HEADER TRANSCRIPTION 31-DEC-69 6M6B TITLE Cryo-EM structure of Thermus thermophilus Mfd in complex with RNA TITLE 2 polymerase and ATP-gamma-S COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA ELECTRON MICROSCOPY REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 MET D 1238 REMARK 465 ARG D 1239 REMARK 465 THR D 1240 REMARK 465 PHE D 1241 REMARK 465 HIS D 1242 REMARK 465 THR D 1243 REMARK 465 GLY D 1244 REMARK 465 GLY D 1245 REMARK 465 VAL D 1246 REMARK 465 ALA D 1247 REMARK 465 GLY D 1248 REMARK 465 ALA D 1249 REMARK 465 ALA D 1250 REMARK 465 ASP D 1251 REMARK 465 ILE D 1252 REMARK 465 THR D 1253 DBREF 6M6B D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 69 CYS GLN LYS CYS TYR GLY TYR ASP LEU SER MET ALA ARG SEQRES 2 D 69 PRO VAL SER ILE GLY GLU ALA VAL GLY ILE VAL ALA ALA SEQRES 3 D 69 GLN SER ILE GLY GLU PRO GLY THR GLN LEU THR MET ARG SEQRES 4 D 69 THR PHE HIS THR GLY GLY VAL ALA GLY ALA ALA ASP ILE SEQRES 5 D 69 THR GLN GLY LEU PRO ARG VAL ILE GLU LEU PHE GLU ALA SEQRES 6 D 69 ARG ARG PRO LYS SEQRES 1 D 172 ASP PRO HIS GLN LEU LEU GLU ALA LYS GLY PRO GLU ALA SEQRES 2 D 172 VAL GLU ARG TYR LEU VAL GLU GLU ILE GLN LYS VAL TYR SEQRES 3 D 172 ARG ALA GLN GLY VAL LYS LEU HIS ASP LYS HIS ILE GLU SEQRES 4 D 172 ILE VAL VAL ARG GLN MET MET LYS TYR VAL GLU VAL THR SEQRES 5 D 172 ASP PRO GLY ASP SER ARG LEU LEU GLU GLY GLN VAL LEU SEQRES 6 D 172 GLU LYS TRP ASP VAL GLU ALA LEU ASN GLU ARG LEU ILE SEQRES 7 D 172 ALA GLU GLY LYS THR PRO VAL ALA TRP LYS PRO LEU LEU SEQRES 8 D 172 MET GLY VAL THR LYS SER ALA LEU SER THR LYS SER TRP SEQRES 9 D 172 LEU SER ALA ALA SER PHE GLN ASN THR THR HIS VAL LEU SEQRES 10 D 172 THR GLU ALA ALA ILE ALA GLY LYS LYS ASP GLU LEU ILE SEQRES 11 D 172 GLY LEU LYS GLU ASN VAL ILE LEU GLY ARG LEU ILE PRO SEQRES 12 D 172 ALA GLY THR GLY SER ASP PHE VAL ARG PHE THR GLN VAL SEQRES 13 D 172 VAL ASP GLN LYS THR LEU LYS ALA ILE GLU GLU ALA ARG SEQRES 14 D 172 LYS GLU ALA ATOM 1 N CYS D1201 143.538 126.913 166.254 1.00136.20 ATOM 2 CA CYS D1201 143.557 125.720 167.080 1.00136.20 ATOM 3 C CYS D1201 142.149 125.178 167.223 1.00136.20 ATOM 4 O CYS D1201 141.170 125.901 167.036 1.00136.20 ATOM 5 CB CYS D1201 144.131 126.009 168.459 1.00136.20 ATOM 6 SG CYS D1201 143.052 126.921 169.552 1.00136.20 ATOM 7 N GLN D1202 142.061 123.897 167.575 1.00128.05 ATOM 8 CA GLN D1202 140.774 123.224 167.652 1.00128.05 ATOM 9 C GLN D1202 139.916 123.793 168.766 1.00128.05 ATOM 10 O GLN D1202 138.689 123.843 168.653 1.00128.05 ATOM 11 CB GLN D1202 141.001 121.733 167.861 1.00128.05 ATOM 12 CG GLN D1202 139.769 120.895 167.741 1.00128.05 ATOM 13 CD GLN D1202 140.058 119.442 167.994 1.00128.05 ATOM 14 OE1 GLN D1202 141.120 119.092 168.505 1.00128.05 ATOM 15 NE2 GLN D1202 139.118 118.581 167.635 1.00128.05 ATOM 16 N LYS D1203 140.548 124.265 169.835 1.00127.43 ATOM 17 CA