HEADER transcription/DNA 13-JAN-15 4XLP TITLE Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex TITLE 2 containing upstream fork promoter COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D, J; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 4.00 ANGSTORMS DBREF 4XLP D 1 1524 UNP Q9KWU6 RPOC_THEAQ 1 1524 SEQRES 1 D 91 ALA ASP CYS GLY THR THR ASN TYR ILE SER VAL PRO LEU SEQRES 2 D 91 PHE GLN MET ASP GLU VAL THR ARG THR LEU ARG LEU ARG SEQRES 3 D 91 LYS ARG SER ASP ILE GLU SER GLY LEU TYR GLY ARG VAL SEQRES 4 D 91 LEU ALA ARG GLU VAL GLU ALA LEU GLY ARG ARG LEU GLU SEQRES 5 D 91 GLU GLY ARG TYR LEU SER LEU GLU ASP VAL HIS PHE LEU SEQRES 6 D 91 ILE LYS ALA ALA GLU ALA GLY GLU VAL ARG GLU VAL PRO SEQRES 7 D 91 VAL ARG SER PRO LEU THR CYS GLN THR ARG TYR GLY VAL ATOM 1 N ALA D1110 -0.618 112.260 73.134 1.00 87.11 ATOM 2 CA ALA D1110 0.561 112.903 72.577 1.00109.92 ATOM 3 C ALA D1110 0.888 114.138 73.411 1.00105.72 ATOM 4 O ALA D1110 2.050 114.412 73.711 1.00103.77 ATOM 5 CB ALA D1110 0.337 113.269 71.120 1.00125.37 ATOM 6 N ASP D1111 -0.156 114.867 73.794 1.00 88.13 ATOM 7 CA ASP D1111 -0.022 116.080 74.591 1.00 92.68 ATOM 8 C ASP D1111 -1.042 116.072 75.729 1.00112.99 ATOM 9 O ASP D1111 -2.249 116.031 75.487 1.00120.35 ATOM 10 CB ASP D1111 -0.204 117.319 73.703 1.00127.25 ATOM 11 CG ASP D1111 -0.089 118.627 74.473 1.00136.62 ATOM 12 OD1 ASP D1111 0.565 118.650 75.533 1.00142.27 ATOM 13 OD2 ASP D1111 -0.653 119.641 74.008 1.00138.00 ATOM 14 N CYS D1112 -0.559 116.097 76.969 1.00111.75 ATOM 15 CA CYS D1112 -1.456 116.090 78.122 1.00 93.14 ATOM 16 C CYS D1112 -1.929 117.501 78.444 1.00 86.80 ATOM 17 O CYS D1112 -2.886 117.688 79.195 1.00121.79 ATOM 18 CB CYS D1112 -0.778 115.465 79.341 1.00104.42 ATOM 19 SG CYS D1112 0.512 116.472 80.087 1.00 86.80 ATOM 20 N GLY D1113 -1.251 118.488 77.867 1.00 96.91 ATOM 21 CA GLY D1113 -1.665 119.876 77.969 1.00 96.11 ATOM 22 C GLY D1113 -1.404 120.535 79.308 1.00 86.80 ATOM 23 O GLY D1113 -2.279 121.202 79.858 1.00113.64 ATOM 24 N THR D1114 -0.199 120.358 79.836 1.00 86.80 ATOM 25 CA THR D1114 0.161 121.002 81.090 1.00 86.80 ATOM 26 C THR D1114 1.302 121.993 80.887 1.00 86.80 ATOM 27 O THR D1114 2.187 121.785 80.059 1.00104.63 ATOM 28 CB THR D1114 0.554 119.970 82.169 1.00 90.77 ATOM 29 OG1 THR D1114 0.695 120.626 83.436 1.00 86.80 ATOM 30 CG2 THR D1114 1.856 119.263 81.810 1.00115.29 ATOM 31 N THR D1115 1.259 123.088 81.634 1.00 62.74 ATOM 32 CA THR D1115 2.308 124.097 81.606 1.00 69.94 ATOM 33 C THR D1115 3.321 123.847 82.716 1.00 94.02 ATOM 34 O THR D1115 4.330 124.544 82.820 1.00100.96 ATOM 35 CB THR D1115 1.726 125.510 81.767 1.00105.40 ATOM 36 OG1 THR D1115 1.040 125.607 83.021 1.00 75.40 ATOM 37 CG2 THR D1115 0.751 125.813 80.640 1.00128.91 ATOM 38 N ASN D1116 3.046 122.841 83.541 1.00105.27 ATOM 39 CA ASN D1116 3.905 122.515 84.673 1.00104.93 ATOM 40 C ASN D1116 5.203 121.848 84.232 1.00100.70 ATOM 41 O ASN D1116 5.248 121.191 83.191 1.00 97.52 ATOM 42 CB ASN D1116 3.161 121.621 85.667 1.00 94.43 ATOM 43 CG ASN D1116 1.903 122.272 86.209 1.00107.74 ATOM 44 OD1 ASN D1116 1.481 123.325 85.732 1.00148.12 ATOM 45 ND2 ASN D1116 1.293 121.643 87.207 1.00 98.27 ATOM 46 N TYR D1117 6.255 122.017 85.026 1.00 85.06 ATOM 47 CA TYR D1117 7.561 121.471 84.680 1.00 82.61 ATOM 48 C TYR D1117 8.484 121.370 85.888 1.00 88.58 ATOM 49 O TYR D1117 8.123 121.768 86.995 1.00102.72 ATOM 50 CB TYR D1117 8.224 122.339 83.610 1.00 82.13 ATOM 51 CG TYR D1117 8.492 123.765 84.046 1.00 99.84 ATOM 52 CD1 TYR D1117 9.725 124.131 84.574 1.00 81.78 ATOM 53 CD2 TYR D1117 7.515 124.745 83.925 1.00126.59 ATOM 54 CE1 TYR D1117 9.975 125.432 84.971 1.00 97.58 ATOM 55 CE2 TYR D1117 7.756 126.049 84.319 1.00133.02 ATOM 56 CZ TYR D1117 8.988 126.387 84.841 1.00133.42 ATOM 57 OH TYR D1117 9.234 127.682 85.235 1.00114.82 ATOM 58 N ILE D1118 9.681 120.837 85.663 1.00 82.28 ATOM 59 CA ILE D1118 10.719 120.823 86.688 1.00 90.45 ATOM 60 C ILE D1118 11.998 121.431 86.124 1.00 89.21 ATOM 61 O ILE D1118 12.319 121.245 84.953 1.00 79.07 ATOM 62 CB ILE D1118 10.998 119.398 87.237 1.00 92.85 ATOM 63 CG1 ILE D1118 11.717 118.532 86.200 1.00 70.93 ATOM 64 CG2 ILE D1118 9.709 118.732 87.688 1.00 86.40 ATOM 65 CD1 ILE D1118 12.198 117.204 86.744 1.00100.14 ATOM 66 N SER D1119 12.718 122.178 86.952 1.00109.51 ATOM 67 CA SER D1119 13.949 122.816 86.504 1.00 99.37 ATOM 68 C SER D1119 15.167 122.060 87.019 1.00 87.91 ATOM 69 O SER D1119 15.446 122.059 88.217 1.00135.11 ATOM 70 CB SER D1119 13.992 124.279 86.951 1.00116.72 ATOM 71 OG SER D1119 13.871 124.393 88.358 1.00164.77 ATOM 72 N VAL D1120 15.891 121.417 86.108 1.00 64.81 ATOM 73 CA VAL D1120 17.058 120.630 86.483 1.00 62.38 ATOM 74 C VAL D1120 18.303 121.506 86.599 1.00 67.59 ATOM 75 O VAL D1120 18.719 122.133 85.625 1.00 72.68 ATOM 76 CB VAL D1120 17.322 119.498 85.477 1.00 59.03 ATOM 77 CG1 VAL D1120 18.394 118.563 86.009 1.00 76.76 ATOM 78 CG2 VAL D1120 16.039 118.733 85.198 1.00 70.45 ATOM 79 N PRO D1121 18.893 121.560 87.802 1.00101.66 ATOM 80 CA PRO D1121 20.102 122.349 88.057 1.00104.78 ATOM 81 C PRO D1121 21.322 121.706 87.419 1.00 84.24 ATOM 82 O PRO D1121 21.446 120.482 87.438 1.00 75.13 ATOM 83 CB PRO D1121 20.238 122.305 89.587 1.00 86.77 ATOM 84 CG PRO D1121 18.914 121.817 90.097 1.00102.36 ATOM 85 CD PRO D1121 18.392 120.918 89.027 1.00131.53 ATOM 86 N LEU D1122 22.210 122.521 86.860 1.00 68.21 ATOM 87 CA LEU D1122 23.440 122.012 86.269 1.00 72.28 ATOM 88 C LEU D1122 24.607 122.118 87.241 1.00 79.16 ATOM 89 O LEU D1122 25.722 121.700 86.931 1.00 99.68 ATOM 90 CB LEU D1122 23.769 122.751 84.969 1.00 62.31 ATOM 91 CG LEU D1122 22.671 122.774 83.906 1.00 56.65 ATOM 92 CD1 LEU D1122 21.861 124.056 84.007 1.00 62.44 ATOM 93 CD2 LEU D1122 23.262 122.612 82.513 1.00 75.88 ATOM 94 N PHE D1123 24.350 122.676 88.418 1.00 57.97 ATOM 95 CA PHE D1123 25.402 122.871 89.408 1.00 63.37 ATOM 96 C PHE D1123 25.016 122.283 90.756 1.00 76.40 ATOM 97 O PHE D1123 23.912 122.518 91.247 1.00 84.05 ATOM 98 CB PHE D1123 25.695 124.360 89.590 1.00 91.33 ATOM 99 CG PHE D1123 26.066 125.072 88.322 1.00100.39 ATOM 100 CD1 PHE D1123 27.384 125.126 87.901 1.00 81.01 ATOM 101 CD2 PHE D1123 25.099 125.709 87.564 1.00101.42 ATOM 102 CE1 PHE D1123 27.728 125.791 86.742 1.00 78.05 ATOM 103 CE2 PHE D1123 25.436 126.375 86.404 1.00105.82 ATOM 104 CZ PHE D1123 26.753 126.416 85.992 1.00107.91 ATOM 105 N GLN D1124 25.920 121.514 91.354 1.00103.73 ATOM 106 CA GLN D1124 25.726 121.074 92.730 1.00 92.51 ATOM 107 C GLN D1124 26.656 121.860 93.640 1.00 86.66 ATOM 108 O GLN D1124 27.465 122.651 93.166 1.00112.77 ATOM 109 CB GLN D1124 25.970 119.570 92.868 1.00 96.45 ATOM 110 CG GLN D1124 27.243 119.075 92.210 1.00108.03 ATOM 111 CD GLN D1124 27.450 117.586 92.398 1.00145.53 ATOM 112 OE1 GLN D1124 27.336 117.069 93.509 1.00188.11 ATOM 113 NE2 GLN D1124 27.742 116.884 91.306 1.00139.22 ATOM 114 N MET D1125 26.559 121.634 94.944 1.00 73.45 ATOM 115 CA MET D1125 27.426 122.336 95.880 1.00 88.01 ATOM 116 C MET D1125 28.050 121.370 96.873 1.00110.31 ATOM 117 O MET D1125 27.349 120.732 97.659 1.00158.82 ATOM 118 CB MET D1125 26.652 123.426 96.624 1.00 96.01 ATOM 119 CG MET D1125 27.529 124.337 97.466 1.00 90.68 ATOM 120 SD MET D1125 26.587 125.517 98.452 1.00153.77 ATOM 121 CE MET D1125 25.647 126.356 97.179 1.00 69.54 ATOM 122 N ASP D1126 29.372 121.266 96.836 1.00 98.98 ATOM 123 CA ASP D1126 30.084 120.415 97.775 1.00128.35 ATOM 124 C ASP D1126 30.204 121.175 99.090 1.00173.50 ATOM 125 O ASP D1126 30.813 122.243 99.142 1.00191.18 ATOM 126 CB ASP D1126 31.465 120.067 97.219 1.00111.06 ATOM 127 CG ASP D1126 32.089 118.868 97.907 1.00139.93 ATOM 128 OD1 ASP D1126 31.965 118.753 99.144 1.00139.42 ATOM 129 OD2 ASP D1126 32.705 118.037 97.207 1.00156.92 ATOM 130 N GLU D1127 29.625 120.620 100.151 1.00188.47 ATOM 131 CA GLU D1127 29.526 121.332 101.423 1.00183.52 ATOM 132 C GLU D1127 30.841 121.327 102.192 1.00181.21 ATOM 133 O GLU D1127 31.571 120.333 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