HEADER transcription/dna/rna 13-JAN-15 4XLN TITLE Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex TITLE 2 containing bubble promoter and RNA COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D, J; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 4.00 ANGSTORMS DBREF 4XLN D 1 1524 UNP Q9KWU6 RPOC_THEAQ 1 1524 SEQRES 1 D 61 ALA LYS ALA VAL ILE SER GLU ILE ASP GLY VAL VAL ARG SEQRES 2 D 61 ILE GLU GLU GLY GLU ASP ARG LEU SER VAL PHE VAL GLU SEQRES 3 D 61 SER GLU GLY PHE SER LYS GLU TYR LYS LEU PRO LYS ASP SEQRES 4 D 61 ALA ARG LEU LEU VAL LYS ASP GLY ASP TYR VAL GLU ALA SEQRES 5 D 61 GLY GLN PRO LEU THR ARG GLY ALA ILE ATOM 1 N ALA D1270 19.868 107.428 110.699 1.00 94.82 ATOM 2 CA ALA D1270 20.676 108.611 110.966 1.00106.51 ATOM 3 C ALA D1270 19.813 109.862 111.049 1.00 86.79 ATOM 4 O ALA D1270 20.339 110.975 111.085 1.00 68.15 ATOM 5 CB ALA D1270 21.749 108.774 109.900 1.00111.41 ATOM 6 N LYS D1271 18.495 109.665 111.086 1.00 98.81 ATOM 7 CA LYS D1271 17.514 110.688 110.720 1.00112.71 ATOM 8 C LYS D1271 17.797 112.054 111.330 1.00 72.46 ATOM 9 O LYS D1271 18.000 112.194 112.536 1.00 72.21 ATOM 10 CB LYS D1271 16.112 110.229 111.137 1.00135.76 ATOM 11 CG LYS D1271 15.039 111.306 111.043 1.00102.17 ATOM 12 CD LYS D1271 13.699 110.809 111.572 1.00 92.61 ATOM 13 CE LYS D1271 13.770 110.482 113.057 1.00 87.60 ATOM 14 NZ LYS D1271 12.454 110.034 113.595 1.00 54.26 ATOM 15 N ALA D1272 17.805 113.057 110.460 1.00 49.43 ATOM 16 CA ALA D1272 18.251 114.394 110.812 1.00 51.64 ATOM 17 C ALA D1272 17.078 115.349 110.957 1.00 56.28 ATOM 18 O ALA D1272 16.161 115.353 110.135 1.00 48.66 ATOM 19 CB ALA D1272 19.222 114.908 109.763 1.00 51.86 ATOM 20 N VAL D1273 17.116 116.160 112.006 1.00 58.98 ATOM 21 CA VAL D1273 16.064 117.134 112.250 1.00 55.95 ATOM 22 C VAL D1273 16.096 118.242 111.202 1.00 50.12 ATOM 23 O VAL D1273 17.163 118.647 110.738 1.00 58.19 ATOM 24 CB VAL D1273 16.167 117.740 113.665 1.00 69.10 ATOM 25 CG1 VAL D1273 15.970 116.658 114.716 1.00 78.19 ATOM 26 CG2 VAL D1273 17.508 118.433 113.855 1.00 85.30 ATOM 27 N ILE D1274 14.916 118.712 110.817 1.00 32.51 ATOM 28 CA ILE D1274 14.799 119.790 109.845 1.00 33.57 ATOM 29 C ILE D1274 13.865 120.869 110.378 1.00 49.63 ATOM 30 O ILE D1274 12.927 120.576 111.119 1.00 56.18 ATOM 31 CB ILE D1274 14.282 119.277 108.488 1.00 34.18 ATOM 32 CG1 ILE D1274 13.006 118.455 108.678 1.00 50.58 ATOM 33 CG2 ILE D1274 15.340 118.436 107.797 1.00 33.87 ATOM 34 CD1 ILE D1274 12.481 117.847 107.396 1.00 50.39 ATOM 35 N SER D1275 14.129 122.117 110.005 1.00 76.26 ATOM 36 CA SER D1275 13.319 123.232 110.477 1.00 87.87 ATOM 37 C SER D1275 11.932 123.177 109.849 1.00 64.51 ATOM 