No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=15.4

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHH......l
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealREYSA......k   54
ident                                                  |          
Sbjct .................................mqhkllingelvsgeGEKQPvynpatg   27
DSSP  .................................lllleeelleeelllLLEEEeeellll


DSSP  lllLLLLLL............................lllhhhhhhhhHHLLHHH.....
Query fdkTTVTAL............................kvsaeeiaaasERLSDEL.....   81
ident                                                 |           
Sbjct dvlLEIAEAsaeqvdaavraadaafaewgqttpkvraecllkladvieENGQVFAelesr   87
DSSP  eeeEEEELLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhHLHHHHHhhhhh


DSSP  .........HHHHHHHHHHHHHHHHLLL..LLLE.EEEEELLEEEEEEEEELLEEEEELL
Query .........KQAMAVAVKNIETFHTAQK..LPPV.DVETQPGVRCQQVTRPVASVGLYIP  129
ident                |      |       |      |   |        |   |    |
Sbjct ncgkplhsaFNDEIPAIVDVFRFFAGAArcLNGLaAGEYLEGHTSMIRRDPLGVVASIAP  147
DSSP  hhlllhhhhHHLHHHHHHHHHHHHHHHLllLLLLlLEEEELLEEEEEEEEELLEEEEELL


DSSP  LllLLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLLHHHHHHHHH......lllLEEEELLH
Query GgsAPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIADEILYAAQL......cgvQDVFNVGG  183
ident                ||  ||   |||          |  | |                |
Sbjct W..NYPLMMAAWKLAPALAAGN.CVVLKPSEITPLTALKLAELakdifpagvVNILFGRG  204
DSSP  L..LLHHHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLLHHHHHHHHHhllllllllEEELLLLL


DSSP  HHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLlLLEELLLLLlLEEEEEELLL
Query AQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKRQVSQRLdGAAIDMPAGpSEVLVIADSG  243
ident       |        ||      |     |               |  |     ||    
Sbjct KTVGDPLTGH....pKVRMVSLTGSIATGEHIISHTASS.IKRTHMELG.GKAPVIVFDD  258
DSSP  LLLHHHHHLL....lLEEEEEEELLHHHHHHHHHHHHHH.LLEEEEELL.LLLEEEELLL


DSSP  LLHHHHHHHHHHHH.LLLLL...LEEEEEELLHhHHHHHHHHHHHHHHLLLL........
Query ATPDFVASDLLSQA.EHGPD...SQVILLTPAAdMARRVAEAVERQLAELPR........  291
ident |    |                                  |      | |          
Sbjct ADIEAVVEGVRTFGyYNAGQdctAACRIYAQKG.IYDTLVEKLGAAVATLKSgapddest  317
DSSP  LLHHHHHHHHHHHLlHHHHLlllLLLEEEEELL.LHHHHHHHHHHHHHLLLLllllllll


DSSP  .........................................lHHHH..............
Query .........................................aETAR..............  296
ident                                                             
Sbjct elgplsslahlervgkaveeakatghikvitggekrkgngyyYAPTllagalqddaivqk  377
DSSP  lllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllLLLEeeellllllhhhhl


DSSP  ...HHHLllEEEELLLHHHHHHHHHHH.LLLEEEEELL...LHHHHHHHLlLLLEEEELl
Query ...QALNasRLIVTKDLAQCVEISNQY.GPEHLIIQTR...NARELVDSItSAGSVFLGd  349
ident                   | |   |           |     |          |      
Sbjct evfGPVV..SVTPFDNEEQVVNWANDSqYGLASSVWTKdvgRAHRVSARL.QYGCTWVN.  433
DSSP  lllLLEE..EEEEELLHHHHHHHHHLLlLLLEEEEELLlhhHHHHHHHHL.LLLEEEEL.


DSSP  llLHHHHhhlLLLLLLLLLLLHhhlLLLL....LHHHHEEEEEEEEELhhhhhhhhhhhh
Query wsPESAGdyaSGTNHVLPTYGYtatCSSL....GLADFQKRMTVQELSkegfsalastie  405
ident                                  || |      |                
Sbjct ..THFML...VSEMPHGGQKLS..gYGKDmslyGLEDYTVVRHVMVKH............  474
DSSP  ..LLLLL...LLLLLLLLLHHH..eELLLlhhhHHHLLEEEEEEEEEL............


DSSP  hhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query tlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                           
Sbjct ..........................  474
DSSP  ..........................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.8

DSSP  ..LLEE............................EHHHllhHHHHHHLL....LLLLlll
Query ..NTII............................DWNSctaEQQRQLLM....RPAIsas   26
ident                                          ||            |    
Sbjct mqHKLLingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaEASA...EQVDAAVRaadaAFAE...   54
DSSP  llLLEEelleeellllleeeeeelllleeeeeeeLLLH...HHHHHHHHhhhhHHHH...


