No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=16.2

DSSP  ....LEEEEEEEEELllllllLEEEEEEE..LLLL.............lLHHHHHHHHH.
Query ....MSYPYYIVDAFaeevfkGNPAAVYV..LEKW.............lPEAVMQNIAI.   40
ident              |       |    | |                     |         
Sbjct mrstKVIHIVGCHAE......GEVGDVIVggVAPPpgetvweqsrfianDETLRNFVLNk   54
DSSP  llllLLEEEEEEEEL......LEELEEEEelLLLLllllhhhhhhhhhhHLHHHHHHHLl


DSSP  .HHLL.LLEEEEEEEL...LEEEEEEELLLLEELLLHHHHHHHHHHHHHHLLLLL....L
Query .ENNL.SETAFTVKEG...QSYALRWFTPEREIDLCGHATLATAFVLFNYYSVAE....E   91
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Sbjct pRGGVfRHVNLLVPPKdprAQMGFIIMEPADTPPMSGSNSICVSTVLLDSGIIAMqepvT  114
DSSP  lLLLLlLLEEEEELLLlllLLEEEELLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLLLLllleE


DSSP  EEEEEELLEEEEEEEEL.....LEEEEEE.ELLLLEELLLLHHhhhhhlllllEEEEL..
Query TLHFTSQSGPLAVTKKE.....EYYYLDF.PYILPERIPILPEyeaalgtkiyEAYLG..  143
ident         |   |         |       |         |                   
Sbjct HMVLEAPGGIIEVEAECrngkaERISVRNvPSFADRLDAPLDV....tglgtiMVDTAyg  170
DSSP  EEEEELLLLEEEEEEEElllleEEEEEELlLLEELLLLEEEEL....lllleeEEEEEel


DSSP  ..LLEEEELLlhhhhhhLLLLHhHHHH..LLLL...............LLEEEEEELLL.
Query ..RDLFFVLKdeetvakITPDFsALKA..LDLG...............VGVIVTASGDS.  183
ident                    |   |                             |      
Sbjct gdSFVIVDAA.....qiGEPGQ.ARELaeIGVKitkafrhperdwrhiSFCQITEPVTRe  224
DSSP  llEEEEEEHH.....hlLLHHH.HHHHhhHHHHhhlllllllllllllLEEEEELLLEEl


DSSP  ...LLEEEEEeehhhleeeelLLLLLHHHHHHHHHH.HHLL..LEEEEEEllllLLEEEE
Query ...VDFVSRTffpklrinedpVCGSAHANLIPYWGK.RLNQ..TTLSAYQvsprGGFLTC  237
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Sbjct gdvLTGVNTV...........PTGTGCSARMAVLHAkGQMKagERFIGKS....VTEFHC  269
DSSP  lleEEELEEL...........LLHHHHHHHHHHHHHlLLLLllLEEEELL....LLLEEE


DSSP  EEELL.........EEEEEELEEEEEEEEEEL..........
Query EVKEN.........RVIIGGTAKLFAKGEAYL..........  260
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Sbjct RLDKVlelggkpaiSPIISGRAWVTGTSQLMLdpsdpfphgy  311
DSSP  EEEEEeeelleeeeEEEEEELEEEEEEEEELLllllllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=7.3

DSSP  leeeeeeeeelllllllleeeeeeellllllhhhhhhhhhhhlllleeeeeeelleeeee
Query msypyyivdafaeevfkgnpaavyvlekwlpeavmqniaiennlsetaftvkegqsyalr   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllleelllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeelleeeeeeellll
Query wftpereidlcghatlatafvlfnyysvaeetlhftsqsgplavtkkeeyyyldfpyilp  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eellllhhhhhhhllllLEEEEL.....LLEEEELllhhHHHH............lLLLH
Query eripilpeyeaalgtkiYEAYLG.....RDLFFVLkdeeTVAK............iTPDF  163
ident                                  |                          
Sbjct ...........mrstkvIHIVGChaegeVGDVIVG..gvAPPPgetvweqsrfianDETL   47
DSSP  ...........llllllEEEEEEeelleELEEEEE..llLLLLlllhhhhhhhhhhHLHH


