No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=7.5

DSSP  ........llllllEEEEEEEELLEELEEEEElLLLLllllhhhhhHHHHhhlhhhhhhh
Query ........mrstkvIHIVGCHAEGEVGDVIVGgVAPPpgetvweqsRFIAndetlrnfvl   52
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Sbjct rdaellkalgisdsTFPIEIYHNGPRHVFVGL.PSID.......alSALH.......pdh   45
DSSP  lhhhhhhhhlllllLLLLEEEELLLEEEEEEL.LLHH.......hhHHLL.......llh


DSSP  lllllllLLLEEEEELlllllLLEEEELLLL...LLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHLLLLL
Query nkprggvFRHVNLLVPpkdprAQMGFIIMEP...ADTPPMSGSNSICVSTVLLDSGIIAM  109
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Sbjct ralsnfhDMAINCFAG...agRRWRSRMFSPaygVVEDAATGSAAGPLAIHLARHGQIEF  102
DSSP  hhhllllLLEEEEEEE...elLEEEEEEELHhhlLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLL


DSSP  lllEEEEEEELL.....LLEEEEEEEELLLLEEEEEEElllleelllleeeellllleee
Query qepVTHMVLEAP.....GGIIEVEAECRNGKAERISVRnvpsfadrldapldvtglgtim  164
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Sbjct ...GQPVEILQGveigrPSLMFAKAEGRAEQLTRVEVS......................  137
DSSP  ...LLLEEEEELhhhllLEEEEEEEEEELLEEEEEEEE......................


DSSP  eeeeellleeeeeehhhlllhhhhhhhhhhhhhhhlllllllllllllleeeeellleel
Query vdtayggdsfvivdaaqigepgqarelaeigvkitkafrhperdwrhisfcqitepvtre  224
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Sbjct ............................................................  137
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeleelllhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeellllleeeeeeeeeeelleeeee
Query gdvltgvntvptgtgcsarmavlhakgqmkagerfigksvtefhcrldkvlelggkpais  284
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Sbjct ............................................................  137
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeeleeeeeeeeellllllllllll
Query piisgrawvtgtsqlmldpsdpfphgy  311
ident                            
Sbjct ..............gngvtfgrgtivl  150
DSSP  ..............lllllllllllll


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=6.8

DSSP  lllllleeeeeeeelleeleeeeelllllllllhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllllll
Query mrstkvihivgchaegevgdvivggvapppgetvweqsrfiandetlrnfvlnkprggvf   60
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  lleeeeelllllllleeeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhlllllllleeeeeeel
Query rhvnllvppkdpraqmgfiimepadtppmsgsnsicvstvlldsgiiamqepvthmvlea  120
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Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  llleeeeeeeelllleeeeeeelllleelllleEEEL...llLLEEE...EEEEElLLEE
Query pggiieveaecrngkaerisvrnvpsfadrldaPLDV...tgLGTIM...VDTAYgGDSF  174
ident                                                         |   
Sbjct .................................RDAEllkalGISDStfpIEIYHnGPRH   27
DSSP  .................................LHHHhhhhhLLLLLlllLEEEElLLEE


DSSP  EEEEHH...hllLHHHHhhhhHHHHHhhllllllllllllLLEEEEELLLEellleEEEL
Query VIVDAA...qigEPGQArelaEIGVKitkafrhperdwrhISFCQITEPVTregdvLTGV  231
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Sbjct VFVGLPsidalsALHPD.hraLSNFH..............DMAINCFAGAG.....RRWR   67
DSSP  EEEELLlhhhhhHLLLL.hhhHLLLL..............LLEEEEEEEEL.....LEEE


DSSP  EEL...........LLHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLEEEELL......LLLEEEEEEEE
Query NTV...........PTGTGCSARMAVLHAKGQMKAGERFIGKS......VTEFHCRLDKV  274
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Sbjct SRMfspaygvvedaATGSAAGPLAIHLARHGQIEFGQPVEILQgveigrPSLMFAKAEGR  127
DSSP  EEEelhhhllllllLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLEEEEElhhhllLEEEEEEEEEE


DSSP  EEElleeeeEEEEEeleeeeeeeeellllllllllll
Query LELggkpaiSPIISgrawvtgtsqlmldpsdpfphgy  311
ident  |           |                       
Sbjct AEQ....ltRVEVS..........gngvtfgrgtivl  150
DSSP  LLE....eeEEEEE..........lllllllllllll