No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=16.2

DSSP  llllLLEEEEEEEEL......LEELEEEEelLLLLllllhhhhhhhhhhHLHHHHHHHLl
Query mrstKVIHIVGCHAE......GEVGDVIVggVAPPpgetvweqsrfianDETLRNFVLNk   54
ident              |       |    | |                     |         
Sbjct ....MSYPYYIVDAFaeevfkGNPAAVYV..LEKW.............lPEAVMQNIAI.   40
DSSP  ....LEEEEEEEEELllllllLEEEEEEE..LLLL.............lLHHHHHHHHH.


DSSP  lLLLLlLLEEEEELLLlllLLEEEELLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLLLLllleE
Query pRGGVfRHVNLLVPPKdprAQMGFIIMEPADTPPMSGSNSICVSTVLLDSGIIAMqepvT  114
ident             |               |       |        ||      |      
Sbjct .ENNL.SETAFTVKEG...QSYALRWFTPEREIDLCGHATLATAFVLFNYYSVAE....E   91
DSSP  .HHLL.LLEEEEEEEL...LEEEEEEELLLLEELLLHHHHHHHHHHHHHHLLLLL....L


DSSP  EEEEELLLLEEEEEEEElllleEEEEEELlLLEELLLLEEEEL....lllleeEEEEEel
Query HMVLEAPGGIIEVEAECrngkaERISVRNvPSFADRLDAPLDV....tglgtiMVDTAyg  170
ident         |   |         |       |         |                   
Sbjct TLHFTSQSGPLAVTKKE.....EYYYLDF.PYILPERIPILPEyeaalgtkiyEAYLG..  143
DSSP  EEEEEELLEEEEEEEEL.....LEEEEEE.ELLLLEELLLLHHhhhhhlllllEEEEL..


DSSP  llEEEEEEHH.....hlLLHHH.HHHHhhHHHHhhlllllllllllllLEEEEELLLEEl
Query gdSFVIVDAA.....qiGEPGQ.ARELaeIGVKitkafrhperdwrhiSFCQITEPVTRe  224
ident                    |   |                             |      
Sbjct ..RDLFFVLKdeetvakITPDFsALKA..LDLG...............VGVIVTASGDS.  183
DSSP  ..LLEEEELLlhhhhhhLLLLHhHHHH..LLLL...............LLEEEEEELLL.


DSSP  lleEEELEEL...........LLHHHHHHHHHHHHHlLLLLllLEEEELL....LLLEEE
Query gdvLTGVNTV...........PTGTGCSARMAVLHAkGQMKagERFIGKS....VTEFHC  269
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Sbjct ...VDFVSRTffpklrinedpVCGSAHANLIPYWGK.RLNQ..TTLSAYQvsprGGFLTC  237
DSSP  ...LLEEEEEeehhhleeeelLLLLLHHHHHHHHHH.HHLL..LEEEEEEllllLLEEEE


DSSP  EEEEEeeelleeeeEEEEEELEEEEEEEEELLllllllllll
Query RLDKVlelggkpaiSPIISGRAWVTGTSQLMLdpsdpfphgy  311
ident                 || | |         |          
Sbjct EVKEN.........RVIIGGTAKLFAKGEAYL..........  260
DSSP  EEELL.........EEEEEELEEEEEEEEEEL..........


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=7.3

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct msypyyivdafaeevfkgnpaavyvlekwlpeavmqniaiennlsetaftvkegqsyalr   60
DSSP  leeeeeeeeelllllllleeeeeeellllllhhhhhhhhhhhlllleeeeeeelleeeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct wftpereidlcghatlatafvlfnyysvaeetlhftsqsgplavtkkeeyyyldfpyilp  120
DSSP  eelllleelllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeelleeeeeeellll


DSSP  ...........llllllEEEEEEeelleELEEEEE..llLLLLlllhhhhhhhhhhHLHH
Query ...........mrstkvIHIVGChaegeVGDVIVG..gvAPPPgetvweqsrfianDETL   47
ident                                  |                          
Sbjct eripilpeyeaalgtkiYEAYLG.....RDLFFVLkdeeTVAK............iTPDF  163
DSSP  eellllhhhhhhhllllLEEEEL.....LLEEEELllhhHHHH............lLLLH


DSSP  hHHHHLlllLLLLLLEEEEELLLLllLLEEEELLLL...LLLLLLLHHHHHHHHHHHHhh
Query rNFVLNkprGGVFRHVNLLVPPKDprAQMGFIIMEP...ADTPPMSGSNSICVSTVLLds  104
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Sbjct .SALKA...LDLGVGVIVTASGDS..VDFVSRTFFPklrINEDPVCGSAHANLIPYWG..  215
DSSP  .HHHHH...LLLLLLEEEEEELLL..LLEEEEEEEHhhlEEEELLLLLLHHHHHHHHH..


DSSP  LLLLLllleEEEEEELL...LLEEEEEEEElllleEEEEeelllleelllleeeelllll
Query GIIAMqepvTHMVLEAP...GGIIEVEAECrngkaERISvrnvpsfadrldapldvtglg  161
ident          |          ||    |         |                       
Sbjct KRLNQ....TTLSAYQVsprGGFLTCEVKE.....NRVI.....................  245
DSSP  HHHLL....LEEEEEELlllLLEEEEEEEL.....LEEE.....................


DSSP  eeeeeeeellleeeeeehhhlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllleeeeelll
Query timvdtayggdsfvivdaaqigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisfcqitepv  221
ident                                                             
Sbjct ............................................................  245
DSSP  ............................................................


DSSP  eellleeeeleelllhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeellllleeeeeeeeeeellee
Query tregdvltgvntvptgtgcsarmavlhakgqmkagerfigksvtefhcrldkvlelggkp  281
ident                                                             
Sbjct ............................................................  245
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeeeeeleeeeeeeeellllllllllll
Query aispiisgrawvtgtsqlmldpsdpfphgy  311
ident                               
Sbjct ...............iggtaklfakgeayl  260
DSSP  ...............eeeleeeeeeeeeel


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.9

DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll
Query mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel
Query rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleeeellllLEEEEEEEELL.......LE
Query pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldapldvtglGTIMVDTAYGG.......DS  173
ident                                                             
Sbjct ........................................MSYPYYIVDAFaeevfkgNP   20
DSSP  ........................................LEEEEEEEEELlllllllEE


DSSP  EEEEEHHHLllHHHHHHHHHHHHHhhllllllllllllLLEEEEELLLEEllleeEELEE
Query FVIVDAAQIgePGQARELAEIGVKitkafrhperdwrhISFCQITEPVTRegdvlTGVNT  233
ident            |        |                  |    |               
Sbjct AAVYVLEKW.lPEAVMQNIAIENN..............LSETAFTVKEGQ.....SYALR   60
DSSP  EEEEELLLL.lLHHHHHHHHHHHL..............LLLEEEEEEELL.....EEEEE


DSSP  L........LLHHHHHHHHHHHHHLLLLLlLLEEEELL.LLLEEEEEEEEeeelleeeeE
Query V........PTGTGCSARMAVLHAKGQMKaGERFIGKS.VTEFHCRLDKVlelggkpaiS  284
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Sbjct WftpereidLCGHATLATAFVLFNYYSVA.EETLHFTSqSGPLAVTKKEE.........Y  110
DSSP  EelllleelLLHHHHHHHHHHHHHHLLLL.LLEEEEEElLEEEEEEEELL.........E


DSSP  EEEEELEEEEEEEEE...............................lllllllLLLLL..
Query PIISGRAWVTGTSQL...............................mldpsdpFPHGY..  311
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Sbjct YYLDFPYILPERIPIlpeyeaalgtkiyeaylgrdlffvlkdeetvakitpdfSALKAld  170
DSSP  EEEEEELLLLEELLLlhhhhhhhllllleeeellleeeelllhhhhhhllllhHHHHHll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  311
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Sbjct lgvgvivtasgdsvdfvsrtffpklrinedpvcgsahanlipywgkrlnqttlsayqvsp  230
DSSP  lllleeeeeellllleeeeeeehhhleeeellllllhhhhhhhhhhhhllleeeeeelll


DSSP  ..............................
Query ..............................  311
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Sbjct rggfltcevkenrviiggtaklfakgeayl  260
DSSP  llleeeeeeelleeeeeeleeeeeeeeeel