No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=14.8

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
ident                                                             
Sbjct .......................................................tkqyk    5
DSSP  .......................................................lllll


DSSP  lllllLHHH...................................................
Query talkvSAEE...................................................   69
ident                                                             
Sbjct nyvngEWKLseneikiyepasgaelgsvpamsteevdyvyasakkaqpawralsyieraa   65
DSSP  eeellEEELllleeeeelllllleeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhh


DSSP  ....hhhhhhhLLHHHH..............HHHHHHHHHHHHHHHLLL..LLLEEEEEE
Query ....iaaaserLSDELK..............QAMAVAVKNIETFHTAQK..LPPVDVETQ  109
ident                                    |    |                |  
Sbjct ylhkvadilmrDKEKIGailskevakgyksaVSEVVRTAEIINYAAEEGlrMEGEVLEGG  125
DSSP  hhhhhhhhhhhLHHHHHhhhhhhhlllhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHllLLLEEEEHH


DSSP  ......LLEEEEEEEEELLEEEEELLLllLLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLL
Query ......PGVRCQQVTRPVASVGLYIPGgsAPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIA  163
ident                 ||  |    |               || |||        |    
Sbjct sfeaasKKKIAVVRREPVGLVLAISPF..NYPVNLAGSKIAPALIAGN.VIAFKPPTQGS  182
DSSP  hllhhhLLEEEEEEEEELLEEEEELLL..LLLLHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLH


DSSP  HHHHHHHHHL.......llLEEEEL.lhhHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHH
Query DEILYAAQLC.......gvQDVFNV.ggaQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAK  215
ident    |  |                                     |  |   |     |  
Sbjct ISGLLLAEAFaeaglpagvFNTITGrgseIGDYIVEHQ.....AVNFINFTGSTGIGERI  237
DSSP  HHHHHHHHHHhhhllllllEEELLLlhhhHHHHHHHLL.....LLLEEEEELLHHHHHHH


DSSP  HHHHHLlllLEELLLLLlLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLLL....LEEEEEELL
Query RQVSQRldgAAIDMPAGpSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGPD....SQVILLTPA  271
ident            |    |      |    |     |      |              |   
Sbjct GKMAGM...RPIMLELG.GKDSAIVLEDADLELTAKNIIAGAFGYSGqrctAVKRVLVME  293
DSSP  HHHLLL...LLEEEELL.LLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHllllLEEEEEEEH


DSSP  HhHHHHHHHHHHHHHHLLL.......LLHH..............................
Query AdMARRVAEAVERQLAELP.......RAET..............................  294
ident    |    |        |           |                              
Sbjct S.VADELVEKIREKVLALTignpeddADITplidtksadyveglindandkgatalteik  352
DSSP  H.HHHHHHHHHHHHHHLLLlllhhhlLLLLllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleelllll


DSSP  .....hHHHH.................LLLEEEELLLHHHHHHHHHHH.LLLEEEEELL.
Query .....aRQAL.................NASRLIVTKDLAQCVEISNQY.GPEHLIIQTR.  330
ident          |                      |         ||||         | |  
Sbjct regnliCPILfdkvttdmrlaweepfgPVLPIIRVTSVEEAIEISNKSeYGLQASIFTNd  412
DSSP  eelleeLLEEeellllllhhhllllllLEEEEEEELLHHHHHHHHHHLlEELEEEEELLl


DSSP  ..LHHHHHHHLlLLLEEEELllLLHHhHHHLlLLLLlLLLLLHhhlLLLL....LHHHHE
Query ..NARELVDSItSAGSVFLGdwSPESaGDYAsGTNHvLPTYGYtatCSSL....GLADFQ  384
ident    |          | |                    |                      
Sbjct fpRAFGIAEQL.EVGTVHIN..NKTQ.RGTD.NFPF.LGAKKS..gAGIQgvkySIEAMT  464
DSSP  hhHHHHHHHHL.LLLEEEEL..LLLL.LLLL.LLLL.LLEELL..eELLLlhhhHHHHLE


DSSP  EEEEEEEELHhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query KRMTVQELSKegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident     |    |                                     
Sbjct TVKSVVFDIK.....................................  474
DSSP  EEEEEEEELL.....................................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.8

DSSP  ..............................llEEEHHhllhHHHHHHLLLllllllhhhh
Query ..............................ntIIDWNsctaEQQRQLLMRpaisasesit   30
ident                                          |                  
Sbjct tkqyknyvngewklseneikiyepasgaelgsVPAMS...tEEVDYVYASakkaqpawra   57
DSSP  llllleeelleeelllleeeeelllllleeeeEELLL...hHHHHHHHHHhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhh
Query rtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavk   90
ident                                                             
Sbjct lsyieraaylhkvadilmrdkekigailskevakgyksavsevvrtaeiinyaaeeglrm  117
DSSP  llhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  HHHHhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhl
Query NIETfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfstvlmlatpasiag  150
ident   |                                                         
Sbjct EGEV........................................................  121
DSSP  LLEE........................................................


DSSP  lleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhllllllllleeellllhh
Query ckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesvpkvdkifgpgnaf  210
ident                                                             
Sbjct ............................................................  121
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhllllleelllllLLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLllLEEEEEEl
Query vteakrqvsqrldgaaidmpagPSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGpdSQVILLTp  270
ident                          || |           |        |          
Sbjct .leggsfeaaskkkiavvrrepVGLVLAISPFNYPVNLAGSKIAPALIAG..NVIAFKP.  177
DSSP  .eehhhllhhhlleeeeeeeeeLLEEEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLL..LEEEEEL.


