No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=9.0

DSSP  lllLLLE..................EEEEEEELlEELEEEEelllllllLLHHHhhHHHH
Query mrsTKVI..................HIVGCHAEgEVGDVIVggvapppgETVWEqsRFIA   42
ident                           |            |                    
Sbjct ..eGETRaaiinalhlteddilpglPIQVATTG.HSKVMIP....lkpeVDIDA..LSPD   51
DSSP  ..lHHHHhhhhhhllllhhhlllllLLEEELLL.LLEEEEE....llllLLHHH..LLLL


DSSP  hhLHHHHHHHlLLLLlllLLEEEEELLllLLLLEEEELLLL...LLLLLLLHHHHHHHHH
Query ndETLRNFVLnKPRGgvfRHVNLLVPPkdPRAQMGFIIMEP...ADTPPMSGSNSICVST   99
ident            |  |                         |       |  |        
Sbjct ..LNALTAIS.KKIG..cNGFFPFQIR.pGKNETDGRMFSPaigIVEDPVTGNANGPMGA  105
DSSP  ..HHHHHHHH.HHHL..lLLEEEEEEL.lLLLEEEELEEEHhhlEEEELLLHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHLLLLLLLLEEEEEEELL.....LLEEEEEEEELLLLEEEEEEELlLLEELLLlEE
Query VLLDSGIIAMQEPVTHMVLEAP.....GGIIEVEAECRNGKAERISVRNvPSFADRLdAP  154
ident  |           |              | |||    |    |               | 
Sbjct WLVHHNVLPHDGNVLRVKGHQGralgrDGMIEVTVTIRDNQPEKVTISG.TAVILFH.AE  163
DSSP  HHHHLLLLLLLLLEEEEEEEELhhhllLEEEEEEEEEELLEEEEEEEEL.LLLLLLL.LL


DSSP  EELLLlleeeeeeeellleeeeeehhhlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllle
Query LDVTGlgtimvdtayggdsfvivdaaqigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisf  214
ident                                                             
Sbjct WAIEL.......................................................  168
DSSP  LLLLL.......................................................


DSSP  eeeellleellleeeeleelllhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeellllleeeeeeee
Query cqitepvtregdvltgvntvptgtgcsarmavlhakgqmkagerfigksvtefhcrldkv  274
ident                                                             
Sbjct ............................................................  168
DSSP  ............................................................


DSSP  eeelleeeeeeeeeeleeeeeeeeellllllllllll
Query lelggkpaispiisgrawvtgtsqlmldpsdpfphgy  311
ident                                      
Sbjct .....................................  168
DSSP  .....................................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=7.2

DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll
Query mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel
Query rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleEEEL....lLLLE......eeEEEEEL
Query pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldaPLDV....tGLGT......imVDTAYG  170
ident                                            |             |  
Sbjct ..............................egeTRAAiinalHLTEddilpglpIQVATT   30
DSSP  ..............................lhhHHHHhhhhlLLLHhhllllllLEEELL


DSSP  LLEEEEEEHH...hllLHHHHhHHHHHHHHHHLllllllllllLLLEEEEELlLEELllE
Query GDSFVIVDAA...qigEPGQArELAEIGVKITKafrhperdwrHISFCQITEpVTREgdV  227
ident | | |                   |                                   
Sbjct GHSKVMIPLKpevdidALSPD.LNALTAISKKI..........GCNGFFPFQ.IRPG..K   76
DSSP  LLLEEEEELLllllhhHLLLL.HHHHHHHHHHH..........LLLLEEEEE.ELLL..L


DSSP  EEELEEL...........LLHHHHHHHHHHHHHLLLLLL...LLEEEELLL......LLE
Query LTGVNTV...........PTGTGCSARMAVLHAKGQMKA...GERFIGKSV......TEF  267
ident                    ||       | |             |  |            
Sbjct NETDGRMfspaigivedpVTGNANGPMGAWLVHHNVLPHdgnVLRVKGHQGralgrdGMI  136
DSSP  LEEEELEeehhhleeeelLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLLlllEEEEEEEELhhhlllEEE


DSSP  EEEEeEEEEelleEEEEEEEEELEEEEEEEEELLLLllllllll
Query HCRLdKVLElggkPAISPIISGRAWVTGTSQLMLDPsdpfphgy  311
ident                    ||| |                    
Sbjct EVTV.TIRD...nQPEKVTISGTAVILFHAEWAIEL........  168
DSSP  EEEE.EEEL...lEEEEEEEELLLLLLLLLLLLLLL........