HEADER TRANSCRIPTION,TRANSFERASE 24-JUL-08 3DXJ TITLE Crystal structure of thermus thermophilus rna polymerase holoenzyme TITLE 2 in complex with the antibiotic myxopyronin COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: BACTERIAL RNA POLYMERASE BETA-PRIME SUBUNIT; CHAIN D, N; COMPND 3 CHAIN: D, N; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.00 ANGSTORMS DBREF 3DXJ D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 61 ALA LYS ALA VAL ILE SER GLU ILE ASP GLY VAL VAL ARG SEQRES 2 D 61 ILE GLU GLU THR GLU GLU LYS LEU SER VAL PHE VAL GLU SEQRES 3 D 61 SER GLU GLY PHE SER LYS GLU TYR LYS LEU PRO LYS GLU SEQRES 4 D 61 ALA ARG LEU LEU VAL LYS ASP GLY ASP TYR VAL GLU ALA SEQRES 5 D 61 GLY GLN PRO LEU THR ARG GLY ALA ILE ATOM 1 N ALA D1270 -21.645 40.776 36.246 1.00 91.50 ATOM 2 CA ALA D1270 -21.499 39.598 37.097 1.00 91.38 ATOM 3 C ALA D1270 -20.260 39.870 37.945 1.00 91.58 ATOM 4 O ALA D1270 -19.454 38.975 38.209 1.00 93.05 ATOM 5 CB ALA D1270 -21.286 38.359 36.237 1.00 90.11 ATOM 6 N LYS D1271 -20.131 41.125 38.368 1.00 90.44 ATOM 7 CA LYS D1271 -18.989 41.596 39.139 1.00 88.09 ATOM 8 C LYS D1271 -18.583 40.769 40.349 1.00 86.54 ATOM 9 O LYS D1271 -19.402 40.458 41.214 1.00 86.70 ATOM 10 CB LYS D1271 -19.223 43.039 39.574 1.00 87.92 ATOM 11 CG LYS D1271 -17.982 43.695 40.126 1.00 88.06 ATOM 12 CD LYS D1271 -18.268 45.108 40.553 1.00 89.74 ATOM 13 CE LYS D1271 -17.054 45.700 41.222 1.00 91.24 ATOM 14 NZ LYS D1271 -17.439 46.830 42.107 1.00 93.92 ATOM 15 N ALA D1272 -17.299 40.422 40.393 1.00 84.49 ATOM 16 CA ALA D1272 -16.736 39.653 41.493 1.00 82.71 ATOM 17 C ALA D1272 -15.953 40.630 42.356 1.00 82.19 ATOM 18 O ALA D1272 -15.101 41.371 41.860 1.00 82.55 ATOM 19 CB ALA D1272 -15.817 38.562 40.963 1.00 81.24 ATOM 20 N VAL D1273 -16.259 40.640 43.647 1.00 81.17 ATOM 21 CA VAL D1273 -15.591 41.536 44.579 1.00 79.52 ATOM 22 C VAL D1273 -14.158 41.102 44.796 1.00 78.40 ATOM 23 O VAL D1273 -13.809 39.935 44.580 1.00 75.67 ATOM 24 CB VAL D1273 -16.300 41.547 45.917 1.00 80.14 ATOM 25 CG1 VAL D1273 -17.737 42.004 45.728 1.00 81.83 ATOM 26 CG2 VAL D1273 -16.250 40.158 46.523 1.00 81.34 ATOM 27 N ILE D1274 -13.335 42.040 45.253 1.00 79.04 ATOM 28 CA ILE D1274 -11.925 41.750 45.453 1.00 80.60 ATOM 29 C ILE D1274 -11.270 42.289 46.717 1.00 80.48 ATOM 30 O ILE D1274 -11.801 43.157 47.413 1.00 78.22 ATOM 31 CB ILE D1274 -11.112 42.266 44.263 1.00 81.32 ATOM 32 CG1 ILE D1274 -11.314 43.775 44.129 1.00 82.92 ATOM 33 CG2 ILE D1274 -11.575 41.592 42.991 1.00 82.93 ATOM 34 CD1 ILE D1274 -10.597 44.387 42.948 1.00 85.00 ATOM 35 N SER D1275 -10.086 41.750 46.982 1.00 82.44 ATOM 36 CA SER D1275 -9.280 42.127 48.128 1.00 84.82 ATOM 37 C SER D1275 -8.413 43.317 47.754 1.00 84.77 ATOM 38 O SER D1275 -7.699 43.287 46.752 1.00 83.46 ATOM 39 CB SER D1275 -8.381 40.960 48.539 1.00 87.83 ATOM 40 OG SER D1275 -7.431 41.359 49.515 1.00 92.93 ATOM 41 N GLU D1276 -8.472 44.361 48.568 1.00 85.10 ATOM 42 CA GLU D1276 -7.686 45.551 48.310 1.00 86.58 ATOM 43 C GLU D1276 -6.300 45.457 48.946 1.00 87.06 