HEADER LYASE 10-FEB-10 3AEM TITLE Reaction intermediate structure of Entamoeba histolytica methionine TITLE 2 gamma-lyase 1 containing Michaelis complex and methionine TITLE 3 imine-pyridoxamine-5'-phosphate COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: Methionine gamma-lyase; COMPND 3 CHAIN: A, B, D; COMPND 4 EC: 4.4.1.11; COMPND 5 ENGINEERED: YES; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 2.20 ANGSTORMS DBREF 3AEM D 1501 1889 UNP Q86D28 Q86D28_ENTH 1 389 SEQRES 1 D 133 PRO ILE ARG MET GLN ILE HIS MET GLU ASN GLY LEU LYS SEQRES 2 D 133 VAL ALA LYS PHE LEU GLU GLN HIS GLU LYS ILE VAL LYS SEQRES 3 D 133 VAL ASN HIS PRO GLY LEU GLU SER PHE PRO GLY HIS ASP SEQRES 4 D 133 ILE ALA LYS LYS GLN MET THR GLY TYR GLY SER THR PHE SEQRES 5 D 133 LEU PHE GLU MET LYS SER PHE GLU ALA ALA LYS LYS LEU SEQRES 6 D 133 MET GLU HIS LEU LYS VAL CYS THR LEU ALA VAL SER LEU SEQRES 7 D 133 GLY CYS VAL ASP THR LEU ILE GLU HIS PRO ALA SER MET SEQRES 8 D 133 THR HIS ALA ALA VAL PRO GLU ASN ILE MET ARG LYS GLN SEQRES 9 D 133 GLY ILE THR PRO GLU LEU VAL ARG ILE SER VAL GLY ILE SEQRES 10 D 133 GLU ASN VAL ASP ASP ILE ILE ALA ASP LEU LYS GLN ALA SEQRES 11 D 133 LEU GLU LEU ATOM 1 N PRO D1756 7.514 5.085 8.905 1.00 48.96 ATOM 2 CA PRO D1756 7.228 5.213 7.444 1.00 52.56 ATOM 3 C PRO D1756 7.830 4.065 6.650 1.00 53.56 ATOM 4 O PRO D1756 7.237 3.553 5.711 1.00 55.55 ATOM 5 CB PRO D1756 7.904 6.532 7.059 1.00 54.81 ATOM 6 CG PRO D1756 7.966 7.320 8.342 1.00 53.26 ATOM 7 CD PRO D1756 8.135 6.301 9.463 1.00 48.86 ATOM 8 N ILE D1757 9.009 3.658 7.066 1.00 53.05 ATOM 9 CA ILE D1757 9.751 2.597 6.425 1.00 54.58 ATOM 10 C ILE D1757 9.083 1.206 6.602 1.00 52.47 ATOM 11 O ILE D1757 9.035 0.410 5.655 1.00 52.54 ATOM 12 CB ILE D1757 11.224 2.709 6.925 1.00 54.79 ATOM 13 CG1 ILE D1757 11.987 3.692 6.022 1.00 59.17 ATOM 14 CG2 ILE D1757 11.918 1.365 7.088 1.00 55.20 ATOM 15 CD1 ILE D1757 12.934 4.609 6.822 1.00 61.41 ATOM 16 N ARG D1758 8.553 0.933 7.801 1.00 48.81 ATOM 17 CA ARG D1758 7.827 -0.309 8.040 1.00 47.53 ATOM 18 C ARG D1758 6.520 -0.364 7.225 1.00 49.27 ATOM 19 O ARG D1758 6.177 -1.400 6.642 1.00 49.70 ATOM 20 CB ARG D1758 7.555 -0.525 9.540 1.00 44.26 ATOM 21 CG ARG D1758 8.810 -0.877 10.301 1.00 42.01 ATOM 22 CD ARG D1758 8.593 -1.087 11.778 1.00 39.27 ATOM 23 NE ARG D1758 8.278 0.142 12.510 1.00 38.88 ATOM 24 CZ ARG D1758 7.060 0.501 12.922 1.00 37.53 ATOM 25 NH1 ARG D1758 6.008 -0.272 12.668 1.00 37.38 ATOM 26 NH2 ARG D1758 6.892 1.646 13.589 1.00 34.76 ATOM 27 N MET D1759 5.801 0.754 7.191 1.00 49.75 ATOM 28 CA MET D1759 4.558 0.810 6.446 1.00 50.91 ATOM 29 C MET D1759 4.751 0.529 4.960 1.00 54.37 ATOM 30 O MET D1759 3.962 -0.226 4.391 1.00 55.84 ATOM 31 CB MET D1759 3.788 2.110 6.698 1.00 50.88 ATOM 32 CG MET D1759 3.321 2.297 8.137 1.00 47.73 ATOM 33 SD MET D1759 2.476 0.893 8.958 1.00 44.54 ATOM 34 CE MET D1759 1.061 0.663 7.844 1.00 45.86 ATOM 35 N GLN D1760 5.785 1.100 4.334 1.00 55.67 ATOM 36 CA GLN D1760 6.047 0.810 2.919 1.00 58.93 ATOM 37 C GLN D1760 6.101 -0.707 2.707 1.00 58.11 ATOM 38 O GLN D1760 5.472 -1.228 1.788 1.00 59.27 ATOM 39 CB GLN D1760 7.327 1.488 2.393 1.00 61.02 ATOM 40 CG GLN D1760 7.204 1.958 0.896 1.00 70.19 ATOM 41 CD GLN D1760 8.563 2.046 0.145 0.80 76.53 ATOM 42 OE1 GLN D1760 9.516 2.688 0.603 0.80 78.58 ATOM 43 NE2 GLN D1760 8.637 1.399 -1.012 0.80 80.55 ATOM 44 N ILE D1761 6.831 -1.409 3.578 1.00 55.18 ATOM 45 CA ILE D1761 6.987 -2.863 3.479 1.00 55.48 ATOM 46 C ILE D1761 5.696 -3.627 3.847 1.00 54.82 ATOM 47 O ILE D1761 5.265 -4.507 3.081 1.00 55.49 ATOM 48 CB ILE D1761 8.182 -3.385 4.325 1.00 53.83 ATOM 49 CG1 ILE D1761 9.499 -2.787 3.827 1.00 56.15 ATOM 50 CG2 ILE D1761 8.267 -4.921 4.265 1.00 54.26 ATOM 51 CD1 ILE D1761 10.662 -2.983 4.818 1.00 54.16 ATOM 52 N HIS D1762 5.097 -3.318 5.013 1.00 52.05 ATOM 53 CA HIS D1762 3.762 -3.836 5.334 1.00 51.95 ATOM 54 C HIS D1762 2.823 -3.728 4.121 1.00 55.79 ATOM 55 O HIS D1762 2.224 -4.722 3.716 1.00 57.65 ATOM 56 CB HIS D1762 3.144 -3.095 6.507 1.00 49.76 ATOM 57 CG HIS D1762 3.684 -3.488 7.850 1.00 46.62 ATOM 58 ND1 HIS D1762 3.640 -4.784 8.327 1.00 45.45 ATOM 59 CD2 HIS D1762 4.214 -2.736 8.848 1.00 46.35 ATOM 60 CE1 HIS D1762 4.141 -4.816 9.551 1.00 45.97 ATOM 61 NE2 HIS D1762 4.486 -3.583 9.898 1.00 44.54 ATOM 62 N MET D1763 2.730 -2.544 3.507 1.00 57.77 ATOM 63 CA MET D1763 1.813 -2.348 2.395 1.00 60.61 ATOM 64 C MET D1763 2.141 -3.308 1.250 1.00 64.00 ATOM 65 O MET D1763 1.271 -4.054 0.789 1.00 65.76 ATOM 66 