HEADER transcription/dna/rna 29-SEP-15 5E18 TITLE T. thermophilus transcription initiation complex having a YYY TITLE 2 discriminator sequence and a nontemplate-strand length corresponding TITLE 3 to TSS selection at position 8 (RPo-CCC-8) COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.30 ANGSTORMS REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 MET D 1238 REMARK 465 ARG D 1239 REMARK 465 THR D 1240 REMARK 465 PHE D 1241 REMARK 465 HIS D 1242 REMARK 465 THR D 1243 REMARK 465 GLY D 1244 REMARK 465 GLY D 1245 REMARK 465 VAL D 1246 REMARK 465 ALA D 1247 REMARK 465 GLY D 1248 REMARK 465 ALA D 1249 REMARK 465 ALA D 1250 REMARK 465 ASP D 1251 DBREF 5E18 D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 241 CYS GLN LYS CYS TYR GLY TYR ASP LEU SER MET ALA ARG SEQRES 2 D 241 PRO VAL SER ILE GLY GLU ALA VAL GLY ILE VAL ALA ALA SEQRES 3 D 241 GLN SER ILE GLY GLU PRO GLY THR GLN LEU THR MET ARG SEQRES 4 D 241 THR PHE HIS THR GLY GLY VAL ALA GLY ALA ALA ASP ILE SEQRES 5 D 241 THR GLN GLY LEU PRO ARG VAL ILE GLU LEU PHE GLU ALA SEQRES 6 D 241 ARG ARG PRO LYS ASP PRO HIS GLN LEU LEU GLU ALA LYS SEQRES 7 D 241 GLY PRO GLU ALA VAL GLU ARG TYR LEU VAL GLU GLU ILE SEQRES 8 D 241 GLN LYS VAL TYR ARG ALA GLN GLY VAL LYS LEU HIS ASP SEQRES 9 D 241 LYS HIS ILE GLU ILE VAL VAL ARG GLN MET MET LYS TYR SEQRES 10 D 241 VAL GLU VAL THR ASP PRO GLY ASP SER ARG LEU LEU GLU SEQRES 11 D 241 GLY GLN VAL LEU GLU LYS TRP ASP VAL GLU ALA LEU ASN SEQRES 12 D 241 GLU ARG LEU ILE ALA GLU GLY LYS THR PRO VAL ALA TRP SEQRES 13 D 241 LYS PRO LEU LEU MET GLY VAL THR LYS SER ALA LEU SER SEQRES 14 D 241 THR LYS SER TRP LEU SER ALA ALA SER PHE GLN ASN THR SEQRES 15 D 241 THR HIS VAL LEU THR GLU ALA ALA ILE ALA GLY LYS LYS SEQRES 16 D 241 ASP GLU LEU ILE GLY LEU LYS GLU ASN VAL ILE LEU GLY SEQRES 17 D 241 ARG LEU ILE PRO ALA GLY THR GLY SER ASP PHE VAL ARG SEQRES 18 D 241 PHE THR GLN VAL VAL ASP GLN LYS THR LEU LYS ALA ILE SEQRES 19 D 241 GLU GLU ALA ARG LYS GLU ALA ATOM 1 N CYS D1201 -27.115 18.836 66.380 1.00 79.51 ATOM 2 CA CYS D1201 -27.586 20.035 67.067 1.00 72.07 ATOM 3 C CYS D1201 -27.651 19.807 68.569 1.00 73.99 ATOM 4 O CYS D1201 -27.365 18.715 69.053 1.00 79.99 ATOM 5 CB CYS D1201 -28.956 20.456 66.548 1.00 73.58 ATOM 6 SG CYS D1201 -30.190 19.176 66.708 1.00 84.93 ATOM 7 N GLN D1202 -28.045 20.844 69.299 1.00 82.68 ATOM 8 CA