HEADER TRANSCRIPTION 31-DEC-69 6KQH TITLE Thermus thermophilus initial transcription complex comprising sigma A TITLE 2 and 5'-OH RNA of 7 nt COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.18 ANGSTORMS DBREF 6KQH D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 61 ALA LYS ALA VAL ILE SER GLU ILE ASP GLY VAL VAL ARG SEQRES 2 D 61 ILE GLU GLU THR GLU GLU LYS LEU SER VAL PHE VAL GLU SEQRES 3 D 61 SER GLU GLY PHE SER LYS GLU TYR LYS LEU PRO LYS GLU SEQRES 4 D 61 ALA ARG LEU LEU VAL LYS ASP GLY ASP TYR VAL GLU ALA SEQRES 5 D 61 GLY GLN PRO LEU THR ARG GLY ALA ILE ATOM 1 N ALA D1270 -22.994 -17.156 60.745 1.00 93.46 ATOM 2 CA ALA D1270 -24.259 -17.849 60.966 1.00 82.19 ATOM 3 C ALA D1270 -25.362 -16.800 60.972 1.00 77.59 ATOM 4 O ALA D1270 -25.534 -16.078 61.959 1.00 79.75 ATOM 5 CB ALA D1270 -24.235 -18.634 62.275 1.00 88.55 ATOM 6 N LYS D1271 -26.105 -16.712 59.872 1.00 76.62 ATOM 7 CA LYS D1271 -27.072 -15.644 59.678 1.00 73.36 ATOM 8 C LYS D1271 -28.487 -16.198 59.622 1.00 78.31 ATOM 9 O LYS D1271 -28.710 -17.373 59.308 1.00 82.81 ATOM 10 CB LYS D1271 -26.793 -14.852 58.394 1.00 61.24 ATOM 11 CG LYS D1271 -27.465 -15.423 57.160 1.00 60.15 ATOM 12 CD LYS D1271 -27.504 -14.407 56.034 1.00 62.83 ATOM 13 CE LYS D1271 -26.107 -13.975 55.626 1.00 58.39 ATOM 14 NZ LYS D1271 -26.140 -13.096 54.423 1.00 60.93 ATOM 15 N ALA D1272 -29.439 -15.330 59.943 1.00 74.57 ATOM 16 CA ALA D1272 -30.845 -15.633 59.770 1.00 69.86 ATOM 17 C ALA D1272 -31.263 -15.360 58.332 1.00 66.06 ATOM 18 O ALA D1272 -30.644 -14.565 57.617 1.00 61.68 ATOM 19 CB ALA D1272 -31.693 -14.803 60.730 1.00 75.85 ATOM 20 N VAL D1273 -32.328 -16.033 57.910 1.00 71.12 ATOM 21 CA VAL D1273 -32.926 -15.820 56.599 1.00 74.85 ATOM 22 C VAL D1273 -34.191 -14.999 56.787 1.00 71.37 ATOM 23 O VAL D1273 -35.057 -15.355 57.597 1.00 74.17 ATOM 24 CB VAL D1273 -33.227 -17.154 55.896 1.00 63.02 ATOM 25 CG1 VAL D1273 -33.518 -16.920 54.421 1.00 57.66 ATOM 26 CG2 VAL D1273 -32.070 -18.121 56.074 1.00 61.12 ATOM 27 N ILE D1274 -34.297 -13.896 56.056 1.00 62.09 ATOM 28 CA ILE D1274 -35.420 -12.981 56.197 1.00 69.60 ATOM 29 C ILE D1274 -36.249 -12.997 54.920 1.00 70.84 ATOM 30 O ILE D1274 -35.730 -13.189 53.815 1.00 68.04 ATOM 31 CB ILE D1274 -34.947 -11.553 56.535 1.00 71.79 ATOM 32 CG1 ILE D1274 -34.050 -11.004 55.425 1.00 69.00 ATOM 33 CG2 ILE D1274 -34.215 -11.543 57.868 1.00 61.29 ATOM 34 CD1 ILE D1274 -33.701 -9.543 55.596 1.00 56.99 ATOM 35 N SER D1275 -37.556 -12.801 55.084 1.00 77.32 ATOM 36 CA SER D1275 -38.481 -12.786 53.959 1.00 75.93 ATOM 37 C SER D1275 -38.353 -11.475 53.198 1.00 76.83 ATOM 38 O SER D1275 -38.324 -10.398 53.801 1.00 83.66 ATOM 39 CB SER D1275 -39.917 -12.969 54.448 1.00 82.71 ATOM 40 OG SER D1275 -40.051 -14.157 55.206 1.00 89.04 ATOM 41 N GLU D1276 -38.294 -11.566 51.871 1.00 68.65 ATOM 42 CA GLU D1276 -38.141 -10.372 51.051 1.00 76.93 ATOM 43 C GLU D1276 -39.448 -9.618 50.843 1.00 86.84 ATOM 44 O GLU D1276 -39.408 -8.429 50.504 1.00 85.20 ATOM 45 CB GLU D1276 -37.540 -10.745 49.696 1.00 80.12 ATOM 46 CG GLU D1276 -36.193 -11.431 49.799 1.00 77.80 ATOM 47 CD GLU D1276 -35.737 -12.019 48.481 1.00 84.04 ATOM 48 OE1 GLU D1276 -35.920 -11.358 47.436 1.00 85.06 ATOM 49 OE2 GLU D1276 -35.203 -13.147 48.490 1.00 86.19 ATOM 50 N ILE D1277 -40.597 -10.273 51.029 1.00 91.36 ATOM 51 CA ILE D1277 -41.904 -9.653 50.838 1.00100.97 ATOM 52 C ILE D1277 -42.836 -10.085 51.965 1.00 99.19 ATOM 53 O ILE D1277 -42.546 -11.007 52.730 1.00 92.63 ATOM 54 CB ILE D1277 -42.538 -10.005 49.472 1.00104.86 ATOM 55 CG1 ILE D1277 -42.824 -11.505 49.379 1.00104.79 ATOM 56 CG2 ILE D1277 -41.652 -9.546 48.317 1.00 97.25 ATOM 57 CD1 ILE D1277 -43.611 -11.897 48.147 1.00110.93 ATOM 58 N ASP D1278 -43.970 -9.393 52.056 1.00103.97 ATOM 59 CA ASP D1278 -45.040 -9.791 52.957 1.00106.40 ATOM 60 C ASP D1278 -45.742 -11.035 52.419 1.00110.42 ATOM 61 O ASP D1278 -45.711 -11.329 51.220 1.00110.34 ATOM 62 CB ASP D1278 -46.051 -8.654 53.125 1.00104.57 ATOM 63 CG ASP D1278 -45.398 -7.340 53.522 1.00101.58 ATOM 64 OD1 ASP D1278 -45.026 -7.186 54.704 1.00101.71 ATOM 65 OD2 ASP D1278 -45.247 -6.462 52.646 1.00101.67 ATOM 66 N GLY D1279 -46.381 -11.769 53.318 1.00110.99 ATOM 67 CA GLY D1279 -47.108 -12.957 52.923 1.00114.02 ATOM 68 C GLY D1279 -47.434 -13.824 54.124 1.00119.96 ATOM 69 O GLY D1279 -47.252 -13.425 55.273 1.00120.67 ATOM 70 N VAL D1280 -47.925 -15.025 53.821 1.00121.59 ATOM 71 CA VAL D1280 -48.288 -16.017 54.826 1.00120.29 ATOM 72 C VAL D1280 -47.314 -17.185 54.722 1.00117.56 ATOM 73 O VAL D1280 -46.867 -17.541 53.625 1.00112.88 ATOM 74 CB VAL D1280 -49.752 -16.480 54.659 1.00117.40 ATOM 75 CG1 VAL D1280 -49.954 -17.199 53.332 1.00114.65 ATOM 76 CG2 VAL D1280 -50.187 -17.349 55.835 1.00111.25 ATOM 77 N VAL D1281 -46.966 -17.763 55.868 1.00121.18 ATOM 78 CA VAL D1281 -45.950 -18.808 55.934 1.00116.54 ATOM 79 C VAL D1281 -46.585 -20.167 55.679 1.00120.20 ATOM 80 O VAL D1281 -47.596 -20.520 56.296 1.00122.84 ATOM 81 CB VAL D1281 -45.234 -18.793 57.293 1.00119.16 ATOM 82 CG1 VAL D1281 -44.304 -19.987 57.402 1.00117.81 ATOM 83 CG2 VAL D1281 -44.469 -17.492 57.477 1.00120.18 ATOM 84 N ARG D1282 -45.974 -20.940 54.785 1.00120.14 ATOM 85 CA ARG D1282 -46.343 -22.326 54.536 1.00119.68 ATOM 86 C ARG D1282 -45.070 -23.156 54.609 1.00122.35 ATOM 87 O ARG D1282 -44.160 -22.976 53.792 1.00122.18 ATOM 88 CB ARG D1282 -47.032 -22.470 53.174 1.00121.09 ATOM 89 CG ARG D1282 -47.575 -23.858 52.866 1.00120.56 ATOM 90 CD ARG D1282 -46.581 -24.679 52.055 1.00116.88 ATOM 91 NE ARG D1282 -46.105 -23.955 50.879 1.00101.91 ATOM 92 CZ ARG D1282 -46.573 -24.133 49.649 1.00 92.47 ATOM 93 NH1 ARG D1282 -47.533 -25.018 49.423 1.00 89.97 ATOM 94 NH2 ARG D1282 -46.078 -23.429 48.642 1.00 93.82 ATOM 95 N ILE D1283 -44.989 -24.030 55.598 1.00121.68 ATOM 96 CA ILE D1283 -43.788 -24.825 55.826 1.00123.23 ATOM 97 C ILE D1283 -43.896 -26.124 55.041 1.00129.64 ATOM 98 O ILE D1283 -44.973 -26.729 54.962 1.00130.68 ATOM 99 CB ILE D1283 -43.579 -25.084 57.331 1.00119.24 ATOM 100 CG1 ILE D1283 -44.893 -25.507 57.996 1.00124.09 ATOM 101 CG2 ILE D1283 -43.015 -23.843 58.014 1.00102.66 ATOM 102 CD1 ILE D1283 -45.058 -27.004 58.164 1.00116.72 ATOM 103 N GLU D1284 -42.784 -26.555 54.441 1.00131.64 ATOM 104 CA GLU D1284 -42.725 -27.815 53.707 1.00135.00 ATOM 105 C GLU D1284 -41.464 -28.539 54.159 1.00134.27 ATOM 106 O GLU D1284 -40.350 -28.107 53.845 1.00128.72 ATOM 107 CB GLU D1284 -42.723 -27.577 52.195 1.00132.94 ATOM 108 CG GLU D1284 -42.847 -28.836 51.348 1.00133.79 ATOM 109 CD GLU D1284 -41.505 -29.462 51.020 1.00138.67 ATOM 110 OE1 GLU D1284 -40.470 -28.783 51.184 1.00136.44 ATOM 111 OE2 GLU D1284 -41.487 -30.636 50.594 1.00142.29 ATOM 112 N GLU D1285 -41.632 -29.637 54.891 1.00142.12 ATOM 113 CA GLU D1285 -40.504 -30.333 55.503 1.00142.24 ATOM 114 C GLU D1285 -40.538 -31.809 55.128 1.00144.26 ATOM 115 O GLU D1285 -41.392 -32.560 55.613 1.00138.39 ATOM 116 CB GLU D1285 -40.514 -30.165 57.022 1.00131.47 ATOM 117 CG GLU D1285 -39.308 -30.783 57.718 1.00129.12 ATOM 118 CD GLU D1285 -39.295 -30.525 59.214 1.00127.37 ATOM 119 OE1 GLU D1285 -38.240 -30.741 59.846 1.00122.42 ATOM 120 OE2 GLU D1285 -40.337 -30.104 59.758 1.00123.20 ATOM 121 N THR D1286 -39.612 -32.219 54.266 1.00141.41 ATOM 122 CA THR D1286 -39.283 -33.626 54.129 1.00135.39 ATOM 123 C THR D1286 -38.499 -34.071 55.360 1.00140.28 ATOM 124 O THR D1286 -37.978 -33.251 56.121 1.00138.63 ATOM 125 CB THR D1286 -38.463 -33.868 52.856 1.00128.09 ATOM 126 OG1 THR D1286 -39.011 -33.097 51.781 1.00136.02 ATOM 127 CG2 THR D1286 -38.477 -35.342 52.461 1.00119.05 ATOM 128 N GLU D1287 -38.441 -35.385 55.575 1.00142.56 ATOM 129 CA GLU D1287 -37.581 -35.902 56.634 1.00145.48 ATOM 130 C GLU D1287 -36.130 -35.491 56.411 1.00140.85 ATOM 131 O GLU D1287 -35.404 -35.196 57.368 1.00144.14 ATOM 132 CB GLU D1287 -37.703 -37.423 56.724 1.00148.28 ATOM 133 CG GLU D1287 -38.951 -37.909 57.446 1.00146.12 ATOM 134 CD GLU D1287 -38.886 -39.388 57.785 1.00142.34 ATOM 135 OE1 GLU D1287 -39.350 -40.211 56.968 1.00147.43 ATOM 136 OE2 GLU D1287 -38.360 -39.726 58.866 1.00127.30 ATOM 137 N GLU D1288 -35.695 -35.449 55.152 1.00131.56 ATOM 138 CA GLU D1288 -34.315 -35.141 54.812 1.00130.24 ATOM 139 C GLU D1288 -34.122 -33.732 54.261 1.00138.37 ATOM 140 O GLU D1288 -32.976 -33.330 54.032 1.00136.84 ATOM 141 CB GLU D1288 -33.792 -36.163 53.799 1.00131.23 ATOM 142 CG GLU D1288 -34.632 -36.262 52.538 1.00130.94 ATOM 143 CD GLU D1288 -34.007 -37.163 51.496 1.00137.37 ATOM 144 OE1 GLU D1288 -32.981 -37.804 51.804 1.00142.30 ATOM 145 OE2 GLU D1288 -34.537 -37.229 50.367 1.00142.11 ATOM 146 N LYS D1289 -35.196 -32.973 54.042 1.00138.82 ATOM 147 CA LYS D1289 -35.077 -31.643 53.455 1.00128.71 ATOM 148 C LYS D1289 -36.122 -30.721 54.069 1.00129.01 ATOM 149 O LYS D1289 -37.144 -31.169 54.593 1.00130.84 ATOM 150 CB LYS D1289 -35.221 -31.685 51.927 1.00115.28 ATOM 151 CG LYS D1289 -34.016 -32.278 51.220 1.00117.26 ATOM 152 CD LYS D1289 -34.227 -32.386 49.722 1.00125.35 ATOM 153 CE LYS D1289 -32.997 -32.975 49.042 1.00126.45 ATOM 154 NZ LYS D1289 -33.170 -33.118 47.569 1.00120.01 ATOM 155 N LEU D1290 -35.854 -29.417 53.992 1.00126.67 ATOM 156 CA LEU D1290 -36.682 -28.404 54.633 1.00124.66 ATOM 157 C LEU D1290 -36.750 -27.169 53.746 1.00122.21 ATOM 158 O LEU D1290 -35.759 -26.796 53.112 1.00114.09 ATOM 159 CB LEU D1290 -36.125 -28.031 56.017 1.00120.82 ATOM 160 CG LEU D1290 -37.092 -27.742 57.173 1.00123.07 ATOM 161 CD1 LEU D1290 -36.325 -27.637 58.483 1.00118.05 ATOM 162 CD2 LEU D1290 -37.903 -26.478 56.934 1.00123.31 ATOM 163 N SER D1291 -37.922 -26.535 53.709 1.00121.36 ATOM 164 CA SER D1291 -38.106 -25.298 52.964 1.00117.69 ATOM 165 C SER D1291 -39.290 -24.542 53.555 1.00120.43 ATOM 166 O SER D1291 -40.212 -25.141 54.122 1.00119.21 ATOM 167 CB SER D1291 -38.325 -25.566 51.468 1.00112.46 ATOM 168 OG SER D1291 -37.171 -26.144 50.877 1.00108.61 ATOM 169 N VAL D1292 -39.248 -23.216 53.427 1.00117.64 ATOM 170 CA VAL D1292 -40.307 -22.341 53.919 1.00119.73 ATOM 171 C VAL D1292 -40.764 -21.447 52.774 1.00116.38 ATOM 172 O VAL D1292 -39.938 -20.814 52.106 1.00115.56 ATOM 173 CB VAL D1292 -39.838 -21.492 55.117 1.00120.35 ATOM 174 CG1 VAL D1292 -40.995 -20.669 55.670 1.00114.78 ATOM 175 CG2 VAL D1292 -39.232 -22.377 56.204 1.00121.05 ATOM 176 N PHE D1293 -42.075 -21.380 52.556 1.00119.09 ATOM 177 CA PHE D1293 -42.652 -20.590 51.478 1.00117.38 ATOM 178 C PHE D1293 -43.402 -19.402 52.063 1.00115.85 ATOM 179 O PHE D1293 -44.263 -19.571 52.931 1.00121.41 ATOM 180 CB PHE D1293 -43.593 -21.439 50.619 1.00122.40 ATOM 181 CG PHE D1293 -42.895 -22.498 49.805 1.00120.47 ATOM 182 CD1 PHE D1293 -42.452 -23.671 50.397 1.00118.18 ATOM 183 CD2 PHE D1293 -42.698 -22.327 48.444 1.00114.06 ATOM 184 CE1 PHE D1293 -41.816 -24.644 49.650 1.00112.09 ATOM 185 CE2 PHE D1293 -42.066 -23.299 47.692 1.00106.80 ATOM 186 CZ PHE D1293 -41.623 -24.458 48.297 1.00104.19 ATOM 187 N VAL D1294 -43.064 -18.208 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-40.958 -18.151 48.283 1.00117.89 ATOM 242 O LYS D1301 -41.732 -18.669 49.090 1.00115.99 ATOM 243 CB LYS D1301 -40.996 -15.657 48.468 1.00119.46 ATOM 244 CG LYS D1301 -40.957 -14.325 47.743 1.00113.24 ATOM 245 CD LYS D1301 -39.768 -14.260 46.803 1.00109.18 ATOM 246 CE LYS D1301 -39.663 -12.902 46.134 1.00105.78 ATOM 247 NZ LYS D1301 -38.484 -12.829 45.228 1.00108.10 ATOM 248 N GLU D1302 -39.760 -18.656 47.995 1.00101.31 ATOM 249 CA GLU D1302 -39.308 -19.937 48.525 1.00102.96 ATOM 250 C GLU D1302 -37.904 -19.791 49.090 1.00105.38 ATOM 251 O GLU D1302 -36.996 -19.329 48.389 1.00106.35 ATOM 252 CB GLU D1302 -39.330 -21.013 47.436 1.00111.96 ATOM 253 CG GLU D1302 -38.692 -22.325 47.849 1.00110.48 ATOM 254 CD GLU D1302 -38.800 -23.378 46.771 1.00112.81 ATOM 255 OE1 GLU D1302 -38.115 -24.414 46.880 1.00110.59 ATOM 256 OE2 GLU D1302 -39.573 -23.169 45.813 1.00116.32 ATOM 257 N TYR D1303 -37.725 -20.190 50.351 1.00105.80 ATOM 258 CA TYR D1303 -36.435 -20.143 51.031 1.00 99.67 ATOM 259 C TYR 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-9.340 61.473 1.00 34.18 TER