HEADER TRANSFERASE/DNA 31-DEC-69 5X21 TITLE Crystal structure of Thermus thermophilus transcription initiation TITLE 2 complex with GpA and pseudouridimycin (PUM) COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.32 ANGSTORMS DBREF 5X21 D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 91 ALA ASP CYS GLY THR THR ASN TYR ILE SER VAL PRO LEU SEQRES 2 D 91 PHE GLN PRO ASP GLU VAL THR ARG SER LEU ARG LEU ARG SEQRES 3 D 91 LYS ARG ALA ASP ILE GLU ALA GLY LEU TYR GLY ARG VAL SEQRES 4 D 91 LEU ALA ARG GLU VAL GLU VAL LEU GLY VAL ARG LEU GLU SEQRES 5 D 91 GLU GLY ARG TYR LEU SER MET ASP ASP VAL HIS LEU LEU SEQRES 6 D 91 ILE LYS ALA ALA GLU ALA GLY GLU ILE GLN GLU VAL PRO SEQRES 7 D 91 VAL ARG SER PRO LEU THR CYS GLN THR ARG TYR GLY VAL ATOM 1 N ALA D1110 -27.975 26.177 66.044 1.00 50.93 ATOM 2 CA ALA D1110 -28.900 25.956 67.148 1.00 43.33 ATOM 3 C ALA D1110 -30.029 25.018 66.741 1.00 45.18 ATOM 4 O ALA D1110 -30.366 24.083 67.468 1.00 42.79 ATOM 5 CB ALA D1110 -29.462 27.280 67.641 1.00 37.35 ATOM 6 N ASP D1111 -30.610 25.271 65.573 1.00 49.31 ATOM 7 CA ASP D1111 -31.721 24.465 65.085 1.00 49.99 ATOM 8 C ASP D1111 -31.658 24.313 63.569 1.00 54.89 ATOM 9 O ASP D1111 -31.533 25.299 62.843 1.00 59.01 ATOM 10 CB ASP D1111 -33.056 25.092 65.497 1.00 46.31 ATOM 11 CG ASP D1111 -34.211 24.109 65.433 1.00 45.86 ATOM 12 OD1 ASP D1111 -34.097 23.087 64.725 1.00 47.21 ATOM 13 OD2 ASP D1111 -35.238 24.362 66.097 1.00 44.85 ATOM 14 N CYS D1112 -31.744 23.073 63.098 1.00 52.91 ATOM 15 CA CYS D1112 -31.771 22.800 61.665 1.00 48.44 ATOM 16 C CYS D1112 -33.189 22.940 61.126 1.00 45.92 ATOM 17 O CYS D1112 -33.405 22.966 59.914 1.00 48.50 ATOM 18 CB CYS D1112 -31.226 21.403 61.367 1.00 47.14 ATOM 19 SG CYS D1112 -32.116 20.067 62.186 1.00 46.61 ATOM 20 N GLY D1113 -34.152 23.027 62.038 1.00 42.43 ATOM 21 CA GLY D1113 -35.539 23.239 61.670 1.00 44.59 ATOM 22 C GLY D1113 -36.212 22.022 61.068 1.00 42.47 ATOM 23 O GLY D1113 -37.200 22.151 60.345 1.00 47.68 ATOM 24 N THR D1114 -35.684 20.839 61.363 1.00 42.88 ATOM 25 CA THR D1114 -36.279 19.607 60.860 1.00 46.20 ATOM 26 C THR D1114 -37.613 19.336 61.554 1.00 42.58 ATOM 27 O THR D1114 -37.782 19.621 62.740 1.00 40.11 ATOM 28 CB THR D1114 -35.336 18.395 61.047 1.00 44.35 ATOM 29 OG1 THR D1114 -35.931 17.227 60.466 1.00 46.02 ATOM 30 CG2 THR D1114 -35.058 18.139 62.523 1.00 43.52 ATOM 31 N THR D1115 -38.568 18.804 60.799 1.00 40.27 ATOM 32 CA THR D1115 -39.875 18.468 61.347 1.00 45.40 ATOM 33 C THR D1115 -39.929 