DSSP  .HHHHH...LLLLLLEEEEEELLL..LLEEEEEEEHhhlEEEELLLLLLHHHHHHHHH..
Query .SALKA...LDLGVGVIVTASGDS..VDFVSRTFFPklrINEDPVCGSAHANLIPYWG..  215
ident                |                   |       |  ||            
Sbjct rNFVLNkprGGVFRHVNLLVPPKDprAQMGFIIMEP...ADTPPMSGSNSICVSTVLLds  104
DSSP  hHHHHLlllLLLLLLEEEEELLLLllLLEEEELLLL...LLLLLLLHHHHHHHHHHHHhh


DSSP  HHHLL....LEEEEEELlllLLEEEEEEEL.....LEEE.....................
Query KRLNQ....TTLSAYQVsprGGFLTCEVKE.....NRVI.....................  245
ident          |          ||    |         |                       
Sbjct GIIAMqepvTHMVLEAP...GGIIEVEAECrngkaERISvrnvpsfadrldapldvtglg  161
DSSP  LLLLLllleEEEEEELL...LLEEEEEEEElllleEEEEeelllleelllleeeelllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  245
ident                                                             
Sbjct timvdtayggdsfvivdaaqigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisfcqitepv  221
DSSP  eeeeeeeellleeeeeehhhlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllleeeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................  245
ident                                                             
Sbjct tregdvltgvntvptgtgcsarmavlhakgqmkagerfigksvtefhcrldkvlelggkp  281
DSSP  eellleeeeleelllhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeellllleeeeeeeeeeellee


DSSP  ...............eeeleeeeeeeeeel
Query ...............iggtaklfakgeayl  260
ident                               
Sbjct aispiisgrawvtgtsqlmldpsdpfphgy  311
DSSP  eeeeeeeeleeeeeeeeellllllllllll


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.9

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel


DSSP  ........................................LEEEEEEEEELlllllllEE
Query ........................................MSYPYYIVDAFaeevfkgNP   20
ident                                                             
Sbjct pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldapldvtglGTIMVDTAYGG.......DS  173
DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleeeellllLEEEEEEEELL.......LE


DSSP  EEEEELLLLLL.HHHHHHHHHHHL..............LLLEEEEEEELL.....EEEEE
Query AAVYVLEKWLP.EAVMQNIAIENN..............LSETAFTVKEGQ.....SYALR   60
ident                     |                  |    |               
Sbjct FVIVDAAQIGEpGQARELAEIGVKitkafrhperdwrhISFCQITEPVTRegdvlTGVNT  233
DSSP  EEEEEHHHLLLhHHHHHHHHHHHHhhllllllllllllLLEEEEELLLEEllleeEELEE


DSSP  EelllleelLLHHHHHHHHHHHHHHLLLL.LLEEEEEElLEEEEEEEELL.........E
Query WftpereidLCGHATLATAFVLFNYYSVA.EETLHFTSqSGPLAVTKKEE.........Y  110
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Sbjct V........PTGTGCSARMAVLHAKGQMKaGERFIGKS.VTEFHCRLDKVlelggkpaiS  284
DSSP  L........LLHHHHHHHHHHHHHLLLLLlLLEEEELL.LLLEEEEEEEEeeelleeeeE


DSSP  EEEEEELLLLEELLLLHH..hhHHHLLllleeeellleeeelllhhhhhhllllhhhhhh
Query YYLDFPYILPERIPILPE..yeAALGTkiyeaylgrdlffvlkdeetvakitpdfsalka  168
ident                          |                                  
Sbjct PIISGRAWVTGTSQLMLDpsdpFPHGY.................................  311
DSSP  EEEEELEEEEEEEEELLLllllLLLLL.................................


DSSP  lllllleeeeeellllleeeeeeehhhleeeellllllhhhhhhhhhhhhllleeeeeel
Query ldlgvgvivtasgdsvdfvsrtffpklrinedpvcgsahanlipywgkrlnqttlsayqv  228
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Sbjct ............................................................  311
DSSP  ............................................................


DSSP  llllleeeeeeelleeeeeeleeeeeeeeeel
Query sprggfltcevkenrviiggtaklfakgeayl  260
ident                                 
Sbjct ................................  311
DSSP  ................................