HEADER TRANSCRIPTION 31-DEC-69 6KQG TITLE Thermus thermophilus initial transcription complex comprising sigma A TITLE 2 and 5'-OH RNA of 6 nt COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 2.78 ANGSTORMS DBREF 6KQG D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 61 ALA LYS ALA VAL ILE SER GLU ILE ASP GLY VAL VAL ARG SEQRES 2 D 61 ILE GLU GLU THR GLU GLU LYS LEU SER VAL PHE VAL GLU SEQRES 3 D 61 SER GLU GLY PHE SER LYS GLU TYR LYS LEU PRO LYS GLU SEQRES 4 D 61 ALA ARG LEU LEU VAL LYS ASP GLY ASP TYR VAL GLU ALA SEQRES 5 D 61 GLY GLN PRO LEU THR ARG GLY ALA ILE ATOM 1 N ALA D1270 -22.912 -16.922 61.351 1.00106.42 ATOM 2 CA ALA D1270 -24.170 -17.644 61.526 1.00106.33 ATOM 3 C ALA D1270 -25.291 -16.612 61.495 1.00102.55 ATOM 4 O ALA D1270 -25.611 -16.000 62.518 1.00 98.82 ATOM 5 CB ALA D1270 -24.174 -18.434 62.829 1.00104.72 ATOM 6 N LYS D1271 -25.891 -16.426 60.322 1.00 97.42 ATOM 7 CA LYS D1271 -26.839 -15.346 60.090 1.00 91.91 ATOM 8 C LYS D1271 -28.263 -15.879 60.032 1.00 92.17 ATOM 9 O LYS D1271 -28.507 -17.003 59.582 1.00 92.50 ATOM 10 CB LYS D1271 -26.512 -14.587 58.797 1.00 84.61 ATOM 11 CG LYS D1271 -27.419 -14.899 57.619 1.00 79.85 ATOM 12 CD LYS D1271 -27.265 -13.875 56.506 1.00 77.33 ATOM 13 CE LYS D1271 -25.805 -13.700 56.120 1.00 86.84 ATOM 14 NZ LYS D1271 -25.656 -12.930 54.856 1.00 93.83 ATOM 15 N ALA D1272 -29.195 -15.064 60.513 1.00 93.33 ATOM 16 CA ALA D1272 -30.609 -15.360 60.387 1.00 90.62 ATOM 17 C ALA D1272 -31.066 -15.144 58.950 1.00 91.53 ATOM 18 O ALA D1272 -30.445 -14.413 58.174 1.00 89.62 ATOM 19 CB ALA D1272 -31.424 -14.478 61.332 1.00 89.00 ATOM 20 N VAL D1273 -32.171 -15.792 58.598 1.00 93.48 ATOM 21 CA VAL D1273 -32.793 -15.633 57.290 1.00 97.96 ATOM 22 C VAL D1273 -34.072 -14.831 57.477 1.00 90.26 ATOM 23 O VAL D1273 -34.896 -15.157 58.339 1.00 92.59 ATOM 24 CB VAL D1273 -33.070 -16.992 56.626 1.00 95.05 ATOM 25 CG1 VAL D1273 -33.398 -16.798 55.154 1.00 94.06 ATOM 26 CG2 VAL D1273 -31.872 -17.912 56.792 1.00 96.29 ATOM 27 N ILE D1274 -34.233 -13.779 56.679 1.00 84.86 ATOM 28 CA ILE D1274 -35.336 -12.849 56.854 1.00 90.12 ATOM 29 C ILE D1274 -36.200 -12.863 55.600 1.00 95.77 ATOM 30 O ILE D1274 -35.773 -13.284 54.522 1.00 90.63 ATOM 31 CB ILE D1274 -34.844 -11.420 57.172 1.00 89.67 ATOM 32 CG1 ILE D1274 -34.129 -10.809 55.967 1.00 80.20 ATOM 33 CG2 ILE D1274 -33.911 -11.434 58.375 1.00 78.10 ATOM 34 CD1 ILE D1274 -33.636 -9.398 56.212 1.00 73.98 ATOM 35 N SER D1275 -37.439 -12.402 55.757 1.00 97.83 ATOM 36 CA SER D1275 -38.400 -12.386 54.662 1.00102.92 ATOM 37 C SER D1275 -38.248 -11.108 53.850 1.00101.53 ATOM 38 O SER D1275 -38.247 -10.006 54.407 1.00 99.59 ATOM 39 CB SER D1275 -39.828 -12.501 55.193 1.00108.21 ATOM 40 OG SER D1275 -40.069 -13.788 55.733 1.00116.93 ATOM 41 N GLU D1276 -38.131 -11.261 52.530 1.00102.95 ATOM 42 CA GLU D1276 -37.983 -10.097 51.664 1.00107.50 ATOM 43 C GLU D1276 -39.275 -9.296 51.562 1.00108.36 ATOM 44 O GLU D1276 -39.230 -8.084 51.316 1.00104.18 ATOM 45 CB GLU D1276 -37.517 -10.537 50.278 1.00108.72 ATOM 46 CG GLU D1276 -36.211 -11.307 50.296 1.00109.18 ATOM 47 CD GLU D1276 -35.855 -11.879 48.942 1.00117.69 ATOM 48 OE1 GLU D1276 -36.084 -11.194 47.923 1.00120.42 ATOM 49 OE2 GLU D1276 -35.355 -13.022 48.897 1.00120.99 ATOM 50 N ILE D1277 -40.427 -9.944 51.739 1.00112.59 ATOM 51 CA ILE D1277 -41.733 -9.301 51.676 1.00112.45 ATOM 52 C ILE D1277 -42.603 -9.846 52.804 1.00116.95 ATOM 53 O ILE D1277 -42.187 -10.709 53.584 1.00113.79 ATOM 54 CB ILE D1277 -42.430 -9.512 50.315 1.00111.40 ATOM 55 CG1 ILE D1277 -42.530 -11.004 49.998 1.00115.48 ATOM 56 CG2 ILE D1277 -41.703 -8.763 49.208 1.00118.06 ATOM 57 CD1 ILE D1277 -43.237 -11.300 48.696 1.00127.81 ATOM 58 N ASP D1278 -43.827 -9.328 52.887 1.00118.99 ATOM 59 CA ASP D1278 -44.818 -9.848 53.815 1.00119.26 ATOM 60 C ASP D1278 -45.360 -11.179 53.295 1.00124.06 ATOM 61 O ASP D1278 -44.998 -11.654 52.214 1.00124.46 ATOM 62 CB ASP D1278 -45.947 -8.837 54.001 1.00118.79 ATOM 63 CG ASP D1278 -45.436 -7.430 54.239 1.00116.36 ATOM 64 OD1 ASP D1278 -45.004 -7.131 55.371 1.00114.76 ATOM 65 OD2 ASP D1278 -45.453 -6.626 53.285 1.00116.68 ATOM 66 N GLY D1279 -46.239 -11.790 54.070 1.00124.32 ATOM 67 CA GLY D1279 -46.894 -13.009 53.647 1.00129.75 ATOM 68 C GLY D1279 -47.182 -13.908 54.831 1.00133.92 ATOM 69 O GLY D1279 -46.969 -13.541 55.985 1.00134.28 ATOM 70 N VAL D1280 -47.681 -15.101 54.515 1.00135.20 ATOM 71 CA VAL D1280 -48.035 -16.096 55.517 1.00138.59 ATOM 72 C VAL D1280 -47.064 -17.263 55.394 1.00136.99 ATOM 73 O VAL D1280 -46.571 -17.579 54.304 1.00132.99 ATOM 74 CB VAL D1280 -49.502 -16.559 55.370 1.00139.07 ATOM 75 CG1 VAL D1280 -49.718 -17.270 54.033 1.00139.18 ATOM 76 CG2 VAL D1280 -49.916 -17.444 56.541 1.00137.15 ATOM 77 N VAL D1281 -46.774 -17.890 56.527 1.00138.34 ATOM 78 CA VAL D1281 -45.758 -18.932 56.606 1.00139.94 ATOM 79 C VAL D1281 -46.394 -20.286 56.326 1.00142.49 ATOM 80 O VAL D1281 -47.333 -20.702 57.013 1.00143.71 ATOM 81 CB VAL D1281 -45.068 -18.924 57.976 1.00140.09 ATOM 82 CG1 