No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=11.9

DSSP  lllllLEEEEEEEEL......LEELEEEEElLLLLllllhhhhhhhhhhhLHHHHHHHLl
Query mrstkVIHIVGCHAE......GEVGDVIVGgVAPPpgetvweqsrfiandETLRNFVLNk   54
ident          |   |       |    |       |                         
Sbjct .....MHNYVIIDAFasvpleGNPVAVFFDaDDLP..............pAQMQRIARE.   40
DSSP  .....LLLEEEEEELllllllLEEEEEELLhHHLL..............hHHHHHHHHH.


DSSP  llllLLLLEEEEELLLLlLLLEEEELLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHhlLLLLllleE
Query prggVFRHVNLLVPPKDpRAQMGFIIMEPADTPPMSGSNSICVSTVLLDsgIIAMqepvT  114
ident               |          |  |    |  |         |             
Sbjct ...mNLSESTFVLKPRN.GGDALIRIFTPVNELPFAGAPLLGTAIALGA..HTDN....H   90
DSSP  ...hLLLLEEEEELLLL.LLLEEEEEELLLLEELLLHHHHHHHHHHHHL..LLLL....L


DSSP  EEEEELLLLEEEEEEEELLLLEEEEEEELLLLEELLLLeeeellllleeeeeeeelllee
Query HMVLEAPGGIIEVEAECRNGKAERISVRNVPSFADRLDapldvtglgtimvdtayggdsf  174
ident    ||   | |  | |  ||     |          |                       
Sbjct RLYLETQMGTIAFELERQNGSVIAASMDQPIPTWTALG......................  128
DSSP  EEEEEELLEEEEEEEEEELLEEEEEEELLLLLLLLLLL......................


DSSP  eeeehhhlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllleeeeellleellleeeeleel
Query vivdaaqigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisfcqitepvtregdvltgvntv  234
ident                                                             
Sbjct ............................................................  128
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeellllleeeeeeeeeeelleeeeeeeeeeleeee
Query ptgtgcsarmavlhakgqmkagerfigksvtefhcrldkvlelggkpaispiisgrawvt  294
ident                                                             
Sbjct ............................................................  128
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeellllllllllll
Query gtsqlmldpsdpfphgy  311
ident                  
Sbjct .................  128
DSSP  .................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.9

DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll
Query mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel
Query rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleeeelllllEEEEEEEELL.......LE
Query pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldapldvtglgTIMVDTAYGG.......DS  173
ident                                                             
Sbjct .........................................MHNYVIIDAFasvplegNP   19
DSSP  .........................................LLLEEEEEELlllllllEE


DSSP  EEEEE.HHHLllHHHHHHHHHHHHHhhllllllllllllLLEEEEELLLEELlleeEELE
Query FVIVD.AAQIgePGQARELAEIGVKitkafrhperdwrhISFCQITEPVTREgdvlTGVN  232
ident       |     |                           |                   
Sbjct VAVFFdADDL..PPAQMQRIAREMN..............LSESTFVLKPRNG...gDALI   60
DSSP  EEEELlHHHL..LHHHHHHHHHHHL..............LLLEEEEELLLLL...lLEEE


DSSP  EL........LLHHHHHHHHHHHHHllLLLLlLEEEELLL.LLEEEEEeEEEEelleEEE
Query TV........PTGTGCSARMAVLHAkgQMKAgERFIGKSV.TEFHCRLdKVLElggkPAI  283
ident             |         | |        |             |           |
Sbjct RIftpvnelpFAGAPLLGTAIALGA..HTDN.HRLYLETQmGTIAFEL.ERQN...gSVI  113
DSSP  EEelllleelLLHHHHHHHHHHHHL..LLLL.LEEEEEELlEEEEEEE.EEEL...lEEE


DSSP  EEEEEELEEEEEEEEellllllllllll
Query SPIISGRAWVTGTSQlmldpsdpfphgy  311
ident                             
Sbjct AASMDQPIPTWTALG.............  128
DSSP  EEEELLLLLLLLLLL.............


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.3

DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll
Query mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel
Query rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleeeellllleeeeeeeellleeeeeehh
Query pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldapldvtglgtimvdtayggdsfvivdaa  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllleeeeeLLLEELL..........LEEEE
Query qigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisfcqitEPVTREG..........DVLTG  230
ident                                                         |   
Sbjct .....................................mHNYVIIDafasvplegnPVAVF   23
DSSP  .....................................lLLEEEEEelllllllleEEEEE


DSSP  L.EELLLHHHHHHHHHHHHhlllllllLEEEEL.......llllEEEEEeeeeeelleee
Query V.NTVPTGTGCSARMAVLHakgqmkagERFIGK.......svteFHCRLdkvlelggkpa  282
ident                                                             
Sbjct FdADDLPPAQMQRIAREMN.......lSESTFVlkprnggdaliRIFTP...........   65
DSSP  LlHHHLLHHHHHHHHHHHL.......lLLEEEEellllllleeeEEELL...........


DSSP  eeEEEEE....................................leeeeeeeeelllllll
Query isPIISG....................................rawvtgtsqlmldpsdp  306
ident                                                             
Sbjct ..VNELPfagapllgtaialgahtdnhrlyletqmgtiafelerqngsviaasmdqpipt  123
DSSP  ..LLEELllhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeeeelleeeeeeellllll


DSSP  lllll
Query fphgy  311
ident      
Sbjct wtalg  128
DSSP  lllll