HEADER TRANSCRIPTION/DNA 27-MAR-02 1L9Z TITLE Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter TITLE 2 DNA Complex at 6.5 A Resolution COMPND MOL_ID: 5; COMPND 2 MOLECULE: RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 6.50 ANGSTORMS DBREF 1L9Z D 1 1524 UNP Q9KWU6 RPOC_THEAQ 1 1524 SEQRES 1 D 91 ALA ASP CYS GLY THR THR ASN TYR ILE SER VAL PRO LEU SEQRES 2 D 91 PHE GLN MET ASP GLU VAL THR ARG THR LEU ARG LEU ARG SEQRES 3 D 91 LYS ARG SER ASP ILE GLU SER GLY LEU TYR GLY ARG VAL SEQRES 4 D 91 LEU ALA ARG GLU VAL GLU ALA LEU GLY ARG ARG LEU GLU SEQRES 5 D 91 GLU GLY ARG TYR LEU SER LEU GLU ASP VAL HIS PHE LEU SEQRES 6 D 91 ILE LYS ALA ALA GLU ALA GLY GLU VAL ARG GLU VAL PRO SEQRES 7 D 91 VAL ARG SER PRO LEU THR CYS GLN THR ARG TYR GLY VAL ATOM 1 N ALA D1110 29.061 191.125 212.576 1.00 25.00 ATOM 2 CA ALA D1110 28.468 190.004 213.295 1.00 25.00 ATOM 3 C ALA D1110 27.105 189.646 212.712 1.00 25.00 ATOM 4 N ASP D1111 27.030 188.484 212.069 1.00 25.00 ATOM 5 CA ASP D1111 25.790 188.011 211.462 1.00 25.00 ATOM 6 C ASP D1111 25.245 189.021 210.456 1.00 25.00 ATOM 7 N CYS D1112 25.498 188.767 209.175 1.00 25.00 ATOM 8 CA CYS D1112 25.040 189.653 208.112 1.00 25.00 ATOM 9 C CYS D1112 23.631 189.302 207.645 1.00 25.00 ATOM 10 N GLY D1113 23.378 188.012 207.452 1.00 25.00 ATOM 11 CA GLY D1113 22.068 187.575 207.003 1.00 25.00 ATOM 12 C GLY D1113 21.998 187.454 205.493 1.00 25.00 ATOM 13 N THR D1114 22.294 186.263 204.983 1.00 25.00 ATOM 14 CA THR D1114 22.269 186.013 203.547 1.00 25.00 ATOM 15 C THR D1114 21.441 184.768 203.236 1.00 25.00 ATOM 16 N THR D1115 20.559 184.880 202.247 1.00 25.00 ATOM 17 CA THR D1115 19.693 183.773 201.854 1.00 25.00 ATOM 18 C THR D1115 20.420 182.709 201.037 1.00 25.00 ATOM 19 N ASN D1116 20.601 182.976 199.746 1.00 25.00 ATOM 20 CA ASN D1116 21.276 182.042 198.849 1.00 25.00 ATOM 21 C ASN D1116 22.477 181.375 199.505 1.00 25.00 ATOM 22 N TYR D1117 22.575 180.062 199.335 1.00 25.00 ATOM 23 CA TYR D1117 23.674 179.291 199.900 1.00 25.00 ATOM 24 C TYR D1117 24.246 178.331 198.864 1.00 25.00 ATOM 25 N ILE D1118 25.431 177.800 199.145 1.00 25.00 ATOM 26 CA ILE D1118 26.086 176.868 198.235 1.00 25.00 ATOM 27 C ILE D1118 25.979 175.441 198.762 1.00 25.00 ATOM 28 N SER D1119 25.777 174.493 197.853 1.00 25.00 ATOM 29 CA SER D1119 25.656 173.089 198.225 1.00 25.00 ATOM 30 C SER D1119 26.846 172.287 197.708 1.00 25.00 ATOM 31 N VAL D1120 27.829 172.070 198.575 1.00 25.00 ATOM 32 CA VAL D1120 29.023 171.318 198.208 1.00 25.00 ATOM 33 C VAL D1120 28.670 169.887 197.813 1.00 25.00 ATOM 34 N PRO D1121 29.166 169.434 196.650 1.00 25.00 ATOM 35 CA PRO D1121 28.912 168.082 196.144 1.00 25.00 ATOM 36 C PRO D1121 29.630 167.010 196.959 1.00 25.00 ATOM 37 N LEU D1122 28.881 166.000 197.387 1.00 25.00 ATOM 38 CA LEU D1122 29.438 164.911 198.178 1.00 25.00 ATOM 39 C LEU D1122 30.026 163.828 197.278 1.00 25.00 ATOM 40 N PHE D1123 29.696 163.890 195.991 1.00 25.00 ATOM 41 CA PHE D1123 30.187 162.915 195.023 1.00 25.00 ATOM 42 C PHE D1123 30.471 163.573 193.674 1.00 25.00 ATOM 43 N GLN D1124 31.635 163.270 193.106 1.00 25.00 ATOM 44 CA GLN D1124 32.031 163.824 191.814 1.00 25.00 ATOM 45 C GLN D1124 32.020 162.751 190.733 1.00 25.00 ATOM 46 N MET D1125 31.976 163.183 189.477 1.00 25.00 ATOM 47 CA MET D1125 31.957 162.260 188.349 1.00 25.00 ATOM 48 C MET D1125 33.367 162.003 187.828 1.00 25.00 ATOM 49 N ASP D1126 33.507 160.962 187.014 1.00 25.00 ATOM 50 CA ASP D1126 34.796 160.601 186.438 1.00 25.00 ATOM 51 C ASP D1126 34.667 160.542 184.919 1.00 25.00 ATOM 52 N GLU D1127 35.342 161.461 184.235 1.00 25.00 ATOM 53 CA GLU D1127 35.303 161.531 182.778 1.00 25.00 ATOM 54 C GLU D1127 35.441 160.163 182.117 1.00 25.00 ATOM 55 N VAL D1128 36.294 159.314 182.681 1.00 25.00 ATOM 56 CA VAL D1128 36.511 157.979 182.134 1.00 25.00 ATOM 57 C VAL D1128 35.194 157.223 181.991 1.00 25.00 ATOM 58 N THR D1129 34.490 157.053 183.106 1.00 25.00 ATOM 59 CA THR D1129 33.215 156.346 183.106 1.00 25.00 ATOM 60 C THR D1129 32.133 157.176 183.787 1.00 25.00 ATOM 61 N ARG D1130 30.957 157.228 183.169 1.00 25.00 ATOM 62 CA ARG D1130 29.836 157.983 183.717 1.00 25.00 ATOM 63 C ARG D1130 29.365 157.388 185.039 1.00 25.00 ATOM 64 N THR D1131 30.090 157.698 186.110 1.00 25.00 ATOM 65 CA THR D1131 29.758 157.202 187.440 1.00 25.00 ATOM 66 C THR D1131 30.462 158.024 188.514 1.00 25.00 ATOM 67 N LEU D1132 29.705 158.446 189.521 1.00 25.00 ATOM 68 CA LEU D1132 30.262 159.236 190.610 1.00 25.00 ATOM 69 C LEU D1132 31.096 158.356 191.534 1.00 25.00 ATOM 70 N ARG D1133 32.113 158.953 192.147 1.00 25.00 ATOM 71 CA ARG D1133 32.997 158.235 193.058 1.00 25.00 ATOM 72 C ARG D1133 32.839 158.805 194.465 1.00 25.00 ATOM 73 N LEU D1134 33.507 158.189 195.434 1.00 25.00 ATOM 74 CA LEU D1134 33.440 158.646 196.817 1.00 25.00 ATOM 75 C LEU D1134 34.285 159.901 197.001 1.00 25.00 ATOM 76 N ARG D1135 34.833 160.402 195.898 1.00 25.00 ATOM 77 CA ARG D1135 35.673 161.594 195.916 1.00 25.00 ATOM 78 C ARG D1135 36.929 161.326 196.740 1.00 25.00 ATOM 79 N LYS D1136 37.172 160.049 197.023 1.00 25.00 ATOM 80 CA LYS D1136 38.336 159.617 197.790 1.00 25.00 ATOM 81 C LYS D1136 38.327 160.099 199.238 1.00 25.00 ATOM 82 N ARG D1137 37.258 160.787 199.633 1.00 25.00 ATOM 83 CA ARG D1137 37.123 161.294 200.996 1.00 25.00 ATOM 84 C ARG D1137 38.103 162.417 201.335 1.00 25.00 ATOM 85 N SER D1138 39.337 162.297 200.855 1.00 25.00 ATOM 86 CA SER D1138 40.364 163.300 201.118 1.00 25.00 ATOM 87 C SER D1138 39.960 164.690 200.635 1.00 25.00 ATOM 88 N ASP D1139 38.955 164.749 199.768 1.00 25.00 ATOM 89 CA ASP D1139 38.486 166.022 199.234 1.00 25.00 ATOM 90 C ASP D1139 37.271 166.551 199.989 1.00 25.00 ATOM 91 N ILE D1140 36.404 165.643 200.425 1.00 25.00 ATOM 92 CA ILE D1140 35.203 166.024 201.160 1.00 25.00 ATOM 93 C ILE D1140 35.559 166.538 202.551 1.00 25.00 ATOM 94 N GLU D1141 36.461 165.827 203.220 1.00 25.00 ATOM 95 CA GLU D1141 36.896 166.186 204.564 1.00 25.00 ATOM 96 C GLU D1141 37.358 167.636 204.668 1.00 25.00 ATOM 97 N SER D1142 38.520 167.931 204.092 1.00 25.00 ATOM 98 CA SER D1142 39.069 169.283 204.126 1.00 25.00 ATOM 99 C SER D1142 38.162 170.273 203.402 1.00 25.00 ATOM 100 N GLY D1143 37.114 169.757 202.769 1.00 25.00 ATOM 101 CA GLY D1143 36.189 170.612 202.049 1.00 25.00 ATOM 102 C GLY D1143 34.998 171.023 202.890 1.00 25.00 ATOM 103 N LEU D1144 34.799 170.332 204.008 1.00 25.00 ATOM 104 CA LEU D1144 33.688 170.630 204.902 1.00 25.00 ATOM 105 C LEU D1144 34.160 170.744 206.347 1.00 25.00 ATOM 106 N TYR D1145 35.476 170.741 206.535 1.00 25.00 ATOM 107 CA TYR D1145 36.063 170.850 207.866 1.00 25.00 ATOM 108 C TYR D1145 35.572 172.123 208.548 1.00 25.00 ATOM 109 N GLY D1146 34.674 171.958 209.513 1.00 25.00 ATOM 110 CA GLY D1146 34.140 173.098 210.233 1.00 25.00 ATOM 111 C GLY D1146 33.632 174.189 209.314 1.00 25.00 ATOM 112 N ARG D1147 32.380 174.061 208.890 1.00 25.00 ATOM 113 CA ARG D1147 31.768 175.034 207.996 1.00 25.00 ATOM 114 C ARG D1147 30.509 175.628 208.618 1.00 25.00 ATOM 115 N VAL D1148 29.567 176.020 207.766 1.00 25.00 ATOM 116 CA VAL D1148 28.309 176.600 208.218 1.00 25.00 ATOM 117 C VAL D1148 27.147 175.974 207.455 1.00 25.00 ATOM 118 N LEU D1149 26.560 174.932 208.034 1.00 25.00 ATOM 119 CA LEU D1149 25.440 174.233 207.417 1.00 25.00 ATOM 120 C LEU D1149 24.375 175.213 206.936 1.00 25.00 ATOM 121 N ALA D1150 24.272 175.358 205.619 1.00 25.00 ATOM 122 CA ALA D1150 23.303 176.262 205.011 1.00 25.00 ATOM 123 C ALA D1150 21.902 176.042 205.571 1.00 25.00 ATOM 124 N ARG D1151 21.581 174.790 205.877 1.00 25.00 ATOM 125 CA ARG D1151 20.271 174.449 206.419 1.00 25.00 ATOM 126 C ARG D1151 20.335 173.134 207.190 1.00 25.00 ATOM 127 N GLU D1152 19.274 172.837 207.934 1.00 25.00 ATOM 128 CA GLU D1152 19.199 171.612 208.722 1.00 25.00 ATOM 129 C GLU D1152 19.579 170.396 207.883 1.00 25.00 ATOM 130 N VAL D1153 20.398 169.520 208.456 1.00 25.00 ATOM 131 CA VAL D1153 20.842 168.318 207.759 1.00 25.00 ATOM 132 C VAL D1153 20.331 167.055 208.444 1.00 25.00 ATOM 133 N GLU D1154 19.363 166.397 207.815 1.00 25.00 ATOM 134 CA GLU D1154 18.789 165.171 208.357 1.00 25.00 ATOM 135 C GLU D1154 19.457 163.958 207.718 1.00 25.00 ATOM 136 N ALA D1155 20.035 163.093 208.546 1.00 25.00 ATOM 137 CA ALA D1155 20.707 161.902 208.041 1.00 25.00 ATOM 138 C ALA D1155 20.902 160.837 209.116 1.00 25.00 ATOM 139 N LEU D1156 19.900 159.977 209.273 1.00 25.00 ATOM 140 CA LEU D1156 19.942 158.893 210.250 1.00 25.00 ATOM 141 C LEU D1156 20.298 159.384 211.651 1.00 25.00 ATOM 142 N GLY D1157 19.300 159.435 212.527 1.00 25.00 ATOM 143 CA GLY D1157 19.535 159.884 213.886 1.00 25.00 ATOM 144 C GLY D1157 19.290 161.369 214.065 1.00 25.00 ATOM 145 N ARG D1158 20.156 162.020 214.836 1.00 25.00 ATOM 146 CA ARG D1158 20.027 163.447 215.091 1.00 25.00 ATOM 147 C ARG D1158 20.246 164.269 213.831 1.00 25.00 ATOM 148 N ARG D1159 19.733 165.494 213.846 1.00 25.00 ATOM 149 CA ARG D1159 19.860 166.395 212.711 1.00 25.00 ATOM 150 C ARG D1159 20.984 167.395 212.941 1.00 25.00 ATOM 151 N LEU D1160 21.622 167.818 211.855 1.00 25.00 ATOM 152 CA LEU D1160 22.705 168.787 211.934 1.00 25.00 ATOM 153 C LEU D1160 22.126 170.186 211.754 1.00 25.00 ATOM 154 N GLU D1161 21.685 170.778 212.861 1.00 25.00 ATOM 155 CA GLU D1161 21.092 172.111 212.862 1.00 25.00 ATOM 156 C GLU D1161 21.784 173.081 211.910 1.00 25.00 ATOM 157 N GLU D1162 20.998 173.975 211.319 1.00 25.00 ATOM 158 CA GLU D1162 21.521 174.967 210.388 1.00 25.00 ATOM 159 C GLU D1162 22.480 175.917 211.094 1.00 25.00 ATOM 160 N GLY D1163 23.596 176.218 210.437 1.00 25.00 ATOM 161 CA GLY D1163 24.575 177.115 211.019 1.00 25.00 ATOM 162 C GLY D1163 25.429 176.446 212.077 1.00 25.00 ATOM 163 N ARG D1164 25.415 175.117 212.097 1.00 25.00 ATOM 164 CA ARG D1164 26.199 174.363 213.067 1.00 25.00 ATOM 165 C ARG D1164 27.614 174.135 212.550 1.00 25.00 ATOM 166 N TYR D1165 28.594 174.342 213.423 1.00 25.00 ATOM 167 CA TYR D1165 29.994 174.163 213.060 1.00 25.00 ATOM 168 C TYR D1165 30.337 172.681 212.960 1.00 25.00 ATOM 169 N LEU D1166 30.060 172.090 211.802 1.00 25.00 ATOM 170 CA LEU D1166 30.340 170.678 211.580 1.00 25.00 ATOM 171 C LEU D1166 31.840 170.401 211.617 1.00 25.00 ATOM 172 N SER D1167 32.333 170.020 212.791 1.00 25.00 ATOM 173 CA SER D1167 33.748 169.721 212.975 1.00 25.00 ATOM 174 C SER D1167 34.134 168.463 212.207 1.00 25.00 ATOM 175 N LEU D1168 35.305 167.917 212.521 1.00 25.00 ATOM 176 CA LEU D1168 35.786 166.710 211.861 1.00 25.00 ATOM 177 C LEU D1168 34.825 165.554 212.112 1.00 25.00 ATOM 178 N GLU D1169 34.266 165.511 213.318 1.00 25.00 ATOM 179 CA GLU D1169 33.329 164.460 213.694 1.00 25.00 ATOM 180 C GLU D1169 32.146 164.419 212.734 1.00 25.00 ATOM 181 N ASP D1170 31.425 165.532 212.644 1.00 25.00 ATOM 182 CA ASP D1170 30.269 165.625 211.761 1.00 25.00 ATOM 183 C ASP D1170 30.652 165.239 210.337 1.00 25.00 ATOM 184 N VAL D1171 31.879 165.573 209.946 1.00 25.00 ATOM 185 CA VAL D1171 32.366 165.253 208.611 1.00 25.00 ATOM 186 C VAL D1171 32.356 163.743 208.398 1.00 25.00 ATOM 187 N HIS D1172 33.019 163.016 209.293 1.00 25.00 ATOM 188 CA HIS D1172 33.076 161.562 209.200 1.00 25.00 ATOM 189 C HIS D1172 31.672 160.976 209.291 1.00 25.00 ATOM 190 N PHE D1173 30.829 161.606 210.104 1.00 25.00 ATOM 191 CA PHE D1173 29.456 161.154 210.286 1.00 25.00 ATOM 192 C PHE D1173 28.668 161.266 208.986 1.00 25.00 ATOM 193 N LEU D1174 29.002 162.268 208.179 1.00 25.00 ATOM 194 CA LEU D1174 28.326 162.483 206.905 1.00 25.00 ATOM 195 C LEU D1174 28.916 161.593 205.815 1.00 25.00 ATOM 196 N ILE D1175 30.223 161.363 205.890 1.00 25.00 ATOM 197 CA ILE D1175 30.915 160.528 204.915 1.00 25.00 ATOM 198 C ILE D1175 30.504 159.068 205.065 1.00 25.00 ATOM 199 N LYS D1176 30.533 158.571 206.297 1.00 25.00 ATOM 200 CA LYS D1176 30.158 157.189 206.563 1.00 25.00 ATOM 201 C LYS D1176 28.666 156.982 206.328 1.00 25.00 ATOM 202 N ALA D1177 27.894 158.056 206.474 1.00 25.00 ATOM 203 CA ALA D1177 26.450 157.998 206.271 1.00 25.00 ATOM 204 C ALA D1177 26.125 158.309 204.816 1.00 25.00 ATOM 205 N ALA D1178 27.154 158.691 204.068 1.00 25.00 ATOM 206 CA ALA D1178 27.014 159.019 202.656 1.00 25.00 ATOM 207 C ALA D1178 26.837 157.734 201.860 1.00 25.00 ATOM 208 N GLU D1179 27.549 156.693 202.277 1.00 25.00 ATOM 209 CA GLU D1179 27.474 155.399 201.617 1.00 25.00 ATOM 210 C GLU D1179 26.071 154.823 201.773 1.00 25.00 ATOM 211 N ALA D1180 25.378 155.248 202.826 1.00 25.00 ATOM 212 CA ALA D1180 24.023 154.779 203.096 1.00 25.00 ATOM 213 C ALA D1180 23.070 155.222 201.994 1.00 25.00 ATOM 214 N GLY D1181 23.033 156.526 201.739 1.00 25.00 ATOM 215 CA GLY D1181 22.160 157.060 200.710 1.00 25.00 ATOM 216 C GLY D1181 21.136 158.036 201.256 1.00 25.00 ATOM 217 N GLU D1182 21.584 158.954 202.106 1.00 25.00 ATOM 218 CA GLU D1182 20.693 159.948 202.696 1.00 25.00 ATOM 219 C GLU D1182 21.114 161.359 202.299 1.00 25.00 ATOM 220 N VAL D1183 22.415 161.554 202.101 1.00 25.00 ATOM 221 CA VAL D1183 22.940 162.861 201.724 1.00 25.00 ATOM 222 C VAL D1183 23.751 162.812 200.434 1.00 25.00 ATOM 223 N ARG D1184 23.558 163.825 199.596 1.00 25.00 ATOM 224 CA ARG D1184 24.259 163.935 198.323 1.00 25.00 ATOM 225 C ARG D1184 24.926 165.300 198.206 1.00 25.00 ATOM 226 N GLU D1185 24.281 166.315 198.771 1.00 25.00 ATOM 227 CA GLU D1185 24.811 167.672 198.731 1.00 25.00 ATOM 228 C GLU D1185 24.654 168.354 200.085 1.00 25.00 ATOM 229 N VAL D1186 25.683 168.246 200.919 1.00 25.00 ATOM 230 CA VAL D1186 25.662 168.854 202.244 1.00 25.00 ATOM 231 C VAL D1186 25.576 170.375 202.137 1.00 25.00 ATOM 232 N PRO D1187 24.490 170.966 202.662 1.00 25.00 ATOM 233 CA PRO D1187 24.290 172.417 202.624 1.00 25.00 ATOM 234 C PRO D1187 25.333 173.160 203.456 1.00 25.00 ATOM 235 N VAL D1188 25.824 174.277 202.928 1.00 25.00 ATOM 236 CA VAL D1188 26.833 175.064 203.627 1.00 25.00 ATOM 237 C VAL D1188 26.888 176.504 203.119 1.00 25.00 ATOM 238 N ARG D1189 27.553 177.367 203.882 1.00 25.00 ATOM 239 CA ARG D1189 27.694 178.775 203.528 1.00 25.00 ATOM 240 C ARG D1189 29.149 179.103 203.202 1.00 25.00 ATOM 241 N SER D1190 29.410 179.454 201.947 1.00 25.00 ATOM 242 CA SER D1190 30.760 179.795 201.512 1.00 25.00 ATOM 243 C SER D1190 30.908 181.307 201.374 1.00 25.00 ATOM 244 N PRO D1191 32.136 181.825 201.545 1.00 25.00 ATOM 245 CA PRO D1191 32.402 183.263 201.437 1.00 25.00 ATOM 246 C PRO D1191 31.902 183.868 200.127 1.00 25.00 ATOM 247 N LEU D1192 31.492 183.008 199.200 1.00 25.00 ATOM 248 CA LEU D1192 30.992 183.453 197.905 1.00 25.00 ATOM 249 C LEU D1192 29.576 184.012 198.003 1.00 25.00 ATOM 250 N THR D1193 28.947 183.839 199.161 1.00 25.00 ATOM 251 CA THR D1193 27.591 184.335 199.367 1.00 25.00 ATOM 252 C THR D1193 27.523 185.356 200.502 1.00 25.00 ATOM 253 N CYS D1194 27.721 186.624 200.154 1.00 25.00 ATOM 254 CA CYS D1194 27.683 187.708 201.129 1.00 25.00 ATOM 255 C CYS D1194 27.787 189.061 200.433 1.00 25.00 ATOM 256 N GLN D1195 26.857 189.957 200.749 1.00 25.00 ATOM 257 CA GLN D1195 26.841 191.288 200.154 1.00 25.00 ATOM 258 C GLN D1195 27.829 192.212 200.861 1.00 25.00 ATOM 259 N THR D1196 29.116 191.907 200.727 1.00 25.00 ATOM 260 CA THR D1196 30.166 192.706 201.349 1.00 25.00 ATOM 261 C THR D1196 31.500 192.476 200.644 1.00 25.00 ATOM 262 N ARG D1197 31.900 193.435 199.815 1.00 25.00 ATOM 263 CA ARG D1197 33.152 193.333 199.074 1.00 25.00 ATOM 264 C ARG D1197 34.327 193.966 199.814 1.00 25.00 ATOM 265 N TYR D1198 34.031 194.929 200.683 1.00 25.00 ATOM 266 CA TYR D1198 35.069 195.613 201.444 1.00 25.00 ATOM 267 C TYR D1198 35.496 194.794 202.656 1.00 25.00 ATOM 268 N GLY D1199 34.623 193.887 203.082 1.00 25.00 ATOM 269 CA GLY D1199 34.922 193.048 204.226 1.00 25.00 ATOM 270 C GLY D1199 34.543 191.603 203.969 1.00 25.00 ATOM 271 N VAL D1200 35.174 190.688 204.696 1.00 25.00 ATOM 272 CA VAL D1200 34.897 189.267 204.539 1.00 25.00 ATOM 273 C VAL D1200 33.471 188.937 204.969 1.00 25.00 TER