HEADER Viral protein/Immune system 25-FEB-05 1YYL TITLE crystal structure of CD4M33, a scorpion-toxin mimic of CD4, in TITLE 2 complex with HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein and anti-HIV-1 TITLE 3 antibody 17b COMPND MOL_ID: 2; COMPND 2 MOLECULE: antibody 17b light chain; COMPND 3 CHAIN: L, Q; COMPND 4 FRAGMENT: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, ; COMPND 5 ENGINEERED: YES; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 2.75 ANGSTORMS SEQRES 1 Q 105 ARG THR VAL ALA ALA PRO SER VAL PHE ILE PHE PRO PRO SEQRES 2 Q 105 SER ASP GLU GLN LEU LYS SER GLY THR ALA SER VAL VAL SEQRES 3 Q 105 CYS LEU LEU ASN ASN PHE TYR PRO ARG GLU ALA LYS VAL SEQRES 4 Q 105 GLN TRP LYS VAL ASP ASN ALA LEU GLN SER GLY ASN SER SEQRES 5 Q 105 GLN GLU SER VAL THR GLU GLN ASP SER LYS ASP SER THR SEQRES 6 Q 105 TYR SER LEU SER SER THR LEU THR LEU SER LYS ALA ASP SEQRES 7 Q 105 TYR GLU LYS HIS LYS VAL TYR ALA CYS GLU VAL THR HIS SEQRES 8 Q 105 GLN GLY LEU SER SER PRO VAL THR LYS SER PHE ASN ARG SEQRES 9 Q 105 GLY ATOM 1 N ARG Q1108 33.582 50.944 10.533 1.00 23.23 ATOM 2 CA ARG Q1108 34.973 50.680 10.131 1.00 22.76 ATOM 3 C ARG Q1108 35.452 51.869 9.278 1.00 22.14 ATOM 4 O ARG Q1108 34.748 52.875 9.142 1.00 20.33 ATOM 5 CB ARG Q1108 35.069 49.379 9.332 1.00 23.52 ATOM 6 CG ARG Q1108 34.451 49.421 7.949 1.00 25.58 ATOM 7 CD ARG Q1108 34.718 48.113 7.207 1.00 26.76 ATOM 8 NE ARG Q1108 36.147 47.826 7.091 1.00 29.48 ATOM 9 CZ ARG Q1108 36.985 48.471 6.281 1.00 29.90 ATOM 10 NH1 ARG Q1108 36.533 49.439 5.506 1.00 31.32 ATOM 11 NH2 ARG Q1108 38.274 48.157 6.251 1.00 27.80 ATOM 12 N THR Q1109 36.649 51.737 8.719 1.00 21.86 ATOM 13 CA THR Q1109 37.250 52.798 7.878 1.00 21.38 ATOM 14 C THR Q1109 36.712 52.679 6.445 1.00 19.09 ATOM 15 O THR Q1109 36.441 51.597 5.976 1.00 18.27 ATOM 16 CB THR Q1109 38.771 52.654 7.842 1.00 22.08 ATOM 17 OG1 THR Q1109 39.106 51.309 7.482 1.00 24.47 ATOM 18 CG2 THR Q1109 39.366 52.970 9.204 1.00 22.36 ATOM 19 N VAL Q1110 36.559 53.804 5.763 1.00 18.74 ATOM 20 CA VAL Q1110 36.056 53.776 4.380 1.00 19.33 ATOM 21 C VAL Q1110 36.913 52.792 3.589 1.00 20.08 ATOM 22 O VAL Q1110 38.125 52.716 3.793 1.00 21.43 ATOM 23 CB VAL Q1110 36.152 55.160 3.711 1.00 19.09 ATOM 24 CG1 VAL Q1110 35.928 55.032 2.207 1.00 16.71 ATOM 