No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=13.2

DSSP  lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllLLLL
Query ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealreysakfdKTTV   60
ident                                                             
Sbjct .......................................................tDNVF    5
DSSP  .......................................................lLLEE


DSSP  ..............LLLL...................................llhhhhh
Query ..............TALK...................................vsaeeia   71
ident                                                             
Sbjct yatnaftgealplaFPVHtevevnqaataaakvardfrrlnnskrasllrtiaselears   65
DSSP  eeelllllleeeeeEELLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhlh


DSSP  HHHHHL.......lHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL.....LLLLEEEEEEL......LEE
Query AASERL.......sDELKQAMAVAVKNIETFHTAQ.....KLPPVDVETQP......GVR  113
ident                           |                       |         
Sbjct DDIIARahletalpEVRLTGEIARTANQLRLFADVvnsgsYHQAILDTPNPtraplpKPD  125
DSSP  HHHHHHhhhhhlllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhlhHHLEEEELLLLllllllLLL


DSSP  EEEEEEELLEEEEELLLllLLLHHHH..HHHHHHHHHHLLlEEEEEELLLLLHHHHHHHH
Query CQQVTRPVASVGLYIPGgsAPLFSTV..LMLATPASIAGCkKVVLCSPPPIADEILYAAQ  171
ident           |                       |  |||  |               | 
Sbjct IRRQQIALGPVAVFGAS..NFPLAFSaaGGDTASALAAGC.PVIVKGHTAHPGTSQIVAE  182
DSSP  EEEEEEELLLEEEELLL..LLLLLLLllLHHHHHHHHHLL.LEEEELLLLLHHHHHHHHH


DSSP  HL...........llLEEEEL.lHHHHHHHHHHLlllllLLLEEELLLL.HHHHHHHHHH
Query LC...........gvQDVFNV.gGAQAIAALAFGtesvpKVDKIFGPGN.AFVTEAKRQV  218
ident                         |   |                  |            
Sbjct CIeqalkqeqlpqaiFTLLQGnqRALGQALVSHP.....EIKAVGFTGSvGGGRALFNLA  237
DSSP  HHhhhhhhhlllhhhEEEELLllLHHHHHHHHLL.....LLLEEEEELLhHHHHHHHHHH


DSSP  HHLLLLLEELLLLLlLEEEEEELLLL...LHHHhHHHHHHHHLL....lllLEEEEEELL
Query SQRLDGAAIDMPAGpSEVLVIADSGA...TPDFvASDLLSQAEH....gpdSQVILLTPA  271
ident   |          |           |     |  |                         
Sbjct HERPEPIPFYGELG.AINPTFIFPSAmraKADL.ADQFVASMTMgcgqfctKPGVVFALN  295
DSSP  HHLLLLLLEEEELL.LLLEEEELHHHhhhLLLH.HHHHHHHHLHhhhllllLLLEEEEEL


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHLLLLL...................................HHHH
Query ADMARRVAEAVERQLAELPRA...................................ETAR  296
ident         |                                                   
Sbjct TPETQAFIETAQSLIRQQSPStlltpgirdsyqsqvvsrgsddgidvtfsqaespcVASA  355
DSSP  LHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLllllhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeelllllllLLLE


DSSP  ....................HHHLllEEEELLLHHHHHHHHHHHL.LLEEEEELL.....
Query ....................QALNasRLIVTKDLAQCVEISNQYG.PEHLIIQTR.....  330
ident                              |    |     |          |        
Sbjct lfvtssenwrkhpaweeeifGPQS..LIVVCENVADMLSLSEMLAgSLTATIHATeedyp  413
DSSP  eeeeehhhhhhlhhhhllllLLEE..EEEEELLHHHHHHHHHLLLlEEEEEEELLhhhhh


DSSP  LHHHHHHHL.LLLLEEEELllLLHHHhHHLLllLLLLLLLLH.hhLLLLL....LHHHHE
Query NARELVDSI.TSAGSVFLGdwSPESAgDYASgtNHVLPTYGY.taTCSSL....GLADFQ  384
ident     |       ||                         |       |            
Sbjct QVSQLIPRLeEIAGRLVFN..GWPTG.VEVGyaMVHGGPYPAsthSASTSvgaeAIHRWL  470
DSSP  HHHHHHHHHhLLEEEEEEL..LLLLL.LLLLllLLLLLLLLLlllLLLLLllhhHHHHHE