DSSP  LHHHHHHHHHHHHHHHHLLlllhhhhhhhLLLEEEELLLhhHHHHHHHHHLLLEEEEELL
Query AADMARRVAEAVERQLAELpraetarqalNASRLIVTKDlaQCVEISNQYGPEHLIIQTR  330
ident             |                     |          |              
Sbjct PTQGSISGLLLAEAFAEAG.......lpaGVFNTITGRGseIGDYIVEHQAVNFINFTGS  230
DSSP  LLLLHHHHHHHHHHHHHHL.......lllLLEEELLLLHhhHHHHHHHLLLLLEEEEELL


DSSP  ..LHHHHHHHLLllLEEEELL.......................................
Query ..NARELVDSITsaGSVFLGD.......................................  349
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Sbjct tgIGERIGKMAG.mRPIMLELggkdsaivledadleltakniiagafgysgqrctavkrv  289
DSSP  hhHHHHHHHHLL.lLLEEEELllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  349
ident                                                             
Sbjct lvmesvadelvekirekvlaltignpeddaditplidtksadyveglindandkgatalt  349
DSSP  eeehhhhhhhhhhhhhhhhllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleell


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  349
ident                                                             
Sbjct eikregnlicpilfdkvttdmrlaweepfgpvlpiirvtsveeaieisnkseyglqasif  409
DSSP  llleelleelleeeellllllhhhllllllleeeeeeellhhhhhhhhhhlleeleeeee


DSSP  ..............................................lllHHHHhhlllll
Query ..............................................wspESAGdyasgtn  363
ident                                                             
Sbjct tndfprafgiaeqlevgtvhinnktqrgtdnfpflgakksgagiqgvkySIEA.......  462
DSSP  lllhhhhhhhhhhlllleeeellllllllllllllleelleellllhhhHHHH.......


DSSP  lllllllhhhllllLLHHhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhh
Query hvlptygytatcssLGLAdfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlr  423
ident                                                             
Sbjct ...........mttVKSV..........................................  469
DSSP  ...........leeEEEE..........................................


DSSP  hhhhhhhl
Query vnalkeqa  431
ident         
Sbjct ...vfdik  474
DSSP  ...eeell


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.3

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
ident                                                             
Sbjct ...tkqyknyvngewklseneikiyepasgaelgsvpamsteevdyvyasakkaqpawra   57
DSSP  ...llllleeelleeelllleeeeelllllleeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  llllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllLLLE................
Query talkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqkLPPV................  104
ident                                            |                
Sbjct lsyieraaylhkvadilmrdkekigailskevakgyksavSEVVrtaeiinyaaeeglrm  117
DSSP  llhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhHHHHhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  104
ident                                                             
Sbjct egevleggsfeaaskkkiavvrrepvglvlaispfnypvnlagskiapaliagnviafkp  177
DSSP  lleeeehhhllhhhlleeeeeeeeelleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhllleeeeel


DSSP  .........................................................eee
Query .........................................................dve  107
ident                                                             
Sbjct ptqgsisglllaeafaeaglpagvfntitgrgseigdyivehqavnfinftgstgigeri  237
DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeellllhhhhhhhhhhllllleeeeellhhhhhhh


DSSP  eelleeeeeeeeelLEEEEELLLLllLLHH.HHHHHHHHHHHHLL....leEEEEELLLL
Query tqpgvrcqqvtrpvASVGLYIPGGsaPLFS.TVLMLATPASIAGC....kkVVLCSPPPI  162
ident                                |       |                    
Sbjct gkmagmrpimlelgGKDSAIVLED..ADLElTAKNIIAGAFGYSGqrctavKRVLVMESV  295
DSSP  hhhllllleeeellLLEEEEELLL..LLHHhHHHHHHHHHHHHHHllllleEEEEEEHHH


DSSP  LHHHHHHHHHLL................................................
Query ADEILYAAQLCG................................................  174
ident |||                                                         
Sbjct ADELVEKIREKVlaltignpeddaditplidtksadyveglindandkgatalteikreg  355
DSSP  HHHHHHHHHHHHhllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleellllleel


DSSP  .........................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLllllllLLEEELLL.
Query .........................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGtesvpkVDKIFGPG.  207
ident                                |     ||                     
Sbjct nlicpilfdkvttdmrlaweepfgpvLPIIRVtsVEEAIEISNKS....eyGLQASIFTn  411
DSSP  leelleeeellllllhhhllllllleEEEEEEllHHHHHHHHHHL....leELEEEEELl


DSSP  .LHHHHHHHHHHHhllllLEELlllllleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhlllllleee
Query .NAFVTEAKRQVSqrldgAAIDmpagpsevlviadsgatpdfvasdllsqaehgpdsqvi  266
ident           |                                                 
Sbjct dFPRAFGIAEQLE....vGTVH......................................  429
DSSP  lHHHHHHHHHHLL....lLEEE......................................


DSSP  eeellhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhhhhhhhhhllleee
Query lltpaadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqcveisnqygpehli  326
ident                                                             
Sbjct ............................................................  429
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhhllllllhhhHEEE
Query iqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygytatcsslgladFQKR  386
ident                                                             
Sbjct ...................................................innktQRGT  438
DSSP  ...................................................ellllLLLL


DSSP  Eeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query Mtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                              
Sbjct D.........nfpflgakksgagiqgvkysieamttvksvvfdik  474
DSSP  L.........lllllleelleellllhhhhhhhleeeeeeeeell