HEADER TRANSCRIPTION 31-DEC-69 6KQG TITLE Thermus thermophilus initial transcription complex comprising sigma A TITLE 2 and 5'-OH RNA of 6 nt COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 2.78 ANGSTORMS DBREF 6KQG D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 91 ALA ASP CYS GLY THR THR ASN TYR ILE SER VAL PRO LEU SEQRES 2 D 91 PHE GLN PRO ASP GLU VAL THR ARG SER LEU ARG LEU ARG SEQRES 3 D 91 LYS ARG ALA ASP ILE GLU ALA GLY LEU TYR GLY ARG VAL SEQRES 4 D 91 LEU ALA ARG GLU VAL GLU VAL LEU GLY VAL ARG LEU GLU SEQRES 5 D 91 GLU GLY ARG TYR LEU SER MET ASP ASP VAL HIS LEU LEU SEQRES 6 D 91 ILE LYS ALA ALA GLU ALA GLY GLU ILE GLN GLU VAL PRO SEQRES 7 D 91 VAL ARG SER PRO LEU THR CYS GLN THR ARG TYR GLY VAL ATOM 1 N ALA D1110 -27.943 26.005 66.600 1.00 67.88 ATOM 2 CA ALA D1110 -28.843 25.768 67.726 1.00 57.05 ATOM 3 C ALA D1110 -30.040 24.918 67.325 1.00 59.94 ATOM 4 O ALA D1110 -30.564 24.159 68.146 1.00 60.39 ATOM 5 CB ALA D1110 -29.313 27.093 68.313 1.00 48.33 ATOM 6 N ASP D1111 -30.496 25.035 66.081 1.00 66.03 ATOM 7 CA ASP D1111 -31.601 24.208 65.612 1.00 68.57 ATOM 8 C ASP D1111 -31.586 24.191 64.092 1.00 61.75 ATOM 9 O ASP D1111 -31.549 25.248 63.460 1.00 67.40 ATOM 10 CB ASP D1111 -32.951 24.726 66.134 1.00 57.52 ATOM 11 CG ASP D1111 -34.142 23.918 65.611 1.00 71.51 ATOM 12 OD1 ASP D1111 -33.952 22.802 65.078 1.00 71.59 ATOM 13 OD2 ASP D1111 -35.285 24.409 65.732 1.00 76.76 ATOM 14 N CYS D1112 -31.620 22.991 63.515 1.00 65.66 ATOM 15 CA CYS D1112 -31.715 22.819 62.072 1.00 69.81 ATOM 16 C CYS D1112 -33.145 22.927 61.566 1.00 68.56 ATOM 17 O CYS D1112 -33.358 22.894 60.348 1.00 60.11 ATOM 18 CB CYS D1112 -31.148 21.457 61.666 1.00 65.69 ATOM 19 SG CYS D1112 -32.147 20.066 62.282 1.00 69.60 ATOM 20 N GLY D1113 -34.120 23.028 62.470 1.00 68.53 ATOM 21 CA GLY D1113 -35.515 23.148 62.098 1.00 66.72 ATOM 22 C GLY D1113 -36.164 21.897 61.551 1.00 66.81 ATOM 23 O GLY D1113 -37.266 21.981 61.002 1.00 70.91 ATOM 24 N THR D1114 -35.522 20.738 61.670 1.00 67.98 ATOM 25 CA THR D1114 -36.131 19.516 61.169 1.00 68.56 ATOM 26 C THR D1114 -37.430 19.228 61.909 1.00 61.33 ATOM 27 O THR D1114 -37.568 19.507 63.102 1.00 61.97 ATOM 28 CB THR D1114 -35.179 18.325 61.312 1.00 66.11 ATOM 29 OG1 THR D1114 -35.805 17.157 60.771 1.00 70.81 ATOM 30 CG2 THR D1114 -34.854 18.052 62.770 1.00 67.86 ATOM 31 N THR D1115 -38.396 18.696 61.178 1.00 61.94 ATOM 32 CA THR D1115 -39.611 18.165 61.767 1.00 65.97 ATOM 33 C THR D1115 -39.527 16.665 61.998 1.00 