HEADER TRANSCRIPTION, TRANSFERASE/ANTIBIOTIC 31-DEC-69 4OIR TITLE Crystal structure of Thermus thermophilus RNA polymerase TITLE 2 transcription initiation complex soaked with GE23077 and rifamycin SV COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.10 ANGSTORMS DBREF 4OIR D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 91 ALA ASP CYS GLY THR THR ASN TYR ILE SER VAL PRO LEU SEQRES 2 D 91 PHE GLN PRO ASP GLU VAL THR ARG SER LEU ARG LEU ARG SEQRES 3 D 91 LYS ARG ALA ASP ILE GLU ALA GLY LEU TYR GLY ARG VAL SEQRES 4 D 91 LEU ALA ARG GLU VAL GLU VAL LEU GLY VAL ARG LEU GLU SEQRES 5 D 91 GLU GLY ARG TYR LEU SER MET ASP ASP VAL HIS LEU LEU SEQRES 6 D 91 ILE LYS ALA ALA GLU ALA GLY GLU ILE GLN GLU VAL PRO SEQRES 7 D 91 VAL ARG SER PRO LEU THR CYS GLN THR ARG TYR GLY VAL ATOM 1 N ALA D1110 -27.869 26.158 66.219 1.00 38.41 ATOM 2 CA ALA D1110 -28.912 25.974 67.227 1.00 28.85 ATOM 3 C ALA D1110 -29.994 24.990 66.794 1.00 29.94 ATOM 4 O ALA D1110 -30.409 24.131 67.568 1.00 35.51 ATOM 5 CB ALA D1110 -29.523 27.309 67.610 1.00 26.46 ATOM 6 N ASP D1111 -30.475 25.144 65.566 1.00 26.76 ATOM 7 CA ASP D1111 -31.469 24.227 65.028 1.00 28.52 ATOM 8 C ASP D1111 -31.354 24.118 63.511 1.00 36.25 ATOM 9 O ASP D1111 -31.092 25.106 62.824 1.00 37.77 ATOM 10 CB ASP D1111 -32.876 24.684 65.421 1.00 31.39 ATOM 11 CG ASP D1111 -33.906 23.574 65.316 1.00 38.32 ATOM 12 OD1 ASP D1111 -33.726 22.661 64.484 1.00 42.45 ATOM 13 OD2 ASP D1111 -34.899 23.614 66.073 1.00 43.33 ATOM 14 N CYS D1112 -31.567 22.911 62.994 1.00 40.00 ATOM 15 CA CYS D1112 -31.619 22.681 61.555 1.00 37.83 ATOM 16 C CYS D1112 -33.058 22.812 61.066 1.00 35.26 ATOM 17 O CYS D1112 -33.326 22.788 59.865 1.00 36.12 ATOM 18 CB CYS D1112 -31.075 21.297 61.221 1.00 32.47 ATOM 19 SG CYS D1112 -31.899 19.971 62.124 1.00 29.74 ATOM 20 N GLY D1113 -33.980 22.941 62.014 1.00 35.06 ATOM 21 CA GLY D1113 -35.386 23.116 61.704 1.00 39.47 ATOM 22 C GLY D1113 -36.079 21.867 61.197 1.00 33.31 ATOM 23 O GLY D1113 -37.166 21.944 60.625 1.00 31.34 ATOM 24 N THR D1114 -35.462 20.711 61.412 1.00 34.05 ATOM 25 CA THR D1114 -36.041 19.464 60.931 1.00 38.03 ATOM 26 C THR D1114 -37.337 19.111 61.658 1.00 35.45 ATOM 27 O THR D1114 -37.473 19.326 62.861 1.00 38.54 ATOM 28 CB THR D1114 -35.051 18.284 61.028 1.00 36.47 ATOM 29 OG1 THR D1114 -35.622 17.135 60.391 1.00 45.09 ATOM 30 CG2 THR D1114 -34.738 17.949 62.480 1.00 35.23 ATOM 31 N THR D1115 -38.298 18.591 60.906 1.00 35.47 ATOM 32 CA THR D1115 -39.535 18.104 61.491 1.00 36.18 ATOM 33 C THR D1115 -39.424 16.607 61.742 1.00 41.68 ATOM 34 O THR D1115 -40.336 15.987 62.288 1.00 41.61 ATOM 35 CB THR D1115 -40.728 18.374 60.568 1.00 41.26 ATOM 36 OG1 THR D1115 -40.469 17.811 59.276 1.00 45.19 ATOM 37 CG2 THR D1115 -40.955 19.871 60.426 1.00 47.36 ATOM 38 N ASN D1116 -38.295 16.034 61.335 1.00 43.67 ATOM 39 CA ASN D1116 -38.045 14.605 61.498 1.00 41.65 ATOM 40 C ASN D1116 -37.608 14.243 62.914 1.00 40.48 ATOM 41 O ASN D1116 -37.039 15.070 63.629 1.00 37.85 ATOM 42 CB ASN D1116 -37.003 14.125 60.486 1.00 41.64 ATOM 43 CG ASN D1116 -37.471 14.276 59.053 1.00 47.95 ATOM 44 OD1 ASN D1116 -38.626 13.992 58.732 1.00 53.49 ATOM 45 ND2 ASN D1116 -36.575 14.729 58.182 1.00 44.88 ATOM 46 N TYR D1117 -37.876 13.002 63.308 1.00 36.23 ATOM 47 CA TYR D1117 -37.516 12.519 64.637 1.00 34.13 ATOM 48 C TYR D1117 -37.503 10.993 64.668 1.00 33.93 ATOM 49 O TYR D1117 -37.763 10.344 63.652 1.00 34.26 ATOM 50 CB TYR D1117 -38.489 13.067 65.688 1.00 31.35 ATOM 51 CG TYR D1117 -39.930 12.653 65.476 1.00 33.12 ATOM 52 CD1 TYR D1117 -40.474 11.581 66.171 1.00 35.06 ATOM 53 CD2 TYR D1117 -40.746 13.333 64.579 1.00 41.78 ATOM 54 CE1 TYR D1117 -41.790 11.194 65.979 1.00 38.59 ATOM 55 CE2 TYR D1117 -42.065 12.954 64.379 1.00 44.91 ATOM 56 CZ TYR D1117 -42.581 11.884 65.082 1.00 45.13 ATOM 57 OH TYR D1117 -43.891 11.500 64.890 1.00 40.91 ATOM 58 N ILE D1118 -37.188 10.425 65.829 1.00 28.09 ATOM 59 CA ILE D1118 -37.262 8.980 66.021 1.00 26.41 ATOM 60 C ILE D1118 -38.094 8.642 67.254 1.00 29.18 ATOM 61 O ILE D1118 -38.212 9.446 68.177 1.00 28.67 ATOM 62 CB ILE D1118 -35.866 8.330 66.161 1.00 22.76 ATOM 63 CG1 ILE D1118 -35.196 8.757 67.466 1.00 23.17 ATOM 64 CG2 ILE D1118 -34.989 8.678 64.977 1.00 24.47 ATOM 65 CD1 ILE D1118 -33.960 7.963 67.797 1.00 21.37 ATOM 66 N SER D1119 -38.672 7.447 67.265 1.00 30.84 ATOM 67 CA SER D1119 -39.463 7.002 68.403 1.00 30.51 ATOM 68 C SER D1119 -38.705 5.966 69.219 1.00 35.08 ATOM 69 O SER D1119 -38.388 4.887 68.724 1.00 42.24 ATOM 70 CB SER D1119 -40.794 6.418 67.933 1.00 34.59 ATOM 71 OG SER D1119 -41.553 7.393 67.242 1.00 46.44 ATOM 72 N VAL D1120 -38.408 6.302 70.469 1.00 33.82 ATOM 73 CA VAL D1120 -37.754 5.368 71.371 1.00 32.33 ATOM 74 C VAL D1120 -38.808 4.487 72.027 1.00 36.76 ATOM 75 O VAL D1120 -39.619 4.972 72.814 1.00 40.88 ATOM 76 CB VAL D1120 -36.968 6.108 72.470 1.00 34.72 ATOM 77 CG1 VAL D1120 -36.311 5.116 73.417 1.00 35.75 ATOM 78 CG2 VAL D1120 -35.929 7.030 71.851 1.00 32.26 ATOM 79 N PRO D1121 -38.806 3.186 71.700 1.00 37.96 ATOM 80 CA PRO D1121 -39.791 2.270 72.280 1.00 39.73 ATOM 81 C PRO D1121 -39.531 2.046 73.763 1.00 39.25 ATOM 82 O PRO D1121 -38.383 1.865 74.164 1.00 35.99 ATOM 83 CB PRO D1121 -39.565 0.976 71.496 1.00 34.99 ATOM 84 CG PRO D1121 -38.142 1.039 71.084 1.00 42.42 ATOM 85 CD PRO D1121 -37.848 2.489 70.825 1.00 41.64 ATOM 86 N LEU D1122 -40.587 2.085 74.567 1.00 42.15 ATOM 87 CA LEU D1122 -40.472 1.798 75.990 1.00 40.68 ATOM 88 C LEU D1122 -40.730 0.319 76.248 1.00 43.28 ATOM 89 O LEU D1122 -40.540 -0.169 77.361 1.00 46.48 ATOM 90 CB LEU D1122 -41.440 2.670 76.795 1.00 39.76 ATOM 91 CG LEU D1122 -41.222 4.184 76.692 1.00 35.08 ATOM 92 CD1 LEU D1122 -42.323 4.948 77.400 1.00 29.96 ATOM 93 CD2 LEU D1122 -39.864 4.571 77.252 1.00 33.69 ATOM 94 N PHE D1123 -41.158 -0.392 75.208 1.00 42.92 ATOM 95 CA PHE D1123 -41.487 -1.809 75.326 1.00 50.83 ATOM 96 C PHE D1123 -40.794 -2.657 74.260 1.00 59.15 ATOM 97 O PHE D1123 -40.899 -2.381 73.065 1.00 59.58 ATOM 98 CB PHE D1123 -43.004 -2.019 75.244 1.00 56.43 ATOM 99 CG PHE D1123 -43.766 -1.397 76.378 1.00 51.32 ATOM 100 CD1 PHE D1123 -43.981 -2.100 77.552 1.00 50.62 ATOM 101 CD2 PHE D1123 -44.271 -0.112 76.269 1.00 55.43 ATOM 102 CE1 PHE D1123 -44.678 -1.532 78.601 1.00 46.05 ATOM 103 CE2 PHE D1123 -44.972 0.463 77.315 1.00 60.65 ATOM 104 CZ PHE D1123 -45.175 -0.249 78.483 1.00 55.34 ATOM 105 N GLN D1124 -40.084 -3.688 74.706 1.00 66.38 ATOM 106 CA GLN D1124 -39.445 -4.641 73.803 1.00 74.59 ATOM 107 C GLN D1124 -40.271 -5.920 73.689 1.00 77.08 ATOM 108 O GLN D1124 -40.679 -6.492 74.701 1.00 73.19 ATOM 109 CB GLN D1124 -38.019 -4.958 74.265 1.00 73.20 ATOM 110 CG GLN D1124 -37.923 -5.488 75.688 1.00 77.30 ATOM 111 CD GLN D1124 -36.492 -5.634 76.161 1.00 86.18 ATOM 112 OE1 GLN D1124 -35.551 -5.357 75.417 1.00 87.69 ATOM 113 NE2 GLN D1124 -36.320 -6.068 77.406 1.00 77.90 ATOM 114 N PRO D1125 -40.543 -6.361 72.451 1.00 83.31 ATOM 115 CA PRO D1125 -41.286 -7.610 72.262 1.00 94.45 ATOM 116 C PRO D1125 -40.525 -8.788 72.861 1.00106.67 ATOM 117 O PRO D1125 -39.335 -8.952 72.596 1.00107.90 ATOM 118 CB PRO D1125 -41.368 -7.745 70.736 1.00 86.19 ATOM 119 CG PRO D1125 -40.251 -6.906 70.213 1.00 83.63 ATOM 120 CD PRO D1125 -40.129 -5.762 71.171 1.00 85.21 ATOM 121 N ASP D1126 -41.213 -9.593 73.664 1.00118.21 ATOM 122 CA ASP D1126 -40.585 -10.724 74.335 1.00132.49 ATOM 123 C ASP D1126 -40.752 -11.986 73.495 1.00147.67 ATOM 124 O ASP D1126 -41.812 -12.219 72.916 1.00143.87 ATOM 125 CB ASP D1126 -41.191 -10.920 75.727 1.00131.01 ATOM 126 CG ASP D1126 -40.249 -11.628 76.680 1.00135.39 ATOM 127 OD1 ASP D1126 -39.407 -12.418 76.209 1.00143.66 ATOM 128 OD2 ASP D1126 -40.350 -11.390 77.903 1.00129.00 ATOM 129 N GLU D1127 -39.696 -12.790 73.418 1.00156.96 ATOM 130 CA GLU D1127 -39.713 -14.004 72.608 1.00157.04 ATOM 131 C GLU D1127 -40.435 -15.156 73.305 1.00160.71 ATOM 132 O GLU D1127 -41.210 -15.882 72.680 1.00156.78 ATOM 133 CB GLU D1127 -38.287 -14.433 72.245 1.00154.82 ATOM 134 CG GLU D1127 -37.291 -13.290 72.103 1.00152.83 ATOM 135 CD GLU D1127 -36.642 -12.910 73.424 1.00149.19 ATOM 136 OE1 GLU D1127 -35.715 -12.073 73.415 1.00143.45 ATOM 137 OE2 GLU D1127 -37.059 -13.448 74.472 1.00146.30 ATOM 138 N VAL D1128 -40.179 -15.315 74.601 1.00163.69 ATOM 139 CA VAL D1128 -40.711 -16.446 75.363 1.00162.38 ATOM 140 C VAL D1128 -42.201 -16.309 75.687 1.00157.00 ATOM 141 O VAL D1128 -42.969 -17.256 75.507 1.00158.12 ATOM 142 CB VAL D1128 -39.880 -16.714 76.651 1.00153.90 ATOM 143 CG1 VAL D1128 -39.181 -15.448 77.119 1.00147.29 ATOM 144 CG2 VAL D1128 -40.747 -17.308 77.757 1.00151.41 ATOM 145 N THR D1129 -42.611 -15.133 76.151 1.00152.70 ATOM 146 CA THR D1129 -44.016 -14.899 76.469 1.00151.51 ATOM 147 C THR D1129 -44.802 -14.455 75.235 1.00150.45 ATOM 148 O THR D1129 -46.034 -14.437 75.247 1.00143.06 ATOM 149 CB THR D1129 -44.179 -13.853 77.591 1.00144.12 ATOM 150 OG1 THR D1129 -43.611 -12.605 77.174 1.00140.97 ATOM 151 CG2 THR D1129 -43.482 -14.321 78.860 1.00136.37 ATOM 152 N ARG D1130 -44.074 -14.115 74.173 1.00151.16 ATOM 153 CA ARG D1130 -44.659 -13.619 72.924 1.00146.56 ATOM 154 C ARG D1130 -45.632 -12.457 73.122 1.00140.69 ATOM 155 O ARG D1130 -46.655 -12.367 72.443 1.00145.94 ATOM 156 CB ARG D1130 -45.314 -14.753 72.126 1.00147.56 ATOM 157 CG ARG D1130 -44.451 -15.308 70.991 1.00142.75 ATOM 158 CD ARG D1130 -44.444 -14.386 69.771 1.00139.48 ATOM 159 NE ARG D1130 -43.579 -13.222 69.945 1.00145.58 ATOM 160 CZ ARG D1130 -43.533 -12.191 69.106 1.00146.34 ATOM 161 NH1 ARG D1130 -44.308 -12.173 68.030 1.00137.89 ATOM 162 NH2 ARG D1130 -42.714 -11.176 69.346 1.00149.19 ATOM 163 N SER D1131 -45.299 -11.571 74.054 1.00134.95 ATOM 164 CA SER D1131 -46.086 -10.371 74.306 1.00118.40 ATOM 165 C SER D1131 -45.156 -9.244 74.733 1.00108.86 ATOM 166 O SER D1131 -44.017 -9.488 75.126 1.00119.49 ATOM 167 CB SER D1131 -47.141 -10.625 75.386 1.00113.71 ATOM 168 OG SER D1131 -46.539 -10.851 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-36.336 2.662 86.760 1.00 68.26 ATOM 224 CZ ARG D1137 -37.214 3.553 87.209 1.00 65.71 ATOM 225 NH1 ARG D1137 -38.511 3.378 86.994 1.00 59.42 ATOM 226 NH2 ARG D1137 -36.793 4.618 87.878 1.00 59.74 ATOM 227 N ALA D1138 -32.260 1.344 83.023 1.00 44.12 ATOM 228 CA ALA D1138 -31.083 1.959 82.417 1.00 39.49 ATOM 229 C ALA D1138 -31.149 1.952 80.893 1.00 38.51 ATOM 230 O ALA D1138 -30.687 2.887 80.239 1.00 36.64 ATOM 231 CB ALA D1138 -29.821 1.264 82.894 1.00 46.68 ATOM 232 N ASP D1139 -31.725 0.893 80.334 1.00 38.55 ATOM 233 CA ASP D1139 -31.849 0.770 78.888 1.00 40.02 ATOM 234 C ASP D1139 -32.733 1.874 78.324 1.00 39.88 ATOM 235 O ASP D1139 -32.443 2.431 77.265 1.00 43.35 ATOM 236 CB ASP D1139 -32.398 -0.606 78.507 1.00 44.57 ATOM 237 CG ASP D1139 -31.378 -1.714 78.700 1.00 50.18 ATOM 238 OD1 ASP D1139 -30.510 -1.583 79.592 1.00 48.01 ATOM 239 OD2 ASP D1139 -31.443 -2.715 77.956 1.00 48.45 ATOM 240 N ILE D1140 -33.808 2.183 79.042 1.00 37.34 ATOM 241 CA ILE D1140 -34.699 3.276 78.671 1.00 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-29.580 6.829 75.782 1.00 26.22 ATOM 261 CB ALA D1142 -29.170 4.163 77.472 1.00 36.45 ATOM 262 N GLY D1143 -31.596 5.867 76.091 1.00 33.93 ATOM 263 CA GLY D1143 -32.148 6.381 74.849 1.00 31.97 ATOM 264 C GLY D1143 -33.069 7.568 75.052 1.00 28.93 ATOM 265 O GLY D1143 -33.583 8.133 74.089 1.00 27.27 ATOM 266 N LEU D1144 -33.263 7.948 76.312 1.00 30.02 ATOM 267 CA LEU D1144 -34.180 9.028 76.687 1.00 25.39 ATOM 268 C LEU D1144 -33.500 10.242 77.321 1.00 22.24 ATOM 269 O LEU D1144 -33.627 11.353 76.812 1.00 23.14 ATOM 270 CB LEU D1144 -35.330 8.524 77.560 1.00 24.39 ATOM 271 CG LEU D1144 -36.482 7.904 76.768 1.00 22.85 ATOM 272 CD1 LEU D1144 -37.655 7.585 77.677 1.00 25.10 ATOM 273 CD2 LEU D1144 -36.907 8.829 75.639 1.00 18.92 ATOM 274 N TYR D1145 -32.830 10.029 78.452 1.00 18.01 ATOM 275 CA TYR D1145 -32.297 11.120 79.268 1.00 18.21 ATOM 276 C TYR D1145 -31.486 12.128 78.472 1.00 20.35 ATOM 277 O TYR D1145 -30.617 11.766 77.688 1.00 22.17 ATOM 278 CB TYR D1145 -31.426 10.561 80.394 1.00 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