GLN D1202 -28.095 20.792 70.756 1.00 71.03 ATOM 9 C GLN D1202 -29.210 19.882 71.244 1.00 61.59 ATOM 10 O GLN D1202 -28.980 18.980 72.044 1.00 61.30 ATOM 11 CB GLN D1202 -28.282 22.197 71.321 1.00 72.66 ATOM 12 CG GLN D1202 -28.239 22.289 72.828 1.00 77.50 ATOM 13 CD GLN D1202 -28.444 23.711 73.317 1.00 81.35 ATOM 14 OE1 GLN D1202 -29.576 24.189 73.413 1.00 76.91 ATOM 15 NE2 GLN D1202 -27.346 24.401 73.616 1.00 77.81 ATOM 16 N LYS D1203 -30.416 20.123 70.742 1.00 65.48 ATOM 17 CA LYS D1203 -31.595 19.373 71.157 1.00 71.82 ATOM 18 C LYS D1203 -31.462 17.880 70.897 1.00 67.53 ATOM 19 O LYS D1203 -31.673 17.065 71.791 1.00 67.99 ATOM 20 CB LYS D1203 -32.842 19.903 70.444 1.00 79.92 ATOM 21 CG LYS D1203 -33.144 21.364 70.728 1.00 86.48 ATOM 22 CD LYS D1203 -33.323 21.608 72.215 1.00 84.65 ATOM 23 CE LYS D1203 -33.460 23.089 72.518 1.00 91.18 ATOM 24 NZ LYS D1203 -33.540 23.343 73.984 1.00105.67 ATOM 25 N CYS D1204 -31.115 17.521 69.669 1.00 74.53 ATOM 26 CA CYS D1204 -31.059 16.117 69.290 1.00 73.73 ATOM 27 C CYS D1204 -30.045 15.351 70.127 1.00 67.98 ATOM 28 O CYS D1204 -30.293 14.208 70.516 1.00 62.75 ATOM 29 CB CYS D1204 -30.739 15.974 67.801 1.00 68.37 ATOM 30 SG CYS D1204 -32.158 16.235 66.710 1.00 73.52 ATOM 31 N TYR D1205 -28.900 15.973 70.392 1.00 64.14 ATOM 32 CA TYR D1205 -27.862 15.291 71.143 1.00 60.57 ATOM 33 C TYR D1205 -28.326 14.835 72.514 1.00 64.59 ATOM 34 O TYR D1205 -28.556 13.647 72.734 1.00 66.36 ATOM 35 CB TYR D1205 -26.634 16.184 71.316 1.00 58.94 ATOM 36 CG TYR D1205 -25.513 15.469 72.037 1.00 65.36 ATOM 37 CD1 TYR D1205 -24.871 14.390 71.449 1.00 73.12 ATOM 38 CD2 TYR D1205 -25.109 15.856 73.306 1.00 59.29 ATOM 39 CE1 TYR D1205 -23.861 13.721 72.098 1.00 66.72 ATOM 40 CE2 TYR D1205 -24.091 15.194 73.959 1.00 56.18 ATOM 41 CZ TYR D1205 -23.474 14.128 73.349 1.00 55.88 ATOM 42 OH TYR D1205 -22.462 13.455 73.982 1.00 60.86 ATOM 43 N GLY D1206 -28.484 15.788 73.426 1.00 64.50 ATOM 44 CA GLY D1206 -28.822 15.447 74.792 1.00 61.96 ATOM 45 C GLY D1206 -28.210 16.354 75.843 1.00 65.47 ATOM 46 O GLY D1206 -27.759 17.463 75.561 1.00 61.29 ATOM 47 N TYR D1207 -28.207 15.858 77.076 1.00 66.50 ATOM 48 CA TYR D1207 -27.439 16.451 78.161 1.00 67.02 ATOM 49 C TYR D1207 -25.953 16.346 77.855 1.00 68.83 ATOM 50 O TYR D1207 -25.531 15.488 77.087 1.00 70.95 ATOM 51 CB TYR D1207 -27.717 15.732 79.489 1.00 72.65 ATOM 52 CG TYR D1207 -28.767 16.339 80.401 1.00 75.66 ATOM 53 CD1 TYR D1207 -29.378 17.547 80.101 1.00 76.22 ATOM 54 CD2 TYR D1207 -29.130 15.697 81.581 1.00 66.58 ATOM 55 CE1 TYR D1207 -30.330 18.092 80.945 1.00 78.34 ATOM 56 CE2 TYR D1207 -30.075 16.228 82.424 1.00 70.35 ATOM 57 CZ TYR D1207 -30.677 17.426 82.106 1.00 83.69 ATOM 58 OH TYR D1207 -31.626 17.959 82.955 1.00 83.81 ATOM 59 N ASP D1208 -25.154 17.202 78.475 1.00 63.25 ATOM 60 CA ASP D1208 -23.732 16.934 78.544 1.00 60.79 ATOM 61 C ASP D1208 -23.601 16.172 79.848 1.00 63.17 ATOM 62 O ASP D1208 -23.693 16.750 80.926 1.00 70.30 ATOM 63 CB ASP D1208 -22.926 18.239 78.531 1.00 68.15 ATOM 64 CG ASP D1208 -21.432 18.035 78.762 1.00 74.16 ATOM 65 OD1 ASP D1208 -21.038 17.172 79.575 1.00 72.60 ATOM 66 OD2 ASP D1208 -20.642 18.775 78.135 1.00 77.05 ATOM 67 N LEU D1209 -23.327 14.879 79.746 1.00 61.02 ATOM 68 CA LEU D1209 -23.547 13.984 80.872 1.00 57.57 ATOM 69 C LEU D1209 -22.572 14.245 81.997 1.00 60.52 ATOM 70 O LEU D1209 -22.783 13.807 83.122 1.00 73.63 ATOM 71 CB LEU D1209 -23.460 12.530 80.420 1.00 55.97 ATOM 72 CG LEU D1209 -24.441 12.201 79.293 1.00 65.19 ATOM 73 CD1 LEU D1209 -24.361 10.738 78.900 1.00 66.79 ATOM 74 CD2 LEU D1209 -25.858 12.568 79.695 1.00 61.42 ATOM 75 N SER D1210 -21.506 14.968 81.695 1.00 59.00 ATOM 76 CA SER D1210 -20.551 15.343 82.720 1.00 62.83 ATOM 77 C SER D1210 -21.163 16.403 83.611 1.00 66.64 ATOM 78 O SER D1210 -20.992 16.380 84.823 1.00 67.31 ATOM 79 CB SER D1210 -19.260 15.868 82.098 1.00 71.03 ATOM 80 OG SER D1210 -19.472 17.136 81.499 1.00 73.36 ATOM 81 N MET D1211 -21.835 17.364 82.990 1.00 72.55 ATOM 82 CA MET D1211 -22.459 18.464 83.719 1.00 78.98 ATOM 83 C MET D1211 -23.965 18.317 83.979 1.00 72.15 ATOM 84 O MET D1211 -24.574 19.200 84.576 1.00 72.78 ATOM 85 CB MET D1211 -22.174 19.765 82.980 1.00 76.13 ATOM 86 CG MET D1211 -20.686 19.986 82.782 1.00 71.74 ATOM 87 SD MET D1211 -20.327 21.588 82.074 1.00 86.27 ATOM 88 CE MET D1211 -21.435 21.562 80.667 1.00 82.38 ATOM 89 N ALA D1212 -24.558 17.222 83.512 1.00 63.25 ATOM 90 CA ALA D1212 -25.983 16.938 83.719 1.00 68.70 ATOM 91 C ALA D1212 -26.893 18.080 83.267 1.00 69.25 ATOM 92 O ALA D1212 -27.965 18.286 83.825 1.00 78.24 ATOM 93 CB ALA D1212 -26.248 16.611 85.186 1.00 71.60 ATOM 94 N ARG D1213 -26.459 18.809 82.248 1.00 72.00 ATOM 95 CA ARG D1213 -27.198 19.951 81.723 1.00 74.38 ATOM 96 C ARG D1213 -27.152 19.899 80.201 1.00 76.04 ATOM 97 O ARG D1213 -26.351 19.150 79.643 1.00 78.73 ATOM 98 CB ARG D1213 -26.604 21.260 82.247 1.00 78.74 ATOM 99 CG ARG D1213 -25.154 21.481 81.851 1.00 78.17 ATOM 100 CD ARG D1213 -24.520 22.589 82.676 1.00 83.41 ATOM 101 NE ARG D1213 -24.668 22.340 84.108 1.00 95.76 ATOM 102 CZ ARG D1213 -24.067 23.048 85.060 1.00 90.85 ATOM 103 NH1 ARG D1213 -23.265 24.051 84.733 1.00 92.47 ATOM 104 NH2 ARG D1213 -24.263 22.748 86.339 1.00 85.88 ATOM 105 N PRO D1214 -28.027 20.659 79.520 1.00 79.12 ATOM 106 CA PRO D1214 -27.931 20.714 78.057 1.00 70.60 ATOM 107 C PRO D1214 -26.516 21.029 77.587 1.00 73.57 ATOM 108 O PRO D1214 -25.850 21.896 78.152 1.00 75.55 ATOM 109 CB PRO D1214 -28.894 21.840 77.690 1.00 67.04 ATOM 110 CG PRO D1214 -29.936 21.764 78.738 1.00 80.22 ATOM 111 CD PRO D1214 -29.228 21.355 80.012 1.00 79.78 ATOM 112 N VAL D1215 -26.070 20.305 76.566 1.00 73.11 ATOM 113 CA VAL D1215 -24.696 20.380 76.088 1.00 70.60 ATOM 114 C VAL D1215 -24.367 21.727 75.444 1.00 68.81 ATOM 115 O VAL D1215 -25.145 22.260 74.655 1.00 67.27 ATOM 116 CB VAL D1215 -24.417 19.249 75.083 1.00 65.96 ATOM 117 CG1 VAL D1215 -25.454 19.258 73.973 1.00 64.67 ATOM 118 CG2 VAL D1215 -23.019 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1.00 69.66 ATOM 137 N GLU D1219 -19.160 21.584 71.751 1.00 69.06 ATOM 138 CA GLU D1219 -18.656 20.377 72.382 1.00 67.98 ATOM 139 C GLU D1219 -18.453 19.325 71.317 1.00 69.21 ATOM 140 O GLU D1219 -19.319 19.134 70.467 1.00 72.32 ATOM 141 CB GLU D1219 -19.622 19.865 73.445 1.00 70.78 ATOM 142 CG GLU D1219 -19.212 18.550 74.075 1.00 69.64 ATOM 143 CD GLU D1219 -18.747 18.722 75.504 1.00 88.27 ATOM 144 OE1 GLU D1219 -18.617 19.884 75.946 1.00 92.31 ATOM 145 OE2 GLU D1219 -18.520 17.702 76.190 1.00 82.70 ATOM 146 N ALA D1220 -17.323 18.631 71.364 1.00 70.75 ATOM 147 CA ALA D1220 -17.082 17.593 70.384 1.00 65.90 ATOM 148 C ALA D1220 -17.572 16.276 70.949 1.00 63.09 ATOM 149 O ALA D1220 -16.956 15.701 71.841 1.00 66.81 ATOM 150 CB ALA D1220 -15.612 17.515 70.046 1.00 64.46 ATOM 151 N VAL D1221 -18.672 15.785 70.398 1.00 63.07 ATOM 152 CA VAL D1221 -19.291 14.583 70.919 1.00 61.52 ATOM 153 C VAL D1221 -18.803 13.342 70.192 1.00 65.32 ATOM 154 O VAL D1221 -19.094 12.226 70.606 1.00 67.45 ATOM 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