HEADER TRANSCRIPTION, TRANSFERASE/ANTIBIOTIC 31-DEC-69 4OIP TITLE Crystal structure of Thermus thermophilus transcription initiation TITLE 2 complex soaked with GE23077, ATP, and CMPcPP COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.40 ANGSTORMS DBREF 4OIP D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 91 ALA ASP CYS GLY THR THR ASN TYR ILE SER VAL PRO LEU SEQRES 2 D 91 PHE GLN PRO ASP GLU VAL THR ARG SER LEU ARG LEU ARG SEQRES 3 D 91 LYS ARG ALA ASP ILE GLU ALA GLY LEU TYR GLY ARG VAL SEQRES 4 D 91 LEU ALA ARG GLU VAL GLU VAL LEU GLY VAL ARG LEU GLU SEQRES 5 D 91 GLU GLY ARG TYR LEU SER MET ASP ASP VAL HIS LEU LEU SEQRES 6 D 91 ILE LYS ALA ALA GLU ALA GLY GLU ILE GLN GLU VAL PRO SEQRES 7 D 91 VAL ARG SER PRO LEU THR CYS GLN THR ARG TYR GLY VAL ATOM 1 N ALA D1110 -27.854 26.231 66.001 1.00 42.66 ATOM 2 CA ALA D1110 -28.832 25.991 67.056 1.00 37.38 ATOM 3 C ALA D1110 -29.944 25.051 66.594 1.00 38.59 ATOM 4 O ALA D1110 -30.303 24.109 67.299 1.00 42.68 ATOM 5 CB ALA D1110 -29.413 27.304 67.553 1.00 40.29 ATOM 6 N ASP D1111 -30.502 25.316 65.417 1.00 38.50 ATOM 7 CA ASP D1111 -31.522 24.437 64.852 1.00 36.75 ATOM 8 C ASP D1111 -31.423 24.325 63.332 1.00 41.12 ATOM 9 O ASP D1111 -31.205 25.318 62.637 1.00 39.29 ATOM 10 CB ASP D1111 -32.923 24.893 65.265 1.00 38.84 ATOM 11 CG ASP D1111 -34.000 23.904 64.859 1.00 44.03 ATOM 12 OD1 ASP D1111 -33.672 22.718 64.646 1.00 42.40 ATOM 13 OD2 ASP D1111 -35.177 24.310 64.757 1.00 53.79 ATOM 14 N CYS D1112 -31.580 23.105 62.826 1.00 42.68 ATOM 15 CA CYS D1112 -31.600 22.858 61.389 1.00 40.58 ATOM 16 C CYS D1112 -33.024 22.934 60.849 1.00 40.60 ATOM 17 O CYS D1112 -33.247 22.858 59.641 1.00 42.37 ATOM 18 CB CYS D1112 -31.006 21.489 61.077 1.00 32.55 ATOM 19 SG CYS D1112 -31.877 20.135 61.877 1.00 34.43 ATOM 20 N GLY D1113 -33.985 23.064 61.757 1.00 38.79 ATOM 21 CA GLY D1113 -35.375 23.238 61.380 1.00 46.21 ATOM 22 C GLY D1113 -36.039 22.008 60.790 1.00 44.54 ATOM 23 O GLY D1113 -37.081 22.112 60.144 1.00 48.30 ATOM 24 N THR D1114 -35.445 20.841 61.008 1.00 40.51 ATOM 25 CA THR D1114 -36.026 19.607 60.496 1.00 43.47 ATOM 26 C THR D1114 -37.327 19.263 61.223 1.00 46.84 ATOM 27 O THR D1114 -37.462 19.489 62.426 1.00 45.40 ATOM 28 CB THR D1114 -35.036 18.418 60.579 1.00 42.78 ATOM 29 OG1 THR D1114 -35.589 17.283 59.902 1.00 46.05 ATOM 30 CG2 THR D1114 -34.739 18.047 62.029 1.00 37.37 ATOM 31 N THR D1115 -38.296 18.745 60.476 1.00 47.34 ATOM 32 CA THR D1115 -39.538 18.269 61.069 1.00 43.97 ATOM 33 C THR D1115 -39.444 