LYS D1203 139.781 124.782 170.957 1.00127.43 ATOM 18 C LYS D1203 139.160 126.128 170.633 1.00127.43 ATOM 19 O LYS D1203 138.081 126.457 171.134 1.00127.43 ATOM 20 CB LYS D1203 140.660 124.875 172.200 1.00127.43 ATOM 21 CG LYS D1203 141.086 123.530 172.770 1.00127.43 ATOM 22 CD LYS D1203 139.938 122.822 173.488 1.00127.43 ATOM 23 CE LYS D1203 139.409 121.620 172.698 1.00127.43 ATOM 24 NZ LYS D1203 138.305 120.902 173.391 1.00127.43 ATOM 25 N CYS D1204 139.809 126.915 169.792 1.00129.08 ATOM 26 CA CYS D1204 139.245 128.212 169.460 1.00129.08 ATOM 27 C CYS D1204 138.373 128.177 168.220 1.00129.08 ATOM 28 O CYS D1204 138.055 129.239 167.677 1.00129.08 ATOM 29 CB CYS D1204 140.355 129.242 169.288 1.00129.08 ATOM 30 SG CYS D1204 140.854 130.030 170.825 1.00129.08 ATOM 31 N TYR D1205 137.975 126.997 167.759 1.00110.07 ATOM 32 CA TYR D1205 137.082 126.889 166.617 1.00110.07 ATOM 33 C TYR D1205 135.728 126.313 167.000 1.00110.07 ATOM 34 O TYR D1205 134.694 126.894 166.673 1.00110.07 ATOM 35 CB TYR D1205 137.702 126.032 165.521 1.00110.07 ATOM 36 CG TYR D1205 136.884 126.045 164.262 1.00110.07 ATOM 37 CD1 TYR D1205 136.884 127.152 163.438 1.00110.07 ATOM 38 CD2 TYR D1205 136.103 124.961 163.903 1.00110.07 ATOM 39 CE1 TYR D1205 136.141 127.180 162.291 1.00110.07 ATOM 40 CE2 TYR D1205 135.356 124.982 162.754 1.00110.07 ATOM 41 CZ TYR D1205 135.384 126.095 161.952 1.00110.07 ATOM 42 OH TYR D1205 134.640 126.131 160.804 1.00110.07 ATOM 43 N GLY D1206 135.708 125.167 167.653 1.00117.69 ATOM 44 CA GLY D1206 134.463 124.575 168.088 1.00117.69 ATOM 45 C GLY D1206 134.052 123.398 167.234 1.00117.69 ATOM 46 O GLY D1206 134.874 122.685 166.653 1.00117.69 ATOM 47 N TYR D1207 132.738 123.189 167.186 1.00113.28 ATOM 48 CA TYR D1207 132.161 122.131 166.375 1.00113.28 ATOM 49 C TYR D1207 132.436 122.337 164.903 1.00113.28 ATOM 50 O TYR D1207 132.483 123.465 164.416 1.00113.28 ATOM 51 CB TYR D1207 130.652 122.056 166.563 1.00113.28 ATOM 52 CG TYR D1207 130.190 121.217 167.709 1.00113.28 ATOM 53 CD1 TYR D1207 131.080 120.465 168.440 1.00113.28 ATOM 54 CD2 TYR D1207 128.842 121.112 168.005 1.00113.28 ATOM 55 CE1 TYR D1207 130.654 119.663 169.462 1.00113.28 ATOM 56 CE2 TYR D1207 128.402 120.315 169.028 1.00113.28 ATOM 57 CZ TYR D1207 129.313 119.593 169.754 1.00113.28 ATOM 58 OH TYR D1207 128.883 118.793 170.783 1.00113.28 ATOM 59 N ASP D1208 132.634 121.232 164.203 1.00116.76 ATOM 60 CA ASP D1208 132.342 121.204 162.783 1.00116.76 ATOM 61 C ASP D1208 130.847 121.035 162.607 1.00116.76 ATOM 62 O ASP D1208 130.239 120.166 163.236 1.00116.76 ATOM 63 CB ASP D1208 133.065 120.066 162.082 1.00116.76 ATOM 64 CG ASP D1208 132.518 119.824 160.701 1.00116.76 ATOM 65 OD1 ASP D1208 132.825 120.620 159.795 1.00116.76 ATOM 66 OD2 ASP D1208 131.753 118.855 160.530 1.00116.76 ATOM 67 N LEU D1209 130.256 121.857 161.749 1.00117.08 ATOM 68 CA LEU D1209 128.809 121.836 161.609 1.00117.08 ATOM 69 C LEU D1209 128.345 120.588 160.880 1.00117.08 ATOM 70 O LEU D1209 127.263 120.063 161.155 1.00117.08 ATOM 71 CB LEU D1209 128.347 123.090 160.885 1.00117.08 ATOM 72 CG LEU D1209 128.821 124.324 161.635 1.00117.08 ATOM 73 CD1 LEU D1209 128.549 125.554 160.828 1.00117.08 ATOM 74 CD2 LEU D1209 128.118 124.406 162.966 1.00117.08 ATOM 75 N SER D1210 129.158 120.080 159.968 1.00109.37 ATOM 76 CA SER D1210 128.724 118.952 159.162 1.00109.37 ATOM 77 C SER D1210 128.989 117.617 159.825 1.00109.37 ATOM 78 O SER D1210 128.778 116.580 159.196 1.00109.37 ATOM 79 CB SER D1210 129.393 119.002 157.793 1.00109.37 ATOM 80 OG SER D1210 128.734 119.942 156.963 1.00109.37 ATOM 81 N MET D1211 129.449 117.609 161.064 1.00114.25 ATOM 82 CA MET D1211 129.594 116.359 161.784 1.00114.25 ATOM 83 C MET D1211 129.154 116.440 163.233 1.00114.25 ATOM 84 O MET D1211 129.264 115.430 163.935 1.00114.25 ATOM 85 CB MET D1211 131.040 115.876 161.726 1.00114.25 ATOM 86 CG MET D1211 131.345 115.011 160.532 1.00114.25 ATOM 87 SD MET D1211 132.905 114.141 160.719 1.00114.25 ATOM 88 CE MET D1211 133.917 115.450 161.402 1.00114.25 ATOM 89 N ALA D1212 128.708 117.611 163.700 1.00112.02 ATOM 90 CA ALA D1212 128.079 117.811 165.010 1.00112.02 ATOM 91 C ALA D1212 128.998 117.396 166.152 1.00112.02 ATOM 92 O ALA D1212 128.568 116.866 167.175 1.00112.02 ATOM 93 CB ALA D1212 126.741 117.079 165.091 1.00112.02 ATOM 94 N ARG D1213 130.282 117.641 165.964 1.00111.70 ATOM 95 CA ARG D1213 131.304 117.072 166.824 1.00111.70 ATOM 96 C ARG D1213 132.505 117.995 166.769 1.00111.70 ATOM 97 O ARG D1213 132.543 118.905 165.931 1.00111.70 ATOM 98 CB ARG D1213 131.664 115.653 166.368 1.00111.70 ATOM 99 CG ARG D1213 132.514 115.625 165.146 1.00111.70 ATOM 100 CD ARG D1213 132.603 114.216 164.658 1.00111.70 ATOM 101 NE ARG D1213 131.277 113.627 164.583 1.00111.70 ATOM 102 CZ ARG D1213 131.033 112.338 164.759 1.00111.70 ATOM 103 NH1 ARG D1213 132.032 111.508 165.021 1.00111.70 ATOM 104 NH2 ARG D1213 129.794 111.879 164.676 1.00111.70 ATOM 105 N PRO D1214 133.447 117.862 167.705 1.00113.79 ATOM 106 CA PRO D1214 134.673 118.661 167.620 1.00113.79 ATOM 107 C PRO D1214 135.423 118.392 166.331 1.00113.79 ATOM 108 O PRO D1214 135.528 117.252 165.884 1.00113.79 ATOM 109 CB PRO D1214 135.469 118.205 168.841 1.00113.79 ATOM 110 CG PRO D1214 134.437 117.878 169.819 1.00113.79 ATOM 111 CD PRO D1214 133.304 117.273 169.049 1.00113.79 ATOM 112 N VAL D1215 135.898 119.472 165.714 1.00116.98 ATOM 113 CA VAL D1215 136.429 119.398 164.365 1.00116.98 ATOM 114 C VAL D1215 137.738 118.625 164.368 1.00116.98 ATOM 115 O VAL D1215 138.539 118.724 165.305 1.00116.98 ATOM 116 CB VAL D1215 136.570 120.816 163.789 1.00116.98 ATOM 117 CG1 VAL D1215 137.471 121.668 164.647 1.00116.98 ATOM 118 CG2 VAL