No 1: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=16.2

DSSP  leEEEEEEEELLLLLLLLEEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHLLLLEEEEEEEL.LEEEE
Query msYPYYIVDAFAEEVFKGNPAAVYVLEKWLPEAVMQNIAIENNLSETAFTVKEG.QSYAL   59
ident      | ||||    | || | |      | || || || |   |||||           
Sbjct ..PQVYHVDAFTSQPFRGNSAGVVFPADNLSEAQMQLIARELGHSETAFLLHSDdSDVRI   58
DSSP  ..LEEEEEEELLLLLLLLEEEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHLLLLEEEEELLLlLLEEE


DSSP  EEELLLLEELLLHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLEEEEEELLEEEEEEEEL....LEEEEEE
Query RWFTPEREIDLCGHATLATAFVLFNYYSVAEETLHFTSQSGPLAVTKKE....EYYYLDF  115
ident | |||  |   ||||| |   |          |   ||  |   ||           |  
Sbjct RYFTPTVEVPICGHATVAAHYVRAKVLGLGNCTIWQTSLAGKHRVTIEKhnddYRISLEQ  118
DSSP  EEELLLLEELLLHHHHHHHHHHHHHHHLLLLEEEEEEELLEEEEEEEEEelleEEEEELL


DSSP  ELLLLEELLllhhhhhhhllllleeeellleeeelllhhhhhhllllhhhhhhlllllle
Query PYILPERIPilpeyeaalgtkiyeaylgrdlffvlkdeetvakitpdfsalkaldlgvgv  175
ident      |                                                      
Sbjct GTPGFEPPL...................................................  127
DSSP  LLLLLLLLL...................................................


DSSP  eeeeellllleeeeeeehhhleeeellllllhhhhhhhhhhhhllleeeeeellllllee
Query ivtasgdsvdfvsrtffpklrinedpvcgsahanlipywgkrlnqttlsayqvsprggfl  235
ident                                                             
Sbjct ............................................................  127
DSSP  ............................................................


DSSP  eeeeelleeeeeeleeeeeeeeeel
Query tcevkenrviiggtaklfakgeayl  260
ident                          
Sbjct .........................  127
DSSP  .........................


No 2: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=8.6

DSSP  leeeeeeeeelllllllleeeeeeellllllhhhhhhhhhhhlllleeeeeeelleeeee
Query msypyyivdafaeevfkgnpaavyvlekwlpeavmqniaiennlsetaftvkegqsyalr   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllleelllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeelleeeeeeellll
Query wftpereidlcghatlatafvlfnyysvaeetlhftsqsgplavtkkeeyyyldfpyilp  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eellllhhhhhhhllllLEEEEL...........LLEEEELLLhhhhhhLLLL.HHHHHH
Query eripilpeyeaalgtkiYEAYLG...........RDLFFVLKDeetvakITPD.FSALKA  168
ident                     |                     |                 
Sbjct .................PQVYHVdaftsqpfrgnSAGVVFPAD....nlSEAQmQLIARE   39
DSSP  .................LEEEEEeelllllllleEEEEEELLL....llLHHHhHHHHHH


DSSP  LlLLLLEEEEEELLLLLEEEEEEEHHhleEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHLL..LEEEEE
Query LdLGVGVIVTASGDSVDFVSRTFFPKlriNEDPVCGSAHANLIPYWGKRLNQ..TTLSAY  226
ident |            |  |   | | |     | | || |         | |     |    
Sbjct L.GHSETAFLLHSDDSDVRIRYFTPT...VEVPICGHATVAAHYVRAKVLGLgnCTIWQT   95
DSSP  H.LLLLEEEEELLLLLLEEEEEELLL...LEELLLHHHHHHHHHHHHHHHLLllEEEEEE


DSSP  ELlllLLEEEEEEEL....LEEEEEELEEEEEEEEeel
Query QVsprGGFLTCEVKE....NRVIIGGTAKLFAKGEayl  260
ident       |             |         |       
Sbjct SL...AGKHRVTIEKhnddYRISLEQGTPGFEPPL...  127
DSSP  EL...LEEEEEEEEEelleEEEEELLLLLLLLLLL...


No 3: Query=mol1A Sbjct=mol2A Z-score=2.9

DSSP  leeeeeeeeelllllllleeeeeeellllllhhhhhhhhhhhlllleeeeeeelleeeee
Query msypyyivdafaeevfkgnpaavyvlekwlpeavmqniaiennlsetaftvkegqsyalr   60
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eelllleelllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeeelleeeeeeeelleeeeeeellll
Query wftpereidlcghatlatafvlfnyysvaeetlhftsqsgplavtkkeeyyyldfpyilp  120
ident                                                             
Sbjct ............................................................    0
DSSP  ............................................................


DSSP  eellllhhhhhhhllllleeeellleeeelllhhhhhhllllhhhhhhlllllleEEEEe
Query eripilpeyeaalgtkiyeaylgrdlffvlkdeetvakitpdfsalkaldlgvgvIVTAs  180
ident                                                             
Sbjct ........pqvyhvdaftsqpfrgnsagvvfpadnlseaqmqliarelghsetafLLHS.   51
DSSP  ........leeeeeeelllllllleeeeeeellllllhhhhhhhhhhhlllleeeEELL.


DSSP  llllleEEEE...eehhhleeeellLLLLHHHHHHHHHhhhllLEEEEEELL.LLLLEEE
Query gdsvdfVSRT...ffpklrinedpvCGSAHANLIPYWGkrlnqTTLSAYQVS.PRGGFLT  236
ident         |                   ||       |           | |       |
Sbjct ...ddsDVRIryftptvevpicghaTVAAHYVRAKVLG....lGNCTIWQTSlAGKHRVT  104
DSSP  ...lllLEEEeeelllleelllhhhHHHHHHHHHHHHL....lLLEEEEEEElLEEEEEE


DSSP  EEEELLEEEEEELeeeeeeeeeel
Query CEVKENRVIIGGTaklfakgeayl  260
ident  |       |              
Sbjct IEKHNDDYRISLE.qgtpgfeppl  127
DSSP  EEEELLEEEEEEL.llllllllll