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhh
Query esitrtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqama   86
ident                                                             
Sbjct ............................................................   54
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhhhhhhhhhhh
Query vavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfstvlmlatpa  146
ident                                                             
Sbjct ............................................................   54
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhllllllllleeell
Query siagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesvpkvdkifgp  206
ident                                                             
Sbjct ..wgqttpkvraecllkladvieengqvfaelesrncgkplhsafndeipaivdvfrffa  112
DSSP  ..hllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhh


DSSP  llhhhhhhhhhhhhllllleelLLLLLLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLllLEEE
Query gnafvteakrqvsqrldgaaidMPAGPSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGpdSQVI  266
ident                              |  ||         |  |      |    | 
Sbjct gaarclnglaageyleghtsmiRRDPLGVVASIAPWNYPLMMAAWKLAPALAAG..NCVV  170
DSSP  hhllllllllleeeelleeeeeEEEELLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHLL..LEEE


DSSP  EEELLHHHhHHHHHHHHHhhhlllllhhhhHHHL.LLEEEELlLHHH.HHHHHHHHLLLE
Query LLTPAADMaRRVAEAVERqlaelpraetarQALN.ASRLIVTkDLAQ.CVEISNQYGPEH  324
ident |               |                                           
Sbjct LKPSEITP.LTALKLAEL.........akdIFPAgVVNILFG.RGKTvGDPLTGHPKVRM  219
DSSP  EELLLLLL.HHHHHHHHH.........hllLLLLlLEEELLL.LLLLlHHHHHLLLLEEE


DSSP  EEEELL..LHHHHHHHL..LLLLeEEEL................................
Query LIIQTR..NARELVDSI..TSAGsVFLG................................  348
ident                                                             
Sbjct VSLTGSiaTGEHIISHTasSIKR.THMElggkapvivfddadieavvegvrtfgyynagq  278
DSSP  EEEELLhhHHHHHHHHHhhHLLE.EEEEllllleeeelllllhhhhhhhhhhhllhhhhl


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct dctaacriyaqkgiydtlveklgaavatlksgapddestelgplsslahlervgkaveea  338
DSSP  lllllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct katghikvitggekrkgngyyyaptllagalqddaivqkevfgpvvsvtpfdneeqvvnw  398
DSSP  hhlllleeeelllllllllllllleeeellllllhhhhlllllleeeeeeellhhhhhhh


DSSP  ....................................................lLLLH...
Query ....................................................dWSPE...  353
ident                                                             
Sbjct andsqyglassvwtkdvgrahrvsarlqygctwvnthfmlvsemphggqklsgYGKDmsl  458
DSSP  hhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhheELLLlhh


DSSP  .HHHHhllllllllllllhhhllllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query .SAGDyasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaer  412
ident     |                                                       
Sbjct yGLED.......................................................  463
DSSP  hHHHL.......................................................


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query ltahknavtlrvnalkeqa  431
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Sbjct ........ytvvrhvmvkh  474
DSSP  ........leeeeeeeeel


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.9

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaeasaeqvdaavraadaafaewgqttp   60
DSSP  lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct kvraecllkladvieengqvfaelesrncgkplhsafndeipaivdvfrffagaarclng  120
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllll


DSSP  LLEEEHHH.......llhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query NTIIDWNS.......ctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysa   53
ident                                                             
Sbjct LAAGEYLEghtsmirrdplgvvasiapwnyplmmaawklapalaagncvvlkpseitplt  180
DSSP  LLLEEEELleeeeeeeeelleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeellllllhh


DSSP  lllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeellee
Query kfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvr  113
ident                                                             
Sbjct alklaelakdifpagvvnilfgrgktvgdpltghpkvrmvsltgsiatgehiishtassi  240
DSSP  hhhhhhhhlllllllleeellllllllhhhhhlllleeeeeeellhhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  eeeeeeeLLEEEEELLLLlllLHHHHHHHH.HHHHH..HLLL..eEEEEELLLLLHHHHH
Query cqqvtrpVASVGLYIPGGsapLFSTVLMLA.TPASI..AGCK..kVVLCSPPPIADEILY  168
ident                          |     |                     | |    
Sbjct krthmelGGKAPVIVFDD..aDIEAVVEGVrTFGYYnaGQDCtaaCRIYAQKGIYDTLVE  298
DSSP  leeeeelLLLLEEEELLL..lLHHHHHHHHhHHLLHhhHLLLlllLEEEEELLLHHHHHH


DSSP  HHHHLL......................................................
Query AAQLCG......................................................  174
ident                                                             
Sbjct KLGAAVatlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikvitggekrkgngy  358
DSSP  HHHHHHhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeellllllllll


DSSP  ........................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLlllllllLEEELLL..
Query ........................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGtesvpkvDKIFGPG..  207
ident                            |       |                        
Sbjct yyaptllagalqddaivqkevfgpvVSVTPFdnEEQVVNWANDS....qygLASSVWTkd  414
DSSP  lllleeeellllllhhhhlllllleEEEEEEllHHHHHHHHHLL....lllLEEEEELll


DSSP  LHHHHHHHHHHHhlllLLEELLllllleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhllllLLEEEE
Query NAFVTEAKRQVSqrldGAAIDMpagpsevlviadsgatpdfvasdllsqaehgpDSQVIL  267
ident                                                             
Sbjct VGRAHRVSARLQ....YGCTWVnthfmlvsemphggqklsgygkdmslygledyTVVRHV  470
DSSP  HHHHHHHHHHLL....LLEEEElllllllllllllllhhheellllhhhhhhllEEEEEE


DSSP  EELLhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhhhhhhhhhllleeee
Query LTPAadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqcveisnqygpehlii  327
ident                                                             
Sbjct MVKH........................................................  474
DSSP  EEEL........................................................


DSSP  elllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhhllllllhhhheeee
Query qtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrm  387
ident                                                             
Sbjct ............................................................  474
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query tvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                             
Sbjct ............................................  474
DSSP  ............................................