No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2 Z-score=4.9

DSSP  llleeeelllllllllleeeellllllleeeeellllhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHH..
Query gvsqlplrygmnphqspaqlyttrpklpltvvngspgfinlcdaLNAWQLVKELKQAL..   58
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Sbjct ......greahalrdylpdafgpkdleiktllmdeqdhgyaltgDALSQAAIAAANRShm   54
DSSP  ......llllllhhhhllllllhhhhllllllllllllllllllLHHHHHHHHHHHLLll


DSSP  ....lLLEEEEEE.LLEEeEEEELLLllhhhhhhllllllhHHLLhhhHHHHHHHHLLL.
Query ....gIPAAASFK.HVSPaGAAVGIPlseeeaqvcmvhdlhKTLTplaSAYARSRGADR.  112
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Sbjct pysksPSGVALECkDGRI.FSGSYAE...........naafNPTL...PPLQGALILLNl   99
DSSP  lllllLEEEEEEElLLLE.EEEELLL...........llllLLLL...LHHHHHHHHHHh


DSSP  ..LLLLLE.EEEELL......LLLHHHHHHHHLLLEEEEEELlllhhhhhhhhhhhhhll
Query ..MSSFGD.FIALSD......ICDVPTAKIISREVSDGVVAPgyeeealkilskkknggy  163
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Sbjct kgYDYPDIqRAVLAEkadaplIQWDATSATLKALGCHSIDRV..................  141
DSSP  llLLHHHEeEEEEEEllllllLLHHHHHHHHHHHLLLLEEEE..................


DSSP  eeeeelllllllleeeeeelleeeeeelllllllhhhhlllllllllllhhhhhhhhhhh
Query cvlqmdpnyepddneirtlyglqlmqkrnnavidrslfknivtknktlpesavrdlivas  223
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Sbjct ............................................................  141
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhlllllleeeeelleeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhlleellll
Query iavkytqsnsvcyakdgqvigigagqqsrihctrlagdkanswwlrhhprvlsmkfkagv  283
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Sbjct ............................................................  141
DSSP  ............................................................


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhllllllhhhhhhhlleeellllllhhhhhhhhllllleeeeellll
Query kraevsnaidqyvtgtigededlvkwqamfeevpaqlteaekkqwiakltavslssdaff  343
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Sbjct ............................................................  141
DSSP  ............................................................


DSSP  lllhhhhhhhllleeeeeeelllllhhhhhhhhhhhlleeeeelllllll
Query pfrdnvdrakrigvqfivapsgsaadevvieacnelgitlihtnlrlfhh  393
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Sbjct ...............................................lla  144
DSSP  ...............................................ell

No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2 Z-score=3.0

DSSP  llleeeelllllLLLL..lEEEEllllllleeeeellllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query gvsqlplrygmnPHQS..pAQLYttrpklpltvvngspgfinlcdalnawqlvkelkqal   58
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Sbjct ..........grEAHAlrdYLPD................................afgpk   18
DSSP  ..........llLLLLhhhHLLL................................lllhh


DSSP  llleeeeEELLEeeeeeelllllhhhhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhlllllllle
Query gipaaasFKHVSpagaavgiplseeeaqvcmvhdlhktltplasayarsrgadrmssfgd  118
ident                                                             
Sbjct dleiktlLMDEQ................................................   30
DSSP  hhlllllLLLLL................................................


DSSP  eeeelllllhhhhhhhhllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhhlleeeeellllllllee
Query fialsdicdvptakiisrevsdgvvapgyeeealkilskkknggycvlqmdpnyepddne  178
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Sbjct ............................................................   30
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeelleeeeeellllLLLHhhhlllllllllllhhhHHHHHHHHHHHHLLLL....LLE
Query irtlyglqlmqkrnnaVIDRslfknivtknktlpesaVRDLIVASIAVKYTQS....NSV  234
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Sbjct ............dhgyALTG.................DALSQAAIAAANRSHMpyskSPS   61
DSSP  ............llllLLLL.................LHHHHHHHHHHHLLLLllllLLE


DSSP  EEEEL....lEEEEEELLlllhhhhhhHHHHHHHHHHHLLLhhhhlleelllllhhhhhh
Query CYAKD....gQVIGIGAGqqsrihctrLAGDKANSWWLRHHprvlsmkfkagvkraevsn  290
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Sbjct GVALEckdgrIFSGSYAE.naafnptlPPLQGALILLNLKG...................  101
DSSP  EEEEEellllEEEEELLL.llllllllLHHHHHHHHHHHLL...................


DSSP  hhhhhhhllllllhhhhhhhlleeellllllhhhhhhHHLLLLLEEEEElLLLLLlhHHH
Query aidqyvtgtigededlvkwqamfeevpaqlteaekkqWIAKLTAVSLSSdAFFPFrdNVD  350
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Sbjct ....................................yDYPDIQRAVLAE.KADAPliQWD  124
DSSP  ....................................lLHHHEEEEEEEE.LLLLLllLHH


DSSP  HHHLLL......eEEEEEELllllhhhhhhhhhhhlleeeeelllllll
Query RAKRIG......vQFIVAPSgsaadevvieacnelgitlihtnlrlfhh  393
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Sbjct ATSATLkalgchsIDRVLLA.............................  144
DSSP  HHHHHHhhhllllEEEEELL.............................