HEADER TRANSCRIPTION, TRANSFERASE/DNA 31-DEC-69 6UTX TITLE E. coli sigma-S transcription initiation complex with an empty bubble TITLE 2 ("Old" crystal) COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: DDD; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; COMPND 5 ENGINEERED: YES; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 4.05 ANGSTORMS DBREF 6UTX D 1 1407 UNP P0A8T7 RPOC_ECOLI 1 1407 SEQRES 1 DDD 84 LYS ASP ILE THR GLY GLY LEU PRO ARG VAL ALA ASP LEU SEQRES 2 DDD 84 PHE GLU ALA ARG ARG PRO LYS GLU PRO ALA ILE LEU ALA SEQRES 3 DDD 84 GLU ILE SER GLY ILE VAL SER PHE GLY LYS GLU THR LYS SEQRES 4 DDD 84 GLY LYS ARG ARG LEU VAL ILE THR PRO VAL ASP GLY SER SEQRES 5 DDD 84 ASP PRO TYR GLU GLU MET ILE PRO LYS TRP ARG GLN LEU SEQRES 6 DDD 84 ASN VAL PHE GLU GLY GLU ARG VAL GLU ARG GLY ASP VAL SEQRES 7 DDD 84 ILE SER ASP GLY PRO GLU ATOM 1 N LYS D1132 30.346 -27.930 -23.108 1.00349.50 ATOM 2 CA LYS D1132 30.454 -27.291 -24.448 1.00331.81 ATOM 3 C LYS D1132 30.113 -25.801 -24.312 1.00327.87 ATOM 4 O LYS D1132 30.846 -24.989 -24.900 1.00335.28 ATOM 5 CB LYS D1132 29.577 -28.014 -25.475 1.00323.13 ATOM 6 CG LYS D1132 30.143 -29.346 -25.948 1.00325.51 ATOM 7 CD LYS D1132 29.352 -30.008 -27.050 1.00324.98 ATOM 8 CE LYS D1132 29.855 -31.404 -27.352 1.00331.02 ATOM 9 NZ LYS D1132 28.961 -32.115 -28.295 1.00334.98 ATOM 10 N ASP D1133 29.078 -25.463 -23.531 1.00320.38 ATOM 11 CA ASP D1133 28.666 -24.054 -23.271 1.00307.69 ATOM 12 C ASP D1133 28.490 -23.341 -24.621 1.00297.93 ATOM 13 O ASP D1133 27.696 -23.841 -25.444 1.00315.70 ATOM 14 CB ASP D1133 29.677 -23.359 -22.352 1.00307.09 ATOM 15 CG ASP D1133 29.143 -22.144 -21.612 1.00305.00 ATOM 16 OD1 ASP D1133 28.141 -21.558 -22.077 1.00302.78 ATOM 17 OD2 ASP D1133 29.740 -21.789 -20.577 1.00303.57 ATOM 18 N ILE D1134 29.203 -22.230 -24.839 1.00268.90 ATOM 19 CA ILE D1134 29.165 -21.507 -26.147 1.00252.13 ATOM 20 C ILE D1134 30.598 -21.378 -26.684 1.00256.07 ATOM 21 O ILE D1134 30.743 -21.120 -27.896 1.00266.77 ATOM 22 CB ILE D1134 28.464 -20.142 -25.995 1.00231.40 ATOM 23 CG1 ILE D1134 26.961 -20.304 -25.778 1.00227.02 ATOM 24 CG2 ILE D1134 28.741 -19.246 -27.189 1.00228.28 ATOM 25 CD1 ILE D1134 26.139 -19.981 -27.004 1.00227.91 ATOM 26 N THR D1135 31.605 -21.580 -25.822 1.00252.76 ATOM 27 CA THR D1135 33.038 -21.438 -26.212 1.00251.02 ATOM 28 C THR D1135 33.422 -22.551 -27.197 1.00264.02 ATOM 29 O THR D1135 34.139 -22.246 -28.175 1.00259.01 ATOM 30 CB THR D1135 33.939 -21.430 -24.968 1.00242.94 ATOM 31 OG1 THR D1135 33.830 -20.148 -24.349 1.00225.56 ATOM 32 CG2 THR D1135 35.393 -21.714 -25.276 1.00245.48 ATOM 33 N GLY D1136 32.939 -23.777 -26.954 1.00278.21 ATOM 34 CA GLY D1136 33.332 -24.996 -27.691 1.00277.29 ATOM 35 C GLY D1136 32.189 -25.546 -28.530 1.00276.40 ATOM 36 O GLY D1136 32.036 -26.790 -28.598 1.00277.90 ATOM 37 N GLY D1137 31.419 -24.646 -29.151 1.00260.48 ATOM 38 CA GLY D1137 30.295 -25.022 -30.030 1.00246.09 ATOM 39 C GLY D1137 30.096 -23.978 -31.112 1.00230.61 ATOM 40 O GLY D1137 29.470 -24.300 -32.135 1.00219.39 ATOM 41 N LEU D1138 30.643 -22.776 -30.896 1.00227.37 ATOM 42 CA LEU D1138 30.622 -21.709 -31.931 1.00223.26 ATOM 43 C LEU D1138 31.619 -22.039 -33.034 1.00213.57 ATOM 44 O LEU D1138 31.328 -21.817 -34.206 1.00204.76 ATOM 45 CB LEU D1138 30.951 -20.350 -31.308 1.00227.76 ATOM 46 CG LEU D1138 29.837 -19.705 -30.488 1.00230.64 ATOM 47 CD1 LEU D1138 30.174 -18.249 -30.207 1.00230.76 ATOM 48 CD2 LEU D1138 28.485 -19.822 -31.182 1.00227.76 ATOM 49 N PRO D1139 32.832 -22.543 -32.720 1.00209.90 ATOM 50 CA PRO D1139 33.752 -22.967 -33.772 1.00212.04 ATOM 51 C PRO D1139 33.098 -24.010 -34.683 1.00211.19 ATOM 52 O PRO D1139 33.484 -24.110 -35.835 1.00206.26 ATOM 53 CB PRO D1139 34.931 -23.558 -32.996 1.00215.54 ATOM 54 CG PRO D1139 34.890 -22.810 -31.686 1.00211.61 ATOM 55 CD PRO D1139 33.412 -22.689 -31.376 1.00208.79 ATOM 56 N ARG D1140 32.105 -24.730 -34.160 1.00216.00 ATOM 57 CA ARG D1140 31.359 -25.738 -34.963 1.00221.97 ATOM 58 C ARG D1140 30.412 -24.986 -35.902 1.00215.62 ATOM 59 O ARG D1140 30.208 -25.433 -37.038 1.00225.88 ATOM 60 CB ARG D1140 30.630 -26.706 -34.020 1.00231.15 ATOM 61 CG ARG D1140 29.408 -27.413 -34.596 1.00233.10 ATOM 62 CD ARG D1140 29.691 -28.701 -35.350 1.00235.20 ATOM 63 NE ARG D1140 28.545 -29.595 -35.239 1.00238.09 ATOM 64 CZ ARG D1140 27.336 -29.354 -35.743 1.00235.38 ATOM 65 NH1 ARG D1140 27.098 -28.243 -36.416 1.00230.07 ATOM 66 NH2 ARG D1140 26.365 -30.234 -35.576 1.00238.49 ATOM 67 N VAL D1141 29.816 -23.910 -35.410 1.00199.28 ATOM 68 CA VAL D1141 28.922 -23.060 -36.233 1.00190.59 ATOM 69 C VAL D1141 29.783 -22.443 -37.325 1.00181.02 ATOM 70 O VAL D1141 29.384 -22.438 -38.505 1.00173.28 ATOM 71 CB VAL D1141 28.277 -21.997 -35.336 1.00186.69 ATOM 72 CG1 VAL D1141 27.564 -20.936 -36.148 1.00182.79 ATOM 73 CG2 VAL D1141 27.355 -22.647 -34.317 1.00192.33 ATOM 74 N ALA D1142 30.950 -21.966 -36.915 1.00182.00 ATOM 75 CA ALA D1142 31.810 -21.270 -37.887 1.00189.40 ATOM 76 C ALA D1142 32.089 -22.262 -39.001 1.00195.23 ATOM 77 O ALA D1142 31.886 -21.913 -40.163 1.00196.48 ATOM 78 CB ALA D1142 33.090 -20.802 -37.248 1.00192.18 ATOM 79 N ASP D1143 32.529 -23.456 -38.617 1.00201.06 ATOM 80 CA ASP D1143 33.047 -24.425 -39.610 1.00210.23 ATOM 81 C ASP D1143 31.903 -24.746 -40.569 1.00217.68 ATOM 82 O ASP D1143 32.175 -24.929 -41.770 1.00223.98 ATOM 83 CB ASP D1143 33.605 -25.663 -38.912 1.00216.32 ATOM 84 CG ASP D1143 34.876 -25.387 -38.132 1.00216.29 ATOM 85 OD1 ASP D1143 35.313 -24.220 -38.111 1.00208.87 ATOM 86 OD2 ASP D1143 35.403 -26.338 -37.531 1.00227.20 ATOM 87 N LEU D1144 30.675 -24.811 -40.040 1.00219.45 ATOM 88 CA LEU D1144 29.492 -25.116 -40.891 1.00219.28 ATOM 89 C LEU D1144 29.345 -24.005 -41.925 1.00213.16 ATOM 90 O LEU D1144 29.226 -24.308 -43.126 1.00209.80 ATOM 91 CB LEU D1144 28.216 -25.172 -40.047 1.00219.19 ATOM 92 CG LEU D1144 27.850 -26.506 -39.399 1.00223.06 ATOM 93 CD1 LEU D1144 26.689 -26.303 -38.440 1.00223.43 ATOM 94 CD2 LEU D1144 27.492 -27.554 -40.441 1.00226.93 ATOM 95 N PHE D1145 29.310 -22.767 -41.440 1.00207.66 ATOM 96 CA PHE D1145 29.078 -21.625 -42.352 1.00211.13 ATOM 97 C PHE D1145 30.243 -21.559 -43.341 1.00222.95 ATOM 98 O PHE D1145 30.045 -21.326 -44.557 1.00230.03 ATOM 99 CB PHE D1145 28.958 -20.331 -41.552 1.00202.00 ATOM 100 CG PHE D1145 27.587 -20.055 -40.996 1.00197.38 ATOM 101 CD1 PHE D1145 26.519 -19.765 -41.830 1.00195.74 ATOM 102 CD2 PHE D1145 27.376 -20.056 -39.629 1.00194.59 ATOM 103 CE1 PHE D1145 25.262 -19.505 -41.305 1.00194.11 ATOM 104 CE2 PHE D1145 26.123 -19.779 -39.106 1.00192.78 ATOM 105 CZ PHE D1145 25.068 -19.503 -39.944 1.00192.89 ATOM 106 N GLU D1146 31.444 -21.805 -42.827 1.00235.06 ATOM 107 CA GLU D1146 32.646 -21.631 -43.679 1.00244.97 ATOM 108 C GLU D1146 32.781 -22.827 -44.617 1.00259.79 ATOM 109 O GLU D1146 33.689 -22.800 -45.470 1.00269.96 ATOM 110 CB GLU D1146 33.901 -21.505 -42.829 1.00245.52 ATOM 111 CG GLU D1146 33.932 -20.246 -42.013 1.00237.63 ATOM 112 CD GLU D1146 34.331 -19.013 -42.788 1.00233.80 ATOM 113 OE1 GLU D1146 35.087 -19.129 -43.773 1.00238.71 ATOM 114 OE2 GLU D1146 33.913 -17.944 -42.360 1.00226.93 ATOM 115 N ALA D1147 31.915 -23.829 -44.444 1.00264.80 ATOM 116 CA ALA D1147 31.870 -24.988 -45.360 1.00271.97 ATOM 117 C ALA D1147 33.262 -25.629 -45.412 1.00273.75 ATOM 118 O ALA D1147 33.916 -25.615 -46.465 1.00276.84 ATOM 119 CB ALA D1147 31.372 -24.528 -46.705 1.00275.76 ATOM 120 N ARG D1148 33.718 -26.117 -44.262 1.00269.24 ATOM 121 CA ARG D1148 34.994 -26.862 -44.184 1.00272.32 ATOM 122 C ARG D1148 34.674 -28.337 -44.008 1.00273.03 ATOM 123 O ARG D1148 34.154 -28.698 -42.935 1.00263.15 ATOM 124 CB ARG D1148 35.810 -26.389 -42.988 1.00275.04 ATOM 125 CG ARG D1148 36.220 -24.930 -43.068 1.00281.13 ATOM 126 CD ARG D1148 36.650 -24.408 -41.715 1.00288.77 ATOM 127 NE ARG D1148 37.007 -23.002 -41.825 1.00297.36 ATOM 128 CZ ARG D1148 37.379 -22.232 -40.810 1.00303.61 ATOM 129 NH1 ARG D1148 37.446 -22.739 -39.590 1.00308.70 ATOM 130 NH2 ARG D1148 37.672 -20.958 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