cmd.read_pdbstr("""\ HEADER VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM 28-SEP-22 8H08 \ TITLE SARS-COV-2 BA.1 VARIANTS S ECTODOMAIN TRIMER IN COMPLEX WITH \ TITLE 2 NEUTRALIZING ANTIBODY 10-5B AND 6-2C \ COMPND MOL_ID: 1; \ COMPND 2 MOLECULE: SPIKE GLYCOPROTEIN; \ COMPND 3 CHAIN: A, B, C; \ COMPND 4 SYNONYM: S GLYCOPROTEIN,E2,PEPLOMER PROTEIN; \ COMPND 5 ENGINEERED: YES; \ COMPND 6 MOL_ID: 2; \ COMPND 7 MOLECULE: 10-5B H CHAIN; \ COMPND 8 CHAIN: D, F, L; \ COMPND 9 ENGINEERED: YES; \ COMPND 10 MOL_ID: 3; \ COMPND 11 MOLECULE: 10-5B L CHAIN; \ COMPND 12 CHAIN: J, H, P; \ COMPND 13 ENGINEERED: YES; \ COMPND 14 MOL_ID: 4; \ COMPND 15 MOLECULE: 6-2C H CHAIN; \ COMPND 16 CHAIN: N, I, Q; \ COMPND 17 ENGINEERED: YES; \ COMPND 18 MOL_ID: 5; \ COMPND 19 MOLECULE: 6-2C L CHAIN; \ COMPND 20 CHAIN: O, K, R; \ COMPND 21 ENGINEERED: YES \ SOURCE MOL_ID: 1; \ SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS \ SOURCE 3 2; \ SOURCE 4 ORGANISM_TAXID: 2697049; \ SOURCE 5 GENE: S, 2; \ SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 9606; \ SOURCE 8 MOL_ID: 2; \ SOURCE 9 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 10 ORGANISM_TAXID: 9606; \ SOURCE 11 EXPRESSION_SYSTEM: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 12 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 9606; \ SOURCE 13 MOL_ID: 3; \ SOURCE 14 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 15 ORGANISM_TAXID: 9606; \ SOURCE 16 EXPRESSION_SYSTEM: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 17 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 9606; \ SOURCE 18 MOL_ID: 4; \ SOURCE 19 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 20 ORGANISM_TAXID: 9606; \ SOURCE 21 EXPRESSION_SYSTEM: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 22 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 9606; \ SOURCE 23 MOL_ID: 5; \ SOURCE 24 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 25 ORGANISM_TAXID: 9606; \ SOURCE 26 EXPRESSION_SYSTEM: HOMO SAPIENS; \ SOURCE 27 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 9606 \ KEYWDS SARS-COV-2 BA.1, ANTIBODY, VIRUS, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX \ EXPDTA ELECTRON MICROSCOPY \ AUTHOR X.WANG,Z.WANG \ REVDAT 2 16-OCT-24 8H08 1 REMARK \ REVDAT 1 31-MAY-23 8H08 0 \ JRNL AUTH Y.LIU,Z.WANG,X.ZHUANG,S.ZHANG,Z.CHEN,Y.ZOU,J.SHENG,T.LI, \ JRNL AUTH 2 W.TAI,J.YU,Y.WANG,Z.ZHANG,Y.CHEN,L.TONG,X.YU,L.WU,D.CHEN, \ JRNL AUTH 3 R.ZHANG,N.JIN,W.SHEN,J.ZHAO,M.TIAN,X.WANG,G.CHENG \ JRNL TITL INACTIVATED VACCINE-ELICITED POTENT ANTIBODIES CAN BROADLY \ JRNL TITL 2 NEUTRALIZE SARS-COV-2 CIRCULATING VARIANTS. \ JRNL REF NAT COMMUN V. 14 2179 2023 \ JRNL REFN ESSN 2041-1723 \ JRNL PMID 37069158 \ JRNL DOI 10.1038/S41467-023-37926-7 \ REMARK 2 \ REMARK 2 RESOLUTION. 3.20 ANGSTROMS. \ REMARK 3 \ REMARK 3 REFINEMENT. \ REMARK 3 SOFTWARE PACKAGES : NULL \ REMARK 3 RECONSTRUCTION SCHEMA : NULL \ REMARK 3 \ REMARK 3 EM MAP-MODEL FITTING AND REFINEMENT \ REMARK 3 PDB ENTRY : NULL \ REMARK 3 REFINEMENT SPACE : NULL \ REMARK 3 REFINEMENT PROTOCOL : NULL \ REMARK 3 REFINEMENT TARGET : NULL \ REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE : NULL \ REMARK 3 \ REMARK 3 FITTING PROCEDURE : NULL \ REMARK 3 \ REMARK 3 EM IMAGE RECONSTRUCTION STATISTICS \ REMARK 3 NOMINAL PIXEL SIZE (ANGSTROMS) : NULL \ REMARK 3 ACTUAL PIXEL SIZE (ANGSTROMS) : NULL \ REMARK 3 EFFECTIVE RESOLUTION (ANGSTROMS) : 3.200 \ REMARK 3 NUMBER OF PARTICLES : 372377 \ REMARK 3 CTF CORRECTION METHOD : NONE \ REMARK 3 \ REMARK 3 EM RECONSTRUCTION MAGNIFICATION CALIBRATION: NULL \ REMARK 3 \ REMARK 3 OTHER DETAILS: NULL \ REMARK 4 \ REMARK 4 8H08 COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 \ REMARK 100 \ REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBJ ON 03-OCT-22. \ REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1300032569. \ REMARK 245 \ REMARK 245 EXPERIMENTAL DETAILS \ REMARK 245 RECONSTRUCTION METHOD : SINGLE PARTICLE \ REMARK 245 SPECIMEN TYPE : NULL \ REMARK 245 \ REMARK 245 ELECTRON MICROSCOPE SAMPLE \ REMARK 245 SAMPLE TYPE : PARTICLE \ REMARK 245 PARTICLE TYPE : POINT \ REMARK 245 NAME OF SAMPLE : SARS-COV-2 BA.1 VARIANTS SPIKE; \ REMARK 245 SARS-COV-2 BA.1 VARIANTS SPIKE; \ REMARK 245 ANTIBODY \ REMARK 245 SAMPLE CONCENTRATION (MG ML-1) : NULL \ REMARK 245 SAMPLE SUPPORT DETAILS : NULL \ REMARK 245 SAMPLE VITRIFICATION DETAILS : NULL \ REMARK 245 SAMPLE BUFFER : NULL \ REMARK 245 PH : 8.00 \ REMARK 245 SAMPLE DETAILS : NULL \ REMARK 245 \ REMARK 245 DATA ACQUISITION \ REMARK 245 DATE OF EXPERIMENT : NULL \ REMARK 245 NUMBER OF MICROGRAPHS-IMAGES : NULL \ REMARK 245 TEMPERATURE (KELVIN) : NULL \ REMARK 245 MICROSCOPE MODEL : FEI TITAN KRIOS \ REMARK 245 DETECTOR TYPE : GATAN K3 (6K X 4K) \ REMARK 245 MINIMUM DEFOCUS (NM) : 1200.00 \ REMARK 245 MAXIMUM DEFOCUS (NM) : 1500.00 \ REMARK 245 MINIMUM TILT ANGLE (DEGREES) : NULL \ REMARK 245 MAXIMUM TILT ANGLE (DEGREES) : NULL \ REMARK 245 NOMINAL CS : NULL \ REMARK 245 IMAGING MODE : BRIGHT FIELD \ REMARK 245 ELECTRON DOSE (ELECTRONS NM**-2) : 5000.00 \ REMARK 245 ILLUMINATION MODE : FLOOD BEAM \ REMARK 245 NOMINAL MAGNIFICATION : NULL \ REMARK 245 CALIBRATED MAGNIFICATION : NULL \ REMARK 245 SOURCE : FIELD EMISSION GUN \ REMARK 245 ACCELERATION VOLTAGE (KV) : 300 \ REMARK 245 IMAGING DETAILS : NULL \ REMARK 247 \ REMARK 247 ELECTRON MICROSCOPY \ REMARK 247 THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM ELECTRON \ REMARK 247 MICROSCOPY DATA. PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE \ REMARK 247 THAT CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES \ REMARK 247 ON THESE RECORDS ARE MEANINGLESS EXCEPT FOR THE CALCULATION \ REMARK 247 OF THE STRUCTURE FACTORS. \ REMARK 300 \ REMARK 300 BIOMOLECULE: 1 \ REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM \ REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN \ REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON \ REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. \ REMARK 350 \ REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN \ REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE \ REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS \ REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND \ REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. \ REMARK 350 \ REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 \ REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: PENTADECAMERIC \ REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C, D, J, N, O, F, H, I, \ REMARK 350 AND CHAINS: K, L, P, Q, R \ REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 \ REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 \ REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 \ REMARK 465 \ REMARK 465 MISSING RESIDUES \ REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE \ REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN \ REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) \ REMARK 465 \ REMARK 465 M RES C SSSEQI \ REMARK 465 MET A 1 \ REMARK 465 PHE A 2 \ REMARK 465 VAL A 3 \ REMARK 465 PHE A 4 \ REMARK 465 LEU A 5 \ REMARK 465 VAL A 6 \ REMARK 465 LEU A 7 \ REMARK 465 LEU A 8 \ REMARK 465 PRO A 9 \ REMARK 465 LEU A 10 \ REMARK 465 VAL A 11 \ REMARK 465 SER A 12 \ REMARK 465 SER A 13 \ REMARK 465 GLN A 14 \ REMARK 465 CYS A 15 \ REMARK 465 VAL A 16 \ REMARK 465 ASN A 17 \ REMARK 465 LEU A 18 \ REMARK 465 THR A 19 \ REMARK 465 THR A 20 \ REMARK 465 ARG A 21 \ REMARK 465 THR A 22 \ REMARK 465 GLN A 23 \ REMARK 465 LEU A 24 \ REMARK 465 PRO A 25 \ REMARK 465 PRO A 26 \ REMARK 465 ALA A 27 \ REMARK 465 TYR A 28 \ REMARK 465 ILE A 70 \ REMARK 465 SER A 71 \ REMARK 465 GLY A 72 \ REMARK 465 THR A 73 \ REMARK 465 ASN A 74 \ REMARK 465 GLY A 75 \ REMARK 465 THR A 76 \ REMARK 465 LYS A 77 \ REMARK 465 THR A 109 \ REMARK 465 LEU A 110 \ REMARK 465 ASP A 111 \ REMARK 465 SER A 112 \ REMARK 465 LYS A 113 \ REMARK 465 THR A 114 \ REMARK 465 GLN A 115 \ REMARK 465 SER A 116 \ REMARK 465 ASN A 122 \ REMARK 465 ALA A 123 \ REMARK 465 THR A 124 \ REMARK 465 ASN A 125 \ REMARK 465 CYS A 134 \ REMARK 465 GLU A 135 \ REMARK 465 PHE A 136 \ REMARK 465 GLN A 137 \ REMARK 465 PHE A 138 \ REMARK 465 CYS A 139 \ REMARK 465 ASN A 140 \ REMARK 465 ASP A 141 \ REMARK 465 PRO A 142 \ REMARK 465 PHE A 143 \ REMARK 465 LEU A 144 \ REMARK 465 ASP A 145 \ REMARK 465 HIS A 146 \ REMARK 465 LYS A 147 \ REMARK 465 ASN A 148 \ REMARK 465 ASN A 149 \ REMARK 465 LYS A 150 \ REMARK 465 SER A 151 \ REMARK 465 TRP A 152 \ REMARK 465 MET A 153 \ REMARK 465 GLU A 154 \ REMARK 465 SER A 155 \ REMARK 465 GLU A 156 \ REMARK 465 PHE A 157 \ REMARK 465 ARG A 158 \ REMARK 465 VAL A 159 \ REMARK 465 TYR A 160 \ REMARK 465 SER A 161 \ REMARK 465 SER A 162 \ REMARK 465 ALA A 163 \ REMARK 465 ASN A 164 \ REMARK 465 ASN A 165 \ REMARK 465 CYS A 166 \ REMARK 465 THR A 167 \ REMARK 465 PHE A 168 \ REMARK 465 GLU A 169 \ REMARK 465 TYR A 170 \ REMARK 465 VAL A 171 \ REMARK 465 SER A 172 \ REMARK 465 GLN A 173 \ REMARK 465 PRO A 174 \ REMARK 465 PHE A 175 \ REMARK 465 LEU A 176 \ REMARK 465 MET A 177 \ REMARK 465 ASP A 178 \ REMARK 465 LEU A 179 \ REMARK 465 GLU A 180 \ REMARK 465 GLY A 181 \ REMARK 465 LYS A 182 \ REMARK 465 GLN A 183 \ REMARK 465 GLY A 184 \ REMARK 465 ASN A 185 \ REMARK 465 PHE A 186 \ REMARK 465 LYS A 187 \ REMARK 465 ILE A 212 \ REMARK 465 VAL A 213 \ REMARK 465 ARG A 214 \ REMARK 465 GLU A 214A \ REMARK 465 PRO A 214B \ REMARK 465 GLU A 214C \ REMARK 465 ASP A 215 \ REMARK 465 GLY A 232 \ REMARK 465 ILE A 233 \ REMARK 465 LEU A 244 \ REMARK 465 HIS A 245 \ REMARK 465 ARG A 246 \ REMARK 465 SER A 247 \ REMARK 465 TYR A 248 \ REMARK 465 LEU A 249 \ REMARK 465 THR A 250 \ REMARK 465 PRO A 251 \ REMARK 465 GLY A 252 \ REMARK 465 ASP A 253 \ REMARK 465 SER A 254 \ REMARK 465 SER A 255 \ REMARK 465 SER A 256 \ REMARK 465 GLY A 257 \ REMARK 465 TRP A 258 \ REMARK 465 THR A 259 \ REMARK 465 ALA A 260 \ REMARK 465 GLY A 261 \ REMARK 465 ALA A 262 \ REMARK 465 VAL A 622 \ REMARK 465 ALA A 623 \ REMARK 465 ILE A 624 \ REMARK 465 HIS A 625 \ REMARK 465 ALA A 626 \ REMARK 465 ASP A 627 \ REMARK 465 GLN A 628 \ REMARK 465 LEU A 629 \ REMARK 465 THR A 630 \ REMARK 465 PRO A 631 \ REMARK 465 THR A 632 \ REMARK 465 TRP A 633 \ REMARK 465 ARG A 634 \ REMARK 465 VAL A 635 \ REMARK 465 TYR A 636 \ REMARK 465 SER A 637 \ REMARK 465 THR A 638 \ REMARK 465 GLY A 639 \ REMARK 465 THR A 676 \ REMARK 465 GLN A 677 \ REMARK 465 THR A 678 \ REMARK 465 LYS A 679 \ REMARK 465 SER A 680 \ REMARK 465 HIS A 681 \ REMARK 465 GLY A 682 \ REMARK 465 SER A 683 \ REMARK 465 ALA A 684 \ REMARK 465 SER A 685 \ REMARK 465 SER A 686 \ REMARK 465 VAL A 687 \ REMARK 465 ALA A 688 \ REMARK 465 SER A 689 \ REMARK 465 THR A 827 \ REMARK 465 LEU A 828 \ REMARK 465 ALA A 829 \ REMARK 465 ASP A 830 \ REMARK 465 ALA A 831 \ REMARK 465 GLY A 832 \ REMARK 465 PHE A 833 \ REMARK 465 ILE A 834 \ REMARK 465 LYS A 835 \ REMARK 465 GLN A 836 \ REMARK 465 TYR A 837 \ REMARK 465 GLY A 838 \ REMARK 465 ASP A 839 \ REMARK 465 CYS A 840 \ REMARK 465 LEU A 841 \ REMARK 465 GLY A 842 \ REMARK 465 ASP A 843 \ REMARK 465 ILE A 844 \ REMARK 465 ALA A 845 \ REMARK 465 ALA A 846 \ REMARK 465 ARG A 847 \ REMARK 465 ASP A 848 \ REMARK 465 LEU A 849 \ REMARK 465 ILE A 850 \ REMARK 465 CYS A 851 \ REMARK 465 ALA A 852 \ REMARK 465 GLN A 853 \ REMARK 465 LYS A 854 \ REMARK 465 GLN A 1142 \ REMARK 465 PRO A 1143 \ REMARK 465 GLU A 1144 \ REMARK 465 LEU A 1145 \ REMARK 465 ASP A 1146 \ REMARK 465 SER A 1147 \ REMARK 465 PHE A 1148 \ REMARK 465 LYS A 1149 \ REMARK 465 GLU A 1150 \ REMARK 465 GLU A 1151 \ REMARK 465 LEU A 1152 \ REMARK 465 ASP A 1153 \ REMARK 465 LYS A 1154 \ REMARK 465 TYR A 1155 \ REMARK 465 PHE A 1156 \ REMARK 465 LYS A 1157 \ REMARK 465 ASN A 1158 \ REMARK 465 HIS A 1159 \ REMARK 465 THR A 1160 \ REMARK 465 SER A 1161 \ REMARK 465 PRO A 1162 \ REMARK 465 ASP A 1163 \ REMARK 465 VAL A 1164 \ REMARK 465 ASP A 1165 \ REMARK 465 LEU A 1166 \ REMARK 465 GLY A 1167 \ REMARK 465 ASP A 1168 \ REMARK 465 ILE A 1169 \ REMARK 465 SER A 1170 \ REMARK 465 GLY A 1171 \ REMARK 465 ILE A 1172 \ REMARK 465 ASN A 1173 \ REMARK 465 ALA A 1174 \ REMARK 465 SER A 1175 \ REMARK 465 VAL A 1176 \ REMARK 465 VAL A 1177 \ REMARK 465 ASN A 1178 \ REMARK 465 ILE A 1179 \ REMARK 465 GLN A 1180 \ REMARK 465 LYS A 1181 \ REMARK 465 GLU A 1182 \ REMARK 465 ILE A 1183 \ REMARK 465 ASP A 1184 \ REMARK 465 ARG A 1185 \ REMARK 465 LEU A 1186 \ REMARK 465 ASN A 1187 \ REMARK 465 GLU A 1188 \ REMARK 465 VAL A 1189 \ REMARK 465 ALA A 1190 \ REMARK 465 LYS A 1191 \ REMARK 465 ASN A 1192 \ REMARK 465 LEU A 1193 \ REMARK 465 ASN A 1194 \ REMARK 465 GLU A 1195 \ REMARK 465 SER A 1196 \ REMARK 465 LEU A 1197 \ REMARK 465 ILE A 1198 \ REMARK 465 ASP A 1199 \ REMARK 465 LEU A 1200 \ REMARK 465 GLN A 1201 \ REMARK 465 GLU A 1202 \ REMARK 465 LEU A 1203 \ REMARK 465 GLY A 1204 \ REMARK 465 LYS A 1205 \ REMARK 465 TYR A 1206 \ REMARK 465 GLU A 1207 \ REMARK 465 GLN A 1208 \ REMARK 465 TYR A 1209 \ REMARK 465 ILE A 1210 \ REMARK 465 LYS A 1211 \ REMARK 465 TRP A 1212 \ REMARK 465 PRO A 1213 \ REMARK 465 GLY A 1214 \ REMARK 465 SER A 1215 \ REMARK 465 GLY A 1216 \ REMARK 465 TYR A 1217 \ REMARK 465 ILE A 1218 \ REMARK 465 PRO A 1219 \ REMARK 465 GLU A 1220 \ REMARK 465 ALA A 1221 \ REMARK 465 PRO A 1222 \ REMARK 465 ARG A 1223 \ REMARK 465 ASP A 1224 \ REMARK 465 GLY A 1225 \ REMARK 465 GLN A 1226 \ REMARK 465 ALA A 1227 \ REMARK 465 TYR A 1228 \ REMARK 465 VAL A 1229 \ REMARK 465 ARG A 1230 \ REMARK 465 LYS A 1231 \ REMARK 465 ASP A 1232 \ REMARK 465 GLY A 1233 \ REMARK 465 GLU A 1234 \ REMARK 465 TRP A 1235 \ REMARK 465 VAL A 1236 \ REMARK 465 LEU A 1237 \ REMARK 465 LEU A 1238 \ REMARK 465 SER A 1239 \ REMARK 465 THR A 1240 \ REMARK 465 PHE A 1241 \ REMARK 465 LEU A 1242 \ REMARK 465 GLY A 1243 \ REMARK 465 ARG A 1244 \ REMARK 465 SER A 1245 \ REMARK 465 LEU A 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REMARK 470 GLU B1092 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 VAL B1094 CG1 CG2 \ REMARK 470 ILE B1115 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 VAL B1122 CG1 CG2 \ REMARK 470 ASP B1127 CG OD1 OD2 \ REMARK 470 VAL B1129 CG1 CG2 \ REMARK 470 ILE B1132 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 PHE C 32 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ \ REMARK 470 VAL C 42 CG1 CG2 \ REMARK 470 VAL C 62 CG1 CG2 \ REMARK 470 THR C 63 OG1 CG2 \ REMARK 470 HIS C 66 CG ND1 CD2 CE1 NE2 \ REMARK 470 VAL C 90 CG1 CG2 \ REMARK 470 ILE C 95 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 ILE C 100 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 ARG C 102 CG CD NE CZ NH1 NH2 \ REMARK 470 VAL C 120 CG1 CG2 \ REMARK 470 THR C 124 OG1 CG2 \ REMARK 470 ASN C 125 CG OD1 ND2 \ REMARK 470 LYS C 129 CG CD CE NZ \ REMARK 470 PHE C 168 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ \ REMARK 470 GLU C 169 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 TYR C 170 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ OH \ REMARK 470 GLN C 173 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 LEU C 189 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ARG C 190 CG CD NE CZ NH1 NH2 \ REMARK 470 LYS C 202 CG CD CE NZ \ REMARK 470 ILE C 203 CG1 CG2 CD1 \ 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REMARK 470 ILE C 692 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 ILE C 693 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 THR C 696 OG1 CG2 \ REMARK 470 GLU C 702 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 ILE C 712 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 ILE C 714 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 VAL C 722 CG1 CG2 \ REMARK 470 THR C 724 OG1 CG2 \ REMARK 470 ILE C 742 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 GLU C 748 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 LEU C 753 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 VAL C 785 CG1 CG2 \ REMARK 470 LYS C 786 CG CD CE NZ \ REMARK 470 THR C 791 OG1 CG2 \ REMARK 470 LYS C 811 CG CD CE NZ \ REMARK 470 ASP C 820 CG OD1 OD2 \ REMARK 470 LEU C 821 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 LYS C 825 CG CD CE NZ \ REMARK 470 VAL C 826 CG1 CG2 \ REMARK 470 PHE C 855 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ \ REMARK 470 LEU C 858 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 VAL C 915 CG1 CG2 \ REMARK 470 LYS C 921 CG CD CE NZ \ REMARK 470 ILE C 931 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 ILE C 934 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 HIS C 954 CG ND1 CD2 CE1 NE2 \ REMARK 470 GLN C 965 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 ILE C 973 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 ASP C 979 CG OD1 OD2 \ REMARK 470 LEU C 984 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ASP C 994 CG OD1 OD2 \ REMARK 470 LEU C 996 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE C 997 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 MET C1029 CG SD CE \ REMARK 470 LEU C1034 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 MET C1050 CG SD CE \ REMARK 470 GLU C1072 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 THR C1077 OG1 CG2 \ REMARK 470 CYS C1082 SG \ REMARK 470 VAL C1094 CG1 CG2 \ REMARK 470 VAL C1104 CG1 CG2 \ REMARK 470 ARG C1107 CG CD NE CZ NH1 NH2 \ REMARK 470 GLU C1111 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 CYS C1126 SG \ REMARK 470 ILE C1132 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 ASP C1139 CG OD1 OD2 \ REMARK 470 GLU D 6 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 CYS D 22 SG \ REMARK 470 LEU D 43 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 VAL D 46 CG1 CG2 \ REMARK 470 VAL D 61 CG1 CG2 \ REMARK 470 THR D 66 OG1 CG2 \ REMARK 470 ARG D 69 CG CD NE CZ NH1 NH2 \ REMARK 470 LEU D 83 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 THR D 88 OG1 CG2 \ REMARK 470 CYS D 93 SG \ REMARK 470 THR D 111 OG1 CG2 \ REMARK 470 VAL J 11 CG1 CG2 \ REMARK 470 LEU J 33 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE J 48 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 PHE J 71 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ \ REMARK 470 ILE J 75 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 LEU J 78 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 PHE J 83 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ \ REMARK 470 THR J 85 OG1 CG2 \ REMARK 470 LYS J 103 CG CD CE NZ \ REMARK 470 LEU J 104 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 VAL N 12 CG1 CG2 \ REMARK 470 CYS N 22 SG \ REMARK 470 LEU N 45 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE N 51 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 LYS N 76 NZ \ REMARK 470 VAL N 79 CG1 CG2 \ REMARK 470 LEU N 86 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 LEU N 93 CD1 \ REMARK 470 CYS N 96 SG \ REMARK 470 VAL N 107 CG1 CG2 \ REMARK 470 GLN N 114 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 SER N 121 OG \ REMARK 470 LEU O 11 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 GLN O 16 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 ASN O 31 OD1 ND2 \ REMARK 470 LEU O 47 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE O 48 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 GLN O 90 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 ASP O 105 OD2 \ REMARK 470 GLU F 6 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 CYS F 22 SG \ REMARK 470 LEU F 43 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 VAL F 46 CG1 CG2 \ REMARK 470 VAL F 61 CG1 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\ REMARK 470 LEU K 47 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE K 48 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 GLN K 90 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 ASP K 105 OD2 \ REMARK 470 GLU L 6 CG CD OE1 OE2 \ REMARK 470 CYS L 22 SG \ REMARK 470 LEU L 43 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 VAL L 46 CG1 CG2 \ REMARK 470 VAL L 61 CG1 CG2 \ REMARK 470 THR L 66 OG1 CG2 \ REMARK 470 ARG L 69 CG CD NE CZ NH1 NH2 \ REMARK 470 LEU L 83 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 THR L 88 OG1 CG2 \ REMARK 470 CYS L 93 SG \ REMARK 470 THR L 111 OG1 CG2 \ REMARK 470 VAL P 11 CG1 CG2 \ REMARK 470 LEU P 33 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE P 48 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 PHE P 71 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ \ REMARK 470 ILE P 75 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 LEU P 78 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 PHE P 83 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ \ REMARK 470 THR P 85 OG1 CG2 \ REMARK 470 LYS P 103 CG CD CE NZ \ REMARK 470 LEU P 104 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 VAL Q 12 CG1 CG2 \ REMARK 470 CYS Q 22 SG \ REMARK 470 LEU Q 45 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE Q 51 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 LYS Q 