ATOM 44 O GLU D1276 -5.371 46.154 48.534 1.00 86.97 ATOM 45 CB GLU D1276 -8.446 46.767 48.821 1.00 86.94 ATOM 46 CG GLU D1276 -9.713 47.019 48.032 1.00 88.72 ATOM 47 CD GLU D1276 -10.810 47.632 48.871 1.00 92.42 ATOM 48 OE1 GLU D1276 -11.848 48.013 48.291 1.00 94.87 ATOM 49 OE2 GLU D1276 -10.643 47.723 50.107 1.00 94.32 ATOM 50 N ILE D1277 -6.163 44.586 49.942 1.00 87.99 ATOM 51 CA ILE D1277 -4.883 44.382 50.619 1.00 89.16 ATOM 52 C ILE D1277 -4.593 42.890 50.630 1.00 88.02 ATOM 53 O ILE D1277 -5.169 42.127 49.862 1.00 88.34 ATOM 54 CB ILE D1277 -4.922 44.852 52.088 1.00 91.94 ATOM 55 CG1 ILE D1277 -5.665 46.186 52.199 1.00 95.14 ATOM 56 CG2 ILE D1277 -3.492 44.989 52.628 1.00 91.45 ATOM 57 CD1 ILE D1277 -4.992 47.348 51.492 1.00 97.77 ATOM 58 N ASP D1278 -3.692 42.471 51.502 1.00 86.72 ATOM 59 CA ASP D1278 -3.383 41.062 51.597 1.00 87.05 ATOM 60 C ASP D1278 -3.992 40.587 52.904 1.00 85.83 ATOM 61 O ASP D1278 -4.959 41.177 53.388 1.00 86.16 ATOM 62 CB ASP D1278 -1.865 40.836 51.578 1.00 89.94 ATOM 63 CG ASP D1278 -1.201 41.398 50.319 1.00 92.83 ATOM 64 OD1 ASP D1278 -0.067 40.977 49.988 1.00 91.82 ATOM 65 OD2 ASP D1278 -1.813 42.273 49.665 1.00 94.93 ATOM 66 N GLY D1279 -3.441 39.528 53.476 1.00 83.55 ATOM 67 CA GLY D1279 -3.981 39.038 54.726 1.00 81.18 ATOM 68 C GLY D1279 -4.700 37.718 54.573 1.00 79.15 ATOM 69 O GLY D1279 -4.658 37.091 53.517 1.00 75.26 ATOM 70 N VAL D1280 -5.378 37.306 55.636 1.00 80.35 ATOM 71 CA VAL D1280 -6.090 36.042 55.629 1.00 81.14 ATOM 72 C VAL D1280 -7.601 36.176 55.812 1.00 80.65 ATOM 73 O VAL D1280 -8.114 37.185 56.299 1.00 77.41 ATOM 74 CB VAL D1280 -5.501 35.094 56.699 1.00 82.57 ATOM 75 CG1 VAL D1280 -6.158 33.736 56.618 1.00 82.42 ATOM 76 CG2 VAL D1280 -3.996 34.960 56.493 1.00 80.90 ATOM 77 N VAL D1281 -8.297 35.120 55.421 1.00 83.29 ATOM 78 CA VAL D1281 -9.746 35.058 55.456 1.00 87.32 ATOM 79 C VAL D1281 -10.434 34.714 56.770 1.00 90.11 ATOM 80 O VAL D1281 -10.140 33.687 57.386 1.00 90.27 ATOM 81 CB VAL D1281 -10.237 34.037 54.435 1.00 87.84 ATOM 82 CG1 VAL D1281 -11.733 34.163 54.259 1.00 89.71 ATOM 83 CG2 VAL D1281 -9.503 34.220 53.129 1.00 87.56 ATOM 84 N ARG D1282 -11.373 35.567 57.175 1.00 92.88 ATOM 85 CA ARG D1282 -12.166 35.328 58.379 1.00 95.71 ATOM 86 C ARG D1282 -13.628 35.591 58.025 1.00 96.83 ATOM 87 O ARG D1282 -14.045 36.736 57.818 1.00 95.88 ATOM 88 CB ARG D1282 -11.736 36.230 59.535 1.00 97.08 ATOM 89 CG ARG D1282 -12.253 35.729 60.880 1.00 98.31 ATOM 90 CD ARG D1282 -13.187 36.722 61.519 1.00100.01 ATOM 91 NE ARG D1282 -12.473 37.935 61.894 1.00103.58 ATOM 92 CZ ARG D1282 -13.065 39.040 62.328 1.00107.48 ATOM 93 NH1 ARG D1282 -14.386 39.081 62.438 1.00109.22 ATOM 94 NH2 ARG D1282 -12.338 40.103 62.656 1.00109.02 ATOM 95 N ILE D1283 -14.395 34.507 57.962 1.00 98.79 ATOM 96 CA ILE D1283 -15.804 34.546 57.591 1.00100.93 ATOM 97 C ILE D1283 -16.757 34.757 58.757 1.00102.59 ATOM 98 O ILE D1283 -16.552 34.213 59.843 1.00103.05 ATOM 99 CB ILE D1283 -16.212 33.232 56.899 1.00100.83 ATOM 100 CG1 ILE D1283 -15.127 32.806 55.904 1.00101.57 