25 CG2 VAL Q1110 35.116 56.095 4.325 1.00 19.41 ATOM 26 N ALA Q1111 36.266 52.041 2.705 1.00 20.37 ATOM 27 CA ALA Q1111 36.953 51.046 1.853 1.00 21.98 ATOM 28 C ALA Q1111 36.288 51.101 0.473 1.00 23.64 ATOM 29 O ALA Q1111 35.099 50.792 0.323 1.00 23.58 ATOM 30 CB ALA Q1111 36.818 49.650 2.448 1.00 21.43 ATOM 31 N ALA Q1112 37.062 51.512 -0.522 1.00 25.58 ATOM 32 CA ALA Q1112 36.553 51.625 -1.903 1.00 27.19 ATOM 33 C ALA Q1112 36.165 50.216 -2.401 1.00 27.57 ATOM 34 O ALA Q1112 36.703 49.202 -1.932 1.00 27.05 ATOM 35 CB ALA Q1112 37.621 52.236 -2.807 1.00 27.17 ATOM 36 N PRO Q1113 35.215 50.147 -3.348 1.00 27.80 ATOM 37 CA PRO Q1113 34.783 48.859 -3.884 1.00 28.66 ATOM 38 C PRO Q1113 35.676 48.351 -5.033 1.00 29.19 ATOM 39 O PRO Q1113 36.328 49.133 -5.733 1.00 29.27 ATOM 40 CB PRO Q1113 33.365 49.154 -4.360 1.00 27.95 ATOM 41 CG PRO Q1113 33.495 50.535 -4.891 1.00 27.05 ATOM 42 CD PRO Q1113 34.316 51.225 -3.807 1.00 27.88 ATOM 43 N SER Q1114 35.714 47.034 -5.191 1.00 28.82 ATOM 44 CA SER Q1114 36.466 46.411 -6.291 1.00 27.99 ATOM 45 C SER Q1114 35.352 46.107 -7.299 1.00 26.33 ATOM 46 O SER Q1114 34.458 45.306 -7.024 1.00 26.85 ATOM 47 CB SER Q1114 37.157 45.132 -5.810 1.00 29.00 ATOM 48 OG SER Q1114 38.015 45.414 -4.712 1.00 30.07 ATOM 49 N VAL Q1115 35.392 46.773 -8.444 1.00 23.98 ATOM 50 CA VAL Q1115 34.329 46.615 -9.436 1.00 21.34 ATOM 51 C VAL Q1115 34.720 45.664 -10.564 1.00 21.49 ATOM 52 O VAL Q1115 35.801 45.758 -11.122 1.00 22.40 ATOM 53 CB VAL Q1115 33.983 47.959 -10.032 1.00 19.49 ATOM 54 CG1 VAL Q1115 32.738 47.844 -10.866 1.00 20.98 ATOM 55 CG2 VAL Q1115 33.802 48.964 -8.927 1.00 19.30 ATOM 56 N PHE Q1116 33.810 44.756 -10.893 1.00 21.92 ATOM 57 CA PHE Q1116 34.025 43.792 -11.992 1.00 22.57 ATOM 58 C PHE Q1116 32.708 43.690 -12.796 1.00 23.58 ATOM 59 O PHE Q1116 31.622 43.903 -12.247 1.00 23.38 ATOM 60 CB PHE Q1116 34.359 42.403 -11.456 1.00 21.29 ATOM 61 CG PHE Q1116 35.468 42.378 -10.458 1.00 20.69 ATOM 62 CD1 PHE Q1116 35.199 42.531 -9.100 1.00 20.93 ATOM 63 CD2 PHE Q1116 36.776 42.145 -10.863 1.00 18.88 ATOM 64 CE1 PHE Q1116 36.221 42.445 -8.154 1.00 19.74 ATOM 65 CE2 PHE Q1116 37.803 42.059 -9.929 1.00 19.14 ATOM 66 CZ PHE Q1116 37.525 42.208 -8.570 1.00 19.39 ATOM 67 N ILE Q1117 32.812 43.359 -14.082 1.00 23.91 ATOM 68 CA ILE Q1117 31.604 43.208 -14.932 1.00 25.01 ATOM 69 C ILE Q1117 31.642 41.812 -15.564 1.00 25.23 ATOM 70 O ILE Q1117 32.713 41.293 -15.885 1.00 25.32 ATOM 71 CB ILE Q1117 31.549 44.266 -16.044 1.00 25.21 ATOM 72 CG1 ILE Q1117 30.218 44.160 -16.791 1.00 25.18 ATOM 73 CG2 ILE Q1117 32.724 44.087 -16.987 1.00 25.33 ATOM 74 CD1 ILE Q1117 29.955 45.311 -17.738 1.00 24.52 ATOM 75 N PHE Q1118 30.468 41.215 -15.734 1.00 26.47 ATOM 76 CA PHE Q1118 30.369 39.853 -16.308 1.00 27.82 ATOM 77 C PHE Q1118 29.318 39.839 -17.418 1.00 27.74 ATOM 78 O PHE Q1118 28.166 40.220 -17.205 1.00 27.15 ATOM 79 CB PHE Q1118 29.940 38.850 -15.233 1.00 29.86 ATOM 80 CG PHE Q1118 30.897 38.739 -14.086 1.00 32.43 ATOM 81 CD1 PHE Q1118 32.048 37.965 -14.194 1.00 33.07 ATOM 82 CD2 PHE Q1118 30.654 39.420 -12.896 1.00 33.16 ATOM 83 CE1 PHE Q1118 32.948 37.867 -13.131 1.00 33.75 ATOM 84 CE2 PHE Q1118 31.546 39.331 -11.827 1.00 34.04 ATOM 85 CZ PHE Q1118 32.697 38.551 -11.945 1.00 34.26 ATOM 86 N PRO Q1119 29.710 39.402 -18.619 1.00 28.30 ATOM 87 CA PRO Q1119 28.776 39.337 -19.745 1.00 28.89 ATOM 88 C PRO Q1119 28.060 37.968 -19.701 1.00 28.92 ATOM 89 O PRO Q1119 28.614 36.993 -19.196 1.00 28.74 ATOM 90 CB PRO Q1119 29.694 39.475 -20.953 1.00 27.46 ATOM 91 CG PRO Q1119 30.903 38.758 -20.507 1.00 27.74 ATOM 92 CD PRO Q1119 31.096 39.222 -19.081 1.00 27.51 ATOM 93 N PRO Q1120 26.828 37.892 -20.225 1.00 29.24 ATOM 94 CA PRO Q1120 26.068 36.635 -20.230 1.00 29.34 ATOM 95 C PRO Q1120 26.824 35.474 -20.891 1.00 28.71 ATOM 96 O PRO Q1120 27.557 35.677 -21.855 1.00 29.55 ATOM 97 CB PRO Q1120 24.796 37.001 -20.993 1.00 30.02 ATOM 98 CG PRO Q1120 25.249 38.102 -21.903 1.00 30.29 ATOM 99 CD PRO Q1120 26.120 38.933 -20.990 1.00 29.56 ATOM 100 N SER Q1121 26.635 34.269 -20.364 1.00 28.53 ATOM 101 CA SER Q1121 27.302 33.065 -20.908 1.00 29.20 ATOM 102 C SER Q1121 26.563 32.642 -22.193 1.00 31.08 ATOM 103 O SER Q1121 25.348 32.839 -22.314 1.00 30.68 ATOM 104 CB SER Q1121 27.259 31.927 -19.886 1.00 28.51 ATOM 105 OG SER Q1121 25.932 31.505 -19.641 1.00 27.77 ATOM 106 N ASP Q1122 27.296 32.066 -23.144 1.00 32.81 ATOM 107 CA ASP Q1122 26.674 31.631 -24.417 1.00 35.22 ATOM 108 C ASP Q1122 25.573 30.600 -24.105 1.00 36.43 ATOM 109 O ASP Q1122 24.608 30.465 -24.859 1.00 36.73 ATOM 110 CB ASP Q1122 27.720 31.022 -25.359 1.00 35.95 ATOM 111 CG ASP Q1122 28.597 32.078 -26.026 1.00 37.82 ATOM 112 OD1 ASP Q1122 28.038 33.069 -26.552 1.00 36.74 ATOM 113 OD2 ASP Q1122 29.839 31.910 -26.037 1.00 37.14 ATOM 114 N GLU Q1123 25.728 29.891 -22.989 1.00 38.00 ATOM 115 CA GLU Q1123 24.742 28.865 -22.552 1.00 38.12 ATOM 116 C GLU Q1123 23.393 29.560 -22.303 1.00 38.02 ATOM 117 O GLU Q1123 22.384 29.215 -22.917 1.00 37.88 ATOM 118 CB GLU Q1123 25.206 28.179 -21.260 1.00 37.85 ATOM 119 CG GLU Q1123 26.559 27.473 -21.362 1.00 40.40 ATOM 120 CD GLU Q1123 27.758 28.396 -21.136 1.00 41.12 ATOM 121 OE1 GLU Q1123 27.881 29.425 -21.838 1.00 42.25 ATOM 122 OE2 GLU Q1123 28.590 28.083 -20.255 1.00 41.32 ATOM 123 N GLN Q1124 23.395 30.539 -21.406 1.00 38.40 ATOM 124 CA GLN Q1124 22.163 31.289 -21.071 1.00 39.88 ATOM 125 C GLN Q1124 21.642 32.029 -22.323 1.00 40.61 ATOM 126 O GLN Q1124 20.432 32.098 -22.553 1.00 40.39 ATOM 127 CB GLN Q1124 22.446 32.310 -19.968 1.00 39.62 ATOM 128 CG GLN Q1124 21.305 33.280 -19.734 1.00 38.35 ATOM 129 CD GLN Q1124 21.689 34.406 -18.808 1.00 38.62 ATOM 130 OE1 GLN Q1124 22.670 35.119 -19.046 1.00 37.54 ATOM 131 NE2 GLN Q1124 20.918 34.580 -17.744 1.00 39.85 ATOM 132 N 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OG SER Q1203 38.147 58.863 -10.543 1.00 40.49 ATOM 742 N PRO Q1204 34.111 58.428 -10.356 1.00 42.37 ATOM 743 CA PRO Q1204 33.274 57.275 -10.687 1.00 42.99 ATOM 744 C PRO Q1204 34.035 56.220 -11.534 1.00 43.27 ATOM 745 O PRO Q1204 34.681 56.552 -12.541 1.00 43.63 ATOM 746 CB PRO Q1204 32.109 57.909 -11.445 1.00 43.10 ATOM 747 CG PRO Q1204 31.976 59.241 -10.784 1.00 43.10 ATOM 748 CD PRO Q1204 33.417 59.690 -10.673 1.00 42.70 ATOM 749 N VAL Q1205 33.952 54.962 -11.106 1.00 43.33 ATOM 750 CA VAL Q1205 34.612 53.839 -11.816 1.00 41.69 ATOM 751 C VAL Q1205 33.589 53.247 -12.816 1.00 40.32 ATOM 752 O VAL Q1205 32.396 53.169 -12.524 1.00 38.91 ATOM 753 CB VAL Q1205 35.076 52.754 -10.813 1.00 41.72 ATOM 754 CG1 VAL Q1205 35.694 51.579 -11.548 1.00 41.97 ATOM 755 CG2 VAL Q1205 36.095 53.348 -9.859 1.00 41.80 ATOM 756 N THR Q1206 34.068 52.850 -13.990 1.00 39.63 ATOM 757 CA THR Q1206 33.181 52.279 -15.027 1.00 40.06 ATOM 758 C THR Q1206 33.881 51.113 -15.742 1.00 39.16 ATOM 759 O THR Q1206 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