VAL D1281 -44.064 -20.064 58.065 1.00139.90 ATOM 83 CG2 VAL D1281 -44.395 -17.590 58.201 1.00138.01 ATOM 84 N ARG D1282 -45.875 -20.977 55.318 1.00139.79 ATOM 85 CA ARG D1282 -46.210 -22.369 55.049 1.00139.50 ATOM 86 C ARG D1282 -44.915 -23.158 55.181 1.00142.93 ATOM 87 O ARG D1282 -43.983 -22.969 54.389 1.00143.65 ATOM 88 CB ARG D1282 -46.840 -22.525 53.665 1.00140.20 ATOM 89 CG ARG D1282 -47.437 -23.895 53.379 1.00139.57 ATOM 90 CD ARG D1282 -46.447 -24.807 52.660 1.00144.14 ATOM 91 NE ARG D1282 -45.924 -24.214 51.429 1.00139.58 ATOM 92 CZ ARG D1282 -46.391 -24.471 50.211 1.00135.16 ATOM 93 NH1 ARG D1282 -47.398 -25.316 50.048 1.00137.11 ATOM 94 NH2 ARG D1282 -45.850 -23.886 49.152 1.00136.41 ATOM 95 N ILE D1283 -44.839 -24.006 56.200 1.00142.92 ATOM 96 CA ILE D1283 -43.645 -24.810 56.432 1.00145.73 ATOM 97 C ILE D1283 -43.714 -26.063 55.571 1.00147.88 ATOM 98 O ILE D1283 -44.783 -26.668 55.412 1.00149.50 ATOM 99 CB ILE D1283 -43.502 -25.148 57.929 1.00139.41 ATOM 100 CG1 ILE D1283 -44.809 -25.712 58.490 1.00146.22 ATOM 101 CG2 ILE D1283 -43.088 -23.913 58.721 1.00132.35 ATOM 102 CD1 ILE D1283 -44.845 -27.220 58.615 1.00148.62 ATOM 103 N GLU D1284 -42.580 -26.454 54.988 1.00146.85 ATOM 104 CA GLU D1284 -42.497 -27.663 54.177 1.00151.72 ATOM 105 C GLU D1284 -41.273 -28.433 54.648 1.00155.55 ATOM 106 O GLU D1284 -40.139 -28.041 54.353 1.00154.72 ATOM 107 CB GLU D1284 -42.406 -27.320 52.686 1.00149.17 ATOM 108 CG GLU D1284 -42.509 -28.511 51.739 1.00150.47 ATOM 109 CD GLU D1284 -41.198 -29.253 51.572 1.00152.83 ATOM 110 OE1 GLU D1284 -40.130 -28.620 51.706 1.00151.66 ATOM 111 OE2 GLU D1284 -41.237 -30.473 51.310 1.00155.78 ATOM 112 N GLU D1285 -41.489 -29.530 55.369 1.00157.75 ATOM 113 CA GLU D1285 -40.385 -30.284 55.954 1.00159.42 ATOM 114 C GLU D1285 -40.459 -31.743 55.524 1.00159.05 ATOM 115 O GLU D1285 -41.303 -32.500 56.015 1.00158.08 ATOM 116 CB GLU D1285 -40.387 -30.172 57.478 1.00155.28 ATOM 117 CG GLU D1285 -39.110 -30.695 58.119 1.00156.41 ATOM 118 CD GLU D1285 -39.039 -30.410 59.608 1.00163.72 ATOM 119 OE1 GLU D1285 -37.926 -30.483 60.172 1.00162.09 ATOM 120 OE2 GLU D1285 -40.092 -30.111 60.213 1.00162.47 ATOM 121 N THR D1286 -39.580 -32.130 54.603 1.00157.66 ATOM 122 CA THR D1286 -39.274 -33.536 54.407 1.00157.16 ATOM 123 C THR D1286 -38.450 -34.026 55.592 1.00158.82 ATOM 124 O THR D1286 -37.812 -33.243 56.301 1.00159.91 ATOM 125 CB THR D1286 -38.504 -33.746 53.100 1.00152.46 ATOM 126 OG1 THR D1286 -39.119 -32.984 52.057 1.00150.50 ATOM 127 CG2 THR D1286 -38.492 -35.215 52.695 1.00148.60 ATOM 128 N GLU D1287 -38.492 -35.338 55.829 1.00156.79 ATOM 129 CA GLU D1287 -37.661 -35.903 56.885 1.00157.11 ATOM 130 C GLU D1287 -36.181 -35.632 56.638 1.00161.07 ATOM 131 O GLU D1287 -35.400 -35.538 57.593 1.00164.09 ATOM 132 CB GLU D1287 -37.926 -37.403 57.019 1.00156.27 ATOM 133 CG GLU D1287 -39.269 -37.737 57.665 1.00152.51 ATOM 134 CD GLU D1287 -39.401 -39.208 58.025 1.00142.55 ATOM 135 OE1 GLU D1287 -39.719 -40.020 57.131 1.00140.65 ATOM 136 OE2 GLU D1287 -39.175 -39.551 59.205 1.00131.21 ATOM 137 N GLU D1288 -35.777 -35.486 55.375 1.00155.52 ATOM 138 CA GLU D1288 -34.384 -35.234 55.036 1.00152.45 ATOM 139 C GLU D1288 -34.117 -33.826 54.510 1.00157.92 ATOM 140 O GLU D1288 -32.953 -33.494 54.262 1.00159.78 ATOM 141 CB GLU D1288 -33.894 -36.265 54.012 1.00150.09 ATOM 142 CG GLU D1288 -34.573 -36.191 52.656 1.00152.13 ATOM 143 CD GLU D1288 -33.868 -37.039 51.612 1.00147.50 ATOM 144 OE1 GLU D1288 -32.779 -37.568 51.917 1.00147.96 ATOM 145 OE2 GLU D1288 -34.398 -37.179 50.490 1.00141.00 ATOM 146 N LYS D1289 -35.142 -32.988 54.340 1.00157.91 ATOM 147 CA LYS D1289 -34.940 -31.641 53.814 1.00154.42 ATOM 148 C LYS D1289 -36.015 -30.701 54.346 1.00155.98 ATOM 149 O LYS D1289 -37.120 -31.129 54.690 1.00156.74 ATOM 150 CB LYS D1289 -34.931 -31.631 52.279 1.00146.87 ATOM 151 CG LYS D1289 -33.554 -31.891 51.691 1.00141.66 ATOM 152 CD LYS D1289 -33.600 -32.147 50.202 1.00146.18 ATOM 153 CE LYS D1289 -32.216 -32.510 49.688 1.00148.11 ATOM 154 NZ LYS D1289 -32.198 -32.782 48.224 1.00136.94 ATOM 155 N LEU D1290 -35.680 -29.409 54.401 1.00154.50 ATOM 156 CA LEU D1290 -36.523 -28.400 55.032 1.00149.85 ATOM 157 C LEU D1290 -36.536 -27.126 54.196 1.00146.66 ATOM 158 O LEU D1290 -35.505 -26.720 53.651 1.00137.17 ATOM 159 CB LEU D1290 -36.028 -28.092 56.454 1.00146.31 ATOM 160 CG LEU D1290 -37.002 -27.600 57.529 1.00147.58 ATOM 161 CD1 LEU D1290 -36.353 -27.734 58.896 1.00148.47 ATOM 162 CD2 LEU D1290 -37.442 -26.162 57.296 1.00139.82 ATOM 163 N SER D1291 -37.710 -26.497 54.106 1.00148.37 ATOM 164 CA SER D1291 -37.875 -25.215 53.435 1.00143.24 ATOM 165 C SER D1291 -39.070 -24.490 54.042 1.00144.79 ATOM 166 O SER D1291 -39.979 -25.113 54.605 1.00145.30 ATOM 167 CB SER D1291 -38.065 -25.377 51.920 1.00138.20 ATOM 168 OG SER D1291 -36.890 -25.876 51.309 1.00137.51 ATOM 169 N VAL D1292 -39.055 -23.161 53.936 1.00143.55 ATOM 170 CA VAL D1292 -40.122 -22.319 54.465 1.00141.32 ATOM 171 C VAL D1292 -40.596 -21.386 53.358 1.00137.02 ATOM 172 O VAL D1292 -39.778 -20.767 52.666 1.00134.82 ATOM 173 CB VAL D1292 -39.661 -21.516 55.698 1.00139.38 ATOM 174 CG1 VAL D1292 -40.813 -20.690 56.261 1.00136.31 ATOM 175 CG2 VAL D1292 -39.098 -22.449 56.766 1.00139.29 ATOM 176 N PHE D1293 -41.910 -21.276 53.191 1.00137.82 ATOM 177 CA PHE D1293 -42.489 -20.468 52.129 1.00138.44 ATOM 178 C PHE D1293 -43.238 -19.290 52.734 1.00136.46 ATOM 179 O PHE D1293 -44.060 -19.467 53.640 1.00136.16 ATOM 180 CB PHE D1293 -43.424 -21.309 51.255 1.00142.10 ATOM 181 CG PHE D1293 -42.717 -22.359 50.433 1.00143.49 ATOM 182 CD1 PHE D1293 -42.338 -23.569 50.998 1.00143.18 ATOM 183 CD2 PHE D1293 -42.443 -22.140 49.092 1.00142.64 ATOM 184 CE1 PHE D1293 -41.691 -24.534 50.242 1.00142.86 ATOM 185 CE2 PHE D1293 -41.803 -23.101 48.332 1.00141.17 ATOM 186 CZ PHE D1293 -41.424 -24.298 48.908 1.00143.26 ATOM 187 N VAL D1294 -42.940 -18.094 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-13.654 49.075 1.00145.39 ATOM 206 O SER D1296 -50.139 -14.808 48.796 1.00146.39 ATOM 207 CB SER D1296 -47.734 -12.220 49.007 1.00145.77 ATOM 208 OG SER D1296 -48.637 -11.189 48.646 1.00146.00 ATOM 209 N GLU D1297 -50.590 -12.611 48.820 1.00145.88 ATOM 210 CA GLU D1297 -51.835 -12.798 48.087 1.00146.85 ATOM 211 C GLU D1297 -51.563 -13.129 46.625 1.00146.24 ATOM 212 O GLU D1297 -52.281 -13.934 46.020 1.00144.22 ATOM 213 CB GLU D1297 -52.704 -11.551 48.212 1.00146.76 ATOM 214 CG GLU D1297 -52.970 -11.148 49.651 1.00145.79 ATOM 215 CD GLU D1297 -54.105 -10.152 49.782 1.00152.64 ATOM 216 OE1 GLU D1297 -54.185 -9.470 50.826 1.00154.20 ATOM 217 OE2 GLU D1297 -54.921 -10.054 48.842 1.00154.18 ATOM 218 N GLY D1298 -50.536 -12.517 46.042 1.00145.99 ATOM 219 CA GLY D1298 -50.208 -12.758 44.652 1.00147.90 ATOM 220 C GLY D1298 -48.802 -13.269 44.401 1.00148.38 ATOM 221 O GLY D1298 -48.489 -13.690 43.283 1.00146.95 ATOM 222 N PHE D1299 -47.945 -13.248 45.421 1.00149.52 ATOM 223 CA PHE D1299 -46.538 -13.581 45.247 1.00145.82 ATOM 224 C PHE D1299 -46.120 -14.709 46.180 1.00144.09 ATOM 225 O PHE D1299 -46.814 -15.043 47.146 1.00146.24 ATOM 226 CB PHE D1299 -45.645 -12.357 45.470 1.00143.58 ATOM 227 CG PHE D1299 -45.462 -11.525 44.239 1.00150.40 ATOM 228 CD1 PHE D1299 -45.909 -11.987 43.011 1.00149.44 ATOM 229 CD2 PHE D1299 -44.839 -10.292 44.301 1.00150.28 ATOM 230 CE1 PHE D1299 -45.746 -11.233 41.868 1.00147.92 ATOM 231 CE2 PHE D1299 -44.669 -9.532 43.160 1.00149.50 ATOM 232 CZ PHE D1299 -45.124 -10.004 41.942 1.00149.99 ATOM 233 N SER D1300 -44.961 -15.290 45.870 1.00135.99 ATOM 234 CA SER D1300 -44.447 -16.464 46.563 1.00136.68 ATOM 235 C SER D1300 -42.939 -16.350 46.718 1.00137.53 ATOM 236 O SER D1300 -42.235 -16.055 45.747 1.00133.85 ATOM 237 CB SER D1300 -44.796 -17.745 45.798 1.00136.19 ATOM 238 OG SER D1300 -44.198 -17.738 44.513 1.00131.66 ATOM 239 N LYS D1301 -42.445 -16.603 47.931 1.00142.47 ATOM 240 CA LYS D1301 -41.016 -16.613 48.217 1.00136.38 ATOM 241 C LYS D1301 -40.659 -17.924 48.902 1.00131.98 ATOM 242 O LYS D1301 -41.345 -18.347 49.838 1.00131.17 ATOM 243 CB LYS D1301 -40.616 -15.427 49.102 1.00132.38 ATOM 244 CG LYS D1301 -40.753 -14.068 48.437 1.00129.18 ATOM 245 CD LYS D1301 -39.715 -13.894 47.346 1.00129.19 ATOM 246 CE LYS D1301 -39.734 -12.485 46.788 1.00125.40 ATOM 247 NZ LYS D1301 -38.659 -12.292 45.780 1.00127.74 ATOM 248 N GLU D1302 -39.585 -18.558 48.440 1.00126.92 ATOM 249 CA GLU D1302 -39.144 -19.849 48.955 1.00135.52 ATOM 250 C GLU D1302 -37.766 -19.689 49.582 1.00133.20 ATOM 251 O GLU D1302 -36.833 -19.225 48.919 1.00129.79 ATOM 252 CB GLU D1302 -39.106 -20.894 47.837 1.00140.73 ATOM 253 CG GLU D1302 -38.464 -22.218 48.233 1.00140.12 ATOM 254 CD GLU D1302 -38.343 -23.176 47.064 1.00139.19 ATOM 255 OE1 GLU D1302 -37.206 -23.574 46.735 1.00138.78 ATOM 256 OE2 GLU D1302 -39.384 -23.523 46.467 1.00139.13 ATOM 257 N TYR D1303 -37.635 -20.077 50.852 1.00130.40 ATOM 258 CA TYR D1303 -36.363 -20.019 51.563 1.00127.80 ATOM 259 C TYR D1303 -35.949 -21.440 51.920 1.00128.16 ATOM 260 O TYR D1303 -36.590 -22.092 52.753 1.00126.73 ATOM 261 CB TYR D1303 -36.467 -19.135 52.806 1.00120.59 ATOM 262 CG TYR D1303 -36.829 -17.702 52.487 1.00114.96 ATOM 263 CD1 TYR D1303 -35.914 -16.855 51.874 1.00115.53 ATOM 264 CD2 TYR D1303 -38.090 -17.201 52.779 1.00115.50 ATOM 265 CE1 TYR D1303 -36.242 -15.545 51.570 1.00114.18 ATOM 266 CE2 TYR D1303 -38.426 -15.892 52.482 1.00114.47 ATOM 267 CZ TYR D1303 -37.499 -15.069 51.877 1.00114.00 ATOM 268 OH TYR D1303 -37.831 -13.766 51.581 1.00114.07 ATOM 269 N LYS D1304 -34.889 -21.917 51.276 1.00127.28 ATOM 270 CA LYS D1304 -34.330 -23.234 51.539 1.00132.01 ATOM 271 C LYS D1304 -33.198 -23.090 52.549 1.00134.05 ATOM 272 O LYS D1304 -32.206 -22.404 52.278 1.00129.04 ATOM 273 CB LYS D1304 -33.824 -23.883 50.250 1.00129.10 ATOM 274 CG LYS D1304 -34.920 -24.314 49.284 1.00132.24 ATOM 275 CD LYS D1304 -34.369 -25.238 48.204 1.00131.99 ATOM 276 CE LYS D1304 -35.479 -26.050 47.554 1.00128.79 ATOM 277 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-9.232 62.415 1.00 61.23 TER