D1215 137.077 120.786 162.367 1.00116.98 ATOM 119 N SER D1216 137.903 117.765 163.369 1.00120.45 ATOM 120 CA SER D1216 139.136 117.020 163.197 1.00120.45 ATOM 121 C SER D1216 140.304 117.960 162.950 1.00120.45 ATOM 122 O SER D1216 140.162 119.018 162.336 1.00120.45 ATOM 123 CB SER D1216 139.003 116.049 162.031 1.00120.45 ATOM 124 OG SER D1216 140.066 115.124 162.019 1.00120.45 ATOM 125 N ILE D1217 141.462 117.564 163.466 1.00118.66 ATOM 126 CA ILE D1217 142.678 118.315 163.248 1.00118.66 ATOM 127 C ILE D1217 143.061 118.253 161.771 1.00118.66 ATOM 128 O ILE D1217 142.802 117.271 161.070 1.00118.66 ATOM 129 CB ILE D1217 143.780 117.754 164.164 1.00118.66 ATOM 130 CG1 ILE D1217 145.106 118.489 164.013 1.00118.66 ATOM 131 CG2 ILE D1217 143.975 116.285 163.931 1.00118.66 ATOM 132 CD1 ILE D1217 144.993 119.926 164.301 1.00118.66 ATOM 133 N GLY D1218 143.604 119.358 161.270 1.00124.68 ATOM 134 CA GLY D1218 144.088 119.403 159.914 1.00124.68 ATOM 135 C GLY D1218 143.059 119.756 158.874 1.00124.68 ATOM 136 O GLY D1218 143.379 119.733 157.681 1.00124.68 ATOM 137 N GLU D1219 141.836 120.074 159.274 1.00125.96 ATOM 138 CA GLU D1219 140.832 120.507 158.320 1.00125.96 ATOM 139 C GLU D1219 141.123 121.928 157.855 1.00125.96 ATOM 140 O GLU D1219 141.614 122.767 158.613 1.00125.96 ATOM 141 CB GLU D1219 139.449 120.430 158.955 1.00125.96 ATOM 142 CG GLU D1219 138.304 120.460 157.981 1.00125.96 ATOM 143 CD GLU D1219 137.811 121.862 157.725 1.00125.96 ATOM 144 OE1 GLU D1219 138.231 122.778 158.455 1.00125.96 ATOM 145 OE2 GLU D1219 137.006 122.050 156.794 1.00125.96 ATOM 146 N ALA D1220 140.802 122.197 156.594 1.00118.59 ATOM 147 CA ALA D1220 140.983 123.516 155.997 1.00118.59 ATOM 148 C ALA D1220 139.709 124.310 156.234 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CA LEU D1348 131.570 144.290 160.912 1.00122.94 ATOM 140 C LEU D1348 130.754 143.010 160.927 1.00122.94 ATOM 141 O LEU D1348 129.939 142.764 160.022 1.00122.94 ATOM 142 CB LEU D1348 132.986 144.011 160.425 1.00122.94 ATOM 143 CG LEU D1348 133.789 145.225 159.974 1.00122.94 ATOM 144 CD1 LEU D1348 134.950 144.779 159.118 1.00122.94 ATOM 145 CD2 LEU D1348 132.926 146.220 159.220 1.00122.94 ATOM 146 N VAL D1349 130.956 142.195 161.965 1.00118.53 ATOM 147 CA VAL D1349 130.192 140.962 162.120 1.00118.53 ATOM 148 C VAL D1349 128.710 141.277 162.256 1.00118.53 ATOM 149 O VAL D1349 127.856 140.638 161.622 1.00118.53 ATOM 150 CB VAL D1349 130.722 140.172 163.328 1.00118.53 ATOM 151 CG1 VAL D1349 129.731 139.121 163.784 1.00118.53 ATOM 152 CG2 VAL D1349 132.044 139.541 162.982 1.00118.53 ATOM 153 N GLU D1350 128.398 142.326 163.018 1.00130.52 ATOM 154 CA GLU D1350 127.010 142.697 163.243 1.00130.52 ATOM 155 C GLU D1350 126.354 143.190 161.965 1.00130.52 ATOM 156 O GLU D1350 125.200 142.854 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