No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=45.4

DSSP  LLHHHHHLLLLLLLLLLL.............LLEEEEEEEEELLLHHHHHHHLLEEEEEE
Query MSGPAAAAEDAIEIHPGT.............PNVYFEQPIVKGEDTGPIFASADVTVEGD   47
ident      |   ||                     |  |   |   | |   || | |     
Sbjct VDPFKAMEPDAPLLREDIkdkmtgahgarkhHNHIFRWEIGDKEGTDATFAKAEVVSKDM   60
DSSP  LLHHHLLLLLLLLLLHHHlllleelleelllLLEEEEEEEELHHHHHHHHHHLLEEEEEE


DSSP  EEELLLLLLLLLLLE..eeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeel
Query FYVGRQPHMPIEPDV..afaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlvan  105
ident |   |    | |                                                
Sbjct FTYHRVHPSPLETCQcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  EEELLLLLLLLLLLEeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  lllllllhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeELLHHHHHHLLLLLLLEEEEEEEEELLLL
Query pmggtfgykfsptsealvavaamatgrpvhlRYNYQQQQQYTGKRSPWEMNVKFAAKKDG  165
ident                                          |       |    || |||
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwVEDRMENLSTTSFARDYHMTTELAATKDG  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeELLHHHHHHHLLEELLEEEEEEEEELLLL


DSSP  LEEEEEEEEEEELLLLLLLHH...HHHHHHhHHLLLLLLLLEEEEEEEEELLLLLLLL.L
Query TLLAMESDWLVDHGPYSEFGD...LLTLRGaQFIGAGYNIPNIRGLGRTVATNHVWGS.A  221
ident   |||    | |||      |                |  |        | ||   |  |
Sbjct KILAMRCHVLADHGAFDACADpskWPAGFM.NICTGSYDMPVAHLAVDGVYTNKASGGvA  239
DSSP  LEEEEEEEEEEELLLLLLLLLlllLLLLLH.HHLLLLLLLLLEEEEEEEELLLLLLEElL


DSSP  LLL.LLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHHLLLLL...LLLLLLLLLLLLLHHH
Query FRG.YGAPQSMFASECLMDMLAEKLGMDPLELRYKNAYRPG...DTNPTGQEPEVFSLPD  277
ident  |          | |     ||  | ||   || ||   |       | | |      | 
Sbjct YRCsFRVTEAVYAIERAIETLAQRLEMDSADLRIKNFIQPEqfpYMAPLGWEYDSGNYPL  299
DSSP  LLLlLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHHLLLHHhllEELLLLLEELLLLHHH


DSSP  HHHHHHH..HHHHHHHHHHHHL......lLLEEEEEEEEEEEEELLLLllleeeeeeeel
Query MIDQLRP..KYQAALEKAQKES......tATHKKGVGISIGVYGSGLDgpdaseawaeln  329
ident           |                       | |||      |              
Sbjct AMKKAMDtvGYHQLRAEQKAKQeafkrgeTREIMGIGISFFTEIVGAG............  347
DSSP  HHHHHHHhhLHHHHHHHHHHHHhhhhlllLLEEEEEEEEEEELLLLLL............


DSSP  lllleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellllllllllllllllll
Query adgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsr  389
ident                                                             
Sbjct ............................................................  347
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleeeeeeellllLLLL.....
Query qqvmtgnairvacenllkacekpgggyytydelkaadkptkitgnwtasgaTHCD.....  444
ident                                                      ||     
Sbjct .................................................psKNCDilgvs  358
DSSP  .................................................llLLLEellee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  444
ident                                                             
Sbjct mfdsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieegntdtapyg  418
DSSP  lleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeellllllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  444
ident                                                             
Sbjct lgtygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfkt  478
DSSP  lllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeee


DSSP  .....................llllllllLLLEEEEEEEEEEEEELLLLLEEEEEEEEEE
Query .....................avtglgkpFVVYMYGVFMAEVTVDVATGQTTVDGMTLMA  483
ident                                 |  |        || ||           
Sbjct mkelawasynspppnlepgleavnyydppNMTYPFGAYFCIMDIDVDTGVAKTRRFYALD  538
DSSP  hhhhhhhhhhlllllllllleeeeeelllLLLLLEEEEEEEEEEELLLLLEEEEEEEEEE


DSSP  ELLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLL....LLLLLLLLLLLLLLHHHLLlLEE
Query DLGSLCNQLATDGQIYGGLAQGIGLALSEDFED....IKKHATLVGAGFPFIKQIPdKLD  539
ident | |   |     ||  |||      |               |       |     | |  
Sbjct DCGTRINPMIIEGQVHGGLTEAFAVAMGQEIRYdeqgNVLGASFMDFFLPTAVETP.KWE  597
DSSP  ELLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLEEllllLEELLLLLLLLLLLLLLLL.LLE


DSSP  EEELLLLLLLLHHHLLLLLLHHHLLHHHHHHHHHHHHHL...LLLLLLLLLHHHHHHHHH
Query IVYVNHPRPDGPFGASGVGELPLTSPHAAIINAIKSATG...VRIYRLPAYPEKVLEALK  596
ident   |   | |  | || |||| |         ||   |           |           
Sbjct TDYTVTPSPHHPIGAKGVGESPHVGGVPCFSNAVNDAYAflnAGHIQMPHDAWRLWKVGE  657
DSSP  EEELLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHlllLLLLLLLLLHHHHHHHHH


DSSP  L.....
Query A.....  597
ident       
Sbjct Qlglhv  663
DSSP  Hlllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=13.7

DSSP  .......................................llhhhhhllllllllllllle
Query .......................................msgpaaaaedaieihpgtpnv   21
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  eeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeellllleeeeellll
Query yfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiepdvafaymgddgkcyihsksig   81
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeellhh
Query vhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggtfgykfsptsealvavaamatgrpvhlrynyq  141
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  hhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelllllllhhhhhhhhhhhllllll
Query qqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdwlvdhgpysefgdlltlrgaqfigagyn  201
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  lleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllll
Query ipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdmlaeklgmdplelryknayrpg  261
ident                                                             
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnypla  300
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhh


DSSP  lllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeeellllLLLE
Query dtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestathkkgvgisigvygsgldGPDA  321
ident                                                             
Sbjct mkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgVSMF  360
DSSP  hhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleellEELL


DSSP  EEEEEEELLLLLEEEELLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHhhlLLHHHEEELLLLLLLLLL
Query SEAWAELNADGTITVHTAWEDHGQGADIGCVGTAHEALRpmgVAPEKIKFTWPNTATTPN  381
ident   |       |           |||            |         |     || | | 
Sbjct DSAEIRIHPTGSVIARMGTKSQGQGHETTYAQIIATELG...IPADDIMIEEGNTDTAPY  417
DSSP  EEEEEEELLLLLEEEEELLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHL...LLHHHEEEELLLLLLLLL


DSSP  LLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL..........................lLLL
Query SGPSGGSRQQVMTGNAIRVACENLLKACEK..........................pGGG  415
ident      |||     | |  ||                                        
Sbjct GLGTYGSRSTPTAGAATAVAARKIKAKAQMiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpeKFK  477
DSSP  LLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeEEE


DSSP  L..LLHHHHHHLL.....LLLEEEEEEELLLlllllllllllllllleeeeeeeeeeeee
Query Y..YTYDELKAAD.....KPTKITGNWTASGathcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvd  468
ident                                                             
Sbjct TmkELAWASYNSPppnlePGLEAVNYYDPPN...mtypfgayfcimdidvdtgvaktrrf  534
DSSP  EhhHHHHHHHHLLlllllLLLEEEEEELLLL...lllleeeeeeeeeeellllleeeeee


DSSP  llllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllll
Query vatgqttvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagf  528
ident                                                             
Sbjct yalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgasfmdfflptavetp  594
DSSP  eeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleellllllllllllllll


DSSP  llhhhlllleeeeellllllllhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllh
Query pfikqipdkldivyvnhprpdgpfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpayp  588
ident                                                             
Sbjct kwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavndayaflnaghiqmphdawrlwk  654
DSSP  lleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhl
Query ekvlealka  597
ident          
Sbjct vgeqlglhv  663
DSSP  hhhhlllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=12.6

DSSP  ...llhhhhhLLLLLLLLLLL........lleeeEEEEeelllhhhhHHHL.....LEEE
Query ...msgpaaaAEDAIEIHPGT........pnvyfEQPIvkgedtgpiFASA.....DVTV   44
ident           |    |                                |           
Sbjct vdpfkamepdAPLLREDIKDKmtgahgarkhhnhIFRW.eigdkegtDATFakaevVSKD   59
DSSP  llhhhlllllLLLLLHHHLLLleelleellllleEEEE.eeelhhhhHHHHhhlleEEEE


DSSP  EEEEEELLLLLLllllleeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeee
Query EGDFYVGRQPHMpiepdvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlva  104
ident                                                             
Sbjct MFTYHRVHPSPL................................................   71
DSSP  EEEELLLLLLLL................................................