72.17 ATOM 34 O THR D1115 -40.518 16.056 62.415 1.00 67.72 ATOM 35 CB THR D1115 -40.799 18.485 60.866 1.00 68.55 ATOM 36 OG1 THR D1115 -40.426 18.258 59.503 1.00 74.40 ATOM 37 CG2 THR D1115 -41.192 19.931 61.030 1.00 74.46 ATOM 38 N ASN D1116 -38.373 16.062 61.725 1.00 69.94 ATOM 39 CA ASN D1116 -38.196 14.625 61.843 1.00 63.28 ATOM 40 C ASN D1116 -37.679 14.247 63.224 1.00 61.23 ATOM 41 O ASN D1116 -36.969 15.012 63.878 1.00 60.46 ATOM 42 CB ASN D1116 -37.238 14.116 60.770 1.00 61.94 ATOM 43 CG ASN D1116 -37.810 14.244 59.383 1.00 70.41 ATOM 44 OD1 ASN D1116 -39.019 14.119 59.193 1.00 74.94 ATOM 45 ND2 ASN D1116 -36.948 14.500 58.400 1.00 69.70 ATOM 46 N TYR D1117 -38.037 13.043 63.655 1.00 55.46 ATOM 47 CA TYR D1117 -37.663 12.584 64.983 1.00 60.63 ATOM 48 C TYR D1117 -37.705 11.066 65.005 1.00 58.02 ATOM 49 O TYR D1117 -38.123 10.423 64.040 1.00 59.14 ATOM 50 CB TYR D1117 -38.592 13.165 66.058 1.00 61.07 ATOM 51 CG TYR D1117 -40.062 12.853 65.844 1.00 60.80 ATOM 52 CD1 TYR D1117 -40.856 13.652 65.026 1.00 63.16 ATOM 53 CD2 TYR D1117 -40.656 11.756 66.460 1.00 64.92 ATOM 54 CE1 TYR D1117 -42.204 13.363 64.831 1.00 70.52 ATOM 55 CE2 TYR D1117 -42.003 11.458 66.269 1.00 62.93 ATOM 56 CZ TYR D1117 -42.772 12.264 65.457 1.00 71.61 ATOM 57 OH TYR D1117 -44.106 11.973 65.269 1.00 72.97 ATOM 58 N ILE D1118 -37.269 10.505 66.134 1.00 54.66 ATOM 59 CA ILE D1118 -37.351 9.076 66.392 1.00 49.15 ATOM 60 C ILE D1118 -38.280 8.859 67.580 1.00 60.00 ATOM 61 O ILE D1118 -38.515 9.758 68.392 1.00 60.43 ATOM 62 CB ILE D1118 -35.968 8.445 66.660 1.00 50.54 ATOM 63 CG1 ILE D1118 -35.444 8.857 68.036 1.00 51.80 ATOM 64 CG2 ILE D1118 -34.981 8.878 65.611 1.00 53.61 ATOM 65 CD1 ILE D1118 -34.182 8.145 68.449 1.00 48.15 ATOM 66 N SER D1119 -38.815 7.644 67.681 1.00 61.22 ATOM 67 CA SER D1119 -39.759 7.292 68.742 1.00 53.99 ATOM 68 C SER D1119 -39.130 6.220 69.623 1.00 57.55 ATOM 69 O SER D1119 -39.140 5.037 69.268 1.00 63.57 ATOM 70 CB SER D1119 -41.083 6.809 68.161 1.00 52.52 ATOM 71 OG SER D1119 -41.621 7.764 67.268 1.00 64.31 ATOM 72 N VAL D1120 -38.600 6.617 70.774 1.00 50.32 ATOM 73 CA VAL D1120 -38.017 5.637 71.685 1.00 48.44 ATOM 74 C VAL D1120 -39.131 4.786 72.275 1.00 60.44 ATOM 75 O VAL D1120 -40.049 5.331 72.900 1.00 65.66 ATOM 76 CB VAL D1120 -37.205 6.316 72.793 1.00 53.90 ATOM 77 CG1 VAL D1120 -36.618 5.268 73.713 1.00 50.61 ATOM 78 CG2 VAL D1120 -36.116 7.190 72.193 1.00 48.42 ATOM 79 N PRO D1121 -39.115 3.467 72.091 1.00 66.28 ATOM 80 CA PRO D1121 -40.150 2.628 72.702 1.00 57.11 ATOM 81 C PRO D1121 -39.845 2.361 74.161 1.00 60.99 ATOM 82 O PRO D1121 -38.685 2.240 74.560 1.00 67.54 ATOM 83 CB PRO D1121 -40.081 1.333 71.885 1.00 61.43 ATOM 84 CG PRO D1121 -38.665 1.249 71.485 1.00 55.90 ATOM 85 CD PRO D1121 -38.227 2.678 71.222 1.00 58.44 ATOM 86 N LEU D1122 -40.907 2.264 74.961 1.00 68.52 ATOM 87 CA LEU D1122 -40.786 1.917 76.368 1.00 60.54 ATOM 88 C LEU D1122 -41.105 0.454 76.640 1.00 64.86 ATOM 89 O LEU D1122 -40.879 -0.019 77.759 1.00 69.14 ATOM 90 CB LEU D1122 -41.701 2.816 77.210 1.00 63.51 ATOM 91 CG LEU D1122 -41.566 4.324 76.989 1.00 61.66 ATOM 92 CD1 LEU D1122 -42.677 5.056 77.703 1.00 62.21 ATOM 93 CD2 LEU D1122 -40.218 4.828 77.463 1.00 58.35 ATOM 94 N PHE D1123 -41.609 -0.274 75.652 1.00 62.05 ATOM 95 CA PHE D1123 -41.913 -1.685 75.809 1.00 69.65 ATOM 96 C PHE D1123 -41.187 -2.492 74.741 1.00 76.22 ATOM 97 O PHE D1123 -40.974 -2.025 73.619 1.00 71.62 ATOM 98 CB PHE D1123 -43.427 -1.937 75.736 1.00 71.35 ATOM 99 CG PHE D1123 -44.193 -1.287 76.845 1.00 72.55 ATOM 100 CD1 PHE D1123 -44.383 -1.946 78.047 1.00 73.63 ATOM 101 CD2 PHE D1123 -44.701 -0.007 76.696 1.00 69.25 ATOM 102 CE1 PHE D1123 -45.068 -1.348 79.075 1.00 66.16 ATOM 103 CE2 PHE D1123 -45.388 0.599 77.722 1.00 66.35 ATOM 104 CZ PHE D1123 -45.571 -0.071 78.914 1.00 67.60 ATOM 105 N GLN D1124 -40.803 -3.713 75.109 1.00 83.19 ATOM 106 CA GLN D1124 -40.179 -4.644 74.190 1.00 88.78 ATOM 107 C GLN D1124 -40.948 -5.958 74.161 1.00 94.74 ATOM 108 O GLN D1124 -41.487 -6.384 75.192 1.00 93.07 ATOM 109 CB GLN D1124 -38.718 -4.919 74.573 1.00 85.87 ATOM 110 CG GLN D1124 -38.523 -5.400 75.999 1.00 93.33 ATOM 111 CD GLN D1124 -37.072 -5.326 76.430 1.00100.78 ATOM 112 OE1 GLN D1124 -36.171 -5.242 75.591 1.00100.25 ATOM 113 NE2 GLN D1124 -36.836 -5.343 77.742 1.00 93.78 ATOM 114 N PRO D1125 -41.041 -6.602 72.996 1.00 96.62 ATOM 115 CA PRO D1125 -41.734 -7.893 72.926 1.00106.23 ATOM 116 C PRO D1125 -41.023 -8.937 73.772 1.00116.25 ATOM 117 O PRO D1125 -39.795 -9.042 73.760 1.00116.08 ATOM 118 CB PRO D1125 -41.686 -8.244 71.433 1.00103.87 ATOM 119 CG PRO D1125 -41.460 -6.943 70.737 1.00 96.44 ATOM 120 CD PRO D1125 -40.596 -6.146 71.668 1.00 95.18 ATOM 121 N ASP D1126 -41.813 -9.697 74.528 1.00129.13 ATOM 122 CA ASP D1126 -41.277 -10.793 75.320 1.00137.62 ATOM 123 C ASP D1126 -40.697 -11.865 74.400 1.00148.75 ATOM 124 O ASP D1126 -41.127 -12.031 73.254 1.00148.80 ATOM 125 CB ASP D1126 -42.375 -11.379 76.211 1.00138.39 ATOM 126 CG ASP D1126 -41.825 -12.209 77.349 1.00141.30 ATOM 127 OD1 ASP D1126 -40.848 -11.768 77.989 1.00135.91 ATOM 128 OD2 ASP D1126 -42.389 -13.290 77.619 1.00145.45 ATOM 129 N GLU D1127 -39.690 -12.587 74.904 1.00153.77 ATOM 130 CA GLU D1127 -39.105 -13.667 74.111 1.00157.35 ATOM 131 C GLU D1127 -40.106 -14.796 73.903 1.00157.76 ATOM 132 O GLU D1127 -40.101 -15.446 72.850 1.00158.57 ATOM 133 CB GLU D1127 -37.832 -14.191 74.779 1.00161.41 ATOM 134 CG GLU D1127 -36.845 -14.852 73.817 1.00165.54 ATOM 135 CD GLU D1127 -36.217 -13.863 72.849 1.00164.37 ATOM 136 OE1 GLU D1127 -35.921 -14.252 71.698 1.00157.49 ATOM 137 OE2 GLU D1127 -36.021 -12.694 73.242 1.00166.37 ATOM 138 N VAL D1128 -40.976 -15.030 74.890 1.00158.91 ATOM 139 CA VAL D1128 -42.104 -15.937 74.719 1.00160.31 ATOM 140 C VAL D1128 -43.068 -15.416 73.659 1.00161.12 ATOM 141 O VAL D1128 -43.843 -16.194 73.090 1.00160.59 ATOM 142 CB VAL D1128 -42.816 -16.136 76.080 1.00153.27 ATOM 143 CG1 VAL D1128 -43.834 -17.269 76.015 1.00155.51 ATOM 144 CG2 VAL D1128 -41.802 -16.394 77.184 1.00150.47 ATOM 145 N THR D1129 -43.010 -14.114 73.358 1.00159.67 ATOM 146 CA THR D1129 -44.023 -13.386 72.591 1.00154.73 ATOM 147 C THR D1129 -45.389 -13.462 73.264 1.00151.78 ATOM 148 O THR D1129 -46.425 -13.278 72.615 1.00149.02 ATOM 149 CB THR D1129 -44.108 -13.873 71.135 1.00152.08 ATOM 150 OG1 THR D1129 -42.824 -14.347 70.711 1.00149.10 ATOM 151 CG2 THR D1129 -44.536 -12.733 70.215 1.00148.46 ATOM 152 N ARG D1130 -45.398 -13.727 74.574 1.00148.87 ATOM 153 CA ARG D1130 -46.653 -13.794 75.310 1.00149.40 ATOM 154 C ARG D1130 -47.276 -12.415 75.468 1.00151.71 ATOM 155 O ARG D1130 -48.502 -12.301 75.594 1.00150.48 ATOM 156 CB ARG D1130 -46.426 -14.438 76.679 1.00146.97 ATOM 157 CG ARG D1130 -47.688 -14.990 77.326 1.00145.14 ATOM 158 CD ARG D1130 -47.780 -14.596 78.792 1.00147.17 ATOM 159 NE ARG D1130 -48.053 -13.170 78.957 1.00147.68 ATOM 160 CZ ARG D1130 -48.140 -12.553 80.132 1.00146.72 ATOM 161 NH1 ARG D1130 -48.392 -11.250 80.182 1.00141.57 ATOM 162 NH2 ARG D1130 -47.972 -13.235 81.257 1.00144.53 ATOM 163 N SER D1131 -46.458 -11.364 75.459 1.00148.26 ATOM 164 CA SER D1131 -46.943 -9.994 75.585 1.00140.92 ATOM 165 C SER D1131 -45.842 -9.039 75.129 1.00127.92 ATOM 166 O SER D1131 -44.860 -9.444 74.497 1.00119.20 ATOM 167 CB SER D1131 -47.391 -9.700 77.023 1.00130.65 ATOM 168 OG SER D1131 -46.305 -9.787 77.931 1.00127.58 ATOM 169 N LEU D1132 -46.037 -7.754 75.424 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