No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=14.8

DSSP  .......................................................lllll
Query .......................................................tkqyk    5
ident                                                             
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll


DSSP  eeellEEELllleeeeelllllleeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhh
Query nyvngEWKLseneikiyepasgaelgsvpamsteevdyvyasakkaqpawralsyieraa   65
ident                                                             
Sbjct talkvSAEE...................................................   69
DSSP  lllllLHHH...................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhLHHHHHhhhhhhhlllhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHllLLLEEEEHH
Query ylhkvadilmrDKEKIGailskevakgyksaVSEVVRTAEIINYAAEEGlrMEGEVLEGG  125
ident                                    |    |                |  
Sbjct ....iaaaserLSDELK..............QAMAVAVKNIETFHTAQK..LPPVDVETQ  109
DSSP  ....hhhhhhhLLHHHH..............HHHHHHHHHHHHHHHLLL..LLLEEEEEE


DSSP  hllhhhLLEEEEEEEEELLEEEEELLL..LLLLHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLH
Query sfeaasKKKIAVVRREPVGLVLAISPF..NYPVNLAGSKIAPALIAGN.VIAFKPPTQGS  182
ident                 ||  |    |               || |||        |    
Sbjct ......PGVRCQQVTRPVASVGLYIPGgsAPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIA  163
DSSP  ......LLEEEEEEEEELLEEEEELLLllLLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLL


DSSP  HHHHHHHHHHhhhllllllEEELLLlhhhHHHHHHHLL.....LLLEEEEELLHHHHHHH
Query ISGLLLAEAFaeaglpagvFNTITGrgseIGDYIVEHQ.....AVNFINFTGSTGIGERI  237
ident    |  |                                     |  |   |     |  
Sbjct DEILYAAQLC.......gvQDVFNV.ggaQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAK  215
DSSP  HHHHHHHHHL.......llLEEEEL.lhhHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHH


DSSP  HHHLLL...LLEEEELL.LLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHllllLEEEEEEEH
Query GKMAGM...RPIMLELG.GKDSAIVLEDADLELTAKNIIAGAFGYSGqrctAVKRVLVME  293
ident            |    |      |    |     |      |              |   
Sbjct RQVSQRldgAAIDMPAGpSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGPD....SQVILLTPA  271
DSSP  HHHHHLlllLEELLLLLlLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLLL....LEEEEEELL


DSSP  H.HHHHHHHHHHHHHHLLLlllhhhlLLLLllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleelllll
Query S.VADELVEKIREKVLALTignpeddADITplidtksadyveglindandkgatalteik  352
ident    |    |        |           |                              
Sbjct AdMARRVAEAVERQLAELP.......RAET..............................  294
DSSP  HhHHHHHHHHHHHHHHLLL.......LLHH..............................


DSSP  eelleeLLEEeellllllhhhllllllLEEEEEEELLHHHHHHHHHHLlEELEEEEELLl
Query regnliCPILfdkvttdmrlaweepfgPVLPIIRVTSVEEAIEISNKSeYGLQASIFTNd  412
ident          |                      |         ||||         | |  
Sbjct .....aRQAL.................NASRLIVTKDLAQCVEISNQY.GPEHLIIQTR.  330
DSSP  .....hHHHH.................LLLEEEELLLHHHHHHHHHHH.LLLEEEEELL.


DSSP  hhHHHHHHHHL.LLLEEEEL..LLLL.LLLL.LLLL.LLEELL..eELLLlhhhHHHHLE
Query fpRAFGIAEQL.EVGTVHIN..NKTQ.RGTD.NFPF.LGAKKS..gAGIQgvkySIEAMT  464
ident    |          | |                    |                      
Sbjct ..NARELVDSItSAGSVFLGdwSPESaGDYAsGTNHvLPTYGYtatCSSL....GLADFQ  384
DSSP  ..LHHHHHHHLlLLLEEEELllLLHHhHHHLlLLLLlLLLLLHhhlLLLL....LHHHHE


DSSP  EEEEEEEELL.....................................
Query TVKSVVFDIK.....................................  474
ident     |    |                                     
Sbjct KRMTVQELSKegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  EEEEEEEELHhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.8

DSSP  llllleeelleeelllleeeeelllllleeeeEELLL...hHHHHHHHHHhhhhhhhhhh
Query tkqyknyvngewklseneikiyepasgaelgsVPAMS...tEEVDYVYASakkaqpawra   57
ident                                          |                  
Sbjct ..............................ntIIDWNsctaEQQRQLLMRpaisasesit   30
DSSP  ..............................llEEEHHhllhHHHHHHLLLllllllhhhh


DSSP  llhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlll
Query lsyieraaylhkvadilmrdkekigailskevakgyksavsevvrtaeiinyaaeeglrm  117
ident                                                             
Sbjct rtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavk   90
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhh


DSSP  LLEE........................................................
Query EGEV........................................................  121
ident   |                                                         
Sbjct NIETfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfstvlmlatpasiag  150
DSSP  HHHHhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  121
ident                                                             
Sbjct ckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesvpkvdkifgpgnaf  210
DSSP  lleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhllllllllleeellllhh


DSSP  .eehhhllhhhlleeeeeeeeeLLEEEEELLLLLLLHHHHHHHHHHHHLL..LEEEEEL.
Query .leggsfeaaskkkiavvrrepVGLVLAISPFNYPVNLAGSKIAPALIAG..NVIAFKP.  177
ident                          || |           |        |          
Sbjct vteakrqvsqrldgaaidmpagPSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGpdSQVILLTp  270
DSSP  hhhhhhhhhhllllleelllllLLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLllLEEEEEEl


DSSP  LLLLHHHHHHHHHHHHHHL.......lllLLEEELLLLHhhHHHHHHHLLLLLEEEEELL
Query PTQGSISGLLLAEAFAEAG.......lpaGVFNTITGRGseIGDYIVEHQAVNFINFTGS  230
ident             |                     |          |              
Sbjct AADMARRVAEAVERQLAELpraetarqalNASRLIVTKDlaQCVEISNQYGPEHLIIQTR  330
DSSP  LHHHHHHHHHHHHHHHHLLlllhhhhhhhLLLEEEELLLhhHHHHHHHHHLLLEEEEELL


DSSP  hhHHHHHHHHLL.lLLEEEELllleeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeee
Query tgIGERIGKMAG.mRPIMLELggkdsaivledadleltakniiagafgysgqrctavkrv  289
ident                   |                                         
Sbjct ..NARELVDSITsaGSVFLGD.......................................  349
DSSP  ..LHHHHHHHLLllLEEEELL.......................................


DSSP  eeehhhhhhhhhhhhhhhhllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleell
Query lvmesvadelvekirekvlaltignpeddaditplidtksadyveglindandkgatalt  349
ident                                                             
Sbjct ............................................................  349
DSSP  ............................................................


DSSP  llleelleelleeeellllllhhhllllllleeeeeeellhhhhhhhhhhlleeleeeee
Query eikregnlicpilfdkvttdmrlaweepfgpvlpiirvtsveeaieisnkseyglqasif  409
ident                                                             
Sbjct ............................................................  349
DSSP  ............................................................


DSSP  lllhhhhhhhhhhlllleeeellllllllllllllleelleellllhhhHHHH.......
Query tndfprafgiaeqlevgtvhinnktqrgtdnfpflgakksgagiqgvkySIEA.......  462
ident                                                             
Sbjct ..............................................wspESAGdyasgtn  363
DSSP  ..............................................lllHHHHhhlllll


DSSP  ...........leeEEEE..........................................
Query ...........mttVKSV..........................................  469
ident                                                             
Sbjct hvlptygytatcssLGLAdfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlr  423
DSSP  lllllllhhhllllLLHHhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhh


DSSP  ...eeell
Query ...vfdik  474
ident         
Sbjct vnalkeqa  431
DSSP  hhhhhhhl


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.3

DSSP  ...llllleeelleeelllleeeeelllllleeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query ...tkqyknyvngewklseneikiyepasgaelgsvpamsteevdyvyasakkaqpawra   57
ident                                                             
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll


DSSP  llhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhHHHHhhhhhhhhhhhhhlll
Query lsyieraaylhkvadilmrdkekigailskevakgyksavSEVVrtaeiinyaaeeglrm  117
ident                                            |                
Sbjct talkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqkLPPV................  104
DSSP  llllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllLLLE................


DSSP  lleeeehhhllhhhlleeeeeeeeelleeeeelllllllhhhhhhhhhhhhllleeeeel
Query egevleggsfeaaskkkiavvrrepvglvlaispfnypvnlagskiapaliagnviafkp  177
ident                                                             
Sbjct ............................................................  104
DSSP  ............................................................


DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeellllhhhhhhhhhhllllleeeeellhhhhhhh
Query ptqgsisglllaeafaeaglpagvfntitgrgseigdyivehqavnfinftgstgigeri  237
ident                                                             
Sbjct .........................................................dve  107
DSSP  .........................................................eee


DSSP  hhhllllleeeellLLEEEEELLL..LLHHhHHHHHHHHHHHHHHllllleEEEEEEHHH
Query gkmagmrpimlelgGKDSAIVLED..ADLElTAKNIIAGAFGYSGqrctavKRVLVMESV  295
ident                                |       |                    
Sbjct tqpgvrcqqvtrpvASVGLYIPGGsaPLFS.TVLMLATPASIAGC....kkVVLCSPPPI  162
DSSP  eelleeeeeeeeelLEEEEELLLLllLLHH.HHHHHHHHHHHHLL....leEEEEELLLL


DSSP  HHHHHHHHHHHHhllllllhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhllleellllleel
Query ADELVEKIREKVlaltignpeddaditplidtksadyveglindandkgatalteikreg  355
ident |||                                                         
Sbjct ADEILYAAQLCG................................................  174
DSSP  LHHHHHHHHHLL................................................


DSSP  leelleeeellllllhhhllllllleEEEEEEllHHHHHHHHHHL....leELEEEEELl
Query nlicpilfdkvttdmrlaweepfgpvLPIIRVtsVEEAIEISNKS....eyGLQASIFTn  411
ident                                |     ||                     
Sbjct .........................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGtesvpkVDKIFGPG.  207
DSSP  .........................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLllllllLLEEELLL.


DSSP  lHHHHHHHHHHLL....lLEEE......................................
Query dFPRAFGIAEQLE....vGTVH......................................  429
ident           |                                                 
Sbjct .NAFVTEAKRQVSqrldgAAIDmpagpsevlviadsgatpdfvasdllsqaehgpdsqvi  266
DSSP  .LHHHHHHHHHHHhllllLEELlllllleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhlllllleee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  429
ident                                                             
Sbjct lltpaadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqcveisnqygpehli  326
DSSP  eeellhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhhhhhhhhhllleee


DSSP  ...................................................ellllLLLL
Query ...................................................innktQRGT  438
ident                                                             
Sbjct iqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygytatcsslgladFQKR  386
DSSP  eelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhhllllllhhhHEEE


DSSP  L.........lllllleelleellllhhhhhhhleeeeeeeeell
Query D.........nfpflgakksgagiqgvkysieamttvksvvfdik  474
ident                                              
Sbjct Mtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  Eeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl