No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=10.9

DSSP  llllllEEEEEEEEL......LEELEEEEElLLLLllllhhhhhhhhhhhLHHHHHHHLl
Query mrstkvIHIVGCHAE......GEVGDVIVGgVAPPpgetvweqsrfiandETLRNFVLNk   54
ident              |       |    |                       |         
Sbjct ......PQVYHVDAFtsqpfrGNSAGVVFPaDNLS...............EAQMQLIAR.   38
DSSP  ......LEEEEEEELllllllLEEEEEEELlLLLL...............HHHHHHHHH.


DSSP  llLLLLLLEEEEELLLLllLLEEEELLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHllLLLLllEE
Query prGGVFRHVNLLVPPKDprAQMGFIIMEPADTPPMSGSNSICVSTVLLDSgiIAMQepVT  114
ident            |    |           |    |  |        |              
Sbjct ..ELGHSETAFLLHSDD..SDVRIRYFTPTVEVPICGHATVAAHYVRAKV..LGLG..NC   90
DSSP  ..HHLLLLEEEEELLLL..LLEEEEEELLLLEELLLHHHHHHHHHHHHHH..HLLL..LE


DSSP  EEEEELLLLEEEEEEEELLLLEeEEEEELlLLEELLLLEeeellllleeeeeeeelllee
Query HMVLEAPGGIIEVEAECRNGKAeRISVRNvPSFADRLDApldvtglgtimvdtayggdsf  174
ident         |   |  |  |    |||                                  
Sbjct TIWQTSLAGKHRVTIEKHNDDY.RISLEQ.GTPGFEPPL.....................  127
DSSP  EEEEEELLEEEEEEEEEELLEE.EEEELL.LLLLLLLLL.....................


DSSP  eeeehhhlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllleeeeellleellleeeeleel
Query vivdaaqigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisfcqitepvtregdvltgvntv  234
ident                                                             
Sbjct ............................................................  127
DSSP  ............................................................


DSSP  llhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeellllleeeeeeeeeeelleeeeeeeeeeleeee
Query ptgtgcsarmavlhakgqmkagerfigksvtefhcrldkvlelggkpaispiisgrawvt  294
ident                                                             
Sbjct ............................................................  127
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeellllllllllll
Query gtsqlmldpsdpfphgy  311
ident                  
Sbjct .................  127
DSSP  .................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=7.8

DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll
Query mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel
Query rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleeeellllleEEEEEEELL.......LE
Query pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldapldvtglgtIMVDTAYGG.......DS  173
ident                                             |              |
Sbjct ..........................................PQVYHVDAFtsqpfrgNS   18
DSSP  ..........................................LEEEEEEELlllllllEE


DSSP  EEEEE.HHHLllHHHHHHHHHHHHHhhllllllllllllLLEEEEELLLEellleeEELE
Query FVIVD.AAQIgePGQARELAEIGVKitkafrhperdwrhISFCQITEPVTregdvlTGVN  232
ident    |  |           |                     |                   
Sbjct AGVVFpADNL..SEAQMQLIARELG..............HSETAFLLHSD....dsDVRI   58
DSSP  EEEEElLLLL..LHHHHHHHHHHHL..............LLLEEEEELLL....llLEEE


DSSP  EL........LLHHHHHHHHHHHHHLLLlLLLLEEEEL.LLLLEEEEEeEEEEelleEEE
Query TV........PTGTGCSARMAVLHAKGQmKAGERFIGK.SVTEFHCRLdKVLElggkPAI  283
ident             |    |   |                                      
Sbjct RYftptvevpICGHATVAAHYVRAKVLG.LGNCTIWQTsLAGKHRVTI.EKHN....DDY  112
DSSP  EEelllleelLLHHHHHHHHHHHHHHHL.LLLEEEEEEeLLEEEEEEE.EEEL....LEE


DSSP  EEEEEELEEEEEEEEellllllllllll
Query SPIISGRAWVTGTSQlmldpsdpfphgy  311
ident                             
Sbjct RISLEQGTPGFEPPL.............  127
DSSP  EEEELLLLLLLLLLL.............


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.0

DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll
Query mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel
Query rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleeeellllleeeeeeeellleeeeeehh
Query pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldapldvtglgtimvdtayggdsfvivdaa  180
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  hlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllleeeeeLLLEELL..........LEEEE
Query qigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisfcqitEPVTREG..........DVLTG  230
ident                                         |                   
Sbjct ......................................PQVYHVDaftsqpfrgnSAGVV   22
DSSP  ......................................LEEEEEEelllllllleEEEEE


DSSP  L.EELLLHHHHHHHHHHHHhlllllllLEEEELLL......LLEEEEEeeeeeelleeee
Query V.NTVPTGTGCSARMAVLHakgqmkagERFIGKSV......TEFHCRLdkvlelggkpai  283
ident                  |                                          
Sbjct FpADNLSEAQMQLIARELG.......hSETAFLLHsddsdvRIRYFTP............   63
DSSP  ElLLLLLHHHHHHHHHHHL.......lLLEEEEELllllleEEEEELL............


DSSP  eEEEE.....................................eleeeeeeeeelllllll
Query sPIIS.....................................grawvtgtsqlmldpsdp  306
ident                                                             
Sbjct .TVEVpicghatvaahyvrakvlglgnctiwqtslagkhrvtiekhnddyrisleqgtpg  122
DSSP  .LLEElllhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeelleeeeeeeeeelleeeeeellllll


DSSP  lllll
Query fphgy  311
ident      
Sbjct feppl  127
DSSP  lllll