ATOM 101 CG2 ILE D1283 -17.539 33.418 56.188 1.00100.31 ATOM 102 CD1 ILE D1283 -15.314 31.410 55.331 1.00101.75 ATOM 103 N GLU D1284 -17.807 35.537 58.513 1.00103.91 ATOM 104 CA GLU D1284 -18.816 35.805 59.529 1.00105.61 ATOM 105 C GLU D1284 -20.218 35.733 58.940 1.00105.20 ATOM 106 O GLU D1284 -20.461 36.143 57.798 1.00104.28 ATOM 107 CB GLU D1284 -18.563 37.158 60.190 1.00109.15 ATOM 108 CG GLU D1284 -17.243 37.219 60.974 1.00113.57 ATOM 109 CD GLU D1284 -17.072 36.061 61.959 1.00115.61 ATOM 110 OE1 GLU D1284 -18.010 35.791 62.742 1.00116.88 ATOM 111 OE2 GLU D1284 -15.992 35.426 61.955 1.00115.74 ATOM 112 N GLU D1285 -21.136 35.220 59.745 1.00106.16 ATOM 113 CA GLU D1285 -22.497 34.997 59.318 1.00108.10 ATOM 114 C GLU D1285 -23.629 35.706 60.053 1.00108.23 ATOM 115 O GLU D1285 -23.446 36.549 60.940 1.00108.41 ATOM 116 CB GLU D1285 -22.770 33.489 59.361 1.00110.81 ATOM 117 CG GLU D1285 -22.177 32.771 60.604 1.00114.25 ATOM 118 CD GLU D1285 -22.890 33.090 61.935 1.00117.00 ATOM 119 OE1 GLU D1285 -22.363 32.683 62.999 1.00117.02 ATOM 120 OE2 GLU D1285 -23.970 33.727 61.929 1.00117.02 ATOM 121 N THR D1286 -24.820 35.304 59.627 1.00107.91 ATOM 122 CA THR D1286 -26.112 35.745 60.118 1.00107.04 ATOM 123 C THR D1286 -26.969 34.806 59.291 1.00106.99 ATOM 124 O THR D1286 -26.585 34.419 58.186 1.00106.46 ATOM 125 CB THR D1286 -26.406 37.227 59.740 1.00107.09 ATOM 126 OG1 THR D1286 -25.460 38.083 60.392 1.00109.59 ATOM 127 CG2 THR D1286 -27.798 37.649 60.184 1.00103.79 ATOM 128 N GLU D1287 -28.099 34.383 59.824 1.00108.40 ATOM 129 CA GLU D1287 -28.960 33.510 59.036 1.00110.45 ATOM 130 C GLU D1287 -29.652 34.461 58.075 1.00110.01 ATOM 131 O GLU D1287 -30.484 34.073 57.243 1.00110.93 ATOM 132 CB GLU D1287 -30.011 32.843 59.911 1.00112.99 ATOM 133 CG GLU D1287 -29.453 31.921 61.005 1.00116.32 ATOM 134 CD GLU D1287 -28.574 30.807 60.460 1.00117.02 ATOM 135 OE1 GLU D1287 -28.923 30.208 59.419 1.00117.02 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LYS D1289 -29.063 43.106 54.036 1.00103.42 ATOM 155 N LEU D1290 -24.674 38.336 55.237 1.00102.18 ATOM 156 CA LEU D1290 -23.399 37.703 54.896 1.00 98.78 ATOM 157 C LEU D1290 -22.297 38.710 54.573 1.00 96.74 ATOM 158 O LEU D1290 -22.460 39.569 53.703 1.00 95.24 ATOM 159 CB LEU D1290 -23.596 36.777 53.697 1.00 97.41 ATOM 160 CG LEU D1290 -22.332 36.165 53.104 1.00 93.83 ATOM 161 CD1 LEU D1290 -21.507 35.509 54.204 1.00 90.40 ATOM 162 CD2 LEU D1290 -22.733 35.163 52.029 1.00 93.79 ATOM 163 N SER D1291 -21.165 38.588 55.261 1.00 95.42 ATOM 164 CA SER D1291 -20.053 39.506 55.038 1.00 94.89 ATOM 165 C SER D1291 -18.693 38.836 55.162 1.00 94.14 ATOM 166 O SER D1291 -18.583 37.710 55.652 1.00 94.01 ATOM 167 CB SER D1291 -20.126 40.670 56.025 1.00 94.72 ATOM 168 OG SER D1291 -20.033 40.200 57.357 1.00 94.31 ATOM 169 N VAL D1292 -17.657 39.551 54.726 1.00 93.90 ATOM 170 CA VAL D1292 -16.292 39.039 54.768 1.00 93.29 ATOM 171 C VAL D1292 -15.279 40.042 55.296 1.00 94.37 ATOM 172 O VAL D1292 -15.374 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