16.986 61.689 1.00 54.48 ATOM 34 O THR D1115 -40.955 16.473 62.135 1.00 55.34 ATOM 35 CB THR D1115 -41.008 18.813 60.364 1.00 55.02 ATOM 36 OG1 THR D1115 -40.767 18.166 59.108 1.00 57.66 ATOM 37 CG2 THR D1115 -41.082 20.317 60.145 1.00 63.39 ATOM 38 N ASN D1116 -38.806 16.308 61.478 1.00 55.88 ATOM 39 CA ASN D1116 -38.711 14.871 61.697 1.00 49.35 ATOM 40 C ASN D1116 -38.174 14.533 63.082 1.00 46.47 ATOM 41 O ASN D1116 -37.624 15.391 63.772 1.00 47.00 ATOM 42 CB ASN D1116 -37.822 14.234 60.627 1.00 49.51 ATOM 43 CG ASN D1116 -38.284 14.555 59.220 1.00 56.66 ATOM 44 OD1 ASN D1116 -39.483 14.648 58.953 1.00 53.04 ATOM 45 ND2 ASN D1116 -37.333 14.734 58.312 1.00 54.94 ATOM 46 N TYR D1117 -38.336 13.273 63.476 1.00 46.63 ATOM 47 CA TYR D1117 -37.879 12.797 64.777 1.00 44.98 ATOM 48 C TYR D1117 -37.854 11.274 64.818 1.00 41.94 ATOM 49 O TYR D1117 -38.141 10.614 63.820 1.00 48.18 ATOM 50 CB TYR D1117 -38.775 13.337 65.893 1.00 47.00 ATOM 51 CG TYR D1117 -40.254 13.153 65.637 1.00 45.81 ATOM 52 CD1 TYR D1117 -40.902 11.979 66.001 1.00 40.76 ATOM 53 CD2 TYR D1117 -41.003 14.154 65.032 1.00 52.55 ATOM 54 CE1 TYR D1117 -42.252 11.807 65.767 1.00 47.26 ATOM 55 CE2 TYR D1117 -42.355 13.990 64.794 1.00 56.89 ATOM 56 CZ TYR D1117 -42.974 12.815 65.164 1.00 60.66 ATOM 57 OH TYR D1117 -44.320 12.648 64.930 1.00 72.77 ATOM 58 N ILE D1118 -37.506 10.720 65.975 1.00 35.22 ATOM 59 CA ILE D1118 -37.544 9.276 66.168 1.00 32.74 ATOM 60 C ILE D1118 -38.482 8.910 67.311 1.00 36.81 ATOM 61 O ILE D1118 -38.740 9.720 68.201 1.00 31.10 ATOM 62 CB ILE D1118 -36.146 8.692 66.461 1.00 29.97 ATOM 63 CG1 ILE D1118 -35.634 9.175 67.820 1.00 36.98 ATOM 64 CG2 ILE D1118 -35.172 9.048 65.350 1.00 30.46 ATOM 65 CD1 ILE D1118 -34.404 8.438 68.307 1.00 30.70 ATOM 66 N SER D1119 -38.992 7.685 67.278 1.00 36.38 ATOM 67 CA SER D1119 -39.869 7.195 68.333 1.00 36.73 ATOM 68 C SER D1119 -39.124 6.220 69.235 1.00 35.86 ATOM 69 O SER D1119 -38.829 5.095 68.836 1.00 43.41 ATOM 70 CB SER D1119 -41.107 6.524 67.735 1.00 40.62 ATOM 71 OG SER D1119 -41.815 7.419 66.893 1.00 45.85 ATOM 72 N VAL D1120 -38.815 6.662 70.450 1.00 30.85 ATOM 73 CA VAL D1120 -38.102 5.825 71.407 1.00 32.13 ATOM 74 C VAL D1120 -39.068 4.901 72.139 1.00 33.44 ATOM 75 O VAL D1120 -39.877 5.358 72.947 1.00 37.20 ATOM 76 CB VAL D1120 -37.331 6.672 72.438 1.00 29.81 ATOM 77 CG1 VAL D1120 -36.582 5.772 73.410 1.00 30.24 ATOM 78 CG2 VAL D1120 -36.376 7.625 71.736 1.00 30.70 ATOM 79 N PRO D1121 -38.984 3.592 71.858 1.00 34.56 ATOM 80 CA PRO D1121 -39.908 2.611 72.437 1.00 41.04 ATOM 81 C PRO D1121 -39.674 2.392 73.928 1.00 45.33 ATOM 82 O PRO D1121 -38.530 2.256 74.362 1.00 36.60 ATOM 83 CB PRO D1121 -39.605 1.338 71.645 1.00 46.31 ATOM 84 CG PRO D1121 -38.180 1.487 71.240 1.00 49.36 ATOM 85 CD PRO D1121 -37.974 2.956 70.993 1.00 41.22 ATOM 86 N LEU D1122 -40.756 2.364 74.700 1.00 52.52 ATOM 87 CA LEU D1122 -40.670 2.111 76.132 1.00 51.66 ATOM 88 C LEU D1122 -41.025 0.659 76.428 1.00 58.83 ATOM 89 O LEU D1122 -40.993 0.220 77.579 1.00 59.92 ATOM 90 CB LEU D1122 -41.595 3.052 76.905 1.00 45.80 ATOM 91 CG LEU D1122 -41.416 4.549 76.644 1.00 40.69 ATOM 92 CD1 LEU D1122 -42.394 5.361 77.480 1.00 47.97 ATOM 93 CD2 LEU D1122 -39.985 4.977 76.922 1.00 34.75 ATOM 94 N PHE D1123 -41.363 -0.079 75.375 1.00 61.81 ATOM 95 CA PHE D1123 -41.758 -1.476 75.506 1.00 61.38 ATOM 96 C PHE D1123 -41.105 -2.345 74.438 1.00 60.89 ATOM 97 O PHE D1123 -41.097 -1.995 73.258 1.00 53.65 ATOM 98 CB PHE D1123 -43.280 -1.610 75.428 1.00 65.01 ATOM 99 CG PHE D1123 -44.002 -1.003 76.595 1.00 62.98 ATOM 100 CD1 PHE D1123 -44.290 -1.761 77.718 1.00 56.99 ATOM 101 CD2 PHE D1123 -44.395 0.325 76.571 1.00 69.40 ATOM 102 CE1 PHE D1123 -44.954 -1.208 78.794 1.00 56.64 ATOM 103 CE2 PHE D1123 -45.060 0.885 77.646 1.00 70.85 ATOM 104 CZ PHE D1123 -45.340 0.117 78.758 1.00 68.21 ATOM 105 N GLN D1124 -40.561 -3.482 74.860 1.00 71.73 ATOM 106 CA GLN D1124 -39.916 -4.409 73.939 1.00 79.86 ATOM 107 C GLN D1124 -40.768 -5.658 73.729 1.00 80.74 ATOM 108 O GLN D1124 -41.249 -6.257 74.690 1.00 82.18 ATOM 109 CB GLN D1124 -38.526 -4.789 74.453 1.00 88.64 ATOM 110 CG GLN D1124 -38.504 -5.245 75.901 1.00 92.96 ATOM 111 CD GLN D1124 -37.097 -5.428 76.433 1.00 92.68 ATOM 112 OE1 GLN D1124 -36.117 -5.140 75.743 1.00 85.32 ATOM 113 NE2 GLN D1124 -36.989 -5.908 77.666 1.00 87.66 ATOM 114 N PRO D1125 -40.963 -6.048 72.461 1.00 80.91 ATOM 115 CA PRO D1125 -41.787 -7.212 72.114 1.00 95.89 ATOM 116 C PRO D1125 -41.117 -8.536 72.473 1.00103.22 ATOM 117 O PRO D1125 -40.296 -9.039 71.704 1.00104.86 ATOM 118 CB PRO D1125 -41.959 -7.078 70.598 1.00 90.74 ATOM 119 CG PRO D1125 -40.757 -6.314 70.153 1.00 83.49 ATOM 120 CD PRO D1125 -40.437 -5.362 71.267 1.00 81.27 ATOM 121 N ASP D1126 -41.469 -9.091 73.629 1.00107.06 ATOM 122 CA ASP D1126 -40.878 -10.342 74.093 1.00119.94 ATOM 123 C ASP D1126 -41.175 -11.504 73.153 1.00127.18 ATOM 124 O ASP D1126 -42.218 -11.538 72.500 1.00123.64 ATOM 125 CB ASP D1126 -41.377 -10.686 75.498 1.00120.17 ATOM 126 CG ASP D1126 -40.786 -9.788 76.564 1.00118.49 ATOM 127 OD1 ASP D1126 -39.775 -9.111 76.283 1.00115.44 ATOM 128 OD2 ASP D1126 -41.328 -9.770 77.689 1.00116.08 ATOM 129 N GLU D1127 -40.248 -12.454 73.090 1.00130.38 ATOM 130 CA GLU D1127 -40.446 -13.665 72.307 1.00130.21 ATOM 131 C GLU D1127 -40.970 -14.768 73.216 1.00132.27 ATOM 132 O GLU D1127 -41.648 -15.693 72.768 1.00130.60 ATOM 133 CB GLU D1127 -39.144 -14.107 71.633 1.00127.03 ATOM 134 CG GLU D1127 -38.379 -12.992 70.932 1.00120.65 ATOM 135 CD GLU D1127 -37.457 -12.235 71.870 1.00117.28 ATOM 136 OE1 GLU D1127 -36.727 -11.341 71.395 1.00119.90 ATOM 137 OE2 GLU D1127 -37.462 -12.535 73.083 1.00109.25 ATOM 138 N VAL D1128 -40.652 -14.652 74.502 1.00137.23 ATOM 139 CA VAL D1128 -41.033 -15.649 75.494 1.00141.34 ATOM 140 C VAL D1128 -42.533 -15.630 75.771 1.00141.37 ATOM 141 O VAL D1128 -43.216 -16.641 75.603 1.00130.28 ATOM 142 CB VAL D1128 -40.276 -15.432 76.818 1.00134.35 ATOM 143 CG1 VAL D1128 -40.680 -16.483 77.840 1.00129.99 ATOM 144 CG2 VAL D1128 -38.773 -15.459 76.580 1.00124.33 ATOM 145 N THR D1129 -43.039 -14.478 76.197 1.00142.08 ATOM 146 CA THR D1129 -44.454 -14.337 76.521 1.00139.92 ATOM 147 C THR D1129 -45.252 -13.808 75.335 1.00133.89 ATOM 148 O THR D1129 -46.482 -13.749 75.384 1.00125.23 ATOM 149 CB THR D1129 -44.664 -13.399 77.724 1.00134.70 ATOM 150 OG1 THR D1129 -43.979 -12.162 77.493 1.00134.69 ATOM 151 CG2 THR D1129 -44.126 -14.038 78.994 1.00118.01 ATOM 152 N ARG D1130 -44.538 -13.423 74.280 1.00133.79 ATOM 153 CA ARG D1130 -45.144 -12.908 73.052 1.00134.25 ATOM 154 C ARG D1130 -46.051 -11.711 73.340 1.00137.02 ATOM 155 O ARG D1130 -47.064 -11.500 72.673 1.00134.26 ATOM 156 CB ARG D1130 -45.915 -14.022 72.332 1.00130.12 ATOM 157 CG ARG D1130 -46.151 -13.778 70.844 1.00123.71 ATOM 158 CD ARG D1130 -44.940 -13.137 70.181 1.00118.56 ATOM 159 NE ARG D1130 -43.742 -13.968 70.272 1.00124.24 ATOM 160 CZ ARG D1130 -43.319 -14.776 69.307 1.00131.01 ATOM 161 NH1 ARG D1130 -42.217 -15.495 69.476 1.00127.14 ATOM 162 NH2 ARG D1130 -43.996 -14.864 68.170 1.00131.62 ATOM 163 N SER D1131 -45.676 -10.931 74.348 1.00137.43 ATOM 164 CA SER D1131 -46.390 -9.705 74.681 1.00126.19 ATOM 165 C SER D1131 -45.393 -8.604 75.024 1.00116.04 ATOM 166 O SER D1131 -44.363 -8.861 75.648 1.00119.53 ATOM 167 CB SER D1131 -47.359 -9.932 75.844 1.00127.57 ATOM 168 OG SER D1131 -46.668 -10.281 77.031 1.00123.27 ATOM 169 N LEU D1132 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