76 NZ \ REMARK 470 VAL Q 79 CG1 CG2 \ REMARK 470 LEU Q 86 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 LEU Q 93 CD1 \ REMARK 470 CYS Q 96 SG \ REMARK 470 VAL Q 107 CG1 CG2 \ REMARK 470 GLN Q 114 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 SER Q 121 OG \ REMARK 470 LEU R 11 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 GLN R 16 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 ASN R 31 OD1 ND2 \ REMARK 470 LEU R 47 CG CD1 CD2 \ REMARK 470 ILE R 48 CG1 CG2 CD1 \ REMARK 470 GLN R 90 CG CD OE1 NE2 \ REMARK 470 ASP R 105 OD2 \ REMARK 500 \ REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY \ REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS IN SAME ASYMMETRIC UNIT \ REMARK 500 \ REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS ARE IN CLOSE CONTACT. \ REMARK 500 \ REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI DISTANCE \ REMARK 500 SG CYS A 336 SG CYS A 361 1.29 \ REMARK 500 OE1 GLN B 965 OG SER B 1003 1.52 \ REMARK 500 SG CYS A 1032 SG CYS A 1043 1.76 \ REMARK 500 SG CYS A 336 CB CYS A 361 1.94 \ REMARK 500 CG1 VAL A 483 OD1 ASN L 54 2.11 \ REMARK 500 CG1 VAL B 483 OD1 ASN F 54 2.11 \ REMARK 500 CG1 VAL C 483 OD1 ASN D 54 2.11 \ REMARK 500 \ REMARK 500 REMARK: NULL \ REMARK 500 \ REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY \ REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND LENGTHS \ REMARK 500 \ REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES \ REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE \ REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN \ REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). \ REMARK 500 \ REMARK 500 STANDARD TABLE: \ REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,2(A3,1X,A1,I4,A1,1X,A4,3X),1X,F6.3) \ REMARK 500 \ REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999 \ REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996 \ REMARK 500 \ REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 RES CSSEQI ATM2 DEVIATION \ REMARK 500 ASN N 57 C TYR N 58 N 0.149 \ REMARK 500 TYR N 58 C TYR N 59 N 0.147 \ REMARK 500 ASN I 57 C TYR I 58 N 0.149 \ REMARK 500 TYR I 58 C TYR I 59 N 0.146 \ REMARK 500 ASN Q 57 C TYR Q 58 N 0.148 \ REMARK 500 TYR Q 58 C TYR Q 59 N 0.147 \ REMARK 500 \ REMARK 500 REMARK: NULL \ REMARK 500 \ REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY \ REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES \ REMARK 500 \ REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES \ REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE \ REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN \ REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). \ REMARK 500 \ REMARK 500 STANDARD TABLE: \ REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1) \ REMARK 500 \ REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999 \ REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996 \ REMARK 500 \ REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3 \ REMARK 500 PRO B 812 N - CA - C ANGL. DEV. = -17.1 DEGREES \ REMARK 500 GLN B 913 CB - CA - C ANGL. DEV. = -13.3 DEGREES \ REMARK 500 CYS C 336 CB - CA - C ANGL. DEV. = 12.3 DEGREES \ REMARK 500 CYS C 336 CA - CB - SG ANGL. DEV. = -11.5 DEGREES \ REMARK 500 \ REMARK 500 REMARK: NULL \ REMARK 500 \ REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY \ REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES \ REMARK 500 \ REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: \ REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; \ REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). \ REMARK 500 \ REMARK 500 STANDARD TABLE: \ REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) \ REMARK 500 \ REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- \ REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. 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GLY PHE ILE LYS \ SEQRES 65 C 1300 GLN TYR GLY ASP CYS LEU GLY ASP ILE ALA ALA ARG ASP \ SEQRES 66 C 1300 LEU ILE CYS ALA GLN LYS PHE LYS GLY LEU THR VAL LEU \ SEQRES 67 C 1300 PRO PRO LEU LEU THR ASP GLU MET ILE ALA GLN TYR THR \ SEQRES 68 C 1300 SER ALA LEU LEU ALA GLY THR ILE THR SER GLY TRP THR \ SEQRES 69 C 1300 PHE GLY ALA GLY PRO ALA LEU GLN ILE PRO PHE PRO MET \ SEQRES 70 C 1300 GLN MET ALA TYR ARG PHE ASN GLY ILE GLY VAL THR GLN \ SEQRES 71 C 1300 ASN VAL LEU TYR GLU ASN GLN LYS LEU ILE ALA ASN GLN \ SEQRES 72 C 1300 PHE ASN SER ALA ILE GLY LYS ILE GLN ASP SER LEU SER \ SEQRES 73 C 1300 SER THR PRO SER ALA LEU GLY LYS LEU GLN ASP VAL VAL \ SEQRES 74 C 1300 ASN HIS ASN ALA GLN ALA LEU ASN THR LEU VAL LYS GLN \ SEQRES 75 C 1300 LEU SER SER LYS PHE GLY ALA ILE SER SER VAL LEU ASN \ SEQRES 76 C 1300 ASP ILE PHE SER ARG LEU ASP PRO PRO GLU ALA GLU VAL \ SEQRES 77 C 1300 GLN ILE ASP ARG LEU ILE THR GLY ARG LEU GLN SER LEU \ SEQRES 78 C 1300 GLN THR TYR VAL THR GLN GLN LEU ILE ARG 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ATOM 30651 CG1 ILE R 29 178.357 214.524 219.654 1.00 35.96 C \ ATOM 30652 CG2 ILE R 29 177.277 215.654 221.616 1.00 35.96 C \ ATOM 30653 CD1 ILE R 29 179.030 215.760 219.114 1.00 35.96 C \ ATOM 30654 N SER R 30 176.094 211.436 219.456 1.00 34.62 N \ ATOM 30655 CA SER R 30 175.551 210.538 218.403 1.00 34.62 C \ ATOM 30656 C SER R 30 175.694 211.024 216.963 1.00 34.62 C \ ATOM 30657 O SER R 30 174.650 211.120 216.306 1.00 34.62 O \ ATOM 30658 CB SER R 30 174.164 210.110 218.710 1.00 34.62 C \ ATOM 30659 OG SER R 30 174.170 209.067 219.672 1.00 34.62 O \ ATOM 30660 N ASN R 31 176.902 211.352 216.512 1.00 33.24 N \ ATOM 30661 CA ASN R 31 177.152 211.683 215.081 1.00 33.24 C \ ATOM 30662 C ASN R 31 176.766 213.121 214.761 1.00 33.24 C \ ATOM 30663 O ASN R 31 176.810 213.457 213.580 1.00 33.24 O \ ATOM 30664 CB ASN R 31 176.527 210.686 214.102 1.00 33.24 C \ ATOM 30665 CG ASN R 31 177.222 210.636 212.760 1.00 33.24 C \ ATOM 30666 N TYR R 32 176.418 213.944 215.749 1.00 31.72 N \ ATOM 30667 CA TYR R 32 176.141 215.357 215.397 1.00 31.72 C \ ATOM 30668 C TYR R 32 177.324 216.230 215.804 1.00 31.72 C \ ATOM 30669 O TYR R 32 177.309 216.717 216.931 1.00 31.72 O \ ATOM 30670 CB TYR R 32 174.796 215.769 215.984 1.00 31.72 C \ ATOM 30671 CG TYR R 32 173.661 214.897 215.517 1.00 31.72 C \ ATOM 30672 CD1 TYR R 32 173.470 214.653 214.169 1.00 31.72 C \ ATOM 30673 CD2 TYR R 32 172.797 214.292 216.411 1.00 31.72 C \ ATOM 30674 CE1 TYR R 32 172.449 213.838 213.716 1.00 31.72 C \ ATOM 30675 CE2 TYR R 32 171.768 213.473 215.976 1.00 31.72 C \ ATOM 30676 CZ TYR R 32 171.595 213.245 214.623 1.00 31.72 C \ ATOM 30677 OH TYR R 32 170.591 212.439 214.177 1.00 31.72 O \ ATOM 30678 N LEU R 33 178.298 216.431 214.911 1.00 33.95 N \ ATOM 30679 CA LEU R 33 179.460 217.323 215.179 1.00 33.95 C \ ATOM 30680 C LEU R 33 179.894 217.970 213.869 1.00 33.95 C \ ATOM 30681 O LEU R 33 179.793 217.307 212.833 1.00 33.95 O \ ATOM 30682 CB LEU R 33 180.617 216.508 215.747 1.00 33.95 C \ ATOM 30683 CG LEU R 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