No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=8.5

DSSP  llleeeelllllllllleeeellllllleeeeellllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query gvsqlplrygmnphqspaqlyttrpklpltvvngspgfinlcdalnawqlvkelkqalgi   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeelleeeeeeelllllhhhhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhlllllllleee
Query paaasfkhvspagaavgiplseeeaqvcmvhdlhktltplasayarsrgadrmssfgdfi  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllllhhhhhhhhllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhhlleeeeelllllllleeee
Query alsdicdvptakiisrevsdgvvapgyeeealkilskkknggycvlqmdpnyepddneir  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eelleeeeeelllllllhhhhllllllllLLLHhhHHHHHHHHHHHHLLLLlLEEEEElL
Query tlyglqlmqkrnnavidrslfknivtknkTLPEsaVRDLIVASIAVKYTQSnSVCYAKdG  240
ident                                 |     |  |          |      |
Sbjct ....................gsdkihhhhHHVE..KNLLRSALKIFEKKDL.SLLAYS.G   36
DSSP  ....................lllllllllLLLL..HHHHHHHHHHHHHLLL.LEEEEL.L


DSSP  EEEEEELlLLLHhHHHHHHHHHHHhhhhlllhhhhlleelllllhhhhhhhhhhhhhlll
Query QVIGIGAgQQSRiHCTRLAGDKANswwlrhhprvlsmkfkagvkraevsnaidqyvtgti  300
ident   |                                                         
Sbjct RSIFESK.DSGL.KPVVELFKRFD....................................   58
DSSP  LEEEEEL.LLLL.HHHHHHHHHLL....................................


DSSP  lllhhhhhhhlleeellllllhhhhhhhhlllLLEEEEElLLLLlLHHHHHHHLLLEEEE
Query gededlvkwqamfeevpaqlteaekkqwiaklTAVSLSSdAFFPfRDNVDRAKRIGVQFI  360
ident                                                            |
Sbjct ..............................nlEGSLVID.KMVG.KAAASFLLKMKPDHI   86
DSSP  ..............................llLLLEEEE.EEEL.HHHHHHHHHHLLLEE


DSSP  EEELllllHHHHHHHHHHHLLEEEEEL...............................ll
Query VAPSgsaaDEVVIEACNELGITLIHTN...............................lr  389
ident  |              || |                                        
Sbjct HAKV...iSKPALKLMNEYGQSFSYDEkipfvlgkdgksmcpfeklvlemddpeeiiriv  143
DSSP  EEEE...eEHHHHHHHHHLLLLEEEEEeellllllllllllhhhhhhhllllhhhhhhhh


DSSP  llll
Query lfhh  393
ident     
Sbjct lskf  147
DSSP  hlll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=7.8

DSSP  llleeeelllllllllleeeellllllleeeeelLLLHhhHHHHHHHHHHHHHHHhhhll
Query gvsqlplrygmnphqspaqlyttrpklpltvvngSPGFinLCDALNAWQLVKELKqalgi   60
ident                                               |             
Sbjct .........................gsdkihhhhHHVE..KNLLRSALKIFEKKD.....   28
DSSP  .........................lllllllllLLLL..HHHHHHHHHHHHHLL.....


DSSP  lEEEEEElLEEEEEEELllllhhhhhhllllllhhhllHHHHHHHHhHHLLLLlLLLEEE
Query pAAASFKhVSPAGAAVGiplseeeaqvcmvhdlhktltPLASAYARsRGADRMsSFGDFI  120
ident                                                         |   
Sbjct lSLLAYS.GRSIFESKD.....................SGLKPVVE.LFKRFDnLEGSLV   65
DSSP  lLEEEEL.LLEEEEELL.....................LLLHHHHH.HHHHLLlLLLLEE


DSSP  EElLLLLHHHHHHHHLLLEEEEEELLLLHHHHHHHHHHhhhLLEEEEELllllllleeee
Query ALsDICDVPTAKIISREVSDGVVAPGYEEEALKILSKKkngGYCVLQMDpnyepddneir  180
ident           |        |   |      |||        |                  
Sbjct ID.KMVGKAAASFLLKMKPDHIHAKVISKPALKLMNEY...GQSFSYDE...........  110
DSSP  EE.EEELHHHHHHHHHHLLLEEEEEEEEHHHHHHHHHL...LLLEEEEE...........


DSSP  eelleeeeeelllllllhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeell
Query tlyglqlmqkrnnavidrslfknivtknktlpesavrdlivasiavkytqsnsvcyakdg  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................  110
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhlleelllllhhhhhhhhhhhhhlll
Query qvigigagqqsrihctrlagdkanswwlrhhprvlsmkfkagvkraevsnaidqyvtgti  300
ident                                                             
Sbjct ............................................................  110
DSSP  ............................................................


DSSP  lllhhhhhhhlleeellllllhhhhhhhhllllleeeeelllllllhhhhhhhllleeee
Query gededlvkwqamfeevpaqlteaekkqwiakltavslssdaffpfrdnvdrakrigvqfi  360
ident                                                             
Sbjct ........................................................kipf  114
DSSP  ........................................................eell


DSSP  eeelllllhhhhhhhhhhhlleeeeelllllll
Query vapsgsaadevvieacnelgitlihtnlrlfhh  393
ident                                  
Sbjct vlgkdgksmcpfeklvlemddpeeiirivlskf  147
DSSP  llllllllllhhhhhhhllllhhhhhhhhhlll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.1

DSSP  llleeeelllllllllleeeellllllleeeeelLLLHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhll
Query gvsqlplrygmnphqspaqlyttrpklpltvvngSPGFINLCDALNAWQLVKelkqalgi   60
ident                                         |  ||               
Sbjct ........................gsdkihhhhhHVEKNLLRSALKIFEKKD.......l   29
DSSP  ........................llllllllllLLLHHHHHHHHHHHHHLL.......l


DSSP  leeeEEELleeeeeeelllllhhhhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhlllllllleee
Query paaaSFKHvspagaavgiplseeeaqvcmvhdlhktltplasayarsrgadrmssfgdfi  120
ident                                                             
Sbjct sllaYSGR..................................................si   39
DSSP  leeeELLL..................................................ee


DSSP  eellllLHHHHHHHHLLL....eEEEEELLLLHHHHHHHHHHhhHLLEEEEE........
Query alsdicDVPTAKIISREV....sDGVVAPGYEEEALKILSKKknGGYCVLQM........  168
ident                          |        |   | |                   
Sbjct feskdsGLKPVVELFKRFdnlegSLVIDKMVGKAAASFLLKM..KPDHIHAKviskpalk   97
DSSP  eeelllLLHHHHHHHHHLlllllLEEEEEEELHHHHHHHHHH..LLLEEEEEeeehhhhh


DSSP  ...........LLLLlllleeeeeelleeeeeelllllllhhhhlllllllllllhhhhh
Query ...........DPNYepddneirtlyglqlmqkrnnavidrslfknivtknktlpesavr  217
ident            |                                                
Sbjct lmneygqsfsyDEKI.............................................  112
DSSP  hhhhlllleeeEEEE.............................................


DSSP  hhhhhhhhhhlllllleeeeelleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhll
Query dlivasiavkytqsnsvcyakdgqvigigagqqsrihctrlagdkanswwlrhhprvlsm  277
ident                                                             
Sbjct ............................................................  112
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllllhhhhhhhhhhhhhllllllhhhhhhhlleeellllllhhhhhhhhllllleee
Query kfkagvkraevsnaidqyvtgtigededlvkwqamfeevpaqlteaekkqwiakltavsl  337
ident                                                             
Sbjct ............................................................  112
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllllllhhhhhhhllleeeeeeelllllhhhhhhhhhhhlleeeeelllllll
Query ssdaffpfrdnvdrakrigvqfivapsgsaadevvieacnelgitlihtnlrlfhh  393
ident                                                         
Sbjct .....................pfvlgkdgksmcpfeklvlemddpeeiirivlskf  147
DSSP  .....................llllllllllllhhhhhhhllllhhhhhhhhhlll