No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=45.9

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleEEEEEEEELLHHHHHHLLLEEEEEEEEELLLLLLllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnniLREVHAEFGDVAAAFAEADLIREKTYTFAEVNHVhmel   60
ident                                  |  ||              |       
Sbjct ......................VSRTSRARDELAPIFASSAGVVRGQFSCGRVSACpmet   38
DSSP  ......................LEEEEEEELLLHHHHHHLLEEEEEEEEELLLLLLllll


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct rgavaqyewttqqlilwtatqmpsfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhp   98
DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhHHHLLLLLEEEEEEEEEELLLLLEEEEEEEEEEEL
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetFIAHRGRPWTEVKMKIGLKKDGKIAALALEATQAG  180
ident                          |            |      ||   ||       |
Sbjct eellvcllsralgrpvrwiedrqenFLGATHAKQQRNEMGLAFDGDGRFLALENRSITDG  158
DSSP  hhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhHHHLLLLLLEEEEEEEEELLLLLEEEEEEEEEEEL


DSSP  LLLLL...LHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLEEEEEEEELLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHH
Query GAYAG...YGIITILYTGALMHGLYHIPAIKHDAWRVYTNTPPCGAMRGHGTVDTRAAFE  237
ident |||               |   | |  ||       | ||  | || || |      | |
Sbjct GAYNNlpwTQLVESHVGNAVILGVYKVPAVSEESIAVATNKCPIGAYRGVGFTAGQIARE  218
DSSP  LLLLLlllLHHHLHHHHHHLLLLLLLLLEEEEEEEEELLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHHLLLHHHHHHHLLLL..LLLEELLLLLEELLLLHHHHHHHHHHHHLHHHHL
Query ALLTEMGEELGIDSLKIRQINMLP..QIPYVTMYAQRVMSYGVPECLEKVKAASGWEERK  295
ident  |       ||     ||  |       |      |                    |   
Sbjct TLIDRAARQLGLSPFEIRRRNVVMpeDFPFTNRLGQTHREGTYLQTINLLEEMVNPEAFR  278
DSSP  HHHHHHHHHHLLLHHHHHHLLLLLhhHLLEELLLLLEELLLLHHHHHHHHHHHHLHHHHH


DSSP  LLLL......LLEEEEEEEEEEELllllllllllllleeeeeeellllleeeeellllll
Query GKLP......KGRGLGIALSHFVSgtstpkhwtgephatvnlkldfdggitlltgaadig  349
ident           |  |||      |                                     
Sbjct QRQAearargKYLGLGVSVFNEVT....................................  302
DSSP  HHHHhhhlllEEEEEEEEEEEEEE....................................


DSSP  llhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query qgsntmasqvaaevlgvrlsrirvisadsaltpkdngsyssrvtfmvgnasisaaeelkg  409
ident                                                             
Sbjct ............................................................  302
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhllllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllh
Query vlvkaaakkldareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcpt  469
ident                                                             
Sbjct ............................................................  302
DSSP  ............................................................


DSSP  hhllllllhHHHL...............................................
Query efqgdkkirGSAI...............................................  482
ident           |                                                 
Sbjct ...gtgtrtLSFLgtpttthdsatvridptgkvtvttslassgqghettlaqiaadvlgv  359
DSSP  ...lllhhhHHHLlllllllleeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  482
ident                                                             
Sbjct pasdvviqagstkntygfgayasrgavigagsigraasivrervkqlaghlleaasediv  419
DSSP  lhhheeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhee


DSSP  ...............................................llLLLEEEEEEEE
Query ...............................................gaTMGFCYAAQVV  495
ident                                                             
Sbjct iedglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdatleatatydpsDLVLANGGHAA  479
DSSP  eelleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeellllLLEEEEEEEEE


DSSP  EEEELLLLLLEEEEEEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEEL.LEEL
Query EASVDEITGKVTAHKVWVAVDVGKALNPLAVEGQTQGGVWMGMGQALSEETVYDN.GRMV  554
ident     |  |            | |   ||  ||||  ||     || | ||  ||  |  |
Sbjct IVEIDASTYATRVTDFFAVEDCGTMINPMIVEGQIRGGIAQAIGQTLLEEVIYDDfGQLV  539
DSSP  EEEEELLLLLEEEEEEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLlLLLL


DSSP  LLLLLLLLLLLLLLLLEEEEEEELLLLLLLHHHLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHL..
Query HGNILDYRVPTIVESPDIEVIIVESMDPNGPFGAKEASEGMLAGFLPAIHEAVYEAVG..  612
ident      ||  ||    |||     |   |  | | |   |        |   ||  |    
Sbjct TTTLMDYLIPTTLDVPDIRIRHLETPSPLVPGGIKGMGESAMISAPAAVVAAVNDALAhl  599
DSSP  LLLLLLLLLLLLLLLLLEEEEELLLLLLLLHHHLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh


DSSP  .LLLLEELLLHHHHHHHHHHHHhll
Query .VRATDFPLSPDRITELLDAKEaaa  636
ident  |     |  | ||           
Sbjct eVVIETVPITPERIFRSIQERP...  621
DSSP  lLLLLEELLLHHHHHHHHHLLL...


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=17.9

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct ...........vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyewtt   49
DSSP  ...........leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelll


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct qqlilwtatqmpsfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsra  109
DSSP  leeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct lgrpvrwiedrqenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwtql  169
DSSP  hllleeeellhhhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllhh


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct veshvgnavilgvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarqlg  229
DSSP  hlhhhhhhllllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllll
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpk  300
ident                                                             
Sbjct lspfeirrrnvvmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargk  289
DSSP  llhhhhhhlllllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllle


DSSP  leeeeeeeeeeelLLLLLLL.....LLLLLlEEEEEEELLLLLEEEEELLLLLLLLHHHH
Query grglgialshfvsGTSTPKH.....WTGEPhATVNLKLDFDGGITLLTGAADIGQGSNTM  355
ident              || |         |           |  |  |  |  |  |||  | 
Sbjct ylglgvsvfnevtGTGTRTLsflgtPTTTH.DSATVRIDPTGKVTVTTSLASSGQGHETT  348
DSSP  eeeeeeeeeeeeeLLLHHHHhhlllLLLLL.LEEEEEELLLLLEEEEELLLLLLLLHHHH


DSSP  HHHHHHHHHLLLHHHEEEEELLLLlLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Query ASQVAAEVLGVRLSRIRVISADSAlTPKDNGSYSSRVTFMVGNASISAAEELKGVLVKAA  415
ident   | || ||||  |                | | ||           ||          |
Sbjct LAQIAADVLGVPASDVVIQAGSTK.NTYGFGAYASRGAVIGAGSIGRAASIVRERVKQLA  407
DSSP  HHHHHHHHHLLLHHHEEEELLLLL.LLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  HHHLLLLHHHEEEELLEEEELLLLLLLEEHHHHHHHHHLL........LLLEEEEEEELL
Query AKKLDAREEDIEVIDEMFMVSGSQDPGLSFQEVVKAAMVD........SGTITVKGTYTC  467
ident    | |  |||   |    | |    |  | ||| ||             |     ||  
Sbjct GHLLEAASEDIVIEDGLVHVAGVPAKGMPFAEVVGAAYFAdathppgfDATLEATATYDP  467
DSSP  HHHHLLLHHHEEEELLEEEELLEEEEEEEHHHHHHHHHHLhhhlllllLLLLEEEEELLL


DSSP  LHHHLlllllhhhhlllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeeellllllhhhhh
Query PTEFQgdkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavdvgkalnplave  527
ident                                                             
Sbjct SDLVL...............angghaaiveidastyatrvtdffavedcgtminpmiveg  512
DSSP  LLLEE...............eeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhllllleelleellllllllllllllllleeeeeeelllllllhhh
Query gqtqggvwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrvptivespdieviivesmdpngpfg  587
ident                                                             
Sbjct qirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldvpdirirhletpsplvpgg  572
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllllllleeeeellllllllhhh


DSSP  lllllllllllhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query akeasegmlagflpaiheavyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                                  
Sbjct ikgmgesamisapaavvaavndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=16.4

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllLLLL
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvHMEL   60
ident                                                          || 
Sbjct ......................vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacPMET   38
DSSP  ......................leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllLLLL


DSSP  LEEEEEEELLLLEEEEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLLHHHEEEELLLLLLLLLLLLLLLH
Query NATLAEYDPVRDMLTLNTTTQVPYYVHLKVAACLQMDSARIRVIKPFLGGGFGARTEALH  120
ident     | |      | | | || |  |   ||         | |  |  |||||       
Sbjct RGAVAQYEWTTQQLILWTATQMPSFVRTMVAMFCAIPEHLIEVRVPDVGGGFGQKAHLHP   98
DSSP  LEEEEEEELLLLEEEEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLLHHHEEEELLLLLLLLLLLLLLLH


DSSP  HHHHHHHHHHHHLLEEEEE.......llhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeee
Query FEIIAGLLARKAKGTVRLL.......qtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaala  173
ident  |    || |     ||                                           
Sbjct EELLVCLLSRALGRPVRWIedrqenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdg  158
DSSP  HHHHHHHHHHHHLLLEEEEllhhhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel


DSSP  eeeeeelllllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhh
Query leatqaggayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtr  233
ident                                                             
Sbjct gaynnlpwtqlveshvgnavilgvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiare  218
DSSP  lllllllllhhhlhhhhhhllllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhh
Query aafealltemgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgwee  293
ident                                                             
Sbjct tlidraarqlglspfeirrrnvvmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafr  278
DSSP  hhhhhhhhhhlllhhhhhhlllllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhh


DSSP  hllllllleeeeeeeeeeelllllllllllllleeeeeeellllleeeeellllllllhh
Query rkgklpkgrglgialshfvsgtstpkhwtgephatvnlkldfdggitlltgaadigqgsn  353
ident                                                             
Sbjct qrqaearargkylglgvsvfnevtgtgtrtlsflgtpttthdsatvridptgkvtvttsl  338
DSSP  hhhhhhhllleeeeeeeeeeeeeelllhhhhhhllllllllleeeeeellllleeeeell


DSSP  hhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query tmasqvaaevlgvrlsrirvisadsaltpkdngsyssrvtfmvgnasisaaeelkgvlvk  413
ident                                                             
Sbjct assgqghettlaqiaadvlgvpasdvviqagstkntygfgayasrgavigagsigraasi  398
DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhllllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllhhhll
Query aaakkldareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcptefqg  473
ident                                                             
Sbjct vrervkqlaghlleaasediviedglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdat  458
DSSP  hhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllll


DSSP  llllhhhhlllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhh
Query dkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavdvgkalnplavegqtqgg  533
ident                                                             
Sbjct leatatydpsdlvlangghaaiveidastyatrvtdffavedcgtminpmivegqirggi  518
DSSP  leeeeelllllleeeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhllllleelleellllllllllllllllleeeeeeelllllllhhhllllll
Query vwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrvptivespdieviivesmdpngpfgakease  593
ident                                                             
Sbjct aqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldvpdirirhletpsplvpggikgmge  578
DSSP  hhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllllllleeeeellllllllhhhllllll


DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query gmlagflpaiheavyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                            
Sbjct samisapaavvaavndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=9.5

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeEEEEEELLHhHHHHL.....lLEEEEEEEEELLLLL
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrEVHAEFGDVaAAFAE.....aDLIREKTYTFAEVNH   55
ident                                                             
Sbjct ........................VSRTSRARD.ELAPIfassagVVRGQFSCGRVSACP   35
DSSP  ........................LEEEEEEEL.LLHHHhhhlleEEEEEEEELLLLLLL


DSSP  Lllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllll
Query Vhmelnatlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgar  115
ident                                                             
Sbjct M...........................................................   36
DSSP  L...........................................................


DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhHHH...........................
Query tealhfeiiagllarkakgtvrllqtreetFIA...........................  148
ident                                                             
Sbjct ..............................ETRgavaqyewttqqlilwtatqmpsfvrt   66
DSSP  ..............................LLLeeeeeeelllleeeeeellllhhhhhh


DSSP  ..........................................................ll
Query ..........................................................hr  150
ident                                                             
Sbjct mvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwiedrqenflg  126
DSSP  hhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhh


DSSP  lLLEEEEEEEEEELL....LLLEEEEEEEEEEELlllllLHHHHHHHH.HHLLLLLL...
Query gRPWTEVKMKIGLKK....DGKIAALALEATQAGgayagYGIITILYT.GALMHGLY...  202
ident            ||                              | |              
Sbjct aTHAKQQRNEMGLAFdgdgRFLALENRSITDGGA...ynNLPWTQLVEsHVGNAVILgvy  183
DSSP  lLLLLLEEEEEEEEEllllLEEEEEEEEEEELLL...llLLLLLHHHLhHHHHHLLLlll


DSSP  ..llLLEEEEEEEELLlllllllllllllHHHHHHHHHHHHHHHHHHL........lLHH
Query ..hiPAIKHDAWRVYTntppcgamrghgtVDTRAAFEALLTEMGEELG........iDSL  252
ident           |                       |                         
Sbjct kvpaVSEESIAVATNK......cpigayrGVGFTAGQIARETLIDRAArqlglspfeIRR  237
DSSP  llleEEEEEEEELLLL......lllllllLLLHHHHHHHHHHHHHHHHhhhlllhhhHHH


DSSP  HHHHhlllllLLEELLllleELLLLHhhHHHHHHHHHLhhHHLLL..............l
Query KIRQinmlpqIPYVTMyaqrVMSYGVpeCLEKVKAASGweERKGK..............l  298
ident                                         |                   
Sbjct RNVV.mpedfPFTNRL...gQTHREG..TYLQTINLLE..EMVNPeafrqrqaearargk  289
DSSP  LLLL.lhhhlLEELLL...lLEELLL..LHHHHHHHHH..HHHLHhhhhhhhhhhhllle


DSSP  lLLEEeEEEEEEEELllllllllllllleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhh
Query pKGRGlGIALSHFVSgtstpkhwtgephatvnlkldfdggitlltgaadigqgsntmasq  358
ident   | |                                                       
Sbjct yLGLGvSVFNEVTGT.............................................  304
DSSP  eEEEEeEEEEEEELL.............................................


DSSP  hhhhhhlllhhheeeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query vaaevlgvrlsrirvisadsaltpkdngsyssrvtfmvgnasisaaeelkgvlvkaaakk  418
ident                                                             
Sbjct ............................................................  304
DSSP  ............................................................


DSSP  llllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllhhhllllllh
Query ldareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcptefqgdkkir  478
ident                                                             
Sbjct ....................................................gtrtlsfl  312
DSSP  ....................................................lhhhhhhl


DSSP  HHHL........................................................
Query GSAI........................................................  482
ident |                                                           
Sbjct GTPTtthdsatvridptgkvtvttslassgqghettlaqiaadvlgvpasdvviqagstk  372
DSSP  LLLLlllleeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  482
ident                                                             
Sbjct ntygfgayasrgavigagsigraasivrervkqlaghlleaasediviedglvhvagvpa  432
DSSP  lllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelleeeelleee


DSSP  ................................lllLLEEEEEEEEEEE............
Query ................................gatMGFCYAAQVVEAS............  498
ident                                         |     |             
Sbjct kgmpfaevvgaayfadathppgfdatleatatydpSDLVLANGGHAAIveidastyatrv  492
DSSP  eeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeelllLLLEEEEEEEEEEeeeellllleee


DSSP  .......................................................elllL
Query .......................................................vdeiT  503
ident                                                             
Sbjct tdffavedcgtminpmivegqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttL  552
DSSP  eeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllL


DSSP  LLEEEEEEEEeeELLLLLLHhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelleellllllllll
Query GKVTAHKVWVavDVGKALNPlavegqtqggvwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrv  563
ident                                                             
Sbjct DVPDIRIRHL.eTPSPLVPG........................................  571
DSSP  LLLLEEEEEL.lLLLLLLHH........................................


DSSP  llllllleeeeeeelllllllhhhlLLLLllLLLLHHHHHHHHHHHH.........hlll
Query ptivespdieviivesmdpngpfgaKEASegMLAGFLPAIHEAVYEA.........vgvr  614
ident                                |          ||  |             
Sbjct .........................GIKG..MGESAMISAPAAVVAAvndalahlevvie  604
DSSP  .........................HLLL..LLLHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhlllll


DSSP  LLEElllhhhHHHHHHHHHHLL.
Query ATDFplspdrITELLDAKEAAA.  636
ident             |          
Sbjct TVPI......TPERIFRSIQERp  621
DSSP  EELL......LHHHHHHHHHLLl


No 5: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=8.8

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyewttqqlilwtatqm   60
DSSP  leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct psfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwiedr  120
DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct qenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwtqlveshvgnavil  180
DSSP  hhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllhhhlhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct gvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarqlglspfeirrrnv  240
DSSP  lllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlll


DSSP  ...................llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhlll
Query ...................mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaead   41
ident                                                             
Sbjct vmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargkylglgvsvfne  300
DSSP  llhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllleeeeeeeeeeee


DSSP  eeeeeeeeelllllllllLLEEEEEEELlLLEEEEEELLL.....LHHHHHHHHHHHHLL
Query lirektytfaevnhvhmeLNATLAEYDPvRDMLTLNTTTQ.....VPYYVHLKVAACLQM   96
ident                           ||     |  |                 |  |  
Sbjct vtgtgtrtlsflgtptttHDSATVRIDP.TGKVTVTTSLAssgqgHETTLAQIAADVLGV  359
DSSP  eelllhhhhhhlllllllLLEEEEEELL.LLLEEEEELLLlllllHHHHHHHHHHHHHLL


DSSP  LHHHEEEELLLL.....LLLL.LLLLL.LLHHHHHHHHHHHHHL................
Query DSARIRVIKPFL.....GGGF.GARTE.ALHFEIIAGLLARKAK................  133
ident                   |                |    |                   
Sbjct PASDVVIQAGSTkntygFGAYaSRGAViGAGSIGRAASIVRERVkqlaghlleaasediv  419
DSSP  LHHHEEEELLLLlllllLLLLlLLHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhlllhhhee


DSSP  .......................................LEEEEELlhhhhhhhllllle
Query .......................................GTVRLLQtreetfiahrgrpw  154
ident                                                             
Sbjct iedglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdatLEATATY..............  465
DSSP  eelleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllLEEEEEL..............


DSSP  eeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelllllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeee
Query tevkmkiglkkdgkiaalaleatqaggayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrv  214
ident                                                             
Sbjct ............................................................  465
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleel
Query ytntppcgamrghgtvdtraafealltemgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvm  274
ident                                                             
Sbjct ............................................................  465
DSSP  ............................................................


DSSP  lllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllllleeeeeeeeeeelllllllllllllleeeeeeel
Query sygvpeclekvkaasgweerkgklpkgrglgialshfvsgtstpkhwtgephatvnlkld  334
ident                                                             
Sbjct ............................................................  465
DSSP  ............................................................


DSSP  lllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllllllllllhhh
Query fdggitlltgaadigqgsntmasqvaaevlgvrlsrirvisadsaltpkdngsyssrvtf  394
ident                                                             
Sbjct ............................................................  465
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhl
Query mvgnasisaaeelkgvlvkaaakkldareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamv  454
ident                                                             
Sbjct ............................................................  465
DSSP  ............................................................


DSSP  lllleeeeeeelllhhhllllllhhhhlllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeee
Query dsgtitvkgtytcptefqgdkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwva  514
ident                                                             
Sbjct ..........................dpsdlvlangghaaiveidastyatrvtdffave  499
DSSP  ..........................llllleeeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeee


DSSP  eellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelleellllllllllllllllleeee
Query vdvgkalnplavegqtqggvwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrvptivespdiev  574
ident                                                             
Sbjct dcgtminpmivegqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldvpdiri  559
DSSP  ellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllllllleee


DSSP  eeelllllllhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhh
Query iivesmdpngpfgakeasegmlagflpaiheavyeavgvratdfplspdritelldakea  634
ident                                                             
Sbjct rhletpsplvpggikgmgesamisapaavvaavndalahlevvietvpitperifrsiqe  619
DSSP  eellllllllhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhl


DSSP  ll
Query aa  636
ident   
Sbjct rp  621
DSSP  ll


No 6: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=7.4

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllll
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpk  300
ident                                                             
Sbjct ...........................................vsrtsrardelapifas   17
DSSP  ...........................................leeeeeeelllhhhhhh


DSSP  leeeeeeeeeeellLLLLLllllllLEEEEEEEL.LLLLEEEEELLLlllllHHHHHHHH
Query grglgialshfvsgTSTPKhwtgepHATVNLKLD.FDGGITLLTGAAdigqgSNTMASQV  359
ident                  |                       | |                
Sbjct sagvvrgqfscgrvSACPM.....eTRGAVAQYEwTTQQLILWTATQ.....MPSFVRTM   67
DSSP  lleeeeeeeeelllLLLLL.....lLLEEEEEEElLLLEEEEEELLL.....LHHHHHHH


DSSP  HHHHHLLLHHHEEEEELLllllllLLLLLlLLHHHhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhl
Query AAEVLGVRLSRIRVISADsaltpkDNGSYsSRVTFmvGNASISAAEELKgvlvkaaakkl  419
ident  |         | |   |        |                                 
Sbjct VAMFCAIPEHLIEVRVPD......VGGGF.GQKAH.lHPEELLVCLLSR...........  108
DSSP  HHHHHLLLHHHEEEELLL......LLLLL.LLLLL.lLHHHHHHHHHHH...........


DSSP  lllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllLEEEEEEELLL...........
Query dareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgTITVKGTYTCP...........  468
ident                                          |                  
Sbjct ....................................alGRPVRWIEDRQenflgathakq  132
DSSP  ....................................hhLLLEEEELLHHhhhhhllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  468
ident                                                             
Sbjct qrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwtqlveshvgnavilgvykvpavsees  192
DSSP  eeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllhhhlhhhhhhllllllllleeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  468
ident                                                             
Sbjct iavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarqlglspfeirrrnvvmpedfpftnrl  252
DSSP  eeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlllllhhhlleelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  468
ident                                                             
Sbjct gqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargkylglgvsvfnevtgtgtrtlsfl  312
DSSP  lleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllleeeeeeeeeeeeeelllhhhhhhl


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  468
ident                                                             
Sbjct gtpttthdsatvridptgkvtvttslassgqghettlaqiaadvlgvpasdvviqagstk  372
DSSP  lllllllleeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  468
ident                                                             
Sbjct ntygfgayasrgavigagsigraasivrervkqlaghlleaasediviedglvhvagvpa  432
DSSP  lllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelleeeelleee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  468
ident                                                             
Sbjct kgmpfaevvgaayfadathppgfdatleatatydpsdlvlangghaaiveidastyatrv  492
DSSP  eeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeelllllleeeeeeeeeeeeeellllleee


DSSP  ...............................................HHHLlllllhhhh
Query ...............................................TEFQgdkkirgsa  481
ident                                                |            
Sbjct tdffavedcgtminpmivegqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvTTTL.........  543
DSSP  eeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllLLLL.........


DSSP  lllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query igatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavdvgkalnplavegqtqggvwmgmgqa  541
ident                                                             
Sbjct ............................................................  543
DSSP  ............................................................


DSSP  hllllleelleellllllllllllllllleeeeeeelllllllhhhlllllllllllhhh
Query lseetvydngrmvhgnildyrvptivespdieviivesmdpngpfgakeasegmlagflp  601
ident                                                             
Sbjct .................mdylipttldvpdirirhletpsplvpggikgmgesamisapa  586
DSSP  .................llllllllllllleeeeellllllllhhhllllllhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query aiheavyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                    
Sbjct avvaavndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  hhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 7: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=5.4

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct .....vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyewttqqlilw   55
DSSP  .....leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelllleeeee


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct tatqmpsfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvr  115
DSSP  ellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhlllee


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct wiedrqenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwtqlveshvg  175
DSSP  eellhhhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllhhhlhhhh


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct navilgvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarqlglspfei  235
DSSP  hhllllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhh


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllll
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpk  300
ident                                                             
Sbjct rrrnvvmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargkylglgv  295
DSSP  hhlllllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllleeeeeee


DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllLEEEEEEEllllLEEEEELL....llLLLL..HHH
Query grglgialshfvsgtstpkhwtgepHATVNLKLdfdgGITLLTGA....adIGQG..SNT  354
ident                           |||                       |       
Sbjct svfnevtgtgtrtlsflgtpttthdSATVRIDP....TGKVTVTTslassgQGHEttLAQ  351
DSSP  eeeeeeelllhhhhhhlllllllllEEEEEELL....LLLEEEEEllllllLLHHhhHHH


DSSP  HHHHHHHHhhlllhhheEEEELLLllllLLLLLLL......LLHHHHHHHHHHHHHHHHH
Query MASQVAAEvlgvrlsriRVISADSaltpKDNGSYS......SRVTFMVGNASISAAEELK  408
ident  |  |             |            |                | |     |  |
Sbjct IAADVLGV......pasDVVIQAG.stkNTYGFGAyasrgaVIGAGSIGRAASIVRERVK  404
DSSP  HHHHHHLL......lhhHEEEELL.lllLLLLLLLllllhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHhhllllhhheeeeLLEEEELlllllLEEH....hhhhhhhHLLL....llEE
Query GVLVKAAAkkldareedieviDEMFMVSgsqdpGLSF....qevvkaaMVDS....gtIT  460
ident                                                            |
Sbjct QLAGHLLE..aasediviedgLVHVAGV....pAKGMpfaevvgaayfADAThppgfdAT  458
DSSP  HHHHHHHL..llhhheeeellEEEELLE....eEEEEehhhhhhhhhhLHHHllllllLL


DSSP  EEEEELLlhhhllllllhhhhlllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeeellll
Query VKGTYTCptefqgdkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavdvgka  520
ident    | |                                                      
Sbjct LEATATY.............dpsdlvlangghaaiveidastyatrvtdffavedcgtmi  505
DSSP  LEEEEEL.............llllleeeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelllll


DSSP  llhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelleellllllllllllllllleeeeeeelll
Query lnplavegqtqggvwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrvptivespdieviivesm  580
ident                                                             
Sbjct npmivegqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldvpdirirhletp  565
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllllllleeeeellll


DSSP  llllhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query dpngpfgakeasegmlagflpaiheavyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                                         
Sbjct splvpggikgmgesamisapaavvaavndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  llllhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 8: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.4

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct .........vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyewttqq   51
DSSP  .........leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelllle


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct lilwtatqmpsfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralg  111
DSSP  eeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct rpvrwiedrqenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwtqlve  171
DSSP  lleeeellhhhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllhhhl


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct shvgnavilgvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarqlgls  231
DSSP  hhhhhhllllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllll
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpk  300
ident                                                             
Sbjct pfeirrrnvvmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargkyl  291
DSSP  hhhhhhlllllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllleee


DSSP  leeeeeeeeeeelllLLLL..LLLLLLleEEEEEELL..LLLEEEEELLLLLllLHHHhh
Query grglgialshfvsgtSTPK..HWTGEPhaTVNLKLDF..DGGITLLTGAADIgqGSNTma  356
ident                 |                               |           
Sbjct glgvsvfnevtgtgtRTLSflGTPTTT.hDSATVRIDptGKVTVTTSLASSG..QGHE..  346
DSSP  eeeeeeeeeeelllhHHHHhlLLLLLL.lLEEEEEELllLLEEEEELLLLLL..LLHH..


DSSP  hHHHHHHHLL.....LHHHEEEEELLlllLLLLlllllLLHHhhHHHHHHHHHHHHH...
Query sQVAAEVLGV.....RLSRIRVISADsalTPKDngsysSRVTfmVGNASISAAEELK...  408
ident     |                                                       
Sbjct .TTLAQIAADvlgvpASDVVIQAGSTkntYGFG....aYASR..GAVIGAGSIGRAAsiv  399
DSSP  .HHHHHHHHHhhlllHHHEEEELLLLlllLLLL....lLLLL..HHHHHHHHHHHHHhhh


DSSP  ..........hhhhhhhhhhllllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllL
Query ..........gvlvkaaakkldareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgT  458
ident                                                             
Sbjct rervkqlaghlleaasediviedglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdatL  459
DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeelleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllL


DSSP  EEEEEEELLLHhhllllllhhhhlllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeeell
Query ITVKGTYTCPTefqgdkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavdvg  518
ident                                                             
Sbjct EATATYDPSDL................vlangghaaiveidastyatrvtdffavedcgt  503
DSSP  EEEEELLLLLL................eeeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelll


DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelleellllllllllllllllleeeeeeel
Query kalnplavegqtqggvwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrvptivespdieviive  578
ident                                                             
Sbjct minpmivegqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldvpdirirhle  563
DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllllllleeeeell


DSSP  llllllhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query smdpngpfgakeasegmlagflpaiheavyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                                           
Sbjct tpsplvpggikgmgesamisapaavvaavndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  llllllhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 9: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.0

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhlllllL
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpK  300
ident                                                             
Sbjct ........................................vsrtsrardelapifassaG   20
DSSP  ........................................leeeeeeelllhhhhhhllE


DSSP  LEEEEEEEEEEELLlllllllllllleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhh
Query GRGLGIALSHFVSGtstpkhwtgephatvnlkldfdggitlltgaadigqgsntmasqva  360
ident                                                             
Sbjct VVRGQFSCGRVSAC..............................................   34
DSSP  EEEEEEEELLLLLL..............................................


DSSP  hhhhlllhhheeeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query aevlgvrlsrirvisadsaltpkdngsyssrvtfmvgnasisaaeelkgvlvkaaakkld  420
ident                                                             
Sbjct .................................pmetrgavaqyewttqqlilwtatqmp   61
DSSP  .................................llllleeeeeeelllleeeeeellllh


DSSP  llhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllhhhllllllhhh
Query areedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcptefqgdkkirgs  480
ident                                                             
Sbjct sfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwiedrq  121
DSSP  hhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhh


DSSP  hlllllLEEEEEEEEEEEELL.LLLLeEEEEEEEEEELLLLLLhHHHHHHHHHHHHHHHH
Query aigatmGFCYAAQVVEASVDE.ITGKvTAHKVWVAVDVGKALNpLAVEGQTQGGVWMGMG  539
ident                                                             
Sbjct enflgaTHAKQQRNEMGLAFDgDGRFlALENRSITDGGAYNNL.PWTQLVESHVGNAVIL  180
DSSP  hhhhhlLLLLLEEEEEEEEELlLLLEeEEEEEEEEELLLLLLL.LLLHHHLHHHHHHLLL


DSSP  hHHLLllleelleelllllllllllllLLLLEEEEEEELLLllllhhhLLLLL..lLLLL
Query qALSEetvydngrmvhgnildyrvptiVESPDIEVIIVESMdpngpfgAKEAS..eGMLA  597
ident                                                             
Sbjct .GVYK.....................vPAVSEESIAVATNK.......CPIGAyrgVGFT  211
DSSP  .LLLL.....................lLEEEEEEEEELLLL.......LLLLLlllLLHH


DSSP  LHHHHHHHHHHHHHLL............................................
Query GFLPAIHEAVYEAVGV............................................  613
ident     |       |                                               
Sbjct AGQIARETLIDRAARQlglspfeirrrnvvmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleem  271
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHhlllhhhhhhlllllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhh


DSSP  .....................lLLEEL.................................
Query .....................rATDFP.................................  619
ident                                                             
Sbjct vnpeafrqrqaearargkylglGVSVFnevtgtgtrtlsflgtpttthdsatvridptgk  331
DSSP  hlhhhhhhhhhhhhllleeeeeEEEEEeeeelllhhhhhhllllllllleeeeeelllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  619
ident                                                             
Sbjct vtvttslassgqghettlaqiaadvlgvpasdvviqagstkntygfgayasrgavigags  391
DSSP  eeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeellllllllllllllllhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  619
ident                                                             
Sbjct igraasivrervkqlaghlleaasediviedglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadath  451
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhl


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  619
ident                                                             
Sbjct ppgfdatleatatydpsdlvlangghaaiveidastyatrvtdffavedcgtminpmive  511
DSSP  lllllllleeeeelllllleeeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  619
ident                                                             
Sbjct gqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldvpdirirhletpsplvpg  571
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllllllleeeeellllllllhh


DSSP  .................................llhhhhhhhhhhhhhll
Query .................................lspdritelldakeaaa  636
ident                                                   
Sbjct gikgmgesamisapaavvaavndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  hllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 10: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.0

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyewttqqlilwtatqm   60
DSSP  leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct psfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwiedr  120
DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct qenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwtqlveshvgnavil  180
DSSP  hhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllhhhlhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct gvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarqlglspfeirrrnv  240
DSSP  lllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlll


DSSP  ................LLHHHhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllLEEE
Query ................MTPKAamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeaDLIR   44
ident                                                             
Sbjct vmpedfpftnrlgqthREGTY......lqtinlleemvnpeafrqrqaearargkyLGLG  294
DSSP  llhhhlleellllleeLLLLH......hhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllleeEEEE


DSSP  EEEEEELLLLLL.......LLLL.....................................
Query EKTYTFAEVNHV.......HMEL.....................................   60
ident                                                             
Sbjct VSVFNEVTGTGTrtlsflgTPTTthdsatvridptgkvtvttslassgqghettlaqiaa  354
DSSP  EEEEEEEELLLHhhhhhllLLLLllleeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhh


DSSP  ..........................leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhh
Query ..........................natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaacl   94
ident                                                             
Sbjct dvlgvpasdvviqagstkntygfgayasrgavigagsigraasivrervkqlaghlleaa  414
DSSP  hhhlllhhheeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  lllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhHHHLllllE
Query qmdsarirvikpflgggfgartealhfeiiagllarkakgtvrllqtreetFIAHrgrpW  154
ident                                                             
Sbjct sediviedglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdatleatatyDPSD..lvL  472
DSSP  hhheeeelleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeelLLLL..leE


DSSP  EEEEEEEEELL.....LLLEEEEEEEEEEELlllllLHHHHHHHHHHLL.LLLL......
Query TEVKMKIGLKK.....DGKIAALALEATQAGgayagYGIITILYTGALM.HGLY......  202
ident                                                             
Sbjct ANGGHAAIVEIdastyATRVTDFFAVEDCGT....mINPMIVEGQIRGGiAQAIgqtlle  528
DSSP  EEEEEEEEEEEellllLEEEEEEEEEEELLL....lLLHHHHHHHHHHHhHHHHhhhhll


DSSP  ........................LLLLEEEEEEEELLLLLLlllllllLLHHHHHHHHH
Query ........................HIPAIKHDAWRVYTNTPPcgamrghGTVDTRAAFEA  238
ident                           | |            |                 |
Sbjct eviyddfgqlvtttlmdylipttlDVPDIRIRHLETPSPLVP..ggikgMGESAMISAPA  586
DSSP  llllllllllllllllllllllllLLLLEEEEELLLLLLLLH..hhlllLLLHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHL.....LLHHhHHHHllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhh
Query LLTEMGEELG.....IDSLkIRQInmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgwee  293
ident                                                             
Sbjct AVVAAVNDALahlevVIET.VPIT............................perifrsi  617
DSSP  HHHHHHHHHHhhhllLLLE.ELLL............................hhhhhhhh


DSSP  HLLLlllleeeeeeeeeeelllllllllllllleeeeeeellllleeeeellllllllhh
Query RKGKlpkgrglgialshfvsgtstpkhwtgephatvnlkldfdggitlltgaadigqgsn  353
ident                                                             
Sbjct QERP........................................................  621
DSSP  HLLL........................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query tmasqvaaevlgvrlsrirvisadsaltpkdngsyssrvtfmvgnasisaaeelkgvlvk  413
ident                                                             
Sbjct ............................................................  621
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhllllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllhhhll
Query aaakkldareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcptefqg  473
ident                                                             
Sbjct ............................................................  621
DSSP  ............................................................


DSSP  llllhhhhlllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhh
Query dkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavdvgkalnplavegqtqgg  533
ident                                                             
Sbjct ............................................................  621
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhllllleelleellllllllllllllllleeeeeeelllllllhhhllllll
Query vwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrvptivespdieviivesmdpngpfgakease  593
ident                                                             
Sbjct ............................................................  621
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query gmlagflpaiheavyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                            
Sbjct ...........................................  621
DSSP  ...........................................


No 11: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.8

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyewttqqlilwtatqm   60
DSSP  leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellll


DSSP  .........................................llhhhhhllllllllllLL
Query .........................................mtpkaamkagaialhddKP   19
ident                                                             
Sbjct psfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwieDR  120
DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeelLH


DSSP  LLEeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeelllllllllLLEEEEEEELL....LLEEE
Query NNIlrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmeLNATLAEYDPV....RDMLT   75
ident                                                           | 
Sbjct QEN.............................flgathakQQRNEMGLAFDgdgrFLALE  151
DSSP  HHH.............................hhhlllllLEEEEEEEEELllllEEEEE


DSSP  EEEL..............lllHHHHHhHHHHhhLLLHHHEEEELLLL....llllllllL
Query LNTT..............tqvPYYVHlKVAAclQMDSARIRVIKPFL....gggfgartE  117
ident                                                             
Sbjct NRSItdggaynnlpwtqlvesHVGNA.VILG..VYKVPAVSEESIAVatnkcpigayrgV  208
DSSP  EEEEeellllllllllhhhlhHHHHH.LLLL..LLLLLEEEEEEEEEllllllllllllL


DSSP  LLHHHHHHHHHHHHHLleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeee
Query ALHFEIIAGLLARKAKgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleat  177
ident       ||                                                    
Sbjct GFTAGQIARETLIDRA............................................  224
DSSP  LHHHHHHHHHHHHHHH............................................


DSSP  eelllllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhh
Query qaggayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafe  237
ident                                                             
Sbjct .......................................................arqlg  229
DSSP  .......................................................hhhhl


DSSP  hhhhhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhlll
Query alltemgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgk  297
ident                                                             
Sbjct lspfeirrrnvvmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargk  289
DSSP  llhhhhhhlllllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllle


DSSP  lllleeeeeeeeeEELLLllllllllllleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhh
Query lpkgrglgialshFVSGTstpkhwtgephatvnlkldfdggitlltgaadigqgsntmas  357
ident                                                             
Sbjct ylglgvsvfnevtGTGTR..........................................  307
DSSP  eeeeeeeeeeeeeLLLHH..........................................


DSSP  hhhhhhhlllhhheeeeellllllllLLLLLLllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query qvaaevlgvrlsrirvisadsaltpkDNGSYSsrvtfmvgnasisaaeelkgvlvkaaak  417
ident                             |                               
Sbjct .......................tlsFLGTPT............................  316
DSSP  .......................hhhHLLLLL............................


DSSP  hllllhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllhhhllllll
Query kldareedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcptefqgdkki  477
ident                                                             
Sbjct ............................................................  316
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhlllllleeeEEEEEEEeelllllLEEEeEEEEEEellllllHHHHhhHHHHHHHHH
Query rgsaigatmgfcyAAQVVEAsvdeitgKVTAhKVWVAVdvgkalnPLAVegQTQGGVWMG  537
ident                  |               |                          
Sbjct ..........tthDSATVRI.....dpTGKV.TVTTSL......aSSGQ..GHETTLAQI  352
DSSP  ..........lllLEEEEEE.....llLLLE.EEEELL......lLLLL..LHHHHHHHH


DSSP  HHHHHLlllleelleellllllllllllllLLLEEEEEEElllllllhhhllLLLL.LLL
Query MGQALSeetvydngrmvhgnildyrvptivESPDIEVIIVesmdpngpfgakEASE.GML  596
ident     |                             |                         
Sbjct AADVLG.....................vpaSDVVIQAGST..kntygfgayaSRGAvIGA  389
DSSP  HHHHHL.....................llhHHEEEELLLL..llllllllllLLHHhHHH


DSSP  LLHHHHHHHHHHHHHLL.......................llleellLHHHHHHHHHHHH
Query AGFLPAIHEAVYEAVGV.......................ratdfplSPDRITELLDAKE  633
ident      |                                                   |  
Sbjct GSIGRAASIVRERVKQLaghlleaasediviedglvhvagvpakgmpFAEVVGAAYFADA  449
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhlllhhheeeelleeeelleeeeeeeHHHHHHHHHHLHH


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  633
ident                                                             
Sbjct thppgfdatleatatydpsdlvlangghaaiveidastyatrvtdffavedcgtminpmi  509
DSSP  hllllllllleeeeelllllleeeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  633
ident                                                             
Sbjct vegqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldvpdirirhletpsplv  569
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllllllllllllllllleeeeellllllll


DSSP  .................................................hll
Query .................................................aaa  636
ident                                                     
Sbjct pggikgmgesamisapaavvaavndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  hhhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 12: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.7

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllll
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpk  300
ident                                                             
Sbjct .............................................vsrtsrardelapif   15
DSSP  .............................................leeeeeeelllhhhh


DSSP  leeeeeeeeeeelllLLLLL........................................
Query grglgialshfvsgtSTPKH........................................  320
ident                                                             
Sbjct assagvvrgqfscgrVSACPmetrgavaqyewttqqlilwtatqmpsfvrtmvamfcaip   75
DSSP  hhlleeeeeeeeellLLLLLlllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ...................................................llllllEEE
Query ...................................................wtgephATV  329
ident                                                             
Sbjct ehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwiedrqenflgathakqQRN  135
DSSP  hhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhllllllEEE


DSSP  EEEEL.....llLLEEEEELLL........lllllhhhHHHHHHHHhhLLLHHHEEEEEL
Query NLKLD.....fdGGITLLTGAA........digqgsntMASQVAAEvlGVRLSRIRVISA  376
ident    |                                      |               | 
Sbjct EMGLAfdgdgrfLALENRSITDggaynnlpwtqlveshVGNAVILG..VYKVPAVSEESI  193
DSSP  EEEEEellllleEEEEEEEEEEllllllllllhhhlhhHHHHLLLL..LLLLLEEEEEEE


DSSP  LLlllllllllLLLLhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhllllHHHEE.EELLE...
Query DSaltpkdngsYSSRvtFMVGNASISAAEELKGVLVKAAAkkldarEEDIE.VIDEM...  432
ident                       |   | | |                   |         
Sbjct AV...atnkcpIGAY.rGVGFTAGQIARETLIDRAARQLG......LSPFEiRRRNVvmp  243
DSSP  EE...llllllLLLL.lLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL......LLHHHhHHLLLllh


DSSP  .....................eeelLLLL...............................
Query .....................fmvsGSQD...............................  440
ident                                                             
Sbjct edfpftnrlgqthregtylqtinllEEMVnpeafrqrqaearargkylglgvsvfnevtg  303
DSSP  hhlleellllleellllhhhhhhhhHHHHlhhhhhhhhhhhhllleeeeeeeeeeeeeel


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct tgtrtlsflgtpttthdsatvridptgkvtvttslassgqghettlaqiaadvlgvpasd  363
DSSP  llhhhhhhllllllllleeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct vviqagstkntygfgayasrgavigagsigraasivrervkqlaghlleaasediviedg  423
DSSP  eeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeell


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct lvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdatleatatydpsdlvlangghaaivei  483
DSSP  eeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeelllllleeeeeeeeeeeee


DSSP  ...............lleehhhhhhhhhllllleeeeeeeLLLHHHllllllhhhhllll
Query ...............pglsfqevvkaamvdsgtitvkgtyTCPTEFqgdkkirgsaigat  485
ident                                             |               
Sbjct dastyatrvtdffavedcgtminpmivegqirggiaqaigQTLLEE..............  529
DSSP  ellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHLLL..............


DSSP  lleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlll
Query mgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavdvgkalnplavegqtqggvwmgmgqalsee  545
ident                                                             
Sbjct ...........................................................v  530
DSSP  ...........................................................l


DSSP  lleelleellllllllllllllllleeeeeeelllllllhhhlllllllllllhhhhhhh
Query tvydngrmvhgnildyrvptivespdieviivesmdpngpfgakeasegmlagflpaihe  605
ident                                                             
Sbjct iyddfgqlvtttlmdylipttldvpdirirhletpsplvpggikgmgesamisapaavva  590
DSSP  lllllllllllllllllllllllllleeeeellllllllhhhllllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query avyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                
Sbjct avndalahlevvietvpitperifrsiqerp  621
DSSP  hhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhlll


No 13: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.6

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct .............vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyew   47
DSSP  .............leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeel


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct ttqqlilwtatqmpsfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvclls  107
DSSP  llleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct ralgrpvrwiedrqenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwt  167
DSSP  hhhllleeeellhhhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllll


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct qlveshvgnavilgvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarq  227
DSSP  hhhlhhhhhhllllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllll
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpk  300
ident                                                             
Sbjct lglspfeirrrnvvmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearar  287
DSSP  hlllhhhhhhlllllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhll


DSSP  leeeeeeeeeeelllLLLLL.LLLL...................................
Query grglgialshfvsgtSTPKH.WTGE...................................  324
ident                 |                                           
Sbjct gkylglgvsvfnevtGTGTRtLSFLgtpttthdsatvridptgkvtvttslassgqghet  347
DSSP  leeeeeeeeeeeeeeLLLHHhHHHLlllllllleeeeeellllleeeeellllllllhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  324
ident                                                             
Sbjct tlaqiaadvlgvpasdvviqagstkntygfgayasrgavigagsigraasivrervkqla  407
DSSP  hhhhhhhhhhlllhhheeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  324
ident                                                             
Sbjct ghlleaasediviedglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdatleatatydp  467
DSSP  hhhhlllhhheeeelleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeelll


DSSP  ...lLEEEEEEEL..........llLLEEEEELL.lLLLL.LHHHHHHHHHHHHHL....
Query ...pHATVNLKLD..........fdGGITLLTGA.aDIGQ.GSNTMASQVAAEVLG....  365
ident      |                               |             |   |    
Sbjct sdlvLANGGHAAIveidastyatrvTDFFAVEDCgtMINPmIVEGQIRGGIAQAIGqtll  527
DSSP  llleEEEEEEEEEeeeellllleeeEEEEEEEELllLLLHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhl


DSSP  ........................lLHHHEEEEELllllllllLLLL.....LLLHhhhH
Query ........................vRLSRIRVISAdsaltpkdNGSY.....SSRVtfmV  396
ident                              ||                             
Sbjct eeviyddfgqlvtttlmdylipttlDVPDIRIRHL........ETPSplvpgGIKG...M  576
DSSP  lllllllllllllllllllllllllLLLLEEEEEL........LLLLlllhhHLLL...L


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLHhhEEEElleeeELLLlllleehhhhhhhhhlll
Query GNASISAAEELKGVLVKAAAKKLDAREedIEVIdemfmVSGSqdpglsfqevvkaamvds  456
ident |      |       |  |   |        |                            
Sbjct GESAMISAPAAVVAAVNDALAHLEVVI..ETVP.itpeRIFR..................  615
DSSP  LLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLL..LEEL.llhhHHHH..................


DSSP  lleeeeeeelllhhhllllllhhhhlllllleeeeeeeeeeeelllllleeeeeeeeeee
Query gtitvkgtytcptefqgdkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvdeitgkvtahkvwvavd  516
ident                                                             
Sbjct ............................................................  615
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelleellllllllllllllllleeeeee
Query vgkalnplavegqtqggvwmgmgqalseetvydngrmvhgnildyrvptivespdievii  576
ident                                                             
Sbjct ............................................................  615
DSSP  ............................................................


DSSP  elllllllhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhhhhhhhhhhll
Query vesmdpngpfgakeasegmlagflpaiheavyeavgvratdfplspdritelldakeaaa  636
ident                                                             
Sbjct ......................................................siqerp  621
DSSP  ......................................................hhhlll


No 14: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.4

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vsrtsrardelapifassagvvrgqfscgrvsacpmetrgavaqyewttqqlilwtatqm   60
DSSP  leeeeeeelllhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct psfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwiedr  120
DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct qenflgathakqqrnemglafdgdgrflalenrsitdggaynnlpwtqlveshvgnavil  180
DSSP  hhhhhhlllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllhhhlhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct gvykvpavseesiavatnkcpigayrgvgftagqiaretlidraarqlglspfeirrrnv  240
DSSP  lllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhlll


DSSP  ..........................llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhh
Query ..........................mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdva   34
ident                                                             
Sbjct vmpedfpftnrlgqthregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargkylglgvsvfne  300
DSSP  llhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllleeeeeeeeeeee


DSSP  hhhhllleeeeeeeEELL..........................................
Query aafaeadlirektyTFAE..........................................   52
ident                                                             
Sbjct vtgtgtrtlsflgtPTTThdsatvridptgkvtvttslassgqghettlaqiaadvlgvp  360
DSSP  eelllhhhhhhlllLLLLlleeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   52
ident                                                             
Sbjct asdvviqagstkntygfgayasrgavigagsigraasivrervkqlaghlleaasedivi  420
DSSP  hhheeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheee


DSSP  .............................................L.LLLLllLLEEEEE
Query .............................................V.NHVHmeLNATLAE   66
ident                                                      |      
Sbjct edglvhvagvpakgmpfaevvgaayfadathppgfdatleatatyDpSDLV..LANGGHA  478
DSSP  elleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeelLlLLLE..EEEEEEE


DSSP  E.........elllleEEEEELL.......lLHHHHH.......................
Query Y.........dpvrdmLTLNTTT.......qVPYYVH.......................   87
ident                                |                            
Sbjct AiveidastyatrvtdFFAVEDCgtminpmiVEGQIRggiaqaigqtlleeviyddfgql  538
DSSP  EeeeeellllleeeeeEEEEEELlllllhhhHHHHHHhhhhhhhhhhhllllllllllll


DSSP  .....hhhhhhhlllhhhEEEELLLLLL..lllllllLLHHHHHHHHHHHHHlleeeeel
Query .....lkvaaclqmdsarIRVIKPFLGG..gfgarteALHFEIIAGLLARKAkgtvrllq  140
ident                   ||                       |    |  |        
Sbjct vtttlmdylipttldvpdIRIRHLETPSplvpggikgMGESAMISAPAAVVA........  590
DSSP  llllllllllllllllllEEEEELLLLLlllhhhlllLLLHHHHHHHHHHHH........


DSSP  lhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelllllllhhhhhhhhhhllll
Query treetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqaggayagygiitilytgalmhg  200
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Sbjct ............................................................  590
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhlll
Query lyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafealltemgeelgidslkirqinml  260
ident                                                             
Sbjct ............................................................  590
DSSP  ............................................................


DSSP  lllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllllleeeeeeeeeeellllllll
Query pqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpkgrglgialshfvsgtstpkh  320
ident                                                             
Sbjct ............................................................  590
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeelllll
Query wtgephatvnlkldfdggitlltgaadigqgsntmasqvaaevlgvrlsrirvisadsal  380
ident                                                             
Sbjct ............................................................  590
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllhhheeeelleeeelllll
Query tpkdngsyssrvtfmvgnasisaaeelkgvlvkaaakkldareedievidemfmvsgsqd  440
ident                                                             
Sbjct ............................................................  590
DSSP  ............................................................


DSSP  lleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllhhhllllllhhhhlllllleeeeeeeeeeeel
Query pglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcptefqgdkkirgsaigatmgfcyaaqvveasvd  500
ident                                                             
Sbjct ............................................................  590
DSSP  ............................................................


DSSP  llllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelleelllllll
Query eitgkvtahkvwvavdvgkalnplavegqtqggvwmgmgqalseetvydngrmvhgnild  560
ident                                                             
Sbjct ............................................................  590
DSSP  ............................................................


DSSP  lllllllllleeeeeeelllllllhhhlllllllllllhhhhhhhhhhhhhllllleell
Query yrvptivespdieviivesmdpngpfgakeasegmlagflpaiheavyeavgvratdfpl  620
ident                                                             
Sbjct .............................................avndalahlevviet  605
DSSP  .............................................hhhhhhhhhllllle


DSSP  lhhhhhhhhhhhhhll
Query spdritelldakeaaa  636
ident                 
Sbjct vpitperifrsiqerp  621
DSSP  elllhhhhhhhhhlll


No 15: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.3

DSSP  llhhhhhlllllllllllllleeeeeeeeellhhhhhhllleeeeeeeeellllllllll
Query mtpkaamkagaialhddkpnnilrevhaefgdvaaafaeadlirektytfaevnhvhmel   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllh
Query natlaeydpvrdmltlntttqvpyyvhlkvaaclqmdsarirvikpflgggfgartealh  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhlleeeeellhhhhhhhllllleeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel
Query feiiagllarkakgtvrllqtreetfiahrgrpwtevkmkiglkkdgkiaalaleatqag  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhlllllllllleeeeeeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query gayagygiitilytgalmhglyhipaikhdawrvytntppcgamrghgtvdtraafeall  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhllllllleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhllllll
Query temgeelgidslkirqinmlpqipyvtmyaqrvmsygvpeclekvkaasgweerkgklpk  300
ident                                                             
Sbjct .......................................vsrtsrardelapifassagv   21
DSSP  .......................................leeeeeeelllhhhhhhllee


DSSP  LEEEEEEEEEEELllllllllllllleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhh
Query GRGLGIALSHFVSgtstpkhwtgephatvnlkldfdggitlltgaadigqgsntmasqva  360
ident  ||                                                         
Sbjct VRGQFSCGRVSAC...............................................   34
DSSP  EEEEEEELLLLLL...............................................


DSSP  hhhhlllhhheeeeellllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query aevlgvrlsrirvisadsaltpkdngsyssrvtfmvgnasisaaeelkgvlvkaaakkld  420
ident                                                             
Sbjct ..................................pmetrgavaqyewttqqlilwtatqm   60
DSSP  ..................................llllleeeeeeelllleeeeeellll


DSSP  llhhheeeelleeeellllllleehhhhhhhhhllllleeeeeeelllhhhllllllhhh
Query areedievidemfmvsgsqdpglsfqevvkaamvdsgtitvkgtytcptefqgdkkirgs  480
ident                                                             
Sbjct psfvrtmvamfcaipehlievrvpdvgggfgqkahlhpeellvcllsralgrpvrwiedr  120
DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellh


DSSP  hllllllEEEEEEEEEEEELL....LLLLEEEeEEEEEEELlllllhhhhhHHHHHHHHH
Query aigatmgFCYAAQVVEASVDE....ITGKVTAhKVWVAVDVgkalnplaveGQTQGGVWM  536
ident             |  |                                            
Sbjct qenflgaTHAKQQRNEMGLAFdgdgRFLALEN.RSITDGGA.....ynnlpWTQLVESHV  174
DSSP  hhhhhhlLLLLLEEEEEEEEEllllLEEEEEE.EEEEELLL.....lllllLLHHHLHHH


DSSP  HHHHHHLLllleelleellllllllllllllLLLEEEEEEELLlllllhhhlllLLLLll
Query GMGQALSEetvydngrmvhgnildyrvptivESPDIEVIIVESmdpngpfgakeASEGml  596
ident |    |                          |                           
Sbjct GNAVILGV..................ykvpaVSEESIAVATNK.........cpIGAYrg  207
DSSP  HHHLLLLL..................lllleEEEEEEEELLLL.........llLLLLll


DSSP  LLHHhHHHHHHHHHHLLllleelllhhhhhHHHHH.........................
Query AGFLpAIHEAVYEAVGVratdfplspdritELLDA.........................  631
ident  ||  |   |                                                  
Sbjct VGFT.AGQIARETLIDR............aARQLGlspfeirrrnvvmpedfpftnrlgq  254
DSSP  LLHH.HHHHHHHHHHHH............hHHHHLllhhhhhhlllllhhhlleelllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  631
ident                                                             
Sbjct thregtylqtinlleemvnpeafrqrqaearargkylglgvsvfnevtgtgtrtlsflgt  314
DSSP  eellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhllleeeeeeeeeeeeeelllhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  631
ident                                                             
Sbjct pttthdsatvridptgkvtvttslassgqghettlaqiaadvlgvpasdvviqagstknt  374
DSSP  lllllleeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  631
ident                                                             
Sbjct ygfgayasrgavigagsigraasivrervkqlaghlleaasediviedglvhvagvpakg  434
DSSP  lllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelleeeelleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  631
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Sbjct mpfaevvgaayfadathppgfdatleatatydpsdlvlangghaaiveidastyatrvtd  494
DSSP  eehhhhhhhhhhlhhhllllllllleeeeelllllleeeeeeeeeeeeeellllleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  631
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Sbjct ffavedcgtminpmivegqirggiaqaigqtlleeviyddfgqlvtttlmdylipttldv  554
DSSP  eeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllllllllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  631
ident                                                             
Sbjct pdirirhletpsplvpggikgmgesamisapaavvaavndalahlevvietvpitperif  614
DSSP  lleeeeellllllllhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleelllhhhhh


DSSP  ..hhhll
Query ..keaaa  636
ident        
Sbjct rsiqerp  621
DSSP  hhhhlll