No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.7

DSSP  llleeeelllllllllleeeellllllleeeeellllhhhhHHHHHHHHHHHHHHHH...
Query gvsqlplrygmnphqspaqlyttrpklpltvvngspgfinlCDALNAWQLVKELKQA...   57
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Sbjct .........................................MNRQELITEALKARDMaya   19
DSSP  .........................................LLHHHHHHHHHHHHLLlll


DSSP  ...hLLLEEEEEE.LLEEeEEEELLLllhhhhhhllllllhHHLLhhhHHHHHHHHLLL.
Query ...lGIPAAASFK.HVSPaGAAVGIPlseeeaqvcmvhdlhKTLTplaSAYARSRGADR.  112
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Sbjct pyskFQVGAALLTkDGKV.YRGCNIE...........naaySMCN...CAEATALFKAVs   64
DSSP  llllLLEEEEEEElLLLE.EEEELLL...........lllhHHLL...LHHHHHHHHHHh


DSSP  .LLLLLEEEEEL......LLLLHHHHHHHHLLL..eEEEEEL.....lllhhhHHHHHHH
Query .MSSFGDFIALS......DICDVPTAKIISREV..sDGVVAP.....gyeeeaLKILSKK  158
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Sbjct eGDTEFQMLAVAadtpgpVSPCGACRQVISELCtkdVIVVLTnlqgqikemtvEELLPGA  124
DSSP  hLLLLEEEEEEEelllllLLLLHHHHHHHHHHLlllLEEEEEllllleeeeehHHHLLLL


DSSP  hhhlleeeeelllllllleeeeeelleeeeeelllllllhhhhlllllllllllhhhhhh
Query knggycvlqmdpnyepddneirtlyglqlmqkrnnavidrslfknivtknktlpesavrd  218
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Sbjct ............................................................  124
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhlllllleeeeelleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhlle
Query livasiavkytqsnsvcyakdgqvigigagqqsrihctrlagdkanswwlrhhprvlsmk  278
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Sbjct ............................................................  124
DSSP  ............................................................


DSSP  elllllhhhhhhhhhhhhhllllllhhhhhhhlleeellllllhhhhhhhhllllleeee
Query fkagvkraevsnaidqyvtgtigededlvkwqamfeevpaqlteaekkqwiakltavsls  338
ident                                                             
Sbjct ............................................................  124
DSSP  ............................................................


DSSP  elllllllhhhhhhhllleeeeeeelllllhhhhhhhhhhhlleeeeelllllll
Query sdaffpfrdnvdrakrigvqfivapsgsaadevvieacnelgitlihtnlrlfhh  393
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Sbjct .................................................fssedl  130
DSSP  .................................................llhhhl


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=4.9

DSSP  llleeeelllllllllleeeellllllleeeeellllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query gvsqlplrygmnphqspaqlyttrpklpltvvngspgfinlcdalnawqlvkelkqalgi   60
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeelleeeeeeelllllhhhhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhlllllllleee
Query paaasfkhvspagaavgiplseeeaqvcmvhdlhktltplasayarsrgadrmssfgdfi  120
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllllhhhhhhhhllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhhlleeeeelllllllleeee
Query alsdicdvptakiisrevsdgvvapgyeeealkilskkknggycvlqmdpnyepddneir  180
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eelleeeeeelllllllhhhhlllllllllllhhhhHHHHHHHHHHHL.LLLL.......
Query tlyglqlmqkrnnavidrslfknivtknktlpesavRDLIVASIAVKY.TQSN.......  232
ident                                                             
Sbjct ....................................MNRQELITEALKaRDMAyapyskf   24
DSSP  ....................................LLHHHHHHHHHHhHLLLlllllll


DSSP  ..LEEEEE.LLEEeEEELLLL.....lhhHHHHHHHHHHHhhhhlllhhhhlleelllll
Query ..SVCYAK.DGQViGIGAGQQ.....sriHCTRLAGDKANswwlrhhprvlsmkfkagvk  284
ident          || |   |                 |  ||                     
Sbjct qvGAALLTkDGKV.YRGCNIEnaaysmcnCAEATALFKAV....................   63
DSSP  leEEEEEElLLLE.EEEELLLlllhhhllLHHHHHHHHHH....................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhllllllhhhhhhhlleeellllllhhhhhhhhllLLLEEEEELL...
Query raevsnaidqyvtgtigededlvkwqamfeevpaqlteaekkqwiakLTAVSLSSDA...  341
ident                                                     |   |   
Sbjct ...........................................segdTEFQMLAVAAdtp   80
DSSP  ...........................................hhllLLEEEEEEEElll


DSSP  ..LLLLLHHHHHHHLLL..eEEEEEE..lllllhhhhHHHHHHHlleeeeelllllll
Query ..FFPFRDNVDRAKRIG..vQFIVAP..sgsaadevvIEACNELgitlihtnlrlfhh  393
ident     |                  |              |                   
Sbjct gpVSPCGACRQVISELCtkdVIVVLTnlqgqikemtvEELLPGA........fssedl  130
DSSP  llLLLLHHHHHHHHHHLlllLEEEEEllllleeeeehHHHLLLL........llhhhl