DSSP  EEEEEEEelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query KRMTVQElskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident      |                                         
Sbjct RPVAYQA.............lpesllpdslkaenpleiaravdgkaa  504
DSSP  EEEEEEL.............llhhhllhhhllllllllleeelllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.2

DSSP  .................lleEEHHhllhhhhHHHLLLllllllhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query .................ntiIDWNsctaeqqRQLLMRpaisasesitrtvndildnvkar   43
ident                                 |                           
Sbjct tdnvfyatnaftgealplafPVHT...evevNQAATA.......................   34
DSSP  llleeeeelllllleeeeeeELLL...hhhhHHHHHH.......................


DSSP  hhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllll
Query gdealreysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklpp  103
ident                                                             
Sbjct ............................................................   34
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeeelleeeeeeeeelleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeelllll
Query vdvetqpgvrcqqvtrpvasvglyipggsaplfstvlmlatpasiagckkvvlcspppia  163
ident                                                             
Sbjct ................................aakvardfrrlnnskrasllrtiasele   62
DSSP  ................................hhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhhllllllllleeellllhhhhhhhhhhhhlll
Query deilyaaqlcgvqdvfnvggaqaiaalafgtesvpkvdkifgpgnafvteakrqvsqrld  223
ident                                                             
Sbjct arsddiiarahletalpevrltgeiartanqlrlfadvvnsgsyhqaildtpnptraplp  122
DSSP  hlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhleeeellllllllll


DSSP  lleelLLLLL.LEEEEEELLLLLHHHH..HHHHHHHHLLLllLEEEEEELL..HHHHHHH
Query gaaidMPAGP.SEVLVIADSGATPDFV..ASDLLSQAEHGpdSQVILLTPA..ADMARRV  278
ident              | |   |     |     |  |    |    ||             |
Sbjct kpdirRQQIAlGPVAVFGASNFPLAFSaaGGDTASALAAG..CPVIVKGHTahPGTSQIV  180
DSSP  llleeEEEEElLLEEEELLLLLLLLLLllLHHHHHHHHHL..LLEEEELLLllHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHLLlllhhhhhhhLLLEEEELLLHHHHHHHHHHHLLLEEEEELL..LHHHHH
Query AEAVERQLAELpraetarqalNASRLIVTKDLAQCVEISNQYGPEHLIIQTR..NARELV  336
ident ||  |  |                 |      |                       | | 
Sbjct AECIEQALKQE......qlpqAIFTLLQGNQRALGQALVSHPEIKAVGFTGSvgGGRALF  234
DSSP  HHHHHHHHHHH......lllhHHEEEELLLLLHHHHHHHHLLLLLEEEEELLhhHHHHHH


DSSP  HHLL...llLEEEEL.............................................
Query DSIT...saGSVFLG.............................................  348
ident                                                             
Sbjct NLAHerpepIPFYGElgainptfifpsamrakadladqfvasmtmgcgqfctkpgvvfal  294
DSSP  HHHHhllllLLEEEEllllleeeelhhhhhhlllhhhhhhhhhlhhhhllllllleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct ntpetqafietaqslirqqspstlltpgirdsyqsqvvsrgsddgidvtfsqaespcvas  354
DSSP  llhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeellllllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  348
ident                                                             
Sbjct alfvtssenwrkhpaweeeifgpqslivvcenvadmlslsemlagsltatihateedypq  414
DSSP  eeeeeehhhhhhlhhhhlllllleeeeeeellhhhhhhhhhlllleeeeeeellhhhhhh


DSSP  .........................................llllHHHHHhlllllllll
Query .........................................dwspESAGDyasgtnhvlp  367
ident                                                             
Sbjct vsqliprleeiagrlvfngwptgvevgyamvhggpypasthsastSVGAE..........  464
DSSP  hhhhhhhhhlleeeeeellllllllllllllllllllllllllllLLLHH..........


DSSP  lllhhhllllllhhhheeeeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhh
Query tygytatcsslgladfqkrmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnal  427
ident                                                             
Sbjct ........................aihrwlrpvayqalpesllpdslkaenpleiaravd  500
DSSP  ........................hhhhheeeeeeelllhhhllhhhllllllllleeel


DSSP  hhhl
Query keqa  431
ident     
Sbjct gkaa  504
DSSP  llll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=3.4

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct tdnvfyatnaftgealplafpvhtevevnqaataaakvardfrrlnnskrasllrtiase   60
DSSP  llleeeeelllllleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct learsddiiarahletalpevrltgeiartanqlrlfadvvnsgsyhqaildtpnptrap  120
DSSP  hhhlhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhleeeellllllll


DSSP  ..........lleeehhhllhhhhhhhlllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query ..........ntiidwnsctaeqqrqllmrpaisasesitrtvndildnvkargdealre   50
ident                                                             
Sbjct lpkpdirrqqialgpvavfgasnfplafsaaggdtasalaagcpvivkghtahpgtsqiv  180
DSSP  llllleeeeeeellleeeelllllllllllllhhhhhhhhhllleeeelllllhhhhhhh


DSSP  hhhlllllllllllllhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeel
Query ysakfdkttvtalkvsaeeiaaaserlsdelkqamavavknietfhtaqklppvdvetqp  110
ident                                                             
Sbjct aecieqalkqeqlpqaiftllqgnqralgqalvshpeikavgftgsvgggralfnlaher  240
DSSP  hhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllhhhhhhhhllllleeeeellhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  leeeeeeeeelLEEEEELLLL.lllLHHHHHHHHHHHHH..HLLL..eEEEEELLLLL.H
Query gvrcqqvtrpvASVGLYIPGG.sapLFSTVLMLATPASI..AGCK..kVVLCSPPPIA.D  164
ident            |     |                               |          
Sbjct pepipfygelgAINPTFIFPSamraKADLADQFVASMTMgcGQFCtkpGVVFALNTPEtQ  300
DSSP  llllleeeellLLLEEEELHHhhhhLLLHHHHHHHHHLHhhHLLLlllLEEEEELLHHhH


DSSP  HHHHHHHHLL..................................................
Query EILYAAQLCG..................................................  174
ident      ||                                                     
Sbjct AFIETAQSLIrqqspstlltpgirdsyqsqvvsrgsddgidvtfsqaespcvasalfvts  360
DSSP  HHHHHHHHHHhhllllllllhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeelllllllllleeeeee


DSSP  .................lLEEEEL.lHHHHHHHHHHLllllllLLEEELLL....LHHHH
Query .................vQDVFNV.gGAQAIAALAFGtesvpkVDKIFGPG....NAFVT  212
ident                            |                              | 
Sbjct senwrkhpaweeeifgpqSLIVVCenVADMLSLSEML....agSLTATIHAteedYPQVS  416
DSSP  hhhhhhlhhhhlllllleEEEEEEllHHHHHHHHHLL....llEEEEEEELlhhhHHHHH


DSSP  HHHHHHHHLllllEELLllllleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeellh
Query EAKRQVSQRldgaAIDMpagpsevlviadsgatpdfvasdllsqaehgpdsqvilltpaa  272
ident                                                             
Sbjct QLIPRLEEI..agRLVF...........................................  431
DSSP  HHHHHHHLL..eeEEEE...........................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhllleeeelllhhhhhhhhhhhllleeeeelllh
Query dmarrvaeaverqlaelpraetarqalnasrlivtkdlaqcveisnqygpehliiqtrna  332
ident                                                             
Sbjct ............................................................  431
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhllllleeeelllllhhhhhhllllllllllllhhhllllllhhHHEE.......
Query relvdsitsagsvflgdwspesagdyasgtnhvlptygytatcsslglaDFQK.......  385
ident                                                             
Sbjct ...............................................ngWPTGvevgyam  444
DSSP  ...............................................llLLLLlllllll


DSSP  ..............eeeeeeelhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhl
Query ..............rmtvqelskegfsalastietlaaaerltahknavtlrvnalkeqa  431
ident                                                             
Sbjct vhggpypasthsastsvgaeaihrwlrpvayqalpesllpdslkaenpleiaravdgkaa  504
DSSP  llllllllllllllllllhhhhhhheeeeeeelllhhhllhhhllllllllleeelllll