No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=15.4

DSSP  .................................lllleeelleeelllLLEEEeeellll
Query .................................mqhkllingelvsgeGEKQPvynpatg   27
ident                                                  |          
Sbjct ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealREYSA......k   54
DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHH......l


DSSP  eeeEEEELLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhhhhHLHHHHHhhhhh
Query dvlLEIAEAsaeqvdaavraadaafaewgqttpkvraecllkladvieENGQVFAelesr   87
ident                                                 |           
Sbjct fdkTTVTAL............................kvsaeeiaaasERLSDEL.....   81
DSSP  lllLLLLLL............................lllhhhhhhhhHHLLHHH.....


DSSP  hhlllhhhhHHLHHHHHHHHHHHHHHHLllLLLLlLEEEELLEEEEEEEEELLEEEEELL
Query ncgkplhsaFNDEIPAIVDVFRFFAGAArcLNGLaAGEYLEGHTSMIRRDPLGVVASIAP  147
ident                |      |       |      |   |        |   |    |
Sbjct .........KQAMAVAVKNIETFHTAQK..LPPV.DVETQPGVRCQQVTRPVASVGLYIP  129
DSSP  .........HHHHHHHHHHHHHHHHLLL..LLLE.EEEEELLEEEEEEEEELLEEEEELL


DSSP  L..LLHHHHHHHHHHHHHHLLL.EEEEELLLLLLHHHHHHHHHhllllllllEEELLLLL
Query W..NYPLMMAAWKLAPALAAGN.CVVLKPSEITPLTALKLAELakdifpagvVNILFGRG  204
ident                ||  ||   |||          |  | |                |
Sbjct GgsAPLFSTVLMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIADEILYAAQL......cgvQDVFNVGG  183
DSSP  LllLLLHHHHHHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLLHHHHHHHHH......lllLEEEELLH


DSSP  LLLHHHHHLL....lLEEEEEEELLHHHHHHHHHHHHHH.LLEEEEELL.LLLEEEELLL
Query KTVGDPLTGH....pKVRMVSLTGSIATGEHIISHTASS.IKRTHMELG.GKAPVIVFDD  258
ident       |        ||      |     |               |  |     ||    
Sbjct AQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGNAFVTEAKRQVSQRLdGAAIDMPAGpSEVLVIADSG  243
DSSP  HHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLlLLEELLLLLlLEEEEEELLL


DSSP  LLHHHHHHHHHHHLlHHHHLlllLLLEEEEELL.LHHHHHHHHHHHHHLLLLllllllll
Query ADIEAVVEGVRTFGyYNAGQdctAACRIYAQKG.IYDTLVEKLGAAVATLKSgapddest  317
ident |    |                                  |      | |          
Sbjct ATPDFVASDLLSQA.EHGPD...SQVILLTPAAdMARRVAEAVERQLAELPR........  291
DSSP  LLHHHHHHHHHHHH.LLLLL...LEEEEEELLHhHHHHHHHHHHHHHHLLLL........


DSSP  lllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllLLLEeeellllllhhhhl
Query elgplsslahlervgkaveeakatghikvitggekrkgngyyYAPTllagalqddaivqk  377
ident                                                             
Sbjct .........................................aETAR..............  296
DSSP  .........................................lHHHH..............


DSSP  lllLLEE..EEEEELLHHHHHHHHHLLlLLLEEEEELLlhhHHHHHHHHL.LLLEEEEL.
Query evfGPVV..SVTPFDNEEQVVNWANDSqYGLASSVWTKdvgRAHRVSARL.QYGCTWVN.  433
ident                   | |   |           |     |          |      
Sbjct ...QALNasRLIVTKDLAQCVEISNQY.GPEHLIIQTR...NARELVDSItSAGSVFLGd  349
DSSP  ...HHHLllEEEELLLHHHHHHHHHHH.LLLEEEEELL...LHHHHHHHLlLLLEEEELl


DSSP  ..LLLLL...LLLLLLLLLHHH..eELLLlhhhHHHLLEEEEEEEEEL............
Query ..THFML...VSEMPHGGQKLS..gYGKDmslyGLEDYTVVRHVMVKH............  474
ident                                  || |      |                
Sbjct wsPESAGdyaSGTNHVLPTYGYtatCSSL....GLADFQKRMTVQELSkegfsalastie  405
DSSP  llLHHHHhhlLLLLLLLLLLLHhhlLLLL....LHHHHEEEEEEEEELhhhhhhhhhhhh


DSSP  ..........................
Query ..........................  474
ident                           
Sbjct tlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  hhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=5.8

DSSP  llLLEEelleeellllleeeeeelllleeeeeeeLLLH...HHHHHHHHhhhhHHHH...
Query mqHKLLingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaEASA...EQVDAAVRaadaAFAE...   54
ident                                          ||            |    
Sbjct ..NTII............................DWNSctaEQQRQLLM....RPAIsas   26
DSSP  ..LLEE............................EHHHllhHHHHHHLL....LLLLlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   54
ident                                                             
Sbjct esitrtvndildnvkargdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqama   86
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   54
ident                                                             
Sbjct vavknietfhtaqklppvdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfstvlmlatpa  146
DSSP  hhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhhhhhhhhhhh


DSSP  ..hllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhh
Query ..wgqttpkvraecllkladvieengqvfaelesrncgkplhsafndeipaivdvfrffa  112
ident                                                             
Sbjct siagckkvvlcspppiadeilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesvpkvdkifgp  206
DSSP  hhhllleeeeeelllllhhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhllllllllleeell


DSSP  hhllllllllleeeelleeeeeEEEELLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHHHLL..LEEE
Query gaarclnglaageyleghtsmiRRDPLGVVASIAPWNYPLMMAAWKLAPALAAG..NCVV  170
ident                              |  ||         |  |      |    | 
Sbjct gnafvteakrqvsqrldgaaidMPAGPSEVLVIADSGATPDFVASDLLSQAEHGpdSQVI  266
DSSP  llhhhhhhhhhhhhllllleelLLLLLLEEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHHLLLllLEEE


DSSP  EELLLLLL.HHHHHHHHH.........hllLLLLlLEEELLL.LLLLlHHHHHLLLLEEE
Query LKPSEITP.LTALKLAEL.........akdIFPAgVVNILFG.RGKTvGDPLTGHPKVRM  219
ident |               |                                           
Sbjct LLTPAADMaRRVAEAVERqlaelpraetarQALN.ASRLIVTkDLAQ.CVEISNQYGPEH  324
DSSP  EEELLHHHhHHHHHHHHHhhhlllllhhhhHHHL.LLEEEELlLHHH.HHHHHHHHLLLE


DSSP  EEEELLhhHHHHHHHHHhhHLLE.EEEEllllleeeelllllhhhhhhhhhhhllhhhhl
Query VSLTGSiaTGEHIISHTasSIKR.THMElggkapvivfddadieavvegvrtfgyynagq  278
ident                                                             
Sbjct LIIQTR..NARELVDSI..TSAGsVFLG................................  348
DSSP  EEEELL..LHHHHHHHL..LLLLeEEEL................................


DSSP  lllllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query dctaacriyaqkgiydtlveklgaavatlksgapddestelgplsslahlervgkaveea  338
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  hhlllleeeelllllllllllllleeeellllllhhhhlllllleeeeeeellhhhhhhh
Query katghikvitggekrkgngyyyaptllagalqddaivqkevfgpvvsvtpfdneeqvvnw  398
ident                                                             
Sbjct ............................................................  348
DSSP  ............................................................


DSSP  hhlllllleeeeelllhhhhhhhhhhlllleeeelllllllllllllllhhheELLLlhh
Query andsqyglassvwtkdvgrahrvsarlqygctwvnthfmlvsemphggqklsgYGKDmsl  458
ident                                                             
Sbjct ....................................................dWSPE...  353
DSSP  ....................................................lLLLH...