16.770 61.335 1.00 48.87 ATOM 34 O THR D1115 -40.365 16.167 61.884 1.00 44.53 ATOM 35 CB THR D1115 -40.741 18.552 60.155 1.00 44.65 ATOM 36 OG1 THR D1115 -40.520 17.953 58.872 1.00 48.71 ATOM 37 CG2 THR D1115 -40.930 20.049 59.978 1.00 49.53 ATOM 38 N ASN D1116 -38.321 16.181 60.932 1.00 51.16 ATOM 39 CA ASN D1116 -38.066 14.755 61.119 1.00 41.86 ATOM 40 C ASN D1116 -37.604 14.413 62.534 1.00 45.77 ATOM 41 O ASN D1116 -37.015 15.248 63.224 1.00 44.14 ATOM 42 CB ASN D1116 -37.037 14.260 60.101 1.00 43.82 ATOM 43 CG ASN D1116 -37.438 14.567 58.672 1.00 55.08 ATOM 44 OD1 ASN D1116 -38.622 14.569 58.333 1.00 64.74 ATOM 45 ND2 ASN D1116 -36.449 14.830 57.823 1.00 52.43 ATOM 46 N TYR D1117 -37.863 13.177 62.953 1.00 44.70 ATOM 47 CA TYR D1117 -37.490 12.718 64.288 1.00 38.29 ATOM 48 C TYR D1117 -37.497 11.197 64.363 1.00 34.25 ATOM 49 O TYR D1117 -37.803 10.523 63.381 1.00 36.01 ATOM 50 CB TYR D1117 -38.454 13.283 65.331 1.00 34.60 ATOM 51 CG TYR D1117 -39.902 12.903 65.104 1.00 36.87 ATOM 52 CD1 TYR D1117 -40.449 11.776 65.706 1.00 37.66 ATOM 53 CD2 TYR D1117 -40.723 13.672 64.289 1.00 41.32 ATOM 54 CE1 TYR D1117 -41.771 11.425 65.499 1.00 39.91 ATOM 55 CE2 TYR D1117 -42.045 13.329 64.076 1.00 39.97 ATOM 56 CZ TYR D1117 -42.564 12.205 64.683 1.00 38.79 ATOM 57 OH TYR D1117 -43.880 11.861 64.474 1.00 38.69 ATOM 58 N ILE D1118 -37.166 10.655 65.532 1.00 31.58 ATOM 59 CA ILE D1118 -37.255 9.211 65.731 1.00 28.74 ATOM 60 C ILE D1118 -38.157 8.882 66.914 1.00 36.05 ATOM 61 O ILE D1118 -38.384 9.720 67.781 1.00 37.77 ATOM 62 CB ILE D1118 -35.873 8.562 65.946 1.00 24.36 ATOM 63 CG1 ILE D1118 -35.303 8.938 67.315 1.00 28.75 ATOM 64 CG2 ILE D1118 -34.919 8.952 64.830 1.00 29.36 ATOM 65 CD1 ILE D1118 -34.054 8.166 67.686 1.00 30.95 ATOM 66 N SER D1119 -38.679 7.661 66.947 1.00 36.90 ATOM 67 CA SER D1119 -39.540 7.246 68.046 1.00 35.49 ATOM 68 C SER D1119 -38.866 6.171 68.885 1.00 36.10 ATOM 69 O SER D1119 -38.686 5.042 68.431 1.00 47.36 ATOM 70 CB SER D1119 -40.880 6.733 67.517 1.00 45.71 ATOM 71 OG SER D1119 -41.614 7.773 66.894 1.00 56.84 ATOM 72 N VAL D1120 -38.500 6.525 70.111 1.00 31.80 ATOM 73 CA VAL D1120 -37.874 5.572 71.016 1.00 31.01 ATOM 74 C VAL D1120 -38.949 4.759 71.720 1.00 40.18 ATOM 75 O VAL D1120 -39.717 5.301 72.516 1.00 47.67 ATOM 76 CB VAL D1120 -37.018 6.282 72.075 1.00 27.36 ATOM 77 CG1 VAL D1120 -36.367 5.264 72.995 1.00 26.90 ATOM 78 CG2 VAL D1120 -35.970 7.157 71.408 1.00 31.41 ATOM 79 N PRO D1121 -39.015 3.453 71.424 1.00 40.70 ATOM 80 CA PRO D1121 -40.035 2.601 72.042 1.00 41.12 ATOM 81 C PRO D1121 -39.771 2.409 73.529 1.00 40.48 ATOM 82 O PRO D1121 -38.632 2.161 73.924 1.00 35.67 ATOM 83 CB PRO D1121 -39.879 1.274 71.296 1.00 41.13 ATOM 84 CG PRO D1121 -38.460 1.262 70.850 1.00 47.41 ATOM 85 CD PRO D1121 -38.114 2.691 70.542 1.00 43.95 ATOM 86 N LEU D1122 -40.814 2.536 74.342 1.00 47.61 ATOM 87 CA LEU D1122 -40.698 2.290 75.772 1.00 46.47 ATOM 88 C LEU D1122 -41.008 0.827 76.050 1.00 47.46 ATOM 89 O LEU D1122 -40.788 0.330 77.154 1.00 51.28 ATOM 90 CB LEU D1122 -41.663 3.189 76.546 1.00 39.79 ATOM 91 CG LEU D1122 -41.520 4.693 76.307 1.00 32.50 ATOM 92 CD1 LEU D1122 -42.653 5.452 76.972 1.00 39.56 ATOM 93 CD2 LEU D1122 -40.177 5.187 76.815 1.00 29.70 ATOM 94 N PHE D1123 -41.506 0.140 75.028 1.00 46.15 ATOM 95 CA PHE D1123 -41.864 -1.266 75.142 1.00 53.42 ATOM 96 C PHE D1123 -41.151 -2.085 74.076 1.00 61.40 ATOM 97 O PHE D1123 -40.862 -1.586 72.988 1.00 62.83 ATOM 98 CB PHE D1123 -43.378 -1.448 75.007 1.00 55.38 ATOM 99 CG PHE D1123 -44.162 -0.879 76.153 1.00 48.89 ATOM 100 CD1 PHE D1123 -44.437 -1.650 77.269 1.00 49.64 ATOM 101 CD2 PHE D1123 -44.623 0.426 76.114 1.00 50.93 ATOM 102 CE1 PHE D1123 -45.157 -1.131 78.327 1.00 50.43 ATOM 103 CE2 PHE D1123 -45.344 0.952 77.170 1.00 55.52 ATOM 104 CZ PHE D1123 -45.611 0.171 78.277 1.00 54.63 ATOM 105 N GLN D1124 -40.871 -3.343 74.394 1.00 67.32 ATOM 106 CA GLN D1124 -40.222 -4.236 73.443 1.00 70.98 ATOM 107 C GLN D1124 -40.909 -5.596 73.431 1.00 80.21 ATOM 108 O GLN D1124 -41.488 -6.010 74.439 1.00 88.05 ATOM 109 CB GLN D1124 -38.738 -4.396 73.779 1.00 74.08 ATOM 110 CG GLN D1124 -38.470 -5.008 75.143 1.00 80.63 ATOM 111 CD GLN D1124 -36.990 -5.190 75.416 1.00 83.69 ATOM 112 OE1 GLN D1124 -36.158 -5.011 74.526 1.00 74.58 ATOM 113 NE2 GLN D1124 -36.654 -5.544 76.651 1.00 82.39 ATOM 114 N PRO D1125 -40.863 -6.287 72.281 1.00 85.40 ATOM 115 CA PRO D1125 -41.409 -7.643 72.191 1.00 90.63 ATOM 116 C PRO D1125 -40.697 -8.581 73.157 1.00 97.44 ATOM 117 O PRO D1125 -39.509 -8.402 73.429 1.00 93.17 ATOM 118 CB PRO D1125 -41.107 -8.045 70.745 1.00 79.21 ATOM 119 CG PRO D1125 -41.035 -6.756 70.007 1.00 69.69 ATOM 120 CD PRO D1125 -40.413 -5.788 70.970 1.00 83.33 ATOM 121 N ASP D1126 -41.423 -9.567 73.668 1.00107.84 ATOM 122 CA ASP D1126 -40.863 -10.523 74.613 1.00118.36 ATOM 123 C ASP D1126 -40.544 -11.815 73.874 1.00133.32 ATOM 124 O ASP D1126 -41.247 -12.182 72.934 1.00138.64 ATOM 125 CB ASP D1126 -41.850 -10.783 75.753 1.00121.58 ATOM 126 CG ASP D1126 -41.216 -11.511 76.921 1.00126.86 ATOM 127 OD1 ASP D1126 -40.586 -10.846 77.770 1.00127.13 ATOM 128 OD2 ASP D1126 -41.352 -12.748 76.997 1.00124.89 ATOM 129 N GLU D1127 -39.472 -12.488 74.283 1.00136.25 ATOM 130 CA GLU D1127 -39.048 -13.728 73.635 1.00141.69 ATOM 131 C GLU D1127 -40.134 -14.806 73.653 1.00144.85 ATOM 132 O GLU D1127 -40.141 -15.705 72.813 1.00148.19 ATOM 133 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ATOM 151 CG2 THR D1129 -44.276 -13.691 69.390 1.00116.21 ATOM 152 N ARG D1130 -45.577 -13.560 73.660 1.00132.76 ATOM 153 CA ARG D1130 -46.878 -13.381 74.293 1.00133.52 ATOM 154 C ARG D1130 -47.408 -11.959 74.133 1.00135.88 ATOM 155 O ARG D1130 -48.520 -11.753 73.645 1.00132.98 ATOM 156 CB ARG D1130 -46.777 -13.726 75.780 1.00125.62 ATOM 157 CG ARG D1130 -47.971 -14.478 76.335 1.00122.51 ATOM 158 CD ARG D1130 -47.929 -14.497 77.852 1.00123.76 ATOM 159 NE ARG D1130 -48.091 -13.156 78.406 1.00128.64 ATOM 160 CZ ARG D1130 -47.968 -12.858 79.695 1.00129.30 ATOM 161 NH1 ARG D1130 -48.135 -11.608 80.106 1.00126.72 ATOM 162 NH2 ARG D1130 -47.673 -13.808 80.572 1.00128.54 ATOM 163 N SER D1131 -46.604 -10.982 74.542 1.00137.22 ATOM 164 CA SER D1131 -46.990 -9.578 74.446 1.00122.13 ATOM 165 C SER D1131 -45.774 -8.663 74.525 1.00105.19 ATOM 166 O SER D1131 -44.634 -9.127 74.551 1.00107.85 ATOM 167 CB SER D1131 -47.988 -9.218 75.551 1.00113.42 ATOM 168 OG SER D1131 -47.429 -9.429 76.836 1.00 99.30 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-34.143 5.092 78.586 1.00 31.96 ATOM 243 O ILE D1140 -34.234 6.074 77.851 1.00 30.12 ATOM 244 CB ILE D1140 -36.181 3.696 79.021 1.00 31.76 ATOM 245 CG1 ILE D1140 -36.927 2.415 78.649 1.00 38.91 ATOM 246 CG2 ILE D1140 -37.056 4.903 78.742 1.00 27.47 ATOM 247 CD1 ILE D1140 -38.279 2.285 79.315 1.00 44.99 ATOM 248 N GLU D1141 -33.416 5.088 79.699 1.00 31.92 ATOM 249 CA GLU D1141 -32.616 6.243 80.086 1.00 29.16 ATOM 250 C GLU D1141 -31.561 6.540 79.029 1.00 27.80 ATOM 251 O GLU D1141 -31.282 7.699 78.726 1.00 29.64 ATOM 252 CB GLU D1141 -31.945 6.006 81.439 1.00 33.08 ATOM 253 CG GLU D1141 -32.915 5.873 82.596 1.00 36.05 ATOM 254 CD GLU D1141 -32.212 5.750 83.932 1.00 43.40 ATOM 255 OE1 GLU D1141 -32.901 5.803 84.973 1.00 52.33 ATOM 256 OE2 GLU D1141 -30.973 5.598 83.941 1.00 43.12 ATOM 257 N ALA D1142 -30.986 5.482 78.466 1.00 31.44 ATOM 258 CA ALA D1142 -29.939 5.613 77.458 1.00 36.20 ATOM 259 C ALA D1142 -30.476 6.174 76.146 1.00 30.50 ATOM 260 O ALA D1142 -29.754 6.843 75.407 1.00 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