEEELLLllllll