HEADER transcription/DNA 13-JAN-15 4XLP TITLE Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex TITLE 2 containing upstream fork promoter COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D, J; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 4.00 ANGSTORMS REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 ARG D 1239 REMARK 465 THR D 1240 REMARK 465 PHE D 1241 REMARK 465 HIS D 1242 REMARK 465 THR D 1243 REMARK 465 GLY D 1244 REMARK 465 GLY D 1245 REMARK 465 VAL D 1246 REMARK 465 ALA D 1247 REMARK 465 VAL D 1248 REMARK 465 GLY D 1249 REMARK 465 THR D 1250 REMARK 465 ASP D 1251 REMARK 465 ILE D 1252 DBREF 4XLP D 1 1524 UNP Q9KWU6 RPOC_THEAQ 1 1524 SEQRES 1 D 244 CYS GLN LYS CYS TYR GLY TYR ASP LEU SER MET ALA ARG SEQRES 2 D 244 PRO VAL SER ILE GLY GLU ALA VAL GLY VAL VAL ALA ALA SEQRES 3 D 244 GLU SER ILE GLY GLU PRO GLY THR GLN LEU THR MET ARG SEQRES 4 D 244 THR PHE HIS THR GLY GLY VAL ALA VAL GLY THR ASP ILE SEQRES 5 D 244 THR GLN GLY LEU PRO ARG VAL ILE GLU LEU PHE GLU ALA SEQRES 6 D 244 ARG ARG PRO LYS ASP PRO HIS GLN LEU LEU GLU ALA LYS SEQRES 7 D 244 GLY PRO GLU ALA VAL GLU ARG TYR LEU VAL ASP GLU ILE SEQRES 8 D 244 GLN LYS VAL TYR ARG ALA GLN GLY VAL LYS LEU HIS ASP SEQRES 9 D 244 LYS HIS ILE GLU ILE VAL VAL ARG GLN MET LEU LYS TYR SEQRES 10 D 244 VAL GLU VAL THR ASP PRO GLY ASP SER ARG LEU LEU GLU SEQRES 11 D 244 GLY GLN VAL LEU GLU LYS TRP ASP VAL GLU ALA LEU ASN SEQRES 12 D 244 GLU ARG LEU ILE ALA GLU GLY LYS VAL PRO VAL ALA TRP SEQRES 13 D 244 LYS PRO LEU LEU MET GLY VAL THR LYS SER ALA LEU SER SEQRES 14 D 244 THR LYS SER TRP LEU SER ALA ALA SER PHE GLN ASN THR SEQRES 15 D 244 THR HIS VAL LEU THR GLU ALA ALA ILE ALA GLY LYS LYS SEQRES 16 D 244 ASP GLU LEU ILE GLY LEU LYS GLU ASN VAL ILE LEU GLY SEQRES 17 D 244 ARG LEU ILE PRO ALA GLY THR GLY SER ASP PHE VAL ARG SEQRES 18 D 244 PHE THR GLN VAL VAL ASP GLN ARG THR LEU LYS ALA ILE SEQRES 19 D 244 GLU GLU ALA ARG LYS GLU ALA VAL GLU ALA ATOM 1 N CYS D1201 2.441 111.016 79.297 1.00106.40 ATOM 2 CA CYS D1201 2.303 111.291 77.873 1.00120.91 ATOM 3 C CYS D1201 3.658 111.515 77.210 1.00118.33 ATOM 4 O CYS D1201 4.699 111.466 77.869 1.00119.91 ATOM 5 CB CYS D1201 1.412 112.511 77.649 1.00106.98 ATOM 6 SG CYS D1201 2.205 114.086 78.028 1.00 94.61 ATOM 7 N GLN D1202 3.627 111.768 75.905 1.00 94.31 ATOM 8 CA GLN D1202 4.836 111.860 75.092 1.00 96.31 ATOM 9 C GLN D1202 5.847 112.908 75.539 1.00 86.80 ATOM 10 O GLN D1202 6.911 112.567 76.057 1.00106.39 ATOM 11 CB GLN D1202 4.461 112.135 73.638 1.00100.35 ATOM 12 CG GLN D1202 4.231 110.884 72.817 1.00129.79 ATOM 13 CD GLN D1202 4.059 111.185 71.343 1.00118.70 ATOM 14 OE1 GLN D1202 3.656 112.286 70.963 1.00106.44 ATOM 15 NE2 GLN D1202 4.369 110.207 70.502 1.00149.24 ATOM 16 N LYS D1203 5.514 114.178 75.341 1.00 86.80 ATOM 17 CA LYS D1203 6.484 115.252 75.528 1.00 99.62 ATOM 18 C LYS D1203 6.941 115.354 76.975 1.00 92.56 ATOM 19 O LYS D1203 8.105 115.647 77.248 1.00 98.00 ATOM 20 CB LYS D1203 5.902 116.593 75.080 1.00141.23 ATOM 21 CG LYS D1203 4.768 116.481 74.078 1.00140.85 ATOM 22 CD LYS D1203 3.560 117.246 74.583 1.00146.91 ATOM 23 CE LYS D1203 3.255 116.855 76.023 1.00171.72 ATOM 24 NZ LYS D1203 2.162 117.660 76.622 1.00185.34 ATOM 25 N CYS D1204 6.020 115.114 77.901 1.00101.05 ATOM 26 CA CYS D1204 6.367 115.124 79.313 1.00112.11 ATOM 27 C CYS D1204 7.367 114.015 79.625 1.00110.18 ATOM 28 O CYS D1204 8.172 114.143 80.548 1.00 98.80 ATOM 29 CB CYS D1204 5.115 114.984 80.180 1.00 98.27 ATOM 30 SG CYS D1204 4.185 116.526 80.366 1.00 86.80 ATOM 31 N TYR D1205 7.331 112.939 78.841 1.00 98.52 ATOM 32 CA TYR D1205 8.275 111.848 79.040 1.00 86.80 ATOM 33 C TYR D1205 9.606 112.150 78.363 1.00 86.80 ATOM 34 O TYR D1205 10.551 112.575 79.026 1.00 88.62 ATOM 35 CB TYR D1205 7.694 110.540 78.499 1.00 86.80 ATOM 36 CG TYR D1205 8.562 109.321 78.719 1.00 86.80 ATOM 37 CD1 TYR D1205 8.576 108.671 79.946 1.00 86.80 ATOM 38 CD2 TYR D1205 9.353 108.811 77.695 1.00 86.80 ATOM 39 CE1 TYR D1205 9.361 107.554 80.155 1.00 86.80 ATOM 40 CE2 TYR D1205 10.140 107.690 77.892 1.00 96.82 ATOM 41 CZ TYR D1205 10.140 107.068 79.125 1.00 86.80 ATOM 42 OH TYR D1205 10.920 105.954 79.333 1.00 86.80 ATOM 43 N GLY D1206 9.673 111.987 77.044 1.00 53.75 ATOM 44 CA GLY D1206 10.904 112.274 76.337 1.00 55.95 ATOM 45 C GLY D1206 11.179 111.401 75.131 1.00 62.96 ATOM 46 O GLY D1206 10.270 110.826 74.534 1.00 59.11 ATOM 47 N TYR D1207 12.458 111.318 74.776 1.00 76.97 ATOM 48 CA TYR D1207 12.938 110.367 73.784 1.00 80.38 ATOM 49 C TYR D1207 12.630 108.955 74.253 1.00 70.37 ATOM 50 O TYR D1207 12.526 108.700 75.453 1.00 66.35 ATOM 51 CB TYR D1207 14.458 110.472 73.637 1.00 74.64 ATOM 52 CG TYR D1207 14.960 111.403 72.556 1.00 78.14 ATOM 53 CD1 TYR D1207 14.089 112.196 71.821 1.00 74.99 ATOM 54 CD2 TYR D1207 16.318 111.476 72.263 1.00 92.74 ATOM 55 CE1 TYR D1207 14.562 113.043 70.830 1.00 89.44 ATOM 56 CE2 TYR D1207 16.796 112.315 71.277 1.00100.40 ATOM 57 CZ TYR D1207 15.916 113.097 70.564 1.00 98.89 ATOM 58 OH TYR D1207 16.396 113.933 69.582 1.00 91.97 ATOM 59 N ASP D1208 12.492 108.035 73.306 1.00 75.38 ATOM 60 CA ASP D1208 12.503 106.626 73.650 1.00 66.54 ATOM 61 C ASP D1208 13.970 106.242 73.555 1.00 77.00 ATOM 62 O ASP D1208 14.543 106.202 72.466 1.00105.02 ATOM 63 CB ASP D1208 11.667 105.819 72.657 1.00 74.65 ATOM 64 CG ASP D1208 11.393 104.403 73.135 1.00 90.12 ATOM 65 OD1 ASP D1208 12.294 103.786 73.741 1.00122.63 ATOM 66 OD2 ASP D1208 10.272 103.907 72.901 1.00 97.07 ATOM 67 N LEU D1209 14.569 105.958 74.706 1.00 65.01 ATOM 68 CA LEU D1209 16.021 105.860 74.825 1.00 73.36 ATOM 69 C LEU D1209 16.639 104.775 73.954 1.00 73.35 ATOM 70 O LEU D1209 17.831 104.813 73.656 1.00 75.40 ATOM 71 CB LEU D1209 16.423 105.664 76.287 1.00 69.57 ATOM 72 CG LEU D1209 15.996 106.797 77.221 1.00 67.66 ATOM 73 CD1 LEU D1209 16.540 106.575 78.621 1.00 93.08 ATOM 74 CD2 LEU D1209 16.446 108.144 76.672 1.00 70.48 ATOM 75 N SER D1210 15.825 103.812 73.544 1.00 63.60 ATOM 76 CA SER D1210 16.296 102.746 72.675 1.00 83.75 ATOM 77 C SER D1210 16.448 103.234 71.236 1.00 87.60 ATOM 78 O SER D1210 17.394 102.864 70.546 1.00121.39 ATOM 79 CB SER D1210 15.347 101.548 72.735 1.00 88.72 ATOM 80 OG SER D1210 14.003 101.949 72.537 1.00 91.29 ATOM 81 N MET D1211 15.497 104.040 70.779 1.00 86.40 ATOM 82 CA MET D1211 15.522 104.552 69.409 1.00103.20 ATOM 83 C MET D1211 16.047 105.983 69.238 1.00 80.32 ATOM 84 O MET D1211 16.138 106.476 68.113 1.00 88.28 ATOM 85 CB MET D1211 14.145 104.400 68.766 1.00109.37 ATOM 86 CG MET D1211 13.789 102.961 68.456 1.00145.87 ATOM 87 SD MET D1211 12.020 102.657 68.524 1.00157.55 ATOM 88 CE MET D1211 11.748 102.514 70.287 1.00108.97 ATOM 89 N ALA D1212 16.381 106.637 70.349 1.00 80.72 ATOM 90 CA ALA D1212 16.877 108.019 70.341 1.00 71.50 ATOM 91 C ALA D1212 15.964 109.004 69.610 1.00 55.31 ATOM 92 O ALA D1212 16.433 109.982 69.026 1.00 58.88 ATOM 93 CB ALA D1212 18.291 108.083 69.775 1.00100.34 ATOM 94 N ARG D1213 14.663 108.741 69.652 1.00 57.54 ATOM 95 CA ARG D1213 13.669 109.611 69.035 1.00 56.96 ATOM 96 C ARG D1213 12.469 109.726 69.974 1.00 60.94 ATOM 97 O ARG D1213 12.349 108.927 70.901 1.00 83.33 ATOM 98 CB ARG D1213 13.263 109.063 67.662 1.00 82.82 ATOM 99 CG ARG D1213 12.946 107.579 67.637 1.00 86.27 ATOM 100 CD ARG D1213 12.772 107.094 66.206 1.00 95.76 ATOM 101 NE ARG D1213 13.864 107.548 65.348 1.00135.16 ATOM 102 CZ ARG D1213 14.003 107.211 64.070 1.00131.87 ATOM 103 NH1 ARG D1213 13.119 106.408 63.495 1.00155.82 ATOM 104 NH2 ARG D1213 15.029 107.675 63.367 1.00 95.88 ATOM 105 N PRO D1214 11.595 110.729 69.756 1.00 68.44 ATOM 106 CA PRO D1214 10.414 110.903 70.612 1.00 58.69 ATOM 107 C PRO D1214 9.630 109.609 70.799 1.00 74.14 ATOM 108 O PRO D1214 9.370 108.894 69.831 1.00 89.78 ATOM 109 CB PRO D1214 9.576 111.912 69.829 1.00 61.27 ATOM 110 CG PRO D1214 10.589 112.758 69.153 1.00 95.40 ATOM 111 CD PRO D1214 11.738 111.845 68.802 1.00 90.64 ATOM 112 N VAL D1215 9.267 109.323 72.046 1.00 68.93 ATOM 113 CA VAL D1215 8.677 108.041 72.416 1.00 64.85 ATOM 114 C VAL D1215 7.378 107.750 71.669 1.00 69.79 ATOM 115 O VAL D1215 6.528 108.626 71.506 1.00 74.71 ATOM 116 CB VAL D1215 8.453 107.944 73.947 1.00 73.40 ATOM 117 CG1 VAL D1215 7.532 109.058 74.431 1.00 65.45 ATOM 118 CG2 VAL D1215 7.908 106.576 74.333 1.00 81.86 ATOM 119 N SER D1216 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ATOM 138 CA GLU D1219 4.850 102.396 75.025 1.00 84.36 ATOM 139 C GLU D1219 4.537 102.390 76.511 1.00 64.33 ATOM 140 O GLU D1219 4.134 103.412 77.066 1.00 65.06 ATOM 141 CB GLU D1219 6.078 103.272 74.765 1.00 71.08 ATOM 142 CG GLU D1219 7.361 102.760 75.401 1.00 85.89 ATOM 143 CD GLU D1219 8.076 101.739 74.536 1.00136.54 ATOM 144 OE1 GLU D1219 7.965 101.829 73.295 1.00162.79 ATOM 145 OE2 GLU D1219 8.746 100.846 75.095 1.00120.83 ATOM 146 N ALA D1220 4.724 101.248 77.162 1.00 57.94 ATOM 147 CA ALA D1220 4.496 101.193 78.594 1.00 73.36 ATOM 148 C ALA D1220 5.829 101.494 79.239 1.00 70.36 ATOM 149 O ALA D1220 6.733 100.662 79.246 1.00 75.45 ATOM 150 CB ALA D1220 4.010 99.817 78.999 1.00103.07 ATOM 151 N VAL D1221 5.935 102.691 79.798 1.00 66.99 ATOM 152 CA VAL D1221 7.205 103.178 80.302 1.00 63.14 ATOM 153 C VAL D1221 7.356 102.885 81.781 1.00 55.64 ATOM 154 O VAL D1221 8.426 103.079 82.347 1.00 48.24 ATOM 155 CB VAL D1221 7.362 104.683 80.053 1.00 77.81 ATOM 156 CG1 VAL D1221 7.350 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