38 O SER D1275 11.796 123.137 108.626 1.00 69.66 ATOM 39 CB SER D1275 13.998 124.565 110.155 1.00 89.86 ATOM 40 OG SER D1275 13.250 125.655 110.665 1.00 58.90 ATOM 41 N GLU D1276 10.906 123.171 110.692 1.00 59.20 ATOM 42 CA GLU D1276 9.531 123.068 110.220 1.00 68.28 ATOM 43 C GLU D1276 9.066 124.377 109.589 1.00 62.90 ATOM 44 O GLU D1276 8.233 124.379 108.683 1.00 75.51 ATOM 45 CB GLU D1276 8.600 122.663 111.365 1.00110.36 ATOM 46 CG GLU D1276 9.027 121.393 112.088 1.00102.91 ATOM 47 CD GLU D1276 8.012 120.937 113.118 1.00127.51 ATOM 48 OE1 GLU D1276 6.798 121.075 112.859 1.00142.38 ATOM 49 OE2 GLU D1276 8.429 120.441 114.186 1.00139.35 ATOM 50 N ILE D1277 9.612 125.487 110.074 1.00 60.20 ATOM 51 CA ILE D1277 9.302 126.804 109.531 1.00 87.78 ATOM 52 C ILE D1277 10.588 127.570 109.254 1.00 84.57 ATOM 53 O ILE D1277 11.681 127.064 109.514 1.00 93.84 ATOM 54 CB ILE D1277 8.413 127.617 110.496 1.00109.16 ATOM 55 CG1 ILE D1277 8.897 127.463 111.942 1.00110.31 ATOM 56 CG2 ILE D1277 6.966 127.168 110.388 1.00123.80 ATOM 57 CD1 ILE D1277 9.933 128.485 112.377 1.00 79.00 ATOM 58 N ASP D1278 10.468 128.787 108.730 1.00 80.26 ATOM 59 CA ASP D1278 11.651 129.613 108.556 1.00 99.42 ATOM 60 C ASP D1278 11.782 130.535 109.758 1.00 99.81 ATOM 61 O ASP D1278 11.042 131.510 109.895 1.00108.91 ATOM 62 CB ASP D1278 11.531 130.449 107.281 1.00148.46 ATOM 63 CG ASP D1278 10.579 129.839 106.271 1.00130.26 ATOM 64 OD1 ASP D1278 11.045 129.110 105.371 1.00113.48 ATOM 65 OD2 ASP D1278 9.361 130.091 106.378 1.00143.95 ATOM 66 N GLY D1279 12.731 130.214 110.630 1.00 87.27 ATOM 67 CA GLY D1279 13.059 131.053 111.764 1.00105.53 ATOM 68 C GLY D1279 14.451 131.638 111.669 1.00 96.59 ATOM 69 O GLY D1279 15.087 131.609 110.616 1.00103.04 ATOM 70 N VAL D1280 14.922 132.172 112.791 1.00102.65 ATOM 71 CA VAL D1280 16.340 132.416 112.989 1.00 95.20 ATOM 72 C VAL D1280 16.858 131.312 113.902 1.00 64.27 ATOM 73 O VAL D1280 16.141 130.847 114.797 1.00 66.42 ATOM 74 CB VAL D1280 16.621 133.801 113.610 1.00111.64 ATOM 75 CG1 VAL D1280 16.359 134.904 112.596 1.00160.29 ATOM 76 CG2 VAL D1280 15.788 134.012 114.868 1.00 85.38 ATOM 77 N VAL D1281 18.090 130.875 113.657 1.00 82.22 ATOM 78 CA VAL D1281 18.697 129.814 114.451 1.00 88.32 ATOM 79 C VAL D1281 19.364 130.378 115.698 1.00101.42 ATOM 80 O VAL D1281 20.167 131.306 115.620 1.00107.12 ATOM 81 CB VAL D1281 19.722 129.006 113.635 1.00 79.81 ATOM 82 CG1 VAL D1281 20.666 128.236 114.553 1.00 61.01 ATOM 83 CG2 VAL D1281 19.011 128.063 112.676 1.00102.46 ATOM 84 N ARG D1282 19.011 129.820 116.850 1.00101.35 ATOM 85 CA ARG D1282 19.608 130.222 118.111 1.00 98.19 ATOM 86 C ARG D1282 20.075 128.983 118.862 1.00 94.45 ATOM 87 O ARG D1282 19.262 128.153 119.268 1.00 73.91 ATOM 88 CB ARG D1282 18.598 131.012 118.941 1.00102.25 ATOM 89 CG ARG D1282 19.193 131.745 120.127 1.00146.07 ATOM 90 CD ARG D1282 18.165 132.665 120.761 1.00141.12 ATOM 91 NE ARG D1282 16.950 131.948 121.137 1.00132.37 ATOM 92 CZ ARG D1282 16.783 131.323 122.297 1.00108.99 ATOM 93 NH1 ARG D1282 17.756 131.324 123.198 1.00101.86 ATOM 94 NH2 ARG D1282 15.645 130.696 122.558 1.00 96.73 ATOM 95 N ILE D1283 21.385 128.858 119.044 1.00113.69 ATOM 96 CA ILE D1283 21.952 127.682 119.691 1.00 99.26 ATOM 97 C ILE D1283 22.007 127.870 121.198 1.00120.21 ATOM 98 O ILE D1283 22.675 128.778 121.694 1.00145.10 ATOM 99 CB ILE D1283 23.375 127.389 119.179 1.00112.45 ATOM 100 CG1 ILE D1283 23.382 127.259 117.655 1.00125.02 ATOM 101 CG2 ILE D1283 23.927 126.131 119.832 1.00 88.86 ATOM 102 CD1 ILE D1283 24.747 126.951 117.077 1.00112.60 ATOM 103 N GLU D1284 21.305 127.010 121.927 1.00117.73 ATOM 104 CA GLU D1284 21.308 127.092 123.381 1.00117.08 ATOM 105 C GLU D1284 21.499 125.740 124.063 1.00120.64 ATOM 106 O GLU D1284 20.717 124.800 123.870 1.00145.03 ATOM 107 CB GLU D1284 20.036 127.769 123.895 1.00 98.69 ATOM 108 CG GLU D1284 19.977 127.886 125.410 1.00101.27 ATOM 109 CD GLU D1284 18.793 128.700 125.890 1.00128.14 ATOM 110 OE1 GLU D1284 18.314 129.562 125.124 1.00125.50 ATOM 111 OE2 GLU D1284 18.339 128.475 127.032 1.00142.07 ATOM 112 N GLU D1285 22.587 125.632 124.813 1.00112.73 ATOM 113 CA GLU D1285 22.731 124.565 125.788 1.00160.01 ATOM 114 C GLU D1285 23.570 124.978 126.994 1.00197.46 ATOM 115 O GLU D1285 24.630 125.586 126.845 1.00206.62 ATOM 116 CB GLU D1285 23.295 123.301 125.129 1.00175.12 ATOM 117 CG GLU D1285 24.230 123.560 123.961 1.00164.98 ATOM 118 CD GLU D1285 25.678 123.693 124.384 1.00165.47 ATOM 119 OE1 GLU D1285 26.271 122.676 124.800 1.00147.83 ATOM 120 OE2 GLU D1285 26.223 124.813 124.298 1.00152.00 ATOM 121 N GLY D1286 23.090 124.644 128.188 1.00222.31 ATOM 122 CA GLY D1286 23.963 124.522 129.339 1.00237.35 ATOM 123 C GLY D1286 24.485 123.117 129.137 1.00222.01 ATOM 124 O GLY D1286 23.982 122.425 128.250 1.00206.48 ATOM 125 N GLU D1287 25.442 122.641 129.922 1.00222.81 ATOM 126 CA GLU D1287 25.942 121.330 129.554 1.00198.51 ATOM 127 C GLU D1287 25.084 120.300 130.267 1.00191.59 ATOM 128 O GLU D1287 25.311 119.945 131.424 1.00190.43 ATOM 129 CB GLU D1287 27.411 121.200 129.973 1.00185.15 ATOM 130 CG GLU D1287 27.990 119.793 129.889 1.00203.34 ATOM 131 CD GLU D1287 28.086 119.276 128.470 1.00219.11 ATOM 132 OE1 GLU D1287 28.732 119.944 127.634 1.00225.18 ATOM 133 OE2 GLU D1287 27.516 118.201 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