DSSP  hHHHL.......................................................
Query yGLED.......................................................  463
ident     |                                                       
Sbjct .SAGDyasgtnhvlptygytatcsslgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaer  412
DSSP  .HHHHhllllllllllllhhhllllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ........leeeeeeeeel
Query ........ytvvrhvmvkh  474
ident                    
Sbjct ltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhl


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.9

DSSP  lllleeelleeellllleeeeeelllleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllh
Query mqhkllingelvsgegekqpvynpatgdvlleiaeasaeqvdaavraadaafaewgqttp   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhllllll
Query kvraecllkladvieengqvfaelesrncgkplhsafndeipaivdvfrffagaarclng  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  LLLEEEEL....................................................
Query LAAGEYLE....................................................  128
ident                                                             
Sbjct NTIIDWNSctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdkttv   60
DSSP  LLEEEHHHllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll


DSSP  ...................leeeeeeeeelleeeeelllLLHHhhhhhhhhhhhhlllEE
Query ...................ghtsmirrdplgvvasiapwNYPLmmaawklapalaagnCV  169
ident                                          |                 |
Sbjct talkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqKLPP........vdvetqpGV  112
DSSP  llllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllLLLL........eeeeeelLE


DSSP  EEELLllllhhhhhhhhhhlllllllleeellllllllhhhhhlllleeeeeeellhhhh
Query VLKPSeitpltalklaelakdifpagvvnilfgrgktvgdpltghpkvrmvsltgsiatg  229
ident                                                             
Sbjct RCQQV.......................................................  117
DSSP  EEEEE.......................................................


DSSP  hhhhhhhhhhlleeeeelLLLLEEEELLL..lLHHHHHHHHhHHLLHhhHLLLlllLEEE
Query ehiishtassikrthmelGGKAPVIVFDD..aDIEAVVEGVrTFGYYnaGQDCtaaCRIY  287
ident                                     |     |                 
Sbjct ...............trpVASVGLYIPGGsapLFSTVLMLA.TPASI..AGCK..kVVLC  157
DSSP  ...............eeeLLEEEEELLLLlllLHHHHHHHH.HHHHH..HLLL..eEEEE


DSSP  EELLLHHHHHHHHHHHHhlllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllleee
Query AQKGIYDTLVEKLGAAVatlksgapddestelgplsslahlervgkaveeakatghikvi  347
ident     | |                                                     
Sbjct SPPPIADEILYAAQLCG...........................................  174
DSSP  ELLLLLHHHHHHHHHLL...........................................


DSSP  elllllllllllllleeeellllllhhhhlllllleEEEEEEllHHHHHHHHHLL....l
Query tggekrkgngyyyaptllagalqddaivqkevfgpvVSVTPFdnEEQVVNWANDS....q  403
ident                                       |       |             
Sbjct ...................................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGtesvp  198
DSSP  ...................................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLlllll


DSSP  llLEEEEELllHHHHHHHHHHLL....LLEEEElllllllllllllllhhheellllhhh
Query ygLASSVWTkdVGRAHRVSARLQ....YGCTWVnthfmlvsemphggqklsgygkdmsly  459
ident                                                             
Sbjct kvDKIFGPG..NAFVTEAKRQVSqrldGAAIDMpagpsevlviadsgatpdfvasdllsq  256
DSSP  llLEEELLL..LHHHHHHHHHHHhlllLLEELLllllleeeeeelllllhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhlleeeEEEEEEL.............................................
Query gledytvvRHVMVKH.............................................  474
ident                                                             
Sbjct aehgpdsqVILLTPAadmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqcvei  316
DSSP  hlllllleEEEEELLhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  474
ident                                                             
Sbjct snqygpehliiqtrnarelvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygytatcs  376
DSSP  hhhhllleeeeelllhhhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhhlll


DSSP  .......................................................
Query .......................................................  474
ident                                                        
Sbjct slgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
DSSP  lllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl