No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=13.7

DSSP  .......................llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllee
Query .......................mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrh   37
ident                                                             
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll


DSSP  eLEEEllEEELllleeeeeelleeeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhh
Query yPLYIggEWVDtkermvslnpsapsevvgttakagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqed   97
ident   |                                                         
Sbjct tALKV..SAEE.................................................   69
DSSP  lLLLL..LHHH.................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhHLHHHHHhhhhhhhlllhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHLLlll
Query rsrlllkaaalmrRRKRELEatlvyevgknwveasADVAEAIDFIEYYARAalRYRYpav  157
ident                                    |                        
Sbjct ......iaaaserLSDELKQ...............AMAVAVKNIETFHTAQ..KLPP...  103
DSSP  ......hhhhhhhLLHHHHH...............HHHHHHHHHHHHHHLL..LLLL...


DSSP  LLLLL.LLEEEEEEEEELLEEEEELLL..llLLHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLHHHH
Query EVVPY.PGEDNESFYVPLGAGVVIAPW..nfPVAIFTGMIVGPVAVGN.TVIAKPAEDAV  213
ident   |   ||        |        |                    |   |         
Sbjct VDVETqPGVRCQQVTRPVASVGLYIPGgsapLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIA  163
DSSP  EEEEEeLLEEEEEEEEELLEEEEELLLllllLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLL


DSSP  HHHHHHHHHHhhhllllllEEELLLllLHHHHHHHLL....lLLLEEEEELLHHHHHHHH
Query VVGAKVFEIFheagfppgvVNFLPGvgEEVGAYLVEH....pRIRFINFTGSLEVGLKIY  269
ident                                | |            |   |   |     
Sbjct DEILYAAQLC.......gvQDVFNVggAQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKR  216
DSSP  HHHHHHHHHL.......llLEEEELlhHHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHH


DSSP  HHHLLLLllllllLEEEEELL.LLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHhHHHHLlllLEEEE
Query EAAGRLApgqtwfKRAYVETG.GKNAIIVDETADFDLAAEGVVVSAyGFQGQkcsAASRL  328
ident     ||              |      | |  |  |  |      |             |
Sbjct QVSQRLD.....gAAIDMPAGpSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQA.EHGPD...SQVIL  267
DSSP  HHHHLLL.....lLEELLLLLlLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHH.LLLLL...LEEEE


DSSP  EEEHH.HHHHHHHHHHHHHLLLLlllhhhlLLLLllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeee
Query ILTQG.AYEPVLERVLKRAERLSvgpaeenPDLGpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvl  387
ident           | | |      |                                      
Sbjct LTPAAdMARRVAEAVERQLAELP.......RAET..........................  294
DSSP  EELLHhHHHHHHHHHHHHHHLLL.......LLHH..........................


DSSP  llllllllllllLLEEeellllllhhhllllllLEEEEEEELLHHHHHHHHHLLlLLLEE
Query ggkrlegegyfiAPTVftevppkariaqeeifgPVLSVIRVKDFAEALEVANDTpYGLTG  447
ident                                       |  || |   |  |        
Sbjct ...........aRQAL.................NASRLIVTKDLAQCVEISNQY.GPEHL  325
DSSP  ...........hHHHH.................LLLEEEELLLHHHHHHHHHHH.LLLEE


DSSP  EEELLlhhHHHHHHHHL.LLLEEEEL..LLLLLL.LLLLLLL.LLLHHH.llLLLLllhh
Query GVYSRkreHLEWARREF.HVGNLYFN..RKITGA.LVGVQPF.GGFKLS.gtNAKTgald  501
ident     |               |                                       
Sbjct IIQTR...NARELVDSItSAGSVFLGdwSPESAGdYASGTNHvLPTYGYtatCSSL....  378
DSSP  EEELL...LHHHHHHHLlLLLEEEELllLLHHHHhHLLLLLLlLLLLLHhhlLLLL....


DSSP  HHHLLEEEEEEEEE......................................l
Query YLRLFLEMKAVAER......................................f  516
ident  |  |     | |                                        
Sbjct GLADFQKRMTVQELskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  LHHHHEEEEEEEEElhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.5

DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle
Query mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeeeeEELLL...hHHHHHHHHH...................................
Query psevvgtTAKAG...kAEAEAALEA...................................   82
ident                       |                                     
Sbjct .....ntIIDWNsctaEQQRQLLMRpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakf   55
DSSP  .....llEEEHHhllhHHHHHHLLLllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   82
ident                                                             
Sbjct dkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcq  115
DSSP  lllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeee


DSSP  ..........................hhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhh
Query ..........................awkafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkrel  116
ident                                                             
Sbjct qvtrpvasvglyipggsaplfstvlmlatpasiagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgv  175
DSSP  eeeeelleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlll


DSSP  hhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeELLE
Query eatlvyevgknwveasadvaeaidfieyyaraalryrypavevvpypgednesfyvPLGA  176
ident                                                             
Sbjct qdvfnvggaqaiaalafgtesvpkvdkifgpgnafvteakrqvsqrldgaaidmpaGPSE  235
DSSP  leeeellhhhhhhhhhhllllllllleeellllhhhhhhhhhhhhllllleellllLLLE


DSSP  EEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLL..LEEEEELLH.HHHHHHHHHHHHHHHHL......
Query GVVIAPWNFPVAIFTGMIVGPVAVG..NTVIAKPAE.DAVVVGAKVFEIFHEAG......  227
ident   |||                   |    ||      |     |   |            
Sbjct VLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGpdSQVILLTPAaDMARRVAEAVERQLAELpraeta  295
DSSP  EEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLllLEEEEEELLhHHHHHHHHHHHHHHHLLlllhhh