DSSP  llllllllhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeellhhhHHHL..................
Query npmggtfgykfsptsealvavaamatgrpvhlrynyqqQQQY..................  146
ident                                                             
Sbjct ......................................ETCQcvasmdkikgeltlwgtf   93
DSSP  ......................................LLLEeeeeeelllleeeeeell


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  146
ident                                                             
Sbjct qaphvirtvvslisglpehkihviapdigggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwve  153
DSSP  llhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeel


DSSP  ......lllllLEEEEEEEEEL.....lLLLE............................
Query ......tgkrsPWEMNVKFAAK.....kDGTL............................  167
ident                                                             
Sbjct drmenlsttsfARDYHMTTELAatkdgkILAMrchvladhgafdacadpskwpagfmnic  213
DSSP  lhhhhhhhlleELLEEEEEEEEelllllEEEEeeeeeeelllllllllllllllllhhhl


DSSP  ........EEEE....eeeEEELllllllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeelll
Query ........LAME....sdwLVDHgpysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatn  215
ident                                                             
Sbjct tgsydmpvAHLAvdgvytnKASG.....................................  236
DSSP  llllllllEEEEeeeelllLLLE.....................................


DSSP  lllllllllLLHHH..HHHHHHHHHHHHHHHHL........lLHHHHHH...hhlLLLLL
Query hvwgsafrgYGAPQ..SMFASECLMDMLAEKLG........mDPLELRY...knaYRPGD  262
ident                              | |                       |    
Sbjct ........gVAYRCsfRVTEAVYAIERAIETLAqrlemdsadLRIKNFIqpeqfpYMAPL  288
DSSP  ........eLLLLLllLHHHHHHHHHHHHHHHHhhhlllhhhHHHHHLLlhhhllEELLL


DSSP  LLlllllllLLLHhHHHHHHHHHHHHH..HHHHHHHLL............lLEEEEEEEE
Query TNptgqepeVFSLpDMIDQLRPKYQAA..LEKAQKEST............aTHKKGVGIS  308
ident                       |            |                   |    
Sbjct GW.......EYDS.GNYPLAMKKAMDTvgYHQLRAEQKakqeafkrgetreIMGIGISFF  340
DSSP  LL.......EELL.LLHHHHHHHHHHHhlHHHHHHHHHhhhhhhhllllleEEEEEEEEE


DSSP  EEEEELLLLllleeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhh
Query IGVYGSGLDgpdaseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealrpmgvapek  368
ident     | |                                                     
Sbjct TEIVGAGPS...................................................  349
DSSP  ELLLLLLLL...................................................


DSSP  eeellllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllll
Query ikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnairvacenllkacekpgggyytydelkaadkp  428
ident                                                             
Sbjct ............................................................  349
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeeellllLLLLlllllLLLL...................................
Query tkitgnwtasgaTHCDavtglGKPF...................................  453
ident                         |                                   
Sbjct ..........knCDIL....gVSMFdsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiia  395
DSSP  ..........llLEEL....lEELLeeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  453
ident                                                             
Sbjct telgipaddimieegntdtapyglgtygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlev  455
DSSP  hhhlllhhheeeelllllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ...................................................LLEEEEEEE
Query ...................................................VVYMYGVFM  462
ident                                                        |    
Sbjct hegdlewdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydpPNMTYPFGA  515
DSSP  lhhheeellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeellLLLLLLEEE


DSSP  EEEEEELL....LLLEEEEEEEEEEELlllllhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHL.......
Query AEVTVDVA....TGQTTVDGMTLMADLgslcnqlATDGQIYGGLAQGIGLALS.......  511
ident      |         |                       | |    |   |         
Sbjct YFCIMDIDvdtgVAKTRRFYALDDCGT......rINPMIIEGQVHGGLTEAFAvamgqei  569
DSSP  EEEEEEEEllllLEEEEEEEEEEELLL......lLLHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhllll


DSSP  .......lllLLLLLLlllllLLLLLhHHLLlLEEEEELLLLLlllhhHLLLLllHHHLL
Query .......edfEDIKKHatlvgAGFPFiKQIPdKLDIVYVNHPRpdgpfGASGVgeLPLTS  564
ident                                   |      |                 |
Sbjct rydeqgnvlgASFMDF....fLPTAVeTPKW.ETDYTVTPSPH....hPIGAK..GVGES  618
DSSP  eellllleelLLLLLL....lLLLLLlLLLL.EEEELLLLLLL....lLLLLL..LLLLH


DSSP  HHHHHHHHHHHHHL.........lLLLLllllhhHHHHHHHL.........
Query PHAAIINAIKSATG.........vRIYRlpaypeKVLEALKA.........  597
ident ||         |                           |           
Sbjct PHVGGVPCFSNAVNdayaflnaghIQMP......HDAWRLWKvgeqlglhv  663
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHhhhhllllllLLLL......LLHHHHHHhhhhlllll


No 4: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=11.1

DSSP  .............llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeee
Query .............msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegd   47
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  eeellllllllllleEEEEEL.LLLLEEEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLLHHHEEEEELL
Query fyvgrqphmpiepdvAFAYMG.DDGKCYIHSKSIGVHLHLYMIAPGVGLEPDQLVLVANP  106
ident                  | |    |           |          ||        |  
Sbjct ftyhrvhpspletcqCVASMDkIKGELTLWGTFQAPHVIRTVVSLISGLPEHKIHVIAPD  120
DSSP  eeellllllllllleEEEEEElLLLEEEEEELLLLHHHHHHHHHHHHLLLHHHEEEELLL


DSSP  LLLLLLHHHLLL.LHHHHHHHHHHHLLLEEE.............................
Query MGGTFGYKFSPT.SEALVAVAAMATGRPVHL.............................  136
ident  || || |           ||    | ||                               
Sbjct IGGGFGNKVGAYsGYVCAVVASIVLGVPVKWvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  LLLLLLLLLLLLhHHHHHHHHHHHHLLLEEEellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  ......................ellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeee
Query ......................rynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdw  174
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  eeelllllllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhh
Query lvdhgpysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfas  234
ident                                                             
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnypla  300
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query eclmdmlaeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaq  294
ident                                                             
Sbjct mkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmf  360
DSSP  hhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleell


DSSP  hhlllleeeeeeeeeeeeellllllleeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhhh
Query kestathkkgvgisigvygsgldgpdaseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvgt  354
ident                                                             
Sbjct dsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieegntdtapyglg  420
DSSP  eeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeellllllllllll


DSSP  hhhhhhhhlllhhheeellllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllll
Query ahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnairvacenllkacekpgg  414
ident                                                             
Sbjct tygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfktmk  480
DSSP  lllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeeehh


DSSP  llllhhhhhhllllleeeeeeellllllllllllllllllleeeeeeeeeeeeellllle
Query gyytydelkaadkptkitgnwtasgathcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqt  474
ident                                                             
Sbjct elawasynspppnlepgleavnyydppnmtypfgayfcimdidvdtgvaktrrfyalddc  540
DSSP  hhhhhhhhlllllllllleeeeeelllllllleeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeel


DSSP  eeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllllhhhl
Query tvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikqi  534
ident                                                             
Sbjct gtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgasfmdfflptavetpkwetdy  600
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleelllllllllllllllllleeee


DSSP  llleeeeellllllllhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhh
Query pdkldivyvnhprpdgpfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpaypekvlea  594
ident                                                             
Sbjct tvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavndayaflnaghiqmphdawrlwkvgeqlg  660
DSSP  lllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllhhhhhhhhhhll


DSSP  hhl
Query lka  597
ident    
Sbjct lhv  663
DSSP  lll


No 5: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=6.8

DSSP  llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllll
Query msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiep   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllhhhllllh
Query dvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggtfgykfsptse  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelll
Query alvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdwlvdhgp  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query ysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdm  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllll
Query laeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestat  300
ident                                                             
Sbjct ........vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfak   52
DSSP  ........llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhh


DSSP  eeeeeeeeeeeeelllllllEEEEEEEEL.LLLLEEEELLLLlllllHHHHHHHHHHHHH
Query hkkgvgisigvygsgldgpdASEAWAELN.ADGTITVHTAWEdhgqgADIGCVGTAHEAL  359
ident                          |      |  |           |            
Sbjct aevvskdmftyhrvhpspleTCQCVASMDkIKGELTLWGTFQ.....APHVIRTVVSLIS  107
DSSP  lleeeeeeeeelllllllllLLEEEEEEElLLLEEEEEELLL.....LHHHHHHHHHHHH


DSSP  HhhlLLHHHEEELLLLlllllllLLLLlLLHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHlllllllllh
Query RpmgVAPEKIKFTWPNtattpnsGPSGgSRQQVmTGNAIRVACENLLKACekpgggyyty  419
ident         ||    |        |                 |                  
Sbjct G...LPEHKIHVIAPD......iGGGF.GNKVG.AYSGYVCAVVASIVLG..........  146
DSSP  L...LLHHHEEEELLL......lLLLL.LLLLL.LLHHHHHHHHHHHHHL..........


DSSP  hhhhhllllLEEEEEEE...LLLL....................................
Query delkaadkpTKITGNWT...ASGA....................................  440
ident                                                             
Sbjct .........VPVKWVEDrmeNLSTtsfardyhmttelaatkdgkilamrchvladhgafd  197
DSSP  .........LLEEEELLhhhHHHHlleelleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct acadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvayrcsfrvteavyaierai  257
DSSP  llllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleellllllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct etlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnyplamkkamdtvgyhqlraeq  317
DSSP  hhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct kakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmfdsaeirihptgsviarm  377
DSSP  hhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleelleeeeeeellllleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct gtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieegntdtapyglgtygsrstptagaatava  437
DSSP  llllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllllllllhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct arkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepg  497
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllll


DSSP  .........llllllllllllllleeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllh
Query .........thcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcnq  491
ident                                                             
Sbjct leavnyydppnmtypfgayfcimdidvdtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhggl  557
DSSP  leeeeeelllllllleeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllllhhhlllleeeeellllllllh
Query latdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdgp  551
ident                                                             
Sbjct teafavamgqeirydeqgnvlgasfmdfflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvge  617
DSSP  hhhhhhhhlllleellllleelllllllllllllllllleeeelllllllllllllllll


DSSP  hhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhl
Query fgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                                               
Sbjct sphvggvpcfsnavndayaflnaghiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllhhhhhhhhhhlllll


No 6: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=6.6

DSSP  ...........llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleEEEEEEE
Query ...........msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvTVEGDFY   49
ident                                                       |     
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaEVVSKDM   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlLEEEEEE


DSSP  E......llllllllllleeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeee
Query V......grqphmpiepdvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlv  103
ident                                                             
Sbjct Ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  Eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  ellllllllhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhlllllllEEEEEEEEEll
Query anpmggtfgykfsptsealvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrspWEMNVKFAAkk  163
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhMTTELAATK..  178
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeEEEEEEELL..


DSSP  llLEEEEEEEE........eeelllllllhhhhhHHHHHhlllllllleEEEEE......
Query dgTLLAMESDW........lvdhgpysefgdlltLRGAQfigagynipnIRGLG......  209
ident                                                             
Sbjct ..DGKILAMRChvladhgafdacadpskwpagfmNICTG......sydmPVAHLavdgvy  230
DSSP  ..LLLEEEEEEeeeeelllllllllllllllllhHHLLL......llllLLEEEeeeeel


DSSP  ..eeellllllllllLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHH...hhlllhhhhhhhhllllllll
Query ..rtvatnhvwgsafRGYGAPQSMFASECLMDMLAE...klgmdplelryknayrpgdtn  264
ident                          | | |   |                          
Sbjct tnkasggvayrcsfrVTEAVYAIERAIETLAQRLEMdsadlriknfiqpeqfpymaplgw  290
DSSP  llllleellllllllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLlhhhhhhhhlllhhhlleelllll


DSSP  llllllllLLHHHHHHHHH...hhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeEEEEEELLL.....
Query ptgqepevFSLPDMIDQLR...pkyqaalekaqkestathkkgvgiSIGVYGSGL.....  316
ident                |                                            
Sbjct eydsgnypLAMKKAMDTVGyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigISFFTEIVGagpsk  350
DSSP  eellllhhHHHHHHHHHHLhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeEEEEELLLLlllll


DSSP  .......................lllleeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhh
Query .......................dgpdaseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvg  353
ident                                                             
Sbjct ncdilgvsmfdsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieeg  410
DSSP  lleelleelleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeell


DSSP  hhhhhhhhhlllhhheeellllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllll
Query tahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnairvacenllkacekpg  413
ident                                                             
Sbjct ntdtapyglgtygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvk  470
DSSP  lllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeel


DSSP  lllllhhhhhhllllleeeeeeellllllllllllllllllLEEEEEEEEEEeeelllll
Query ggyytydelkaadkptkitgnwtasgathcdavtglgkpfvVYMYGVFMAEVtvdvatgq  473
ident                                                             
Sbjct glpekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydppnmtyPFGAYFCIMDI....dvdt  526
DSSP  leeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeelllllllLEEEEEEEEEE....elll


DSSP  eeeEEEEEEEEL...lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllll
Query ttvDGMTLMADL...gslcnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpf  530
ident          |                                                  
Sbjct gvaKTRRFYALDdcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgasfmdff  586
DSSP  lleEEEEEEEEEellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleellllllll


DSSP  hhhlllleeEEELLLLLLL......lhhhllLLLLHHHLLHHHHHHHHHHHhhLLLLLLL
Query ikqipdkldIVYVNHPRPD......gpfgasGVGELPLTSPHAAIINAIKSatGVRIYRL  584
ident                  |                         |   |            
Sbjct lptavetpkWETDYTVTPSphhpigakgvgeSPHVGGVPCFSNAVNDAYAF..LNAGHIQ  644
DSSP  lllllllllLEEEELLLLLllllllllllllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL..LLLLLLL


DSSP  ......lllhhhhhhhhhl
Query ......paypekvlealka  597
ident                    
Sbjct mphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  llllhhhhhhhhhhlllll


No 7: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=6.2

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  ......................................................LLHHHh
Query ......................................................MSGPAa    6
ident                                                          |  
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsGNYPL.  299
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellLLHHH.


DSSP  hllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhHLLEEEEEEEEELLLLLLL.........
Query aaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifaSADVTVEGDFYVGRQPHMP.........   57
ident                                        |                    
Sbjct ...amkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgeTREIMGIGISFFTEIVGAGpskncdilg  356
DSSP  ...hhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhlllLLEEEEEEEEEEELLLLLLllllleell


DSSP  .LLLLEEEEEELLLLLEEEEELLL.....LHHHHHHHHHHHHLLLHHHEEEEE......L
Query .IEPDVAFAYMGDDGKCYIHSKSI.....GVHLHLYMIAPGVGLEPDQLVLVA......N  105
ident     | |       |                      ||   |   |             
Sbjct vSMFDSAEIRIHPTGSVIARMGTKsqgqgHETTYAQIIATELGIPADDIMIEEgntdtaP  416
DSSP  eELLEEEEEEELLLLLEEEEELLLlllllHHHHHHHHHHHHHLLLHHHEEEELllllllL


DSSP  LLLLLL.LHHHL..LLLHHHHHHHHHHH................................
Query PMGGTF.GYKFS..PTSEALVAVAAMAT................................  130
ident    ||             |  |    |                                 
Sbjct YGLGTYgSRSTPtaGAATAVAARKIKAKaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekf  476
DSSP  LLLLLLlLLLLLlhHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeee


DSSP  ....................LLLEEEELlhhHHHHlllLLLLEEEEEEEEELL.LLLEEE
Query ....................GRPVHLRYnyqQQQQytgKRSPWEMNVKFAAKK.DGTLLA  169
ident                     |      |                           |    
Sbjct ktmkelawasynspppnlepGLEAVNYY...DPPN..mTYPFGAYFCIMDIDVdTGVAKT  531
DSSP  eehhhhhhhhhhllllllllLLEEEEEE...LLLL..lLLLEEEEEEEEEEELlLLLEEE


DSSP  EEEEEEEELLLLLL..LHHHHHH.HHHHHL.LLLL.......................ll
Query MESDWLVDHGPYSE..FGDLLTL.RGAQFI.GAGY.......................ni  202
ident      | | |                      |                           
Sbjct RRFYALDDCGTRINpmIIEGQVHgGLTEAFaVAMGqeirydeqgnvlgasfmdfflptav  591
DSSP  EEEEEEEELLLLLLhhHHHHHHHhHHHHHHhHHHLllleellllleelllllllllllll


DSSP  LEEEEEEEEElLLLL......LLLLLlLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLHH...hhH
Query PNIRGLGRTVaTNHV......WGSAFrGYGAPQSMFASECLMDMLAEKLGMDPL...elR  253
ident                                                 |           
Sbjct ETPKWETDYT.VTPSphhpigAKGVG.ESPHVGGVPCFSNAVNDAYAFLNAGHIqmphdA  649
DSSP  LLLLLEEEEL.LLLLllllllLLLLL.LHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLlllllH


DSSP  HHHllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeee
Query YKNayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestathkkgvgisigvyg  313
ident                                                             
Sbjct WRL.........................................................  652
DSSP  HHH.........................................................


DSSP  llllllleeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeell
Query sgldgpdaseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftw  373
ident                                                             
Sbjct ............................................................  652
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleeee
Query pntattpnsgpsggsrqqvmtgnairvacenllkacekpgggyytydelkaadkptkitg  433
ident                                                             
Sbjct ............................................................  652
DSSP  ............................................................


DSSP  eeellllllllllllllllllleeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhh
Query nwtasgathcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcnqla  493
ident                                                             
Sbjct ............................................................  652
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllllhhhlllleeeeellllllllhhh
Query tdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdgpfg  553
ident                                                             
Sbjct ............................................................  652
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhl
Query asgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                                             
Sbjct .................................wkvgeqlglhv  663
DSSP  .................................hhhhhhlllll


No 8: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=4.4

DSSP  llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllll
Query msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiep   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllhhhllllh
Query dvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggtfgykfsptse  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelll
Query alvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdwlvdhgp  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query ysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdm  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhlllhhhhhhhhlllllllllllllLLLL...........................
Query laeklgmdplelryknayrpgdtnptgqePEVF...........................  273
ident                                 |                           
Sbjct .............................VDPFkamepdapllredikdkmtgahgarkh   31
DSSP  .............................LLHHhllllllllllhhhlllleelleelll


DSSP  ...lhhhhhhhhhhhhHHHHHHHhhhlllleeeEEEEEEEEEELLLLllleeeeeeeell
Query ...slpdmidqlrpkyQAALEKAqkestathkkGVGISIGVYGSGLDgpdaseawaelna  330
ident                                   |      |                  
Sbjct hnhifrweigdkegtdATFAKAE..........VVSKDMFTYHRVHP.............   68
DSSP  lleeeeeeeelhhhhhHHHHHLL..........EEEEEEEEELLLLL.............


DSSP  llleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellllllllllllllllllh
Query dgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrq  390
ident                                                             
Sbjct ............................................................   68
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleeeeeeelllllLLLL.....
Query qvmtgnairvacenllkacekpgggyytydelkaadkptkitgnwtasgatHCDA.....  445
ident                                                             
Sbjct ...................................................SPLEtcqcv   77
DSSP  ...................................................LLLLlleee


DSSP  ...........................................LLLL.............
Query ...........................................VTGL.............  449
ident                                              |              
Sbjct asmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapdIGGGfgnkvgaysgyvc  137
DSSP  eeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllLLLLllllllllhhhhh


DSSP  .......................llllllEEEEEEEEEEEEElllllEEEEEEEEEEELL
Query .......................gkpfvvYMYGVFMAEVTVDvatgqTTVDGMTLMADLG  486
ident                                        | |          |       
Sbjct avvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfarDYHMTTELAATKD.....GKILAMRCHVLAD  192
DSSP  hhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelLEEEEEEEEELLL.....LLEEEEEEEEEEE


DSSP  L.....LLLH..HHHHhHHHHHHHHhhhhhhllllllllllllllllllllhhHLLLLEE
Query S.....LCNQ..LATDgQIYGGLAQgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikQIPDKLD  539
ident                                                             
Sbjct HgafdaCADPskWPAG.FMNICTGS............................YDMPVAH  223
DSSP  LlllllLLLLllLLLL.LHHHLLLL............................LLLLLEE


DSSP  EEELLLLLLLLH....hhlllLLLHHHLLHHHHHHHHHHHHHlLLLLllLLLH.......
Query IVYVNHPRPDGP....fgasgVGELPLTSPHAAIINAIKSATgVRIYrlPAYP.......  588
ident                                 ||                          
Sbjct LAVDGVYTNKASggvayrcsfRVTEAVYAIERAIETLAQRLE.MDSA.dLRIKnfiqpeq  281
DSSP  EEEEEELLLLLLeelllllllLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL.LLHH.hHHHHhlllhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  588
ident                                                             
Sbjct fpymaplgweydsgnyplamkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisfft  341
DSSP  lleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  588
ident                                                             
Sbjct eivgagpskncdilgvsmfdsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgip  401
DSSP  llllllllllleelleelleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  588
ident                                                             
Sbjct addimieegntdtapyglgtygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdle  461
DSSP  hhheeeelllllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  588
ident                                                             
Sbjct wdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydppnmtypfgayfcimd  521
DSSP  ellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeelllllllleeeeeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  588
ident                                                             
Sbjct idvdtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgas  581
DSSP  eellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  588
ident                                                             
Sbjct fmdfflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavndayaflnag  641
DSSP  llllllllllllllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllll


DSSP  .............hhhhhhhhl
Query .............ekvlealka  597
ident                       
Sbjct hiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  lllllllhhhhhhhhhhlllll


No 9: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=4.2

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  ..........llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeee
Query ..........msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyv   50
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  llllllllllleeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllll
Query grqphmpiepdvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggt  110
ident                                                             
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnypla  300
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhh


DSSP  llhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeee
Query fgykfsptsealvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllam  170
ident                                                             
Sbjct mkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmf  360
DSSP  hhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleell


DSSP  eeeeeeelllllllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhh
Query esdwlvdhgpysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqs  230
ident                                                             
Sbjct dsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieegntdtapyglg  420
DSSP  eeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeellllllllllll


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhh
Query mfaseclmdmlaeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaal  290
ident                                                             
Sbjct tygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfktmk  480
DSSP  lllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeeehh


DSSP  hhhhhhlllleeeeeeeeeeeeellllLLLEEEEEEEELLL..........LLEEEELLL
Query ekaqkestathkkgvgisigvygsgldGPDASEAWAELNAD..........GTITVHTAW  340
ident                                         |                   
Sbjct elawasynspppnlepgleavnyydppNMTYPFGAYFCIMDidvdtgvaktRRFYALDDC  540
DSSP  hhhhhhhhlllllllllleeeeeelllLLLLLEEEEEEEEEeellllleeeEEEEEEEEL


DSSP  .lLLLL.LHHHHHHHHHHHHHHHHL.........................lLHHHEEELL
Query .eDHGQ.GADIGCVGTAHEALRPMG.........................vAPEKIKFTW  373
ident               |   ||                                  |     
Sbjct gtRINPmIIEGQVHGGLTEAFAVAMgqeirydeqgnvlgasfmdfflptavETPKWETDY  600
DSSP  llLLLHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHlllleellllleelllllllllllllLLLLLEEEE


DSSP  LllllllllLLLL.....LLLHhhhHHHHHHHHHHHHHHHHllllllLLLHhhHHHLLll
Query PntattpnsGPSG.....GSRQqvmTGNAIRVACENLLKACekpgggYYTYdeLKAADkp  428
ident                   |       |    |                            
Sbjct T........VTPSphhpiGAKG...VGESPHVGGVPCFSNA......VNDA..YAFLN..  639
DSSP  L........LLLLlllllLLLL...LLLHHHHHHHHHHHHH......HHHH..HHLLL..


DSSP  leeeeeeellllllllllllllllllleeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellll
Query tkitgnwtasgathcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgsl  488
ident                                                             
Sbjct ............................................................  639
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllllhhhlllleeeeellllll
Query cnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprp  548
ident                                                             
Sbjct ............................................................  639
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhl
Query dgpfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                                                  
Sbjct .........................aghiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  .........................lllllllllhhhhhhhhhhlllll


No 10: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.8

DSSP  llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllll
Query msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiep   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllhhhllllh
Query dvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggtfgykfsptse  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelll
Query alvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdwlvdhgp  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query ysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdm  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllll
Query laeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestat  300
ident                                                             
Sbjct ......vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakae   54
DSSP  ......llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhll


DSSP  eeeeeeeeeeeeellllLLLEEEEEEEELlllLEEEELLlllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query hkkgvgisigvygsgldGPDASEAWAELNadgTITVHTAwedhgqgadigcvgtahealr  360
ident                        |                                    
Sbjct vvskdmftyhrvhpsplETCQCVASMDKI...KGELTLW........gtfqaphvirtvv  103
DSSP  eeeeeeeeellllllllLLLEEEEEEELL...LLEEEEE........ellllhhhhhhhh


DSSP  hhlllhhheEELLLLLlllllllllLLLLHhHHHHHHHHHHHHHHhhhhlllllllllhh
Query pmgvapekiKFTWPNTattpnsgpsGGSRQqVMTGNAIRVACENLlkacekpgggyytyd  420
ident          |                          |                       
Sbjct slisglpehKIHVIAP.digggfgnKVGAY.SGYVCAVVASIVLG...............  146
DSSP  hhhhlllhhHEEEELL.llllllllLLLLL.HHHHHHHHHHHHHL...............


DSSP  hhhhllllleEEEEEELLLL........................................
Query elkaadkptkITGNWTASGA........................................  440
ident               |                                             
Sbjct ..........VPVKWVEDRMenlsttsfardyhmttelaatkdgkilamrchvladhgaf  196
DSSP  ..........LLEEEELLHHhhhhhlleelleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct dacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvayrcsfrvteavyaiera  256
DSSP  lllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleellllllllhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct ietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnyplamkkamdtvgyhqlrae  316
DSSP  hhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct qkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmfdsaeirihptgsviar  376
DSSP  hhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleelleeeeeeellllleeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct mgtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieegntdtapyglgtygsrstptagaatav  436
DSSP  ellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllllllllhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  440
ident                                                             
Sbjct aarkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlep  496
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhllllllll


DSSP  ..........llllllllllllllleeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllll
Query ..........thcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcn  490
ident                                                             
Sbjct gleavnyydppnmtypfgayfcimdidvdtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgg  556
DSSP  lleeeeeelllllllleeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllllhhhlllleeeeellllllll
Query qlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdg  550
ident                                                             
Sbjct lteafavamgqeirydeqgnvlgasfmdfflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvg  616
DSSP  hhhhhhhhhlllleellllleelllllllllllllllllleeeellllllllllllllll


DSSP  hhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhl
Query pfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                                                
Sbjct esphvggvpcfsnavndayaflnaghiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllhhhhhhhhhhlllll


No 11: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.6

DSSP  llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllll
Query msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiep   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllhhhllllh
Query dvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggtfgykfsptse  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelll
Query alvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdwlvdhgp  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query ysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdm  240
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhlllhhhhhhhhlllllllllllllllLLLHHH.......................
Query laeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepeVFSLPD.......................  277
ident                                |                            
Sbjct ...............................VDPFKAmepdapllredikdkmtgahgar   29
DSSP  ...............................LLHHHLlllllllllhhhlllleelleel


DSSP  ....hhhhhhhhhhhhhhhhHHHLlllEEEEEEEEEEEEE....................
Query ....midqlrpkyqaalekaQKEStatHKKGVGISIGVYG....................  313
ident                                                             
Sbjct khhnhifrweigdkegtdatFAKA...EVVSKDMFTYHRVhpspletcqcvasmdkikge   86
DSSP  lllleeeeeeeelhhhhhhhHHHL...LEEEEEEEEELLLlllllllleeeeeeelllle


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  313
ident                                                             
Sbjct ltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapdigggfgnkvgaysgyvcavvasivlg  146
DSSP  eeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  .................Llllllleeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhhhhh
Query .................Sgldgpdaseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvgtah  356
ident                                                             
Sbjct vpvkwvedrmenlsttsF..........................................  164
DSSP  lleeeellhhhhhhhllE..........................................


DSSP  hhhhhhlllhhheeellllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllll
Query ealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnairvacenllkacekpgggy  416
ident                                                             
Sbjct ............................................................  164
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhhhhllllleeeeeeellllllllllllllllllleEEEEEEEEEEEELlLLLEEE
Query ytydelkaadkptkitgnwtasgathcdavtglgkpfvvyMYGVFMAEVTVDVaTGQTTV  476
ident                                                |       |    
Sbjct .......................................aRDYHMTTELAATK.DGKILA  184
DSSP  .......................................eLLEEEEEEEEELL.LLLEEE


DSSP  EEEEEEEEL.LLLL.LHHHhhHHHHHhHHHHHhHHHLlllllllllllllllllllhHHL
Query DGMTLMADL.GSLC.NQLAtdGQIYGgLAQGIgLALSedfedikkhatlvgagfpfiKQI  534
ident       ||                                                    
Sbjct MRCHVLADHgAFDAcADPS.kWPAGF.MNICT.GSYD...................mPVA  222
DSSP  EEEEEEEELlLLLLlLLLL.lLLLLL.HHHLL.LLLL...................lLLE


DSSP  LllEEEEELLLLLlllhhhLLLLLL....hHHLLHHHHHHHHHHHHHLL...........
Query PdkLDIVYVNHPRpdgpfgASGVGE....lPLTSPHAAIINAIKSATGV...........  579
ident    |    |          |||          |    ||  ||                 
Sbjct H..LAVDGVYTNK......ASGGVAyrcsfRVTEAVYAIERAIETLAQRlemdsadlrik  274
DSSP  E..EEEEEELLLL......LLEELLlllllLHHHHHHHHHHHHHHHHHHhlllhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  579
ident                                                             
Sbjct nfiqpeqfpymaplgweydsgnyplamkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimg  334
DSSP  hlllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeee


DSSP  llLLLL......................................................
Query riYRLP......................................................  585
ident                                                             
Sbjct igISFFteivgagpskncdilgvsmfdsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqii  394
DSSP  eeEEEEellllllllllleelleelleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  585
ident                                                             
Sbjct atelgipaddimieegntdtapyglgtygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmle  454
DSSP  hhhhlllhhheeeelllllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  585
ident                                                             
Sbjct vhegdlewdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydppnmtypfg  514
DSSP  llhhheeellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeellllllllee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  585
ident                                                             
Sbjct ayfcimdidvdtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeq  574
DSSP  eeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  585
ident                                                             
Sbjct gnvlgasfmdfflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavnda  634
DSSP  lleelllllllllllllllllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  .................llhhhhhhhhhl
Query .................aypekvlealka  597
ident                              
Sbjct yaflnaghiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  hhllllllllllllhhhhhhhhhhlllll


No 12: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.6

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  ...............................llhhhhhLLLLL.................
Query ...............................msgpaaaAEDAI.................   12
ident                                        |                    
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqPEQFPymaplgweydsgnypla  300
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllHHHLLeellllleellllhhhh


DSSP  ....lllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlLEEEEEEE......eelllllLLLLLLE
Query ....eihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasaDVTVEGDF......yvgrqphMPIEPDV   62
ident                                        |                    
Sbjct mkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreiMGIGISFFteivgagpskncdILGVSMF  360
DSSP  hhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeEEEEEEEEellllllllllleELLEELL


DSSP  EEEEELLL...lLEEEEELLLLhHHHHHHHHHHHL.....lLHHHEEEEELLllllllHH
Query AFAYMGDD...gKCYIHSKSIGvHLHLYMIAPGVG.....lEPDQLVLVANPmggtfgYK  114
ident   |                      |    |            |      |         
Sbjct DSAEIRIHptgsVIARMGTKSQgQGHETTYAQIIAtelgipADDIMIEEGNTdtapygLG  420
DSSP  EEEEEEELllllEEEEELLLLLlLLHHHHHHHHHHhhhlllHHHEEEELLLLllllllLL


DSSP  HL....llLHHHHHHHHHHHL.......................................
Query FS....ptSEALVAVAAMATG.......................................  131
ident                 |                                           
Sbjct TYgsrstpTAGAATAVAARKIkakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfktmk  480
DSSP  LLllllllLHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeeehh


DSSP  ...................LLEEEELlhhhhhhllllllleeeEEEEEELL.....lLLE
Query ...................RPVHLRYnyqqqqqytgkrspwemNVKFAAKK.....dGTL  167
ident                                                             
Sbjct elawasynspppnlepgleAVNYYDP.........pnmtypfgAYFCIMDIdvdtgvAKT  531
DSSP  hhhhhhhhlllllllllleEEEEELL.........lllllleeEEEEEEEEelllllEEE


DSSP  EEEEEEE...........................eeelllllllhhhhhhhhhhhlllll
Query LAMESDW...........................lvdhgpysefgdlltlrgaqfigagy  200
ident                                                             
Sbjct RRFYALDdcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgasfmdfflptav  591
DSSP  EEEEEEEellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleelllllllllllll


DSSP  lllEEEEEEEEEllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhllll
Query nipNIRGLGRTVatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdmlaeklgmdplelryknayrp  260
ident                                                             
Sbjct etpKWETDYTVT................................................  603
DSSP  lllLLEEEELLL................................................


DSSP  llllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeeelllllll
Query gdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestathkkgvgisigvygsgldgpd  320
ident                                                             
Sbjct ............................................................  603
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeelllllllll
Query aseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftwpntattp  380
ident                                                             
Sbjct ........................................................psph  607
DSSP  ........................................................llll


DSSP  lllllllllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL..........llllllLHHHHHHLLllle
Query nsgpsggsrQQVMTGNAIRVACENLLKACEK..........pgggyyTYDELKAADkptk  430
ident               |                                    |        
Sbjct hpigakgvgESPHVGGVPCFSNAVNDAYAFLnaghiqmphdawrlwkVGEQLGLHV....  663
DSSP  lllllllllLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLllllllllllhhhhhhHHHHLLLLL....


DSSP  eeeeeellllllllllllllllllleeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllll
Query itgnwtasgathcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcn  490
ident                                                             
Sbjct ............................................................  663
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllllllllllhhhlllleeeeellllllll
Query qlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdg  550
ident                                                             
Sbjct ............................................................  663
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhl
Query pfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                                                
Sbjct ...............................................  663
DSSP  ...............................................


No 13: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.3

DSSP  .........................................llhhhhhllllllllllll
Query .........................................msgpaaaaedaieihpgtp   19
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  leeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeellllleeeeell
Query nvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiepdvafaymgddgkcyihsks   79
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  llhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeell
Query igvhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggtfgykfsptsealvavaamatgrpvhlryn  139
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  hhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelllllllhhhhhhhhhhhllll
Query yqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdwlvdhgpysefgdlltlrgaqfigag  199
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  lllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlll
Query ynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdmlaeklgmdplelryknayr  259
ident                                                             
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnypla  300
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhh


DSSP  lllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeeelllllL
Query pgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestathkkgvgisigvygsgldgP  319
ident                                                             
Sbjct mkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmF  360
DSSP  hhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleelL


DSSP  LEEEEEEEELllllEEEELL....llLLLL..LHHHHHHHHHHhhhhhhlllhhheEELL
Query DASEAWAELNadgtITVHTA....weDHGQ..GADIGCVGTAHealrpmgvapekiKFTW  373
ident |  |            |           |                               
Sbjct DSAEIRIHPT....GSVIARmgtksqGQGHetTYAQIIATELG.........ipadDIMI  407
DSSP  EEEEEEELLL....LLEEEEelllllLLLHhhHHHHHHHHHHL.........llhhHEEE


DSSP  LL....llllllllllLLLL..HHHHHHHHHHHH..........................
Query PN....tattpnsgpsGGSR..QQVMTGNAIRVA..........................  401
ident                   |       |  | |                            
Sbjct EEgntdtapyglgtygSRSTptAGAATAVAARKIkakaqmiaahmlevhegdlewdvdrf  467
DSSP  ELllllllllllllllLLLLllHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhlllhhheeelllee


DSSP  .hhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleEEEEEELLLLllllllllllllllleeeee
Query .cenllkacekpgggyytydelkaadkptkITGNWTASGAthcdavtglgkpfvvymygv  460
ident                                                             
Sbjct rvkglpekfktmkelawasynspppnlepgLEAVNYYDPP.nmtypfgayfcimdidvdt  526
DSSP  eelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllLEEEEEELLL.llllleeeeeeeeeeelll


DSSP  eeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllll
Query fmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkh  520
ident                                                             
Sbjct gvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgasfmdff  586
DSSP  lleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleellllllll


DSSP  llllllllllhhhlllleeeeellllllllhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhlll
Query atlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdgpfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvr  580
ident                                                             
Sbjct lptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavndayaflnaghiqmp  646
DSSP  lllllllllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllll


DSSP  lllllllhhhhhhhhhl
Query iyrlpaypekvlealka  597
ident                  
Sbjct hdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  llhhhhhhhhhhlllll


No 14: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.1

DSSP  ................llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleee
Query ................msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtv   44
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  eeeeeeLLLLLLLllLLEEEEEELlllLEEEEEL......llLHHHHHHHHHhhhlllhh
Query egdfyvGRQPHMPiePDVAFAYMGddgKCYIHSK......siGVHLHLYMIApgvglepd   98
ident          |       ||        |                                
Sbjct ftyhrvHPSPLET.cQCVASMDKI...KGELTLWgtfqaphvIRTVVSLISG......lp  110
DSSP  eeelllLLLLLLL.lEEEEEEELL...LLEEEEEellllhhhHHHHHHHHHL......ll


DSSP  heEEEELLLLL.....lLLHHHL..LLLHHHHHHHHhhhlllEEEELLHH..........
Query qlVLVANPMGG.....tFGYKFS..PTSEALVAVAAmatgrpVHLRYNYQ..........  141
ident                       |          |        |                 
Sbjct ehKIHVIAPDIgggfgnKVGAYSgyVCAVVASIVLG......VPVKWVEDrmenlsttsf  164
DSSP  hhHEEEELLLLllllllLLLLLHhhHHHHHHHHHHL......LLEEEELLhhhhhhhlle


DSSP  ...........................................hhhhllllllleeeeee
Query ...........................................qqqqytgkrspwemnvk  158
ident                                                             
Sbjct ardyhmttelaatkdgkilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahl  224
DSSP  elleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleee


DSSP  eeellllleeeeeeeeeeelllllllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllll
Query faakkdgtllamesdwlvdhgpysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvw  218
ident                                                             
Sbjct avdgvytnkasggvayrcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpy  284
DSSP  eeeeelllllleellllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlle


DSSP  llllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhh
Query gsafrgygapqsmfaseclmdmlaeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdm  278
ident                                                             
Sbjct maplgweydsgnyplamkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteiv  344
DSSP  ellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeelll


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeeellllllleeeeeeeellllleeeel
Query idqlrpkyqaalekaqkestathkkgvgisigvygsgldgpdaseawaelnadgtitvht  338
ident                                                             
Sbjct gagpskncdilgvsmfdsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgipadd  404
DSSP  lllllllleelleelleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhh


DSSP  llllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellllllllllllllllllhhhhhhhhh
Query awedhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnai  398
ident                                                             
Sbjct imieegntdtapyglgtygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdlewdv  464
DSSP  eeeelllllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeell


DSSP  hhhhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleeeeeeellllllllllllllllllleee
Query rvacenllkacekpgggyytydelkaadkptkitgnwtasgathcdavtglgkpfvvymy  458
ident                                                             
Sbjct drfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydppnmtypfgayfcimdidv  524
DSSP  leeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeelllllllleeeeeeeeeeel


DSSP  eeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllll
Query gvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedik  518
ident                                                             
Sbjct dtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgasfmd  584
DSSP  lllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleellllll


DSSP  llllllllllllhhhlllleeeeellllllllhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhl
Query khatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdgpfgasgvgelpltsphaaiinaiksatg  578
ident                                                             
Sbjct fflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavndayaflnaghiq  644
DSSP  lllllllllllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllll


DSSP  lllllllllhhhhhhhhhl
Query vriyrlpaypekvlealka  597
ident                    
Sbjct mphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  llllhhhhhhhhhhlllll


No 15: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=3.0

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  ........................................................llhh
Query ........................................................msgp    4
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  hhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeeLLLLLLLLL.....
Query aaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvGRQPHMPIE.....   59
ident                                                             
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaPLGWEYDSGnypla  300
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleelLLLLEELLLlhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   59
ident                                                             
Sbjct mkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmf  360
DSSP  hhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleell


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   59
ident                                                             
Sbjct dsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieegntdtapyglg  420
DSSP  eeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeellllllllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   59
ident                                                             
Sbjct tygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfktmk  480
DSSP  lllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeeehh


DSSP  ..............................LLEEEEEEL..........lllLEEEEEL.
Query ..............................PDVAFAYMG..........ddgKCYIHSK.   78
ident                                                       |     
Sbjct elawasynspppnlepgleavnyydppnmtYPFGAYFCImdidvdtgvaktrRFYALDDc  540
DSSP  hhhhhhhhlllllllllleeeeeellllllLLEEEEEEEeeeellllleeeeEEEEEEEl


DSSP  ......llLHHHHHHHHHHHHL............................llHHHEEEEE
Query ......siGVHLHLYMIAPGVG............................lePDQLVLVA  104
ident                                                             
Sbjct gtrinpmiIEGQVHGGLTEAFAvamgqeirydeqgnvlgasfmdfflptaveTPKWETDY  600
DSSP  lllllhhhHHHHHHHHHHHHHHhhhlllleellllleellllllllllllllLLLLEEEE


DSSP  LLLLL....lLLHHhLLLLHHHHHHHHHHHLlleeeellhhhhhhllllllleeeeeeee
Query NPMGG....tFGYKfSPTSEALVAVAAMATGrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfa  160
ident                   |     |                                   
Sbjct TVTPSphhpiGAKG.VGESPHVGGVPCFSNA.............................  630
DSSP  LLLLLlllllLLLL.LLLHHHHHHHHHHHHH.............................


DSSP  ellllleeeeeeeeeeelllllllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllll
Query akkdgtllamesdwlvdhgpysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgs  220
ident                                                             
Sbjct ............................................................  630
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhh
Query afrgygapqsmfaseclmdmlaeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmid  280
ident                                                             
Sbjct ............................................................  630
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeeellllllleeeeeeeellllleeeelll
Query qlrpkyqaalekaqkestathkkgvgisigvygsgldgpdaseawaelnadgtitvhtaw  340
ident                                                             
Sbjct ............................................................  630
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellllllllllllllllllhhhhhhhhhhh
Query edhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnairv  400
ident                                                             
Sbjct ............................................................  630
DSSP  ............................................................


DSSP  hhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleeeeeeellllllllllllllllllleeeee
Query acenllkacekpgggyytydelkaadkptkitgnwtasgathcdavtglgkpfvvymygv  460
ident                                                             
Sbjct ............................................................  630
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllll
Query fmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkh  520
ident                                                             
Sbjct ............................................................  630
DSSP  ............................................................


DSSP  llllllllllhhhlllleeeeellllllllhhhllllllhhhllhhhhhhhhhhhhhlll
Query atlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdgpfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvr  580
ident                                                             
Sbjct ............................................vndayaflnaghiqmp  646
DSSP  ............................................hhhhhhllllllllll


DSSP  lllllllhhhhhhhhhl
Query iyrlpaypekvlealka  597
ident                  
Sbjct hdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  llhhhhhhhhhhlllll


No 16: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.5

DSSP  llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllll
Query msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiep   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  leeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeellllllllhhhllllh
Query dvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgvglepdqlvlvanpmggtfgykfsptse  120
ident                                                             
Sbjct ....................................vdpfkamepdapllredikdkmtg   24
DSSP  ....................................llhhhllllllllllhhhllllee


DSSP  hhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeelll
Query alvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtllamesdwlvdhgp  180
ident                                                             
Sbjct ahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdmftyhrvhpspletcqcvasmdkik   84
DSSP  lleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeeelll


DSSP  llllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query ysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgygapqsmfaseclmdm  240
ident                                                             
Sbjct geltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapdigggfgnkvgaysgyvcavvasiv  144
DSSP  leeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllll
Query laeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestat  300
ident                                                             
Sbjct lgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdgkilamrchvladhgafdacadpsk  204
DSSP  hllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllllllll


DSSP  eeeeeeeeeeeeellllllleeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhh
Query hkkgvgisigvygsgldgpdaseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealr  360
ident                                                             
Sbjct wpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvayrcsfrvteavyaieraietlaqrl  264
DSSP  lllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleellllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhlllhhheeellllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllhh
Query pmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnairvacenllkacekpgggyytyd  420
ident                                                             
Sbjct emdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnyplamkkamdtvgyhqlraeqkakqeaf  324
DSSP  lllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhllllleeeeeeelllllllllllllllllllEEEEEEEEEEEeellllleeeEEEE
Query elkaadkptkitgnwtasgathcdavtglgkpfvvYMYGVFMAEVTvdvatgqttvDGMT  480
ident                                              |              
Sbjct krgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmFDSAEIRIHPT..........GSVI  374
DSSP  hllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleelLEEEEEEELLL..........LLEE


DSSP  EEEELllLLLHhHHHHHHHHHHHHHHHhhhllllllllllllllllllllhhhLLLLEEE
Query LMADLgsLCNQlATDGQIYGGLAQGIGlalsedfedikkhatlvgagfpfikqIPDKLDI  540
ident           |           |   |                            |   |
Sbjct ARMGT.kSQGQ.GHETTYAQIIATELG.........................iPADDIMI  407
DSSP  EEELL.lLLLL.LHHHHHHHHHHHHHL.........................lLHHHEEE


DSSP  EEL.........LLLLlllhhhLLLL...LLHHHLLHHHH....................
Query VYV.........NHPRpdgpfgASGV...GELPLTSPHAA....................  568
ident                              |                              
Sbjct EEGntdtapyglGTYG......SRSTptaGAATAVAARKIkakaqmiaahmlevhegdle  461
DSSP  ELLlllllllllLLLL......LLLLllhHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhlllhhhee


DSSP  ....................................H.......................
Query ....................................I.......................  569
ident                                                             
Sbjct wdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepgLeavnyydppnmtypfgayfcimd  521
DSSP  ellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllLeeeeeelllllllleeeeeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  569
ident                                                             
Sbjct idvdtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgas  581
DSSP  eellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleelll


DSSP  ......................................................hhhhhh
Query ......................................................inaiks  575
ident                                                             
Sbjct fmdfflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavndayaflnag  641
DSSP  llllllllllllllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllll


DSSP  hhllllllllllhhhhhhhhhl
Query atgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                       
Sbjct hiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  lllllllhhhhhhhhhhlllll


No 17: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.3

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhmttelaatkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeeeeeeeellll


DSSP  ............................llhhhhhllllllllllllleeeeeeeeelll
Query ............................msgpaaaaedaieihpgtpnvyfeqpivkged   32
ident                                                             
Sbjct kilamrchvladhgafdacadpskwpagfmnictgsydmpvahlavdgvytnkasggvay  240
DSSP  leeeeeeeeeeelllllllllllllllllhhhllllllllleeeeeeeelllllleelll


DSSP  hhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhh
Query tgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiepdvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapg   92
ident                                                             
Sbjct rcsfrvteavyaieraietlaqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweydsgnypla  300
DSSP  lllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleellllhhhh


DSSP  hlllhhheeeeellllllllhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhlllllll
Query vglepdqlvlvanpmggtfgykfsptsealvavaamatgrpvhlrynyqqqqqytgkrsp  152
ident                                                             
Sbjct mkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncdilgvsmf  360
DSSP  hhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllleelleell


DSSP  EEEEEEEEElllllEEEEEEEEeeelllllllhhhhhHHHHHHL.lLLLLL.lEEEEEE.
Query WEMNVKFAAkkdgtLLAMESDWlvdhgpysefgdlltLRGAQFI.gAGYNI.pNIRGLG.  209
ident                                         || |          |     
Sbjct DSAEIRIHP.....TGSVIARM.....gtksqgqgheTTYAQIIatELGIPadDIMIEEg  410
DSSP  EEEEEEELL.....LLLEEEEE.....llllllllhhHHHHHHHhhHHLLLhhHEEEELl


DSSP  eeellllllllllLLLL...HHHHHHHHHHHhhhhhhhhlllhhhhhhhhllllllllll
Query rtvatnhvwgsafRGYG...APQSMFASECLmdmlaeklgmdplelryknayrpgdtnpt  266
ident                           |                                 
Sbjct ntdtapyglgtygSRSTptaGAATAVAARKI.............................  441
DSSP  lllllllllllllLLLLllhHHHHHHHHHHH.............................


DSSP  llllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeeellllllleeeeee
Query gqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestathkkgvgisigvygsgldgpdaseawa  326
ident                                                             
Sbjct ............................................................  441
DSSP  ............................................................


DSSP  eellllleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeelllllllllllllll
Query elnadgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsg  386
ident                                                             
Sbjct .................................................kakaqmiaahm  452
DSSP  .................................................hhhhhhhhhhh


DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleeeeeeellllllllll
Query gsrqqvmtgnairvacenllkacekpgggyytydelkaadkptkitgnwtasgathcdav  446
ident                                                             
Sbjct levhegdlewdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydppnmtyp  512
DSSP  hlllhhheeellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeellllllll


DSSP  llllllllleeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhh
Query tglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiygglaqgi  506
ident                                                             
Sbjct fgayfcimdidvdtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeiryd  572
DSSP  eeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleel


DSSP  hhhhllllllllllllllllllllhhhlllleeeeellllllllhhhllllllhhhllhh
Query glalsedfedikkhatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdgpfgasgvgelpltsph  566
ident                                                             
Sbjct eqgnvlgasfmdfflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavn  632
DSSP  lllleelllllllllllllllllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  hhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhl
Query aaiinaiksatgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                                
Sbjct dayaflnaghiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  hhhhllllllllllllhhhhhhhhhhlllll


No 18: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.1

DSSP  .................llhhhhhllllllllllllLEEEEEeeeelllhhhhhhhllee
Query .................msgpaaaaedaieihpgtpNVYFEQpivkgedtgpifasadvt   43
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifRWEIGD........kegtdatfak   52
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeEEEEEL........hhhhhhhhhh


DSSP  eEEEEEELLLLL..........lllllleeeeeellllleeeeellllhhhhhhhhhhhh
Query vEGDFYVGRQPH..........mpiepdvafaymgddgkcyihsksigvhlhlymiapgv   93
ident  |         |                                                
Sbjct aEVVSKDMFTYHrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpeh  112
DSSP  lLEEEEEEEEELlllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhh


DSSP  lllhhheeeeellllllllhhhllllhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhlLLLLLLE
Query glepdqlvlvanpmggtfgykfsptsealvavaamatgrpvhlrynyqqqqqyTGKRSPW  153
ident                                                             
Sbjct kihviapdigggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfaRDYHMTT  172
DSSP  heeeelllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleeLLEEEEE


DSSP  EEEEEEEellllleeeEEEEEEEELLL..............LLLLHHHHhhhHHHHllll
Query EMNVKFAakkdgtllaMESDWLVDHGP..............YSEFGDLLtlrGAQFigag  199
ident |                                           |               
Sbjct ELAATKD........gKILAMRCHVLAdhgafdacadpskwPAGFMNIC...TGSY....  217
DSSP  EEEELLL........lLEEEEEEEEEEelllllllllllllLLLLHHHL...LLLL....


DSSP  lllleeeEEEEEELLLL..............lllllllLLLHHHHHHHHHHHHHhhhhhh
Query ynipnirGLGRTVATNH..............vwgsafrGYGAPQSMFASECLMDmlaekl  245
ident                                                    |        
Sbjct .....dmPVAHLAVDGVytnkasggvayrcsfrvteavYAIERAIETLAQRLEM......  266
DSSP  .....llLLEEEEEEEElllllleellllllllhhhhhHHHHHHHHHHHHHHLL......


DSSP  lllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeee
Query gmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyqaalekaqkestathkkgv  305
ident                                                             
Sbjct ............................................................  266
DSSP  ............................................................


DSSP  eeEEEE......................................................
Query giSIGV......................................................  311
ident                                                             
Sbjct dsADLRiknfiqpeqfpymaplgweydsgnyplamkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkr  326
DSSP  lhHHHHhhhlllhhhlleellllleellllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  ...................................................eelllllll
Query ...................................................ygsgldgpd  320
ident                                                             
Sbjct getreimgigisffteivgagpskncdilgvsmfdsaeirihptgsviarmgtksqgqgh  386
DSSP  lllleeeeeeeeeeellllllllllleelleelleeeeeeellllleeeeellllllllh


DSSP  eeeeeeeellllleeeelllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeelllllllll
Query aseawaelnadgtitvhtawedhgqgadigcvgtahealrpmgvapekikftwpntattp  380
ident                                                             
Sbjct ettyaqiiatelgipaddimieegntdtapyglgtygsrstptagaatavaarkikakaq  446
DSSP  hhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  lllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllhhhhhhllllleeeeeeellll
Query nsgpsggsrqqvmtgnairvacenllkacekpgggyytydelkaadkptkitgnwtasga  440
ident                                                             
Sbjct miaahmlevhegdlewdvdrfrvkglpekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydp  506
DSSP  hhhhhhhlllhhheeellleeeelleeeeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeell


DSSP  llllllllllllllleeeeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhh
Query thcdavtglgkpfvvymygvfmaevtvdvatgqttvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiyg  500
ident                                                             
Sbjct pnmtypfgayfcimdidvdtgvaktrrfyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamg  566
DSSP  lllllleeeeeeeeeeellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhl


DSSP  hhhhhhhhhhllllllllllllllllllllhhhlllleeeeellllllllhhhllllllh
Query glaqgiglalsedfedikkhatlvgagfpfikqipdkldivyvnhprpdgpfgasgvgel  560
ident                                                             
Sbjct qeirydeqgnvlgasfmdfflptavetpkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpc  626
DSSP  llleellllleelllllllllllllllllleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhh


DSSP  hhllhhhhhhhhhhhhhllllllllllhhhhhhhhhl
Query pltsphaaiinaiksatgvriyrlpaypekvlealka  597
ident                                      
Sbjct fsnavndayaflnaghiqmphdawrlwkvgeqlglhv  663
DSSP  hhhhhhhhhhllllllllllllhhhhhhhhhhlllll


No 19: Query=mol1A Sbjct=mol2B Z-score=2.0

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vdpfkamepdapllredikdkmtgahgarkhhnhifrweigdkegtdatfakaevvskdm   60
DSSP  llhhhllllllllllhhhlllleelleellllleeeeeeeelhhhhhhhhhhlleeeeee


DSSP  ...............................................llhhhhhllllll
Query ...............................................msgpaaaaedaie   13
ident                                                             
Sbjct ftyhrvhpspletcqcvasmdkikgeltlwgtfqaphvirtvvslisglpehkihviapd  120
DSSP  eeellllllllllleeeeeeelllleeeeeellllhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelll


DSSP  llllllleeeeeeeeelllhhhhhhhlleeeeeeeeellllllllllleEEEEELL....
Query ihpgtpnvyfeqpivkgedtgpifasadvtvegdfyvgrqphmpiepdvAFAYMGD....   69
ident                                                             
Sbjct igggfgnkvgaysgyvcavvasivlgvpvkwvedrmenlsttsfardyhMTTELAAtkdg  180
DSSP  llllllllllllhhhhhhhhhhhhhllleeeellhhhhhhhlleelleeEEEEEEEllll


DSSP  .LLLEEEEEL.............lllhhHHHHhhhhhHLLLhHHEEEEElLLLL...lLL
Query .DGKCYIHSK.............sigvhLHLYmiapgVGLEpDQLVLVAnPMGG...tFG  112
ident        |                                      |            |
Sbjct kILAMRCHVLadhgafdacadpskwpagFMNI...ctGSYDmPVAHLAV.DGVYtnkaSG  236
DSSP  lEEEEEEEEEeellllllllllllllllLHHH...llLLLLlLLEEEEE.EEELllllLE


DSSP  HH....hLLLL.HHHHHHHHHHHLlleeeellhhhhhhllllllleeeeeeeeellllle
Query YK....fSPTS.EALVAVAAMATGrpvhlrynyqqqqqytgkrspwemnvkfaakkdgtl  167
ident                    |  |                                     
Sbjct GVayrcsFRVTeAVYAIERAIETL....................................  260
DSSP  ELlllllLLHHhHHHHHHHHHHHH....................................


DSSP  eeeeeeeeeelllllllhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeeeellllllllllllllh
Query lamesdwlvdhgpysefgdlltlrgaqfigagynipnirglgrtvatnhvwgsafrgyga  227
ident                                                             
Sbjct ...........................aqrlemdsadlriknfiqpeqfpymaplgweyd  293
DSSP  ...........................hhhhlllhhhhhhhhlllhhhlleellllleel


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhllllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhh
Query pqsmfaseclmdmlaeklgmdplelryknayrpgdtnptgqepevfslpdmidqlrpkyq  287
ident                                                             
Sbjct sgnyplamkkamdtvgyhqlraeqkakqeafkrgetreimgigisffteivgagpskncd  353
DSSP  lllhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeeeeeeellllllllllle


DSSP  hhhhhhhhhlllleeeeeeeeeeeeellllllleeeeeeeellllleeeelllllllllh
Query aalekaqkestathkkgvgisigvygsgldgpdaseawaelnadgtitvhtawedhgqga  347
ident                                                             
Sbjct ilgvsmfdsaeirihptgsviarmgtksqgqghettyaqiiatelgipaddimieegntd  413
DSSP  elleelleeeeeeellllleeeeellllllllhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeelllll


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query digcvgtahealrpmgvapekikftwpntattpnsgpsggsrqqvmtgnairvacenllk  407
ident                                                             
Sbjct tapyglgtygsrstptagaatavaarkikakaqmiaahmlevhegdlewdvdrfrvkglp  473
DSSP  llllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeellleeeellee


DSSP  hhlllllllllhhhhhhllllleeeeeeellllllllllllllllllleeeeeeeeeeee
Query acekpgggyytydelkaadkptkitgnwtasgathcdavtglgkpfvvymygvfmaevtv  467
ident                                                             
Sbjct ekfktmkelawasynspppnlepgleavnyydppnmtypfgayfcimdidvdtgvaktrr  533
DSSP  eeeeehhhhhhhhhhlllllllllleeeeeelllllllleeeeeeeeeeellllleeeee


DSSP  ellllleeeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllllll
Query dvatgqttvdgmtlmadlgslcnqlatdgqiygglaqgiglalsedfedikkhatlvgag  527
ident                                                             
Sbjct fyalddcgtrinpmiiegqvhgglteafavamgqeirydeqgnvlgasfmdfflptavet  593
DSSP  eeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleellllleelllllllllllllll


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Query fpfikqipdkldivyvnhprpdgpfgasgvgelpltsphaaiinaiksatgvriyrlpay  587
ident                                                             
Sbjct pkwetdytvtpsphhpigakgvgesphvggvpcfsnavndayaflnaghiqmphdawrlw  653
DSSP  llleeeelllllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllllhhhhh


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Query pekvlealka  597
ident           
Sbjct kvgeqlglhv  663
DSSP  hhhhhlllll