CB MET D1763 1.815 -0.907 1.904 1.00 62.03 ATOM 67 CG MET D1763 1.122 -0.754 0.549 1.00 66.07 ATOM 68 SD MET D1763 0.878 0.940 0.079 1.00 67.35 ATOM 69 CE MET D1763 0.561 0.777 -1.692 1.00 79.03 ATOM 70 N GLU D1764 3.389 -3.305 0.807 1.00 65.33 ATOM 71 CA GLU D1764 3.765 -4.111 -0.342 1.00 69.59 ATOM 72 C GLU D1764 3.609 -5.605 -0.067 1.00 67.89 ATOM 73 O GLU D1764 2.987 -6.315 -0.855 1.00 70.01 ATOM 74 CB GLU D1764 5.161 -3.736 -0.837 1.00 71.55 ATOM 75 CG GLU D1764 5.162 -2.459 -1.686 1.00 80.45 ATOM 76 CD GLU D1764 6.467 -1.651 -1.596 1.00 88.17 ATOM 77 OE1 GLU D1764 7.533 -2.224 -1.231 1.00 90.09 ATOM 78 OE2 GLU D1764 6.420 -0.428 -1.887 1.00 92.33 ATOM 79 N ASN D1765 4.133 -6.068 1.064 1.00 64.69 ATOM 80 CA ASN D1765 3.919 -7.439 1.523 1.00 64.05 ATOM 81 C ASN D1765 2.439 -7.855 1.614 1.00 64.22 ATOM 82 O ASN D1765 2.045 -8.923 1.130 1.00 65.65 ATOM 83 CB ASN D1765 4.570 -7.640 2.886 1.00 61.47 ATOM 84 CG ASN D1765 6.088 -7.816 2.810 1.00 61.84 ATOM 85 OD1 ASN D1765 6.723 -8.121 3.821 1.00 62.34 ATOM 86 ND2 ASN D1765 6.663 -7.620 1.641 1.00 61.62 ATOM 87 N GLY D1766 1.616 -7.015 2.233 1.00 62.49 ATOM 88 CA GLY D1766 0.176 -7.304 2.330 1.00 62.85 ATOM 89 C GLY D1766 -0.504 -7.475 0.974 1.00 67.30 ATOM 90 O GLY D1766 -1.317 -8.385 0.782 1.00 67.79 ATOM 91 N LEU D1767 -0.160 -6.614 0.017 1.00 69.70 ATOM 92 CA LEU D1767 -0.754 -6.709 -1.300 1.00 74.21 ATOM 93 C LEU D1767 -0.352 -8.012 -1.961 1.00 75.75 ATOM 94 O LEU D1767 -1.193 -8.712 -2.529 1.00 78.25 ATOM 95 CB LEU D1767 -0.361 -5.519 -2.185 1.00 77.18 ATOM 96 CG LEU D1767 -1.087 -4.180 -1.988 1.00 79.15 ATOM 97 CD1 LEU D1767 -0.298 -3.025 -2.632 1.00 84.12 ATOM 98 CD2 LEU D1767 -2.501 -4.249 -2.563 1.00 83.53 ATOM 99 N LYS D1768 0.928 -8.351 -1.873 1.00 74.70 ATOM 100 CA LYS D1768 1.411 -9.549 -2.535 1.00 77.33 ATOM 101 C LYS D1768 0.793 -10.799 -1.909 1.00 75.50 ATOM 102 O LYS D1768 0.413 -11.719 -2.623 1.00 77.96 ATOM 103 CB LYS D1768 2.938 -9.607 -2.545 1.00 77.55 ATOM 104 CG LYS D1768 3.607 -8.522 -3.390 1.00 83.01 ATOM 105 CD LYS D1768 5.140 -8.542 -3.206 1.00 86.29 ATOM 106 CE LYS D1768 5.793 -7.193 -3.546 1.00 87.86 ATOM 107 NZ LYS D1768 7.165 -7.385 -4.120 1.00 90.61 ATOM 108 N VAL D1769 0.660 -10.809 -0.582 1.00 71.08 ATOM 109 CA VAL D1769 0.058 -11.950 0.122 1.00 69.38 ATOM 110 C VAL D1769 -1.433 -12.126 -0.228 1.00 71.01 ATOM 111 O VAL D1769 -1.880 -13.241 -0.546 1.00 72.98 ATOM 112 CB VAL D1769 0.305 -11.875 1.648 1.00 65.17 ATOM 113 CG1 VAL D1769 -0.521 -12.931 2.400 1.00 64.06 ATOM 114 CG2 VAL D1769 1.792 -12.037 1.937 1.00 63.00 ATOM 115 N ALA D1770 -2.180 -11.020 -0.209 1.00 70.11 ATOM 116 CA ALA D1770 -3.604 -11.032 -0.538 1.00 71.45 ATOM 117 C ALA D1770 -3.834 -11.588 -1.949 1.00 75.75 ATOM 118 O ALA D1770 -4.767 -12.361 -2.180 1.00 76.92 ATOM 119 CB ALA D1770 -4.194 -9.649 -0.404 1.00 70.18 ATOM 120 N LYS D1771 -2.964 -11.211 -2.873 1.00 78.42 ATOM 121 CA LYS D1771 -3.081 -11.649 -4.267 1.00 83.68 ATOM 122 C LYS D1771 -2.773 -13.133 -4.426 1.00 84.78 ATOM 123 O LYS D1771 -3.454 -13.842 -5.163 1.00 88.61 ATOM 124 CB LYS D1771 -2.187 -10.825 -5.177 1.00 86.22 ATOM 125 CG LYS D1771 -2.659 -9.398 -5.362 1.00 89.36 ATOM 126 CD LYS D1771 -2.021 -8.795 -6.601 1.00 95.93 ATOM 127 CE LYS D1771 -1.516 -7.381 -6.309 1.00 97.76 ATOM 128 NZ LYS D1771 -0.572 -6.905 -7.389 1.00103.02 ATOM 129 N PHE D1772 -1.746 -13.600 -3.733 1.00 82.25 ATOM 130 CA PHE D1772 -1.470 -15.025 -3.662 1.00 83.60 ATOM 131 C PHE D1772 -2.686 -15.788 -3.140 1.00 84.01 ATOM 132 O PHE D1772 -3.108 -16.778 -3.748 1.00 86.96 ATOM 133 CB PHE D1772 -0.245 -15.298 -2.786 1.00 80.73 ATOM 134 CG PHE D1772 -0.089 -16.743 -2.406 1.00 81.46 ATOM 135 CD1 PHE D1772 -0.382 -17.170 -1.107 1.00 76.67 ATOM 136 CD2 PHE D1772 0.341 -17.684 -3.345 1.00 82.72 ATOM 137 CE1 PHE D1772 -0.244 -18.512 -0.747 1.00 77.10 ATOM 138 CE2 PHE D1772 0.477 -19.031 -2.984 1.00 83.62 ATOM 139 CZ PHE D1772 0.185 -19.439 -1.675 1.00 80.08 ATOM 140 N LEU D1773 -3.257 -15.323 -2.026 1.00 80.86 ATOM 141 CA LEU D1773 -4.433 -15.967 -1.475 1.00 81.61 ATOM 142 C LEU D1773 -5.615 -15.908 -2.433 1.00 86.39 ATOM 143 O LEU D1773 -6.396 -16.863 -2.515 1.00 88.67 ATOM 144 CB LEU D1773 -4.802 -15.401 -0.100 1.00 77.40 ATOM 145 CG LEU D1773 -3.750 -15.685 0.985 1.00 73.64 ATOM 146 CD1 LEU D1773 -4.005 -14.887 2.245 1.00 69.48 ATOM 147 CD2 LEU D1773 -3.656 -17.168 1.290 1.00 74.89 ATOM 148 N GLU D1774 -5.734 -14.815 -3.182 1.00 88.45 ATOM 149 CA GLU D1774 -6.901 -14.644 -4.033 1.00 92.89 ATOM 150 C GLU D1774 -6.949 -15.620 -5.200 1.00 98.01 ATOM 151 O GLU D1774 -8.045 -16.046 -5.604 1.00101.22 ATOM 152 CB GLU D1774 -7.063 -13.212 -4.525 1.00 93.47 ATOM 153 CG GLU D1774 -8.491 -12.948 -4.970 1.00 97.60 ATOM 154 CD GLU D1774 -8.758 -11.509 -5.319 1.00 99.56 ATOM 155 OE1 GLU D1774 -7.833 -10.831 -5.825 1.00 99.86 ATOM 156 OE2 GLU D1774 -9.905 -11.064 -5.087 1.00 99.47 ATOM 157 N GLN D1775 -5.785 -15.982 -5.735 1.00 99.23 ATOM 158 CA GLN D1775 -5.741 -16.974 -6.814 1.00104.16 ATOM 159 C GLN D1775 -5.524 -18.417 -6.322 1.00104.03 ATOM 160 O GLN D1775 -5.396 -19.332 -7.126 1.00108.21 ATOM 161 CB GLN D1775 -4.745 -16.571 -7.931 1.00106.89 ATOM 162 CG GLN D1775 -3.314 -16.277 -7.478 1.00105.15 ATOM 163 CD GLN D1775 -2.484 -17.532 -7.278 1.00107.44 ATOM 164 OE1 GLN D1775 -2.132 -17.894 -6.139 1.00104.02 ATOM 165 NE2 GLN D1775 -2.176 -18.220 -8.383 1.00111.86 ATOM 166 N HIS D1776 -5.509 -18.632 -5.009 1.00100.25 ATOM 167 CA HIS D1776 -5.341 -19.990 -4.489 1.00100.27 ATOM 168 C HIS D1776 -6.668 -20.740 -4.387 1.00102.89 ATOM 169 O HIS D1776 -7.609 -20.246 -3.748 1.00100.85 ATOM 170 CB HIS D1776 -4.637 -20.001 -3.135 1.00 95.35 ATOM 171 CG HIS D1776 -4.150 -21.357 -2.730 1.00 94.65 ATOM 172 ND1 HIS D1776 -4.987 -22.327 -2.220 1.00 94.00 ATOM 173 CD2 HIS D1776 -2.913 -21.910 -2.773 1.00 93.96 ATOM 174 CE1 HIS D1776 -4.286 -23.418 -1.960 1.00 95.27 ATOM 175 NE2 HIS D1776 -3.025 -23.193 -2.289 1.00 95.48 ATOM 176 N GLU D1777 -6.703 -21.940 -4.993 1.00106.81 ATOM 177 CA GLU D1777 -7.894 -22.805 -5.057 1.00110.38 ATOM 178 C GLU D1777 -8.605 -22.977 -3.719 1.00107.35 ATOM 179 O GLU D1777 -9.830 -23.120 -3.677 1.00108.88 ATOM 180 CB GLU D1777 -7.548 -24.190 -5.637 1.00114.79 ATOM 181 CG GLU D1777 -6.924 -25.195 -4.635 1.00114.89 ATOM 182 CD GLU D1777 -5.940 -26.183 -5.288 1.00121.90 ATOM 183 OE1 GLU D1777 -4.801 -26.303 -4.750 1.00120.59 ATOM 184 OE2 GLU D1777 -6.299 -26.823 -6.330 1.00126.67 ATOM 185 N LYS D1778 -7.831 -22.965 -2.635 1.00103.28 ATOM 186 CA LYS D1778 -8.357 -23.228 -1.308 1.00100.67 ATOM 187 C LYS D1778 -9.069 -22.020 -0.720 1.00 96.90 ATOM 188 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1.00 83.65 ATOM 262 N GLU D1788 -8.690 -4.849 -6.520 1.00 98.59 ATOM 263 CA GLU D1788 -9.701 -4.312 -7.436 1.00103.88 ATOM 264 C GLU D1788 -11.049 -4.993 -7.243 1.00104.66 ATOM 265 O GLU D1788 -12.090 -4.388 -7.472 1.00107.12 ATOM 266 CB GLU D1788 -9.255 -4.451 -8.900 1.00108.78 ATOM 267 CG GLU D1788 -7.920 -3.769 -9.232 1.00110.79 ATOM 268 CD GLU D1788 -8.077 -2.473 -10.034 1.00117.54 ATOM 269 OE1 GLU D1788 -8.281 -2.558 -11.275 1.00121.79 ATOM 270 OE2 GLU D1788 -7.971 -1.376 -9.426 1.00116.71 ATOM 271 N SER D1789 -11.014 -6.252 -6.818 1.00102.91 ATOM 272 CA SER D1789 -12.219 -7.029 -6.548 1.00104.22 ATOM 273 C SER D1789 -12.976 -6.558 -5.305 1.00101.31 ATOM 274 O SER D1789 -14.180 -6.741 -5.221 1.00103.65 ATOM 275 CB SER D1789 -11.858 -8.499 -6.364 1.00103.05 ATOM 276 OG SER D1789 -11.039 -8.664 -5.207 1.00 99.49 ATOM 277 N PHE D1790 -12.278 -5.971 -4.336 1.00 97.04 ATOM 278 CA PHE D1790 -12.911 -5.601 -3.064 1.00 94.03 ATOM 279 C PHE D1790 -13.885 -4.433 -3.223 1.00 96.88 ATOM 280 O 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34.11 ATOM 1037 N 2LM D2004 -7.320 -4.822 18.301 1.00 35.25 ATOM 1038 O1 2LM D2004 -6.469 -8.152 17.526 1.00 32.74 ATOM 1039 P 2LM D2004 -5.762 -1.561 22.506 1.00 21.29 ATOM 1040 N1 2LM D2004 -8.973 -0.111 17.548 1.00 30.64 ATOM 1041 C2 2LM D2004 -8.731 -1.127 16.670 1.00 31.45 ATOM 1042 C3 2LM D2004 -8.175 -2.311 17.122 1.00 31.69 ATOM 1043 O3 2LM D2004 -7.954 -3.304 16.215 1.00 32.83 ATOM 1044 C4 2LM D2004 -7.824 -2.467 18.478 1.00 32.85 ATOM 1045 C5 2LM D2004 -8.125 -1.425 19.351 1.00 29.63 ATOM 1046 C6 2LM D2004 -8.685 -0.248 18.851 1.00 30.79 ATOM 1047 CA 2LM D2004 -6.917 -6.076 18.640 1.00 35.75 ATOM 1048 CB 2LM D2004 -6.376 -6.347 20.064 1.00 36.42 ATOM 1049 SD 2LM D2004 -7.854 -8.557 21.032 1.00 52.81 ATOM 1050 CE 2LM D2004 -7.849 -8.776 22.792 1.00 48.47 ATOM 1051 CG 2LM D2004 -6.314 -7.814 20.508 1.00 40.65 ATOM 1052 C2A 2LM D2004 -9.091 -0.964 15.198 1.00 31.53 ATOM 1053 C4A 2LM D2004 -7.277 -3.754 19.015 1.00 34.87 ATOM 1054 C5A 2LM D2004 -7.819 -1.499 20.827 1.00 27.23 ATOM 1055 OP1 2LM D2004 -4.424 -0.873 22.399 1.00 19.43 ATOM 1056 OP2 2LM D2004 -5.822 -3.049 22.363 1.00 20.34 ATOM 1057 OP3 2LM D2004 -6.674 -1.051 23.591 1.00 21.39 ATOM 1058 OP4 2LM D2004 -6.468 -1.095 21.124 1.00 25.80 ATOM 1059 O2 2LM D2004 -8.024 -6.893 16.752 1.00 33.42 TER