DSSP  LLLL.LEEELLLLL.LHHHHHHHLLllLLEEEEEL..LHHHHHHhHHHHllllllllllL
Query FPPG.VVNFLPGVG.EEVGAYLVEHprIRFINFTG..SLEVGLKiYEAAgrlapgqtwfK  283
ident                                        |        |           
Sbjct RQALnASRLIVTKDlAQCVEISNQY.gPEHLIIQTrnARELVDS.ITSA..........G  343
DSSP  HHHHlLLEEEELLLhHHHHHHHHHH.lLLEEEEELllHHHHHHH.LLLL..........L


DSSP  EEEEElllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeehhhhhhhhhhhh
Query RAYVEtggknaiivdetadfdlaaegvvvsaygfqgqkcsaasrliltqgayepvlervl  343
ident                                                             
Sbjct SVFLG.......................................................  348
DSSP  EEEEL.......................................................


DSSP  hhhlllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeellllllllllllllee
Query kraerlsvgpaeenpdlgpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlggkrlegegyfiaptv  403
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  eellllllhhhllllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhh
Query ftevppkariaqeeifgpvlsvirvkdfaealevandtpygltggvysrkrehlewarre  463
ident                                                             
Sbjct ..............................dwspesagdyasgtnhvlptygytatcssl  378
DSSP  ..............................llllhhhhhhllllllllllllhhhlllll


DSSP  lllleeeelllllllllllllllllhhhllllllllhhhhhlleeeeeeeeel
Query fhvgnlyfnrkitgalvgvqpfggfklsgtnaktgaldylrlflemkavaerf  516
ident                                                      
Sbjct gladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  lhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.8

DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeleeelleeelllleeeeeelle
Query mtvepfrnepietfqteearramrealrrvreefgrhyplyiggewvdtkermvslnpsa   60
ident                                                             
Sbjct .................................ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisase   27
DSSP  .................................lleeehhhllhhhhhhhlllllllllh


DSSP  eeeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhh
Query psevvgttakagkaeaeaaleaawkafktwkdwpqedrsrlllkaaalmrrrkreleatl  120
ident                                                             
Sbjct sitrtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamav   87
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhh


DSSP  hhhhllLHHHHhHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllleeeeeeeeelLEEEEE
Query vyevgkNWVEAsADVAeaidfieyyaraalryrypavevvpypgednesfyvplGAGVVI  180
ident           |                                                 
Sbjct avknieTFHTA.QKLP...............................pvdvetqPGVRCQ  115
DSSP  hhhhhhHHHHL.LLLL...............................leeeeeeLLEEEE


DSSP  LLLLlllhhhhhhhhhhhhllleeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeelllll
Query APWNfpvaiftgmivgpvavgntviakpaedavvvgakvfeifheagfppgvvnflpgvg  240
ident                                                             
Sbjct QVTR........................................................  119
DSSP  EEEE........................................................


DSSP  lhhhhhhhlllllleeeeellhhhhhhhhhhhllllllllllleeeeelLLLEEEEELLL
Query eevgaylvehprirfinftgslevglkiyeaagrlapgqtwfkrayvetGGKNAIIVDET  300
ident                                                             
Sbjct ................................................pVASVGLYIPGG  131
DSSP  ................................................eLLEEEEELLLL


DSSP  .llHHHHHHHHHHHHHHhhHLLLlleEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHlllllllhhhlll
Query .adFDLAAEGVVVSAYGfqGQKCsaaSRLILTQGAYEPVLERVLKRAerlsvgpaeenpd  359
ident               |             |          |                    
Sbjct sapLFSTVLMLATPASI..AGCK..kVVLCSPPPIADEILYAAQLCG.............  174
DSSP  lllLHHHHHHHHHHHHH..HLLL..eEEEEELLLLLHHHHHHHHHLL.............


DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllleeeellllllhhhlllll
Query lgpvvsaeqerkvlsyieigknegqlvlggkrlegegyfiaptvftevppkariaqeeif  419
ident                                                             
Sbjct ............................................................  174
DSSP  ............................................................


DSSP  lleEEEEEElLHHHHHHHHHLL....llLLEEEEELlLHHHHHHHHHH...lllLEEEE.
Query gpvLSVIRVkDFAEALEVANDT....pyGLTGGVYSrKREHLEWARRE...fhvGNLYF.  471
ident      |  |   | |                           |  |              
Sbjct ..vQDVFNV.GGAQAIAALAFGtesvpkVDKIFGPG.NAFVTEAKRQVsqrldgAAIDMp  230
DSSP  ..lLEEEEL.LHHHHHHHHHHLllllllLLEEELLL.LHHHHHHHHHHhhllllLEELLl


DSSP  ..................................lllllllllllllllllhhhllllll
Query ..................................nrkitgalvgvqpfggfklsgtnakt  497
ident                                                             
Sbjct agpsevlviadsgatpdfvasdllsqaehgpdsqvilltpaadmarrvaeaverqlaelp  290
DSSP  lllleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  llhhhhhllEEEEEEEEEL.........................................
Query galdylrlfLEMKAVAERF.........................................  516
ident                                                             
Sbjct raetarqalNASRLIVTKDlaqcveisnqygpehliiqtrnarelvdsitsagsvflgdw  350
DSSP  llhhhhhhhLLLEEEELLLhhhhhhhhhhhllleeeeelllhhhhhhhllllleeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  516
ident                                                             
Sbjct spesagdyasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaa  410
DSSP  llhhhhhhllllllllllllhhhllllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  .....................
Query .....................  516
ident                      
Sbjct erltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhhl