HEADER TRANSFERASE 18-DEC-03 1RXS TITLE E. coli uridine phosphorylase: 2'-deoxyuridine phosphate complex COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: Uridine phosphorylase; COMPND 3 CHAIN: A, a, B, b, C, c, D, d, E, e, F, R, G, P, H, h, I, i, J, j, K, k, L, l, M, m, N, Q, O, o; COMPND 4 EC: 2.4.2.3; COMPND 5 ENGINEERED: YES; COMPND 6 This structure consists of thirty monomers, twelve of which are in COMPND 7 OTHER_DETAILS: the closed conformation, thirteen are in the intermediate (partially COMPND 8 closed) conformation and five in the open conformation. The closed COMPND 9 and intermediate monomers contain substrate (2'-deoxyuridine and COMPND 10 phosphate). Due to the large size of the model it was refined using COMPND 11 three template models, each of which was the best observed example of COMPND 12 an individual conformation, and shell scripts were written to create COMPND 13 the 30 monomer model from these input models and the ncs operators COMPND 14 relating them. The vanadate component of this structure is an COMPND 15 artifact of the crystal conditions with no functional significance. COMPND 16 See "REMARK 3" for further details.; COMPND 17 MOL_ID: 1; COMPND 18 Uridine phosphorylase; COMPND 19 CHAIN: A, a, B, b, C, c, D, d, E, e, F, R, G, P, H, h, I, i, J, j, K, k, L, l, M, m, N, Q, O, o; COMPND 20 EC: 2.4.2.3; COMPND 21 ENGINEERED: YES; COMPND 22 This structure consists of thirty monomers, twelve of which are in COMPND 23 OTHER_DETAILS: the closed conformation, thirteen are in the intermediate (partially COMPND 24 closed) conformation and five in the open conformation. The closed COMPND 25 and intermediate monomers contain substrate (2'-deoxyuridine and COMPND 26 phosphate). Due to the large size of the model it was refined using COMPND 27 three template models, each of which was the best observed example of COMPND 28 an individual conformation, and shell scripts were written to create COMPND 29 the 30 monomer model from these input models and the ncs operators COMPND 30 relating them. The vanadate component of this structure is an COMPND 31 artifact of the crystal conditions with no functional significance. COMPND 32 See "REMARK 3" for further details.; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 2.80 ANGSTORMS REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 ASN Q 230 REMARK 465 ALA Q 231 REMARK 465 GLU Q 232 REMARK 465 THR Q 233 DBREF 1RXS N 1001 1253 UNP P12758 UDP_ECOLI 0 252 DBREF 1RXS Q 1001 1253 UNP P12758 UDP_ECOLI 0 252 SEQRES 1 Q 250 SER ASP VAL PHE HIS LEU GLY LEU THR LYS ASN ASP LEU SEQRES 2 Q 250 GLN GLY ALA THR LEU ALA ILE VAL PRO GLY ASP PRO ASP SEQRES 3 Q 250 ARG VAL GLU LYS ILE ALA ALA LEU MET ASP LYS PRO VAL SEQRES 4 Q 250 LYS LEU ALA SER HIS ARG GLU PHE THR THR TRP ARG ALA SEQRES 5 Q 250 GLU LEU ASP GLY LYS PRO VAL ILE VAL CYS SER THR GLY SEQRES 6 Q 250 ILE GLY GLY PRO SER THR SER ILE ALA VAL GLU GLU LEU SEQRES 7 Q 250 ALA GLN LEU GLY ILE ARG THR PHE LEU ARG ILE GLY THR SEQRES 8 Q 250 THR GLY ALA ILE GLN PRO HIS ILE ASN VAL GLY ASP VAL SEQRES 9 Q 250 LEU VAL THR THR ALA SER VAL ARG LEU ASP GLY ALA SER SEQRES 10 Q 250 LEU HIS PHE ALA PRO LEU GLU PHE PRO ALA VAL ALA ASP SEQRES 11 Q 250 PHE GLU CYS THR THR ALA LEU VAL GLU ALA ALA LYS SER SEQRES 12 Q 250 ILE GLY ALA THR THR HIS VAL GLY VAL THR ALA SER SER SEQRES 13 Q 250 ASP THR PHE TYR PRO GLY GLN GLU ARG TYR ASP THR TYR SEQRES 14 Q 250 SER GLY ARG VAL VAL ARG HIS PHE LYS GLY SER MET GLU SEQRES 15 Q 250 GLU TRP GLN ALA MET GLY VAL MET ASN TYR GLU MET GLU SEQRES 16 Q 250 SER ALA THR LEU LEU THR MET CYS ALA SER GLN GLY LEU SEQRES 17 Q 250 ARG ALA GLY MET VAL ALA GLY VAL ILE VAL ASN ARG THR SEQRES 18 Q 250 GLN GLN GLU ILE PRO ASN ALA GLU THR MET LYS GLN THR SEQRES 19 Q 250 GLU SER HIS ALA VAL LYS ILE VAL VAL GLU ALA ALA ARG SEQRES 20 Q 250 ARG LEU LEU ATOM 1 P PO4 N2101 -43.457 -9.677 112.670 1.00126.88 ATOM 2 O1 PO4 N2101 -44.774 -9.002 112.976 1.00126.70 ATOM 3 O2 PO4 N2101 -42.359 -8.749 113.133 1.00127.54 ATOM 4 O3 PO4 N2101 -43.360 -10.983 113.421 1.00126.64 ATOM 5 O4 PO4 N2101 -43.304 -9.956 111.189 1.00126.87 ATOM 6 K K N4141 -51.583 -2.488 114.958 1.00 61.03 ATOM 7 N1 DUR N2102 -46.934 -12.773 109.055 1.00 89.73 ATOM 8 C2 DUR N2102 -47.792 -12.915 107.934 1.00 88.40 ATOM 9 N3 DUR N2102 -47.895 -14.146 107.265 1.00 88.41 ATOM 10 C4 DUR N2102 -47.198 -15.335 107.596 1.00 88.41 ATOM 11 C5 DUR N2102 -46.313 -15.177 108.760 1.00 88.08 ATOM 12 C6 DUR N2102 -46.227 -13.889 109.432 1.00 88.86 ATOM 13 O2 DUR N2102 -48.475 -12.019 107.489 1.00 86.95 ATOM 14 O4 DUR N2102 -47.357 -16.363 106.942 1.00 88.70 ATOM 15 C1' DUR N2102 -46.801 -11.512 109.780 1.00 89.79 ATOM 16 C2' DUR N2102 -46.574 -9.934 109.701 1.00 88.83 ATOM 17 C3' DUR N2102 -47.477 -9.341 110.838 1.00 88.41 ATOM 18 C4' DUR N2102 -47.611 -10.507 111.802 1.00 88.14 ATOM 19 O3' DUR N2102 -46.952 -8.243 111.599 1.00 87.63 ATOM 20 O4' DUR N2102 -46.936 -11.664 111.202 1.00 88.43 ATOM 21 C5' DUR N2102 -48.968 -11.009 112.185 1.00 87.95 ATOM 22 O5' DUR N2102 -48.894 -12.431 112.334 1.00 88.88 TER ATOM 1 N SER Q1004 -53.576 -23.377 122.864 1.00 20.99 ATOM 2 CA SER Q1004 -54.254 -22.229 122.169 1.00 21.13 ATOM 3 C SER Q1004 -54.892 -22.575 120.801 1.00 20.85 ATOM 4 O SER Q1004 -54.249 -23.199 119.955 1.00 20.71 ATOM 5 CB SER Q1004 -53.289 -21.053 122.002 1.00 21.20 ATOM 6 OG SER Q1004 -53.875 -20.047 121.189 1.00 21.67 ATOM 7 N ASP Q1005 -56.138 -22.134 120.592 1.00 20.47 ATOM 8 CA ASP Q1005 -56.919 -22.479 119.384 1.00 20.26 ATOM 9 C ASP Q1005 -56.716 -21.511 118.211 1.00 19.70 ATOM 10 O ASP Q1005 -57.039 -21.852 117.070 1.00 19.84 ATOM 11 CB ASP Q1005 -58.441 -22.582 119.669 1.00 20.29 ATOM 12 CG ASP Q1005 -58.808 -23.727 120.601 1.00 21.48 ATOM 13 OD1 ASP Q1005 -57.958 -24.605 120.865 1.00 22.91 ATOM 14 OD2 ASP Q1005 -59.942 -23.817 121.126 1.00 22.60 ATOM 15 N VAL Q1006 -56.229 -20.305 118.491 1.00 18.74 ATOM 16 CA VAL Q1006 -56.062 -19.290 117.449 1.00 17.82 ATOM 17 C VAL Q1006 -54.612 -18.834 117.408 1.00 17.71 ATOM 18 O VAL Q1006 -53.909 -18.878 118.426 1.00 17.95 ATOM 19 CB VAL Q1006 -57.003 -18.066 117.633 1.00 17.62 ATOM 20 CG1 VAL Q1006 -58.433 -18.432 117.361 1.00 16.65 ATOM 21 CG2 VAL Q1006 -56.860 -17.445 119.017 1.00 17.15 ATOM 22 N PHE Q1007 -54.162 -18.395 116.240 1.00 17.16 ATOM 23 CA PHE Q1007 -52.737 -18.167 116.070 1.00 16.87 ATOM 24 C PHE Q1007 -52.166 -16.945 116.816 1.00 16.27 ATOM 25 O PHE Q1007 -51.048 -17.003 117.305 1.00 15.97 ATOM 26 CB PHE Q1007 -52.333 -18.175 114.589 1.00 17.09 ATOM 27 CG PHE Q1007 -50.828 -18.036 114.372 1.00 18.37 ATOM 28 CD1 PHE Q1007 -49.951 -19.057 114.767 1.00 18.88 ATOM 29 CD2 PHE Q1007 -50.286 -16.868 113.800 1.00 18.58 ATOM 30 CE1 PHE Q1007 -48.568 -18.928 114.575 1.00 18.81 ATOM 31 CE2 PHE Q1007 -48.899 -16.726 113.616 1.00 18.57 ATOM 32 CZ PHE Q1007 -48.043 -17.756 114.003 1.00 18.74 ATOM 33 N HIS Q1008 -52.935 -15.865 116.914 1.00 15.72 ATOM 34 CA HIS Q1008 -52.414 -14.626 117.494 1.00 15.15 ATOM 35 C HIS Q1008 -52.881 -14.314 118.907 1.00 15.11 ATOM 36 O HIS Q1008 -52.084 -13.904 119.730 1.00 15.29 ATOM 37 CB HIS Q1008 -52.718 -13.423 116.595 1.00 14.94 ATOM 38 CG HIS Q1008 -52.066 -13.494 115.254 1.00 14.09 ATOM 39 ND1 HIS Q1008 -52.695 -14.020 114.150 1.00 13.65 ATOM 40 CD2 HIS Q1008 -50.828 -13.134 114.847 1.00 13.88 ATOM 41 CE1 HIS Q1008 -51.877 -13.970 113.116 1.00 13.84 ATOM 42 NE2 HIS Q1008 -50.735 -13.444 113.515 1.00 13.38 ATOM 43 N LEU Q1009 -54.169 -14.483 119.178 1.00 14.99 ATOM 44 CA LEU Q1009 -54.752 -14.082 120.457 1.00 14.89 ATOM 45 C LEU Q1009 -54.297 -14.919 121.636 1.00 15.18 ATOM 46 O LEU Q1009 -54.363 -14.458 122.781 1.00 15.23 ATOM 47 CB LEU Q1009 -56.284 -14.070 120.394 1.00 14.62 ATOM 48 CG LEU Q1009 -56.941 -13.147 119.371 1.00 14.19 ATOM 49 CD1 LEU Q1009 -58.396 -12.973 119.695 1.00 13.88 ATOM 50 CD2 LEU Q1009 -56.249 -11.794 119.291 1.00 13.46 ATOM 51 N GLY Q1010 -53.834 -16.137 121.361 1.00 15.58 ATOM 52 CA GLY Q1010 -53.458 -17.075 122.411 1.00 15.93 ATOM 53 C GLY Q1010 -54.616 -17.397 123.339 1.00 16.16 ATOM 54 O GLY Q1010 -54.478 -17.280 124.556 1.00 16.28 ATOM 55 N LEU Q1011 -55.755 -17.773 122.755 1.00 16.51 ATOM 56 CA LEU Q1011 -56.956 -18.140 123.510 1.00 16.89 ATOM 57 C LEU Q1011 -57.489 -19.501 123.064 1.00 17.69 ATOM 58 O LEU Q1011 -57.155 -19.972 121.974 1.00 17.58 ATOM 59 CB LEU Q1011 -58.060 -17.094 123.334 1.00 16.38 ATOM 60 CG LEU Q1011 -57.849 -15.636 123.735 1.00 15.87 ATOM 61 CD1 LEU Q1011 -58.923 -14.766 123.123 1.00 14.82 ATOM 62 CD2 LEU Q1011 -57.860 -15.491 125.242 1.00 16.25 ATOM 63 N THR Q1012 -58.306 -20.129 123.914 1.00 18.88 ATOM 64 CA THR Q1012 -59.017 -21.372 123.577 1.00 20.02 ATOM 65 C THR Q1012 -60.529 -21.144 123.676 1.00 20.87 ATOM 66 O THR Q1012 -60.978 -20.284 124.443 1.00 20.99 ATOM 67 CB THR Q1012 -58.601 -22.538 124.510 1.00 19.98 ATOM 68 OG1 THR Q1012 -59.102 -22.295 125.831 1.00 20.25 ATOM 69 CG2 THR Q1012 -57.079 -22.597 124.715 1.00 19.74 ATOM 70 N LYS Q1013 -61.313 -21.909 122.915 1.00 21.98 ATOM 71 CA LYS Q1013 -62.776 -21.786 122.950 1.00 23.39 ATOM 72 C LYS Q1013 -63.265 -21.831 124.412 1.00 23.46 ATOM 73 O LYS Q1013 -64.188 -21.117 124.815 1.00 23.40 ATOM 74 CB LYS Q1013 -63.438 -22.882 122.093 1.00 23.75 ATOM 75 CG LYS Q1013 -64.954 -22.719 121.885 1.00 27.10 ATOM 76 CD LYS Q1013 -65.419 -22.814 120.404 1.00 33.37 ATOM 77 CE LYS Q1013 -64.822 -23.999 119.620 1.00 37.11 ATOM 78 NZ LYS Q1013 -63.996 -23.550 118.452 1.00 38.75 ATOM 79 N ASN Q1014 -62.600 -22.663 125.197 1.00 23.77 ATOM 80 CA ASN Q1014 -62.889 -22.805 126.603 1.00 24.21 ATOM 81 C ASN Q1014 -62.769 -21.544 127.456 1.00 23.68 ATOM 82 O ASN Q1014 -63.600 -21.317 128.345 1.00 23.61 ATOM 83 CB ASN Q1014 -61.978 -23.866 127.177 1.00 24.99 ATOM 84 CG ASN Q1014 -62.742 -24.918 127.905 1.00 27.38 ATOM 85 OD1 ASN Q1014 -62.998 -24.794 129.103 1.00 29.76 ATOM 86 ND2 ASN Q1014 -63.148 -25.959 127.186 1.00 29.68 ATOM 87 N ASP Q1015 -61.729 -20.744 127.195 1.00 22.97 ATOM 88 CA ASP Q1015 -61.464 -19.516 127.945 1.00 22.18 ATOM 89 C ASP Q1015 -62.640 -18.551 127.906 1.00 21.63 ATOM 90 O ASP Q1015 -62.823 -17.753 128.833 1.00 21.65 ATOM 91 CB ASP Q1015 -60.247 -18.791 127.380 1.00 22.29 ATOM 92 CG ASP Q1015 -58.953 -19.504 127.664 1.00 22.71 ATOM 93 OD1 ASP Q1015 -58.794 -20.060 128.770 1.00 22.79 ATOM 94 OD2 ASP Q1015 -58.022 -19.541 126.832 1.00 22.88 ATOM 95 N LEU Q1016 -63.420 -18.624 126.826 1.00 20.94 ATOM 96 CA LEU Q1016 -64.529 -17.708 126.588 1.00 20.27 ATOM 97 C LEU Q1016 -65.805 -18.098 127.333 1.00 20.19 ATOM 98 O LEU Q1016 -66.691 -17.262 127.510 1.00 20.04 ATOM 99 CB LEU Q1016 -64.815 -17.621 125.097 1.00 20.03 ATOM 100 CG LEU Q1016 -64.185 -16.471 124.316 1.00 19.14 ATOM 101 CD1 LEU Q1016 -62.663 -16.529 124.307 1.00 18.34 ATOM 102 CD2 LEU Q1016 -64.718 -16.481 122.889 1.00 18.38 ATOM 103 N GLN Q1017 -65.891 -19.362 127.758 1.00 20.13 ATOM 104 CA GLN Q1017 -67.040 -19.895 128.513 1.00 20.16 ATOM 105 C GLN Q1017 -68.384 -19.579 127.857 1.00 19.61 ATOM 106 O GLN Q1017 -69.367 -19.259 128.530 1.00 19.41 ATOM 107 CB GLN Q1017 -67.034 -19.420 129.976 1.00 20.49 ATOM 108 CG GLN Q1017 -65.662 -19.299 130.604 1.00 22.27 ATOM 109 CD GLN Q1017 -65.648 -19.669 132.062 1.00 24.76 ATOM 110 OE1 GLN Q1017 -65.037 -20.661 132.435 1.00 26.72 ATOM 111 NE2 GLN Q1017 -66.312 -18.873 132.894 1.00 25.24 ATOM 112 N GLY Q1018 -68.402 -19.653 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